DE102004053918A1 - Aptamerbasiertes Testsystem - Google Patents
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Abstract
Aptamerbasiertes Testsystem und Verfahren zum Nachweis einer Spezies von Analyten (18) in einer Testflüssigkeit (58) unter Detektion eines von einer Detektionsstruktur (20) abhängigen Signals, umfassend eine Spezies oligofunktionaler Reaktionseinheiten (10), die jeweils wenigstens ein mit einem Analyten (18) bindungsfähiges, erstes Aptamer (12) und wenigstens ein mit dem ersten Aptamer (12) verknüpftes und mit Bindungsbereichen (22) der Detektionsstruktur (20) bindungsfähiges, zweites Aptamer (14) aufweisen, wobei das erste Aptamer (12) und das zweite Aptamer (14) jeder Reaktionseinheit (10) derart miteinander verknüpft sind, dass ein Binden des ersten Aptamers (12) einer Reaktionseinheit (10) mit einem Analyten (18) ein simultanes Binden des zweiten Aptamers (14) derselben Reaktionseinheit (10) mit einem Bindungsbereich (22) der Detektionsstruktur (20) inhibiert und ein Binden des zweiten Aptamers (14) einer Reaktionseinheit (10) mit einem Bindungsbereich (22) der Detektionsstruktur (20) ein simultanes Binden des ersten Aptamers (12) derselben Reaktionseinheit (10) mit einem Analyten (18) inhibiert.
Description
- Die Erfindung bezieht sich auf ein aptamerbasiertes Testsystem zum Nachweis einer Spezies von Analyten in einer Testflüssigkeit unter Detektion eines von einer Detektionsstruktur abhängigen Signals, umfassend eine Spezies oligofunktionaler Reaktionseinheiten, die jeweils wenigstens ein mit einem Analyten bindungsfähiges, erstes Aptamer und wenigstens ein mit dem ersten Aptamer verknüpftes und mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur bindungsfähiges, zweites Aptamer aufweisen.
- Die Erfindung bezieht sich weiter auf ein Testverfahren zum Nachweis einer Spezies von Analyten in einer Testflüssigkeit unter Detektion eines von einer Detektionsstruktur abhängigen Signals, wobei eine Spezies oligofunktionaler Reaktionseinheiten, die jeweils wenigstens ein mit einem Analyten bindungsfähiges, erstes Aptamer und wenigstens ein mit dem ersten Aptamer verknüpftes und mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur bindungsfähiges, zweites Aptamer aufweisen, über Bindungen erster Aptamere mit Analyten und über Bindungen zweiter Aptamere mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur binden.
- Ein derartiges Testsystem und ein derartiges Verfahren sind bekannt aus WO 02/061072 A2.
- Unter einem Aptamer versteht man eine funktionale Oligonukleotideinheit. Es ist bekannt, dass Oligonukleotide, d.h. DNA- oder RNA-Sequenzen aus wenigen Basen (bis zu wenigen 100 Basen) zu 3-dimensionalen Strukturen falten, die von Sequenz, Umgebungsparametern, Bindungsumfeld etc. abhängig sein können. Je nach Ausprägung der 3-dimensionalen Struktur können solche Aptamere mit korrespondierenden Bereichen von Zielmolekülen in Wechselwirkung treten, insbesondere binden. Als Zielmoleküle kommen prinzipiell sämtliche komplexeren organischen Verbindungen infrage, vor allem Biomolekülgruppen, wie beispielsweise Proteine, Nukleinsäuren, Haptene, Hormone, Drogen etc.. Korrespondiert dabei das Aptamer mit Bindungsbereichen des Zielmoleküls, die für das Zielmolekül einzigartig sind oder lediglich bei einer kleinen Gruppe von Zielmolekülen auftreten, kann die Bindung zwischen Aptamer und Zielmolekül spezifisch oder zumindest selektiv sein.
- Durch ihre Bindungsfähigkeit an bestimmte Bereiche ihrer Zielmoleküle können Aptamere zur gezielten Beeinflussung molekularer Funktionen genutzt werden. Beispielsweise lässt sich die enzymatische Funktion bestimmter Proteine durch Aptamere regulieren, indem beispielsweise durch die Aptamer-Bindung eine Umfaltung des Proteins initiiert wird oder indem das katalytische Zentrum eines Enzyms sterisch inhibiert wird. Beispiele für derartige, regulatorische Wirkungen von Aptameren sind bekannt aus „Isozyme-spezific Inhibition of Protein Kinase C by RNA-Aptameres" von Conrad R.; Keranen, L.M.; Allington, A.D.; Newton, A.C. in The Journal of Biological Chemistry, Bd. 269, Nr. 51, Seite 32051–32054 (1994) sowie „Controlling Protein Activity with Ligand-Regulated RNA Aptamers" von Vuyisich, M.; Beal, P.A. in Chemistry & Biology, Bd. 9, Seite 907–913 (2002).
- Da sich die speziellen Bindungseigenschaften derzeit schlecht aus der reinen Nukleinsäuresequenz vorhersagen lassen, werden Aptamere mit gewünschten Eigenschaften üblicherweise in Selektionsverfahren, wie beispielsweise dem sogenannten SELEX-Verfahren für RNA-Aptamere, selektioniert. Ist die Sequenz eines Aptamers mit den gewünschten Eigenschaften bekannt, ist es jedoch auch möglich, ein solches Aptamer mit herkömmlichen Methoden der Nukleinsäure-Synthese und/oder -Vervielfältigung (z.B. PCR) zu repräsentieren.
