DE10057894A1 - Diagnose-Kit, DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs - Google Patents
Diagnose-Kit, DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei HodenkrebsInfo
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Abstract
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Diagnose-Kit, ein DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs, wie sie insbesondere im Rahmen der Krebsvor- und -nachsorge von größter Wichtigkeit sind. Die vorliegende Erfindung beruht dabei im wesentlichen darauf, daß die mRNS von Hodentumormarkern in einer Blutprobe nachgewiesen wird, wobei die Tumormarker eine tumorassoziierte Genexpression darstellen. Hierfür kommen insbesondere beta-hCG, AFP, PLAP oder GCAP in Frage. Der Nachweis der mRNS erfolgt durch reverse Transkription in cDNS und anschließende Amplifikation ausgewählter Abschnitte der cDNS mittels Polymerasekettenreaktion.
Description
Die vorliegende Erfindung betrifft ein Diagnose-Kit,
einen DNS-Chip sowie ein Verfahren zur Diagnostik
oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs. Im Rahmen
der Krebsvor- und -nachsorge ist es von großer Wich
tigkeit, maligne Hodentumore bzw. rezidive, maligne
Hodentumore anhand des Auftretens metastasierender
Tumorzellen im Blut frühzeitig nachweisen zu können.
Hodenkrebs ist für weniger als 2% aller bösartigen
Neubildungen von Tumoren beim Mann verantwortlich.
Allerdings handelt es sich bei 20-30% aller Krebser
krankungen unter 40jähriger Männer um Hodenkrebs. Die
Zahl der jährlichen Neuerkrankungen beispielsweise in
der Bundesrepublik Deutschland beträgt ca. 3600, wo
bei ca. 240 Männer an Hodenkrebs sterben. Die höchste
Inzidenz findet man dabei zwischen dem 25. und
40. Lebensjahr. Durch den Fortschritt in der onkologischen
Therapie können heute über 90% aller Betroffe
nen langfristig geheilt werden. Die hohen Überlebens
raten begründen sich dabei in der ausgeprägten Wirk
samkeit der cis-Platin-basierenden Chemotherapien.
Dabei gilt es, im klinischen Stadium 1 der Erkrankung
zu entscheiden, ob der Patient mit einer Chemothera
pie und/oder mit einer Operation belastet werden muß,
um einen dauerhaften Heilungserfolg zu erzielen. Eine
große Anzahl von Patienten wird dabei chemotherapeu
tisch behandelt, obwohl kein gesicherter Nachweis ei
ner Metastasierung vorliegt. In den Konzepten, die
auf einer reinen Überwachung aufbauen, kommt es je
doch in 25% der Fälle zu Rezidiven mit zum Teil töd
lichem Ausgang.
Bei den derzeit angewandten Untersuchungsmethoden
werden bei Krebspatienten sogenannte Tumormarker auf
Proteinebene (immunologisch bzw. enzymatisch) quanti
tativ im Blut oder in anderen Körperflüssigkeiten er
mittelt. Diese Nachweisverfahren sind jedoch für die
Tumordiagnostik bzw. Behandlungskontrolle/Nachsorge
bei Hodentumor nur bedingt geeignet, da erhöhte Tu
mormarkerwerte in Körperflüssigkeiten auch durch
nichttumoröse Erkrankungen, wie beispielsweise Ent
zündungen des Magen-Darm-Traktes, Leberzirrhose, Vi
rusinfekte oder starkes Rauchen, hervorgerufen werden
können.
Molekulargenetische Verfahren erscheinen hier für den
Nachweis von Tumorzellen im peripheren Blut hilf
reich, da am Beginn des Metastasierungsprozesses der
Übertritt von Tumorzellen ins venöses Blut stehen
kann.
Die EP 0 520 794 B1 offenbart ein derartiges Verfah
ren, bei dem Metastasierungen in Körpergeweben oder
Flüssigkeiten erfaßt werden. Dabei werden Nukleinsäu
ren erfaßt, beispielsweise mittels Vervielfältigung
durch Polymerase-Kettenreaktion. Das Verfahren beruht
nun entscheidend darauf, daß die nachgewiesene Nu
kleinsäuresequenz in allen Zellen des Herkunftsgewe
bes eines Tumors exprimiert wird, d. h. sowohl in den
gesunden Zellen als auch in den Tumorzellen des Her
kunftsgewebes. Weitere Bedingung ist, daß diese Se
quenz jedoch nicht in denjenigen Zellen exprimiert
wird, deren Gewebe untersucht wird. Wird also eine
entsprechende Sequenz in der untersuchten Probe ge
funden, so muß diese von verschleppten, d. h. metasta
sierenden Zellen eines ortsfremden Tumors herrühren.
Damit beruht dieses Verfahren letztlich auf dem Nach
weis von Zellen, die in der Blutprobe von gesunden
Personen nicht vorkommen.
