CN1997662A

CN1997662A - 基于细菌粘附素融合序列、hr1序列和hr2序列的抑制剂

Info

Publication number: CN1997662A
Application number: CNA2005800226863A
Authority: CN
Inventors: V·马斯格阿尼; R.拉普奥里; B.卡普奇; S.萨维诺; M.B.阿科
Original assignee: Chiron SRL
Current assignee: GSK Vaccines SRL
Priority date: 2004-07-06
Filing date: 2005-07-06
Publication date: 2007-07-11
Also published as: WO2006006074A3; EP1784418A2; MX2007000188A; WO2006006074A2; NZ552429A; BRPI0513152A; JP2008505881A; CA2572873A1; JP2008056669A; AU2005261358A1; GB0415160D0; RU2007104232A; US20090176699A1

Abstract

脑膜炎奈瑟氏球菌中的已知表面粘附素(NadA)，其含有存在于病毒包膜蛋白中的融合肽、HR1重复和HR2重复所对应的序列。因此可用融合抑制剂来抑制脑膜炎球菌感染，本发明提供了一种能结合脑膜炎球菌表面NadA粘附素的七残基重复序列HR1和/或HR2，从而抑制脑膜炎球菌感染宿主生物或传播已存在的感染的化合物。

Description

基于细菌粘附素融合序列、HR1序列和HR2序列的抑制剂

文中引用的所有文件全文纳入本文作为参考。

技术领域

本发明涉及抗菌药领域，尤其是预防脑膜炎球菌感染的抗菌药。

背景技术

脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)是一种革兰氏阴性有荚膜菌，它聚集在约10％人群的上呼吸道内。每10,000受聚集的人(或每100,000人)中大约会发生1例细菌进入血流的情况，细菌在其中增殖并造成败血症。通过血流细菌可通过血脑屏障并造成脑膜炎。这两种疾病都是破坏性的，尽管可获得有效抗生素，每年也会杀死5-15％受感染的儿童和青年。存活的人中有高至25％的人留下永久性后遗症。

人们已经进行了制造预防脑膜炎球菌感染的疫苗的广泛工作{1}，但很少有工作提供不基于免疫的感染抑制剂。本发明的一个目的是提供这种不基于免疫的脑膜炎球菌感染的抑制剂。

发明概述

有包膜病毒进入靶宿主细胞要求它们各自的脂双层膜融合。已经详细描述了HIV的进入机制：HIV的包膜糖蛋白gp120结合人靶细胞上的CD4+受体导致构象变化，从而使得gp120能够与宿主细胞上的趋化因子受体相互作用；gp120结合共同受体造成随后病毒跨膜糖蛋白gp41的构象改变，暴露gp41的“融合肽”，该融合肽插入细胞膜；称为HR1的gp41的螺旋区然后与gp41上类似的螺旋区HR2相互作用，导致将两个螺旋“拉紧”在一起并介导细胞膜和病毒膜的融合。

Enfuvirtide(也称为“T-20”或“Fuzeon^TM”{2})是一种原型“融合抑制剂”抗-HIV药。它是一种线形36-氨基酸合成肽，能通过结合gp41中的HR1七残基重复区和防止膜融合所需的构象变化而抑制HIV/T细胞相互作用。Enfuvirtide基于HR2序列并被认为可作为天然HR1/HR2相互作用的竞争性抑制剂。

这种膜融合机制在病毒中是典型的，但发明人发现，脑膜炎奈瑟氏球菌中已知的表面粘附素(NadA){3}含有与融合肽HR1重复和HR2重复一致的序列(见图1)。NadA中的序列不具有任何与病毒序列类似的明显序列，而是基于NadA与SARS冠状病毒刺突蛋白的结构相似性鉴别的。这一惊人的发现说明，融合抑制剂可用于抑制脑膜炎球菌感染。

NadA HR1和HR2的结合剂

因此，本发明提供了一种能结合脑膜炎球菌表面NadA粘附素的七残基重复序列HR1和/或HR2，从而抑制脑膜炎球菌感染宿主生物或传播已存在的感染的能力的化合物。

以MC58菌株序列(SEQ ID NO：1)作为基准，NadA的HR1区位于残基117-152之间。同样以菌株MC58为基准，HR2区位于残基261-299之间。通过与MC58序列简单比对可以鉴定在其它菌株中的相应坐标。

因此，本发明还提供了能结合脑膜炎球菌表面NadA粘附素的HR1和/或HR2区域的化合物，按照菌株MC58中NadA序列的编号，其中所述HR1序列位于残基117-152之间，按照菌株MC58中NadA序列的编号，其中所述HR2序列位于残基261-299之间。菌株MC58是用于测定血清群B基因组的序列的菌株{4}并且是可广泛获得的(例如ATCC BAA-335)。

流感嗜血杆菌埃及生物群

同在脑膜炎奈瑟氏球菌(N.meningitides)的NadA粘附素中鉴定出HR1和HR2序列一样，发明人已在造成巴西紫癜热(BPF)的流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)埃及(aegyptius)生物群的HadA粘附素{5；文中的SEQ ID NO：35}中发现了HR1和HR2序列。HadA中的序列不具有任何类似于病毒序列的明显序列，而是基于与NadA的结构类似性鉴别的。与病毒HR序列的惊人类似性说明，融合抑制剂可用于抑制流感嗜血杆菌(H.influenzae)感染。

因此，本发明提供了能结合嗜血杆菌(尤其是流感嗜血杆菌，更尤其是埃及生物群)表面HadA粘附素的七残基重复序列HR1和/或HR2，从而抑制嗜血杆菌感染宿主生物或传播已存在的感染的能力的化合物。

以F3031菌株序列(SEQ ID NO：35)作为基准，HadA的HR1区位于残基71-91之间。同样以菌株F3031为基准，HR2区位于残基120-183之间。通过与F3031序列简单比对可以鉴定在其它菌株中的相应坐标。

因此，本发明还提供了能结合嗜血杆菌表面HadA粘附素的HR1和/或HR2区的化合物，按照菌株F3031中HadA序列的编号，其中所述HR1序列位于残基71-91之间，按照菌株F3031中HadA序列的编号，其中所述HR2序列位于残基120-183之间。菌株F3031是BPF克隆{6}并且是可广泛获得的(例如ATCC 49252)。

寡肽

本发明的化合物将通常是寡肽，例如由不多于z个氨基酸构成的肽，其中的z是50或更小(例如49、48、47、46、45、44、43、42、41、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6等)。

本发明提供了含有选自下组的氨基酸序列的片段的寡肽：SEQ ID NO：12、SEQ IDNO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：1 5、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：40，其中所述片段由所述SEQ ID中的n个连续氨基酸构成，且其中的n是5或更大(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45等)。

本发明还提供了含有选自下组的氨基酸序列的片段的寡肽：SEQ ID NO：12、SEQID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：40，其中所述片段由所述SEQ ID中的n个连续氨基酸构成，且其中的n是5或更大(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45等)，前提是，与所述SEQ ID相比所述片段含有m个氨基酸取代，其中的m是1和n/4之间的整数。

m的值优选1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。m个氨基酸通常被A、C、D、E、F、G、H、I、K、L、M、N、P、Q、R、S、T、V、W或Y取代。m个取代基各自可以相同或不同。优选被G，或者更优选被A取代。取代氨基酸可以是L-或D-氨基酸，但当其它n-m个氨基酸都具有单一立体构型时(即都为D-或都为L-时)，取代取代氨基酸优选也具有该立体构型(当然，尽管G没有立体异构体)。

当n个氨基酸的片段包含C时，m的值优选至少为1，从而使得C被其它氨基酸(如S)取代。用这种方式除去C能提高对氧化的抗性。

SEQ ID NO：12的优选片段也是SEQ ID NO：5的片段。SEQ ID NO：13的优选片段也是SEQ ID NO：6的片段。SEQ ID NO：14的优选片段也是SEQ ID NO：7的片段。SEQ ID NO：15的优选片段也是SEQ ID NO：8的片段。SEQ ID NO：16的优选片段也是SEQ ID NO：10的片段。SEQ ID NO：17的优选片段也是SEQ ID NO：11的片段。SEQ ID NO：39的优选片段也是SEQ ID NO：37的片段。SEQ ID NO：40的优选片段也是SEQ ID NO：38的片段。

特别优选的寡肽包含以下氨基酸序列之一或由以下氨基酸序列之一构成：SEQ IDNO：4、5、6、7、8、9、10、11、29、30、31、37和38。

多肽

本发明的化合物可以是例如由2-1000个氨基酸构成的多肽。所述多肽优选由不多于250个氨基酸构成(例如不多于225、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、95、90、80、70、60或不多于50个)。

所述多肽可具有下式：NH₂-A-(B-C)_n-D-COOH，其中：n是1-5的整数，-A-是含有a个氨基酸的任意N-末端序列；(各)-B-是含有SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：39和/或SEQ ID NO：40中b个连续氨基酸的片段的氨基酸序列；(各)-C-是由c个氨基酸构成的任意接头序列；-D-是由d个氨基酸构成的任意C-末端序列。b的值是5或更大(例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45等)。优选片段如上所述(即SEQ ID NO：4-11和29-31)。

