CN115397405A - 确定对2,2’-二硫代双乙烷磺酸盐的敏感性的方法 - Google Patents

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Abstract

一种治疗患者癌症的方法，其中从患者获得肿瘤或癌症样品并筛选对2,2'‑二硫代双乙烷磺酸盐类似物的反应性。将样品经过2,2'‑二硫代双乙烷磺酸盐类似物处理以确定是否其中将表达多种生物标志物中的一种或多种。

Description

确定对2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的敏感性的方法
技术领域
本申请涉及确定用于检测患者对作为癌症治疗一部分的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的敏感性的生物标志物的存在和/或水平。该申请涉及检测癌症患者中编码生物标志物的基因的表达水平和预测癌症患者对作为癌症治疗一部分的2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钠的反应性的方法。
背景技术
癌症化疗一直是科学努力的一个扩展领域，并且与手术和放疗一起成为癌症治疗的重要组成部分。对于那些被诊断为手术和/或放疗无法治愈的患者来说，化疗曾经被认为是延长生存时间的一种手段，而现在它已成为几乎所有癌症变型的公认治疗方式。
现代癌症化疗通常涉及两种或多种不同药物的组合，并且技术和医学知识的进步极大地提高了患者在多种癌症中康复的机会。化疗药剂在癌症治疗中的作用取决于癌症的形式而广泛变化。例如，化疗通常是卵巢癌、睾丸癌、乳腺癌、膀胱癌和其他癌症、白血病和淋巴瘤的主要治疗过程，并且通常与放疗联合用于治疗大量肉瘤、黑色素瘤、骨髓瘤等。
化学治疗剂分为许多不同的组。这些药剂中的绝大多数充当细胞毒性药物，并且假定特定组的每个成员通常通过类似的生物学机制发挥其细胞毒性作用。对抗肿瘤药物的生物学和生化作用机制的完整了解尚不完全已知。
因此，一直对能够确定或预测癌症是否将对包括2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物在内的化学治疗剂产生反应的方法存在需要。
发明内容
该申请公开了一种治疗患者癌症的方法，其中从患者获得肿瘤或癌症样品并筛选对2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物的反应性。将样品经过2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物处理以确定是否将表达多种生物标志物中的一种或多种。生物标志物或多种生物标志物可以是核因子红细胞2相关因子2(NRF2)或其他生物标志物。如果NRF2(和/或其他生物标志物) 的表达水平大于非癌细胞或参考水平的1倍，则样品表明患者可能对2,2′-二硫代双乙烷磺酸或其类似物有反应。
一个方面包括一种方法，其中多个生物标志物还包括选自以下的一种：NQO1(SEQID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO: 9)和GPX7(SEQ IDNO:10)。非癌细胞定义了生物标志物的参考水平。
癌症治疗包括施用一种或多种选自铂络合物和紫杉烷的化疗剂。癌症治疗包括放射治疗。
一种测试患有已知癌症类型的患者的肿瘤样品的方法，其中患者对一种或多种癌症疗法具有抗性并且对2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物具有未知的反应性。该方法包括将样品与2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物接触；使样品与包含以下的装置接触：(a)能够与多种生物标志物的核苷酸特异性杂交的第一单链核酸分子，其中第一生物标志物是NFR2；和(b) 能够与选自以下的多种生物标志物的核苷酸特异性杂交的第二单链核酸分子：NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ IDNO:5)、 SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)；检测所述多种生物标志物的表达水平；和给患者施用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物，其中根据所述生物标志物从参考水平的表达已确定患者对2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物有反应。
显而易见，本申请的一个方面的特征和特性适用于本申请的许多其他方面。本发明在下文中通过以下非限制性实施例并参考附图进行描述。
附图说明
图1显示在用t-BHQ 30μM处理的细胞和用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐处理的细胞中对 Nrf2的核表达的诱导。
序列表
SEQ ID NO:1-NRF2(NFE2L2)的氨基酸序列，
SEQ ID NO:2-NQ01的氨基酸序列，
SEQ ID NO:3-PHGDH的氨基酸序列，
SEQ ID NO:4-HMOX1的氨基酸序列，
SEQ ID NO:5-SLC7A11的氨基酸序列，
SEQ ID NO:6-SRXN1的氨基酸序列，
SEQ ID NO:7-SOX2的氨基酸序列，
SEQ ID NO:8-GPX2的氨基酸序列，
SEQ ID NO:9-GPX3的氨基酸序列，和
SEQ ID NO:10-和GPX7的氨基酸序列。
定义
除非另有明确定义，否则本文使用的所有技术和科学术语均应视为具有与本领域普通技术人员通常理解的相同含义(例如，在细胞培养、分子遗传学、免疫学、免疫组织化学、蛋白质化学和生物化学中的)。
与SEQ ID NO:X中列出的氨基酸序列比对的氨基酸序列(当指变体多肽时)是指变体氨基酸序列和SEQ ID NO:X中列出的氨基酸序列通过适当的方法比对，该方法允许相互比较序列并鉴定变体的氨基酸序列中的位置，其中如果与SEQ ID NO:X中列出的氨基酸序列相比，存在相同氨基酸(相同位置)或存在另一种氨基酸(取代)或存在一个或多个额外的氨基酸 (插入或延伸)或不存在氨基酸(缺失或截短)。
如本文所用，术语“抗体”包括完整分子以及包含其片段或由其片段组成的分子，例如，举例而言，Fab、F(ab′)2、Fv和scFv，以及工程变体，包括双抗体、三抗体、能够结合表位决定簇的微型抗体和单域抗体。因此，抗体可以作为完整的免疫球蛋白存在，或作为多种形式的修饰存在。
