CN1557827A

CN1557827A - 一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点及其应用

Info

Publication number: CN1557827A
Application number: CNA031419844A
Authority: CN
Inventors: 林贺; 贺林; 秧茂盛; 余岚; 冯国鄞
Original assignee: Shanghai Jiaotong University
Current assignee: Shanghai Jiaotong University
Priority date: 2003-07-31
Filing date: 2003-07-31
Publication date: 2004-12-29

Abstract

一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点及其应用，属于生物基因领域。本发明具有SEQ ID No.1所示的核酸序列和具有SEQ ID No.2所示的核酸序列。位于6q25.3－26区域T－复合物蛋白－1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，是产生精神分裂症的一个危险等位位点。位于6q25.3－26区域的T－复合物蛋白－1基因单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，前后2000bp区域内的多态性位点及其所组合的各类单倍体型进行诊断、治疗、药物靶点和一切商业性的开发利用。本发明揭示了T－复合物蛋白－1基因与精神分裂症相关性，找到了T－复合物蛋白－1(其编码基因位于6q25.3－26)的浓度在精神分裂症患者大脑中出现升高的分子基础。

Description

一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点及其应用

技术领域

本发明涉及一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点，更具体地讲是一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点(SNP)及其应用。属于生物技术的基因领域。

背景技术：

精神分裂症在世界上不同文化和地域的群体中发病率相同，大约均为1％。精神分裂症是一个由一些不同的、多变的临床症状组成的综合征，而且没有特异性的症状和体征。随着大量的孟德尔遗传疾病基因的被发现，现代分子遗传学的研究中心已经转移到包括精神分裂症在内的复杂的非孟德尔遗传的疾病基因上来了。进行全基因组的关联分析是一个具有良好前景的精神分裂症分子遗传学研究方法。这种方法的最大优势就在于能够检测到在精神分裂症病理机制中十分常见和可能起着重要作用的弱效基因。全基因组的关联分析是对出现在整个基因组上的大量的DNA多态性遗传标记进行全面的研究，因此每一个遗传标记之间的位置十分靠近，从而不会丢失与精神分裂症相关的重要的等位位点信息，有利于确定精神分裂症致病或易感基因。单核苷酸多态性位点(SNP)具有数量多、分布广、稳定性好和是2个核苷酸之间的改变等特点，能够进行全自动的分析，是一个很适合于进行全基因组的关联分析DNA多态性遗传标记，进行一次全基因组扫描大约需要500000到30000个SNP不等。目前，进行全基因组的SNP关联分析可行性较小，因为在人力和物力上存在着较大的困难。在对精神分裂症患者进行大脑蛋白质组的对比研究中，人们发现位于6q25.3-26的T-复合物蛋白-1基因所编码的T-复合物蛋白-1浓度在患者海马组织中出现升高。该蛋白质与大脑的发育和功能有着密切的联系，它们的表达异常可能与精神分裂症的病理机制相关。

经对现有技术的国内外文献检索，至今未见有T-复合物蛋白-1基因与精神分裂症相关性的研究报道。

发明内容

本发明针对现有技术的不足和缺陷，提出一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点及其应用，使其具有SEQ ID No.1所示的核酸序列和具有SEQ ID No.2所示的核酸序列，并揭示了T-复合物蛋白-1基因与精神分裂症相关性，具体的讲是找到了T-复合物蛋白-1(其编码基因位于6q25.3-26)的浓度在精神分裂症患者大脑中出现升高的分子基础。

本发明研究了两个T-复合物蛋白-1基因上的常见型SNP位点即rs15982(定位在3’端侧链上)和rs4832(定位于12号外显子上)，其弱式等位位点频率均大于30％。在进行两个位点的等位位点和基因型分布的分析中，本发明发现在病例组和对照组中：rs4832位点的A/C等位位点频率(X²＝0.22，OR＝0.95，95％CI 0.77-1.17，p＝0.64)和AC、AA位点型频率(X²＝0.04，OR＝1.04，95％CI 0.70-1.54，p＝0.85；X²＝0.15，OR＝0.92，95％CI 0.60-1.41，p＝0.70)上均没有显著性的差异；但在rs15982位点上，其C/T等位位点频率(X²＝13.59，OR＝1.50，95％CI 1.21-1.85，p＝0.00023)和CT、CC位点型频率(X²＝6.41，OR＝1.72，95％CI 1.13-2.63，p＝0.011；X²＝14.18，OR＝2.35，95％CI 1.50-3.67，p＝0.00017)上均有显著性的差异。通过两个位点的排列组合，得到了4种单倍体型。对其进行分析发现在病例和正常对照之间也存在着显著性的差异(X²＝29.07，degree of freedom(df)＝3，p＝0.000002)。

