CN116904603A - 一种南美白对虾snp分子标记及其应用 - Google Patents
一种南美白对虾snp分子标记及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN116904603A CN116904603A CN202211113364.1A CN202211113364A CN116904603A CN 116904603 A CN116904603 A CN 116904603A CN 202211113364 A CN202211113364 A CN 202211113364A CN 116904603 A CN116904603 A CN 116904603A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- lvg
- penaeus vannamei
- snp
- molecular marker
- weight
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 241000238553 Litopenaeus vannamei Species 0.000 title claims abstract description 56
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 title claims abstract description 37
- 241000238557 Decapoda Species 0.000 claims abstract description 52
- 238000009395 breeding Methods 0.000 claims abstract description 52
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 claims abstract description 50
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 27
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 30
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 30
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 27
- 230000037396 body weight Effects 0.000 claims description 18
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 18
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 18
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 10
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 9
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims description 8
- 238000010586 diagram Methods 0.000 claims description 8
- 230000013011 mating Effects 0.000 claims description 8
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 5
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 4
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 4
- 238000007480 sanger sequencing Methods 0.000 claims description 4
- 230000009182 swimming Effects 0.000 claims description 4
- 229910021642 ultra pure water Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 239000012498 ultrapure water Substances 0.000 claims description 4
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 claims 3
- 238000012214 genetic breeding Methods 0.000 abstract description 6
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 238000012098 association analyses Methods 0.000 description 2
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 1
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 1
- 238000003975 animal breeding Methods 0.000 description 1
- 238000009360 aquaculture Methods 0.000 description 1
- 244000144974 aquaculture Species 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 101150002378 gC gene Proteins 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 238000003976 plant breeding Methods 0.000 description 1
