CN118146372A - 抗dll3抗体及其用途 - Google Patents
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Abstract
本发明描述了抗DLL3抗体及其抗原结合片段、抗CD47抗体及其抗原结合片段,以及抗CD47/DLL3双特异性抗体及其抗原结合片段。还描述了编码所述抗体的核酸、包含所述抗体的组合物、产生所述抗体的方法以及使用所述抗体治疗或预防疾病,例如癌症和/或相关并发症的方法。
Description
本申请是申请日为2019年04月30日,进入国家阶段日为2020年11月09日,申请号为201980031386.3,发明名称为“抗DLL3抗体及其用途”的发明专利申请的分案申请。
相关申请的交叉引用
本发明要求2019年1月3日提交的美国临时申请62/787,815;2018年11月1日提交的美国临时申请62/754,207;和2018年5月8日提交的美国临时申请62/668,427的优先权。每个公开通过引用整体并入本文。
发明领域
本发明涉及单克隆抗DLL3抗体、抗CD47抗体和抗CD47/DLL3双特异性抗体、编码该抗体的核酸和表达载体、包含该载体的重组细胞,以及包含该抗体的组合物。还提供了制备所述抗体的方法,以及使用所述抗体治疗包括癌症和/或相关并发症在内的疾病的方法。
电子提交的序列表的引用
本申请包含序列表,该序列表通过EFS-Web以ASCII格式的序列表电子提交,文件名为“689204.17WO序列表”,创建日期为2019年4月29日,大小为70kb。通过EFS-Web提交的序列表是本说明书的一部分,其全文通过引用并入本文。
发明背景
在早期发育过程中的进行体节分割需要Delta样经典Notch配体3(DLL3),其也称为delta样3或delta样蛋白3(Dunwoodie等,发育129:1795-806(2002))。哺乳动物Notch家族配体DLL1、DLL4、JAG1和JAG2都可反式激活Notch受体信号传导(Ntziachristos等,癌细胞25(3):318-34(2014))。而DLL3与它们不同,其主要位于高尔基体中,并且不能激活Notch信号传导(Chapman等,Hum Mol Genet 20(5):905-16(2011)和Geffers等,J Cell Biol178(3):465-76(2007))。在正常发育期间,DLL3通过与Notch和DLL1相互作用而抑制顺式和反式Notch通路的激活(Chapman等,Hum Mol Genet 20(5):905-16(2011))。通常,DLL3在除大脑外的成人正常组织中不存在或水平很低,但在肺癌、睾丸癌、神经胶质瘤和黑色素瘤样品中过表达(Uhlen等,科学357(6352):eaan2507(2017))。此外,在小细胞肺癌(SCLC)和大细胞神经内分泌癌(LCNEC)肿瘤细胞的表面上可检测到DLL3(Saunders等,Sci Transl Med7(302):302ra136(2015)和Sharma等,Cancer Res 77(14):3931-41(2017)),这使其成为用于癌症治疗的单克隆抗体的潜在靶点。因此,抗DLL3单克隆抗体可用于特异性靶向表达DLL3的肿瘤细胞并用作潜在的抗癌治疗剂。
发明概述
在一个总的方面,本发明涉及结合DLL3的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段。
本发明提供了分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:25、26、27、61、62和63;
(2)分别为SEQ ID NO:28、29、30、64、65和66;
(3)分别为SEQ ID NO:31、32、33、67、68和69;
(4)分别为SEQ ID NO:34、35、36、70、71和72;
(5)分别为SEQ ID NO:37、38、39、73、74和75;
(6)分别为SEQ ID NO:40、41、42、76、77和78;
(7)分别为SEQ ID NO:43、44、45、79、80和81;
(8)分别为SEQ ID NO:46、47、48、82、83和84;
(9)分别为SEQ ID NO:49、50、51、85、86和87;
(10)分别为SEQ ID NO:52、53、54、88、89和90;
(11)分别为SEQ ID NO:55、56、57、91、92和93;或
(12)分别为SEQ ID NO:58、59、60、94、95和96;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选人DLL3。
本发明提供了分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:97、98、99、133、134和135;
(2)分别为SEQ ID NO:100、101、102、136、137和138;
(3)分别为SEQ ID NO:103、104、105、139、140和141;
(4)分别为SEQ ID NO:106、107、108、142、143和144;
(5)分别为SEQ ID NO:109、110、111、145、146和147;
(6)分别为SEQ ID NO:112、113、114、148、149和150;
(7)分别为SEQ ID NO:115、116、117、151、152和153;
(8)分别为SEQ ID NO:118、119、120、154、155和156;
(9)分别为SEQ ID NO:121、122、123、157、158和159;
(10)分别为SEQ ID NO:124、125、126、160、161和162;
(11)分别为SEQ ID NO:127、128、129、163、164和165;或
(12)分别为SEQ ID NO:130、131、132、166、167和168;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选人DLL3。
在某些实施方案中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含重链可变区或轻链可变区,所述的重链可变区含有与SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21或23具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%,或至少99%的同一性的多肽序列,所述的轻链可变区含有与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%,或至少99%的同一性的多肽序列。
在某些实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
(a)具有SEQ ID NO:1的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区;
(b)具有SEQ ID NO:3的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区;
(c)具有SEQ ID NO:5的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区;
(d)具有SEQ ID NO:7的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区;
(e)具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区;
(f)具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区;
(g)具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区;
(h)具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区;
(i)具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区;
(j)具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区;
(k)具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区;或
(l)具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区。
在某些实施方案中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段是嵌合的。
在某些实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段是人的或人源化的。在某些实施方式中,所述人源化的单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
a.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;或
c.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区。
在某些实施方案中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段能够通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性吞噬作用(ADPC)和补体依赖性细胞毒性(CDC)来诱导效应子介导的肿瘤细胞裂解,和/或介导偶联药物的募集,和/或与具有抗癌作用的另一个mAb或抗原结合片段形成双特异性抗体。
本发明还提供了分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含抗CD47单克隆抗体的人源化重链可变区和抗DLL3单克隆抗体的人源化轻链可变区,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
a.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
c.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
d.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
e.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
f.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
g.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
h.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
i.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;或
j.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:174的多肽序列的轻链可变区。
在某些实施方式中,所述分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)的结合。
在某些实施方式中,所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬。
本发明提供了分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:178、179和180的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:181、182和183的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:184、185和186的多肽序列。
本发明提供了分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:187、188和189的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:190、191和192的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:193、194和195的多肽序列。
在某些实施方案中,所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中所述第一抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:176具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的多肽序列的轻链可变区;并且,其中所述第二抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:170具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%、至少96%、至少97%、至少98%或至少99%同一性的多肽序列的轻链可变区。
在某些实施方案中,所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的信号调节蛋白α(SIRPα)的结合。
在某些实施方案中,所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用。
在某些实施方案中,所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞,而与人红细胞(RBC)的结合极少至不可检测。
本发明还提供了分离的核酸,其编码本发明所公开的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化的抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。
本发明还提供了载体,其包含本发明的分离的核酸,所述核酸编码本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化的抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。
本发明还提供了宿主细胞,其包括包含所述的分离的核酸的载体,所述核酸编码本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化的抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。
在某些实施方案中,提供了一种药物组合物,其包含本发明所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,和药学上可接受的载体。
本发明还提供了在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3的方法,其包括向所述受试者施用本发明的包含分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)结合的方法,其包括向所述受试者施用本发明的包含分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬作用的方法,其包括向受试者施用本发明的包含分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中靶向癌细胞表面表达的DLL3和CD47的方法,其包括向所述受试者施用本发明的包含分离的抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的SIRPα的结合的方法,其包括向受试者施用本发明的包含分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用的方法,其包括向受试者施用本发明的包含分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有需要的受试者中用人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞的方法,所述双特异性抗体与人红细胞(RBC)的结合极少至无法检测到,所述方法包括向受试者施用本发明的包含分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
本发明还提供了在有所需要的受试者中治疗癌症的方法,包括向受试者施用本发明的药物组合物。所述癌症可以是任何液体或实体癌,例如,其可以选自但不限于肺癌(小细胞肺癌(SCLC))、大细胞神经内分泌癌(LCNEC)、胃癌、结肠癌、肝细胞癌、肾细胞癌、膀胱尿路上皮癌、转移性黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、胰腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤,和其他实体瘤,以及非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓性白血病(AML),和其他液体肿瘤。