术语“生物标志物”是指任何分子，例如由受试者产生的基因、基因转录物(例如mRNA)、肽或蛋白质或其片段，其可用于区分受试者以预测患者对包括2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钠或其类似物在内的治疗的反应性。与来自具有第二表型(例如，没有疾病)的受试者或受试者组的生物样品相比，在受试者或受试者组的生物样品中差异存在(即，增加或减少)的生物标志物具有第一表型(例如，患有疾病)。生物标志物可以以任何水平差异存在，但通常以增加以下量的水平存在：至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少 35％、至少40％、至少45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少100％、至少110％、至少120％、至少130％、至少140％、至少150％或更多；或通常以减少以下量的水平存在：至少5％、至少10％、至少15％、至少20％、至少25％、至少30％、至少35％、至少40％、至少 45％、至少50％、至少55％、至少60％、至少65％、至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％(即不存在)。生物标志物优选地以统计学显著的水平差异存在(例如，使用Welch′s T-检验或Wilcoxon′s秩和检验确定的p值小于0.05和/或q值小于0.10)。
术语“癌症”和“癌性”是指或描述哺乳动物(例如人类)中的生理状况，其通常以不受调节的细胞增殖为特征。癌症的实例包括但不限于前列腺癌、卵巢癌(例如卵巢腺癌或胚胎癌)、肝癌(例如肝细胞癌(HCC)或肝癌)、骨髓瘤(例如多发性骨髓瘤)、结肠直肠癌(例如，结肠癌和直肠癌)、白血病(例如，急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、慢性髓细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性髓母细胞白血病、急性早幼粒细胞白血病、急性粒单核细胞白血病、急性单核细胞白血病、急性红白血病和慢性白血病)、骨髓增生异常综合征、淋巴瘤(例如，弥漫性大B细胞淋巴瘤、皮肤T细胞淋巴瘤、外周T细胞淋巴瘤、霍奇金淋巴瘤、非霍奇金淋巴瘤、华氏巨球蛋白血症和淋巴细胞性淋巴瘤)、宫颈癌、食管癌、黑色素瘤、神经胶质瘤(例如，少突胶质细胞瘤)、胰腺癌(例如，腺鳞癌、印戒细胞癌、肝样癌、胶体癌、胰岛细胞癌和胰腺神经内分泌癌)、胃肠道间质瘤、肉瘤(例如，纤维肉瘤、粘液肉瘤、脂肪肉瘤、软骨肉瘤、成骨肉瘤、血管肉瘤、内皮肉瘤、淋巴管肉瘤、淋巴管内皮肉瘤、平滑肌肉瘤、尤文肉瘤和横纹肌肉瘤)、乳腺癌(例如，乳腺髓样癌)、ER阳性癌、膀胱癌、头颈癌 (例如，头颈鳞状细胞癌)、肺癌(例如，非小细胞肺癌、大细胞癌、支气管癌和乳头状腺癌)、转移性癌、口腔癌、子宫癌、睾丸癌(例如，精原细胞瘤和胚胎癌)、皮肤癌(例如，鳞状细胞癌和基底细胞癌)、甲状腺癌(例如，乳头状癌和髓样癌)、脑癌(如星形细胞瘤和颅咽管瘤)、胃癌、上皮内癌、骨癌、胆道癌、眼癌、喉癌、肾癌(例如肾细胞癌和肾母细胞瘤)、胃癌、母细胞瘤(例如肾母细胞瘤、髓母细胞瘤、血管母细胞瘤、神经母细胞瘤和视网膜母细胞瘤)、真性红细胞增多症、脊索瘤、滑膜瘤、间皮瘤、腺癌、汗腺癌、皮脂腺癌、囊腺癌、胆管癌、绒毛膜癌、上皮癌、室管膜瘤、松果体瘤、听神经瘤、神经鞘瘤、脑膜瘤、垂体腺瘤、神经鞘瘤、小肠癌、内分泌系统癌、阴茎癌、尿道癌、皮肤或眼内黑色素瘤、妇科肿瘤、儿童实体瘤和中枢神经系统肿瘤。术语癌症包括实体瘤(例如，前列腺癌、卵巢癌或肝细胞癌(HCC)) 和血液癌症。
术语“诊断”及其变型，例如但不限于“诊断”、“已诊断”或“正诊断”不应限于临床状态的初步诊断，而应包括对复发性疾病的诊断。
术语“受试者”是指可能发生癌症的任何动物，包括动物，例如哺乳动物，例如人类，或非人类哺乳动物，例如猫和狗，实验室动物，例如小鼠、大鼠、兔子或豚鼠，以及家畜动物。在一个优选的实施方案中，受试者是人。
“样品”可以是任何合适的类型并且可以指例如其中可以检测生物标志物的存在或水平的材料。优选地，样品从受试者获得，以便可以在体外进行生物标志物的存在和/或水平的检测。或者，可以在体内检测生物标志物的存在和/或水平。样品可以如直接从来源获得那样使用或在至少一个(部分)纯化步骤之后使用。样品可以在不干扰本发明方法的任何方便的介质中制备。通常，样品是水溶液、生物流体、细胞或组织。优选地，样品是血液、血浆、血清、尿液、血小板或其他材料。预处理可以包括例如从血液制备血浆、稀释粘性流体等。处理方法可以包括过滤、蒸馏、分离、浓缩、干扰组分的灭活和试剂的添加。在测试之前生物样品的选择和预处理在本领域中是众所周知的并且不需要进一步描述。
如本文所用，术语“表达水平”和“表达的水平”是指细胞、组织、生物样品、生物体或患者中基因产物的量，例如DNA、RNA(例如信使RNA(mRNA))的量，或对应于给定基因的蛋白质的量。
术语“健康个体”应理解为已知未患癌症的个体，此类知识来源于个体的临床数据，包括但不限于与本文所述不同的诊断测定。
“参考水平”意指本发明的化合物或其他生物标志物的水平，其指示特定疾病状态、表型或其缺乏，以及疾病状态、表型或其缺乏的组合。
“参考样品”是指含有参考水平的生物标志物的样品。例如，可以从没有特定疾病、疾病状态或表型(例如癌症或急性损伤)的受试者获得参考样品。
具体实施方式
本申请包括方法，其用于检测患有癌症的患者，例如患有对除2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物之外的一种或多种癌症疗法有抗性的癌症的患者(例如，患有肺癌、前列腺癌、卵巢癌或肝细胞癌(HCC)的患者，其对除了2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物单独或与一种或多种疗法联合之外的一种或多种癌症疗法具有抗性)，和用于确定癌症患者(例如，患有肺癌、前列腺癌、卵巢癌或HCC的患者)对单独或与其他疗法联合使用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物治疗的反应性。本申请的特征还在于治疗有需要的患者(例如，患有肺癌、前列腺癌、卵巢癌或HCC或其治疗抗性形式的患者)中的癌症的方法，包括向患者施用2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物，其中根据本文所述的诊断方法确定患者或已经确定对2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物有反应。反应性可以是由2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物和/或抗癌活性显示的保护作用(针对抗癌药物的作用进行保护)。反应性由一种或多种生物标志物标记。