- 244000144977 poultry Species 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A40/00—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production
- Y02A40/80—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production in fisheries management
- Y02A40/81—Aquaculture, e.g. of fish
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种南美白对虾SNP分子标记，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3‑177‑G/C，所述SNP标记LvG3‑177‑G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；一种南美白对虾SNP分子标记的应用，其特征在于，包括由SNP标记LvG3‑177‑G/C的标记在对虾分子标记辅助育种中的应用。本发明选育效率高，操作简单，且能够实现早期选择，并可显著加快遗传选育进展，对提高对虾养殖产量具有重要指导意义；体重性状相关SNP标记具有与目标性状相关度高的特点，分子标记辅助体重性状选育的方法具有准确率高、不受养殖环境影响的优势。
Description
技术领域
本发明涉及水产动物分子标记辅助育种领域，具体而言，涉及一种南美白对虾SNP分子标记及其应用。
背景技术
南美白对虾是养殖产量最大的对虾品种，也是水产贸易中单一品种产值最高的水产养殖动物。
随着养殖规模的扩大和养殖的精细化，对于优质苗种的需求日益增加，其中体重性状是养殖业最为关心的经济性状。在过去的近20年中，基于传统数量学的遗传育种方法已经对体重等生长性状进行了系统选育，并取得了较好的进展。相对于传统育种，分子标记辅助育种具有选择准确率高、可以进行早期选择并可实现性状聚合等优势，目前已经在畜禽类和作物中实现了产业化应用。因此发掘南美白对虾与体重性状相关的分子标记，建立体重性状分子标记辅助育种技术，对于加快南美白对虾遗传选育进展，培育高产对虾新品种具有重要意义。
SNP标记作为第三代的分子标记，具有在基因组中分布广、适合高通量分型，并可直接影响动植物性状的特点。随着高通量分型技术的发展，SNP标记在动植物育种中开始广泛应用。本发明旨在通过全基因组关联分析，发掘南美白对虾基因组中与体重性状显著相关的SNP标记，并通过应用该标记建立一种用于南美白对虾体重性状分子标记辅助选育的方法。
发明内容
为了弥补以上不足，本发明提供了一种南美白对虾SNP分子标记及其应用，旨在通过全基因组关联分析，发掘南美白对虾基因组中与体重性状显著相关的SNP标记。
本发明是这样实现的：
一种南美白对虾SNP分子标记，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3-177-G/C，所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3具有序列表中SEQIDNO.1的脱氧核糖核酸（DNA）序列；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的碱基序列：
AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAAAAAACGAAGACGATGGAAGATGAAAAGAGAGATGTACATAGCCGAGGAAAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGATGGCGCACCTTCGAATGGTAATTACCTGTTCTGAGGAGGGTTACCGGTACTCCCAGATCCAACTCCCGGTAATTGGATACTCCC[G/C]GTTGGTCACTCCAACTCCCTACCTGGTATTTAAGTCCGGTGGTCTGCGGGGTTTATCGTGGTATTTATCGGGTATTTCTTGGCCGGACTCATCTT。
在本发明的一种实施例中，所述生长性状的体重基因组合为CC、GC、GG，且基因组合为CC纯合的对虾在同等养殖条件下体重显著高于基因组合为GG纯合的对虾体重和基因组合为GC杂合的对虾体重。
在本发明的一种实施例中，所述基因组合CC纯合为体重性状优势基因型，即基因组合CC纯合的表现性状大于基因组合为GC杂合的表现性状大于基因组合为GG纯合的表现性状。
在本发明的一种实施例中，所述SNP标记LvG3-177-G/C的引物包括有上游序列LvG3F和下游引物LvG3R；
所述上游序列LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA；
所述下游引物LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA。
在本发明的一种实施例中，对虾体重性状分子标记辅助选育的方法，且对虾体重性状分子标记辅助选育方法的步骤如下：
S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；
S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；
S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；
S4、根据测序峰图对生长性状的体重基因组合位点进行SNP分型；
S5、SNP标记LvG3-177-G/C的检测位点位于扩增序列的SEQIDLvG3序列177bp处位置，为G到C的突变；
S6、检测位点标记的体重性状优势基因型为CC纯合，选择CC纯合型的个体进行留种，并进行交配产生下一代育种群体。
