CN1239706C - 一种植物耐低磷基因及其编码蛋白与应用 - Google Patents

一种植物耐低磷基因及其编码蛋白与应用 Download PDF

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CN1239706C CN 200310115175 CN200310115175A CN1239706C CN 1239706 C CN1239706 C CN 1239706C CN 200310115175 CN200310115175 CN 200310115175 CN 200310115175 A CN200310115175 A CN 200310115175A CN 1239706 C CN1239706 C CN 1239706C
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Abstract

本发明公开了一种植物耐低磷基因及其编码蛋白与应用。本发明所提供的植物耐低磷基因,是下列核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID №:1的DNA序列;2)编码序列表中SEQ ID №:2蛋白质序列的多核苷酸。植物耐低磷基因的编码蛋白,是具有序列表中SEQ ID №:2氨基酸残基序列的蛋白质,或者是将SEQ ID №:2的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №:2的氨基酸残基序列相同活性的由SEQ ID №:2衍生的蛋白质。本发明的基因可用于培育耐低磷的植物新品种。

Description

一种植物耐低磷基因及其编码蛋白与应用
技术领域
本发明涉及植物生物工程领域中一种耐低磷基因及其编码蛋白与应用,特别涉及拟南芥的一种耐低磷基因及其编码蛋白与应用。
背景技术
粮食问题是当今世界所面临的几大难题之一。土壤缺磷是限制农业生产的重要限制因素之一,而磷矿是不可再生的资源,大量施用磷肥也会造成环境污染,因此,认识植物对低磷胁迫的反应机制,提高植物对低磷的耐受能力,已成为如何进一步提高作物产量的重要研究工作,倍受世界各国政府和植物及农业科学家的关注。
拟南芥(Arabidopsis thaliana)是一种典型的模式植物(其作用与实验鼠、果蝇等模式生物相当),已被广泛应用于植物遗传学、发育生物学和分子生物学的研究。拟南芥的大多数基因在其他植物中都能找到,有关拟南芥的绝大多数发现都能应用于其他植物研究。以往的研究已经证明,对拟南芥的研究将帮助科学家找到提高农作物产量的方法。
拟南芥共有约1.3亿个碱基对,2.9万个基因。目前大部分基因的功能还不清楚,利用突变体研究基因功能已成为一种有效方法。目前已经得到了一些磷营养相关突变体,如:pho1,pup1,psr1等,但目前只有pho1突变体的PHO1基因被克隆,PHO1基因的突变造成磷不能在木质部运输。
目前,国内外还未克隆并报道能使植物有效地耐受低磷胁迫的基因。而面对农作物生产中日益严重的缺磷问题,克隆与植物耐低磷性状相关的基因、并对其功能进行研究对尽快培育作物耐低磷品种有重要的实践意义。
发明创造内容
本发明的目的是提供一种植物耐低磷基因及其编码蛋白。
本发明所提供的植物耐低磷基因,名称为AtLPT1(Arabidopsis thalianaLow-Phosphorous Tolerance),来源于哥伦比亚生态型拟南芥,是下列核苷酸序列之一:
1)序列表中SEQ ID №:1的DNA序列;
2)编码序列表中SEQ ID №:2蛋白质序列的多核苷酸。
序列表1中的cDNA序列由2646个碱基组成,该基因的读码框为自5’端第1到第2646位碱基,其基因组基因序列中含有5个外显子和4个内含子。
植物耐低磷基因AtLPT1的编码蛋白AtLPT1,是具有序列表中SEQ ID №:2氨基酸残基序列的蛋白质,或者是将SEQ ID №:2的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №:2的氨基酸残基序列相同活性的由SEQ ID №:2衍生的蛋白质。
序列表中序列2氨基酸残基序列是由881个氨基酸残基组成的蛋白质。
含有本发明基因的表达载体及细胞系均属于本发明的保护范围。
扩增AtLPT1中任一片段(包括全序列)的引物对也在本发明的保护范围之内,其中,上游引物和下游引物之间的距离在50到3000个碱基之间;该引物对中的每一个引物的长度为15到30个碱基,如SEQ ID №:3和SEQ ID №:4。
利用任何一种可以引导外源基因在植物中表达的载体,将本发明所提供的AtLPT1基因过量表达导入植物细胞,或者高渗诱导AtLPT1基因表达增强,植物就表现耐低磷性状;或者将AtLPT1基因敲除掉,植物就表现为不耐低磷。为了便于对转基因植物细胞或植物进行鉴定及筛选,可对所使用的载体进行加工,如加入植物可选择性标记或具有抗性的抗生素标记物。被转化的植物宿主既可以是单子叶植物,也可以是双子叶植物。本发明的基因对培育耐低磷新品种具有重要意义。
下面结合附图和实施例对本发明作进一步说明。
附图说明
图1为AtLPT1基因定位及基因克隆结果
图2a为野生型和突变体lpt1-1在低磷条件下的表型观察结果
图2b为野生型和突变体lpt1-1在低磷、低磷高渗条件下的表型观察结果
图3为野生型和突变体lpt1的RT-PCR分析结果
图4为野生型和AtLPT1基因的过量表达植株的表型观察结果
图5为AtLPT1启动子-GUS阳性植株GUS染色结果分析