- Beispielsweise aus der
US 6,177,555 B1 ist es bekannt, sich die selektiven Bindungseigenschaften von Aptameren im Rahmen von Testsystemen zum Nachweis spezieller Analyten, für welche die Aptamere selektiv sind, zu Nutze zu machen. In der genannten Druckschrift wird ein Testsystem offenbart, bei welchem eine Aptamerspezies mit einer in einer Testlösung enthaltenen Spezies von Analyten zur Wechselwirkung gebracht wird. Die einzelnen Aptamere binden dabei jeweils entweder an einen Analyten oder an ein ebenfalls in dem Testsystem vorhandenes sogenanntes Fluoreszenz-Beacon, eine Oligonukleotidstruktur mit zwei Fluorophoren, die ein sogenanntes FRET-Paar (Fluorezenz-Resonanz-Energie-Transfer) bilden. Insbesondere ist der Abstand der FRET-Partner so klein gewählt, dass es im ungebundenen Beacon zu einer effizienten Löschung der Donor-Fluoreszenz kommt. Bei Bindung des Beacons mit dem Aptamer wird die Beacon-Sequenz in die Aptamer-Sequenz integriert. Hierdurch kommt es zu einer Umfaltung des neuen Gesamtmoleküls und insbesondere zu einer Vergrößerung des Abstandes der FRET-Partner, was zu einer Aufhebung der Löschung der Donor-Fluoreszenz führt. Gleichzeitig verliert das Aptamer durch die Umfaltung seine Bindungsfähigkeit mit einem Analyten. Die Donor-Fluoreszenz kann daher als Maß für die Menge Beacon-gebundener, d.h. nicht durch Analyten gebundener Aptamere, und somit indirekt für die Menge der in der Testflüssigkeit vorliegenden Analyten dienen. - Nachteilig an diesem bekannten Testsystem ist, dass Aptamer, Beacon und Analyt jeweils in einzigartiger Weise aufeinander abgestimmt sein müssen. Die Entwicklung neuer Testsysteme für neue Analyten ist daher sehr aufwendig. Zudem erfordert die Messung von FRET-Effizienzen hochkomplexe und sehr teuere Fluoreszenz-Messstationen, die das bekannte Testverfahren für Routinemessungen mit hohem Probendurchsatz ungeeignet machen.
- Aus der gattungsbildenden WO 02/061079 A2 ist ein Testsystem bekannt, bei dem die oben genannten oligofunktionalen Reaktionseinheiten als Crosslink-Strukturen mit zwei aptameren Funktionsköpfen zu Kopplung eines Analyten mit einer detektierbaren Einheit ausgestaltet sind. Hierzu wird ein für den Analyten spezifisches Aptamer mittels einer als „Adaptamer" bezeichneten Koppeleinheit mit einem zweiten Aptamer gekoppelt, welches in der Lage ist, Streptavidin zu binden. Bekanntermaßen kann Streptavidin als Verbindungsglied zu biotinilierten, detektierbaren Einheiten, wie etwa Fluoreszenz-Markern, Farbreaktionen auslösenden Enzymen, partikelförmigen Direktmarkierungen etc. verwendet werden. Das Prinzip des bekannten Testsystems beruht auf der direkten Markierung der Analyten durch aptamerhaltige Crosslink-Strukturen, die ihrerseits mit weiteren, detektierbaren Einheiten markiert oder markierbar sind.
- Nachteilig bei diesem bekannten Testsystem ist die relative Insensitivität und mangelnde Flexibilität derartiger Direkttests, bei denen die Sensitivität der Messapparatur zur Detektion des Signals durch eine Mindest-Absolutmenge bzw. -Konzentration des Analyten beschränkt ist. Insbesondere sehr geringe Analytkonzentrationen sind mit solchen Direkttests nicht zuverlässig mess- oder detektierbar.
- Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es, ein gattungsgemäßes Testsystem bzw. ein gattungsgemäßes Testverfahren derart weiterzubilden, dass größere Flexibilität und Sensibilität beim Nachweis von Analyten erzielt wird.
- Diese Aufgabe wird in Verbindung mit den Merkmalen des Oberbegriffs von Anspruch 1 dadurch gelöst, dass das erste Aptamer und das zweite Aptamer jeder Reaktionseinheit derart miteinander verknüpft sind, dass ein Binden des ersten Aptamers einer Reaktionseinheit mit einem Analyten ein simultanes Binden des zweiten Aptamers derselben Reaktionseinheit mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur inhibiert und ein Binden des zweiten Aptamers einer Reaktionseinheit mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur ein simultanes Binden des ersten Aptamers derselben Reaktionseinheit mit einem Analyten inhibiert.
- Diese Aufgabe wird weiterhin in Verbindung mit den Merkmalen des Oberbegriffs von Anspruch 28 dadurch gelöst, dass das erste Aptamer und das zweite Aptamer jeder Reaktionseinheit derart miteinander verknüpft sind, dass ein Binden des ersten Aptamers einer Reaktionseinheit mit einem Analyten ein simultanes Binden des zweiten Aptamers derselben Reaktionseinheit mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur inhibiert und ein Binden des zweiten Aptamers einer Reaktionseinheit mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur ein simultanes Binden des ersten Aptamers derselben Reaktionseinheit mit einem Analyten inhibiert.
- Die Merkmale und Vorteile des erfindungsgemäßen Testsystems und des erfindungsgemäßen Testverfahrens sowie besonders günstige Ausführungsformen beider werden nachfolgend gemeinsam beschrieben.
- Ein wesentliches Merkmal der Erfindung ist, dass, im Gegensatz zum Stand der Technik, die oligofunktionale, insbesondere bifunktionale Reaktionseinheit nicht als Crosslink-Struktur sondern mit wenigstens paarweise exklusiv bindungsfähigen aptameren Funktionseinheiten ausgestaltet wird. Im Rahmen der nachfolgenden Beschreibung wird zum einfacheren Verständnis der Erfindung im Wesentlichen auf bifunktionale Reaktionseinheiten Bezug genommen. Es sei jedoch ausdrücklich angemerkt, dass das erfindungsgemäße Konzept auch auf Reaktionseinheiten mit mehr als zwei aptameren Funktionsköpfen anwendbar ist.