一种实施方案包括一种测试患有已知癌症类型的患者的肿瘤样品的方法，该癌症类型对 2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物具有已知或未知的反应性，该方法具有以下步骤：(a)将样品与2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物接触，(b)在与2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物接触后，将样品与包含以下的装置接触：i)能够与选自NFR2/NFE2L2(SEQ ID NO：1) 的生物标志物的多种敏感性生物标志物的核苷酸特异性杂交的单链核酸分子；和/或ii)能够与选自NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、 SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)的生物标志物的多种抗性生物标志物的核苷酸特异性杂交的单链核酸分子；(c)检测所述多种生物标志物的表达水平。当生物标志物高于非肿瘤细胞或参考细胞中的典型量时，患者可能对包括2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或其类似物的治疗有反应。
在一些实例中，癌症选自前列腺癌、卵巢癌、肝细胞癌(HCC)、宫颈癌、肾细胞癌(RCC)、食道癌、黑色素瘤、神经胶质瘤、胰腺癌、胃肠道间质瘤(GIST)、肉瘤、雌激素受体阳性(ERpos)乳腺癌、非小细胞肺癌(NSCLC)、结肠癌、膀胱癌、头颈部鳞状细胞癌 (SCCHN)、急性髓性白血病(AML)、急性淋巴细胞白血病(ALL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、骨髓增生异常综合征(MDS)、慢性粒细胞白血病慢性期(CMLCP)、弥漫性大B细胞淋巴瘤 (DLBCL)、皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)、外周T细胞淋巴瘤(PTCL)和霍奇金淋巴瘤。
根据本文所述的方法，待治疗或测试对治疗(例如，2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐)的反应性的患者可以是已被诊断患有癌症的患者，癌症例如本文所述的那些，例如，前列腺癌、卵巢癌或肝细胞癌(HCC)。可以通过本领域已知的任何方法或技术进行诊断，例如X射线、MRI 或活组织检查，并由医师确认。为了最大限度地减少患者接触可能不是治疗性的药物治疗，根据本文描述的方法，可以确定患者对癌症治疗例如2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐有反应或无反应。在某些实例中，样品选自组织、血液、血浆、血清、尿液、尿液上清液、尿液细胞沉淀、精液、前列腺分泌物和前列腺细胞。
另一个实施方案包括通过评估NRF2(SEQ ID NO：1)表达水平和至少一个基因来治疗或确定非小细胞癌对2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐治疗的敏感性的方法，所述至少一个基因选自： NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3 (SEQ IDNO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)。为了说明，非小细胞肺癌细胞系HCC827单独用浓度为1mM和15mM的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐处理2小时，并使用RNAseq通过全转录组分析测量基因表达水平变化。未处理相同持续时间的对照样品用作基线基因表达水平。大于1.5至2倍的表达水平变化可指示2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐敏感性。
在另一个实施方案中，NRF2(SEQ ID NO：1)可以是NFE2L2的别名。
在另一个实施方案中，检测NRF2与一种或多种以下基因有关：JAG1、IGF1、NANOG、GPX6、GPX5、PRDX4、TXN、TERT、TXNRD2、FGF2、PRDX2、PRDX3、PRDX1、 BMPR1A、PDGFC、GPX1、PSPH、SHMT1、TXN2、SHMT2、PRDX6、NPNT、PSAT1、 NOTCH1、GLRX2、VEGFC、GSR、ADAM10、PRDX5、TXNRD1、GLRX、ATF4、SIRT1、ITGB2、G6PD、GPX4、GPX3、GPX2、NQO1、PHGDH、GPX7、SLC7A11、SOX2、SRXN1、HMOX1、BCL2、BMI1、HEBP1、NFE2L2、PGK1、POU5F1和TALDO1。
一种实施方案包括一种在有需要的患者中治疗癌症的方法，该方法包括向患者施用2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐，其中根据本文公开的方法，已确定患者对2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐有反应。特别地，患者可能患有对一种或多种癌症疗法(除了或与2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐一起)具有抗性的癌症(例如，患有对除2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐以外的一种或多种癌症疗法具有抗性的前列腺癌、卵巢癌或HCC的患者)。
另一种实施方案包括治疗受试者的实体瘤癌症的方法，包括：(a)获得或已经获得来自受试者的样品中多种生物标志物的表达水平，其中所述多种生物标志物包括(1)NRF2(SEQ ID NO:1)和至少一种选自以下的生物标志物：NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ IDNO:3)、 HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ IDNO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)；(b)确定受试者对使用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的治疗敏感；和(c)施用包括2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的癌症治疗。
在一个实施方案中，患者或受试者用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐连同一种或多种其他癌症治疗来治疗。例如，此类治疗包括顺铂、紫杉醇和其他可用疗法。
方法包括向正在接受或将接受化疗剂的受试者施用有效量的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物，以约0.1克/分钟至约2.0克/分钟的速率施用至受试者。
在另一个实施方案中，以约0.2克/分钟至约1.0克/分钟的速率施用有效量的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物至受试者。
在另一个实施方案中，以约0.7克/分钟的速率施用有效量的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物至受试者。