在一些多肽中，-B-部分(或一个或多个各-B-部分)的氨基酸序列可含有m个氨基酸取代，其中m是如上文定义的1和n/4之间的整数。

n个-B-各自可以与另一-B-相同或相互不同。

a的值通常至少为1(例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500等)，但也可以是0(即-A-不存在)。典型的-A-部分的例子包括引导蛋白质运输的前导序列，或者便于克隆或纯化的短肽序列(例如组氨酸标签，即His_n，其中n＝3、4、5、6、7、8、9、10或更大)。其它合适的N-末端氨基酸序列也是精通本领域的技术人员显见的。

d的值通常至少为1(例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500等)，但也可以是0(即-D-不存在)。典型的-D-部分的例子包括引导蛋白质运输的前导序列、便于克隆或纯化的短肽序列(例如包含组氨酸标签，即His_n，其中n＝3、4、5、6、7、8、9、10或更大)、或者增强蛋白质稳定性的序列。其它合适的C-末端氨基酸序列也是精通本领域的技术人员显见的。

a+d的值可以是0或更大(例如至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500等)。优选a+d的值最多为1000(例如最多900、800、700、600、500、450、400、350、300、250、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、25、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2)。

-A-的氨基酸序列通常与NadA(或者可用的话，HadA)序列(例如在SEQ ID NO：1或2或35中)中-B-序列N-末端的a个氨基酸有低于x％的序列相同性，-D-的氨基酸序列通常与NadA(或HadA)序列(例如在SEQ ID NO：1或2或35中)中-B-序列C-末端的d个氨基酸有低于y％的序列相同性。通常，x和y的值都为60或更小(例如50、40、30、20、10或更小)。x和y的值可以相同或者相互不同。

各c的值通常至少为1(例如至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250、300、350、400、450、500等)，但也可以是0(即-C-不存在)。n个c的值可以各自相同或者相互不同。

n个C各自可以与另一C相同或者相互不同。

-C_n-(即第n个-C-部分)的氨基酸序列通常与NadA(或者HadA)序列(例如在SEQ IDNO：1或2或35中)中-B_n-序列C-末端的c个氨基酸有低于z％的序列相同性。通常，z的值为60或更小(例如50、40、30、20、10或更小)。当n＞1时，各z的值可以相同或者相互不同。

n的值优选是1，此时该多肽具有式NH₂-A-B-C-D-COOH。

本发明的肽

本发明的多肽(包括寡肽，统称为“肽”)可以是线形、分支或环状的，但优选是直链氨基酸。当存在半胱氨酸残基时，本发明的肽可通过二硫键与其它肽相连。本发明的肽可含有L-氨基酸和/或D-氨基酸。优选包含D-氨基酸以赋予对哺乳动物蛋白酶类的抗性。

本发明的肽的N-末端残基可被共价修饰。合适的共价基团包括，但不限于：乙酰基(如Fuzeon^TM中的)；疏水基团；苄氧羰基；丹酰基；叔丁氧羰基；酰氨基；9-芴甲氧羰基(FMOC)；脂质；脂肪酸；聚乙烯；糖类；等等。

类似地，肽的C-末端残基可被共价修饰(例如氨甲酰，如Fuzeon^TM中的，等等)。合适的共价基团包括，但不限于：乙酰基(如Fuzeon^TM中的)；疏水基团；酰氨基；苄氧羰基；丹酰基；叔丁氧羰基；9-芴甲氧羰基(FMOC)；脂质；脂肪酸；聚乙烯；糖类；等等。

本发明的肽可用各种方法制造。

优选的制造方法包括体外化学合成法{7，8}。特别优选固相肽合成法，如基于t-Boc或Fmoc的化学方法{9}。也可部分或全部采用酶合成法{9}。

作为化学合成法的替代，也可采用生物合成法，例如可通过翻译制造肽。这可在体外或体内进行。生物方法通常局限于制造基于L-氨基酸的肽，但可对翻译机(例如氨酰基-tRNA分子)进行处理以引入D-氨基酸(或其它非天然氨基酸，如碘化酪氨酸、甲基苯丙氨酸、叠氮高丙氨酸(azidohomoalanine)等){11}。然而，当本发明的肽包含D-氨基酸时，优选采用化学合成法。

通过生物方法制造肽得到了具有N-末端甲硫氨酸残基的肽。当本发明的肽的N-末端不是甲硫氨酸时，则需通过例如蛋白水解消化除去该残基(以及任何其它无关残基)。

为便于肽的生物合成，本发明提供了编码本发明的肽的核酸。核酸可以是DNA或RNA(或其杂合)，或者它们的类似物，如含有修饰的主链的核酸(如硫代磷酸酯)或肽核酸(PNA)。核酸可以是单链的(例如mRNA)或双链的，本发明包括双链核酸的各条链(例如出于反义、引导或探测的目的)。核酸可以是线性或环状的。核酸可被标记。核酸可附于固体支持物。

当然，本发明的核酸可用多种方法制备，例如，通过全部或部分化学合成(例如DNA的亚磷酰胺合成)，通过较长分子的核酸酶消化，通过较短分子的连接，来自基因组文库或cDNA文库，通过采用聚合酶等。

本发明提供了含有本发明核酸的载体(例如质粒)(例如表达载体和克隆载体)以及用这种载体转化的宿主细胞(原核或真核)。

药物设计和肽模拟学

本发明的肽本身就是有用的抗菌药。然而，可对它们进行精制以改进其抗菌活性或改进诸如生物利用度、毒理学、代谢、药代动力学等药理学重要特征。因此，所述肽可用作其它研究和精制的先导化合物。

本发明的肽可用于设计具有抗-脑膜炎球菌或抗-嗜血杆菌活性的肽模拟分子{例如参考文献12到18}。这些模拟分子通常与本发明的肽是等排的(isosteric)，但会缺少一个或多个肽键。例如，可用非肽主链代替肽主链而保留重要的氨基酸侧链。

所述肽模拟分子可包含糖氨基酸{19}。可采用类肽。

为辅助肽模拟分子设计，可定义对于KM肽的药效团(即代表负责活性的特定特征的化学特征和3D约束的集合)。药效团优选包括表面可接近(surface-accessible)特征，更优选包括氢键供体和受体、带电荷/可电离(ionisable)基团和/或疏水块区(patch)。可根据它们对于活性的相对重要性进行加权{20}。

药效团可用诸如CATALYST(包括HypoGen或HipHop){21}、CERIUS2等软件确定，或者可从本发明多肽的已知构象手工构建。采用诸如CATALYST的程序，可用药效团来筛选结构库。也可采用CLIX程序{22}，该程序检索结构数据库中候选分子的定向从而和与受体相互作用的化学基团产生最大空间重合。

结合表面或药效团可用来绘制官能团(例如质子、羟基、氨基、疏水基团)或小分子片段的有利相互作用位点。然后可从头设计化合物，在这些化合物中，有关官能团所处的空间关系与在本发明多肽基本相同。

可用具有正确大小和几何结构的桥接片段或用能够将官能团支持在有利方向的框架将官能团连接入单个化合物，从而提供本发明的肽模拟化合物。虽然或许在诸如QUANTA或SYBYL等软件的帮助下，用这种方式连接官能团虽然可手工完成，，但也可获得自动或半自动从头设计方法，如：

-MCSS/HOOK{23、24、21}，将多个官能团与取自数据库的分子模板相连；

-LUDI{25，21}，能计算被配体完美执行的相互作用位点，根据片段与受体相互作用的能力将片段放在结合位点，然后将它们相连以制造配体；

-MCDLNG{26}，用通用原子(generic atom)紧密压缩阵列填充受体结合位点，并采用Monte Carlo程序随机改变原子的类型、位置、键排列和其它特征；

-GROW{27}，从最初的“种子”片段(手工或自动放置的)开始，并使配体向外生长；

-SPROUT{28}，该程序组包括以下模块：鉴定结合口袋内有利氢键和疏水区的模块(HIPPO模块)；选择官能团并将它们放置在靶位点以形成用于结构生成的起始片段的模块(EleFAnT)；通过使间隔片段生长到起始片段上然后连接所得分开的骨架而生成满足结合口袋的空间约束的骨架的模块(SPIDeR)；将杂原子替代入骨架以产生静电特征与受体位点的静电特征互补的分子的模块(MARABOU)。解决方案可用ALLigaTOR模块聚集和储存；

-CAVEAT{29}，设计约束无环分子的连接单元；

-LEAPFROG{30}，通过作出小的逐步结构变化并迅速评价新化合物的结合能来评价配体。基于改变的结合能来保留或放弃变化，结构趋于提高与受体的相互作用能；

-GROUPBUILD{31}，采用通用有机模板库和配体和受体间非键相互作用的完全经验力场描述来构建在化学上具有合理结构并具有与受体结合位点互补的空间和静电特征的配体。

-RASSE{32}

这些方法鉴定了抗菌化合物。这些化合物可从头设计、可以是已知化合物、或者可基于已知化合物。化合物本身可以是有用的抗菌药，或者它们可以是用于进一步精制药物以提高结合亲和力或其它药理学重要特征(例如生物利用度、毒理学、代谢、药代动力学等)的原型(即先导化合物)。

因此，本发明提供了：(i)用这些药物设计方法鉴定的化合物；(ii)用这些药物设计方法鉴定的用作药物的化合物；(iii)用这些药物设计方法鉴定的化合物在制造例如用于预防脑膜炎球菌或嗜血杆菌感染的抗菌药中的应用；(iv)治疗患者的方法，包括给予有效量的用这些药物设计方法鉴定的化合物。

通过基于结构的设计技术在计算机上鉴定的配体除了本身是有用的化合物，也可作为“传统”体外或体内筛选方法的化合物库。可在化合物库(例如组合库)中鉴定和模拟配体的重要药物基序(motif)以筛选杀微生物和/或抗病毒活性。

减毒脑膜炎球菌

NadA粘附素在脑膜炎球菌上形成了暴露于表面的寡聚体并参与粘附上皮细胞{41}。粘附是脑膜炎球菌致病循环的一部分，将其抑制能使细菌减毒从而不能侵袭细胞和造成疾病，但不会损失细菌的全部免疫原性。根据本发明，抑制粘附的一个方法是从NadA中除去HR1、HR2或融合肽序列中的一个或多个。