本发明还提供了产生本发明的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段的方法,其包括在产生所述抗体或其抗原结合片段的条件下,培养包含编码所述抗体或其抗原结合片段的核酸的细胞,并从所述细胞或培养物中回收所述抗体或其抗原结合片段。
本发明还提供了制备本发明的包含分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物的方法,其包括将所述抗体或其抗原结合片段与药学上可接受的载体组合,以获得所述药物组合物。
本发明还提供了确定受试者中DLL3水平的方法。所述方法包括(a)从受试者获得样品;(b)使样品与本发明的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段接触;和(c)测定受试者中DLL3的水平。在某些实施方式中,所述样品是组织样品。所述组织样品可以例如是癌组织样品。在某些实施方式中,所述样品是血液样品。
附图简要说明
当结合附图阅读时,将能更好地理解本发明的前述概述以及以下对本申请的优选实施例的详细描述。然而,应理解,本申请不限于附图中所示的明确实施例。
图1A-1C显示了通过ELISA测定的纯化的抗DLL3嵌合mAb与包被的重组DLL3蛋白的结合。
图2A-2C显示了通过FACS测定的嵌合抗DLL3 mAb与HEK293-huDLL3细胞的结合。在测定中使用了三种不同的mAb浓度(666.67nM(图2A);333.33nM(图2B);和66.67nM(图2C))。
图3显示了通过FACS测定的人源化抗DLL3 mAb H1L2与SHP-77细胞的结合。
图4A-4B显示了双特异性抗体BA1和BA1(C)(图4A)和BA4(C)(图4B)的桥联ELISA数据。
图5显示了通过ELISA测定的双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4(C)与固定的CD47的结合。
图6A-6B显示了通过ELISA测定的双特异性抗体BA1和BA1(C)(图6A)和BA4(C)(图6B)与固定的DLL3的结合。
图7显示了通过ELISA测定的双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4(C)与以1:1的浓度比同时固定的CD47和DLL3的结合。
图8A-8B显示了通过ELISA测定的双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4(C)在阻断CD47/SIRPα相互作用中的活性。在图8A的测定中仅将CD47固定,在图8B的测定中将CD47和DLL3两者以2:1的浓度比固定。
图9显示了双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4(C)与Raji细胞的结合。
图10显示了抗CD47或抗DLL3 F(ab′)2对双特异性抗体BA1(C)与SHP-77细胞结合的抑制作用。
图11A-11C显示了不同mAb浓度(1,600nM(图11A)、533nM(图11B)和178nM(图11C))的双特异性抗体与人红细胞(RBC)的结合。
发明详述
背景技术和整个说明书中引用或描述了各种出版物、文章和专利;这些参考文献中的每一个均通过引用整体并入本文。本说明书中已包括的对文件、行为、材料、装置、物品等的讨论是为了提供本发明的背景。对于所公开或要求保护的任何发明内容,这种讨论并非承认所有这些或任何这些事项构成现有技术的一部分。
除非另有定义,否则本文所用的所有技术和科学术语具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同含义。否则,本文中使用的某些术语具有说明书中阐述的含义。
必须注意的是,如本文和所附权利要求书中所使用的,单数形式的“一个”、“一种”和“该”包括复数形式,除非上下文另外明确指出。
除非另有说明,否则任何数值,例如本文所述的浓度或浓度范围,在任何情况下均应理解为由术语“约”修饰。因此,数值通常包括所述值的±10%。例如,1mg/mL的浓度包括0.9mg/mL至1.1mg/mL。同样的,1%至10%(w/v)的浓度范围包括0.9%(w/v)至11%(w/v)。如本文所使用的,数值范围的使用明确地包括所有可能的子范围,该范围内的所有单个数值,包括该范围内的整数和分数,除非上下文另外明确指出。
除非另有说明,否则一系列元件之前的术语“至少”应理解为是指该系列中的每个元件。仅使用常规实验,本领域技术人员将认识到或能够确定本文所述的本发明的特定实施方式的多种等同方案。本发明旨在涵盖这样的等同方案。
如本文所用,术语“包含”、“包含有”、“包括”、“包括有”、“具有”、“有”、“含有”或“含有”或其任何其他变型将被理解为隐含地包括陈述的整数或整数组,但不排除任何其他整数或整数组,并且是非排他性的或开放式的。例如,包含一系列元素的组合物、混合物、步骤、方法、物品或设备不一定仅限于那些元素,而是可以包括此组合物、混合物、步骤、方法、物品或设备中未明确列出或固有的其他元素。此外,除非明确指出相反的意思,否则“或”是指包含性的“或”而不是排他性的“或”。例如,以下任一条件都满足条件A或B:A为真(或存在)并且B为假(或不存在)、A为假(或不存在)并且B为真(或存在),以及A和B均为真(或存在)。
如本文所用,多个叙述的元素之间的连接术语“和/或”应理解为包括单独的和组合的选择。例如,在两个元素由“和/或”连接的情况下,第一个选项是指适用第一个元素而没有第二个元素。第二个选项是指适用第二个元素而没有第一个元素。第三个选项是指第一和第二元素一起适用。这些选项中的任何一个都应理解为落入该含义内,并因此满足本文所用术语“和/或”的要求。多个选项中的一个以上的并行适用也应理解为在其含义之内,因此满足术语“和/或”的要求。
如本文所用,在整个说明书和权利要求书中使用的术语“由……组成”或诸如“由……构成”或“由……所组成”的变体表示包括任何所述整数或整数组,但是指定的方法、结构或组合物中不能增加其他的整数或整数组。
如本文所用,在整个说明书和权利要求书中使用的术语“基本上由...组成”或诸如“基本上由...构成”或“基本上由...所组成”的变体表示包括任何所述的整数或整数组,并且可选地包含不会实质上改变指定的方法、结构或组合物的基本或新颖性质的任何所述整数或整数组。参见M.P.E.P.§2111.03。
如本文所用,“受试者”是指任何动物,优选为哺乳动物,最优选为人。如本文所用,术语“哺乳动物”涵盖任何哺乳动物。哺乳动物的例子包括但不限于牛、马、绵羊、猪、猫、狗、小鼠、大鼠、兔、豚鼠、猴、人等,但更优选人。
词语“右”、“左”、“下”和“上”表示附图中的参考方向。
还应当理解,当提及优选发明的部件的尺寸或特性时,如本文所用的术语“大约”、“约”、“通常”、“基本上”以及类似术语表示所描述的尺寸/特性不是严格的边界或参数,并且不排除其在功能上相同或相似的微小变化,如本领域普通技术人员所理解的那样。至少,包括数字参数的此类引用将包括使用本领域公认的数学和工业原理(例如,四舍五入、测量或其他系统误差、制造公差等)不会改变最小有效位数的变化。
在两个或多个核酸或多肽序列(例如,抗DLL3抗体、抗CD47抗体、抗CD47/DLL3双特异性抗体、DLL3多肽,和编码它们的多核苷酸)的上下文中,术语“同一的”或“同一性”百分比是指,当使用以下序列比较算法之一或通过目视检查进行比较和比对以获得最大对应性时,两个或多个序列或子序列是相同的或具有特定百分比的氨基酸残基或核苷酸相同。
为了进行序列比较,通常将一个序列用作参考序列,将测试序列与其进行比较。当使用序列比较算法时,将测试序列和参考序列输入计算机,必要时指定子序列坐标,并指定序列算法程序参数。然后,序列比较算法根据指定的程序参数,计算测试序列相对于参考序列的序列同一性百分比。
用于比较的序列的最佳比对可以例如通过如下算法进行,例如通过Smith和Waterman,高等应用数学,2:482(1981)的局部同源算法进行,通过Needleman和Wunsch,分子生物学杂志,48:443(1970)的同源性比对算法进行,通过Pearson和Lipman,美国国家科学院学报,85:2444(1988)的相似性搜索方法进行,通过这些算法的计算机化实现(GAP、BESTFIT、FASTA和TFASTA,位于威斯康星州的575科学Madison博士的遗传学计算机组的遗传学软件包中),或通过目视检查实现(通常参见,分子生物学实验室指南,F.M.Ausubel等编辑,实验室指南,格林出版联合公司(Greene Publishing Associates,Inc.)和约翰威利父子公司(John Wiley&Sons,Inc.)的合资企业(1995年副刊)(Ausubel))。
适于确定序列同一性和序列相似性百分比的算法的实例是BLAST和BLAST 2.0算法,这些算法在Altschul等(1990),分子生物学杂志,215:403-410和Altschul等(1997),核酸研究,25:3389-3402中分别进行了描述。可通过国家生物技术信息中心的公开途径获得进行BLAST分析的软件。该算法涉及首先通过识别查询序列中长度为W的短序列来识别高分序列对(HSP),这些短序列在与数据库序列中相同长度的序列对齐时匹配或满足某个正值阈值T。T被称为邻近序列分数阈值(Altschul等,同上)。这些最初的邻近序列的命中充当启动搜索以查找包含它们的较长HSP的种子。然后沿着两个方向将序列的命中在每个序列延伸至累积比对得分不再增加。
对于核苷酸序列,使用参数M(一对匹配残基的加分;始终>0)和N(错配残基的罚分;始终<0)来计算累积得分。对于氨基酸序列,使用得分矩阵来计算累积得分。在以下情况下,将停止序列的命中在每个方向上的延伸:累积比对得分比其最大获得值降低数值X;由于一个或多个负得分残基比对的累积,累积得分变为零或更低;或到达任一序列的末尾。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。BLASTN程序(用于核苷酸序列)使用字长(W)为11、期望值(E)为10、M=5、N=-4,以及两条链的比较作为默认值。对于氨基酸序列,BLASTP程序默认使用字长(W)为3、期望值(E)为10和BLOSUM62评分矩阵作为默认值(参见Henikoff和Henikoff,Proc.Natl.Acad.Sci.,美国,89:10915(1989))。
除了计算序列同一性百分比外,BLAST算法还对两个序列之间的相似性进行统计分析(参见,例如,Karlin和Altschul,美国国家科学院学报,90:5873-5787(1993))。BLAST算法提供的一种相似性测量是最小总和概率(P(N)),它提供了偶然发生两个核苷酸或氨基酸序列匹配的概率的指示。例如,如果在测试核酸与参考核酸的比较中,最小总和概率小于约0.1,更优选地小于约0.01,最优选地小于约0.001,则认为该核酸与参考序列相似。
如下所述,若由第一核酸编码的多肽与由第二核酸编码的多肽在免疫学上交叉反应,则进一步指示两个核酸序列或多肽基本上相同。因此,例如,当两条多肽中仅通过保守取代而不同,则通常认为其中一条多肽与第二多肽基本相同。两个核酸序列基本相同的另一个指示是两个分子在严格条件下彼此杂交。
抗体
本发明总地涉及分离的抗DLL3抗体、抗CD47抗体、抗CD47/DLL3双特异性抗体、编码所述抗体的核酸和表达载体、包含所述载体的重组细胞,以及包含所述抗体的组合物。本发明还提供了制备所述抗体的方法,以及使用所述抗体治疗包括癌症在内的疾病的方法。本发明的抗体具有一种或多种期望的功能特性,包括但不限于与DLL3和/或CD47的高亲和力结合、对DLL3和/或CD47的高特异性、诱导效应子介导的肿瘤细胞裂解的能力、刺激针对表达DLL3和/或CD47的细胞的补体依赖性细胞毒性(CDC)、抗体依赖性吞噬作用(ADPC)和/或抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的能力、介导招募偶联药物的能力、与另一种具有抗癌作用的mAb或抗原结合片段形成双特异性抗体的能力,以及在单独施用或与其他抗癌疗法联合施用时在受试者和动物模型中抑制肿瘤生长的能力。
在一个总的方面,本发明涉及结合DLL3的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段。
如本文所用,术语“抗体”以广义使用,并且包括免疫球蛋白或抗体分子,所述抗体分子包括单克隆或多克隆的人、人源化、复合和嵌合抗体以及抗体片段。通常,抗体是对特定抗原表现出结合特异性的蛋白或肽链。抗体结构是众所周知的。根据重链恒定结构域的氨基酸序列,免疫球蛋白可分为五个主要类别(即,IgA、IgD、IgE、IgG和IgM)。IgA和IgG进一步亚分类为同种型IgA1、IgA2、IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。因此,本发明的抗体可以是五个主要类别或相应的亚类别中的任何一个。优选地,本发明的抗体是IgG1、IgG2、IgG3或IgG4。脊椎动物物种的抗体轻链可以基于其恒定结构域的氨基酸序列被指定为两种明显不同的类型之一,即κ和λ。因此,本发明的抗体可以包含κ或λ轻链恒定结构域。根据特定的实施方式,本发明的抗体包括来自大鼠或人抗体的重链和/或轻链恒定区。除重链和轻链恒定结构域外,抗体还包含由轻链可变区和重链可变区组成的抗原结合区,两者均包含三个结构域(即互补决定区1-3;(CDR1、CDR2和CDR3))。所述轻链可变区结构域可替代地称为LCDR1、LCDR2和LCDR3,所述重链可变区结构域可替代地称为HCDR1、HCDR2和HCDR3。
如本文所用,术语“分离的抗体”是指基本上不含具有不同抗原特异性的其他抗体的抗体(例如,分离的特异性结合DLL3的抗体基本上不含不与DLL3结合的抗体,分离的特异性结合CD47的抗体基本上不含不与CD47结合的抗体,特异性结合CD47和DLL3的双特异性抗体基本上不含不结合CD47和DLL3的抗体)。另外,分离的抗体基本上不含其他细胞物质和/或化学物质。
如本文所用,术语“单克隆抗体”是指从基本上均质的抗体群体(即,除了可能以少量存在的可能天然存在的突变以外,构成该群体的各个抗体是相同的)中获得的抗体。本发明的单克隆抗体可以通过杂交瘤方法、噬菌体展示技术、单淋巴细胞基因克隆技术或重组DNA方法来制备。例如,所述单克隆抗体可以由杂交瘤产生,所述杂交瘤包括获自具有人源重链转基因和轻链转基因的基因组的转基因非人动物(如转基因小鼠或大鼠)的B细胞。
如本文所用,术语“抗原结合片段”是指抗体片段,例如双抗体、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv片段、二硫键稳定的Fv片段(dsFv)、(dsFv)2、双特异性dsFv(dsFv-dsFv')、二硫键稳定的双抗体(ds双抗体)、单链抗体分子(scFv)、单域抗体(sdab)、scFv二聚体(双价双抗体)、由包含一个或多个CDR的抗体的一部分形成的多特异性抗体、骆驼源单域抗体、纳米抗体、结构域抗体、二价结构域抗体,或任何其他与抗原结合但不包含完整的抗体结构的抗体片段。抗原结合片段能够与亲本抗体或亲本抗体片段结合的相同抗原结合。根据特定的实施方式,所述抗原结合片段包含轻链可变区、轻链恒定区和重链的Fd区段。根据其他具体实施方式,抗原结合片段包含Fab和F(ab’)。
如本文所用,术语“单链抗体”是指本领域的常规单链抗体,其包含由约15至约20个氨基酸的短肽连接的重链可变区和轻链可变区。如本文所用,术语“单结构域抗体”是指本领域中常规的单结构域抗体,其包含重链可变区和重链恒定区,或仅包含重链可变区。
如本文所用,术语“人抗体”是指由人产生的抗体或使用本领域已知的任何技术制备的具有与由人产生的抗体相对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的该定义包括完整或全长抗体、其片段,和/或包含至少一种人重链和/或轻链多肽的抗体。
如本文所用,术语“人源化抗体”是指进行修饰以增加与人抗体的序列同源性,从而保留了抗体的抗原结合特性,但降低了其对人体的抗原性的非人抗体。
如本文所用,术语“嵌合抗体”是指其中免疫球蛋白分子的氨基酸序列源自两个或更多个物种的抗体。轻链和重链的可变区通常对应于衍生自一种哺乳动物物种(例如,小鼠、大鼠、兔等)的具有期望的特异性、亲和力和能力的抗体的可变区,而恒定区对应于衍生自另一种哺乳动物(例如人)的抗体的序列,以避免引起该物种的免疫应答。
如本文所用,术语“多特异性抗体”是指包含多个免疫球蛋白可变结构域序列的抗体,其中第一免疫球蛋白可变结构域序列对第一表位具有结合特异性,并且第二免疫球蛋白可变结构域序列对第二表位具有结合特异性。在一个实施方式中,所述第一和第二表位在相同抗原上,例如,在相同的蛋白(或多聚蛋白的亚基)上。在一个实施方式中,所述第一和第二表位重叠或基本上重叠。在一个实施方式中,所述第一和第二表位不重叠或基本不重叠。在一个实施方式中,所述第一和第二表位在不同抗原上,例如,在不同的蛋白(或多聚体蛋白的不同亚基)上。在一个实施方式中,多特异性抗体包含第三、第四或第五免疫球蛋白可变结构域。在一个实施方式中,多特异性抗体是双特异性抗体分子、三特异性抗体分子,或四特异性抗体分子。
