具体实施方式
实施例1:
玉米材料:玉米选用齐319授粉后17天(17dpp)的幼胚。菌种:大肠杆菌E.coli DH5α、JM109及酵母菌株yWAM2(Leu-,His-,Trp-)。载体:pBSK+及pRS315、pPC86。工具酶和修饰酶:各种限制性内切酶和修饰酶购自Promega公司,New England Biolab公司和Gibco公司。化学试剂:酵母培养用试剂均购自Sigma公司和Oxford公司;其它化学药品均为国产分析纯。试剂盒:质粒DNA提取用Promega公司的WizardTMMinipreps DNA Purification System和WizardTM Maxipreps DNAPurification System;回收DNA用鼎国公司的DNA片段快速纯化/回收试剂盒;RNA提取用Promega公司的RNAgents Total RNA Isolation Systemkit和PolyATtract mRNA Isolation System;文库构建用GibcoBRL公司的SuperScriptTM Plasmid System for cDNA Synthesis and PlasmidCloning kit。引物合成:由北京赛百盛生物工程公司和上海博亚生物技术有限公司合成。测序:由上海博亚生物技术有限公司完成。
RNA的提取和mRNA的分离:
RNA的提取和mRNA的分离分别按Promega公司的RNAgents Total RNAIsolation System kit和PolyATtract mRNA Isolation System进行。取玉米17dpp幼胚1g,提取总RNA 2.834mg,共分离出mRNA 43.7μg。取玉米21dpp幼胚1g,提取总RNA 2.427mg,共分离出mRNA 41.6μg。
玉米幼胚17dpp、21dpp cDNA文库的构建及扩增:
按GibcoBRL公司的SuperScriptTM Plasmid System for cDNASynthesis and Plasmid Cloning kit进行,取出5μg 17dpp的mRNA用于cDNA文库构建,反转录引物用:
Not I adapter:5’-pGACTAGTTCTAGATCGCGAGCGGCCGCCC(T)15-3’,
双链合成后加Sal I adapter:5’-TCGACCCACGCGTCCG-3’;
GGGTGCGCAGGCp-5’;再用Not I酶切,构建到经Sal I和Not I酶切纯化后的pPC86载体上(Trp+)。转化E.coli.DH10B,得到库容量为5.2×106 cfu的cDNA文库。
cDNA文库的扩增:
配2x LB培养基4L(Bacto-Trypton 20g/L,Bacto-Yeast Extract10g/L,NaCl 10g/L,SeaPrep agarose 3g/L,pH7.0),121℃30min灭菌后,37℃温育2小时;加入氨苄青霉素至终浓度200mg/L;加入文库至106cfu/L;混匀后,分装20~30mL到50的培养管中;置于冰上1小时;30℃培养40小时;8000rpm,10min,离心收集菌体;弃上清,加入200mL 2x LB(含甘油12.5%)悬浮细胞,分装成10mL一份于-70℃保存备用。
4mer ABRE诱饵载体及4mer mutant ABRE(mABRE)挽救载体的构建
合成ABRE(+):5’GAAGTCCACGTGGAGGTGG 3’和ABRE(-):5’TCCCACCTCCACGTGGACT 3’,各取20μL(1μg/μL)的ABRE(+)和ABRE(-),混匀,加4μL 3M的NaOAc和100μL的无水乙醇,-20℃,30分钟后离心沉淀DNA,70%乙醇洗一次,干燥,加6.5μL无菌水,1μL 10x的T4 polynucleotide kinase buffer,退火:条件是88℃,2’;65℃,10’;37℃,10’;25℃;5’,加1.5μL 20mM的ATP和1μL T4polynucleotide kinase,37℃反应2小时,加酚氯仿和氯仿各抽提一次,用无水乙醇沉淀DNA。再加2μL 10×ligase buffer,1μLligase(5units/μL),17μL无菌水,16℃连接过夜,用2%的琼脂糖电泳,分离大小约为80bp的DNA片段,克隆到pBSK+载体上(经Spe I酶切,补平),测序,获得pA4质粒。合成mABRE(+):5’GAAGTaacatgttcGGTGG3’和mABRE(-):5’TCCCACCgaacatgttACT 3’,方法同上,获得pmA4质粒。