在本发明的一种实施例中，所述S1对育种材料的DNA提取方法如下：
S101、针对核心育种群的个体，对每尾个体剪取一条游泳足；
S102、使用动物基因组DNA提取试剂盒提取每个个体的DNA，并检测DNA浓度和质量。
在本发明的一种实施例中，所述S2中的扩增体系为：DNA模板1μl（50ng/μl），12.5μl5XTIANGENGoldenEasyPCRMix，所述上游序列LvG3F和所述下游引物LvG3R各0.5μL（10μmol/L），超纯水10.5μl；PCR反应程序为94℃预变性3min，然后进入下列循环：94℃、30s，55℃、30s，72℃、30s，35个循环，最后72℃延伸10min；
获得的PCR产物后，使用ABI3730xl测序仪进行测序，测序引物为下游引物LvG3R，根据测序峰图对LvG3-177-G/C位点进行SNP分型，获得每个个体的基因型。
在本发明的一种实施例中，所述S6留种群体根据每个个体的SNP标记LvG3-177-G/C分型结果，选择LvG3-177-G/C位点为CC基因型的个体进行留种，留种群体均为基因型为CC纯合，未选留的个体为基因型为GC杂合和基因型为GG纯合。
在本发明的一种实施例中，所述S6中的下一代育种群体进行基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第三代育种群体，然后再次通过第三代育种群体中的基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第四代育种群体，此时对第四代育种群体再次进行所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的基因型进行检测，再次筛选优良的基因型为CC纯合的对虾个体，舍弃基因型为GC杂合的对虾个体和基因型为GG纯合的对虾个体。
一种南美白对虾SNP分子标记的应用，包括由SNP标记LvG3-177-G/C的标记在对虾分子标记辅助育种中的应用。
本发明的有益效果是：本发明提供了一种有效地开展南美白对虾分子标记辅助体重性状遗传选育的方法，该方法选育效率高，操作简单，且能够实现早期选择，并可显著加快遗传选育进展，对提高对虾养殖产量具有重要指导意义；
本发明提供的体重性状相关SNP标记具有与目标性状相关度高的特点，在南美白对虾不同的家系、群体中广泛适用；
本发明所提供的分子标记辅助体重性状选育的方法具有准确率高、不受养殖环境影响的优势，且可以在对虾早期即实现选择，一方面提高选育效率，另一方面节省育种成本。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施方式的技术方案，下面将对实施方式中所需要使用的附图作简单地介绍，应当理解，以下附图仅示出了本发明的某些实施例，因此不应被看作是对范围的限定，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他相关的附图。
图1是本发明实施方式提供的步骤流程示意图；
图2是本发明实施方式提供的基因组DNA获取的步骤流程示意图；
图3是本发明实施方式提供的对虾体重性状的GWAS分析结果示意图。
具体实施方式
为使本发明实施方式的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本发明实施方式中的附图，对本发明实施方式中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施方式是本发明一部分实施方式，而不是全部的实施方式。基于本发明中的实施方式，本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施方式，都属于本发明保护的范围。
实施例
请参阅图1-3，本发明提供一种技术方案：一种南美白对虾SNP分子标记，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3-177-G/C，所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3具有序列表中SEQIDNO.1的脱氧核糖核酸（DNA）序列；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的碱基序列：
AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAAAAAACGAAGACGATGGAAGATGAAAAGAGAGATGTACATAGCCGAGGAAAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGATGGCGCACCTTCGAATGGTAATTACCTGTTCTGAGGAGGGTTACCGGTACTCCCAGATCCAACTCCCGGTAATTGGATACTCCC[G/C]GTTGGTCACTCCAACTCCCTACCTGGTATTTAAGTCCGGTGGTCTGCGGGGTTTATCGTGGTATTTATCGGGTATTTCTTGGCCGGACTCATCTT。
本实施例中，优选的，所述生长性状的体重基因组合为CC、GC、GG，且基因组合为CC纯合的对虾在同等养殖条件下体重显著高于基因组合为GG纯合的对虾体重和基因组合为GC杂合的对虾体重；根据基因型实现对对虾的体重性状进行选择，使得选择的对虾适应于生长和繁殖。
本实施例中，优选的，所述基因组合CC纯合为体重性状优势基因型，即基因组合CC纯合的表现性状大于基因组合为GC杂合的表现性状大于基因组合为GG纯合的表现性状；通过基因型组合实现对性状进行判定，进而选择优异的基因型，适合生长育种。
本实施例中，优选的，所述SNP标记LvG3-177-G/C的引物包括有上游序列LvG3F和下游引物LvG3R；
所述上游序列LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA；
所述下游引物LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA；