在一个实施方案中，在约45分钟的时间段内向受试者施用一剂2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物。
在另一个实施方案中，施用至受试者的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物的总剂量为约4.0g/m2至约35g/m2。一剂约为18.4g/m2。向受试者施用一种或多种所述剂量的化合物可以持续约45分钟。
本发明还包括在接受化疗剂的受试者中减少化疗相关毒性、预防化疗相关毒性、减轻化疗相关毒性、延迟其发作、减轻其严重性和/或加速其分解的方法，包括以约0.1克/分钟至约4.6克/分钟的速率，以约4g/m2至约35g/m2的总剂量，向受试者施用有效量的2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐、其药学上可接受的盐和/或其类似物。优选的是以约0.1克/分钟至约4.6克/分钟的速率向受试者施用约18.4g/m2的总剂量。特别优选的是在约45分钟内以约0.4 g/m2/min的施用速率向受试者施用约18.4g/m2的总剂量。
在某些实例中，本文公开的方法还可包括使用机器从样品中分离生物标志物或探针。替代地或另外地，本文公开的方法还包括使样品与特异性结合生物标志物、探针或其组合的标记接触。在一些实施方案中，本文公开的方法进一步包括使样品与特异性结合选自本文基因的生物标志物的标记接触。在一些实施方案中，本文公开的方法还包括扩增生物标志物、探针或其任何组合。本文公开的方法可以进一步包括对靶标、探针或它们的任何组合进行测序。在一些情况下，该方法还包括量化多个生物标志物的表达水平。在一些实施方案中，该方法还包括标记多个生物标志物。
在一些实施方案中，诊断、预测和/或监测癌症的状态或结果可以包括确定治疗性2,2′- 二硫代双乙烷磺酸盐方案。确定治疗方案可以包括施用抗癌治疗剂。替代地，确定癌症的治疗可以包括修改治疗方案以包括或减少2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐。修改治疗方案可以包括增加、减少或终止治疗方案。
在另一个实施方案中，2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐是二钠盐。
在其他实施方案中，2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐可以是类似物，包括例如2,2′-二硫代双乙烷磺酸单钠、2,2′-二硫代双乙烷磺酸钠钾、2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钾、2,2′-二硫代双乙烷磺酸钙、2,2′-二硫代双乙烷磺酸镁、2,2′-二硫代双乙烷磺酸单钾或2,2′-二硫代双乙烷磺酸锰； 2,2′-二硫代双乙烷磺酸铵。
在某些实施方案中，2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐与化疗剂一起施用，化疗剂例如是：氟嘧啶；嘧啶核苷；嘌呤核苷；抗叶酸剂，铂类似物；蒽环类/蒽二酮；表鬼臼毒素；喜树碱；激素，激素类似物；抗荷尔蒙药；酶、蛋白质、肽或多克隆和单克隆抗体；长春花生物碱；紫杉烷；埃坡霉素；抗微管剂；烷化剂；抗代谢物；拓扑异构酶抑制剂；抗病毒药；或另一种细胞毒剂和/或细胞抑制剂。氟嘧啶类包括例如5-氟尿嘧啶(5-FU)、S-1卡培他滨、喃呋啶(ftorafur)、5′脱氧氟尿苷、UFT、恩尿嘧啶等。嘧啶核苷包括例如阿糖胞苷、脱氧胞苷、5-氮杂胞嘧啶、吉西他滨、5-氮杂胞嘧啶、5-氮杂脱氧胞苷等。嘌呤核苷包括例如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫鸟嘌呤、别嘌醇、克拉屈滨和2-氯腺苷。抗叶酸剂包括例如甲氨蝶呤(MTX)、三甲氨蝶呤、氨基蝶呤和亚甲基-10-脱氮蝶呤(MDAM)。铂类似物包括例如顺铂、卡铂、奥沙利铂、沙铂、吡铂、四铂、铂-DACH及其类似物。蒽环类/蒽二酮类包括例如多柔比星、柔红霉素、表柔比星和伊达比星。表鬼臼毒素衍生物包括，例如，依托泊苷、磷酸依托泊苷和替尼泊苷。喜树碱包括，例如，伊立替康、托泊替康、9-氨基喜树碱、10,11-亚甲二氧基喜树碱、卡瑞霉素、9-硝基喜树碱和TAS 103。激素和激素类似物可以包括，例如，雌激素和雌激素类似物，包括阿那曲唑、己烯雌酚、雌二醇、普美力、雷洛昔芬；孕酮、孕酮类似物和孕激素，包括孕酮、异炔诺酮、雌孕酮、二甲睾酮、醋酸甲地孕酮、醋酸甲羟孕酮、己酸羟孕酮和炔诺酮；雄激素，包括氟甲睾酮、甲基睾酮和睾酮；以及肾上腺皮质类固醇，包括地塞米松、泼尼松、皮质醇、索美醇等。抗激素包括，例如，(i)抗雌激素，包括：他莫昔芬、氟维司群、托瑞米芬；氨基谷氨酰胺、睾内酯、屈洛昔芬、阿那曲唑；(ii)抗雄激素，包括：比卡鲁胺、氟他胺、尼鲁米特、戈舍瑞林；(iii)抗睾酮，包括：氟他胺、亮丙瑞林和曲普瑞林；(iv)肾上腺类固醇抑制剂，包括：氨基谷氨酰胺和米托坦；和抗促黄体生成素，包括戈舍瑞林。酶、蛋白质、肽、多克隆和/或单克隆抗体可以包括，例如，天冬酰胺酶、西妥昔单抗、厄洛替尼、贝伐单抗、利妥昔单抗、吉非替尼、曲妥珠单抗、白介素、干扰素、亮丙瑞林、培门冬酰胺酶等。长春花生物碱包括例如长春新碱、长春碱、长春瑞滨、长春地辛等。紫杉烷包括例如紫杉醇、多西紫杉醇及其制剂和类似物。烷化剂可包括例如达卡巴嗪；丙卡巴肼；替莫唑胺；噻替哌；氮芥(例如，氮芥、苯丁酸氮芥、L-苯丙氨酸芥、美法仑等)；噁氮膦类(例如异环磷酰胺、环磷酰胺、甲磷酰胺、全磷酰胺、环磷酰胺等)；烷基磺酸盐(例如白消安)；和亚硝基脲类(例如，卡莫司汀、洛莫司汀、司莫司汀等)。埃坡霉素包括，例如，埃坡霉素A-E。抗代谢物包括，例如，雷替曲塞(tomudex)和甲氨蝶呤、6-巯基嘌呤和6-硫鸟嘌呤。拓扑异构酶抑制剂包括例如伊立替康和拓扑替康、卡瑞霉素、安吖啶、依托泊苷、磷酸依托泊苷、替尼泊苷和多柔比星、柔红霉素和其他类似物。抗病毒剂包括例如阿昔洛韦、伐昔洛韦、更昔洛韦、金刚烷胺、金刚乙胺、拉米夫定和齐多夫定。单克隆抗体试剂包括例如贝伐单抗、曲妥珠单抗、利妥昔单抗等，以及生长抑制剂例如厄洛替尼等。一般来说，细胞抑制剂是基于机制的药物，其可减缓肿瘤疾病的进展。
检测2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐治疗敏感性的生物标志物。
从前面的描述中显而易见的是，本发明的诊断方法可以涉及一定程度的量化以确定患者样品中的生物标志物水平。这种量化很容易通过包含适当的对照样品来提供。
在一个实施方案中，在本发明的方法中包括内部对照。优选的内部对照是取自一名或多名健康个体的一份或多份样品。
如本领域技术人员所知，当所进行的每个测定中不包括内部对照时，对照可以源自已建立的数据集。
与对照受试者有关的数据可以选自由以下组成的组：1.包含对已知患有癌症或特定癌症的典型受试者群体的生物标志物的存在或表达水平的测量的数据集；2.包含对所测试的受试者的生物标志物的存在或水平的测量的数据集，其中所述测量之前已经进行过，例如，举例而言，当已知受试者是健康的时，或者在受试者患有癌症的情况下，当受试者被诊断或处于疾病进展的早期阶段时；3.包含对健康个体或健康个体群体的生物标志物的存在或水平的测量的数据集；和4.包含对正常个体或正常个体群体的生物标志物的存在或水平的测量的数据集。
基于本文提供的教导，本领域技术人员能够容易地确定用于在本发明的任何诊断测定中进行比较的基线，而无需过度实验。
当用于诊断时结合生物标志物的化合物可以与诊断试剂例如可检测标记连接，以允许在体外或体内容易地检测结合事件。合适的标记包括用于检测和/或定位靶分子的放射性同位素、染料标记或其他成像试剂。与可检测标记连接的化合物可以与合适的体内成像技术一起使用，例如放射学、荧光透视法、核磁共振成像(MRI)、CAT扫描、正电子发射断层扫描 (PET)、计算机断层扫描等。
具体方法能够检测对包含2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的癌症治疗的敏感性。如本领域技术人员将理解的，敏感性是指测试中被正确鉴定为对包含2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或类似物的治疗具有敏感性的实际阳性的比例。在一个实施方案中，本发明的方法能够以至少50％、60％或66％，或至少75％、80％、85％、88％、89％、90％或至少95％的灵敏度检测2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐。在另一个实施方案中，本发明的方法能够以至少80％、或至少85％或至少 90％、或至少95％的灵敏度诊断或检测癌症。
蛋白质检测技术
在一个实施方案中，在患者样品中检测生物标志物多肽，其中样品中多肽的存在和/或水平指示癌症。例如，该方法可以包括使源自受试者的生物样品与能够结合生物标志物多肽的化合物接触，并检测化合物和生物标志物多肽之间复合物的形成。如本文所用，术语“生物标志物多肽”包括生物标志物多肽的片段，包括例如生物标志物多肽的免疫原性片段和表位。
在一个实施方案中，结合生物标志物的化合物是抗体。
在另一个实施方案中，在患者样品中检测生物标志物多肽的抗体，其中样品中抗体的存在和/或水平指示癌症。
本文考虑的优选检测系统包括用于检测从人类受试者分离的生物样品中的蛋白质或抗体的任何已知测定法，例如，举例而言，SDS/PAGE，等电聚焦，包括SDS/PAGE和等电聚焦的2维凝胶电泳，免疫测定，流式细胞术例如荧光激活细胞分选术(FACS)，使用抗体或非抗体化合物例如小分子(例如化合物、激动剂、拮抗剂、变构调节剂、蛋白质的竞争性抑制剂或非竞争性抑制剂)的基于检测的系统。根据这些实施方案，抗体或小分子可以用于任何适合检测蛋白质的标准固相或溶液相测定形式。本发明清楚地包括光学或荧光检测，例如使用质谱法、MALDI-TOF、生物传感器技术、倏逝光纤或荧光共振能量转移。适用于大量样品的高通量筛选的测定系统，例如高通量光谱共振方法(例如MALDI-TOF、电喷雾MS或纳米电喷雾MS)也被考虑。另一种合适的蛋白质检测技术涉及在LC-MS(LC/MRM-MS)中使用多反应监测(MRM)(Anderson和Hunter,2006)。
免疫测定形式特别合适，例如选自免疫印迹、蛋白质印迹、斑点印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、酶免疫测定。利用荧光共振能量转移(FRET)、同位素编码亲和标签(ICAT)、基质辅助激光解吸/电离飞行时间(MALDI-TOF)、电喷雾电离(ESI)、生物传感器技术、渐逝光纤技术或蛋白质芯片技术的改良免疫测定也可用。
核酸检测技术
可以使用允许定性和/或定量评估样品中生物标志物多核苷酸水平的任何合适的技术。如本文所用，术语“核酸分子”或“多核苷酸”是指寡核苷酸、多核苷酸或其任何片段。
可通过参考标准对照或在健康组织中发现的对照水平进行比较。例如，转录基因的水平可以通过Northern印迹和/或RT-PCR来确定。随着定量(实时)PCR的出现，可以通过对感兴趣的基因使用合适的引物来实现基因表达的定量分析。核酸可以在基因阵列上进行标记和杂交，在这种情况下，基因浓度将与阵列中产生的放射性或荧光信号的强度成正比。
核苷酸序列的直接测序方法是本领域技术人员熟知的，并且可以在例如Ausubel等人编辑的Short Protocols in Molecular Biology第3版，Wiley(1995)和Sambrook等人，Molecular Cloning第3版，Cold Spring Harbor Laboratory Press(2001)中找到。测序可以通过任何合适的方法进行，例如双脱氧测序、化学测序或其变体。直接测序具有确定特定序列的任何碱基对的变异的优点。
核酸可以从样品中分离出来用于测试。合适的方法是本领域技术人员已知的。例如，可以使用诸如由QIAGEN技术提供的常规程序从待分析的样品中分离RNA。然后使用逆转录酶将该RNA逆转录成DNA，然后可以使用特定引物通过PCR技术扩增感兴趣的DNA分子。
也可以直接对患者样品进行诊断程序。杂交或扩增测定，例如Southern或Northern印迹分析、免疫组织化学、单链构象多态性分析(SSCP)和PCR分析是在这方面有用的技术。如果需要，可以将目标或探针核酸固定到固体支持物上，例如微量滴定板、膜、聚苯乙烯珠、载玻片或其他固相。
试剂盒
本发明提供了用于诊断或检测癌症的试剂盒。此类试剂盒可适用于检测核酸种类，或者可用于检测多肽基因产物，如上所述。
对于多肽的检测，抗体将最典型地用作试剂盒的组分。然而，任何能够与生物标志物基因产物特异性结合的试剂都可用于本申请的这一方面。试剂盒的其他组分通常包括标签、二抗、底物(如果基因是酶)、抑制剂、辅因子和对照基因产物制剂，以允许用户定量表达水平和/或评估诊断实验是否工作正常。基于酶联免疫吸附测定(ELISA)的测试和竞争性ELISA测试是本领域技术人员可以使用试剂盒组分容易地进行的特别合适的测定。
任选地，该试剂盒还包括用于检测抗体与生物标志物多肽结合的手段。此类手段包括报告分子，例如，举例而言，酶(例如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶)、染料、放射性核苷酸、发光基团、荧光基团、生物素或胶体颗粒，例如胶体金或硒。优选地，这种报道分子直接与抗体连接。
在又一个实施方案中，试剂盒可以另外包含参考样品。在一个实施方案中，参考样品包含由抗体检测的多肽。优选地，多肽具有已知浓度。这种多肽特别用作标准。因此，可以使用本文所述的诊断测定来检测这种多肽的各种已知浓度。
为了检测核酸，此类试剂盒可以包含第一容器，例如小瓶或塑料管或微量滴定板，其含有寡核苷酸探针。试剂盒可以任选地包含容纳引物的第二容器。探针可以与其表达改变与癌症相关的DNA杂交，并且引物可用于扩增该DNA。还可以开发包含固定在固体支持物上的寡核苷酸探针的试剂盒，例如，使用阵列(参见第21(1)期Nature Genetics，1999的补刊)。
