KR20240046558A - 항-수용체 관련 티로신 키나제 (ryk) 항체 및 이의 용도 - Google Patents

항-수용체 관련 티로신 키나제 (ryk) 항체 및 이의 용도 Download PDF

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KR20240046558A
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토마스 제이 킵스
2세 조지 에프 위드호프
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더 리전츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아
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Abstract

특히, 수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk)에 높은 효율성 및 특이성으로 결합하는 항체가 본원에 제공된다. 본원에 제공된 항체 및 항체 조성물은 예를 들어, 신규한 경쇄 및 중쇄 도메인 CDR 및 프레임워크 영역을 포함하며, 특히, 암 및 기타 RYK 관련 질환을 진단하고 치료하는 데 유용하다. 구현예에서, 본원에 제공된 항-RYK 항체는 인간 RYK 단백질에 결합할 수 있지만, 마우스 RYK 단백질에는 결합할 수 없다.

Description

항-수용체 관련 티로신 키나제 (RYK) 항체 및 이의 용도
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2021년 8월 18일에 출원된 미국 가출원 번호 63/234,527에 대한 우선권을 주장하며, 이는 그 전체 내용이 모든 목적을 위해 참조로 본원에 포함된다.
연방정부가 지원하는 연구 및 개발에 따라 이루어진 발명에 대한 권리에 관한 진술
본 발명은 미국국립보건원이 부여하는 CA236361 하의 정부 지원으로 이루어졌다. 정부는 발명에 대한 특정 권리를 갖는다.
서열 목록
첨부된 서열 목록의 자료는 그 전체 내용이 참조로 본원에 포함된다. "048537-648001WO_SL_ST26.xml"로 명명된, 첨부 파일은 2022년 8월 15에 생성되었으며, 120,584 바이트이다. Windows OS를 사용하는 컴퓨터에서는 Microsoft Word를 사용하여 파일에 접근할 수 있다.
수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk)는 Wingless-int (Wnt) 리간드, 예를 들어 Wnt1,1 Wnt3a,1 Wnt5a,2 및 가능하게는 Wnt5b3에 대한 고도로 보존된, 단일 통과 막횡단 수용체이다. 세포외 도메인은 WIF (Wnt 억제 인자-1 유사) 도메인을 가지며, 이는 β-카테닌-의존적 및 β-카테닌-독립적 (예를 들어 비표준) Wnt 신호 전달 경로의 활성화에 영향을 미치는 Wnt 신호 전달 네트워크의 누화에 대한 프리즐드 (Frz) 수용체와 복합체 형성을 시작할 수 있다.1,4,5 세포질 도메인은 티로신 키나제 도메인을 가지며, 이는 명백한 키나제 활성이 부족하다.5-7. 그러나, Ryk의 세포질 도메인은 감마-분비효소에 의해 절단되어 핵 전위를 위해 방출될 수 있으며,8 이는 세포 신호 전달을 조절하는 데 대체 역할을 할 수 있음을 시사한다.
Ryk는 축삭 성장, 심혈관 및 두개안면 발달, 태아 간 조혈을 조절하는 배아 발달에서 주로 역할을 하는 것으로 보인다.9-11,12 RYK의 게놈 파괴는 주산기 치사율을 초래한다. 초기 발달에서 Ryk의 중요성에도 불구하고, 이의 발현은 발달 중에 약화되는 것으로 보이며 산후 조직에서는 확실하게 발현되지 않는 것으로 보인다. 그러나, Ryk를 발현하는 생존 세포와 반응하는 높은 친화성을 갖는 고도로 특이적인 항-Ryk 단일클론 항체 (mAb)가 없었기 때문에, Ryk의 출생 후 발현은 과소연구되었다.
그러나, 주목할 만한 것은 다양한 암에 의한 Ryk의 발현을 기술하는 보고가 있다.5 예를 들어, Ryk는 교모세포종에서 발현되는 것으로 보이며, 이는 Wnt/β-카테닌 경로를 조절하는 능력을 통해 교모세포종 세포의 '줄기성'을 촉진한다.13 더욱이, Ryk는 유방암에서 발현될 수 있는데, 여기서 이는 유방암 종양 시작 세포의 확장을 촉진하고 유방암 세포 성장을 향상시키는 것으로 나타났다.14,15 Ryk는 또한 위암 종양 발생과 관련이 있다.16 또한, 다양한 암에 의한 Ryk 발현 평가는 암세포와 정상적인 산후 조직에서 Ryk의 상대적 발현을 검사할 수 있는 고도로 특이적인 항-Ryk mAb가 부족하여 어려움을 겪었다.
예를 들어, 초기 발생 및 신생물에서 Ryk의 기능적 중요성을 연구하기 위해 Ryk를 발현하는 세포에 대해 고도로 특이적인 mAb에 대한 필요성이 해당 분야에 존재한다. 따라서, 검출, 제거, 기능 억제, 면역 매개 파괴 또는 표적 약물 전달을 위해 Ryk를 발현하는 세포를 표적으로 삼는 mAb에 대한 당업계의 요구가 있다. 세포에서 Ryk의 발현을 평가하는 데 사용되는 상용 시약은 이종 항혈청에서 유래한 항체, 예를 들어 양 항-Ryk (R&D systems)이다. 이들 항-Ryk 항체는 Ryk에 대한 결합성을 갖도록 선택되었다. 그러나, 이는 인간 Ryk에 특이적이지 않으며 인간 Ryk를 발현하지 않는 세포와 교차 반응한다. 인간 Ryk에 특이적인 것으로 주장되는 상업적으로 이용 가능한 mAb가 하나 있다 (예를 들어 SAP18, LSBio 2401 Fourth Avenue Suite 900, Seattle WA 98121). 그러나, 이 mAb는 분명히 변성된 인간 Ryk와 반응한다. 이와 같이, 이 mAb는 면역블롯 또는 ELISA 분석에서 Ryk를 검출하는 데 사용할 수 있지만, 생존 세포의 세포 표면 Ryk에 대한 특이적 결합이 분명히 부족하기 때문에 유세포 분석에 사용하는 것은 검증되지 않았다. 요약하면, 이전에 생성된 항-Ryk 항체는 Ryk를 발현하는 암 환자의 치료에 잠재적으로 사용하기에 적합하지 않은 것으로 보인다.
특히, 당업계의 이러한 요구와 다른 요구에 대한 해결책이 본원에 제공된다.
한 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함한다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함한다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함한다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함한다.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항-RYK 항체를 암호화하는 단리된 핵산이 제공된다.
다른 양태에서 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항-RYK 항체를 포함하는 세포, 또는 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 핵산이 제공된다.
다른 양태에서 이의 구현예를 포함하는 치료 유효량의 본원에 제공된 항체 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 조성물이 제공된다.
다른 양태에서 RYK 단백질에 결합할 수 있는 항체를 형성하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 서열 번호 129의 서열을 포함하는 펩티드로 포유동물을 면역화시키는 단계를 포함한다.
다른 양태에서 RYK 발현 세포를 검출하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (i) RYK 발현 세포와 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항체를 접촉시키는 단계; (ii) 및 세포에 의해 발현된 RYK 단백질에 대한 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함한다.
다른 양태에서 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 치료 유효량의 항-RYK 항체를 대상체에 투여하는 단계를 포함한다.
다른 양태에서 항-RYK 항체를 식별하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (i) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 제1 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; (ii) 제1 RYK 폴리펩티드에 결합하는 항체를 검출하는 단계; (iii) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하지 않는 제2 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; 및 (iv) 제2 RYK 폴리펩티드에 결합하지 않는 항체를 검출하여, 항-RYK 항체를 식별하는 단계.
도 1은 인간 및 마우스 RYK의 세포외 영역 비교를 예시한다. 인간 (hRYK, 상단 서열; 서열 번호 132) 및 마우스 (mRYK, 하단 서열, 서열 번호 131) RYK의 세포외 영역의 아미노산 서열 정렬을 나타낸다. 점은 해당 위치의 상동성을 나타내는 반면, 차이는 단일 문자 아미노산 코돈으로 지정된다. 신호 펩티드 및 WIF 도메인은 서열 (서열 번호 132) 위의 선으로 표지되고 표시된다.
도 2a-2d는 2-D11 (도 2a, 서열 번호 15 및 서열 번호 16), 7-H10 (도 2b, 서열 번호 31 및 서열 번호 32), 11-E9 (도 2c, 서열 번호 47 및 서열 번호 48) 및 3-C12 (도 2d, 서열 번호 63 및 서열 번호 64)로 지정된 4개의 마우스 항-인간 RYK 하이브리도마 각각에 대해 묘사된 가장 가까운 마우스 IGHV (상단 서열) 또는 IGKV (하단 서열) 생식계통 유전자에 대한 아미노산 서열 및 정렬을 예시한다. 각 정렬에 대해 상단 서열은 제1 프레임워크 영역의 제1 코돈에서 시작하여 제4 프레임워크 영역의 마지막 코돈으로 끝나는 중쇄 또는 경쇄 가변 영역의 아미노산 서열을 묘사한다. 하단 서열은 가장 상동성이 높은 마우스 IGHV 또는 IGKV 생식계통 유전자의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역의 아미노산 서열을 묘사한다. 점은 해당 위치의 상동성을 나타내는 반면, 차이는 단일 문자 아미노산 코돈으로 지정된다. 프레임워크 (FR) 및 상보성 결정 (CDR) 영역은 서열 위에 표시되어 있다.
도 3은 본 개시내용에서 각각의 항-인간 RYK mAb에 의해 결합된 결합 영역 에피토프 hRYK를 맵핑하는 데 사용된 hRYK의 돌연변이 형태와 hROR1 (서열 번호 129)의 세포외 도메인의 비교를 예시한다. 아미노산 서열에 의해 표시되는 단백질의 이름은 왼쪽 여백에 표시된다. 아미노산은 단일 문자 아미노산 코드로 표시된다. 오른쪽 여백이나 서열 위에 제공된 숫자는 아래 아미노산 잔기의 위치에 대한 숫자이다. 서열의 점은 해당 위치에서 hRYK와의 서열 상동성을 나타낸다. 문자는 해당 위치에서 hRYK에 존재하는 것과 다른 돌연변이 RYK의 아미노산을 나타낸다. RYK 세포외 도메인의 WIF 도메인은 밑줄 친 아미노산 서열 위에 표시된다.
도 4a-4b는 인간 RYK (서열 번호 129)의 세포외 도메인에 대한 항-인간 Ryk mAb의 결합에 필요한 아미노산의 식별을 예시한다. 도 4a는 2-D11, 7-H10, 3-C12, 11-E9, 6-B5, 6-D10 및 양 항-RYK mAb의 결합을 세포외 도메인 내에서 인간과 마우스 RYK 사이에 다른 하나의 아미노산이 마우스 RYK의 상응하는 아미노산으로 대체된 재조합 인간 RYK 단백질 (서열 번호 129)을 사용하여 평가하는 실험을 예시한다. 각각의 재조합 단백질을 나일론 막으로 옮기고, 표시된 항-RYK mAb 또는 양 항-RYK Ab로 탐침하고, 양고추냉이 퍼옥시다제와 접합된 항-마우스 IgG 또는 당나귀-항-양 항체로 검출했다. 토끼 항-IgG 블롯팅은 재조합 단백질이 토끼 IgG 태그 fpr 정제를 갖기 때문에 단백질 블롯팅 및 검출에 양성이다. 인간 및 마우스 RYK의 세포외 도메인의 단백질 서열 정렬이 하단 패널에 표시되어 있으며 박스 안의 아미노산은 각 재조합 단백질에 대해 이루어진 아미노산 변화를 나타낸다. 도 4b는 결합을 추가로 평가하기 위해 2-D11 항체를 사용한 추가 블롯팅을 예시하며, 여기서 인간 RYK 단백질 (서열 번호 129)의 리더 펩티드 내에서 또는 WIF 도메인에 인접한 코딩 영역에서 치환이 이루어졌다. mRYK 48-57을 갖는 hRYK는 위치 48-57에서 쥐 아미노산이 치환된 인간 RYK이며, 인간 RYK에 융합된 쥐 리더 영역의 치환과 마찬가지로 인간 RYK에 대한 결합 손실을 부여한다.
