CN114990141A - 嵌合抗原受体组合物 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了呈现出新的诊断能力及允许向过继免疫疗法快速添加疗功能性的组合物。所述组合物包括编码蛋白质的分离的核酸,所述蛋白质包括能结合包含肽基部分(例如中间位)的化合物的抗体区。本发明提供的重组蛋白质特别可用于广泛的治疗和诊断目的。例如本发明包括其实施方案提供的重组蛋白质可用作非侵入性方式在疾病(例如癌症)治疗之前和/或期间鉴定嵌合抗原受体(CAR)T细胞。

Description

嵌合抗原受体组合物
相关申请的交叉引用
本申请要求2015年5月15日提交的美国临时申请号62/162,599的优先权,该文献以其全文为所有目的引入本文。
作为ASCII文本文件提交的“序列表”、表格或计算机程序列表附件的引用
2016年5月12日产生的文件48440-558001WO_ST25.TXT,169,534比特,机读格式IBM-PC,MS-Windows操作系统,其中记载的序列表以其全文为所有目的引入本文。
发明背景
癌症在美国是导致死亡的第二大因素,比接下来的五种因素组合(包括慢性呼吸疾病、阿尔茨海默病和糖尿病)死亡更多的人。虽然在癌症的检测、预防和治疗中已经取得巨大进步,但是特别是在晚期患者情况中,仍有迫切需要产生不仅停止肿瘤进展而且有效消除全部肿瘤细胞的治疗方法。一种方法是过继T细胞免疫治疗(adoptive T cellimmunotherapy)(5-7)。这种方法需要采集患者的T细胞,用识别肿瘤抗原的嵌合抗原受体(CAR)工程化这些细胞,随后将修饰的细胞再导入患者中。重编程的T细胞随后直接靶向表达抗原的肿瘤细胞,不需要MHC肽,激发有力但局部化的免疫应答。这种治疗方法(8)在早期临床试验中对于一些而不是全部患者已经产生一些阳性结果。本领域需要更好地理解CART细胞治疗的成功和失败。例如本领域需要鉴定转化的细胞上CAR的密度的能力,在治疗期间任何时间点追踪给予的CAR T细胞并将这种分布与治疗结果相关联的能力,快速功能化CAR T细胞、监测原位移植的CAR T细胞的数目、位置和存活性的能力,及如果需要则选择性消除CAR T细胞的能力。有意义的相关性将有助于临床医生决定最佳的治疗选择及为研究人员提供重要提示以修改和改良这种治疗方法。本发明提供了解决本领域这些及其它需求的组合物和方法。
发明简述
一方面,提供了分离的核酸。所述核酸编码蛋白质,所述蛋白质包括:(i)抗体区,其包括由重链可变(VH)区、轻链可变(VL)区、重链恒定区(CH)和轻链恒定区(CL)形成的中央腔(central cavity),其中中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;及(ii)跨膜结构域。
一方面,提供了分离的核酸。所述核酸编码蛋白质,所述蛋白质包括:(i)抗体区,其包括由重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区形成的中央腔,其中所述中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;及(ii)跨膜结构域。
另一方面,提供了分离的核酸。所述分离的核酸编码包括第一部分和第二部分的蛋白质,所述第一部分包括抗体重链可变结构域,第二部分包括抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中第一部分进一步包括跨膜结构域。
另一方面,提供了包括本文及其实施方案提供的核酸的表达载体。
另一方面,提供了包括本文及其实施方案提供的表达载体的T淋巴细胞。
另一方面,提供了包括本文及其实施方案提供的表达载体的哺乳动物细胞。
另一方面,提供了重组蛋白质。所述重组蛋白质包括(i)抗体区,其包括由重链可变(VH区和轻链可变(VL)区形成的中央腔,其中中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;及(ii)跨膜结构域。
另一方面,提供了重组蛋白质。所述重组蛋白质包括第一部分和第二部分,第一部分包括抗体重链可变结构域,第二部分包括抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中第一部分进一步包括跨膜结构域,及其中抗体重链可变结构域、抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域一起形成抗体区。
另一方面,提供了包括本文及其实施方案提供的重组蛋白质的哺乳动物细胞,其中所述跨膜结构域在哺乳动物细胞的细胞膜内。
另一方面,提供了包括本文及其实施方案提供的重组蛋白质的T淋巴细胞,其中所述跨膜结构域在T淋巴细胞的细胞膜内。
另一方面,提供了治疗癌症的方法。所述方法包括给有需要的对象施用有效量的本文及其实施方案提供的哺乳动物细胞,其中所述抗体区是抗癌抗体区。
另一方面,提供了治疗癌症的方法。所述方法包括给有需要的对象施用有效量的本文及其实施方案提供的T淋巴细胞,其中所述抗体区是抗癌抗体区。
另一方面,提供了重编程T淋巴细胞的方法。所述方法包括将T淋巴细胞与本文及其实施方案提供的表达载体接触。
另一方面,提供了检测癌症的方法。所述方法包括:(i)给癌症患者施用有效量的包括本文及其实施方案提供的重组蛋白质的T淋巴细胞及包括能结合所述肽结合位点的肽基部分的化合物,其中所述化合物进一步包括检测标记,及其中所述抗体区是抗癌抗体区。所述方法包括(ii)使所述化合物结合所述肽结合位点,从而形成重组蛋白质-化合物复合物。以及(iii)在癌症患者体内检测所述重组蛋白质-化合物复合物,从而检测癌症。
附图简述
图1A-1B:图1A:嵌合抗原受体的示意图。为了特异性靶向肿瘤,将识别肿瘤相关抗原的全mAb或者Fab片段与跨膜结构域和ζ链直接融合。此外,可以将中间位(meditope)结合位点移植在mAB/Fab上,提供为CAR T细胞增加功能性的另一种方式。图1B:由于两个链需要被表达(例如mAb的轻链和重链加上跨膜和胞内信号区段),有两种不同的可能性表达不同的链。特别地,轻链后接重链或者重链后接轻链。
图2A-图2B:HER2特异性CAR。图2A:表达HER2特异性CAR的慢病毒CAR表达盒的图解,包括2A核糖体跳跃序列和截短的CD19(CD19t),其作为细胞转导的惰性免疫原性标记。图2B:慢病毒转导以表达HER2R:28ζ的Tcm展示稳定的CAR和CD19蛋白质的细胞表面表达。
图3A-3B:HER2-28ζTcm杀死高表达和低表达HER2靶。图3A:流式细胞计量术评估在一组乳腺肿瘤细胞系和HER2阴性U87成胶质细胞瘤细胞系中的HER2表面表达。图3B:评估HER2-28z CAR T细胞杀伤力的4小时铬释放分析表明高表达和低表达HER2+肿瘤细胞系均被杀死。
图4A-4D:中间位研究。图4A晶体结构。5-二苯基-中间位和蛋白质L结合曲妥珠单抗(trastuzumab)memAb。使用pdb 1n8z叠加定义抗原结合位点的HER2的胞外结构域。注意:蛋白质L和中间位是独立的且远离抗原结合位点。图4B FACS:将SKBR3细胞用标记的曲妥珠单抗(亲本;memAb)处理及随后用标记的中间位-蛋白质L(MPL6)混合或者预混合。仅曲妥珠单抗memAb转变中间位-蛋白质L,表明抗原结合不妨碍中间位结合。图4C荧光显微镜分析:使用SKBR3细胞,融合至中间位-蛋白质L的GFP(MPL6-GFP)与曲妥珠单抗memAb共定位(上一行),但是与亲本曲妥珠单抗则不共定位(下一行)。这表明大的生物制剂不削弱抗原结合。图4D超分辨率显微镜分析:各HER2受体均可以通过使用中间位-蛋白质L融合的paGFP(MPL6-GFP)和曲妥珠单抗memAb而被观测和量化。左侧图示出全部细胞。右侧图示出各受体。
图5:HER2-scFv-CAR Tcm的抗颅内移植的乳腺肿瘤的抗肿瘤活性。在NSG小鼠中在瘤内i.c.注射HER2R-CAR T细胞后i.c.移植的BT474 EGFP-ffLuc+肿瘤(1×105个细胞)的代表性治疗反应。在第11天,小鼠接受1x106 HER2-CAR Tcm、空白Tcm或者PBS。
图6:meHER2R-CAR T细胞。将原始的人T细胞经慢病毒转导以表达HER2-scFv-CAR(HER2R-EQ-28Z)或者中间位允许的HER2-CAR(meHER2R-dCH2-28Z)。meHER2-dCH2-28Z的细胞表面表达通过使用抗Fc抗体经流式细胞计量术证实。
图7:鼠T84.66和人源化M5A衍生的scFv-CEA-特异性CAR在原代人T细胞中的表达。muT84.66和M5A衍生的CEA-scFv-CAR均由工程化细胞稳定表达。
图8A-8B:对比鼠T84.66与人源化M5A scFv-CEA-特异性CAR T细胞杀死CEA+靶的能力。图8A:CEA的靶细胞表达。图8B:4小时铬释放分析。在4小时铬释放分析中,muT84.66衍生的CEA-scFv-CAR T细胞识别并杀死CEA+靶细胞。通过对比,人源化M5A衍生的CEA-scFv-CAR T细胞不杀死CEA+靶细胞。
图9:举例的Fab和接头构型图示。
图10:将CHO-S细胞用memAb曲妥珠单抗Fab CAR(meCAR)或者曲妥珠单抗scFv-CAR(HER2CAR)质粒转染2天。meCAR和HER2CAR构建体仅在HER2靶向成分不同,均与CH3、CD28跨膜结构域和CD3 zeta连接。也可以从质粒中表达截短的CD19并作为转染对照。转染的CHO-S细胞用40μm滤膜过滤以除去碎片,并用0.3%BSA-PBS洗涤一次。然后将细胞在冰上用如下物质标记1小时:PE-抗CD19或者同种型对照,生物素酰化的抗Fcγ及随后的链霉亲和素-PE,或者用Pacific Blue-可溶HER2和Alexa Fluor 488-中间位Fc(MFC)双重标记。在保温结束时,将细胞洗涤1次并重悬浮于800μl洗涤缓冲液中。将Sytox blue加入未标记的细胞以评定存活力和膜通透性。将细胞门控为仅前面和侧面散射。Sytox Blue和Pacific Blue其光谱相当大地重叠,因此,未标记的样品的Sytox Blue信号“渗漏”进Pacific Blue通道。已经注意到当CHO-S细胞表达膜结合的蛋白质时,其膜变为对Sytox Blue染料更为通透,如黄色椭圆形的细胞组示出。meCAR-和HER2CAR-转染的细胞均是CD19、CH3和sHER2阳性的,但是仅meCAR对于MFC结合也是阳性的。
图11A-11C:原代人T细胞中中间位-允许的Fab-CAR的表达。图11A:中间位(me)-允许的曲妥珠单抗Fab-CAR盒(meHER2)的示意图,T2A核糖体跳跃序列分隔抗体轻链(meLc)与融合IgG4-CH3-Fc接头的重链、CD28跨膜结构域(Tm)及CD28和CD3ζ胞质信号传导结构域(Hc28ζ)。表达由EF1α启动子驱动,并以两个方向检测:Lc-Hc28ζ和Hc28ζ-Lc。图11B:原代人T细胞经慢病毒转导,meHER2-CAR表达通过流式细胞计量术评估。结合Fab轻链的蛋白质L染色证实两个CAR方向的细胞表面表达,观测Hc28ζ–Lc(MFI 5357)vs Lc-Hc28ζ(MFI 2592)方向的较高表达水平(MFI)。中间位-AF647染色证实CAR中间位口袋的功能性构成,与Hc28ζ–Lc(MFI 6042)vs Lc-Hc28ζ(MFI 2121)方向较大结合。图11C:预先与中间位肽结合的meHER2-CAR T细胞保持结合蛋白质L和可溶的HER2抗原的能力,提示中间位结合不改变Fab的抗原结合性质和结构成分。
图12A-12D:中间位-允许的HER2-CAR(meHER2)脱粒T细胞与scFvHER2-CAR T细胞以相似水平应答HER2+靶,中间位肽不负面影响T细胞脱粒。图12A:通过流式细胞计量术(Biolegend;Cat#324413)评定HER2+乳腺癌细胞系MCF-7和SK-BR-3的HER2细胞表面表达情况。与过表达HER2的SK-BR-3相比,MCF-7表达相对较低水平的HER2。图12B-12D:CD107a脱粒分析。将HD187.2 T细胞工程化为表达meHER2(Hc-Lc):28ζCAR、meHER2(Lc-Hc):28ζCAR、scFvHER2:28ζCAR或者不表达CAR(空白)。meHER2:28ζ-CAR的各个形式只是重链(Hc)和轻链(Lc)的方向不同,见图11。图12B:代表性FACs,示出对于空白T细胞(阴性对照)和scFvHER2-CAR T细胞(阳性对照)在以1:1的效应子与MCF-7比率(基于CA表达)共培养5小时后的CD107a脱粒。基于CAR+CD8+细胞门控,CD107a脱粒(BD PharmingenTM;Cat#555800)通过流式细胞计量术(Miltenyi Biotec;MACSQuant)检测并使用FCS Express(De Novo Software)分析。图12C:将meHER2(Hc-Lc):28ζ和meHER2(Lc-Hc):28ζT细胞与或不与中间位-AF647(ME;200nM)保温并评估MCF-7靶脱粒,如图12B所述。图12D:柱状图示出所有meHER2和scFvHER2-CAR T细胞系对于MCF-7或SK-BR-3的相似脱粒。通过CD107a脱粒评定,与或不与中间位肽保温的meHER2-CAR T细胞示出相似活化。绘图是每种条件的三个孔的平均值和标准偏差。基于CD8+CAR+群门控细胞。
图13A-13B:中间位-允许的HER2-CAR(meHER2)和scFvHER2 CAR-工程化T细胞以相似的效力杀死HER2+靶,中间位肽不负面影响T细胞杀伤力。长期杀伤力分析对比meHER2和scFvHER2-CAR T细胞的杀伤潜力。将HD187.2 T细胞工程化为表达meHER2(Hc-Lc):28ζCAR、meHER2(Lc-Hc):28ζCAR、scFvHER2:28ζCAR或者不表达CAR(空白)。meHER2:28ζ-CAR的各个形式只是重链(Hc)和轻链(Lc)的方向不同,见图11所示。将HER2-CAR T细胞系或者空白对照细胞与HER2+乳腺癌细胞系、MCF-7和SKBR3共培养48小时,效应子与靶的比率为1:4(基于CAR表达)。通过量化在共保温后剩余的活的肿瘤细胞的数目评定杀伤力。使用存活力染料DAPI(Molecular ProbesTM;Cat#D21490)和人白细胞抗原CD45(BD Biosciences;Cat#347464)用于从活的肿瘤细胞计数中除去死亡的细胞和T细胞。将meCAR-T细胞在共培养之前与或者不与中间位-AF647(200nM)保温,以评估中间位肽对于meHER2重定向杀伤潜力的影响。图13A:柱状图示出每个组合的三个复制孔的平均存活的肿瘤细胞计数(DAPI-CD45-)。图13B:柱状图示出当根据空白对照标准化时每种条件下杀死的肿瘤细胞百分比。
发明详述
定义
虽然在此示出并描述了本发明的各个实施方案和各方面,但是本领域技术人员显然了解这些实施方案和各个方面只是举例说明本发明。本领域技术人员在不偏离本发明精神的范围内可以进行多种变化、改变和替代。应理解本文所述的本发明的实施方案的各种替代选择可用于本发明的实施中。
本文使用的段落标题只是为了编写目的,不应理解为限制所述主题。本申请书中引用的所有文献或者文献的一部分包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍、手册和论文均以其任何目的的全部内容通过引用并入本文。
本文所用的缩写具有其在化学和生物学领域内的常规含义。本文示例陈述的化学结构和化学式应根据化学领域已知的化合价的标准规则加以理解。
在取代基团以其常规化学式从左至右书写表明的情况中,其同样涵盖从右至左书写的结构获得的化学相同的取代基,例如-CH2O-等于-OCH2-。
术语“烷基”其自身或者作为另一取代基的一部分,除非特别指出则是指直链(即无分支的)或者分支的非环状碳链(或碳),或者其组合,其可以是完全饱和的、单或多不饱和的,可以包括二价和多价基团,具有指定的碳原子数目(即C1-C10是指1-10个碳原子)。饱和的烃基团包括但不限于如甲基、乙基、n-丙基、异丙基、n-丁基、t-丁基、异丁基、仲丁基、(环己基)甲基,其同系物和异构体,例如n-戊基、n-己基、n-庚基、n-辛基等。不饱和的烷基具有一或多个双键或者三键。举例的不饱和烷基包括但不限于乙烯基、2-丙烯基、巴豆基、2-异戊烯基、2-(丁间二烯基)、2,4-戊二烯基、3-(1,4-戊二烯基)、乙炔基、1-和3-丙炔基、3-丁炔基,及高级同系物和异构体。烷氧基是通过氧接头(-O-)附着于分子剩余部分的烷基。烷基部分可以是链烯基部分。烷基部分可以是炔基部分。烷基部分可以是完全饱和的。
术语“亚烷基(alkylene)”其自身或者作为另一取代基的一部分,除非特别指出则是指衍生自烷基的二价基团,例如但不限于-CH2CH2CH2CH2-。典型地,烷基(亚烷基)具有1-24个碳原子,在本发明中优选具有10个或更少碳原子的那些基团。“低级烷基”或者“低级亚烷基”是较短链的烷基或者亚烷基基团,通常具有8个或更少的碳原子。术语“亚链烯基(alkenylene)”其自身或者作为另一取代基的一部分,除非特别指出则是指衍生自烯烃的二价基团。
术语“杂烷基”其自身或者组合另一术语,除非特别指出则是指稳定的非环状直链或支链或者其组合,包括至少1个碳原子和至少1个杂原子(例如O、N、P、Si或者S),其中氮和硫原子可任选是氧化的,氮杂原子可任选是季铵化的(quaternized)。杂原子O、N、P、S和Si可以置于杂烷基的任何内部位置或者在烷基附着于分子剩余部分的位置。例如包括但不限于:-CH2-CH2-O-CH3、-CH2-CH2-NH-CH3、-CH2-CH2-N(CH3)-CH3、-CH2-S-CH2-CH3、-CH2-CH2、-S(O)-CH3、-CH2-CH2-S(O)2-CH3、-CH=CH-O-CH3、-Si(CH3)3、-CH2-CH=N-OCH3、-CH=CH-N(CH3)-CH3、-O-CH3、-O-CH2-CH3和-CN。多达2或3个杂原子可以是连续的,例如-CH2-NH-OCH3和-CH2-O-Si(CH3)3。杂烷基可包括1个杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂烷基可包括2个任选不同的杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂烷基可包括3个任选不同的杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂烷基可包括4个任选不同的杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂烷基可包括5个任选不同的杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂烷基可包括直至8个任选不同的杂原子(例如O、N、S、Si或P)。
相似地,术语“杂亚烷基”其自身或者作为另一取代基的一部分,除非特别指出则是指衍生自杂烷基的二价基团,例如但不限于-CH2-CH2-S-CH2-CH2-和-CH2-S-CH2-CH2-NH-CH2-。对于杂亚烷基,杂原子也可以占据任一或两个链末端(例如亚烷氧基、亚烷基二氧基、亚烷基氨基、亚烷基二氨基等)。进一步地,对于亚烷基和杂亚烷基连接基团,书写连接基团化学式的方向不暗示连接基团的方向。例如化学式-C(O)2R'-既表示-C(O)2R'-也表示-R'C(O)2-。如上所述,如本文所用,杂烷基基团包括通过杂原子附着于分子剩余部分的那些基团,如-C(O)R'、-C(O)NR'、-NR'R”、-OR'、-SR'和/或-SO2R'。在列举“杂烷基”时,随后列举的特定杂烷基基团如-NR'R”等,应理解为术语杂烷基和-NR'R”不是冗余的或者相互排斥的。甚或列举的特定杂烷基基团是明确添加的。因此,术语“杂烷基”在此不应理解为排除特定的杂烷基基团,如-NR'R”等。
术语“环烷基”和“杂环烷基”其自身或者组合其它术语时,除非特别指出则分别是指“烷基”和“杂烷基”的非芳香环形式,其中构成环的碳不一定需要结合氢,因为所有碳化合价参与结合非氢原子。此外,对于杂环烷基,杂原子可占据杂环附着于分子剩余部分的位置。举例的环烷基包括但不限于环丙基、环丁基、环戊基、环己基、1-环己烯基、3-环己烯基、环庚基、3-羟基-3环丁烯-1,2-二酮,1H-1,2,4-三唑基-5(4H)-酮、4H-1,2,4-三唑基等。举例的杂环烷基包括但不限于1-(1,2,5,6-四氢吡啶基)、1-哌啶基、2-哌啶基、3-哌啶基、4-吗啉基、3-吗啉基、四氢呋喃-2-基、四氢呋喃-3-基、四氢噻吩-2-基、四氢噻吩-3-基、1-哌嗪基、2-哌嗪基等。“环亚烷基”和“杂环亚烷基”单独或者作为另一取代基的一部分,是指分别衍生自环烷基和杂环烷基的二价基团。杂环烷基可包括1个环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂环烷基可包括2个任选不同的环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂环烷基可包括3个任选不同的环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂环烷基可包括4个任选不同的环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂环烷基可包括5个任选不同的环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。杂环烷基可包括直至8个任选不同的环杂原子(例如O、N、S、Si或P)。
术语“卤代”或者“卤素”其自身或者作为另一取代基的一部分,除非特别指出则是指氟、氯、溴或碘原子。此外,术语如“卤代烷基”是指包括单卤代烷基和多卤代烷基。例如术语“卤代(C1-C4)烷基”包括但不限于氟甲基、二氟甲基、三氟甲基、2,2,2-三氟乙基、4-氯丁基、3-溴丙基等。
术语“酰基”除非特别指出则是指-C(O)R,其中R是取代或未取代的烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的杂环烷基、取代或未取代的芳基,或者取代或未取代的杂芳基。
术语“芳基”除非特别指出则是指多不饱和、芳族、烃取代基,其可以是单环或者稠合在一起(即稠环芳基)或共价连接的多环(优选1-3个环)。稠环芳基是指多个环稠合在一起,其中至少一个稠环是芳环。术语“杂芳基”是指含义至少一个杂原子如N、O或S的芳基基团(或环),其中氮和硫原子任选是氧化的,氮原子任选是季铵化的。因此,术语“杂芳基”包括稠环杂芳基(即多个环稠合在一起,其中至少一个稠环是杂芳环)。5,6-稠环杂亚芳基是指两个环稠合在一起,其中一个环具有5个成员,另一个环具有6个成员,且其中至少一个环是杂芳环。类似地,6,6-稠环杂亚芳基是指两个环稠合在一起,其中一个环具有6个成员,另一个环具有6个成员,且其中至少一个环是杂芳环。6,5-稠环杂亚芳基是指两个环稠合在一起,其中一个环具有6个成员,另一个环具有5个成员,且其中至少一个环是杂芳环。杂芳基基团可以通过碳或杂原子附着于分子剩余部分。芳基和杂芳基基团的非限制性例子包括苯基、1-萘基、2-萘基、4-联苯基、1-吡咯基、2-吡咯基、3-吡咯基、3-吡唑基、2-咪唑基、4-咪唑基、吡嗪基、2-噁唑基、4-噁唑基、2-苯基-4-噁唑基、5-噁唑基、3-异噁唑基、4-异噁唑基、5-异噁唑基、2-噻唑基、4-噻唑基、5-噻唑基、2-呋喃基、3-呋喃基、2-噻吩基、3-噻吩基、2-吡啶基、3-吡啶基、4-吡啶基、2-嘧啶基、4-嘧啶基、5-苯并噻唑基、嘌呤基、2-苯并咪唑基、5-吲哚基、1-异喹啉基、5-异喹啉基、2-喹喔啉基、5-喹喔啉基、3-喹啉基、和6-喹啉基。每种上述芳环系和杂芳环系的取代基选自下述可接受的取代基的组。“亚芳基”和“杂亚芳基”单独或者作为另一个取代基的部分,是指分别衍生自芳基和杂芳基的二价基团。芳基和杂芳基基团的非限制性例子包括吡啶基、嘧啶基、苯硫基、噻吩基、呋喃基、吲哚基、苯并噁二唑基、苯并二氧戊烯基(benzodioxolyl)、苯并二噁烷基(benzodioxanyl)、硫代十氢化萘基(thianaphthanyl)、吡咯并吡啶基、吲唑基、喹啉基、喹喔啉基、吡啶并吡嗪基、喹唑啉基(quinazolinonyl)、苯并异噁唑基、咪唑并吡啶基、苯并呋喃基、苯并噻吩基、苯并苯硫基、苯基、萘基、联苯基、吡咯基、吡唑基,咪唑基、吡嗪基、噁唑基、异噁唑基、噻唑基、呋喃基噻吩基、吡啶基、嘧啶基、苯并噻唑基、嘌呤基、苯并咪唑基、异喹啉基、噻二唑基、oxadiazolyl、吡咯基、二唑基、三唑基、四唑基、苯并噻二唑基、异噻唑基、吡唑并嘧啶基、吡咯并嘧啶基、苯并三唑基、苯并噁唑基、或者喹啉基。上述例子可以是取代或未取代的,上述每种杂芳基例子的二价基团是杂亚芳基的非限制性例子。杂芳基基团可以包括一个环杂原子(例如O、N或S)。杂芳基基团可以包括两个任选不同的环杂原子(例如O、N或S)。杂芳基基团可以包括三个任选不同的环杂原子(例如O、N或S)。杂芳基基团可以包括四个任选不同的环杂原子(例如O、N或S)。杂芳基基团可以包括五个任选不同的环杂原子(例如O、N或S)。芳基基团可以具有单环。芳基基团可以具有两个任选不同的环。芳基基团可以具有三个任选不同的环。芳基基团可以具有四个任选不同的环。杂芳基基团可以具有一个环。杂芳基可以具有两个任选不同的环。杂芳基基团可以具有三个任选不同的环。杂芳基基团可以具有四个任选不同的环。杂芳基基团可以具有五个任选不同的环。
稠环杂环烷基-芳基是与杂环烷基稠合的芳基。稠环杂环烷基-杂芳基是与杂环烷基稠合的杂芳基。稠环杂环烷基-环烷基是与环烷基稠合的杂环烷基。稠环杂环烷基-杂环烷基是与另一个杂环烷基稠合的杂环烷基。稠环杂环烷基-芳基、稠环杂环烷基-杂芳基、稠环杂环烷基-环烷基或者稠环杂环烷基-杂环烷基可以各自独立地是未取代的或用一或多个上述取代基取代的。
本文所用术语“氧(oxo)”是指与碳原子成双键的氧。
本文所用术语“烷基磺酰基”是指具有式-S(O2)-R'的基团,其中R'是如上定义的取代或未取代的烷基基团。R'可以具有具体的碳原子数(例如"C1-C4烷基磺酰基")。
上述术语(例如"烷基"、"杂烷基"、"环烷基"、"杂环烷基"、"芳基"和"杂芳基")的每一个均包括所指示基团的取代和未取代形式。每种类型的基团的优选的取代基在下面提供。
烷基和杂烷基(包括经常称为亚烷基、链烯基、杂亚烷基、杂链烯基、炔基、环烷基、杂环烷基、环烯基和杂环烯基的那些基团)的取代基可以是选自但不限于如下的各种基团的一或多种:-OR'、=O、=NR'、=N-OR'、-NR'R”、-SR'、-卤素、-SiR'R”R”'、-OC(O)R'、-C(O)R'、-CO2R'、-CONR'R”、-OC(O)NR'R”、-NR”C(O)R'、-NR'-C(O)NR”R”'、-NR”C(O)2R'、-NR-C(NR'R”)=NR”'、-S(O)R'、-S(O)2R'、-S(O)2N(R)('R”-NRSO2R')、-CN、和-NO2,数目从0至(2m'+1),其中m'是这种基团中碳原子总数。R'、R”、R”'和R””各自优选独立地指卤素、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环烷基、取代或未取代的芳基(例如用1-3个卤素取代的芳基)、取代或未取代的烷基、烷氧基或者硫代烷氧基,或者芳基烷基。当本发明化合物包括一个以上R基团时,每个R基团独立地被选择,当每个R'、R”、R”'和R””基团存在一个以上时也是这样。当R'和R”附着于相同氮原子时,它们可以与氮原子组合形成4元、5元、6元或7元环。例如-NR'R”包括但不限于1-吡咯烷基和4-吗啉基。从上述对于取代基的讨论,本领域技术人员理解术语“烷基”是包括这样的基团,即碳原子结合于氢以外的基团,如卤代烷基(例如-CF3和-CH2CF3)和酰基(例如-C(O)CH3、-C(O)CF3、-C(O)CH2OCH3等)。
与针对烷基描述的取代基类似,芳基和杂芳基的取代基是变化的,选自例如:-OR'、-NR'R”、-SR'、-卤素、-SiR'R”R”'、-OC(O)R'、-C(O)R'、-CO2R'、-CONR'R”、-OC(O)NR'R”、-NR”C(O)R'、-NR'-C(O)NR”R”'、NR”C(O)2R'、NRC(NR'R”)=NR”'、S(O)R'、-S(O)2R'、-S(O)2N(R')(R”、-NRSO2R')、-CN、-NO2、-R'、-N3、-CH(Ph)2、氟代(C1-C4)烷氧基和氟代(C1-C4)烷基,数目从0至芳环体系上开放价(open valences)的总数;并且其中R'、R”、R”'和R””优选独立地选自卤素、取代或未取代的烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环烷基、取代或未取代的芳基、及取代或未取代的杂芳基。当本发明化合物包括一个以上R基团时,例如每个R基团独立地被选择,当每个R'、R”、R”'和R””基团存在一个以上时也是这样。
当一个基团是用R取代基取代的时,该基团可以被称为“R取代的”。当基团是R取代的时,该基团用至少一个R取代基取代,并且每个R取代基任选是不同的。例如当本文的基团是R1A取代或未取代的烷基时,多个R1A取代基可以附着于烷基基团,其中每个R1A取代基任选是不同的。当R取代的基团是用多个R取代基取代的时,每个R取代基在本文中可以用引号(')如R',R”等区分。例如当基团是R3A取代或未取代的烷基并且该基团是用多个R3A取代基取代的时,该多个R3A取代基可以区分为R3A'、R3A”、R3A”'等。在一些实施方案中,多个R取代基是3个。在一些实施方案中,多个R取代基是2个。
两个或多个取代基可以任选地结合形成芳基、杂芳基、环烷基或杂环烷基。这种所谓的成环取代基被发现典型地但非必需地附着于环基础结构。在一个实施方案中,成环取代基附着于基础结构的相邻成员。例如附着于环基础结构的相邻成员的两个成环取代基产生稠环结构。在另一个实施方案中,成环取代基附着于基础结构的一个成员。例如附着于环基础结构的单个成员的两个成环取代基产生螺环结构。在另一个实施方案中,成环取代基附着于基础结构的非相邻成员。
芳环或杂芳环的相邻原子上的两个取代基可任选地形成式-T-C(O)-(CRR')q-U-的环,其中T和U独立地是-NR-、-O-、-CRR'-或单键,q是从0到3的整数。或者芳环或杂芳环的相邻原子上的两个取代基可任选地由式-A-(CH2)r-B-的取代基置换,其中A和B独立地是-CRR'-、-O-、-NR-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、-S(O)2NR'-、或单键,r是从1到4的整数。如此形成的该新环的一个单键可以任选地由双键置换。或者芳环或杂芳环的相邻原子上的两个取代基可任选地由式-(CRR')s-X'-(C”R”R”')d-的取代基置换,其中变量s和d独立地是从0到3的整数,X'是-O-、-NR'-、-S-、-S(O)-、-S(O)2-、或-S(O)2NR'-。取代基R、R'、R”、和R”'优选独立地选自氢、取代或未取代的烷基、取代或未取代的杂烷基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环烷基、取代或未取代的芳基、和取代或未取代的杂芳基。
如本文所用,术语“杂原子”或“环杂原子”是包括氧(O)、氮(N)、硫(S)、磷(P)、和硅(Si)。
如本文所用,“取代基”是指选自如下基团的基团:
(A)氧(oxo)、卤素、-CF3、-CN、-OH、-NH2、-COOH、-CONH2、-NO2、-SH、-SO2Cl、-SO3H、-SO4H、-SO2NH2、-NHNH2、-ONH2、-NHC=(O)NHNH2、-NHC=(O)NH2、-NHSO2H、-NHC=(O)H、-NHC(O)-OH、-NHOH、-OCF3、-OCHF2、未取代的烷基、未取代的杂烷基、未取代的环烷基、未取代的杂环烷基、未取代的芳基、未取代的杂芳基,及
(B)烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基,其是由选自如下的至少一个取代基取代的:
(i)氧(oxo)、卤素、-CF3、-CN、-OH、-NH2、-COOH、-CONH2、-NO2、-SH、-SO2Cl、-SO3H、-SO4H、-SO2NH2、-NHNH2、-ONH2、-NHC=(O)NHNH2、-NHC=(O)NH2、-NHSO2H、-NHC=(O)H、-NHC(O)-OH、-NHOH、-OCF3、-OCHF2、未取代的烷基、未取代的杂烷基、未取代的环烷基、未取代的杂环烷基、未取代的芳基、未取代的杂芳基,及
(ii)烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基,其是由选自如下的至少一个取代基取代的:
(a)氧(oxo)、卤素、-CF3、-CN、-OH、-NH2、-COOH、-CONH2、-NO2、-SH、-SO2Cl、-SO3H、-SO4H、-SO2NH2、-NHNH2、-ONH2、-NHC=(O)NHNH2、-NHC=(O)NH2、-NHSO2H、-NHC=(O)H、-NHC(O)-OH、-NHOH、-OCF3、-OCHF2、未取代的烷基、未取代的杂烷基、未取代的环烷基、未取代的杂环烷基、未取代的芳基、未取代的杂芳基,及
(b)烷基、杂烷基、环烷基、杂环烷基、芳基、杂芳基、其是由选自如下的至少一个取代基取代的:氧(oxo)、卤素、-CF3、-CN、-OH、-NH2、-COOH、-CONH2、-NO2、-SH、-SO2Cl、-SO3H、-SO4H、-SO2NH2、-NHNH2、-ONH2、-NHC=(O)NHNH2、-NHC=(O)NH2、-NHSO2H、-NHC=(O)H、-NHC(O)-OH、-NHOH、-OCF3、-OCHF2、未取代的烷基、未取代的杂烷基、未取代的环烷基、未取代的杂环烷基、未取代的芳基、未取代的杂芳基。
如本文所用,“大小限制的取代基”是指选自如上所述“取代基”的所有取代基的基团,其中每个取代或未取代的烷基是取代或未取代的C1-C20烷基,每个取代或未取代的杂烷基是取代或未取代的2-20元杂烷基,每个取代或未取代的环烷基是取代或未取代的C3-C8环烷基,每个取代或未取代的杂环烷基是取代或未取代的3-8元杂环烷基,每个取代或未取代的芳基是取代或未取代的C6-C10芳基,及每个取代或未取代的杂芳基是取代或未取代的5-10元杂芳基。
本文所用“低级取代”或“低级取代基”是指选自如上所述“取代基”的所有取代基的基团,其中每个取代或未取代的烷基是取代或未取代的C1-C8烷基,每个取代或未取代的杂烷基是取代或未取代的2-8元杂烷基,每个取代或未取代的环烷基是取代或未取代的C3-C7环烷基,每个取代或未取代的杂环烷基是取代或未取代的3-7元杂环烷基,每个取代或未取代的芳基是取代或未取代的C6-C10芳基,及每个取代或未取代的杂芳基是取代或未取代的5-9元杂芳基。
在一些实施方案中,本文化合物中描述的每个取代的基团是用至少一个取代基取代的。更具体地,在一些实施方案中,本文化合物中描述的每个取代的烷基、取代的杂烷基、取代的环烷基、取代的杂环烷基、取代的芳基、取代的杂芳基、取代的亚烷基、取代的杂亚烷基、取代的环亚烷基、取代的杂环亚烷基、取代的亚芳基和/或取代的杂亚芳基是用至少一个取代基取代的。在其它实施方案中,这些基团的至少一个或者全部是用至少一个大小限制的取代基取代的。在其它实施方案中,这些基团的至少一个或者全部是用至少一个低级取代基取代的。
在本文化合物的其它实施方案中,每个取代或未取代的烷基可以是取代或未取代的C1-C20烷基,每个取代或未取代的杂烷基是取代或未取代的2-20元杂烷基,每个取代或未取代的环烷基是取代或未取代的C3-C8环烷基,每个取代或未取代的杂环烷基是取代或未取代的3-8元杂环烷基,每个取代或未取代的芳基是取代或未取代的C6-C10芳基和/或每个取代或未取代的杂芳基是取代或未取代的5-10元杂芳基。在本文化合物的一些实施方案中,每个取代或未取代的亚烷基是取代或未取代的C1-C20亚烷基,每个取代或未取代的杂亚烷基是取代或未取代的2-20元杂亚烷基,每个取代或未取代的环亚烷基是取代或未取代的C3-C8环亚烷基,每个取代或未取代的杂环亚烷基是取代或未取代的3-8元杂环亚烷基,每个取代或未取代的亚芳基是取代或未取代的C6-C10亚芳基和/或每个取代或未取代的杂亚芳基是取代或未取代的5-10元杂亚芳基。
在一些实施方案中,每个取代或未取代的烷基是取代或未取代的C1-C8烷基,每个取代或未取代的杂烷基是取代或未取代的2-8元杂烷基,每个取代或未取代的环烷基是取代或未取代的C3-C7环烷基,每个取代或未取代的杂环烷基是取代或未取代的3-7元杂环烷基,每个取代或未取代的芳基是取代或未取代的C6-C10芳基,和/或每个取代或未取代的杂芳基是取代或未取代的5-9元杂芳基。在一些实施方案中,每个取代或未取代的亚烷基是取代或未取代的C1-C8亚烷基,每个取代或未取代的杂亚烷基是取代或未取代的2-8元杂亚烷基,每个取代或未取代的环亚烷基是取代或未取代的C3-C7环亚烷基,每个取代或未取代的杂环亚烷基是取代或未取代的3-7元杂环亚烷基,每个取代或未取代的亚芳基是取代或未取代的C6-C10亚芳基,和/或每个取代或未取代的杂亚芳基是取代或未取代的5-9元杂亚芳基。在一些实施方案中,化合物是下面实施例部分,附图和表中的化学物质。
如本文所用,术语“缀合”是指原子或分子之间的缔合。缔合可以是直接或间接的。例如核酸和蛋白质之间的缀合可以是直接的,例如通过共价键,或者是间接的,例如通过非共价键(例如静电相互作用(例如离子键、氢键、卤素键)、范德华相互作用(例如偶极子-偶极子、偶极子诱导的偶极子、London分散)、环堆积(pi作用)、疏水相互作用等)。在实施方案中,缀合物用缀合化学形成,包括但不限于亲和取代(例如胺和醇与酰基卤、活性酯反应)、亲电子取代(例如烯胺反应)及加成为碳-碳和碳-杂原子键(例如Michael反应,Diels-Alder加成)。这些及其它有用的反应在例如如下文献中讨论:March,ADVANCED ORGANICCHEMISTRY,3rd Ed.,John Wiley&Sons,New York,1985;Hermanson,BIOCONJUGATETECHNIQUES,Academic Press,San Diego,1996;and Feeney et al.,MODIFICATION OFPROTEINS;Advances in Chemistry Series,Vol.198,American Chemical Society,Washington,D.C.,1982。在实施方案中,通过微粒组分与固相支持物组分之间的非共价化学反应,微粒被非共价附着于固相支持物上。在其它实施方案中,微粒包括一或多个反应基团,例如本文所述的共价反应基团(例如胺反应基团)。在其它实施方案中,微粒包括具有一或多个反应基团例如本文所述的共价反应基团(例如胺反应基团)的接头。
用于本文中缀合化学(包括本领域已知的“点击(click)化学”)的有用的反应基团或官能团包括,例如:
(a)羧基基团及其各种衍生物,包括但不限于,N-羟基琥珀酰亚胺酯、N-羟基苯并三唑酯、酸性卤化物、酰基咪唑、硫代酯、p-硝基苯基酯、烷基、链烯基、炔基和芳香酯;
(b)羟基基团,其可以转化为酯、醚、醛等;
(c)卤代烷基基团,其中卤化物可以在后来用亲核基团例如胺、羧基阴离子、硫醇阴离子、碳阴离子或者醇盐离子(alkoxide ion)置换,由此导致新基团在卤原子位置的共价附着;
(d)亲双烯基团(dienophile group),其能够参与Diels-Alder反应,例如马来酰亚氨基基团;
(e)醛或酮基团,从而可以通过形成羰基衍生物例如亚胺、腙、半卡巴腙或者肟或者通过诸如Grignard加成或烷基锂加成等机理进行后续衍生化;
(f)磺酰卤(sulfonyl halide)基团,用于后续与例如胺反应以形成磺酰胺;
(g)硫醇基团,其可以转化为二硫化物,与酰基卤反应,或者与金属如金键合;
(h)胺或巯基基团,其可以例如酰基化、烷基化或者氧化;
(i)烯烃,其可以经历例如环加成、酰基化、Michael加成等;
(j)环氧化物;其可以与例如胺和羟基化合物反应;
(k)亚磷酰胺类(phosphoramidites)和其它用于核酸合成的标准官能团;
(l)金属硅氧化物键合(metal silicon oxide bonding);
(m)与反应性含磷基团(例如磷烷)键合的金属,以形成例如磷酸二酯键;以及
(n)砜,例如乙烯基砜。
通过用缀合(“点击”)化学连接小的模块单位而化学合成组合物是本领域公知的并且描述于例如H.C.Kolb,M.G.Finn and K.B.Sharpless((2001)."Click Chemistry:Diverse Chemical Function from a Few Good Reactions".Angewandte ChemieInternational Edition 40(11):2004-2021);R.A.Evans((2007)."The Rise of Azide-Alkyne 1,3-Dipolar'Click'Cycloaddition and its Application to Polymer Scienceand Surface Modification".Australian Journal of Chemistry 60(6):384–395;W.C.Guida et al.Med.Res.Rev.p 31996;Spiteri,Christian and Moses,John E.((2010)."Copper-Catalyzed Azide-Alkyne Cycloaddition:Regioselective Synthesisof 1,4,5-Tri substituted 1,2,3-Triazoles".Angewandte Chemie InternationalEdition 49(1):31-33);Hoyle,Charles E.and Bowman,Christopher N.((2010)."Thiol-Ene Click Chemistry".Angewandte Chemie International Edition 49(9):1540–1573);Blackman,Melissa L.and Royzen,Maksim and Fox,Joseph M.((2008)."Tetrazine Ligation:Fast Bioconjugation Based on Inverse-Electron-DemandDiels-Alder Reactivity".Journal of the American Chemical Society130(41):13518-13519);Devaraj,Neal K.and Weissleder,Ralph and Hilderbrand,Scott A.((2008)."Tetrazine Based Cycloadditions:Application to Pretargeted Live CellLabeling".Bioconjugate Chemistry 19(12):2297-2299);
Figure BDA0003609895050000101
Henning;Neves,Andre;Stairs,Shaun;Brindle,Kevin;Leeper,Finian((2011)."Exploring isonitrile-based click chemistry for ligation with biomolecules".Organic&BiomolecularChemistry),所述所有文献以其全文为所有目的引入本文。
可以选择反应官能团,由此它们不参与或者不干扰本文所述蛋白质或核酸的化学稳定性。例如核酸可以包括乙烯基砜或者其它反应基团(例如马来酰亚胺)。任选地,核酸可以包括具有式-S-S-R的反应基团。R可以是例如保护基团。任选地,R是己醇。如本文所用,术语己醇包括具有式C6H13OH的化合物,包括1-己醇、2-己醇、3-己醇、2-甲基-1-戊醇、3-甲基-1-戊醇、4-甲基-1-戊醇、2-甲基-2-戊醇、3-甲基-2-戊醇、4-甲基-2-戊醇、2-甲基-3-戊醇、3-甲基-3-戊醇、2,2-二甲基-1-丁醇、2,3-二甲基-1-丁醇、3,3-二甲基-1-丁醇、2,3-二甲基-2-丁醇、3,3-二甲基-2-丁醇、和2-乙基-1-丁醇。任选地,R是1-己醇。
如本文所用,术语“大约”是指包括具体数值的数值范围,本领域技术人员可以合理认为其类似于具体数值。在实施方案中,术语“大约”是指在使用本领域通常接受的测量的标准误差内。在实施方案中,大约是指到具体数值的+/-10%。在实施方案中,大约是指具体数值。
术语“一”用于本文是指一或多个。另外,用于本文的短语“用……取代”是指具体的基团可以用一或多个任意或所有指出的取代基取代。例如当一个基团如烷基或杂芳基“用未取代的C1-C20烷基或未取代的2-20元杂烷基取代”时,该基团可以含有一或多个未取代的C1-C20烷基,和/或一或多个未取代的2-20元杂烷基。另外,当一个基团用R取代基取代时,该基团可以被称为“R-取代的”。当一个基团是R-取代的,则该基团用至少一个R取代基取代,且每个R取代基任选是不同的。
除非另有定义,本文所用的技术和科学术语具有本领域技术人员通常理解的含义。参见例如Singleton et al.,DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY2nd ed.,J.Wiley&Sons(New York,NY 1994);Sambrook et al.,MOLECULAR CLONING,ALABORATORY MANUAL,Cold Springs Harbor Press(Cold Springs Harbor,NY 1989)。类似于或等价于本文描述的任何方法、装置和材料可以用于实施本发明。下列定义是为便于理解本文常用的一些术语而提供,并不意味着限制本发明范围。
“生物学样品”或者“样品”是指从对象或者患者获得的材料。生物学样品包括组织切片如活检和尸检样品,以及为组织学目的采集的冷冻切片。这种样品包括体液如血液和血液部分或产品(例如血清、血浆、血小板、红细胞等)、痰、组织、培养的细胞(例如原代培养物、移植物和转化的细胞)、粪便、尿、滑膜液、关节组织、滑膜组织、滑膜细胞、成纤维细胞样滑膜细胞、巨噬细胞样滑膜细胞、免疫细胞、造血细胞、成纤维细胞、巨噬细胞、T细胞等。生物学样品典型地得自真核生物,如哺乳动物,如灵长类,例如黑猩猩或人;母牛;狗;猫;啮齿类,例如豚鼠、大鼠、小鼠;兔;或鸟;爬行动物;或鱼。
本文所用“细胞”是指进行代谢或其它功能足以保持或复制其基因组DNA的细胞。细胞可以用本领域公知方法鉴别,包括例如存在完整细胞膜,由特定染料染色,能产生后代的能力,或者在配子情况下,能与第二种配子组合产生活的后代的能力。细胞可以包括原核和真核细胞。原核细胞包括但不限于细菌。真核细胞包括但不限于酵母细胞及衍生自植物和动物的细胞,例如哺乳动物细胞、昆虫细胞(例如斜纹夜蛾)和人细胞。细胞当是天然不粘附的或者被处理例如用胰蛋白酶化处理而不粘附表面时是有用的。
术语“多肽”、“肽”和“蛋白质”在本文中可互换使用,是指氨基酸残基聚合物,其中所述聚合物可以任选地缀合于一个不是由氨基酸组成的部分。所述术语适用于这样的氨基酸聚合物,其中一或多个氨基酸残基是相应天然发生的氨基酸的人工化学模拟物,所述术语还适用于天然发生的氨基酸聚合物和非天然发生的氨基酸聚合物。“融合蛋白”是指编码两个或多个独立的蛋白质序列的嵌合蛋白,其是重组表达为一个单一部分。
术语“肽基(peptidyl)”和“肽基部分”是指单价肽。
“标记”或“可检测部分”是可通过分光光度、光化学、生物化学、免疫化学、化学或者其它物理手段检测的组合物。例如有用的标记包括32P、荧光染料、电子致密试剂、酶(例如ELISA中常用的酶)、生物素、地高辛配基或半抗原和蛋白质,或者可以通过例如将放射标记掺入肽或与靶肽特异性反应的抗体中而变得可检测的其它实体。本领域已知的用于将抗体与标记缀合的任何合适方法均可以采用,例如使用Hermanson,Bioconjugate Techniques1996,Academic Press,Inc.,San Diego中所述的方法。
“标记的蛋白质或多肽”是通过接头或化学键共价结合于标记或者通过离子键、范德华力、静电或者氢键非共价结合于标记的蛋白质或多肽,由此所述标记的蛋白质或多肽的存在可以通过检测与标记的蛋白质或多肽结合的标记的存在而检测。或者,使用高亲和性相互作用的方法可以实现相同结果,其中一对结合配偶体中的一个结合于另一个,例如生物素,链霉抗生物素蛋白。
术语“氨基酸”是指天然发生的和合成的氨基酸,以及氨基酸类似物和以类似于天然发生的氨基酸的方式起作用的氨基酸模拟物。天然发生的氨基酸是由遗传密码编码的氨基酸,以及被后来修饰的氨基酸,例如羟脯氨酸、γ-羧基谷氨酸和O-磷酸丝氨酸。氨基酸类似物是指具有与天然发生的氨基酸相同的基本化学结构的化合物,即与氢结合的α碳、羧基、氨基和R基团,例如高丝氨酸、正亮氨酸、甲硫氨酸亚砜、甲硫氨酸甲基锍。这种类似物具有修饰的R基团(例如正亮氨酸)或者修饰的肽骨架,但是保留与天然发生的氨基酸相同的基本化学结构。氨基酸模拟物是指具有不同于氨基酸通常化学结构的结构但是以类似于天然发生的氨基酸的方式起作用的化合物。
在本文中氨基酸可以通过已知的三字母符号代表,或者通过IUPAC-IUBBiochemical Nomenclature Commission推荐的单字母符号代表。类似地核苷酸可以用通常接受的单字母符号代表。
氨基酸或核苷酸碱基“位置”由数字表示,该数字基于每个氨基酸相对于N-末端(或5’末端)的位置依次辨别在参考序列中的每个氨基酸(或核苷酸碱基)。因为当确定最佳对比时可以考虑的缺失、插入、截短、融合等,通常测试序列中的通过从N-末端简单计数而确定的氨基酸残基编号不是必需与其在参考序列中的相应位置编号相同。例如当一个变体相对于对比的参考序列具有缺失时,变体中不存在相应于参考序列中在缺失位点的位置的氨基酸。当在对比的参考序列中有插入时,该插入不相应于参考序列中的编号的氨基酸位置。在截短或融合情况中,在参考序列或对比序列中可以有氨基酸序列段不相应于相应序列中的任何氨基酸。
术语“参照……编号”或者“相应于”当用在给定氨基酸或多核苷酸序列编号上下文时,是指当该给定氨基酸或多核苷酸序列与参考序列相比较时具体参考序列的残基编号。当其占据蛋白质内与该给定残基相同的基本结构位置时,蛋白质中的氨基酸残基“相应于”给定残基。例如在选择的抗体(或Fab结构域)中的选择的残基相应于Kabat位置40的轻链苏氨酸,当该选择的残基占据Kabat位置40的轻链苏氨酸相同的基本空间或其它结构关系时。在一些实施方案中,当选择的蛋白质与抗体(或Fab结构域)的轻链进行最大同源性对比时,在对比的选择的蛋白质中与苏氨酸40对比的位置被称为相应于苏氨酸40。例如当选择的蛋白质的结构与Kabat位置40的轻链苏氨酸进行最大相应性对比及整体结构进行对比时,三维结构对比也可以用于代替一级序列对比。在这种情况中,在结构模型中占据与苏氨酸40相同的基本位置的氨基酸被称为相应于苏氨酸40残基。
“保守修饰的变体”适用于氨基酸和核苷酸序列。对于特定核酸序列,保守修饰的变体是指编码相同或基本上相同的氨基酸序列的核酸,或者当核酸不编码氨基酸序列时,是指基本上相同的序列。因为遗传密码的简并性,大量功能相同的核酸序列编码任何给定氨基酸残基。例如密码子GCA、GCC、GCG和GCU均编码氨基酸丙氨酸。因此,在丙氨酸被密码子限定的每一个位置,该密码子可以改变为所述的任何相应密码子而不改变编码的多肽。这种核酸变异被称为“沉默变异”,其是保守修饰的变异的一种。本文的编码多肽的每一个核酸序列也描述该核酸的每一个可能的沉默变异。本领域技术人员知道核酸中的每个密码子(除了AUG,其通常是甲硫氨酸的唯一密码子,及TGG,其通常是色氨酸的唯一密码子)均可以被修饰以产生功能相同的分子。因此,编码多肽的核酸的每个沉默变异均在每个所述的序列中相对于参照表达产物,而不相对于实际探针序列暗示。
对于氨基酸序列,本领域技术人员理解在编码的序列中改变、添加或缺失一个氨基酸或者少量氨基酸而对核酸、肽、多肽或蛋白质序列的个体取代、缺失或添加是“保守修饰的变体”,如果所述改变导致一个氨基酸被化学相似的氨基酸取代。提供功能相似氨基酸的保守取代表是本领域公知的。这种保守取代的变体是额外的,不排除本发明的多态性变体、种间同系物和等位基因。
下述8组每个都含有彼此是保守取代的氨基酸:1)丙氨酸(A)、甘氨酸(G);2)天冬氨酸(D)、谷氨酸(E);3)天冬酰胺(N)、谷氨酰胺(Q);4)精氨酸(R)、赖氨酸(K);5)异亮氨酸(I)、亮氨酸(L)、甲硫氨酸(M)、缬氨酸(V);6)苯丙氨酸(F)、酪氨酸(Y)、色氨酸(W);7)丝氨酸(S)、苏氨酸(T);和8)半胱氨酸(C)、甲硫氨酸(M)(参见例如Creighton,Proteins(1984))。
“核酸”是指脱氧核糖核苷酸或者核糖核苷酸及其单链或双链形式聚合物,及其互补序列。术语“多核苷酸”是指核苷酸线性序列。术语“核苷酸”典型地是指多核苷酸的单一单位,即单体。核苷酸可以是核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸或者其修饰的版本。本文的多核苷酸的例子包括单链和双链DNA,单链和双链RNA(包括siRNA),及具有单链和双链DNA和RNA的混合物的杂交分子。本文所用核酸也指具有与天然发生的核酸相同的基本化学结构的核酸。这种类似物具有修饰的糖和/或修饰的环取代基,但是保持与天然发生的核酸相同的基本化学结构。核酸模拟物是指具有不同于核酸的一般化学结构的结构但是以类似于天然发生的核酸的方式起作用的化合物。这种类似物的例子包括但不限于硫代磷酸酯、磷酰胺、甲基膦酸酯、手性甲基膦酸酯、2-O-甲基核糖核苷酸,和肽-核酸(PNA)。
“序列相同性百分比”是通过在比较窗比较两个最佳对比的序列而确定,其中比较窗中的多核苷酸或多肽序列的部分与参考序列(其不包含添加或缺失)相比可以包含添加或缺失(即缺口)以用于两个序列的最佳对比。百分比的计算是如下进行,确定在两个序列中存在相同核酸碱基或氨基酸残基的位置数以产生匹配位置数,将匹配位置数除以比较窗中的总位置数,结果乘以100,得到序列相同性百分比。
术语“相同”或“相同性”百分比在两个或多个核酸或多肽序列上下文中,是指当在比较窗或者指定区域进行最大相应性比较和对比时,两个或多个序列或亚序列是相同的,或者具有所指出的相同氨基酸残基或核苷酸残基百分比(即,在所指出的区域,例如本发明的完整多肽序列或者本发明的多糖的个体结构域,60%相同性,任选65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、或99%相同性),使用下述序列比较算法之一或者通过手工对比和肉眼检查而测量。这些序列然后被称为“基本上相同的”。这一定义还指测试序列的互补序列。任选地,相同性在至少大约50个核苷酸长度的区域存在,或者更优选在100到500或者1000或更多个核苷酸长度的区域存在。本发明包括与SEQ ID NO:1-35任一序列基本上相同的多肽。
对于序列比较,典型地一个序列作为参考序列,测试序列与其比较。当使用序列比较算法时,测试序列和参考序列被输入计算机,如果需要指定亚序列坐标,并且指定SEQuence算法程序参数。可以使用默认程序参数,或者可以指定另外的参数。序列比较算法然后基于程序参数计算测试序列相对于参考序列的序列相同性百分比。
本文所用“比较窗”包括选自由例如全长序列或者从20到600、大约50到大约200、或者大约100到大约150个氨基酸或核苷酸组成的组的任一连续位置数的区段,其中在两个序列被最佳对比后一个序列可以与相同连续位置数的参考序列进行比较。对比序列以用于比较的方法是本领域公知的。用于比较的序列的最佳对比可以通过如下方法进行,例如Smith and Waterman(1970)Adv.Appl.Math.2:482c的局部同源性算法,Needleman andWunsch(1970)J.Mol.Biol.48:443的同源性对比算法,Pearson and Lipman(1988)Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 85:2444的检索相似性方法,这些算法的计算机化执行(GAP,BESTFIT,FASTA,and TFASTA in the Wisconsin Genetics Software Package,GeneticsComputer Group,575Science Dr.,Madison,WI),或者手工对比和肉眼检查(参见例如Ausubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology(1995supplement))。
适于确定序列相同性百分比和SEQuence相似性的算法的例子是BLAST和BLAST2.0算法,其分别描述于Altschul et al.(1977)Nuc.Acids Res.25:3389-3402,和Altschulet al.(1990)J.Mol.Biol.215:403-410。进行BLAST分析的软件可通过National Centerfor Biotechnology Information()公开获得。这个算法涉及首先鉴别高评分序列对(HSP),其是在询问序列(query sequence)中鉴别短字长W,其当与数据库序列相同字长对比时匹配或者满足一些阳性值阈值评分T。T被称为相邻字评分阈值(Altschul et al.,supra)。这些初始相邻字检索结果作为种子用于启动检索以发现含有它们的更长的HSP。字检索结果沿每个序列在两个方向延伸,直至累积对比评分可以增加。对于核苷酸序列,累积评分使用参数M(一对匹配残基的奖分;总是>0)和N(错配残基的罚分;总是<0)计算。对于氨基酸序列,使用评分矩阵计算累积评分。当累积对比评分从其最大实现值降低数量X时;当累积评分由于一或多个负分残基对比的累积而到0以下时;或者当到达任一序列末端时,终止在每个方向上字检索结果的延伸。BLAST算法参数W、T和X决定了对比的灵敏性和速度。BLASTN程序(用于核苷酸序列)使用的默认值是:字长(W)为11,期望值(E)为10,M=5,N=-4,及比较两条链。对于氨基酸序列,BLASTP程序使用的默认值是:字长为3,期望值(E)为10,BLOSUM62评分矩阵(参见Henikoff and Henikoff(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:10915)对比(B)为50,期望值(E)为10,M=5,N=-4,及比较两条链。
BLAST算法还进行两个序列之间的相似性的统计学分析(参见例如Karlin andAltschul(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873-5787)。BLAST算法提供的相似性的一个测量是最小和概率(P(N)),其提供了两个核苷酸或氨基酸序列之间有机会发生匹配的概率的指示。例如如果测试核酸与参考核酸比较中的最小和概率小于大约0.2,更优选小于大约0.01,最优选小于大约0.001,则该核酸被认为与参考核酸相似。
两个核酸序列或多肽基本上相同的一个指示是指由第一核酸编码的多肽与针对由第二核酸编码的多肽产生的抗体是免疫学交叉反应的,如下所述。因此,当两个肽仅由保守取代而不同时,一个多肽典型地与第二多肽是基本上相同的。两个核酸序列基本上相同的另一个指示是两个分子或其互补序列在严格条件下互相杂交,如下所述。两个核酸序列基本上相同的再一个指示是可以使用相同引物扩增序列。
本文使用术语“表达”或“表达的”与基因相关时,是指该基因的转录和/或翻译产物。DNA分子在细胞中的表达水平可以基于细胞内存在的相应mRNA的量或者由细胞产生的该DNA编码的蛋白质的量而确定。非编码核酸分子(例如siRNA)的表达水平可以通过本领域公知的标准PCR或Northern印迹方法检测。参见Sambrook et al.,1989MolecularCloning:A Laboratory Manual,18.1-18.88。
转染的基因的表达可以在细胞中瞬时或稳定发生。在“瞬时表达”期间,转染的基因在细胞分裂过程中不转移到子代细胞中。因为其表达限于转染的细胞,所以基因的表达随时间而丧失。相反,当基因与赋予转染的细胞选择优势的另一种基因共转染时,可以发生转染的基因的稳定表达。这种选择优势可以是对提供给细胞的某些毒素的抗性。转染的基因的表达可以进一步通过转座子介导的插入宿主基因组而实现。在转座子介导的插入期间,基因以可预测方式位于两个转座子接头序列之间,转座子接头序列使得能插入宿主基因组及随后切除。转染的基因的稳定表达可以进一步通过用慢病毒载体感染细胞,其在感染后形成细胞基因组的一部分(整合进细胞基因组)由此导致基因的稳定表达。
术语“质粒”、“载体”或“表达载体”是指编码基因和/或基因表达所需的调节元件的核酸分子。从质粒表达基因可以顺式或反式发生。如果基因顺式表达,则基因和调节元件由同一质粒编码。反式表达是指基因和调节元件由不同质粒编码的情况。
术语“转染”、“转导”可以互换使用,是指将核酸分子或蛋白质导入细胞的方法。使用非病毒或基于病毒的方法将核酸导入细胞。核酸分子可以是编码完整蛋白质或其功能部分的基因序列。非病毒转染方法包括不使用病毒DNA或病毒颗粒作为将核酸分子导入细胞的输送系统的任何合适转染方法。举例的非病毒转染方法包括磷酸钙转染、脂质体转染、核染、超声处理、通过热休克转染、磁转染(magnetifection)和电穿孔。在一些实施方案中,核酸分子根据本领域公知的标准程序用电穿孔导入细胞中。对于基于病毒的转染方法,在本文所述方法中可以使用任何有用的病毒载体。病毒载体的例子包括但不限于逆转录病毒、腺病毒、慢病毒和腺相关病毒载体。在一些实施方案中,核酸分子根据本领域公知的标准程序用逆转录病毒载体导入细胞中。术语“转染”或“转导”还指将蛋白质从外部环境导入细胞中。典型地,蛋白质转导或转染依赖于能穿过细胞膜的肽或蛋白质附着于感兴趣的蛋白质。参见,例如Ford et al.(2001)Gene Therapy 8:1-4and Prochiantz(2007)Nat.Methods4:119-20。
“抗体”是指特异性结合和识别抗原的包含来自免疫球蛋白基因的构架区的多肽或其部分。公认的免疫球蛋白基因包括κ、λ、α、γ、δ、ε和μ恒定区基因,以及大量的免疫球蛋白可变区基因。轻链被分类为κ或λ。重链被分类为γ、μ、α、δ或ε,其限定免疫球蛋白类别,分别为IgG、IgM、IgA、IgD和IgE。典型地,抗体的抗原结合区在决定结合的特异性和亲和性方面起显著作用。在一些实施方案中,抗体或抗体片段可以衍生自不同生物体,包括人、小鼠、大鼠、仓鼠、骆驼等。本发明的抗体可以包括在一或多个氨基酸位置被修饰或突变的抗体,以改善或调节抗体的希望功能(例如糖基化、表达、抗原识别、效应子功能、抗原结合、特异性等)。
抗体是具有复杂内部结构的大的复杂分子(分子量~150,000或者大约1320个氨基酸)。天然抗体分子含有两个相同多肽链对,每对具有一个轻链和一个重链。每个轻链和重链由两个区域组成:参与结合靶抗原的可变(“V”)区,及与免疫系统的其它组分相互作用的恒定(“C”)区。轻链和重链可变区在3维空间中一起形成结合抗原(例如细胞表面上的受体)的可变区。在每个轻链或重链可变区内,有3个短区段(平均10个氨基酸长度),称为互补决定区(CDR)。抗体可变结构域中的这六个CDR(3个来自轻链,3个来自重链)在3维空间中折叠形成实际的抗体结合位点,其停靠(dock)在靶抗原上。CDR的位置和长度已被Kabat,E.etal.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,U.S.Department of Healthand Human Services,1983,1987精确限定。未包含在CDR中的可变区部分称为构架(FR),其形成CDR的环境。