pRS315His(Leu+)载体及pA4和pmA4质粒均用BamH I、Xba I双切后纯化,把4连ABRE和4连mABRE克隆到pRS315His,得到诱饵载体pRSA4(Leu+)和挽救载体pRSmA4(Leu+)质粒。
玉米幼胚17dpp cDNA文库的筛选:
制备yWAM2感受态细胞,把pRSA4转化到酵母菌株yWAM2(Leu-,His-,Trp-)中,转化方法参照Two Hybrid System TRAFO Protocol进行。获得含有pRSA4的酵母菌株yA4(His-,Trp-)。用含有诱饵载体的yA4酵母对文库进行筛选,转化方法同上,将转化细胞涂到His-选择培养基上,28℃培养3~5天。待酵母长出后,提酵母质粒,提取方法参照Method I:QuickPlasmid DNA Preparations from Yeast(Christine Guthrie 1991)。将酵母质粒转化E.Coli DH5α,在从中提取质粒,酶切分析,测序可知所获得的阳性克隆的DNA序列,再对序列进行分析。
ABP9全长cDNA序列的获得:
采用5’RACE的方法得到了ABP9基因的全长cDNA序列,按GibcoBRL公司5’RACE System for Rapid Amplification of cDNA Ends,Version2.0kit操作。用于反转录的引物:ABP9 rv2:5’-CCT TCA CCA GGA AGT CCT CCA-3’用于PCR的引物:ABP9 rv3:5’-AAC CAA TCC TCC GTT CTC ACC-3’扩增条件是:PCR:94℃,3min;94℃,30sec;60℃,30sec;72℃,1min;72℃,5min;35个循环。把扩增出DNA片段从琼脂糖胶中回收并连接到pGEM-T easy vector,转化E.coli.JM109,酶切鉴定后测序,获得ABP9基因的全长cDNA序列(图1),根据cDNA序列推测出其蛋白序列(图2)。
实施例2
ABP2和ABP9的ABRE体内结合特异性分析:
将yA4和ymA4转化到yWAM2酵母中,得到yA4和ymA4菌株,把筛库得到的ABP9质粒分别转化yA4和ymA4酵母,28℃在His-选择培养基上培养3~5天,只有用ABP9质粒转化的yA4酵母能够生长,而ABP9转化的ymA4酵母不能够生长,说明ABP9在酵母体内能够特异结合ABRE元件,激活了报告基因HIS3基因的表达,故能够在His-选择培养基上生长(图3B),相反由于ABP9不能与mABRE结合,不能激活了报告基因HIS3基因的表达,在His-选择培养基上也不能生长(图3A),因此,ABP9在酵母体内具有ABRE结合特异性。
ABP9的ABRE体外结合特异性分析(EMSA实验):
ABP9蛋白的纯化:把ABP2和ABP9的全长基因克隆到pGEX4T-1原核表达载体上,将克隆到pGEX4T-1载体上的ABP9转化到BL21菌株中,用37℃,0.3mM IPTG诱导表达2~3小时,SDS-PAGE电泳,有特异的ABP9表达条带。ABP9蛋白纯化的操作方法按照Pharmacia公司的MicroSpinTMGST Purification ModuLe protocol进行,纯化的蛋白用于EMSA实验。
同位素标记ABRE和mABRE:采用Promega公司的DNA 5’End-LabelingSystem,反应体系是:ABRE(或mABRE)1μL,T4 PNK 10×buffer 5μL,γ-32P-ATP 3μL,T4 PNK(10U/μL)2μL,H2O 39μL;37℃ 20分钟;加2μL 0.5M EDTA,68℃ 10分钟灭活;37℃ 10分钟;4℃保存备用。