因此，本发明提供了一种突变型NadA蛋白，其中的突变蛋白缺少HR1、HR2或融合序列中的一个或多个。

本发明还提供了突变型NadA蛋白，其中所述突变体不含有以下氨基酸序列中的一个或多个：(i)与SEQ ID NO：3至少p％相同的序列；(ii)与SEQ ID NO：5至少q％相同的序列；(iii)与SEQ ID NO：7至少r％相同的序列；(iv)与SEQ ID NO：10至少s％相同的序列。

p的值为50或更大。q的值为50或更大。r的值为50或更大。s的值为50或更大。p、q、r和s的值相互独立，通常为60、70、80、90、95、96、97、98、99或100。

氨基酸序列(i)、(ii)、(iii)和(iv)优选至少10个氨基酸长，更优选至少15个氨基酸长。

本发明还提供了突变型NadA蛋白，其包含氨基酸序列-A-B-C-D-E-F-G-H-I-，其中：-A-是与SEQ ID NO：1的氨基酸26-116有至少a％序列相同性的的氨基酸序列；-B-是与SEQ IDNO：1的氨基酸117-152有至少b％序列相同性的的氨基酸序列；-C-是与SEQ ID NO：1的氨基酸153-180有至少c％序列相同性的的氨基酸序列；-D-是与SEQ ID NO：1的氨基酸181-199有至少d％序列相同性的的氨基酸序列；-E-是与SEQ ID NO：1的氨基酸200-260有至少e％序列相同性的的氨基酸序列；-F-是与SEQ ID NO：1的氨基酸261-275有至少f％序列相同性的的氨基酸序列；-G-是与SEQID NO：1的氨基酸276-277有至少g％序列相同性的的氨基酸序列；-H-是与SEQ IDNO：1的氨基酸278-299有至少h％序列相同性的的氨基酸序列；-I-是与SEQ ID NO：1的氨基酸300-364有至少i％序列相同性的的氨基酸序列，条件是-B-、-D-、-F-或-H-中的至少一种在所述蛋白质中不存在。

a的值为50或更大。b的值为50或更大。c的值为50或更大。d的值为50或更大。e的值为50或更大。f的值为50或更大。g的值为50或更大。h的值为50或更大。i的值为50或更大。a、b、c、d、e、f、g、h和i的值相互独立，通常为60、70、80、90、95、96、97、98、99或100。

本发明还提供了编码这些突变型NadA蛋白的核酸。本发明还提供了表达所述核酸(a)的脑膜炎球菌，该菌在其表面呈递所述突变型NadA蛋白且不能结合和/或进入人上皮细胞。

可通过同源重组(例如用等基因删除技术)将这种突变体引入靶脑膜炎球菌以除去天然nadA序列。

减毒嗜血杆菌

根据本发明，抑制嗜血杆菌粘附的一种方法是从HadA中除去HR1、HR2或融合肽序列中的一个或多个。因此，本发明提供了一种突变型HadA蛋白，其中的突变蛋白缺少HR1、HR2或融合序列中的一个或多个。

本发明还提供了突变型HadA蛋白，其中所述突变体不含与SEQ ID NO：35有至少p％相同的氨基酸序列，其中，p的值为50或更大(例如60、70、80、90、95、96、97、98、99或100)。该氨基酸序列优选有至少10个氨基酸长，更优选至少15个氨基酸长。

本发明还提供了突变型HadA蛋白，其包含氨基酸序列-A-B-C-D-E-F-G-，其中：-A-是与SEQ ID NO：35的氨基酸27-50有至少a％序列相同性的的氨基酸序列；-B-是与SEQ ID NO：35的氨基酸51-67有至少b％序列相同性的的氨基酸序列；-C-是与SEQ ID NO：35的氨基酸68-70有至少c％序列相同性的的氨基酸序列；-D-是与SEQ ID NO：35的氨基酸71-91有至少d％序列相同性的的氨基酸序列；-E-是与SEQID NO：35的氨基酸92-119有至少e％序列相同性的的氨基酸序列；-F-是与SEQ IDNO：35的氨基酸120-183有至少f％序列相同性的的氨基酸序列；-G-是与SEQ ID NO：35的氨基酸184-256有至少g％序列相同性的的氨基酸序列，条件是-B-、-D-或-F-中的至少一种在所述蛋白质中不存在。

a的值为50或更大。b的值为50或更大。c的值为50或更大。d的值为50或更大。e的值为50或更大。f的值为50或更大。g的值为50或更大。a、b、c、d、e、f和g的值相互独立，通常为60、70、80、90、95、96、97、98、99或100。

本发明还提供了编码这些突变型HadA蛋白的核酸。本发明还提供了表达所述核酸(a)的嗜血杆菌，该菌在其表面呈递所述突变型HadA蛋白且不能结合和/或进入人上皮细胞。

可通过同源重组(例如用等基因删除技术)将这种突变体引入靶嗜血杆菌以除去天然hadA序列。

药物组合物

本发明提供了含有(a)本发明的肽和(b)药用载体的药物组合物。

组分(a)是组合物的活性组分，并以治疗有效量(例如足以抑制脑膜炎球菌或嗜血杆菌感染的量)存在。特定患者的精确有效量取决于他们的体形大小和健康状况、感染的本质和程度、以及所选用于给药的组合物或组合物的组合。有效量可通过常规试验确定，并在临床医生的判断范围之中。出于本发明的目的，有效剂量通常约为0.01mg/kg到5mg/kg，或约0.01mg/kg到50mg/kg，或约0.05mg/kg到10mg/kg。基于肽的药物组合物是本领域熟知的(例如FUZEON^TM)。组合物中可含有盐和/或酯形式的肽。

载体(b)可以是本身不诱导对接受组合物的个体有害的抗体产生且给予后不会产生过度毒性的任何物质。合适的载体一般是大的、缓慢代谢的大分子，例如蛋白质、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、聚氨基酸、氨基酸共聚物和无活性病毒粒子。这种载体是本领域技术人员所熟知的。药学上可接受的载体可包括液体，如水、盐水、甘油和乙醇。辅助物质如润湿剂或乳化剂、pH缓冲物质等也可存在于这种载体中。脂质体是合适的载体。药学上可接受的载体的详尽讨论见参考文献33。

脑膜炎球菌和嗜血杆菌感染影响身体的不同区域，因此本发明的组合物可制成各种形式。例如，可将组合物制成可注射形式，可以是液体溶液或悬液。也可制成适合在注射之前溶于或悬浮于液体载体的固体形式。组合物可被制成局部给药形式，如制成软膏剂、霜剂或粉剂。组合物可被制成口服给药形式，如制成片剂、胶囊或糖浆剂(任选经调味)。组合物可被制成肺部给药形式，如制成使用细粉或喷雾的吸入器。组合物可被制成栓剂或阴道栓。组合物可被制成鼻、耳或眼部给药形式，如制成滴剂、喷雾或粉剂{例如34}。组合物可含在漱口药中。组合物可被冻干。

药物组合物优选是无菌的。优选是无热原的。优选是经过缓冲的，例如pH在6和8之间，通常约为7。

本发明还提供了含有本发明药物组合物的递药装置。所述装置可以是，例如，注射器或吸入器。

本发明的肽可与一种或多种抗生素共同给予，优选与具有抗脑膜炎球菌和/或嗜血杆菌活性的抗生素共同给予。因此本发明的组合物可含有一种或多种抗生素。

医学治疗和应用

本发明提供了用作药物的本发明的化合物。本发明还提供了治疗被脑膜炎球菌和/或嗜血杆菌感染的患者的方法，该方法包括给予所述患者本发明的药物组合物。本发明还提供了本发明的化合物在制造用于治疗患者的药物中的应用。

患者优选是人。人可以是成人或优选儿童。用于儿童的组合物也可给予成人，例如来评估安全性、剂量、免疫原性等。

本发明组合物一般直接给予患者。可通过胃肠外注射(例如皮下、腹膜内、静脉内、肌肉内或注射到组织的胞间隙中)，或通过直肠、口服(例如片剂、喷雾)、阴道、局部、透皮{例如见参考文献35}或经皮{例如见参考文献36和37}、鼻内{例如见参考文献38}、眼部、耳部、肺部或其它粘膜给药来实现直接递送。

剂量治疗可以是单剂量方案或多剂量方案。

本发明的应用和方法可以是治疗性应用(例如用于治疗已有的细菌性和脑膜炎球菌性脑膜炎或BPF)或预防性应用(例如用于可能接触微生物以及要预防感染的情况)。优选治疗性应用，并且可通过在给予本发明的药物组合物之后监测细菌滴度或通过监测症状来测试治疗功效。

方法

本发明还提供了制造本发明的肽的方法，包括在诱导所述肽表达的条件下培养用本发明的核酸转化的宿主细胞的步骤。

本发明提供了制造本发明的肽的方法，包括通过化学方法合成所述肽的步骤。所述肽可完全或部分通过这种化学方法合成。

概述

术语“含有”包括“包含”以及“由……构成”，例如“含有”X的组合物可仅由X构成或可包含其它的物质，例如X+Y。

与数值x相关的术语“约”表示，例如x±10％。

“基本上”不排除“完全”，例如“基本上无”Y的组合物可完全无Y。“基本上”可视需要从本发明定义中省去。

提及两个氨基酸序列之间的序列相同性百分比时是指，当比对时，比较两个序列时相同的氨基酸的百分比。这种比对和同源性百分比或序列相同性可用本领域已知的软件程序来确定，例如参考文献39的7.7.18节所描述的那些。优选的比对可用仿射(affine)缺口检索通过Smith-Waterman同源性检索算法确定，缺口开放罚分为12，缺口延伸罚分为2，BLOSUM矩阵为62。Smith-Waterman同源性检索算法描述于参考文献40。