- Durch exklusive Bindung der Reaktionseinheit entweder an einen Analyten oder an einen Bindungsbereich der Detektionsstruktur lassen sich die Vorteile, die mit der Verwendung von Aptameren verbunden sind, auch bei kompetitiven Tests nutzen. Kompetitive Tests sind jedoch insbesondere im Bereich kleiner Analytkonzentrationen deutlich sensitiver als Direkttests, da sich durch geeignete Auswahl der Konzentrationen der Reaktionspartner die messbaren Signale in einen für die verwendete Detektionsapparatur jeweils optimalen Intensitätsbereich transformieren lassen.
- Zur Herstellung der Reaktionseinheiten zur Verwendung im Rahmen der Erfindung werden zunächst die benötigten Aptamere einzeln und nach bekannten Selektions- bzw. Syntheseverfahren hergestellt. Vorzugsweise erfolgt die Auswahl bzw. Synthese der Aptamere so, dass das Binden des ersten Aptamers mit dem Analyten und/oder das Binden des zweiten Aptamers mit dem Bindungsbereich der Detektionsstruktur selektiv, insbesondere spezifisch ist.
- Die Größe der Aptamere kann je nach Herstellungsverfahren und Anwendungsbereich unterschiedlich sein. Als besonders günstig für die meisten, interessierenden Analyten haben sich Sequenzen von ungefähr 40 Nukleotiden oder weniger erwiesen. Vorzugsweise werden Aptamere verwendet, die eine „Hairpin"-Struktur einnehmen und eine mehr oder weniger deutliche helikale Achse aufweisen. Die Bindungsstellen für die Zielmoleküle, d.h. Analyt oder Bindungsbereich der Detektionsstruktur, stehen vorzugsweise senkrecht zur helikalen Achse und liegen nicht im Krümmungsbereich des „Hairpins". Bei einer anderen Ausführungsform kann auch die helikale Achse, z.B. durch Einbau ungepaarter Nukleinsäuren gekrümmt sein, so dass im Krümmungsbereich der „Hairpins" liegende Bindungsstellen der Aptamere in der Reaktionseinheit benachbart angeordnet sind.
- Günstigerweise sind die aptameren Funktionsköpfe der Reaktionseinheit kovalent miteinander verbunden. Dies kann beispielsweise durch chemische Synthese an einem Stück, durch enzymatische Verbindung (Ligation) mit einer DNA- oder RNA-Ligase oder durch chemische oder photoaktivierbare Koppler geschehen, die in einen aptameren Funktionskopf durch chemische Synthese eingebaut werden und dann zu einer chemischen Verbrückung mit einem anderen aptameren Funktionskopf führen. Bei einer bifunktionalen Reaktionseinheit sind die Aptamere vorzugsweise so angeordnet, dass ihre jeweiligen helikalen Achsen zu einer langen Achse kombiniert werden, d.h. im Wesentlichen miteinander fluchten.
- Günstigerweise sind die Bindungsstellen an der Reaktionseinheit geometrisch so angeordnet, dass sie auf der gleichen Seite des helikalen Bereichs liegen. Auf diese Weise wird die gegenseitige Inhibition der Bindungen mit den Zielmolekülen erleichtert. Technisch lässt sich dies einfach erreichen, indem in einem empirischen Verfahren so viele Basenpaare einer inerten Sequenz, vorzugsweise mit der Grundstruktur G(C)1G(C)2G(C)3G(C)4 u.s.w., eingefügt werden, bis sich aufgrund sterischer Optimierung ein größtmöglicher Inhibitionseffekt ergibt. Je nach Ausführungsform können also die aptameren Funktionsköpfe direkt oder über eine Kopplungseinheit miteinander verbunden sein.
- Bei einer besonders vorteilhaften Ausführungsform ist vorgesehen, dass das erste Aptamer und das zweite Aptamer derselben Reaktionseinheit einander bereichsweise überlappen. Das bedeutet, dass zwei aptamere Funktionsköpfe Bereiche ihrer Nukleotidsequenz gemeinsam haben. Es ist offensichtlich, dass bei einer solchen Ausführungsform der wechselseitige Inhibitionseffekt besonders groß ist. Selbstverständlich ist es jedoch auch möglich, dass das erste Aptamer und das zweite Aptamer derselben Reaktionseinheit räumlich getrennt sind.
- Im Rahmen der vorliegenden Beschreibung ist der Begriff der „Detektionsstruktur" weit zu verstehen und umfasst sowohl molekulare als auch apparative Strukturen. Nachfolgend sollen verschiedene, besonders günstige Ausführungsformen dargestellt werden.
- Grundsätzlich ist es zwar möglich, das erfindungsgemäße Testsystem und -verfahren so zu konfigurieren, dass die Bindung des zweiten Aptamers an einen Bindungsbereich der Detektionsstruktur das von der Detektionsstruktur abhängige Signal nicht beeinflusst. Beispielsweise könnte die Detektionsstruktur eine partikelförmige Direktmarkierung umfassen. Hierzu könnten etwa vorzugsweise biotinilierte Nanopartikel dienen, die an von dem zweiten Aptamer gebundenem Streptavidin haften.
- In vielen Fällen günstiger ist es jedoch, wenn das Signal von einem Bindungszustand der Detektionsstruktur mit dem zweiten Aptamer abhängt. In diesem Fall nämlich können ansonsten erforderliche Reinigungsschritte zur Separation ungebundener Detektionsstrukturanteile entfallen.