如本文所用,术语“双特异性抗体”是指结合不超过两个表位或两个抗原的多特异性抗体。双特异性抗体的特征在于对第一表位具有结合特异性的第一免疫球蛋白可变结构域序列和对第二表位具有结合特异性的第二免疫球蛋白可变结构域序列。在一个实施方式中,所述第一和第二表位在相同抗原上,例如,在相同的蛋白(或多聚蛋白的亚基)上。在一个实施方式中,所述第一和第二表位重叠或基本上重叠。在一个实施方式中,所述第一和第二表位在不同抗原上,例如,在不同的蛋白(或多聚体蛋白的不同亚基)上。在一个实施方式中,双特异性抗体包含对第一表位具有结合特异性的重链可变结合域序列和轻链可变结构域序列,和对第二表位具有结合特异性的重链可变结构域序列和轻链可变结构域序列。在一个实施方式中,双特异性抗体包含对第一表位具有结合特异性的半抗体或其片段,和对第二表位具有结合特异性的半抗体或其片段。在一个实施方式中,双特异性抗体包含对第一表位具有结合特异性的scFv或其片段,和对第二表位具有结合特异性的scFv或其片段。在一个实施方式中,所述第一表位位于DLL3上,并且所述第二表位位于PD-1、PD-L1、TIM-3、LAG-3、CD73、爱帕琳肽(apelin)、CTLA-4、EGFR、HER-2、CD3、CD19、CD20、CD33、CD47、TIP-1、CLDN18.2、FOLR1,和/或其他与肿瘤相关的免疫抑制因子或表面抗原上。
如本文所用,术语“DLL3”是指在早期发育过程中的进行体节分割需要Delta样经典Notch配体3(DLL3),其也称为delta样3或delta样蛋白3(Dunwoodie等,发育129:1795-806(2002))。哺乳动物Notch家族配体DLL1、DLL4、JAG1和JAG2都可反式激活Notch受体信号传导(Ntziachristos等,癌细胞25(3):318-34(2014))。而DLL3与它们不同,其主要位于高尔基体中,并且不能激活Notch信号传导(Chapman等,Hum Mol Genet 2011;20(5):905-16和Geffers等,J Cell Biol 178(3):465-76(2007))。在正常发育期间,DLL3通过与Notch和DLL1相互作用而抑制顺式和反式Notch通路的激活(Chapman等,Hum Mol Genet 20(5):905-16(2011))。通常,DLL3在除大脑外的成人正常组织中不存在或水平很低,但在肺癌、睾丸癌、神经胶质瘤和黑色素瘤样本中过表达(Uhlen等,科学357(6352):eaan2507(2017))。此外,在小细胞肺癌(SCLC)和大细胞神经内分泌癌(LCNEC)肿瘤细胞的表面上可检测到DLL3(Saunders等,Sci Transl Med 7(302):302ra136(2015)和Sharma等,Cancer Res 77(14):3931-3941(2017)),这使其成为用于癌症治疗的单克隆抗体的潜在靶点。术语“人DLL3”是指源自人的DLL3。人DLL3的示例性氨基酸序列在GenBank登录号NP_058637.1(SEQID NO:169)中显示。
如本文所用,术语“CD47”是指属于免疫球蛋白超家族的多重跨膜受体,已经表明其参与多种细胞过程,包括细胞迁移、粘附和T细胞功能。CD47,也称为整合素相关蛋白(IAP)、卵巢癌抗原(OA3)、Rh相关抗原和MER6,最初被鉴定为人卵巢癌的肿瘤抗原,随后被证明在多种人类肿瘤类型中表达,包括血液肿瘤和实体瘤。CD47和信号调节蛋白α(SIRPα)(一种在巨噬细胞上表达的抑制蛋白)之间的相互作用,可防止对表达CD47的细胞的吞噬。另外,CD47在几乎所有非恶性细胞上均以低水平表达。术语“人CD47”是指源自人的CD47。GenBank登录号NP_001768.1显示了人CD47的示例性氨基酸序列。
如本文所用,“特异性结合DLL3”、“特异性结合CD47”的抗体,或“特异性结合CD47和DLL3”的抗体是指以1×10-7M以下,优选地为1×10-8M以下,更优选地为5×10-9M以下、1×10-9M以下,5×10-10M以下或1×10-10M以下的KD结合DLL3,优选地人DLL3;结合CD47,优选地人CD47的抗体;或结合DLL3和CD47,优选地为人DLL3和CD47D的抗体。术语“KD”是指解离常数,其是从Kd与Ka之比(即,Kd/Ka)获得的,并被表示为摩尔浓度(M)。鉴于本公开,可以使用本领域的方法确定抗体的KD值。例如,抗体的KD可以通过使用表面等离子体共振来确定,诸如通过使用生物传感器系统,例如系统,或通过使用生物膜层干涉测量技术,例如Octet RED96系统。
抗体的KD值越小,所述抗体与靶抗原结合的亲和力越高。
根据一个特定的方面,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:25、26、27、61、62和63;
(2)分别为SEQ ID NO:28、29、30、64、65和66;
(3)分别为SEQ ID NO:31、32、33、67、68和69;
(4)分别为SEQ ID NO:34、35、36、70、71和72;
(5)分别为SEQ ID NO:37、38、39、73、74和75;
(6)分别为SEQ ID NO:40、41、42、76、77和78;
(7)分别为SEQ ID NO:43、44、45、79、80和81;
(8)分别为SEQ ID NO:46、47、48、82、83和84;
(9)分别为SEQ ID NO:49、50、51、85、86和87;
(10)分别为SEQ ID NO:52、53、54、88、89和90;
(11)分别为SEQ ID NO:55、56、57、91、92和93;或
(12)分别为SEQ ID NO:58、59、60、94、95和96;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选人DLL3。
根据一个特定的方面,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:97、98、99、133、134和135;
(2)分别为SEQ ID NO:100、101、102、136、137和138;
(3)分别为SEQ ID NO:103、104、105、139、140和141;
(4)分别为SEQ ID NO:106、107、108、142、143和144;
(5)分别为SEQ ID NO:109、110、111、145、146和147;
(6)分别为SEQ ID NO:112、113、114、148、149和150;
(7)分别为SEQ ID NO:115、116、117、151、152和153;
(8)分别为SEQ ID NO:118、119、120、154、155和156;
(9)分别为SEQ ID NO:121、122、123、157、158和159;
(10)分别为SEQ ID NO:124、125、126、160、161和162;
(11)分别为SEQ ID NO:127、128、129、163、164和165;或
(12)分别为SEQ ID NO:130、131、132、166、167和168;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选人DLL3。
根据另一具体方面,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含具有与SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21或23之一至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,或具有与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24之一至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。根据一个优选的实施方案,本发明的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21或23之一至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24之一至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。
根据另一个具体方面,本发明涉及本发明的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,包括:
a.具有SEQ ID NO:1的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:3的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区;
c.具有SEQ ID NO:5的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区;
d.具有SEQ ID NO:7的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区;
e.具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区;
f.具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区;
g.具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区;
h.具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区;
i.具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区;
j.具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区;
k.具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区;或
l.具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:25、26、27、61、62和63所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:1至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:2至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ IDNO:1的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:28、29、30、64、65和66所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:3至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:4至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ IDNO:3的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:31、32、33、67、68和69所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:5至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:6至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ IDNO:5的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:34、35、36、70、71和72所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:7至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:8至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ IDNO:7的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:37、38、39、73、74和75所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:9至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:10至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:40、41、42、76、77和78所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:11至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:12至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:43、44、45、79、80和81所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:13至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:14至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:46、47、48、82、83和84所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:15至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:16至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:49、50、51、85、86和87所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:17至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:18至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:52、53、54、88、89和90所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:19至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:20至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:55、56、57、91、92和93所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:21至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:22至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:58、59、60、94、95和96所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:23至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:24至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:97、98、99、133、134和135所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:1至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:2至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:1的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:100、101、102、136、137和138所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:3至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:4至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:3的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:103、104、105、139、140和141所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