举例的免疫球蛋白(抗体)结构单位包含四聚体。每个四聚体由两个相同的多肽链对组成,每对具有一个“轻”链(大约25kD)和一个“重”链(大约50-70Kd)。每条链的N-末端限定一个大约100-110个或更多个氨基酸的可变区,主要负责抗原识别。术语可变轻链(VL)或者轻链可变区和及可变重链(VH)或重链可变区分别是指这些轻链和重链区。本文中术语可变轻链(VL)和轻链可变区可以互换使用。本文术语可变重链(VH)和重链可变区可以互换使用。Fc(即片段可晶体化区域)是免疫球蛋白的“基底”或“尾部”,典型地由两个重链组成,所述两个重链根据抗体类别贡献2或3个恒定结构域。通过结合特异性蛋白质,Fc区保证每个抗体产生针对给定抗原的合适免疫应答。Fc区还结合各种细胞受体,如Fc受体,和其它免疫分子,如补体蛋白。
本文提供的术语“抗原”是指能够结合本文提供的抗体区的分子,其中结合位点不是肽结合位点。
抗体例如以完整免疫球蛋白存在或者作为一些良好鉴定的用各种肽酶消化而产生的片段存在。因此,例如胃蛋白酶在铰链区二硫键以下消化抗体产生F(ab)’2,其是Fab二聚体,Fab本身是通过二硫键与VH-CH1连接的轻链。F(ab)’2可以在温和条件下还原以打破铰链区的二硫键,由此将F(ab)’2二聚体转化为Fab’单体。Fab’单体基本上是具有部分铰链区的抗原结合部分(参见Fundamental Immunology(Paul ed.,3d ed.1993)。尽管各种抗体片段是基于完整抗体的消化而限定,但是本领域技术人员理解这种片段可以经化学从头合成或者用重组DNA方法学从头合成。因此,本文所用术语抗体还包括由修饰完整抗体产生的抗体片段或者用重组DNA方法学从头合成的抗体片段(例如单链Fv)或者用噬菌体展示文库鉴别的抗体片段(参见例如McCafferty et al.,Nature 348:552-554(1990))。
单链可变片段(scFv)典型地是免疫球蛋白的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)经10到大约25个氨基酸的短接头肽连接的融合蛋白。接头通常富含甘氨酸以具有柔性,及具有丝氨酸或苏氨酸以具有溶解性。接头可以将VH的N末端与VL的C末端连接,或者与之相反。
mAb的表位是mAb所结合的抗原的区域。如果两种抗体每种彼此竞争性抑制(阻断)另一种抗体与抗原结合,则两种抗体结合相同表位或者重叠表位。也就是说,一种抗体的1、5、10、20或100倍过量抑制另一种抗体的结合的至少30%,但是优选50%、75%、90%或甚至99%,如在竞争结合测定中测得(参见例如Junghans et al.,Cancer Res.50:1495,1990)。或者,如果抗原中降低或消除一种抗体的结合的基本上所有氨基酸突变也降低或消除另一种抗体的结合,则两种抗体具有相同表位。如果降低或消除一种抗体的结合的一些氨基酸突变也降低或消除另一种抗体的结合,则两种抗体具有重叠表位。
为制备本发明的合适抗体及用于本发明,例如重组、单克隆或多克隆抗体,可以使用本领域已知的许多技术(参见例如Kohler&Milstein,Nature 256:495-497(1975);Kozbor et al.,Immunology Today 4:72(1983);Cole et al.,pp.77-96in MonoclonalAntibodies and Cancer Therapy,Alan R.Liss,Inc.(1985);Coligan,CurrentProtocols in Immunology(1991);Harlow&Lane,Antibodies,A Laboratory Manual(1988);and Goding,Monoclonal Antibodies:Principles and Practice(2d ed.1986))。编码感兴趣抗体的重链和轻链的基因可以从细胞中克隆,例如编码单克隆抗体的基因可以从杂交瘤克隆并用于产生重组单克隆抗体。也可以从杂交瘤或浆细胞制备编码单克隆抗体的重链和轻链的基因文库。重链和轻链基因产物的随机组合产生具有不同抗原特异性的抗体的一个大集合(参见例如Kuby,Immunology(3rd ed.1997))。产生单链抗体或重组抗体的技术(美国专利4,946,778,美国专利4,816,567)可以被适应以产生针对本发明多肽的抗体。另外,转基因小鼠或其它生物如其它哺乳动物也可以用于表达人源化抗体或人类抗体(参加例如美国专利5,545,807;5,545,806;5,569,825;5,625,126;5,633,425;5,661,016,Marks et al.,Bio/Technology 10:779-783(1992);Lonberg et al.,Nature368:856-859(1994);Morrison,Nature 368:812-13(1994);Fishwild et al.,Nature Biotechnology14:845-51(1996);Neuberger,Nature Biotechnology 14:826(1996);and Lonberg&Huszar,Intern.Rev.Immunol.13:65-93(1995))。或者,可以使用噬菌体展示技术鉴别特异性结合选择的抗原的抗体和异聚Fab片段(参见例如McCafferty et al.,Nature 348:552-554(1990);Marks et al.,Biotechnology 10:779-783(1992))。也可以使抗体制成双特异性的,即能够识别两种不同抗原(参见例如WO 93/08829,Traunecker et al.,EMBO J.10:3655-3659(1991);and Suresh et al.,Methods in Enzymology121:210(1986))。抗体也可以是异缀合物,例如两个共价连接的抗体或者免疫毒素(参见例如美国专利4,676,980,WO 91/00360;WO 92/200373;和EP 03089)。
用于人源化或者灵长类源化非人抗体的方法是本领域公知的(例如美国专利4,816,567;5,530,101;5,859,205;5,585,089;5,693,761;5,693,762;5,777,085;6,180,370;6,210,671;和6,329,511;WO 87/02671;EP专利申请0173494;Jones et al.(1986)Nature 321:522;和Verhoyen et al.(1988)Science 239:1534)。人源化抗体进一步描述于例如Winter and Milstein(1991)Nature 349:293。通常,人源化抗体具有从非人来源引入其中的一或多个氨基酸残基。这些非人氨基酸残基通常被称为输入残基,它们典型地取自输入可变结构域。人源化可以基本上根据Winter和同事的方法进行(参见例如Morrisonet al.,PNAS USA,81:6851-6855(1984),Jones et al.,Nature 321:522-525(1986);Riechmann et al.,Nature 332:323-327(1988);Morrison and Oi,Adv.Immunol.,44:65-92(1988),Verhoeyen et al.,Science 239:1534-1536(1988)and Presta,Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596(1992),Padlan,Molec.Immun.,28:489-498(1991);Padlan,Molec.Immun.,31(3):169-217(1994)),其是用啮齿类CDR或CDR序列代替人抗体的相应序列。因此,这种人源化抗体是嵌合抗体(美国专利4,816,567),其中实质上少于完整人可变结构域被相应的来自非人物种的序列取代。在实践中,人源化抗体典型地是人抗体,其中一些CDR残基和可能地一些FR残基被来自于啮齿类抗体的类似位点的残基取代。例如包含编码人源化免疫球蛋白构架区的第一序列和编码希望的免疫球蛋白互补决定区的第二序列的多核苷酸可以合成产生,或者通过组合合适的cDNA和基因组DNA片段而产生。人恒定区DNA序列可以根据公知程序从各种人类细胞中分离。
“嵌合抗体”是一种抗体分子,其中(a)恒定区或其一部分被改变、置换或者交换,从而抗原结合位点(可变区)连接于一不同或改变类别、效应功能和/或物种的恒定区,或者连接于一完全不同的赋予嵌合抗体新性质的分子,例如酶、毒素、激素、生长因子、药物等;或者(b)可变区或其一部分被改变、置换或者交换为具有不同或改变的抗原特异性的可变区。本发明优选的并且使用的抗体包括人源化和/或嵌合单克隆抗体。
本文通过的“治疗抗体”是指用于治疗癌症、自身免疫疾病、移植物排斥、心血管疾病或本文描述的其它疾病或病症的任何抗体或其功能片段。治疗抗体的非限制性例子包括小鼠抗体、鼠源化或人源化嵌合抗体或者人类抗体,包括但不限于爱必妥(西妥昔单抗)、ReoPro(阿昔单抗)、舒莱(巴利昔单抗)、类克(英夫利昔单抗)、Orthoclone OKT3(莫罗单抗-CD3)、Rituxan(利妥昔单抗)、Bexxar(托西莫单抗)、Humira(阿达木单抗)、Campath(阿仑珠单抗)、Simulect(巴利昔单抗)、Avastin(贝伐珠单抗)、Cimzia(培化舍珠单抗(certolizumab pegol))、赛尼哌(达珠单抗)、Soliris(依库珠单抗)、Raptiva(依法珠单抗)、Mylotarg(吉妥珠单抗)、Zevalin(替伊莫单抗)、Tysabri(那他珠单抗)、Xolair(奥马珠单抗)、Synagis(帕利珠单抗)、Vectibix(帕木单抗)、Lucentis(雷珠单抗)、和赫赛汀(曲妥珠单抗)。
用于将治疗剂缀合于抗体的技术是公知的(参见例如Arnon et al.,"MonoclonalAntibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy",in MonoclonalAntibodies And Cancer Therapy,Reisfeld et al.(eds.),pp.243-56(Alan R.Liss,Inc.1985);Hellstrom et al.,"Antibodies For Drug Delivery"in Controlled DrugDelivery(2nd Ed.),Robinson et al.(eds.),pp.623-53(Marcel Dekker,Inc.1987);Thorpe,"Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy:A Review"inMonoclonal Antibodies‘84:Biological And Clinical Applications,Pinchera et al.(eds.),pp.475-506(1985);and Thorpe et al.,"The Preparation And CytotoxicProperties Of Antibody-Toxin Conjugates",Immunol.Rev.,62:119-58(1982))。如本文所用,术语“抗体-药物缀合物”或“ADC”是指缀合于或者其它方式共价结合于抗体的治疗剂。本文所称的“治疗剂”是用于治疗或预防疾病如癌症的组合物。
短语“特异性(或选择性)结合”于抗体或者“特异性(或选择性)与……免疫反应”当指蛋白质或肽时,是指确定蛋白质存在的结合反应,通常是在蛋白质和其它生物制品的异质群体中。因此,在所指定的免疫测定条件下,抗体结合于特定蛋白质是背景的至少两倍,更典型地是背景的10-100倍以上。在这种条件下与抗体的特异性结合典型需要根据其对于一特定蛋白质的特异性而选择的抗体。例如可以选择多克隆抗体以获得仅特异性与选择的抗原免疫反应而不与其它蛋白质免疫反应的抗体亚集。这一选择可以通过去除与其它分子交叉反应的抗体而实现。可以使用各种免疫测定形式来选择特异性与特定蛋白质免疫反应的抗体。例如固相ELISA免疫测定通常用于选择与蛋白质特异性免疫反应的抗体(参见例如Harlow&Lane,Using Antibodies,A Laboratory Manual(1998),其描述了可以用于确定特异性免疫反应性的免疫测定形式和条件)。
“配体”是指一种能结合受体的物质,例如多肽或其它分子。
术语“重组”当用于例如指代细胞、核酸、蛋白质或载体时,是指所述细胞、核酸、蛋白质或载体已被修饰或者是实验室方法的结果。因此,例如重组蛋白质包括由实验室方法产生的蛋白质。重组蛋白质可以包括未在天然(非重组)形式的蛋白质中发现的氨基酸,或者可以包括已被修饰例如被标记的氨基酸残基。
术语“异源”当用于指代核酸部分时,是指所述核酸包含两个或多个亚序列,这些亚序列未在自然界发现互相有相同关系。例如核酸典型地是重组产生的,具有来自不相关基因的两个或多个序列,其排列产生新的功能性核酸,例如启动子来自一个来源,编码区来自另一个来源。类似地,异源蛋白质是指包含两个或多个亚序列的蛋白质,这些亚序列未在自然界发现互相有相同关系(例如融合蛋白)。
术语“分离的”当用于核酸或蛋白质时,是指所述核酸或者蛋白质基本上不含其在天然状态下结合的其它细胞组分。其可以是例如均质状态,并且可以是干燥的或者在水溶液中。纯度和均质性典型地用分析化学技术确定,如聚丙烯酰胺凝胶电泳或高效液相色谱。是制备物中存在的主要种类的蛋白质是基本上纯化的。
“接触”"以其普通含义使用,是指使至少2种独立种类(例如化合物,包括生物分子或细胞)变为足够接近以反应、相互作用或者物理接触的过程。但是应理解,所产生的反应产物可以直接从添加的试剂之间的反应产生,或者从一或多个添加的试剂的中间体产生,所述中间体可以在反应混合物中产生。
术语“接触”可以包括使2个种类反应、相互作用或者物理接触,其中所述2个种类可以是例如本文描述的化合物和立体阻碍化学分子。在实施方案中,接触包括例如使本文所述化合物与立体阻碍化学分子相互作用。
“对照样品”或数值是指作为参考的样品,通常是已知参考以与测试样品比较。例如测试样品可以取自测试条件,例如在测试化合物存在下,并且与来自已知条件的样品进行比较,例如在测试化合物不存在下(阴性对照),或者在已知化合物存在下(阳性对照)。对照也可以代表从一些测试或结果收集的平均值。本领域技术人员了解对照可以被设计以评估任何数量的参数。例如对照可以被设计基于药理学数据(例如半衰期)或者治疗测量(例如比较副作用)而比较治疗益处。本领域技术人员理解在给定情况下哪些对照是有价值的,并且能够基于与对照数值的比较而分析数据。对照对于确定数据的显著性也是有价值的。例如如果一给定参数的数值在对照中是广泛变化的,则测试样品中的差异不被认为是显著的。
“患者”或者“有需要的对象”是指患有或者易于患有可以通过给予本文提供的组合物或药物组合物治疗的疾病或病症的生物体。非限制性例子包括人、其它哺乳动物、牛、大鼠、小鼠、狗、猴、山羊、绵羊、母牛、鹿,及其它非哺乳动物。在一些实施方案中,患者是人。
术语“疾病”或“病症”是指能够用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的患者或对象的状态或健康状态。在实施方案中,疾病是癌症(例如肺癌、卵巢癌、骨肉瘤、膀胱癌、宫颈癌、肝癌、肾癌、皮肤癌(例如Merkel细胞癌)、睾丸癌、白血病、淋巴瘤、头颈部癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌、黑素瘤、乳腺癌、神经母细胞瘤)。
术语“治疗”是指在损伤、疾病、病理或病症的治疗或缓解中的任何成功指征,包括任何客观或主观参数,例如症状的减轻(abatement)、缓和(remission)、缩小(diminishing),或者使患者更耐受损伤、病理或病症;减缓衰退或减退速率;使衰退终点虚弱减少;改善患者身体或精神健康。症状的治疗或缓解可以基于客观或主观参数;包括体检结果、神经精神病学检查和/或精神病学检查。术语“治疗”包括预防损伤、病理、病症或疾病。在实施方案中,“治疗”是指癌症的治疗。
“有效量”是足以使化合物实现相对于该化合物不存在时的所声称目的的量(例如实现给予其的作用,治疗疾病、降低酶活性、增加酶活性、降低信号传导途径或者降低疾病或病症的一或多种症状)。“治疗有效量”的一个例子是足以有助于治疗、预防或降低疾病的一个或多个症状的量,其也可以被称为“治疗有效量”。一或多个症状的“降低”(及这一短语的语法等价物)是指降低所述症状的严重性或频率,或者消除所述症状。精确量取决于治疗目的,并且可以由本领域技术人员使用已知技术确定(参见例如Lieberman,Pharmaceutical Dosage Forms(vols.1-3,1992);Lloyd,The Art,Science andTechnology of Pharmaceutical Compounding(1999);Pickar,Dosage Calculations(1999);and Remington:The Science and Practice of Pharmacy,20th Edition,2003,Gennaro,Ed.,Lippincott,Williams&Wilkins)。
如本文所用,术语“癌症”是指在哺乳动物中发现的所有类型的癌症、新生物(neoplasm)或恶性肿瘤,包括白血病、黑素瘤、神经内分泌肿瘤、癌和肉瘤。可以用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的举例的癌症包括淋巴瘤、肉瘤、膀胱癌、骨癌、脑肿瘤、宫颈癌、结肠癌、食管癌、胃癌、头颈部癌、肾癌、骨髓瘤、甲状腺癌、白血病、前列腺癌、乳腺癌(例如三阴性、ER阳性、ER阴性、化疗抵抗性、赫赛汀抵抗性、HER2阳性、多柔比星抵抗性、他莫昔芬抵抗性、导管癌、小叶癌、原发性、转移性)、卵巢癌、胰腺癌、肝癌(例如肝细胞癌)、肺癌(例如非小细胞肺癌、鳞状细胞癌、腺癌、大细胞肺癌、小细胞肺癌、良性肿瘤、肉瘤)、多形性胶质母细胞瘤、神经胶质瘤、黑素瘤、前列腺癌、去势抵抗性前列腺癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌、胶质母细胞瘤、卵巢癌、肺癌、鳞状细胞癌(例如头、颈或食管)、结肠直肠癌、白血病、急性髓性白血病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤或多发性骨髓瘤。额外的例子包括甲状腺癌、内分泌系统癌症、脑癌、乳腺癌、宫颈癌、结肠癌、头颈部癌、食管癌、肝癌、肾癌、非小细胞肺癌、黑素瘤、间皮瘤、卵巢癌、肉瘤、胃癌、子宫癌或髓母细胞瘤、霍奇金病、非霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、神经细胞瘤、神经胶质瘤、多形性胶质母细胞瘤、卵巢癌、横纹肌肉瘤、原发性血小板增多症、原发性巨球蛋白血症、原发性脑肿瘤、癌症、恶性胰腺胰岛素瘤、恶性类癌、膀胱癌、恶变前皮肤损伤、睾丸癌、淋巴瘤、甲状腺癌、神经细胞瘤、食管癌、泌尿生殖道癌症、恶性血钙过多、子宫内膜癌、肾上腺皮质癌、内分泌或外分泌性胰腺的肿瘤、甲状腺髓样癌、甲状腺髓样癌、黑素瘤、结肠直肠癌、乳头样甲状腺癌、肝细胞癌、佩吉特氏乳头病、叶状瘤、小叶癌、导管癌、胰腺星形细胞癌症或者前列腺癌。
术语“白血病”广义上是指造血器官的进行性恶性疾病,通常由血液和骨髓中的血细胞及其前体的扭曲增殖和发育而鉴定。白血病临床上通常基于如下而分类:(1)疾病持续时间和特点-急性或慢性;(2)涉及的细胞类型;髓样(骨髓内产生的)、淋巴样(淋巴生成的)和(3)血液中异常细胞数目的增加或不增加-白血病性或非白细胞性(亚白血病的)。可以用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的举例白血病包括例如急性非淋巴细胞白血病、慢性淋巴细胞白血病、急性粒细胞白血病、慢性粒细胞白血病、急性早幼粒细胞白血病、成人T细胞白血病、白细胞不增多性白血病、leukocythemic leukemia、嗜碱粒细胞性白血病、干细胞性白血病、牛白血病、慢性粒细胞白血病、皮肤白血病、干细胞性白血病、嗜酸性白血病、Gross'白血病、多毛细胞白血病、成血细胞性白血病(hemoblastic leukemia)、成血细胞性白血病(hemocytoblastic leukemia)、组织细胞性白血病、干细胞白血病、急性单核细胞白血病、白细胞减少性白血病、淋巴性白血病、成淋巴细胞性白血病、淋巴细胞白血病、成淋巴白血病、淋巴样白血病、淋巴肉瘤细胞性白血病、肥大细胞白血病、巨核细胞白血病、小原粒型白血病、单核细胞性白血病、原始粒细胞性白血病、粒细胞性白血病、髓细胞性白血病、粒单核细胞白血病、Naegeli白血病、血浆细胞白血病、多发性骨髓瘤、浆细胞白血病、前髓细胞性白血病、Rieder细胞白血病、Schilling's白血病、干细胞白血病、亚白血病性白血病或未分化细胞白血病。
术语“肉瘤”通常是指这样的肿瘤,其由类似于胚性结缔组织的物质组成并且通常由包埋在纤丝状或同质物质中的紧密堆积的细胞组成。可以用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的肉瘤包括软骨肉瘤、纤维肉瘤、淋巴肉瘤、黑素肉瘤、粘液肉瘤、骨肉瘤、Abemethy's肉瘤、脂肪肉瘤、脂肉瘤、软组织腺泡状肉瘤、成釉细胞肉瘤、葡萄状肉瘤、绿色瘤肉瘤、绒毛膜癌、胚胎性肉瘤、肾母细胞瘤肉瘤(Wilms'tumor sarcoma)、子宫内膜肉瘤、间质肉瘤、Ewing's肉瘤、筋膜肉瘤、成纤维细胞肉瘤、髓细胞瘤、粒细胞肉瘤、Hodgkin's肉瘤、皮肤特发性多发性色素沉着出血性肉瘤、B细胞成免疫细胞肉瘤、淋巴瘤、T细胞成免疫细胞肉瘤、Jensen's肉瘤、Kaposi's肉瘤、Kupffer细胞肉瘤、血管肉瘤、白血病性肉瘤、恶性间叶瘤、骨周肉瘤、网状细胞肉瘤、Rous肉瘤、浆液囊性肉瘤、滑膜肉瘤或者毛细血管扩张性肉瘤。
术语“黑素瘤”是指从皮肤和其它器官的黑素细胞系统产生的肿瘤。可以用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的黑素瘤包括例如肢端黑素瘤、无黑色素黑素瘤、良性幼年型黑素瘤、Cloudman's黑素瘤、S91黑素瘤、Harding-Passey黑素瘤、幼年型黑素瘤、恶性雀斑样黑素瘤、恶性黑素瘤、结节性黑素瘤、指甲下黑色素瘤(subungal melanoma)或者表面扩散性黑素瘤。
术语“癌”是指由表皮细胞组成的恶性新生长,其倾向于浸润周围组织并且产生转移。可以用本文提供的化合物、药物组合物或方法治疗的举例的癌包括例如甲状腺髓样癌、家族性甲状腺髓样癌、腺泡癌(acinar carcinoma)、腺泡癌(acinous carcinoma)、囊性腺样癌、腺样囊性癌、腺癌、肾上腺皮质癌、肺泡癌、肺泡细胞癌、基底细胞癌(basal cellcarcinoma)、基底细胞癌(carcinoma basocellulare)、基底细胞样癌、基底鳞状细胞癌、细支气管肺泡癌、细支气管癌、支气管原癌、髓样癌(cerebriform carcinoma)、胆管细胞癌、绒毛膜癌、胶体癌、粉刺状癌、子宫体癌、筛状癌、胸廓癌、皮肤癌、柱状细胞癌、柱状细胞癌、导管癌(duct carcinoma)、导管癌(ductal carcinoma)、硬癌、胚胎性癌、髓样癌(encephaloid carcinoma)、鳞状细胞癌(epiermoid carcinoma)、腺样基底细胞癌、外植癌、溃疡性癌、硬癌(carcinoma fibrosum)、凝胶状癌(gelatiniforni carcinoma)、胶样癌、巨细胞癌(giant cell carcinoma)、巨细胞癌(carcinoma gigantocellulare)、腺癌、粒状细胞癌、发母质癌、多血癌、肝细胞癌、Hurthle细胞癌、胶样癌、肾上腺样癌、幼稚型胚胎性癌、原位癌、表皮内癌、上皮内癌、Krompecher's癌、Kulchitzky细胞癌、大细胞癌、豆状癌(lenticular carcinoma)、豆状癌(carcinoma lenticulare)、脂瘤样癌、小叶癌、淋巴上皮癌、髓样癌、髓样癌、黑色素癌、软癌、粘液癌(mucinous carcinoma)、粘液癌(carcinomamuciparum)、粘液细胞癌(carcinoma mucocellulare)、粘液表皮样癌、粘液癌(carcinomamucosum)、粘液癌(mucous carcinoma)、粘液瘤样癌、鼻咽癌、燕麦细胞癌、骨化性癌(carcinoma ossificans)、骨化性癌(osteoid carcinoma)、乳头状癌、门静脉周癌、浸润前癌、棘细胞癌、粉刺癌、肾细胞癌、贮备细胞癌、肉瘤样癌、Schneiderian癌、硬癌(scirrhouscarcinoma)、阴囊癌、印戒细胞癌、单纯癌、小细胞癌、马铃薯状癌、球状细胞癌、梭形细胞癌、髓样癌(carcinoma spongiosum)、鳞状癌、鳞状细胞癌、绳捆癌(string carcinoma)、血管扩张性癌(carcinoma telangiectaticum)、血管扩张性癌(carcinomatelangiectodes)、过渡细胞癌、结节性皮癌(carcinoma tuberosum)、小管癌、结节性皮癌(tuberous carcinoma)、疣状癌或绒毛状癌。
如本文所用,术语“转移”、“转移性”和“转移癌”可以互换使用,是指增殖性疾病或失调例如癌症从一个器官向另一个非相邻器官或身体部分的扩散。癌症在初始位置例如乳腺中发生,该位置称为原发肿瘤癌,例如原发乳腺癌。原发肿瘤或初始位置中的一些癌细胞获得穿透或浸润该局部区域中的正常组织的能力和/或穿透淋巴系统或循环通过该系统的血管系统壁的能力到达身体的其他位置和组织。从原发肿瘤的癌细胞形成的第二个临床可检测肿瘤被称为转移或继发肿瘤。当癌细胞转移时,转移肿瘤及其细胞被推测是与原始肿瘤类似的。因此,如果肺癌转移到乳腺,则在乳腺位置的继发肿瘤由异常肺细胞而不是异常乳腺细胞组成。乳腺中的继发肿瘤被称为转移性肺癌。因此,转移癌是指这样的疾病,其中对象具有或曾具有原发肿瘤并且具有一或多种继发肿瘤。短语非转移癌或具有非转移性癌症的对象是指这样的疾病,其中对象具有原发肿瘤,但是不具有一或多种继发肿瘤。例如转移性肺癌是指这样的疾病,其中对象具有原发肺肿瘤或具有原发肺肿瘤史并且具有在第二个位置或多个位置例如乳腺中的一或多种继发肿瘤。
“抗癌药”根据其普通含义使用,是指具有抗肿瘤性质或抑制细胞生长或增殖能力的组合物(例如化合物、药物、拮抗剂、抑制剂、调节剂)。在实施方案中,抗癌药是化疗剂。在实施方案中,抗癌药是本文描述的用于治疗癌症的方法中的药物。在实施方案中,抗癌药是由FDA或美国之外的国家的类似批准机构批准的用于治疗癌症的药物。
术语“相关”用在与疾病(例如糖尿病、癌症(例如前列腺癌、肾癌、转移癌、黑素瘤、去势抵抗性前列腺癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌、胶质母细胞瘤、卵巢癌、肺癌、鳞状细胞癌(例如头、颈部或食道)、结肠直肠癌、白血病、急性髓样白血病、淋巴瘤、B细胞淋巴瘤或多发性骨髓瘤)相关的物质或物质活性或功能上下文时是指疾病(例如肺癌、卵巢癌、骨肉瘤、膀胱癌、宫颈癌、肝癌、肾癌、皮肤癌(例如Merkel细胞癌)、睾丸癌、白血病、淋巴瘤、头颈部癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌、黑素瘤、乳腺癌、神经母细胞瘤)由所述物质或物质活性或功能导致(全部或部分),或者所述疾病症状由所述物质或物质活性或功能导致(全部或部分)。
“化疗剂”或“化疗药”根据其普通含义使用,是指具有抗肿瘤性质或抑制细胞生长或增殖能力的化学组合物或化合物。
术语“异常”用在本文是指不同于正常。当用于描述酶活性时,异常是指活性高于或低于正常对照或正常非患病对照样品的平均值。异常活性可以指导致疾病的活性的量,其中使异常活性回到正常或非疾病相关的量(例如使用本文描述的方法)导致疾病或者一或多种疾病症状的降低。
重组核酸
本文提供了显示新诊断能力且允许快速添加功能性于过继免疫疗法的组合物。本文提供的重组蛋白特别有用于许多治疗和诊断目的。例如本文及其实施方案中提供的重组蛋白可以在疾病(例如癌症)治疗之前和/或过程中用作非侵入性手段以鉴定嵌合抗原受体(CAR)T细胞。通过添加功能性给CAR免疫受体,一群具有抗原阳性肿瘤的患者可以被有效治疗和监测而无论其HLA基因型如何。使用表达这些功能改善的肿瘤特异性CAR的T淋巴细胞的过继免疫疗法可以是治疗癌症和其它疾病(例如感染性疾病(例如HIV感染))的强有力治疗策略。另外,使用本文及其实施方案中提供的重组蛋白使得可以测试和改善CAR T细胞的功能性和安全性。
在一个方面,提供了分离的核酸。所述核酸编码蛋白质,所述蛋白质包括(i)抗体区,所述抗体区包括由重链可变(VH)区、轻链可变(VL)区、重链恒定区(CH)和轻链恒定区(CL)形成的中央腔,其中所述中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;和(ii)跨膜结构域.。
在另一方面,提供了分离的核酸。所述核酸编码蛋白质,所述蛋白质包括(i)抗体区,所述抗体区包括由重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区形成的中央腔,其中所述中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;和(ii)跨膜结构域。
本文提供的“抗体区”是指单价或多价蛋白质部分,其形成本文及其实施方案中提供的蛋白质的一部分。本领域技术人员因此能立即认识到抗体区是能够结合抗原(表位)的蛋白质部分。因此,本文提供的抗体区可以包括抗体的结构域或其片段(例如Fab)。在实施方案中,抗体区是蛋白质缀合物。本文提供的“蛋白质缀合物”是指由一个以上多肽组成的构建体,其中这些多肽共价或非共价结合在一起。在实施方案中,蛋白质缀合物包括共价附着于scFv部分(单价scFv)的Fab部分(单价Fab)。在实施方案中,蛋白质缀合物包括多个(至少2个)Fab部分。在实施方案中,蛋白质缀合物的多肽由一个核酸分子编码。在实施方案中,蛋白质缀合物的多肽由不同的核酸分子编码。在实施方案中,多肽由接头连接。在实施方案中,多肽通过化学接头连接。
在实施方案中,抗体区包括多个可变轻链结构域和多个可变重链结构域。本文提供的“可变轻链结构域”是指包括轻链可变(VL)区的多肽。在实施方案中,可变轻链结构域是轻链可变(VL)区。本文提供的“可变重链结构域”是指包括重链可变(VH)区的多肽。在实施方案中,可变重链结构域是重链可变(VH)区。在实施方案中,所述多个可变轻链结构域和多个可变重链结构域的每一个均是化学不同的。当所述多个可变轻链结构域和多个可变重链结构域均是化学不同时,每一个可变轻链结构域和可变重链结构域结合不同的抗原(表位)。由化学不同的可变轻链结构域和不同的可变重链结构域结合的各抗原可以形成同一蛋白质的部分或不同蛋白质。在实施方案中,抗原形成癌细胞的一部分。在实施方案中,抗体区包括第一可变轻链结构域和第一可变重链结构域以及第二可变轻链结构域和第二可变重链结构域。所述第一可变重链结构域和第一可变轻链结构域形成结合第一表位的第一互补位(paratope),所述第二可变重链结构域和第二可变轻链结构域形成结合第二表位的第二互补位,其中第一和第二互补位是各自独立不同的。术语“互补位”是指抗体或其片段的抗原结合位点。
在实施方案中,抗体区包括第一可变轻链结构域和第一可变重链结构域,第二可变轻链结构域和第二可变重链结构域,第三可变轻链结构域和第三可变重链结构域,以及第四可变轻链结构域和第四可变重链结构域。所述第一可变重链结构域和第一可变轻链结构域形成结合第一表位的第一互补位,所述第二可变重链结构域和第二可变轻链结构域形成结合第二表位的第二互补位,所述第三可变重链结构域和第三可变轻链结构域形成结合第三表位的第三互补位,所述第四可变重链结构域和第四可变轻链结构域形成结合第四表位的第四互补位,其中第一、第二、第三和第四互补位是各自独立不同的。
在实施方案中,第一、第二、第三和第四互补位通过化学接头连接。在实施方案中,化学接头是共价接头、非共价接头、肽接头(包括肽基部分的接头)、可裂解接头、取代或未取代的亚烷基、取代或未取代的杂亚烷基、取代或未取代的环亚烷基、取代或未取代的杂环亚烷基、取代或未取代的亚芳基或取代或未取代的杂亚芳基,或其任意组合。因此,本文提供的化学接头可以包括多个化学部分,其中所述多个化学部分的每一个均是化学不同的。在实施方案中,接头是肽接头。在实施方案中,肽接头具有大约5到大约15个氨基酸残基长度。
