一种植物DREB转录因子及其编码基因与应用
技术领域
本发明涉及植物生物技术领域中一种植物DREB转录因子及其编码基因与应用,特别涉及一个来源于大米草(Spartina anglica)的与耐逆性相关的DREB转录因子及其编码基因和应用。
背景技术
在逆境胁迫下植物体内会产生一系列应答反应,伴随着许多生理生化及发育上的变化。阐明植物对逆境的反应机制,将为植物抗逆的分子育种提供科学的理论基础。
植物的许多基因已被证明受非生物逆境胁迫的诱导。与胁迫相关的基因产物可以分为两大类:第一类基因编码的产物包括离子通道蛋白、水通道蛋白、渗透调节因子(蔗糖、脯氨酸和甜菜碱等)合成酶等直接参与植物胁迫应答的基因产物;第二类基因编码的产物包括参与胁迫相关的信号传递和基因表达调节的蛋白因子,如蛋白激酶、转录因子等。其中,转录因子在植物胁迫应答的基因表达调控中起着重要作用。
转录因子也称为反式作用因子,是能够与真核基因启动子区域中顺式作用元件发生特异性作用的DNA结合蛋白,通过它们之间以及与其它相关蛋白之间的相互作用,激活或抑制转录。转录因子的DNA结合区决定了它与顺式作用元件结合的特异性,而转录调控区决定了它对基因表达起激活或是抑制作用。此外,其自身活性还受到核定位及寡聚化等作用的影响。
目前已知在植物中与非生物胁迫相关的转录因子主要有:具有EREBP(乙烯应答元件结合蛋白,ethylene responsive element binding protein)/AP2(APETALA2)结构域的DREB类转录因子家族、含有碱性区域和亮氨酸拉链的bZIP(basic region/leucine zipper motif transcription factors)类转录因子、含有碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)和亮氨酸拉链的MYC家族和具有色氨酸簇(Trp cluster)的MYB家族等等。
Yamaguchi-Shinozaki和Shinozaki在对逆境应答基因rd29A基因的启动子区域的研究中,发现了一个逆境胁迫应答顺势作用元件,即脱水应答元件(DRE,dehydration-responsive element)。此后,发现许多逆境应答基因启动子区域含有DRE元件。Liu等人首次利用酵母单杂交系统,从拟南芥的cDNA表达文库中克隆到二种编码与DRE元件结合的转录因子脱水应答元件结合蛋白(DREB,dehydration-responsive element binding protein)cDNA,分别命名为DREB1A,DREB2A。它们在氨基酸序列上没有显著的相同性,但都含有一段非常保守的由58个氨基酸组成的DNA结合区域(EREBP/AP2结构域)。这类含有EREBP/AP2结构域的转录因子,与逆境信号传递有关。刘强等认为,一个DREB基因可以调控多个与植物干旱、高盐及低温耐性有关的功能基因的表达。Kasuga等的研究证实,导入到拟南芥的DREB1A基因可以同时促进与逆境胁迫耐性有关的基因rd29、rd17、kin1、cor6.6、cor15a以及erd10的表达,转基因植株的抗逆性大大增强。同样,低温耐性转录因子CBF1(dreb1b)的转基因植株的耐低温能力有显著提高。由于植物的逆境耐性是由多基因调控的复杂性状,依靠导入单个功能性蛋白基因很难实现植物抗逆性的综合提高。因此,利用一个关键性转录因子促进多个功能基因的表达,从而增强植物的综合抗逆性,已经成为植物抗逆基因工程的研究热点。
发明内容
本发明的目的是提供一种植物DREB转录因子及其编码基因。
本发明所提供的植物DREB转录因子,名称为DMY-DREB,其来源于大米草,是具有下述氨基酸残基序列之一的蛋白质:
1)序列表中的SEQ ID №:1;
2)将序列表中SEQ ID №:1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加且与植物耐逆性相关的蛋白质。
其中,序列表中的序列1由223个氨基酸残基组成。自序列1的氨基端第53位至第111位氨基酸残基是AP2/EREBP保守结构域。