通过上游序列LvG3F和下游引物LvG3R实现对SNP标记LvG3-177-G/C的位点检测进行辅助操作，提高位点检测的精准度。
本实施例中，优选的，对虾体重性状分子标记辅助选育的方法，且对虾体重性状分子标记辅助选育方法的步骤如下：
S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；
S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；
S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；
S4、根据测序峰图对生长性状的体重基因组合位点进行SNP分型；
S5、SNP标记LvG3-177-G/C的检测位点位于扩增序列的SEQIDLvG3序列177bp处位置，为G到C的突变；
S6、检测位点标记的体重性状优势基因型为CC纯合，选择CC纯合型的个体进行留种，并进行交配产生下一代育种群体；
通过上述的方法步骤实现对对虾的基因组DNA进行获取，并且实现对基因组DNA进行扩增，然后完成测序和SNP分型，并且实现检测位点。
本实施例中，优选的，所述S1对育种材料的DNA提取方法如下：
S101、针对核心育种群的个体，对每尾个体剪取一条游泳足；
S102、使用动物基因组DNA提取试剂盒提取每个个体的DNA，并检测DNA浓度和质量。
在本发明的一种实施例中，所述S2中的扩增体系为：DNA模板1μl（50ng/μl），12.5μl5XTIANGENGoldenEasyPCRMix，所述上游序列LvG3F和所述下游引物LvG3R各0.5μL（10μmol/L），超纯水10.5μl；PCR反应程序为94℃预变性3min，然后进入下列循环：94℃、30s，55℃、30s，72℃、30s，35个循环，最后72℃延伸10min；
获得的PCR产物后，使用ABI3730xl测序仪进行测序，测序引物为下游引物LvG3R，根据测序峰图对LvG3-177-G/C位点进行SNP分型，获得每个个体的基因型，通过扩增获得对虾个体的DNA序列，并且实现对对虾的序列进行测序。
本实施例中，优选的，所述S6留种群体根据每个个体的SNP标记LvG3-177-G/C分型结果，选择LvG3-177-G/C位点为CC基因型的个体进行留种，留种群体均为基因型为CC纯合，未选留的个体为基因型为GC杂合和基因型为GG纯合，通过SNP标记LvG3-177-G/C实现对每一个对虾进行基因型进行检测，并且实现选择纯合子为基因型的CC纯合。
本实施例中，优选的，所述S6中的下一代育种群体进行基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第三代育种群体，然后再次通过第三代育种群体中的基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第四代育种群体，此时对第四代育种群体再次进行所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的基因型进行检测，再次筛选优良的基因型为CC纯合的对虾个体，舍弃基因型为GC杂合的对虾个体和基因型为GG纯合的对虾个体，为了实现对南美白对虾进行育种和选种，并且保持长时间的繁殖下，依旧能够保持较高的纯化子，提高生长效率。
一种南美白对虾SNP分子标记的应用，包括由SNP标记LvG3-177-G/C的标记在对虾分子标记辅助育种中的应用。
具体的，该南美白对虾SNP分子标记及其应用的流程步骤：
对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3-177-G/C，SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，生长性状为体重；
S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；
S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；
S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；
S4、根据测序峰图对生长性状的体重基因组合位点进行SNP分型；
S5、SNP标记LvG3-177-G/C的检测位点位于扩增序列的SEQIDLvG3序列177bp处位置，为G到C的突变；
S6、检测位点标记的体重性状优势基因型为CC纯合，选择CC纯合型的个体进行留种，并进行交配产生下一代育种群体；
且具有以下实施例：
实施例一：
实施例1：南美白对虾体重相关SNP标记的获得
（1）样本表型测定和DNA提取
家系生长至约3cm后对虾进行荧光标记，并将标记的虾在同一条件下进行养殖，养殖3个月后随即选择200尾个体进行体重测量，并记录个体性别。
使用动物基因组提取试剂盒提取南美白对虾个体肌肉组织的DNA，通过核酸浓度测定仪Nanodrop1000测定DNA浓度，并通过琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性。
（2）SNP分型和数据质控
DNA样品采用2b-RAD的方法对所有个体进行全基因组SNP分型，对获得的SNP分型数据进行过滤和质控，具体包括选择MAF>0.05个体和检出率>90％的标记进行后续的分析。
（3）体重性状的GWAS分析
使用GenABEL软件的混合线性模型进行对虾体重性状的GWAS分析，GWAS结果显示，以P<0.001获得了若干体重相关的SNP标记，其中显著性最高的标记即为LvG3-177-G/C标记，P值为4.85E-05，该标记CC基因型的个体平均体重为5.82g，GC基因型的平均体重为5.04g，GG基因型的个体平均体重为5.17g，GG基因型的体重显著高于另外两种基因型，说明CC基因型是优势基因型。
实施例2：一种南美白对虾分子标记辅助体重性状育种的方法
（1）育种材料的DNA提取
针对核心育种群的个体，对每尾个体剪取一条游泳足，使用动物基因组DNA提取试剂盒提取每个个体的DNA，并检测DNA浓度和质量。
（2）LvG3-177-G/C标记分型