上述结果表明，在精神分裂症患者中rs15982的C等位位点频率要显著性的超过健康对照组(rs15982位于T-复合物蛋白-1基因的3’端侧链序列上)。通过对基因组数据库进行检索(Http：//www.ifti.org/TFsitescan)，在T-复合物蛋白-1基因的3’端侧链序列上找到了一个转录因子Myb或c-Myb的结合位点。Myb或c-Myb特异性识别和结合的DNA序列是TAACGG(Tanikawa et al.Nucleic Acids Symp Ser 1992，(27)：163-164；Madan et al.Eur J Biocjem 1995，232：150-158)。有意义的是，TAACGG序列中的字母“A”位置正好是rs15982位点。Myb(Tanikawa et al.NucleicAcids Symp Ser 1992，(27)：163-164；Ramsay et al.J Bio Chem 1992，267：5656-5662)或c-Myb(Madan et al.Eur J Biocjem 1995，232：150-158；Gabrielsenet al.Science 1991，253：1140-1143)通过与序列特异性的DNA结合来发挥激活转录的作用。所以，当TAACGG序列中的字母“A”被“C”取代后，进而引起转录效率的增加。

在对单倍体型的分析中，CC表型在病人组中的分布频率要高于其在对照组中的分布频率，提示CC单倍体型同样与精神分裂症的发病相关。T-复合物蛋白-1基因恰好定位在连锁分析提示的精神分裂症易感位点6q25.3-26的区域中。因此，经实验结果表明T-复合物蛋白-1基因与精神分裂症的分子病理机制有关。

下面的依据支持在TCP1基因与精神分裂症间存在着一个“真实”的关联性：

1)于rs15982位点，我们在其等位位点和基因型分布频率上获得了显著性相关联的结果；并且在由rs15982和rs4832构建的单倍体型的分析中也得到了显著性的关联证据。

2)家系连锁分析的数据提示TCP1基因是一个阳性的精神分裂症候选基因之一。

3)TCP1在精神分裂症患者海马组织中增加表达，说明它通过影响神经递质的传递而介入了精神分裂症的病理过程。

4)TCP1参与了肌动蛋白和微管蛋白的折叠过程，从而与细胞骨架的维持、神经递质的运输和异常的精子细胞分离有关。

5)与精神分裂症显著相关的rs15982位点，可能是一个功能性的位点，因为它正好位于转录因子c-Myb或Myb特异性结合的DNA序列上。

6)样本量具有大于90％的统计学强度来检测到“弱小到中等的”基因效应。

精神分裂症相关的基因及其多态性位点的基因序列如SEQ NO.1所示：

(a)序列特征：

*长度：4010碱基对

*类型：核酸

*链型：双链

*拓扑结构：线形

(b)分子类型：基因组DNA(gDNA文库)