:5至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:6至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:5的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:106、107、108、142、143和144所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:7至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:8至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:7的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:109、110、111、145、146和147所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:9至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:10至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:112、113、114、148、149和150所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:11至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:12至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:115、116、117、151、152和153所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:13至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:14至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:118、119、120、154、155和156所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:15至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:16至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:121、122、123、157、158和159所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:17至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:18至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:124、125、126、160、161和162所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:19至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:20至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:127、128、129、163、164和165所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:21至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:22至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区。
在一个实施方式中,本发明涉及一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:130、131、132、166、167和168所示的多肽序列。在另一实施方式中,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有与SEQ ID NO:23至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和具有与SEQ ID NO:24至少85%,优选地90%,更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。优选地,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段包含具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区,和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区。
根据另一具体方面,本发明涉及一种分离的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗体或其抗原结合片段是嵌合的。
根据另一具体方面,本发明涉及一种分离的单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗体或其抗原结合片段是人的或人源化的。
根据另一个具体方面,本发明涉及分离的人源化抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述分离的人源化抗体或其抗原结合片段包括:
a.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;或
c.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区。
根据另一个特定的方面,所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段能够通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)、抗体依赖性吞噬作用(ADPC)和补体依赖性细胞毒性(CDC)来诱导效应子介导的肿瘤细胞裂解,和/或介导偶联药物的募集,和/或与具有抗癌作用的另一个mAb或抗原结合片段形成双特异性抗体。
根据另一个特定的方面,本发明还提供了一种分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含抗CD47单克隆抗体的人源化重链可变区和抗DLL3单克隆抗体的人源化轻链可变区,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
a.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
c.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
d.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
e.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
f.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
g.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
h.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
i.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;或
j.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:174的多肽序列的轻链可变区。
根据另一个具体方面,所述分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)的结合。
根据另一个具体方面,所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬。
根据另一个具体方面,本发明提供了一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:178、179和180的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:181、182和183的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:184、185和186的多肽序列。
根据另一个具体方面,本发明提供了一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:187、188和189的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:190、191和192的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:193、194和195的多肽序列。
根据另一个具体方面,本发明涉及一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中所述第一抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:176具有至少85%、优选地90%、更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少85%、优选地90%、更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区;并且,其中所述第二抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:170具有至少85%、优选地90%、更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少85%、优选地90%、更优选地95%或更多,例如95%、96%、97%、98%或99%同一性的多肽序列的轻链可变区。
根据另一个具体方面,本发明涉及一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合域,和特异性结合DLL3的抗体,优选人DLL3的第二抗原结合域,其中所述人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的SIRPα的结合。
根据另一个具体方面,本发明涉及一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合域,和特异性结合DLL3的抗体,优选人DLL3的第二抗原结合域,其中所述人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用。
根据另一个具体方面,本发明涉及一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合优选人CD47的第一抗原结合域,和特异性结合DLL3的抗体,优选人DLL3的第二抗原结合域,其中所述人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞,而与人红细胞(RBC)的结合极少至不可检测。
在另一个总的方面,本发明涉及一种编码本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的分离的核酸。本领域技术人员可以理解,蛋白质的编码序列可以在不改变蛋白质的氨基酸序列的情况下被改变(例如替换、删除、插入等)。因此,本领域技术人员能够理解,可以在不改变蛋白质的氨基酸序列的情况下,改变编码本发明的抗体或其抗原结合片段的核酸序列。
在另一个总的方面,本发明涉及一种载体,其包含编码本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的分离的核酸。鉴于本公开,可以使用本领域技术人员已知的任何载体,例如质粒,粘粒,噬菌体载体或病毒载体。在一些实施方式中,所述载体是重组表达载体,如质粒。所述载体可以包括用于构建表达载体的常规功能的任何元件,例如启动子、核糖体结合元件、终止子、增强子、选择标记和复制起点。启动子可以是组成型、诱导型或抑制型启动子。本领域已知,许多表达载体能够将核酸递送至细胞,其可以在本发明中使用,用于在细胞中产生抗体或其抗原结合片段。根据本发明的实施方式,可以利用常规克隆技术或人工基因合成生产重组表达载体。鉴于本发明,这样的技术对于本领域技术人员是众所周知的。
在另一个总的方面,本发明涉及一种宿主细胞,其包含编码本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的分离的核酸。鉴于本公开内容,本领域技术人员已知的任何宿主细胞可用于重组表达本发明的抗体或其抗原结合片段。在一些实施方式中,宿主细胞是大肠杆菌TG1或BL21细胞(用于表达例如scFv或Fab抗体)、CHO-DG44或CHO-K1细胞或HEK293细胞(用于表达例如全长IgG抗体)。根据具体的实施方式,通过常规方法例如化学转染、热休克或电穿孔将重组表达载体转化到宿主细胞中,其被稳定整合到宿主细胞基因组中,使得重组核酸得到有效表达。
在另一个总的方面,本发明涉及一种产生本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的方法,其包括在产生本发明的抗体或其抗原结合片段的条件下,培养包含编码本发明的抗体或其抗原结合片段的核酸的细胞,并从细胞或细胞培养物(例如,从上清液)中回收所述抗体或抗原结合片段。可以从细胞中收获表达的抗体或其抗原结合片段,并根据本领域已知的和本文所述的常规技术进行纯化。
药物组合物
在另一个总的方面,本发明涉及一种药物组合物,其包含本发明的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,和药学上可接受的载体。如本文所用,术语“药物组合物”是指包含本发明的抗体和药学上可接受的载体的产品。本发明的抗体和包含它们的组合物也可用于制备药物,所述药物用于本发明提及的治疗性应用。
如本文所用,术语“载体”是指任何赋形剂、稀释剂、填充剂、盐、缓冲剂、稳定剂、增溶剂、油、脂质、含脂质的囊泡、微球体、脂质包封体、或本领域已知的用于药物制剂的其他物质。应当理解,载体、赋形剂或稀释剂的特性取决于具体应用的给药途径。如本文所用,术语“药学上可接受的载体”是指不干扰本发明所述的组合物的有效性或本发明所述的组合物的生物活性的无毒材料。根据具体实施方式,鉴于本公开内容,适用于抗体药物组合物的任何药学上可接受的载体均可用于本发明。
用药学上可接受的载体进行药学活性成分的配制是本领域已知的,例如《雷明顿:药学的科学与实践》(例如,第21版(2005年)以及任何更高版本)。其他成分的非限制性实例包括:缓冲剂、稀释剂、溶剂、张度调节剂、防腐剂、稳定剂和螯合剂。一种或多种药学上可接受的载体可以用于配制本发明的药物组合物。
在本发明的一种实施方式中,所述药物组合物是液体制剂。液体制剂的优选实例是水性制剂,即包含水的制剂。液体制剂可以包含溶液、悬浮液、乳液、微乳液、凝胶等。水性制剂通常包含至少50%w/w的水,或至少60%、70%、75%、80%、85%、90%或至少95%w/w的水。
在一种实施方式中,所述药物组合物可以配制成可以,例如通过注射装置(例如,注射器或输液泵)注射的注射剂。例如,可以皮下、肌肉内、腹膜内、玻璃体内或静脉内递送注射剂。
在另一种实施方式中,所述药物组合物是固体制剂,例如冷冻干燥或喷雾干燥的组合物,其可以原样使用,或在使用前由医师或患者向其添加溶剂和/或稀释剂。固体剂型可包括片剂,例如压制片剂和/或包衣片剂,以及胶囊剂(例如,硬或软明胶胶囊)。所述药物组合物也可以是例如小包装、糖衣丸、粉末、颗粒、锭剂或用于重构的粉末的形式。
剂型可以是立即释放的,在这种情况下,它们可以包含水溶性或分散性载体,或者可以是延迟释放,持续释放或调节释放,在这种情况下,它们可以包含调节速率的水不溶性聚合物。剂型在胃肠道或皮肤下的溶解。
在其他实施方式中,所述药物组合物可以通过鼻内、颊内或舌下递送。