具体实施方式
实施1、AtLPT1基因定位及基因克隆结果
(1)Col背景的拟南芥突变体lpt1-1的获得
拟南芥突变体lpt1-1是筛选获得的表现耐低磷性状的突变体。将野生型拟南芥(Columbia生态型)种子经EMS(Ethyl Methane Sulfonate)诱变后种植获得后代(M2代),在低磷(3μM Pi)培养基上筛选M2代幼苗(在此低磷条件下,野生型植株的叶片生长异常,典型的可观察性状或表型为幼苗的叶色变为紫色);将在低磷条件下M2代幼苗中仍能正常生长(表现为叶色仍为绿色)的株系选出并种植、获得后代(M3代),对M3代再在低磷条件下检测性状,将仍然稳定表现上述耐低磷性状的株系选出进行遗传分析(与野生型回交、获得F2代后对F2代的耐低磷性状进行检测);将回交F2代中,耐低磷与不耐低磷性状的分离比符合经典遗传定律(即1∶3或3∶1)的突变株系选出作为进一步基因克隆的材料。本发明所采用的拟南芥突变体lpt1-1即是通过上述方法筛选获得的耐低磷突变体之一。lpt1-1拟南芥突变体为一隐性单基因突变体。拟南芥lpt1-1突变体表现出在低磷胁迫下仍能继续生长(表现为幼苗的叶色仍为绿色),且其耐低磷性状可稳定遗传;而在相同的低磷条件下野生型幼苗的根生长则被完全抑制。
(2)AtLPT1基因的图位克隆
以野生型和突变体lpt1-1杂交的F2代为定位群体,利用已知的分子标记将AtLPT1基因定位在第一染色体上分子标记nga280和ciw1之间,然后设计分子标记(引物1:AAGGTGGACGACTACCAACTGG,引物2:GCCGAGGAACGTGTTAGCA;引物3:TGTGTAAAGCCTCAGACTTGCG,引物4:AACGATTCATTCACCGTGGC;引物5:TGTTTCTTCCTCCTCGGC,引物6:ACTTTACGTGTAGCGATTTG)将AtLPT1基因定位在BACT3F20上,最后克隆了AtLPT1基因组基因(序列见图1)。分别以用CTAB法提取的基因组DNA和制备的cDNA为模板(cDNA制备方法:用Trizol试剂提取拟南芥幼苗的总RNA,然后按照SUPERSCRIPT II的使用说明,以总RNA中的mRNA为模板合成单链ss cDNA),分别以引物7:GCGGTACCCATTCCTT CTAACATGGCCG,引物8:GGCTCGAGCAATCTTCAAACACTGCGTTGT为引物进行PCR扩增,对PCR产物进行测序,可知AtLPT1基因的基因组序列全长为2992bp,cDNA序列全长为2646bp,AtLPT1的基因组基因含有五个外显子和四个内含子。
实施2、野生型和突变体lpt1的表型观察结果
(1)突变体的制备
按照实施例1中(1)的方法,通过EMS诱变,得到纯合突变体的名称为lpt1-2和lpt1-3。
(2)将在MS培养基上生长一周的野生型和突变体lpt1-1拟南芥幼苗移入含有3μM Pi的低磷MS培养基上继续生长10天后,观察其性状,结果如图2a所示,从图中可以看出,在低磷培养基上,野生型表现出低磷胁迫症状(叶色变为黄褐色或紫色,幼苗生长受到明显抑制),而突变体仍然生长正常,没有出现低磷胁迫症状。
(3)将在MS培养基上生长一周的野生型和突变体lpt1-1拟南芥幼苗分别转移到低磷(含3μM Pi)、低磷高渗(含3μM Pi和300mM山梨醇)MS培养基上继续生长10天后,观察其性状,结果如图2b所示,野生型在低磷高渗培养基上表现出类似于突变体lpt1-1的耐低磷性状,说明高渗能缓解低磷对植物的胁迫。图2b中,WT为野生型。
实施3、野生型和突变体lpt1的RT-PCR分析结果
以野生型和突变体在MS培养基上生长7天的幼苗分别转移到正常、低磷(含3μM Pi)MS培养基上生长2天后取样,按常规方法提取总RNA。经甲醛变性RNA电泳检查RNA的完整性。ss cDNA的合成按照SUPERSCRIPT II的使用说明,合成单链(ss)cDNA。
将合成的单链cDNA稀释20倍,作为以下PCR反应的模板:20μl体系,内含10×PCR缓冲液2μl,2.5mM dNTP混合物1.6μl,2μM的引物1和引物2各2.0μl,TAQ酶(5U/μl)0.5μl。在PE9600PCR仪上扩增:95℃预变性5min,95℃30s,55℃30s,72℃ 1min30s,共计35个循环;72℃延伸5min,将获得的PCR产物,作1%琼脂糖凝胶电泳。引物9:ATGCCGTTGATTCAACTGATCAACGGCGA;引物10:TCAAACACTGCGTTGTTGATTCCAGC。
结果如图3所示,表明无论在正常条件还是低磷胁迫下,AtLPT1基因在突变体lpt1-1、lpt1-2和lpt1-3中的表达水平都高于野生型。图3中,WT为野生型;EF1a4为细胞延伸因子,是植物中恒量表达的看家基因,作为检测RNA是否等量的对照;1,3,5,7为正常条件;2,4,6,8为低磷条件。
实施4、野生型和LPT1基因过量表达植株的表型观察结果
将目的基因的cDNA全长回收后连接到pGEM-T载体上(购自Promega公司),连接产物转化大肠杆菌感受态细胞DH5α;转化菌液经卡那霉素筛选、培养过夜后挑取单菌落,经PCR及酶切鉴定的阳性质粒,进一步做测序鉴定。选择序列正确的克隆质粒用KpnI和XhoI进行酶切,同时用这两种酶对过量表达载体pBI1300的质粒进行酶切;两种质粒的酶切片断分别进行切胶回收后用Promega的T4-DNA连接酶于4℃进行连接,连接产物再转化按常规方法制备的大肠杆菌感受态细胞,转化出的单菌落扩繁、提取质粒,经PCR、酶切鉴定后转化到按常规方法制备的根癌农杆菌的感受态细胞中并再做PCR鉴定。将转化得到的阳性农杆菌菌落经两次摇菌扩繁后用Floral dip法转化拟南芥。收获得到T1代种子后经潮霉素筛选,挑出绿色的阳性转化植株在低磷培养基上进行表型观察。野生型和AtLPT1基因的过量表达植株在正常MS培养基上生长7天后转移到低磷培养基(含3μM Pi的MS培养基)上继续生长10天,观察幼苗表型。