Insgesamt ist festzustellen, daß die derzeit verwen
deten, diagnostischen Methoden zu ungenau sind, wenn
es um die Beurteilung der malignen Potenz von Resttu
moren nach durchgeführter Chemotherapie in den meta
stasierenden Stadien geht. Es gilt also weiterhin,
Nachweise für eine okkulte bzw. restliche Metastasie
rung zu finden, die eine rechtzeitige Einordnung in
die vielfältigen, primär kurativen, therapeutischen Op
tionen zulassen.
Aufgabe der vorliegenden Erfindung ist es daher, ein
Verfahren, ein Diagnose-Kit sowie einen Nukleinsäure-
Mikroarray zur Verfügung zu stellen, mit denen Tumor
zellen bei Hodentumorerkrankungen im peripheren Blut
nachgewiesen werden können.
Diese Aufgabe wird durch das Diagnose-Kit nach An
spruch 1, den Mikroarray nach Anspruch 22 sowie das
Verfahren nach Anspruch 25 und deren Verwendung nach
Anspruch 29 gelöst. Vorteilhafte Weiterbildungen des
erfindungsgemäßen Diagnose-Kits, Mikroarrays, Verfah
rens oder der Verwendungen werden in den jeweiligen,
abhängigen Ansprüchen gegeben.
Die vorliegende Erfindung beruht im wesentlichen dar
auf, daß nicht etwa auf immunologischer oder enzyma
tischer Ebene Hodentumormarker im Blut von Patienten
nachgewiesen werden, sondern daß die mRNS (Messenger-
Ribonukleinsäure) von Hodentumormarkern in einer
Blutprobe nachgewiesen wird, wobei die Tumormarker
eine tumorassoziierte Genexpression darstellen. Als
Marker für Hodentumoren werden erfindungsgemäß die β-
Untereinheit des humanen Choriongonadotropin (β-hCG),
die in Chorionkarzinomen sowie Keimzelltumoren des
Hodens exprimiert wird, das α-Fetoprotein (AFP), das
bei nicht-seminösen Hodentumoren exprimiert wird, die
Plazenta-spezifische, alkalische Phosphatase (PLAP)
und die Keimzell-spezifische, alkalische Phosphatase
(GCAP), die bei Hodentumoren exprimiert werden, er
faßt. Der Nachweis kann dabei für nur einen der Mar
ker oder auch für eine beliebige Anzahl dieser vier
Hodentumorenmarker in Kombination miteinander durch
geführt werden. Das erfindungsgemäße Kit kann daher
Oligonukleotidpaare für nur einen oder eine beliebige
Auswahl oder auch alle der vier Hodentumormarker ent
halten. Dadurch werden alle diejenigen Fälle nicht
erfaßt, bei denen beispielsweise aufgrund von anderen
Krankheiten ebenfalls die Hodentumormarker im Ur
sprungsgewebe exprimiert und als Protein in die Blut
bahn gelangen. Es werden folglich lediglich Zellen
erfaßt, die zum einen sich selbst in der Blutprobe
befinden und zum anderen den jeweiligen Hodentumormarker
exprimieren. Dabei handelt es sich folglich um
Tumorzellen, die aus ihrem ursprünglichen Hodentumor
gewebe stammen und in das Blut der Patienten ver
schleppt wurden. Da im Blut nicht an einem Hodentumor
Erkrankter die mRNA der untersuchten Marker nicht ex
primiert werden, zeigt sich eine direkte Korrelation
zwischen dem Auftreten der zugehörigen mRNA und einer
Metastasierung schon im frühen Stadium im Metasta
sierungsprozeß.
Vorteilhafterweise wird nicht nur die mRNS eines ein
zelnen Hodentumormarkers erfaßt, sondern eine Kombina
tion von Markern untersucht. Dadurch ist es möglich,
beispielsweise alle Hodenkrebsformen über ihre im
Blut metastasierenden Zellen erfassen zu können. Dies
bedeutet, daß sowohl seminomatöse als auch nichtsemi
nomatöse Hodenkrebsformen bzw. auch Mischtumore mit
Anteilen eines Seminoms und damit 90-95% aller ma
lignen Tumore des Hodens, nämlich sämtliche Keim
zelltumoren, erfaßt werden.
Im folgenden werden einige Beispiele erfindungsgemä
ßer Verfahren, hierzu verwendeter Diagnose-Kits und
dergleichen beschrieben.
Es zeigen:
Fig. 1 den Nachweis von PCR-Produkten über eine
gelelektrophoretische Trennung;
Fig. 2 ein weiteres Beispiel eines PCR-
Produktnachweises über gelelektrophoreti
sche Trennung;
Fig. 3 den Nachweis von PCR-Produkten über ABI-
Fragmentanalyse;
Fig. 4 den Nachweis von PCR-Produkten über ABI-
Fragmentanalyse, und
Fig. 5 einen weiteren Nachweis von PCR-Produkten
über ABI-Fragmentanalyse.
In einem ersten Schritt des erfindungsgemäßen Verfah
rens wird einem Patienten eine Blutprobe entnommen.