도 5a-5b는 mAb 2-D11의 가변 영역 서열을 예시한다. 도 5a는 mAb 2-D11의 Ig 중쇄 가변 영역 서열을 나타낸다. 도 5b는 mAb 2-D11의 Ig 카파 사슬 가변 영역 서열을 나타낸다.
도 6a-6b는 mAb 7-H10의 가변 영역 서열을 예시한다. 도 6a는 mAb 7-H10의 Ig 중쇄 가변 영역 서열을 나타낸다. 도 6b는 mAb 7-H10의 Ig 카파 사슬 가변 영역 서열을 나타낸다.
도 7a-7b는 재조합 인간 RYK2 단백질에 대한 2-D11 및 7-H10 mAb의 결합의 친화도 측정을 예시한다. KinExA 3200 기기를 사용하여 분석을 수행했다. 도 7a: 증가하는 몰 (M) 농도의 가용성 RYK 경쟁자 (x-축)의 존재하에 RYK 단백질 (y-축)로 코팅된 입자에 결합하는 항-인간 RYK mAb의 비율을 2-D11 mAb (상단 왼쪽 패널) 및 7-H10 mAb (하단 왼쪽 패널)에 대해 나타낸다. 도 7b: 인간 RYK에 대한 결합에 대해 2-D11 mAb (상단 오른쪽 패널) 및 7-H10 mAb (하단 오른쪽 패널)의 측정된 KD에 대한 95% 신뢰 구간 예시.
도 8은 인간 RYK에 특이적으로 결합하는 2-D11 항-인간 RYK mAb를 예시한다. 인간 RYK에 대한 2-D11 mAb의 결합을 유세포 분석 염색 및 여러 세포주의 분석을 통해 평가되었다. 세포를 10 ug/ml의 2-D11 항-인간 RYK-Alexa647 접합 mAb (음영 히스토그램) 또는 동일한 양의 이소형 일치 대조군 mAb (열린 히스토그램)로 20분 동안 얼음 위에서 염색하고 세척하고 분석했다. 히스토그램은 광산란 특성에 따라 결정된 생존 세포의 상대적 형광 강도 (x 축)을 나타낸다. ++, + 및 음성은 이소형 대조군 염색 세포의 MFI에 대한 염색 세포의 중간 형광 강도 (MFI)의 비율을 기준으로 이들 세포주 및 다른 세포주에 대해 표 1에 표시된 염색 수준에 해당한다.
도 9는 성인 혈액, 제대혈 (N=2), 편도선 (N-2), 또는 비장으로부터의 림프 세포의 2-D11 염색의 예를 예시한다.
도 10은 일차 계대 유방암 환자 유래 이종이식편 (PDX)을 예시한다. 에스트로겐/프로게스테론 수용체 음성 및 HER2-음성 유방암 (삼중 음성 유방암, TNBC)에서 유래된 원발성 계대 (T1) 유방암 PDX (M0026). M0026의 인간 TNBC 세포를 단일 세포로 해리하고, 이를 형광색소 결합 이소형 대조군 mAb (Cont mAb, 진회색 히스토그램) 또는 형광색소 접합 2-D11 (밝은 회색 음영 히스토그램)로 염색한 다음 유세포 분석기로 분석했다. Cont mAb 염색된 세포는 염색되지 않은 세포와 동일한 형광을 나타냈다 (나타내지 않음).
본 발명의 다양한 구현예 및 양태가 본원에 도시되고 설명되어 있지만, 이러한 구현예 및 양태는 단지 예로서 제공된다는 것이 당업자에게 명백할 것이다. 본 발명을 벗어나지 않으면서 당업자는 다양한 변형, 변화 및 대체를 할 수 있을 것이다. 본원에 기술된 본 발명의 구현예에 대한 다양한 대안이 본 발명을 실시하는데 이용될 수 있다는 것이 이해되어야 한다.
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본원에 사용된 약어는 화학 및 생물학 분야에서 통상적인 의미를 갖는다. 본원에 제시된 화학 구조 및 화학식은 화학 분야에 공지된 화학적 원자가의 표준 규칙에 따라 구성된다.
정의
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 기술 및 과학 용어는 당업자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다. 예를 들어, Singleton et al., DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOGY 2nd ed., J. Wiley & Sons (New York, NY 1994); Sambrook et al., MOLECULAR CLONING, A LABORATORY MANUAL, Cold Springs Harbor Press (Cold Springs Harbor, NY 1989) 참조. 본원에 기술된 것과 유사하거나 등가인 임의의 방법, 장치 및 재료가 본 발명의 실시에 사용될 수 있다. 하기 정의는 본원에서 자주 사용되는 특정 용어의 이해를 돕기 위해 제공되며, 본 개시내용의 범위를 제한하려는 의도는 아니다.
"핵산"은 단일 가닥, 이중 가닥 또는 다중 가닥 형태의 뉴클레오티드 (예를 들어, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드) 및 이의 중합체, 또는 이의 보체; 또는 뉴클레오시드 (예를 들어, 데옥시리보뉴클레오시드 또는 리보뉴클레오시드)를 지칭한다. 구현예에서, "핵산"은 뉴클레오시드를 포함하지 않는다. 용어 "폴리뉴클레오티드," "올리고뉴클레오티드," "올리고" 등은 일반적이고 관례적인 의미에서 뉴클레오티드의 선형 서열을 지칭한다. 용어 "뉴클레오시드"는 일반적이고 관례적인 의미에서 핵염기와 5탄당 (리보스 또는 데옥시리보스)를 포함하는 글리코실아민을 지칭한다. 비제한적인 예는 시티딘, 우리딘, 아데노신, 구아노신, 티미딘 및 이노신을 포함한다. 용어 "뉴클레오티드"는 일반적이고 관례적인 의미에서 폴리뉴클레오티드의 단일 단위, 즉, 단량체를 지칭한다. 뉴클레오티드는 리보뉴클레오티드, 데옥시리보뉴클레오티드 또는 이의 변형된 버전일 수 있다. 본원에서 고려되는 폴리뉴클레오티드의 예는 단일 가닥 및 이중 가닥 DNA, 단일 가닥 및 이중 가닥 RNA, 및 단일 및 이중 가닥 DNA 및 RNA의 혼합물을 갖는 하이브리드 분자를 포함한다. 본원에서 고려되는 핵산, 예를 들어 폴리뉴클레오티드의 예는 임의의 유형의 RNA, 예를 들어 mRNA, siRNA, miRNA, 및 가이드 RNA 및 임의의 유형의 DNA, 게놈 DNA, 플라스미드 DNA, 및 미니서클 DNA, 및 이들의 임의의 단편을 포함한다. 폴리뉴클레오티드와 관련하여 용어 "이중체"는 일반적이고 관례적인 의미에서 이중 가닥을 지칭한다. 핵산은 선형 또는 분지형일 수 있다. 예를 들어, 핵산은 뉴클레오티드의 선형 사슬일 수 있거나 예를 들어, 핵산이 뉴클레오티드의 하나 이상의 팔 또는 가지를 포함하도록 분지형일 수 있다. 임의로, 분지형 핵산은 반복적으로 분지화되어 덴드리머 등과 같은 고차원 구조를 형성한다.
예를 들어, 포스포티오에이트 백본을 갖는 핵산을 포함하는 핵산은 하나 이상의 반응성 모이어티를 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 반응성 모이어티는 공유, 비공유 또는 다른 상호작용을 통해 다른 분자, 예를 들어, 핵산 또는 폴리펩티드와 반응할 수 있는 임의의 그룹을 포함한다. 예로서, 핵산은 공유, 비공유 또는 기타 상호작용을 통해 단백질 또는 폴리펩티드 상의 아미노산과 반응하는 아미노산 반응성 모이어티를 포함할 수 있다.
또한, 용어는 공지된 뉴클레오티드 유사체 또는 변형된 백본 잔기 또는 연결을 함유하는 핵산을 포함하고, 이는 합성, 천연 발생, 및 비천연 발생이고, 참조 핵산과 유사한 결합 특성을 가지며, 참조 뉴클레오티드와 유사한 방식으로 대사된다. 이러한 유사체의 예는 제한 없이, 예를 들어, 포스포라미데이트, 포스포로디아미데이트, 포스포로티오에이트 (포스페이트에서 산소를 대체하는 이중 결합 황을 갖는 포스포티오에이트로도 알려짐), 포스포로디티오에이트, 포스포노카르복실산, 포스포노카르복실레이트, 포스포노아세트산, 포스포노포름산, 메틸 포스포네이트, 붕소 포스포네이트, 또는 O-메틸포스포로아미다이트 연결을 포함하는 포스포디에스테르 유도체 (Eckstein, OLIGONUCLEOTIDES AND ANALOGUES: A PRACTICAL APPROACH, Oxford University Press 참조) 뿐만 아니라 5-메틸 시티딘 또는 슈도유리딘과 같은 뉴클레오티드 염기에 대한 변형.; 및 펩티드 핵산 백본 및 연결을 포함한다. 다른 유사 핵산은 미국 특허 번호 5,235,033 및 5,034,506, 및 ASC 심포지엄 시리즈 580, CARBOHYDRATE MODIFICATIONS IN ANTISENSE RESEARCH, Sanghui & Cook, eds. 6 및 7장에 기술된 것을 포함하는, 양성 백본; 비이온성 백본, 변형된 당, 및 비리보스 백본 (예를 들어 당업계에 공지된 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고 또는 잠긴 핵산 (LNA))을 가진 것을 포함한다. 하나 이상의 카르보시클릭 당을 함유한 핵산도 핵산의 한 정의에 포함된다. 리보스-포스페이트 백본의 변형은 다양한 이유로, 예를 들어, 생리학적 환경에서 이러한 분자의 안정성 및 반감기를 증가시키거나 바이오칩의 프로브로서 수행될 수 있다. 자연 발생 핵산과 유사체의 혼합물이 만들어질 수 있고; 대안적으로, 상이한 핵산 유사체의 혼합물, 그리고 자연 발생 핵산과 유사체의 혼합물이 만들어질 수 있다. 구현예에서, DNA의 뉴클레오티드 간 연결은 포스포디에스테르, 포스포디에스테르 유도체, 또는 둘 다의 조합이다.
핵산은 비특이적 서열을 포함할 수 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "비특이적 서열"은 임의의 다른 핵산 서열에 상보적이지 않거나 부분적으로만 상보적인 일련의 잔기를 함유하는 핵산 서열을 지칭한다. 예로서, 비특이적 핵산 서열은 세포 또는 유기체와 접촉될 때 억제 핵산으로 기능하지 않는 핵산 잔기의 서열이다. 구현예에서, 비특이적 핵산 서열은 생물학적 기능을 암호화하지 않는다. 구현예에서, 비특이적 핵산 서열은 스크램블된 핵산 서열이다. 본원에 제공된 "스크램블된 핵산 서열"은 시험관 내에서 서로 무작위로 연결된 뉴클레오티드를 포함하는 재조합 핵산 서열이다. 스크램블링된 핵산 서열은 시험 핵산 서열의 활성 (생물학적 기능)과 관련된 대조군 또는 참조 서열로서 당업계에서 일반적으로 사용된다.