结果如图4所示,表明AtLPT1基因过量表达植株在低磷条件下表现出类似于lpt1突变体的耐低磷表型,说明AtLPT1基因的表达增强可以提高植物耐受低磷胁迫的能力。图4中,阳性植株(T1)为AtLPT1基因过量表达植株;WT为野生型。
实施5、AtLPT1启动子-GUS阳性植株GUS染色结果分析
将AtLPT1基因上游基因的终止密码子至AtLPT1基因的起始密码子之间的序列作为LPT1基因的启动子区域,将这整个启动子区域采用PCR的方法将其扩增出来,约2.2kb。扩增引物:引物11:GCCTGCAGTGGCTTCAAAGGAGTCAGCT,引物12:GCGAATTCTGTTAGAAGGAATGAAACTTTCTAT。将PCR扩增的启动子序列先装入pGEM-T载体上(购自Promega公司),测序正确后再在其后引入GUS基因。转化出的单菌落扩繁、提取质粒,经PCR、酶切鉴定后转化到按常规方法制备的根癌农杆菌的感受态细胞中并再做PCR鉴定。将转化得到的阳性农杆菌菌落经两次摇菌扩繁后用Floral dip法转化拟南芥。收获得到T1代种子后经潮霉素筛选,挑出绿色的阳性转化植株在低磷培养基上进行表型观察。AtLPT1启动子-GUS阳性植株在正常MS培养基上生长7天后被转移到正常、低磷、高渗培养基上继续生长2天,进行GUS染色。
结果如图5所示,表明AtLPT1基因受低磷、高渗诱导表达。
                                序列表
<160>4
<210>1
<211>2646
<212>DNA
<213>拟南芥属拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<400>1
atggccgttg attcaactga tcaacggcga gattttgttg taaggatcga cggtgaagac     60
aatggtgact cagaaaagtt ttggagagag tcaagcatta acttctggca taatgataag    120
agctctaaac cacccggagg tgaagaagac gacggaagct ttgatttcat gcggcggagt    180
agtgagaaat cggaggagcc agatccaccg tcgaagctta taaatcaatt tctcaacaag    240
caaaaagctt ccggtgatga aatctctctc gacatggaag ctaacatgcc tgagcttcaa    300
aaaaatacgg ttcctcctct gtcgtcaacg gcagtttccg gttctgcttc accagtaacc    360
gcgccagtga cggcgagtta tcgtaatgga accggtgatg cgattagacg gagacagaac    420
agagtcacgc tttctccgtc tgttaaagat ggtgatagta gtgaagatga agaaaacaga    480
gtagatggat cagaggttgt gaagtgtacc tctaatagat cgacgatgag gactaagact    540
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atggtttcgg gtcggactcc aaggtccggg aatctaaatc ccgggtttag tgggagaaac    660
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ttctcagagg aggatttacc tgaaggttta aggaaggaga agatttgtgt ttgggttatt    780
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tacttgcgtg gcaagacact ttgggaccta gctctatgga aatgggaagt gatggttctt    900
gtcttgatat gtgggagatt ggtttctagt tggattgtga agctattcgt ttacttcgtt    960
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gtttga                                                              2646
<210>2
<211>881
<212>PRT
<213>拟南芥属拟南芥(Arabidopsis thaliana)
<400>2
Met Ala Val Asp Ser Thr Asp Gln Arg Arg Asp Phe Val Val Arg Ile
1               5                   10                  15
Asp Gly Glu Asp Asn Gly Asp Ser Glu Lys Phe Trp Arg Glu Ser Ser