- Als besonders vorteilhaft hat sich erwiesen, wenn die Detektionsstruktur eine Spezies von mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur gekoppelten Enzymen umfasst, deren enzymatische Reaktion mit einer Spezies von Substraten eine Änderung einer detektierbaren Größe verursacht. Beispiele für einsetzbare Enzyme sind etwa Oxido-Reduktasen (z.B. Alkohol-Dehydrogenase, Glucose-Oxidase, Peroxidase, Luziferasse etc.), Transferasen (z.B. Hexokinase), Hydrolasen (z.B. Phosphatase, Urease, Lysozym, Nukleasen etc.), Lyasen (z.B. Dichlormethan-Dehalogenase etc.), Isomerasen (z.B. Retinalisomerase), Synthetasen (z.B. RNA-Ligase, DNA-Ligase etc.) etc.. Je nach Enzym/Substrat-System kann eine andere Größe als detektierbares Signal genutzt werden. Beispiele hierfür sind Farbänderungen, Extinktions- oder Transmissionsänderungen, Änderungen einer optischen Polarisation, pH-Änderungen, Änderungen elektrischer Leitfähigkeit, Änderungen akustischer Leitfähigkeit etc..
- Um eine besonders starke Abhängigkeit des detektierten Signals vom Bindungszustand der Detektionsstruktur mit dem zweiten Aptamer zu erreichen, kann günstigerweise vorgesehen sein, dass ein Binden des zweiten Aptamers einer Reaktionseinheit mit einem Bindungsbereich die enzymatische Reaktion des mit diesem Bindungsbereich gekoppelten Enzyms mit dem Substrat inhibiert. Dies kann beispielsweise durch Umfaltung des Enzyms, initiiert durch die Bindung des Aptamers, oder, vorzugsweise, dadurch erreicht werden, dass der Bindungsbereich jeweils im Bereich des katalytischen Zentrums des Enzyms liegt und dieses durch das Binden des zweiten Aptamers blockiert wird.
- Altern ativ oder zusätzlich kann vorgesehen sein, dass die Detektionsstruktur eine Spezies von mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur gekoppelten, ersten fluoreszenzaktiven Komponenten umfasst. Als fluoreszenzaktiven Komponenten werden im Rahmen dieser Beschreibung jegliche Einheiten aufgefasst, die entweder selbst Fluorophore sind oder die Fluoreszenz anderer benachbarter Fluorophore beeinflussen können. Ist die erste fluoreszenzaktive Komponente ein Fluorophor, lassen sich Reaktionseinheiten, die mit ihrem zweiten Aptamer an die Detektionsstruktur gebunden haben, durch die Fluoreszenz dieses Fluorophors nachweisen.
- In einer vorteilhaften Weiterbildung der Erfindung ist vorgesehen, dass die Reaktionseinheiten jeweils mit einer zweiten fluoreszenzaktiven Komponente versehen sind, die in Abhängigkeit von dem Bindungszustand des zweiten Aptamers mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur mit der ersten fluoreszenzaktiven Komponente, die mit diesem Bindungsbereich gekoppelt ist, in optisch detektierbarer Weise wechselwirkt. Dies lässt sich insbesondere realisieren, wenn die miteinander wechselwirkenden ersten und zweiten fluoreszenzaktiven Komponenten jeweils einen Partner eines FRET-Paares darstellen. Dabei wirkt einer der Partner als Donor, während der andere als Akzeptor oder Löscher (Quencher) wirkt. Aufgrund der starken Abstandsabhängigkeit (im Wesentlichen R–6, wo R der Abstand der FRET-Partner ist) wird ein nennenswerter Energietransfer von Donor zu Akzeptor nur im Fall der Bindung des zweiten Aptamers an die Detektionsstruktur stattfinden. Die Effizienz des Transfers kann z.B. durch Beobachtung der Donor-Fluoreszenz, der Akzeptor-Fluoreszenz und/oder des Verhältnisses beider ermittelt werden.
- Bei einer weiteren Ausführungsform der Erfindung umfasst die Detektionsstruktur eine flächen- und/oder massenbelegungsempfindliche Sensoranordnung. Dies ist eine Ausführungsform, bei dem die Detektionsstruktur eine apparative Struktur ist. Als flächen- und/oder massenbelegungsempfindliche Sensoranordnungen eignen sich beispielsweise Sensoreinheiten, die zu mechanischen Schwingungen anregbar sind und deren mechanische Impedanz durch Spektralanalyse der resultierenden mechanischen Schwingungen messbar ist. Die mechanische Impedanz ist abhängig von der Flächen- bzw. Massenbelegung. Derartige Sensoreinheiten sind sehr kleinformatig und in integrierter Schaltungsbauweise erhältlich.
- Bei einer Ausführungsform ist dabei vorgesehen, dass die Sensoranordnung eine Mehrzahl von mit den zweiten Aptameren bindungsfähigen Bindungsbereichen aufweist. Dies bedeutet, dass Reaktionseinheiten, die nicht mit einem Analyten binden, direkt an die Sensorstruktur binden. In vielen Fällen ist jedoch vorteilhaft, die Reaktionseinheiten möglichst klein und damit mit geringer Masse auszubilden. Entsprechend sensitiv muss dann jedoch die Sensoreinheit ausgebildet sein.
- Bei einer alternativen Weiterbildung der Erfindung ist daher vorgesehen, dass das Testsystem eine Spezies von Mittlereinheiten umfasst, die jeweils einen mit dem zweiten Aptamer bindungsfähigen Bindungsbereich aufweisen, wobei die Mittlereinheiten in Abhängigkeit von dem Bindungszustand ihrer Bindungsbereiche mit der Sensoreinheit koppelbar sind. Durch diese Mittlereinheiten, die beispielsweise als Proteine mit deutlich größerer Masse als die Reaktionseinheiten ausgebildet sein können, können die für den Nachweis wirksamen Massen erhöht werden, was einer Signalverstärkung und somit einer leichteren Detektion durch die Sensoreinheit entspricht.