Aus einem Milliliter dieses Vollblutes (als EDTA-
Vollblut) erfolgt eine RNS-Aufarbeitung mit dem
QIAampRNA-Blood-Mini-Kit™ (Firma Qiagen, Hilden).
Kontaminationen mit genomischer DNS werden durch ei
nen zusätzlichen DNS-Verdau mit dem RNase-Free-DNase-
Set™, (Firma Qiagen, Hilden) auf der Säule vermie
den.
Anschließend wurde die RNS in einem entsprechenden
Volumen Wasser zusammen mit Oligo-(dT)15-Primern der
Firma Promega, Mannheim für 5 Minuten bei 65°C dena
turiert und anschließend direkt auf Eis inkubiert. Es
folgte eine cDNS-Synthese bei 37°C für eine Stunde
und eine nachfolgende Inaktivierung der zugegebenen,
reversen Transkriptase für 5 Minuten bei 93°C und
Abkühlung auf Eis. Die gesamte, reverse Transkription
wurde mittels des Sensiskript™-Reverse-Transkriptase-
Kit der Firma Qiagen, Hilden durchgeführt.
Der Reaktionsansatz für 20 µl für die cDNS-Synthese
ist in der nachfolgenden Tabelle 1 angegeben.
Im Anschluß an die reverse Transkription wurde eine
Multiplex-PCR mit β-Aktin als interner Kontrolle
durchgeführt. Der entsprechende Reaktionsansatz geht
aus Tabelle 2 im folgenden hervor.
Die PCR-Synthese erfolgte in einem
20-µl-Reaktionsansatz
Als Primer wurden die in der folgenden Tabelle 3 zu
sammengefaßten PCR-Primer eingesetzt.
Diese Primer wurden in den in Tabelle 4 aufgelisteten
Mengen und Kombinationen eingesetzt. Für den Nachweis
von GCAP/PLAP wurde eine nested-PCR durchgeführt mit
den in der Tabelle 3 angegebenen Primern.
Die für die Hodentumormarkereinzel
nachweise eingesetzten Primerkombina
tionen und -mengen sind spaltenweise
aufgeführt.
Die anschließende Multiplex-PCR wurde unter den in
Tabelle 5 angegebenen Bedingungen und bei den in Ta
belle 6 angegebenen, markerspezifischen Annealingtem
peraturen und Zyklenzahlen durchgeführt. In Tabelle 5
ist die Annealingtemperatur mit x angegeben, wobei
dabei jeweils die entsprechende Annealingtemperatur
aus Tabelle 6 verwendet wurde.
Das Ergebnis der RT-PCR wurde anschließend über Aga
rosegelelektrophorese ausgewertet. Hierzu wurden
25 µl des PCR- bzw. 10 µl des nested-PCR-Produktes
über ein 2,5%iges Agarosegel aufgetrennt und die
DNS-Banden mit Ethidiumbromid eingefärbt. Die Doku
mentation erfolgte mit Hilfe des DUO-Store-Systems
von Intas™.
Fig. 1 zeigt den Nachweis über UV-Detektion bei
260 nm eines derartigen Agarosegels nach Ethidiumbro
midfärbung. In den Spuren 1 und 5 sind jeweils Lei
tern mit Banden mit 100 Basenpaaren Abstand aufgetra
gen. Bei Fig. 1 handelt es sich dabei um ein Beispiel
für den Nachweis von Seminomen. In sämtlichen Spuren 2
bis 4, in denen die Marker AFP, β-hCG bzw.
GCAP/PLAP nachgewiesen werden sollten, wurde als in
terne Kontrolle auch β-Aktin nachgewiesen. Dieses
zeigt sich als Bande bei ca. 116 Basenpaaren. In Spur 2
ist keine Bande bei 357 Basenpaaren zu erkennen,
wie es beim Nachweis von AFP der Fall hätte sein sol
len. Demgegenüber ist jedoch in Spur 3 und Spur 4 ei
ne Bande bei 297 Basenpaaren bzw. bei 247 Basenpaaren
zu erkennen, so daß zum einen β-hCG als auch durch
eine nested-PCR GCAP bzw. PLAP nachgewiesen wurde.
Fig. 2 zeigt ein entsprechendes, mit Ethidiumbromid
gefärbtes Agarosegel, wobei hier jedoch nicht die für
Seminome typischen Tumormarker PLAP/GCAP zu erkennen
sind sondern entsprechende Banden in Spur 2 bei
357 Basenpaaren (AFP, schwache Bande in Spur 2) und in
Spur 3 bei 297 Basenpaaren (hCG, starke Bande in Spur 3).
In Spur 4 ist keine Bande für GCAP/PLAP (bei
247 Basenpaaren für nested-PCR) zu erkennen. Hier wurde
folglich ein Nicht-Seminom nachgewiesen, das die Mar
ker AFP und β-hCG exprimiert.
Alternativ zu der Auswertung per Agarosegelelektro
phorese wurde eine ABI-Fragmentanalyse durchgeführt.