폴리뉴클레오티드는 전형적으로 4개의 뉴클레오티드 염기의 특정 서열로 구성된다: 아데닌 (A); 시토신 (C); 구아닌 (G); 및 티민 (T) (폴리뉴클레오티드가 RNA인 경우 티민 (T)에 대해 우라실 (U)). 따라서, 용어 "폴리뉴클레오티드 서열"은 폴리뉴클레오티드 분자를 알파벳순으로 표현한 것이다; 대안적으로, 용어는 폴리뉴클레오티드 분자 자체에 적용될 수 있다. 이 알파벳순 표현은 중앙 처리 장치가 있는 컴퓨터의 데이터베이스에 입력될 수 있으며 기능 유전체학 및 상동성 검색과 같은 생물정보학 응용 프로그램에 사용될 수 있다. 폴리뉴클레오티드는 임의로 하나 이상의 비표준 뉴클레오티드(들), 뉴클레오티드 유사체(들) 및/또는 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "보체"는 뉴클레오티드 (예를 들어, RNA 또는 DNA) 또는 상보적인 뉴클레오티드 또는 뉴클레오티드 서열과 염기쌍을 이룰 수 있는 뉴클레오티드 서열을 지칭한다. 본원에 기술되고 당업계에 일반적으로 공지된 바와 같이 아데노신의 상보적인 (일치하는) 뉴클레오티드는 티미딘이고, 구아노신의 상보적인 (일치하는) 뉴클레오티드는 시토신이다. 따라서, 보체는 제2 핵산 서열의 상응하는 상보적인 뉴클레오티드와 염기쌍을 이루는 뉴클레오티드의 서열을 포함할 수 있다. 보체의 뉴클레오티드는 제2 핵산 서열의 뉴클레오티드와 부분적으로 또는 완전히 일치할 수 있다. 보체의 뉴클레오티드가 제2 핵산 서열의 각 뉴클레오티드와 완전히 일치하는 경우, 보체는 제2 핵산 서열의 각 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성한다. 보체의 뉴클레오티드가 제2 핵산 서열의 뉴클레오티드와 부분적으로 일치하는 경우 보체의 뉴클레오티드 중 일부만이 제2 핵산 서열의 뉴클레오티드와 염기쌍을 형성한다. 상보적인 서열의 예는 코딩 및 비코딩 서열을 포함하고, 여기서 비코딩 서열은 코딩 서열에 대한 상보적인 뉴클레오티드를 함유하여 코딩 서열의 보체를 형성한다. 상보적인 서열의 추가 예는 센스 및 안티센스 서열이며, 여기서 센스 서열은 안티센스 서열에 대한 상보적인 뉴클레오티드를 함유하여 안티센스 서열의 보체를 형성한다.
본원에 기술된 바와 같이 서열의 상보성은 부분적일 수 있고, 여기서 핵산 중 일부만이 염기쌍에 따라 일치하거나, 또는 완전할 수 있으며, 여기서 모든 핵산이 염기쌍에 따라 일치할 수 있다. 따라서, 서로 상보적인 2개의 서열은 동일한 뉴클레오티드의 특정 백분율을 가질 수 있다 (즉, 특정 영역에 대해 약 60% 동일성, 바람직하게는 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 그 이상의 동일성).
용어 "아미노산"은 자연 발생 및 합성 아미노산뿐만 아니라 자연 발생 아미노산과 유사한 방식으로 기능하는 아미노산 유사체 및 아미노산 모방체를 지칭한다. 자연 발생 아미노산은 유전자 코드에 의해 암호화된 아미노산일 뿐만 아니라 나중에 변형되는 아미노산, 예를 들어, 히드록시프롤린, γ-카르복시글루타메이트, 및 O-포스포세린이다. 아미노산 유사체는 자연 발생 아미노산과 동일한 기본 화학 구조를 갖는 화합물, 즉, 수소, 카르복실 기, 아미노 기 및 R 기, 예를 들어, 호모세린, 노르류신, 메티오닌 설폭사이드, 메티오닌 메틸 설포늄에 결합된 α 탄소를 갖는 화합물을 지칭한다. 이러한 유사체는 변형된 R 기 (예를 들어, 노르류신) 또는 변형된 펩티드 백본을 가지지만, 자연 발생 아미노산과 동일한 기본 화학 구조를 유지한다. 아미노산 모방체는 아미노산의 일반적인 화학 구조와는 다른 구조를 가지지만 자연적으로 발생하는 아미노산과 유사한 방식으로 기능하는 화학 화합물을 지칭한다. 용어 "비자연 발생 아미노산" 또는 "비천연 아미노산"은 자연에서 발견되지 않는 아미노산 유사체, 합성 아미노산 및 아미노산 모방체를 지칭한다.
아미노산은 일반적으로 알려진 세 글자 기호 또는 IUPAC-IUB 생화학 명명법 위원회에서 권장하는 한 글자 기호로 본원에서 지칭될 수 있다. 마찬가지로 뉴클레오티드도 일반적으로 허용되는 단일 문자 코드로 지칭될 수 있다.
용어 "폴리펩티드," "펩티드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 본원에서 상호 교환적으로 사용되며, 구현예에서 중합체는 아미노산으로 구성되지 않는 모이어티에 접합될 수 있다. 용어는 하나 이상의 아미노산 잔기가 상응하는 자연 발생 아미노산의 인공 화학적 모방체인 아미노산 중합체뿐만 아니라 자연 발생 아미노산 중합체 및 비천연 발생 아미노산 중합체에도 적용된다. "융합 단백질"은 단일 모이어티로서 재조합적으로 발현되는 2개 이상의 별도의 단백질 서열을 암호화하는 키메라 단백질을 지칭한다.
아미노산 또는 뉴클레오티드 염기 "위치"는 N-말단 (또는 5'-말단)에 대한 위치를 기준으로 참조 서열의 각 아미노산 (또는 뉴클레오티드 염기)을 순차적으로 식별하는 숫자로 표시된다. 최적의 정렬을 결정할 때 고려해야 할 결실, 삽입, 절단, 융합 등으로 인해, 일반적으로 단순히 N 말단부터 계산하여 결정된 시험 서열의 아미노산 잔기 수는 참조 서열의 상응하는 위치 번호와 반드시 일치하지는 않는다. 예를 들어, 변이체가 정렬된 참조 서열에 비해 결실을 갖는 경우, 변이체에는 결실 부위에서 참조 서열의 위치에 상응하는 아미노산이 없을 것이다. 정렬된 참조 서열에 삽입이 있는 경우, 해당 삽입은 참조 서열의 번호가 매겨진 아미노산 위치와 일치하지 않는다. 절단 또는 융합의 경우 참조 또는 정렬된 서열에 상응하는 서열의 어떤 아미노산에도 상응하지 않는 아미노산의 연장이 있을 수 있다.
주어진 아미노산 또는 폴리뉴클레오티드 서열의 넘버링과 관련하여 사용되는 용어 "참조하여 번호가 매겨진" 또는 "상응하는"은 주어진 아미노산 또는 폴리뉴클레오티드 서열을 참조 서열과 비교하여 특정 참조 서열의 잔기의 넘버링을 지칭한다. 단백질의 아미노산 잔기는 단백질 내에서 주어진 잔기와 동일한 필수 구조적 위치를 차지할 때 주어진 잔기에 "상응"한다. 당업자는 다른 넘버링 체계를 갖는 다른 단백질에서 단백질 (예를 들어, RYK)의 특정 위치에 상응하는 잔기의 동일성 및 위치를 즉시 인식할 것이다. 예를 들어, 단백질 (예를 들어, RYK)과의 간단한 서열 정렬을 수행함으로써 단백질의 특정 위치에 상응하는 잔기의 동일성과 위치가 단백질에 정렬된 다른 단백질 서열에서 식별된다. 예를 들어, 선택된 단백질의 선택된 잔기는 선택된 잔기가 위치 138의 글루탐산과 동일한 필수 공간 또는 기타 구조적 관계를 차지할 때 위치 138의 글루탐산에 해당한다. 일부 구현예에서, 선택된 단백질이 단백질과 최대 상동성에 대해 정렬되면, 글루탐산 138과 정렬된 정렬된 선택된 단백질의 위치는 글루탐산 138에 해당한다. 1차 서열 정렬 대신, 3차원 구조 정렬도 사용할 수 있고, 예를 들어, 선택된 단백질의 구조가 위치 138의 글루탐산과 최대 일치하도록 정렬되고, 전체 구조가 비교된다. 이 경우, 구조 모델에서 138번 글루탐산과 동일한 필수 위치를 차지하는 아미노산은 138번 글루탐산 잔기에 해당하는 것이다.
"보존적으로 변형된 변이체"는 아미노산과 핵산 서열 모두에 적용된다. 특정 핵산 서열과 관련하여, "보존적으로 변형된 변이체"는 동일하거나 본질적으로 동일한 아미노산 서열을 암호화하는 핵산을 지칭한다. 유전 암호의 축퇴로 인해, 다수의 핵산 서열이 임의의 주어진 단백질을 암호화할 것이다. 예를 들어, 코돈 GCA, GCC, GCG 및 GCU 모두 아미노산 알라닌을 암호화한다. 따라서, 알라닌이 코돈에 의해 특정되는 모든 위치에서, 코돈은 암호화된 폴리펩티드를 변경하지 않고 설명된 임의의 상응하는 코돈으로 변경될 수 있다. 이러한 핵산 변이는 보존적으로 변형된 변이의 한 종인 "침묵 변이"이다. 폴리펩티드를 암호화하는 본원의 모든 핵산 서열은 또한 핵산의 모든 가능한 침묵 변이를 설명한다. 당업자는 핵산의 각 코돈 (메티오닌에 대한 유일한 코돈인 AUG, 및 일반적으로 트립토판에 대한 유일한 코돈인 TGG 제외)이 변형되어 기능적으로 동일한 분자를 생성할 수 있다는 것을 인식할 것이다. 따라서, 폴리펩티드를 암호화하는 핵산의 각각의 침묵 변이는 기술된 각각의 서열에 내재되어 있다.
아미노산 서열과 관련하여, 당업자는 암호화된 서열에서 단일 아미노산 또는 적은 비율의 아미노산을 변경, 추가 또는 결실시키는 핵산, 펩티드, 폴리펩티드, 또는 단백질 서열에 대한 개별적인 치환, 결실 또는 추가가 변경으로 인해 아미노산이 화학적으로 유사한 아미노산으로 치환되는 "보존적으로 변형된 변이체"임을 인식할 것이다. 기능적으로 유사한 아미노산을 제공하는 보존적 치환 표는 해당 분야에 잘 알려져 있다. 이러한 보존적으로 변형된 변이체는 본 개시내용의 다형성 변이체, 종간 상동체 및 대립유전자에 추가되며 이를 배제하지 않는다.
다음 8개의 그룹은 각각 서로 보존적 치환인 아미노산을 함유한다:
1) 알라닌 (A), 글리신 (G);
2) 아스파르트산 (D), 글루탐산 (E);
3) 아스파라긴 (N), 글루타민 (Q);
4) 아르기닌 (R), 리신 (K);
5) 이소류신 (I), 류신 (L), 메티오닌 (M), 발린 (V);
6) 페닐알라닌 (F), 티로신 (Y), 트립토판 (W);
7) 세린 (S), 트레오닌 (T); 및
8) 시스테인 (C), 메티오닌 (M)
(예를 들어, Creighton, Proteins (1984) 참조).