- Ausgehend von der hier offenbarten technischen Lehre, kann der Fachmann die Erfindung in einer Laborumgebung leicht umsetzen. Beim Einsatz außerhalb des Labors, beispielsweise bei Schwangerschaftstests für den Hausgebrauch, können jedoch zusätzliche Maßnahmen erforderlich werden. Für den Hausgebrauch bietet sich insbesondere ein sogenannter Streifentest an, bei dem die Detektion optisch, insbesondere im Rahmen einer Farbreaktion und besonders bevorzugt im Rahmen einer enzymvermittelten Farbreaktion erfolgt. Ein solches Testsystem zeichnet sich günstigerweise dadurch aus, dass die mit den Bindungsbereichen gekoppelten Enzyme sowie die oligofunktionalen Reaktionseinheiten in einer ersten Zone eines porösen Trägers enthalten sind, wobei wenigstens die oligofunktionalen Reaktionseinheiten in trockenem Zustand des porösen Trägers räumlich fixiert und nach Benetzung der ersten Zone mit der Testflüssigkeit wenigstens innerhalb der ersten Zone beweglich sind, so dass eine kompetitive Reaktion der oligofunktionalen Reaktionseinheiten mit den Analyten einerseits und den Bindungsbereichen andererseits erfolgen kann, und wobei die Substrate in einer der ersten Zone benachbarten zweiten Zone enthalten und in trockenem Zustand des porösen Trägers in der zweiten Zone fixiert und nach Benetzung der zweiten Zone mit der Testflüssigkeit von der zweiten Zone in die erste Zone beweglich sind. In der Regel wird es nämlich günstig sein, wenn die Wechselwirkung zwischen Enzym und Substrat erst erfolgt, wenn die kompetitive Wechselwirkung zwischen erstem Aptamer und Analyt einerseits und zweitem Aptamer und dem mit dem Enzym gekoppelten Bindungsbereich andererseits abgeschlossen oder zumindest weit fortgeschritten ist. Dies gilt insbesondere für solche Fälle, in denen die enzymatische Reaktionsfähigkeit von dem Bindungszustand des Enzyms mit dem zweiten Aptamer abhängt. Liegen jedoch Enzym und Reaktionseinheit hinsichtlich ihrer Wechselwirkung in naher Nachbarschaft in einer ersten Zone vor, muss das Substrat erst zu dem Enzym wandern. Dadurch wird sichergestellt, dass die Enzym-Substrat-Reaktion zeitlich nach der Enzym-Reaktionseinheit-Reaktion erfolgt.
- Um die zeitliche Trennung der Reaktionen weiter zu verbessern, ist bei einer Weiterbildung der Erfindung vorgesehen, dass die erste und die zweite Zone mittels einer semipermeablen Membran, die ein Übertreten der Enzyme von der ersten Zone in die zweite Zone verhindert und ein Übertreten der Substrate von der zweiten Zone in die erste Zone gestattet, voneinander getrennt sind. Auf diese Weise wird verhindert, dass die Zeit, die Enzym und Substrat benötigen, um zueinander zu finden, dadurch verkürzt wird, dass das Enzym dem Substrat „entgegenwandert". Da Enzyme in der Regel deutlich größer sind als ihre korrespondierenden Substrate, stellt der Aufbau einer derartigen Membran für den Fachmann keine Schwierigkeit dar.
- Alternativ oder zusätzlich kann vorgesehen sein, dass die Enzyme dauerhaft in der ersten Zone fixiert sind. Dies kann beispielsweise mittels einer Biotin/Streptavidin-Kopplung mit dem Material des porösen Trägers erfolgen.
- Grundsätzlich ist es zwar möglich, die erste und zweite Zone auf dem Teststreifen nebeneinander anzuordnen. Insbesondere bei Verwendung einer semipermeablen Membran kann es jedoch günstiger sein, wenn die erste Zone und die zweite Zone in zwei übereinanderliegenden Schichten des porösen Trägers angeordnet sind.
- Zur Umsetzung der Teststreifen-Variante der Erfindung ist es nicht erforderlich, dass die Enzyme und die Reaktionseinheiten in der ersten Zone durchmischt vorliegen. Vielmehr ist bei einer besonderen Ausführungsform vorgesehen, dass die erste Zone in wenigstens eine erste Teilzone, welche die Enzyme enthält und eine zweite Teilzone, welche die Reaktionseinheiten enthält, unterteilt ist. Insbesondere können die erste Teilzone und die zweite Teilzone in zwei übereinander liegenden Schichten des porösen Trägers angeordnet sein, wobei eine besonders günstige Schichtabfolge lautet: erste Teilzone, zweite Teilzone, optional semipermeable Membran, zweite Zone.
- Weitere Merkmale und Vorteile der Erfindung ergeben sich der nachfolgenden, speziellen Beschreibung und den Zeichnungen.