在肽序列中使用“NH₂”和“COOH”仅表示肽链从N-末端到C-末端的方向，而不表示N-末端残基必需是游离-NH₂基团，或者C-末端必需是游离-COOH基团(尽管不排除这种情况)。相反，N-和C-末端可被共价修饰。

本发明的化合物优选可抑制(a)NadA HR1和NadA HR2的相互作用，或(b)HadAHR1和HadAHR2的相互作用。

本发明化合物和NadA/HadA之间的结合相互作用是特异的。特异性在文中不表示该化合物不结合NadA/HadA之外的分子(例如它可结合其它粘附素或表面蛋白)，而是指该化合物在背景(即非特异性)水平之上结合NadA/HadA。例如，该化合物与NadA/HadA的结合较之与白蛋白、球蛋白等蛋白质的结合更加紧密。

附图简述

图1显示了来自菌株MC58的NadA，感兴趣的区域高亮显示。

图2显示了SARS E2(图2A)和NadA(图2B)的螺旋轮分析(helical wheel analysis)。

图3显示了(3A)流感HA和(3B)HadA的构象变化模型。

序列表简述

SEQ ID NO：	描述
SEQ ID NO：	描述	1	来自脑膜炎奈瑟氏球菌菌株MC58(GenBank登录号AAF42321)的NadA
2	来自脑膜炎奈瑟氏球菌菌株2996的NadA	1	来自脑膜炎奈瑟氏球菌菌株MC58(GenBank登录号AAF42321)的NadA
2	来自脑膜炎奈瑟氏球菌菌株2996的NadA	3	来自SEQ ID NO：1和2的融合肽
4	来自SEQ ID NO：1和2的HR1(24位的氨基酸X是E或A)	3	来自SEQ ID NO：1和2的融合肽
4	来自SEQ ID NO：1和2的HR1(24位的氨基酸X是E或A)	5	来自SEQ ID NO：1的HR1
6	来自SEQ ID NO：2的HR1	5	来自SEQ ID NO：1的HR1
6	来自SEQ ID NO：2的HR1	7	来自SEQ ID NO：1的HR2a
8	来自SEQ ID NO：2的HR2a	7	来自SEQ ID NO：1的HR2a
8	来自SEQ ID NO：2的HR2a	9	来自SEQ ID NO：1和2的HR2b(X：氨基酸4是T或N；氨基酸6是S或A；氨基酸7是D或N)
10	来自SEQ ID NO：1的HR2b	9	来自SEQ ID NO：1和2的HR2b(X：氨基酸4是T或N；氨基酸6是S或A；氨基酸7是D或N)
10	来自SEQ ID NO：1的HR2b	11	来自SEQ ID NO：2的HR2b
12	SEQ ID 5，在两个方向各延伸了5个氨基酸	11	来自SEQ ID NO：2的HR2b
12	SEQ ID 5，在两个方向各延伸了5个氨基酸	13	SEQ ID 6，在两个方向各延伸了5个氨基酸
14	SEQ ID 7，在两个方向各延伸了5个氨基酸	13	SEQ ID 6，在两个方向各延伸了5个氨基酸
14	SEQ ID 7，在两个方向各延伸了5个氨基酸	15	SEQ ID 8，在两个方向各延伸了5个氨基酸
16	SEQ ID 10，在两个方向各延伸了5个氨基酸	15	SEQ ID 8，在两个方向各延伸了5个氨基酸
16	SEQ ID 10，在两个方向各延伸了5个氨基酸	17	SEQ ID 11，在两个方向各延伸了5个氨基酸
18	SARS冠状病毒，E2蛋白	17	SEQ ID 11，在两个方向各延伸了5个氨基酸
18	SARS冠状病毒，E2蛋白	19-27	刺突蛋白融合序列
28	NadA融合序列	19-27	刺突蛋白融合序列
28	NadA融合序列	29-31	针对NadA合成的HR1、HR2a和HR2b序列
32	针对NadA合成的融合序列	29-31	针对NadA合成的HR1、HR2a和HR2b序列
32	针对NadA合成的融合序列	33	针对NadA的组合的融合序列
34	SARS序列	33	针对NadA的组合的融合序列
34	SARS序列	35	HadA
36	HadA融合序列	35	HadA
36	HadA融合序列	37	HadA HR1
38	HadA HR2	37	HadA HR1
38	HadA HR2	39-40	针对HadA合成的HR1和HR2序列

执行本发明的模式

脑膜炎球菌NadA

参考文献3公开了奈瑟氏菌属粘附素A-脑膜炎奈瑟氏球菌的一种表面蛋白一的细节。给出了来自26种不同脑膜炎球菌菌株的NadA序列，其中包括血清群A、B和C的菌株。可将序列分成三种不同等位基因。

在脑膜炎奈瑟氏球菌超毒谱系III、淋病奈瑟氏球菌(N.gonorrhoeae)、乳糖奈瑟氏球菌(N,lactamica)或灰色奈瑟氏球菌(N.cinerea)中未发现NadA。公开的脑膜炎球菌菌株Z2491血清群A的序列也不存在NadA。不同的序列已存储在GenBank，也可见于参考文献41的SEQ ID NO：1-14。

基于公开的序列和特征，技术人员能够鉴定脑膜炎球菌任何给定菌株的NadA序列(或其不存在)。

文中，SEQ ID NO：1是菌株MC58的NadA序列，它具有等位基因“1”。SEQ IDNO：2是菌株2996的NadA序列，它具有等位基因“3”。这两个序列的比对如下：

10 20 30 40 50 60

等位基因-3 MKHFPSKVLTTAILATFCSGALAATNDDDVKKAATVAIAAAYNNGQEINGFKAGETIYDI

|||||||||||||||||||||||||:||||||||||||:|||||||||||||||||||||

等位基因-1 MKHFPSKVLTTAILATFCSGALAATSDDDVKKAATVAIVAAYNNGQEINGFKAGETIYDI

10 20 30 40 50 60

70 80 90 100 110 120

等位基因-3 DEDGTITKKDATAADVEADDFKGLGLKKVVTNLTKTVNENKQNVDAKVKAAESEIEKLTT

||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

等位基因-1 GEDGTITQKDATAADVEADDFKGLGLKKVVTNLTKTVNENKQNVDAKVKAAESEIEKLTT

70 80 90 100 110 120

130 140 150 160 170 180

等位基因-3 KLADTDAALADTDAALDATTNALNKLGENITTFAEETKTNIVKIDEKLEAVADTVDKHAE

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

等位基因-1 KLADTDAALADTDAALDETTNALNKLGENITTFAEETKTNIVKIDEKLEAVADTVDKHAE

130 140 150 160 170 180

190 200 210 220 230 240

等位基因-3 AFNDIADSLDETNTKADEAVKTANEAKQTAEETKQNVDAKVKAAETAAGKAEAAAGTANT

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

等位基因-1 AFNDIADSLDETNTKADEAVKTANEAKQTAEETKQNVDAKVKAAETAAGKAEAAAGTANT

190 200 210 220 230 240

250 260 270 280 290 300

等位基因-3 AADKAEAVAAKVTDIKADIATNKDNIAKKANSADVYTREESDSKFVRIDGLNATTEKLDT

||||||||||||||||||||||| :||| ||| :

等位基因-1 AADKAEAVAAKVTDIKADIATNKADIAK--NSARI-------------------------

250 260 270

310 320 330 340 350 360

等位基因-3 RLASAEKSIADHDTRLNGLDKTVSDLRKETRQGLAEQAALSGLFQPYNVGRFNVTAAVGG

::|||:|::|||||||||||||||||||||||||||||||||||

等位基因-1 ----------------DSLDKNVANLRKETRQGLAEQAALSGLFQPYNVGRFNVTAAVGG

280 290 300 310

370 380 390 400

等位基因-3 YKSESAVAIGTGFRFTENFAAKAGVAVGTSSGSSAAYHVGVNYEW

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

等位基因-1 YKSESAVAIGTGFRFTENFAAKAGVAVGTSSGSSAAYHVGVNYEW

320 330 340 350 360

参考文献3显示NadA具有膜锚，蛋白质在脑膜炎球菌的膜中装配以形成通过卷曲螺旋域相连的寡聚体。

SARS冠状病毒刺突蛋白

已经报道了SARS冠状病毒的E2刺突蛋白。该蛋白的氨基酸序列在文中示于SEQID NO：18。SEQ ID NO：1和18(即NadA和E2)的CLUSTALW比对显示少于6％相同：

70 80 90 100 110 120

| | | | | |

NadA -----------------------------------------------------MSMKHFP

SARS PFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNS

130 140 150 160 170 180

| | | | | |

NadA SKVLTTAILATFCSGALAATSD--------------------------------------

SARS TNVVIRACNFELCDNPFFAVSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFK

190 200 210 220 230 240

| | | | | |

NadA -----------------------DDVKKAAT--------------------VAIVAAYNN

SARS HLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSP

250 260 270 280 290 300

| | | | | |

NadA GQEING----------FKAGETIYDIGEDGTIT--------------------------- ...

SARS AQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDAVDCSQNPLAELKCSVKSFEIDKGIY ...