对于核酸的PCR扩增，试剂盒中可包括与本文所述的生物标志物基因的至少一部分互补的核酸引物。该组引物通常包括至少两个寡核苷酸，优选四个寡核苷酸，它们能够特异性扩增DNA。可以包括允许定量PCR测定的荧光标记寡核苷酸(例如TaqMan chemistry、Molecular Beacon)。也将包括用于扩增DNA的合适酶。
回归算法和统计
为了开发适合诊断或检测癌症的一组生物标志物，本发明人已在统计模型中分析了许多生物标志物。测试的性能的这种改进有时被称为“样品内”性能。测试的公平评估需要使用样品外受试者进行评估，即未包括在初始预测模型构建中的受试者。这是通过使用交叉验证评估测试性能来实现的。
统计显著性检验包括线性和非线性回归，包括ANOVA、Kruskal-Wallis、Wilcoxon、Mann-Whitney和优势比、Baysian概率算法。然而，随着测量的生物标志物数量的增加，使用更复杂的技术通常会更方便，例如随机森林、简单逻辑、贝叶斯网络等等。
例如，可以采用贝叶斯概率。在这种情况下，可以使用10倍交叉验证来估计所讨论模型的“样品外”性能。对于所考虑的每种生物标志物组合，可以将数据随机分为10个子样品，每个子样品具有相似比例的健康受试者和每个疾病阶段的受试者。进而，可以排除每个子样品，并使用剩余的90％的受试者建立逻辑模型。然后，该模型可用于估计排除的子样品的癌症概率，提供“样品外”性能的估计。通过对剩余的9个子样品重复此操作，可以从研究数据本身估计“样品外”性能。然后可以将这些样品外预测概率与受试者的实际疾病状态进行比较，以创建接受者操作特征(ROC)曲线，从中可以估计交叉验证的95％特异性的敏感性。
使用交叉验证(或任何其他方法)对“样品外”性能的每个估计虽然没有偏见，但具有可变性。因此，模型的排名(基于生物标志物组合)只能指示此类模型的相对性能。然而，一组能够用于大量组合以生成诊断测试的生物标志物，正如通过“样品外”性能评估所证明的那样，几乎可以肯定其自身包含将承受重复评估的生物标志物组合。
因此，根据本说明书的教导，本领域技术人员将理解，用于诊断癌症的测试的敏感性和特异性可以通过选择如本文所述的生物标志物的不同组合来调节。
实施例
实施例1
非小细胞肺癌细胞系HCC827单独用浓度为1mM和15mM的2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钠处理2小时，并使用RNAseq通过全转录组分析测量基因表达水平变化。未处理相同持续时间的对照样品用作基线基因表达水平。使用生物标志物基因的倍数变化阈值以及NRF2本身，九个基因是响应于2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钠暴露的上调基因。这9个基因包括NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3 (SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)。与参考水平相比，表达水平变化大于1.5至2倍表明2,2′-二硫代双乙烷磺酸二钠敏感性。
实施例2
研究了显示2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐在通过神经生长因子(NGF)分化为神经元样细胞的 PC12细胞(大鼠肾上腺髓质嗜铬细胞瘤细胞系)中诱导核因子红细胞2相关因子2(Nrf2)的核表达。将PC12细胞悬浮在含有7.5％灭活胎牛血清和7.5％灭活马血清的DMEM中。在接种到I型胶原蛋白包被的100mm培养皿上后，这些细胞在100ng/mL NGF存在下温育7天以引发。然后将培养基更换为添加了N-2补充剂和2mM谷氨酰胺的含有NGF 30ng/mL的NeurobasalTM培养基，并将细胞再次温育3天以分化成神经元样细胞。接下来，用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐6mM处理这些细胞1、2、4和8小时，或用已知的Nrf2激活剂叔丁基对苯二酚(t-BHQ)30μM处理3小时。然后从细胞中提取核蛋白，以通过蛋白质印迹检测Nrf2 的核表达。
图1显示在用t-BHQ 30μM处理的细胞和用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐处理的细胞中对 Nrf2的核表达的诱导。6mM的Nrf2的核表达在治疗开始后1小时开始，并且Nrf2的表观表达持续到治疗开始后8小时。在仅用2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐或t-BHQ处理的对照细胞中，在任何处理期间一般都未观察到Nrf2的核表达。
这些结果表明，在分化为神经元样细胞的PC12细胞中，2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐显示 Nrf2的核表达表明对2,2′-二硫代双乙烷磺酸盐的敏感性。
NRF2(SEQ ID NO:1)、NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ IDNO:4)、SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、 GPX2(SEQ IDNO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)的蛋白序列来自 Uniprot数据库：
SEQUENCE ID NO:1(SEQ ID NO:1)
>sp|Q16236|NF2L2/NFE2L2或NRF2_HUMAN核因子红细胞2相关因子2OS＝智人 OX＝9606GN＝NFE2L2 PE＝1SV＝3
MMDLELPPPGLPSQQDMDLIDILWRQDIDLGVSREVFDFSQRRKEYELEKQKKLEKERQEQ LQKEQEKAFFAQLQLDEETGEFLPIQPAQHIQSETSGSANYSQVAHIPKSDALYFDDCMQLL AQTFPFVDDNEVSSATFQSLVPDIPGHIESPVFIATNQAQSPETSVAQVAPVDLDGMQQDIE QVWEELLSIPELQCLNIENDKLVETTMVPSPEAKLTEVDNYHFYSSIPSMEKEVGNCSPHFL NAFEDSFSSILSTEDPNQLTVNSLNSDATVNTDFGDEFYSAFIAEPSISNSMPSPATLSHSLSE LLNGPIDVSDLSLCKAFNQNHPESTAEFNDSDSGISLNTSPSVASPEHSVESSSYGDTLLGLS DSEVEELDSAPGSVKQNGPKTPVHSSGDMVQPLSPSQGQSTHVHDAQCENTPEKELPVSPG HRKTPFTKDKHSSRLEAHLTRDELRAKALHIPFPVEKIINLPVVDFNEMMSKEQFNEAQLAL IRDIRRRGKNKVAAQNCRKRKLENIVELEQDLDHLKDEKEKLLKEKGENDKSLHLLKKQL STLYLEVFSMLRDEDGKPYSPSEYSLQQTRDGNVFLVPKSKKPDVKKN