- Es zeigen:
-
1 : eine schematische Prinzipskizze des erfindungsgemäßen Testsystems, -
2 : eine schematische Darstellung einer beispielhaften Reaktionseinheit, -
3 : eine schematische Darstellung einer weiteren beispielhaften Reaktionseinheit und -
4 : eine schematische Darstellung eines erfindungsgemäßen Streifentest. -
1 zeigt eine schematische Darstellung des erfindungsgemäßen Testsystems. Kern des Testsystems sind Reaktionseinheiten10 , die jeweils zwei aptamere Funktionsköpfe12 und14 aufweisen. Die aptameren Funktionsköpfe12 und14 sind über eine Kopplungsstruktur16 miteinander verbunden. Ein erstes Aptamer12 ist derart selektiert oder synthetisiert, dass es selektiv und insbesondere spezifisch mit einem Analyten18 binden kann. Das zweite Aptamer14 ist derart selektiert oder synthetisiert, dass es mit dem katalytischen Zentrum22 eines Enzyms20 dauerhaft binden kann. Das bedeutet, durch Bindung des Aptamers14 mit dem Enzym20 wird dessen katalytisches Zentrum22 blockiert. - Wie durch die Pfeile
24 und26 angedeutet, werden in einem ersten Testschritt Reaktionseinheiten10 , Analyten18 und Enzyme20 gemischt. Dies erfolgt vorzugsweise in einer Testflüssigkeit, deren physikalische Eigenschaften, wie Temperatur, ph-Wert etc. geeignet gewählt sind, so dass die genannten und weitere physiologische Funktionen der beteiligten Reaktanden ablaufen können. - Einige der Reaktionseinheiten
10 binden mit ihrem ersten Aptamer12 mit den Analyten18 (Pfeil28 ). Andere Reaktionseinheiten10 binden mit ihrem zweiten Aptamer14 mit den katalytischen Zentren22 der Enzyme20 (Pfeil30 ). Eine simultane Bindung eines Analyten18 und eines Enzyms20 mit einer Reaktionseinheit10 ist aufgrund der 3-dimensionalen Struktur der Reaktionseinheit10 nicht möglich. Vielmehr inhibieren sich diese Reaktionen gegenseitig, so dass ein kompetitives Testprinzip vorliegt. - Nach Einstellung eines Gleichgewichts wird der Testflüssigkeit ein Substrat
32 zugegeben (Pfeil34 ), welches unter zeitweiliger Bindung an das katalytische Zentrum22 des Enzyms20 eine enzymatische Reaktion durchläuft (symbolisiert durch Reaktionspfeil36 ). Im Rahmen der enzymatischen Reaktion wird das Substrat32 von dem Enzym20 verändert, was zu einem detektierbaren Signal, beispielsweise eine Farbänderung, eine pH-Änderung, eine Änderung einer optischen Polarisation etc., führen kann. Die Stärke der enzymatischen Reaktion und damit die Stärke des Signals ist bei standardisierten Testbedingungen abhängig von der Menge des zur Verfügung stehenden, ungebundenen Enzyms20 (Pfeil38 ) und damit indirekt von der Menge des Analyten18 . Im Gegensatz zu einem Direkttest hat ein derartiger, kompetitiver Test den Vorteil, dass durch geeignete Wahl der Mengen bzw. Konzentrationen von Reaktionseinheiten10 , Enzymen20 und Substraten32 in Abstimmung auf die erwartete Menge bzw. Konzentration an Analyten18 eine Signalstärke erzeugt werden kann, die für die jeweilige Testapparatur, beispielsweise eine Extinktions-Messvorrichtung, optimiert ist. -
2 zeigt in schematischer Darstellung einen beispielhaften Aufbau einer Reaktionseinheit10 . Die Aptamere12 und14 bestehen jeweils aus einem sogenannten „Hairpin" mit einer Krümmung122 ,142 aus ungepaarten Nukleinsäuren und einem helikalen Bereich124 ,144 aus gepaarten Nukleinsäuren. Die Aptamere12 und14 sind jeweils so selektiert bzw. synthetisiert, dass sie mit ihren jeweiligen Zielmolekülen (Analyt18 bzw. Enzym20 ) bindungsfähig und vorzugsweise selektiv, insbesondere spezifisch sind. In der beispielhaften Darstellung von2 zeigt das Aptamer14 eine weitere Schleife146 , um einen Unterschied der 3-dimensionalen Struktur des Aptamers14 gegenüber dem Aptamer12 zu symbolisieren. - Die Aptamere
12 und14 sind mittels einer nicht näher dargestellten Kopplungsstruktur16 miteinander verbunden. Die Kopplungsstruktur16 kann ebenfalls als geeignete Oligonukleotidstruktur ausgebildet sein, wobei die genaue Struktur und Sequenz sowie das Verbindungsverfahren anwendungsbezogen vom Fachmann geeignet zu wählen ist. -
3 stellt schematisch eine weitere Ausführungsform einer Reaktionseinheit10 mit zwei Aptameren12 und14 dar. Wie auch bei dem Ausführungsbeispiel von2 weisen die Aptamere12 und14 jeweils einen „Hairpin"122 ,142 auf, sind jedoch mit ihren helikalen Bereichen124 ,144 so miteinander verbunden, dass ihre helikalen Achsen im Wesentlichen miteinander fluchten. Bei dem Ausführungsbeispiel von3 weisen beide Aptamere12 und14 jeweils eine weitere Schleife126 ,146 auf, die für ihre Bindung mit dem jeweiligen Zielmolekül verantwortlich ist. Die helikalen Bereiche124 ,144 sind so gewählt, dass die zusätzlichen Schleifen126 ,146 auf der gleichen Seite (oben in3 ) der Reaktionsstruktur10 liegen. Gegebenenfalls können zusätzliche Nukleinsäure-Paare eingebaut werden, um die Helixstruktur so zu erweitern, dass die in3 dargestellte Ausrichtung zustande kommt. -
4 zeigt schematisch den Aufbau eines sogenannten Streifentest, der das erfindungsgemäße Testprinzip verwirklicht. Reaktionseinheiten10 , Analyten18 , Enzyme20 und Substrate32 sind wie in1 dargestellt. Der Streifentest von4 weist zwei übereinanderliegende Schichten porösen Trägermaterials, beispielsweise Nitrocellulose, auf. In einer oberen Schicht50 sind Reaktionseinheiten10 und Enzyme20 in einer Weise aufgebracht, dass sie im trockenen Zustand des Trägermaterials immobilisiert sind, während sie sich in feuchtem Zustand des Trägermaterials in diesem bewegen und insbesondere miteinander reagieren können. In der unteren Schicht52 des Trägermaterials ist eine Substratspezies32 in gleicher Weise angeordnet. Alternativ zu der in4 dargestellten Anordnung können Reaktionseinheiten10 und Enzyme20 auch in unterschiedlichen Teilbereichen der oberen Schicht50 angeordnet sein. - Die Schichten