ABP9蛋白与DNA结合反应体系:5×binding buffer(125mMHEPES-KOH ph7.6;50%甘油;250mM KCl)4μL;ABF2、ABF9和GST蛋白各约4μg(9μL);1M DTT 1μL;上述标记的ABRE(或mABRE)探针1μL;H2O 4μL;冰上结合30分钟,加3μL上样缓冲液(含0.025%溴酚蓝的无菌水),进行聚丙烯酰胺电泳分析。
非变性聚丙烯酰胺电泳:配制聚丙烯酰胺胶(5.4%):30%丙烯酰胺9ml;10×电泳缓冲液5ml(甘氨酸142.7g/L,EDTA 3.92g/L,Tris30.28g/L);50%甘油2.5ml;去离子水33ml;10%APS 400μL;TEMED 25μL。待胶凝后,用1×电泳缓冲液电泳,预电泳10分钟(300V);上样,电泳1小时(300V);用滤纸粘下胶,保鲜膜封好后,压X光片1小时;洗片,显影2分钟,定影5分钟。结果表明有明显的被ABP9蛋白阻滞ABRE的电泳条带(图4),相反,mABRE则不被阻滞,说明ABP9基因产物在体外同样具有ABRE结合特异性。
实施例3
酵母细胞中转录激活试验
把ABP9和YepGAP(Trp+)用Xba I和Xho I双切、回收连接,转化E.coliDH5α;得到含有ABP9基因全长cDNA的酵母表达载体YepGAPABP-9质粒,将其转化到yA4和ymA4酵母中,在His-选择培养基上28℃培养3~5天,结果表明用YepGAPABP-9质粒转化的yA4能够生长(图5B),而ymA4不能生长(图5A),因此ABP9在酵母细胞内不但具有ABRE结合特异性,而且具有转录激活功能。
玉米细胞中的转录激活功能试验
报告载体的构建:pIG46载体用Xho I酶切,T4 DNA聚合酶补平,pBluescript II SK+载体上的4mer ABRE用Sma I、Ecl136 II酶切,回收约80bp的DNA片段与载体连接,转化E.coli DH5α,提质粒,酶切鉴定,测序表明ABRE已连在35S mini promoter上游。ABP9瞬时表达载体的构建:把ABP9(Xba I,Xho I)基因的全长cDNA构建到植物瞬时表达载体pBI221上,得到pBI221-ABP9质粒,采用基因枪的方法共转化报告质粒和目的基因,转化材料为玉米悬浮细胞,转化方法参照B.R.格利克和J.E.汤普森主编的《植物分子生物学及生物技术的实用方法》,结果表明单独转化pIG46质粒,没有报告基因的表达(图6A),把pIG46和pBI221-ABP9共转化时,有明显的报告基因的表达(图6B,C),因此ABP9在玉米细胞内不但具有ABRE结合特异性,而且具有转录激活功能。
ABP9在非生物逆境条件下的表达特异性分析
玉米材料的处理:取玉米种子,吸胀24hr,种植于花盆中,28℃,12hr光照培养约20天,待长出三叶一芯,进行不同条件的处理。
1).冷害处理:将玉米苗置于2℃培养箱,12hr光照培养48hr,取出并洗去根上的土,用液氮速冻,-80℃保存备用。
2).盐渍处理:分别将玉米苗置于0.6%,0.8%,1%的NaCl溶液中,12hr光照培养3天,取出并洗去根上的土,用液氮速冻,-80℃保存备用。
3).干旱处理:分别将玉米苗置于含水量为8%(混和920g干土和80mL水),10%,13%的土壤中12hr光照培养3天,取出并洗去根上的土,用液氮速冻,-80℃保存备用。
4).ABA处理:分别将玉米苗置于10-4M、10-5M、10-6M的ABA溶液中(取5mgABA用0.1N KOH溶解后,定容至95mL水中即为10-4M),12hr光照培养24hr,取出并洗去根上的土,用液氮速冻,-80℃保存备用。
5).H2O2处理:分别将玉米苗置于10mM H2O2(1.13mL 30%H2O2/L),60mM H2O2(6.78mL 30%H2O2/L),150mM H2O2(14.95mL 30%H2O2/L)的水溶液中,12hr光照培养24hr,取出并洗去根上的土,用液氮速冻,-80℃保存备用。
6).水处理:将玉米苗直接置于水中12hr光照培养24hr,-80℃冻存。
7).对照的处理:直接取未经任何处理的苗-80℃冻存作为对照。
RNA的提取及DNA的去除:
1).取约200mg处理的玉米材料,液氮研磨,提取RNA的方法按照Promega公司的RNAgents Total RNA Isolation System kit进行。
2).将RNA溶于85μL水中,加入10×buffer 10μL和5μL RQ1 RNAFree DNase(1U/μL),37℃,15min,以去除DNA的污染。
3).加入100μL的酚氯仿抽提一次,取上清,用等体积的异丙醇沉淀RNA,70%的乙醇洗一次,溶于50μL的水中。
4).定量RNA的浓度为1μg/μL。
RT-PCR:
取Oligo dT18 1μL(0.5μg/μL),RNA 5μL(1μg/μL),dNTP 1μL(10mM),水27μL;65℃,5min;0℃,2min;加入5X buffer 10μL,DTT(100mM)5μL,RNase Inhibitor 10U(40U/μL);42℃,2~5min;加入SuperScipt II 1μL(200u/μL);42℃,50min;70℃,15min灭活,备用。
模板cDNA的相对定量及内标引物的设计:根据GenBank上登录的玉米肌动蛋白基因(Maize Actinl gene:Accession NO.J01238)设计如下引物:
mAct1 F:5’-CAC CTT CTA CAA CGA GCT CCG-3’
mAct1 R:5’-TAA TCA AGG GCA ACG TAG GCA-3’用该引物进行扩增,如果是cDNA可扩增出405bp的条带,如果是基因组DNA可扩增出512bp的条带(有107bp的内含子)。
PCR反应体系:模板1μL,2 X PCR buffer 10μL,10mM dNTP 1μL,10μM mAct1 F 1μL,10μM mAct1 R 1μL,Taq 1U,灭菌水6μL。
PCR条件:94℃,2min;94℃,30sec;55℃,30sec;72℃,30sec;30cycle;72℃,5min。
根据PCR产物的电泳结果对模板DNA进行稀释,调整模板DNA的用量,直到用mAct1 F和mAct1 R引物扩增出的DNA条带的量基本一致,使每微升溶液中模板cDNA的含量基本一致。
ABP9基因的PCR扩增。
2).ABP9,设计PCR扩增的引物如下(扩增937bp):
FW1 5’-CAT GAC GCT GGA GGA CTT CCT-3’
RV 5’-TTG ACG AAA ACA CAG AGC-3’
PCR体系:模板1μL,2×PCR buffer 10μL,10mM dNTP 1μL,10uMmAct1 F 1μL,10uM mAct1 R 1μL,Taq 1U,灭菌水6μL。
PCR条件:94℃,2min;94℃,30sec;55℃,30sec;72℃,50sec;30cycle;72℃,5min。电泳结果表明ABP9基因受盐渍(图7A,B,C)、干旱(图7J,K)、ABA(L,M,N)、过氧化氢(F,G)等逆境条件的诱导表达。
实施例4
ABP9基因的拟南芥转化
载体构建及农杆菌转化:把ABP9用Xho I酶切,T4 DNA聚合酶补平,再用Xba I酶切,回收目的片段;载体pBI121用Xba I和Ecl136II酶切,纯化回收相应大小的片段,连接(图8),转化JM109,提质粒,酶切鉴定,挑出所需克隆,测序,并将其转化到农杆菌LBA4404中。
拟南芥转化
1).拟南芥的培养。拟南芥种子在4℃进行2-3天的春化处理,每盆播种7~10粒种子(营养土和蛭石按2∶1);放于温室中培养(22℃,光照16h);待拟南芥抽出初生苔后,剪去初生苔,待其抽出更多的次生苔,且少数开始结荚时,可用于转化。
2).农杆菌的培养。挑农杆菌单菌落接种在3mlYEB(Kan50mg/L,利福平50mg/L),28℃,250rpm培养30小时;按1∶400转接入200ml新鲜的YEB(Kan50mg/L,利福平50mg/L)中,28℃,250rpm培养约14小时,测OD600≈1.5;7500rpm,4℃,10min离心收集菌体;重悬菌体于二倍体积(400mL)的渗透液(1/2MS盐+5%蔗糖,pH5.7,121℃,15min灭菌;用之前加6-BA至终浓度为0.044uM,VB6终浓度为1mg/L,VB1终浓度为10mg/L,SILWET0.02%。
3).转化。把拟南芥的花蕾浸入渗透液中,抽真空(25IN Hg,保持5分钟);转化完毕后,花盆外套上塑料袋,水平放置,使其在低光强度下生长24-48小时后,即可正常培养。
4).收集种子,进行筛选。称25-30mg种子放入1.5mL离心管,加1mL 75%的乙醇(含0.05%Tween 20),于摇床上摇10分钟(300rpm),离心,去上清;加1ml 95%的乙醇洗一次,离心,去上清;重复一次;在超净台中加0.3ml的100%乙醇,移到无菌滤纸上,吹干;把吹干的种子撒到1/2MS平板(Kan50mg/L)上;4℃,放2天后,22℃,16h光照培养;将阳性植株(T0代)移栽到盆中培养,并收集种子进行T1代筛选。
转基因拟南芥基因组DNA的提取
1).在液氮中研磨0.1-0.2g植物叶片,转移至1.5ml离心管中。
2).加入0.7ml CTAB(Tris 100mM,NaCl 1.4M,20mM EDTA,CTAB 2%,巯基乙醇0.1%),60℃,30分钟。每隔10分钟,颠倒一次。
3).加0.7ml酚∶氯仿(1∶1),颠倒几次,10000rpm离心5分钟,转移上清至一新的离心管,加等体积的氯仿∶异戊醇(24∶1),混匀,10000rpm离心5分钟。转移上清至一新的离心管。
4).加等体积的异丙醇,颠倒混匀,10000rpm离心10分钟,除去上清,70%乙醇洗一次,抽干,溶于50μL的无菌水中,用于PCR检测。
转基因拟南芥PCR检测。
正向引物:35S promoter:5’-TCTGCCGACAGTGGTCCCAA
反向引物:ABP9 rv3:5’-CCACTCTTGCCTCCTAACCAA反应体系(20μL):转基因植株DNA 1μL(20ng~50ng);10×buffer 2μL;MgCl2(2.5mM)2μL;Taq酶0.2μL;dNTP(2.5mM)2μL;引物各加10μM;加无菌水至20μL。反应条件:94℃,5分钟;94℃,45秒;60℃,45秒;72℃,45秒;35个循环;72℃延伸5分钟。筛选出PCR阳性植株。
ABP9转基因植株的生理分析实验。
1).抗寒实验:把转基因植株与未转基因植株置于-6℃,保持6小时;转移到正常的生长条件下继续培养,结果表明:转基因植株的存活率为80%,未转基因的植株存活率为10%,ABP9能够明显提高植株的抗寒性能(图9)。
2).抗盐实验:把转基因植株与未转基因植株置于600mM的NaCl中浸泡3小时;22℃,光照培养24小时;转移到拟南芥正常的生长条件下继续培养,结果表明:转基因植株的存活率为80%,未转基因的植株存活率为15%,ABP9能够明显提高植株的抗盐性能(图10)。
3).抗旱实验:把转基因植株与未转基因植株置于拟南芥正常的生长条件下不给水连续培养15~20天。结果表明:转基因植株的存活率为90%,未转基因的植株存活率为5%,ABP9能够明显提高植株的抗旱性能(图11)
范,云六<120>一个玉米bZIP类转录因子及其编码基因与应用<130><160>1<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>1510<212>DNA<213>中国农业科学院生物技术研究所<220><221>bZIP<222>(1)..(1510)<223>transcription factor gene<400>1taaaaggagt ctttgcagtt gcaggtcgag tgtctagata tgatatggcg tcggagacga 60ccaagaacgt gaaggccacc ctcgacgagc aggaggtaac ctcgcatcag cgcgaccaga 120gcgctgccga ggaggaggag gtggtggtag tggtggatcc gctggcgcgg cagtcgtccg 180tcatgtcgct tacgctggag gagctgcaga gctcgctctg cgagccgggg cgcaacttcg 240ggtccatgaa catggacgag ttcatggcca acatatggaa cgccgaggag ttccaggccg 300ccaccgccac cgccaccggc ggctgcagca agcaggaggg cacgcagcgg gagccgatga 360tgcccgtggc gaatggaaca