CN1878791A - 合成的抗微生物多肽 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及具有抗微生物活性的多肽和具有编码多肽的核苷酸序列的多核苷酸。本发明还涉及核酸构建体、载体和包含核酸构建体的宿主细胞以及生产和使用该多肽的方法。
Description
发明背景
抗微生物肽(AMP)是相对新近发现的一组具有新作用模式的抗微生物剂。
AMP广泛分布于动物、植物和微生物并且属于最古老的宿主防御因子。绝大多数的该种肽在天然情况下是阳离子的和两亲性的;该特性允许与带负电荷的细菌或真菌的膜相互作用。
该种肽大小范围从6-7个氨基酸至60个氨基酸。迄今为止已经分离出500种以上不同的AMP。基于结构或氨基酸组成可以将它们分为几类。最简单的结构是小的α-螺旋肽。其它AMP折叠形成β-片层结构,而另外的再次形成刚性的二硫桥连接的三级结构。
AMP通常是杀微生物的(与静止相对)并且作用极其快。通常,靶生物在几分钟之内被杀死。它们通过干扰靶生物的膜功能而起作用。已经显示存在几种不同的作用机制,但是对于大多数AMP,总体结果是膜破裂和/或细胞裂解。
对微生物膜的选择性是由膜组成、膜电荷和跨膜电位介导的。微生物膜比更高等生物的膜具有较高的负电荷,其包含不同类型的磷脂而不含胆固醇。
已经证明在靶生物中诱导对AMP的抗性极端困难。这是靶标的原因;为了显著性改变膜组成或电荷,靶标将不得不发生多重基因组改变。
发明概述
在本发明的第一个方面涉及具有抗微生物活性的多肽,其包含氨基酸序列:X1-X2-X3-X4-X5;其中X1、X2、X3、X4和X5中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;并且其中X1-X5中最多4个是相同的。
在本发明的第二个方面涉及具有编码本发明多肽的核苷酸序列的多核苷酸。
在本发明的第三个方面涉及包含编码本发明多肽的核苷酸序列的核酸构建体,该核苷酸序列与指导多肽在适当宿主中产生的一个或多个控制序列有效连接。
在本发明的第四个方面涉及包含本发明核酸构建体的重组表达载体。
在本发明的第五个方面涉及包含本发明核酸构建体的重组宿主细胞。
在本发明的第六个方面涉及生产本发明多肽的方法,该方法包括:
(a)在有利于多肽产生的条件下培养重组宿主细胞;和
(b)回收多肽。
本发明的其它方面在以下描述和附加权利要求中是显而易见的。
定义
在更加详细地讨论本发明之前,首先定义以下术语和规定:
抗微生物活性:术语“抗微生物活性”文中定义为能够杀死或抑制微生物细胞生长的活性。在本发明的上下文中,术语“抗微生物的”旨在指具有杀菌和/或抑菌和/或杀真菌和/或抑真菌作用和/或杀病毒作用,其中术语“杀菌的”应理解为能够杀死细菌细胞。术语“抑菌的”应理解为能够抑制细菌生长,即抑制正在生长的细菌细胞。术语“杀真菌的”应理解为能够杀死真菌细胞。术语“抑真菌的”应理解为能够抑制真菌生长,即抑制正在生长的真菌细胞。术语“杀病毒的”应理解为能够使病毒失活。术语“微生物细胞”指细菌或真菌细胞(包括酵母)。
在本发明的上下文中,术语“抑制微生物细胞生长”旨在指细胞处于非生长状态,即它们不能够繁殖。
为了本发明的目的,按照Lehrer等(Journal of ImmunologicalMethods,第137卷,(2)第167-174页,1991)所描述的方法可以确定抗微生物活性。
在具有抗微生物活性多肽的25%(w/w)水溶液中;优选地在10%(w/w)水溶液中;更加优选地在5%(w/w)水溶液中;甚至更加优选地在1%(w/w)水溶液中;最优选地在0.5%(w/w)水溶液中;并且具体而言在0.1%(w/w)水溶液中于20℃孵育8小时后(优选地4小时后,更加优选地2小时后,最优选地1小时后,并且具体而言30分钟后),具有抗微生物活性的多肽能够将大肠杆菌(Escherichia coli)(DSM 1576)的活细胞数量降低至1/100。
当加入具有抗微生物活性多肽的浓度为1000ppm时;优选地为500ppm时;更加优选地为250ppm时;甚至更加优选地为100ppm时;最优选地为50ppm时;并且具体而言为25ppm时,该多肽还能够在25℃下抑制大肠杆菌(DSM 1576)在微生物生长基质中生长达24小时。
在具有抗微生物活性多肽的25%(w/w)水溶液中;优选地在10%(w/w)水溶液中;更加优选地在5%(w/w)水溶液中;甚至更加优选地在1%(w/w)水溶液中;最优选地在0.5%(w/w)水溶液中;并且具体而言在0.1%(w/w)水溶液中于20℃孵育8小时后(优选地4小时后,更加优选地2小时后,最优选地1小时后,并且具体而言为30分钟后),具有抗微生物活性的多肽能够将枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)(ATCC 6633)的活细胞数量降低至1/100。
当加入具有抗微生物活性多肽的浓度为1000ppm时;优选地为500ppm时;更加优选地为250ppm时;甚至更加优选地为100ppm时;最优选地为50ppm时;并且具体而言为25ppm时,该多肽还能够在25℃下抑制枯草芽孢杆菌(ATCC 6633)在微生物生长基质中生长达24小时。
本发明多肽将优选地具有由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列所组成多肽的抗微生物活性的至少20%。在特别优选的实施方案中,多肽将具有由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列所组成多肽的抗微生物活性的至少40%,例如至少50%,优选地至少60%,例如至少70%,更加优选地至少80%,例如至少90%,最优选地至少95%,例如大约或至少100%。
片段:当文中使用时,本发明氨基酸序列的“片段”是多肽的亚序列,其中氨基末端和/或羧基末端的一个或多个氨基酸已经缺失。优选地为从羧基末端缺失一个或多个氨基酸。优选地,片段由至少20个氨基酸组成。
等位基因变体:在本文中,术语“等位基因变体”表示占据同一染色体位点的基因的任意两种或多种可选择形式。等位基因变体在天然情况下通过突变产生,并且可以导致种群内的多态性。基因突变可以是沉默的(没有改变所编码多肽)或者可以编码氨基酸序列发生改变的多肽。多肽的等位基因变体是由基因的等位基因变体所编码的多肽。
基本上纯的多核苷酸:如文中所使用术语“基本上纯的多核苷酸”是指多核苷酸制剂,其中多核苷酸已经脱离了其天然遗传环境并因此不含其它外来的或不必要的编码序列,并且是适宜在遗传工程蛋白质生产系统中使用的形式。因此,基本上纯的多核苷酸包含最多10%(按重量计算)的与其天然相关的其它多核苷酸物质(优选较低百分比的其它多核苷酸物质,例如按重量计算最多8%、最多6%、最多5%、最多4%、最多3%、最多2%、最多1%以及最多0.5%)。然而,基本上纯的多核苷酸可以包含天然存在的5’和3’非翻译区,例如启动子或终止子。优选地,基本上纯的多核苷酸的纯度至少为92%(即多核苷酸组成了制剂中存在的总多核苷酸物质重量的至少92%),并且优选更高的百分比,例如纯度至少94%、至少95%、至少96%、至少96%、至少97%、至少98%、至少99%,并且最多99.5%。优选地,文中所公开多核苷酸是基本上纯的形式。具体而言,文中公开的多核苷酸优选地是“本质上纯的形式”,即多核苷酸制剂基本上不含与其天然相关的其它多核苷酸物质。在文中,术语“基本上纯的多核苷酸”与术语“分离的多核苷酸”和“分离形式的多核苷酸”同义。
修饰:在本发明上下文中,术语“修饰”旨在指由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5组成的多肽或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319的任意一个氨基酸序列的任意化学修饰以及对编码多肽的DNA的遗传操作;其中X1、X2、X3、X4和X5中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;并且其中X1-X5中最多4个是相同的。修饰可以是氨基酸侧链的替换,目的氨基酸中或目的氨基酸处的替代、缺失和/或插入;或者在氨基酸序列中使用具有相似特性的非天然氨基酸。具体而言修饰可以是酰胺化,例如C末端的酰胺化。
cDNA:当用于本文中时,术语“cDNA”旨在涵盖能够通过逆转录从来自真核细胞的成熟的、剪接的mRNA分子制备得到的DNA分子。cDNA缺乏在相应基因组DNA中通常存在的内含子序列。最初的初级RNA转录本是mRNA的前体,并且在成为成熟的剪接mRNA之前其将经历一系列加工事件。这些事件包括通过称为剪接的过程去除内含子序列。因此当cDNA来自mRNA时其缺乏内含子序列。
核酸构建体:当文中使用时,术语“核酸构建体”意思是指单链或双链核酸分子,其从天然存在的基因分离得到或者已经进行了修饰以包含自然界中不存在的核酸的片段。当核酸构建体包含本发明编码序列表达所需的控制序列时,术语核酸构建体与术语“表达盒”同义。
控制序列:术语“控制序列”文中定义为包括本发明多肽表达所必需或者有利于本发明多肽表达的全部元件。相对于编码多肽的核苷酸序列,每个控制序列可以是天然的或外来的。每个控制序列包括但不限于前导序列、多聚腺苷酸化序列、前肽序列、启动子、信号肽序列和转录终止子。在最低限度时,控制序列包括启动子和转录及翻译终止信号。控制序列可以具有接头,以便导入便于控制序列与编码多肽的核苷酸序列编码区相连接的特异限制性酶切位点。
有效连接:术语“有效连接”文中定义为一种构象,其中控制序列适当地放置于与DNA序列的编码序列相关的位置从而使控制序列指导多肽表达。
编码序列:当用于文中时,术语“编码序列”旨在涵盖核苷酸序列,该序列直接指定其蛋白质产物的氨基酸序列。编码序列的边界通常通过开放阅读框确定,开放阅读框通常起始于ATG起始密码子。编码序列一般包括DNA、cDNA和重组核苷酸序列。
表达:在本发明的上下文中,术语“表达”包括参与多肽产生的任何步骤,其包括但不限于转录、转录后修饰、翻译和翻译后修饰。优选地,表达还包括多肽的分泌。
表达载体:在本发明的上下文中,术语“表达载体”涵盖线性或环状DNA分子,其包含编码本发明多肽的片段,并且其与用于其转录的另外片段有效连接。
宿主细胞:如文中所使用,术语“宿主细胞”包括易于用核酸构建体转化的任何细胞类型。
在题目为“具有抗微生物活性的多肽”的部分中定义术语“多核苷酸探针”、“杂交”以及各种严格性条件。
发明详述
具有抗微生物活性的多肽
在第一个方面,本发明涉及具有抗微生物活性的多肽,并且其中多肽包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5,优选地多肽由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5组成;其中X1、X2、X3、X4和X5独立地为P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P或R-P-P-Z12;其中Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11和Z12独立地为F、L、V或I。
本发明还涉及具有抗微生物活性的多肽,并且其中多肽包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5,优选地多肽由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5组成;其中X1、X2、X3、X4和X5中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I。
在一个实施方案中,X1、X2、X3、X4和X5选自氨基酸序列:P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P和R-P-P-Z12;其中除了Z1-Z12氨基酸以外X1-X5是相同的;其中Z1-Z12选自氨基酸F、L、V和I。
优选地,X1-X5中最多4个是相同的;更加优选地为X1-X5中最多3个是相同的,甚至更加优选地为X1-X5中最多2个是相同的;最优选地为X1-X5不相同。
在另一个实施方案中,除了X1、X2、X3、X4和X5的Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11和Z12独立地为F、L、V或I以外;X1=X2=X3=X4=X5为P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P或R-P-P-Z12。
在另一个实施方案中,本发明涉及具有抗微生物活性的多肽,并且其中多肽包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5-X6,优选地多肽由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5-X6组成;其中X1、X2、X3、X4、X5和X6独立地为P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P或R-P-P-Z12;其中Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11和Z12独立地为F、L、V或I。
在另一个实施方案中,本发明涉及具有抗微生物活性的多肽,并且其中多肽包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5-X6,优选地多肽由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5-X6组成;其中X1、X2、X3、X4、X5和X6中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I。
在另一个实施方案中,X1、X2、X3、X4、X5和X6选自氨基酸序列:P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P和R-P-P-Z12;其中除了Z1-Z12氨基酸以外X1-X6是相同的;其中Z1-Z12选自氨基酸F、L、V和I。
优选地,X1-X6中最多4个是相同的;更加优选地为X1-X6中最多3个是相同的,甚至更加优选地为X1-X6中最多2个是相同的;最优选地为X1-X6不相同。
在另一个实施方案中,除了X1、X2、X3、X4、X5和X6的Z1、Z2、Z3、Z4、Z5、Z6、Z7、Z8、Z9、Z10、Z11和Z12独立地为F、L、V或I以外;X1=X2=X3=X4=X5=X6为P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P或R-P-P-Z12。
在优选的实施方案中,本发明涉及具有抗微生物活性的多肽,并且其中多肽包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个的氨基酸序列,优选地多肽由SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个的氨基酸序列组成。
还在另一个实施方案中,氨基酸序列与氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5最多5个氨基酸(例如5个氨基酸)、例如最多4个氨基酸(例如4个氨基酸)、例如最多3个氨基酸(例如3个氨基酸)、特别是最多2个氨基酸(例如2个氨基酸)、例如1个氨基酸不同;其中X1、X2、X3、X4和X5中的每一个选自:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;或者氨基酸序列与氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5-X6最多5个氨基酸(例如5个氨基酸)、例如最多4个氨基酸(例如4个氨基酸)、例如最多3个氨基酸(例如3个氨基酸)、特别是最多2个氨基酸(例如2个氨基酸)、例如1个氨基酸不同;其中X1、X2、X3、X4、X5和X6中的每一个选自:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;或者氨基酸序列与SEQ ID NO:1至SEQ IDNO:319中任意一个的氨基酸序列最多5个氨基酸(例如5个氨基酸)、例如最多4个氨基酸(例如4个氨基酸)、例如最多3个氨基酸(例如3个氨基酸)、特别是最多2个氨基酸(例如2个氨基酸)、例如1个氨基酸不同。
优选地,本发明的多肽包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列;或者具有抗微生物活性的其片段。在另一个优选的实施方案中,多肽由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列组成。
组成本发明多肽的氨基酸可以独立地选自D型或L型。
本发明的多肽可以由20-500个氨基酸、优选20-400个氨基酸、更加优选20-300个氨基酸、甚至更加优选20-200个氨基酸(例如20-150个氨基酸)、最优选20-100个氨基酸并且具体而言20-50个氨基酸组成。
在氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6之前立即为3-10个氨基酸(例如3-5个氨基酸)的氨基酸序列,其中在所述氨基酸序列当中至少2个氨基酸在中性pH时带正电荷(例如精氨酸、赖氨酸或组氨酸)。优选地,在氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6之前立即为氨基酸序列R-X7-R;其中X7为R、F、L、V或I。术语“之前立即为”意思是氨基酸序列连接于氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6的N末端。
本发明多肽可以是人工变体,其包含(优选地由其组成)这样一种氨基酸序列,即所述的氨基酸序列与氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列相比具有最多3个、例如最多2个、诸如最多1个氨基酸替换、缺失和/或插入。
此类人工变体可以通过本领域已知的标准技术构建,例如通过将包含氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319任意一个氨基酸序列的多肽进行定点/随机诱变。在本发明的一个实施方案中,氨基酸变化在特性上变化较小,即为不显著影响蛋白质折叠和/或活性的保守氨基酸替换;小的缺失(一般为1个至大约5个氨基酸缺失);小的氨基末端或羧基末端延伸(例如氨基末端蛋氨酸残基);多至大约10-25个残基的小的接头肽;利于通过改变净电荷进行纯化或者利于其它功能的小的延伸(例如多聚组氨酸、抗原表位或结合结构域)。
保守替换的例子是碱性氨基酸组(精氨酸、赖氨酸和组氨酸)、酸性氨基酸组(谷氨酸和天冬氨酸)、极性氨基酸组(谷氨酰胺和天冬酰胺)、疏水氨基酸组(亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸和蛋氨酸)、芳香族氨基酸组(苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸)和小氨基酸组(甘氨酸、丙氨酸、丝氨酸和苏氨酸)中的组内替换。通常不改变特异活性的氨基酸替换在本领域中是已知的并且由例如H.Neurath和R.L.Hill(The Proteins,Academic Press,1979,New York)描述。最常发生的互换为Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Tyr/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu和Asp/Gly,以及相反的那些互换。
在本发明的一个有趣的实施方案中,氨基酸变化使多肽的物理-化学性质改变。例如,可以进行能够改善多肽热稳定性、改变底物特异性、改变最适pH等等的氨基酸变化。
N末端延伸
本发明多肽的N末端延伸可以适当地由1-50个氨基酸、优选2-20个氨基酸、特别是3-15个氨基酸组成。在一个实施方案中,N末端肽延伸不包含Arg(R)。在另一个实施方案中,N末端肽延伸包含如下面将进一步定义的kex2或kex2样切割位点。在一个优选的实施方案中,N末端延伸为包含至少2个Glu(E)和/或Asp(D)氨基酸残基的肽,例如包含序列EAE、EE、DE和DD之一的N末端延伸。
Kex2位点
Kex2位点(见例如Methods in Enzymology 185卷,D.Goeddel编,Academic Press Inc.(1990),San Diego,CA,“Gene ExpressionTechnology”)和kex2样位点为在一些蛋白质的前肽编码区和成熟区之间发现的二碱基识别位点(即切割位点)。
已经表明,在某些情况下kex2位点或kex2样位点的插入改善了在前肽切割位点处的正确的内肽酶加工,导致蛋白质分泌水平增加。
在本发明的上下文中,与氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列所示的成熟多肽相比,kex2或kex2样位点的插入导致可以在N末端延伸(使抗微生物多肽被延伸)内的一定位点进行切割。
融合多肽
本发明多肽还包括融合多肽或可切割融合多肽,其中另一个多肽与本发明多肽或其片段的N末端或C末端融合。通过将编码另一个多肽的核苷酸序列(或其部分)与本发明的核苷酸序列(或其部分)融合产生融合多肽。产生融合多肽的技术在本领域中是已知的,其包括将编码多肽的编码序列如此连接以致于使它们处于同一阅读框并且使融合多肽在同一启动子和终止子控制下表达。
多核苷酸和核苷酸序列
本发明还涉及具有编码本发明多肽的核苷酸序列的多核苷酸。具体而言,本发明涉及由编码本发明多肽的核苷酸序列组成的多核苷酸。由于遗传密码的简并性,技术人员将容易地认识到可以制备编码本发明每一多肽的几种核苷酸序列。在本领域中众所周知,编码本发明多肽的氨基酸的密码子由核苷酸组成。
本发明还涉及编码具有抗微生物活性的氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列的片段的多核苷酸。多核苷酸的亚序列为其中5’和/或3’末端的一个或多个核苷酸已经缺失的核苷酸序列。
通过在遗传工程中使用的标准克隆步骤,可以将核苷酸序列从一个位置移到其可以进行复制的不同位点。克隆步骤包括包含编码多肽的核苷酸序列的目的片段的切除和分离、将片段插入载体分子以及重组载体整合入宿主细胞,在那里将复制出核苷酸序列的多重拷贝或克隆。核苷酸序列可以是基因组、cDNA、RNA、半合成来源、合成来源或其任意组合。
编码本发明多肽的核苷酸序列的修饰对于多肽的合成可能是必需的,其中与氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6或者SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:319中任意一个氨基酸序列相比所述多肽所包含的氨基酸序列具有至少一个替换、缺失和/或插入。这些人工变体在某些工程化方式上可能不同于从其天然来源分离得到的多肽,例如在特异活性、热稳定性、最适pH等等方面不同的变体。
可以在分子功能关键区域外进行此类修饰,并且此类修饰仍然能够产生活性多肽,这对于本领域技术人员是显而易见的。根据本领域已知的方法例如位点定向诱变或丙氨酸扫描诱变(见例如Cunningham和Wells,1989,Science 244:1081-1085)可以鉴定出对于本发明核苷酸序列所编码多肽的活性所必需的、因此优选不进行修饰(例如替代)的氨基酸残基。在后一种技术中,在分子中每一个带正电荷的残基处导入突变,并且测定所得到的突变体分子的抗微生物活性以鉴定对于分子活性关键的氨基酸残基。通过使用诸如核磁共振分析、晶体学或光亲和标记法(见例如de Vos等,1992,Science 255:306-312;Smith等,1992,Journal of MolecularBiology 224:899-904;Wlodaver等,1992,FEBS Letters 309:59-64)的技术所确定的三维结构分析也能够确定底物-酶相互作用的位点。
此外,通过导入核苷酸替换可以修饰编码本发明多肽的核苷酸序列,其中核苷酸替换不产生由核苷酸序列所编码的多肽的另一种氨基酸序列但是符合打算产生酶的宿主生物的密码子选择。
通过使用本领域已知的任意方法的位点定向诱变可以实现将突变引入核苷酸序列中以便将一个核苷酸替换为另一个核苷酸。特别有用的是这样一种方法,其利用具有目的插入片段的超螺旋、双链DNA载体和包含所期望突变的两个合成引物。在温度循环期间通过Pfu DNA聚合酶使寡核苷酸引物延伸,其中每条寡核苷酸引物与载体的相反链互补。一旦引物掺入,则产生了包含交错缺刻的突变质粒。温度循环之后,使用对甲基化和半甲基化DNA特异的DpnI处理产物以消化亲本DNA模板并选择出包含突变的合成DNA。还可以使用本领域已知的其它方法。对于核苷酸替换的概述见例如Ford等,1991,Protein Expression and Purification 2:95-107。
核酸构建体
本发明还涉及包含本发明核苷酸序列的核酸构建体,其中所述核苷酸与能够指导编码序列在与控制序列相容条件下在适宜宿主细胞中表达的一种或多种控制序列有效连接。
为了使多肽表达,可以以多种方式操作编码本发明多肽的核苷酸序列。在插入载体之前对多核苷酸进行操作可能是期望的或必需的,这取决于表达载体。利用重组DNA方法修饰核苷酸序列的技术是本领域众所周知的。
控制序列可以是适当启动子序列,即在核苷酸序列表达时可被宿主细胞识别的核苷酸序列。启动子序列包含介导多肽表达的转录控制序列。启动子可以是在所选择宿主细胞中表现转录活性的任何核苷酸序列,其包括突变体启动子、截断启动子和杂合启动子,并且可以从编码与宿主细胞同源或异源的细胞外多肽或细胞内多肽的基因获得。
用于指导本发明核酸构建体转录,尤其是在细菌宿主细胞中转录的适宜启动子的例子是从大肠杆菌lac操纵基因、天蓝色链霉菌(Streptomycescoelicolor)琼脂糖酶基因(dagA)、枯草芽孢杆菌果聚糖蔗糖酶基因(sacB)、地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)α-淀粉酶基因(amyL)、嗜热脂肪芽孢杆菌(Bacillus stearothermophilus)麦芽糖淀粉酶基因(amyM)、解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)α-淀粉酶基因(amyQ)、地衣芽孢杆菌青霉素酶基因(penP)、枯草芽孢杆菌xylA和xylB基因和原核的β-内酰胺酶基因(Villa-Kamaroff等,1978,Proceedings of the National Academy ofSciences USA 75:3727-3731)获得的启动子以及tac启动子(DeBoer等,1983,Proceedings of the National Academy of Sciences USA 80:21-25)。另外的启动子描述于“Useful proteins from recombinant bacteria”(ScientificAmerican,1980,242:74-94)和Sambrook等,1989,见上。
用于指导本发明核酸构建体在丝状真菌宿主细胞中转录的适宜启动子的例子是从米曲霉(Aspergillus oryzae)TAKA淀粉酶基因、米黑根毛霉(Rhizomucor miehei)天冬氨酸蛋白酶基因、黑曲霉(Aspergillus niger)中性α-淀粉酶基因、黑曲霉酸稳定性α-淀粉酶基因、黑曲霉或泡盛曲霉(Aspergillusawamori)葡糖淀粉酶(glaA)基因、米黑根毛霉脂肪酶基因、米曲霉碱性蛋白酶基因、米曲霉丙糖磷酸异构酶基因、构巢曲霉(Aspergillus nidulans)乙酰胺酶基因和尖镰孢(Fusarium oxysporum)胰蛋白酶样蛋白酶基因获得的启动子(WO 96/00787)以及NA2-tpi启动子(来自黑曲霉中性α-淀粉酶基因和米曲霉丙糖磷酸异构酶基因的启动子的杂合体)以及其突变启动子、截断启动子和杂合启动子。
在酵母宿主中有用的启动子是从酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)烯醇化酶(ENO-1)基因、酿酒酵母半乳糖激酶(GAL1)基因、酿酒酵母醇脱氢酶/甘油醛-3-磷酸脱氢酶(ADH2/GAP)基因和酿酒酵母3-磷酸甘油酸激酶基因获得的启动子。用于酵母宿主细胞的其它启动子描述于Romanos等,1992,Yeast 8:423-488。