50 und52 sind durch eine semipermeable Membran54 voneinander getrennt. Die Poren dieser Membran54 gestatten es dem Substrat32 , in feuchtem Zustand des Trägers aus der unteren Schicht52 in die obere Schicht50 zu diffundieren. Eine Diffusion des Enzyms20 von der oberen Schicht50 in die untere Schicht52 wird hingegen von der Membran54 unterbunden. -
4a zeigt den beschriebenen Ausgangszustand bei trockenem Träger.4b symbolisiert die Zugabe von Analyten18 enthaltender Testflüssigkeit58 (Pfeil60 ). In dem durch die Testflüssigkeit58 befeuchteten Träger beginnen die Reaktanden aufgrund der wirkenden Kapillarkräfte mit der Flüssigkeit in dem Träger zu wandern. Dabei kommt es zu der im Zusammenhang mit1 bereits beschriebenen kompetitiven Reaktion zwischen Reaktionseinheiten10 und Analyten18 einerseits und Reaktionseinheiten10 und Enzymen20 andererseits (4c ). Diese kompetitive Reaktion wird zunächst nicht durch Bindung von Substraten32 an die Enzyme20 gestört, da diese räumlich abseits in der unteren Schicht52 vorliegen und erst durch die Membran54 in die obere Schicht50 eindiffundieren müssen. Sie erreichen die ungebundenen Enzyme20 erst zu einem Zeitpunkt, zu dem die kompetitive Reaktion bereits ein Gleichgewicht gefunden hat oder zumindest bis zu einem definierten Grad fortgeschritten ist. -
4d deutet den letzten Testschritt an, bei dem die Substrate32 mit den Enzymen20 reagieren und das detektierbare Signal erzeugen. - Natürlich stellen die beschriebenen und durch die Figuren illustrierten Ausführungsbeispiele lediglich besonders vorteilhafte, exemplarische Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung dar. Insbesondere in Bezug auf den konkreten Detektionsvorgang und Detektionsapparatur steht dem Fachmann ein breites Spektrum an Möglichkeiten offen, wie dies im allgemeinen Teil der Beschreibung angedeutet wurde.
Claims (28)
- Aptamerbasiertes Testsystem zum Nachweis einer Spezies von Analyten (
18 ) in einer Testflüssigkeit (58 ) unter Detektion eines von einer Detektionsstruktur (20 ) abhängigen Signals, umfassend eine Spezies oligofunktionaler Reaktionseinheiten (10 ), die jeweils wenigstens ein mit einem Analyten (18 ) bindungsfähiges, erstes Aptamer (12 ) und wenigstens ein mit dem ersten Aptamer (12 ) verknüpftes und mit Bindungsbereichen (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) bindungsfähiges, zweites Aptamer (14 ) aufweisen, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Aptamer (12 ) und das zweite Aptamer (14 ) jeder Reaktionseinheit (10 ) derart miteinander verknüpft sind, dass ein Binden des ersten Aptamers (12 ) einer Reaktionseinheit (10 ) mit einem Analyten (18 ) ein simultanes Binden des zweiten Aptamers (14 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) mit einem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) inhibiert und ein Binden des zweiten Aptamers (14 ) einer Reaktionseinheit (10 ) mit einem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) ein simultanes Binden des ersten Aptamers (12 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) mit einem Analyten (18 ) inhibiert. - Testsystem nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass das Binden des ersten Aptamers (
12 ) mit dem Analyten (18 ) und/oder das Binden des zweiten Aptamers (14 ) mit dem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) selektiv, insbesondere spezifisch ist. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass wenigstens ein Aptamer (
12 ;14 ) einer Reaktionseinheit (19 ) eine Hairpin-Struktur (122 ;142 ) und einen helikalen Bereich (124 ;144 ) aufweist. - Testsystem nach Anspruch 3, dadurch gekennzeichnet, dass das Aptamer (
12 ;14 ) beim Binden mit einem Bindungspartner (18 ;20 ) in einem Bereich (126 ;146 ) bindet, der senkrecht zur Längsachse des helikalen Bereichs (124 ;144 ) steht und nicht im Bereich der Krümmung (122 ;142 ) der Hairpin-Struktur liegt. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass diejenigen Bereiche (
126 ;146 ) des ersten und des zweiten Aptamers (12 ;14 ) einer Reaktionseinheit (10 ), mit denen diese mit ihren jeweiligen Bindungspartnern (18 ;20 ) binden können, auf derselben Seite der Reaktionseinheit (10 ) liegen. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das Signal von einem Bindungszustand der Detektionsstruktur (
20 ) mit dem zweiten Aptamer (14 ) abhängt. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Aptamer (
12 ) und das zweite Aptamer (14 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) einander bereichsweise überlappen. - Testsystem nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Aptamer (
12 ) und das zweite Aptamer (14 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) räumlich getrennt angeordnet sind. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Aptamer (
12 ) und das zweite Aptamer (14 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) mittels einer Kopplungsstruktur (16 ) miteinander verbunden sind. - Testsystem nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, dass die Kopplungsstruktur (
16 ) eine Oligonukleotidstruktur umfasst. - Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektionsstruktur eine Spezies von mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur gekoppelten Enzymen (
20 ) umfasst, deren enzymatische Reaktion mit einer Spezies von Substraten (32 ) eine Änderung einer detektierbaren Größe verursacht. - Testsystem nach Anspruch 11, dadurch gekennzeichnet, dass ein Binden des zweiten Aptamers (