水性制剂中的pH可以在pH 3至pH 10之间。在本发明的一种实施方式中,制剂的pH为约7.0至约9.5。在本发明的另一种实施方式中,制剂的pH为约3.0至约7.0。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含缓冲剂。缓冲剂的非限制性实例包括:精氨酸、天冬氨酸、二甘氨酸、柠檬酸盐、磷酸氢二钠、富马酸、甘氨酸、双甘氨肽、组氨酸、赖氨酸、马来酸、苹果酸、乙酸钠、碳酸钠、磷酸二氢钠、磷酸钠、琥珀酸、酒石酸、三甲基甘氨酸和三(羟甲基)-氨基甲烷及其混合物。缓冲剂可以约0.01mg/ml至约50mg/ml,例如约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定缓冲剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含防腐剂。防腐剂的非限制性实例包括:苄索氯铵、苯甲酸、苯甲醇、溴硝醇、4-羟基苯甲酸丁酯、氯丁醇、氯甲酚、氯己定、氯苯甘醚、邻甲酚、间甲酚、对甲酚、4-羟基苯甲酸乙酯、咪唑烷脲、4-羟基苯甲酸甲酯、苯酚、2-苯氧基乙醇、2-苯基乙醇、4-羟基苯甲酸丙酯、脱氢乙酸钠、硫柳汞及其混合物。防腐剂可以约0.01mg/ml至约50mg/ml,例如约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定防腐剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含等渗剂。等渗剂的非限制性实例包括盐(例如氯化钠)、氨基酸(例如甘氨酸、组氨酸、精氨酸、赖氨酸、异亮氨酸、天冬氨酸、色氨酸和苏氨酸)、醛醇(alditol)(例如丙三醇、1,2-丙二醇(丙二醇)、1,3-丙二醇和1,3-丁二醇)、聚乙二醇(例如PEG400)及其混合物。等渗剂的另一个实例包括糖。糖的非限制性实例可以是单糖、二糖或多糖,或水溶性葡聚糖,包括例如果糖、葡萄糖、甘露糖、山梨糖、木糖、麦芽糖、乳糖、蔗糖、海藻糖、右旋糖酐、支链淀粉、糊精、环糊精、α和β-HPCD、可溶性淀粉、羟乙基淀粉和羧甲基纤维素钠。等渗剂的另一个实例是糖醇,其中术语“糖醇”定义为具有至少一个-OH基团的C(4-8)烃。糖醇的非限制性实例包括甘露醇、山梨醇、肌醇、半乳糖醇、卫矛醇、木糖醇和阿拉伯糖醇。包含该段中列出的等渗剂的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。等渗剂可以约0.01mg/ml至约50mg/ml,例如约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定等渗剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含螯合剂。螯合剂的非限制性实例包括柠檬酸、天冬氨酸、乙二胺四乙酸(EDTA)盐及其混合物。螯合剂可以约0.01mg/ml至约50mg/ml,例如约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定螯合剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含稳定剂。稳定剂的非限制性实例包括一种或多种聚集抑制剂,一种或多种氧化抑制剂,一种或多种表面活性剂和/或一种或多种蛋白酶抑制剂。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含稳定剂,其中所述稳定剂是羧基-/羟基纤维素及其衍生物(例如HPC、HPC-SL、HPC-L和HPMC)、环糊精、2-甲硫基乙醇、聚乙二醇(例如PEG 3350)、聚乙烯醇(PVA)、聚乙烯吡咯烷酮、盐(例如氯化钠)、含硫物质(例如硫代甘油)或巯基乙酸。稳定剂可以约0.01mg/ml至约50mg/ml,例如约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定稳定剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的其他实施方式中,所述药物组合物包含一种或多种表面活性剂,优选一种表面活性剂、至少一种表面活性剂、或两种不同的表面活性剂。术语“表面活性剂”是指由水溶性(亲水)部分和脂溶(亲脂)部分组成的任何分子或离子。表面活性剂可以例如选自下组:阴离子表面活性剂、阳离子表面活性剂、非离子表面活性剂和/或两性离子表面活性剂。表面活性剂可以约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定表面活性剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在本发明的另一种实施方式中,所述药物组合物包含一种或多种蛋白酶抑制剂,例如EDTA和/或盐酸苯甲脒(HCl)。蛋白酶抑制剂可以约0.1mg/ml至约20mg/ml的浓度单独存在或组合存在。包含这些特定蛋白酶抑制剂中的每一种的药物组合物构成本发明的替代实施方式。
在另一个总的方面,本发明涉及一种制备本发明的包含抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物的方法,其包括将抗体或其抗原结合片段与药学上可接受的载体组合,以获得所述药物组合物。
使用方法
在另一个总体方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用特异性结合DLL3的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,或本发明的药物组合物。单克隆抗体或其抗原结合片段与DLL3的结合可介导补体依赖性细胞毒性(CDC)、抗体依赖性吞噬作用(ADPC),和/或抗体依赖性细胞毒性(ADCC),或导致被靶向的癌细胞死亡的其他作用。单克隆抗体或其抗原结合片段可以例如用于募集偶联的药物,和/或可以与另一种单克隆抗体或其抗原结合片段形成双特异性抗体,以介导被靶向的癌细胞的死亡。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)结合的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段或本发明的药物组合物。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬作用的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段或本发明的药物组合物。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中靶向同一癌细胞表面的DLL3和CD47的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段,其包含特异性结合CD47(优选人CD47)的第一抗原结合结构域和特异性结合DLL3(优选人DLL3)的第二抗原结合结构域,或本发明的药物组合物。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的信号调节蛋白α(SIRPα)结合的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段,其包含特异性结合CD47(优选人CD47)的第一抗原结合结构域和特异性结合DLL3(优选人DLL3)的第二抗原结合结构域,或本发明的药物组合物。人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段与癌细胞的结合可介导阻断CD47与SIRPα的结合。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段,其包含特异性结合CD47(优选人CD47)的第一抗原结合结构域和特异性结合DLL3(优选人DLL3)的第二抗原结合结构域,或本发明的药物组合物。人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段与癌细胞的结合可诱导巨噬细胞介导的癌细胞的吞噬作用。
在另一个总的方面,本发明涉及一种在有需要的受试者中结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞,而与人红细胞(RBC)具有最小至不可检测的结合的方法,所述方法包括向有需要的受试者施用人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段,其包含特异性结合CD47(优选人CD47)的第一抗原结合结构域和特异性结合DLL3(优选人DLL3)的第二抗原结合结构域,或本发明的药物组合物。本发明的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段对癌细胞具有高选择性,对人红细胞(RBC)的结合最小至不可检测。
结合DLL3或CD47的抗体及其抗原结合片段的功能活性,或结合DLL3和CD47的双特异性抗体及其抗原结合片段的功能活性可以通过本领域已知的方法和本文所述的方法来表征。表征与DLL3或CD47结合的抗体及其抗原结合片段,或与DLL3和CD47结合的双特异性抗体及其抗原结合片段的方法包括但不限于亲和力和特异性测定,包括Biacore、ELISA、FACS和OctetRed分析。根据特定的实施方式,表征与DLL3或CD47结合的抗体及其抗原结合片段,或与DLL3和CD47结合的双特异性抗体及其抗原结合片段的方法包括以下描述的方法。
在另一个总的方面,本发明涉及在有需要的受试者中治疗癌症的方法,其包括向有需要的受试者施用分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,或本发明的药物组合物。所述癌症可以例如选自但不限于,肺癌(小细胞肺癌(SCLC))、大细胞神经内分泌癌(LCNEC)、胃癌、结肠癌、肝细胞癌、肾细胞癌、膀胱尿路上皮癌、转移性黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、胰腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤,和其他实体瘤,以及非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓性白血病(AML),和其他液体肿瘤。
根据本发明的实施方式,所述药物组合物包含治疗有效量的本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。如本文所用,术语“治疗有效量”是指在受试者中引起期望的生物或药物反应的活性成分或组分的量。根据所述目的,可以以经验和常规方式确定治疗有效量。
如本文所用,对于抗DLL3抗体或其抗原结合片段、抗CD47抗体或其抗原结合片段,或抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,治疗有效量是指能够在有需要的受试者中调节免疫反应的抗DLL3抗体或其抗原结合片段、抗CD47抗体或其抗原结合片段,或抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的量。同样如本文所用,对于抗DLL3抗体或其抗原结合片段、抗CD47抗体或其抗原结合片段,或抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,治疗有效量是指能够治疗疾病、病症或症状;预防或减缓疾病、病症或症状的发展;或减轻或完全减轻与疾病、病症或症状相关的症状的抗DLL3抗体或其抗原结合片段、抗CD47抗体或其抗原结合片段,或抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的量。
根据特定的实施方式,待治疗的疾病、病症或症状是癌症,优选选自下组的癌症:肺癌(小细胞肺癌(SCLC))、大细胞神经内分泌癌(LCNEC)、胃癌、结肠癌、肝细胞癌、肾细胞癌、膀胱尿路上皮癌、转移性黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、胰腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤,和其他实体瘤,以及非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓性白血病(AML),和其他液体肿瘤。
根据具体的实施方式,治疗有效量是指足以实现1、2、3、4或更多种以下效果的治疗量:(i)减轻或改善待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的严重程度;(ii)减少待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的持续时间;(iii)预防待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状发展;(iv)使待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状退化;(v)预防待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的发展或发作;(vi)预防待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的复发;(vii)减少患有待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的受试者的住院治疗;(viii)减少患有待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的受试者的住院时间;(ix)增加患有待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状的受试者的存活率;(xi)抑制或减轻受试者中待治疗的疾病、病症或症状或与之相关的症状;和/或(xii)增强或改善另一种疗法的预防或治疗效果。
治疗有效量或剂量可根据各种因素而变化,例如待治疗的疾病、病症或症状、给药方式、靶位点、受试者的生理状态(包括,例如年龄、体重、健康状况)、受试者是人还是动物、施用的其他药物、以及该处理是预防还是治疗。优化滴定治疗剂量,以优化安全性和有效性。
根据具体的实施方式,配制本文所述的组合物,以使其适合向受试者施用的预期途径。例如,本文所述的组合物可以配制成适合于静脉内、皮下或肌肉内施用的形式。
如本文所用,术语“治疗”、“治疗的”和“疗法”均旨在表示改善或逆转至少一种与癌症相关的可测的生理参数,其在受试者中未必一定可辨别,但可以在受试者中辨别。术语“治疗”、“治疗的”和“疗法”还可指使得疾病、病症或症状消退、阻碍其进展、或至少减缓其进展。在具体的实施方式中,“治疗”、“治疗的”和“疗法”是指减轻,预防与疾病、病症或症状(例如肿瘤,更优选地为癌症)相关的一种或多种症状的发展或发作,或减少其持续时间。在具体的实施方式中,“治疗”、“治疗的”和“疗法”是指预防疾病、病症或症状的复发。在具体的实施方式中,“治疗”、“治疗的”和“疗法”是指增加患有疾病、病症或症状的受试者的存活率。在具体的实施方式中,“治疗”、“治疗的”和“疗法”是指治愈受试者的疾病、病症或症状。
根据特定的实施方式,提供了用于治疗癌症的组合物。对于癌症疗法,它可以与另一种疗法联合使用,所述另一种疗法包括但不限于化学疗法、抗TIM-3mAb、抗LAG-3mAb、抗CD73 mAb、抗爱帕琳肽(apelin)mAb、抗CTLA-4抗体、抗EGFR mAb、抗HER-2mAb、抗CD19 mAb、抗CD20 mAb、抗CD33 mAb、抗CD47 mAb、抗TIP-1mAb、抗CLDN18.2 mAb、抗FOLR1 mAb、抗PD-L1抗体、抗PD-1抗体、PD-1/PD-L1治疗、其他免疫肿瘤药物、抗血管生成剂、放射疗法、抗体-药物偶联物(ADC)、靶向疗法或其他抗癌药物。
如本文所用,上下文中向受试者施用两种或更多种疗法的术语“联合”是指使用多于一种的疗法。使用的术语“联合”不限制向受试者施用的治疗的顺序。例如,向受试者施用第一种疗法(例如,本文所述的组合物)可以在施用第二种疗法之前(例如,提前5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、16小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周),同时,或之后(例如,延后5分钟、15分钟、30分钟、45分钟、1小时、2小时、4小时、6小时、12小时、16小时、24小时、48小时、72小时、96小时、1周、2周、3周、4周、5周、6周、8周或12周)。
在另一个总的方面,本发明涉及一种确定受试者中DLL3水平的方法。所述方法包括(a)从受试者获得样品;(b)使样品与本发明的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段接触;和(c)测定受试者中DLL3的水平。
如本文所用,“样品”是指从受试者分离的生物样品,可以包括但不限于全血、血清、血浆、血细胞、内皮细胞、活检组织(例如,癌组织)、淋巴液、腹水、组织液、骨髓、脑脊液、唾液、粘液、痰、汗液、尿液或任何其他分泌物、排泄物或其他体液。“血液样品”是指全血或其任何部分,包括血细胞、血清和血浆。
在某些实施方式中,可以利用选自但不限于下组的方法测定受试者中DLL3的水平:蛋白质印迹分析、ELISA分析,和/或免疫组织化学(IHC)分析。相对蛋白水平可以通过蛋白质印迹分析和IHC来确定,绝对蛋白水平可以通过ELISA分析来确定。当测定DLL3的相对水平时,可以在至少两个样品之间测定的DLL3水平,例如,在不同时间点来自同一受试者的样品之间、来自同一受试者的不同组织的样品之间,和/或来自两个受试者的样品之间的DLL3的水平。可选地,当测定DLL3的绝对水平时(例如通过ELISA分析),可以通过在测试样品之前为ELISA分析建立标准来确定样品中DLL3的绝对水平。本领域技术人员将理解,利用本发明的抗体或其抗原结合片段,可使用哪种分析技术确定来自受试者的样品中的DLL3水平。