(c)假设：否

(d)反义：否

(e)最初来源：人

(f)SEQ ID NO.1核酸序列描述如下：

tgctgcctaa ctaaattcta aacttgtaat atagcacttt taccacaaat gctactgagt 60

ccaaggatat taaaatcatg aaagagcaat attcacagat cctttgtaac tctcttatta 120

gcaactattc tgtcaaccct ggccaatttg gaaggtgaag aaacttttga agctgcaatg 180

ttgggacagg cagaagaagt ggtacaggag agaatttgtg atgatgagct gatcttaatc 240

aaaaagtaag agccactttc taaaattgta aagttatacc gattttgtta agtaaaagta 300

ggttttcttc ccatttattt gctgcttgta gtctcacagt gatacgagca gttatacgca 360

tgggataaaa taacattggg ccactgtaaa ttgagatgaa gtaaccattt tcatctcttc 420

tgcagggact agacattgtt tctgtatagt atatctaaat atcctgtgta ggcaggactt 480

aagggaactt tatgtagact tattttatta aaatgccatt ttttttgaga aattgatggt 540

cttggcaaaa aaaaattttt aaaaatgcta ttacaagaat tgtacttttg ttttgaacag 600

tactaaggct cgtacgtctg catcgattat cttacgtggg gcaaatgatt tcatgtgtga 660

tgagatggag cgctctttac atgatgcact ttgtgtagtg aagagagttt tggagtcaaa 720

atctgtggtt cccggtgggg gtgctgtaga agcagccctt tccatatacc ttgaaaacta 780

tgcaaccagc atggtaagaa cagtcatttc ttgtcttaga ggcctgagag cagtagctgt 840

ggacttcaat tttttttttc ccttttgtga agtcacctaa ttttcttctt ttcctagggg 900

tctcgggaac agcttgcgat tgcagagttt gcaagatcac ttcttgttat tcccaataca 960

ctagcagtta atgctgccca ggactccaca gatctggttg caaaattaag agcttttcat 1020

aatgaggccc aggttaaccc agaacgtaaa aatctaaaat ggtaagcatg gtttcccgct 1080

ctttgttaac ctctgcagaa caggttgcat taaaaaggat agtagtcaat tacatgtcag 1140

caaacataag taacagactt gtcaaatact taacatgaaa aacttcacag caagcatttg 1200

ttgttcagtc actgtaattc aagggataat gactaattat tagcactggt gtgtcttcgt 1260

taactgtgat tgctaatctc tccctgcttc ttttggtaga aagactacct acaagatctc 1320

tagtctgatt taaaaatcaa ccttaatact tgaatgaaat gctggagtta ataggccacc 1380

taatgaaatt gtaagcggcc gttaaataat tctttcttaa ttgcaggatt ggtcttgatt 1440

tgagcaatgg taaacctcga gacaacaaac aagcaggggt gtttgaacca accatagtta 1500

aagttaagag tttgaaattt gcaacagaag ctgcaatcac cattcttcga attgatgatc 1560

ttattaaatt acatccagaa agtaaagatg ataaacatgg aagttatgaa gatgctgttc 1620

actctggagc ccttaatgat tgatctgatg ttccttttat ttataacaat gttaaatgca 1680

attgtcttgt accttgagtt gagtattaca cattaaagta aagtacaagc tgtaaacttg 1740

ggtttttgtg atgtaggaaa tggtttccat ctgtactttg gtcctctgat ttcacatatt 1800

gcaacctagt actttattag tttaaaaaga aattgaggtt gttcaaagtt taagcaattc 1860

attctctctg aacacacatt gctattccca tcccaccccc aatgcacagg gctgcaacac 1920

cacgacttct gcccattctc tccagtgtgt gtaacagggt cacaagaatt cgacagccag 1980

atgctccaag agggtggccc aaggctatag cccctccttc aatattgacc taacggggga 2040

gaaaagattt agattgttta ttcttctgtg gacacagttt aaaatcttaa acttgtcttt 2100