控制序列还可以是适宜转录终止序列,即宿主细胞识别以终止转录的序列。终止序列与编码多肽的核苷酸序列的3’末端有效连接。在所选择宿主细胞中具有功能的任何终止子可用于本发明。
用于丝状真菌宿主细胞的优选终止子是从米曲霉TAKA淀粉酶基因、黑曲霉葡糖淀粉酶基因、构巢曲霉邻氨基苯甲酸合酶基因、黑曲霉α-葡糖苷酶基因和尖镰孢胰蛋白酶样蛋白酶基因获得的终止子。
用于酵母宿主细胞的优选终止子是从酿酒酵母烯醇化酶基因、酿酒酵母细胞色素C(CYC1)基因和酿酒酵母甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因获得的终止子。用于酵母宿主细胞的其它终止子描述于Romanos等,1992,见上。
控制序列还可以是适宜前导序列,即对宿主细胞翻译而言重要的mRNA非翻译区域。前导序列有效连接于编码多肽的核苷酸序列的5’末端。在所选择宿主细胞中具有功能的任何前导序列可用于本发明。
用于丝状真菌宿主细胞的优选前导序列是从米曲霉TAKA淀粉酶基因和构巢曲霉丙糖磷酸异构酶基因获得的。
用于酵母宿主细胞的适宜前导序列是从酿酒酵母烯醇化酶(ENO-1)基因、酿酒酵母3-磷酸甘油酸激酶基因、酿酒酵母α-因子基因和酿酒酵母醇脱氢酶/甘油醛-3-磷酸脱氢酶(ADH2/GAP)基因获得的。
控制序列还可以是多聚腺苷酸化序列,即有效连接于核苷酸序列3’末端并且在转录时被宿主细胞识别作为向所转录mRNA添加多聚腺苷酸残基的信号的序列。在所选择宿主细胞中具有功能的任何多聚腺苷酸化序列可用于本发明。
用于丝状真菌宿主细胞的优选多聚腺苷酸化序列是从米曲霉TAKA淀粉酶基因、黑曲霉葡糖淀粉酶基因、构巢曲霉邻氨基苯甲酸合酶基因、尖镰孢胰蛋白酶样蛋白酶基因和黑曲霉α-葡糖苷酶基因获得的。
Guo和Sherman,1995,Molecular Cellular Biology 15:5983-5990描述了对于酵母宿主细胞有用的多聚腺苷酸化序列。
控制序列还可以是信号肽编码区,其中所述信号肽编码区编码连接于多肽氨基末端的氨基酸序列并且指导所编码多肽进入细胞的分泌途径。核苷酸序列的编码序列5’端可内在地包含与编码分泌性多肽的编码区片段以翻译阅读框天然连接的信号肽编码区。备选地,编码序列的5’端可包含对编码序列而言为外来的信号肽编码区。当编码序列在天然情况下不包含信号肽编码区时,可能需要外来的信号肽编码区。备选地,可以将外来的信号肽编码区简单地替换天然的信号肽编码区以便增强多肽的分泌。然而,能够指导所表达多肽进入所选择宿主细胞的分泌途径的任何信号肽编码区可用于本发明。
用于细菌宿主细胞的有效信号肽编码区是从芽孢杆菌NCIB 11837麦芽糖淀粉基因、嗜热脂肪芽孢杆菌α-淀粉酶基因、地衣芽孢杆菌枯草蛋白酶基因、地衣芽孢杆菌β-内酰胺酶基因、嗜热脂肪芽孢杆菌中性蛋白酶基因(nprT、nprS、nprM)和枯草芽孢杆菌prsA基因获得的信号肽编码序列。另一些信号肽描述于Simonen和Palva,1993,Microbiological Reviews 57:109-137。
用于丝状真菌宿主细胞的有效的信号肽编码区是从米曲霉TAKA淀粉酶基因、黑曲霉中性淀粉酶基因、黑曲霉葡糖淀粉酶基因、米黑根毛霉天冬氨酸蛋白酶基因、孤独腐质霉(Humicola insolens)纤维素酶基因和柔毛腐质霉(Humicola lanuginoSa)脂肪酶基因获得的。
用于酵母宿主细的信号肽编码区是从酿酒酵母α-因子基因和酿酒酵母转化酶基因获得的。其它有用信号肽编码区描述于Romanos等,1992,见上。
控制序列还可以是编码位于多肽氨基端的氨基酸序列的前肽编码区。得到的多肽称为酶原(proenzyme)或多肽原(或在一些情况下称为酶原(zymogen))。多肽原通常为非活性的并且可通过将前肽从多肽原中催化性切下或自催化性切下而转换为成熟的活性多肽。前肽编码区可从枯草芽孢杆菌碱性蛋白酶(aprE)基因、枯草芽孢杆菌中性蛋白酶(nprT)基因、酿酒酵母α-因子基因、米黑根毛霉天冬氨酸蛋白酶基因和Myceliphthorathermophila漆酶基因(WO 95/33836)获得。
当信号肽和前肽区均出现于多肽的氨基末端时,则前肽区位于多肽氨基端而信号肽区位于前肽区的氨基端。
添加使多肽表达相对于宿主细胞生长而受到调节的调节序列也是适当的。调节系统的实例是那些对化学刺激或物理刺激(包括调节性化合物的存在)做出反应从而引起基因表达开启或关闭的系统。原核系统中的调节系统包括lac、tac和trp操纵基因系统。在酵母中可使用ADH2系统或GAL1系统。在丝状真菌中,TAKAα淀粉酶启动子、黑曲霉葡糖淀粉酶启动子和米曲霉葡糖淀粉酶启动子可用作调节序列。调节序列的其它实例是那些允许基因扩增的调节序列。在真核系统中,这些调节序列包括能够在氨甲蝶呤存在下扩增的二氢叶酸还原酶基因和在重金属存在下扩增的金属硫蛋白基因。在这些情况下,编码多肽的核苷酸序列与调节序列有效连接。
表达载体
本发明还涉及包含本发明核酸构建体的重组表达载体。上面所述的各种核苷酸和控制序列可以连接在一起以产生重组表达载体,该重组表达载体可以包含一个或多个适宜的限制性酶切位点以允许编码多肽的核苷酸序列在此位点处插入或替换。备选地,通过将包含该序列的核苷酸序列或核酸构建体插入用于表达的适当载体中可以表达本发明的核苷酸序列。在构建表达载体时,编码序列位于载体内从而使编码序列与用于表达的适当控制序列有效连接。
重组表达载体可以是能够方便进行重组DNA步骤并且能够引起核苷酸序列表达的任意载体(例如质粒或病毒)。对载体的选择一般取决于载体与载体将要导入的宿主细胞的相容性。载体可以是线性的或闭合环状的质粒。
载体可以是自主复制型载体,即载体作为染色体外的实体而存在,它的复制独立于染色体的复制,例如质粒、染色体外元件、微型染色体或人工染色体。
载体可以以任意方式保证自我复制。备选地,当导入宿主细胞时载体可以整合入基因组并与其已经整合入的染色体一起复制。而且,可以使用单一载体或质粒或者两个或多个载体或质粒(共同包含待导入宿主细胞基因组的总DNA)或者转座子。
本发明载体优选包含允许对转化细胞进行容易筛选的一个或多个选择标记。选择标记是其基因产物可提供对杀生物剂或病毒抗性、对重金属抗性、针对营养缺陷型的原养型等等的基因。
细菌选择标记的例子是来自枯草芽孢杆菌或地衣芽孢杆菌的dal基因,或者赋予抗生素抗性如氨苄青霉素、卡那霉素、氯霉素或四环素抗性的标记。用于酵母宿主细胞的适当标记为ADE2、HIS3、LEU2、LYS2、MET3、TRP1和URA3。用于丝状真菌宿主细胞的选择标记包括但不限于amdS(乙酰胺酶)、argB(鸟氨酸氨甲酰转移酶)、bar(膦丝菌素乙酰转移酶)、hygB(潮霉素磷酸转移酶)、niaD(硝酸还原酶)、pyrG(乳清酸核苷-5’-磷酸脱羧酶)、sC(硫酸腺苷酰转移酶)、trpC(邻氨基苯甲酸合酶),以及其等效物。
优选地用于曲霉属(Aspergillus)细胞的标记是构巢曲霉或米曲霉的amdS和pyrG基因以及吸水链霉菌(Streptomyces hygroscopicus)的bar基因。
本发明载体优选地包含允许载体稳定整合入宿主细胞基因组或者载体在细胞内独立于基因组之外自主复制的元件。
对于整合入宿主细胞基因组,载体依赖于编码多肽的核苷酸序列或者用于通过同源或非同源重组将载体稳定整合入基因组的载体的任意其它元件。备选地,载体可以包含用于指导通过同源重组整合入宿主细胞基因组的附加核苷酸序列。附加核苷酸序列能够使载体在染色体内的精确位置整合入宿主细胞基因组。为了增加在精确位置整合的可能性,整合元件将优选地包含足够数量的核苷酸,例如100-1,500个碱基对、优选400-1,500个碱基对并且最优选800-1,500个碱基对,其与相应靶序列高度同源以增加同源重组的可能性。整合元件可以是与宿主细胞基因组中的靶序列同源的任意序列。此外,整合元件可以是非编码核苷酸序列或编码核苷酸序列。另一方面,载体可以通过非同源重组整合入宿主细胞基因组。
对于自主复制,载体可以进一步包含使载体在所述宿主细胞中自主复制的复制起点。细菌复制起点的例子是允许在大肠杆菌中复制的质粒pBR322、pUC19、pACYC177和pACYC184的复制起点和允许在芽孢杆菌中复制的pUB110、pE194、pTA1060和pAMβ1的复制起点。用于酵母宿主细胞的复制起点的例子是2micron复制起点、ARS1、ARS4、ARS1和CEN3的组合以及ARS4和CEN6的组合。复制起点可以具有突变,该突变使其在宿主细胞中以温度敏感方式起作用(见例如Ehrlich,1978,Proceedings of the National Academy of Sciences USA 75:1433)。
可以将一个以上拷贝的本发明核苷酸序列插入到宿主细胞中以增加基因产物的生产。核苷酸序列拷贝数的增加可以通过将至少一个额外拷贝的序列整合入宿主细胞基因组获得或者通过包含与核苷酸序列在一起的可扩增选择标记基因获得,在第二种情况下通过在适当选择剂存在下培养细胞能够筛选出包含扩增拷贝选择标记基因并因此包含附加拷贝核苷酸序列的细胞。
用于连接上述元件以构建本发明重组表达载体的方法对于本领域技术人员是众所周知的(见例如Sambrook等,1989,见上)。
宿主细胞
本发明还涉及包含本发明核酸构建体的重组宿主细胞,其方便地用于多肽的重组生产。如先前所描述,将包含本发明核苷酸序列的载体导入宿主细胞从而使载体作为染色体整合体或作为自主复制染色体外载体得以维持。
宿主细胞可以是单细胞微生物例如原核生物,或者是非单细胞微生物例如真核生物。
有用的单细胞是细菌细胞例如革兰氏阳性细菌(包括但不限于芽孢杆菌属(Bacillus)细胞,例如嗜碱芽孢杆菌(Bacillus alkalophilus)、解淀粉芽孢杆菌、短芽孢杆菌(Bacillus brevis)、环状芽孢杆菌(Bacilluscirculans)、克劳氏芽孢杆菌(Bacillus clausii)、凝结芽孢杆菌(Bacilluscoagulans)、Bacillus lautus、迟缓芽孢杆菌(Bacillus lentus)、地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、嗜热脂肪芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis);或者链霉菌属(Streptomyces)细胞例如变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)或鼠灰链霉菌(Streptomyces murinus))或者革兰氏阴性细菌如大肠杆菌和假单胞菌(Pseudomonas sp)。在一个优选的实施方案中,细菌宿主细胞是迟缓芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、嗜热脂肪芽孢杆菌或枯草芽孢杆菌细胞。在另一个优选的实施方案中,杆菌细胞是嗜碱性芽孢杆菌。
通过例如原生质体转化(见例如Chang和Cohen,1979,MolecularGeneral Genetics 168:111-115)、使用感受态细胞(见例如Young和Spizizin,1961,Journal of Bacteriology 81:823-829或Dubnau和Davidoff-Abelson,1971,Journal of Molecular Biology 56:209-221)、电穿孔(见例如Shigekawa和Dower,1988,Biotechniques 6:742-751)或者接合作用(见例如Koehler和Thorne,1987,Journal of Bacteriology 169:5771-5278)可以实现载体向细菌宿主细胞的导入。
宿主细胞可以是真核生物例如哺乳动物、昆虫、植物或真菌细胞。
在优选的实施方案中,宿主细胞是真菌细胞。如文中所使用“真菌”包括子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和接合菌门(Zygomycota)(如Hawksworth等在Ainsworth and Bisby’s Dictionary of The Fungi,第8版,1995,CABInternational,University Press,Cambridge,UK中所定义)以及卵菌门(Oomycota)(如在Hawksworth等,1995,同上,第171页中所引用)和全部有丝分裂孢子真菌(Hawksworth等,1995,同上)。
在更加优选的实施方案中,真菌宿主细胞是酵母细胞。如此处所使用的“酵母”包括产子囊酵母(内孢霉目(Endomycetales))、产担孢子目酵母(basidiosporogenous)和属于半知菌类的酵母(芽酵母属(Blastomycetes))。由于酵母的分类将来可能发生变化,为了本发明的目的,酵母应当如Biology and Activities of Yeast(Skinner,F.A.,Passmore,S.M.和Davenport,R.R.,编者,Soc.App.Bacteriol.Symposium Series No.9,1980)所描述进行定义。
在甚至更加优选的实施方案中,酵母宿主细胞是假丝酵母属(Candida)、汉逊酵母属(Hansenula)、克鲁维酵母属(Kluyveromyces)、毕赤酵母属(Pichia)、酵母属(Saccharomyces)、裂殖酵母属(Schizosaccharomyces)或亚罗酵母属(Yarrowia)细胞。
在最优选的实施方案中,酵母宿主细胞是卡尔酵母(Saccharomycescarlsbergensis)、酿酒酵母、糖化酵母(Saccharomyces diastaticus)、Saccharomyces douglasii、克鲁弗酵母(Saccharomyces kluyveri)、诺地酵母(Saccharomyces norbensis)或Saccharomyces oviformis细胞。在另一个最优选的实施方案中,酵母宿主细胞是乳酸克鲁维酵母(Kluyveromyceslactis)细胞。在另一个最选的实施方案中,酵母宿主细胞是解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)细胞。
在另一个优选的实施方案中,真菌宿主细胞是丝状真菌细胞。“丝状真菌”包括真菌门(Eumycota)和卵菌门(Oomycota)亚门的所有丝状真菌(如Hawksworth等,1995,见上,所定义)。丝状真菌的特征为具有由壳多糖、纤维素、葡聚糖、壳聚糖、甘露聚糖和其它复杂多糖构成的菌丝壁。营养生长通过菌丝延长进行并且碳代谢是专性需氧。与此不同,酵母例如酿酒酵母的营养生长是通过单细胞菌体的出芽进行并且碳代谢可以是发酵。
在甚至更加优选的实施方案中,丝状真菌宿主细胞是如顶孢霉属(Acremonium)、曲霉属(Aspergillus)、镰孢霉属(Fusarium)、腐质霉属(Humicola)、毛霉属(Mucor)、毁丝霉属(Myceliophthora)、脉孢菌属(Neurospora)、青霉属(Penicillium)、梭孢壳属(Thielavia)、弯颈霉属(Tolypocladium)或木霉属(Trichoderma)各种的细胞,但不限于此。
在最优选实施方案中,所述的丝状真菌宿主细胞是泡盛曲霉、臭曲霉(Aspergillus foetidus)、日本曲霉(Aspergillus japonicus)、构巢曲霉、黑曲霉、米曲霉细胞。在另一个最优选的实施方案中,丝状真菌宿主细胞是杆孢状镰孢(Fusarium bactridioides)、Fusarium cerealis、Fusariumcrookwellense、大刀镰孢(Fusarium culmorum)、禾本科镰孢(Fusariumgraminearum)、禾赤镰孢(Fusarium graminum)、异孢镰孢(Fusariumheterosporum)、合欢木镰孢(Fusarium negundi)、尖镰孢、多枝镰孢(Fusarium reticulatum)、粉红镰孢(Fusarium roseum)、接骨木镰孢(Fusarium sambucinum)、肤色镰孢(Fusarium sarcochroum)、拟分枝孢镰孢(Fusarium sporotrichioides)、硫色镰孢菌(Fusarium sulphureum)、Fusarium torulosum、Fusarium trichothecioides或Fusarium venenatum细胞。在甚至最优选的实施方案中,所述的丝状真菌母细胞是Fusariumvenenatum(Nirenberg sp.nov.)细胞。在另一个最优选的实施方案中,所述的丝状真菌宿主细胞是孤独腐质霉、柔毛腐质霉、米黑毛霉(Mucormiehei)、Myceliophthora thermophila、粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)、产紫青霉(Penicillium purpurogenum)、Thielavia terrestris、哈茨木霉(Trichoderma harzianum)、康宁木霉(Trichoderma koningii)、长柄木霉(Trichoderma longibrachiatum)、李氏木霉(Trichoderma reesei)或绿色木霉(Trichoderma viride)细胞。
真菌细胞可通过包括原生质体形成、原生质体转化和细胞壁再生的方法以本身已知的方式转化。适用于转化曲霉属宿主细胞的方法描述于EP238 023和Yelton等,1984,Proceedings of the National Academy of SciencesUSA 81:1470-1474。适用于转化镰孢霉属各种的方法描述于Malardier等,1989,Gene 78:147-156和WO 96/00787。对酵母的转化可使用Becker和Guarente(在Abelson,J.N.和Simon,M.I.,编者,Guide to Yeast Geneticsand Molecular Biology,Methods in Enzymology,第194卷,第182-187页,Academic Press,Inc.,New York中);Ito等,1983,Journal of Bacteriology153:163以及Hinnen等,1978,Proceedings of the National Academy ofSciences USA 75:1920中描述的方法进行。
生产方法
本发明还涉及用于产生本发明多肽的方法,其包括(a)在有利于多肽产生的条件下培养宿主细胞;和(b)回收多肽。
在本发明的生产方法中,使用本领域已知的方法将细胞培养于适宜多肽产生的营养培养基中。例如,可以通过在实验室或工业发酵罐内于适宜培养基中并且在允许多肽表达和/或分离的条件下进行摇瓶培养、小规模或大规模发酵(包括连续发酵、分批发酵、补料分批发酵或固态发酵)培养细胞。使用本领域已知的方法在包含碳和氮源和无机盐的适宜营养培养基中进行培养。适宜培养基可从商品供应商获得或者按照已公布的组成制备(例如在美国典型培养物保藏中心的产品目录中公布的组成)。如果多肽分泌入营养培养基,则可以直接从培养基回收多肽。如果多肽不分泌,则可以从细胞裂解物回收多肽。
使用本领域已知的对多肽特异的方法检测多肽。这些检测方法包括特异性抗体的使用、酶产物的形成或者酶底物的消失。例如,如文中所描述酶测定法可以用于测定多肽活性。
通过本领域已知的方法可以回收所得到的多肽。例如,通过包括但不限于离心、过滤、抽提、喷雾干燥、蒸发或沉淀的常规方法可以从营养培养基中回收多肽。
可以通过本领域已知的各种方法纯化本发明多肽,所述方法包括但不限于层析法(例如离子交换层析、亲和层析、疏水层析、色谱聚焦层析和大小排阻层析)、电泳方法(例如制备型等电聚焦电泳)、差异溶解度(例如硫酸铵沉淀)、SDS-PAGE或抽提(见例如Protein Purification,J.-C.Janson和Lars Ryden编,VCH Publishers,New York,1989)。
植物
本发明还涉及转基因植物、植物部分或植物细胞,它们已经用编码具有本发明抗微生物活性的多肽的核苷酸序列进行转化以便以可回收量表达并产生多肽。可以从植物或植物部分回收多肽。备选地,包含重组多肽的植物或植物部分可以用于提高食品或饲料的质量(例如提高营养价值、适口性和流变学特性)或者为了破坏抗营养因子。回收的多肽、植物或植物部分还可以用于改善或改变动物和家畜中的消化菌群。
转基因植物可以是双子叶的(双子叶植物)或单子叶的(单子叶植物)。单子叶植物的实例为草例如牧草(蓝草,禾本科)、饲料草如羊茅属(Festuca)、黑麦草属(Lolium)、温带草如Agrostis和谷类如小麦、燕麦、黑麦、大麦、稻、高梁和玉蜀黍(玉米)。
双子叶植物的实例为烟草、马铃薯、甜菜、豆类如羽扇豆、豌豆、扁豆和大豆、十字花科植物(十字花科(Brassicaceae))如花椰菜、油菜,以及关系密切的模式生物拟南芥菜(Arabidopsis thaliana)。
植物部分的实例为茎、愈伤组织、叶、根、果实、种子和块茎。特殊植物组织如叶绿体、质外体、线粒体、液泡、过氧化物酶体和细胞质也认为是植物部分。此外,任何植物细胞无论组织来源如何也认为是植物部分。
此类植物、植物部分和植物细胞的后代也包括于本发明范围之内。
按照本领域已知的方法可以构建表达本发明多肽的转基因植物或植物细胞。简言之,通过将编码本发明多肽的一个或多个表达构建体整合入植物宿主基因组并将所得到的修饰的植物或植物细胞繁殖成为转基因植物或植物细胞而构建植物或植物细胞。
方便地,表达构建体是包含编码本发明多肽的核苷酸序列的核酸构建体,其中核苷酸序列与在所选则植物或植物部分中表达核苷酸序列所需要的适当调控序列有效连接。此外,表达构建体包含用于鉴定表达构建体已经整合入其中的宿主细胞的选择标记和将构建体导入所述植物所必需的DNA序列(后者取决于所使用的DNA导入方法)。
对调控序列如启动子和终止子序列以及任选地信号或转运序列的选择要基于例如期望多肽在何时、何处和如何表达来确定。例如,编码本发明多肽的基因的表达可以是组成型的或可诱导的,或者可以是发育、时期或组织特异性的,并且基因产物可以靶向于特异组织或植物部分如种子或叶。调控序列描述于例如Tague等,1988,Plant Physiology 86:506。
对于组成型表达,可以使用35S-CaMV启动子(Franck等,1980,Cell 21:285-294)。器官特异性启动子可以是例如来自贮存库组织如种子、马铃薯块茎和果实(Edwards和Coruzzi,1990,Ann.Rev.Genet.24:275-303)或来自代谢库组织如分生组织(Ito等,1994,Plant Mol.Biol.24:863-878)的启动子,种子特异性启动子如来自水稻的谷蛋白、谷醇溶蛋白、球蛋白或白蛋白启动子(Wu等,1998,Plant and Cell Physiology 39:885-889)、来自蚕豆(Vicia faba)豆球蛋白B4和未知种子蛋白质基因的蚕豆启动子(Conrad等,1998,Journal of Plant Physiology 152:708-711)、来自种子油体蛋白质的启动子(Chen等,1998,Plant and Cell Physiology 39:935-941)、来自欧洲油菜(Brassica napus)的贮存蛋白质napA启动子或者本领域已知的任意其它种子特异性启动子例如WO 91/14772中描述的启动子。此外,启动子可以是叶特异性启动子例如来自水稻和番茄的rbcs启动子(Kyozuka等,1993,Plant Physiology 102:991-1000)、小球藻病毒腺嘌呤甲基转移酶基因启动子(Mitra和Higgins,1994,Plant Molecular Biology 26:85-93)或来自水稻的aldP基因启动子(Kagaya等,1995,Molecular and General Genetics 248:668-674),或者创伤诱导启动子如马铃薯pin2启动子(Xu等,1993,PlantMolecular Biology 22:573-588)。
启动子增强子元件也可以用于实现酶在植物中较高表达。例如,启动子增强子元件可以是位于启动子和编码本发明多肽的核苷酸序列之间的内含子。例如,Xu等(1993,同上)公开了水稻肌动蛋白1基因的第一个内含子用于增强表达的用途。
选择标记基因和表达构建体的任意其它部分可以从本领域可利用的那些进行选择。
按照本领域已知的常规技术将核酸构建体整合入植物基因组,所述技术包括土壤杆菌(Agrobacterium)介导的转化、病毒介导的转化、显微注射、粒子轰击、生物射弹转化和电穿孔(Gasser等,1990,Science 244:1293;Potrykus,1990,Bio/Technology 8:535;Shimamoto等,1989,Nature 338:274)。
目前,根癌土壤杆菌(Agrobacterium tumefaciens)介导的基因转移是选择用于产生转基因双子叶植物的方法(对于综述见Hooykas和Schilperoort,1992,Plant Molecular Biology 19:15-38)。然而该方法也能够用于转化单子叶植物,尽管其它转化方法对于这些植物通常是优选的。目前,选择用于产生转基因单子叶植物的方法是胚胎愈伤组织或发育胚胎的粒子轰击(用转化DNA包被的显微金或钨颗粒)(Christou,1992,PlantJournal 2:275-281;Shimamoto,1994,Current Opinion Biotechnology 5:158-162;Vasil等,1992,Bio/Technology 10:667-674)。转化单子叶植物的备选方法是Omirulleh等(Plant Molecular Biology,1993,21:415-428)所描述的基于原生质体的转化。
在转化之后,按照本领域众所周知的方法选择出其中整合有表达构建体的转化体并将转化体再生成为完整植物。
本发明还涉及产生本发明多肽的方法,其包括(a)在易于产生多肽的条件下培养包含编码多肽(具有本发明抗微生物活性)的核苷酸序列的转基因植物或植物细胞;和(b)回收多肽。
组合物
在更进一步的方面,本发明涉及包含本发明抗微生物多肽的组合物,例如药物组合物。
组合物可以包含作为主要多肽成分的本发明多肽,例如单一成分组合物。备选地,组合物可以包含多种酶活性,例如氨肽酶、淀粉酶、糖酶、羧肽酶、过氧化氢酶、纤维素酶、几丁质酶、角质酶、环糊精糖基转移酶、脱氧核糖核酸酶、酯酶、α-半乳糖苷酶、β-半乳糖苷酶、葡萄糖淀粉酶、α-葡糖苷酶、β-葡糖苷酶、卤素过氧化物酶、转化酶、漆酶、脂肪酶、甘露糖苷酶、氧化酶、果胶分解酶、肽谷氨酰胺酶、过氧化物酶、肌醇六磷酸酶、多酚氧化酶、蛋白水解酶、核糖核酸酶、转谷氨酰胺酶或木聚糖酶。
组合物可以进一步包含另一种药物活性试剂,例如另外的杀生物剂,例如表现为如上所述抗微生物活性的另一种抗微生物多肽。如本领域已知,杀生物剂可以是抗生素。抗生素种类包括青霉素类例如青霉素G、青霉素V、二甲氧基苯青霉素、苯唑青霉素、羧苄青霉素、乙氧萘青霉素、氨苄青霉素等等;与β-内酰胺酶抑制剂头孢菌素类相组合的青霉素例如氯头孢菌素、头孢唑啉、头孢呋辛、拉氧头孢等等;碳青霉烯类;单菌霉素类;氨基糖苷类;四环素类;大环内酯类;林可霉素类;多粘菌素类;磺胺类;喹啉类;氯霉素;甲硝唑;大观霉素;甲氧苄啶;万古霉素等等。杀生物剂还可以是抗真菌剂,包括多烯类如两性霉素B、制霉菌素;5-flucosyn;和唑类如咪康唑、酮康唑、依曲康唑和氟康唑。
在一个实施方案中,杀生物剂是非酶化学试剂。在另一个实施方案中,杀生物剂是非多肽化学试剂。
在杀生物剂的25%(w/w)水溶液中;优选地在10%(w/w)水溶液中;更加优选地在5%(w/w)水溶液中;甚至更加优选地在1%(w/w)水溶液中;最优选地在0.5%(w/w)水溶液中;并且具体而言在0.1%(w/w)水溶液中于20℃孵育8小时后(优选地4小时后,更加优选地2小时后,最优选地1小时后,并且具体而言30分钟后)能够将大肠杆菌(DSM 1576)或枯草芽孢杆菌(ATCC 6633)的活细胞数量降低至1/100。
当加入1000ppm浓度的杀生物剂时;优选地当加入500ppm浓度的杀生物剂时;更加优选地当加入250ppm浓度的杀生物剂时;甚至更加优选地当加入100ppm浓度的杀生物剂时;最优选地当加入50ppm浓度的杀生物剂时;并且具体而言当加入25ppm浓度的杀生物剂时,杀生物剂能够在25℃抑制大肠杆菌(DSM 1576)或枯草芽孢杆菌(ATCC 6633)的生长达24小时。