2개 이상의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 맥락에서, 용어 "동일한" 또는 퍼센트 "동일성"은 아래 설명된 기본 매개변수를 사용하여 BLAST 또는 BLAST 2.0 서열 비교 알고리즘을 사용하거나 수동 정렬 및 육안 검사 (예를 들어, NCBI 웹 사이트 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ 등 참조)를 통해 측정된 동일한 것인 (즉, 비교 창 또는 지정된 영역에서 최대 대응을 위해 비교 및 정렬될 때 특정 영역에 대해 약 60% 동일성, 바람직하게는 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 더 높은 동일성) 동일하거나 지정된 비율의 아미노산 잔기 또는 뉴클레오티드를 갖는 2개 이상의 서열 또는 하위 서열을 지칭한다. 그러면, 이러한 서열은 "실질적으로 동일하다"고 한다. 또한, 이 정의는 시험 서열의 보완을 지칭하거나 적용될 수 있다. 또한, 정의는 결실 및/또는 추가가 있는 서열, 뿐만 아니라 치환이 있는 서열을 포함한다. 아래에 설명된 바와 같이, 바람직한 알고리즘은 간격 등을 설명할 수 있다. 바람직하게는, 동일성은 길이가 적어도 약 25개의 아미노산 또는 뉴클레오티드인 영역에 걸쳐 존재하며, 보다 바람직하게는 길이가 50-100개 아미노산 또는 뉴클레오티드인 영역에 걸쳐 존재한다.
"서열 동일성의 백분율"은 비교 창을 통해 최적으로 정렬된 2개의 서열을 비교함으로써 결정되며, 여기서 비교 창의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드 서열의 부분은 두 서열의 최적 정렬을 위해 참조 서열 (추가 또는 결실을 포함하지 않음)과 비교하여 추가 또는 결실 (즉, 갭)을 포함할 수 있다. 백분율은 두 서열 모두에서 동일한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기가 발생하여 일치하는 위치의 수를 결정하고, 일치하는 위치의 수를 비교 창의 총 위치 수로 나누어 계산하고 그 결과에 100을 곱하여 서열 동일성의 백분율을 산출한다.
서열 비교를 위해, 전형적으로 하나의 서열이 시험 서열이 비교되는 참조 서열로 작용한다. 서열 비교 알고리즘을 사용하는 경우, 시험 및 참조 서열을 컴퓨터에 입력하고, 필요한 경우 하위 서열 좌표를 지정하고, 서열 알고리즘 프로그램 매개변수를 지정한다. 기본 프로그램 매개변수를 사용하거나 대체 매개변수를 지정할 수 있다. 그런 다음 서열 비교 알고리즘은 프로그램 매개변수에 기초하여 참조 서열에 대한 시험 서열의 서열 동일성 백분율을 계산한다.
본원에 사용된 바와 같이, "비교 창"은 예를 들어, 두 서열이 최적으로 정렬된 후 서열이 동일한 수의 인접 위치의 참조 서열과 비교될 수 있는 전장 서열 또는 20 내지 600개, 약 50 내지 약 200개, 또는 약 100 내지 약 150개 아미노산 또는 뉴클레오티드로 이루어진 그룹으로부터 선택된 연속된 위치 수 중 하나의 세그먼트에 대한 참조를 포함한다. 비교를 위한 서열 정렬 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 비교를 위한 서열의 최적 정렬은 예를 들어, Smith 및 Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482c의 국소 상동성 알고리즘에 의해, Needleman 및 Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443의 상동성 정렬 알고리즘에 의해, Pearson 및 Lipman (1988) Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444의 유사성 방법 검색에 의해, 이러한 알고리즘 (Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI의 GAP, BESTFIT, FASTA, 및 TFASTA)의 컴퓨터화된 구현에 의해, 또는 수동 정렬 및 육안 검사에 의해 (예를 들어, Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology (1995 supplement) 참조) 수행될 수 있다.
서열 동일성 및 서열 유사성 백분율을 결정하는 데 적합한 알고리즘의 예는 각각, Altschul et al. (1977) Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 및 Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410에 기재된 BLAST 및 BLAST 2.0 알고리즘이다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 국립 생물 정보 센터 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)을 통해 공개적으로 제공된다. 이 알고리즘은 먼저 쿼리 시퀀스에서 길이 W의 짧은 단어를 식별하여 높은 점수의 서열 쌍 (HSP)을 식별하는 작업을 포함하며, 이는 데이터베이스 서열에서 동일한 길이의 단어와 정렬될 때 일부 양수 임계값 점수 T와 일치하거나 이를 만족한다. T는 이웃 단어 점수 임계값으로 지칭된다 (Altschul et al., 상기). 이러한 초기 이웃 단어 적중은 이를 포함하는 더 긴 HSP를 찾기 위한 검색을 시작하기 위한 시드 역할을 한다. 단어 적중은 누적 정렬 점수가 증가할 수 있는 한 각 서열을 따라 양방향으로 확장된다. 누적 점수는 뉴클레오티드 서열의 경우, 매개변수 M (일치하는 잔기 쌍에 대한 보상 점수; 항상 > 0) 및 N (일치하지 않는 잔기에 대한 페널티 점수; 항상 < 0)을 사용하여 계산된다. 아미노산 서열의 경우, 점수 매트릭스를 사용하여 누적 점수를 계산한다. 다음과 같은 경우 각 방향의 단어 적중 확장이 중단된다: 누적 정렬 점수가 최대 달성 값에서 수량 X만큼 떨어지거나; 하나 이상의 음수 잔여 정렬의 누적으로 인해 누적 점수가 0 이하가 되거나; 또는 두 서열의 끝에 도달했다. BLAST 알고리즘 매개변수 W, T, 및 X는 정렬의 민감도와 속도를 결정한다. BLASTN 프로그램 (뉴클레오티드 서열의 경우)은 기본적으로 단어 길이 (W) 11, 기대값 (E) 또는 10, M=5, N=-4 및 두 가닥의 비교를 사용한다. 아미노산 서열의 경우, BLASTP 프로그램은 기본적으로 단어 길이 3, 및 기대값 (E) 10, 및 BLOSUM62 점수 매트릭스 (Henikoff 및 Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915 참조) 정렬 (B) 50, 기대값 (E) 10, M=5, N=-4, 및 두 가닥의 비교를 사용한다.
또한, BLAST 알고리즘은 두 서열 사이의 유사성에 대한 통계적 분석을 수행한다 (예를 들어, Karlin 및 Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5787 참조). BLAST 알고리즘이 제공하는 유사성의 한 가지 척도는 최소 합계 확률 (P(N))이며, 이는 두 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열 간의 일치가 우연히 발생할 확률을 나타낸다. 예를 들어, 시험 핵산과 기준 핵산의 비교에서 최소 확률 합계가 약 0.2 미만, 보다 바람직하게는 약 0.01 미만, 가장 바람직하게는 약 0.001 미만인 경우 핵산은 기준 서열과 유사한 것으로 간주된다.
2개의 핵산 서열 또는 폴리펩티드가 실질적으로 동일하다는 표시는 하기에 기술된 바와 같이 제1 핵산에 의해 암호화된 폴리펩티드가 제2 핵산에 의해 암호화된 폴리펩티드에 대해 생성된 항체와 면역학적으로 교차 반응성이라는 것이다. 따라서, 폴리펩티드는 전형적으로 제2 폴리펩티드와 실질적으로 동일하며, 예를 들어, 두 펩티드는 보존적 치환에 의해서만 다르다. 2개의 핵산 서열이 실질적으로 동일하다는 또 다른 표시는 하기에 기술된 바와 같이 2개의 분자 또는 이들의 보체가 엄격한 조건하에 서로 혼성화된다는 것이다. 2개의 핵산 서열이 실질적으로 동일하다는 또 다른 표시는 동일한 프라이머를 사용하여 서열을 증폭시킬 수 있다는 것이다.
본원에서 언급되는 "RYK"는 RYK 활성을 유지하는 (예를 들어 RYK와 비교하여 적어도 50%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 활성 이내) 수용체 티로신 키나제 (RYK) 단백질 또는 이의 변이체 또는 상동체와 관련된 임의의 재조합 또는 자연 발생을 포함한다. 일부 양태에서, 변이체 또는 상동체는 자연 발생 RYK 단백질과 비교하여 전체 서열 또는 서열의 일부에 걸쳐 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는다 (예를 들어 50, 100, 150 또는 200개의 연속 아미노산 부분). 구현예에서, RYK 단백질은 UniProt 참조 번호 P34925로 식별된 단백질과 실질적으로 동일하거나 이와 실질적인 동일성을 갖는 변이체 또는 상동체이다.
항체는 복잡한 내부 구조를 갖는 크고 복잡한 분자 (분자량 ~150,000 또는 약 1320개 아미노산)이다. 천연 항체 분자는 두 개의 동일한 폴리펩티드 사슬 쌍을 포함하며, 각 쌍은 하나의 경쇄 및 하나의 중쇄를 갖는다. 각 경쇄와 중쇄는 차례로 두 가지 영역으로 이루어진다: 즉 표적 항원 결합에 관여하는 가변 ("V") 영역, 및 면역계의 다른 구성요소와 상호작용하는 불변 ("C") 영역. 경쇄 및 중쇄 가변 영역 (본원에서 각각, 경쇄 가변 (VL) 도메인 및 중쇄 가변 (VH) 도메인으로도 지칭됨)은 3차원 공간에서 함께 모여 항원 (예를 들어, 세포 표면의 수용체)에 결합하는 가변 영역을 형성한다. 각각의 경쇄 또는 중쇄 가변 영역 내에는, 상보성 결정 영역 ("CDR")으로 불리는 3개의 짧은 세그먼트 (평균 10개 아미노산 길이)이 있다. 항체 가변 도메인의 6개의 CDR (경쇄에서 3개, 중쇄에서 3개)은 3차원 공간에서 함께 접혀 표적 항원에 도킹되는 실제 항체 결합 부위를 형성한다. CDR의 위치 및 길이는 Kabat, E. et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, U.S. Department of Health and Human Services, 1983, 1987에 의해 정확하게 정의되었다. CDR에 함유되지 않은 가변 영역의 부분은 CDR을 위한 환경을 형성하는 프레임워크 ("FR")라고 한다.
본원에 제공된 "항체 변이체"는 항원에 결합할 수 있고 항체 또는 이의 단편의 하나 이상의 구조 도메인 (예를 들어, 경쇄 가변 도메인, 중쇄 가변 도메인)을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 항체 변이체의 비제한적인 예는 단일 도메인 항체 또는 나노바디, 단일특이적 Fab2, 이중특이적 Fab2, 삼중특이적 Fab3, 1가 IgG, scFv, 이중특이적 항체, 이중특이적 디아바디, 삼중특이적 트리아바디, scFv-Fc, 미니바디, IgNAR, V-NAR, hcIgG, VhH, 또는 펩티바디를 포함한다. 본원에 제공된 "펩티바디"는 항체의 Fc 도메인에 (공유 또는 비공유 링커를 통해) 부착된 펩티드 모이어티를 지칭한다. 당업계에 공지된 항체 변이체의 추가의 비제한적인 예는 연골 어류 또는 낙타과에 의해 생산된 항체를 포함한다. 낙타과의 항체 및 이의 가변 영역에 대한 일반적인 설명과 이의 생산, 단리 및 용법은 참조 WO97/49805 및 WO 97/49805에서 찾을 수 있으며 이는 그 전체 내용이 모든 목적을 위해 본원에 참고로 포함된다. 마찬가지로, 연골 어류의 항체 및 이의 가변 영역과 이들의 생산, 단리 및 용법은 WO2005/118629에서 찾을 수 있으며, 이는 전체 내용이 모든 목적을 위해 참조로 포함된다.