ggtgagaacg gaggattggt tcggcaggcc aacgcggcgg 420cgcaggccgt ggtgcagccc cagatgggga gcggcggtgg cggcggcggc gtcgccgcca 480gcgggcggca gcaggtgacg ctggccgaca tgacgctgga ggacttcctg gtgaaggctg 540gcgtcgtgcg aggagccttc gccggccacg gccacgcggt cgtcggcatg gccccaatcc 600cagccgggcg gatgggcatc cagcagcagc acgcggctcc cacgatgtcg taccaagtgg 660cagcgccggc gcccaacgcc gtgtacccgg ttatgggcaa cggcacgggg taccacaacg 720ggtaccccag ggccatcgcg gtggtgccgc cgtctcagtg cgtgacggcc gccgtgagcc 780cggggtcgtc ggacggggtg agcgcgatga cgcaggcgga gatgatgagc tgcattggca 840acgaaggggc agggacggtc cggaactacg gcggcggcgg cggcggcggc agcgcgcgga 900agcgcgactc ccccgaggac gcgtgcaccg agaagaccgt ggagcgccgg cagcggcgga 960tgatcaagaa ccgtgagtcc gcggcccggt cacgcgccag gaagcaggcg tatacggtgg 1020agctcgaagc tgaactgaac cacctcaaag aggagaacga tcgcctcaga gcagagcaga 1080agacgattct gctatcgaag aaaaagaagc tggtggagaa gatggtggag caggcaaggg 1140agaatgtgag cgccaagaag ggcggtcgcg ggctgcgccg ctcgggcagc gccatgtggt 1200gaactgtgac gactgacgag tgtctcgaat tgtgcagttc cagtccgctt gcttagttgc 1260ttgtatggga aaaaaaatcc tgtacctgtc ggtagcagca ccgttagtaa cagtatgcca 1320tgtggtcgac acaaacgtct gcgagggacg atatggggca tgggcgagag cttccgcgtt 1380ggcctgctgc tgttcatgag cctgggttgt acaaacaata aagcaactgt aagatagtag 1440taattaaaca caaagctctg tgttttcgtc aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 1500aaaaaaaaaa 1510
范,云六<120>一个玉米bZIP类转录因子及其编码基因与应用<130><160>1<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>385<212>PRT<213>中国农业科学院生物技术研究所<220><221>bZIP transcription factor<222>(1)..(385)<223>ABRE Binding Factor<400>1Met Ala Ser Glu Thr Thr Lys Asn Val Lys Ala Thr Leu Asp Glu Gln1 5 10 15Glu Val Thr Ser His Gln Arg Asp Gln Ser Ala Ala Glu Glu Glu Glu
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355 360 365Ser Ala Lys Lys Gly Gly Arg Gly Leu Arg Arg Ser Gly Ser Ala Met370 375 380Trp ***385