可以选择本发明抗微生物多肽和杀生物剂的组合物从而获得协同抗微生物作用。
组合物可以包含适当载体物质。组合物还可以包含适宜递送媒介物,当组合物用作药物时所述媒介物能够将本发明的抗微生物多肽递送至预期位点。
组合物可以按照本领域已知的方法制备并且组合物可以是液体或干燥形式的组合物。例如多肽组合物可以是颗粒或微颗粒形式。按照本领域已知的方法可以使组合物所包含的多肽稳定。
下面给出了本发明多肽组合物的优选用途的例子。基于本领域已知的方法可以确定本发明多肽组合物的剂量和使用该组合物时的其它条件。
方法和用途
本发明还包含本发明抗微生物多肽的多种用途。抗微生物多肽一般用于遭受细菌、真菌、酵母或藻类污染的任何场所。一般地,场所是水系统例如冷却水系统、洗衣房漂洗水,油系统例如切削油、润滑油、油田等等,在这些地方需要杀死微生物或者需要控制微生物生长。然而,本发明还用于已知抗微生物组合物有用的全部应用中,例如木材、乳胶、粘合剂、胶、纸张、硬纸板、织物、皮革、塑料、腻子胶和饲料的保护。
其它用途包括食品、饮料、化妆品如洗剂、乳膏、凝胶、软膏、肥皂、洗发剂、调节剂、止汗剂、除臭剂、漱口剂、隐形眼镜产品、酶制剂或食品成分的保藏。
因此,在例如痤疮、眼睛或口腔感染、皮肤感染的治疗中;在止汗剂或除臭剂中;在浴足盐中;在对隐形眼镜、坚硬表面、牙齿(口腔护理)、创伤、挫伤等等的清洗和消毒中,本发明抗微生物多肽可以用作消毒剂。
通常,可以预期本发明抗微生物多肽能够用于任何坚硬表面的清洗、消毒或抑制微生物生长。可以方便地与本发明抗微生物多肽相接触的表面的实例是在例如牛奶场、化学或药物加工厂、水卫生系统、油加工厂、纸浆加工厂、水处理厂和冷却塔使用的加工设备的表面。本发明抗微生物多肽应以一定量使用,该量可有效地对所述表面进行清洗、消毒或抑制微生物生长。
另外,可以预期本发明抗微生物多肽能够方便地用于就地清洗(C.I.P.)系统以便清洗任何种类加工设备。
本发明抗微生物多肽还可以用于食品加工厂和任何准备食物或餐饮服务区域(如医院、疗养院、餐馆特别是快餐馆、熟食店等等)的表面清洗和烹调器具清洗。本发明抗微生物多肽还可以在食品制品中用作抗微生物剂,并且其作为乳酪、水果和蔬菜以及沙拉条食品中的表面抗微生物剂是特别有用的。
本发明抗微生物多肽还可以用作水性涂料中的防腐剂或消毒剂。
本发明抗微生物多肽还可以用于水系的微生物控制以及用于水的消毒,具体而言用于工业水的消毒。
本发明还涉及本发明抗微生物多肽或组合物用作药物的用途。此外,本发明抗微生物多肽或组合物还可以用于制造控制或防止微生物(如真菌生物或细菌,优选革兰氏阳性细菌)的药物。
本发明组合物和抗微生物多肽还可以用作抗微生物兽用或人用治疗剂或预防剂。因此,本发明组合物和抗微生物多肽可以用于制备治疗微生物感染(如细菌或真菌感染,优选革兰氏阳性细菌感染)的兽用或人用治疗剂或预防剂。具体而言,微生物感染与肺病(包括但不限于结核病、肺炎和囊性纤维化)和性传播疾病(包括但不限于淋病和衣原体)相关。
本发明组合物包含有效量的本发明抗微生物多肽。
当文中使用时,术语“有效量”旨在指足以抑制所述微生物生长的本发明微生物多肽的量。
本发明还涉及创伤愈合组合物或产品如绷带、医疗用具如导管,并且进一步涉及抗皮屑头发产品如洗发剂。
本发明抗微生物多肽的制剂可施用于患有或者易患微生物感染的宿主。施用可以是局部的、局限的或全身的,这取决于特定微生物,优选局限施用。通常,本发明抗微生物多肽剂量足以使微生物菌群减少至少大约50%,通常减少至少1个杀死对数级(log of killing)并且可以降低2个或更多个杀死对数级。可以以降低微生物种群同时使任何副作用最小化的剂量施用本发明化合物。可以预期,对于体内使用可以在医师指导下获得并使用组合物。本发明抗微生物多肽特别地用于杀死革兰氏阴性细菌包括铜绿假单孢菌(Pseudomonas aeruginosa)和砂眼衣原体(Chlamydiatrachomatis)和革兰氏阳性细菌包括各种葡萄球菌和链球菌。
本发明抗微生物多肽对于杀死微生物的体外制剂也是有用的,特别是当人们不希望引入大量常规抗生素时。例如,本发明抗微生物多肽可以加入动物和/或人类食物制剂中;或者它们作为添加剂用于细胞体外培养以便防止微生物在组织培养中过度生长。
如实验部分所详细描述,通过体外测试可以确定特定微生物对本发明抗微生物多肽致死的敏感性。一般地,将各种浓度抗微生物多肽与微生物一起培养一段时间使蛋白质充分起作用,通常在大约1小时和1天之间。然后计数活的微生物并确定杀伤水平。
目的微生物包括但不限于革兰氏阴性细菌例如柠檬酸细菌(Citrobacter sp.);肠杆菌(Enterobacter sp.);埃希氏菌(Escherichia sp.),例如大肠杆菌;克雷伯氏菌(Klebsiella sp.);摩根氏菌(Morganella sp.);变形菌(Proteus sp.);普罗威登斯菌(Providencia sp.);沙门氏菌(Salmonellasp.)例如伤寒沙门氏菌(S.typhi),鼠伤寒沙门氏菌(S.typhimurium);沙雷氏菌(Serratia sp.);志贺氏菌(Shigella sp.);假单胞菌(Pseudomonassp.)例如铜绿假单孢菌;耶尔森氏菌(Yersinia sp.)例如鼠疫耶尔森氏菌(Y.pestis),假结核耶尔森氏菌(Y.pseudotuberculosis),小肠结肠炎耶尔森氏菌(Y.enterocolitica);弗朗西丝氏菌(Franciscella sp.);巴斯德氏菌(Pasturella sp.);弧菌(Vibrio sp.)例如霍乱弧菌(V.cholerae),副溶血弧菌(V.parahemolvticus);弯曲杆菌(Campylobacter sp.)例如空肠弯曲菌(C.jejuni);嗜血菌(Haemophilus sp.)例如流感嗜血菌(H.influenzae),杜氏嗜血菌(H.ducreyi);博德特氏菌(Bordetella sp.)例如百日咳博德特氏菌(B.pertussis),支气管炎博德特氏菌(B.bronchiseptica),副百日咳博德特氏菌(B.parapertussis);布鲁氏菌(Brucella sp.),奈瑟氏球菌(Neisseria sp.)例如淋病奈瑟氏球菌(N.gonorrhoeae),脑膜炎奈瑟氏球菌(N.meningitidis)等等。其它目的细菌包括军团菌(Legionella sp.)例如嗜肺军团菌(L.pneumophila);利斯特氏菌(Listeria sp.)例如单核细胞增生利斯特氏菌(L.monocytogenes);枝原体(Mycoplasma sp.)例如人型枝原体(M.hominis),肺炎枝原体(M.pneumoniae);分枝杆菌(Mycobacterium sp.)例如鸟结核分枝杆菌(M.tuberculosis),麻疯分枝杆菌(M.leprae);密螺旋体(Treponema sp.)例如苍白密螺旋体(T.pallidum);包柔螺旋体(Borrelia sp.)例如伯氏包柔螺旋体(B.burgdorferi);钩端螺旋体(Leptospirae sp.);立克次氏体(Rickettsia sp.)例如立氏立克次氏体(R.rickettsii),斑疹伤寒立克次氏体(R.typhi);衣原体(Chlamydia sp.)例如砂眼衣原体,肺炎衣原体(C.pneumoniae),鹦鹉热衣原体(C.psittaci);螺杆菌(Helicobacter sp.)例如幽门螺杆菌(H.pylori)等等。
非细菌性的目的病原体包括真菌和原生动物病原体,例如疟原虫(Plasmodia sp.)例如恶性疟原虫(P.falciparum),锥虫(Trypanosoma sp.)例如布氏锥虫(T.brucei);shistosomes;阿米巴(Entaemoeba sp.),隐球酵母(Cryptococcus sp.),假丝酵母(Candida sp.)例如白假丝酵母(C.albicans)等等。
可以采用多种方法施用。多肽制剂可以口服给药,或者通过血管内、皮下、腹膜注射给药、通过气溶胶、眼(opthalmically)、膀胱内、局部给药等等。例如通过吸入施用的方法是本领域述众所周知的。取决于待施用特异性抗微生物多肽、疾病性质、施用频率、施用方式、试剂从宿主的清除等等,治疗制剂的剂量将可以在很大范围内变动。起始剂量可以较大,随后是较小的维持剂量。剂量可以每周或每两周不频繁施用,或者分成较小剂量且每日、每半周施用一次或几次等等以便维持有效剂量水平。在许多情况下,口服施用比静脉内施用需要更高剂量。可以修饰酰胺键以及氨基和羧基末端以便在口服施用时具有更大稳定性。例如,羧基末端被酰胺化。
制剂
本发明化合物能够掺入到用于治疗性施用的各种制剂中。更加具体而言,本发明化合物能够通过与适当药用载体或稀释剂组合按配方配制成药物组合物,并且可以按配方制成固体、半固体、液体或气体形式的制剂例如片剂、胶囊剂、散剂、颗粒剂、软膏剂、乳膏剂、泡沫剂、溶液剂、栓剂、注射剂、吸入剂、凝胶剂、微球剂、洗剂和气雾剂。照此,化合物的施用能够以多种方式进行,包括口服、颊部、直肠、胃肠外、腹膜内、真皮内、经皮、气管内等等施用。本发明抗微生物多肽在施用后可以全身分布,或者可以通过使用能将活性剂量维持于植入位点的植入物或其它制剂使本发明抗微生物多肽在施用后局限分布。
在一个实施方案中,局部使用的制剂包含降低二价阳离子(具体而言是钙和镁)有效浓度的螯合剂。例如可以包括诸如柠檬酸盐、EGTA或EDTA的试剂,其中优选柠檬酸盐。柠檬酸盐浓度通常大约1-10mM。
本发明化合物能够单独施用、彼此组合施用或者能够与其它已知化合物(例如穿孔素、抗炎剂、抗生素等等)组合使用。在药物剂型中,化合物可以以其可药用盐的形式施用。以下方法和赋形剂仅作为实例而不是限制本发明。
对于口服制剂,化合物能够单独使用或者与适当添加剂组合以制成片剂、散剂、颗粒剂或胶囊剂,例如与常规添加剂如乳糖、甘露醇、玉米淀粉或马铃薯淀粉组合;与粘合剂如微晶纤维素、纤维素衍生物、阿拉伯树胶、玉米淀粉或明胶组合;与崩解剂如玉米淀粉、马铃薯淀粉或羧甲基纤维素钠组合;与润滑剂如滑石粉或硬脂酸镁组合;以及如果期望的话还可以与稀释剂、缓冲剂、润湿剂、防腐剂和调味剂组合。
通过将化合物以及(如果期望)常规添加剂如助溶剂、等渗剂、悬浮剂、乳化剂、稳定剂和防腐剂在水或非水溶剂(如植物油或其它类似油、合成脂肪酸甘油酯、高级脂肪酸酯或丙二醇)中溶解、悬浮或乳化而配制成用于注射的制剂。
化合物可以制成气雾剂制剂以便通过吸入施用。本发明化合物能够配制成可增压抛射剂如二氯二氟甲烷、丙烷、氮等等。
化合物可以与常规添加剂如助溶剂、等渗剂、悬浮剂、乳化剂、稳定剂和防腐剂配制成洗剂以防止例如烧伤感染。
而且,可以将化合物与多种基质如乳化基质或水溶性基质相混合制成栓剂。本发明化合物能够通过栓剂经直肠施用。栓剂包括诸如可可豆脂、碳蜡和聚乙二醇的媒介物,其在体温下熔化而在室温下固化。
可以提供用于口服或直肠施用的单位剂型如糖浆剂、酏剂和混悬剂,其中每种剂量单位如一茶匙、一大汤匙、片剂或栓剂包含预定量的含有一种或多种本发明化合物的组合物。同样,用于注射或静脉施用的单位剂型可以包含本发明化合物(作为无菌水溶液中的组合物)、生理盐水或另一种可药用载体。
用于缓释制剂的埋植剂是本领域众所周知的。埋植剂可按配方与生物可降解聚合物或非生物可降解聚合物配制成微球剂、板等等。例如,乳酸和/或乙醇酸的聚合物形成宿主可良好耐受的易蚀聚合物。将包含本发明抗微生物多肽的埋植剂放置于感染位点附近,以致于活性成分的局部浓度高于身体其它部位。
如文中所使用,术语“单位剂型”指适宜作为用于人或动物受试者的单一剂量的物理不连续单位,每一单位包含预定量的本发明化合物以及可药用稀释剂、载体或媒介物,预定量为所计算出的足以产生预期效果的量。本发明单位剂量的规格取决于所使用特定化合物和打算获得的效果,以及与宿主中的化合物相关的药效学。
可药用赋形剂如媒介物、佐剂、载体或稀释剂是公众可以得到的。而且,可药用辅助物质如pH调节剂和缓冲剂、张力调节剂、稳定剂、润湿剂等等是公众可以得到的。
全身施用的一般剂量范围为每次每公斤受试者体重0.1pg-100毫克。一般剂量为每次一个片剂,每日2-6次,或者每次一个按比例增加活性成分含量的定时释放胶囊或片剂,每日一次。使用在不同pH值下溶解的胶囊材料,通过由渗透压缓慢释放的胶囊或者通过任何其它已知的控制释放方法获得定时释放效果。
技术人员将容易意识到,剂量水平可以随特异化合物的功能、症状的严重性和受试者对副作用的易感性而改变。一些特异化合物比其它化合物更有效。本领域技术人员通过多种方法可以容易地确定给定化合物的优选剂量。优选方法是测量给定化合物的生理效能。
脂质体用作递送工具是目的方法之一。脂质体与靶位点的细胞融合并将腔内内容物递送入细胞内。使用多种保持接触的方法(如分离、粘合剂等等),可以将脂质体与细胞保持接触足够的时间以便融合。在本发明的一方面,将脂质体设计成气雾化经肺施用。使用介导膜融合的纯化蛋白质或肽如仙台病毒或流感病毒等等制备脂质体。脂类可以是已知形成脂质体的脂类的任意有用的组合,其中形成脂质体的脂类包括阳离子或两性离子脂类如磷酯酰胆碱。剩余的脂类通常是中性或酸性脂类,如胆固醇、磷脂酰丝氨酸、磷脂酰甘油等等。
为了制备脂质体,可以使用Kato等(J.Biol.Chem.1991,266:3361)所描述的方法。简言之,将脂类和包含肽的腔内组合物组合于适宜水介质中,方便地为总固体量为重量的大约1-10%的盐介质。大约5-60秒的短时间剧烈振荡后,将管置于大约25-40℃的温水浴中,并且重复该循环大约5-10次。然后将组合物超声达适宜时间,通常大约1-10秒,并且通过涡旋振荡进一步搅动。然后加入水介质以扩大体积,通常增加大约1-2倍的体积,随后摇动并冷却。该方法允许将高分子量分子掺入腔内。
具有其它活性剂的制剂
为了用于本发明方法,本发明抗微生物多肽可以与其它药物活性剂、具体而言为其它抗微生物剂一起进行配制。如本领域已知,其它目的试剂包括广泛多种的抗生素。抗生素的类别包括青霉素例如青霉素G、青霉素V、二甲氧基苯青霉素、苯唑青霉素、羧苄青霉素、乙氧萘青霉素、氨苄青霉素等等;与β-内酰胺酶抑制剂头孢菌素类组合的青霉素例如氯头孢菌素、头孢唑啉、头孢呋辛、拉氧头孢等等;碳青霉烯类;单菌霉素类;氨基糖苷类抗生素;四环素类;大环内酯类;林可霉素类;多粘菌素类;磺胺类;喹啉类;氯霉素;甲硝唑;大观霉素;甲氧苄啶;万古霉素等等。
抗霉菌剂也是有用的,其包括多烯类如两性霉素B、制霉菌素;5-flucosyn;和唑类如咪康唑、酮康唑、依曲康唑和氟康唑。抗结核药包括异烟肼、乙胺丁醇、链霉素和利福平。本发明抗微生物多肽制剂也可以包括细胞因子,例如干扰素γ、肿瘤坏死因子α、白介素12等等。
体外合成
本发明抗微生物肽可以使用如本领域已知的常规方法体外合成制备。可以获得多种商业化的合成装置例如Applied Biosystems Inc.、Beckman等的自动化合成仪。通过使用合成仪可以将天然存在氨基酸替换为非天然氨基酸,特别是D-异构体(或D-型)如D-丙氨酸和D-异亮氨酸、非对映异构体、具有不同长度或功能性的侧链等等。特定序列和制备方式将根据方便性、经济状况、所需纯度等等确定。
可以向包含适宜功能性的多种肽或蛋白质提供化学交联以便结合,例如氨基用于形成酰胺或取代酰胺如还原性胺化作用、巯基用于形成硫醚或二硫化物、羧基用于形成酰胺等等。
如果期望,在合成或表达过程中可以将多种基团引入肽内,这允许与其它分子或表面连接。因此半胱氨酸能够用于产生硫醚、组氨酸用于与金属离子络合物连接、羧基用于形成酰胺或酯、氨基用于形成酰胺等等。
按照重组合成的常规方法还可以分离并纯化多肽。裂解物可以是从表达宿主制备的并且可以使用HPLC、大小排阻层析、凝胶电泳、亲和层析或其它纯化技术纯化裂解物。对于绝大部分,相对于产物制备方法及其纯化相关的污染物,所使用的组合物以重量计将包含至少20%的目的产物,更加通常至少大约75%,优选地至少大约95%,并且为了治疗目的通常至少大约99.5%。通常,百分比以总蛋白质为基础。
动物饲料
本发明还涉及将具有抗微生物活性的多肽用于动物饲料的方法,以及包含本发明抗微生物多肽的饲料组合物和饲料添加剂。
术语动物包括全部动物,包括人类。动物的例子为非反刍动物和反刍动物如奶牛、绵羊和马。在特定实施方案中,动物是非反刍动物。非反刍动物包括单胃动物例如猪或猪类(包括但不限于小猪、生长猪和母猪);家禽例如火鸡和小鸡(包括但不限于烧烤鸡、母鸡);年幼小牛;和鱼(包括但不限于鲑鱼)。
术语饲料或饲料组合物意思是指适宜或旨在由动物摄入的任何化合物、制剂、混合物或者组合物。
在根据本发明的用途中,抗微生物多肽可以在喂食之前、之后或同时投喂于动物。优选同时投喂。
在一个特定实施方案中,对加入到饲料中或饲料添加剂中的形式的抗微生物多肽进行了充分限定。充分限定意思是指如通过大小排阻层析所确定抗微生物多肽制剂纯度至少为50%(见WO 01/58275的实施例12)。在另一个特定实施方案中,如通过该方法所确定抗微生物多肽制剂纯度至少为60%、70%、80%、85%、88%、90%、92%、94%或者至少95%。
充分限定的抗微生物多肽制剂是有利的。例如,正确地确定投喂基本上没有其它抗微生物多肽干扰或污染的抗微生物多肽的剂量更加容易。术语正确地确定剂量具体而言是指获得一致和恒定结果的目标以及基于预期效果优化剂量的能力。
然而,对于在动物饲料中的用途,抗微生物多肽不需要那种纯度;它可以包含例如其它酶,在这种情况下其可以称为抗微生物多肽制剂。
抗微生物多肽制剂能够(a)直接加入饲料(或者直接用于植物性蛋白的处理过程中),或者(b)用于一种或多种中间组合物如随后加入到饲料中的饲料添加剂或综合微量添加剂(premix)的生产中(或者用于处理过程中)。上面所描述的纯度的程度是指最初抗微生物多肽制剂的纯度,而不管是否按照上面(a)或(b)使用。
使用重组生产方法尤其可以获得该数量级纯度的抗微生物多肽制剂,然而当抗微生物多肽是通过传统发酵方法生产时,该数量级纯度的抗微生物多肽制剂不易得到并且还存在批次间差异。
当然此种抗微生物多肽制剂可以与其它酶混合。
如文中所使用,术语植物蛋白是指包含至少一种衍生于或来源于植物的蛋白质(包括修饰蛋白质和蛋白质衍生物)的任何化合物、组合物、制剂或混合物。在特定实施方案中,植物蛋白的蛋白质含量为至少10%、20%、30%、40%、50%或60%(w/w)。
植物蛋白可以从植物性蛋白质来源如豆类和谷类得到,例如来自豆科(Fabaceae(Leguminosae))、十字花科(Cruciferaceae)、藜科(Chenopodiaceae)和禾本科(Poaceae)植物的材料,如大豆粉、羽扇豆粉和油菜籽粉。
在特定实施方案中,植物性蛋白质来源是来自一种或多种豆科植物如大豆、羽扇豆、豌豆或扁豆的材料。
在另一个特定实施方案中,植物性蛋白质来源是来自一种或多种藜科植物如甜菜、糖甜菜、菠菜或昆诺阿藜的材料。
植物性蛋白质来源的其它例子是油菜籽和甘蓝。
大豆是优选的植物性蛋白质来源。
植物性蛋白质来源的其它例子是谷类例如大麦、小麦、黑麦、燕麦、玉蜀黍(玉米)、水稻和高梁。
当抗微生物多肽是相对纯的抗微生物多肽时能够以任何形式加入到饲料,或者与其它旨在添加到动物饲料中的其它成分相混合,即以动物饲料添加剂(例如所谓的动物饲料综合微量添加剂)的形式。
在本发明的另一方面涉及用于动物饲料的组合物,例如动物饲料和动物饲料添加剂如综合微量添加剂。
除了包含本发明抗微生物多肽之外,本发明动物饲料添加剂还包含至少一种脂溶性维生素和/或至少一种水溶性维生素和/或至少一种微量矿物质(trace mineral)和/或至少一种巨量矿物质(macro mineral)。
此外,任选地,饲料添加成分是着色剂、芳香化合物、稳定剂和/或至少一种选自肌醇六磷酸酶EC 3.1.3.8或3.1.3.26;木聚糖酶EC 3.2.1.8;半乳聚糖酶EC 3.2.1.89和/或β-葡聚糖酶EC 3.2.1.4的其它酶。
在一个特定实施方案中,这些其它酶是充分限定的(如上对抗微生物多肽制剂所限定)。
其它抗微生物肽(AMP)的例子是CAP18、Leucocin A、Tritrpticin、Protegrin-1、Thanatin、Defensin、Ovispirin如Novispirin(Robert Lehrer,2000)或者保留抗微生物活性的其变体或片段。
其它抗真菌多肽(AFP)的例子是巨大曲霉(Aspergillus giganteus)和黑曲霉肽,以及保留抗真菌活性的其变体或片段,如在WO 94/01459和PCT/DK02/00289[一旦公布则替换成WO编号]中所描述。
通常脂溶性和水溶性微生素以及微量矿物质形成了旨在添加到饲料中的所谓综合微量添加剂的部分,而巨量矿物质通常分开加入到饲料中。当组合物中富含本发明抗微生物多肽时,任一种类型的这些组合物是本发明的动物饲料添加剂。
在特定实施方案中,在动物饵料或饲料中旨在包含(或规定必须包含)0.01-10.0%、更加具体而言0.05-5.0%或者0.2-1.0%(%意思是每100g饲料中添加剂的克数)水平的本发明动物饲料添加剂。特别是对于综合微量添加剂情况如此。
以下是这些组分的非排外性实例清单:
脂溶性维生素的例子是维生素A、维生素D3、维生素E和维生素K如维生素K3。
水溶性维生素的例子是维生素B12、生物素和胆碱、维生素B1、维生素B2、维生素B6、烟酸、叶酸和泛酸如D-泛酸钙。
微量矿物质的例子是锰、锌、铁、铜、碘、硒和钴。
巨量矿物质是钙、磷和钠。
这些组分的营养需求(以家禽和小猪/猪为例)列于WO 01/58275的表A中。营养需求意思是指这些组分将以所指定浓度提供于饵料中。
在另一方面,本发明动物饲料添加剂包含至少一种在WO 01/58275表A中所指定的个别组分。至少一种意思是指1种、或2种、或3种、或4种等等直到全部13种、或者直到全部15种个别组分中的任一种、一种或多种。更加明确地说,本发明添加剂中所包含的该至少一种个别组分的量能够提供在表A第4列、或第5列、或第6列所指定范围内的饲料内浓度。
本发明还涉及动物饲料组合物。动物饲料组合物或饵料具有相对高含量的蛋白质。如在WO 01/58275中表B第2-3列所指出,对家禽和猪的饲料进行特征描述。如在表B第4列所指出,对鱼类饵料进行特征描述。此外,此类鱼类饵料通常具有200-310g/kg的粗脂肪含量。
根据本发明的动物饲料组合物具有50-800g/kg的粗蛋白质含量,并且此外还包含至少一种如文中所要求权利保护的抗微生物多肽。
此外,或者作为(对于上面所指出的粗蛋白质含量的)选择,本发明动物饲料组合物具有10-30MJ/kg的可代谢能量含量;和/或0.1-200g/kg的钙含量;和/或0.1-200g/kg的可利用的磷含量;和/或0.1-100g/kg的蛋氨酸含量;和/或0.1-150g/kg的蛋氨酸加半胱氨酸含量;和/或0.5-50g/kg的赖氨酸含量。
在特定实施方案中,可代谢能量、粗蛋白质、钙、磷、蛋氨酸、蛋氨酸加半胱氨酸和/或赖氨酸的含量处于WO 01/58275表B中第2、3、4或5列(R.2-5)的任意一个的范围内。
粗蛋白质计算为氮(N)乘以系数6.25,即粗蛋白质(g/kg)=N(g/kg)×6.25。通过Kjeldahl方法确定氮含量(A.O.A.C.,1984,Official Methods ofAnalysis第14版,Association of Official Analytical Chemists,WashingtonDC)。
基于NRC出版物猪的营养需求(Nutrient requirements in swine)(第9次修订版,1988,国家研究委员会,农业委员会,动物营养委员会,猪营养小组委员会,National Academy Press,Washington,D.C.,第2-6页)和欧洲家禽饲料能量值表(the European Table of Energy Values for PoultryFeed-stuffs)(Spelderholt centre for poultry research and extension,7361DA Beekbergen,荷兰Grafisch bedrijf Ponsen & looijen bv,Wageningen.ISBN 90-71463-12-5)计算可代谢能量。
对完全动物饵料中钙、可利用磷和氨基酸的饵料内含量的计算基于饲料表例如Veevoedertabel 1997,gegevens over chemische samenstelling,verteerbaarheid en voederwaarde van voedermiddelen,、CentralVeevoederbureau,Runderweg 6,8219pk Lelystad.ISBN 90-72839-13-7。
在一个特定实施方案中,本发明动物饲料组合物包含至少一种如上所定义的植物性蛋白质或蛋白质来源。
在另一个特定实施方案中,本发明动物饲料组合物包含0-80%玉蜀黍;和/或0-80%高梁;和/或0-70%小麦;和/或0-70%大麦;和/或0-30%燕麦;和/或0-40%大豆粉;和/或0-10%鱼粉;和/或0-20%乳清。动物饵料能够加工成例如捣碎饲料(非颗粒)或颗粒饲料。一般地,磨碎的饲料是混合的,并且根据对所述物种的规范添加足够量的必需维生素和矿物质。酶可以作为固体或液体酶制剂加入。例如固体酶制剂一般在混合步骤之前或混合步骤过程中加入;而液体酶制剂一般在粒化步骤之后加入。酶还可以掺入到饲料添加剂或综合微量添加剂中。
饵料中最终酶浓度在0.01-200mg酶蛋白质/kg饵料的范围内,例如在5-30mg酶蛋白质/kg动物饵料的范围内。
抗微生物多肽可以以下列量(剂量范围)的一种或多种施用:0.01-200;或0.01-100;或0.05-100;或0.05-50;或0.10-10-全部这些范围为每千克饲料中的抗微生物多肽蛋白质毫克数(ppm)。
为了确定每千克饲料中抗微生物多肽蛋白质的毫克数,从饲料组合物纯化抗微生物多肽,并且使用相关测定法(见下面抗微生物活性、底物和测定法)确定所纯化抗微生物多肽的特异活性。照此使用相同测定法还可确定饲料组合物的抗微生物活性,并且基于这两次测定可计算出每千克饲料中抗微生物多肽蛋白质毫克数的剂量。
也可使用相同原理确定饲料添加剂中的抗微生物多肽蛋白质的毫克数。当然,如果用于制备饲料添加剂或饲料的抗微生物多肽样品是可以得到的,则可以从该样品中测定特异活性(不需要从饲料组合物或添加剂纯化抗微生物多肽)。
清洁剂组合物
本发明的抗微生物多肽可添加至洗涤剂组合物中并且因此成为它们的一种组分。
本发明的洗涤剂组合物可以配制成例如手洗或机洗衣物洗涤剂组合物(其包含适用于预处理脏织物的衣物添加剂组合物和漂洗加入的织物柔软剂组合物),或者配制成用于一般家居硬质表面清洁操作的洗涤剂组合物,或者配制成用于手工用或机器用洗碟操作的洗涤剂组合物。
在一个特定方面,本发明提供了包含本发明抗微生物多肽和表面活性剂的洗涤剂添加剂。洗涤剂添加剂以及洗涤剂组合物可以包含一种或多种其它酶,如另一种蛋白酶、脂肪酶、角质酶、淀粉酶、糖酶、纤维素酶、果胶酶、甘露聚糖酶、阿拉伯糖酶、半乳聚糖酶、木聚糖酶、氧化酶(例如漆酶)和/或过氧化物酶(例如卤素过氧化物酶)。
通常,所选则酶的特征应当与所选择洗涤剂相容(例如最佳pH、与其它酶或非酶成份的相容性等等),并且酶应当以有效量存在。
蛋白酶:适宜蛋白酶包括那些动物来源、植物来源或微生物来源的蛋白酶。优选微生物来源的蛋白酶。化学修饰的或蛋白质工程改造的突变体包括在内。蛋白酶可以是丝氨酸蛋白酶或金属蛋白酶,优选碱性微生物蛋白酶或胰蛋白酶样蛋白酶。碱性蛋白酶的实例是枯草蛋白酶,尤其是源自芽孢杆菌属的那些枯草蛋白酶,如枯草蛋白酶Novo、枯草蛋白酶Carlsberg、枯草蛋白酶309、枯草蛋白酶147和枯草蛋白酶168(在WO89/06279中描述)。胰蛋白酶样蛋白酶的实例是胰蛋白酶(如猪或牛来源)和在WO 89/06270和WO 94/25583中描述的镰孢霉属蛋白酶。
有用蛋白酶的实例是在WO 92/19729、WO 98/20115、WO 98/20116和WO 98/34946中描述的变体,尤其在如下位置存在一个或多个替代的变体:第27、36、57、76、87、97、101、104、120、123、167、170、194、206、218、222、224、235和274位。
脂肪酶:适宜脂肪酶包括那些细菌来源或真菌来源的脂肪酶。化学修饰的或蛋白质工程改造的突变体包括在内。有用脂肪酶的实例包括来自腐质霉属(同义词嗜热真菌属)如在EP 258 068和EP 305 216中描述的柔毛腐质霉或者在WO 96/13580中描述的孤独腐质霉的脂肪酶;假单胞菌脂肪酶如来自产碱假单胞菌(P.alcaligenes)或类产碱假单胞菌(P.pseudoalcaligenes)(EP 218272)、洋葱假单胞菌(P.cepacia)(EP 331 376)、施氏假单胞菌(P.stutzeri)(GB 1,372,034)、荧光假单胞菌(P.fluorescens)、假单胞菌种SD 705菌株(Pseudomonas sp.strain SD 705)(WO 95/06720和WO 96/27002)、P.wisconsinensis(WO 96/12012)的脂肪酶;芽孢杆菌脂肪酶如来自枯草芽胞杆菌(Dartois等,(1993),Biochemica et Biophysica Acta,1131,253-360)、嗜热脂肪芽孢杆菌(JP 64/744992)或短小芽孢杆菌(WO91/16422)的脂肪酶。