所述一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加是指不多于十个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加。
上述植物DREB转录因子编码基因(DMY-DREB)也属于本发明的保护范围。
上述植物DREB转录因子的cDNA基因,可具有下述核苷酸序列之一:
1)序列表中SEQ ID №:2的DNA序列;
2)编码序列表中SEQ ID №:1蛋白质序列的多核苷酸;
3)在高严谨条件下可与序列表中SEQ ID №:2限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。
上述高严谨条件可为在0.1×SSPE(或0.1×SSC),0.1%SDS的溶液中,在65℃下杂交并洗膜。
其中,序列表中的SEQ ID №:1由669个脱氧核苷酸组成,自5′第1位至669位脱氧核苷酸为编码序列。
含有本发明基因的表达载体、细胞系、宿主菌及表达盒均属于本发明的保护范围。
利用现有分子生物学的方法可以得到含有DMY-DREB的表达载体,如pC2300:Prd29A-dmydrebA(物理图谱如图1所示)。
所述表达盒包括植物启动子、DMY-DREB基因和终止子。
所述植物启动子可为组成型、诱导型或组织特异性启动子。
本发明的DMY-DREB基因在构建到植物表达载体中时,在其转录起始核苷酸前可加上任何一种组成型启动子、组织特异性启动子或诱导型启动子。为了便于对转基因植物细胞或植物进行鉴定及筛选,可对所使用的载体进行加工,如加入植物可选择性标记(GUS基因、萤光素酶基因等)或具有抗性的抗生素标记物(庆大霉素,卡那霉素等)。被转化的植物宿主既可以是单子叶植物,也可以是双子叶植物,其中,单子叶植物可为草坪草、小麦、大麦、燕麦、水稻或玉米等,双子叶植物可为马铃薯、烟草、棉花、莴苣、番茄、甜瓜、黄瓜、豌豆、油料种子、甜菜或向日葵等。
携带有DMY-DREB基因的表达载体可通过使用Ti质粒、Ri质粒、植物病毒载体、直接DNA转化、显微注射、电导、农杆菌介导等常规生物学方法转化植物细胞或组织,并将转化的植物经组织培育成植株。
实验表明,本发明的DMY-DREB蛋白及其编码基因能增强植物对逆境,特别是冷胁迫的耐性。该基因将广泛用于培育耐逆转基因植物,具有深远的理论意义及广泛的实践意义。
附图说明
图1为DMY-DREB植物表达载体物理图谱
图2为DMY-DREB转基因烟草的PCR验证照片
图3为DMY-DREB转基因烟草的耐寒实验结果
具体实施方式
下述实施例中的方法如无特别说明,均为常规方法。
实施例1、DMY-DREB及其编码基因的获得
用CTAB法(Steiner JJ,Poklemba CJ,Fjellstrom RG,Elliott LF.,A rapidone-tube genomic DNA extraction process for PCR and RAPD analyses.NucleicAcids Res.1995.Jul 11;23(13):2569-70.)提取大米草基因组DNA,具体方法如下:取大米草叶片,以液氮研磨,每1克的植物材料中加入5毫升经68℃预热的CTAB溶液(用前加10mM巯基乙醇),60℃加热30分钟。然后加入等体积氯仿∶异戊醇,15000g离心15分钟,取上清。在上清液中加入2/3倍体积的异丙醇,混匀,用注射针针尖将DNA丝搅出置于新管中,再加入75%乙醇,洗涤沉淀及离心管壁,然后将乙醇吸干,空气烘干剩余的乙醇,加入TE溶解DNA。并于-20℃保存。以PCR(聚合酶链反应)方法扩增DMY-DREB基因DNA片段。在DREB类蛋白的同源区设计兼并引物,列如下:F1:5′-ACCGC(T/C)GAGATGGC(G/A/C)GC(T/G)C-3′R1,:5′-CC(A/G)AG(A/G)CGAGTC(A/C)G(G/C)GAA-3′25ul PCR反应体系为:1μg基因组DNA、1.5mM MgCl2、20mM Tris-HCl(pH8.4)、50mM KCl、0.8mM dNTP混合物、1μM引物F1和1μM引物R1,以及1个单位的Taq聚合酶(上海申能博彩生物技术公司)。