利用LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA和LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA引物对扩增每个个体的目标区域序列，扩增体系为：DNA模板1μl（50ng/μl），12.5μl 5XTIANGENGoldenEasy PCRMix，LvG3F和LvG3R各0.5μL（10μmol/L），超纯水10.5μl。PCR反应程序为94℃预变性3min，然后进入下列循环：94℃30s，55℃30s，72℃30s，35个循环，最后72℃延伸10min。
获得的PCR产物后，使用ABI3730xl测序仪进行测序，测序引物为LvG3R引物，根据测序峰图对LvG3-177-G/C位点进行SNP分型，获得每个个体的基因型。
（3）分子标记辅助体重性状的遗传选育
根据每个个体的SNP分型结果，选择LvG3-177-G/C位点为CC基因型的个体进行留种，留种群体均为CC纯合，未选留的个体为GC杂合和GG纯合，选留的CC纯合个体平均体重9.98g，较未选育（三种基因型的平均体重8.14）提高23％，选育效果较传统选育有了较大提高。
以上所述仅为本发明的优选实施方式而已，并不用于限制本发明，对于本领域的技术人员来说，本发明可以有各种更改和变化。凡在本发明的精神和原则之内，所作的任何修改、等同替换、改进等，均应包含在本发明的保护范围之内。
Claims (10)
1.一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3-177-G/C，所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3具有序列表中SEQIDNO.1的脱氧核糖核酸（DNA）序列；
所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的碱基序列：
AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAAAAAACGAAGACGATGGAAGATGAAAAGAGAGATGTACATAGCCGAGGAAAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGATGGCGCACCTTCGAATGGTAATTACCTGTTCTGAGGAGGGTTACCGGTACTCCCAGATCCAACTCCCGGTAATTGGATACTCCC[G/C]GTTGGTCACTCCAACTCCCTACCTGGTATTTAAGTCCGGTGGTCTGCGGGGTTTATCGTGGTATTTATCGGGTATTTCTTGGCCGGACTCATCTT。
2.根据权利要求1所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述生长性状的体重基因组合为CC、GC、GG，且基因组合为CC纯合的对虾在同等养殖条件下体重显著高于基因组合为GG纯合的对虾体重和基因组合为GC杂合的对虾体重。
3.根据权利要求2所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述基因组合CC纯合为体重性状优势基因型，即基因组合CC纯合的表现性状大于基因组合为GC杂合的表现性状大于基因组合为GG纯合的表现性状。
4.根据权利要求2所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述SNP标记LvG3-177-G/C的引物包括有上游序列LvG3F和下游引物LvG3R；
所述上游序列LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA；
所述下游引物LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA。
5.根据权利要求4所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，对虾体重性状分子标记辅助选育的方法，且对虾体重性状分子标记辅助选育方法的步骤如下：
S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；
S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；
S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；
S4、根据测序峰图对生长性状的体重基因组合位点进行SNP分型；
S5、SNP标记LvG3-177-G/C的检测位点位于扩增序列的SEQIDLvG3序列177bp处位置，为G到C的突变；
S6、检测位点标记的体重性状优势基因型为CC纯合，选择CC纯合型的个体进行留种，并进行交配产生下一代育种群体。
6.根据权利要求5所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述S1对育种材料的DNA提取方法如下：
S101、针对核心育种群的个体，对每尾个体剪取一条游泳足；
S102、使用动物基因组DNA提取试剂盒提取每个个体的DNA，并检测DNA浓度和质量。
7.根据权利要求5所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述S2中的扩增体系为：DNA模板1μl（50ng/μl），12.5μl5XTIANGENGoldenEasyPCRMix，所述上游序列LvG3F和所述下游引物LvG3R各0.5μL（10μmol/L），超纯水10.5μl；PCR反应程序为94℃预变性3min，然后进入下列循环：94℃、30s，55℃、30s，72℃、30s，35个循环，最后72℃延伸10min；
获得的PCR产物后，使用ABI3730xl测序仪进行测序，测序引物为下游引物LvG3R，根据测序峰图对LvG3-177-G/C位点进行SNP分型，获得每个个体的基因型。
