CN115768788A - Il-2变体 - Google Patents

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CN115768788A CN202180048794.7A CN202180048794A CN115768788A CN 115768788 A CN115768788 A CN 115768788A CN 202180048794 A CN202180048794 A CN 202180048794A CN 115768788 A CN115768788 A CN 115768788A
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Abstract

提供了白细胞介素(IL)‑2突变蛋白。本公开内容还提供了编码IL‑2突变蛋白的核酸序列。

Description

IL-2变体
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年7月9日提交的美国申请序列号63/050,068的优先权。在先申请的公开内容被视为本申请公开内容的一部分,并整体并入本申请中。
技术背景
癌症仍然是世界上死亡的主要原因之一。最近的统计数据报告世界上13%的人口死于癌症。根据国际癌症研究机构(IARC)的估计,2012年全球有1410万新癌症病例和820万癌症死亡病例。到2030年,由于人口增长和老龄化以及暴露于诸如吸烟、不健康饮食和缺乏身体活动的风险因素,全球负担预计增加到2170万新癌症病例和1300万癌症死亡病例。此外,癌症治疗的疼痛和医疗费用导致癌症患者及其家人的生活质量降低。
白细胞介素-2(IL-2)是作用于免疫系统以产生细胞介导的免疫反应的一种细胞因子信号传导分子。由于其在T细胞生长和分化中的重要作用,IL-2已成为治疗诸如癌症的疾病的免疫治疗方法的候选者。
发明内容
本文提供了白细胞介素(IL)-2蛋白,其包含:选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQID NO:18。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:4。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:6。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:8。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:10。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:12。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:14。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:16。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:18。
在一些实施方案中,本文所述的任何一种白细胞介素-2蛋白还包含免疫球蛋白Fc区。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区包含SEQ ID NO:20。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽键与白细胞介素-2蛋白连接。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与白细胞介素-2蛋白连接。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白与免疫球蛋白Fc区的羧基末端连接。
本文还提供了药物组合物,其包含本文所述的任何一种蛋白和药学上可接受的承载体。
本文还提供了核酸,其包含:编码IL-2蛋白的序列,其中所述序列选自:SEQ IDNO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17。在一些实施方案中,本文所述的任何一种核酸还包含编码免疫球蛋白Fc区的序列。在一些实施方案中,编码免疫球蛋白Fc区的序列包含SEQ ID NO:19。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:3。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:5。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:7。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:9。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:11。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:13。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:15。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:17。
本文还提供了包含本文所述的任何一种核酸的载体。在一些实施方案中,本文所述的任何一种载体还包含可操作地连接至核酸的启动子。在一些实施方案中,启动子是组成型启动子。在一些实施方案中,启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中,载体是病毒载体。在一些实施方案中,病毒载体是慢病毒载体。
本文还提供了药物组合物,其包含本文所述的任何一种核酸或本文所述的任何一种载体。
本文还提供了包含本文所述的任何一种核酸或本文所述的任何一种载体的细胞。
本文还提供了药物组合物,其包含本文所述的任何一种细胞和药学上可接受的承载体。
本文还提供了产生IL-2蛋白的方法,包括:(a)在足以表达IL-2蛋白的条件下,在培养基中培养本文所述的任何一种细胞;和(b)从细胞和/或培养基中回收IL-2蛋白。
本文还提供了治疗受试者的癌症的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的任何一种本文所述的药物组合物。在一些实施方案中,癌症是癌、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤、白血病、鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、其他淋巴增生性疾病或各种类型的头颈癌。
在一些实施方案中,癌症是实体瘤。在一些实施方案中,癌症是结直肠癌。
在一些实施方案中,受试者先前已被施用一种或多种选自以下的另外的抗癌疗法:电离辐射、化学治疗剂、治疗性抗体和检查点抑制剂。在一些实施方案中,受试者已被鉴定或诊断为患有癌症。
本文还提供了增加受试者的记忆性CD8+T细胞的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的任何一种本文所述的药物组合物。
本文还提供了增加受试者中的CD8+T细胞的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的任何一种本文所述的药物组合物。
本文还提供了减少受试者的实体瘤中的Treg细胞的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的任何一种本文所述的药物组合物。
本文还提供了降低受试者的实体瘤的生长速率的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的本文所述的任何一种药物组合物。
本文还提供了减小受试者的实体瘤的体积的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的任何一种本文所述的药物组合物。
附图说明
图1显示了IL-2融合蛋白的重组表达载体的结构。
图2显示了使用IL-2Fc融合蛋白IL2_V1、IL2_V2、IL2_V3、IL2_V4和IL2_V5的SDS-PAGE结果。
图3A显示了使用凝胶过滤标准品的尺寸排阻色谱图。
图3B显示了使用supMD的尺寸排阻色谱图。
图3C显示了使用IL2_V1的尺寸排阻色谱图。
图3D显示了使用IL2_V2的尺寸排阻色谱图。
图3E显示了使用IL2_V3的尺寸排阻色谱图。
图3F显示了使用IL2_V4的尺寸排阻色谱图。
图3G显示了使用IL2_V5的尺寸排阻色谱图。
图4显示了使用额外的IL-2Fc融合蛋白IL2_V4、IL2_V4_R38A、IL2_V4_F42A和IL2_V4_R38A_F42A的SDS-PAGE结果。
图5A显示了使用凝胶过滤标准品的尺寸排阻色谱图。
图5B显示了使用IL2_V4_R38A的尺寸排阻色谱图。
图5C显示了使用IL2_V4_F42A的尺寸排阻色谱图。
图5D显示了使用IL2_V4_R38A_F42A的尺寸排阻色谱图。
图6A是显示使用IL2 WT的个体肿瘤生长的图。
图6B是显示使用IL2 V4的个体肿瘤生长的图。
图6C是显示使用IL2 V4_R38A的个体肿瘤生长的图。
图6D是显示使用IL2 V4_F42A的个体肿瘤生长的图。
图6E是显示使用IL2 V4_R38A_F42A的个体肿瘤生长的图。
图6F是显示使用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A的肿瘤生长曲线的图。
图6G是显示在体内实验结束时使用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A的肿瘤生长的条形图。
图7A显示来自使用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A的FACS分析的结果,显示了CD3和CD45的表达。
图7B是显示使用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A的mCD3+T细胞百分比的图。
图8A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中CD4和CD8的表达。
图8B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中mCD8+T细胞百分比的图。
图9A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中CD62L和CD44的表达。
图9B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中mCD8+中央记忆性T细胞百分比的图。
图9C是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中mCD8+效应T细胞百分比的图。
图10A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中CD4和CD45的表达。
图10B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中mCD4+T细胞百分比的图。
图11A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中CD4和Foxp3的表达。
图11B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中Treg细胞百分比的图。
图12A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中CD3和CD45的表达。
图12B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD3+T细胞百分比的图。
图13A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中CD4和CD8的表达。
图13B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD8+T细胞百分比的图。
图14A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中CD62L和CD44的表达。
图14B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD8+中央记忆性T细胞百分比的图。
图14C是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD8+效应T细胞百分比的图。
图15A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中CD4和CD45的表达。
图15B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD4+T细胞百分比的图。
图16A显示来自FACS分析的结果,显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中CD4和Foxp3的表达。
图16B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中Treg细胞百分比的图。
图17A是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血液中mCD3+T细胞、mCD8+T细胞、mCD4+T细胞、mCD8+中央记忆性T细胞、mCD8+效应T细胞和Treg细胞的百分比的一组图。
图17B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠的肿瘤浸润淋巴细胞中mCD3+T细胞、mCD8+T细胞、mCD4+T细胞、mCD8+中央记忆性T细胞、mCD8+效应T细胞和Treg细胞百分比的一组图。
图18A显示来自用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的C57BL/6小鼠的肺组织的示例性图像。
图18B是显示来自用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的C57BL/6小鼠的肺组织的重量的图。
图19A是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血清中γ-谷氨酰转肽酶(GTP)的水平的条形图。
图19B是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血清中谷氨酸-草酰乙酸转氨酶(GOT)的水平的条形图。
图19C是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血清中血尿素氮(BUN)的水平的条形图。
图19D是显示用IL2 WT、IL2 V4、IL2 V4_R38A、IL2 V4_F42A和IL2 V4_R38A_F42A处理的小鼠血清中总胆红素(T-BIL)的水平的条形图。
发明详述
本公开内容描述了IL-2蛋白的变体,其中IL-2变体包括人IL-2蛋白中的突变。
定义:
约:术语“约”在本文中与数值关联使用时是指在上下文中与参考值相似的值。通常,熟悉上下文的本领域技术人员将理解在该上下文中“约”所涵盖的相关变化程度。例如,在一些实施方案中,术语“约”可涵盖在参考值的25%、20%、19%、18%、17%、16%、15%、14%、13%、12%、11%、10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更少之内的值的范围。
施用:如本文所用,术语“施用”通常是指将组合物施用至受试者或系统以实现作为组合物的或包含在组合物中的药剂的递送。本领域普通技术人员将知道在适当情况下可用于对受试者例如人类进行施用的多种途径。例如,在一些实施方案中,施用可以是眼部、口服、肠胃外、局部等。在一些特定的实施方案中,施用可以是支气管(例如,通过支气管滴注)、口腔、皮肤(其可以是或包括,例如,外用至真皮、皮内、皮间、透皮等中的一种或多种)、肠内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、静脉内、心室内、特定器官内(例如肝内)、粘膜、鼻腔、口腔、直肠、皮下、舌下、局部、气管(例如,通过气管内滴注)、阴道、玻璃体等。在一些实施方案中,施用可能仅涉及单次剂量。在一些实施方案中,施用可涉及应用固定数量的剂量。在一些实施方案中,施用可涉及间歇性给药(例如,在时间上分开的多个剂量)和/或周期性给药(例如,由共同的时间段分开的个体剂量)。在一些实施方案中,施用可涉及连续给药(例如,灌注)至少选定的时间段。
亲和力:如本领域已知的,“亲和力”是特定配体与其配偶体结合强度的量度。亲和力可以用不同的方式测量。在一些实施方案中,亲和力通过定量测定来测量。在一些这样的实施方案中,结合配偶体浓度可以固定为超过配体浓度以模拟生理条件。可替代地或另外地,在一些实施方案中,结合配偶体浓度和/或配体浓度可以变化。在一些这样的实施方案中,亲和力可以与可比条件(例如,浓度)下的参考进行比较。
抗体试剂:如本文所用,术语“抗体试剂”是指特异性结合特定抗原的试剂。在一些实施方案中,该术语包括任何多肽或多肽复合物,其包括足以赋予特异性结合的免疫球蛋白结构元件。示例性抗体试剂包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体及其片段。在一些实施方案中,抗体试剂可包括一个或多个序列元件,其是人源化的、灵长类化的、嵌合的等,如本领域已知的。在许多实施方案中,术语“抗体试剂”用于指一种或多种本领域已知或开发的构建体或用于利用替代呈现中的抗体结构和功能特征的形式。例如,根据本发明使用的抗体试剂的形式选自但不限于完整的IgA、IgG、IgE或IgM抗体;双特异性或多特异性抗体(例如
Figure BDA0004043860270000091
等);抗体片段,例如Fab片段、Fab'片段、F(ab')2片段、Fd'片段、Fd片段和分离的CDR或其组;单链Fv;多肽-Fc融合体;单结构域抗体(例如,鲨鱼单结构域抗体,如IgNAR或其片段);骆驼抗体;掩蔽抗体(例如
Figure BDA0004043860270000092
);小型模块化免疫药物(“SMIPTM”);单链或串联双抗体
Figure BDA0004043860270000093
VHH;
Figure BDA0004043860270000094
Figure BDA0004043860270000095
微型抗体;
Figure BDA0004043860270000096
锚蛋白重复蛋白或
Figure BDA0004043860270000097
Figure BDA0004043860270000098
DART;TCR样抗体;
Figure BDA0004043860270000099
Figure BDA00040438602700000910
MicroProteins;
Figure BDA00040438602700000911
Figure BDA00040438602700000912
Figure BDA00040438602700000913
在一些实施方案中,抗体试剂可能缺乏天然产生时它会具有的共价修饰(例如聚糖的连接)。在一些实施方案中,抗体试剂可以包含共价修饰(例如聚糖的连接、有效负载[例如可检测部分、治疗部分、催化部分等]或其他侧基[例如聚-乙二醇等]。在许多实施方案中,抗体试剂是或包含多肽,其氨基酸序列包括本领域技术人员公认的一个或多个结构元件作为互补决定区(CDR);在一些实施方案中,抗体试剂是或包含多肽,其氨基酸序列包括与参考抗体中发现的基本相同的至少一个CDR(例如,至少一个重链CDR和/或至少一个轻链CDR)。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为与参考CDR相比,它在序列上相同或包含1-5个氨基酸取代。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为它显示与参考CDR的至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%的序列同一性。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为它与参考CDR显示出至少96%、96%、97%、98%、99%或100%的序列同一性。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为与参考CDR相比,包含的CDR中的至少一个氨基酸被删除、添加或取代,但包含的CDR具有与参考CDR的氨基酸序列在其他方面相同的氨基酸序列。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为与参考CDR相比,包含的CDR内的1-5个氨基酸被删除、添加或取代,但包含的CDR具有与参考CDR在其他方面相同的氨基酸序列。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为与参考CDR相比,包含的CDR内的至少一个氨基酸被取代,但包含的CDR具有与参考CDR的氨基酸序列在其他方面相同的氨基酸序列。在一些实施方案中,包含的CDR与参考CDR基本相同,因为与参考CDR相比,包含的CDR内的1-5个氨基酸被删除、添加或取代,但包含的CDR具有与参考CDR在其他方面相同的氨基酸序列。在一些实施方案中,抗体试剂是或包含多肽,其氨基酸序列包括本领域技术人员公认的结构元件作为免疫球蛋白可变结构域。在一些实施方案中,抗体试剂是具有与免疫球蛋白结合结构域同源或大部分同源的结合结构域的多肽蛋白。在一些实施方案中,抗体试剂是或包含嵌合抗原受体(CAR)的至少一部分。
抗原:如本文所用,术语“抗原”是指结合抗体试剂的试剂。在一些实施方案中,抗原结合抗体试剂并且可以或可以不诱导生物体中的特定生理反应。通常,抗原可以是或包括任何化学实体,例如小分子、核酸、多肽、碳水化合物、脂质、聚合物(包括生物聚合物[例如,核酸和/或氨基酸聚合物]和不同于生物聚合物的聚合物[例如,不同于核酸或氨基酸聚合物])等。在一些实施方案中,抗原是或包含多肽。在一些实施方案中,抗原是或包含聚糖。本领域普通技术人员将理解,一般而言,抗原可以以分离的或纯的形式提供,或者,可替代地可以以粗制形式提供(例如,与其他材料一起,例如在提取物诸如细胞提取物或含抗原的来源的其他相对粗制的制剂中)。在一些特定的实施方案中,抗原存在于细胞环境中(例如,抗原在细胞表面上表达或在细胞中表达)。在一些实施方案中,抗原是重组抗原。
抗原结合结构域:如本文所用,是指特异性结合靶标部分或实体的抗体试剂或其部分。通常,抗原结合结构域与其靶标之间的相互作用是非共价的。在一些实施方案中,靶标部分或实体可以属于任何化学类别,包括例如碳水化合物、脂质、核酸、金属、多肽或小分子。在一些实施方案中,抗原结合结构域可以是或包含多肽(或其复合物)。在一些实施方案中,抗原结合结构域是融合多肽的一部分。在一些实施方案中,抗原结合结构域是嵌合抗原受体(CAR)的一部分。
关联:如本文使用的术语,如果一个事件或实体的存在、水平和/或形式与另一个相关,则两个事件或实体彼此“关联”。例如,如果特定实体(例如,多肽、遗传特征、代谢物、微生物等)的存在、水平和/或形式与特定疾病、病症或病况的发生率和/或对该疾病、病症或病况的易感性(例如,在相关群体中)相关,则认为该特定实体与该特定疾病、病症或病况关联。在一些实施方案中,如果两个或更多个实体直接或间接相互作用,使得它们在物理上彼此接近和/或保持在物理上彼此接近,则它们在物理上彼此“关联”。在一些实施方案中,两个或更多个物理上彼此关联的实体彼此共价连接;在一些实施方案中,物理上彼此关联的两个或更多个实体彼此不共价连接而是非共价关联,例如通过氢键、范德华相互作用、疏水相互作用、磁性及其组合。
结合:应当理解,如本文所用,术语“结合”通常是指两个或更多个实体之间或之中的非共价关联。“直接”结合涉及实体或部分之间的物理接触;间接结合涉及通过与一个或多个中间实体进行物理接触的物理相互作用。两个或更多个实体之间的结合通常可以在各种背景中的任何一种中进行评估-包括在分离或更复杂的系统中(例如,与承载体实体共价地或以其他方式关联和/或在生物系统或细胞中)的背景下研究相互作用的实体或部分。
癌症:术语“癌症”、“恶性肿瘤”、“赘生物”、“肿瘤”和“癌”在本文中用于指表现出相对异常、不受控制和/或自主生长的细胞,因此它们表现出以细胞增殖显著失控为特征的异常生长表型。在一些实施方案中,肿瘤可以是或包含癌前(例如,良性)、恶性、转移前、转移性和/或非转移性细胞。本公开内容特别鉴定了其教导可能特别相关的某些癌症。在一些实施方案中,相关癌症的特征可以是实体瘤。在一些实施方案中,相关癌症的特征可以是血液肿瘤。通常,本领域已知的不同类型癌症的例子包括,例如,造血系统癌症,包括白血病、淋巴瘤(霍奇金氏和非霍奇金氏)、骨髓瘤和骨髓增生性疾病;肉瘤、黑色素瘤、腺瘤、实体组织癌,口腔、咽喉、喉部和肺的鳞状细胞癌,肝癌、泌尿生殖系统癌症,例如前列腺癌、宫颈癌、膀胱癌、子宫癌和子宫内膜癌,以及肾细胞癌、骨癌、胰腺癌、皮肤癌、皮肤或眼内黑色素瘤、内分泌系统癌、甲状腺癌、甲状旁腺癌、头颈癌、乳腺癌、胃肠癌和神经系统癌、良性病变例如乳头状瘤等。
化学治疗剂:本文使用的术语“化学治疗剂”具有其本领域理解的含义,是指一种或多种促细胞凋亡剂、细胞生长抑制剂和/或细胞毒剂,例如具体包括用于和/或推荐用于治疗一种或多种疾病、与不良细胞增殖有关的病症或病况的药剂。在许多实施方案中,化学治疗剂可用于治疗癌症。在一些实施方案中,化学治疗剂可以是或包含一种或多种烷化剂、一种或多种蒽环类、一种或多种细胞骨架破坏剂(例如微管靶向剂,例如紫杉烷、美登素及其类似物)、一种或多种埃博霉素,一种或多种组蛋白脱乙酰酶抑制剂HDAC)、一种或多种拓扑异构酶抑制剂(例如,拓扑异构酶I和/或拓扑异构酶II的抑制剂)、一种或多种激酶抑制剂、一种或多种核苷酸类似物或核苷酸前体类似物、一种或多种肽抗生素、一种或多种铂类药物、一种或多种类视黄醇、一种或多种长春花生物碱和/或以下一种或多种物质的一种或多种类似物(即共有相关的抗增殖活性)。在一些特定的实施方案中,化学治疗剂可以是或包含以下的一种或多种:放线菌素、全反式维甲酸、奥瑞他汀、阿扎胞苷、硫唑嘌呤、博来霉素、硼替佐米、卡铂、卡培他滨、顺铂、苯丁酸氮芥、环磷酰胺、姜黄素、阿糖胞苷、柔红霉素、多西紫杉醇、多西氟尿啶、多柔比星、表柔比星、埃坡霉素、依托泊苷、氟尿嘧啶、吉西他滨、羟基脲、伊达比星、伊马替尼、伊立替康、美登素和/或其类似物(例如DM1)氮芥、巯嘌呤、甲氨蝶呤、米托蒽醌、美登木素生物碱、奥沙利铂、紫杉醇、培美曲塞、替尼泊苷、硫鸟嘌呤、拓扑替康、戊柔比星、长春花碱、长春新碱、长春地辛、长春瑞滨及其组合。在一些实施方案中,化学治疗剂可用于抗体-药物缀合物的情况。在一些实施方案中,化学治疗剂是在选自以下的抗体-药物缀合物中发现的一种:hLL1-多柔比星、hRS7-SN-38、hMN-14-SN-38、hLL2-SN-38、hA20-SN-38、hPAM4-SN-38、hLL1-SN-38、hRS7-Pro-2-P-Dox、hMN-14-Pro-2-P-Dox、hLL2-Pro-2-P-Dox、hA20-Pro-2-P-Dox、hPAM4-Pro-2-P-Dox、hLL1-Pro-2-P-Dox、P4/D10-多柔比星、吉妥珠单抗(gemtuzumab ozogamicin)、本妥昔单抗(brentuximab vedotin)、恩美曲妥珠单抗(trastuzumab emtansine)、奥英妥珠单抗(Inotuzumab ozogamicin)、格巴妥木单抗(glembatumomab vedotin)、SAR3419、SAR566658、BIIB015、BT062、SGN-75、SGN-CD19A、AMG-172、AMG-595、BAY-94-9343、ASG-5ME、ASG-22ME、ASG-16M8F、MDX-1203、MLN-0264、抗-PSMA ADC、RG-7450、RG-7458、RG-7593、RG-7596、RG-7598、RG-7599、RG-7600、RG-7636、ABT-414、IMGN-853、IMGN-529、玛汀-沃瑟妥珠单抗(vorsetuzumab mafodotin)和莫星-洛沃妥珠单抗(lorvotuzumab mertansine)。
工程化:一般来说,术语“工程化”是指被人工操纵的方面。例如,当多肽序列被人工操纵时,多肽被认为是“工程化”的。例如,在本发明的一些实施方案中,工程化的多肽包含这样的序列,该序列包括一个或多个氨基酸突变、缺失和/或插入,这些突变、缺失和/或插入是人工引入参考多肽序列的。在一些实施方案中,工程化的多肽包括已经通过人工融合(即,共价连接)到一种或多种另外的多肽以形成不会在体内天然存在的融合多肽的多肽。相比之下,如果细胞或生物体被操纵以致其遗传信息被改变(例如,引入了以前不存在的新遗传物质,例如通过转化、交配、体细胞杂交、转染、转导或其他机制,或先前存在的遗传物质被改变或去除,例如通过替代或缺失突变,或通过交配方案),则细胞或生物体被认为是“工程化”的。正如通常的做法和本领域技术人员所理解的,工程化多肽或细胞的衍生物和/或后代通常仍然被称为“工程化”的,即使实际操作是在先前的实体上进行的。
药物组合物:如本文所用,术语“药物组合物”是指其中活性剂与一种或多种药学上可接受的承载体配制在一起的组合物。在一些实施方案中,该组合物适合施用于人类或动物受试者。在一些实施方案中,活性剂以适合在治疗方案中施用的单位剂量存在,该治疗方案显示当施用至相关群体时实现预定治疗效果的统计显著概率。
多肽:如本文所用,术语“多肽”通常具有其本领域公认的至少三个氨基酸的聚合物的含义。本领域普通技术人员将理解,术语“多肽”意在足够笼统以不仅涵盖具有本文所述的完整序列的多肽,而且涵盖代表这样的完整多肽的功能片段的多肽(即,片段至少保留一种活性)。此外,本领域普通技术人员理解蛋白序列通常容忍一些取代而不破坏活性。因此,任何保留活性并与另一种相同类别的多肽具有至少约30-40%总体序列同一性(通常大于约50%、60%、70%或80%)并且通常还包括在一个或多个高度保守的区域(通常包含至少3-4个,通常多达20个或更多个氨基酸)中的至少一个具有更高同一性(通常大于90%或甚至95%、96%、97%、98%或99%)的区域的任何多肽包含在本文所用的相关术语“多肽”中。多肽可包含L-氨基酸、D-氨基酸或两者,并且可包含本领域已知的多种氨基酸修饰或类似物中的任何一种。有用的修饰包括例如末端乙酰化、酰胺化、甲基化等。在一些实施方案中,蛋白可包含天然氨基酸、非天然氨基酸、合成氨基酸及其组合。术语“肽”通常用于指长度小于约100个氨基酸、小于约50个氨基酸、小于20个氨基酸或小于10个氨基酸的多肽。在一些实施方案中,蛋白是抗体试剂、抗体片段、其生物活性部分和/或其特征部分。
重组:如本文所用,意指通过重组方式设计、工程化、制备、表达、产生、制造和/或分离的多肽,例如使用转染到宿主细胞中的重组表达载体表达的多肽;从重组的、组合的人多肽文库中分离的多肽;从其是转基因的或以其他方式被操纵以表达编码和/或指导多肽或其一个或多个组分、部分、元件或结构域的表达的一个或多个基因或基因组分的动物(例如,小鼠、兔、羊、鱼等)分离的多肽;和/或通过任何其他方式(包括将选定的核酸序列元件剪接或相互连接、化学合成选定的序列元件和/或以其他方式产生编码和/或指导多肽或其一种或多种组分、部分、元件或结构域的表达的核酸)制备、表达、创建或分离的多肽。在一些实施方案中,一种或多种此类选定的序列元件是在自然界中发现的。在一些实施方案中,一种或多种此类选定的序列元件是计算机设计的。在一些实施方案中,一种或多种此类选定的序列元件由已知序列元件(例如来自天然或合成来源,例如感兴趣的源生物体(例如,人类、小鼠等)的种系中的)的诱变(例如,体内或体外)产生。
特异性结合:如本文所用,术语“特异性结合”是指在结合发生的环境中区分可能的结合配偶体的能力。当存在其他潜在靶标时与一个特定靶标相互作用的结合剂被称为“特异性结合”至与其相互作用的靶标。在一些实施方案中,特异性结合通过检测或确定结合剂与其配偶体之间的结合程度来评估;在一些实施方案中,通过检测或确定结合剂-配偶体复合物的解离程度来评估特异性结合;在一些实施方案中,通过检测或确定结合剂竞争其配偶体与另一实体之间的替代相互作用的能力来评估特异性结合。在一些实施方案中,特异性结合是通过在一定浓度范围内进行此类检测或确定来评估的。
受试者:如本文所用,术语“受试者”是指生物体,通常是哺乳动物(例如,人,在一些实施方案中包括产前人类形式)。在一些实施方案中,受试者患有相关疾病、病症或病况。在一些实施方案中,受试者易患疾病、病症或病况。在一些实施方案中,受试者表现出疾病、病症或病况的一种或多种症状或特征。在一些实施方案中,受试者不表现出疾病、病症或病况的任何症状或特征。在一些实施方案中,受试者是具有一种或多种特征的人,这些特征是对疾病、病症或病况的易感性或风险特征。在一些实施方案中,受试者是患者。在一些实施方案中,受试者是正在和/或已经对其进行诊断和/或治疗的个体。
治疗剂:如本文所用,短语“治疗剂”一般是指当施用于生物体时引发所需药理作用的任何药剂。在一些实施方案中,如果药剂在适当群体中表现出统计上显著的效果,则该药剂被认为是治疗剂。在一些实施方案中,合适的群体可以是模式生物群体。在一些实施方案中,合适的群体可以通过各种标准来定义,例如某个年龄组、性别、遗传背景、先前存在的临床状况等。在一些实施方案中,治疗剂是可以用于减轻、改善、缓解、抑制、预防、延迟疾病、病症和/或病况的一种或多种症状或特征的发作、降低其严重程度和/或降低其发生率。在一些实施方案中,“治疗剂”是已经或需要政府机构批准的药剂,然后其才能销售给人类使用。在一些实施方案中,“治疗剂”是需要医学处方才能施用于人类的药剂。
治疗有效量:如本文所用,术语“治疗有效量”是指当根据治疗给药方案施用至患有或易患疾病、病症和/或病况的群体时足以治疗疾病、病症和/或病况的量。在一些实施方案中,治疗有效量是降低疾病、病症和/或病况的一种或多种症状的发生率和/或严重程度、稳定其一种或多种特征和/或延迟其发作的量。本领域普通技术人员将理解,术语“治疗有效量”实际上不需要在特定个体中实现成功治疗。相反,治疗有效量可以是当施用于需要这种治疗的患者时在显著数量的受试者中提供特定期望的药理学反应的量。例如,在一些实施方案中,术语“治疗有效量”是指当在本发明治疗的背景下施用于有需要的个体时将阻断、稳定、减弱或逆转在所述个体中发生的癌症支持过程,或将增强或增加所述个体中的癌症抑制过程的量。在癌症治疗的背景下,“治疗有效量”是当施用于诊断出患有癌症的个体时将预防、稳定、抑制或减少个体中癌症的进一步发展的量。本文所述组合物的特别优选的“治疗有效量”逆转(在治疗性治疗中)恶性肿瘤如胰腺癌的发展或有助于实现或延长恶性肿瘤的缓解。施用于个体以治疗该个体中的癌症的治疗有效量可以与施用以促进缓解或抑制转移的治疗有效量相同或不同。与大多数癌症疗法一样,本文所述的治疗方法不应被解释为、局限于或以其他方式限于癌症的“治愈”;相反,治疗方法涉及使用所描述的组合物来“治疗”癌症,即对患有癌症的个体的健康产生期望的或有益的改变。此类益处已被肿瘤学领域的熟练医疗保健提供者所认可,包括但不限于稳定患者状况、缩小肿瘤大小(肿瘤消退)、改善生命机能(例如,改善癌变组织或器官的功能),进一步转移的减少或抑制,机会性感染的减少,生存能力的增加,疼痛的减少,运动功能的改善,认知功能的改善,能量感的改善(活力,减少的不适感),改善的健康感觉、正常食欲的恢复、健康体重增加的恢复及其组合。此外,个体中特定肿瘤的消退(例如,作为本文所述的治疗的结果)也可以通过从肿瘤诸如胰腺癌的部位采集癌细胞样品(例如,在治疗过程中)并测试癌细胞的代谢和信号传导标志物水平以监测癌细胞的状态以在分子水平上验证癌细胞消退为恶性程度较低的表型来评估。例如,通过使用本发明的方法诱导的肿瘤消退将通过发现上文讨论的任何促血管生成标志物的减少、本文描述的抗血管生成标志物的增加、在被诊断患有癌症的个体中表现出异常活动的代谢途径、细胞间信号传导途径或细胞内信号传导途径的正常化(即,向在未患癌症的正常个体中发现的状态的改变)来指示。本领域普通技术人员将理解,在一些实施方案中,治疗有效量可以以单一剂量配制和/或施用。在一些实施方案中,治疗上有效量可以以多个剂量配制和/或施用,例如,作为给药方案的一部分。
变体:如本文在分子例如核酸、蛋白或小分子的上下文中使用的,术语“变体”是指与参考分子显示显著结构同一性但在结构上不同于参考分子(例如,与参考实体相比,在一个或多个化学部分的存在或不存在或水平方面不同)的分子。在一些实施方案中,变体在功能上也不同于其参考分子。通常,特定分子是否被适当地认为是参考分子的“变体”是基于其与参考分子的结构同一性程度。正如本领域技术人员所理解的,任何生物或化学参考分子都具有某些特征性结构元件。根据定义,变体是一种独特的分子,它与参考分子共有一个或多个此类特征性结构元件但至少在一个方面上与参考分子不同。仅举几个例子,多肽可能具有由多个氨基酸组成的特征序列元件,这些氨基酸在线性或三维空间中具有相对于彼此的指定位置和/或促成特定结构基序和/或生物学功能;核酸可以具有由多个核苷酸残基组成的特征序列元件,这些核苷酸残基在线性或三维空间中具有相对于彼此的指定位置。在一些实施方案中,由于氨基酸或核苷酸序列的一个或多个差异,变体多肽或核酸可能不同于参考多肽或核酸。在一些实施方案中,变体多肽或核酸显示与参考多肽或核酸的总体序列同一性为至少85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%或99%。在一些实施方案中,变体多肽或核酸不与参考多肽或核酸共有至少一个特征序列元件。在一些实施方案中,参考多肽或核酸具有一种或多种生物活性。在一些实施方案中,变体多肽或核酸具有参考多肽或核酸的一种或多种生物学活性。
载体:如本文所用,是指能够转运与其连接的另一核酸的核酸分子。一种类型的载体是“质粒”,它指的是另外的DNA片段可以连接到其中的环状双链DNA环。另一种类型的载体是病毒载体,其中另外的DNA片段可以连接到病毒基因组中。某些载体能够在它们被引入其中的宿主细胞中自主复制(例如,具有细菌复制起点的细菌载体和附加型哺乳动物载体)。其他载体(例如,非附加型哺乳动物载体)可以在引入宿主细胞后整合到宿主细胞的基因组中,从而与宿主基因组一起复制。此外,某些载体能够指导与其可操作连接的基因的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。标准技术可用于重组DNA、寡核苷酸合成以及组织培养和转化(例如,电穿孔、脂质转染)。酶促反应和纯化技术可根据制造商的说明书或如本领域通常完成的或如本文所述进行。前述技术和程序通常可以根据本领域公知的常规方法以及如在本说明书通篇引用和讨论的各种一般和更具体的参考文献中描述的那样进行。参见例如,Sambrook等人,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 2nd ed.,Cold SpringHarbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.(1989)),其出于任何目的通过引用并入本文。
白细胞介素-2(IL-2)
白细胞介素-2(IL-2)是免疫系统中的细胞因子信号传导分子。IL-2调节白血球(例如白细胞、淋巴细胞)的活性,并通过与淋巴细胞表达的IL-2受体(例如IL2-RA、IL2-RB)结合来介导其作用。此外,在免疫反应期间,激活的抗原特异性CD4+和CD8+T细胞是IL-2的主要来源,其然后被CD25+效应T细胞和TReg细胞消耗。此外,IL-2已显示通过与各种IL-2受体(包括单体、二聚体和三聚体IL-2受体)结合发挥刺激和调节功能。一些T细胞(例如,TReg细胞)表达由IL2-RA(CD25)、IL2-RB(CD122)和常见细胞因子受体γ链(CD132)亚基组成的高亲和力异源三聚体受体。相反,幼稚CD8 T细胞、CD4/CD8记忆性T细胞和NK细胞表达较低亲和力的二聚体受体,其缺乏IL2-RA亚基。
IL-2在免疫系统、耐受性和免疫力的关键功能中发挥作用,主要是通过其对T细胞的直接作用。当初始T细胞也受到抗原刺激时,IL-2还促进T细胞分化为效应T细胞和记忆性T细胞。在一些在实施方案中,IL-2由次级淋巴器官中活化的CD4+T细胞产生。然后,分泌的IL-2在同一位点被表达IL-2受体亚基CD25(例如IL-2Ra)的调节性T(TReg)细胞消耗。在一些实施方案中,在免疫反应期间,活化的抗原特异性CD4+和CD8+T细胞产生大量IL-2,其然后被CD25+效应T细胞和TReg细胞消耗。
IL-2已被证明是由次级淋巴器官中活化的T细胞产生的,在那里它被这些细胞和其他CD25+细胞(包括TReg细胞)消耗。在一些实施方案中,IL-2激活TReg细胞和细胞毒性淋巴细胞的能力可以通过使用低剂量IL-2免疫疗法以仅增加自身免疫、慢性炎症病况和移植物排斥中的TReg细胞数量来规避。在一些实施方案中,高剂量IL-2施用可用于扩增细胞毒性淋巴细胞群以用于治疗转移性癌症。选择性IL-2免疫疗法的另一种方法是使用改进的IL-2制剂,例如与特定IL-2特异性单克隆抗体结合的IL-2,或对CD25或CD122具有增加的亲和力的IL-2突变蛋白(例如,IL-2Rβ)。在一些实施方案中,引入针对IL-2的特定突变以产生IL-2变体,其中特定突变诱导与IL2-RA或IL2-RB的优先结合,从而刺激特定免疫细胞亚群。
蛋白
本文提供的蛋白包括选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:18。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:4。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:6。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:8。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:10。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:12。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:14。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:16。在一些实施方案中,蛋白包含SEQ ID NO:18。在一些实施方案中,蛋白还包括免疫球蛋白Fc区。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区包含SEQ ID NO:20。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽键与蛋白连接。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与蛋白连接。在一些实施方案中,蛋白连接至免疫球蛋白Fc区的羧基末端。在一些实施方案中,蛋白还包括一个或多个结构域(例如,一个或多个功能结构域,例如细胞因子)。
在一些实施方案中,蛋白是IL-2蛋白。在一些实施方案中,IL-2蛋白是人白细胞介素-2(IL-2)蛋白。在一些实施方案中,IL-2蛋白是可溶性IL-2蛋白。在一些实施方案中,IL-2蛋白是蛋白结合剂。在一些实施方案中,IL-2蛋白可以与另一种抗体试剂组合使用。在一些实施方案中,IL-2蛋白可以结合抗体试剂。在一些实施方案中,IL-2蛋白用于IL-2融合蛋白。在一些实施方案中,IL-2融合蛋白可以包括IL-2蛋白和免疫球蛋白Fc区。在一些实施方案中,融合蛋白包括将Fc结构域和特定肽或蛋白融合在一起的接头。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽键连接至特定肽或蛋白。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与特定肽或蛋白连接。在一些实施方案中,特定肽或蛋白连接至免疫球蛋白Fc区的羧基末端。在一些实施方案中,IL-2蛋白包含SEQ ID NO:2。在一些实施方案中,IL-2蛋白包括选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ IDNO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:18。
本文提供了白细胞介素(IL)-2蛋白,其包括选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQID NO:18。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:4。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:6.在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:8。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:10。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:12。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:14。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:16。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白包含SEQ ID NO:18。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白还包括免疫球蛋白Fc区。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区包含SEQ ID NO:20。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽键与人白细胞介素-2蛋白连接。在一些实施方案中,免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与人白细胞介素-2蛋白连接。在一些实施方案中,白细胞介素-2蛋白与免疫球蛋白Fc区的羧基末端连接。
核酸
如本文所用,“核酸”用于包括包含多核苷酸的任何化合物和/或物质。示例性核酸或多核苷酸可包括但不限于核糖核酸(RNA)和/或脱氧核糖核酸(DNA)。
本文提供的核酸包括编码IL-2蛋白的序列,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQID NO:17。在一些实施方案中,核酸还包括编码免疫球蛋白Fc区的序列。在一些实施方案中,编码免疫球蛋白Fc区的序列包含SEQ ID NO:19。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:3。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:5。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:7。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:9。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:11。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:13。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:15。在一些实施方案中,编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:17。
SEQ ID NO:1-野生型人IL-2
Figure BDA0004043860270000221
SEQ ID NO:2-野生型IL-2(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000222
SEQ ID NO:3-IL2_V1
Figure BDA0004043860270000223
SEQ ID NO:4-IL2_V1(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000231
SEQ ID NO:5-IL2_V2
Figure BDA0004043860270000232
SEQ ID NO:6-IL2_V2(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000233
SEQ ID NO:7-IL2_V3
Figure BDA0004043860270000234
SEQ ID NO:8-IL2_V3(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000235
SEQ ID NO:9-IL2_V4
Figure BDA0004043860270000241
SEQ ID NO:10-IL2_V4(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000242
SEQ ID NO:11-IL2_V5
Figure BDA0004043860270000243
SEQ ID NO:12-IL2_V5(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000244
SEQ ID NO:13-IL2_V4_R38A
Figure BDA0004043860270000245
SEQ ID NO:14-IL2_V4_R38A(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000251
SEQ ID NO:15-IL2_V4_F42A
Figure BDA0004043860270000252
SEQ ID NO:16-IL2_V4_F42A(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000253
SEQ ID NO:17-IL2_V4_R38A_F42A
Figure BDA0004043860270000254
SEQ ID NO:18-IL2_V4_R38A_F42A(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000255
SEQ ID NO:19-Fc(207-230IMGT等位基因IGHG1*03、231-457IMGT等位基因IGHG2*01)
Figure BDA0004043860270000261
SEQ ID NO:20-Fc(207-230IMGT等位基因IGHG1*03、231-457IMGT等位基因IGHG2*01)(氨基酸)
Figure BDA0004043860270000262
载体
在一些实施方案中,可通过本领域已知的方法将上述核酸构建体插入表达载体或病毒载体中,并且可将核酸分子可操作地连接至表达控制序列。表达载体的非限制性实例包括质粒载体、转座子载体、粘粒载体和病毒衍生载体(例如,任何腺病毒衍生载体(AV)、巨细胞病毒衍生(CMV)载体、猿猴病毒衍生(SV40)载体、腺相关病毒(AAV)载体、慢病毒载体和逆转录病毒载体)。在一些实施方案中,表达载体是病毒载体。
可以将另外的序列添加到此类克隆和/或表达序列以优化它们在克隆和/或表达中的功能,以帮助分离多核苷酸,或改善多核苷酸向细胞中的引入。克隆载体、表达载体、衔接子和接头的使用是本领域众所周知的。
在一些实施方案中,将核酸分子插入载体中,该载体在被引入合适的细胞中时能够表达本公开内容的IL-2蛋白。在一些实施方案中,载体包含本文所述的任何核酸。在一些实施方案中,载体进一步包含可操作地连接至核酸的启动子。在一些实施方案中,启动子是组成型启动子。在一些实施方案中,启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中,载体是病毒载体。在一些实施方案中,病毒载体是慢病毒载体。
本文还提供了药物组合物,其包含本文所述的任何蛋白和药学上可接受的承载体。在一些实施方案中,药物组合物包含本文所述的任何核酸或任何载体。本文还提供了包含本文所述的任何核酸或任何载体的细胞。在一些实施方案中,药物组合物包含本文所述的任何细胞和药学上可接受的承载体。
本文还提供了产生IL-2蛋白的方法,该方法包括(a)在足以表达IL-2蛋白的条件下在培养基中培养本文所述的任何细胞;和(b)从细胞和/或培养基中回收IL-2蛋白。
治疗应用
在一些实施方案中,本文所述的IL-2蛋白或核酸构建体可用于治疗有需要的受试者。在一些实施方案中,受试者被诊断患有IL-2相关疾病。在一些实施方案中,受试者被诊断患有IL-2相关癌症。在一些实施方案中,可将包含IL-2蛋白和药学上可接受的承载体的药物组合物施用于诊断患有IL-2相关疾病的受试者。在一些实施方案中,药物组合物可以与一种或多种另外的抗癌疗法(包括但不限于电离辐射、化学治疗剂、治疗性抗体和检查点抑制剂)一起施用。
白细胞介素-2(IL-2)是一种改变机体对癌细胞的反应的细胞因子,其中IL-2有助于增加免疫系统不同成分(例如T淋巴细胞和天然杀伤(NK)细胞)的产生。此外,IL-2还改善其他免疫系统细胞(例如,淋巴因子激活的杀伤细胞和肿瘤浸润淋巴细胞)的功能,从而帮助治疗癌症。在一些实施方案中,IL-2用于治疗癌症,所述癌症可以包括但不限于肾细胞(肾)癌、转移性黑色素瘤和晚期非霍奇金淋巴瘤。
癌症可以指一组广泛的疾病,其特征是体内异常细胞的不受控制的生长。不受控制的细胞分裂和生长导致恶性肿瘤的形成,这些肿瘤会侵入邻近组织,并且还可能通过淋巴系统或血流转移到身体的远处部位。癌症或癌症组织可包括肿瘤。
本文提供了治疗受试者的癌症的方法,该方法包括向受试者施用治疗有效量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中,癌症是癌、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤、白血病、鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、其他淋巴增生性疾病或各种类型的头颈癌。在一些实施方案中,癌症是实体瘤。在一些实施方案中,癌症是结直肠癌。在一些实施方案中,受试者先前已被施用一种或多种选自以下的另外的抗癌疗法:电离辐射、化学治疗剂、治疗性抗体和检查点抑制剂。在一些实施方案中,受试者已被鉴定或诊断为患有癌症。
适合通过本公开内容的方法治疗的癌症可包括但不限于膀胱癌、乳腺癌、宫颈癌、结肠癌、子宫内膜癌、食道癌、输卵管癌、胆囊癌、胃肠癌、头颈癌、血液癌、喉癌、肝癌、肺癌、淋巴瘤、黑色素瘤、间皮瘤、卵巢癌、原发性腹膜癌、唾液腺癌、肉瘤、胃癌、甲状腺癌、胰腺癌和前列腺癌。在一些实施方案中,用于通过本公开内容的方法治疗的癌症可包括但不限于癌、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤和白血病。在一些实施方案中,癌症可包括鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、肝细胞癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、白血病和其他淋巴增生性疾病,以及各种类型的头颈癌。在一些实施方案中,癌症可以是胚胎性肿瘤(肾母细胞瘤、肝母细胞瘤、横纹肌样瘤、神经母细胞瘤)、生殖细胞瘤(卵黄囊瘤、未成熟畸胎瘤和胚胎癌)、癌(肝细胞癌和肺鳞状细胞癌)、肉瘤(恶性横纹肌样瘤和RMS),或恶性黑色素瘤。
本文还提供了增加受试者中记忆性CD8+T细胞的方法,其包括向受试者(例如,患有本文所述的任何癌症的任何受试者)施用治疗有效量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中,该方法导致记忆性CD8+T细胞(例如,如实施例部分所述测量的)中,例如与施用前的记忆性CD8+T细胞水平相比,约1%增加至约100%增加、约1%增加至约80%增加、约1%增加至约60%增加、约1%增加至约40%增加、约1%增加至约20%增加、约1%增加至约15%增加、约1%增加至约10%增加、约1%增加至约5%增加、约5%增加至约100%增加、约5%增加至约80%增加、约5%增加至约60%增加、约5%增加至约40%增加、约5%增加至约20%增加、约5%增加至约15%增加、约5%增加至约10%增加、约10%增加至约100%增加、约10%增加至约80%增加、约10%增加至约60%增加、约10%增加至约40%增加、约10%增加至约20%增加、约10%增加至约15%增加、约15%增加至约100%增加、约15%增加至约80%增加、约15%增加至约60%增加、约15%增加至约40%增加、约15%增加至约20%增加、约20%增加至约100%增加、约20%增加至约80%增加、约20%增加至约60%增加、约20%增加至约40%增加、约40%增加至约100%增加、约40%增加至约80%增加、约40%增加至约60%增加、约60%增加至约100%增加、约60%增加至约80%增加,或者约*0%增加至约100%增加。
本文还提供了增加受试者中CD8+T细胞的方法,包括向受试者(例如,患有本文所述的任何癌症的任何受试者)施用治疗有效量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中,该方法导致CD8+T细胞中(例如,如实施例部分所述测量的),例如与施用前的CD8+T细胞水平相比,约1%增加至约100%增加、约1%增加至约80%增加、约1%增加至约60%增加、约1%增加至约40%增加、约1%增加至约20%增加、约1%增加至约15%增加、约1%增加至约10%增加、约1%增加至约5%增加、约5%增加至约100%增加、约5%增加至约80%增加、约5%增加至约60%增加、约5%增加至约40%增加、约5%增加至约20%增加、约5%增加至约15%增加、约5%增加至约10%增加、约10%增加至约100%增加、约10%增加至约80%增加、约10%增加至约60%增加、约10%增加至约40%增加、约10%增加至约20%增加、约10%增加至约15%增加、约15%增加至约100%增加、约15%增加至约80%增加、约15%增加至约60%增加、约15%增加至约40%增加、约15%增加至约20%增加、约20%增加至约100%增加、约20%增加至约80%增加、约20%增加至约60%增加、约20%增加至约40%增加、约40%增加至约100%增加、约40%增加至约80%增加、约40%增加至约60%增加、约60%增加至约100%增加、约60%增加至约80%增加,或者约*0%增加至约100%增加。
本文还提供了减少受试者的实体瘤中Treg细胞的方法,包括向受试者(例如,患有本文所述任何癌症的任何受试者)施用治疗有效量的本文所述任何药物组合物。在一些实施方案中,该方法导致例如与施用前受试者的实体瘤中的Treg细胞水平相比,受试者的实体瘤中Treg细胞的水平的约1%减少至约99%减少、约1%减少至约80%减少、约1%减少至约60%减少、约1%减少至约40%减少、约1%减少至约20%减少、约1%减少至约15%减少、约1%减少至约10%减少、约1%减少至约5%减少、约5%减少至约99%减少,约5%减少至约80%减少、约5%减少至约60%减少、约5%减少至约40%减少、约5%减少至约20%减少、约5%减少至约15%减少、约5%减少至约10%减少、约10%减少至约99%减少、约10%减少至约80%减少、约10%减少至约60%减少、约10%减少至约40%减少、约10%减少至约20%减少、约10%减少至约15%减少、约15%减少至约99%减少、约15%减少至约80%减少、约15%减少至约60%减少、约15%减少至约40%减少、约15%减少至约20%减少、约20%减少至约99%减少、约20%减少至约80%减少、约20%减少至约60%减少、约20%减少至约40%减少、约40%减少至约99%减少、约40%减少至约80%减少、约40%减少至约60%减少、约60%减少至约99%减少、约60%减少至约80%减少、约80%减少至约99%减少。实施例中描述了检测Treg细胞的非限制性方法。
本文还提供了减少受试者的实体瘤的生长速率的方法,包括向受试者(例如,患有本文所述任何癌症的任何受试者)施用治疗有效量的本文描述的任何药物组合物。在一些实施方案中,该方法导致例如与施用前实体瘤的生长速率相比,受试者的实体瘤的生长速率的约1%减少至约99%减少、约1%减少至约80%减少、约1%减少至约60%减少、约1%减少至约40%减少、约1%减少至约20%减少、约1%减少至约15%减少、约1%减少至约10%减少、约1%减少至约5%减少、约5%减少至约99%减少,约5%减少至约80%减少、约5%减少至约60%减少、约5%减少至约40%减少、约5%减少至约20%减少、约5%减少至约15%减少、约5%减少至约10%减少、约10%减少至约99%减少、约10%减少至约80%减少、约10%减少至约60%减少、约10%减少至约40%减少、约10%减少至约20%减少、约10%减少至约15%减少、约15%减少至约99%减少、约15%减少至约80%减少、约15%减少至约60%减少、约15%减少至约40%减少、约15%减少至约20%减少、约20%减少至约99%减少、约20%减少至约80%减少、约20%减少至约60%减少、约20%减少至约40%减少、约40%减少至约99%减少、约40%减少至约80%减少、约40%减少至约60%减少、约60%减少至约99%减少、约60%减少至约80%减少、约80%减少至约99%减少。在一些实施方案中,实体瘤的生长速率可以使用磁共振成像或计算机断层扫描对实体瘤体积随时间的多次评估来确定。
本文还提供了减小受试者的实体瘤的体积的方法,包括向受试者(例如,患有本文所述任何癌症的任何受试者)施用治疗有效量的本文所述的任何药物组合物。在一些实施方案中,该方法导致例如与施用前实体瘤的体积相比,受试者的实体瘤的体积的约1%减少至约99%减少、约1%减少至约80%减少、约1%减少至约60%减少、约1%减少至约40%减少、约1%减少至约20%减少、约1%减少至约15%减少、约1%减少至约10%减少、约1%减少至约5%减少、约5%减少至约99%减少,约5%减少至约80%减少、约5%减少至约60%减少、约5%减少至约40%减少、约5%减少至约20%减少、约5%减少至约15%减少、约5%减少至约10%减少、约10%减少至约99%减少、约10%减少至约80%减少、约10%减少至约60%减少、约10%减少至约40%减少、约10%减少至约20%减少、约10%减少至约15%减少、约15%减少至约99%减少、约15%减少至约80%减少、约15%减少至约60%减少、约15%减少至约40%减少、约15%减少至约20%减少、约20%减少至约99%减少、约20%减少至约80%减少、约20%减少至约60%减少、约20%减少至约40%减少、约40%减少至约99%减少、约40%减少至约80%减少、约40%减少至约60%减少、约60%减少至约99%减少、约60%减少至约80%减少、约80%减少至约99%减少。在一些实施方案中,实体瘤的体积可以使用磁共振成像或计算机断层扫描来确定。
实施例
本公开内容在以下实施例中进一步描述,其不限制权利要求中描述的本公开内容的范围。
实施例1-IL-2的变体
使用IL2-G4S接头-Fc_pcDNA3.3质粒产生IL-2蛋白。表1列出了野生型IL-2和IL-2蛋白变体的序列。具体而言,使用动物细胞表达载体pcDNA3.3产生IL-2蛋白,其中限制性内切酶EcoRI和BamHI在限制性酶位点插入。人IL-2信号肽(UniPortKB:P60568)用于信号肽(P60568的1aa-20aa),207aa-230aa IMGT等位基因IGHG1*03、231aa-457aa IMGT等位基因IGHG2*01用于Fc区。编码IL-2蛋白的DNA构建体如图1所示。
表1
Figure BDA0004043860270000331
实施例2-IL-2变体的分析和表征
将IL-2变体插入质粒中,并用于使用Expi293表达系统(Invitrogen)产生IL-2蛋白。然后使用AktaPure(GE healthcare)、AktaPrime纯化仪(GE healthcare)和MabselectSURE柱(GE healthcare,Cat#11-0034-95)纯化蛋白。纯化的蛋白通过脱盐柱(GEhealthcare,Cat#17-1408-01)并使用Multiskan GO(Thermo)测量蛋白浓度。结果如表2所示。
表2
Figure BDA0004043860270000332
实施例3-使用SDS-PAGE分析蛋白
将IL-2变体添加到LDS样品缓冲液(Invitrogen,Cat#B0007)中,其中将样品还原剂(Invitrogen,Cat#B0004)添加到还原条件组中,并在70℃下孵育10分钟。将SDS电泳缓冲液(Bio-rad,Cat#1610732)添加到准备好的样品中,并使用Mini-PROTEIN TGX Stain-FreeGel(Bio-rad,Cat#456-8096)运行样品30分钟。使用Chemidoc(Bio-rad)分析结果(图2)。
实施例4-分析对IL-2受体的亲和力
使用表面等离子共振(SPR)分析IL-2变体对IL-2受体、IL2-RA和IL2-RB的亲和力。将IL-2变体稀释至2ug/mL的浓度,然后固定在CM5芯片(GE healthcare,Cat#BR-1005-30)上。受体IL-2RA或IL-2RB(Sino)以100、50、25、12.5、6.25、3.125nM的浓度注射,缔合时间为150秒,解离时间为240秒。Biacore T200(GE healthcare)用于测量和分析每个IL-2变体的亲和力,其中通过BIAevaluation软件使用1:1结合模型分析结果。结果显示IL2_V4对IL2-RB的亲和力保持最接近于野生型IL-2的亲和力(表3、表4)。
表3.对IL2-RA的亲和力
Figure BDA0004043860270000341
表4.对IL2-RB的亲和力
Figure BDA0004043860270000342
实施例5-尺寸排阻色谱
使用HPLC(Agilent Technologies,1260infinity II LC系统)和尺寸排阻柱(Tosoh,TSKgel G3000 SWXL,7.8x300mm,部件号0008541,柱号004E04320E)分析IL-2变体。在运行HPLC仪器时,流动相中使用了包含PBS pH7.4的洗脱液。凝胶过滤标准品(BIO-RAD,Cat.#151-1901)用于对照(图3A-3G)。
实施例6-来自IL2_V4的另外的IL-2变体
如实施例1中所述产生另外的IL-2变体。另外的IL-2变体的序列示于表5中。
表5
Figure BDA0004043860270000351
实施例7-另外的IL-2变体的分析和表征
将另外的IL-2变体插入质粒中,并用于使用Expi293表达系统(Invitrogen)产生IL-2蛋白。如实施例2中所述分析和表征蛋白。结果显示在表6中。
表6
Figure BDA0004043860270000352
实施例8-用SDS-PAGE分析蛋白
将另外的IL-2变体添加到LDS样品缓冲液(Invitrogen,Cat#B0007)中,其中将样品还原剂(Invitrogen,Cat#B0004)添加到还原条件组中,并在70℃下孵育10分钟。将SDS电泳缓冲液(Bio-rad,Cat#1610732)添加到准备好的样品中,并使用Mini-PROTEIN TGXStain-Free Gel(Bio-rad,Cat#456-8096)运行样品30分钟,如实施例3中所述。使用Chemidoc(Bio-rad)分析结果(图4)。
实施例9-分析对IL-2受体的亲和力
使用表面等离子共振(SPR)分析另外的IL-2变体对IL-2受体、IL2-RA和IL2-RB的亲和力。将IL-2变体稀释至2ug/mL的浓度,然后固定在CM5芯片(GE healthcare,Cat#BR-1005-30)上。Biacore T200(GE healthcare)用于测量和分析每个IL-2变体的亲和力,其中通过BIAevaluation软件使用1:1结合模型分析结果,如实施例4中所述。结果显示在表7和表8。
表7.对IL2-RA的亲和力
Figure BDA0004043860270000361
表8.对IL2-RB的亲和力
Figure BDA0004043860270000362
实施例10-尺寸排阻色谱
使用HPLC(Agilent Technologies,1260infinity II LC系统)和尺寸排阻柱(Tosoh,TSKgel G3000 SWXL,7.8x300mm,部件号0008541,柱号004E04320E)分析另外的IL-2变体,在运行HPLC仪器时,流动相中使用了包含PBS pH7.4的洗脱液,如实施例5中所述。凝胶过滤标准品(BIO-RAD,Cat.#151-1901)用于对照(图5A-5D)。
实施例11-IL-2变体在体内小鼠模型中的功效的分析
来自C57/BL/6鼠结肠癌细胞的MC38细胞系细胞被皮下注射到C57BL/6小鼠(0.5x106个细胞/头)中,约2周后,一旦肿瘤达到肉眼可见的大小,使用TM900肿瘤自动计算器软件测量肿瘤的大小(图6A-6G)。
将小鼠分成5组,其将接受IL2变体、IL-2WT、IL-2V4、IL-2V4_R38A、IL-2V4_F42A和IL-2V4_R38A/F42A的治疗。在肿瘤接种后2周,在第1天、第5天和第10天注射IL2突变蛋白(20μg/头),共注射3次。
在最后一次注射后4天从小鼠收集眼眶后血液。在采血时,采集100微升血液并将50微升置于5毫升FACS管中,并用荧光抗体处理30分钟。加入1.5mL的1x RBC裂解缓冲液并孵育10分钟。使用离心机以2,000rpm离心4分钟后,弃去所有上清液。向管中加入2mL FACS洗涤缓冲液,并以2,000rpm离心4分钟。然后再重复该过程两次,并使用FACS分析样品。
小鼠调节性T细胞(Treg)的分析
为了从血液中获得T细胞,进行Ficoll分离,其中将300μLFicoll-Paque培养基添加到1.5mL离心管中。将来自上述的血样小心地铺在Ficoll-Paque培养基溶液上,然后以8,000rpm离心5分钟。收集含有淋巴细胞的不透明白色层并转移至5mL FACS管中,其中添加3mL的1x DPBS缓冲液,然后以2,000rpm离心4分钟。弃去上清液后,将样品与表面标记荧光抗体在室温下孵育30分钟。然后向管中加入2mL FACS缓冲液并以2,000rpm离心4分钟,弃去上清液。将1mL的1x fix/perm缓冲液等分到每个管中,并在黑暗中孵育30分钟。然后将3mL的1x perm缓冲液添加到每个管中,并以2,000rpm离心4分钟。弃去上清液后,向管中加入100μL 1x perm缓冲液和3μL小鼠抗Foxp3抗体,并在室温反应15分钟。再重复一次1x perm缓冲液的添加。然后使用FACS分析样品,其中测量了血液中CD3+T细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞和Treg细胞的百分比(图7A-7B、8A-8B、9A-9C、10A-10B、11A-11B和17A)。
肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)的肿瘤收集和分析
收集来自肿瘤的组织并转移到含有RPMI1640培养基和来自肿瘤解离试剂盒的酶混合物的gentleMACS C管中。在将GentleMACS程序37C_h_TDK_l运行1小时后,将样品重新悬浮在1x DPBS缓冲液中,并将细胞悬浮液施加到放置在50mL管上的细胞过滤器(网目尺寸70μm)。然后将样品施加到细胞过滤器(网目尺寸40μm)并重复上述步骤直到仅分离出肿瘤浸润淋巴细胞。2,000rpm离心4分钟后,弃去上清液,加入5mL ACK裂解缓冲液,室温孵育10分钟。收集50μL小鼠血液并转移至5mL FACS管中,并以2,000rpm离心10分钟。将细胞重悬于10mL RPMI1640培养基中。然后将血液样品小心地铺在Ficoll-Paque培养基溶液上,然后以2,000rpm离心30分钟。收集含有肿瘤浸润淋巴细胞(TLS)的不透明白色层并转移至50mL管中,其中加入20mL的1x DPBS缓冲液,然后以2,000rpm离心4分钟。弃去上清液后,将样品与表面标记荧光抗体在室温下孵育30分钟。然后将2mL FACS缓冲液添加到管中并以2,000rpm离心4分钟,弃去上清液并使用FACS分析样品,其中测量了肿瘤浸润淋巴细胞中CD3+T细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞和Treg细胞的百分比(图12A-12B、13A-13B、14A-14C、15A-15B、16A-16B和17B)
小鼠模型的毒性分析
由于肺水肿的发展与IL-2治疗有关,因此通过收集小鼠的肺组织和血液来分析IL2变体的毒性。测量并比较每组的肺组织重量以分析毒性(图18A-18B)。另外,将从小鼠采集的血液在4℃下以12,000rpm离心10分钟以分离血清。将分离的上清液转移到FUJI DRI-CHEM NX500i管中,其中测量了丙氨酸氨基转移酶(GPT)、天冬氨酸氨基转移酶(GOT)、血尿素氮(BUN)和总胆红素(T-BIL)水平(图19A-19D)。
序列表
<110> EUTILEX股份有限公司
<120> IL-2变体
<130> 47683-0045WO1
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<151> 2020-07-09
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<170> PatentIn version 3.5
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210 215 220
Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys
225 230 235 240
权利要求书(按照条约第19条的修改)
1.一种白细胞介素(IL)-2蛋白,其包含:
选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ IDNO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:18。
2.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:4。
3.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:6。
4.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:8。
5.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:10。
6.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:12。
7.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:14。
8.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:16。
9.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:18。
10.权利要求1-9中任一项的蛋白,其还包含免疫球蛋白Fc区。
11.权利要求10的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区包含SEQ IDNO:20。
12.权利要求11的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区通过肽键与白细胞介素-2蛋白连接。
13.权利要求12的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与白细胞介素-2蛋白连接。
14.权利要求13的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白与免疫球蛋白Fc区的羧基末端连接。
15.一种药物组合物,其包含白细胞介素(IL)-2蛋白和药学上可接受的承载体,其中IL-2蛋白包含选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:18。
16.一种核酸,其包含:
编码IL-2蛋白的序列,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17。
17.权利要求16的核酸,还包含编码免疫球蛋白Fc区的序列。
18.权利要求17的核酸,其中编码免疫球蛋白Fc区的序列包含SEQ ID NO:19。
19.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:3。
20.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:5。
21.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:7。
22.权利要求16-18任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:9。