利用确定受试者样品中DLL3水平的方法,可诊断疾病中DLL3水平的异常(升高、降低或不足)并做出适当的治疗决策。此类疾病可以是但不限于癌症。另外,通过监测受试者中DLL3的水平,可以基于对特定疾病中和/或在特定疾病的进展期间DLL3水平的了解来确定发生上述疾病的风险。
实施方式
本发明还提供以下非限制性实施方式。
实施方式1是一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:25、26、27、61、62和63;
(2)分别为SEQ ID NO:28、29、30、64、65和66;
(3)分别为SEQ ID NO:31、32、33、67、68和69;
(4)分别为SEQ ID NO:34、35、36、70、71和72;
(5)分别为SEQ ID NO:37、38、39、73、74和75;
(6)分别为SEQ ID NO:40、41、42、76、77和78;
(7)分别为SEQ ID NO:43、44、45、79、80和81;
(8)分别为SEQ ID NO:46、47、48、82、83和84;
(9)分别为SEQ ID NO:49、50、51、85、86和87;
(10)分别为SEQ ID NO:52、53、54、88、89和90;
(11)分别为SEQ ID NO:55、56、57、91、92和93;或
(12)分别为SEQ ID NO:58、59、60、94、95和96;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选特异性结合人DLL3。
实施方式2是一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
(1)分别为SEQ ID NO:97、98、99、133、134和135;
(2)分别为SEQ ID NO:100、101、102、136、137和138;
(3)分别为SEQ ID NO:103、104、105、139、140和141;
(4)分别为SEQ ID NO:106、107、108、142、143和144;
(5)分别为SEQ ID NO:109、110、111、145、146和147;
(6)分别为SEQ ID NO:112、113、114、148、149和150;
(7)分别为SEQ ID NO:115、116、117、151、152和153;
(8)分别为SEQ ID NO:118、119、120、154、155和156;
(9)分别为SEQ ID NO:121、122、123、157、158和159;
(10)分别为SEQ ID NO:124、125、126、160、161和162;
(11)分别为SEQ ID NO:127、128、129、163、164和165;或
(12)分别为SEQ ID NO:130、131、132、166、167和168;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选特异性结合人DLL3。
实施方式3是实施方式1或2的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含重链可变区或轻链可变区,所述的重链可变区具有与SEQ ID NO:1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21或23至少95%同源的多肽序列,所述的轻链可变区具有与SEQ ID NO:2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22或24至少95%同源的多肽序列。
实施方案4是实施方案1-3中任一项的分离的抗DLL3单克隆抗体或抗原结合片段,包括:
(a)具有SEQ ID NO:1的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区;
(b)具有SEQ ID NO:3的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区;
(c)具有SEQ ID NO:5的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区;
(d)具有SEQ ID NO:7的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区;
(e)具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区;
(f)具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区;
(g)具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区;
(h)具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区;
(i)具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区;
(j)具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区;
(k)具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区;或
(l)具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区。
实施方式5是如实施方式1-4中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗体或其抗原结合片段是嵌合的。
实施方式6是如实施方式1-4中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗体或其抗原结合片段是人的或人源化的。
实施方式7是如实施方式6所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗体或其抗原结合片段包括:
(a)具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
(b)具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;或
(c)具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区。
实施方式8是如实施方式1-7中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其中,所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段能够诱导效应子介导的肿瘤细胞裂解。
实施方式9是一种分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其包含抗CD47单克隆抗体的人源化重链可变区和抗DLL3单克隆抗体的人源化轻链可变区,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
a.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
c.具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
d.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
e.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
f.具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
g.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
h.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
i.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;或
j.具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:174的多肽序列的轻链可变区。
实施方式10是如实施方式9所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)的结合。
实施方式11是如实施方式9所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬。
实施方式12是一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:178、179和180的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:181、182和183的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:184、185和186的多肽序列。
实施方式13是一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:187、188和189的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其具有SEQ ID NO:190、191和192的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有SEQ ID NO:193、194和195的多肽序列。
实施方式14是如实施方式12或13所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其中所述第一抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:176具有至少95%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%同一性的多肽序列的轻链可变区;并且,所述第二抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:170具有至少95%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%同一性的多肽序列的轻链可变区。
实施方式15是如实施方式12-14中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其中所述人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的SIRPα的结合。
实施方式16是如实施方式12-14中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其中所述人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用。
实施方式17是实施方案12-14中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其中所述的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段能够结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞,而与人红细胞(RBC)的结合极少至不可检测。
实施方式18是一种分离的核酸,其编码如实施方式1-17中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化的抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。
实施方式19是一种载体,其包含如实施方式18所述的分离的核酸。
实施方式20是一种宿主细胞,其包含如实施方式19所述的载体。
实施方式21是一种药物组合物,其包含如实施方式1-17中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,和药学上可接受的载体。
实施方式22是一种在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3的方法,其包括向所述有需要的受试者施用包含如实施方式1-8中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式23是一种在有需要的受试者中阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)结合的方法,其包括向所述有需要的受试者施用包含如实施方式9-11中任一项所述的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式24是一种在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬作用的方法,其包括向所述受试者施用包含如权利要求9-11中任一项所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式25是一种在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3和CD47的方法,其包括向所述有需要的受试者施用包含如实施方式12-17中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式26是一种在有需要的受试者中阻断CD47与同时表达DLL3和CD47的癌细胞上的SIRPα的结合的方法,其包括向所述有需要的受试者施用包含如实施方式12-17中任一项所述的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式27是一种在有需要的受试者中诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用的方法,其包括向所述受试者施用包含如实施方式12-17中任一项所述的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式28是一种在有需要的受试者中结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞而与人红细胞(RBC)的结合极少至无法检测到的方法,其包括向所述有需要的受试者施用包含如实施方式12-17中任一项所述的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
实施方式29是一种在有需要的受试者中治疗癌症的方法,其包括向所述有需要的受试者施用如实施方式21所述的药物组合物。
实施方式30是如实施方式29所述的方法,其中所述癌症选自下组:肺癌(例如小细胞肺癌(SCLC))、大细胞神经内分泌癌(LCNEC)、胃癌、结肠癌、肝细胞癌、肾细胞癌、膀胱尿路上皮癌、转移性黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、胰腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤,和其他实体瘤,以及非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓性白血病(AML),和其他液体肿瘤。
实施方式31是一种产生如实施方式1-17中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段的方法,其包括在产生所述抗体或其抗原结合片段的条件下,培养包含编码所述抗体或其抗原结合片段的核酸的细胞,并从所述细胞或培养物中回收所述抗体或其抗原结合片段。
实施方式32是一种制备包含如实施方式1-17中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物的方法,其包括将所述抗体或其抗原结合片段与药学上可接受的载体组合,以获得所述药物组合物。
实施方式33是一种确定受试者中DLL3水平的方法,所述方法包括:
a.获得一来自受试者的样品;
b.使所述样品与如实施方式1-8中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段接触;和
c.确定受试者中DLL3的水平。
实施方式34是如实施方式33所述的方法,其中所述样品是组织样品。
实施方式35是如实施方式34所述的方法,其中所述组织样品是癌组织样品。
实施方式36是如实施方式33所述的方法,其中所述样品是血液样品。
实施例
实施例1:抗DLL3单克隆抗体的鉴定