본원에 제공된 용어 "CDR L1", "CDR L2" 및 "CDR L3"는 항체의 가변 경쇄 (L)의 상보성 결정 영역 (CDR) 1, 2, 및 3을 지칭한다. 구현예에서, 본원에 제공된 가변 경쇄는 N-말단에서 C-말단 방향으로 CDR L1, CDR L2 및 CDR L3를 포함한다. 마찬가지로, 본원에 제공된 용어 "CDR H1", "CDR H2" 및 "CDR H3"는 항체의 가변 중쇄 (H)의 상보성 결정 영역 (CDR) 1, 2, 및 3을 지칭한다. 구현예에서, 본원에 제공된 가변 중쇄는 N-말단에서 C-말단 방향으로 CDR H1, CDR H2 및 CDR H3를 포함한다.
본원에 제공된 용어 "FR L1", "FR L2", "FR L3" 및 "FR L4"는 해당 분야에서 일반적인 의미에 따라 사용되며 항체의 가변 경쇄 (L)의 프레임워크 영역 (FR) 1, 2, 3 및 4를 지칭한다. 구현예에서, 본원에 제공된 가변 경쇄는 N-말단에서 C-말단 방향으로 FR L1, FR L2, FR L3 및 FR L4를 포함한다. 마찬가지로, 본원에 제공된 용어 "FR H1", "FR H2", "FR H3" 및 "FR H4"는 해당 분야에서 일반적인 의미에 따라 사용되며 항체의 가변 중쇄 (H)의 프레임워크 영역 (FR) 1, 2, 3 및 4를 지칭한다. 구현예에서, 본원에 제공된 가변 중쇄는 N-말단에서 C-말단 방향으로 FR H1, FR H2, FR H3 및 FR H4를 포함한다.
예시적인 면역글로불린 (항체) 구조 단위는 사량체를 포함한다. 각 사량체는 두 개의 동일한 폴리펩티드 사슬 쌍으로 구성되며, 각 쌍은 하나의 "경쇄" (약 25 kD) 및 하나의 "중쇄" (약 50-70 kD)를 갖는다. 각 사슬의 N-말단은 주로 항원 인식을 담당하는 약 100 내지 110개 이상의 아미노산으로 구성된 가변 영역을 정의한다. 용어 가변 경쇄 (VL), 가변 경쇄 (VL) 도메인 또는 경쇄 가변 영역 및 가변 중쇄 (VH), 가변 중쇄 (VH) 도메인 또는 중쇄 가변 영역은 각각, 이들 경쇄 및 중쇄 영역을 지칭한다. 용어 가변 경쇄 (VL), 가변 경쇄 (VL) 도메인 및 경쇄 가변 영역은 상호 교환적으로 사용될 수 있다. 용어 가변 중쇄 (VH), 가변 중쇄 (VH) 도메인 및 중쇄 가변 영역은 상호 교환적으로 사용될 수 있다. Fc (즉 결정화 가능한 단편 영역)는 "면역글로불린의 "염기" 또는 "꼬리"이며 전형적으로 항체 클래스에 따라 2개 또는 3개의 불변 도메인에 기여하는 2개의 중쇄로 구성된다. 특정 단백질에 결합함으로써, Fc 영역은 각 항체가 주어진 항원에 대해 적절한 면역 반응을 생성하도록 보장한다. 또한, Fc 영역은 Fc 수용체와 같은 다양한 세포 수용체 및 보체 단백질과 같은 기타 면역 분자와 결합한다.
용어 "항체"는 당업계에 일반적으로 공지된 의미에 따라 사용된다. 항체는 예를 들어, 온전한 면역글로불린으로 존재하거나 다양한 펩티다제를 사용한 소화에 의해 생성된 특성이 잘 알려진 다수의 단편으로 존재한다. 따라서, 예를 들어, 펩신은 힌지 영역의 이황화 연결 아래에서 항체를 분해하여 이황화 결합에 의해 VH-CH1에 연결된 경쇄인 Fab의 이량체인, F(ab)'2를 생산한다. F(ab)'2는 온화한 조건 하에서 환원되어 힌지 영역의 이황화물 결합을 절단함으로써, F(ab)'2 이량체를 Fab' 단량체로 전환시킬 수 있다. Fab' 단량체는 본질적으로 힌지 영역의 일부를 갖는 Fab이다 (Fundamental Immunology (Paul ed., 3d ed. 1993 참조). 다양한 항체 단편이 온전한 항체의 소화 측면에서 정의되지만, 당업자는 이러한 단편은 화학적으로 또는 재조합 DNA 방법론을 사용하여 새로 합성될 수 있다는 것을 인식할 것이다. 따라서, 본원에 사용된 바와 같이, 또한 용어 항체는 전체 항체의 변형에 의해 생성된 항체 단편, 또는 재조합 DNA 방법론을 사용하여 새로 합성된 항체 단편 (예를 들어, 단일 사슬 Fv) 또는 파지 디스플레이 라이브러리를 사용하여 확인된 것 (예를 들어, McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990) 참조)을 포함한다. 본원에서 언급되는 용어 "항체"는 단일 도메인 항체와 같은 항체 변이체를 추가로 포함한다. 따라서, 구현예에서 항체는 단일 단량체 가변 항체 도메인을 포함한다. 따라서, 구현예에서, 항체는 가변 경쇄 (VL) 도메인 또는 가변 중쇄 (VH) 도메인을 포함한다. 구현예에서, 항체는 가변 경쇄 (VL) 도메인 또는 가변 중쇄 (VH) 도메인이다.
단일클론 또는 다중클론 항체의 제조를 위해, 당업계에 공지된 임의의 기술이 사용될 수 있다 (예를 들어, Kohler & Milstein, Nature 256:495-497 (1975); Kozbor et al., Immunology Today 4:72 (1983); Cole et al., Monclonal Antibodies and Cancer Therapy (1985)의 pp. 77-96 참조). "단일클론" 항체 (mAb)는 단일 클론으로부터 유래된 항체를 지칭한다. 단일 사슬 항체의 생산 기술 (미국 특허 번호 4,946,778)을 적용하여 본 발명의 폴리펩티드에 대한 항체를 생산할 수 있다. 또한, 형질전환 마우스 또는 다른 포유동물과 같은 다른 유기체를 사용하여 인간화 항체를 발현할 수 있다. 대안적으로, 파지 디스플레이 기술은 선택된 항원에 특이적으로 결합하는 항체 및 이종성 Fab 단편을 확인하는 데 사용될 수 있다 (예를 들어, McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990); Marks et al., Biotechnology 10:779-783 (1992) 참조).
단일 사슬 가변 단편 (scFv)은 10 내지 약 25개 아미노산의 짧은 링커 펩티드로 연결된, 전형적으로 면역글로불린의 중쇄 (VH) 및 경쇄 (VL)의 가변 영역의 융합 단백질이다. 링커에는 일반적으로 유연성을 위한 글리신과 용해성을 위한 세린 또는 트레오닌이 풍부할 수 있다. 링커는 VH의 N-말단을 VL의 C-말단에 연결하거나 그 반대로 연결할 수 있다.
mAb의 에피토프는 mAb가 결합하는 항원의 영역이다. 두 항체가 서로 경쟁적으로 항원에 대한 다른 항체의 결합을 억제 (차단)하는 경우 두 항체는 동일하거나 중첩되는 에피토프에 결합한다. 즉, 1x, 5x, 10x, 20x 또는 100x 과량의 하나의 항체가 경쟁 결합 분석에서 측정했을 때 다른 항체의 결합을 적어도 30% 바람직하게는 50%, 75%, 90% 또는 심지어 99%까지 억제한다 (예를 들어, Junghans et al., Cancer Res. 50:1495, 1990 참조). 대안적으로, 한 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 항원의 본질적으로 모든 아미노산 돌연변이가 다른 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 경우, 두 항체는 동일한 에피토프를 갖는다. 한 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 일부 아미노산 돌연변이가 다른 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 경우 두 항체는 중첩되는 에피토프를 갖는다.
본 발명의 적합한 항체의 제조 및 본 발명에 따른 사용을 위해, 예를 들어, 재조합, 단일클론 또는 다중클론 항체를 위해, 당업계에 공지된 많은 기술이 사용될 수 있다 (예를 들어, Kohler & Milstein, Nature 256:495-497 (1975); Kozbor et al., Immunology Today 4: 72 (1983); Cole et al., Monclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Liss, Inc. (1985)의 pp. 77-96; Coligan, Current Protocols in Immunology (1991); Harlow & Lane, Antibodies, A Laboratory Manual (1988); 및 Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice (2d ed. 1986) 참조). 관심 항체의 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 유전자는 세포로부터 클로닝될 수 있으며, 예를 들어, 단일클론 항체를 암호화하는 유전자는 하이브리도마로부터 클로닝될 수 있고 재조합 단일클론 항체를 생성하는 데 사용될 수 있다. 단일클론 항체의 중쇄와 경쇄를 암호화하는 유전자 라이브러리는 하이브리도마나 형질 세포에서도 만들 수 있다. 중쇄 및 경쇄 유전자 생성물의 무작위 조합은 항원 특이성이 다른 큰 항체 풀을 생성한다 (예를 들어, Kuby, Immunology (3rd ed. 1997) 참조). 단일 사슬 항체 또는 재조합 항체의 생산 기술 (미국 특허 4,946,778, 미국 특허 번호 4,816,567)을 적용하여 본 발명의 폴리펩티드에 대한 항체를 생산할 수 있다. 또한, 형질전환 마우스, 또는 다른 포유동물과 같은 다른 유기체를 사용하여 인간화 또는 인간 항체를 발현할 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 5,545,807; 5,545,806; 5,569,825; 5,625,126; 5,633,425; 5,661,016, Marks et al., Bio/Technology 10:779-783 (1992); Lonberg et al., Nature 368:856-859 (1994); Morrison, Nature 368:812-13 (1994); Fishwild et al., Nature Biotechnology 14:845-51 (1996); Neuberger, Nature Biotechnology 14:826 (1996); 및 Lonberg & Huszar, Intern. Rev. Immunol. 13:65-93 (1995) 참조). 대안적으로, 파지 디스플레이 기술을 사용하여 선택된 항원에 특이적으로 결합하는 항체 및 이종성 Fab 단편을 확인할 수 있다 (예를 들어, McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990); Marks et al., Biotechnology 10:779-783 (1992) 참조). 항체는 또한 이중특이적으로 만들어질 수 있는데, 즉 2개의 다른 항원을 인식할 수 있다 (예를 들어, WO 93/08829, Traunecker et al., EMBO J. 10:3655-3659 (1991); 및 Suresh et al., Methods in Enzymology 121:210 (1986) 참조). 항체는 또한 이종접합체, 예를 들어 공유 결합된 2개의 항체 또는 면역독소일 수 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,676,980, WO 91/00360; WO 92/200373; 및 EP 03089 참조).