在实施方案中,抗体区是双特异性抗体。在实施方案中,抗体区是四价抗体。在实施方案中,抗体区是四价IgG。在实施方案中,抗体区是二元可变结构域(dual-variabledomain)免疫球蛋白,如Jakob CG et al.(MAbs.2013May 1;5(3):358–363)和Byrne H etal.(Cell Volume 31,Issue 11,p621–632,November 2013)所述,所述文献以其全文为所有目的引入本文。
在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:31和SEQ ID NO:32。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:33和SEQ ID NO:34。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:35和SEQ IDNO:36。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:37和SEQ ID NO:38。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:39和SEQ ID NO:40。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:41和SEQ ID NO:42。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:43和SEQ ID NO:44。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:45和SEQ ID NO:46。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:47和SEQ ID NO:48。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:49和SEQ ID NO:50。在实施方案中,抗体区包括SEQID NO:51和SEQ ID NO:52。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:53和SEQ ID NO:54。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:55和SEQ ID NO:56。在实施方案中,抗体区包括SEQ IDNO:57和SEQ ID NO:58。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:59和SEQ ID NO:60。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:61和SEQ ID NO:62。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:65和SEQ ID NO:66。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:67和SEQ ID NO:68。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:69和SEQ ID NO:70。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:71和SEQ ID NO:72。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:74。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:75和SEQID NO:76。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:77和SEQ ID NO:78。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:79和SEQ ID NO:80。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:81和SEQ IDNO:82。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:111和SEQ ID NO:112。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:113和SEQ ID NO:114。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:115和SEQ IDNO:116。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:117和SEQ ID NO:118。在实施方案中,抗体区包括SEQ ID NO:119和SEQ ID NO:120。
本文提供的“重链可变(VH)区”是包括抗体或其片段的重链的可变区的结构域。类似地,本文提供的“轻链可变(VL)区”是包括抗体或其片段的轻链的可变区的结构域。在实施方案中,重链可变(VH)区是抗体的重链的可变区。在实施方案中,重链可变(VH)区是抗体片段的重链的可变区。在实施方案中,重链可变(VH)区是Fab的重链的可变区。在实施方案中,轻链可变(VL)区是抗体的轻链的可变区。在实施方案中,轻链可变(VL)区是抗体片段的轻链的可变区。在实施方案中,轻链可变(VL)区是Fab的轻链的可变区。
在实施方案中,抗体进一步包括重链恒定区(CH)和轻链恒定区(CL)。在实施方案中,重链恒定区(CH)是抗体或其片段的重链的恒定区。在实施方案中,轻链恒定区(CL)是抗体或其片段的轻链的恒定区。在实施方案中,重链恒定区(CH)是Fab的恒定区。在实施方案中,轻链恒定区(CL)是Fab的轻链的恒定区。在实施方案中,重链恒定区(CH)是F(ab)’2二聚体的重链的恒定区。在实施方案中,轻链恒定区(CL)是F(ab)’2二聚体的轻链的恒定区。在实施方案中,抗体区包括Fc结构域。在实施方案中,抗体区是人源化抗体区。在实施方案中,抗体区是人源化小鼠抗体区。在实施方案中,抗体区不包括scFv抗体区。当抗体区不包括scFv抗体区时,抗体区不包括由短接头肽连接的免疫球蛋白的重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)的融合蛋白。
相对于Fab的三维结构而言的"中央腔(central cavity)"是指由部分重链和轻链可变区和恒定区限定的(lined)Fab的内部口袋并且包括限定口袋中的孔(hole)的氨基酸。在实施方案中,包括孔的中央腔具有例如图4A中描绘的或者类似于图4A的结构。在实施方案中,当抗体区包括Fab时,中央腔由此由VH、VL、CH1和CL区的残基限定。中央腔不包括抗原结合位点。因此,在实施方案中,结合中央腔的化合物不影响(例如可测量地影响)抗体区与表位的结合。换句话说,在实施方案中,这一位点的占据不影响抗原结合。在实施方案中,中央腔由能够与本文及其实施方案中提供的包括肽基部分(例如中间位)(例如式(I)或(II)的肽)的化合物相互作用的氨基酸残基限定。能够与包括肽基部分(例如中间位)的化合物相互作用的氨基酸残基可以形成肽结合位点(本文也称为中间位结合位点)的一部分。肽结合位点可以工程化进任何合适的抗体中,由此形成具有肽结合位点的抗体或抗体区(本文也称为中间位允许的抗体或中间位允许的抗体区)。
在实施方案中,限定(lining)中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置83的位置的残基,在相应于Kabat位置30的位置的残基或者在相应于Kabat位置52的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置40的位置的残基,在相应于Kabat位置41的位置的残基,在相应于Kabat位置30的位置的残基,在相应于Kabat位置52的位置的残基,在相应于Kabat位置83的位置的残基,或者在相应于Kabat位置85的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置40的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置41的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置30的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置52的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置83的位置的残基。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置85的位置的残基。
在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置30的位置的残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置30的位置的残基是带负电的氨基酸残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置30的位置的残基是天冬氨酸。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置52的位置的残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置52的位置的残基是带负电的氨基酸残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置52的位置的残基是天冬氨酸。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置83的位置的残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置83的位置的残基是带负电的氨基酸残基。在实施方案中,在相应于Kabat位置83的位置的残基是谷氨酸。在实施方案中,在相应于Kabat位置83的位置的残基异亮氨酸。在实施方案中,限定中央腔的氨基酸残基包括在相应于Kabat位置85的位置的残基。
在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gln38、Thr40、Gln41、Gly42、Ser43、Asp 52、Asp85、Ile83、Tyr87、Lys103、Val163、Thr164或Glu165的位置的轻链残基限定(形成)。本文提供的“轻链残基”是指形成抗体或抗体片段的轻链的一部分的残基。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gln38的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Thr40的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gln41的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gly42的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Ser43的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Asp85的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Tyr87的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Lys103的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Val163的位置的轻链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Thr164的位置的轻链残基限定(例如形成)在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Glu165的位置的轻链残基限定(例如形成)。
在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Asp 30、Gln39、Pro40、Thr91、Ala92、Ile93、Tyr95、Gln112、Leu115、Glu155、Pro156、Pro174、Ala175或Tyr183的位置的重链残基限定(形成)。本文提供的“重链残基”是指形成抗体或抗体片段的重链的一部分的残基。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gln39的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Pro40的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Thr91的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Ala92的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Ile93的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Tyr95的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Gln112的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Leu115的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Glu155的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Pro156的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Pro174的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Ala175的位置的重链残基限定(例如形成)。在实施方案中,中央腔由在相应于Kabat位置Tyr183的位置的重链残基限定(例如形成)。
本文提供的中央腔包括肽结合位点(本文也称为中间位结合位点),所述肽结合位点包括构架区氨基酸(FR)残基。在实施方案中,肽结合位点不包括重链或轻链的CDR残基。在实施方案中,肽结合位点包括重链或轻链的FR残基。在实施方案中,肽结合位点包括重链和轻链的FR残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置83的位置的残基、在相应于Kabat位置30的位置的残基或在相应于Kabat位置52的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置40的位置的残基、在相应于Kabat位置41的位置的残基、在相应于Kabat位置30的位置的残基、在相应于Kabat位置52的位置的残基、在相应于Kabat位置83的位置的残基、或在相应于Kabat位置85的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置40的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置41的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置30的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置52的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置83的位置的残基。在实施方案中,肽结合位点包括在相应于Kabat位置85的位置的残基。在实施方案中,形成肽结合位点的残基在公开的美国申请US20120301400 A1中描述,该文献以其全文为所有目的而引入本文。
在实施方案中,中央腔由能结合包括肽基部分的化合物的氨基酸残基限定。因此,在实施方案中,本文提供的肽结合位点能够结合包括肽基部分的化合物。在实施方案中,肽结合位点能结合肽基部分。在实施方案中,本文提供的肽结合位点与包括肽基部分的化合物结合。在实施方案中,肽结合位点与肽基部分结合。在实施方案中,肽基部分是美国申请US20120301400和Avery et al.2015(Scientific Reports 5:7817)所述的部分,所述文献以其全文为所有目的引入本文。
在实施方案中,结合肽结合位点的化合物是肽或者包括肽基部分。在实施方案中,化合物是取代的肽。在实施方案中,肽是5到16个氨基酸长。在实施方案中,化合物包括取代的肽基部分。在实施方案中,肽基部分是5到16个氨基酸长。本文提供的肽或肽基部分也可以称为"中间位"。在实施方案中,肽或肽基部分具有下式:
X1-X2-X3-X4-X5-X6-X7-X8-X9-X10-X11-X12(I).
其中式(I)的序列是肽基部分,本领域技术人员可以立即理解所述肽基部分在一或多个附着点附着于化合物的其余部分。在式(I)中,X1是Cys、Gly、β-丙氨酸、2,3-二氨基丙酸、β-叠氮丙氨酸或不存在;X2是Gln或不存在;X3是Phe、Tyr、β-β’-二苯基-Ala、His、Asp、2-溴-L-苯丙氨酸、3-溴-L-苯丙氨酸、4-溴-L-苯丙氨酸、Asn、Gln、修饰的Phe、可水合的(hydratable)含羰基残基或者含硼酸(boronic acid)残基;X4是Asp或Asn;X5是Leu、β-β’-二苯基-Ala、Phe、苯丙氨酸的非天然类似物、色氨酸、酪氨酸、可水合的含羰基残基或含硼酸残基;X6是Ser或Cys;X7是Thr、Ser或Cys;X8是Arg、修饰的(取代的)Arg、可水合的含羰基或含硼酸残基;X9是Arg或Ala;X10是Leu、Gln、Glu、β-β’-二苯基-Ala、Phe、苯丙氨酸的非天然类似物、色氨酸、酪氨酸、可水合的含羰基残基或含硼酸残基;X11是Lys;X12是Cys、Gly、7-氨基庚酸、β-丙氨酸、二氨基丙酸、炔丙基甘氨酸、异天冬氨酸或不存在;其中修饰的Phe是具有一或多个卤素掺入苯环的Phe,且其中修饰的Arg具有结构式:
Figure BDA0003609895050000261
在式(IA)中,R、R’和R”是独立取代或未取代的烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基、或NHR”’,R’”是取代或未取代的烷基、取代或未取代的芳基、取代或未取代的杂芳基。
在实施方案中,肽是环肽。在实施方案中,肽基部分是环肽基部分。在实施方案中,肽或肽基部分包括二硫键,硫醚键,内酰胺键,环加成。在实施方案中,环肽或环肽基部分的环部分通过X1和X12、X1和X11、X3和X11、X4和X11、或者X2和X12之间的结合而形成。在实施方案中,非天然氨基酸是β-β’-二苯基-Ala、支链烷基、取代或未取代的芳基或者取代或未取代的杂芳基。在实施方案中,一或多个卤素的每一个是邻、间或对溴苯基取代基。
在实施方案中,肽或肽基部分具有下式:
Figure BDA0003609895050000262
在式(II)中,R3是氢、R3A-取代或未取代的芳基,其中R3A是氢、卤素或C1-4未取代的烷基。R3’是氢、R3A’-取代或未取代的芳基,其中R3A’是氢、卤素或C1-4未取代的烷基。R5是R5A-取代或未取代的C1-8(例如C1-4)烷基。R5A是氧、缩醛、缩酮、-B(OH)2、硼酸酯、膦酸酯、原酸酯、-CO2C1-4烷基、-CH=CH-CHO、-CH=CH-C(O)R5A’、-CH=CH-CO2R5A’、-CO2H、-CONH2、或R5A”-取代或未取代的芳基、R5A”-取代或未取代的杂芳基(例如萘基、咪唑、吲哚),其中R5A’是取代或未取代的C1-4烷基及R5A”是-OH、氟、氯、溴或碘。R6是-L6’OH或-L6’SH,其中L6’是取代或未取代的C1-4亚烷基。R7是-L7’OH或-L7’SH,其中L7’是取代或未取代的C1-4烷基。符号m是0、1、2、3、4、或5。
在式(II)中,R8是-OH、-NRaRb、-N(Rc)C(O)Re、或-N(Rc)C(=NRd)Re。Ra是H。Rb是H或任选地由一或多个选自下组的取代基取代的C1-8烷基,所述的组由氧、缩醛、缩酮、-B(OH)2、-SH、硼酸酯、膦酸酯、原酸酯、-CH=CH-CHO、-CH=CH-C(O)C1-4烷基、-CH=CH-CO2C1-4烷基、-CO2H、或-CO2C1-4烷基基团组成。Rc是H、C1-8烷基、C3-8环烷基、支链烷基、或芳基。Rd是H或C1-8烷基、C2-8链烯基、C2-8炔基、C3-8环烷基、支链烷基、或芳基基团,其各自任选地由一或多个选自下组的取代基取代,所述的组由-N3、-NH2、-OH、-SH、卤素、氧、缩醛、缩酮、-B(OH)2、硼酸酯、膦酸酯、原酸酯、-CH=CH-CHO、-CH=CH-C(O)C1-4烷基、-CH=CH-CO2C1-4烷基、-CO2H、和-CO2C1-4烷基基团组成。Re是H、-NHRd,或C1-12烷基、C3-8环烷基、C2-12链烯基、C2-8炔基、或芳基基团,其各自任选由一或多个选自下组的取代基取代,所述的组由-N3、-NH2、-OH、-SH、氧、C2-4缩醛、C2-4缩酮、-B(OH)2、硼酸酯、膦酸酯、原酸酯、-CH=CH-CHO、-CH=CH-C(O)C1-4烷基、-CH=CH-CO2C1-4烷基、和-CO2C1-4烷基基团组成。
在式(II)中,R9是取代或未取代的C1-4烷基。R10是R10A-取代或未取代的C1-8烷基,其中R10A是氧、缩醛(缩醛)、缩酮(ketal)、-B(OH)2、硼酸酯(boronic ester)、膦酸酯、原酸酯、-CH=CH-CHO、-CH=CH-C(O)C1-4烷基、-CH=CH-CO2C1-4烷基、-CO2C1-4烷基、-CO2H、-CONH2、R10B-取代或未取代的苯基、R10B-取代或未取代的萘基、R10B-取代或未取代的咪唑基、或R10B-取代或未取代的吲哚基,其中R10B是-OH或卤素。符号n是0或1。符号p是0或1。
在式(II)中,X是RX-取代的或未取代的C1-8亚烷基、Rx-取代或未取代的C2-8亚链烯基,Rx is氧、-C(O)、-NH2、-NHC(O)或-NHC(O)Ry、其中亚链烯基的一个碳任选由-C(O)NH、5元杂亚芳基或-S-S置换,Ry是-C1-4烷基、-CH(Rz)C(O)或-CH(Rz)CO2H,其中Rz是-H或Rz’-取代或未取代的-C1-4烷基,其中Rz’是-OH、-SH、或-NH2。式(I)或(II)包括所有合适的药物可接受盐。关于肽结合位点(中间位结合位点)和肽(中间位)的概念的更多信息可以在国际申请系列号PCT/US2011/055656、PCT/US2015/053880、PCT/US2012/032938和US申请系列号US 14/453,586中找到,所述文献为所有目的以其全文引入本文。
本文提供的化合物可以包括附着于肽基部分的治疗剂、诊断剂或检测试剂(在本文中也称作检测试剂)。在实施方案中,化合物缀合于治疗剂、诊断剂或检测试剂。在实施方案中,肽基部分(例如式(I)或(II)的肽)缀合于治疗剂、诊断剂或检测试剂。在实施方案中,抗体区缀合于治疗剂、诊断剂或检测试剂。
治疗剂、诊断剂或检测试剂可以通过化学接头附着于本文及其实施方案中提供的化合物(例如附着于肽基部分)和/或抗体区。在实施方案中,化学接头是共价接头、非共价接头、肽接头(包括肽基部分的接头)、可裂解肽接头、取代或未取代的亚烷基、取代或未取代的杂亚烷基、取代或未取代的环亚烷基、取代或未取代的杂环亚烷基、取代或未取代的亚芳基或者取代或未取代的杂亚芳基或者其任意组合。
本文提供的化学接头可以包括多个化学部分,其中多个化学部分的每一个均是化学不同的。在实施方案中,治疗剂、诊断剂或检测试剂通过非共价或共价接头附着于化合物。在实施方案中,治疗剂、诊断剂或检测试剂通过非共价或共价接头附着于肽基部分。在实施方案中,治疗剂、诊断剂或检测试剂通过非共价或共价接头附着于抗体区。典型地,接头可以是本文所述的共价接头并且通过缀合(例如“点击”)化学形成。接头可以进一步是本文所述的可裂解肽接头。当治疗剂、诊断剂或检测试剂形成本文及其实施方案中提供的化合物、肽基部分和/或抗体区的一部分(例如通过共价结合)时,治疗剂、诊断剂或检测试剂可以分别被称为“治疗性部分”、“诊断性部分”或者“可检测部分”。在实施方案中,肽基部分(中间位)含有反应性胺官能团(例如Lysl l),其用于将中间位(肽基部分)缀合于例如支架或接头或者缀合于功能部分如诊断剂,例如本文描述的成像剂或治疗性部分。在实施方案中,硫醇官能团被引入到中间位(肽基部分)上的任何合适位置,并且用含有成像剂的试剂、其它蛋白质和肽、金属螯合剂、siRNA、纳米颗粒和细胞毒性药物选择性修饰。治疗性或诊断性部分与本文提供的肽基部分的偶联可以用本领域公知的并且描述于例如WO 2013055404A1中的肽化学方法学进行,该文献全文为所有目的引入本文。
本文提供的治疗性部分可以包括但不限于肽、蛋白质、核酸、核酸类似物、小分子、抗体、酶、前药、细胞毒性剂(例如毒素)包括但不限于蓖麻蛋白、多柔比星、柔红霉素、紫杉醇、溴化乙锭、丝裂霉素、依托泊苷、鬼臼噻吩苷(tenoposide)、长春新碱、长春碱、秋水仙碱、二羟基炭疽菌素二酮、放线菌素D、白喉毒素、假单胞菌外毒素(PE)A、PE40相思豆毒蛋白和糖皮质激素。在实施方案中,所述治疗性部分是本文描述的抗癌药或者化疗药。在实施方案中,所述治疗性部分是核酸部分、肽基部分或小分子药物部分。在实施方案中,所述治疗性部分是核酸部分。在实施方案中,所述治疗性部分是抗体部分。在实施方案中,所述治疗性部分是肽基部分。在实施方案中,所述治疗性部分是小分子药物部分。在实施方案中,所述治疗性部分是核酸酶。在实施方案中,所述治疗性部分免疫刺激剂。在实施方案中,所述治疗性部分是毒素。在实施方案中,所述治疗性部分是核酸酶。
本文提供的化合物、肽基部分或抗体区可以包括成像或可检测部分。在实施方案中,可检测部分通过共价接头与化合物连接。在实施方案中,可检测部分通过共价接头与抗体区连接。在实施方案中,可检测部分通过共价接头与肽基部分连接。本文提供的“成像或可检测部分”是可通过光谱、光化学、生物化学、免疫化学或其它物理手段检测的单价化合物。在实施方案中,成像部分共价附着于化合物。在实施方案中,成像部分共价附着于抗体区。在实施方案中,成像部分共价附着于肽基部分。举例的成像部分包括但不限于32P、放射核素、正电子发射同位素、荧光染料、荧光团、抗体、生物发光分子、化学发光分子、光活性分子、金属、电子致密试剂、酶(例如ELISA中常用的酶)、磁性成像剂、量子点、纳米颗粒、生物素、地高辛、半抗原和蛋白质或者其它可被检测的实体,例如通过将放射标记掺入与靶肽特异性反应的肽或抗体中。可以采用本领域已知的任何方法将抗体与部分缀合,例如使用Hermanson,Bioconjugate Techniques 1996,Academic Press,Inc.,San Diego中描述的方法。举例的荧光团包括荧光素、若丹明、GFP、香豆素、FITC、AlExa Fluor、Cy3、Cy5、BODIPY和花青染料。举例的放射核素包括氟-18、镓-68和铜-64。举例的磁性成像剂包括钆、氧化铁和铁铂、锰。在实施方案中,成像部分是生物发光分子。在实施方案中,成像部分是光活性分子。在实施方案中,成像部分是金属。在实施方案中,成像部分是纳米颗粒。
本文提供的跨膜结构域是指形成部分生物学膜的多肽。本文提供的跨膜结构域能够从膜的一侧跨越生物学膜(例如细胞膜)到膜的另一侧。在实施方案中,跨膜结构域从细胞膜的胞内侧跨越到胞外侧。跨膜结构域可以包括非极性疏水残基,其将本文及其实施方案中提供的蛋白质锚定在生物学膜(例如T细胞的细胞膜)中。能够锚定本文及其实施方案中提供的蛋白质的任何跨膜结构域均包括在本发明中。在实施方案中,跨膜结构域是L-选择蛋白(L-selectin)。本文提供的术语“L-选择蛋白”包括任何重组或天然发生形式的L-选择蛋白,也称为CD62L,或者其保持L-选择蛋白活性(例如与L-选择蛋白相比在至少50%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%活性内)的变体或同系物。在实施方案中,所述变体或同系物与天然发生的L-选择蛋白多肽相比在全序列或部分序列(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)范围具有至少90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%氨基酸序列相同性。在实施方案中,L-选择蛋白是NCBI序列参考GI:262206315的蛋白质,其同系物或功能片段。跨膜结构域的非限制性例子包括CD8、CD4或CD3-ζ的跨膜结构域。
在实施方案中,跨膜结构域是CD28跨膜结构域。本文提供的术语"CD28跨膜结构域"包括任何重组或天然发生形式的CD28跨膜结构域,或者保持CD28跨膜结构域活性的变体或同系物(例如与CD28跨膜结构域相比在至少50%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%活性内)。在一些方面,所述变体或同系物与天然发生的CD28跨膜结构域多肽相比在全序列或部分序列(例如50、100、150或200个连续氨基酸部分)范围内具有至少90%、95%、96%、97%、98%、99%或100%氨基酸序列相同性。在实施方案中,CD28跨膜结构域是SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:2的蛋白质、其同系物或功能片段。在实施方案中,CD28是NCBI序列参考GI:340545506的蛋白质,其同系物或功能片段。
在实施方案中,跨膜结构域SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10的蛋白质,其同系物或功能片段。
在实施方案中,本文提供的分离的核酸包括胞内T细胞信号传导序列,其编码胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。本文提供的"胞内T细胞信号传导结构域"包括能够提供应答抗原与本文包括实施方案中提供的抗体区的结合的初级信号传导的氨基酸序列。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域的信号传导导致表达其的T细胞的活化。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域的信号传导导致表达其的T细胞的增殖(细胞分裂)。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域的信号传导导致所述T细胞表达现有技术中已知是活化T细胞特征的蛋白质(例如CTLA-4、PD-1、CD28、CD69)。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域包括人CD3复合物的ζ链的信号传导结构域。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是SEQ ID NO:11。
在实施方案中,本文提供的分离的核酸包括胞内共刺激信号传导序列,其编码胞内共刺激信号传导结构域。本文提供的"胞内共刺激信号传导结构域"包括能够提供应答抗原与本文包括实施方案中提供的抗体区的结合的共刺激信号传导的氨基酸序列。在实施方案中,共刺激信号传导结构域的信号传导导致产生细胞因子和表达其的T细胞的增殖。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域或者OX-40胞内共刺激信号传导结构域。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域包括CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域、OX-40胞内共刺激信号传导结构域或其任何组合。举例的胞内共刺激信号传导结构域包括序列及登录号列于表2。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域包括SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16的蛋白质。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域是SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16。
在实施方案中,本文提供的分离的核酸包括编码接头结构域的接头序列。在实施方案中,接头结构域是在跨膜结构域和胞内T细胞信号传导结构域之间。在实施方案中,接头结构域是在胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域之间。
在实施方案中,接头结构域包括序列GGCGG或GGG。
在实施方案中,本文提供的分离的核酸包括间隔物序列,其编码间隔物区。在实施方案中,间隔物区是在跨膜结构域和抗体区之间。本文提供的“间隔物区”是连接抗体区与跨膜结构域的多肽。在实施方案中,间隔物区连接重链恒定区与跨膜结构域。
在实施方案中,与缺少间隔物区相比,抗体区与抗原的结合亲和性增加。在实施方案中,抗体区与抗原之间的立体阻碍在间隔物区存在下被降低。
在实施方案中,间隔物区包括Fc区。本文提供的组合物和方法涉及的间隔物区的例子包括不限于免疫球蛋白分子或其片段(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)和包括影响Fc受体结合的突变的免疫球蛋白分子或其片段(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)。在实施方案中,间隔物区是IgG(例如IgG4)的片段,其中所述片段包括CH2结构域的缺失。间隔物区可以是肽接头。在实施方案中,间隔物区是丝氨酸-甘氨酸接头。在实施方案中,间隔物区具有序列GGSG。在实施方案中,间隔物区具有序列GSGSGSGS。在实施方案中,间隔物区至少4个氨基酸长。在实施方案中,间隔物区是大约4个氨基酸长。在实施方案中,间隔物区是4到250个氨基酸长。间隔物区可以包括能够延长本文提供的蛋白质的体内(例如血浆)半衰期的残基。在实施方案中,间隔物区是10个氨基酸长。在实施方案中,间隔物区是229个氨基酸长。在实施方案中,间隔物区是GGGSSGGGSG。间隔物区可以被"PAS化(pasylated)"。术语"PAS化(pasylated)"或"PAS化(pasylation)"以其常规含义使用,是指氨基酸序列由于其脯氨酸、丙氨酸和丝氨酸的高含量形成高度可溶的生物学聚合物。因此,在实施方案中,间隔物区组合包括大约200个脯氨酸、丙氨酸和丝氨酸残基。在实施方案中,间隔物区组合包括大约10到大约200个脯氨酸、丙氨酸和丝氨酸残基。在实施方案中,间隔物区包括疏水残基。在实施方案中,重组蛋白不包括间隔物区。在实施方案中,核酸不包括编码间隔物区的间隔物序列。在实施方案中,核酸不包括编码WO 2015105522 A1中所述的间隔物区的间隔物序列。
在实施方案中,核酸包括(i)编码蛋白质的重链结构域的重链序列,所述重链结构域包括重链可变结构域和跨膜结构域;及(ii)编码蛋白质的轻链结构域的轻链序列,所述轻链结构域包括轻链可变结构域,其中所述重链可变结构域和轻链可变结构域一起形成至少一部分抗体区。
在实施方案中,分离的核酸从5'到3'末端编码:轻链序列、重链序列、跨膜序列和胞内共刺激信号传导序列。在实施方案中,分离的核酸从5'到3'末端编码:重链序列、跨膜序列、胞内共刺激信号传导序列和轻链序列。在实施方案中,分离的核酸从5'到3'末端编码:轻链序列、自裂解肽接头序列、重链序列、间隔物序列、跨膜序列、胞内共刺激信号传导序列和胞内T细胞信号传导序列。在实施方案中,分离的核酸从5'到3'末端编码:重链序列、间隔物序列、跨膜序列、胞内共刺激信号传导序列、胞内T细胞信号传导序列、自裂解肽接头序列和轻链序列。
本文提供的“轻链序列”是指编码本文提供的轻链结构域的核酸序列。本文提供的轻链结构域可以包括轻链可变(VL)区和/或轻链恒定区(CL)。本文提供的“重链序列”是指编码本文提供的重链结构域的核酸序列。本文提供的重链结构域可以包括重链可变(VH)区和/或重链恒定区(CH)。本文提供的“跨膜序列”是指编码本文提供的跨膜结构域的核酸序列。本文提供的“胞内T细胞信号传导序列”是指编码本文提供的胞内T细胞信号传导结构域的核酸序列。本文提供的“胞内共刺激信号传导序列”是指编码本文提供的胞内共刺激信号传导结构域的核酸序列。
在实施方案中,分离的核酸包括编码重链序列和轻链序列之间的自裂解肽基结构域的自裂解肽序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是T2A序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是T2A序列或2A序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是口蹄疫病毒序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是PVKQLLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:83)。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是马鼻炎A病毒序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是QCTNYALLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:84)。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是猪捷申病毒1序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是ATNFSLLKQAGDVEENPGP(SEQ ID NO:85)。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是明脉扁刺蛾β四体病毒(Thosea asigna virus)序列。在实施方案中,自裂解肽基接头序列是EGRGSLLTCGDVESNPGP(SEQ ID NO:86)。在实施方案中,轻链序列位于重链序列的3'。在实施方案中,轻链序列位于重链序列的5'。
在实施方案中,抗体区是西妥昔单抗中间位允许的结构域、曲妥珠单抗中间位允许的结构域、帕妥珠单抗中间位允许的结构域、M5A中间位允许的结构域或利妥昔单抗中间位允许的结构域。在实施方案中,抗体区是人源化西妥昔单抗中间位允许的结构域。在实施方案中,抗体区是人源化利妥昔单抗中间位允许的结构域。
在另一方面,提供了分离的核酸。所述分离的核酸编码包括第一部分和第二部分的蛋白质,所述第一部分包括抗体重链可变结构域,所述第二部分包括抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中所述第一部分进一步包括跨膜结构域。在实施方案中,所述蛋白质是SEQ ID NO:17的蛋白质。在实施方案中,所述蛋白质是SEQ ID NO:28的蛋白质。在实施方案中,所述蛋白质是SEQ ID NO:98的蛋白质。在实施方案中,所述蛋白质是SEQ IDNO:110的蛋白质。
在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:18的信号肽、SEQ IDNO:19的重链结构域、SEQ ID NO:20的铰链区、SEQ ID NO:21的间隔物区、SEQ ID NO:22的跨膜结构域、SEQ ID NO:23的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:24的接头结构域、SEQ ID NO:25的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:26的第一自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:29的标记肽、SEQ ID NO:30的第二自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:18的信号肽和SEQ ID NO:27的轻链结构域。在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQID NO:18的信号肽、SEQ ID NO:19的重链结构域、SEQ ID NO:20的铰链区、SEQ ID NO:21的间隔物区、SEQ ID NO:22的跨膜结构域、SEQ ID NO:23的胞内共刺激信号传导结构域、SEQID NO:24的接头结构域、SEQ ID NO:25的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:26的第一自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:29的标记肽、SEQ ID NO:30的第二自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:18的信号肽或SEQ ID NO:27的轻链结构域。在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:18的信号肽、SEQ ID NO:19的重链结构域、SEQ ID NO:20的铰链区、SEQ ID NO:21的间隔物区、SEQ ID NO:22的跨膜结构域、SEQ ID NO:23的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:24的接头结构域、SEQ ID NO:25的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:26的自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:18的信号肽和SEQ ID NO:27的轻链结构域。在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:18的信号肽、SEQID NO:19的重链结构域、SEQ ID NO:20的铰链区、SEQ ID NO:21的间隔物区、SEQ ID NO:22的跨膜结构域、SEQ ID NO:23的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:24的接头结构域、SEQ ID NO:25的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:26的自裂解肽基接头结构域、SEQID NO:18的信号肽或SEQ ID NO:27的轻链结构域。
术语“信号肽”在本文中是指其在本领域中的通常含义,是指具有大约5-30个氨基酸的肽。信号肽存在于新合成的组成分泌途径的一部分的蛋白质的N末端。分泌途径的蛋白质包括但不限于位于一些细胞器(内质网、高尔基体或内体(endosome))内部的蛋白质,从细胞分泌的蛋白质或者插入到细胞膜中的蛋白质。在实施方案中,信号肽组成蛋白质的跨膜结构域的一部分。
本文中的术语“重链结构域”根据其在本领域中的通常含义使用,是指包括重链可变(VH)区和重链恒定区(CH)的多肽。本文中的术语“轻链结构域”根据其在本领域中的通常含义使用,是指包括轻链可变(VL)区和轻链恒定区(CL)的多肽。
在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:87的信号肽、SEQ IDNO:88的轻链结构域、SEQ ID NO:89的自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:90的重链结构域、SEQ ID NO:91的铰链区、SEQ ID NO:92的第一间隔物区、SEQ ID NO:93的第二间隔物区、SEQ ID NO:94的跨膜结构域、SEQ ID NO:95的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:96的接头结构域和SEQ ID NO:97的胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:87的信号肽、SEQ ID NO:88的轻链结构域、SEQ ID NO:89的自裂解肽基接头结构域、SEQ ID NO:90的重链结构域、SEQ ID NO:91的铰链区、SEQ IDNO:92的第一间隔物区、SEQ ID NO:93的第二间隔物区、SEQ ID NO:94的跨膜结构域、SEQID NO:95的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:96的接头结构域或SEQ ID NO:97的胞内T细胞信号传导结构域。
在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:99的信号肽、SEQ IDNO:100的重链结构域、SEQ ID NO:101的铰链区、SEQ ID NO:102的第一间隔物区、SEQ IDNO:103的第二间隔物区、SEQ ID NO:104的跨膜结构域、SEQ ID NO:105的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ ID NO:106的接头结构域和SEQ ID NO:107的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:108的自裂解肽基接头结构域、和SEQ ID NO:109的轻链结构域。在实施方案中,所述蛋白质从N末端到C末端包括:SEQ ID NO:99的信号肽、SEQ ID NO:100的重链结构域、SEQ ID NO:101的铰链区、SEQ ID NO:102的第一间隔物区、SEQ ID NO:103的第二间隔物区、SEQ ID NO:104的跨膜结构域、SEQ ID NO:105的胞内共刺激信号传导结构域、SEQ IDNO:106的接头结构域和SEQ ID NO:107的胞内T细胞信号传导结构域、SEQ ID NO:108的自裂解肽基接头结构域、或SEQ ID NO:109的轻链结构域。
在实施方案中,所述第一部分进一步包括胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是SEQ ID NO:11。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,所述第一部分包括胞内共刺激信号传导结构域。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域、或OX-40胞内共刺激信号传导结构域。在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域是SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14、SEQ ID NO:15或SEQ ID NO:16。
在实施方案中,所述第一部分包括接头结构域。在实施方案中,接头结构域位于跨膜结构域和胞内T细胞信号传导结构域之间。在实施方案中,结构域位于胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域之间。在实施方案中,接头结构域包含序列GGCGG或GGG。
在实施方案中,所述第一部分包括CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域。在实施方案中,所述第一部分从氨基末端到羧基末端包括:重链可变结构域、重链恒定结构域、跨膜结构域、CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域。
在实施方案中,本文提供的分离的核酸分子包括位于重链可变结构域和跨膜结构域之间的间隔物区。在实施方案中,间隔物区包括铰链区。在实施方案中,铰链区是CD8铰链区。在实施方案中,铰链区是CD28铰链区。本文提供的“间隔物区”是连接抗体重链可变结构域与跨膜结构域的多肽。当本文及其实施方案中提供的蛋白质的第一部分包括重链恒定结构域时,所述重链恒定结构域连接重链可变结构域与间隔物区,并且间隔物区连接重链恒定结构域与跨膜结构域。因此在实施方案中,间隔物区连接重链可变结构域与跨膜结构域。在实施方案中,间隔物区连接重链恒定结构域与跨膜结构域。
在实施方案中,抗体重链可变结构域和抗体轻链可变结构域是人源化的。在实施方案中,所述第一部分包括重链恒定结构域。在实施方案中,分离的核酸包括位于第一部分和第二部分之间的自裂解肽基序列。在实施方案中,自裂解肽基编码序列是T2A编码序列或者2A编码序列。在实施方案中,自裂解肽基编码序列是T2A编码序列或2A编码序列在实施方案中,编码第二部分的核酸序列在编码第一部分的核酸序列的3'。
在实施方案中,本文及其实施方案中提供的蛋白质或抗体区与一或多种已知抗体竞争抗原结合,特异性结合一或多种已知抗体结合的相同抗原或表位,和/或含有一或多种已知抗体的一个、多个或全部CDR(或者包含与所示CDR至少大约75、80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98、或99%相同性的CDR),例如包括重链CDR1、2和/或3和/或轻链CDR1、2和/或3,所述一或多种已知抗体包括任何商业可获得的抗体,如阿巴伏单抗、阿昔单抗、阿达木单抗、阿德木单抗、阿仑珠单抗、阿妥莫单抗、阿妥莫单抗喷替酸、anatumomab、麻安莫单抗、阿西莫单抗、atlizumab、巴利昔单抗、贝妥莫单抗、ectumomab、贝利木单抗、benralizumab、贝伐珠单抗、brentuximab、canakinumab、卡罗单抗、卡罗单抗喷地肽、卡妥索单抗、certolizumab、clivatuzumab tetraxetan、达珠单抗、地舒单抗、依库珠单抗、依决洛单抗、依法珠单抗、埃达珠单抗、厄马索单抗、fanolesomab、Fbta05、芳妥珠单抗、吉妥珠单抗、吉瑞昔单抗、戈利木单抗、替伊莫单抗、伊戈伏单抗、英夫利昔单抗、伊匹木单抗、labetuzumab、美泊利单抗、莫罗单抗、莫罗单抗-CD3、那他珠单抗、奈昔木单抗、尼妥珠单抗、奥法木单抗、奥马珠单抗、奥戈伏单抗、帕利珠单抗、帕木单抗、雷珠单抗、利妥昔单抗、沙妥莫单抗、硫索单抗、替伊莫单抗、替伊莫单抗(ibritumomab tiuxetan)、托珠单抗、托西莫单抗、曲妥珠单抗、Trbs07、乌司奴单抗、维西珠单抗、伏妥莫单抗、zalutumumab、和/或brodalumab、和/或安芦珠单抗、巴匹珠单抗、dalotuzumab、demcizumab、ganitumab、inotuzumab、mavrilimumab、moxetumomab pasudotox、利妥木单抗、西法木单抗、他尼珠单抗、tralokinumab、曲美木单抗、urelumab、由杂交瘤10B5产生的抗体(参见Edelson&Unanue,Curr Opin Immunol,2000Aug;12(4):425-31)、B6H12.2(abcam)或其它抗-CD47抗体(参见Chao et al.,Cell,142,699–713,September 3,2010)。
在实施方案中,所述蛋白质或抗体区特异性结合选自下组的抗原:CA-125、糖蛋白(GP)IIb/IIIa受体、TNF-α、CD52、TAG-72、癌胚抗原(CEA)、白介素-6受体(IL-6R)、IL-2、白介素-2受体a-链(CD25)、CD22、B细胞活化因子、白介素-5受体(CD125)、VEGF、VEGF-A、CD30、IL-1β、前列腺特异性膜抗原(PSMA)、CD3、EpCAM、EGF受体(EGFR)、MUC1、人白介素-2受体、Tac、RANK配体、补体蛋白、例如C5、EpCAM、CD11a、例如人CD11a、整合素(例如α-vβ-整合素、玻连蛋白受体αvβ3整合素)、HER2、neu、CD3、CD15、CD20(小和/或大环)、干扰素γ、CD33、CA-IX、TNFα、CTLA-4、癌胚抗原、IL-5、CD3ε、CAM、α-4-整合素、IgE(例如IgE Fc区)、RSV抗原(例如呼吸合胞病毒(RSV)的F蛋白)、TAG-72、NCA-90(粒细胞抗原)、IL-6、GD2、GD3、IL-12、IL-23、IL-17、CTAA16.88、IL13、白介素-1β、β-淀粉样蛋白、IGF-1受体(IGF-1R)、δ-样配体4(DLL4)、粒细胞巨噬细胞集落刺激因子受体的α亚基、肝细胞生长因子、IFN-α、神经生长因子、IL-13、CD326、编程细胞死亡1配体1(PD-L1、a.k.a.CD274、B7-H1)、CD47、和CD137。
在实施方案中,所述蛋白质或抗体区是抗CD19蛋白、抗CD20蛋白、抗CD22蛋白、抗CD30蛋白、抗CD33蛋白、抗CD44v6/7/8蛋白、抗CD123蛋白、抗CEA蛋白、抗EGFP-2蛋白、抗EGP-40蛋白、抗erb-B2蛋白、抗erb-B2,3,4蛋白、抗FBP蛋白、抗胎儿乙酰胆碱受体蛋白、抗GD2蛋白、抗CD3蛋白、抗Her2/neu蛋白、抗IL-13R-a2蛋白、抗KDR蛋白、抗k-轻链蛋白、抗LeY蛋白、抗L1细胞粘附分子蛋白、抗MAGE-A1蛋白、抗间皮素蛋白、抗小鼠CMV感染的细胞蛋白、抗MUC2蛋白、抗NKGD2蛋白、抗癌胚抗原蛋白、抗PCSA蛋白、抗PSMA蛋白、抗TAA(由mAb IfE靶向)蛋白、抗EGFR蛋白、抗TAG-72蛋白或抗VEGF-72蛋白。
在实施方案中,所述蛋白质或者抗体区具有轻链序列,包括根据Kabat编号的P8、V9或I9、I10或L10、Q38、R39、T40、N41 G42、S43、P44、R45、D82、I83、A84、D85、Y86、Y87、G99、A100、G101、T102、K103、L104、E105、R142、S162、V163、T164、E165、Q166、D167、S168、和/或Y173,和/或具有重链,所述重链具有根据Kabat编号的Q6、P9、R38、Q39、S40、P41、G42、K43、G44、L45、S84、D86、T87、A88、I89、Y90、Y91、W103、G104、Q105、G106、T107、L108、V111、T110、Y147、E150、P151、V152、T173、F174、P175、A176、V177、Y185、S186、和/或L187。
本发明还提供了包括与一或多种本文提供的化合物结合的抗体区或蛋白质的复合物,所述化合物包括肽基部分。所述抗体区或蛋白质可以是本文描述的任何抗体,包括其片段。所述一或多种本文提供的包括肽基部分的化合物可以包括任何一或多种本文描述的化合物,如这一部分描述的那些,包括单价或多价化合物,及标记的化合物。
在另一方面,提供了包括本文及其实施方案中提供的核酸的表达载体。在实施方案中,所述表达载体是病毒载体。在实施方案中,所述病毒是慢病毒或肿瘤逆转录病毒(onco-retrovirus)。在实施方案中,所述病毒是慢病毒或肿瘤逆转录病毒。
在另一方面,提供了包括本文及其实施方案中提供的表达载体的哺乳动物细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是天然杀伤(Nk)细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是诱导的多能干细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是造血干细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞包括第一多肽和第二多肽,所述第一多肽包括重链可变结构域、重链恒定结构域、跨膜结构域、CD3ζ信号传导结构域和共刺激T细胞信号传导结构域,所述第二多肽包括轻链可变结构域和轻链恒定结构域。
在另一方面,提供了包括本文及其实施方案中提供的表达载体的T淋巴细胞。在实施方案中,所述T淋巴细胞包括第一多肽和第二多肽,所述第一多肽包括重链可变结构域、重链恒定结构域、跨膜结构域、CD3ζ信号传导结构域和共刺激T细胞信号传导结构域,所述第二多肽包括轻链可变结构域和轻链恒定结构域。
重组蛋白
在另一方面,提供了重组蛋白。重组蛋白包括(i)抗体区,其包括由重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区形成的中央腔,其中所述中央腔形成包括构架区氨基酸残基的肽结合位点;和(ii)跨膜结构域。在实施方案中,抗体区进一步包括重链恒定区(CH)和轻链恒定区(CL)。在实施方案中,抗体区包括Fc结构域。在实施方案中,抗体区是人源化抗体区(例如人源化小鼠抗体区)。在实施方案中,抗体区不包括scFv抗体区。
在实施方案中,蛋白质进一步包括本文描述的胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。在实施方案中,蛋白质进一步包括胞内共刺激信号传导结构域.在实施方案中,胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域,4-1BB胞内共刺激信号传导结构域,ICOS胞内共刺激信号传导结构域或者OX-40胞内共刺激信号传导结构域。
在实施方案中,蛋白质进一步包括间隔物区域。在实施方案中,间隔物区域是在跨膜结构域和抗体区之间。
在实施方案中,蛋白质进一步包括接头结构域。在实施方案中,接头结构域在跨膜结构域和胞内T细胞信号传导结构域之间。在实施方案中,接头结构域在胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域之间。在实施方案中,接头结构域包括序列GGCGG或GGG。在实施方案中,抗体区是西妥昔单抗中间位允许的结构域、曲妥珠单抗中间位允许的结构域、帕妥珠单抗中间位允许的结构域、M5A中间位允许的结构域或者利妥昔单抗中间位允许的结构域。在实施方案中,包括肽基部分的化合物结合于肽结合位点。在实施方案中,所述化合物是多价中间位。本文提供的“多价中间位”是本文描述的肽基部分。因此,多价中间位能够结合本文及其实施方案提供的肽结合位点。在实施方案中,多价中间位与限定肽结合位点的FR结合。在实施方案中,多价中间位通过化学接头与治疗性或诊断性部分结合。在实施方案中,多价中间位具有式(I)或(II)的结构。所述蛋白质和化合物可以是本文及其实施方案中描述的任何蛋白质或化合物。
在另一方面,提供了重组蛋白。所述重组蛋白包括第一部分和第二部分,所述第一部分包括抗体重链可变结构域,所述第二部分包括抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中所述第一部分进一步包括跨膜结构域,且其中所述抗体重链可变结构域、抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域一起形成抗体区。
在另一方面,提供了包括本文及其实施方案中提供的重组蛋白的哺乳动物细胞,其中跨膜结构域在所述哺乳动物细胞的细胞膜内。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是天然杀伤(Nk)细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是诱导的多能干细胞。在实施方案中,所述哺乳动物细胞是造血干细胞。
在另一方面,提供了包括本文及其实施方案中提供的重组蛋白的T淋巴细胞,其中跨膜结构域在所述T淋巴细胞的细胞膜内。
药物组合物
本发明提供的药物组合物(例如本文提供的蛋白质和化合物)包括其中以治疗有效量即有效实现其目的的量包含活性成分(例如本文包括实施方案或实施例描述的组合物)的组合物。针对特定应用的实际有效量特别取决于待治疗的症状。当在治疗疾病的方法中被施用时,本文描述的重组蛋白含有有效实现所希望的结果的量的活性成分,所述希望的结果例如是调节靶分子的活性,和/或降低、消除或减缓疾病症状的进展。确定本发明化合物的治疗有效量属于本领域技术人员能力范畴,特别是参照本文的详细说明。
给哺乳动物施用的剂量和频率(单剂或多剂)取决于多种因素,例如哺乳动物是否患有另一种疾病,以及其给药途径;接受者的身材、年龄、性别、健康、体重、身体质量指数和饮食;被治疗疾病的症状性质和程度(例如癌症症状和这种症状的严重性),并行治疗的种类,被治疗疾病的并发症或者其它健康相关问题。其它治疗方案或治疗剂可以与本发明方法和化合物组合使用。已确立的剂量的调整和操作(例如频率和持续时间)属于本领域技术人员能力范畴。
对于本文提供的任何组合物(例如重组蛋白、核酸),治疗有效量可以最初从细胞培养测定确定。靶浓度是通过用本文描述的方法或现有技术已知的方法测量能够实现本文描述方法的活性化合物浓度。本领域熟知,用于人类的有效量也可以从动物模型确定。例如可以配制用于人类的剂量以达到在动物中发现有效的浓度。人类中的剂量可以通过监测有效性及向上或向下调整剂量而调整,如上所述。基于上述方法和其它方法调整剂量以实现人类中的最大功效属于本领域技术人员能力范畴。
剂量可以根据患者需要及被采用的化合物而变化。本发明中给患者施用的剂量应该足以随着时间在患者中实现有益的治疗应答。剂量大小也通过任何副作用的存在、性质和程度而确定。确定针对特定情况的合适剂量是本领域技术人员的能力范围。通常,开始治疗时使用较小量,其小于化合物最佳剂量。之后,小量增加剂量直至实现该情况下最佳作用。
可以针对个体调整剂量和间隔以提供对于正在治疗的特定临床适应症有效的被施用化合物的水平。这将提供与个体疾病状态严重性相符合的治疗方案。
使用本文教导,可以计划有效的预防或治疗方案,其不导致实质毒性,但是对于治疗特定患者的临床症状是有效的。这种计划应该包括通过考虑诸如化合物功效、相对生物利用度、患者体重、副作用存在和严重性等因素而小心选择活性化合物。
“药物可接受赋形剂”和“药物可接受载体”是指有助于活性物质给予对象且对象吸收的物质,其可以包括在本发明组合物中而不引起患者的显著毒副作用。药物可接受赋形剂的非限制性例子包括水、NaCl、生理盐水、乳酸化Ringer's、正常蔗糖、正常葡萄糖、粘合剂、填充剂、崩解剂、润滑剂、包衣、甜味剂、香味剂、盐溶液(如Ringer's溶液)、醇、油、明胶、碳水化合物如乳糖、直链淀粉或淀粉、脂肪酸脂、羟甲基纤维素、聚乙烯比咯烷酮和着色剂等。这种制备物可以被灭菌,如果希望,可以与辅助制剂如润滑剂、防腐剂、稳定剂、润湿剂、乳化剂、影响渗透压的盐、缓冲剂、着色剂和/或芳香物质等混合,这些辅助制剂不与本发明化合物有害反应。本领域技术人员理解其它药物赋形剂可以用于本发明。
术语“药物可接受的盐”是指衍生自本领域熟知的各种有机和无机抗衡离子的盐,包括例如钠、钾、钙、镁、铵、四烷基铵等;以及当分子含有碱性官能团时,有机或无机酸的盐,如盐酸盐、氢溴酸盐、酒石酸盐、甲磺酸盐、乙酸盐、马来酸盐、草酸盐等。
术语“制备物”包括活性化合物与作为载体的包囊材料配制以提供胶囊,其中化学成分被载体包围然后与其结合,具有或不具有其它载体。类似地也包括扁囊剂(cachets)和锭剂(lozenges)。片剂、粉末剂、胶囊剂、丸剂、扁囊剂和锭剂可以用作固体剂型,适于口服。.