Hierzu wurde ein ABI-Prism-310-Genetic-Analyser der
Firma PE Applied Biosystems, Weiterstadt, eingesetzt.
Dazu wurden jeweils 1 µl des PCR-Produktes bzw. 1 µl
der nested-PCR in der Verdünnung 1 : 50 eingesetzt.
Fig. 3 zeigt ein Chromatogramm einer ABI-Fragment
anlayse, bei der unmittelbar sowohl der Peak des PCR-
Produktes für β-Aktin bei 116 Basenpaaren als auch
der Peak des PCR-Produktes für GCAP/PLAP in der ne
sted-PCR bei 247 Basenpaaren zu erkennen ist.
Fig. 4 zeigt ein weiteres Chromatogramm, bei dem die
Banden der PCR-Produkte für β-Aktin sowie für β-hCG
bei 297 Basenpaaren zu erkennen ist.
Fig. 5 zeigt ein weiteres Beispiel eines Chromato
gramms der ABI-Fragmentanalyse einer Probe, bei der
neben der β-Aktin-Bande bei 116 Basenpaaren auch die
Bande des PCR-Produktes für AFP bei 357 Hasenpaaren
vorliegt.
Damit ist gezeigt, daß die entsprechenden Hodentumor
marker, wie beschrieben und beansprucht, nachgewiesen
werden können.
Zentral für die Qualität des Nachweises der isolier
ten RNS und der daraus synthetisierten cDNS ist die
Anreicherung der hierfür verwendeten Zellfraktion aus
der verwendeten Blutprobe. Hierfür wurden beispiel
haft drei Verfahren durchgeführt:
- a) Es wurde durch wiederholte Zentrifugation nach Erythrozytenlyse die mRNS angereichert. Hierzu wurden 1 ml EDTA-Blut aus der Blutprobe 5 Volu mina Erythrozyten-Lysepuffer (siehe QIAamp Blood- Kit der Firma Qiagen, Hilden) zugegeben und an schließend für 20 min auf Eis lysiert. Anschlie ßend wurde zentrifugiert, und nach Abnehmen des Lysates von den pelletierten Zellen und der Re suspendierung der Zellen in Erythrozyten-Lyse puffer erfolgte eine erneute Zentrifugation bei 3000 g für 20 min. Nach Abnehmen des Überstandes steht die pelletierte Leukozytenfraktion für die RNS-Präparation, wie oben beschrieben, zur Verfü gung.
- b) Es wurde alternativ eine Anreicherung der Zellen durch Dichtegradienten-Zentrifugation durchge führt. Hierbei lassen sich Zellen unterschiedli cher, mittlerer Volumendichte mittels eines über Zentrifugation erzeugten Dichtegradienten von einander trennen. Mononukleare Blutzellen wurden beispielsweise mittels eines Ficoll-Hypaque- Gradienten (Firma Pharmacia, Uppsala, Schweden) separiert und anschließend zweifach mit PBS/1% FCS gewaschen.
- c) Als weitere Alternative wurden die Tumorzellen
durch ein FACS-Durchflußzytometer angereichert.
Hierzu wurden die mononuklearen Zellen aus der mittels des Verfahrens unter a) oder b) angerei cherten Fraktion mit fluoreszenzmarkierten, mono klonalen Antikörpern gegen tumorspezifische Oberflächenproteine inkubiert. Die markierten Zellen wurden anschließend zweifach mit PBS ge waschen, und im Anschluß wurden insgesamt 107 Zellen in 1 ml PBS resuspendiert. Anschließend erfolgt die Isolierung der Tumorzellen mittels fluoreszenzassoziierter Zellsortierung, wozu ein FACS-Vantage-SE-Durchflußzytometer der Firma Becton Dickinson verwendet wurde. Die sortierten Zellen wurden dann in ein 1,5-ml-Reaktionsgefäß, das mit 1 ml PBS gefüllt war, überführt.
Alternativ zur oben beschriebenen RNS-Isolierung ist
es auch möglich, die isolierte Fraktion mononuklearer
Blutkörperchen, wie sie oben unter a) und b) be
schrieben sind, in TRIzol-Reagenz der Firma Gibco
BRL, NY, USA aufzunehmen, zu lysieren und mittels Pi
pette zu homogenisieren. Anschließend wird die RNS-
haltige, wäßrige Phase aus einer Chloroform-Extraktion
in Isopropanol bei -80°C gefällt. Nach zweimaligem
Waschen in 80%igem Ethanol wird das Pellet an der
Luft getrocknet und anschließend in RNase-freiem Was
ser resuspendiert.
Die Analyse der mittels der PCR amplifizierten Frag
mente kann noch durch weitere Verfahren erfolgen. Zum
einen wurde beispielhaft 1 µl der PCR amplifizierten
Fragmente auf einen DNA500-LabChip der Firma Agilent
Technologies, Waldbronn, aufgetragen, mittels eines
Agilent-2100-Bioanalyzers (Firma Agilent Technolo
gies, Waldbronn) getrennt und das Trennergebnis zeit
gleich dokumentiert. Das Resultat ist dann elektro
nisch speicherbar.
