CN115094080A - 一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用 - Google Patents

一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用 Download PDF

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刘琪聪
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    • C12N9/50Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25)
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    • C12N9/62Proteinases, e.g. Endopeptidases (3.4.21-3.4.25) derived from fungi from Aspergillus
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Abstract

本发明公开一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用,其中,构建方法包括步骤:通过生物信息学分析确定米曲霉中高表达蛋白酶基因AO090120000232,将高表达蛋白酶基因AO090120000232的上游1522bp序列的克隆片段与下游1598bp序列的克隆片段整合到载体pEX1中,得到基因AO090120000232敲除载体,将所述基因AO090120000232敲除载体整合到米曲霉中,构建得到异源蛋白高表达米曲霉工程菌。本发明利用生物信息学方法分析找到米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,利用同源重组技术敲除米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,构建的异源蛋白高表达米曲霉工程菌可提高异源蛋白表达水平。

Description

一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用
技术领域
本发明涉及基因工程技术领域,特别涉及一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用。
背景技术
丝状真菌米曲霉(Aspergillus oryzae)是曲霉属中的一种,属于黄曲霉群,具有极强的蛋白分泌能力。米曲霉被应用于传统食品行业中已有上千年的历史,不会产生黄曲霉毒素,主要被应用于酱油酿造,此外还在酿酒过程中发挥糖化菌的作用等,在日本,其还被用作生产清酒。米曲霉被美国FDA(Food and Drug Administration)认证为GRAS(Generally Recognized as Safe)菌株,由于其公认的安全性,其还被广泛应用于现代食品工业,如食品用酶制剂的生产。此外,米曲霉还被用作皮革鞣制,曲酸生产、饲料添加剂等领域。随着对米曲霉研究的手段逐渐成熟,米曲霉的应用范围也在逐步扩展。
对于米曲霉来说,异源蛋白往往指的是来源于非曲霉属的其他物种的蛋白质,在米曲霉中对异源蛋白进行表达,是一个新的研究方向与领域。异源蛋白往往是来源于哺乳动物细胞的治疗性蛋白,具有结构复杂的特点,还会有复杂的糖基化结构。米曲霉已被探索用来表达来源于包括其他真菌、植物、昆虫、哺乳动物等的蛋白质。在这些探索中,来源于其他丝状真菌的蛋白质往往能够被更好地表达并分泌出来,作为酶制剂生产平台,已经被用作生产来源于其他真菌的果胶酯酶、漆酶、木糖聚酶、葡糖氧化酶、脂肪酶等。而来源于其他物种的异源蛋白却面临着产量低、活性差等问题。目前针对米曲霉作为异源蛋白的表达平台所面临的障碍,研究人员正在从各个方面进行菌株的改造和优化,以期获得合适的底盘菌株。
因此,现有技术还有待于改进和发展。
发明内容
鉴于上述现有技术的不足,本发明的目的在于提供一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用,旨在解决现有米曲霉异源蛋白表达较低的问题。
本发明的技术方案如下:
一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法,其中,包括步骤:
通过生物信息学分析确定米曲霉中高表达蛋白酶基因AO090120000232,所述高表达蛋白酶基因AO090120000232的核苷酸序列为SEQ ID NO.1;
获取米曲霉样品中基因AO090120000232上游1522bp序列,根据上游1522bp序列设计第一引物,根据所述第一引物从所述米曲霉样品中扩增得到上游1522bp序列的克隆片段,所述上游1522bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.2,所述第一引物的核苷酸序列为SEQID NO.3-4;
获取米曲霉样品中基因AO090120000232下游1598bp序列,根据下游1598bp序列设计第二引物,根据所述第二引物从所述米曲霉样品中扩增得到下游1598bp序列的克隆片段,所述下游1598bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.5,所述第二引物的核苷酸序列为SEQID NO.6-7;
使用SpeⅠ和HindⅢ酶对原始载体pEX1进行酶切得到线性化pEX1载体,将所述下游1598bp序列的克隆片段与上游1522bp序列的克隆片段先后整合到线性化pEX1载体中,得到基因AO090120000232敲除载体;
将所述基因AO090120000232敲除载体整合到米曲霉中,构建得到异源蛋白高表达米曲霉工程菌。
一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌,其中,采用本发明所述异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法制得。
一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的应用,其中,将本发明构建方法制得的异源蛋白高表达米曲霉工程菌用于生产异源蛋白。
有益效果:本发明利用生物信息学方法分析找到米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,利用同源重组技术敲除米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,构建的异源蛋白高表达米曲霉工程菌可提高异源蛋白表达水平。
附图说明
图1为为本发明一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法流程图。
图2为本发明实施例1中扩增得到的上游1522bp序列的克隆片段和下游1598bp序列的克隆片段的电泳结果图。
图3为本发明实施例1中经过SpeⅠ和HindⅢ酶酶切的线性化pEX1载体的电泳结果图。
图4为本发明下游1598bp序列的克隆片段整合到线性化pEX1载体后的电泳验证结果图。
图5为上游1522bp序列的克隆片段整合到中间载体后的电泳验证结果图。
图6为本实施例1构建得到的异源蛋白高表达米曲霉工程菌的培养菌落图。
图7为采用验证引物232-F/232-R对构建的异源蛋白高表达米曲霉工程菌进行PCR扩增后电泳验证结果图。
具体实施方式
本发明提供一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用,为使本发明的目的、技术方案及效果更加清楚、明确,以下对本发明进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅用以解释本发明,并不用于限定本发明。
请参阅图1,图1为本发明提供的一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法流程图,如图所示,其包括步骤:
S10、通过生物信息学分析确定米曲霉中高表达蛋白酶基因AO090120000232,所述高表达蛋白酶基因AO090120000232的核苷酸序列为SEQ ID NO.1;
S20、获取米曲霉样品中基因AO090120000232上游1522bp序列,根据上游1522bp序列设计第一引物,根据所述第一引物从所述米曲霉样品中扩增得到上游1522bp序列的克隆片段,所述上游1522bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.2,所述第一引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.3-4;
S30、获取米曲霉样品中基因AO090120000232下游1598bp序列,根据下游1598bp序列设计第二引物,根据所述第二引物从所述米曲霉样品中扩增得到下游1598bp序列的克隆片段,所述下游1598bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.5,所述第二引物的核苷酸序列为SEQ ID NO.6-7;
S40、使用SpeⅠ和HindⅢ酶对原始载体pEX1进行酶切得到线性化pEX1载体,将所述下游1598bp序列的克隆片段与上游1522bp序列的克隆片段先后整合到线性化pEX1载体中,得到基因AO090120000232敲除载体;
S50、将所述基因AO090120000232敲除载体整合到米曲霉中,构建得到异源蛋白高表达米曲霉工程菌。
具体来讲,米曲霉被预测有135个编码分泌型蛋白酶的基因,约占基因组大小的1%,这135个基因中包括构巢曲霉和烟曲霉中所有蛋白酶编码基因中除了一个编码氨基肽酶基因之外的所有同源基因。这些蛋白酶对异源蛋白的表达分泌是很不利的,不但会在胞内与异源蛋白竞争分泌途径,还会降解已经分泌到胞外的异源蛋白。基于此,本发明利用生物信息学方法分析找到米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,利用同源重组技术敲除米曲霉中高表达的蛋白酶基因AO090120000232,构建的异源蛋白高表达米曲霉工程菌可提高异源蛋白表达水平。
在一些实施方式中,还提供一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌,其采用本发明所述异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法制得。
在一些实施方式中,还提供一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的应用,将本发明构建方法制得的异源蛋白高表达米曲霉工程菌用于生产异源蛋白。
下面通过具体实施例对本发明做进一步的解释说明:
实施例1
异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建:
1、通过生物信息学分析确定米曲霉中高表达蛋白酶基因AO090120000232,所述高表达蛋白酶基因AO090120000232的核苷酸序列为SEQ ID NO.1;
2、获取米曲霉样品中基因AO090120000232上游1522bp序列,根据上游1522bp序列设计第一引物,根据所述第一引物从所述米曲霉样品中扩增得到上游1522bp序列的克隆片段,所述上游1522bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.2,所述第一引物的核苷酸序列为SEQID NO.3-4;
3、获取米曲霉样品中基因AO090120000232下游1598bp序列,根据下游1598bp序列设计第二引物,根据所述第二引物从所述米曲霉样品中扩增得到下游1598bp序列的克隆片段,所述下游1598bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.5,所述第二引物的核苷酸序列为SEQID NO.6-7;
4、使用SpeⅠ和HindⅢ酶对原始载体pEX1进行酶切得到线性化pEX1载体,将所述下游1598bp序列的克隆片段与上游1522bp序列的克隆片段先后整合到线性化pEX1载体中,得到基因AO090120000232敲除载体;
5、将所述基因AO090120000232敲除载体整合到米曲霉中,构建得到异源蛋白高表达米曲霉工程菌。
对实施例1中扩增得到的上游1522bp序列的克隆片段和下游1598bp序列的克隆片段进行电泳验证后回收,结果如图2所示,图2中,1、2为上游1522bp序列的克隆片段泳道;3、4为下游1598bp序列的克隆片段泳道。
将实施例1中经过SpeⅠ和HindⅢ酶酶切的线性化pEX1载体进行电泳验证后回收,结果如图3所示,图3中最上端的大片段为原始载体pEX1使用SpeⅠ和HindⅢ酶切得到的线性化载体。
将下游1598bp序列的克隆片段整合到线性化pEX1载体后进行电泳验证,结果如图4所示,从图4可以看出下游1598bp序列的克隆片段成功连接到线性化pEX1载体中,得到中间载体。
将上游1522bp序列的克隆片段整合到上述中间载体后进行电泳验证,结果如图5所示,从图5可以看出上游1522bp序列的克隆片段整合到上述中间载体后得到最终的敲除载体。
将本实施例1构建得到的异源蛋白高表达米曲霉工程菌进行培养,结果如图6所示,从图6可以看出所述异源蛋白高表达米曲霉工程菌菌落呈淡黄色,与原始菌株表型基本一致。
从SEQ ID NO.2中选取一段序列设计得到232-F引物序列为:TTTACGACCTTCCCATCTCC,记为SEQ ID NO.8;从SEQ ID NO.5中选取一段序列设计得到232-R引物序列为:AGTACATCAATGATGCTTCC,记为记为SEQ ID NO.9。采用验证引物232-F/232-R对构建的异源蛋白高表达米曲霉工程菌进行PCR扩增及电泳验证,结果如图7所示,其中,1、2、3泳道为转化子煮DNA验证,4为米曲霉原始菌株基因组DNA验证,阳性转化子扩增片段大小应为750bp,原始菌株扩增片段大小应为2505bp。从图7中可以看出成功获得了两株敲除掉基因AO090120000232的阳性转化子。
实施例2
本发明通过在GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、NR等数据库中进行比对,对基因AO090120000232所编码蛋白质功能进行预测,预测其具有丝氨酸羧肽酶活性。具体来讲,通过对4株不同蛋白酶活力的菌株进行转录组测序,找到其中可能影响蛋白酶活力的差异表达基因,通过blast比对数据库对所有差异表达基因进行注释,发现基因AO090120000232在米曲霉参考基因组中注释为未命名蛋白,在COG数据库中被注释为与氨基酸转运与代谢相关,GO数据库中注释为具有丝氨酸羧肽酶的分子功能,KEGG数据库中K01288carboxypeptidase D[EC:3.4.16.6],KOG数据库中注释为Posttranslationalmodification,protein turnover,chaperones;;Amino acid transport andmetabolism,pfam数据库中注释为丝氨酸羧肽酶,Swiss-Prot注释为丝氨酸羧肽酶,eggNOG注释为Posttranslational modification,protein turnover,chaperones,同时在转录组数据中,该基因在低蛋白酶活菌株,中蛋白酶活菌株及高蛋白酶活菌株1,高蛋白酶活菌株2中的表达量分别为42.2134、116.655、254.3833、288.306(以上表达量数据为FPKM(Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped)作为衡量基因表达水平的指标)。
应当理解的是,本发明的应用不限于上述的举例,对本领域普通技术人员来说,可以根据上述说明加以改进或变换,所有这些改进和变换都应属于本发明所附权利要求的保护范围。
序列表
<110> 深圳技术大学
<120> 一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌及其构建方法与应用
<160> 9
<210> 1
<211> 1775
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 1
atgcgctttc aaggcgttgt gccgacggct ttattggcca tctcatgcac cgacaaggcg 60
tgtgcttcca agcatggacg ctctgatcag ccagtgcacg aaccctcggt cctagacagg 120
agaacatcat tgtcttcgga ggagcgtcag ctccgctcac acgataactt tcgatttctc 180
aatgacgaga cgaggcgtat gtattcatac ttcctggtgg atgaatgctg atgtaggcat 240
atggatcaat agcctacctc gtggagagct tgcctgatgt gccattcgac gtcggtgaat 300
tgtactcggg atcagtgcca atcgaaaagg gtaacagctc gagaactctc ttctttgtgt 360