另一些实例是如在WO 92/05249、WO 94/01541、EP 407225、EP 260105、WO 95/35381、WO 96/00292、WO 95/30744、WO 94/25578、WO95/14783、WO 95/22615、WO 97/04079和WO 97/07202中描述的那些脂肪酶变体。
淀粉酶:适宜淀粉酶(α和/或β)包括那些细菌来源或真菌来源的淀粉酶。化学修饰的或蛋白质工程改造的突变体包括在内。淀粉酶包括例如自芽孢杆菌如更加详细描述于GB 1,296,839中的地衣芽孢杆菌特定株获得的α-淀粉酶。
有用淀粉酶的实例是在WO 94/02597、WO 94/18314、WO 96/23873和WO 97/43424中描述的变体,尤其在如下位置存在一个或多个替代的变体:第15、23、105、106、124、128、133、154、156、181、188、190、197、202、208、209、243、264、304、305、391、408和444位。
纤维素酶:适宜纤维素酶包括那些细菌来源或真菌来源的纤维素酶。化学修饰的或蛋白质工程改造的突变体包括在内。适宜纤维素酶包括来自芽孢杆菌属、假单胞菌属、腐质霉属、镰孢霉属、梭孢壳属、顶孢霉属的纤维素酶,例如公开于US 4,435,307、US 5,648,263、US 5,691,178、US5,776,757和WO 89/09259中的由孤独腐质霉、Myceliphthora thermophila和尖镰孢产生的真菌纤维素酶。
尤其适合的纤维素酶是助于护色的碱性或中性纤维素酶。此类纤维素酶的实例是在EP 0 495 257、EP 0 531 372、WO 96/11262、WO 96/29397、WO 98/08940中描述的纤维素酶。另一些实例是在WO 94/07998、EP 0 531315、US 5,457,046、US 5,686,593、US 5,763,254、WO 95/24471、WO98/12307和PCT/DK98/00299中描述的那些纤维素酶变体。
过氧化物酶/氧化酶:适宜过氧化物酶/氧化酶包括那些植物、细菌或真菌来源的过氧化物酶/氧化酶。化学修饰的或蛋白质工程改造的突变体包括在内。有用过氧化物酶的实例包括来自鬼伞属(Coprinus)如灰盖鬼伞(C.cinereus)的过氧化物酶以及在WO 93/24618、WO 95/10602和WO98/15257中描述的它们的变体。
通过添加包含一种或多种酶的单独添加剂或通过添加包含所有这些酶的组合添加剂,使洗涤剂组合物中包含洗涤剂酶。本发明的洗涤剂添加剂(即单独添加剂或组合添加剂)可配制成颗粒、液体、浆夜等。优选的洗涤剂添加剂制剂是颗粒(尤其为非尘状颗粒)、液体(尤其是稳定液体)或浆液。
非尘状的颗粒可例如按照US 4,106,991和4,661,452中所公开那样产生并且可任选地通过本领域已知的方法包衣。蜡质包衣材料的实例是平均分子量为1000-20000的聚(环氧乙烷)产物(聚乙二醇,PEG);具有16-50个环氧乙烷单元的乙氧基化壬基酚;在醇中包含12-20个碳原子并且存在15-18个环氧乙烷单元的乙氧基化脂肪醇;脂肪醇;脂肪酸以及脂肪酸的单甘油酯、二甘油酯和三甘油酯。适用于通过流化床技术形成膜的包衣材料的实例在GB 143591中给出。液体酶制剂可以根据已建立方法通过加入多元醇如丙二醇、糖或糖醇、乳酸或硼酸进行稳定处理。经保护的酶可根据在EP238,216中公开的方法制备。
本发明的洗涤剂组合物可为任何方便形式,如棒状、片状、粉末、颗粒状、糊状或液体。液体洗涤剂可以是含水液体,一般含有高达70%的水和0-30%的有机溶剂,或者是非水液体。
洗涤剂组合物包含一种或多种表面活性剂,所述表面活性剂可以是包括半极性在内的非离子表面活性剂和/或阴离子表面活性剂和/或阳离子表面活性剂和/或两性离子表面活性剂。表面活性剂水平一般为重量的0.1%-60%。
当在洗涤组合物中包含阴离子表面活性剂时,所述洗涤剂一般包含大约1%至大约4%的阴离子表面活性剂,例如直链烷基苯磺酸钠、α烯烃磺酸酯、烷基硫酸盐(脂肪醇硫酸盐)、醇乙氧基硫酸盐、仲烷基磺酸盐、α硫代脂肪酸甲酯、烷基或烯基琥珀酸或皂。
当在洗涤组合物中包含非离子表面活性剂时,所述洗涤剂一般包含大约0.2%至大约40%的非离子表面活性剂,例如醇乙氧基化物、壬基苯酚乙氧基化物、烷基多葡糖苷、烷基二甲基胺氧化物、乙氧基化脂肪酸单乙醇酰胺、脂肪酸单乙醇酰胺、多羟基烷基脂肪酰胺或葡糖胺的N-酰基N-烷基衍生物(“葡糖酰胺(glucamides)”)。
洗涤剂可以包含0-65%的助洗剂或络合剂,如沸石、二磷酸盐、三磷酸盐、膦酸盐、碳酸盐、柠檬酸盐、氨三乙酸、乙二胺四乙酸、二亚乙基三胺五乙酸、烷基或链烯基琥珀酸、可溶性硅酸盐或层状硅酸盐(例如来自Hoechst的SKS-6)。
洗涤剂可以包含一种或多种聚合物。聚合物的实例是羧甲基纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、聚乙二醇、聚乙烯醇、聚乙烯吡啶N-氧化物、聚乙烯咪唑、聚羧酸酯如聚丙烯酸酯、马来酸/丙烯酸共聚物和甲基丙烯酸月桂酯/丙烯酸共聚物。
洗涤剂可以包含含有过氧化氢源如过硼酸盐或过碳酸盐的漂白系统,其中所述过氧化氢源可与形成过酸的漂白激活物如四乙酰基乙二胺或壬酰羟苯磺酸盐混合。备选地,漂白系统可包含例如酰胺型、二酰亚胺型或砜型的过氧酸。
本发明洗涤剂组合物中的酶(类)可使用常规稳定剂进行稳定,稳定剂如多元醇例如丙二醇或甘油、糖或糖醇、乳酸、硼酸、或硼酸衍生物如芳香硼酸酯、或苯基硼酸衍生物如4-甲酰苯基硼酸,并且组合物可以按照如WO 92/19709和WO 92/19708中所述配制。
洗涤剂还可以包含其它常规洗涤剂成份例如织物调节剂,包括粘土、泡沫促进剂、抑泡剂、防腐剂、污垢悬浮剂、防尘污再沾着剂、染料、杀菌剂、荧光增白剂、水溶助长剂、晦暗抑制剂或香料。
目前考虑按照相当于每升洗涤液体0.01-100毫克酶蛋白、优选每升洗涤液体0.05-10毫克酶蛋白、更加优选每升洗涤液体0.1-5毫克酶蛋白并且最优选每升洗涤液体0.1-1毫克酶蛋白的量向洗涤剂组合物中加入任意酶和本发明的抗微生物多肽。
本发明的抗微生物多肽可以额外加入到WO 97/07202中所公开的洗涤剂配方中,该专利文中引用作为参考。
通过以下实施例进一步描述本发明,这些实施例将不构成对本发明范围的限制。
实施例
用作缓冲液和底物的化学试剂是至少试剂级的商业化产品。
实施例1:合成的抗微生物肽的设计、构建和评价
为了研究和设计具有有效抗微生物活性的新的AMP,构建了一系列假定的AMP。选择3个相邻精氨酸置于6个连续的四氨基酸重复之前。基于其膜相互作用能力和在天然的PR富含肽中的丰度,选择苯丙氨酸作为系列最初的疏水残基(Z1-Z12)。这导致形成12种不同的衍生物,将衍生物指定为SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:12(见表1)。
从12条特异寡核苷酸(引物1至引物12)合成了编码SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:12的12个基因,每一个编码一条肽。通过互补引物(引物13)在标准PCR反应中进行5轮循环的聚合作用将单链寡核苷酸转变成双链DNA。NcoI DNA限制性酶切位点(加下划线)位于引物近端部分而XbaI限制性酶切位点(加下划线)位于引物远端部分-这些位点用于克隆入相应表达载体pBAD/gIIIA(Invitrogen,美国)。
引物1-SEQ ID NO:1正向(SEQ ID NO:320):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCGCC ACGTTTTCCA CCTCGTTTTC CACCTCGTTT
CCCTCCACGT TTCCCTCCAC GCTTCCCACC TCGTTTCTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物2-SEQ ID NO:2正向(SEQ ID NO:321):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCACG TTTTCCACCT CGTTTTCCAC CTCGTTTCCC
TCCACGTTTC CCTCCACGCT TCCCACCTCG TTTCCCGTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物3-SEQ ID NO:3正向(SEQ ID NO:322):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCGTTT TCCACCTCGT TTTCCACCTC GTTTCCCTCC
ACGTTTCCCT CCACGCTTCC CACCTCGTTT CCCGCCATAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物4-SEQ ID NO:4正向(SEQ ID NO:323):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTTTTCC ACCTCGTTTT CCACCTCGTT TCCCTCCACG
TTTCCCTCCA CGCTTCCCAC CTCGTTTCCC GCCACGTTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物5-SEQ ID NO:5正向(SEQ ID NO:324):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCACG TCCTTTTCCG CGCCCTTTTC CACGTCCATT
CCCTCGTCCT TTCCCACGCC CTTTTCCACG CCCATTCTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物6-SEQ ID NO:6正向(SEQ ID NO:325):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCGTCC TTTTCCGCGC CCTTTTCCAC GTCCATTCCC
TCGTCCTTTC CCACGCCCTT TTCCACGCCC ATTCCCATAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物7-SEQ ID NO:7正向(SEQ ID NO:326):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCTTT TCCGCGCCCT TTTCCACGTC CATTCCCTCG
TCCTTTCCCA CGCCCTTTTC CACGCCCATT CCCACGTTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物8-SEQ ID NO:8正向(SEQ ID NO:327):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTTTTCC GCGCCCTTTT CCACGTCCAT TCCCTCGTCC
TTTCCCACGC CCTTTTCCAC GCCCATTCCC ACGTCCTTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物9-SEQ ID NO:9正向(SEQ ID NO:328):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCACC ATTTCGTCCA CCTTTCCGTC CTCCATTTCG
CCCGCCGTTT CGGCCACCGT TTCGACCTCC TTTCCGTTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物10-SEQ ID NO:10正向(SEQ ID NO:329):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCCATT TCGTCCACCT TTCCGTCCTC CATTTCGCCC
GCCGTTTCGG CCACCGTTTC GACCTCCTTT CCGTCCATAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物11-SEQ ID NO:11正向(SEQ ID NO:330):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTTTTCG TCCACCTTTC CGTCCTCCAT TTCGCCCGCC
GTTTCGGCCA CCGTTTCGAC CTCCTTTCCG TCCACCATAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物12-SEQ ID NO:12正向(SEQ ID NO:331):
CCATAGCA
CC ATGGCGCGTC GCCGTCGTCC ACCTTTCCGT CCTCCATTTC GCCCGCCGTT
TCGGCCACCG TTTCGACCTC CTTTCCGTCC ACCATTTTAA TTGC
TCTAGA ACAAAAACTC
引物13-反向(SEQ ID NO:332):
GAGTTTTTGT
TCTAGAGCAA TTA
如国际专利申请WO 00/73433的实施例1中所公开,在自杀表达系统(SES)中测试了AMP的抗生素活性。该系统应用敏感宿主(这里为大肠杆菌)和具有可诱导启动子的质粒(pBAD/gIIIA)。如果肽具有抗菌活性,肽合成的诱导将导致生产细胞的生长抑制和/或细胞死亡-因此为自杀表达系统。通常,抗微生物活性越强,所观察到的抑制作用越强。
将12个双链PCR片段进行纯化,用XbaI和NcoI进行限制性酶切并将其克隆入pBAD/gIIIA,将它们转化入大肠杆菌TOP10(Invitrogen),并在含有100μg/ml氨苄青霉素的LB琼脂平板上重新划线接种。SEQ IDNO:1至SEQ ID NO:12的各个克隆在37℃下生长于100微孔板(Honeycomb板)的150μl RM+0.2%葡萄糖+100μg/ml氨苄青霉素中,培养基在Bioscreen C(Thermosystems,芬兰)中振荡。
将过夜培养物在100孔honeycomb板中的150μl RM+0.2%甘油+100μg/ml氨苄青霉素(不含有或含有0.1%的诱导物(阿拉伯糖))中稀释50倍。通过在37℃测量Bioscreen C中的OD450,每30分钟监测一次细胞密度。生长抑制作用的百分比计算为每个样品的终点OD测量值除以从包含对照载体的细胞中获得的终点OD测量值并乘以100。方程式如下:
其中“空白OD”对应于只有生长培养基的OD值。
合成AMP的氨基酸序列和相应生长抑制作用示于表1。
表1
SEQ IDNO | 氨基酸序列 | 生长抑制(%) |
对照 | TMELEICSWYHMGIRSFLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH | 0 |
1 | RRRPPRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPRF | 48 |
2 | RRRPRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPRFP | 45 |
3 | RRRRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPRFPP | 43 |
4 | RRRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPR | 46 |
5 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPF | 57 |
6 | RRRRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFP | 57 |
7 | RRRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPR | 39 |
8 | RRRFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRP | 38 |
9 | RRRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFR | 67 |
10 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 78 |
11 | RRRFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPP | 73 |
12 | RRRRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPF | 76 |
如所预期,当缺乏诱导物时没有观察到抑制作用或者抑制作用非常小(数据未显示)。当存在0.1%的诱导物时,全部合成AMP导致生长抑制。实施例2:合成AMP在酵母中的表达
将指定为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10的AMP克隆入酵母表达载体pHH3885。简言之,pHH3885是基于pYES(Invitrogen)的酵母/大肠杆菌穿梭载体。该质粒包含2μ酵母复制起点和用于在酵母中筛选的Ura3基因。为了在大肠杆菌中繁殖使用了pUC起始和bla基因。表达由Gal启动子控制,并且使用酿酒酵母α-前导序列介导肽分泌。
由于有效AMP的表达将杀死生产微生物,所以抗微生物活性必须被掩盖。这可以使用能够掩盖对抗微生物活性至关重要的邻近电荷的一段阴离子氨基酸实现。因此,所有3个AMP前面是一段天冬氨酸和谷氨酸(DDDDE)。由于一些蛋白酶特异地在谷氨酸残基(E)之后切割,所以阴离子延伸段(stretch)能够从AMP释放出来以允许监测AMP的抗微生物活性。
在标准PCR反应中使用特异性正向引物和通用反向引物可以扩增指定为SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10的PR富含AMP。由于正向寡核苷酸含有全部编码信息所以不需要模板。
引物14-SEQ ID NO:1正向(SEQ ID NO:333):
GTATCGATGG CCAAGAGAGA AGCCGACGAT GACGATGAAC GTCGCCGTCC GCCACGTTTT
CCACCTCGTT TTCCACCTCG TTTCCCTCCA CGTTTCCCTC CACGCTTCCC ACCTCGTTTC
TAGATGGCTC TAGAGGGCCG
引物15-SEQ ID NO:5正向(SEQ ID NO:334):
GTATCGATGG CCAAGAGAGA AGCCGACGAT GACGATGAAC GTCGCCGTCC ACGTCCTTTT
CCGCGCCCTT TTCCACGTCC ATTCCCTCGT CCTTTCCCAC GCCCTTTTCC ACGCCCATTC
TAGATGGCTC TAGAGGGCCG
引物16-SEQ ID NO:10正向(SEQ ID NO:335):
GTATCGATGG CCAAGAGAGA AGCCGACGAT GACGATGAAC GTCGCCGTCC ATTTCGTCCA
CCTTTCCGTC CTCCATTTCG CCCGCCGTTT CGGCCACCGT TTCGACCTCC TTTCCGTCCA
TAGATGGCTC TAGAGGGCCG
引物17-反向(SEQ ID NO:336):
CGGCCCTCTA GAGCCATCTA
使用BalI和XbaI限制性酶切双链PCR片段并将其克隆入使用相同的两种酶限制性酶切的pHH3885。将相应质粒转化入大肠杆菌并测序。证实序列之后,将穿梭载体电转化入酿酒酵母(JG169)并铺在SC+2%葡萄糖+100μg/ml氨苄青霉素琼脂平板上。
将酵母菌落重新划线接种并在30℃下生长于5ml液体SC基础培养基(添加2%葡萄糖)中3天。
通过以3500转/分离心5分钟沉淀细胞。取500μl转移至microconYM-3离心过滤器(Millipore Corp.,美国)并通过离心将体积减少至大约20μl。将浓缩的样品与Tricine加样缓冲液混合并在16%Tricine凝胶(Novex,Invitrogen,美国)中分析。
在三份培养物的每一份中都观察到清楚的具有预期分子量的条带,表明表达了三种肽。在包含对照质粒的酵母细胞的上清液中没有观察到条带。
实例例3:SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10变体的评价
SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10在突变高通量筛选中用作起始点以便获得具有提高活性的AMP。为了简单起见,SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10全部含有作为疏水残基的苯丙氨酸。仅应用一种类型疏水氨基酸可能对抗微生物活性不是最适的;通过天然肽也说明了这一点,在天然肽中全部含有疏水残基的混合。设计了简并DNA寡聚体,其编码4种疏水氨基酸的每一种而不是限制于苯丙氨酸。原则上,由于SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:10的每一个包含6个苯丙氨酸残基,在理论上该库能够编码46或4096种不同的变体。
如上使用一条编码完整肽的长的正向引物(SEQ ID NO:1简并引物,SEQ ID NO:5简并引物和SEQ ID NO:10简并引物)和一条较小的用于合成反向链的反向引物(引物13)构建了该库。N代表25%可能性的4种核苷酸(G、A、T和C)之一,以允许在指定位置掺入4种疏水氨基酸。
SEQ ID NO:1简并引物(SEQ ID NO:337)
CCATAGCACC ATGGCGCGTC GCCGTCCGCC ACGTNTTCCA CCTCGTNTTC CACCTCGTNT
CCCTCCACGT NTCCCTCCAC GCNTCCCACC TCGTNTCTAA TTGCTCTAGA ACAAAAACTC
SEQ ID NO:5简并引物(SEQ ID NO:338)
CCATAGCACC ATGGCGCGTC GCCGTCCACG TCCTNTTCCG CGCCCTNTTC CACGTCCANT
CCCTCGTCCT NTCCCACGCC CTNTTCCACG CCCANTCTAA TTGCTCTAGA ACAAAAACTC
SEQ ID NO:10简并引物(SEQ ID NO:339)
CCATAGCACC ATGGCGCGTC GCCGTCCANT TCGTCCACCT NTCCGTCCTC CANTTCGCCC
GCCGNTTCGG CCACCGNTTC GACCTCCTNT CCGTCCATAA TTGCTCTAGA ACAAAAACTC
将DNA片段克隆入SES载体pBAD/gIIIA并转化入大肠杆菌以产生三个独立的库,每个库大约一百万个菌落。
将该库涂在平板上并使用菌落挑取仪从每个库中挑取大约10,000个单独菌落放入包含20×稀释RM+200μg/ml氨苄青霉素的96孔微孔板中。将这些主板(master plate)复制接种于一套新的96孔板(包含20×稀释RM培养基和0.1%或0%诱导物)中,并且于37℃培养过夜。从每个库中分离许多最大生长抑制的克隆,将其测序并在Bioscreen C中重新测试其生长抑制作用。
SEQ ID NO:1变体的氨基酸序列和相应生长抑制作用示于表2;SEQID NO:5变体的氨基酸序列和相应生长抑制作用示于表3;并且SEQ IDNO:10变体的氨基酸序列和相应生长抑制作用示于表4。
表2.SEQ ID NO:1的变体和相应生长抑制作用
SEQ ID NO | 氨基酸序列 | 生长抑制(%) |
13 | RRRPPRFPPRFPPRFPPRFPPRFPPRF | 51 |
14 | RRRPPRFPPRIPPRFPPRLPPRIPPRL | 90 |
15 | RRRPPRFPPRIPPRLPPRVPPRVPPRL | 57 |
16 | RRRPPRIPPRFPPRVPPRFPPRVPPRV | 98 |
17 | RRRPPRIPPRLPPRIPPRFPPRFPPRL | 95 |
18 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRIPPRFPPRI | 99 |
19 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRIPPRFPPRI | 78 |
20 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRFPPRV | 86 |
21 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRFPPRV | 86 |
22 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRLPPRF | 81 |
23 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRVPPRF | 82 |
24 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRVPPRF | 90 |
25 | RRRPPRLPPRFPPRFPPRVPPRVPPRI | 81 |
26 | RRRPPRVPPRFPPRVPPRFPPRVPLRL | 86 |
27 | RRRPPRLPPRLPPRLPPRVPPRVPLVSNCSRTKTHLRRGSE | 90 |
表3.SEQ ID NO:5的变体和相应生长抑制作用
SEQ ID NO | 氨基酸序列 | 生长抑制(%) |
28 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPF | 57 |
29 | RRRPRLPRPFPRPVPRPLPRPVPRPI | 63 |
30 | RRRPRPFPPPFPRPIPRPFPRPFPRPL | 61 |
31 | RRRPRPFPRPFPHPFPRPFPRPIPRPI | 73 |
32 | RRRPRPFPRPFPHPIPRPLPRPFPRPI | 77 |
33 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPF | 79 |
34 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPFPRPL | 74 |
35 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPIPRPF | 78 |
36 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPFPRPIPRPI | 77 |
37 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPIPRPFPRPV | 68 |
38 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPIPRPVPRPI | 64 |
39 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPLPRPFPRPF | 56 |
40 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPVPRPLPRPI | 69 |