8.根据权利要求5所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述S6留种群体根据每个个体的SNP标记LvG3-177-G/C分型结果，选择LvG3-177-G/C位点为CC基因型的个体进行留种，留种群体均为基因型为CC纯合，未选留的个体为基因型为GC杂合和基因型为GG纯合。
9.根据权利要求5所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述S6中的下一代育种群体进行基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第三代育种群体，然后再次通过第三代育种群体中的基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第四代育种群体，此时对第四代育种群体再次进行所述SNP标记LvG3-177-G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的基因型进行检测，再次筛选优良的基因型为CC纯合的对虾个体，舍弃基因型为GC杂合的对虾个体和基因型为GG纯合的对虾个体。
10.一种南美白对虾SNP分子标记的应用，其特征在于，包括由SNP标记LvG3-177-G/C的标记在对虾分子标记辅助育种中的应用。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211113364.1A CN116904603A (zh) | 2022-09-14 | 2022-09-14 | 一种南美白对虾snp分子标记及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211113364.1A CN116904603A (zh) | 2022-09-14 | 2022-09-14 | 一种南美白对虾snp分子标记及其应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN116904603A true CN116904603A (zh) | 2023-10-20 |
Family
ID=88363429
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202211113364.1A Pending CN116904603A (zh) | 2022-09-14 | 2022-09-14 | 一种南美白对虾snp分子标记及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN116904603A (zh) |
-
2022
- 2022-09-14 CN CN202211113364.1A patent/CN116904603A/zh active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109971865B (zh) | 一种与凡纳滨对虾体重性状显著相关的snp标记和应用 | |
| CN107937556B (zh) | 一个与猪饲料转化率相关的snp位点及其应用 | |
| CN110129455B (zh) | 一种生长相关的分子标记在凡纳滨对虾遗传育种中的应用 | |
| CN108315439A (zh) | 一种与瓦氏黄颡鱼生长相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN108913779B (zh) | 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用 | |
| CN108676897A (zh) | 一种影响猪日增重性状的snp标记及其应用 | |
| CN109055580B (zh) | 凡纳滨对虾c型清道夫受体内与生长相关分子标记及应用 | |
| CN111910008A (zh) | 一种鸡生长发育相关的分子标记及其应用 | |
| CN110551828A (zh) | 一种与鸡背部毛孔密度相关的snp分子标记及其应用 | |
| CN112176076B (zh) | 一种与山羊生长性状相关的nfat5基因分子标记及其应用 | |
| CN111926086B (zh) | 一种影响鸡体斜长的分子标记及其应用 | |
| CN110129456A (zh) | 一种对虾抗弧菌分子标记组合及其在育种中的应用 | |
| CN104480109B (zh) | 与猪背膘厚性状相关的分子标记 | |
| CN116356038A (zh) | 一种筛选具有快速生长性能的红鳍东方鲀个体的育种方法 | |
| CN106167826B (zh) | 一种黄颡鱼生长特性相关的snp位点及其检测和应用 | |
| CN107475413B (zh) | 一种筛选高不饱和脂肪酸c20:3ω6含量长牡蛎亲贝的方法 | |
| CN114350818B (zh) | 与番鸭产蛋性状相关的催乳素基因snp分子标记及其应用 | |
| CN107619875B (zh) | 一种用于鉴定西瓜果实形状的插入缺失标记位点、引物及应用 | |
| CN114875157B (zh) | 与黄颡鱼个体生长性状相关的snp标记及应用 | |
| CN116904603A (zh) | 一种南美白对虾snp分子标记及其应用 | |
| CN111910009B (zh) | 一种影响鸡法氏囊指数的分子标记及其应用 | |
| CN108660225B (zh) | 用于中间球海胆生长性状的分子标记辅助育种引物及筛选方法 | |
| CN113789392B (zh) | 一种与斑点叉尾鮰生长相关的snp标记及其应用 | |
| CN114525362B (zh) | 用于鉴定“安源1号”刺参群体的引物组合及其应用 | |
| CN111850139B (zh) | 一种位于猪12号染色体上与猪单睾形成相关的分子标记及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |