CN117363741A - 猪gpx3基因5’utr内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了猪GPX3基因5’UTR内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记及其应用，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且在SEQ ID NO:1所示序列第172碱基处存在一个T/C多态性位点，所述猪胴体和肉质性状包括猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量。本发明利用PCR和测序技术，发现一个位于GPX3基因上游‑915bp处的多态性位点，且此多态性位点与猪多个胴体和肉质性状显著相关，故可作为遗传标记用于辅助选择目标性状的种猪，提高育种效率。
Description
技术领域
本发明属于家畜遗传标记筛选技术领域，具体涉及一种猪GPX3基因5’UTR内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记及其应用。
背景技术
猪肉是全球最常见和广泛消费的肉类之一，它是重要的食物来源，提供了丰富的蛋白质和营养。猪胴体和肉质性状是重要经济性状，直接影响着生猪养殖的经济效益。猪的胴体和肉质性状不能活体测量，而屠宰测定成本高，难以用常规育种技术进行遗传改良。目前对于影响胴体和肉质性状的功能基因解析不够，可应用于遗传育种的分子标记偏少，因此，寻找控制猪胴体和肉质性状的关键分子遗传标记，并将其应用于分子标记辅助育种，对于提高猪肉的胴体品质、增加经济效益具有重要意义。
GPX3(glutathione peroxidase 3，谷胱甘肽过氧化物酶)是一种重要的抗氧化酶，它在维持细胞内氧化还原平衡方面发挥着重要的作用。氧化应激是一种细胞内产生的不平衡状态，导致细胞内的氧化物增加，从而引发各种疾病的发生和发展。GPX3通过催化还原反应将氧化物还原为无害的物质，从而减轻细胞内的氧化应激。GPX3在心血管疾病的发生和发展中起着关键的作用，例如GPX3的缺乏与动脉粥样硬化的进展和血栓形成的风险增加密切相关。GPX3还与肿瘤的发生和发展密切相关，它通过抑制肿瘤细胞的生长和增殖，减少肿瘤的侵袭和转移。还有研究表明GPX3在神经细胞的保护和修复中发挥着重要作用，通过减轻氧化应激和抑制炎症反应，保护神经细胞免受损伤和死亡。在湖羊和牦牛中发现GPX3基因表达水平与睾丸发育及精子抗氧化过程有关；在藏鸡中发现GPX3基因与免疫机制相关。
目前，GPX3基因在猪中的研究报道较少，尤其是其对猪胴体和肉质性状方面的研究还鲜有报道。
发明内容
在发明人的前期研究中，利用基因组重测序技术对比分析了猪肌内脂肪含量存在极端差异个体基因组变异差异情况，发现GPX3基因5’UTR区域存在与肌内脂肪含量(IMF)显著相关的突变，因此发明人扩增了猪GPX3基因5’UTR区域的部分核苷酸序列，并利用该序列进行了遗传变异位点的筛选鉴定及与猪胴体和肉质性状进行关联分析，以期获得与猪胴体和肉质性状相关的新分子育种标记。
本发明的技术方案具体如下：
本发明第一方面提供了一种猪GPX3基因5’UTR内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且在SEQ ID NO:1所示序列第172碱基处存在一个T/C多态性位点，所述猪胴体和肉质性状包括猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量。
本发明获取的单碱基突变位点(即所述T/C多态性位点)位于GPX3基因的5’UTR序列中，具体在GPX3基因上游-915bp处，记为猪GPX3基因g.-915T>C突变。
本发明第二方面提供了一种检测猪胴体和肉质性状的试剂盒，该试剂盒中包括用于检测所述单碱基突变位点的引物。可以理解的是，所述引物可以是基于引物扩增受阻突变技术设计的直接检测单碱基突变位点多态性的引物，也可以是扩增包含该单碱基突变位点在内的目标序列(如SEQ ID NO:1所示序列)的引物。
在本发明的一实施例中，所述引物的序列如SEQ ID NO.2～3所示。
本发明第三方面提供了所述分子标记或所述试剂盒在检测或鉴定猪胴体和肉质性状中的应用，其中所述猪胴体和肉质性状包括猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量等。
在上述应用中，通过检测待测猪只在猪GPX3基因g.-915T>C突变处的基因型，具体为：TT基因型个体肌肉色值L1和肌内脂肪含量显著高于TC基因型个体，TT基因型个体瘦肉率、眼肌面积和系水力显著低于TC基因型个体。
优选地，在上述应用中，所述待测猪只为硒都黑猪。
本发明第四方面提供了所述分子标记或所述试剂盒在猪育种中的应用。本发明的实验数据表明，GPX3基因g.-915T>C突变显著影响了猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量这5个胴体和肉质性状，且不同性状优势等位基因有所差异。因此，在育种应用中可以结合主选性状的育种目标，合理利用GPX3基因g.-915T>C突变进行猪群的分子标记辅助选择。
本发明第五方面提供了一种检测或鉴定猪胴体和肉质性状的方法，具体为：以猪基因组DNA为模板，PCR扩增包含GPX3基因g.-915T>C突变的目标片段，测序后进行基因型分型。
优选地，在上述方法中，采用序列如SEQ ID NO.2～3所示的引物进行PCR扩增。