41 | RRRPRPFPRPFPRPFPRPVPRPLPRPV | 71 |
42 | RRRPRPFPRPFPRPIPRPFPRPLPRPI | 66 |
43 | RRRPRPFPRPFPRPIPRPFPRPVPRPV | 68 |
44 | RRRPRPFPRPFPRPLPRPFPRPVPRPF | 95 |
45 | RRRPRPFPRPFPRPLPRPIPRPFPRPV | 69 |
46 | RRRPRPFPRPFPRPVPRPFPRPFPRPI | 84 |
47 | RRRPRPFPRPFPRPVPRPIPRPFPRPF | 92 |
48 | RRRPRPFPRPFPRPVPRPVPRPVPRPF | 59 |
49 | RRRPRPFPRPLPRPVPRPFPRPVPRPL | 51 |
50 | RRRPRPFPRPLPRPVPRPFPRPVPRPV | 69 |
51 | RRRPRPFPRPVPRPFPRPFPRPFPRPF | 77 |
52 | RRRPRPFPRPVPRPIPRPFPRPVPRPF | 53 |
53 | RRRPRPFPRPVPRPIPRPFPRPVPRPV | 62 |
54 | RRRPRPFPRPVPRPVPRPFPRPIPRPL | 65 |
55 | RRRPRPFPRPVPRPVPRPFPRPLPRPI | 63 |
56 | RRRPRPIPRPFPRPFPRPFPRPFPRPI | 51 |
57 | RRRPRPIPRPFPRPIPRPIPRPFPRPF | 73 |
58 | RRRPRPIPRPFPRPIPRPVPRPFPRPF | 77 |
59 | RRRPRPIPRPFPRPIPRPVPRPFPRPF | 75 |
60 | RRRPRPIPRPFPRPVPRPVPRPFPRPF | 70 |
61 | RRRPRPVPRPFPRPVPRPLPRPFPRPF | 97 |
62 | RRRPRPIPRPIPRPFPRPFPRPFHAQSNCSRTKTHLRRGSE | 77 |
63 | RRRPRPFPRPFPRPVPRPFPRPFPRQSNCSRTKTHLRRGSE | 80 |
表4.SEQ ID NO:10的变体和相应生长抑制作用
SEQ ID NO | 氨基酸序列 | 生长抑制(%) |
64 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 82 |
65 | RRRPLRPPLRPPVRPPVRPPFRPPFRP | 89 |
66 | RRRPFRPPFRPPFRPPIRPPLRPPIRP | 76 |
67 | RRRPLRPPLRPPIRPPFRPPVRPPFRP | 80 |
68 | RRRPIRPPFRPPFRPPLRPPVRPPFRP | 78 |
69 | RRRPIRPPFRPPFRPPLRPPFRPPIRP | 75 |
70 | RRRPLRPPLRPPFRPPIRPPLRPPFRP | 76 |
71 | RRRPLRPPIRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 82 |
72 | RRRPIRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 49 |
73 | RRRPFRPPVRPPFRPPVRPPIRPPVRP | 65 |
74 | RRRPFRPPVRPPFRPPFRPPIRPPIRP | 76 |
75 | RRRPFRPPIRPPVRPPFRPPFRPPFRP | 79 |
76 | RRRPIRPPFRPPIRPPVRPPFRPPIRP | 86 |
77 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPFRPPFRP | 72 |
78 | RRRPLRPPFRPPFRPPFRPPIRPPVRP | 83 |
79 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPVRPPFRP | 82 |
80 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPVRPPFRP | 81 |
81 | RRRPFRPPIRPPFRPPFRPPVRPPIRP | 80 |
82 | RRRPIRPPFRPPVRPPFRPPFRPPFRP | 71 |
83 | RRRPLRPPFRPPIRPPVRPPFRPPVRP | 72 |
84 | RRRPIRPPLRPPIRPPFRPPFRPPLRP | 80 |
85 | RRRPFRPPIRPPIRPPFRPPFRPPIRP | 67 |
86 | RRRPIRPPFRPPLRPPLRPPVRPPFRP | 74 |
87 | RRRPFRPPFRPPIRPPFRPPVRPPVRP | 80 |
88 | RRRPFRPPLRPPLRPPVRPPVRPPFRP | 82 |
89 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPVRPPLRP | 70 |
90 | RRRPFRPPIRPPFRPPFRPPVRPPFRP | 74 |
91 | RRRPFRPPVRPPIRPPVRPPFRPPVRP | 52 |
92 | RRRPVRPPIRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 85 |
93 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPLRPPIRP | 61 |
94 | RRRPFRPPVRPPIRPPVRPPFRPPFRP | 77 |
95 | RRRPFRPPLRPPLRPPIRPPVRPPFRP | 80 |
96 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPLRPPIRP | 71 |
97 | RRRPLRPPFRPPFRPPLRPPFRPPIRP | 69 |
98 | RRRPFRPPFRPPVRPPIRPPLRPPFRP | 63 |
99 | RRRPFRPPIRPPIRPPFRPPIRPPFRP | 79 |
100 | RRRPIRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 84 |
101 | RRRPIRPPFRPPLRPPFRPPIRPPIRP | 81 |
102 | RRRPIRPPFRPPIRPPFRPPLRPPFRP | 77 |
103 | RRRPLRPPIRPPIRPPVRPPFRPPIRP | 73 |
104 | RRRPFRPPFRPPIRPPFRPPFRPPLRP | 76 |
105 | RRRPIRPPLRPPLRPPFRPPFRPPFRP | 73 |
106 | RRRPFRPPFRPPFRPPIRPPIRPPLRP | 75 |
107 | RRRPFRPPFRPPVRPPFRPPIRPPFRP | 69 |
108 | RRRPLRPPFRPPIRPPVRPPVRPPFRP | 76 |
109 | RRRPFRPPIRPPVRPPLRPPVRPPFRP | 71 |
110 | RRRPFRPPLRPPFRPPIRPPIRPPVRP | 73 |
111 | RRRPLRPPVRPPFRPPVRPPLRPPFRP | 59 |
112 | RRRPFRPPIRPPFRPPVRPPVRPPVRP | 69 |
113 | RRRPLRPPVRPPFRPPVRPPFRPPFRP | 75 |
114 | RRRPLRPPLRPPFRPPLRPPFRPPFRP | 74 |
115 | RRRPLRPPFRPPIRPPFRPPFRPPFRP | 79 |
116 | RRRPIRPPFRPPFRPPVRPPIRPPFRP | 69 |
117 | RRRPIRPPIRPPFRPPFRPPIRPPFRP | 77 |
118 | RRRPFRPPFRPPLRPPFRPPVRPPLRP | 73 |
119 | RRRPIRPPFRPPIRPPFRPPVRPPVRP | 69 |
120 | RRRPLRPPFRPPFRPPFRPPVRPPIRP | 68 |
121 | RRRPIRPPLRPPVRPPIRPPFRPPFRP | 65 |
122 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPFRPPLRP | 64 |
123 | RRRPFRPPLRPPIRPPIRPPFRPPFRP | 65 |
124 | RRRPFRPPIRPPLRPPVRPPLRPPFRP | 73 |
125 | RRRPIRPPFRPPLRPPFRPPVRPPVRP | 73 |
126 | RRRPIRPPIRPPLRPPFRPPFRPPFRP | 77 |
127 | RRRPIRPPFRPPLRPPFRPPFRPPLRP | 67 |
128 | RRRPFRPPFRPPLRPPFRPPVRPPLRP | 69 |
129 | RRRPFRPPFRPPVRPPFRPPIRPPLRP | 69 |
130 | RRRPFRPPIRPPLRPPFRPPVRPPLRP | 78 |
131 | RRRPIRPPFRPPFRPPIRPPIRPPVRP | 75 |
132 | RRRPFRPPFRPPLRPPVRPPVRPPIRP | 72 |
133 | RRRPFRPPIRPPFRPPVRPPIRPPVRP | 62 |
134 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPLRPPVRP | 68 |
135 | RRRPIRPPIRPPIRPPIRPPIRPPLRP | 38 |
136 | RRRPFRPPFRPPIRPPFRPPIRPPLRP | 77 |
137 | RRRPLRPPFRPPFRPPIRPPFRPPVRP | 58 |
138 | RRRPLRPPFRPPVRPPFRPPFRPPFRP | 78 |
139 | RRRPFRPPFRPPIRPPFRPPIRPPVRP | 67 |
140 | RRRPIRPPIRPPFRPPVRPPVRPPFRP | 70 |
141 | RRRPIRPPIRPPFRPPFRPPLRPPIRP | 65 |
142 | RRRPLRPPIRPPVRPPFRPPVRPPFRP | 70 |
143 | RRRPFRPPVRPPVRPPFRPPLRPPVRP | 43 |
144 | RRRPIRPPLRPPVRPPVRPPFRPPFRP | 64 |
145 | RRRPLRPPVRPPFRPPFRPPLRPPFRP | 59 |
146 | RRRPLRPPFRPPIRPPFRPPFRPPLRP | 68 |
147 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPVRPPFRP | 79 |
148 | RRRPIRPPFRPPFRPPFRPPFRPPLRP | 76 |
149 | RRRPIRPPIRPPFRPPFRPPVRPPVRP | 62 |
150 | RRRPIRPPIRPPFRPPIRPPFRPPVRP | 68 |
151 | RRRPLRPPVRPPLRPPVRPPFRPPFRP | 68 |
152 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPVRPPIRP | 75 |
153 | RRRPIRPPFRPPIRPPVRPPIRPPFRP | 68 |
154 | RRRPFRPPFRPPVRPPVRPPFRPPFRP | 75 |
155 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPLRP | 83 |
156 | RRRPFRPPLRPPFRPPFRPPIRPPFRP | 67 |
157 | RRRPIRPPFRPPIRPPFRPPVRPPLRP | 64 |
158 | RRRPIRPPFRPPIRPPIRPPIRPPVRP | 67 |
159 | RRRPVRPPIRPPIRPPVRPPLRPPVRP | 35 |
160 | RRRPFRPPVRPPFRPPVRPPFRPPFRP | 77 |
161 | RRRPFRPPVRPPIRPPVRPPFRPPFRP | 78 |
162 | RRRPFRPPIRPPFRPPFRPPLRPPLRP | 68 |
163 | RRRPIRPPFRPPFRPPFRPPIRPPIRP | 79 |
164 | RRRPFRPPIRPPLRPPFRPPFRPPFRP | 78 |
165 | RRRPFRPPLRPPFRPPVRPPLRPPVRP | 65 |
166 | RRRPLRPPVRPPFRPPVRPPVRPPLRP | 55 |
167 | RRRPFRPPLRPPFRPPLRPPLRPPVRP | 58 |
168 | RRRPLRPPFRPPIRPPVRPPLRPPFRP | 71 |
169 | RRRPIRPPLRPPVRPPFRPPVRPPFRP | 67 |
170 | RRRPIRPPFRPPFRPPFRPPVRPPFRP | 80 |
171 | RRRPIRPPIRPPIRPPIRPPFRPPFRP | 77 |
172 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPVRPPFRP | 82 |
173 | RRRPLRPPIRPPLRPPVRPPFRPPFRP | 81 |
174 | RRRPIRPPIRPPFRPPLRPPFRPPFRP | 80 |
175 | RRRPFRPPVRPPFRPPLRPPFRPPFRP | 77 |
176 | RRRPLRPPVRPPIRPPIRPPFRPPFRP | 81 |
177 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPVRPPIRP | 75 |
178 | RRRPLRPPFRPPVRPPFRPPFRPPFRP | 81 |
179 | RRRPFRPPIRPPIRPPFRPPFRPPFRP | 87 |
180 | RRRPLRPPIRPPIRPPIRPPFRPPFRP | 76 |
181 | RRRPIRPPIRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 83 |
182 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPVRPPFRP | 83 |
183 | RRRPFRPPVRPPLRPPFRPPFRPPFRP | 80 |
184 | RRRPIRPPIRPPFRPPLRPPFRPPFRP | 78 |
185 | RRRPLRPPIRPPIRPPFRPPFRPPFRP | 79 |
186 | RRRPIRPPIRPPIRPPFRPPFRPPFRP | 77 |
187 | RRRPIRPPFRPPFRPPVRPPFRPPFRP | 85 |
188 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPVRPPFRP | 83 |
189 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPIRPPFRP | 79 |
190 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 83 |
191 | RRRPFRPPFRPPIRPPFRPPVRPPFRP | 77 |
192 | RRRPFRPPFRPPFRPPVRPPVRPPFRP | 92 |
193 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 81 |
194 | RRRPLRPPFRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 81 |
195 | RRRPFRPPIRPPFRPPVRPPVRPPVRP | 76 |
196 | RRRPFRPPLRPPIRPPIRPPFRPPFRP | 77 |
197 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPLRPPFRP | 86 |
198 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 91 |
199 | RRRPLRPPIRPPFRPPVRPPFRPPFRP | 80 |
200 | RRRPFRPPFRPPLRPPFRPPVRPPFRP | 87 |
201 | RRRPFRPPIRPPIRPPFRPPIRPPFRP | 78 |
202 | RRRPFRPPFRPPFRPPLRPPFRPPFRP | 84 |
203 | RRRPFRPPIRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 79 |
204 | RRRPLRPPLRPPFRPPIRPPFRPPFRP | 76 |
205 | RRRPFRPPFRPPIRPPVRPPFRPPFRP | 77 |
206 | RRRPFRPPFRPPFRPPFRPPFRPPFRP | 77 |
实施例4:来自混合基序库的合成的PR富含AMP的评价
在实施例3中测试的AMP由简并性的但在其它方面相同的重复组成。为了测试当将12种不同的“4氨基酸序列基序”混合成为一个序列时是否会产生有效AMP,构建了一个新的库。在该系列中亲本主链由以下序列基序组成:PPRX、PRPX、PXRP、PPRX、PRPX和PXRP;其中X表示疏水氨基酸缬氨酸、苯丙氨酸、异亮氨酸或亮氨酸的任意一个。再次使用等比率的疏水氨基酸。
如上面实施例3,使用一条长的编码完整肽的正向引物(混合基序简并引物)和较小的用于合成反向链的反向引物(引物13)构建了该库。N代表25%可能性的4种核苷酸(G、A、T和C)之一。
混合基序简并引物(SEQ ID NO:340)
CCATAGCACC ATGGCGCGTC GCCGTCCGCC ACGTNTTCCA CGTCCTNTTC CANTTCGTCC
ACCGCCACGT NTTCCACGTC CTNTTCCANT TCGTCCATAA TTGCTCTAGA ACAAAAACTC
将PCR合成的DNA片段克隆入SES载体pBAD/gIIIA并转化进入大肠杆菌,产生了每个库包含大约一百万个菌落的库。
将该库涂在平板上并使用菌落挑取仪挑取大约10,000个单独菌落放入包含20×稀释RM+200μg/ml氨苄青霉素的96孔微孔板中。将这些主板复制接种于一套新的96孔板(包含20×稀释RM培养基和0.1%或0%诱导物)中,并且于37℃培养过夜。分离许多最大生长抑制的克隆,将其测序并在Bioscreen C中重新测试其生长抑制作用。
来自混合基序库的变体的氨基酸序列和相应生长抑制作用示于表5。
表5.具有混合基序的合成的PR富含AMP
SEQ ID NO | 氨基酸序列 | 生长抑制(%) |
207 | RRRPPRFPRPFPIRPPPRFPRPIPFRP | 93 |
208 | RRRPPRFPRPFPVRPPPRFPRPIPVRP | 95 |
209 | RRRPPRIPRPFPIRPPPRFPRPIPFRP | 78 |
210 | RRRPPRIPRPIPVRPPPRIPRPIPFRP | 94 |
211 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRFPRPIPFRP | 96 |
212 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRFPRPVPIRP | 96 |
213 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRLPRPFPIRP | 94 |
214 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRLPRPIPLRP | 95 |
215 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRPRPFPFRP | 94 |
216 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRPRPLPVRP | 95 |
217 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRVPRPFPLRP | 93 |
218 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRVPRPIPVRP | 93 |
219 | RRRPPRLPRPFPFRPPPRVPRPLPFRP | 93 |
220 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRFPRPFPVRP | 90 |
221 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRFPRPLPFRP | 93 |
222 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRFPRPVPLRP | 93 |
223 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRLPRPLPFRP | 90 |
224 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRVPRPFPVRP | 93 |
225 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRVPRPIPIRP | 97 |
226 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRVPRPIPVRP | 94 |
227 | RRRPPRLPRPFPIRPPPRVPRPVPIRP | 94 |
228 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRFPRPFPIRP | 96 |
229 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRFPRPFPLRP | 95 |
230 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRFPRPLPLRP | 94 |
231 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRLPRPFPFRP | 98 |
232 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRLPRPIPVRP | 92 |
233 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRLPRPLPVRP | 91 |
234 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRVPRPLPIRP | 93 |
235 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRVPRPVPFRP | 94 |
236 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRVPRPVPFRP | 91 |
237 | RRRPPRLPRPFPLRPPPRVPRPVPVRP | 96 |
238 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRFPRPFPIRP | 95 |
239 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRFPRPFPLRP | 99 |
240 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRFPRPVPFRP | 91 |
241 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRIPRPIPFRP | 96 |
242 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRLPRPVPFRP | 90 |
243 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRLPRPVPFRP | 91 |
244 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRLPRPVPFRP | 90 |
245 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRVPRPFPVRP | 95 |
246 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRVPRPFPVRP | 95 |
247 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRVPRPLPFRP | 93 |
248 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRVPRPVPIRP | 94 |
249 | RRRPPRLPRPFPVRPPPRVPRPVPIRP | 93 |
250 | RRRPPRLPRPIPFRPPPRIPRPIPVRP | 96 |
251 | RRRPPRLPRPIPFRPPPRIPRPLPFRP | 96 |
252 | RRRPPRLPRPIPFRPPPRIPRPVPVRP | 92 |
253 | RRRPPRLPRPIPFRPPPRLPRPIPIRP | 91 |
254 | RRRPPRLPRPIPFRPPPRVPRPFPIRP | 77 |
255 | RRRPPRLPRPIPIRPPPRFPRPVPFRP | 93 |
256 | RRRPPRLPRPIPLRPPPRVPRPIPIRP | 91 |
257 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRFPRPIPFRP | 92 |
258 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRFPRPIPFRP | 92 |
259 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRFPRPIPVRP | 98 |
260 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRIPRPIPVRP | 90 |
261 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRIPRPVPFRP | 92 |
262 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRLPRPVPLRP | 93 |
263 | RRRPPRLPRPIPVRPPPRVPRPIPLRP | 94 |
264 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRFPRPVPVRP | 92 |
265 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRLPRPFPVRP | 94 |
266 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRLPRPVPVRP | 94 |