370 380 390 400 410 420

| | | | | |

NadA --------------QKDATAADVEADDFKGLG--LKKVVTNLTKTVNE------------

SARS FSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCV

430 440 450 460 470 480

| | | | | |

NadA ---NKQNVDA-----------------KVKAAESEIEKLTT-------------------

SARS LAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLND

490 500 510 520 530 540

| | | | | |

NadA ---------------------KLADTDAALADTDAALDETTN------------------

SARS YGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTP

550 560 570 580 590 600

| | | | | |

NadA ------ALNKLGENITTFAEETK----TNIVKIDEKLEAVADTVDKHAEAFNDIADSLDE

SARS SSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEILDISPCSFGGVSVITPGTNASSEVAVLYQD

610 620 630 640 650 660

| | | | | |

NadA TN--------------------TKADEAVKTAN------EAKQTAEETKQNVDAKVKAAE

SARS VNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQTQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASY

670 680 690 700 710 720

| | | | | |

NadA TAAGKAEAAAG----------TANTAADKAEAVAAKVTDIKADIATNKADIAKNSARIDS

SARS HTVSLLRSTSQKSIVAYTMSLGADSSIAYSNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDC

730 740 750 760 770 780

| | | | | |

NadA ------------------------LDKNVANLRKET-RQGLAEQAALSGLFQPYNVGRFN

SARS NMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNRALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFG

790 800 810 820 830 840

| | | | | |

NadA ---------------------------VTAAVGGYKSESAVAIG----TGFRFTENF---

SARS GFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLFNKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGL

850 860 870 880 890 900

| | | | | |

NadA ----------------------AAKAGVAVGTSSGSSAAYHVGVNYEW------------ ...

SARS TVLPPLLTDDMIAAYTAALVSGTATAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYE ...

因此，单纯基于一级序列(是判断进化关系的有用标准)，1255聚病毒SARS蛋白和364聚细菌NadA蛋白似乎不相关。

下面给出了SARS E2蛋白的二级结构预测，其中C表示卷曲，H表示螺旋，E表示延伸序列：

10 20 30 40 50 60 70

| | | | | | |

MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSDTLYLTQDLFLPFYSNVTGFH

CeEEEEEEccCCCccceeeeCCCCCCCCCCCCCceEEEEEeCCcEEEEEEEEceEEEEEEeceEEcCeEe

TINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMNNKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFAV

ceeeeCCCceeeEeCCccecCCCCCCceEEEEEEEEccCCCcEEEEEeCCCEEEEEEEEEeccCCCCCCC

SKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDAFSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFLYVYKGYQPIDVVRDLP

CCCCCCeEEEEEEEcCCCCcEEEEEeeeEEEcCCCCCChhHHheEEEEeCCCEEEEEEcCCCCCCcCCCC

SGFNTLKPIFKLPLGINITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDAVDCSQ

CCCccccccceEEEeeeeceeeeEEEeccCcCCCcCCccchHHhhhccceEEEEEcCCCCEEEEeccCCC

NPLAELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVYAWERKKISNCVA

CCCceEEeCceEeeeCCcEEEeCCeEEEeCCEEEEEeCCCCCCCccceecCCCCCCccHHHhHHHhhcch

DYSVLYNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPGQTGVIADYNYKLPDDFMGCV

hHHHHHHhhceEEeeeeceeececcccceeeEeEeeEEEcCCCeeecccCCCceEeecccceCCccceEE

LAWNTRNIDATSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDISNVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIG

EEEeCCCCCCcCCCCCCCCceccccCccCCccCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCceeccCCcc

YQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTD

eeEEEEEEEEEeCCCCCcccCCCCcCCceEEeeeeEEEEeeccceeeeHHHHHHHhhHHHhheccCCCcc

SVRDPKTSEILDISPCSFGGVSVITPGTNASSEVAVLYQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQ

cccccCCCcEEEEEEccCceEEEEEeCCCCCCCceEEeeecceEEEeCCCCcccCCCCccccCCCCcHHH

TQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASYHTVSLLRSTSQKSIVAYTMSLGADSSIAYSNNTIAIPTNF

hhccceeeccCCCCCCCCCccCCCcceeEEeecceeeeeecCeEEEEEecCCCCCcccCCCCeEEeeCcc

SISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNRALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQM

EcccceEEEEEeCCceeecccccccCChHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHHhC

YKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLFNKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGL

CeeeEEecCCceecccCCCCCCCcCChHHHHHHHhccceeeeccceccccccCCCcccccEEEEEEcCCc

TVLPPLLTDDMIAAYTAALVSGTATAGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKQIANQFN

EeccCCCCcHHHHHHHHHHHhhhcCCCchhHhhHHHhccceeEeEhhhcCCcchhhHHHHHHHHHHHHHH

KAISQIQESLTTTSTALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLIT

HHHHHHHHhhHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH

GRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRVDFCGKGYHLMSFPQAAPHGVVFLHVTYV

HHHHHHHHHHHHHHhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccceccccchhHhheeeccCCCcEEEEEEEEE

PSQERNFTTAPAICHEGKAYFPREGVFVFNGTSWFITQRNFFSPQIITTDNTFVSGNCDVVIGIINNTVY

ECceeeeeccCCeeeeeeeecccCcEEEecCCEEEEcCCCccCCCcccCCCEEEEEEEEEEEeCCceecC

DPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDFGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQ

cCCCCCCcHHHHHHHHHHHhCCCCCCCCCcCcceeEeeeccHHHHHHHHHHHHHHhcchhhHHhCCcEEE

YIKWPWYVWLGFIAGLIAIVMVTILLCCMTSCCSCLKGACSCGSCCKFDEDDSEPVLKGVKLHYT

EecchHHHHHHHHHHHHhheeEEEEEEEeCCCCcceecCCCCCCCcccCCCCCCeEEcccEEEcC

二级结构显示，SARS E2蛋白(以及实际上许多其它有包膜病毒的融合蛋白)类似于NadA中所存在的：

MSMKHFPSKVLTTAILATFCSGALAATSDDDVKKAATVAIVAAYNNGQEINGFKAGETIYDIGEDGTITQ

CCCCCCCcHHHHHHHHHHHHhHhhhccCCHHHHHHHHHhhhhhhcCcceeecccCCeEeeccCCCCceec

KDATAADVEADDFKGLGLKKVVTNLTKTVNENKQNVDAKVKAAESEIEKLTTKLADTDAALADTDAALDE

chhhHHhhhHHhhhhCCCeeeehHHHHHHHhhhchHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcccccchHhccc

TTNALNKLGENITTFAEETKTNIVKIDEKLEAVADTVDKHAEAFNDIADSLDETNTKADEAVKTANEAKQ

cHHHHHHhcccHhHHHHhhccCccccchhHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhchHHHHHHHHhccHHH

TAEETKQNVDAKVKAAETAAGKAEAAAGTANTAADKAEAVAAKVTDIKADIATNKADIAKNSARIDSLDK

HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhhecCCCchHHHHhcccceEEEEehHHHHhcCCCccccCCcchHHHHH

NVANLRKETRQGLAEQAALSGLFQPYNVGRFNVTAAVGGYKSESAVAIGTGFRFTENFAAKAGVAVGTSS

HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHhcCCCCcceeEEEEEeCCCchhheeecCCccchhHHHHHhCCcEEEcCC

GSSAAYHVGVNYEW

CCcceeeeCeeecC

二级结构水平的这种类似性提示发明人，NadA可能具有病毒刺突蛋白的一些功能特征。具体地说，最近已显示HR2序列能抑制冠状病毒的进入以及膜融合{42}，正如从FUZEON^TM在HIV中的作用可以看出，因此发明人关注NadA以了解融合、HR1和HR2序列的可能位置。

NadA融合序列和七残基重复序列

下面显示了各种病毒刺突蛋白的融合肽序列，其后是共有序列：

MHV刺突 (971)KMIASAFNNALGAIQDGFD SEQ ID NO：19

BCV刺突 (1015)KLIANAFNNALDAIQEGFD SEQ ID NO：20

FIPV刺突 (1079)KILANAFNNAIGNITLALG SEQ ID NO：21

TGEV刺突 (1060)QILASAFNQAIGNITQSFG SEQ ID NO：22

Avian IBV刺突 (795)EKIAASFNKAIGHMQEGFR SEQ ID NO：23

HCoV 229E刺突 (792)KILAASFNKAMTNIVDAFT SEQ ID NO：24

HCoV OC43刺突 (1005)KLIANAFNNALYAIQEGFD SEQ ID NO：25

SARS 手性子刺突 (903)KQIANQFNKAISQIQESLT SEQ ID NO：26

共有序列 (1123)KIIANAFNNAIGNIQEGF SEQ ID NO：27

该共有序列被用来鉴定NadA(SEQ ID NO：1和2)中的融合序列：

179 KH-AEAFNDIADSLDETNT 196 SEQ ID NO：28

| | |||::: : | |

2 KIIANAFNNAIGNIQEGLT 19 SEQ ID NO：34

考虑到与SARS融合序列的类似性以及肽序列螺旋序列的两亲性，可将序列SEQID NO：28和SEQ ID NO：3鉴定为融合序列。将这两个序列组合得到了SEQ ID NO：33.