按照下列方案在PCR-热循环仪(Eppendorf公司,德国)中进行PCR循环以扩增DMY-DREB基因DNA片段:94℃预变性5分钟;再94℃1分钟,60℃1分钟,72℃1分,共30个循环;最后72℃10分钟。将扩增得到的约90bpDNA片段用凝胶回收试剂盒(北京天纬时代科技有限公司)按试剂盒提供的方案回收该片段,用pGEM-Teasy vector系统(Promega公司,美国)按该系统提供的方案克隆该片段,测序(三博远志生物技术公司)。序列分析表明该序列与DREB类蛋白基因的保守区片段高度同源。根据该保守区段设计3’RACE的特异性引物。取1μg总RNA进行3’RACE。RACE程序按照宝生物工程(大连)有限公司提供的3’RACE试剂盒的说明书进行。3’RACE的5’端引物为:GSP1:5‘-CGTGCCTCAACTTCGCGGACT-3’,3’端引物由试剂盒提供。PCR条件为先94℃5min;然后94℃30s→54℃30s→72℃30s,共30个循环;最后72℃10min。3’RACE产物经克隆测序,合成5‘RACE引物。取1μg总RNA进行5’RACE,RACE程序按照宝生物工程(大连)有限公司提供的5’RACE试剂盒的说明书进行。其中,5’RACE的5’磷酸化引物为:5‘-CCCGACGAACCTCCC-3’,用于PCR扩增的引物分别为S1:5’-ATCCGCTCCGCTGTGCGTCTCG-3’,S2:5’-CCTCGACGGCCACATTGCTC-3’,A1:5‘-GGACTCGCCTCGGCTGCTCA-3’,A2:5‘-CAGAGCAATGTGGCCGTCGAG-3’。以5‘磷酸化引物进行反转录反应,以S1和A1为引物进行第一轮扩增,然后再用稀释100倍的第一轮PCR产物作模板,以S2和A2为引物进行第二轮PCR扩增。其中,第一轮PCR反应条件:先94℃5min;然后94℃30s→56℃30s→72℃1min,共30个循环;最后72℃10min。第二轮PCR反应条件:先94℃预变性5min;然后94℃30s,58℃30s,72℃1min,共30个循环;最后72℃10min。
总RNA按照如下方法提取:以液氮研碎-70℃保存的4℃冷预处理大米草叶片,每0.1g的叶片中加入1ml TRIZOL RNA提取液(鼎国生物技术公司),按供应商提供的方案进行总RNA的提取。将得到的RNA用DNase酶(Prmega,America)按供应商提供的方案进行消化,以去除残存的DNA。
所得5’-RACE和3’-RACE产物经克隆测序,合成引物,以1μg大米草叶片总RNA用反转录试剂盒(宝生物工程(大连)有限公司)按试剂盒的方法反转录得到的cDNA为模板,克隆DMY-DREB的cDNA。合成的引物序列如下:F2:5′-GTCGACATGGACATCGGCGCGTTC-3′;R2:5′-TCAGTAGCTCCAGAGCCTGA-3′。25ulPCR反应体系含有1μg cDNA、1.5mM MgCl2、20mM Tris-HCl(pH8.4)、50mM KCl、0.8mM dNTP混合物、1μM引物F2和1μM引物R2,以及1个单位的Pfu酶(上海申能博彩生物技术公司)。按照下列方案在PCR-热循环仪(Eppendorf公司,德国)中进行PCR循环以扩增DMY-DREB的cDNA:94℃预变性5分钟;再94℃1分钟,55℃1分钟,72℃1分,共30个循环;最后72℃10分钟。
将扩增得到的片段用凝胶回收试剂盒(北京天纬时代科技有限公司)按试剂盒提供的方案回收该片段,并插入pBluescript II KS(-)(STRATAGENE公司)的EcoR V位点,得到质粒pBS::dmydreb。测序(三博远志生物技术公司),测序结果表明该片段大小为669bp,具有序列表中序列2的核苷酸序列;序列分析表明该cDNA的自5′第1位至669位脱氧核苷酸编码具有序列1的氨基酸残基序列的DMY-DREB。自序列2的5’端第157到第333位核苷酸为AP2/EREBP保守结构域的编码序列,编码59个氨基酸残基;DMY-DREB的自序列1的氨基端第53位至第111位氨基酸残基是AP2/EREBP保守结构域。
实施例2、DMY-DREB植物表达载体的构建及转基因烟草的耐逆性实验
以用CTAB法提取拟南芥基因组DNA为模板,用Rd29A-S和Rd29A-A PCR方法扩增拟南芥rd29A基因的启动子序列。其中,Rd29A-S:5’-TCTAGACGCATGATTTGATGGAGGAG-3’,Rd29A-A:5’-TCCAAAGATTTTTTTCTTTCCAA-3’。25ul PCR反应体系含有100ng基因组DNA、1.5mM MgCl2、20mM Tris-HCl(pH8.4)、50mM KCl、0.8mM dNTP混合物、1μM Rd29A-S和1μM Rd29A-A,1U的Pfu酶(上海申友生物技术公司)。按照下列方案在PCR-热循环仪(Eppendorf公司,德国)中进行PCR循环:先94℃5分钟;再94℃1分钟,54℃1分钟,72℃1分,共30个循环;最后72℃10分钟。将扩增得到的约944bp长的DNA片段用凝胶回收试剂盒(北京天纬时代科技有限公司)按试剂盒提供的方案回收该片段,插入pBluescript IIKS(-)(STRATAGENE公司)的EcoRV位点,测序(三博远志生物技术公司),测序结果表明该片段含有拟南芥rd29A基因的启动子的全长序列,将含有该片段的质粒命名为pBS::Prd29A。
以用CTAB法提取拟南芥基因组DNA为模板,用OS Trps16g2-S和OS Trps16g2-APCR方法扩增水稻核糖体小亚基s16基因的3’末端序列。其中,OS Trps16g2-S:5’-ATCGATTCGGAGCGGTGTTCTCT-3’,OS Trps16g2-A:5’-GATGGGCATCTGAACTGAGAAT-3’。25ul PCR反应体系含有100ng基因组DNA、1.5mM MgCl2、20mM Tris-HCl(pH8.4)、50mM KCl、0.8mM dNTP混合物、1μM OS Trps16g2-S和1μM OS Trps16g2-A,1U的Pfu酶(上海申友生物技术公司)。按照下列方案在PCR-热循环仪(Eppendorf公司,德国)中进行PCR循环:先94℃5分钟;再94℃1分钟,54℃1分钟,72℃1分,共30个循环;最后72℃10分钟。将扩增得到的约764bp长的DNA片段用凝胶回收试剂盒(北京天纬时代科技有限公司)按试剂盒提供的方案回收该片段,插入pBluescript II II KS(-)(STRATAGENE公司)的EcoR V位点,测序(三博远志生物技术公司),测序结果表明该片段含有水稻核糖体小亚基s16基因的3’末端序列,将含有该片段的质粒命名为pBS::Trps16g2。
将质粒pBS::Trps16g2用Cla I酶切下含水稻核糖体小亚基s16基因的3’末端序列片段插入pBS::dmydreb的Cla I位点,得到质粒pBS::dmydrebA-Trps16g2。
将质粒pBS::dmydrebA-Trps16g2用Sal I酶切下含dmydrebA-Trps16g2序列片段插入pBS::Prd29A的Xho I位点,得到质粒pBS::Prd29A-dmydrebA-Trps16g2。
将用XbaI酶切质粒pBS::Prd29A-dmydrebA-Trps16g2得到的dmydrebA表达盒,克隆到pCAMBIA2300(购自CAMBIA公司)的Xba I酶识别位点之间,得到DMY-DREB的植物表达载体pC2300::Prd29A-dmydrebA,pC2300::Prd29A-dmydrebA质粒图如图1所示,在此载体中DMY-DREB基因(dmydrebA)受rd29A启动子的调控。