tccagccgac agtgggggag cctgtggacg aaattacaat cgaggttaat gggggcccgg 420
gtgctagctc cctcgaaggg ttcctccaag aaaccggcag atttgtttgg ccaccaggaa 480
cctatgcgcc agtcattaat ccgtattcct gggtaaatct gactaacatg ttgtggtacg 540
tttcgattgt ctcctttggg attccttctt taatcttcac tatagggttg atcagcccgt 600
tgggacgggg ttttctacag gcacacctac tgctaccact gaagaggaga cgtccaggga 660
ctttattaat ttctttaaga actttcaaga catctttgga atcaagaaat tcaagattta 720
cgtgaccggt cagagctatg ctgggcgtta tgtgccgtac attgctgcgg caatgctgga 780
tcaaaatgac aaggactatt atgacgtcca tggtaggctc tttctcttgc aacgaggaag 840
taggccccac aaacattcat atgctgatgc ttttcaatgt aggggcactg gtttacgacc 900
cagtcattgg ccaatttgac tatgtgggac aacaagtggc tgctgtgcca actgtgcagg 960
agaacgctaa catcttcaac tttaatgcaa gctttatgaa tcaactacaa agtcttcaca 1020
aatcgtgtgg ttatcaggac tttatagacg aatatcttac tttccctcca tcgggggtcc 1080
agcctccgaa gtcttttgac cctaccagcg acgctgattg taatatctat aacatgatca 1140
cggatgcagc ttatcgagtc aacccttgct acaacgtgta cgccatcaac cagatgtgtc 1200
cctttctgtg ggatgttctt ggagggccca cgaaactgca ctacctaccc gccggagcca 1260
cggtgtattt cgatcgcgat gatgtcaaga aagctatgca cgcacccaat atgacctggt 1320
ccctgtcctc gctccagcct gtcttcgttg gtggcgacgc cggagttggg agactgggtg 1380
atttgtccgc caacccaatc gaacgtgttc taccccaagt gattgaagcc acaaaccgag 1440
ttctcatcag tcacggagat tacgatttta ttctccagac caatggaacc cttttggcta 1500
tccagaacat gacttggaac ggacaactag gattccagtc tcagccgagc accccgattg 1560
agattggtct gccggacctc cagtatgcgg aggtgtttga agagaacgat ctcttctcat 1620
ggcgcagcgg ccagggagta atgggcatac aacactatga gagaggaatg atgtgggcgg 1680
agacattcca gagcggccac atgcagcctc agtaccagcc ccgagtcgcc taccgtcaca 1740
tccagtggct actcgggcgg attgaagaat tgtag 1775
<210> 2
<211> 1522
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 2
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<212> DNA
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<211> 1598
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
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ttgaccgacg ggaatacatt tcctaatcaa gcatattctt agaagcatcc gctaattggc 180
atacaatgat cctgatatca ttttttaacc cgtcaaggta aaaaccttca cgcagcctcc 240
agatctttgg gactttgatt tgacttccag atatacttcc catcaccttt tccgccaaca 300
gcctaagatc tccgttgtaa cgagcaggag tagaacagcg cagccacgga atgataggga 360
aagctgtcta ttccgacagt acctttgagt ttgtaaaaga agactggaag catcattgat 420
gtactcctca taggttcata cttgtaacgt acaaatatac atacatgtat aaacatgtac 480
ggatcccgtg gtggagacac aatacatgta ctgtacttgg ttctaccttg ccctatacag 540
cgcatgatag cgaagtccca gccttgcatg atgctcaatt agttaataat tgtatccagt 600