图2显示了E2(残基903-921)和NadA(残基181-199)的螺旋轮投影。疏水面清晰可见(框出的残基)。

如图1所示，在NadA(SEQ ID NO：1)中鉴定了七残基重复序列。

HR1序列对应于SEQ ID NO：1的残基117-152，显示为在a和d位置上有合适残基的规则abcdefg七残基重复。SEQ ID NO：2的HR1序列略有不同，具有Ala/Glu取代(比较SEQ ID NO：5和6；SEQ ID NO：4)。

观察到两个可能的HR2序列，第一个(HR2a)短于第二个(HR2b)。HR2a序列对应于SEQ ID NO：1的残基261-275，HR2b对应于残基278-299。HR2a序列所存在的区域与NadA等位基因1和3比对显示有明显的缺口，这反应在HR2a序列的C-末端(比较SEQ ID NO：7和8)。HR2b序列位于插入下游且更加密切相关(比较SEQ IDNO：10和11；SEQ ID NO：9)。

NadA HR1和HR2肽

基于脑膜炎球菌NadA和SARS冠状病毒刺突蛋白(见上文)之间的惊人关系、最近鉴定的HR2肽对防止冠状病毒进入的功效{42}、以及已知的HR2肽对阻止HIV活性的功效(即FUZEON^TM)，化学合成了作为寡肽的NadA的HR1和HR2序列以测试抗脑膜炎球菌的功效。

序列取自NadA(来自SEQ ID NO：2)的等位基因“3”。HR1寡肽为SEQ ID NO：29。HR2a寡肽为SEQ ID NO：30。HR2b寡肽为SEQ ID NO：31。这些序列各自基于在N-和C-末端方向上延伸3个氨基酸的“核心”序列(SEQ ID NO：6，8和11)。

还制备了基于融合肽的寡肽(SEQ ID NO：32)。

HadA HR1和HR2肽

来自BPF克隆F3031的全长HadA序列示于SEQ ID NO：35。对该序列进行分析显示有前导序列(氨基酸1-26)、可能的融合序列(51-67；SEQ ID NO：36)、HR1序列(71-21；SEQ ID NO：37)、HR2序列(120-183；SEQ ID NO：38)和膜锚(186-256)。这些特征如下所示，下划线表示(i)融合序列中的疏水残基或(ii)HR1和HR2中的七重复残基：

1 MKRNLLKQSVIAVLIGGTTVSNYALAQAQAQAQVKKDELSELKKQVKEMD

51 AAID GILDDN IAYE AE VDAK LDQHSAA LGRHTNR LNNTKTI AEKAKGDSS

101 EALDKIEALEEQNDEFLAD ITALEEG VDGLDDD ITGIQDN ISDIEDD INQ

151 NSAD IATNTAA IATHTQR LDNLDNR VNNLNKD LKRGLAAQAALNGLFQPY

201 NVGKLNLTAAVGGYKSQTAVAVGTGYRYNENIAAKAGVAFTHGGSATYNV

251 GVNFEW^*

流感病毒血球凝集素的pH依赖性构象改变模型示于图3A，图3B显示了HadA中的等价构象改变(以及通过模拟NadA)是如何涉及粘附的。

制备合成序列SEQ ID NO：39和SEQ ID NO：40用于融合研究。

应理解，仅通过举例的方式描述了本发明，可对其作出修饰而仍在本发明的范围和精神之内。

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序列表

<110>启龙有限公司(CHIRON SRL)

v.马斯格阿尼(MASIGNANI Vega)

<120>基于细菌粘附素融合序列、HR1序列和HR2序列的抑制剂

<130>P035703W0

<150>GB-0415160.11

<151>2004-07-06

<160>40

<170>SeqWin99，version 1.02

<210>1

<211>364

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>1

Met Ser Met Lys His Phe Pro Ser Lys Val Leu Thr Thr Ala Ile Leu

1 5 10 15

Ala Thr Phe Cys Ser Gly Ala Leu Ala Ala Thr Ser Asp Asp Asp Val

20 25 30

Lys Lys Ala Ala Thr Val Ala Ile Val Ala Ala Tyr Asn Asn Gly Gln

35 40 45

Glu Ile Asn Gly Phe Lys Ala Gly Glu Thr Ile Tyr Asp Ile Gly Glu

50 55 60

Asp Gly Thr Ile Thr Gln Lys Asp Ala Thr Ala Ala Asp Val Glu Ala

65 70 75 80

Asp Asp Phe Lys Gly Leu Gly Leu Lys Lys Val Val Thr Asn Leu Thr

85 90 95

Lys Thr Val Asn Glu Asn Lys Gln Asn Val Asp Ala Lys Val Lys Ala

100 105 110

Ala Glu Ser Glu Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp

115 120 125

Ala Ala Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Glu Thr Thr Asn Ala

130 135 140

Leu Asn Lys Leu Gly Glu Asn Ile Thr Thr Phe Ala Glu Glu Thr Lys

145 150 155 160

Thr Asn Ile Val Lys Ile Asp Glu Lys Leu Glu Ala Val Ala Asp Thr

165 170 175

Val Asp Lys His Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu Asp

180 185 190

Glu Thr Asn Thr Lys Ala Asp Glu Ala Val Lys Thr Ala Asn Glu Ala

195 200 205

Lys Gln Thr Ala Glu Glu Thr Lys Gln Asn Val Asp Ala Lys Val Lys

210 215 220

Ala Ala Glu Thr Ala Ala Gly Lys Ala Glu Ala Ala Ala Gly Thr Ala

225 230 235 240

Asn Thr Ala Ala Asp Lys Ala Glu Ala Val Ala Ala Lys Val Thr Asp

245 250 255

Ile Lys Ala Asp Ile Ala Thr Asn Lys Ala Asp Ile Ala Lys Asn Ser

260 265 270

Ala Arg Ile Asp Ser Leu Asp Lys Asn Val Ala Asn Leu Arg Lys Glu

275 280 285

Thr Arg Gln Gly Leu Ala Glu Gln Ala Ala Leu Ser Gly Leu Phe Gln

290 295 300

Pro Tyr Asn Val Gly Arg Phe Asn Val Thr Ala Ala Val Gly Gly Tyr

305 310 315 320

Lys Ser Glu Ser Ala Val Ala Ile Gly Thr Gly Phe Arg Phe Thr Glu

325 330 335

Asn Phe Ala Ala Lys Ala Gly Val Ala Val Gly Thr Ser Ser Gly Ser

340 345 350

Ser Ala Ala Tyr His Val Gly Val Asn Tyr Glu Trp

355 360

<210>2

<211>405

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>2

Met Lys His Phe Pro Ser Lys Val Leu Thr Thr Ala Ile Leu Ala Thr

1 5 10 15

Phe Cys Ser Gly Ala Leu Ala Ala Thr Asn Asp Asp Asp Val Lys Lys

20 25 30

Ala Ala Thr Val Ala Ile Ala Ala Ala Tyr Asn Asn Gly Gln Glu Ile

35 40 45

Asn Gly Phe Lys Ala Gly Glu Thr Ile Tyr Asp Ile Asp Glu Asp Gly

50 55 60

Thr Ile Thr Lys Lys Asp Ala Thr Ala Ala Asp Val Glu Ala Asp Asp

65 70 75 80

Phe Lys Gly Leu Gly Leu Lys Lys Val Val Thr Asn Leu Thr Lys Thr

85 90 95

Val Asn Glu Asn Lys Gln Asn Val Asp Ala Lys Val Lys Ala Ala Glu

100 105 110

Ser Glu Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala

115 120 125

Leu Ale Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Ala Thr Thr Asn Ala Leu Asn

130 135 140

Lys Leu Gly Glu Asn Ile Thr Thr Phe Ala Glu Glu Thr Lys Thr Asn

145 150 155 160

Ile Val Lys Ile Asp Glu Lys Leu Glu Ala Val Ala Asp Thr Val Asp

165 170 175

Lys His Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu Asp Glu Thr

180 185 190

Asn Thr Lys Ala Asp Glu Ala Val Lys Thr Ala Asn Glu Ala Lys Gln

195 200 205

Thr Ala Glu Glu Thr Lys Gln Asn Val Asp Ala Lys Val Lys Ala Ala

210 215 220

Glu Thr Ala Ala Gly Lys Ala Glu Ala Ala Ala Gly Thr Ala Asn Thr

225 230 235 240

Ala Ala Asp Lys Ala Glu Ala Val Ale Ala Lys Val Thr Asp Ile Lys

245 250 255

Ala Asp Ile Ala Thr Asn Lys Asp Asn Ile Ala Lys Lys Ala Asn Ser

260 265 270

Ala Asp Val Tyr Thr Arg Glu Glu Ser Asp Ser Lys Phe Val Arg Ile

275 280 285

Asp Gly Leu Asn Ala Thr Thr Glu Lys Leu Asp Thr Arg Leu Ala Ser

290 295 300

Ala Glu Lys Ser Ile Ala Asp His Asp Thr Arg Leu Asn Gly Leu Asp

305 310 315 320

Lys Thr Val Ser Asp Leu Arg Lys Glu Thr Arg Gln Gly Leu Ala Glu

325 330 335

Gln Ala Ala Leu Ser Gly Leu Phe Gln Pro Tyr Asn Val Gly Arg Phe

340 345 350

Asn Val Thr Ala Ala Val Gly Gly Tyr Lys Ser Glu Ser Ala Val Ala

355 360 365

Ile Gly Thr Gly Phe Arg Phe Thr Glu Asn Phe Ala Ala Lys Ala Gly

370 375 380

Val Ala Val Gly Thr Ser Ser Gly Ser Ser Ala Ala Tyr His Val Gly

385 390 395 400

Val Asn Tyr Glu Trp

405

<210>3

<211>19

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>3

Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu Asp Glu Thr Asn Thr

1 5 10 15

Lys Ala Asp

<210>4

<211>36

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>4

Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Ala

1 5 10 15

Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Xaa Thr Thr Asn Ala Leu Asn Lys Leu

20 25 30

Gly Glu Asn Ile

35

<210>5

<211>36

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>5

Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Ala

1 5 10 15

Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Glu Thr Thr Asn Ala Leu Asn Lys Leu

20 25 30

Gly Glu Asn Ile

35

<210>6

<211>36

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>6

Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Ala

1 5 10 15

Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Ala Thr Thr Asn Ala Leu Asn Lys Leu