23.权利要求16-18任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:11。
24.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:13。
25.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:15。
26.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:17。
27.一种载体,其包含编码IL-2蛋白的核酸序列,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQID NO:17。
28.权利要求27的载体,其还包含与所述核酸可操作地连接的启动子。
29.权利要求28的载体,其中所述启动子是组成型启动子。
30.权利要求28的载体,其中所述启动子是诱导型启动子。
31.权利要求27-30中任一项的载体,其中所述载体是病毒载体。
32.权利要求31的载体,其中所述病毒载体是慢病毒载体。
33.一种药物组合物,其包含编码IL-2蛋白的核酸序列或包含所述核酸的载体,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17。
34.一种细胞,其包含编码IL-2蛋白的核酸序列或包含所述核酸的载体,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQID NO:15或SEQ ID NO:17。
35.一种药物组合物,其包含细胞和药学上可接受的承载体,其中所述细胞包含编码IL-2蛋白的核酸序列或包含所述核酸的载体,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQ IDNO:17。
36.一种产生IL-2蛋白的方法,包括:
(a)在足以表达IL-2蛋白的条件下,在培养基中培养细胞,所述细胞包含编码IL-2蛋白的核酸序列或包含所述核酸的载体,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQID NO:7、SEQ IDNO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQID NO:17;和
(b)从细胞和/或培养基中回收IL-2蛋白。
37.一种治疗受试者的癌症的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
38.权利要求37的方法,其中所述癌症是癌、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤、白血病、鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、其他淋巴增生性疾病或各种类型的头颈癌。
39.权利要求37的方法,其中所述癌症是实体瘤。
40.权利要求37的方法,其中所述癌症是结直肠癌。
41.权利要求37-40中任一项的方法,其中所述受试者先前已被施用一种或多种选自以下的另外的抗癌疗法:电离辐射、化学治疗剂、治疗性抗体和检查点抑制剂。
42.权利要求37-41中任一项的方法,其中所述受试者已被鉴定或诊断为患有癌症。
43.一种增加受试者的记忆性CD8+T细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
44.一种增加受试者中的CD8+T细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
45.一种减少受试者的实体瘤中的Treg细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
46.一种降低受试者的实体瘤的生长速率的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
47.一种减小受试者的实体瘤的体积的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。

Claims (47)

1.一种白细胞介素(IL)-2蛋白,其包含:
选自以下的序列:SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:10、SEQ IDNO:12、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:16或SEQ ID NO:18。
2.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:4。
3.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:6。
4.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:8。
5.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:10。
6.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:12。
7.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:14。
8.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:16。
9.权利要求1的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白包含SEQ IDNO:18。
10.权利要求1-9中任一项的蛋白,其还包含免疫球蛋白Fc区。
11.权利要求10的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区包含SEQ IDNO:20。
12.权利要求11的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区通过肽键与白细胞介素-2蛋白连接。
13.权利要求12的蛋白,其中所述免疫球蛋白Fc区通过肽接头序列与白细胞介素-2蛋白连接。
14.权利要求13的蛋白,其中所述白细胞介素-2蛋白与免疫球蛋白Fc区的羧基末端连接。
15.一种药物组合物,其包含权利要求1-14中任一项的蛋白和药学上可接受的承载体。
16.一种核酸,其包含:
编码IL-2蛋白的序列,其中所述序列选自:SEQ ID NO:3、SEQID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQID NO:13、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:17。
17.权利要求16的核酸,还包含编码免疫球蛋白Fc区的序列。
18.权利要求17的核酸,其中编码免疫球蛋白Fc区的序列包含SEQ ID NO:19。
19.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:3。
20.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:5。
21.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:7。
22.权利要求16-18任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:9。
23.权利要求16-18任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:11。
24.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:13。
25.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:15。
26.权利要求16-18中任一项的核酸,其中编码IL-2蛋白的序列包含SEQ ID NO:17。
27.一种载体,其包含权利要求16-26中任一项的核酸。
28.权利要求27的载体,其还包含与所述核酸可操作地连接的启动子。
29.权利要求28的载体,其中所述启动子是组成型启动子。
30.权利要求28的载体,其中所述启动子是诱导型启动子。
31.权利要求27-30中任一项的载体,其中所述载体是病毒载体。
32.权利要求31的载体,其中所述病毒载体是慢病毒载体。
33.一种药物组合物,其包含权利要求16-26中任一项的核酸或权利要求27-32中任一项的载体。
34.一种细胞,其包含权利要求16-26中任一项的核酸或权利要求27-32中任一项的载体。
35.一种药物组合物,其包含权利要求34的细胞和药学上可接受的承载体。
36.一种产生IL-2蛋白的方法,包括:
(a)在足以表达IL-2蛋白的条件下,在培养基中培养权利要求34的细胞;和
(b)从细胞和/或培养基中回收IL-2蛋白。
37.一种治疗受试者的癌症的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
38.权利要求37的方法,其中所述癌症是癌、淋巴瘤(例如霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤)、母细胞瘤、肉瘤、白血病、鳞状细胞癌、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、腹膜癌、肝细胞癌、胃癌、胰腺癌、胶质瘤、宫颈癌、卵巢癌、肝癌、膀胱癌、乳腺癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌或子宫癌、唾液腺癌、肾癌、前列腺癌、外阴癌、甲状腺癌、肝癌、其他淋巴增生性疾病或各种类型的头颈癌。
39.权利要求37的方法,其中所述癌症是实体瘤。
40.权利要求37的方法,其中所述癌症是结直肠癌。
41.权利要求37-40中任一项的方法,其中所述受试者先前已被施用一种或多种选自以下的另外的抗癌疗法:电离辐射、化学治疗剂、治疗性抗体和检查点抑制剂。
42.权利要求37-41中任一项的方法,其中所述受试者已被鉴定或诊断为患有癌症。
43.一种增加受试者的记忆性CD8+T细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
44.一种增加受试者中的CD8+T细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
45.一种减少受试者的实体瘤中的Treg细胞的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
46.一种降低受试者的实体瘤的生长速率的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
47.一种减小受试者的实体瘤的体积的方法,所述方法包括向受试者施用治疗有效量的权利要求15、33或35的药物组合物。
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