Alternativ ist eine Quantifizierung über fluoreszenz
basierte Echtzeit-PCR möglich. Hierzu wird dem PCR-
Ansatz eine sequenzspezifische, fluoreszenzmarkierte
Hybridisierungsprobe zugesetzt, durch die nach jedem
Zyklus der PCR mittels der von ihr emittierten Fluo
reszenz die Produktentwicklung, d. h. die Amplifikati
on, verfolgt werden kann. Anhand spezieller Standards
können dann Rückschlüsse auf die Mengen an Ausgangs-
RNS gezogen werden. Damit ist auch eine Quantifizie
rung der in der Blutprobe vorliegenden Hodentumoras
soziierten RNS und folglich eine direkte Aussage über
das Ansprechen auf eine gewählte Therapiemethode mög
lich. Dieses Verfahren kann beispielsweise mit einem
Light-Cycler™ der Firma Roche, Basel oder einem Taq-
Man™ der Firma PE Applied Biosystems, Weiterstadt,
wie es bereits hinlänglich aus der Literatur bekannt
ist, durchgeführt werden.
Claims (46)
1. Diagnose-Kit zur Diagnostik oder Behandlungskon
trolle von Hodentumoren mit:
mindestens einem Paar Oligonukleotide (Reverse primer, Forwardprimer),
wobei die beiden Oligonukleotide des Paares als Primer zur Amplifikation mittels Polymeraseket tenreaktion jeweils eines der beiden komplemen tären Stränge eines gesuchten DNS-Abschnittes geeignet sind, und
wobei der gesuchte DNS-Abschnitt Teil der cDNS zu einem der Tumormarkerproteine α-Fetoprotein (AFP), β-Untereinheit des humanen Choriongona dotropin (β-hCG), plazenta-spezifische, alkali sche Phosphatase (PLAP) und/oder keimzell- spezifische, alkalische Phosphatase (GCAP) ist.
mindestens einem Paar Oligonukleotide (Reverse primer, Forwardprimer),
wobei die beiden Oligonukleotide des Paares als Primer zur Amplifikation mittels Polymeraseket tenreaktion jeweils eines der beiden komplemen tären Stränge eines gesuchten DNS-Abschnittes geeignet sind, und
wobei der gesuchte DNS-Abschnitt Teil der cDNS zu einem der Tumormarkerproteine α-Fetoprotein (AFP), β-Untereinheit des humanen Choriongona dotropin (β-hCG), plazenta-spezifische, alkali sche Phosphatase (PLAP) und/oder keimzell- spezifische, alkalische Phosphatase (GCAP) ist.
2. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß es mindestens drei
Paare Oligonukleotide (Reverseprimer, Forward
primer) enthält,
wobei die beiden Oligonukleotide der jeweiligen Paare als Primer zur Amplifikation mittels Poly merasekettenreaktion jeweils eines der beiden komplementären Stränge verschiedener, gesuchter DNS-Abschnitte geeignet sind, und
wobei die gesuchten DNS-Abschnitte jeweils Teil der c-DNS zu verschiedenen Tumormarkerproteinen, ausgewählt aus den Tumormarkerproteinen α- Fetoprotein (AFP), β-Untereinheit des humanen Choriongonadotropin (β-hCG), plazenta-spezi fische, alkalische Phosphatase (PLAP) und/oder keimzell-spezifische, alkalische Phosphatase (GCAP) sind.
wobei die beiden Oligonukleotide der jeweiligen Paare als Primer zur Amplifikation mittels Poly merasekettenreaktion jeweils eines der beiden komplementären Stränge verschiedener, gesuchter DNS-Abschnitte geeignet sind, und
wobei die gesuchten DNS-Abschnitte jeweils Teil der c-DNS zu verschiedenen Tumormarkerproteinen, ausgewählt aus den Tumormarkerproteinen α- Fetoprotein (AFP), β-Untereinheit des humanen Choriongonadotropin (β-hCG), plazenta-spezi fische, alkalische Phosphatase (PLAP) und/oder keimzell-spezifische, alkalische Phosphatase (GCAP) sind.
3. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es minde
stens ein weiteres Paar Oligonukleotide (Rever
seprimer, Forwardprimer) enthält,
wobei die beiden Oligonukleotide des Paares als
Primer zur Amplifikation mittels Polymeraseket
tenreaktion der Reaktionsprodukte einer Polyme
rasekettenreaktion mit einem der anderen Oligo
nukleotidpaare geeignet sind.
4. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es ein wei
teres Paar Oligonukleotide enthält, die jeweils
als Primer zur Amplifikation zumindest eines Ab
schnitts eines der beiden komplementären Stränge
der cDNS zu dem Protein β-Aktin als interne Kon
trolle geeignet sind.
5. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß die beiden Oligonu
kleotide eines Paares paarweise die folgenden
Sequenzen aufweisen:
CTCTTCAGCAAAGCAGACTTC und GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG und GGGAGTCGGGATGGACTTGGAA
und/oder
GGCTCTGTCCAAGACATACA und ACCTTGGCTGTAGTCATCTG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG und CTAGGATCACATCAATGTCC.
CTCTTCAGCAAAGCAGACTTC und GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG und GGGAGTCGGGATGGACTTGGAA
und/oder
GGCTCTGTCCAAGACATACA und ACCTTGGCTGTAGTCATCTG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG und CTAGGATCACATCAATGTCC.
6. Diagnose-Kit nach einem der beiden vorhergehen
den Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zu
mindest jeweils eines der beiden Oligonukleotide
eines Paares von Oligonukleotiden mit Fluoropho
ren markiert ist.
7. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß die Oligonukleotide
verschiedener Paare mit verschiedenen Fluoropho
ren markiert sind.
8. Diagnose-Kit nach einem der Ansprüche 4 bis 7,
dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid
mit der Sequenz:
GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG
mit dem Fluorophor
Carboxyfluorescein
markiert ist.
GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG
mit dem Fluorophor
Carboxyfluorescein
markiert ist.
9. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es zur Am
plifikation der cDNS zu β-Aktin ein Paar Oligo
nukleotide mit den folgenden Sequenzen enthält:
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT und AGCACTGTGTTGGCGTACAG.
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT und AGCACTGTGTTGGCGTACAG.
10. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß zumindest jeweils
eines der beiden Oligonukleotide des Paares zur
Amplifikation der cDNS zu β-Aktin mit Fluoropho
ren markiert ist.
11. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid
mit folgender Sequenz:
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT
mit dem Fluorophor
4,7,2',4',5',7'-Hexachloro-6-Carboxyfluorescein
markiert ist.
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT
mit dem Fluorophor
4,7,2',4',5',7'-Hexachloro-6-Carboxyfluorescein
markiert ist.
12. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es die zur
Durchführung einer Polymerasekettenreaktion er
forderlichen Substanzen enthält.
13. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es als zur
Durchführung einer Polymerasekettenreaktion erforderliche
Substanzen eine Pufferlösung, Mag
nesiumchlorid, Desoxynukleotid-Triphosphate so
wie eine hitzestabile Polymerase enthält.
14. Diagnose-Kit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß es als hitzestabile
Polymerase eine Polymerase aus Thermus aquaticus
(Taq-Polymerase) enthält.
15. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es als Po
sitivkontrolle eine DNS-Probe mit dem jeweils
gesuchten DNS-Abschnitt enthält.
16. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es
eine Anleitung zur Durchführung der Polymer
asekettenreaktion und/oder
eine Anleitung zur Durchführung einer Fragment
analyse enthält.
17. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es ein
Schema zur Auswertung der erhaltenen Meßergeb
nisse enthält.
18. Diagnose-Kit nach einem der vorhergehenden An
sprüche, dadurch gekennzeichnet, daß es einen
Mikroarray (DNS-Chip) enthält, wobei der Array
eine Anzahl voneinander getrennter Zellen (Fel
der) aufweist und in mindestens einer Zelle des
Mikroarrays ein Oligonukleotid angeordnet ist,
das mit dem gesuchten DNS-Abschnitt hybridi
siert.
19. Diagnosekit nach dem vorhergehenden Anspruch,
dadurch gekennzeichnet, daß in mindestens einer
weiteren Zelle des Mikroarrays ein weiteres Oli
gonukleotid angeordnet ist und die Sequenz des
Oligonukleotids, das in der mindestens einen
Zelle angeordnet ist, sich von der Sequenz des
weiteren Oligonukleotids unterscheidet.
20. Diagnose-Kit nach einem der beiden vorhergehen
den Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß in
mindestens zwei Zellen jeweils ein Oligonukleo
tid angeordnet ist, wobei die in verschiedenen
Zellen angeordneten Oligonukleotide jeweils mit
verschiedenen, gesuchten DNS-Abschnitten hybridi
sieren.
21. Mikroarray zur Diagnostik oder Behandlungskon
trolle von Hodentumoren, beispielsweise DNS-
Chip, mit einer Anordnung von mehreren, von
einander getrennten Zellen, dadurch gekennzeich
net, daß in mindestens einer Zelle ein Oligonu
kleotid angeordnet ist, das mit einem DNS-
Abschnitt hybridisiert, der Teil der cDNS zu ei
nem der Tumormarkerproteine α-Fetoprotein (AFP),
β-Untereinheit des humanen Choriongonadotropin
(β-hCG), plazenta-spezifische, alkalische Phos
phatase (PLAP) und/oder keimzellspezifische, al
kalische Phosphatase (GCAP) ist.