药物制备物任选为单位剂型。在这种形式中,制备物被亚分成含有合适量活性成分的单位剂量。单位剂型可以是包装制备物,包装含有独立量的制备物,如包装片剂、胶囊剂和在小瓶或安瓿中的粉末剂。另外,单位剂型可以是胶囊剂、片剂、扁囊药剂或锭剂本身,或者其可以是合适数量的包装形式的这些剂型的任一种。单位剂型可以是冷冻分散剂。
治疗方法
在另一方面,提供了治疗癌症的方法。所述方法包括给有需要的对象施用有效量的本文及其实施方案中提供的哺乳动物细胞,其中抗体区是抗癌抗体区。
在另一方面,提供了治疗癌症的方法。所述方法包括给有需要的对象施用有效量的本文及其实施方案中提供的T淋巴细胞,其中抗体区是抗癌抗体区。在实施方案中,T淋巴细胞是自体T淋巴细胞。在实施方案中,T淋巴细胞是异源(heterologous)T淋巴细胞。在实施方案中,癌症是实体瘤癌症或血液恶性。在实施方案中,癌症是卵巢癌、肾细胞癌、B细胞恶性肿瘤、白血病、淋巴瘤、乳腺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、神经母细胞瘤、黑素瘤、髓母细胞瘤、肺癌、骨肉瘤、胶质母细胞瘤或神经胶质瘤。在实施方案中,白血病是急性淋巴样白血病。在实施方案中,白血病是慢性淋巴细胞型白血病。在实施方案中,白血病是急性髓样白血病。在实施方案中,白血病是慢性髓样白血病。
在另一方面,提供了重编程T淋巴细胞的方法。所述方法包括将T淋巴细胞与本文及其实施方案中提供的表达载体接触。
在另一方面,提供了检测癌症的方法。所述方法包括(i)给癌症患者施用有效量的T淋巴细胞,包括本文及其实施方案中提供的重组蛋白和包括能结合肽结合位点的肽基部分的化合物,其中所述化合物进一步包括检测标记,且其中抗体区是抗癌抗体区。所述方法包括(ii)使所述化合物结合所述肽结合位点,由此形成重组蛋白-化合物复合物。及(iii)在癌症患者内检测所述重组蛋白-化合物复合物以检测癌症。
如本文所用,“治疗”或“减轻(palliating)”或“改善(ameliorating)”在本文中可互换使用。这些术语是指获得有益或希望结果包括但不限于治疗益处和/或预防益处的方法。治疗益处是指根除或改善正在治疗的潜在疾病。另外,根除或改善与潜在疾病相关的一或多种生理学症状由此在患者中观测到改善则实现了治疗益处,而无论患者仍然被潜在疾病折磨。对于预防益处,组合物可以被施用至处于发生特定疾病风险中的患者,或者被给予报道疾病的一或多种生理学症状,但是可能还没有诊断该疾病的患者。治疗包括预防疾病,即在诱导疾病之前通过施用保护性组合物而导致疾病临床症状不发生;压制(suppressing)疾病,即在诱导事件之后但在临床出现或重现疾病之前通过给予保护性组合物而使疾病临床症状不发生;抑制(inhibiting)疾病,即在初次出现之后通过给予保护性组合物而停滞临床症状发展;预防疾病复发和/或缓解疾病,即在初次出现之后通过给予保护性组合物而导致临床症状消退。例如本文一些方法治疗癌症(例如肺癌、卵巢癌、骨肉瘤、膀胱癌、宫颈癌、肝癌、肾癌、皮肤癌(例如Merkel细胞癌)、睾丸癌、白血病、淋巴瘤、头颈部癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌、黑素瘤、乳腺癌、神经母细胞瘤)。例如本文一些方法通过降低或预防癌症的发生、生长、转移或进展而治疗癌症,或者通过降低癌症症状而治疗癌症。癌症(例如肺癌、卵巢癌、骨肉瘤、膀胱癌、宫颈癌、肝癌、肾癌、皮肤癌(例如Merkel细胞癌)、睾丸癌、白血病、淋巴瘤、头颈部癌、结肠直肠癌、前列腺癌、胰腺癌、黑素瘤、乳腺癌、神经母细胞瘤)的症状是本领域技术人员已知的或者可以确定的。
如本文所用,术语“治疗”是指降低疾病或病症的一或多种特征在于蛋白酶表达的症状的作用,或者特征在于蛋白酶表达的疾病或病症的症状。因此,在所述方法中,治疗可以指已确立疾病、病症或者疾病或病症的症状降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。例如如果与对照相比对象中疾病的一或多种症状降低10%,则治疗疾病的方法被认为是治疗。因此,降低可以是与天然或对照水平相比降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、或者10%和100%之间任何百分比的降低。应理解治疗不必需指治愈或者完全消除疾病、病症或者疾病或病症的症状。例如如本文所用,降低或抑制包括与对照水平相比变化10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更高,这些术语可以包括但不必需包括完全消除。
“有效量”是足以实现所述目的的量(例如实现给药作用,治疗疾病,降低酶活性,降低疾病或病症的一或多种症状)。“有效量”的一个例子是足以有助于治疗、预防或降低疾病的一或多种症状的量,其也可以被称为“治疗有效量”。“降低”一或多种症状(及这一短语的语法等价物)是指降低症状的严重性或频率,或者消除症状。药物的“预防有效量”是当给对象施用时具有目的预防作用的药物量,例如预防或延迟损伤、疾病、病理学或病症的发作(或复发),或者降低损伤、疾病、病理学或病症或它们的症状的发作(或复发)概率。施用一个剂量不是必需发生完全预防作用,可以在施用一系列剂量后发生。因此,预防有效量可以一或多次施用。本文所用“活性降低量”是指相对于不存在拮抗剂时降低酶或蛋白质活性所需的拮抗剂的量。本文所用“功能破坏量”是指相对于不存在拮抗剂时破坏酶或蛋白质功能所需的拮抗剂的量。可以在文献中找到给定类别药品的合适剂量的指南。例如对于给定参数,有效量可以显示增加或降低至少5%、10%、15%、20%、25%、40%、50%、60%、75%、80%、90%或至少100%。功效也可以表示为增加或降低“倍”。例如治疗有效量可以具有相对于对照至少1.2倍、1.5倍、2倍、5倍或更高的作用。精确的量取决于治疗目的,并且可以由本领域技术人员使用公知技术确定(参见例如Lieberman,Pharmaceutical Dosage Forms(vols.1-3,1992);Lloyd,The Art,Science and Technology of PharmaceuticalCompounding(1999);Pickar,Dosage Calculations(1999);and Remington:The Scienceand Practice of Pharmacy,20th Edition,2003,Gennaro,Ed.,Lippincott,Williams&Wilkins)。
如本文所用,术语“施用”是指口服施用、作为栓剂施用、局部接触、静脉内、腹膜内、肌内、病灶内(intralesional)、鞘内、鼻内或皮下施用,或者植入缓释装置,例如微渗透泵,给对象。通过任何途径施用,包括肠胃外和跨粘膜(例如颊内、舌下、经腭、经齿龈、经鼻、阴道内、直肠内或经皮)。肠胃外给予包括例如静脉内、肌内、小动脉内、皮内、皮下、腹膜内、心室内和颅内。其它输送模式包括但不限于使用脂质体配制物、静脉内输注、经皮贴剂等。“共施用”是指本文描述的组合物在一或多种额外疗法施用的同时、稍稍之前或者稍稍之后施用,所述额外疗法例如是癌症疗法如化疗、激素疗法、放疗或免疫疗法。本发明的化合物可以单独施用,或者可以共施用至患者。共施用包括单独或者组合(一种以上化合物)同时或顺序施用化合物。因此,制备物在希望时也可以与其它活性物质组合(例如降低代谢物降解)。本发明的组合物可以经皮、经局部途径输送,可以配制为施用棒、溶液、悬浮液、乳液、凝胶、霜剂、软膏、糊剂(pastes)、啫喱、涂剂(paints)、粉末和气溶胶。
本发明的组合物可以额外包括提供缓释和/或舒适的成分。这些成分包括高分子量阴离子伪粘膜聚合物、胶凝多糖和细分的药物载体基质。这些成分在美国专利号4,911,920、5,403,841、5,212,162、和4,861,760中有更详细讨论。这些专利的全部内容以其整体为所有目的引入本文。本发明的组合物也可以作为微球输送以便在体内缓慢释放。例如微球可以通过真皮内注射含药物微球而给予,其在皮下缓慢释放(参见Rao,J.BiomaterSci.Polym.Ed.7:623-645,1995);作为可生物降解和可注射凝胶配方给予(参见例如GaoPharm.Res.12:857-863,1995);或者作为口服给药的微球(参见例如Eyles,J.Pharm.Pharmacol.49:669-674,1997)。在实施方案中,本发明组合物的配制物可以用脂质体输送,其与细胞膜融合或者被胞吞,即通过采用附着于脂质体的受体配体,其结合细胞表面膜蛋白受体产生胞吞。通过使用脂质体,特别是其中脂质体表面携带特异于靶细胞的受体配体,或者另外有利地被导向具体器官,人们可以集中将本发明组合物体内输送进靶细胞(参见例如Al-Muhammed,J.Microencapsul.13:293-306,1996;Chonn,Curr.Opin.Biotechnol.6:698-708,1995;Ostro,Am.J.Hosp.Pharm.46:1576-1587,1989)。本发明的组合物还可以作为纳米颗粒输送。
使用本文教导,可以计划有效的预防或治疗方案,其不引起实质毒性,但是有效治疗特定患者的临床症状。这种计划应该涉及通过考虑诸如化合物功效、相对生物利用度、患者体重、副作用存在和严重性、优选的给药模式及所选择药物的毒性谱等因素而小心选择活性化合物。
“抗癌药”使用其通常含义,是指具有抗肿瘤性质或者或者抑制细胞生长或增殖能力的组合物(例如化合物、药物、拮抗剂、抑制剂、调节剂)。在实施方案中,抗癌药是化疗药。在实施方案中,抗癌药是本文鉴别的具有在治疗癌症方法中的用途的物质。在实施方案中,抗癌药是FDA或美国之外国家类似批准机构批准用于治疗癌症的药物。
本文描述的组合物可以互相组合使用,与已知用于治疗癌症的其它活性药物如抗癌药组合使用。
抗癌药的例子包括但不限于MEK(例如MEK1、MEK2、或者MEK1和MEK2)抑制剂(例如XL518、CI-1040、PD035901、司美替尼/AZD6244、GSK1120212/trametinib、GDC-0973、ARRY-162、ARRY-300、AZD8330、PD0325901、U0126、PD98059、TAK-733、PD318088、AS703026、BAY869766)、烷化剂(例如环磷酰胺、异环磷酰胺、苯丁酸氮芥、白消安、美法仑、氮芥(mechlorethamine)、乌拉莫司汀、塞替派、亚硝基脲、氮芥(例如mechloroethamine、环磷酰胺、苯丁酸氮芥、meiphalan)、乙烯亚胺和甲基三聚氰胺类(例如六甲基三聚氰胺、塞替派)、烷基磺酸酯/盐类(例如白消安)、亚硝基脲(例如卡莫司汀、lomusitne、司莫司汀、链脲菌素)、三氮烯类(三氮烯))、抗代谢物(例如5-硫唑嘌呤、甲酰四氢叶酸、卡培他滨、氟达拉滨、吉西他滨、培美曲塞、雷替曲塞、叶酸类似物(例如甲氨喋呤)、或者嘧啶类似物(例如氟尿嘧啶、floxouridine、阿糖胞苷)、嘌呤类似物(例如巯嘌呤、硫鸟嘌呤、喷司他丁)等)、植物生物碱(例如长春新碱、长春碱、长春瑞滨、长春地辛、鬼臼毒素、紫杉醇、多西紫杉醇等)、拓扑异构酶抑制剂(例如伊立替康、托泊替康、安吖啶、依托泊苷(VP16)、磷酸依托泊苷、替尼泊苷等)、抗肿瘤抗生素(例如多柔比星、阿霉素、柔红霉素、表柔比星、放线菌素、博来霉素、丝裂霉素、米托蒽醌、普利霉素等)、基于铂的化合物(例如顺铂、oxaloplatin、卡铂)、蒽二酮(例如米托蒽醌)、取代的脲(例如羟基脲)、甲肼衍生物(例如丙卡巴肼)、肾上腺皮质抑制剂(例如米托坦、氨鲁米特)、表鬼臼毒素(例如依托泊苷)、抗生素(例如柔红霉素、多柔比星、博来霉素)、酶(例如L-天冬酰胺酶)、促分裂原活化蛋白激酶信号传导的抑制剂(例如U0126、PD98059、PD184352、PD0325901、ARRY-142886、SB239063、SP600125、BAY 43-9006、渥曼青霉素、或LY294002、Syk抑制剂、mTOR抑制剂、抗体(例如、rituxan)、gossyphol、genasense、多酚E、Chlorofusin、全反式维甲酸(ATRA)、苔藓抑素、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、5-氮杂-2'-脱氧胞苷、全反式维甲酸、多柔比星、长春新碱、依托泊苷、吉西他滨、伊马替尼(Gleevec.RTM.)、格尔德霉素、17-N-丙烯胺基-17-去甲氧基格尔德霉素(17-AAG)、flavopiridol、LY294002、硼替佐米、曲妥珠单抗、BAY 11-7082、PKC412、PD184352、20-表-1,25二羟维生素D3;5-乙炔尿嘧啶;阿比特龙;阿柔比星;酰基富烯;腺环戊醇;阿多来新;阿地白介素;ALL-TK拮抗剂;六甲蜜胺;氨莫司汀;amidox;氨磷汀;氨基酮戊酸;氨柔比星;安吖啶;阿那格雷;阿那曲唑;穿心莲内酯;血管发生抑制剂;拮抗剂D;拮抗剂G;安雷利克斯(antarelix);抗背部化形态发生蛋白-1(anti-dorsalizingmorphogenetic protein-1);抗雄激素、前列腺癌;抗雌激素;抗瘤酮(antineoplaston);反义寡核苷酸;阿非科林甘氨酸盐;凋亡基因调节剂;凋亡调节物;脱嘌呤核酸;ara-CDP-DL-PTBA;精氨酸脱氨酶;asulacrine;阿他美坦;阿莫司汀;axinastatin 1;axinastatin 2;axinastatin 3;阿扎司琼;阿扎霉素;重氮酪氨酸;浆果赤霉素III衍生物;巴览醇(balanol);巴马司他;BCR/ABL拮抗剂;苯并二氢卟吩(benzochlorins);苯甲酰星孢菌素(benzoylstaurosporine);β内酰胺衍生物;beta-alethine;betaclamycin B;白桦脂酸;bFGF抑制剂;比卡鲁胺;比生群;双吖丙啶基精胺;双奈法德;bistratene A;比折来新;breflate;溴匹立明;布度钛;丁硫氨酸硫酸亚胺;卡泊三醇;钙感光蛋白C;喜树碱衍生物;金丝雀痘病毒IL-2;卡培他滨;咪唑羧酰胺-氨基-三唑;羧胺三唑(carboxyamidotriazole);CaRest M3;CARN 700;软骨衍生的抑制剂;卡折来新;酪蛋白激酶抑制剂(ICOS);栗精胺;天蚕抗菌肽B;西曲瑞克;二氢卟吩类;氯喹喔啉磺胺;西卡前列素;顺式卟啉;克拉屈滨;氯米芬类似物;克霉唑;collismycin A;collismycin B;考布他汀A4;考布他汀类似物;conagenin;crambescidin 816;克立那托;cryptophycin 8;cryptophycin A衍生物;curacin A;环戊蒽醌类(cyclopentanthraquinones);cycloplatam;cypemycin;阿糖胞苷十八烷基磷酸盐;溶细胞因子;cytostatin;达昔单抗;地西他滨;脱氢膜海鞘素B;地洛瑞林;地塞米松;右异环磷酰胺(dexifosfamide);右雷佐生;右维拉帕米;地吖醌;代代宁B;didox;二乙基去甲精胺;二氢-5-氮胞苷;9-dioxamycin;二苯基螺莫司汀;二十二醇;多拉司琼;去氧氟尿苷;屈洛昔芬;屈大麻酚;多卡米星SA;依布硒;依考莫司汀;依地福新;依决洛单抗;依氟鸟氨酸;榄香烯;乙嘧替氟;表柔比星;爱普列特;雌氮芥类似物;雌激素激动剂;雌激素拮抗剂;依他硝唑;磷酸依托泊苷;依西美坦;法倔唑;法扎拉滨;芬维A胺;非格司亭;非那雄胺;flavopiridol;氟卓斯汀;fluasterone;氟达拉滨;fluorodaunorunicin hydrochloride;福酚美克;福美坦;福司曲星;福莫司汀;钆特沙弗林(gadolinium texaphyrin);硝酸镓;加洛他滨;加尼瑞克;明胶酶抑制剂;吉西他滨;谷胱甘肽抑制剂;hepsulfam;heregulin;六甲撑二乙酰胺(hexamethylenebisacetamide);金丝桃素;伊班膦酸;伊达比星;艾多昔芬;伊决孟酮;伊莫福新;伊洛马司他;imidazoacridones;咪喹莫特;免疫刺激肽;胰岛素样生长因子-1受体抑制剂;干扰素激动剂;干扰素;白介素;碘苄胍;碘阿霉素;甘薯苦醇(ipomeanol)、4-;伊罗普拉;伊索拉定;isobengazole;isohomohalicondrin B;伊他司琼;jasplakinolide;kahalalide F;lamellarin-N三乙酸酯;兰瑞肽;leinamycin;来格司亭;硫酸香菇多糖;leptolstatin;来曲唑;白血病抑制因子;白细胞α干扰素;亮丙瑞林+雌激素+孕酮;亮丙瑞林;左旋咪唑;利阿唑;线性多胺类似物;亲脂性二糖肽;亲脂性铂化合物;lissoclinamide 7;洛铂;蚯蚓磷脂(lombricine);洛美曲索;氟尼达明;洛索蒽醌;洛伐他汀;洛索立宾;勒托替康;lutetiumtexaphyrin;lysofylline;溶解肽;美坦辛;mannostatin A;马立马司他;马索罗酚;maspin;基质溶解因子抑制剂;基质金属蛋白酶抑制剂;美诺立尔;merbarone;美替瑞林;甲硫氨酸酶;甲氧氯普胺;MIF抑制剂;米非司酮;米替福新;米立司亭;错配双链RNA;米托胍腙;二溴卫矛醇;丝裂霉素类似物;米托萘胺;丝裂毒素成纤维细胞生长因子-皂草素;米托蒽醌;莫法罗汀;莫拉司亭;单克隆抗体,人绒毛膜促性腺激素;单磷酸脂A+分支杆菌细胞壁sk;莫哌达醇;多药耐药基因抑制剂;基于多瘤抑制基因1的疗法;芥子抗癌药;mycaperoxide B;分支杆菌细胞壁提取物;myriaporone;N-乙酰地那林(N-acetyldinaline);N-取代的苯甲酰胺类;纳法瑞林;nagrestip;纳洛酮+喷他佐辛;napavin;naphterpin;那托司亭;奈达铂;奈莫柔比星;奈立膦酸;中性内肽酶;尼鲁米特;nisamycin;一氧化氮调节剂;一氧化二氮抗氧化剂;nitrullyn;O6-苄基鸟嘌呤;奥曲肽;okicenone;寡核苷酸;奥那司酮;昂丹司琼;oracin;口服细胞因子诱导物;奥马铂;奥沙特隆;奥沙利铂;oxaunomycin;palauamine;palmitoylrhizoxin;帕米磷酸;人参三醇(panaxytriol);帕诺米芬;parabactin;帕折普汀;培门冬酶;培得星;木聚硫钠;喷司他丁;pentrozole;全氟溴烷;培磷酰胺;紫苏子醇;phenazinomycin;苯乙酸盐/酯;磷酸酶抑制剂;picibanil;毛果云香碱盐酸盐;吡柔比星;吡曲克辛;placetin A;placetin B;纤溶酶原激活物抑制剂;铂复合物;铂化合物;铂-三胺复合物;卟吩姆钠;泊非霉素;泼尼松;丙基双吖啶酮;前列腺素J2;蛋白酶体抑制剂;基于蛋白A的免疫调节剂;蛋白激酶C抑制剂、microalgal;蛋白质酪氨酸磷酸酶抑制剂;嘌呤核苷磷酸化酶抑制剂;红紫素;吡唑啉吖啶;吡哆醛化血红蛋白聚氧乙烯缀合物(pyridoxylated hemoglobin polyoxyethylerieconjugate);raf拮抗剂;雷替曲塞;雷莫司琼;ras法尼基蛋白转移酶抑制剂;ras抑制剂;ras-GAP抑制剂;去甲基化瑞替普汀;铼Re 186依替膦酸;根霉素;核酶;RII维甲酰胺;罗谷亚胺;罗希吐碱;罗莫肽;罗喹美克;rubiginone B1;ruboxyl;沙芬戈;saintopin;SarCNU;肌植醇A;沙格司亭;Sdi 1模拟物;司莫司汀;衰老衍生抑制剂1;有义寡核苷酸;信号转导抑制剂;信号转导调节剂;单链抗原结合蛋白;sizofuran;索布佐生;硼卡钠;苯乙酸钠;solverol;生长调节素结合蛋白;索纳明;膦门冬酸;穗霉素D;螺莫司汀;斯耐潘定(splenopentin);海绵抑制素(spongistatin)1;角鲨胺;干细胞抑制剂;干细胞分裂抑制剂;stipiamide;基质溶素抑制剂;sulfinosine;强效血管活性肠肽拮抗剂;suradista;舒拉明;苦马豆素;合成葡糖氨基聚糖类;他莫司汀;他莫西芬甲硫碘化物;牛磺莫司汀;他扎罗汀;替可加兰钠;喃氟啶;tellurapyrylium;端粒酶抑制剂;替莫泊芬;替莫唑胺;替尼泊苷;tetrachlorodecaoxide;tetrazomine;菌体胚素(thaliblastine);噻可拉林;血小板生成素;血小板生成素模拟物;胸腺法新;胸腺生成素受体激动剂;胸腺曲南;促甲状腺激素;tin ethyl etiopurpurin;替拉扎明;titanocene bichloride;topsentin;托瑞米芬;全能干细胞因子;翻译抑制剂;维甲酸;三乙酰尿苷(triacetyluridine);曲西立滨;三甲曲沙;曲普瑞林;托烷司琼;妥罗雄脲;酪氨酸激酶抑制剂;酪氨酸磷酸化抑制剂;UBC抑制剂;乌苯美司;泌尿生殖窦衍生的生长抑制因子;尿激酶受体拮抗剂;伐普肽;variolin B;载体系统、红细胞基因疗法;维拉雷琐;藜芦明(veramine);verdins;维替泊芬;长春瑞滨;vinxaltine;vitaxin;伏氯唑;扎诺特隆;折尼铂;亚苄维C(zilascorb);净司他丁斯酯、亚德里亚霉素、放线菌素D、博来霉素、长春碱、顺铂、阿西维辛;阿柔比星;盐酸阿考达唑;阿克罗宁;阿多来新;阿地白介素;六甲蜜胺;安波霉素;醋酸阿美蒽醌;氨鲁米特;安吖啶;阿那曲唑;氨茴霉素;天冬酰胺酶;曲林菌素;阿扎胞苷;阿替派;阿佐霉素;巴马司他;苯佐替派;比卡鲁胺;盐酸比生群;二甲磺酸双奈法德(bisnafide dimesylate);比折来辛;硫酸博来霉素;布喹那钠;溴匹立明;白消安;放线菌素;卡普睾酮;卡醋胺;卡贝替姆;卡铂;卡莫司汀;盐酸卡柔比星;卡折来辛;西地芬戈;苯丁酸氮芥;西罗霉素;克拉屈滨;甲磺酸克立那托(crisnatol mesylate);环磷酰胺;阿糖胞苷;达卡巴嗪;盐酸柔红霉素;地西他滨;右奥马铂;地扎胍宁;甲磺酸地扎胍宁;地吖醌;多柔比星;盐酸多柔比星;屈洛昔芬;柠檬酸屈洛昔芬;丙酸甲雄烷酮;达佐霉素;依达曲沙;盐酸依氟鸟氨酸;依沙芦星;恩洛铂;嗯普氨酯;依匹哌啶;盐酸表柔比星;厄布咯唑;盐酸依索比星;雌氮芥;雌二醇氮芥磷酸钠;依他硝唑;依托泊苷;磷酸依托泊苷;氯苯乙嘧胺;盐酸法罗唑啉;法扎拉滨;芬维A胺;氟尿苷;磷酸氟达拉滨;氟尿嘧啶;fluorocitabine;磷喹酮;福司曲星钠;吉西他滨;盐酸吉西他滨;羟基脲;盐酸伊达比星;异环磷酰胺;iimofosine;白介素I1(包括重组白介素II、或rlL.sub.2)、干扰素α-2a;干扰素α-2b;干扰素α-n1;干扰素α-n3;干扰素β-1a;干扰素γ-1b;异丙铂;盐酸伊立替康;醋酸来瑞肽;来曲唑;醋酸亮丙瑞林;盐酸利阿唑;洛美曲索钠;洛莫司汀;盐酸洛索蒽醌;马索罗酚;美坦辛;盐酸氮芥(mechlorethamine hydrochloride);醋酸甲地孕酮;美仑孕酮乙酸盐;美法仑;美诺立尔;巯嘌呤;甲氨喋呤;甲氨喋呤钠;氯苯氨啶;美妥替哌;米丁度胺;米托克星(mitocarcin);丝裂红素;米托洁林;米托马星;丝裂霉素;米托司培;米托坦;盐酸米托蒽醌;霉酚酸;诺考达唑;诺拉霉素;奥马铂;奥昔舒仑;培门冬酶;培利霉素;戊氮芥;硫酸培洛霉素;培磷酰胺;哌泊溴烷;哌泊舒凡;盐酸吡罗蒽醌;普利霉素;普洛美坦;卟吩姆钠;泊非霉素;泼尼氮芥;盐酸丙卡巴肼;嘌呤霉素;盐酸嘌呤霉素;吡唑霉素;利波腺苷;罗谷亚胺;沙芬戈;盐酸沙芬戈;司莫司汀;辛曲秦;磷乙酰天冬氨酸钠;司帕霉素;盐酸螺旋锗;螺莫司汀;螺铂;链黑霉素;链脲菌素;磺氯苯脲;他利霉素;替可加兰钠;喃氟啶;盐酸替洛蒽醌;替莫泊芬;替尼泊苷;替罗昔隆;睾内酯;硫咪嘌呤;硫鸟嘌呤;噻替派;噻唑羧胺核苷;替拉扎明;柠檬酸托瑞米芬;醋酸曲托龙;磷酸曲西立滨;三甲曲沙;三甲曲沙葡糖醛酸盐;曲普瑞林;盐酸妥布氯唑;尿嘧啶氮芥;乌瑞替派;伐普肽;维替泊芬;硫酸长春碱;硫酸长春新碱;长春地辛;硫酸长春地辛;硫酸长春匹定;硫酸长春甘酯;硫酸环氧长春碱;酒石酸长春瑞滨;硫酸异长春碱;硫酸长春利定;氟氯唑;长春甘酯;净司他丁;盐酸佐柔比星、停滞细胞在G2-M期和/或调节微管形成或稳定性的物质、(例如Taxol.TM(即紫杉醇)、Taxotere.TM、包含紫杉烷骨架的化合物、厄布咯唑(即R-55104)、多拉司他汀10(即DLS-10和NSC-376128)、米伏布林羟乙基磺酸盐(即作为CI-980)、长春新碱、NSC-639829、Discodermolide(即NVP-XX-A-296)、ABT-751(Abbott、即E-7010)、Altorhyrtins(例如Altorhyrtin A和Altorhyrtin C)、Spongistatins(例如Spongistatin 1、Spongistatin2、Spongistatin 3、Spongistatin 4、Spongistatin 5、Spongistatin 6、Spongistatin 7、Spongistatin 8、和Spongistatin 9)、盐酸西马多丁(即LU-103793和NSC-D-669356)、Epothilones(例如Epothilone A、Epothilone B、Epothilone C(即desoxyepothilone Aor dEpoA)、Epothilone D(即KOS-862、dEpoB、and desoxyepothilone B)、Epothilone E、Epothilone F、Epothilone B N-oxide、Epothilone A N-oxide、16-aza-epothilone B、21-aminoepothilone B(即BMS-310705)、21-hydroxyepothilone D(即DesoxyepothiloneF和dEpoF)、26-fluoroepothilone、Auristatin PE(即NSC-654663)、Soblidotin(即TZT-1027)、LS-4559-P(Pharmacia、即LS-4577)、LS-4578(Pharmacia、即LS-477-P)、LS-4477(Pharmacia)、LS-4559(Pharmacia)、RPR-112378(Aventis)、硫酸长春新碱、DZ-3358(Daiichi)、FR-182877(Fujisawa、即WS-9885B)、GS-164(Takeda)、GS-198(Takeda)、KAR-2(Hungarian Academy of Sciences)、BSF-223651(BASF、即ILX-651and LU-223651)、SAH-49960(Lilly/Novartis)、SDZ-268970(Lilly/Novartis)、AM-97(Armad/Kyowa Hakko)、AM-132(Armad)、AM-138(Armad/Kyowa Hakko)、IDN-5005(Indena)、Cryptophycin 52(即LY-355703)、AC-7739(Ajinomoto、即AVE-8063A和CS-39.HCl)、AC-7700(Ajinomoto、即AVE-8062、AVE-8062A、CS-39-L-Ser.HCl、和RPR-258062A)、Vitilevuamide、Tubulysin A、Canadensol、Centaureidin(即NSC-106969)、T-138067(Tularik、即T-67、TL-138067和TI-138067)、COBRA-1(Parker Hughes Institute,即DDE-261和WHI-261)、H10(Kansas StateUniversity)、H16(Kansas State University)、Oncocidin A1(即BTO-956和DIME)、DDE-313(Parker Hughes Institute)、Fijianolide B、Laulimalide、SPA-2(Parker HughesInstitute)、SPA-1(Parker Hughes Institute、即SPIKET-P)、3-IAABU(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine、即MF-569)、Narcosine(也称为NSC-5366)、Nascapine、D-24851(Asta Medica)、A-105972(Abbott)、Hemiasterlin、3-BAABU(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine、即MF-191)、TMPN(Arizona State University)、Vanadocene acetylacetonate、T-138026(Tularik)、Monsatrol、lnanocine(即NSC-698666)、3-IAABE(Cytoskeleton/Mt.Sinai School of Medicine)、A-204197(Abbott)、T-607(Tuiarik,即T-900607)、RPR-115781(Aventis)、Eleutherobins(such asDesmethyleleutherobin、Desaetyleleutherobin、lsoeleutherobin A、and Z-Eleutherobin)、Caribaeoside、Caribaeolin、Halichondrin B、D-64131(Asta Medica)、D-68144(Asta Medica)、Diazonamide A、A-293620(Abbott)、NPI-2350(Nereus)、Taccalonolide A、TUB-245(Aventis)、A-259754(Abbott)、Diozostatin、(-)-Phenylahistin(即NSCL-96F037)、D-68838(Asta Medica)、D-68836(Asta Medica)、Myoseverin B、D-43411(Zentaris、即D-81862)、A-289099(Abbott)、A-318315(Abbott)、HTI-286(即SPA-110、三氟乙酸盐)(Wyeth)、D-82317(Zentaris)、D-82318(Zentaris)、SC-12983(NCI)、Resverastatin phosphate sodium、BPR-OY-007(National Health ResearchInstitutes)、和SSR-250411(Sanofi))、类固醇类(例如、地塞米松)、非那雄胺、芳香酶抑制剂、促性腺素释放激素激动剂(GnRH)如戈舍瑞林或者亮丙瑞林、肾上腺皮质类固醇类(例如、泼尼松)、孕激素(例如、己酸羟孕酮、醋酸甲地孕酮、醋酸甲羟孕酮)、雌激素(例如、己烯雌酚、炔雌醇)、抗雌激素(例如、他莫昔芬)、雄激素(例如、丙酸睾酮、氟甲睾酮)、抗雄激素(例如、氟他胺)、免疫刺激剂(例如、卡介苗(BCG)、左旋咪唑、白介素-2、α-干扰素等)、单克隆抗体(例如、抗CD20、抗HER2、抗CD52、抗HLA-DR、和抗VEGF单克隆抗体)、免疫毒素(例如、抗CD33单克隆抗体-加利车霉素缀合物,抗CD22单克隆抗体-假单胞菌外毒素缀合物等)、放射免疫疗法(例如、缀合于111In、90Y或131I的抗CD20单克隆抗体等)、雷公藤内酯、高三尖杉酯碱、更生霉素、多柔比星、表柔比星、托泊替坎、伊曲康唑、长春地辛、西立伐他汀、长春新碱、脱氧腺苷、舍曲林、匹伐他汀、伊立替康、氯法齐明、5-nonyloxytryptamine、维罗非尼、达拉非尼、埃罗替尼、吉非替尼、EGFR抑制剂、表皮生长因子受体(EGFR)靶向治疗或治疗剂(例如吉非替尼(IressaTM)、埃罗替尼(TarcevaTM)、西妥昔单抗(ErbituxTM)、拉帕替尼(TykerbTM)、帕木单抗(VectibixTM)、凡他尼布(CaprelsaTM)、阿法替尼/BIBW2992、CI-1033/卡纽替尼、奈拉替尼/HKI-272、CP-724714、TAK-285、AST-1306、ARRY334543、ARRY-380、AG-1478、dacomitinib/PF299804、OSI-420/去甲基埃罗替尼、AZD8931、AEE788、培利替尼/EKB-569、CUDC-101、WZ8040、WZ4002、WZ3146、AG-490、XL647、PD153035、BMS-599626)、索拉非尼、伊马替尼、舒尼替尼、达沙替尼、等等。在实施方案中,本文的组合物可以与辅助物质组合,所述辅助物质单独可能不是有效的,但是可以对于活性物质治疗癌症的功效有帮助。
在实施方案中,共施用包括在第二种活性物质的0.5、1、2、4、6、8、10、12、16、20或24小时内施用一种活性物质。共施用包括同时、基本上同时(例如彼此间隔大约1、5、10、15、20或30分钟之内)或依次顺序施用两种活性物质。在实施方案中,共施用可以通过共配制实现,即,制备包括两种活性物质的单一药物组合物。在实施方案中,活性物质可以单独配制。在实施方案中,活性物质和/或辅助物质可以彼此连接或缀合。
实施例
申请人已发现位于治疗性mAb西妥昔单抗(1)的Fab臂的中央腔(central cavity)内的针对环肽(本文也称为“中间位”)的独特结合位点。申请人证实这一位点是西妥昔单抗独特的并且在人类mAb中不存在。申请人还经生物化学、在细胞培养物中以及在动物异种移植研究中示出,这个位点的被占据不影响抗原结合。另外,申请人证实这个位点可以被移植到人类mAb上(“中间位-允许(meditope-enabling)”),表明这个肽结合位点可以例如用作靶向成像剂的信标(beacon)或者作为“钩(hitch)”以将新的功能性连接到mAb上。通过充分工程化,申请人已将中间位-Fab相互作用的亲和性改进了40000倍,其在室温的预计半衰期超过6天。申请人进一步证实中间位与蛋白L(一种Fab结合蛋白)的融合显著改善亲和性,预期这一复合物的半衰期超过80天。最后,申请人通过SPR研究证实将荧光标记DOTA、GFP和其它蛋白质结构域缀合到高亲和性中间位及缀合到中间位-蛋白L(MPL)融合体不影响MPL-Fab的亲和性,也不影响Fab-抗原相互作用。总之,这些数据表明功能性可以被“安装(snapped)”在任何给定的中间位-允许的mAb上。
CAR T细胞疗法已特别在B细胞恶性疾病中产生持久应答,其涉及用人工受体重新编程患者T细胞,所述人工受体由胞外抗原靶向部分、跨膜结构域和胞内信号传导模块包括CD3ζ以及CD28和/或CD137(4-1BB)的共刺激结构域组成,以活化T细胞核引起免疫应答。CAR的抗原靶向结构域通常是识别单链F抗体可变区(scFv)的肿瘤抗原。现有技术中需要如下能力:1)鉴定转化细胞上的CAR密度的能力,2)在治疗的任何时间点跟踪施用的CAR T细胞并且将这一分布与治疗结果相关联的能力,3)快速功能化CAR T细胞的能力,及4)如果需要选择性消除CAR T细胞的能力。在实施方案中,本文提供的构建体能够满足这些需要。
在实施方案中,本文通过的构建体可用于如下领域:(i)应用超分辨率显微镜术直接观测T细胞上的受体分布而鉴定CAR表达。申请人已将可光活化GFP(paGFP)与高亲和性中间位融合,并且证实与细胞衍生的受体结合的中间位-允许的mAb可以被“计数”并且它们的集群大小可以被定量。这种信息可以与治疗功效相关联及用于临床“质量控制”。(ii)用DOTA缀合的高亲和性中间位原位成像中间位-允许的CAR T细胞。申请人已证实高亲和性缀合中间位不影响抗原结合。因此,meCAR T细胞可以用64Cu-DOTA缀合的高亲和性中间位预先标记,并且可以追踪它们的迁移。或者,可以施用meCAR T细胞,使其定位和增殖,然后成像。所建议的靶向前基于mAb的成像方法已被证实使用工程抗体可以产生高质量PET图像(9-11)。(iii)新的正交功能性(orthogonal functionality)可以被快速添加到meCAR T细胞。具体地,中间位可以与识别第二种肿瘤相关配体、强细胞毒素、免疫调节剂包括细胞因子和肿瘤激活前药的生物制品缀合。这些中间位可以在施用前被直接附着于meCAR T细胞或者可以随后在meCAR T细胞建立后添加。
实施例1
用于免疫治疗的中间位-允许的CAR构建体的产生、鉴定和鉴别。产生靶向HER2阳性肿瘤的中间位-允许的基于Fab和mAb的CAR(meCAR)的不同组合,各自包装进慢病毒,并且转导T细胞以产生中间位-允许的(meditope-enabled)HER2+-CAR(meHER2+-CAR)T细胞。鉴定每个meCAR的表达水平以及其在用或不用DOTA缀合的中间位时对可溶性胞外HER2的亲和性。最后,在存在和不存在DOTA缀合的中间位时体外定量每个构建体的肿瘤细胞杀伤能力。
CAR是免疫系统重新编程以识别和摧毁癌细胞的工具。CAR通常由抗原识别结构域(例如scFv)、间隔物(例如IgG的Fc结构域或者CD8的铰链结构域)、跨膜区和胞内共刺激和激活结构域(例如CD28和/或CD137和CD3ζ链)组成。在实施方案中,由中间位-允许的Fab或mAb组成的抗原识别结构域提供独特的肽结合位点以通过所述肽迅速和特异性添加新的功能性而无需依赖于CAR本身的深入重新工程化。如所注意到的,这些功能性可以包括成像、靶向额外的肿瘤相关受体、调制免疫功能和选择性杀伤CAR T细胞的能力。本文提供了一些用于曲妥珠单抗的表达载体,曲妥珠单抗是临床用于HER2阳性肿瘤的抗HER2 mAb并且是申请人已中间位-允许的(1)。轻链和重链的顺序被改变,测试不同的内部核糖体进入位点对自裂解2A肽序列的功效(15)。使用多种结合测定和超分辨率显微镜定量可溶性HER2的结合以及每个构建体的中间位。通过体外评估HER2依赖性T细胞杀伤、脱颗粒、细胞因子产生及增殖而鉴定不同CAR构建体的体外功能性。使用同样这些测定鉴定meCAR T细胞的中间位占位的作用。产生并鉴定基于曲妥珠单抗的scFv的规范化HER2特异性CAR,其可以作为表达和功能测定的参考点。
一些肿瘤异常表达HER2,包括乳腺癌、肉瘤和肺癌。因此,已努力开发有效的治疗剂,曲妥珠单抗是其中之一。但是,70%的HER2+癌症患者不应答这些系统性疗法,并且事实上可以快速产生对这些药物的抗性(16)。因此,已开发了针对HER2的疫苗和HER2+CAR T细胞已以克服(go beyond)HER2信号传导途径的抑制并且引起强力的免疫应答。鉴于CAR T细胞的功效和副作用的可能性(17),其可用于监控、调制和潜在摧毁HER2+CAR T细胞。用中间位结合位点允许(enabling)CAR T细胞解决了这些问题。
中间位相互作用和优化。本文描述了位于西妥昔单抗(cetuximab)Fab臂内的独特肽结合位点,其包括在所述位点内排列的未在人类抗体中发现的独特的氨基酸残基。这一位点可以移植到人类mAb包括曲妥珠单抗(trastuzumab),一种人源化的抗CEA和其它mAb中。肽结合不影响中间位-允许的抗体结合其抗原的能力。由于结合位点的位置是在Fab的中央腔(central cavity),所述的肽可以被称为“中间位”(“medius”和“topo”)(图2A)。中间位-允许的(meditope-enabled)抗体“memAb”是指中间位-允许的Fab作为meFab。
已产生了多种中间位变体,积累了它们的亲和性测量和每种变体的晶体学数据。在这些研究中,鉴别了关键残基,引入了非天然氨基酸和D-氨基酸,使用了不同的环化策略以显著改善结合亲和性(图2B)。另外,在中间位结合界面(版本2)将点突变引入Fab,并且观察到结合亲和性增加100倍(图2B)。通过这些修饰,中间位的亲和性在37℃从1.2μM增加到860pM(1000倍增加)。另外,在实施方案中,当与曲妥珠单抗meFab结合时中间位和蛋白L的末端是紧密相邻的(图2A),并且通过中间位与蛋白L通过一短接头融合(MPL)证实了有利的亲合力。MPL构建体对原始曲妥珠单抗meFab的亲和性经Kinexa实验测定是KD=14pM,或者是25℃时各自组分的亲和性的87000倍(数据未示出)。假设每种修饰独立地起作用,对于合成的MPL和memAb的亲和性增加了258倍。GFP与MPL构建体的融合不影响memAb结合,并且GFP-MPL与memAb结合不影响缔合或解离动力学或者HER2结合的亲和性(如Avery et al.(37)所示)。
Alexa Fluor 647-标记的MPL与Alexa Fluor 488-标记的memAb共给予过表达HER2的SKBR3细胞,或者在细胞用memAb处理并且被充分洗涤后给予所述细胞。在两种情况下,标记的MPL与memAb和抗原共定位(数据未示出)。另外,荧光显微镜术证实大体积(bulky)GFP与MPL的融合不影响细胞结合(数据未示出)。最后,光可活化的GFP与MPL构建体融合,使用超分辨率显微镜术定量BT474细胞上的HER2受体(数据未示出)。
HER2特异性scFv衍生的CAR T细胞靶向并杀伤HER2阳性肿瘤。产生了第二代HER2特异性CAR,其由基于曲妥珠单抗的scFv和CD28和CD3ζ的胞内信号传导结构域组成。构建了自失活(SIN)慢病毒载体盒,其编码这种HER2特异性的scFv CAR(HER2-28ζ),后接2A核糖体跳跃序列和截短的CD19(CD19t),即一种缺少胞内信号传导的惰性细胞表面标记,其使得可以特异性检测转导的T细胞(图3A)。本文提供的截短的CD19(CD19t)也称为“标记肽”。术语“标记肽”或"tCD19"可以互换使用。构建了人类中枢记忆T细胞(Tcm)以通过慢病毒转导表达HER2-28ζCAR和CD19t多肽,并用CD3/CD28
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刺激和在补加IL-2和IL-15的X-vivo培养基中生长而离体扩增,使用cGMP相容性生产平台(图3B)(18)。
使用与人类翻译相关的小鼠和非人灵长类模型,已观察到在过继转移后衍生自CD62L+Tcm的T细胞存留于血液中,迁移到淋巴结和骨髓中的记忆T细胞微环境(T cellniches)中,重新获得记忆T细胞的表型特性,及在体内应答抗原攻击.。利用记忆T细胞的固有长期存留性,以及已用于产生两个I期临床试验的临床产品的cGMP相容性生产平台(BB-INDs 14645and 15490)(18),Tcm或CD62L+记忆/原初T细胞可以被工程化以表达中间位-允许的HER2-CAR。
HER2-28ζTcm在体外展现出强的针对一组靶细胞系的HER2特异性细胞溶解活性,所述一组靶细胞系展示低(MCF7)和高(BT-474and SK-BR-3)HER2表达水平(图4A-4D)。另外,颅内注射HER2-28ζTcm可以介导衍生自BT-474HER2+乳腺肿瘤细胞系的已确立的脑肿瘤的消退,产生100%小鼠的长期存活(数据未示出)。
合成的中间位-允许的曲妥珠单抗重链和轻链可以亚克隆进慢病毒表达载体(图5)。因为每条链必须独立产生,在轻链和重链之间将掺入IRES基序或者使用核糖体跳跃序列如T2A或2A序列[15]。另外,可以产生使用中间位-允许的Fab的单体CAR。由此,单体中间位-允许的Fab可以与二价中间位交联,以允许调节CAR T细胞的活性(图5)。跨膜结构域用单体L-选择蛋白(26)置换,并且使用简单聚甘氨酸-丝氨酸接头。
中间位-允许的CAR T细胞。从至少3个健康供体的外周血分离原代人类T细胞,例如CD62L+Tcm细胞,通过慢病毒转导工程化以表达HER2-CAR,在体外评估特异性和功能活性。在用OKT3/CD28
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和细胞因子(IL-2和IL-15)刺激扩增中间位-允许的HER2+CAR Tcm之后,经FACS鉴定每种构建体的表达水平,使用抗CD19作为细胞转导的标记及抗Fc用于CAR表达,Alexa fluor 488-标记的胞外Her2-Fc构建体用于抗原结合,Alexa fluor647缀合的中间位用于功能性中间位-CAR锚定(docking)。如果需要,通过抗CD19磁性细胞选择或FACS富集阳性CAR T细胞。每种构建体、中间位-允许的Fab和中间位允许的mAb靶向和溶解HER2阳性(低和高HER2表达肿瘤细胞系,图3A)和阴性乳腺癌细胞系的能力使用标准铬释放测定和在存长期共培养测定(24-96小时)在存在和不存在DOTA缀合的高亲和性中间位时检测。为了检查不同HER2-CAR T细胞的效应子功能,在与肿瘤细胞共培养后,在存在和不存在DOTA缀合的高亲和性中间位时测量HER2依赖性细胞因子的产生,包括IFNγ和TNFα的分泌。另外,活化和细胞溶解活性的标记将被包括,即CD69,Granzyme-B和CD107a,以及细胞耗竭的标记,包括PD-1。另外,不同的中间位-允许的HER2-CAR T细胞在存在和不存在DOTA缀合的中间位时的抗原依赖性增殖能力通过使用CSFE经流式细胞术染料稀释分析测量。在每种情况中,将结果与scFv CAR T细胞进行比较。用于进行这些体外功能测定的方法学在我们小组中容易确立(6,7)。
使用超分辨率显微镜术和自相关分析研究每种中间位-允许的CAR T细胞的受体分布。这种方法使得能够定量确定在集群中的蛋白质的大小、占位和密度。如本文所证实,产生了超高亲和性paGFP-MPL构建体,并且使用超分辨率显微镜术用15nm分辨率检测单个分子。另外,产生了荧光标记的高亲和性15聚体中间位,其相比于用于超分辨率成像的paGFP-MPL的立体限制更低(less sterically constrained)。使用这些试剂,大约12个表达中间位-允许的Fab或mAb的个体细胞被分析,并且meCAR T细胞的功效将与受体分布相关联。
实施例2
中间位-允许的CAR在动物模型中的功效和体内成像。中间位-允许的CAR T细胞对于肿瘤生长抑制的功效被评估,并且使用PET在NSG小鼠中成像用64Cu标记的DOTA缀合的中间位预处理的meHER2+-CAR T细胞。NSG小鼠用meHER2-CAR T细胞治疗,在确定时间点给予64Cu标记的DOTA缀合的中间位以评估meHER2-CAR T细胞在原位对中间位的摄入。
靶向前成像(Pre-targeted imaging)通过2步方法将mAb在肿瘤的缓慢积累及mAb从血液的缓慢清除与有用的PET金属的相对较短的半衰期分离开。首先,患者被给予缀合的mAb(链霉抗生物素蛋白或者具有一独特结合结构域),然后被给予携带64Cu的归巢配体(homing ligand)。归巢配体快速结合肿瘤相关的修饰的mAb或者快速排出。因为64Cu经历较短的半衰期,所以信号更高。并且,因为示踪剂被快速清除,所以背景降低。使用这种方法的临床前成像产生了比直接缀合方法显著更好的图像(10)。成像患者中CAR T细胞位置、扩增和寿命对于这种疗法的开发和临床评价及其有用。用于治疗实体肿瘤、包括脑肿瘤的体内CAR T细胞小鼠模型(图6)已在我们实验室中完全确立(27,34)。
采用二元(dual)垂直生长(orthotopic)和转移性肿瘤异种移植物模型,使用雌性NOD-scid IL2Rγnull(NSG)小鼠及HER2扩增的乳腺癌细胞系BT474,后者已被工程化以表达用于非侵入性Xenogen成像的萤火虫萤光素酶(ffLuc)及荧光报道蛋白EGFP(27)。EGFP-ffLuc+BT474肿瘤细胞被同时植入乳腺脂肪垫(1x 106于50μL PBS和Matrigel混合物中)以模拟原发疾病,以及颅内植入(1x 105于2μL PBS中)以模拟转移性疾病。一旦建立肿瘤(典型地7-14天),静脉内输注单剂各5x 106HER2-meCAR Tcm或未工程化Tcm(空白)或PBS。已示出静脉内给予的CAR T细胞确实到达脑部并且介导肿瘤消退。肿瘤生长/消退经