更优选地，所述PCR扩增的体系包括100ng模板DNA、10×buffer(含Mg2+)4μL、上下游引物各0.5μM、2.5μM dNTPs、1U TaqDNA聚合酶、ddH2O补至50μL；且所述PCR扩增的运行程序为：95℃预热2min；94℃变性20s，63℃退火40s，72℃延伸60s，共35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
相比于现有技术，本发明的有益效果在于：
本发明利用现有的PCR和测序技术，发现在GPX3基因上游-915bp处存在一个T>C碱基突变(即等位基因突变)，且此多态位点与猪多个胴体和肉质性状显著相关。可见，本发明为猪胴体和肉质性状的遗传标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记，对猪胴体和肉质性状的研究有积极作用。
附图说明
图1为本发明实施例中获取与猪胴体和肉质性状相关的遗传标记的技术流程图；
图2为本发明实施例中猪GPX3基因5’UTR序列PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图，图中泳道M是DL5000 DNA Marker，泳道1、2是扩增第172碱基分别为T和C的SEQ ID NO:1特异基因片段；
图3为本发明实施例中猪GPX3基因-915T>C突变的测序图谱；
图4为本发明提供的如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的直观图，图中加粗带框字母代表存在碱基突变处，突变位置位于该序列的第172碱基处，带下划线的序列代表引物位置。
具体实施方式
为了更好地理解本发明，下面结合具体实施例及其附图进一步阐明本发明的内容。应当理解的是，此处所描述的具体实施例仅用于说明和解释本发明，并不用于限制本发明。
若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册，或按照制造厂商说明书建议的条件。所用试剂和材料，若无特殊说明，均可从商业途径获得。
实施例1猪GPX3基因片段的获得及多态性检测方法的建立
本发明的试验猪品种为硒都黑猪，样本来源于湖北华健硒园农牧科技有限公司。硒都黑猪是以恩施黑猪、梅山猪、湖北白猪等为基础，由湖北省农业科学院畜牧兽医研究所、湖北天之力优质猪育种有限公司等单位历经12年培育而成的黑猪新品种。参照图1，本例获取了一个变异位点，具体过程如下：
(1)猪基因组DNA的提取。
猪基因组DNA的提取采用北京百泰克生物技术有限公司生产的基因组DNA试剂盒(按该试剂盒说明书进行操作)提取，具体步骤如下所述：
①采取猪背最长肌组织，放入2mL的离心管中，加入200μL裂解液TL，用枪头吹打均匀；
②加入20μL蛋白酶K(20mg/ml)，剧烈颠倒充分混匀，55℃水浴锅中消化过夜；
③加入200μL结合液CB(该试剂盒自带)，充分颠倒混匀，70℃放置10min；
④冷却后加入100μL异丙醇，剧烈颠倒充分混匀；
⑤用1mL的枪头吸取上述混合物，加入吸附柱AC中，10000rpm离心30s，倒掉收集管中的废液；
⑥加入500μL抑制物去除液IR(该试剂盒自带)，12000rpm离心30s，弃废液；
⑦加入700μL漂洗液WB(该试剂盒自带)，12000rpm离心30s，倒掉废液；
⑧重复操作步骤7；
⑨将吸附柱AC放回收集管中，12000rpm离心2min，尽量去除漂洗液，以免残留的乙醇抑制下游反应；
⑩取出吸附柱AC，放入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位加50-100μL洗脱缓冲液EB(该试剂盒自带)，室温放置3-5min，12000rpm离心1min，将溶液收集到离心管中。
对提取出的DNA的浓度及质量进行检测后置于-20℃下保存备用。
剩下肌肉样本封袋保存于干冰中，送至农业农村部种猪质量监督检验测试中心(武汉)用于IMF的测定。
(2)猪GPX3基因5’UTR序列片段的获得。
①PCR扩增。
根据猪GPX3基因的基因组序列(GenBank登陆号：NC_010458.4)上游2000bp区域序列设计以下引物对：
正向引物GPX3-F：5’-GCATCTCCAGGCACTTCACCATC-3’(SEQ ID NO.2)，
反向引物GPX3-R：5’-GGAAGAAGCAGGCACCATGTCCT-3’(SEQ ID NO.3)。
利用上述引物在20个硒都黑猪混合基因组DNA池中进行PCR扩增，PCR反应体系50μL，体系中各组分的浓度为100ng模板DNA、10×buffer(含Mg2+)4μL、上述上下游引物各0.5μM、2.5μM dNTPs、1U TaqDNA聚合酶。
PCR的运行程序为：95℃预热2min；94℃变性20s，63℃退火40s，72℃延伸60s，共35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。PCR产物用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测，结果如图2所示。
②PCR产物纯化。
上述PCR产物用上海生工生物工程有限公司的Gel Extraction Kit试剂盒进行纯化(按照该试剂盒的说明书操作)，具体步骤如下：首先从琼脂糖凝胶上切下含目的片段的凝胶，放入1.5mL离心管，加入400μL溶胶液，50-60℃水浴至胶彻底融化，冷却至室温；将离心柱放入收集管中，把混合液移至离心柱，室温放置2min；12000r/min离心1min，此时DNA被吸附到柱上；倒掉收集管中废液，将离心柱放入同一个收集管中，加入700μL洗脱液，12000r/min离心1min；倒掉收集管中的废液，12000r/min离心1min；将离心柱放入一预先准备好的灭菌1.5mL离心管中，加入40μL洗脱液或双蒸水(Ph>7.0)，室温或37℃放置2-3min；12000r/min离心1min，离心管中的液体即为回收的DNA片段。
(3)猪GPX3基因5’UTR序列片段变异位点的获得。
将上述回收获得的DNA片段送到武汉奥科鼎盛生物科技有限公司采用ABI3730XL测序仪测序，发现了1个单碱基突变位点(图3)，即位于GPX3基因上游的第915bp处的T>C突变，对应于本发明的GPX3基因5’UTR片段(如SEQ ID NO:1所述)的172bp处，如图4所示。
实施例2猪GPX3基因5’UTR序列片段变异位点与猪胴体和肉质性状的关联分析
申请人在269头硒都黑猪群(来自湖北华健硒园农牧科技有限公司)检测实施例1发现的单碱基突变位点与猪胴体和肉质性状的关联性。其中，胴体和肉质性状的测定分别按照国家行业标准《瘦肉型猪胴体性状测定技术规范》(NY/T825)和《猪肉品质测定技术规程》(NY/T821)的规定方法测定。
首先按照实施例1建立的PCR直接测序方法来进行基因分型检测，采用SPSS统计软件(Statistical Package for the Social Sciences,Version 26.0)一般线性模型GLM进行统计分析。所采用模型为：Yijklm＝μ+Gi+Aj+Xk+Sl+eijklm，其中：Yijklm表示表型值；μ表示群体均值；Gi表示基因型效应；Aj表示年季效应；Xk表示性别效应；Sl表示父本效应；eijklm表示随机残差效应。结果以最小二乘均值±标准误表示，P<0.05判定为差异显著，P<0.01判定为差异极显著。
关联分析结果如表1所示，发现GPX3基因g.-915C>T位点显著影响猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量性状(P<0.05)。TT基因型个体肌肉色值L1和IMF显著高于其TC因型个体，而TT基因型个体瘦肉率、眼肌面积和系水力显著低于TC基因型个体。
另外，在硒都黑猪群体中并未检测到CC纯和基因型，这可能与硒都黑猪培育过程中以肌内脂肪含量作为主选性状之一相关，经过七个世代的选育，CC基因型个体因肌内脂肪含量较低而逐步被淘汰。
表1猪GPX3基因g.-915T>C突变与胴体和肉质性状的关联分析结果
注：肩标不同小写字母表示同一行的数据之间差异显著，P<0.05；不同大写字母表示同一行的数据之间差异极显著，P<0.01。
可见，GPX3基因5’UTR区T>C突变显著影响5个胴体和肉质性状，不同性状优势等位基因有所差异，因此在育种应用中要结合主选性状的育种目标，合理利用GPX3基因g.-915T>C标记进行猪群的分子标记辅助选择，以提高育种效率。
综上，本发明获取的GPX3基因g.-915 T>C突变与猪胴体和肉质性状显著相关，为猪胴体和肉质性状的遗传标记辅助育种提供了一个新的分子育种标记。
上述实施案例只为说明本发明的技术方案及特点，其目的在于更好的让熟悉该技术的人士予以实施，并不能以此限制本发明的保护范围，凡根据本发明精神实质所作的等效变化或修饰，均在本发明保护范围之内，其中未详细说明的为现有技术。
Claims (10)
1.一种猪GPX3基因5’UTR内与猪胴体和肉质性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，且在SEQ ID NO:1所示序列第172碱基处存在一个T/C多态性位点，所述猪胴体和肉质性状包括猪肉眼肌面积、瘦肉率、肌肉色值L1、系水力和肌内脂肪含量。
2.如权利要求1所述的分子标记在制备检测猪胴体和肉质性状的试剂盒中的应用，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测所述分子标记的引物。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物的序列如SEQ ID NO.2～3所示。
4.如权利要求1所述的分子标记或如权利要求2所述的试剂盒在检测或鉴定猪胴体和肉质性状中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，检测待测猪只在权利要求1所述多态性位点处的基因型，TT基因型个体肌肉色值L1和肌内脂肪含量显著高于TC基因型个体，TT基因型个体瘦肉率、眼肌面积和系水力显著低于TC基因型个体。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述待测猪只为硒都黑猪。
7.如权利要求1所述的分子标记或如权利要求2所述的试剂盒在猪育种中的应用。
8.一种检测或鉴定猪胴体和肉质性状的方法，其特征在于，以猪基因组DNA为模板，PCR扩增包含权利要求1所述多态性位点的目标片段，测序后进行基因型分型。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，采用序列如SEQ ID NO.2～3所示的引物进行PCR扩增。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的运行程序为：95℃预热2min；94℃变性20s，63℃退火40s，72℃延伸60s，共35个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