비인간 항체를 인간화 또는 영장류화하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다 (예를 들어, 미국 특허 번호 4,816,567; 5,530,101; 5,859,205; 5,585,089; 5,693,761; 5,693,762; 5,777,085; 6,180,370; 6,210,671; 및 6,329,511; WO 87/02671; EP 특허 출원 0173494; Jones et al. (1986) Nature 321:522; 및 Verhoyen et al. (1988) Science 239:1534). 인간화 항체는 예를 들어, Winter 및 Milstein (1991) Nature 349:293에 추가로 기술되어 있다. 일반적으로, 인간화 항체는 비인간 공급원으로부터 도입된 하나 이상의 아미노산 잔기를 갖는다. 이러한 비인간 아미노산 잔기는 종종 수입 잔기로 지칭되며, 이는 전형적으로 수입 가변 도메인에서 가져온다. 인간화는 본질적으로 설치류 CDR 또는 CDR 서열을 인간 항체의 상응하는 서열로 대체함으로써 Winter 및 동료의 방법에 따라 수행될 수 있다 (예를 들어, Morrison et al., PNAS USA, 81:6851-6855 (1984), Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-327 (1988); Morrison 및 Oi, Adv. Immunol., 44:65-92 (1988), Verhoeyen et al., Science 239:1534-1536 (1988) 및 Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992), Padlan, Molec. Immun., 28:489-498 (1991); Padlan, Molec. Immun., 31(3):169-217 (1994) 참조). 따라서, 이러한 인간화 항체는 키메라 항체이며 (미국 특허 번호 4,816,567), 여기서 온전한 인간 가변 도메인보다 실질적으로 적은 부분이 비인간 종의 상응하는 서열로 대체된다. 실제로, 인간화 항체는 전형적으로 일부 CDR 잔기와 가능하게는 일부 FR 잔기가 설치류 항체의 유사한 부위의 잔기로 대체되는 인간 항체이다. 예를 들어, 인간화 면역글로불린 프레임워크 영역을 코딩하는 제1 서열 및 원하는 면역글로불린 상보성 결정 영역을 코딩하는 제2 서열 세트를 포함하는 폴리뉴클레오티드는 합성으로 또는 적절한 cDNA와 게놈 DNA 세그먼트를 조합하여 생성될 수 있다. 인간 불변 영역 DNA 서열은 다양한 인간 세포로부터 잘 알려진 절차에 따라 단리될 수 있다.
"키메라 항체"는 (a) 불변 영역 또는 이의 일부가 변경, 대체 또는 교환되어 항원 결합 부위 (가변 영역)가 불변 영역의 상이하거나 변경된 부류, 효과기 기능 및/또는 종, 또는 키메라 항체에 새로운 특성을 부여하는 완전히 다른 분자, 예를 들어, 효소, 독소, 호르몬, 성장 인자, 약물 등에 연결되거나; 또는 (b) 가변 영역 또는 이의 일부가 상이하거나 변경된 항원 특이성을 갖는 가변 영역으로 변경, 교체 또는 교환되는 항체 분자이다. 본 발명에 따라 사용하기 위한 바람직한 항체는 인간화 및/또는 키메라 단일클론 항체를 포함한다.
단백질 또는 펩티드를 지칭할 때, 구절 항체에 "특이적으로 (또는 선택적으로) 결합하다" 또는 "와 특이적으로 (또는 선택적으로) 면역반응성"은 종종 단백질 및 기타 생물학적 제제의 이질적인 집단에서 단백질의 존재를 결정짓는 결합 반응을 지칭한다. 따라서, 지정된 면역검정 조건하에서, 지정된 항체는 배경의 최소 2배, 보다 전형적으로 배경의 10 내지 100배 초과 특정 단백질에 결합한다. 이러한 조건하에서 항체에 대한 특이적 결합에는 특정 단백질에 대한 특이성을 위해 선택된 항체가 필요하다. 예를 들어, 다클론 항체는 다른 단백질이 아닌 선택된 항원과 특이적으로 면역반응하는 항체의 하위 집합만을 얻기 위해 선택될 수 있다. 이 선택은 다른 분자와 교차 반응하는 항체를 제외함으로써 달성될 수 있다. 특정 단백질과 특이적으로 면역반응하는 항체를 선택하기 위해 다양한 면역검정 형식을 사용할 수 있다. 예를 들어, 고정상 ELISA 면역검정은 단백질과 특이적으로 면역반응하는 항체를 선택하기 위해 일상적으로 사용된다 (예를 들어, 특정 면역 반응성을 결정하기 위해 사용될 수 있는 면역검정 형식 및 조건에 대한 설명은 Harlow & Lane, Using Antibodies, A Laboratory Manual (1998) 참조).
"리간드"는 수용체 또는 항체, 항체 변이체, 항체 영역 또는 이의 단편에 결합할 수 있는 제제, 예를 들어 폴리펩티드 또는 다른 분자를 지칭한다.
치료제를 항체에 접합시키는 기술은 잘 알려져 있다 (예를 들어, Arnon et al., "Monclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy", in Monclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985); Hellstrom et al., "Antibodies For Drug Delivery"in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987); Thorpe, "Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review" in Monclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985); 및 Thorpe et al., "The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates", Immunol. Rev., 62:119-58 (1982) 참조). 본원에 사용된 바와 같이, 용어 "항체-약물 접합체" 또는 "ADC"는 항체에 접합되거나 달리 공유 결합된 치료제를 지칭한다.
본원에 기술된 특정 단백질의 경우, 명명된 단백질은 단백질 전사 인자 활성을 유지하는 단백질의 자연 발생 형태, 변이체 또는 상동체 중 임의의 것을 포함한다 (예를 들어, 천연 단백질과 비교하여 적어도 50%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 활성 이내). 일부 구현예에서, 변이체 또는 상동체는 자연 발생 형태와 비교하여 전체 서열 또는 서열의 일부에 걸쳐 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 아미노산 서열 동일성을 갖는다 (예를 들어 50, 100, 150 또는 200개의 연속 아미노산 부분). 다른 구현예에서, 단백질은 이의 NCBI 서열 참조에 의해 식별된 단백질이다. 다른 구현예에서, 단백질은 이의 NCBI 서열 참조, 상동체 또는 기능적 단편에 의해 식별된 단백질이다.
용어 "유전자"는 단백질 생산에 관여하는 DNA 세그먼트를 의미한다; 이는 코딩 영역 (리더 및 트레일러) 앞과 뒤의 영역뿐만 아니라 개별 코딩 세그먼트 (엑손) 사이의 중간 서열 (인트론)을 포함한다. 리더, 트레일러뿐만 아니라 인트론은 유전자의 전사 및 번역 중에 필요한 조절 요소를 포함한다. 추가로, "단백질 유전자 생성물"은 특정 유전자로부터 발현되는 단백질이다.
용어 "플라스미드", "벡터" 또는 "발현 벡터"는 유전자 발현에 필요한 유전자 및/또는 조절 요소를 암호화하는 핵산 분자를 지칭한다. 플라스미드의 유전자 발현은 시스 또는 트랜스로 발생할 수 있다. 유전자가 시스로 발현되면, 유전자와 조절 요소는 동일한 플라스미드에 의해 암호화된다. 트랜스 발현은 유전자와 조절 요소가 별도의 플라스미드에 의해 암호화되는 경우를 지칭한다.
용어 "형질감염", "형질도입", "형질감염시키는" 또는 "형질도입하는"은 상호 교환적으로 사용될 수 있으며, 핵산 분자 또는 단백질을 세포에 도입하는 과정으로 정의된다. 비바이러스 또는 바이러스 기반 방법을 사용하여 핵산을 세포에 도입한다. 핵산 분자는 완전한 단백질 또는 이의 기능적 부분을 암호화하는 유전자 서열일 수 있다. 비바이러스성 형질감염 방법은 핵산 분자를 세포 내로 도입하기 위한 전달 시스템으로 바이러스 DNA 또는 바이러스 입자를 사용하지 않는 임의의 적절한 형질감염 방법을 포함한다. 예시적인 비바이러스 형질감염 방법은 인산칼슘 형질감염, 리포솜 형질감염, 뉴클레오펙션, 초음파천공, 열충격을 통한 형질감염, 자화 및 전기천공을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 당업계에 널리 공지된 표준 절차에 따라 전기천공을 사용하여 세포 내로 도입된다. 바이러스 기반 형질감염 방법의 경우, 임의의 유용한 바이러스 벡터가 본원에 기술된 방법에 사용될 수 있다. 바이러스 벡터의 예는 레트로바이러스, 아데노바이러스, 렌티바이러스 및 아데노 관련 바이러스 벡터를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 당업계에 널리 공지된 표준 절차에 따라 레트로바이러스 벡터를 사용하여 세포 내로 도입된다. 또한, 용어 "형질감염" 또는 "형질도입"은 외부 환경으로부터 세포에 단백질을 도입하는 것을 지칭한다. 전형적으로, 단백질의 형질도입 또는 형질감염은 관심 단백질에 세포막을 통과할 수 있는 펩티드 또는 단백질의 부착에 의존한다. 예를 들어, Ford et al. (2001) Gene Therapy 8:1-4 및 Prochiantz (2007) Nat. Methods 4:119-20 참조.
"표지" 또는 "검출 가능한 모이어티"는 분광학, 광화학, 생화학, 면역화학, 화학적 또는 기타 물리적 수단에 의해 검출할 수 있는 조성물이다. 예를 들어, 유용한 표지는 32P, 형광 염료, 전자 밀도 시약, 효소 (예를 들어, ELISA에서 일반적으로 사용되는 것), 비오틴, 디곡시게닌, 또는 합텐 및 예를 들어, 표적 펩티드와 특이적으로 반응하는 펩티드 또는 항체로 방사성 표지를 검출 가능하게 만드는 단백질 또는 다른 독립체를 포함한다. 항체를 표지에 접합시키기 위해 당업계에 공지된 임의의 적절한 방법이 예를 들어, Hermanson, Bioconjugate Techniques 1996, Academic Press, Inc., San Diego에 기술된 방법을 사용하여 사용될 수 있다.
표지 또는 검출 가능한 모이어티가 방사성 금속 또는 상자성 이온인 경우, 제제는 이러한 이온과 결합하기 위해 긴 꼬리에 부착된 하나 이상의 킬레이트 기를 갖는 긴 꼬리를 갖는 또 다른 긴 꼬리 시약과 반응할 수 있다. 긴 꼬리는 폴리라이신, 다당류, 또는 결합을 위해 금속 또는 이온이 첨가될 수 있는 펜던트 기를 갖는 기타 유도체화되거나 유도체화 가능한 사슬과 같은 중합체일 수 있다. 본 개시내용에 따라 사용될 수 있는 킬레이트화 기의 예는 에틸렌디아민테트라아세트산 (EDTA), 디에틸렌트리아민펜타아세트산 (DTPA), DOTA, NOTA, NETA, TETA, 포르피린, 폴리아민, 크라운 에테르, 비스-티오세미카르바존, 폴리옥심, 및 유사 기를 포함하지만, 이제 제한되지 않는다. 킬레이트는 일반적으로 기에 의해 PSMA 항체 또는 기능적 항체 단편에 연결되며, 이는 면역반응성의 손실을 최소화하고 응집 및/또는 내부 가교를 최소화하면서 분자에 대한 결합을 형성할 수 있게 한다. 동일한 킬레이트가 망간, 철 및 가돌리늄과 같은 비방사성 금속과 복합화되면 본원에 설명된 항체 및 담체와 함께 사용될 때 MRI에 유용하다. NOTA, DOTA, 및 TETA와 같은 거대고리 킬레이트는 각각 갈륨, 이트륨 및 구리의 방사성 핵종을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 다양한 금속 및 방사성 금속과 함께 사용된다. RAIT의 경우 223Ra와 같이 핵종을 안정적으로 결합하는 데 관심이 있는 거대고리 폴리에테르와 같은 다른 고리형 킬레이트가 사용될 수 있다. 특정 구현예에서, 킬레이트화 모이어티는 PET 분석에 사용하기 위해 Al-18F 복합체와 같은 PET 영상화제를 표적화 분자에 부착하는 데 사용될 수 있다.
"접촉하는"은 명백하고 일반적인 의미에 따라 사용되며 적어도 2개의 별개의 종 (예를 들어 항체 및 항원)이 반응하거나, 상호작용하거나, 물리적으로 접촉하기에 충분히 근접하게 되는 과정을 지칭한다. 그러나, 생성된 반응 생성물은 첨가된 시약 사이의 반응으로부터 직접적으로 생성될 수 있거나, 반응 혼합물에서 생성될 수 있는 하나 이상의 첨가된 시약으로부터의 중간체로부터 생성될 수 있다는 것을 인식해야 한다.