14 ) einer Reaktionseinheit (10 ) mit einem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur die enzymatische Reaktion des mit diesem Bindungsbereich (22 ) gekoppelten Enzyms (20 ) mit dem Substrat (32 ) inhibiert. - Testsystem nach Anspruch 12, dadurch gekennzeichnet, dass der Bindungsbereich jeweils im Bereich des katalytischen Zentrums (
22 ) des Enzyms (20 ) liegt und dieses durch das Binden des zweiten Aptamers (14 ) blockiert wird. - Testsystem nach einem der Ansprüche 11 bis 13, dadurch gekennzeichnet, dass die mit den Bindungsbereichen (
22 ) gekoppelten Enzyme (20 ) sowie die oligofunktionalen Reaktionseinheiten (10 ) in einer ersten Zone (50 ) eines porösen Trägers enthalten sind, wobei wenigstens die oligofunktionalen Reaktionseinheiten (10 ) in trockenem Zustand des porösen Trägers räumlich fixiert und nach Benetzung der ersten Zone (50 ) mit der Testflüssigkeit (58 ) wenigstens innerhalb der ersten Zone (50 ) beweglich sind, so dass eine kompetitive Reaktion der oligofunktionalen Reaktionseinheiten (10 ) mit den Analyten (18 ) einerseits und den Bindungsbereichen (22 ) andererseits erfolgen kann, und wobei die Substrate (32 ) in einer der ersten Zone (50 ) benachbarten zweiten Zone (52 ) enthalten und in trockenem Zustand des porösen Trägers in der zweiten Zone (52 ) fixiert und nach Benetzung der zweiten Zone (52 ) mit der Testflüssigkeit (58 ) von der zweiten Zone (52 ) in die erste Zone (50 ) beweglich sind. - Testsystem nach Anspruch 14, dadurch gekennzeichnet, dass die erste und die zweite Zone (
50 ;52 ) mittels einer semipermeablen Membran (54 ), die ein Übertreten der Enzyme (20 ) von der ersten Zone (50 ) in die zweite Zone (52 ) verhindert und ein Übertreten der Substrate (32 ) von der zweiten Zone (52 ) in die erste Zone (50 ) gestattet, voneinander getrennt sind. - Testsystem nach einem der Ansprüche 14 oder 15, dadurch gekennzeichnet, dass die Enzyme (
20 ) dauerhaft in der ersten Zone (50 ) fixiert sind. - Testsystem nach einem der Ansprüche 14 bis 16, dadurch gekennzeichnet, dass die erste Zone und die zweite Zone in zwei übereinanderliegenden Schichten (
50 ;52 ) des porösen Trägers angeordnet sind. - Testsystem nach einem der Ansprüche 14 bis 17, dadurch gekennzeichnet, dass die erste Zone in wenigstens eine erste Teilzone, welche die Enzyme enthält, und eine zweite Teilzone, welche die Reaktionseinheiten enthält, unterteilt ist.
- Testsystem nach Anspruch 18, dadurch gekennzeichnet, dass die erste Teilzone und die zweite Teilzone in zwei übereinanderliegenden Schichten des porösen Trägers angeordnet sind.
- Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektionsstruktur eine Spezies von mit Bindungsbereichen der Detektionsstruktur gekoppelten, ersten fluoreszenzaktiven Komponenten umfasst.
- Testsystem nach Anspruch 20, dadurch gekennzeichnet, dass die Reaktionseinheiten jeweils mit einer zweiten fluoreszenzaktiven Komponente versehen sind, die in Abhängigkeit von dem Bindungszustand des zweiten Aptamers mit einem Bindungsbereich der Detektionsstruktur mit der ersten fluoreszenzaktiven Komponente, die mit dem Bindungsbereich gekoppelt ist, in optisch detektierbarer Weise wechselwirkt.
- Testsystem nach Anspruch 21, dadurch gekennzeichnet, dass die miteinander wechselwirkenden ersten und zweiten fluoreszenzaktiven Komponenten jeweils einen Partner eines FRET-Paares darstellen.
- Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektionsstruktur eine partikelförmige Direktmarkierung umfasst.
- Testsystem nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, dass die Detektionsstruktur eine flächen- und/oder massenbelegungsempfindliche Sensoranordnung umfasst.
- Testsystem nach Anspruch 24, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensoreinheit zu mechanischen Schwingungen anregbar und ihre mechanische Impedanz durch Spektralanalyse der resultierenden mechanischen Schwingungen messbar ist.
- Testsystem nach einem der Ansprüche 24 oder 25, dadurch gekennzeichnet, dass die Sensoranordnung eine Mehrzahl von mit den zweiten Aptameren bindungsfähigen Bindungsbereichen aufweist.
- Testsystem nach einem der Ansprüche 24 oder 25, dadurch gekennzeichnet, eine Spezies von Mittlereinheiten vorgesehen ist, die jeweils einen mit dem zweiten Aptamer bindungsfähigen Bindungsbereich aufweisen, wobei die Mittlereinheiten in Abhängigkeit von dem Bindungszustand ihrer Bindungsbereiche mit der Sensoreinheit koppelbar sind.
- Testverfahren zum Nachweis einer Spezies von Analyten (
18 ) in einer Testflüssigkeit (58 ) unter Detektion eines von einer Detektionsstruktur (20 ) abhängigen Signals, wobei eine Spezies oligofunktionaler Reaktionseinheiten (10 ), die jeweils wenigstens ein mit einem Analyten (18 ) bindungsfähiges, erstes Aptamer (12 ) und wenigstens ein mit dem ersten Aptamer (12 ) verknüpftes und mit Bindungsbereichen (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) bindungsfähiges, zweites Aptamer (14 ) aufweisen, über Bindungen erster Aptamere (12 ) mit Analyten (18 ) und über Bindungen zweiter Aptamere (14 ) mit Bindungsbereichen (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) binden, dadurch gekennzeichnet, dass das erste Aptamer (12 ) und das zweite Aptamer (14 ) jeder Reaktionseinheit (10 ) derart miteinander verknüpft sind, dass ein Binden des ersten Aptamers (12 ) einer Reaktionseinheit (10 ) mit einem Analyten (18 ) ein simultanes Binden des zweiten Aptamers (14 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) mit einem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) inhibiert und ein Binden des zweiten Aptamers (14 ) einer Reaktionseinheit (10 ) mit einem Bindungsbereich (22 ) der Detektionsstruktur (20 ) ein simultanes Binden des ersten Aptamers (12 ) derselben Reaktionseinheit (10 ) mit einem Analyten (18 ) inhibiert.
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