ttcctcttaa tgtatcagca tgctaccctt tcaaactcaa attttcattt taactgctta 2160

ggaataaatt tacacctttg tgaaaattca tccctgccta tcttacctcg ttccttttat 2220

gccaagtaag ccaatgtctt tttttttttt tttttttttt tttaaacctt gggaagtaat 2280

gaactcagtc ctagtaacta gtatttcttt aactattacc cacatggcca acacctagaa 2340

gatactatct taaaattgga ttgtgaaatt cactggtaag ctctcagggt tacttgtgca 2400

tctttacctt ctctgggttt aatccaagtt ctttaactat tgcagcagag acagctgcaa 2460

aggcttcatt gatttcaaat atgtcaacat cttccagtga ccaacctgct tttgtaacct 2520

agaggaaaga ttcatagaaa agaggtctaa acttgggtgg aaaggctaaa gttaaaccat 2580

tctttgtcaa cataaatata tgctgcatga tactggtaac tgctactttg gtttgttctt 2640

aggttaatac agtgacattc tcacacattt ttgccttagt gacatccatt ccatccaaaa 2700

ggttaagggt gtgatctaaa agatccctta gaaattctaa attgtcttaa aattttgaac 2760

cagtagcatc tgttatgtgt acctaaggct aatgtaacag aatcagttcc cctagaaagc 2820

atgtgatcca aatgctctca gtggctgggg gtagtggctc acacctgaaa tctcaacact 2880

tggggagcct aaggcaagag gatcaattga actcaggagt tcaaaaccag cctgggcgac 2940

atagaccttg tctctacgaa atgaagaagg cttggtgcac ctgtagttcg aggtaatggg 3000

aggctaaggc aggaggaata tttgagccta ggagttttga ggctgcagtg agctatgatg 3060

gtgccactgc actccagcct ggacaacaga gcaagacctt atctcaaaaa tagaaataaa 3120

tgctcttggt tactcttctg gtagggaaag actagagcta actacatgaa taagctcact 3180

taaggctaac aggaagacaa atttcataaa agggaatagg gttatactca cagcttgctt 3240

tatggctgga attggtccta ttcccataat ggaaggctcc acacccactt gggaccagga 3300

aactatccgt gctaaaggtg taagcccacg tttatcagct tctgacttct tcataagaac 3360

gacagctgca gcaccatcat ttattcctgt aaaatatgag tgacttaatt tctaccatgc 3420

ttattaacct cagttacata tctgtggctt ctttaccacc tgaagacatg agttaaatga 3480

ttttacctgt tggctaaggc atttactata attcaacaga ctttacatag aaattatgtt 3540

tggcaatata ttgaccacaa aactttccaa ctagagaaag tggtaggatt acagtagtcg 3600

gggctgggcg tggtggctca cgcctgtaat cccagcactt tgggaggtgg aggagggtga 3660

atcacctgag gtcaggagtt tgagaccagc ctgaccaata gggtgaaagc catctctact 3720

taaaatagaa aaatcagccg gtgtggtggt gtgcgcctgt agtcccagcc actcaggagg 3780

ctgagacagg agaattgctt gaacctggga ggcggagatt gcagtgagcc aagattgcac 3840

cactgcactc cagcctgggc gacagagtga ggctccgtct caaaaagaaa aaaaaaggat 3900

tacagcagtt ggggagggga gatctctgac aggaaatgga agaataagcc tgggcttcac 3960

aaggaggtat tgggagtttc tggtactgga aaaatacaaa ggtagataaa 4010

序列中1694号、2033号的字母分别代表两个单核苷酸多态性位点(SNPs，singlenucleotide polymorphisms)rs4832(其等位位点对为A/C)和rs15982(其等位位点对为C/T)的等位位点位置。

精神分裂症相关的基因及其多态性位点的基因序列如SEQ NO.2所示：

(a)序列特征：

*长度：4010碱基对

*类型：核酸

*链型：双链

*拓扑结构：线形

(b)分子类型：基因组DNA(gDNA文库)