용어 "접촉하는"은 두 종이 반응하거나 상호작용하거나 물리적으로 접촉하도록 하는 것을 포함할 수 있으며, 여기서 두 종은 예를 들어, 본원에 제공된 바와 같은 약학 조성물 및 세포일 수 있다. 구현예에서 접촉은 예를 들어, 본원에 기술된 약학 조성물이 세포와 상호작용하도록 하는 것을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, "세포"는 게놈 DNA를 보존하거나 복제하기에 충분한 대사 기능 또는 기타 기능을 수행하는 세포를 지칭한다. 세포는 예를 들어 온전한 막의 존재, 특정 염료에 의한 염색, 자손 생산 능력, 또는 생식세포의 경우 두 번째 생식세포와 결합하는 능력을 포함하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 식별될 수 있다. 세포는 원핵 세포 및 진핵 세포를 포함할 수 있다. 원핵 세포는 박테리아를 포함하지만 이에 제한되지 않는다. 진핵 세포는 효모 세포 및 식물 및 동물로부터 유래된 세포, 예를 들어 포유동물, 곤충 (예를 들어, 스포도프테라) 및 인간 세포를 포함하지만 이에 제한되지 않는다.
세포, 핵산, 단백질 또는 벡터와 관련하여 사용되는 용어 "재조합"은 세포, 핵산, 단백질 또는 벡터가 이종성 핵산 또는 단백질의 도입에 의해 변형되거나 또는 천연 핵산이나 단백질의 변형, 또는 세포가 그렇게 변형된 세포에서 파생된 것을 나타낸다. 따라서, 예를 들어, 재조합 세포는 천연 (비재조합) 형태의 세포 내에서 발견되지 않는 유전자를 발현하거나, 그렇지 않으면 비정상적으로 발현되거나, 과소 발현되거나 전혀 발현되지 않는 천연 유전자를 발현한다. 형질전환 세포 및 식물은 일반적으로 재조합 방법의 결과로 이종 유전자 또는 코딩 서열을 발현하는 세포이다.
핵산 또는 단백질에 적용될 때, 용어 "단리된"은 핵산 또는 단백질이 자연 상태에서 결합된 다른 세포 성분이 본질적으로 없음을 의미한다. 예를 들어, 균질한 상태일 수 있으며 건조 용액 또는 수용액일 수 있다. 순도 및 균질성은 일반적으로 폴리아크릴아미드 겔 전기영동 또는 고성능 액체 크로마토그래피와 같은 분석 화학 기술을 사용하여 결정된다. 조제물에 존재하는 주요 종인 단백질은 실질적으로 정제된다.
핵산의 일부와 관련하여 사용될 때, 용어 "이종성"은 핵산이 자연에서 서로 동일한 관계로 발견되지 않는 2개 이상의 하위 서열을 포함함을 나타낸다. 예를 들어, 핵산은 전형적으로 새로운 기능성 핵산, 예를 들어 하나의 공급원으로부터의 프로모터 및 다른 공급원으로부터의 코딩 영역을 만들기 위해 배열된 관련되지 않은 유전자로부터의 2개 이상의 서열을 갖는 재조합적으로 생산된다. 유사하게, 이종 단백질은 단백질이 자연에서 서로 동일한 관계로 발견되지 않는 2개 이상의 하위서열을 포함한다는 것을 나타낸다 (예를 들어, 융합 단백질).
용어 "외인성"은 주어진 세포 또는 유기체 외부에서 유래하는 분자 또는 물질 (예를 들어, 화합물, 핵산 또는 단백질)을 지칭한다. 예를 들어, 본원에서 언급되는 "외인성 프로모터"는 그것이 발현되는 세포 또는 유기체로부터 유래되지 않는 프로모터이다. 반대로, 용어 "내인성" 또는 "내인성 프로모터"는 주어진 세포 또는 유기체에 고유하거나 그 내에서 유래하는 분자 또는 물질을 지칭한다.
본원에 정의된 바와 같이, 용어 "억제", "억제하다", "억제하는" 등은 세포 증식 (예를 들어, 암 세포 증식)과 관련하여 부정적인 영향을 미치거나 (예를 들어, 증식을 감소시키거나) 세포를 사멸시키는 것을 의미한다. 일부 구현예에서, 억제는 질환 또는 질환의 증상 (예를 들어, 암, 암세포 증식)의 감소를 지칭한다. 따라서, 억제는 자극을 부분적으로 또는 전체적으로 차단하거나, 활성화를 감소, 방지 또는 지연시키거나, 신호 전달 또는 효소 활성 또는 단백질의 양을 비활성화하거나, 둔감하게 하거나, 하향 조절하는 것을 포함한다. 마찬가지로 "억제제"는 예를 들어, 결합, 부분적으로 또는 전체적으로 차단, 감소, 예방, 지연, 비활성화, 둔감화 또는 활성 (예를 들어, 수용체 활성 또는 단백질 활성)을 하향 조절에 의해 수용체 또는 다른 단백질을 억제하는 화합물 또는 단백질이다.
본원에 정의된 바와 같이, 단백질-억제제 상호작용과 관련하여 용어 "억제", "억제하다", "억제하는" 등은 억제제가 없는 경우 단백질의 활성 또는 기능에 비해 단백질의 활성 또는 기능에 부정적인 영향을 미치는 (예를 들어 감소시키는) 것을 의미한다.
따라서, 용어 "억제제," "억제인자" 또는 "길항제" 또는 "하향 조절제"는 주어진 유전자 또는 단백질의 발현 또는 활성을 검출 가능하게 감소시킬 수 있는 물질을 상호 교환적으로 지칭한다. 길항제는 길항제가 없는 대조군과 비교하여 단백질 발현 또는 활성을 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상 감소시킬 수 있다. 특정 경우에, 단백질 발현 또는 활성은 길항제가 없는 발현 또는 활성보다 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배 또는 더 낮다.
용어 "발현"은 전사, 전사후 변형, 번역, 번역후 변형, 및 분비를 포함하지만 이에 제한되지 않는 폴리펩티드 생산에 관련된 모든 단계를 포함한다. 발현은 단백질을 검출하기 위한 통상적인 기술 (예를 들어, ELISA, 웨스턴 블롯팅, 유세포 측정, 면역형광, 면역조직화학 등)을 사용하여 검출할 수 있다.
"생물학적 샘플" 또는 "샘플"은 대상체 또는 환자로부터 얻거나 파생된 물질을 지칭한다. 생물학적 샘플은 생검 및 부검 시료와 같은 조직 절편과 조직학적 목적으로 채취한 냉동 절편을 포함한다. 이러한 샘플은 혈액과 같은 체액 및 혈액 분획 또는 생성물 (예를 들어, 혈청, 혈장, 혈소판, 적혈구 등), 객담, 조직, 배양 세포 (예를 들어, 일차 배양, 외식편, 및 형질전환 세포) 대변, 소변, 활막액, 관절 조직, 활막 조직, 윤활막 세포, 섬유아세포형 활막세포, 대식세포형 윤활막세포, 면역 세포, 조혈 세포, 섬유아세포, 대식세포, T 세포 등을 포함한다. 생물학적 샘플은 전형적으로 진핵 유기체, 예컨대 포유동물, 예컨대 영장류 예를 들어, 침팬지 또는 인간; 소; 개; 고양이; 설치류, 예를 들어, 기니피그, 랫트, 마우스; 토끼; 또는 새; 파충류; 또는 어류로부터 얻는다.
"대조군" 또는 "표준 대조군"은 시험 샘플, 측정값, 또는 값과 비교하기 위한 일반적으로 알려진 참조로 사용되는 샘플, 측정값 또는 값을 지칭한다. 예를 들어, 특정 질환 (예를 들어 암)을 앓고 있는 것으로 의심되는 환자로부터 시험 샘플을 채취하여 알려진 정상 (질환이 없는) 개체 (예를 들어 표준 대조군 대상체)와 비교할 수 있다. 또한, 표준 대조군은 특정 질환을 갖고 있지 않은 유사한 개인 (예를 들어 표준 대조군 대상체)의 집단 (즉 표준 대조군 집단), 예를 들어, 유사한 의학적 배경, 동일한 연령, 체중 등을 가진 건강한 개인으로부터 수집된 평균 측정값 또는 값을 나타낼 수도 있다. 또한, 표준 대조군 값은 동일한 개인으로부터, 예를 들어 질환 발병 이전에 환자로부터 더 일찍 얻은 샘플로부터도 얻을 수 있다. 예를 들어, 약리학적 데이터 (예를 들어, 반감기) 또는 치료 측정 (예를 들어, 부작용 비교)을 기반으로 치료 이점을 위해 대조군을 고안할 수 있다. 또한, 대조군은 데이터의 유의성을 결정하는 데에도 중요하다. 예를 들어, 특정 매개변수의 값이 대조군에서 광범위하게 변하는 경우, 시험 샘플의 변이는 중요한 것으로 간주되지 않는다. 당업자는 임의의 개수의 매개변수 (예를 들어 RNA 수준, 단백질 수준, 특정 세포 유형, 특정 체액, 특정 조직 등)를 평가하기 위해 표준 대조군을 설계할 수 있다는 것을 인식할 것이다.
당업자는 주어진 상황에서 어떤 표준 대조군이 가장 적절한지 이해하고 표준 대조군 값과의 비교를 기반으로 데이터를 분석할 수 있다. 또한, 표준 대조군은 데이터의 유의성 (예를 들어 통계적 유의성)을 결정하는 데에도 유용하다. 예를 들어, 특정 매개변수의 값이 표준 대조군에서 광범위하게 변하는 경우, 시험 샘플의 변이는 중요한 것으로 간주되지 않는다.
"환자" 또는 "이를 필요로 하는 대상체"는 본원에 제공된 바와 같은 조성물 또는 약학 조성물의 투여에 의해 치료될 수 있는 질환 또는 병태를 앓고 있거나 그러한 경향이 있는 살아있는 유기체를 지칭한다. 비제한적인 예는 인간, 기타 포유동물, 소과, 랫트, 마우스, 개, 원숭이, 염소, 양, 소, 사슴, 기타 비포유동물 동물을 포함한다. 일부 구현예에서, 환자는 인간이다.