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Citations (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2005005665A1 (ja) * | 2003-07-11 | 2005-01-20 | Banyu Pharmaceutical Co., Ltd. | Lceによる肥満治療に有効な化合物の評価方法 |
| CN103849618A (zh) * | 2014-03-10 | 2014-06-11 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 与猪胴体和肉质性状相关的snp分子标记及应用 |
| CN103966209A (zh) * | 2014-05-02 | 2014-08-06 | 华中农业大学 | 与猪肌内脂肪含量性状相关的snp分子标记及应用 |
| CN104164430A (zh) * | 2014-08-21 | 2014-11-26 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与猪肉质及产肉量相关的分子标记及其组合应用 |
| CN105755131A (zh) * | 2016-04-09 | 2016-07-13 | 华中农业大学 | 一种与猪肉质性状和胴体性状关联的遗传标记 |
| CN114959066A (zh) * | 2022-06-29 | 2022-08-30 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 一种影响猪肌内脂肪含量性状的分子标记及应用 |
| CN116083598A (zh) * | 2022-12-05 | 2023-05-09 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 一种与猪肌内脂肪性状相关的snp分子标记及其应用 |
| CN116694784A (zh) * | 2023-07-11 | 2023-09-05 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 猪胴体性状关联的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用 |
-
2023
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Patent Citations (8)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2005005665A1 (ja) * | 2003-07-11 | 2005-01-20 | Banyu Pharmaceutical Co., Ltd. | Lceによる肥満治療に有効な化合物の評価方法 |
| CN103849618A (zh) * | 2014-03-10 | 2014-06-11 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 与猪胴体和肉质性状相关的snp分子标记及应用 |
| CN103966209A (zh) * | 2014-05-02 | 2014-08-06 | 华中农业大学 | 与猪肌内脂肪含量性状相关的snp分子标记及应用 |
| CN104164430A (zh) * | 2014-08-21 | 2014-11-26 | 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 | 与猪肉质及产肉量相关的分子标记及其组合应用 |
| CN105755131A (zh) * | 2016-04-09 | 2016-07-13 | 华中农业大学 | 一种与猪肉质性状和胴体性状关联的遗传标记 |
| CN114959066A (zh) * | 2022-06-29 | 2022-08-30 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 一种影响猪肌内脂肪含量性状的分子标记及应用 |
| CN116083598A (zh) * | 2022-12-05 | 2023-05-09 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 一种与猪肌内脂肪性状相关的snp分子标记及其应用 |
| CN116694784A (zh) * | 2023-07-11 | 2023-09-05 | 湖北省农业科学院畜牧兽医研究所 | 猪胴体性状关联的分子标记、引物、试剂盒、方法及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| NULL: "rs345601504", HTTPS://GENOME.UCSC.EDU, 28 January 2014 (2014-01-28), pages 1 * |
| 王志刚: "有机硒在猪营养中的研究进展", 中国畜牧杂志, no. 07, 10 April 2007 (2007-04-10) * |
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