tctccgtcac agtgtaccag acaatgccac ggtcgggaca cacgaagtat gcttagaggg 660
cacatcgatc ggatccatgt atgtaccatc tgtatgtacc atcacgatcc aacgatcacg 720
atatctcgtg accagagatt ccccgggtcc atcaggcctc ctcattccga ggaaaactgg 780
agaccagggc ccttctccag agtccggaac tagggagtaa ccgaaatcat acccaccgat 840
aaagtcctct tttgacaacc tccatgtacg agtctcaagt tggcatagtt agactttggg 900
agtggagtta tacccgatat atgcactcca gtcgccgttg actgcgtccc tctgtccggt 960
cgcactttgg agggtacgat gcccacatga gtccccatcg caatttggag taccaatgaa 1020
tctctccagt ttcatggcag tattcgtaag tgatgttcct gataatttta tcagaccacg 1080
ttatttgtta ttgaatgtca atcgtatcat cgaggattac cccgtatcgt agaattagag 1140
tacgtaggaa taaacaattt tttctcctca tcttctcacc ttattttcgt tccccctcct 1200
ttccccttcg tcgtttctcg atctctcccc gcattcttgc ggatcttgtg acgccacgtg 1260
cgtatttgac tcttttatcg tccgtgaagg tcgtatggcg tggtgaaaca actctttggg 1320
ggatccaaat gtttggttgt cggattggga aaaggtggtt tgcacttgac cattcccgag 1380
gacgtggggc gggatttact ccgagtacag accaatttac taagaccatg taacgctatt 1440
ccgcaatgaa tctctgctcg tatatgagca acggaggtta tgtaaatggc ataattgtac 1500
tgcctaaaaa tagcgaggaa aaaaaaaaaa aagaggatac ttcgtgtcat ctatcatatt 1560
atcaaatctt ttttcccatc cttctttcac gatatcgg 1598
<210> 6
<211> 39
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 6
tcagagccta gccaactagt gtgagttagg accatgaagt 40
<210> 7
<211> 40
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 7
cgacggccag tgccaagctt ccgatatcgt gaaagaagga 40
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 8
tttacgacct tcccatctcc 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(rengongxulie)
<400> 9
agtacatcaa tgatgcttcc 20

Claims (3)

1.一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法,其特征在于,包括步骤:
通过生物信息学分析确定米曲霉中高表达蛋白酶基因AO090120000232,所述高表达蛋白酶基因AO090120000232的核苷酸序列为SEQ ID NO.1;
获取米曲霉样品中基因AO090120000232上游1522bp序列,根据上游1522bp序列设计第一引物,根据所述第一引物从所述米曲霉样品中扩增得到上游1522bp序列的克隆片段,所述上游1522bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.2,所述第一引物的核苷酸序列为SEQ IDNO.3-4;
获取米曲霉样品中基因AO090120000232下游1598bp序列,根据下游1598bp序列设计第二引物,根据所述第二引物从所述米曲霉样品中扩增得到下游1598bp序列的克隆片段,所述下游1598bp序列的核苷酸序列为SEQ ID NO.5,所述第二引物的核苷酸序列为SEQ IDNO.6-7;
使用SpeⅠ和HindⅢ酶对原始载体pEX1进行酶切得到线性化pEX1载体,将所述下游1598bp序列的克隆片段与上游1522bp序列的克隆片段先后整合到线性化pEX1载体中,得到基因AO090120000232敲除载体;
将所述基因AO090120000232敲除载体整合到米曲霉中,构建得到异源蛋白高表达米曲霉工程菌。
2.一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌,其特征在于,采用权利要求1所述异源蛋白高表达米曲霉工程菌的构建方法制得。
3.一种异源蛋白高表达米曲霉工程菌的应用,其特征在于,将权利要求1构建方法制得的异源蛋白高表达米曲霉工程菌用于生产异源蛋白。
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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