            20                  25                  30
Ile Asn Phe Trp His Asn Asp Lys Ser Ser Lys Pro Pro Gly Gly Glu
        35                  40                  45
Glu Asp Asp Gly Ser Phe Asp Phe Met Arg Arg Ser Ser Glu Lys Ser
    50                  55                  60
Glu Glu Pro Asp Pro Pro Ser Lys Leu Ile Asn Gln Phe Leu Asn Lys
65                  70                  75                  80
Gln Lys Ala Ser Gly Asp Glu Ile Ser Leu Asp Met Glu Ala Asn Met
                85                  90                  95
Pro Glu Leu Gln Lys Asn Thr Val Pro Pro Leu Ser Ser Thr Ala Val
            100                 105                 110
Ser Gly Ser Ala Ser Pro Val Thr Ala Pro Val Thr Ala Ser Tyr Arg
        115                 120                 125
Asn Gly Thr Gly Asp Ala Ile Arg Arg Arg Gln Asn Arg Val Thr Leu
    130                 135                 140
Ser Pro Ser Val Lys Asp Gly Asp Ser Ser Glu Asp Glu Glu Asn Arg
145                 150                 155                 160
Val Asp Gly Ser Glu Val Val Lys Cys Thr Ser Asn Arg Ser Thr Met
                165                 170                 175
Arg Thr Lys Thr Leu Met Lys Met Lys Thr Arg Ser Arg Leu Met Asp
            180                 185                 190
Pro Pro Thr Pro Thr Tyr Pro Asp Met Val Ser Gly Arg Thr Pro Arg
        195                 200                 205
Ser Gly Asn Leu Asn Pro Gly Phe Ser Gly Arg Asn Thr Lys Pro Gly
    210                 215                 220
Thr Pro Asn Gln Gly Gly Ser Lys Asp Leu Glu Glu Glu Glu Asp Pro
225                 230                 235                 240
Phe Ser Glu Glu Asp Leu Pro Glu Gly Leu Arg Lys Glu Lys Ile Cys
                245                 250                 255
Val Trp Val Ile Ile Glu Trp Ile Phe Leu Ile Leu Ile Ile Ala Ser
            260                 265                 270
Leu Ile Cys Ser Leu Val Ile Pro Tyr Leu Arg Gly Lys Thr Leu Trp
        275                 280                 285
Asp Leu Ala Leu Trp Lys Trp Glu Val Met Val Leu Val Leu Ile Cys
    290                 295                 300
Gly Arg Leu Val Ser Ser Trp Ile Val Lys Leu Phe Val Tyr Phe Val
305                 310                 315                 320
Glu Ser Asn Phe Leu Trp Arg Lys Lys Val Leu Tyr Phe Val Tyr Gly
                325                 330                 335