22. Mikroarray nach Anspruch 21, dadurch gekenn
zeichnet, daß in zwei bis vier Zellen jeweils
verschiedene Oligonukleotide angeordnet sind,
die mit jeweils zwei bis vier verschiedenen DNS-
Abschnitten, die Teil der cDNS von jeweils ver
schiedenen Tumormarkerproteinen, ausgewählt aus
den Tumormarkerproteinen α-Fetoprotein (AFP), β-
Untereinheit des humanen Choriongonadotropin (β-
hCG), plazenta-spezifische, alkalische Phosphata
se (PLAP) und/oder keimzell-spezifische, alkali
sche Phosphatase (GCAP) sind, hybridisieren.
23. Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskon
trolle von Hodentumoren bei einem Menschen, da
durch gekennzeichnet, daß in einer Blutprobe des
Menschen das Vorhandensein oder Fehlen von mRNS
erfaßt wird, die für mindestens eines der Tumor
markerproteine α-Fetoprotein (AFP), β-Unterein
heit des humanen Choriongonadotropin (β-hCG),
plazenta-spezifische, alkalische Phosphatase
(PLAP) und/oder keimzell-spezifische, alkalische
Phosphatase (GCAP) kodiert und daraus auf das
Vorhandensein von Tumorzellen in der Blutprobe
und damit auf mögliche Metastasierung geschlos
sen wird.
24. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß die mRNS in herkömmli
cher Weise unmittelbar aus der Vollblutprobe
isoliert wird.
25. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß anschließend an die
Isolation der mRNS ein DNS-Verdau durchgeführt
wird.
26. Verfahren nach einem der Ansprüche 23 bis 25,
dadurch gekennzeichnet, daß die RNS-haltigen Be
standteile der Blutprobe zuerst aufkonzentriert
werden und anschließend diese Fraktion unter
sucht wird.
27. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zur Aufkonzentration
der RNS-haltigen Bestandteile mindestens eine
Zentrifugation der Blutprobe zur Pelletierung
der in ihr enthaltenen Leukozyten durchgeführt
wird.
28. Verfahren nach einem der beiden vorhergehenden
Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß zur Auf
konzentration der RNS-haltigen Bestandteile eine
Lyse darin enthaltener Erythrozyten durchgeführt
und anschließend die nichtlysierten Leukozyten als
Fraktion pelletiert und für die weitere Diagnose
gewonnen werden.
29. Verfahren nach einem der Ansprüche 26 bis 28,
dadurch gekennzeichnet, daß zur Aufkonzentration
der RNS-haltigen Bestandteile mindestens eine
Dichtegradienten-Zentrifugation der Blutprobe
zur Abseparierung und Gewinnung der in ihr ent
haltenen, mononuklearen Blutzellen durchgeführt
wird.
30. Verfahren nach einem der Ansprüche 27 bis 29,
dadurch gekennzeichnet, daß die gewonnenen, mono
nuklearen Blutzellen mit fluoreszenzmarkierten
Antikörpern markiert und mittels fluoreszenzas
soziierter Zellsortierung (FACS) von der Probe
abgetrennt und gewonnen werden.
31. Verfahren nach einem der Ansprüche 27 bis 30,
dadurch gekennzeichnet, daß die mononuklearen
Zellen der gewonnenen Fraktion lysiert und die
mRNS abgetrennt wird.
32. Verfahren nach einem der Ansprüche 24 bis 31,
dadurch gekennzeichnet, daß die gewonnene mRNS
in cDNS revers transkribiert wird und anschlie
ßend das Vorhandensein oder Fehlen der cDNS er
faßt wird, die dem Tumormarkerprotein zugeordnet
ist.
33. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zumindest ein vorbe
stimmter Abschnitt der cDNS durch Polymerase-
Kettenreaktion ("PCR") bzw. verschachtelte Poly
merase-Kettenreaktion ("nested
PCR") vervielfältigt wird.
34. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zur Vervielfältigung
der cDNS eines oder mehrere Oligonukleotid-Paare
verwendet werden, die die folgenden Sequenzen
aufweisen:
CTCTTCAGCAAAGCAGACTTC und GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG und GGGAGTCGGGATGGACTTGGAA
und/oder
GGCTCTGTCCAAGACATACA und ACCTTGGCTGTAGTCATCTG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG und CTAGGATCACATCAATGTCC.
CTCTTCAGCAAAGCAGACTTC und GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG und GGGAGTCGGGATGGACTTGGAA
und/oder
GGCTCTGTCCAAGACATACA und ACCTTGGCTGTAGTCATCTG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG und CTAGGATCACATCAATGTCC.
35. Verfahren nach Anspruch 34, dadurch gekennzeich
net, daß die Oligonukleotide mit der Sequenz:
GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG
mit dem Fluorophor
Carboxyfluorescein
markiert sind.
GCTGACATTATTATCGGACAC
und/oder
CTACTGCCCCACCATGACCCG
und/oder
AACCAGTGCAACACGACACG
mit dem Fluorophor
Carboxyfluorescein
markiert sind.