267 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRVPRPFPIRP | 94 |
268 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRVPRPVPLRP | 93 |
269 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRVPRPVPVRP | 90 |
270 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRVPRPVPVRP | 90 |
271 | RRRPPRLPRPLPFRPPPRVPRPVPVRP | 97 |
272 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRFPRPIPVRP | 91 |
273 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRFPRPVPLRP | 92 |
274 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRFPRPVPVRP | 93 |
275 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRLPRPFPVRP | 92 |
276 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRLPRPVPVRP | 94 |
277 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRVPRPFPIRP | 91 |
278 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRVPRPLPFRP | 98 |
279 | RRRPPRLPRPLPIRPPPRVPRPLPLRP | 91 |
280 | RRRPPRLPRPLPLRPPPRFPRPFPVRP | 97 |
281 | RRRPPRLPRPLPLRPPPRFPRPVPLRP | 91 |
282 | RRRPPRLPRPLPLRPPPRLPHPIPFRP | 95 |
283 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRFPRPVPFRP | 95 |
284 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRFPRPVPVRP | 89 |
285 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRIPRPFPVRP | 91 |
286 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRIPRPLPLRP | 95 |
287 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRLPRPIPIRP | 94 |
288 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRVPRPFPLRP | 96 |
289 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRVPRPFPVRP | 95 |
290 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRVPRPLPLRP | 94 |
291 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRVPRPVPFRP | 90 |
292 | RRRPPRLPRPLPVRPPPRVPRPVPFRP | 93 |
293 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRFPRPFPIRP | 93 |
294 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRFPRPVPLRP | 95 |
295 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRIPRPFPLRP | 59 |
296 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRVPRPIPFRP | 88 |
297 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRVPRPIPVRP | 90 |
298 | RRRPPRLPRPVPFRPPPRVPRPVPLRP | 92 |
299 | RRRPPRLPRPVPIRPPPRFPRPIPFRP | 96 |
300 | RRRPPRLPRPVPIRPPPRIPRPIPFRP | 92 |
301 | RRRPPRLPRPVPIRPPPRVPRPVPLRP | 92 |
302 | RRRPPRLPRPVPLRPPPRFPRPVPVRP | 82 |
303 | RRRPPRLPRPVPLRPPPRVPRPLPIRP | 91 |
304 | RRRPPRLPRPVPVRPPPRFPRPVPIRP | 90 |
305 | RRRPPRLPRPVPVRPPPRFPRPVPVRP | 90 |
306 | RRRPPRLPRPVPVRPPPRFPRPVPVRP | 90 |
307 | RRRPPRLPRPVPVRPPPRVPRPVPFRP | 92 |
308 | RRRPPRLPRPVPVRPPPRVPRPVPVRP | 96 |
309 | RRRPPRVPRPFPIRPPPRVPRPIPFRP | 76 |
310 | RRRPPRVPRPFPIRPPPRVPRPVPVRP | 93 |
311 | RRRPPRVPRPFPVRPPPRFPRPVPFRP | 96 |
312 | RRRPPRVPRPIPIRPPPRVPRPVPFRP | 93 |
313 | RRRPPRVPRPIPIRPPPRVPRPVPVRP | 92 |
314 | RRRPPRVPRPLPFRPPPRFPRPIPFRP | 94 |
315 | RRRPPRVPRPVPVRPPPRIPRPFPVRP | 98 |
316 | RRRTRHVFARPFPFRPPPRIPRPFPLRP | 97 |
317 | RRRTRHVFARPVPVRPPPRVPRPFPVRP | 95 |
318 | RRRTRHVVPRPLPVRPPPRVPRPFPLRP | 93 |
319 | RRRPPRVPRPFPVRPPPRVPRPIPFVHNCSRTKTHLRRGSE | 93 |
实施例5:所选择肽的MIC、MBC和MEC的测定
为了验证在实施例1-4中所鉴定和描述肽的抗微生物潜能,测定了3种结构不同肽对一定范围微生物的最低抑菌浓度(MIC)、最低杀菌浓度(MBC)和最低效应浓度(MEC)。
选择以下3种肽进行化学合成并测定其抗微生物潜能:
PR-1(RRR-PRPV-PRPF-PRPV-PRPL-PRPF-PRPF)(SEQ ID NO:61)
PR-2(RRR-PFRP-PFRP-PFRP-PVRP-PVRP-PFRP)(SEQ ID NO:79)
PR-3(RRR-PPRL-PRPF-PVRP-PPRF-PRPF-PLRP)(SEQ ID NO:239)
测试微生物包括大肠杆菌(ATCC 10536)、肉葡萄球菌(S.carnosus)、模仿葡萄球菌(S.simulans)、藤黄微球菌(M.luteus(ATCC 9341))、枯草芽孢杆菌(ATCC 6633)和酿酒酵母(ATCC 9763)。
按照稍加修改NCCLS方案进行MIC和MBC测定,其中所作的修改为:将肽溶于0.01%醋酸和0.1%BSA中以避免在高浓度时肽沉淀并且使肽与塑料容器的结合最小化。按照Steinberg和Lehrer(Methods inMolecular Biology,第78卷:Antibacterial Peptide Protocols)的方法在琼脂糖弥散抗菌实验(radial diffusion assay)装置中测定MEC。MEC方案避免了与用NCCLS方案测试抗微生物肽相关的一些问题并且能够提供非常灵敏的测试装置。结果示于表6-8。
表6.MIC测定(全部数值为μg/ml)
肽 | 大肠杆菌 | 肉葡萄球菌 | 模仿葡萄球菌 | 藤黄微球菌 | 枯草芽孢杆菌 | 酿酒酵母 |
PR-1 | 128 | 4 | 16 | 64 | 16 | >128 |
PR-2 | 64 | 16 | 64 | 64 | 64 | >128 |
PR-3 | 64 | 4 | 8 | 64 | 4 | >128 |
表7.MBC测定(全部数值为μg/ml)
肽 | 大肠杆菌 | 肉葡萄球菌 | 模仿葡萄球菌 | 藤黄微球菌 | 枯草芽孢杆菌 | 酿酒酵母 |
PR-1 | 128 | 64 | 64 | >128 | 64 | >128 |
PR-2 | >128 | >128 | >128 | 64 | 64 | >128 |
PR-3 | 128 | 64 | 32 | >128 | 64 | >128 |
表8.MEC测定(全部数值μg/ml)
肽 | 大肠杆菌 | 肉葡萄球菌 | 模仿葡萄球菌 | 藤黄微球菌 | 枯草芽孢杆菌 | 酿酒酵母 |
PR-1 | 3.0 | 1.7 | 0.8 | 0.4 | 2.4 | 32 |
PR-2 | 3.0 | 2.0 | 1.1 | 0.5 | 3.6 | 32 |
PR-3 | 3.0 | 1.8 | 0.9 | 0.8 | 2.0 | >128 |
很明显,三种PR富含肽在限定条件下对革兰氏阳性微生物和革兰氏阴性微生物具有广谱活性。
实施例6:PR-1、PR-2和PR-3的溶血活性
分析了抗微生物肽溶解人红细胞(hRBC)的能力。红细胞检验测定法提供了评价测试材料的膜溶解活性的简单测试系统。它适宜作为溶血特性的筛选测定。血红蛋白释放是一种有用的细胞膜完整性终点。通过测量540nm处的吸光度测定释放的血红蛋白。通常,计算出导致总溶解样品50%溶血的浓度(HL50);然而由于测试肽的低溶血活性,所以在本实施例中未计算该值。在本测试装置中使用了8%的RBC悬浮液(12日龄)。
在表9中显示了相对100%溶解样品的各个溶血作用值。
表9.溶血作用值
肽浓度(μg/ml) | 溶血作用(%) | ||
PR-1 | PR-2 | PR-3 | |
0 | 15 | 15 | 15 |
47 | 16 | 16 | 19 |
94 | 16 | 16 | 16 |
188 | 16 | 17 | 16 |
375 | 17 | 17 | 18 |
由于肽溶解于0.01%醋酸中,所以还包括了0.01%醋酸的媒介物对照。在两个板中都包括了含有25%、10%、5%的0.01%醋酸的PBS。在任一测试浓度都没有观察到与背景不同的溶血反应。
为了证实剂量/反应效应的存在,还测试了SDS的溶血活性。
表10.SDS剂量/反应值
SDS浓度(μg/ml ) | 溶血作用(%) |
12.5 | 17 |
25 | 26 |
50 | 68 |
100 | 88 |
三种测试肽变体PR-1、PR-2和PR-3在测定浓度下没有显示出与背景水平显著不同的溶血特性。
在本测定中自发溶血作用水平高,可能是由于红细胞年龄(12天)的原因。相对高水平的自发溶血作用不会影响产生这样的结论,即三种肽在测试浓度是非溶血性的。
序列表
<110>诺和酶股份有限公司(Novozymes A/S)
<120>合成的抗微生物多肽
<130>10275.204-WO
<160>340
<170>PatentIn版本3.2
<210>1
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>1
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe
20 25
<210>2
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>2
Arg Arg Arg Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro
1 5 10 15
Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
20 25
<210>3
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>3
Arg Arg Arg Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg
1 5 10 15
Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro
20 25
<210>4
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>4
Arg Arg Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe
1 5 10 15
Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg
20 25
<210>5
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>5
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
1 5 10 15
Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
<210>6
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>6
Arg Arg Arg Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg
1 5 10 15
Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
20 25
<210>7
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>7
Arg Arg Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro
1 5 10 15
Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg
20 25
<210>8
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>8
Arg Arg Arg Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
1 5 10 15
Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro
20 25
<210>9
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>9
Arg Arg Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
1 5 10 15
Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg
20 25
<210>10
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>10
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>11
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>11
Arg Arg Arg Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe
1 5 10 15
Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
20 25
<210>12
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>12
Arg Arg Arg Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg
1 5 10 15
Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe
20 25
<210>13
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>13
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe
20 25
<210>14
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>14
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Ile Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Leu Pro Pro Arg Ile Pro Pro Arg Leu
20 25
<210>15
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>15
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Ile Pro Pro Arg Leu Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Leu
20 25
<210>16
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>16
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Ile Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Val
20 25
<210>17
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>17
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Ile Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Ile Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Leu
20 25
<210>18
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>18
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Ile
20 25
<210>19
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>19
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Ile
20 25
<210>20
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>20
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val
20 25
<210>21
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>21
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val
20 25
<210>22
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>22
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe
20 25
<210>23
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>23
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Phe
20 25
<210>24
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>24
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1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Phe
20 25
<210>25
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>25
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Phe Pro
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Pro Arg Val Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Ile
20 25
<210>26
<211>27
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>26
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val Pro
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Pro Arg Phe Pro Pro Arg Val Pro Leu Arg Leu
20 25
<210>27
<211>41
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>27
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<210>28
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>28
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
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<210>29
<211>26
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>29
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20 25
<210>30
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>30
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Leu
20 25
<210>31
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>31
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Ile Pro Arg Pro Ile
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>32
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Leu
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Ile Pro Arg Pro Phe
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>36
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Ile Pro Arg Pro Ile
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>37
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
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Arg Pro Ile Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>38
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
1 5 10 15
Arg Pro Ile Pro Arg Pro Val Pro Arg Pro Ile
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>39
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
1 5 10 15
Arg Pro Leu Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>40
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro
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Arg Pro Val Pro Arg Pro Leu Pro Arg Pro Ile
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>41
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>42
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Leu Pro Arg Pro Ile
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>43
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>44
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>50
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>51
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe Pro
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>52
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro Arg Pro Ile Pro
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>53
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>55
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>56
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Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Ile