将此载体转化根癌农杆菌LBA4404,得到含有pC2300::Prd29A-dmydrebA的农杆菌菌株,命名为TpC2300::Prd29A-dmydrebA,将质粒pCAMBIA2300转化根癌农杆菌LBA4404,得到含有pCAMBIA2300空载体的菌株TpCAMBIA2300。用无菌刀片将烟草无菌苗叶片切成四边长约1cm的叶盘,分别在O.D.值为1的TpC2300::Prd29A-dmydrebA和TpCAMBIA2300(转空载体对照)菌液中浸泡10分钟,转接入共培养培养基(MS基本培养基加6-苄氨基嘌呤1.0mg/L、吲哚乙酸0.1mg/L、蔗糖30g/L,pH5.2),于25℃暗培养3天,再转入继代培养基(MS基本培养基加6-苄氨基嘌呤1.0mg/L、吲哚乙酸0.1mg/L、羧苄青霉素250mg/L、蔗糖30g/L,pH5.8)中光照培养三天,转入筛选培养基(MS基本培养基加6-苄氨基嘌呤1.0mg/L、吲哚乙酸0.1mg/L、羧苄青霉素250mg/L、卡那霉素75mg/L、蔗糖30g/L,pH5.8);继续培养7天,再转入再生培养基(MS基本培养基加6-苄氨基嘌呤1.0mg/L、羧苄青霉素250mg/L、卡那霉素75mg/L、蔗糖30g/L,pH5.8)。待叶片边缘长出丛生再生芽至2-3cm时,用解剖刀将再生芽切下,并转入生根培养基(MS基本培养基加卡那霉素50mg/L、蔗糖20g/L,pH5.8。)中培养20天,共得到15棵转基因植株和10株转空载体植株。
用CTAB法(Steiner JJ,Poklemba CJ,Fjellstrom RG,Elliott LF.,A rapidone-tube genomic DNA extraction process for PCR and RAPD analyses.NucleicAcids Res.1995 Jul 11;23(13):2569-70.)提取转pC2300::Prd29A-dmydrebA和pCAMBIA2300烟草基因组DNA,以100ng提取的基因组DNA为模板进行PCR反应。以实施例1中的引物F2和R2为引物,25ul PCR反应体系含有100ng基因组DNA、1.5mMMgCl2、20mM Tris-HCl(pH8.4)、50mM KCl、0.8mM dNTP混合物、1μM F2和1μMR2,1U的Taq聚合酶(上海申友生物技术公司)。按照下列方案在PCR-热循环仪(Eppendorf公司,德国)中进行PCR循环:先94℃5分钟;再94℃1分钟,58℃1分钟,72℃1分,共30个循环;最后72℃10分钟。将扩增产物进行凝胶电泳,结果如图2所示,转pC2300::Prd29A-dmydrebA烟草扩增产物在预计的669bp处有清晰的条带(箭头示),而转pCAMBIA2300烟草(空载体对照)无PCR产物条带。图2中,泳道1为转pCAMBIA2300烟草的PCR扩增产物;泳道2为pC2300::Prd29A-dmydrebA的PCR扩增产物;泳道3为转pC2300::Prd29A-dmydrebA烟草的PCR扩增产物;泳道M为1kbDNA分子量标准。
将在生根培养基(MS基本培养基加卡那霉素50mg/L、蔗糖20g/L,pH5.8。)中培养20天的转pC2300::Prd29A-dmydrebA烟草和转pCAMBIA2300(空载体对照)烟草分别转入4℃冷处理12小时后,置于-10℃放置2小时,取出在25℃条件下培养3天后,转pC2300::Prd29A-dmydrebA烟草生长良好,而转pCAMBIA2300对照烟草已死亡,如图3所示,图3中左侧烟草为转pC2300::Prd29A-dmydrebA烟草,右侧为转pCAMBIA2300烟草。
序列表
<160>2
<210>1
<211>223
<212>PRT
<213>大米草(Spartina anglica)
<400>1
Met Asp Ile Gly Ala Phe Ser Ser Asp Tyr Ser Ser Gly Thr Pro Ser
1 5 10 15
Pro Val Gly Gly Asp Asp Gly Ser Ser Pro Ser Tyr Met Thr Val Ser
20 25 30