20 25 30

Gly Glu Asn Ile

35

<210>7

<211>15

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>7

Ile Ala Thr Asn Lys Ala Asp Ile Ala Lys Asn Ser Ala Arg Ile

1 5 10 15

<210>8

<211>17

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>8

Ile Ala Thr Asn Lys Asp Asn Ile Ala Lys Lys Ala Asn Ser Ala Asp

1 5 10 15

Val

<210>9

<211>22

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>9

Leu Asp Lys Xaa Val Xaa Xaa Leu Arg Lys Glu Thr Arg Gln Gly Leu

1 5 10 15

Ala Glu Gln Ala Ala Leu

20

<210>10

<211>22

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>10

Leu Asp Lys Asn Val Ala Asn Leu Arg Lys Glu Thr Arg Gln Gly Leu

1 5 10 15

Ala Glu Gln Ala Ala Leu

20

<210>11

<211>22

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>11

Leu Asp Lys Thr Val Ser Asp Leu Arg Lys Glu Thr Arg Gln Gly Leu

1 5 10 15

Ala Glu Gln Ala Ala Leu

20

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<211>46

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>12

Ala Ala Glu Ser Glu Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr

1 5 10 15

Asp Ale Ala Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Glu Thr Thr Asn

20 25 30

Ala Leu Asn Lys Leu Gly Glu Asn Ile Thr Thr Phe Ala Glu

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<210>13

<211>46

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>13

Ala Ala Glu Ser Glu Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr

1 5 10 15

Asp Ala Ala Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Ala Thr Thr Asn

20 25 30

Ala Leu Asn Lys Leu Gly Glu Asn Ile Thr Thr Phe Ala Glu

35 40 45

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<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>14

Asp Ile Lys Ala Asp Ile Ala Thr Asn Lys Ala Asp Ile Ala Lys Asn

1 5 10 15

Ser Ala Arg Ile Asp Ser Leu Asp Lys

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<210>15

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<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>15

Asp Ile Lys Ala Asp Ile Ala Thr Asn Lys Asp Asn Ile Ala Lys Lys

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Ala Asn Ser Ala Asp Val Tyr Thr Arg Glu Glu

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<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>16

Ala Arg Ile Asp Ser Leu Asp Lys Asn Val Ala Asn Leu Arg Lys Glu

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Thr Arg Gln Gly Leu Ala Glu Gln Ala Ala Leu Ser Gly Leu Phe Gln

20 25 30

<210>17

<211>32

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>17

Thr Arg Leu Asn Gly Leu Asp Lys Thr Val Ser Asp Leu Arg Lys Glu

1 5 10 15

Thr Arg Gln Gly Leu Ala Glu Gln Ala Ala Leu Ser Gly Leu Phe Gln

20 25 30

<210>18

<211>1255

<212>PRT

<213>SRAS冠状病毒

<400>18

Met Phe Ile Phe Leu Leu Phe Leu Thr Leu Thr Ser Gly Ser Asp Leu

1 5 10 15

Asp Arg Cys Thr Thr Phe Asp Asp Val Gln Ala Pro Asn Tyr Thr Gln

20 25 30

His Thr Ser Ser Met Arg Gly Vel Tyr Tyr Pro Asp Glu Ile Phe Arg

35 40 45

Ser Asp Thr Leu Tyr Leu Thr Gln Asp Leu Phe Leu Pro Phe Tyr Ser

50 55 60

Asn Val Thr Gly Phe His Thr Ile Asn His Thr Phe Gly Asn Pro Val

65 70 75 80

Ile Pro Phe Lys Asp Gly Ile Tyr Phe Ala Ala Thr Glu Lys Ser Asn

85 90 95

Val Val Arg Gly Trp Val Phe Gly Ser Thr Met Asn Asn Lys Ser Gln

100 105 110

Ser Val Ile Ile Ile Asn Asn Ser Thr Asn Vel Val Ile Arg Ala Cys

115 120 125

Asn Phe Glu Leu Cys Asp Asn Pro Phe Phe Ala Val Ser Lys Pro Met

130 135 140

Gly Thr Gln Thr His Thr Met Ile Phe Asp Asn Ala Phe Asn Cys Thr

145 150 155 160

Phe Glu Tyr Ile Ser Asp Ala Phe Ser Leu Asp Val Ser Glu Lys Ser

165 170 175

Gly Asn Phe Lys His Leu Arg Glu Phe Val Phe Lys Asn Lys Asp Gly

180 185 190

Phe Leu Tyr Val Tyr Lys Gly Tyr Gln Pro Ile Asp Vel Val Arg Asp

195 200 205

Leu Pro Ser Gly Phe Asn Thr Leu Lys Pro Ile Phe Lys Leu Pro Leu

210 215 220

Gly Ile Asn Ile Thr Asn Phe Arg Ala Ile Leu Thr Ala Phe Ser Pro

225 230 235 240

Ala Gln Asp Ile Trp Gly Thr Ser Ala Ala Ala Tyr Phe Val Gly Tyr

245 250 255

Leu Lys Pro Thr Thr Phe Met Leu Lys Tyr Asp Glu Asn Gly Thr Ile

260 265 270

Thr Asp Ala Val Asp Cys Ser Gln Asn Pro Leu Ala Glu Leu Lys Cys

275 280 285

Ser Val Lys Ser Phe Glu Ile Asp Lys Gly Ile Tyr Gln Thr Ser Asn

290 295 300

Phe Arg Val Val Pro Ser Gly Asp Val Val Arg Phe Pro Asn Ile Thr

305 310 315 320

Asn Leu Cys Pro Phe Gly Glu Val Phe Asn Ala Thr Lys Phe Pro Ser

325 330 335

Val Tyr Ala Trp Glu Arg Lys Lys Ile Ser Asn Cys Val Ala Asp Tyr

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Ser Val Leu Tyr Asn Ser Thr Phe Phe Ser Thr Phe Lys Cys Tyr Gly

355 360 365

Val Ser Ala Thr Lys Leu Asn Asp Leu Cys Phe Ser Asn Val Tyr Ala

370 375 380

Asp Ser Phe Val Val Lys Gly Asp Asp Val Arg Gln Ile Ala Pro Gly

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Gln Thr Gly Val Ile Ala Asp Tyr Asn Tyr Lys Leu Pro Asp Asp Phe

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1025 1030 1035 1040

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1090 1095 1100

Ser Gly Asn Cys Asp Val Val Ile Gly Ile Ile Asn Asn Thr Val Tyr

1105 1110 1115 1120

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1140 1145 1150

Gly Ile Asn Ala Ser Val Val Asn Ile Gln Lys Glu Ile Asp Arg Leu

1155 1160 1165

Asn Glu Val Ala Lys Asn Leu Asn Glu Ser Leu Ile Asp Leu Gln Glu

1170 1175 1180

Leu Gly Lys Tyr Glu Gln Tyr Ile Lys Trp Pro Trp Tyr Val Trp Leu

1185 1190 1195 1200

Gly Phe Ile Ala Gly Leu Ile Ala Ile Val Met Val Thr Ile Leu Leu

1205 1210 1215

Cys Cys Met Thr Ser Cys Cys Ser Cys Leu Lys Gly Ala Cys Ser Cys

1220 1225 1230

Gly Ser Cys Cys Lys Phe Asp Glu Asp Asp Ser Glu Pro Val Leu Lys

1235 1240 1245

Gly Val Lys Leu His Tyr Thr

1250 1255

<210>19

<211>19

<212>PRT

<213>小鼠肝炎病毒

<400>19

Lys Met Ile Ala Ser Ala Phe Asn Asn Ala Leu Gly Ala Ile Gln Asp

1 5 10 15

Gly Phe Asp

<210>20

<211>19

<212>PRT

<213>牛冠状病毒

<400>20

Lys Leu Ile Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ala Leu Asp Ala Ile Gln Glu

1 5 10 15

Gly Phe Asp

<210>21

<211>19

<212>PRT

<213>猫传染性腹膜炎病毒

<400>21

Lys Ile Leu Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ala Ile Gly Asn Ile Thr Leu

1 5 10 15

Ala Leu Gly

<210>22

<211>19

<212>PRT

<213>传染性胃肠炎冠状病毒

<400>22

Gln Ile Leu Ala Ser Ala Phe Asn Gln Ala Ile Gly Asn Ile Thr Gln

1 5 10 15

Ser Phe Gly

<210>23

<211>19

<212>PRT

<213>鸟传染性支气管炎病毒

<400>23

Glu Lys Ile Ala Ala Ser Phe Asn Lys Ala Ile Gly His Met Gln Glu

1 5 10 15

Gly Phe Arg

<210>24

<211>19

<212>PRT

<213>人冠状病毒229E

<400>24

Lys Ile Leu Ala Ala Ser Phe Asn Lys Ala Met Thr Asn Ile Val Asp

1 5 10 15

Ala Phe Thr

<210>25

<211>19

<212>PRT

<213>人冠状病毒OC43

<400>25

Lys Leu Ile Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ala Leu Tyr Ala Ile Gln Glu

1 5 10 15

Gly Phe Asp

<210>26

<211>19

<212>PRT

<213>SARS冠状病毒

<400>26

Lys Gln Ile Ala Asn Gln Phe Asn Lys Ala Ile Ser Gln Ile Gln Glu

1 5 10 15

Ser Leu Thr

<210>27

<211>18

<212>PRT

<213>人工序列

<220>

<223>冠状病毒共有序列

<400>27

Lys Ile Ile Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ala Ile Gly Asn Ile Gln Glu

1 5 10 15

Gly Phe

<210>28

<211>18

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>28

Lys His Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu Asp Glu Thr

1 5 10 15

Asn Thr

<210>29

<211>42

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>29

Glu Ser Glu Ile Glu Lys Leu Thr Thr Lys Leu Ala Asp Thr Asp Ala

1 5 10 15

Ala Leu Ala Asp Thr Asp Ala Ala Leu Asp Ala Thr Thr Asn Ala Leu

20 25 30

Asn Lys Leu Gly Glu Asn Ile Thr Thr Phe

35 40

<210>30

<211>23

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>30

Lys Ala Asp Ile Ala Thr Asn Lys Asp Asn Ile Ala Lys Lys Ala Asn

1 5 10 15

Ser Ala Asp Val Tyr Thr Arg

20

<210>31

<211>28

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>31

Leu Asn Gly Leu Asp Lys Thr Val Ser Asp Leu Arg Lys Glu Thr Arg

1 5 10 15

Gln Gly Leu Ala Glu Gln Ala Ala Leu Ser Gly Leu

20 25

<210>32

<211>24

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>32

Thr Val Asp Lys His Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu

1 5 10 15

Asp Glu Thr Asn Thr Lys Ala Asp

20

<210>33

<211>21

<212>PRT

<213>脑膜炎奈瑟氏球菌(Neisseria meningitidis)