用重组FLAG-huDLL3(Adipogen,Cat#:AG40B-0151)免疫小鼠,其是一种在N端带有FLAG标签的人DLL3胞外结构域(ECD)的融合蛋白。血浆滴度通过ELISA确定。安乐死处理后,收集脾脏和淋巴结以产生杂交瘤。使杂交瘤在384孔组织培养板中生长,并使用FLAG-huDLL3进行ELISA分析、使用HEK293-huDLL3和HEK293-cyDLL3的稳定库进行FACS分析,以及使用FLAG-huDLL3进行Octet解离率分析(Octet off-rate analysis),筛选各个孔的上清液,分离最阳性的克隆并测序。
表1和表2分别提供了抗DLL3单克隆抗体的重链和轻链可变区的序列,表3-6中提供了抗DLL3单克隆抗体的CDR区。
表1:抗DLL3 mAb的重链可变区序列
VH:重链可变区
表2:抗DLL3 mAb的轻链可变区序列
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VL:轻链可变区
表3:抗DLL3 mAb的重链CDR1-3
HC:重链;CDR:互补决定区
使用IMGT方法确定了抗DLL3 mAb的HC CDR(Lefranc,M.-P.等,核酸研究,1999;27:209-212)。
表4:抗DLL3 mAb的轻链CDR1-3
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LC:轻链;CDR:互补决定区
使用IMGT方法确定了抗DLL3 mAb的LC CDR(Lefranc,M.-P.等,核酸研究,1999;27:209-212)。
表5:抗DLL3 mAb的重链CDR1-3
HC:重链;CDR:互补决定区
使用Kabat方法确定抗DLL3 mAb的HC CDR(Elvin A.Kabat等,具有免疫学意义的蛋白质序列,第五版(1991))。
表6:抗DLL3 mAb的轻链CDR1-3
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LC:轻链;CDR:互补决定区
使用Kabat方法确定抗DLL3 mAb的LC CDR(Elvin A.Kabat等,具有免疫学意义的蛋白质序列,第五版(1991))。
实施例2:从转染细胞的培养基中生产和纯化嵌合mAb
为了获得重组的抗DLL3嵌合mAb,分别将人IgG1重链和κ轻链的恒定区与小鼠可变区(VH和VL)融合,将包含前述融合的小鼠可变区(VH和VL)的表达载体瞬时转染到293E、ExpiCHO-S,或Expi293F细胞中。这些细胞的悬浮液中产生的重组抗体使用蛋白A亲和色谱法进行纯化。
实施例3:纯化的嵌合抗体的ELISA结合分析
在室温下,将碳酸盐包被缓冲液中的FLAG-huDLL3(50μL/孔,0.25μg/mL)在ELISA板上包被1小时。洗涤后,在室温下,将ELISA板在含5%BSA的TBST中封闭1小时,然后再次洗涤。加入抗DLL3 mAb,混合,并在室温下孵育1小时。洗涤板,在含5%BSA的TBST中,通过添加二抗(与辣根过氧化物酶(hIgG-HRP)偶联的抗人IgG,赛默飞世尔科技,Cat#:H10007)来检测抗DLL3 mAb与固定的FLAG-huDLL3的结合,孵育1小时,然后洗涤平板。使用一步检测溶液(One-step Detection Solution,赛默飞世尔科技,Cat#:34028)进行ELISA,并测量450nm处的吸光度。将不与DLL3交叉反应的同种型对照IgG1 mAb用作阴性对照,以确保测定特异性。嵌合抗DLL3 mAb的结合结果在图1A-1C中提供。
实施例4:嵌合抗DLL3 mAb的FACS分析
在FACS测定中使用稳定表达人DLL3的HEK293细胞系(HEK-huDLL3)。将细胞(在96孔板上每孔100,000个细胞)与不同浓度(例如666.67nM、333.33nM或66.67nM)的纯化的mAb溶液或含有0.05%叠氮化钠和0.1%BSA的汉克斯平衡盐溶液(HBSS)中的同种型对照一起孵育。使用Alexa Fluor 488偶联的抗人IgG二抗(赛默飞世尔,Cat#:H10120),通过FACS(Attune NxT;赛默飞世尔,加利福尼亚州卡尔斯巴德市)检测HEK293-huDLL3细胞上是否存在mAb。FACS结合分析的结果在图2A-2C中提供。
实施例5:抗DLL3 mAb的人源化
小鼠抗DLL3 13P9A被人源化,以降低用于人类患者时的免疫原性。将重链和轻链可变区(VH和VL)的序列与蛋白质数据库(PDB)中的人抗体序列进行比较,并建立同源性模型。将小鼠mAb的重链和轻链中的CDR移植到人框架区中,该框架区最有可能维持抗原结合所需的适当结构。在必要时,设计了从人残基到小鼠残基的反向突变或其他突变。表7和表8显示了人源化的VH和VL区的序列。人源化的VH和VL区分别与人IgG4重链和κ轻链的恒定区融合。从瞬时转染的293E细胞中纯化抗体,并使用ELISA分析其在板上结合重组人FLAG-huDLL3的能力。表9提供了人源化mAb与DLL3结合的EC50值。
表7:抗DLL3 mAb 13P9A的人源化重链可变区序列
表8:抗DLL3 mAb 13P9A的人源化轻链可变区序列
表9:ELISA分析的人源化抗DLL3 mAb与DLL3结合的EC50值
mAb ID | EC50(nM) |
H1L1 | 0.13 |
H1L2 | 0.12 |
H1L3 | 0.15 |
H1L1是指具有H1重链可变区和L1轻链可变区的mAb;表中所有其他人源化mAb均采用相同的命名规则。
通过流式细胞术分析人源化抗DLL3 mAb H1L2结合细胞表面DLL3的能力。据报道,SHP-77细胞表达DLL3(Barretina等,Nature 483(7391):603-7(2012)),因此被用于测定中。将SHP-77(ATCC#CRL-2195)细胞(在96孔板上每孔14,000个细胞)与不同浓度的纯化的mAb溶液或含有0.05%叠氮化钠和0.1%BSA的汉克斯平衡盐溶液(HBSS)中的同种型对照一起孵育。使用PE-Cy7偶联的抗人IgG二抗,通过FACS(Attune NxT;赛默飞世尔,加利福尼亚州卡尔斯巴德市)检测SHP-77细胞上是否存在mAb。FACS结合分析的结果在图3中提供。
实施例6:使用抗CD47 mAb的人源化重链可变区和抗DLL3 mAb的人源化轻链可变区组装抗CD47 mAb
为了评估表8中抗DLL3 mAb的人源化轻链可变区(VL)是否可以与抗CD47mAb17C6A(在国际专利申请PCT/US18/44384中进行了描述)的重链可变区(VH)形成mAb,将表10中提供的17C6A VH区的人源化序列用于抗体表达。将表8中的抗DLL3mAb的人源化VL区和表10中17C6A的人源化VH区分别融合至人κ轻链和IgG4重链的恒定区,并在293E细胞或ExpiCHO-S细胞中表达mAb。293E细胞或ExpiCHO-S细胞的悬浮液中产生的重组抗体使用蛋白A亲和色谱法进行纯化。
通过以下ELISA分析方法分析纯化的mAb与CD47胞外域(CD47(ECD))结合的能力:在室温下,将碳酸盐包被缓冲液(50μL/孔,1μg/mL)中的人CD47(ECD)(AcroBio,Cat#:CD7-HA2E9-50μg)在96孔ELISA板上包被1小时。洗涤后,将板在室温于含有5%BSA的TBST中封闭1小时,然后再次洗涤。在板的每个孔中,以50μL/孔添加各种浓度的抗体,并在室温下孵育1小时。洗涤板并通过与辣根过氧化物酶(hIgG-HRP)偶联的抗人IgG(赛默飞世尔科技,Cat#:H10007)室温孵育60分钟来检测抗抗体与固定的CD47的结合,然后洗涤平板。洗涤后,使用一步检测溶液(One-step Detection Solution,赛默飞世尔科技,Cat#:34028)进行ELISA,并测量450nm处的吸光度。结合的EC50值显示在表11中。这些数据表明,人源化的抗DLL3轻链可以与17C6A的人源化重链配对,形成对CD47具有强亲和力的mAb。
表10:抗CD47 mAb的人源化重链可变区序列
表11:ELISA分析中人源化抗CD47 mAb与CD47结合的EC50值
mAb ID | EC50(nM) |
KH1L1 | 1.17 |
KH1L2 | 0.64 |
KH1L3 | 0.76 |
KH2L1 | 0.19 |
KH2L2 | 0.18 |
KH2L3 | 0.09 |
KH3L1 | 0.09 |
KH3L2 | 0.08 |
KH3L3 | 0.18 |
KH3L4 | 0.08 |
KH1L1是指具有KH1重链可变区和L1轻链可变区的mAb;表中所有其他人源化mAb均采用相同的命名规则。
实施例7:具有共同轻链的双特异性抗体的表达和纯化
如上所述,在小细胞肺癌(SCLC)和大细胞神经内分泌癌(LCNEC)肿瘤细胞的表面上可检测到DLL3(Saunders等,Sci Transl Med 7(302):302ra136(2015)和Sharma等,Cancer Res 77(14):3931-41(2017))。此外,介导“不要吃我”信号的CD47在许多肿瘤(如SCLC)中过表达(Weiskopf等,J Clin Invest 126(7):2610–2620(2016))。具有一条臂与CD47结合且另一条臂与DLL3结合的双特异性抗体(称为抗CD47/DLL3双特异性抗体)可用于选择性靶向表达两种抗原的细胞。与任一臂相比,由于亲和力的存在,双特异性抗体与同一细胞上的两种抗原结合可导致亲和力增加。由于亲和力的减少,预期双特异性抗体对仅表达CD47(但不表达DLL3)的细胞具有较弱的活性。这有助于避免以双特异性抗体靶向表达特定CD47水平的正常细胞,并增加其安全性和/或耐受性。抗CD47/DLL3双特异性抗体可以选择性地阻断同时表达CD47和DLL3的细胞上的CD47/SIRPα相互作用,并激活针对该细胞(例如癌细胞)的先天免疫系统。因此,抗CD47/DLL3双特异性抗体可以是SCLC、LCNEC和其他在细胞表面表达显著水平的CD47和DLL3的肿瘤的有效疗法。
用表7中的人源化重链可变区H1、表10中的人源化重链可变区KH2和表8中的人源化轻链可变区L2构建了抗CD47和DLL3双特异性抗体。表12和表13提供了双特异性mAb KH2/H1/L2的CDR区。双特异性抗体的VH和VL区分别与IgG1重链和κ轻链的恒定区融合。含有KH2的HC具有T366W突变以形成“杵”,而含有H1的HC具有T366S、L368A和Y407V突变以形成“臼”,因此两条重链更易通过异二聚体HC(KH2/H1)形成双特异性抗体,而不是同二聚体HC(KH2/KH2或H1/H1)。对所获得的的双特异性抗体(KH2/H1/L2,称为BA1)进行进一步的修饰,在抗CD47HC(KH2)上引入S354C半胱氨酸突变并在抗DLL3 HC(H1)上引入Y349C半胱氨酸突变来稳定重链KH2和H1的异二聚体配对(Merchant等,Nat.Biotechnol.16(7):677-81(1998))。所得的双特异性抗体称为BA1(C)。BA1的可变区也与BA1(C)中具有相同半胱氨酸突变的IgG4框架区融合,以产生称为BA4(C)的双特异性抗体。同一细胞中同时表达两个重链和轻链,从而得到所需双特异性抗体的表达和组装,所述双特异性抗体包含抗CD47臂和抗DLL3臂。使用不同比例的重链DNA来优化表达。在ExpiCHO-S细胞的悬浮液中产生双特异性抗体,并使用蛋白A亲和离子交换色谱法进行纯化。
表12:双特异性抗体的重链和共同轻链的CDR1-3
CDR1(SEQ ID NO:) | CDR2(SEQ ID NO:) | CDR3(SEQ ID NO:) | |
KH2 | GYTFTSYW(178) | IDPSDSET(179) | AGTDLAY(180) |
H1 | GYTFTSYV(181) | INPYNDAT(182) | ARGGYDYDGDY(183) |
L2 | QNINVW(184) | KAS(185) | QQGQSYPFT(186) |
使用IMGT方法确定CDR。
表13:双特异性抗体的重链和共同轻链的CDR1-3
CDR1(SEQ ID NO:) | CDR2(SEQ ID NO:) | CDR3(SEQ ID NO:) | |
KH2 | SYWMH(187) | NIDPSDSETHYAQKFQG(188) | TDLAY(189) |
H1 | SYVMH(190) | YINPYNDATKYARKFQG(191) | GGYDYDGDY(192) |
L2 | HASQNINVWLS(193) | KASNLHT(194) | QQGQSYPFT(195) |
HC和LC CDR使用Kabat方法确定。
实施例8:双特异性抗体的表征
在桥接ELISA分析中分析了纯化的双特异性抗体,以证明双特异性抗体可以同时结合两种抗原。在室温下,将碳酸盐包被缓冲液中的FLAG-huDLL3(50μL/孔,0.25g/mL)在96孔ELISA板上包被1小时。在室温下,用含有5%BSA的TBST封闭该板1小时。在该板的每个孔中,添加双特异性mAb(50μL/孔,各种浓度)并在室温下孵育1小时。洗涤后,将生物素化的人CD47胞外域(ECD)(AcroBio,Cat#:CD7-H82E9)添加到每个孔中(50μL/孔,0.05μg/mL),并在室温下孵育60分钟。洗涤板,并通过添加辣根过氧化物酶偶联的链霉亲和素(JIR,Cat#:016-030-084)并在室温下孵育60分钟,测定生物素化的CD47与固定的双特异性抗体的结合。洗涤后,使用一步检测溶液(One-step Detection Solution,赛默飞世尔科技,Cat#:34028)进行ELISA,并检测450nm处的吸光度。图4A中提供了双特异性抗体BA1和BA1(C)的桥接ELISA测定的结果;图4B中提供了BA4(C)的桥接ELISA测定的结果。
用ELISA法分析了双特异性抗体结合固定在常规或镀镍板上的CD47(ECD)或DLL3(ECD)-6His(R&D,Cat#:9749-DL-050)的能力。图5中提供了针对双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4C的CD47结合测定的结果(CD47(ECD)被包被在普通板上)。IgG4框架上的抗CD47亲本mAb KH2L2(在图中标记为抗CD47亲本mAb)被用作对照。图6A中提供了针对双特异性抗体BA1和BA1(C)的DLL3结合测定的结果(DLL3(ECD)-6His被包被在普通板上);图6B中提供了针对BA4(C)的DLL3结合测定的结果(DLL3(ECD)-6His被固定在镀镍板上)。IgG4框架上的抗DLL3亲本mAb H1L2(在图中标记为抗DLL3亲本mAb)被用作对照。图5的结果表明具有一个抗CD47臂的双特异性抗体能够结合CD47,但是比具有两个抗CD47臂的亲本mAb KH2L2具有更低的亲和力(图5)。类似地,图6A和图6B中的结果证明,与具有两个抗DLL3臂的亲本抗DLL3mAb H1L2相比,具有一个抗DLL3臂的双特异性抗体与DLL3的结合较弱。
当将CD47(ECD)和DLL3(ECD)-6His同时固定在同一平板上时(两种抗原均为20nM,50μL/孔),分析了双特异性抗体结合CD47(ECD)和DLL3(ECD)-6His的能力。图7中提供了针对双特异性抗体BA1、BA1(C)和BA4(C)的CD47/DLL3结合测定的结果。
还在ELISA测定中分析了双特异性抗体阻断CD47/SIRPα相互作用的能力。将以1μg/mL在碳酸盐包被缓冲液中的人CD47(ECD)(AcroBio,Cat#:CD7-HA2E9-50ug)于4℃在96孔板(50μL/孔)上包被过夜。在室温下,用含有5%BSA的TBST封闭该板1小时。将各种浓度的双特异性和亲本mAb加入板中,并在室温下孵育30分钟。融合于小鼠Fc的SIRPα胞外域(ECD)(AcroBio,Cat#:SIA-H52A8-100ug)添加到每个孔中(50μL/孔,1μg/mL),并在室温下孵育1小时。洗涤板并通过与辣根过氧化物酶(mIgG-HRP)偶联的抗人IgG(赛默飞世尔科技,Cat#:A16084)室温孵育1小时来检测SIRPα与固定的CD47的结合。洗涤后,使用一步检测溶液(One-step Detection Solution,赛默飞世尔科技,Cat#:34028)进行ELISA,并测量450nm处的吸光度。与来自ELISA的CD47结合测定的数据一致,在这种情况下,双特异性Ab阻断CD47/SIRPα相互作用的能力有所降低(图8A)。当CD47(ECD)和DLL3(ECD)-6His同时以2:1的CD47:DLL3比例固定在同一板上时(50μL/孔,CD47为40nM,DLL3为20nM),也进行了测定,将其在室温下固定1小时,并且用含有5%BSA的DPBS封闭板。在这种条件下,与抗CD47亲本mAb相比,双特异性Ab具有相似的阻断CD47/SIRPα相互作用的能力(图8B),这表明每个双特异性Ab的抗DLL3臂与板上固定的DLL3的结合有助于阻断CD47/SIRPα相互作用。
分析了双特异性抗体与没有可检测的DLL3表达的Raji细胞结合的能力。将Raji细胞(在96孔板上每孔14,000个细胞)与不同浓度的纯化的mAb溶液或含有0.05%叠氮化钠和0.1%BSA的汉克斯平衡盐溶液(HBSS)中的同种型对照一起在室温孵育30分钟。孵育后,将板用相同缓冲液洗涤3次。使用PE-Cy7偶联的抗人IgG二抗,通过FACS(Attune NxT;赛默飞世尔,加利福尼亚州卡尔斯巴德市)检测Raji细胞上是否存在mAb。FACS结合分析的结果在图9中提供。