Ile Arg Lys Pro Val Gln Asn Cys Leu Trp Leu Gly Leu Val Leu Ile
            340                 345                 350
Ala Trp His Phe Leu Phe Asp Lys Lys Val Glu Arg Glu Met Arg Ser
        355                 360                 365
Thr Val Leu Lys Tyr Val Thr Lys Val Leu Ile Cys Leu Leu Val Ala
    370                 375                 380
Val Ile Ile Trp Leu Ile Lys Thr Leu Leu Val Lys Val Leu Ala Ser
385                 390                 395                 400
Ser Phe His Met Ser Thr Tyr Phe Asp Arg Ile Gln Glu Ser Leu Phe
                405                 410                 415
Thr Gln Tyr Val Ile Glu Thr Leu Ser Gly Pro Pro Arg Ile Glu Ile
            420                 425                 430
His Ile Glu Glu Glu Lys Val Ala Asn Asp Val Lys Thr Phe Glu Ile
        435                 440                 445
Val Gly Arg Lys Leu Ser Pro Leu Gly Pro Lys Ala Val Ser Ser Pro
    450                 455                 460
Pro Gln Val Thr Val Gly Ser Gly Arg Leu Gln Lys Ser Pro Ser Arg
465                 470                 475                 480
Val Gly Lys Ser Pro Val Leu Ser Arg Ser Gly Ser Lys Lys Glu Gly
                485                 490                 495
Gly Glu Glu Gly Ile Arg Ile Asp His Leu Gln Arg Met Asn Thr Lys
            500                 505                 510
Asn Val Ser Ala Trp Lys Met Lys Lys Leu Met Asn Val Ile Lys Lys
        515                 520                 525
Gly Thr Leu Ser Thr Leu Asp Glu Gln Ile Gln Asp Thr Thr Thr Gln
    530                 535                 540
Glu Asp Asp Lys Ala Thr Gln Ile Arg Ser Glu Phe Glu Ala Lys Leu
545                 550                 555                 560
Ala Ala Arg Lys Ile Phe Gln Asn Val Ala Glu Pro Gly Ser Arg Tyr
                565                 570                 575
Ile Tyr Met Glu Asp Phe Met Arg Phe Leu Ser Glu Asp Glu Ser Glu
            580                 585                 590
Arg Ala Met Asp Leu Phe Glu Gly Ala Ser Glu Cys His Lys Ile Ser
        595                 600                 605
Lys Ser Cys Leu Lys Asn Trp Val Val Asn Ala Phe Arg Glu Arg Arg
    610                 615                 620
Ala Leu Ala Leu Thr Leu Asn Asp Thr Lys Thr Ala Val Asn Arg Leu
625                 630                 635                 640
His Arg Ile Val Asp Val Leu Val Ser Ile Val Ile Leu Ile Ile Trp
                645                 650                 655