Ser Ala Pro Pro Lys Arg Arg Ala Gly Arg Thr Lys Phe Lys Glu Thr
35 40 45
Arg His Pro Val Tyr Lys Gly Val Arg Arg Arg Asn Pro Gly Arg Trp
50 55 60
Val Cys Glu Val Arg Glu Pro His Gly Lys Gln Arg Ile Trp Leu Gly
65 70 75 80
Thr Phe Glu Thr Ala Glu Met Ala Ala Arg Ala His Asp Val Ala Ala
85 90 95
Met Ala Leu Arg Gly Arg Gly Ala Cys Leu Asn Phe Ala Asp Ser Pro
100 105 110
Arg Leu Leu Arg Val Pro Pro Val Gly Ala Gly His Asp Glu Ile Arg
115 120 125
Arg Ala Ala Ala Glu Ala Ala Glu Gln Phe Arg Pro Ala Pro Asp Gln
130 135 140
Ser Asn Val Ala Val Glu Glu Pro Val Ala Thr Leu Pro Asp Pro Phe
145 150 155 160
Ser Ser Glu Thr His Ser Gly Ala Asp His Arg Pro Tyr Cys Gly Met
165 170 175
Val Asp Asp Arg Phe Asp Leu Gly Met Gln Gly Tyr Leu Asp Met Ala
180 185 190
Gln Gly Met Leu Ile Asp Pro Pro Pro Met Gly Gly Ser Ser Gly Asn
195 200 205
Gly Gly Asp Asp Asp Asp Gly Gly Glu Val Arg Leu Trp Ser Tyr
210 215 220
<210>2
<211>669
<212>DNA
<213>大米草(Spartina anglica)
<400>2
atggacatcg gcgcgttcag cagcgactac tcctcgggca cgccgtcccc ggtcggcggc 60
gacgatggct cctccccctc ctacatgacg gtgtcgtcgg cgccgcccaa gcggcgcgcc 120
ggccggacca agttcaagga gacgcggcac ccggtgtaca agggcgtgcg ccggcgtaac 180
cctgggcggt gggtctgcga ggtgcgggag ccgcacggca agcagcgaat ttggctcggg 240
acattcgaga ccgccgagat ggcggcgcgc gcgcatgacg tcgccgcgat ggcgctccga 300
gggcgcggcg cgtgcctcaa cttcgcggac tcgcctcggc tgctcagggt cccgcccgtg 360
ggcgcagggc acgacgagat tcgcagggcc gcggccgagg cggccgagca gttccgcccc 420
gcgcccgatc agagcaatgt ggccgtcgag gagccggtcg cgacactacc ggacccgttt 480
tctagcgaga cgcacagcgg agcggatcac cgcccgtatt gcggcatggt agacgacagg 540
ttcgacttgg ggatgcaggg gtacctcgac atggcgcaag ggatgctcat tgacccgcca 600
ccgatgggag gttcgtcggg gaatggtggt gacgatgatg acggcggtga ggtcaggctc 660
tggagctac 669