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>sp|P15559|NQO1_HUMAN NAD(P)H脱氢酶[醌]1OS＝智人OX＝9606GN＝NQO1 PE＝1SV＝1 MVGRRALIVLAHSERTSFNYAMKEAAAAALKKKGWEVVESDLYAMNFNPIISRKDITGKL KDPANFQYPAESVLAYKEGHLSPDIVAEQKKLEAADLVIFQFPLQWFGVPAILKGWFERVF IGEFAYTYAAMYDKGPFRSKKAVLSITTGGSGSMYSLQGIHGDMNVILWPIQSGILHFCGF QVLEPQLTYSIGHTPADARIQILEGWKKRLENIWDETPLYFAPSSLFDLNFQAGFLMKKEVQ DEEKNKKFGLSVGHHLGKSIPTDNQIKARK
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>sp|O43175|PHGDH或SERA_HUMAN D-3-磷酸甘油酸脱氢酶OS＝智人OX＝9606 GN＝PHGDH PE＝1SV＝4
MAFANLRKVLISDSLDPCCRKILQDGGLQVVEKQNLSKEELIAELQDCEGLIVRSATKVTA DVINAAEKLQVVGRAGTGVDNVDLEAATRKGILVMNTPNGNSLSAAELTCGMIMCLARQI PQATASMKDGKWERKKFMGTELNGKTLGILGLGRIGREVATRMQSFGMKTIGYDPIISPEV SASFGVQQLPLEEIWPLCDFITVHTPLLPSTTGLLNDNTFAQCKKGVRVVNCARGGIVDEG ALLRALQSGQCAGAALDVFTEEPPRDRALVDHENVISCPHLGASTKEAQSRCGEEIAVQFV DMVKGKSLTGVVNAQALTSAFSPHTKPWIGLAEALGTLMRAWAGSPKGTIQVITQGTSLK NAGNCLSPAVIVGLLKEASKQADVNLVNAKLLVKEAGLNVTTSHSPAAPGEQGFGECLLA VALAGAPYQAVGLVQGTTPVLQGLNGAVFRPEVPLRRDLPLLLFRTQTSDPAMLPTMIGLL AEAGVRLLSYQTSLVSDGETWHVMGISSLLPSLEAWKQHVTEAFQFHF
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>sp|P09601|HMOX1_HUMAN血红素加氧酶1OS＝智人OX＝9606GN＝HMOX1 PE＝1SV＝1 MERPQPDSMPQDLSEALKEATKEVHTQAENAEFMRNFQKGQVTRDGFKLVMASLYHIYV ALEEEIERNKESPVFAPVYFPEELHRKAALEQDLAFWYGPRWQEVIPYTPAMQRYVKRLH EVGRTEPELLVAHAYTRYLGDLSGGQVLKKIAQKALDLPSSGEGLAFFTFPNIASATKFKQ LYRSRMNSLEMTPAVRQRVIEEAKTAFLLNIQLFEELQELLTHDTKDQSPSRAPGLRQRAS NKVQDSAPVETPRGKPPLNTRSQAPLLRWVLTLSFLVATVAVGLYAM
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>sp|Q9UPY5|SLC7A11或XCT_HUMAN胱氨酸/谷氨酸转运蛋白OS＝智人OX＝9606 GN＝SLC7A11 PE＝1SV＝1
MVRKPVVSTISKGGYLQGNVNGRLPSLGNKEPPGQEKVQLKRKVTLLRGVSIIIGTIIGA GIFISPKGVLQNTGSVGMSLTIWTVCGVLSLFGALSYAELGTTIKKSGGHYTYILEVFGP LPAFVRVWVELLIIRPAATAVISLAFGRYILEPFFIQCEIPELAIKLITAVGITVVMVLNSMSVS WSARIQIFLTFCKLTAILIIIVPGVMQLIKGQTQNFKDAFSGRDSSITRLPLAFYYGMYAYAG WFYLNFVTEEVENPEKTIPLAICISMAIVTIGYVLTNVAYFTTINAEELLLSNAVAVTFSERL LGNFSLAVPIFVALSCFGSMNGGVFAVSRLFYVASREGHLPEILSMIHVRKHTPLPAVIVLH PLTMIMLFSGDLDSLLNFLSFARWLFIGLAVAGLIYLRYKCPDMHRPFKVPLFIPALFSFTCL FMVALSLYSDPFSTGIGFVITLTGVPAYYLFIIWDKKPRWFRIMSEKITRTLQIILEVVPEEDK L
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>sp|Q9BYN0|SRXN1_HUMAN Sulfiredoxin-1OS＝智人OX＝9606GN＝SRXN1 PE＝1SV＝2 MGLRAGGTLGRAGAGRGAPEGPGPSGGAQGGSIHSGRIAAVHNVPLSVLIRPLPSVLDPAK VQSLVDTIREDPDSVPPIDVLWIKGAQGGDYFYSFGGCHRYAAYQQLQRETIPAKLVQSTL SDLRVYLGASTPDLQ
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>sp|P48431|SOX2_HUMAN转录因子SOX-2OS＝智人OX＝9606GN＝SOX2 PE＝1SV＝1MYNMMETELKPPGPQQTSGGGGGNSTAAAAGGNQKNSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRR KMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTK TLMKKDKYTLPGGLLAPGGNSMASGVGVGAGLGAGVNQRMDSYAHMNGWSNGSYSM MQDQLGYPQHPGLNAHGAAQMQPMHRYDVSALQYNSMTSSQTYMNGSPTYSMSYSQQ GTPGMALGSMGSVVKSEASSSPPVVTSSSHSRAPCQAGDLRDMISMYLPGAEVPEPAAPSRLHMSQHYQSGPVPGTAINGTLPLSHM
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>sp|P18283|GPX2_HUMAN谷胱甘肽过氧化物酶2OS＝智人OX＝9606GN＝GPX2 PE＝1SV＝3 MAFIAKSFYDLSAISLDGEKVDFNTFRGRAVLIENVASLUGTTTRDFTQLNELQCRFPRRLV VLGFPCNQFGHQENCQNEEILNSLKYVRPGGGYQPTFTLVQKCEVNGQNEHPVFAYLKDK LPYPYDDPFSLMTDPKLIIWSPVRRSDVAWNFEKFLIGPEGEPFRRYSRTFPTINIEPDIKRLL KVAI