<400>33

Lys His Ala Glu Ala Phe Asn Asp Ile Ala Asp Ser Leu Asp Glu Thr

1 5 10 15

Asn Thr Lys Ala Asp

20

<210>34

<211>19

<212>PRT

<213>SARS冠状病毒

<400>34

Lys Ile Ile Ala Asn Ala Phe Asn Asn Ala Ile Gly Asn Ile Gln Glu

1 5 10 15

Gly Leu Thr

<210>35

<211>256

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>35

Met Lys Arg Asn Leu Leu Lys Gln Ser Val Ile Ala Val Leu Ile Gly

1 5 10 15

Gly Thr Thr Val Ser Asn Tyr Ala Leu Ala Gln Ala Gln Ala Gln Ala

20 25 30

Gln Val Lys Lys Asp Glu Leu Ser Glu Leu Lys Lys Gln Val Lys Glu

35 40 45

Met Asp Ala Ala Ile Asp Gly Ils Leu Asp Asp Asn Ile Ala Tyr Glu

50 55 60

Ala Glu Val Asp Ala Lys Leu Asp Gln His Ser Ala Ala Leu Gly Arg

65 70 75 80

His Thr Asn Arg Leu Asn Asn Leu Lys Thr Ile Ala Glu Lys Ala Lys

85 90 95

Gly Asp Ser Ser Glu Ala Leu Asp Lys Ile Glu Ala Leu Glu Glu Gln

100 105 110

Asn Asp Glu Phe Leu Ala Asp Ile Thr Ala Leu Glu Glu Gly Val Asp

115 120 125

Gly Leu Asp Asp Asp Ile Thr Gly Ile Gln Asp Asn Ile Ser Asp Ile

130 135 140

Glu Asp Asp Ile Asn Gln Asn Ser Ala Asp Ile Ala Thr Asn Thr Ala

145 150 155 160

Ala Ile Ala Thr His Thr Gln Arg Leu Asp Asn Leu Asp Asn Arg Val

165 170 175

Asn Asn Leu Asn Lys Asp Leu Lys Arg Gly Leu Ala Ala Gln Ala Ala

180 185 190

Leu Asn Gly Leu Phe Gln Pro Tyr Asn Val Gly Lys Leu Asn Leu Thr

195 200 205

Ala Ala Val Gly Gly Tyr Lys Ser Gln Thr Ala Val Ala Val Gly Thr

210 215 220

Gly Tyr Arg Tyr Asn Glu Asn Ile Ala Ala Lys Ala Gly Val Ala Phe

225 230 235 240

Thr His Gly Gly Ser Ala Thr Tyr Asn Val Gly Val Asn Phe Glu Trp

245 250 255

<210>36

<211>17

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>36

Ala Ala Ile Asp Gly Ile Leu Asp Asp Asn Ile Ala Tyr Glu Ala Glu

1 5 10 15

Val

<210>37

<211>21

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>37

Leu Asp Gln His Ser Ala Ala Leu Gly Arg His Thr Asn Arg Leu Asn

1 5 10 15

Asn Leu Lys Thr Ile

20

<210>38

<211>64

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>38

Ile Thr Ala Leu Glu Glu Gly Val Asp Gly Leu Asp Asp Asp Ile Thr

1 5 10 15

Gly Ile Gln Asp Asn Ile Ser Asp Ile Glu Asp Asp Ile Asn Gln Asn

20 25 30

Ser Ala Asp Tle Ala Thr Asn Thr Ala Ala Ile Ala Thr His Thr Gln

35 40 45

Arg Leu Asp Asn Leu Asp Asn Arg Val Asn Asn Leu Asn Lys Asp Leu

50 55 60

<210>39

<211>40

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>39

Val Asp Ala Lys Leu Asp Gln His Ser Ala Ala Leu Gly Arg His Thr

1 5 10 15

Asn Arg Leu Asn Asn Leu Lys Thr Ile Ala Glu Lys Ala Lys Gly Asp

20 25 30

Ser Ser Glu Ala Leu Asp Lys Ile

35 40

<210>40

<211>69

<212>PRT

<213>流感嗜血菌(Haemophilus influenzae)埃及生物群

<400>40

Phe Leu Ala Asp Ile Thr Ala Leu Glu Glu Gly Val Asp Gly Leu Asp

1 5 10 15

Asp Asp Ile Thr Gly Ile Gln Asp Asn Ile Ser Asp Ile Glu Asp Asp

20 25 30

Ile Asn Gln Asn Ser Ala Asp Ile Ala Thr Asn Thr Ala Ala Ile Ala

35 40 45

Thr His Thr Gln Arg Leu Asp Asn Leu Asp Asn Arg Val Asn Asn Leu

50 55 60

Asn Lys Asp Leu Lys

65

Claims

1.一种化合物，其能结合脑膜炎球菌表面NadA粘附素的七残基重复序列HR1和/或HR2，从而抑制脑膜炎球菌感染宿主生物或传播已存在的感染的能力。

2.如权利要求1所述的化合物，其特征在于，按照SEQ ID NO：1的编号，HR1序列是残基117-152，HR2序列是残基261-299。

3.一种化合物，其能结合嗜血杆菌表面HadA粘附素的七残基重复序列HR1和/或HR2，从而抑制嗜血杆菌感染宿主生物或传播已存在的感染的能力。

4.如权利要求3所述的化合物，其特征在于，按照SEQ ID NO：35的编号，HR1序列是残基71-91，HR2序列是残基120-183。

5.如上述任一权利要求所述的化合物，其特征在于，所述化合物是寡肽。

6.如权利要求5所述的寡肽，其特征在于，所述寡肽由不多于50个氨基酸构成。

7.如权利要求5或6所述的寡肽，其包含选自下组的氨基酸序列的5个或更多连续氨基酸构成的片段：SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQID NO：15、SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：39或SEQ ID NO：40。

8.如权利要求7所述的寡肽，前提是，与所述SEQ ID相比所述片段含有m个氨基酸取代，其中的m是1或更大。

9.如权利要求4-6中任一项所述的寡肽，其包含一个或多个以下氨基酸序列：SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：30、SEQ IDNO：31、SEQ ID NO：37或SEQ ID NO：38。

10.式NH₂-A-(B-C)_n-D-COOH的多肽，其中：n是1-5的整数，-A-是由1个或多个氨基酸构成的任意N-末端序列；(各)-B-是含有SEQ ID NO：12、SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15、SEQ ID NO：16和/或SEQ ID NO：17的5个或更多连续氨基酸的片段的氨基酸序列；(各)-C-是由1个或多个氨基酸构成的任意接头序列；-D-是由1个或多个氨基酸构成的任意C-末端序列。

11.如权利要求3-9中任一项所述寡肽的肽模拟化合物，其特征在于，所述肽模拟化合物具有抗-脑膜炎球菌和/或抗-嗜血杆菌活性。

12.一种药物组合物，所述药物组合物含有(a)如上述任一权利要求所述的化合物和(b)药用载体。

13.一种治疗被脑膜炎球菌或嗜血杆菌感染的患者的方法，所述方法包括给予所述患者如权利要求12所述的药物组合物。

14.如权利要求1-11中任一项所述的化合物，所述化合物用作药物。

15.如权利要求1-11中任一项所述的化合物在制造用于治疗患者的药物中的用途。

16.一种突变型NadA蛋白，其特征在于，所述突变型蛋白缺少HR1、HR2或融合序列中的一个或多个。

17.如权利要求16所述的突变型NadA蛋白，其特征在于，所述蛋白不含以下氨基酸序列中的一个或多个：(i)与SEQ ID NO：3至少50％相同的序列；(ii)与SEQID NO：5至少50％相同的序列；(iii)与SEQ ID NO：7至少50％相同的序列；(iv)与SEQ ID NO：10至少50％相同的序列。

18.如权利要求17所述的突变体，其特征在于，所述氨基酸序列(i)、(ii)、(iii)和(iv)各自至少有10个氨基酸长。

19.如权利要求16所述的突变型NadA蛋白，其包含氨基酸序列-A-B-C-D-E-F-G-H-I-，其中：-A-是与SEQ ID NO：1的氨基酸26-116有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-B-是与SEQ ID NO：1的氨基酸117-152有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-C-是与SEQ ID NO：1的氨基酸153-180有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-D-是与SEQ ID NO：1的氨基酸181-199有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-E-是与SEQ ID NO：1的氨基酸200-260有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-F-是与SEQ ID NO：1的氨基酸261-275有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-G-是与SEQ ID NO：1的氨基酸276-277有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-H-是与SEQ ID NO：1的氨基酸278-299有至少50％序列相同性的的氨基酸序列；-I-是与SEQ ID NO：1的氨基酸300-364有至少50％序列相同性的的氨基酸序列，条件是-B-、-D-、-F-或-H-中的至少一种在所述蛋白质中不存在。

20.一种突变型HadA蛋白，其特征在于，所述突变蛋白缺少HR1、HR2或融合序列中的一个或多个。

21.一种编码如权利要求16-20中任一项所述突变蛋白的核酸。

22.一种表达权利要求21所述核酸的细菌。