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>57
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Arg Pro Ile Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>58
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Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
<210>59
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>59
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Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
<210>60
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>60
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Ile Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro
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Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe
20 25
<210>61
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>61
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Val Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro
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20 25
<210>62
<211>41
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>62
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>63
Arg Arg Arg Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Pro Val Pro
1 5 10 15
Arg Pro Phe Pro Arg Pro Phe Pro Arg Gln Ser Asn Cys Ser Arg Thr
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>64
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<210>65
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Arg Arg Arg Pro Leu Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro
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20 25
<210>66
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>66
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Ile Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>67
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>67
Arg Arg Arg Pro Leu Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
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20 25
<210>68
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>68
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20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>69
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20 25
<210>70
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>70
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20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>71
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Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>72
Arg Arg Arg Pro Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
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Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>73
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>73
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20 25
<210>74
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>74
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>75
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>75
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Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>76
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>76
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20 25
<210>77
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>77
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
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Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>78
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>78
Arg Arg Arg Pro Leu Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro Val Arg Pro
20 25
<210>79
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>79
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>80
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>80
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>81
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>81
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>82
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>82
Arg Arg Arg Pro Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>83
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>83
Arg Arg Arg Pro Leu Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro
20 25
<210>84
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>84
Arg Arg Arg Pro Ile Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>85
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>85
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>86
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>86
Arg Arg Arg Pro Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro
1 5 10 15
Leu Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>87
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>87
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Val Arg Pro
20 25
<210>88
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>88
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>89
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>89
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>90
<211>27
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<220>
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>155
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
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<212>PRT
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>156
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
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<210>157
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<212>PRT
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>157
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1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Leu Arg Pro Pro Val Arg Pro
20 25
<210>160
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>160
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>161
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>161
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>162
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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20 25
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro
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<220>
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Phe Arg Pro Pro Val Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>201
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro
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<212>PRT
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<223>合成的抗微生物多肽
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Leu Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Ile Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>205
Arg Arg Arg Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Ile Arg Pro Pro
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20 25
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<212>PRT
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro Pro Phe Arg Pro
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>208
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Val Arg Pro
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>209
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>210
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>210
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Pro Arg Ile Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
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<212>PRT
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>211
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
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<211>27
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>213
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
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Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>214
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Pro Arg Leu Pro Arg Pro Ile Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>215
<211>26
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>215
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>216
<211>26
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>216
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro
20 25
<210>217
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>217
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>218
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>218
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Val Arg Pro
20 25
<210>219
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>219
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Leu Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>220
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>220
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro
20 25
<210>221
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>221
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Leu Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>222
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>222
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>223
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>223
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Leu Pro Arg Pro Leu Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>224
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>224
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>225
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>226
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>226
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1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Val Arg Pro
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<210>227
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>227
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1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
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<220>
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
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<211>27
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<220>
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<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<223>合成的抗微生物多肽
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<220>
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
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<400>284
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<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>285
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20 25
<210>286
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>286
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1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Arg Pro Leu Pro Leu Arg Pro
20 25
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>287
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Leu Pro Arg Pro Ile Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>288
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>288
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>289
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>289
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>290
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<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>291
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>292
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>292
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>293
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro Pro
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Pro Arg Phe Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>294
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1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro
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<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>295
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1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
20 25
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<212>PRT
<213>人工的
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>296
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1 5 10 15
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<213>人工的
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<223>合成的抗微生物多肽
<400>297
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Val Arg Pro
20 25
<210>298
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>298
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>299