36. Verfahren nach einem der Ansprüche 23 bis 35,
dadurch gekennzeichnet, daß als interne Kontrol
le die mRNS des Proteins β-Aktin bestimmt wird.
37. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß die mRNS für β-Aktin
in cDNS revers transkribiert und ein Abschnitt
der cDNS mittels Polymerasekettenreaktion ver
vielfältigt wird.
38. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zur Vervielfältigung
der cDNS des β-Aktins ein Oligonukleotid-Paar
verwendet wird, wobei die Oligonukleotide des
Paares die folgenden Sequenzen aufweisen:
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT und AGCACTGTGTTGGCGTACAG.
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT und AGCACTGTGTTGGCGTACAG.
39. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß das Oligonukleotid mit
der Sequenz:
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT
mit dem Fluorophor
4,7 2',4',5',7'-Hexachloro-6-Carboxyfluorescein
markiert ist.
CTCTTCCAGCCTTCCTTCCT
mit dem Fluorophor
4,7 2',4',5',7'-Hexachloro-6-Carboxyfluorescein
markiert ist.
40. Verfahren nach einem der Ansprüche 33 bis 39,
dadurch gekennzeichnet, daß der vervielfältigte
cDNS-Abschnitt durch geeignete Restriktionsenzy
me verdaut und anhand der erzeugten cDNS-
Bruchstücke das Vorhandensein oder Fehlen der
mRNS eines Tumormarkerproteins bestimmt wird.
41. Verfahren nach einem der Ansprüche 33 bis 39,
dadurch gekennzeichnet, daß zum Nachweis der am
plifizierten cDNS-Abschnitte eine Gelelektropho
rese der PCR-Produkte durchgeführt wird.
42. Verfahren nach einem der Ansprüche 33 bis 39,
dadurch gekennzeichnet, daß zum Nachweis der am
plifizierten cDNS-Abschnitte eine Fragmentanaly
se durchgeführt wird.
43. Verfahren nach einem der Ansprüche 33 bis 39,
dadurch gekennzeichnet, daß während des Verlaufs
der Polymerasekettenreaktion die von den Produk
ten erzeugte Fluoreszenz erfaßt und die Produk
tentwicklung erfaßt wird (fluoreszenzbasierte
Echtzeit-PCR).
44. Verfahren nach einem der Ansprüche 23 bis 39,
dadurch gekennzeichnet, daß zum Nachweis der
mRNS oder cDNS ein Nukleotid-Mikroarray nach ei
nem der Ansprüche 21 oder 22 verwendet wird.
45. Verfahren nach dem vorhergehenden Anspruch, da
durch gekennzeichnet, daß zum Nachweis der am
plifizierten cDNS das PCR-Produkt auf ein Nu
kleotid-Mikroarray nach einem der Ansprüche 21
oder 22 aufgetragen wird.
46. Verwendung eines Diagnose-Kits, eines Mikro
arrays und/oder eines Verfahrens nach einem der
vorhergehenden Ansprüche zur Diagnose von Er
krankungen oder Metastasierung oder zur Behand
lungskontrolle bei Hodentumor.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10057894A DE10057894A1 (de) | 2000-11-22 | 2000-11-22 | Diagnose-Kit, DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10057894A DE10057894A1 (de) | 2000-11-22 | 2000-11-22 | Diagnose-Kit, DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE10057894A1 true DE10057894A1 (de) | 2002-06-06 |
Family
ID=7664216
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE10057894A Withdrawn DE10057894A1 (de) | 2000-11-22 | 2000-11-22 | Diagnose-Kit, DNS-Chip sowie Verfahren zur Diagnostik oder Behandlungskontrolle bei Hodenkrebs |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE10057894A1 (de) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
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2000
- 2000-11-22 DE DE10057894A patent/DE10057894A1/de not_active Withdrawn
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Title |
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Datenbank Genbank, Datenbankeintrag Nr. M14170 vom 31.10.1994 [recherchiert am 26.07.2001] * |
Datenbank Genbank, Datenbankeintrag Nr. M16110 (nur Seite 1) vom 03.06.1997 [recherchiert am 26.07.2001] Datenbank Genbank, Datenbankeintrag Nr. J00117 vom 10.04.1996 [recherchiert am 26.07.2001] * |
Sequenzvergleich von SEQ ID NO 1 mit Genbank Nr. M16110 [recherchiert am 26.07.2001 mit Stand- ard-BLAST] * |
Sequenzvergleich von SEQ ID NO 2 mit Genbank Nr. M16110 [recherchiert am 26.07.2001 mit Stand- ard-BLAST] * |
Sequenzvergleich von SEQ ID NO 3 mit Genbank Nr. J00117 [recherchiert am 26.07.2001 mit Stand- ard-BLAST] * |
Sequenzvergleich von SEQ ID NO 4 mit Genbank Nr. J00117 [recherchiert am 26.07.2001 mit Stand- ard-BLAST] * |
Sequenzvergleich von SEQ ID NO 5 mit Genbank * |
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