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IVIS光学成像和校准测量非侵入性量化,存活性用Kaplan-Meier分析。对于这些研究,肿瘤中的T细胞浸润和存留使用Alexa Fluor-标记的中间位和CD3标记通过免疫组织化学评估,Tcm存留使用Alexa Fluor标记的中间位,肿瘤和淋巴组织中的CD45、CD4/CD8和CD62L标记通过流式细胞术量化。肿瘤的增殖/凋亡(Ki67、TUNEL)、肿瘤和淋巴组织中的CAR T细胞激活和细胞溶解功能(CD69、Granzyme B、IFNγ)经流式细胞术测量。meCAR T细胞的体内功效与预先鉴定的HER2-28ζscFv CAR T细胞进行比较。这些研究将确立meCAR T细胞介导HER2+肿瘤消退的能力,并且揭示meFab或memAb CAR T细胞在抗肿瘤活性和T细胞存留中的潜在差异。
具有C末端DOTA的高亲和性中间位被直接合成。DOTA-中间位装载64Cu,用凝胶层析纯化,与meCAR T细胞混合。细胞被给予携带EGFP-ffLuc+BT474肿瘤的动物。在注射后立即及在之后的限定的时间点进行MicroPET成像。在第1天和第2天,牺牲动物,在原发和转移疾病位点确定中间位和meCAR T细胞的生物分布。接下来,采用靶向前成像方法。meCAR T细胞被给予该相同的垂直生长和转移的异种移植物模型。在给予meCAR T细胞1小时候给予64CU-DOTA中间位,在之后的限定时间点(1、2、3和6小时)成像。在给予meCAR T细胞后1天、3天和10天进行相同的成像方案。同样,处死动物,通过X光照相确定生物分布。
表格
表1.跨膜结构域的例子
Figure BDA0003609895050000461
Figure BDA0003609895050000471
表2.信号传导结构域的例子
Figure BDA0003609895050000472
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非正式序列表
SEQ ID NO:1 LCYLLDGILFIYGVILTALFL
SEQ ID NO:2:FWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWV
SEQ ID NO:3:MALIVLGGVAGLLLFIGLGIFF
SEQ ID NO:4:IYIWAPLAGTCGVLLLSLVIT
SEQ ID NO:5:IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLY
SEQ ID NO:6:IYIWAPLAGTCGVLLLSLVITLYC
SEQ ID NO:7:IISFFLALTSTALLFLLFF LTLRFSVV
SEQ ID NO:8:VAAILGLGLVLGLLGPLAILL
SEQ ID NO:9:FWLPIGCAAFVVVCILGCILI
SEQ ID NO:10:PLFIPVAVMVTAFSGLAFIIWLA
SEQ ID NO:11:
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLY
SEQ ID NO:12:RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS
SEQ ID NO:13:RSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS(ref)
SEQ ID NO:14:KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL
SEQ ID NO:15:ALYLLRRDQRLPPDAHKPPGGGSFRTPIQEEQADAHSTLAKI
SEQ ID NO:16:CWLTKKKYSSSVHDPNGEYMFMRAVNTAKKSRLTDVTL
meHer2Fab-IgG4(HL-CH3)-IgG4-CD28tm-CD28gg-Zeta-T2A-meLc:
SEQ ID NO:17:
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQSPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKMFWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWVRSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSGGGRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRLEGGGEGRGSLLTCGDVEENPGPRMLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPDIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQHYTTPPTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
GMCSFRa信号肽SEQ ID NO:18:MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIP
Her2Fab(Her2重链可变区和部分恒定区)SEQ ID NO:19:
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQSPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC
IgG4(SmP)-铰链SEQ ID NO:20:ESKYGPPCPPCP
间隔物(包括IgG4-CH3)SEQ ID NO:21:
GGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
CD28跨膜SEQ ID NO:22:MFWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWV
CD28cyto(LLmGG)SEQ ID NO:23:
RSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS
接头((Gly)3)SEQ ID NO:24:GGG
胞内T细胞信号传导结构域(CD3-ζ)SEQ ID NO:25:
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
自裂解肽基接头(T2A)SEQ ID NO:26:LEGGGEGRGSLLTCGDVEENPGPR
抗体区(meLc(Her2轻链可变和恒定区,具有用于中间位的突变))SEQ ID NO:27:
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQHYTTPPTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
meHer2Fab-IgG4(HL-CH3)-IgG4-CD28tm-CD28gg-Zeta-T2A-CD19t-2A-meLc
SEQ ID NO:28:
MLLLVTSLLLCELPHPAFLLIPEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQSPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCESKYGPPCPPCPGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGKMFWVLVVVGGVLACYSLLVTVAFIIFWVRSKRSRGGHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRSGGGRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRLEGGGEGRGSLLTCGDVEENPGPRMPPPRLLFFLLFLTPMEVRPEEPLVVKVEEGDNAVLQCLKGTSDGPTQQLTWSRESPLKPFLKLSLGLPGLGIHMRPLAIWLFIFNVSQQMGGFYLCQPGPPSEKAWQPGWTVNVEGSGELFRWNVSDLGGLGCGLKNRSSEGPSSPSGKLMSPKLYVWAKDRPEIWEGEPPCVPPRDSLNQSLSQDLTMAPGSTLWLSCGVPPDSVSRGPLSWTHVHPKGPKSLLSLELKDDRPARDMWVMETGLLLPRATAQDAGKYYCHRGNLTMSFHLEITARPVLWHWLLRTGGWKVSAVTLAYLIFCLCSLVGILHLQRALVLRRKRGGSTSEGRGSLLTCGDVEENPGPMETDTLLLWVLLLWVPGSTGDIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQHYTTPPTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
标记肽(CD19t)SEQ ID NO:29:
MPPPRLLFFLLFLTPMEVRPEEPLVVKVEEGDNAVLQCLKGTSDGPTQQLTWSRESPLKPFLKLSLGLPGLGIHMRPLAIWLFIFNVSQQMGGFYLCQPGPPSEKAWQPGWTVNVEGSGELFRWNVSDLGGLGCGLKNRSSEGPSSPSGKLMSPKLYVWAKDRPEIWEGEPPCVPPRDSLNQSLSQDLTMAPGSTLWLSCGVPPDSVSRGPLSWTHVHPKGPKSLLSLELKDDRPARDMWVMETGLLLPRATAQDAGKYYCHRGNLTMSFHLEITARPVLWHWLLRTGGWKVSAVTLAYLIFCLCSLVGILHLQRALVLRRKR
自裂解肽基接头(2A)SEQ ID NO:30:GGSTSEGRGSLLTCGDVEENPGP
CAMPATH1(1CE1)MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:31:
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCKASQNIDKYLNWYQQRTNGSPRLLIYNTNNLQTGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDIADYYCLQHISRPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
CAMPATH1(1CE1)MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:32:
QVQLQESGGGLVRPSQTLSLTCTVSGFTFTDFYMNWVRQSPGRGLEWIGFIRDKAKGYTTEYNPSVKGRVTMLVDTSKNQFSLRLSSVTAADTAIYYCAREGHTAAPFDYWGQGSLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVE
CAMPATH1(1CE1)MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:33:
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCKASQNIDKYLNWYQQRTNGSPRLLIYNTNNLQTGVPSRFSGSGSGTDFTFTISSLQPEDEADYYCLQHISRPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
CAMPATH1(1CE1)MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:34:
QVQLQESGGGLVRPSQTLSLTCTVSGFTFTDFYMNWVRQSPGRGLEWIGFIRDKAKGYTTEYNPSVKGRVTMLVDTSKNQFSLRLSSVTAADTAIYYCAREGHTAAPFDYWGQGSLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVE
组织因子Fab(1jps)MEFAB轻链SEQ ID NO:35
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASRDIKSYLNWYQQRTNGSPRLLIYYATSLAEGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDIADYYCLQHGESPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
组织因子Fab(1jps)MEFAB重链SEQ ID NO:36
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKEYYMHWVRQSPGKGLEWVGLIDPEQGNTIYDPKFQDRATISADNSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCARDTAAYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT
组织因子Fab(1jps)MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:37
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASRDIKSYLNWYQQRTNGSPRLLIYYATSLAEGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDEADYYCLQHGESPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
组织因子Fab(1jps)MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:38
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKEYYMHWVRQSPGKGLEWVGLIDPEQGNTIYDPKFQDRATISADNSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCARDTAAYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT
ANTI-PRP–prion MEFAB(I83)(GI:19204296)轻链SEQ ID NO:39
EIVLTQSPIIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQRTNGSPRRWIYDTSKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDIADYFCHQWRSNPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKEINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
ANTI-PRP–prion MEFAB(I83)(GI:19204296)重链SEQ ID NO:40
EVQLQQSGGELVKPGSSVKISCKASRNTFTDYNLDWVKQSHGKTLEWIGNVYPNNGVTGYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMELHSLTSEDSAIYYCALYYYDVSYWGQGTLVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQSVTCNVAHPASSTKVDKKITPR
ANTI-PRP–prion MEFAB(IE83)(GI:19204296)轻链SEQ ID NO:41
EIVLTQSPIIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQRTNGSPRRWIYDTSKLASGVPARFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDEADYFCHQWRSNPYTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKEINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
ANTI-PRP–prion MEFAB(E83)(GI:19204296)重链SEQ ID NO:42
EVQLQQSGGELVKPGSSVKISCKASRNTFTDYNLDWVKQSHGKTLEWIGNVYPNNGVTGYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMELHSLTSEDSAIYYCALYYYDVSYWGQGTLVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQSVTCNVAHPASSTKVDKKITPR
达珠单抗MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:43
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCSASSSISYMHWYQQRTNGSPRLLIYTTSNLASGVPARFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDIADYYCHQRSTYPLTFGQGTKVEVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
达珠单抗(I83)重链SEQ ID NO:44
QVQLVQSGGEVKKPGSSVKVSCKASGYTFTSYRMHWVRQSPGQGLEWIGYINPSTGYTEYNQKFKDKATITADESTNTAYMELSSLRSEDTAIYYCARGGGVFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
达珠单抗MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:45
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCSASSSISYMHWYQQRTNGSPRLLIYTTSNLASGVPARFSGSGSGTEFTLTISSLQPDDEADYYCHQRSTYPLTFGQGTKVEVKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
达珠单抗(E83)重链SEQ ID NO:46
QVQLVQSGGEVKKPGSSVKVSCKASGYTFTSYRMHWVRQSPGQGLEWIGYINPSTGYTEYNQKFKDKATITADESTNTAYMELSSLRSEDTAIYYCARGGGVFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
MORAb-009抗间皮素单克隆抗体MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:47
DIELTQSPIIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQRTNGSPRRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDIADYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
MORAb-009抗间皮素单克隆抗体MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:48
EVQLQQSGGELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAIYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPC
MORAb-009抗间皮素单克隆抗体MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:49
DIELTQSPIIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMHWYQQRTNGSPRRWIYDTSKLASGVPGRFSGSGSGNSYSLTISSVEAEDEADYYCQQWSKHPLTFGSGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
MORAb-009抗间皮素单克隆抗体MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:50
EVQLQQSGGELEKPGASVKISCKASGYSFTGYTMNWVKQSHGKSLEWIGLITPYNGASSYNQKFRGKATLTVDKSSSTAYMDLLSLTSEDSAIYFCARGGYDGRGFDYWGSGTPVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPC
抗CD20抗体Ofatumumab MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:51
EIVLTQSPILLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQRTNGSPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDIADYYCQQRSNWPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
抗CD20抗体Ofatumumab MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:52
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFNDYAMHWVRQSPGKGLEWVSTISWNSGSIGYADSVKGRFTISRDNAKKSLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKDIQYGNYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPGSSKSTSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
抗CD20抗体Ofatumumab MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:53
EIVLTQSPILLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQRTNGSPRLLIYDASNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDIADYYCQQRSNWPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
抗CD20抗体Ofatumumab MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:54
EVQLVESGGGLVQPGRSLRLSCAASGFTFNDYAMHWVRQSPGKGLEWVSTISWNSGSIGYADSVKGRFTISRDNAKKSLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKDIQYGNYYYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPGSSKSTSGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
Notch1负调节区抗体MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:55
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDIADYYCQQFYTTPSTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
Notch1负调节区抗体MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:56
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWIHWVRQSPGKGLEWVARINPPNRSNQYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCARGSGFRWVMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT
Notch1负调节区抗体MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:57
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVSTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQFYTTPSTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
Notch1负调节区抗体MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:58
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWIHWVRQSPGKGLEWVARINPPNRSNQYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCARGSGFRWVMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT
抗HER3 Fab RG7116 MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:59
DIVMTQSPILLAVSLGERATINCKSSQSVLNSGNQKNYLTWYQQRTNGSPRLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDIADYYCQSDYSYPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
抗HER3 Fab RG7116 MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:60
QVQLVQSGGGVKKPGASVKVSCKASGYTFRSSYISWVRQSPGQGLEWMGWIYAGTGSPSYNQKLQGRVTMTTDTSTSTAYMELRSLRSDDTAIYYCARHRDYYSNSLTYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH
抗HER3 Fab RG7116 MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:61
DIVMTQSPILLAVSLGERATINCKSSQSVLNSGNQKNYLTWYQQRTNGSPRLLIYWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDEADYYCQSDYSYPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
抗HER3 Fab RG7116 MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:62
QVQLVQSGGGVKKPGASVKVSCKASGYTFRSSYISWVRQSPGQGLEWMGWIYAGTGSPSYNQKLQGRVTMTTDTSTSTAYMELRSLRSDDTAIYYCARHRDYYSNSLTYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH
利妥昔单抗MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:63
QIVLSQSPIILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQRTNGSPRPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDIADYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
利妥昔单抗MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:64
QVQLQQPGGGLVKPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPGRGLEWIGAIYPGNGDTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAIYYCARSTYYGGDWYFNVWGAGTTVTVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC
利妥昔单抗MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:65
QIVLSQSPIILSASPGEKVTMTCRASSSVSYIHWFQQRTNGSPRPWIYATSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISRVEAEDEADYYCQQWTSNPPTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
利妥昔单抗MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:66
QVQLQQPGGGLVKPGASVKMSCKASGYTFTSYNMHWVKQTPGRGLEWIGAIYPGNGDTSYNQKFKGKATLTADKSSSTAYMQLSSLTSEDSAIYYCARSTYYGGDWYFNVWGAGTTVTVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC
抗骨桥蛋白抗体23C3 MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:67
YIQMTQSPILLSVSVGETVTITCRASENIYSFLAWYQQRTNGSPRLLVYAATNLADGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQSEDIADYYCQHFWGTPFTFGSGTKLEIKRSDAAPTVSIFPPSAAQLSSGGGSVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGAERGNGVLNSWTSQDSADSTYSMSSTLTSGGDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC
抗骨桥蛋白抗体23C3 MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:68
EVQLVESGGGLVQPKGSLKISCAASGFTFNIYAMNWVRQSPGKGLEWVARIRSQSNNYTTYYADSVKDRFTISRDDSQSMLYLQMNNLKTEDTAIYYCVRQMGDYWGQGTTLTVSSAVKTPPSVYPLAPGGGAISNSMVTLGCLVNGYFPEPVTVTWNAGSLGSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPVSTWPSEAVTCNVAHPASATSVDKAISPV
抗骨桥蛋白抗体23C3 MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:69
YIQMTQSPILLSVSVGETVTITCRASENIYSFLAWYQQRTNGSPRLLVYAATNLADGVPSRFSGSGSGTQFSLKINSLQSEDIADYYCQHFWGTPFTFGSGTKLEIKRSDAAPTVSIFPPSAAQLSSGGGSVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGAERGNGVLNSWTSQDSADSTYSMSSTLTSGGDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC
抗骨桥蛋白抗体23C3 MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:70
EVQLVESGGGLVQPKGSLKISCAASGFTFNIYAMNWVRQSPGKGLEWVARIRSQSNNYTTYYADSVKDRFTISRDDSQSMLYLQMNNLKTEDTAIYYCVRQMGDYWGQGTTLTVSSAVKTPPSVYPLAPGGGAISNSMVTLGCLVNGYFPEPVTVTWNAGSLGSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPVSTWPSEAVTCNVAHPASATSVDKAISPV
抗uPAR Fab ATN-658MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:71
DVVMTQTPLLLSVTIGQPASISCKSSQSLLDSDGKTYLNWLLQRTNGSPRRLIYLVSKLDSGVPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDIADYYCWQGTHFPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
抗uPAR Fab ATN-658MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:72
EVQLQQSGGGLVKTGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGEINPYNGGASYNQKIKGRATFTVDTSSRTAYMQFNSLTSEDSAIYYCARSIYGHSVLDYWGQGTSVSVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCIC
抗uPAR Fab ATN-658MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:73
DVVMTQTPLLLSVTIGQPASISCKSSQSLLDSDGKTYLNWLLQRTNGSPRRLIYLVSKLDSGVPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDEADYYCWQGTHFPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
抗uPAR Fab ATN-658MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:74
EVQLQQSGGGLVKTGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGEINPYNGGASYNQKIKGRATFTVDTSSRTAYMQFNSLTSEDSAIYYCARSIYGHSVLDYWGQGTSVSVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCIC
治疗性流感病毒A MEFAB(I83)轻链SEQ ID NO:75
IVLTQSPILLSVSPGERATLSCRASQVISHNLAWYQQRTNGSPRLLIYGASTRASGIPARFSGSGSGTDYTLTITSLQPEDIADYYCQHYSNWPPRLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
治疗性流感病毒A MEFAB(I83)重链SEQ ID NO:76
EVQLQQSGGGLVKTGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGEINPYNGGASYNQKIKGRATFTVDTSSRTAYMQFNSLTSEDSAIYYCARSIYGHSVLDYWGQGTSVSVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCIC
治疗性流感病毒A MEFAB(E83)轻链SEQ ID NO:77
IVLTQSPILLSVSPGERATLSCRASQVISHNLAWYQQRTNGSPRLLIYGASTRASGIPARFSGSGSGTDYTLTITSLQPEDEADYYCQHYSNWPPRLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
治疗性流感病毒A MEFAB(E83)重链SEQ ID NO:78
EVQLQQSGGGLVKTGASVKISCKASGYSFTSYYMHWVKQSHGKSLEWIGEINPYNGGASYNQKIKGRATFTVDTSSRTAYMQFNSLTSEDSAIYYCARSIYGHSVLDYWGQGTSVSVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCIC
与中和E16抗体MEFAB(I83)轻链复合的西尼罗病毒包膜蛋白DIII SEQ ID NO:79
DIVMTQSHILMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQRTNGSPRLLISWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDYTLTISSVQAEDIADYYCQQHYTTPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC
与中和E16抗体MEFAB(I83)重链复合的西尼罗病毒包膜蛋白DIII SEQ ID NO:80
QVQLQQSGGGLMKPGASVQISCKATGYTFSDYWIEWVKQSPGHGLEWIGDILCGTGRTRYNEKLKAMATFTADTSSNTAFMQLSSLTSEDSAIYYCARSASYGDYADYWGHGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPS
与中和E16抗体MEFAB(I83)轻链复合的西尼罗病毒包膜蛋白DIII SEQ ID NO:81
DIVMTQSHILMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQRTNGSPRLLISWASTRHTGVPDRFTGSGSGTDYTLTISSVQAEDEADYYCQQHYTTPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRGEC
与中和E16抗体MEFAB(I83)重链复合的西尼罗病毒包膜蛋白DIII SEQ ID NO:82
QVQLQQSGGGLMKPGASVQISCKATGYTFSDYWIEWVKQSPGHGLEWIGDILCGTGRTRYNEKLKAMATFTADTSSNTAFMQLSSLTSEDSAIYYCARSASYGDYADYWGHGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPS
PVKQLLNFDLLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:83)
QCTNYALLKLAGDVESNPGP(SEQ ID NO:84)
ATNFSLLKQAGDVEENPGP(SEQ ID NO:85)
EGRGSLLTCGDVESNPGP(SEQ ID NO:86)
人源化抗CD19中间位允许的重链SEQ ID NO:111
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGVSLPDYGVSWVRQSPGKGLEWVAVIWGSETTYYADSVKGRFTISADTSKNTYLQMNSLRAEDTAIYYCSRHYYYGGSYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
人源化抗CD19中间位允许的轻链SEQ ID NO:112
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDISKYLNWYQQ RTNGSPRLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDIADYYCQQGNTLPYTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
人源化抗CD19中间位允许的I83E重链SEQ ID NO:113
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGVSLPDYGVSWVRQSPGKGLEWVAVIWGSETTYYADSVKGRFTISADTSKNTYLQMNSLRAEDTAIYYCSRHYYYGGSYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
人源化抗CD19中间位允许的I83E轻链SEQ ID NO:114
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDISKYLNWYQQRTNGSPRLLIYHTSRLHSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQGNTLPYTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
抗TAG72(CC49)CC49 memAb I83E增强的Chothia重链SEQ ID NO:115
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYTFTDHAIHWVRQSPGKGLEWVAYFSPGNDDFKYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRSLNMAYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
抗TAG72(CC49)CC49 memAb I83E增强的Chothia轻链SEQ ID NO:116
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCKSSQSLLYSGNQKNYLAWYQQRTNGSPRLLIYWASARESGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQYYSYPLTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
人源化CA19.9 memAb I83E增强的Chothia重链SEQ ID NO:117
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFEAYAMHWVRQSPGKGLEWVASINWNSGRIAYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRDIRRFSTGAEFEYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
人源化CA19.9 memAb I83E增强的Chothia轻链SEQ ID NO:118
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCSGSSSNIGSNFVYWYQQRTNGSPRLLIYRNNQRPSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCAAWDDSLG????HYVFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
YP218抗间皮素-人源化YP218 memAb I83E增强的Chothia重链SEQ ID NO:119
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFDLGFYFYACWVRQSPGKGLEWVACIYTAGSGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRSTANTRSTYLNLWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEP
YP218抗间皮素-人源化YP218 memAb I83E增强的Chothia轻链SEQ ID NO:120
DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCQASQRISSYLSWYQQRTNGSPRLLIYGASTLASGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQSYFDSNWHAFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
实施方案
实施方案1.一种编码蛋白质的分离的核酸,所述蛋白质包含:(i)抗体区,其包含由重链可变(VH)区、轻链可变(VL)区、重链恒定(CH)区和轻链恒定(CL)区形成的中央腔,其中所述中央腔形成包含构架区氨基酸残基的肽结合位点;及(ii)跨膜结构域。