Leu Leu Ile Leu Gly Ile Ala Thr Thr Lys Phe Leu Leu Val Ile Ser
            660                 665                 670
Ser Gln Leu Leu Leu Val Val Phe Val Phe Gly Asn Ser Cys Lys Thr
        675                 680                 685
Ile Phe Glu Ala Val Ile Phe Val Phe Val Met His Pro Phe Asp Val
    690                 695                 700
Gly Asp Arg Cys Glu Ile Asp Gly Val Gln Met Ile Val Glu Glu Met
705                 710                 715                 720
Asn Ile Leu Thr Thr Val Phe Leu Arg Phe Asp Asn Gln Lys Ile Val
                725                 730                 735
Tyr Pro Asn Ser Leu Leu Gly Thr Lys Pro Ile Ala Asn Tyr Tyr Arg
            740                 745                 750
Ser Pro Asp Met Gln Asp Ala Ile Glu Phe Phe Val His Ile Ala Thr
        755                 760                 765
Pro Pro Glu Lys Thr Thr Ala Leu Arg Gln Arg Ile Leu Ser Tyr Val
    770                 775                 780
Asp Asn Lys Lys Asp His Trp His Pro Ser Pro Met Ile Val Phe Arg
785                 790                 795                 800
Asp Met Cys Gly Leu Asn Ser Val Lys Ile Ala Met Trp Pro Thr His
                805                 810                 815
Lys Met Asn His Gln Asn Met Gly Glu Arg Tyr Val Arg Arg Gly Gln
            820                 825                 830
Leu Leu Glu Glu Ile Gly Arg Leu Cys Arg Glu Leu Asp Ile Glu Tyr
        835                 840                 845
Arg Leu Tyr Pro Leu Asn Ile Asn Val Lys Ser Leu Pro Ala Ala Thr
    850                 855                 860
Pro Ile Thr Ser Asp Arg Ile Pro Pro Ser Trp Asn Gln Gln Arg Ser
865                 870                 875                 880
Val
881
<210>3
<2l1>29
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>3
atgccgttga ttcaactgat caacggcga                                       29
<210>4
<211>26
<212>DNA
<213>人工序列
<220>
<223>
<400>4
tcaaacactg cgttgttgat tccagc                                          26

Claims (7)

1、一种植物耐低磷基因,是下列核苷酸序列之一:
1)序列表中SEQ ID №:1的DNA序列;
2)编码序列表中SEQ ID №:2蛋白质序列的多核苷酸。
2、一种植物耐低磷基因的编码蛋白,是具有序列表中SEQ ID №:2氨基酸残基序列的蛋白质,或者是将SEQ ID №:2的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №:2的氨基酸残基序列相同活性的由SEQ ID№:2衍生的蛋白质。
3、含有权利要求1所述基因的表达载体。
4、含有权利要求1所述基因的转基因细胞系。
5、扩增权利要求1所述基因全序列的引物对。
6、根据权利要求5所述的引物对,其特征在于:所述引物对为序列表中的SEQ ID№:3和SEQ ID №:4。
7、权利要求1所述基因在培育耐低磷植物品种中的应用。
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