SEQUENCE ID NO:9(SEQ ID NO:9)
>sp|P22352|GPX3_HUMAN谷胱甘肽过氧化物酶3OS＝智人OX＝9606GN＝GPX3 PE＝1SV＝2 MARLLQASCLLSLLLAGFVSQSRGQEKSKMDCHGGISGTIYEYGALTIDGEEYIPFKQYAG KYVLFVNVASYUGLTGQYIELNALQEELAPFGLVILGFPCNQFGKQEPGENSEILPTLKYVR PGGGFVPNFQLFEKGDVNGEKEQKFYTFLKNSCPPTSELLGTSDRLFWEPMKVHDIRWNFE KFLVGPDGIPIMRWHHRTTVSNVKMDILSYMRRQAALGVKRK
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>sp|Q96SL4|GPX7_HUMAN谷胱甘肽过氧化物酶7OS＝智人OX＝9606GN＝GPX7 PE＝1SV＝1 MVAATVAAAWLLLWAAACAQQEQDFYDFKAVNIRGKLVSLEKYRGSVSLVVNVASECG FTDQHYRALQQLQRDLGPHHFNVLAFPCNQFGQQEPDSNKEIESFARRTYSVSFPMFSKIA VTGTGAHPAFKYLAQTSGKEPTWNFWKYLVAPDGKVVGAWDPTVSVEEVRPQITALVRK LILLKREDL

Claims (15)

1.一种治疗患者癌症的方法，包括
(a)从患者获取癌症样品，
(b)用2,2'-二硫代双乙烷磺酸盐类似物处理所述样品；
(c)获得所述样品中多种生物标志物中的一种或多种的表达水平，其中所述多种生物标志物包括NRF2(SEQ ID NO:1)；
(d)从NRF2(SEQ ID NO:1)的表达水平确定样品对用2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠处理敏感；和
(e)如果与非癌细胞相比，NRF2(SEQ ID NO:1)的表达水平大于1倍，则向所述受试者施用包括2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠类似物的癌症治疗。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多种生物标志物还包括选自以下的一种生物标志物：NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ IDNO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述非癌细胞是从健康患者获得的生物样品中的表达水平并且是参考水平。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述2,2'-二硫代双乙烷磺酸盐类似物是2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠。
5.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症治疗包括施用一种或多种选自以下的化疗剂：铂络合物和紫杉烷。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述癌症治疗包括放射治疗。
7.根据权利要求1所述的方法，其中来自所述样品的一个或多个核酸分子与装置接触，所述装置包含(a)能够与所述生物标志物的核苷酸特异性杂交的第一单链核酸分子；和(b)能够与多种生物标志物的核苷酸特异性杂交的第二单链核酸分子，其中所述生物标志物是核酸。
8.一种治疗受试者的实体瘤癌症的方法，包括：
(a)用2,2'-二硫代双乙烷磺酸盐类似物治疗肿瘤；
(b)获得来自受试者的样品中多种生物标志物之一的表达水平，其中所述多种生物标志物包含NRF2(SEQ ID NO:1)；
(c)从NRF2(SEQ ID NO：1)的表达水平确定肿瘤对用2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠类似物的处理敏感；和
(d)如果NRF2(SEQ ID NO：1)的表达水平大于非癌细胞的1倍，则施用包括2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠的癌症治疗。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述多种生物标志物也包括选自以下的一种生物标志物：NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ IDNO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)。
10.根据权利要求8所述的方法，其中所述化合物是2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠类似物。
11.根据权利要求9所述的方法，其中所述化合物的范围从大约14g/m2到大约22g/m2。
12.根据权利要求10所述的方法，其中所述化疗治疗包括施用一种或多种选自以下的化疗剂：铂络合物和紫杉烷。
13.根据权利要求11所述的方法，其中所述铂络合物药物选自：顺铂、奥沙利铂、卡铂、沙铂以及它们的衍生物和类似物。
14.一种测试患有已知癌症类型的患者的肿瘤样品的方法，其中所述患者对一种或多种癌症疗法具有抗性并且对2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠具有未知的反应性，其包括：
使所述样品与2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠接触；
使所述样品与包含以下的装置接触：(a)能够与多种生物标志物的核苷酸特异性杂交的第一单链核酸分子，其中第一生物标志物是NFR2；和(b)能够与选自以下的生物标志物的多种抗性生物标志物的核苷酸特异性杂交的第二单链核酸分子：NQO1(SEQ ID NO:2)、PHGDH(SEQ ID NO:3)、HMOX1(SEQ ID NO:4)、SLC7A11(SEQ ID NO:5)、SRXN1(SEQ ID NO:6)、SOX2(SEQ ID NO:7)、GPX2(SEQ ID NO:8)、GPX3(SEQ ID NO:9)和GPX7(SEQ ID NO:10)；
检测所述多种生物标志物的表达水平；和
向患者施用2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠，其中已确定所述患者对2,2'-二硫代双乙烷磺酸二钠有反应。
15.大于1.5至2倍的表达水平变化可指示2,2'-二硫代双乙烷磺酸盐敏感性。
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