实施方案2.实施方案1的分离的核酸,其中所述抗体区是抗体片段。
实施方案3.实施方案1或2的核酸,其中所述抗体区包含Fc结构域。
实施方案4.实施方案1-3之一的分离的核酸,其中所述抗体区是人源化抗体区。
实施方案5.实施方案1-4之一的分离的核酸,进一步包含编码胞内T细胞信号传导结构域的胞内T细胞信号传导序列。
实施方案6.实施方案的分离的核酸,其中所述胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。
实施方案7.实施方案之一的分离的核酸,进一步包含编码胞内共刺激信号传导结构域的胞内共刺激信号传导序列。
实施方案8.实施方案7的分离的核酸,其中所述胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域或者OX-40胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案9.实施方案1-8之一的分离的核酸,进一步包含编码间隔物区的间隔物序列。
实施方案10.实施方案9的分离的核酸,其中所述间隔物区在所述跨膜结构域与所述抗体区之间。
实施方案11.实施方案1-10之一的分离的核酸,进一步包含编码接头结构域的接头序列。
实施方案12.实施方案11的分离的核酸,其中所述结构结构域在所述跨膜结构域与所述胞内T细胞信号传导结构域之间。
实施方案13.实施方案11的分离的核酸,其中所述接头结构域在所述胞内T细胞信号传导结构域与胞内共刺激信号传导结构域之间。
实施方案14.实施方案11的分离的核酸,其中所述接头结构域包含序列GGCGG或者GGG。
实施方案15.实施方案1-14之一的分离的核酸,包含:(i)编码所述蛋白质的重链结构域的重链序列,所述重链结构域包含可变重链结构域和所述跨膜结构域;及(ii)编码所述蛋白质的轻链结构域的轻链序列,所述轻链结构域包含可变轻链结构域,其中所述可变重链结构域和所述可变轻链结构域一起形成所述抗体区的至少一部分。
实施方案16.实施方案15的分离的核酸,其包含在所述重链序列与所述轻链序列之间的自裂解肽基序列。
实施方案17.实施方案16的分离的核酸,其中所述自裂解肽基接头序列是T2A序列或者2A序列。
实施方案18.实施方案15-17之一的分离的核酸,其中所述轻链序列在所述重链序列的3’。
实施方案19.实施方案1-18之一的分离的核酸,其中所述抗体区是西妥昔单抗中间位允许的结构域、曲妥珠单抗中间位允许的结构域、帕妥珠单抗中间位允许的结构域、M5A中间位允许的结构域或者利妥昔单抗中间位允许的结构域。
实施方案20.分离的核酸,其编码包含第一部分和第二部分的蛋白质,所述第一部分包含抗体重链可变结构域,所述第二部分包含抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中所述第一部分进一步包含跨膜结构域。
实施方案21.实施方案20的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含胞内T细胞信号传导结构域。
实施方案22.实施方案20的分离的核酸,其中所述胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。
实施方案23.实施方案20-22之一的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案24.实施方案23的分离的核酸,其中所述胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域或者OX-40胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案25.实施方案20-24之一的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含接头结构域。
实施方案26.实施方案25的分离的核酸,其中所述接头结构域在所述跨膜结构域与所述胞内T细胞信号传导结构域之间。
实施方案27.实施方案25的分离的核酸,其中所述接头结构域在所述胞内T细胞信号传导结构域与所述胞内共刺激信号传导结构域之间。
实施方案28.实施方案25的分离的核酸,其中所述接头结构域包含序列GGCGG或GGG。
实施方案29.实施方案20的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案30.实施方案23的分离的核酸分子,其中所述第一部分从氨基末端至羧基末端包含:重链可变结构域,重链恒定结构域,跨膜结构域,CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域和胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案31.实施方案20-30之一的分离的核酸分子,进一步包含位于重链可变结构域与跨膜结构域之间的间隔物区。
实施方案32.实施方案31的分离的核酸,其中所述间隔物区进一步包含铰链区。
实施方案33.实施方案20的分离的核酸,其中抗体重链可变结构域和抗体轻链可变结构域是人源化的。
实施方案34.实施方案20的分离的核酸,其中所述第一部分包含重链恒定结构域。
实施方案35.实施方案20的分离的核酸,包含在所述第一部分与所述第二部分之间的自裂解肽基序列。
实施方案36.实施方案35的分离的核酸,其中所述自裂解肽基编码序列是T2A编码序列或者2A编码序列。
实施方案37.实施方案20的分离的核酸,其中编码所述第二部分的核酸序列在编码所述第一部分的核酸序列的3’。
实施方案38.实施方案1-37之一的分离的核酸,其中所述蛋白质是抗CD19蛋白、抗CD20蛋白、抗CD22蛋白、抗CD30蛋白、抗CD33蛋白、抗CD44v6/7/8蛋白、抗CD123蛋白、抗CEA蛋白、抗EGP-2蛋白、抗EGP-40蛋白、抗erb-B2蛋白、抗erb-B2,3,4蛋白、抗FBP蛋白、抗胎儿乙酰胆碱受体蛋白、抗GD2蛋白、抗GD3蛋白、抗Her2/neu蛋白、抗IL-13R-a2蛋白、抗KDR蛋白、抗k-轻链蛋白、抗LeY蛋白、抗L1细胞粘附分子蛋白、抗MAGE-A1蛋白、抗间皮素蛋白、抗鼠CMV感染的细胞蛋白、抗MUC2蛋白、抗NKGD2蛋白、抗癌胚胎抗原蛋白、抗PCSA蛋白、抗PSMA蛋白、抗TAA(由mAb IfE靶向)蛋白、抗EGFR蛋白、抗TAG-72蛋白或者抗VEGF-72蛋白。
实施方案39.实施方案1-38之一的分离的核酸,进一步包含自杀基因序列。
实施方案40.包含实施方案1-39之一的核酸的表达载体。
实施方案41.实施方案40的表达载体,其中所述表达载体是病毒载体。
实施方案42.实施方案41的表达载体,其中所述病毒是慢病毒或者肿瘤逆转录病毒(onco-retrovirus)。
实施方案43.包含实施方案40-42之一的表达载体的T淋巴细胞。
实施方案44.实施方案43的T淋巴细胞,包含第一种多肽和第二种多肽,第一种多肽包含重链可变结构域、重链恒定结构域、跨膜结构域、CD3ζ信号传导结构域和共刺激T细胞信号传导结构域,第二种多肽包含轻链可变结构域和轻链恒定结构域。
实施方案45.一种重组蛋白质,其包含:(i)抗体区,其包含由重链可变(VH)区和轻链可变(VL)区形成的中央腔,其中所述中央腔形成包含构架区氨基酸残基的肽结合位点;及(ii)跨膜结构域。
实施方案46.实施方案45的重组蛋白质,其中所述抗体区进一步包含重链恒定区(CH)和轻链恒定区(CL)。
实施方案47.实施方案45或46的重组蛋白质,其中所述抗体区包含Fc结构域。
实施方案48.实施方案45-47之一的重组蛋白质,其中所述抗体区是人源化抗体区。
实施方案49.实施方案45-48之一的重组蛋白质,其中所述抗体区不包含scFv抗体区。
实施方案50.实施方案45-49之一的重组蛋白质,其中所述蛋白质进一步包含胞内T细胞信号传导结构域。
实施方案51.实施方案50的重组蛋白质,其中所述胞内T细胞信号传导结构域是CD3ζ胞内T细胞信号传导结构域。
实施方案52.实施方案45-51之一的重组蛋白质,进一步包含胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案53.实施方案52的重组蛋白质,其中所述胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域或者OX-40胞内共刺激信号传导结构域。
实施方案54.实施方案45-53之一的重组蛋白质,进一步包含间隔物区。
实施方案55.实施方案54的重组蛋白质,其中所述间隔物区在所述跨膜结构域与所述抗体区之间。
实施方案56.实施方案45-55之一的重组蛋白质,进一步包含接头结构域。
实施方案57.实施方案56的重组蛋白质,其中接头结构域在所述跨膜结构域与所述胞内T细胞信号传导结构域之间。
实施方案58.实施方案56的重组蛋白质,其中所述接头结构域在所述胞内T细胞信号传导结构域与所述胞内共刺激信号传导结构域之间。
实施方案59.实施方案57或58的重组蛋白质,其中所述接头结构域包含序列GGCGG或GGG。
实施方案60.实施方案45-59之一的重组蛋白质,其中所述抗体区是西妥昔单抗中间位允许的结构域、曲妥珠单抗中间位允许的结构域、帕妥珠单抗中间位允许的结构域、M5A中间位允许的结构域或者利妥昔单抗中间位允许的结构域。
实施方案61.实施方案45-60之一的重组蛋白质,其中包含肽组分的化合物与所述肽结合位点结合。
实施方案62.实施方案61的重组蛋白质,其中所述化合物是多价中间位。
实施方案63.一种包含第一部分和第二部分的重组蛋白质,所述第一部分包含抗体重链可变结构域,所述第二部分包含抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域,其中所述第一部分进一步包含跨膜结构域,及其中所述抗体重链可变结构域、所述抗体轻链可变结构域及所述抗体轻链恒定结构域一起形成抗体区
实施方案64.包含实施方案45-63之一的重组蛋白质的T淋巴细胞,其中所述跨膜结构域在所述T淋巴细胞的细胞膜内。
实施方案65.一种治疗癌症的方法,所述方法包括给有需要的对象施用有效量的实施方案64的T淋巴细胞,其中所述抗体区是抗癌抗体区。
实施方案66.实施方案65的方法,其中所述T淋巴细胞是自体T淋巴细胞。
实施方案67.实施方案65的方法,其中所述T淋巴细胞是异源T淋巴细胞。
实施方案68.实施方案65的方法,其中所述癌症是实体瘤癌症或者血液恶性肿瘤。
实施方案69.实施方案65-68之一的方法,其中所述癌症是卵巢癌、肾细胞癌、B细胞恶性肿瘤、白血病、淋巴瘤、乳腺癌、结肠直肠癌、前列腺癌、神经母细胞瘤、黑素瘤、髓母细胞瘤、肺癌、骨肉瘤、胶质母细胞瘤或者神经胶质瘤。
实施方案70.一种重编程T淋巴细胞的方法,所述方法包括将T淋巴细胞与实施方案40-42之一的表达载体接触。
实施方案71.一种检测癌症的方法,所述方法包括:(i)给癌症患者施用有效量的包含权利要求45-63之一的重组蛋白质的T淋巴细胞及包含能结合所述肽结合位点的肽基部分的化合物,其中所述化合物进一步包含检测标记,及其中所述抗体区是抗癌抗体区;(ii)使得所述化合物结合所述肽结合位点,从而形成重组蛋白质-化合物复合物;及(iii)检测所述癌症患者内的所述重组蛋白质-化合物复合物,从而检测所述癌症。
实施方案72.包含权利要求1的分离的核酸的T淋巴细胞。
序列表
<110> 希望之城
J·C·威廉斯
C·布朗
<120> 嵌合抗原受体组合物
<130> 48440-558001WO
<150> US 62/162,599
<151> 2015-05-15
<160> 110
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 21
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 1
Leu Cys Tyr Leu Leu Asp Gly Ile Leu Phe Ile Tyr Gly Val Ile Leu
1 5 10 15
Thr Ala Leu Phe Leu
20
<210> 2
<211> 27
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 2
Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu
1 5 10 15
Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe Trp Val
20 25
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Gly Leu Gly Ile Phe Phe
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Ile Tyr Ile Trp Ala Pro Leu Ala Gly Thr Cys Gly Val Leu Leu Leu
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Leu Ala Ile Leu Leu
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Pro Glu Glu Glu Glu Gly Gly Cys Glu Leu
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50 55 60
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65 70 75 80
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Met Pro Pro Pro Arg Leu Leu Phe Phe Leu Leu Phe Leu Thr Pro Met
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Glu Val Arg Pro Glu Glu Pro Leu Val Val Lys Val Glu Glu Gly Asp
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Asn Ala Val Leu Gln Cys Leu Lys Gly Thr Ser Asp Gly Pro Thr Gln
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Gln Leu Thr Trp Ser Arg Glu Ser Pro Leu Lys Pro Phe Leu Lys Leu
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Ser Leu Gly Leu Pro Gly Leu Gly Ile His Met Arg Pro Leu Ala Ile
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Cys Gln Pro Gly Pro Pro Ser Glu Lys Ala Trp Gln Pro Gly Trp Thr
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Val Asn Val Glu Gly Ser Gly Glu Leu Phe Arg Trp Asn Val Ser Asp
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Leu Gly Gly Leu Gly Cys Gly Leu Lys Asn Arg Ser Ser Glu Gly Pro
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Ser Ser Pro Ser Gly Lys Leu Met Ser Pro Lys Leu Tyr Val Trp Ala
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Lys Asp Arg Pro Glu Ile Trp Glu Gly Glu Pro Pro Cys Val Pro Pro
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Lys Asp Lys Ala Thr Ile Thr Ala Asp Glu Ser Thr Asn Thr Ala Tyr
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Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
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Ser Thr Lys Val Asp Lys Lys Ile Val Pro Arg Asp Cys Gly Cys Lys
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Pro Cys Ile Cys
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<220>
<223> Synthetic polypeptide
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Asp Arg Val Ser Ile Thr Cys Lys Ala Ser Gln Asp Val Ser Thr Ala
20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Thr Asn Gly Ser Pro Arg Leu Leu Ile
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Ser Trp Ala Ser Thr Arg His Thr Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Val Gln Ala
65 70 75 80
Glu Asp Ile Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Gln His Tyr Thr Thr Pro Leu
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Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Leu Glu Leu Lys Arg Ala Asp Ala Ala
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Pro Thr Val Ser Ile Phe Pro Pro Ser Ser Glu Gln Leu Thr Ser Gly
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Gly Ala Ser Val Val Cys Phe Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Lys Asp Ile
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Asn Val Lys Trp Lys Ile Asp Gly Ser Glu Arg Gln Asn Gly Val Leu
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Asn Ser Trp Thr Asp Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Met Ser
165 170 175
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Thr Cys Glu Ala Thr His Lys Thr Ser Thr Ser Pro Ile Val Lys Ser
195 200 205
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Gly Asp Ile Leu Cys Gly Thr Gly Arg Thr Arg Tyr Asn Glu Lys Leu
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65 70 75 80
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20 25 30
Val Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Thr Asn Gly Ser Pro Arg Leu Leu Ile
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Ser Trp Ala Ser Thr Arg His Thr Gly Val Pro Asp Arg Phe Thr Gly
50 55 60
Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Thr Leu Thr Ile Ser Ser Val Gln Ala
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Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Gln His Tyr Thr Thr Pro Leu
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115 120 125
Gly Ala Ser Val Val Cys Phe Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Lys Asp Ile
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Asn Ser Trp Thr Asp Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Met Ser
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Trp Ile Glu Trp Val Lys Gln Ser Pro Gly His Gly Leu Glu Trp Ile
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Gly Asp Ile Leu Cys Gly Thr Gly Arg Thr Arg Tyr Asn Glu Lys Leu
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50 55 60
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65 70 75 80
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Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu
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195 200 205
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Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu Glu Asn
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275 280 285
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325 330 335
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340 345 350
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405 410 415
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435 440 445
Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser
450 455 460
Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr
465 470 475 480
Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys
485 490 495
Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro
500 505 510
Pro Cys Pro Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gln Pro
515 520 525
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530 535 540
Lys Asn Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser
545 550 555 560
Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr
565 570 575
Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr
580 585 590
Ser Arg Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe
595 600 605
Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys
610 615 620
Ser Leu Ser Leu Ser Leu Gly Lys Met Phe Trp Val Leu Val Val Val
625 630 635 640
Gly Gly Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile
645 650 655
Ile Phe Trp Val Arg Ser Lys Arg Ser Arg Gly Gly His Ser Asp Tyr
660 665 670
Met Asn Met Thr Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln
675 680 685
Pro Tyr Ala Pro Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser Gly Gly Gly
690 695 700
Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly
705 710 715 720
Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr
725 730 735
Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys
740 745 750
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755 760 765
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<220>
<223> Synthetic polypeptide
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<212> PRT
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<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 100
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Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ser Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val
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130 135 140
Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser
145 150 155 160
Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val
165 170 175
Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro
180 185 190
Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys
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Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys Pro
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<400> 102
Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Gly Ser Gly
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<400> 103
Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu
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<213> Artificial Sequence
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Gly Gly Gly
1
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<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 108
Leu Glu Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp
1 5 10 15
Val Glu Glu Asn Pro Gly Pro Arg
20
<210> 109
<211> 236
<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 109
Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro
1 5 10 15
Ala Phe Leu Leu Ile Pro Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ile Leu
20 25 30
Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr Ile Thr Cys Arg Ala Ser
35 40 45
Gln Asp Val Asn Thr Ala Val Ala Trp Tyr Gln Gln Arg Thr Asn Gly
50 55 60
Ser Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Ser Ala Ser Phe Leu Tyr Ser Gly Val
65 70 75 80
Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Arg Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr
85 90 95
Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Gln Gln
100 105 110
His Tyr Thr Thr Pro Pro Thr Phe Gly Ala Gly Thr Lys Val Glu Ile
115 120 125
Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp
130 135 140
Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn
145 150 155 160
Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu
165 170 175
Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp
180 185 190
Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr
195 200 205
Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser
210 215 220
Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys
225 230 235
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<212> PRT
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic polypeptide
<400> 110
Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu Cys Glu Leu Pro His Pro
1 5 10 15
Ala Phe Leu Leu Ile Pro Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly
20 25 30
Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly
35 40 45
Phe Asn Ile Lys Asp Thr Tyr Ile His Trp Val Arg Gln Ser Pro Gly
50 55 60
Lys Gly Leu Glu Trp Val Ala Arg Ile Tyr Pro Thr Asn Gly Tyr Thr
65 70 75 80
Arg Tyr Ala Asp Ser Val Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Ala Asp Thr
85 90 95
Ser Lys Asn Thr Ala Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Arg Ala Glu Asp
100 105 110
Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ser Arg Trp Gly Gly Asp Gly Phe Tyr Ala
115 120 125
Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser
130 135 140
Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr
145 150 155 160
Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro
165 170 175
Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val
180 185 190
His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser
195 200 205
Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile
210 215 220
Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Lys Val
225 230 235 240
Glu Pro Lys Ser Cys Glu Ser Lys Tyr Gly Pro Pro Cys Pro Pro Cys
245 250 255
Pro Gly Gly Gly Ser Ser Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gln Pro Arg Glu
260 265 270
Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Gln Glu Glu Met Thr Lys Asn
275 280 285
Gln Val Ser Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile
290 295 300
Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr
305 310 315 320
Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Arg
325 330 335
Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Glu Gly Asn Val Phe Ser Cys
340 345 350
Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu
355 360 365
Ser Leu Ser Leu Gly Lys Met Phe Trp Val Leu Val Val Val Gly Gly
370 375 380
Val Leu Ala Cys Tyr Ser Leu Leu Val Thr Val Ala Phe Ile Ile Phe
385 390 395 400
Trp Val Arg Ser Lys Arg Ser Arg Gly Gly His Ser Asp Tyr Met Asn
405 410 415
Met Thr Pro Arg Arg Pro Gly Pro Thr Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr
420 425 430
Ala Pro Pro Arg Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser Gly Gly Gly Arg Val
435 440 445
Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly Gln Asn
450 455 460
Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr Asp Val
465 470 475 480
Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys Pro Arg
485 490 495
Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys Asp Lys
500 505 510
Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg Arg Arg
515 520 525
Gly Lys Gly His Asp Gly Leu Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala Thr Lys
530 535 540
Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg Leu Glu
545 550 555 560
Gly Gly Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu
565 570 575
Glu Asn Pro Gly Pro Arg Met Leu Leu Leu Val Thr Ser Leu Leu Leu
580 585 590
Cys Glu Leu Pro His Pro Ala Phe Leu Leu Ile Pro Asp Ile Gln Met
595 600 605
Thr Gln Ser Pro Ile Leu Leu Ser Ala Ser Val Gly Asp Arg Val Thr
610 615 620
Ile Thr Cys Arg Ala Ser Gln Asp Val Asn Thr Ala Val Ala Trp Tyr
625 630 635 640
Gln Gln Arg Thr Asn Gly Ser Pro Arg Leu Leu Ile Tyr Ser Ala Ser
645 650 655
Phe Leu Tyr Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly Ser Arg Ser Gly
660 665 670
Thr Asp Phe Thr Leu Thr Ile Ser Ser Leu Gln Pro Glu Asp Glu Ala
675 680 685
Asp Tyr Tyr Cys Gln Gln His Tyr Thr Thr Pro Pro Thr Phe Gly Ala
690 695 700
Gly Thr Lys Val Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala Pro Ser Val Phe
705 710 715 720
Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val
725 730 735
Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp
740 745 750
Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr
755 760 765
Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr
770 775 780
Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val
785 790 795 800
Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly
805 810 815
Glu Cys

Claims (17)

1.一种编码蛋白质的分离的核酸,包含:
(i)包含抗体重链可变结构域和抗体重链恒定结构域的第一部分;
(ii)包含抗体轻链可变结构域和抗体轻链恒定结构域的第二部分;
(iii)所述第一部分和所述第二部分之间的自切割肽基序列;和
(iv)CD3ζ细胞内T细胞信号传导结构域;
其中所述第一部分进一步包含跨膜结构域;和
其中编码所述第二部分的核酸序列是编码所述第一部分的核酸序列的3'。
2.权利要求1的分离的核酸,其中所述蛋白质从氨基末端到羧基末端包含:所述重链可变结构域、所述重链恒定结构域、所述跨膜结构域和所述第二部分。
3.权利要求2的分离的核酸,其中所述抗体重链可变结构域和所述抗体轻链可变结构域是人源化的。
4.权利要求21的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含细胞内共刺激信号传导结构域。
5.权利要求4的分离的核酸,其中所述细胞内共刺激信号传导结构域是CD28胞内共刺激信号传导结构域、4-1BB胞内共刺激信号传导结构域、ICOS胞内共刺激信号传导结构域或OX-40细胞内共刺激信号传导结构域。
6.权利要求4的分离的核酸,进一步包含位于所述重链可变结构域和所述跨膜结构域之间的间隔区。
7.权利要求6的分离的核酸,其中所述间隔区进一步包含铰链区。
8.权利要求6的分离的核酸,其中所述第一部分进一步包含接头结构域。
9.权利要求8的分离的核酸,其中所述接头结构域在所述跨膜结构域和所述细胞内T细胞信号传导结构域之间。
10.权利要求9的分离的核酸,其中所述接头结构域在所述细胞内T细胞信号传导结构域和所述细胞内共刺激信号传导结构域之间。
11.权利要求8的分离的核酸,其中所述接头结构域包含序列GGCGG(SEQ ID NO:121)或GGG。
12.根据权利要求21所述的分离的核酸,其中所述自切割肽基编码序列是T2A编码序列或2A编码序列。
13.如权利要求1所述的分离的核酸,其中所述蛋白是抗-CD19蛋白、抗-CD20蛋白、抗-CD22蛋白、抗-CD30蛋白、抗-CD33蛋白、抗-CD44v6/7/8蛋白、抗-CD123蛋白、抗CEA蛋白、抗EGP-2蛋白、抗EGP-40蛋白、抗erb-B2蛋白、抗erb-B3蛋白、抗erb-B4蛋白、抗FBP蛋白、抗胚胎乙酰胆碱受体蛋白、抗GD2蛋白、抗GD3蛋白、抗Her2/neu蛋白、抗IL-13R-a2蛋白、抗KDR蛋白、抗k-轻链蛋白、抗LeY蛋白、抗-L1细胞粘附分子蛋白、抗MAGE-A1蛋白、抗间皮素蛋白、抗鼠CMV感染细胞蛋白、抗MUC2蛋白、抗NKGD2蛋白、抗癌胚胎抗原蛋白、抗PCSA蛋白、抗-PSMA蛋白、抗TAA蛋白、抗EGFR蛋白、抗TAG-72蛋白或抗VEGF-72蛋白。
14.一种表达载体,包含权利要求1所述的核酸。
15.包含权利要求14的所述表达载体的T淋巴细胞。
16.包含权利要求1的所述蛋白质的T淋巴细胞。
17.一种治疗癌症的方法,所述方法包括向有需要的对象施用有效量的权利要求16的所述T淋巴细胞,其中所述抗体重链可变结构域和所述抗体轻链可变结构域形成抗癌症抗体区域的部分。
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