(c)假设：否

(d)反义：是

(e)最初来源：人

(f)SEQ ID NO.2核酸序列描述如下：

tttggtttct tgacatccca actagacata caaatgaaga agtaaattag ggaacttcag 60

tttatctacc tttgtatttt tccagtacca gaaactccca atacctcctt gtgaagccca 120

ggcttattct tccatttcct gtcagagatc tcccctcccc aactgctgta atcctttttt 180

tttctttttg agacggagcc tcactctgtc gcccaggctg gagtgcagtg gtgcaatctt 240

ggctcactgc aatctccgcc tcccaggttc aagcaattct cctgtctcag cctcctgagt 300

ggctgggact acaggcgcac accaccacac cggctgattt ttctatttta agtagagatg 360

gctttcaccc tattggtcag gctggtctca aactcctgac ctcaggtgat tcaccctcct 420

ccacctccca aagtgctggg attacaggcg tgagccacca cgcccagccc cgactactgt 480

aatcctacca ctttctctag ttggaaagtt ttgtggtcaa tatattgcca aacataattt 540

ctatgtaaag tctgttgaat tatagtaaat gccttagcca acaggtaaaa tcatttaact 600

catgtcttca ggtggtaaag aagccacaga tatgtaactg aggttaataa gcatggtaga 660

aattaagtca ctcatatttt acaggaataa atgatggtgc tgcagctgtc gttcttatga 720

agaagtcaga agctgataaa cgtgggctta cacctttagc acggatagtt tcctggtccc 780

aagtgggtgt ggagccttcc attatgggaa taggaccaat tccagccata aagcaagctg 840

tgagtataac cctattccct tttatgaaat ttgtcttcct gttagcctta agtgagctta 900

ttcatgtagt tagctctagt ctttccctac cagaagagta accaagagca tttatttcta 960

tttttgagat aaggtcttgc tctgttgtcc aggctggagt gcagtggcac catcatagct 1020

cactgcagcc tcaaaactcc taggctcaaa tattcctcct gccttagcct cccattacct 1080

cgaactacag gtgcaccaag ccttcttcat ttcgtagaga caaggtctat gtcgcccagg 1140

ctggttttga actcctgagt tcaattgatc ctcttgcctt aggctcccca agtgttgaga 1200

tttcaggtgt gagccactac ccccagccac tgagagcatt tggatcacat gctttctagg 1260

ggaactgatt ctgttacatt agccttaggt acacataaca gatgctactg gttcaaaatt 1320

ttaagacaat ttagaatttc taagggatct tttagatcac acccttaacc ttttggatgg 1380

aatggatgtc actaaggcaa aaatgtgtga gaatgtcact gtattaacct aagaacaaac 1440

caaagtagca gttaccagta tcatgcagca tatatttatg ttgacaaaga atggtttaac 1500

tttagccttt ccacccaagt ttagacctct tttctatgaa tctttcctct aggttacaaa 1560

agcaggttgg tcactggaag atgttgacat atttgaaatc aatgaagcct ttgcagctgt 1620

ctctgctgca atagttaaag aacttggatt aaacccagag aaggtaaaga tgcacaagta 1680

accctgagag cttaccagtg aatttcacaa tccaatttta agatagtatc ttctaggtgt 1740

tggccatgtg ggtaatagtt aaagaaatac tagttactag gactgagttc attacttccc 1800

aaggtttaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa aagacattgg cttacttggc ataaaaggaa 1860