在存在或不存在竞争性F(ab’)2(抗DLL3亲本F(ab’)2(试验中的最终浓度为25μM)和抗CD47亲本F(ab’)2(试验中的最终浓度为10μM))之一的情况下,测试了双特异性mAbBA1(C)和两个亲本对照mAb与SHP-77细胞的结合。根据说明使用固定的胃蛋白酶(赛默飞世尔,Cat:#20343)从mAb产生F(ab’)2并进行纯化。结合分析的结果在图10中提供。两种F(ab’)2对BA1(C)与SHP-77细胞的结合的抑制,表明双特异性抗体的抗CD47和抗DLL3臂均有助于其与SHP-77细胞的结合。
测试了双特异性抗体与人和猕猴红细胞(RBC)结合的能力。将14,000个RBC重新悬浮在20μL含有稀释的mAb的FACS缓冲液(含0.1%BSA和0.05%叠氮化钠的1×HBSS(赛默飞世尔科技,Cat#:14175079))中,并在室温下孵育30分钟。孵育后,将板用FACS缓冲液洗涤3次,并将细胞重悬于PE-Cy7偶联的抗人IgG-Fc二抗(BioLegend,Cat#:409316),并避光于室温孵育15分钟。将板用FACS缓冲液洗涤两次。将细胞重悬并转移至384孔板中,以使用Attune NxT流式细胞仪进行分析。图11A-11C显示了以下mAb浓度的双特异性抗体与人红细胞(RBC)的结合:1,600nM(图11A)、533nM(图11B)和178nM(图11C)。抗CD47和抗DLL3亲本抗体以及IgG1和IgG4同种型用作对照。
本领域技术人员将意识到,可以在不脱离本发明的广泛发明构思的情况下对上述实施例进行改变。因此,应当理解,本发明不限于所公开的特定实施例,而是旨在涵盖在本说明书所限定的本发明的精神和范围内的修改。
Claims (22)
1.一种分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3、轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其具有以下多肽序列:
a.分别为SEQ ID NO:25、26、27、61、62和63;或分别为SEQ ID NO:97、98、99、133、134和135;
b.分别为SEQ ID NO:28、29、30、64、65和66;或分别为SEQ ID NO:100、101、102、136、137和138;
c.分别为SEQ ID NO:31、32、33、67、68和69;或分别为SEQ ID NO:103、104、105、139、140和141;
d.分别为SEQ ID NO:34、35、36、70、71和72;或分别为SEQ ID NO:106、107、108、142、143和144;
e.分别为SEQ ID NO:37、38、39、73、74和75;或分别为SEQ ID NO:109、110、111、145、146和147;
f.分别为SEQ ID NO:40、41、42、76、77和78;或分别为SEQ ID NO:112、113、114、148、149和150;
g.分别为SEQ ID NO:43、44、45、79、80和81;或分别为SEQ ID NO:115、116、117、151、152和153;
h.分别为SEQ ID NO:46、47、48、82、83和84;或分别为SEQ ID NO:118、119、120、154、155和156;
i.分别为SEQ ID NO:49、50、51、85、86和87;或分别为SEQ ID NO:121、122、123、157、158和159;
j.分别为SEQ ID NO:52、53、54、88、89和90;或分别为SEQ ID NO:124、125、126、160、161和162;
k.分别为SEQ ID NO:55、56、57、91、92和93;或分别为SEQ ID NO:127、128、129、163、164和165;或
l.分别为SEQ ID NO:58、59、60、94、95和96;或分别为SEQ ID NO:130、131、132、166、167和168;
其中,所述抗体或其抗原结合片段特异性结合DLL3,优选人DLL3。
2.如权利要求1所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包含重链可变区或轻链可变区,所述的重链可变区具有与SEQ ID NO:170、1、3、5、7、9、11、13、15、17、19、21或23至少95%同源的多肽序列,所述的轻链可变区具有与SEQ ID NO:172、2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、171或173至少95%同源的多肽序列。
3.如权利要求1或2所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包括:
a.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
b.具有SEQ ID NO:1的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:2的多肽序列的轻链可变区;
c.具有SEQ ID NO:3的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:4的多肽序列的轻链可变区;
d.具有SEQ ID NO:5的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:6的多肽序列的轻链可变区;
e.具有SEQ ID NO:7的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:8的多肽序列的轻链可变区;
f.具有SEQ ID NO:9的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:10的多肽序列的轻链可变区;
g.具有SEQ ID NO:11的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:12的多肽序列的轻链可变区;
h.具有SEQ ID NO:13的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:14的多肽序列的轻链可变区;
i.具有SEQ ID NO:15的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:16的多肽序列的轻链可变区;
j.具有SEQ ID NO:17的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:18的多肽序列的轻链可变区;
k.具有SEQ ID NO:19的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:20的多肽序列的轻链可变区;
l.具有SEQ ID NO:21的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:22的多肽序列的轻链可变区;
m.具有SEQ ID NO:23的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:24的多肽序列的轻链可变区;
n.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;或
o.具有SEQ ID NO:170的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区。
4.如权利要求1-3中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,所述抗体或其抗原结合片段是嵌合的或人的或人源化的。
5.如权利要求1-4中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,所述单克隆抗体或其抗原结合片段能够诱导效应子介导的肿瘤细胞裂解、介导偶联药物的募集,和/或与具有抗癌作用的另一种单克隆抗体或抗原结合片段形成双特异性抗体。
6.一种分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包含抗CD47单克隆抗体的人源化重链可变区和抗DLL3单克隆抗体的人源化轻链可变区,其中所述抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段包括:
(a)具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
(b)具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
(c)具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
(d)具有SEQ ID NO:175的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
(e)具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
(f)具有SEQ ID NO:176的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;
(g)具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:171的多肽序列的轻链可变区;
(h)具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:172的多肽序列的轻链可变区;
(i)具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:173的多肽序列的轻链可变区;或
(j)具有SEQ ID NO:177的多肽序列的重链可变区和具有SEQ ID NO:174的多肽序列的轻链可变区。
7.如权利要求6所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,其特征在于,所述抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与SIRPα的结合,或能够诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬。
8.一种双特异性抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包含权利要求1-7中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段或抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段。
9.一种分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其特征在于,包含特异性结合CD47,优选人CD47的第一抗原结合结构域,和特异性结合DLL3,优选人DLL3的第二抗原结合结构域,其中,所述第一抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其分别具有SEQ ID NO:178、179和180的多肽序列或分别具有SEQ ID NO:187、188和189的多肽序列;所述第二抗原结合结构域包含重链互补决定区1(HCDR1)、HCDR2、HCDR3,其分别具有SEQ ID NO:181、182和183的多肽序列或分别具有SEQ ID NO:190、191和192的多肽序列;并且所述第一抗原结合结构域和所述第二抗原结合结构域分别包含轻链互补决定区1(LCDR1)、LCDR2和LCDR3,其分别具有SEQ ID NO:184、185和186的多肽序列或分别具有SEQ ID NO:193、194和195的多肽序列。
10.如权利要求9所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其特征在于,所述第一抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:176具有至少95%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%同一性的多肽序列的轻链可变区;并且,所述第二抗原结合结构域包含含有与SEQ ID NO:170具有至少95%同一性的多肽序列的重链可变区,和含有与SEQ ID NO:172具有至少95%同一性的多肽序列的轻链可变区。
11.如权利要求9或10中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,其特征在于,所述抗体或其抗原结合片段能够阻断CD47与同时表达CD47和DLL3的癌细胞上的SIRPα的结合、能够诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用,或能够结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞,而与人红细胞的结合极少至不可检测。
12.一种分离的核酸,其特征在于,编码如权利要求1-11中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段。
13.一种载体,其特征在于,所述载体包含如权利要求12所述的分离的核酸。
14.一种宿主细胞,其特征在于,包含如权利要求13所述的载体。
15.一种药物组合物,其特征在于,包含如权利要求1-11中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段,或分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段,和药学上可接受的载体。
16.一种在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3的方法,其特征在于,包括向所述有需要的受试者施用包含如权利要求1-5中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段,或如权利要求8所述的双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
17.一种在有需要的受试者中阻断CD47与信号调节蛋白α(SIRPα)结合或诱导巨噬细胞介导的癌细胞吞噬作用的方法,其特征在于,包括向所述有需要的受试者施用包含如权利要求6或7中任一项所述的分离的抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段,或如权利要求8所述的双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
18.一种在有需要的受试者中靶向癌细胞表面的DLL3和CD47、阻断CD47与同时表达CD47和DLL3的癌细胞上的SIRPα结合、诱导巨噬细胞介导的对同时表达DLL3和CD47的癌细胞的吞噬作用,或结合同时表达DLL3和CD47的癌细胞而与人红细胞的结合极少至无法检测到的方法,其特征在于,包括向所述有需要的受试者施用包含如权利要求9-11中任一项所述的分离的人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物。
19.一种在有需要的受试者中治疗癌症的方法,其特征在于,包括向所述受试者施用如权利要求15所述的药物组合物,所述癌症选自下组:肺癌(例如小细胞肺癌(SCLC))、大细胞神经内分泌癌(LCNEC)、胃癌、结肠癌、肝细胞癌、肾细胞癌、膀胱尿路上皮癌、转移性黑素瘤、乳腺癌、卵巢癌、宫颈癌、头颈癌、胰腺癌、神经胶质瘤、成胶质细胞瘤,和其他实体瘤,以及非霍奇金淋巴瘤(NHL)、急性淋巴细胞性白血病(ALL)、慢性淋巴细胞性白血病(CLL)、慢性骨髓性白血病(CML)、多发性骨髓瘤(MM)、急性髓性白血病(AML),和其他液体肿瘤。
20.一种产生如权利要求1-11中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或抗原结合片段的方法,其特征在于,包括在产生所述抗体或其抗原结合片段的条件下,培养包含编码所述抗体或其抗原结合片段的核酸的细胞,并从所述细胞或培养物中回收所述抗体或其抗原结合片段。
21.一种制备包含如权利要求1-11中任一项所述的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段、抗CD47单克隆抗体或其抗原结合片段、双特异性抗体或其抗原结合片段,或人源化抗CD47/DLL3双特异性抗体或其抗原结合片段的药物组合物的方法,其特征在于,包括将所述抗体或其抗原结合片段与药学上可接受的载体组合,以获得所述药物组合物。
22.一种确定受试者中DLL3水平的方法,其特征在于,所述方法包括:
a.获得一来自受试者的样品;
b.使所述样品与如权利要求1-5中任一项所述的分离的抗DLL3单克隆抗体或其抗原结合片段接触;和
c.确定受试者中DLL3的水平;
任选地,所述样品是组织样品或血液样品,其中组织样品任选地是癌组织样品。
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