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>299
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>300
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>300
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>301
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>301
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>302
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>302
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>303
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>303
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Leu Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Leu Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>304
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>304
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Ile Arg Pro
20 25
<210>305
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>305
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>306
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>306
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>307
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>307
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>308
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>308
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Leu Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>309
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>309
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>310
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>310
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>311
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>311
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>312
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>312
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>313
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>313
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Ile Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
20 25
<210>314
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>314
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Leu Pro Phe Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Phe Pro Arg Pro Ile Pro Phe Arg Pro
20 25
<210>315
<211>27
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>315
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Val Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Ile Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro
20 25
<210>316
<211>28
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>316
Arg Arg Arg Thr Arg His Val Phe Ala Arg Pro Phe Pro Phe Arg Pro
1 5 10 15
Pro Pro Arg Ile Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>317
<211>28
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>317
Arg Arg Arg Thr Arg His Val Phe Ala Arg Pro Val Pro Val Arg Pro
1 5 10 15
Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro
20 25
<210>318
<211>28
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>318
Arg Arg Arg Thr Arg His Val Val Pro Arg Pro Leu Pro Val Arg Pro
1 5 10 15
Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Leu Arg Pro
20 25
<210>319
<211>41
<212>PRT
<213>人工的
<220>
<223>合成的抗微生物多肽
<400>319
Arg Arg Arg Pro Pro Arg Val Pro Arg Pro Phe Pro Val Arg Pro Pro
1 5 10 15
Pro Arg Val Pro Arg Pro Ile Pro Phe Val His Asn Cys Ser Arg Thr
20 25 30
Lys Thr His Leu Arg Arg Gly Ser Glu
35 40
<210>320
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物1
<400>320
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccgcc acgttttcca cctcgttttc cacctcgttt 60
ccctccacgt ttccctccac gcttcccacc tcgtttctaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>321
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物2
<400>321
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccacg ttttccacct cgttttccac ctcgtttccc 60
tccacgtttc cctccacgct tcccacctcg tttcccgtaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>322
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物3
<400>322
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtcgttt tccacctcgt tttccacctc gtttccctcc 60
acgtttccct ccacgcttcc cacctcgttt cccgccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>323
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物4
<400>323
ccatagcacc atggcgcgtc gccgttttcc acctcgtttt ccacctcgtt tccctccacg 60
tttccctcca cgcttcccac ctcgtttccc gccacgttaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>324
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物5
<400>324
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccacg tccttttccg cgcccttttc cacgtccatt 60
ccctcgtcct ttcccacgcc cttttccacg cccattctaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>325
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物6
<400>325
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtcgtcc ttttccgcgc ccttttccac gtccattccc 60
tcgtcctttc ccacgccctt ttccacgccc attcccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>326
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物7
<400>326
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccttt tccgcgccct tttccacgtc cattccctcg 60
tcctttccca cgcccttttc cacgcccatt cccacgttaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>327
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物8
<400>327
ccatagcacc atggcgcgtc gccgttttcc gcgccctttt ccacgtccat tccctcgtcc 60
tttcccacgc ccttttccac gcccattccc acgtccttaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>328
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物9
<400>328
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccacc atttcgtcca cctttccgtc ctccatttcg 60
cccgccgttt cggccaccgt ttcgacctcc tttccgttaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>329
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物10
<400>329
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccatt tcgtccacct ttccgtcctc catttcgccc 60
gccgtttcgg ccaccgtttc gacctccttt ccgtccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>330
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物11
<400>330
ccatagcacc atggcgcgtc gccgttttcg tccacctttc cgtcctccat ttcgcccgcc 60
gtttcggcca ccgtttcgac ctcctttccg tccaccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>331
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物12
<400>331
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtcgtcc acctttccgt cctccatttc gcccgccgtt 60
tcggccaccg tttcgacctc ctttccgtcc accattttaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>332
<211>23
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物13
<400>332
gagtttttgt tctagagcaa tta 23
<210>333
<211>140
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物14
<400>333
gtatcgatgg ccaagagaga agccgacgat gacgatgaac gtcgccgtcc gccacgtttt 60
ccacctcgtt ttccacctcg tttccctcca cgtttccctc cacgcttccc acctcgtttc 120
tagatggctc tagagggccg 140
<210>334
<211>140
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物15
<400>334
gtatcgatgg ccaagagaga agccgacgat gacgatgaac gtcgccgtcc acgtcctttt 60
ccgcgccctt ttccacgtcc attccctcgt cctttcccac gcccttttcc acgcccattc 120
tagatggctc tagagggccg 140
<210>335
<211>140
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物16
<400>335
gtatcgatgg ccaagagaga agccgacgat gacgatgaac gtcgccgtcc atttcgtcca 60
cctttccgtc ctccatttcg cccgccgttt cggccaccgt ttcgacctcc tttccgtcca 120
tagatggctc tagagggccg 140
<210>336
<211>20
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>引物17
<400>336
cggccctcta gagccatcra 20
<210>337
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>SEQ ID N0:1-简并引物
<220>
<221>misc_feature
<222>(35)..(35)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(47)..(47)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(59)..(59)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(71)..(71)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(83)..(83)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(95)..(95)
<223>n为a,c,g或t
<400>337
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccgcc acgtnttcca cctcgtnttc cacctcgtnt 60
ccctccacgt ntccctccac gcntcccacc tcgtntctaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>338
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>SEQ ID N0:5-简并引物
<220>
<221>misc_feature
<222>(35)..(35)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(47)..(47)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(59)..(59)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(71)..(71)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(83)..(83)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_fcature
<222>(95)..(95)
<223>n为a,c,g或t
<400>338
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccacg tcctnttccg cgccctnttc cacgtccant 60
ccctcgtcct ntcccacgcc ctnttccacg cccantctaa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>339
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>SEQ ID N0:10-简并引物
<220>
<221>misc_feature
<222>(29)..(29)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(41)..(41)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(53)..(53)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(65)..(65)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(77)..(77)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(89)..(89)
<223>n为a,c,g或t
<400>339
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccant tcgtccacct ntccgtcctc canttcgccc 60
gccgnttcgg ccaccgnttc gacctcctnt ccgtccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
<210>340
<211>120
<212>DNA
<213>人工的
<220>
<223>混合基序-简并引物
<220>
<221>misc_feature
<222>(35)..(35)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(47)..(47)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(53)..(53)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(71)..(71)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(83)..(83)
<223>n为a,c,g或t
<220>
<221>misc_feature
<222>(89)..(89)
<223>n为a,c,g或t
<400>340
ccatagcacc atggcgcgtc gccgtccgcc acgtnttcca cgtcctnttc canttcgtcc 60
accgccacgt nttccacgtc ctnttccant tcgtccataa ttgctctaga acaaaaactc 120
Claims (27)
1.具有抗微生物活性的多肽,其包含氨基酸序列:X1-X2-X3-X4-X5;其中X1、X2、X3、X4和X5中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;并且其中X1-X5中最多4个是相同的。
2.权利要求1的多肽,其中X1、X2、X3、X4和X5选自氨基酸序列:P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P和R-P-P-Z12;其中除了Z1-Z12氨基酸以外X1-X5是相同的;并且其中Z1-Z12选自氨基酸F、L、V和I。
3.权利要求1的多肽,其包含氨基酸序列:X1-X2-X3-X4-X5-X6;其中X1、X2、X3、X4、X5和X6中的每一个选自氨基酸序列:P-P-R-F、P-R-F-P、R-F-P-P、F-P-P-R、P-R-P-F、R-P-F-P、P-F-P-R、F-P-R-P、P-P-F-R、P-F-R-P、F-R-P-P、R-P-P-F、P-P-R-L、P-R-L-P、R-L-P-P、L-P-P-R、P-R-P-L、R-P-L-P、P-L-P-R、L-P-R-P、P-P-L-R、P-L-R-P、L-R-P-P、R-P-P-L、P-P-R-V、P-R-V-P、R-V-P-P、V-P-P-R、P-R-P-V、R-P-V-P、P-V-P-R、V-P-R-P、P-P-V-R、P-V-R-P、V-R-P-P、R-P-P-V、P-P-R-I、P-R-I-P、R-I-P-P、I-P-P-R、P-R-P-I、R-P-I-P、P-I-P-R、I-P-R-P、P-P-I-R、P-I-R-P、I-R-P-P和R-P-P-I;并且其中X1-X6中最多4个是相同的。
4.权利要求3的多肽,其中X1、X2、X3、X4、X5和X6选自氨基酸序列:P-P-R-Z1、P-R-Z2-P、R-Z3-P-P、Z4-P-P-R、P-R-P-Z5、R-P-Z6-P、P-Z7-P-R、Z8-P-R-P、P-P-Z9-R、P-Z10-R-P、Z11-R-P-P和R-P-P-Z12;其中除了Z1-Z12氨基酸以外X1-X6是相同的;并且其中Z1-Z12选自氨基酸F、L、V和I。
5.权利要求1-4中任意一项所述的多肽,其中X1-X5中最多3个是相同的。
6.权利要求1-5中任意一项所述的多肽,其中X1-X5中最多2个是相同的。
7.权利要求1-6中任意一项所述的多肽,其中X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6之前立即为3-10个氨基酸的氨基酸序列,其中在所述氨基酸序列当中至少2个氨基酸在中性pH时带正电荷。
8.权利要求1-6中任意一项所述的多肽,其由氨基酸序列X1-X2-X3-X4-X5或X1-X2-X3-X4-X5-X6组成。
9.一种多核苷酸,其具有编码权利要求1-8中任意一项所定义多肽的核苷酸序列。
10.包含权利要求9中所定义核苷酸序列的核酸构建体,其中所述核苷酸序列与指导多肽在适宜宿主中产生的一种或多种控制序列有效连接。
11.一种重组表达载体,其包含权利要求10中所定义的核酸构建体。
12.一种重组宿主细胞,其包含权利要求10中所定义的核酸构建体。
13.生产如权利要求1-8中任意一项所定义多肽的方法,该方法包括:
(a)在有利于多肽产生的条件下培养如权利要求12所定义的重组宿主细胞;和
(b)回收多肽。
14.一种组合物,其包含如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽。
15.权利要求14的组合物,其还包含另外的杀生物剂。
16.杀死微生物细胞或抑制微生物细胞生长的方法,其包括将微生物细胞与如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽接触。
17.一种洗涤剂组合物,其包含表面活性剂和如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽。
18.用作药物的如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽。
19.用作抗微生物的兽用或人用治疗剂或预防剂的如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽。
20.如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽的用途,其用于制备用于微生物感染治疗或用于预防用途的兽用或人用治疗剂。
21.如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽的用途,其用于杀死微生物细胞或抑制微生物细胞生长。
22.转基因植物、植物部分或植物细胞,其已经用核苷酸序列转化,其中所述核苷酸序列编码如权利要求1-8中任意一项所定义的具有抗微生物活性的多肽。
23.至少一种如权利要求1-8中任意一项所定义抗微生物多肽在动物饲料中的用途。
24.至少一种如权利要求1-8中任意一项所定义抗微生物多肽在制备用于动物饲料的组合物中的用途。
25.一种动物饲料添加剂,其包含
(a)至少一种如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽;和
(b)至少一种脂溶性维生素,和/或
(c)至少一种水溶性维生素,和/或
(d)至少一种微量矿物质,和/或
(e)至少一种巨量矿物质。
26.权利要求25的动物饲料添加剂,其还包含肌醇六磷酸酶、木聚糖酶、半乳聚糖酶和/或β-葡聚糖酶。
27.一种动物饲料组合物,其具有50-800g/kg的粗蛋白质含量并且包含至少一种如权利要求1-8中任意一项所定义的抗微生物多肽。
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