cgaggtaaga taggcaggga tgaattttca caaaggtgta aatttattcc taagcagtta 1920

aaatgaaaat ttgagtttga aagggtagca tgctgataca ttaagaggaa aaagacaagt 1980

ttaagatttt aaactgtgtc cacagaagaa taaacaatct aaatcttttc tcccccgtta 2040

ggtcaatatt gaaggagggg ctatagcctt gggccaccct cttggagcat ctggctgtcg 2100

aattcttgtg accctgttac acacactgga gagaatgggc agaagtcgtg gtgttgcagc 2160

cctgtgcatt gggggtggga tgggaatagc aatgtgtgtt cagagagaat gaattgctta 2220

aactttgaac aacctcaatt tctttttaaa ctaataaagt actaggttgc aatatgtgaa 2280

atcagaggac caaagtacag atggaaacca tttcctacat cacaaaaacc caagtttaca 2340

gcttgtactt tactttaatg tgtaatactc aactcaaggt acaagacaat tgcatttaac 2400

attgttataa ataaaaggaa catcagatca atcattaagg gctccagagt gaacagcatc 2460

ttcataactt ccatgtttat catctttact ttctggatgt aatttaataa gatcatcaat 2520

tcgaagaatg gtgattgcag cttctgttgc aaatttcaaa ctcttaactt taactatggt 2580

tggttcaaac acccctgctt gtttgttgtc tcgaggttta ccattgctca aatcaagacc 2640

aatcctgcaa ttaagaaaga attatttaac ggccgcttac aatttcatta ggtggcctat 2700

taactccagc atttcattca agtattaagg ttgattttta aatcagacta gagatcttgt 2760

aggtagtctt tctaccaaaa gaagcaggga gagattagca atcacagtta acgaagacac 2820

accagtgcta ataattagtc attatccctt gaattacagt gactgaacaa caaatgcttg 2880

ctgtgaagtt tttcatgtta agtatttgac aagtctgtta cttatgtttg ctgacatgta 2940

attgactact atccttttta atgcaacctg ttctgcagag gttaacaaag agcgggaaac 3000

catgcttacc attttagatt tttacgttct gggttaacct gggcctcatt atgaaaagct 3060

cttaattttg caaccagatc tgtggagtcc tgggcagcat taactgctag tgtattggga 3120

ataacaagaa gtgatcttgc aaactctgca atcgcaagct gttcccgaga cccctaggaa 3180

aagaagaaaa ttaggtgact tcacaaaagg gaaaaaaaaa attgaagtcc acagctactg 3240

ctctcaggcc tctaagacaa gaaatgactg ttcttaccat gctggttgca tagttttcaa 3300

ggtatatgga aagggctgct tctacagcac ccccaccggg aaccacagat tttgactcca 3360

aaactctctt cactacacaa agtgcatcat gtaaagagcg ctccatctca tcacacatga 3420

aatcatttgc cccacgtaag ataatcgatg cagacgtacg agccttagta ctgttcaaaa 3480

caaaagtaca attcttgtaa tagcattttt aaaaattttt ttttgccaag accatcaatt 3540

tctcaaaaaa aatggcattt taataaaata agtctacata aagttccctt aagtcctgcc 3600

tacacaggat atttagatat actatacaga aacaatgtct agtccctgca gaagagatga 3660

aaatggttac ttcatctcaa tttacagtgg cccaatgtta ttttatccca tgcgtataac 3720

tgctcgtatc actgtgagac tacaagcagc aaataaatgg gaagaaaacc tacttttact 3780

taacaaaatc ggtataactt tacaatttta gaaagtggct cttacttttt gattaagatc 3840

agctcatcat cacaaattct ctcctgtacc acttcttctg cctgtcccaa cattgcagct 3900

tcaaaagttt cttcaccttc caaattggcc agggttgaca gaatagttgc taataagaga 3960

gttacaaagg atctgtgaat attgctcttt catgatttta atatccttgg 4010

该序列是序列1的互补序列，序列中2038号、2377号的字母分别代表两个单核苷酸多态性位点(SNPs，single nucleotide polymorphisms)rs15982(其等位位点对为C/T)和rs4832(其等位位点对为A/C)的等位位点位置。

本发明的实质性特点和显著进步表现在：是一项原创性的发明。本发明的内容涉及一种分离出的或纯化的精神分裂症相关的基因及其多态性位点的基因序列，所说的“分离出的或纯化的”是指在基因组DNA水平上，利用引物对来扩增每个多态性位点的基因序列和利用纯化试剂盒对扩增产物进行提纯。通过对TCP1基因上的两个常见SNPs位点进行分析，发现TCP1基因与精神分裂症之间存在着显著性的相关性，并为今后利用TCP1基因和其rs15982和rs4832多态性位点进行与精神分裂症及其相关的神经、精神性疾病的基因诊断、药物设计和临床治疗提供了基因学的根据，具有重大的理论意义和实用价值。

附图说明

图1为位于6q25.3-26的T-复合物蛋白-1基因结构示意图

图2为T-复合物蛋白-1调节肌纤蛋白和微管形成的示意图

附图中：

图1中包含有12个外显子(矩形)和11个内含子(线条)。两个箭头分别指向3’端序列和第12号外显子中rs15982和rs4832位点在TCP-1基因图中的相应位置。

图2中T-复合物蛋白-1调节肌纤蛋白和微管形成的示意图。TCP1通过促进肌纤蛋白、微管和中间微丝蛋白生成来发挥其影响细胞结构和功能的作用。

具体实施方式：

从上海市和吉林省的精神病院采集到散发性的精神分裂症患者380例，平均年龄27.2±7.9岁(标准差)，其中50％为男性；所有患者均符合精神分裂症的DSM-IV(diagnostic and statistical manual of mental disorders，fourthedition)诊断标准，每例病人的诊断均经两位以上的精神病专家复诊后确诊。所有患者均具有幻想、幻觉、妄想、思维紊乱和认知障碍的临床表现。同样来自上海市和吉林省无血缘关系的健康自愿对照组322例，平均年龄30.2±9.5岁(标准差)，其中40％为男性。全体参与者均为汉族，并在正式的知情同意书上签字。

在上述的基础上，本发明采用常规的PCR扩增候选基因DNA和DNA测序分析技术对TCP1基因的SNP位点rs15982(其等位位点对为C/T)和rs4832(其等位位点对为A/C)位点的等位位点在病例组和对照组中的频率分布情况进行了检测。发现定位于6q25.3-26区段TCP1基因就是精神分裂症的相关基因，并找到了一个精神分裂症易感位点即rs15982。正是由于rs15982位点上的A被C取代(在互补链上为T被G取代)，导致了TCP1基因表达增加，使得人的海马组织中增加表达。由于TCP1在肌纤蛋白、微管和中间微丝蛋白生成及其折叠中具有不可替代的作用，在神经细胞的轴索的形成和突触前膜囊泡中神经递质的胞裂外排过程中发挥着重要的作用。因此，当TCP1在人的海马组织中增加表达时，就可能导致大脑神经动能的紊乱，从而引起精神分裂症的发作。这种相关性在我们的患者DNA样品上得到了验证。通过PCR扩增、产物纯化、测序的方法获得TCP1基因的SNP位点rs15982(其等位位点对为C/T)和rs4832(其等位位点对为A/C)位点的DNA序列，具体方法步骤如下：

引物信息：

1扩增rs4832位点的DNA序列引物信息：

正向引物 5’ aag cgg ccg tta aat aat tc 3’

反向引物 5’ ctt tgg tcc tct gat ttc aca 3’

2扩增rs15982位点的DNA序列引物信息：

正向引物 5’ act tgg gtt ttt gtg atg tag g 3’

反向引物 5’ ttc ctc tta atg tat cag cat gc 3

PCR扩增条件：(体系各项试剂除DNA外均由Bio-Asia公司提供)

反应体系总体积为25ul，其中

ddH₂O 18ul灭菌双蒸水

10×Buffer 2.5ul聚合反应缓冲液包含KCl Tris-HCl溶液

25mM MgCl₂ 1.0ul 25mM MgCl₂溶液

2mM dNTP 1.5ul 2mM dNTP溶液

10pM正反向引物各0.4ul

5U Taq 0.6ul DNA合成多聚酶

10ng DNA 1.0ul 10ng人体DNA扩增摸板

PCR反应条件：

95℃ 5min，40×(94℃ 30seconds，54℃ 45seconds，72℃ 50seconds)，72℃ 10mins。

测序反应均作正反向，条件如下：

扩增产物酶纯化法：PCR产物7ul加入1.5ul纯化酶系内含SAP(Shrimpalkaline phosphatase，虾碱性磷酸酶)0.15u和Exo-nuclease I(核酸外切酶I)0.75u/ul，37℃ 60mins，80℃ 10mins，4℃保存备用。

测序采用ABI Prism BigDye terminator(BDT)cycle sequencing reactionkit(PE Applied Biosystems)，测序总体积为5ul，其中纯化后的PCR产物3.5ul，BDT 1.0ul，正向或反向引物1.0ul。反应条件是96℃ 2mins，40×(96℃ 30seconds，50℃ 30seconds，60℃ 1min)，4℃保存备用。

上样前纯化：5ul测序产物中加入50ul无水乙醇和3.0mol/L醋酸钠混合液(V∶V＝25∶1)，室温、避光、静置15min，4000rpm/min 35mins，400rpm/min 5seconds弃上清；4×(75％Alcohol 25ul，4000rpm/min 5mins，400rpm/min 5seconds弃上清)；室温、避光、静置、风干20mins，加入loading dye buffer 1.0ul，2000rpm/min 10seconds；上样1.0ul于377测序仪进行测序。采用36cm长胶板，48泳道电泳梳，0.3mm厚度隔条，经严格冲洗晾干后，灌入含有7M尿素的5％变性PAGE胶，经公司优化后的PAGE成品胶加入了稳定剂，可使分辨率更高。上样后在3.0KV，51℃，60mA，40mW激光功率和200W电泳功率的条件下电泳2.5-3.5小时(时间长短取决于所电泳的PCR产物分子量的大小)。电泳的同时，测序仪通过CCD相机对每个泳道内的荧光进行定量记录。电泳后即可得到彩色胶图象，使用ABI-PE公司的Sequence Analysis软件对泳道进行跟踪、信息提取就可将胶图象转换为含有A、G、C、T不同大小片段的电泳时间、片段浓淡程度不同的数据文件；再经过对测序产物序列进行确认后，软件能半自动化分析结果和绘出测序产物从小到大排列的曲线图。

采用PM分析软件进行SNP遗传标记与SCZ表型之间的关联分析，PM是建立在EH和Model-free分析基础之上的。利用CLUMP 1.6version分析单倍体型，采用Finetti Program计算等位位点、基因型的分布和Hardy-Weinberg平衡，并计算Oddsratio(OR)及其95％的可信区间；采用G*Power program计算所用样本量的统计学力度，选用卡方检验进行统计学分析，统计学的显著性水平设定为p＜0.05。

位于6q25.3-26区域TCP1基因上的rs15982(其等位位点对为C/T)和rs4832(其等位位点对为A/C)位点的等位位点在病例组和对照组中的频率分布情况请见表1。

表1.TCP1基因上的两个常见SNPs的等位位点、基因型和单倍体型频率在精神分裂症患者和健康对照群体中的分布和分析结果。

样本数等位位点数(频率) 基因型数(频率)

rs4832 A C AA AC CC

患者 380 413(0.54) 347(0.46) 109(0.29) 195(0.51)

76(0.20)

对照 322 358(0.56) 286(0.44) 100(0.31) 158(0.49)

64(0.20)

OR 0.95 1.00 0.92 1.04 1.00

95％CI 0.77-1.17 0.60-1.41 0.70-1.54

X² 0.22 0.15 0.04

P 0.64 0.70 0.85

rs15982 C T CC CT TT

患者 380 481(0.63) 279(0.37) 149(0.39) 183(0.48)

48(0.13)

对照 322 345(0.54) 299(0.46) 94(0.29) 157(0.49)

71(0.22)

OR 1.50 1.00 2.35 1.72

1.00

95％CI 1.21-1.85 1.50-3.67 1.13-2.63

X² 13.59 14.18 6.41

P 0.00023 0.00017 0.011

构建的单倍体型数(频率)

AC AT CC CT

患者 170(0.22) 244(0.32) 312(0.41) 34(0.05)

对照 130(0.20) 230(0.36) 212(0.33) 72(0.11)

2×4 X²test X²＝29.07 df＝3 P＝0.000002

2×2 X²test X²＝22.46 df＝1 P＝0.000002

备注：OR：odds ratios；CI：confidence intervals；df：degree of freedom

从上表中可见：(1)位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，在患者群体中的分布频率远远大于其在健康对照组(对于C等位位点p＝0.00023；对于CC基因型p＝0.00017)，因此是产生精神分裂症的一个危险等位位点。(2)由位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982和rs4832构建的CC单倍体型，即在其DNA互补链上为GG单倍体型，在患者群体中的分布频率远远大于其在健康对照组(对于2×4 X²test X²＝29.07 df＝3 P＝0.000002；对于2×2 X²test X²＝22.46 df＝1 P＝0.000002)，因此是一个与精神分裂症病理机制有关的单倍体型。

本发明的具有实用性的例证：

1)所建立的方法可用于分析人体的位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点(即在其DNA互补链上为G等位位点)有无，来应用于对精神分裂症的辅助诊断和对个体是否具有精神分裂症的易感性进行评判。从而有利于疾病的预防、早期诊断和治疗。

2)同样，可以利用由位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982和rs4832构建的CC单倍体型(即在其DNA互补链上为GG单倍体型)有无，来应用于对精神分裂症的辅助诊断和对个体是否具有精神分裂症的易感性进行评判。从而有利于疾病的预防、早期诊断和治疗。

3)可以利用本发明所介绍的方法以及上述1和2所述和rs15982的C等位位点(即在其DNA互补链上为G等位位点)和rs15982和rs4832构建的CC单倍体型(即在其DNA互补链上为GG单倍体型)作为药物设计靶点来进行药物的筛选，寻找出具有调节T-复合物蛋白-1表达的活性分子，促进新的抗精神疾病药物的发现。

4)利用本发明提供的精神分裂症相关的基因及其多态性位点的核酸序列，可以构建对精神分裂症进行遗传学诊断的试剂盒。

5)采用本发明提供的引物序列可以特异、高效的扩增出rs15982和rs4832多态性位点的DNA序列。

6)由于T-复合物蛋白-1对中枢神经系统的结构和功能均有影响，因此它很可能还参与了其他神经、精神性疾病的病理过程。因此，本发明为今后对T-复合物蛋白-1基因与其他中枢神经系统性疾病关系公开了前期最宝贵的经验、实验基础和应用技术。

此外，位于rs15982多态性位点上下2000bp的DNA序列中还有不少SNP位点，这些位点可能同样对T-复合物蛋白-1的表达具有调节作用。目前，我们正在加紧对此进行研究。期望在不久的将来进一步加强和完善这一发明。

Claims

1、一种分离出的或纯化的精神分裂症相关的基因及其多态性位点，其特征在于，具有SEQ ID No.1所示的核酸序列。

2、如权利要求1所述的基因及其多态性位点，其特征是，具有SEQ ID No.2所示的核酸序列。

3、一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点，其特征是，位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，是产生精神分裂症的一个危险等位位点。

4、根据权利要求3所述的一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点，其特征是，位于6q25.3-26区域定位在3’端侧链上的rs15982和定位于12号外显子上的rs4832是T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点，而rs15982位点可能对T-复合物蛋白-1的表达具有调控作用。

5、根据权利要求3或4所述的一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点，其特征是，由位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因上的常见型单核苷酸多态性位点rs15982和rs4832构建的CC单倍体型，即在其DNA互补链上为GG单倍体型，是一个与精神分裂症病理机制有关的单倍体型。

6、根据权利要求3或4所述的一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点，其特征是，由位于6q25.3-26区域T-复合物蛋白-1基因的rs15982位点的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，前后1000bp的区域与精神分裂症病理机制有关。

7、一种与精神分裂症相关的基因及其多态性位点的应用，其特征在于，位于6q25.3-26区域的T-复合物蛋白-1基因单核苷酸多态性位点rs15982的C等位位点，即在其DNA互补链上为G等位位点，前后2000bp区域内的多态性位点及其所组合的各类单倍体型进行诊断、治疗、药物靶点和一切商业性的开发利用。