용어 "질환" 또는 "병태"는 본원에 제공된 화합물 또는 방법으로 치료될 수 있는 환자 또는 대상체의 존재 상태 또는 건강 상태를 지칭한다. 질환은 암일 수 있다. 암은 고형 종양 악성종양을 지칭할 수 있다. 고형 종양 악성종양은 체액이나 낭종이 없을 수 있는 악성 종양을 포함한다. 예를 들어, 고형 종양 악성종양은 유방암, 난소암, 췌장암, 자궁경부암, 위암, 신장암, 두경부암, 골암, 피부암 또는 전립선암을 포함할 수 있다. 일부 추가 경우에, "암"은 인간 암 및 암종, 육종, 선암종, 림프종, 고형암 및 림프계 암을 포함하는 백혈병, 신장, 유방, 폐, 방광, 결장, 난소, 전립선, 췌장, 위, 뇌, 두경부, 피부, 자궁, 고환, 신경교종, 식도 및 간암종을 포함하는 간암, B급성 림프모구 림프종을 포함하는 림프종, 비호지킨 림프종 (예를 들어, 버킷, 소세포, 및 대세포 림프종), 호지킨 림프종, 백혈병 (급성 골수성 백혈병 (AML), ALL, 및 CML 포함), 또는 다발성 골수종을 지칭한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "암"은 백혈병, 림프종, 흑색종, 신경내분비 종양, 암종 및 육종을 포함하여 포유동물에서 발견되는 모든 유형의 암, 신생물 또는 악성 종양을 지칭한다. 본원에 제공된 화합물, 약학 조성물 또는 방법으로 치료될 수 있는 예시적인 암은 림프종 (예를 들어, 맨틀 세포 림프종, 여포성 림프종, 미만성 거대 B 세포 림프종, 변연대 림프종, 버킷 림프종), 육종, 방광암, 골암, 뇌종양, 자궁경부암, 대장암, 식도암, 위암, 두경부암, 신장암, 골수종, 갑상선암, 백혈병, 전립선암, 유방암 (예를 들어 삼중 음성, ER 양성, ER 음성, 화학요법 저항성, 허셉틴 저항성, HER2 양성, 독소루비신 저항성, 타목시펜 저항성, 관암종, 소엽 암종, 원발성, 전이성), 난소암, 췌장암, 간암 (예를 들어, 간세포암종), 폐암 (예를 들어 비소세포 폐암종, 편평 세포 폐암종, 선암종, 대세포 폐암종, 소세포 폐암종, 유암종, 육종), 다형성 교모세포종, 신경교종, 흑색종, 전립선암, 거세저항성 전립선암, 유방암, 삼중 음성 유방암, 교모세포종, 난소암, 폐암, 편평 세포 암종 (예를 들어, 머리, 목, 또는 식도), 대장암, 백혈병 (예를 들어, 림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 모세포 백혈병), 급성 골수성 백혈병, 림프종, B 세포 림프종, 또는 다발성 골수종을 포함한다. 추가적인 예는 갑상선, 내분비계, 뇌, 유방, 자궁경부, 결장, 두경부, 식도, 간, 신장, 폐, 비소세포폐, 흑색종, 중피종, 난소, 육종, 위, 자궁 또는 수모세포종의 암, 호지킨병, 비호지킨 림프종, 다발성 골수종, 신경모세포종, 신경아교종, 다형성 교모세포종, 난소암, 횡문근육종, 원발성 혈소판증가증, 원발성 거대글로불린혈증, 원발성 뇌종양, 암, 악성 췌장섬섬종, 악성 유암종, 요로방광암, 전악성 피부 병변, 고환암, 림프종, 갑상선암, 신경모세포종, 식도암, 비뇨생식기암, 악성 고칼슘혈증, 자궁내막암, 부신 피질암, 내분비 또는 외분비 췌장의 신생물, 갑상선 수질암, 갑상선 수질암종, 흑색종, 대장암, 유두갑상선암, 간세포암종, 유두 파제트병, 엽상종양, 소엽암종, 관암종, 췌장 성상세포암, 간 성상세포암, 또는 전립선암을 포함한다.
용어 "백혈병"은 혈액 생성 기관의 진행성 악성 질환을 광범위하게 지칭하며 일반적으로 혈액 및 골수에서 백혈구 및 그 전구체의 왜곡된 증식 및 발달을 특징으로 한다. 백혈병은 일반적으로 (1) 질환의 기간과 특성-급성 또는 만성; (2) 관련된 세포의 유형; 골수 (골수성), 림프 (림프성), 또는 단핵구; 및 (3) 혈액 백혈병 또는 백혈병 (하백혈병)에서 비정상 세포 수의 증가 또는 비증가를 기준으로 임상적으로 분류된다. 본원에 제공된 화합물 또는 방법으로 치료될 수 있는 예시적인 백혈병은 예를 들어, 급성 골수성 백혈병, 급성 비림프구성 백혈병, 만성 림프구성 백혈병, 급성 과립구성 백혈병, 만성 과립구성 백혈병, 급성 전골수구성 백혈병, 성인 T 세포 백혈병, 백혈병성 백혈병, 백혈구 백혈병, 호염기성 백혈병, 모세포 백혈병, 소 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 피부 백혈병, 배아 백혈병, 호산구성 백혈병, 그로스 백혈병, 모세포 백혈병, 혈모구성 백혈병, 혈구모구 백혈병, 조직구 백혈병, 줄기세포 백혈병, 급성 단핵구 백혈병, 백혈구감소성 백혈병, 림프성 백혈병, 림프모구 백혈병, 림프성 백혈병, 림프형성 백혈병, 림프성 백혈병, 림프육종 세포 백혈병, 비만세포 백혈병, 거대핵구성 백혈병, 미세골수아구 백혈병, 단핵구 백혈병, 골수아구성 백혈병, 골수구성 백혈병, 골수성 과립구성 백혈병, 골수단핵구 백혈병, 나겔리 백혈병, 형질 세포 백혈병, 다발성 골수종, 형질구성 백혈병, 전골수구성 백혈병, 리이더세포 백혈병, 실링 백혈병, 줄기세포 백혈병, 준백혈병 백혈병, 또는 미분화세포백혈병을 포함한다.
용어 "육종"은 일반적으로 배아 결합 조직과 같은 물질로 구성되고 일반적으로 원섬유형 또는 균질한 물질에 박혀 있는 촘촘하게 채워진 세포로 구성되는 종양을 지칭한다. 본원에서 제공되는 화합물 또는 방법으로 치료될 수 있는 육종은 연골 육종, 섬유 육종, 림프 육종, 흑색 육종, 점액 육종, 골육종, 아베메티 육종, 지방 육종, 지방 육종, 폐포 연부 육종, 법랑아세포 육종, 보트리오이드 육종, 녹색종 육종, 융모막 암종, 배아육종, 윌름스 종양 육종, 자궁내막 육종, 기질 육종, 유잉 육종, 근막 육종, 섬유아세포 육종, 거대 세포 육종, 과립구 육종, 호지킨 육종, 특발성 다색성 출혈 육종, B 세포의 면역아세포 육종, 림프종, T 세포의 면역아세포성 육종, 젠슨 육종, 카포시 육종, 쿠퍼 세포 육종, 혈관육종, 백질육종, 악성 중간엽종 육종, 방골성 육종, 망상구성 육종, 로우스 육종, 장낭성 육종, 윤활막 육종, 또는 모세혈관 확장 육종을 포함한다.
용어 "흑색종"은 피부 및 기타 기관의 멜라닌 세포 시스템에서 발생하는 종양을 의미하는 것으로 간주된다. 본원에 제공된 화합물 또는 방법으로 치료될 수 있는 흑색종은 예를 들어, 말단-흑자성 흑색종, 무흑색성 흑색종, 양성 소아 흑색종, 클라우드만 흑색종, S91 흑색종, 하딩-패시 흑색종, 소아 흑색종, 악성 흑색점 흑색종, 악성 흑색종, 결절성 흑색종, 조갑하 흑색종, 또는 표면 확산 흑색종을 포함한다.
용어 "암종"은 주변 조직에 침윤하여 전이를 일으키는 경향이 있는 상피 세포로 이루어진 새로운 악성 종양을 지칭한다. 본원에 제공된 화합물 또는 방법으로 치료될 수 있는 예시적인 암종은 예를 들어, 갑상선 수질 암종, 가족성 갑상선 수질 암종, 선조 암종, 선상 암종, 선낭성 암종, 선양 낭성 암종, 선종종 암종, 부신 피질 암종, 폐포 암종, 폐포 세포 암종, 기저 세포 암종, 기저세포 암종, 기저양 암종, 기저편평 세포 암종, 기관지폐포 암종, 기관지 암종, 기관지성 암종, 뇌성 암종, 담관세포 암종, 융모막 암종, 콜로이드 암종, 면포 암종, 자궁체부 암종, 체형 암종, 암종 진피증, 피부 암종, 원통형 암종, 원통형 세포 암종, 관 암종, 경막 암종, 배아 암종, 뇌양 암종, 표피 모양 암종, 상피 아데노이드 암종, 외피 암종, 궤양성 암종, 섬유종 암종, 젤라티포르니 암종, 젤라틴성 암종, 거대 세포 암종, 거대세포 암종, 선상 암종, 과립막 세포 암종, 모발 기질 암종, 혈양 암종, 간세포 암종, 허슬 세포 암종, 유리질 암종, 고신양 암종, 유아 배아 암종, 제자리 암종, 표피내 암종, 상피내 암종, 크롬페허 암종, 쿨치츠키 세포 암종, 대세포 암종, 수정체 암종, 렌즈형 암종, 지방종 암종, 림프상피 암종, 수질 암종, 수질암종, 흑색증 암종, 몰레 암종, 점액 암종, 점액암종, 점액 세포 암종, 점액표피양 암종, 점액 암종, 점액암종, 점액종 암종, 비인두 암종, 귀리 세포 암종, 골화암종, 유골암종, 유두상 암종, 문주위 암종, 전암종, 유극세포 암종, 박상암종, 신장의 신세포 암종, 예비 세포 암종, 육종 암종, 슈나이데리안 암종, 경성암종, 음낭암, 반지세포암종, 단순암종, 소세포암종, 솔라노이드 암종, 구상세포암종, 방추세포암종, 해면상암종, 편평상피암종, 편평세포암종, 끈상암종, 모세혈관확장암, 모세혈관외장암종, 이행세포암종, 결절성 암종, 결절성암종, 사마귀성 암종, 또는 융모암종을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "전이," "전이성," 및 "전이성 암"은 상호 교환적으로 사용될 수 있으며 하나의 기관 또는 인접하지 않은 다른 기관 또는 신체 부위로부터의 증식성 질환 또는 장애, 예를 들어, 암의 확산을 지칭한다. 암은 발생 부위, 예를 들어, 유방에서 발생하며, 이 부위를 원발성 종양, 예를 들어, 원발성 유방암이라고 지칭한다. 원발성 종양 또는 발생 부위의 일부 암세포는 국소 부위의 주변 정상 조직에 침투 및 침투하는 능력 및/또는 시스템을 통해 신체의 다른 부위 및 조직으로 순환하는 림프계 또는 혈관계의 벽을 관통하는 능력을 획득한다. 원발성 종양의 암세포로부터 형성된 두 번째 임상적으로 검출 가능한 종양은 전이성 또는 이차성 종양으로 지칭된다. 암세포가 전이되면 전이된 종양과 그 세포는 원래의 종양과 유사한 것으로 추정된다. 따라서, 폐암이 유방으로 전이되는 경우 유방 부위의 2차 종양은 비정상 유방 세포가 아닌 비정상 폐 세포로 이루어진다. 유방에 발생하는 2차 종양을 전이성 폐암이라고 한다. 따라서, 전이성 암이라는 문구는 대상이 원발성 종양을 갖거나 가졌고 하나 이상의 이차 종양을 갖는 질환을 지칭한다. 비전이성 암 또는 전이되지 않은 암을 갖는 대상체라는 문구는 대상체가 원발성 종양을 갖지만 하나 이상의 2차 종양을 갖지 않는 질환을 지칭한다. 예를 들어, 전이성 폐암은 원발성 폐 종양이 있거나 그 병력이 있고 제2 위치 또는 다중 위치, 예를 들어, 유방에 하나 이상의 2차 종양이 있는 대상체의 질환을 지칭한다.
질환 (예를 들어 단백질 관련 질환, RKY 활성과 관련된 암, RKY 관련 암, RKY 관련 질환 (예를 들어, 암, 염증성 질환, 자가면역 질환, 또는 감염성 질환))과 관련된 물질 또는 물질 활성 또는 기능과 관련하여 용어 "관련된" 또는 "와 관련된"은 질환 (예를 들어 암, 염증성 질환, 자가면역 질환, 또는 감염성 질환)이 (전체적으로 또는 부분적으로) 유발되거나, 또는 질환의 증상이 (전체적으로 또는 부분적으로) 물질 또는 물질 활성 또는 기능에 의해 유발됨을 의미한다. 본원에 사용된 바와 같이, 질환과 관련된 것으로 기술된 것은, 원인 물질이라면, 질환의 치료를 위한 표적이 될 수 있다. 예를 들어, RKY 활성 또는 기능과 관련된 암 또는 RKY 관련 질환 (예를 들어, 암, 염증성 질환, 자가면역 질환, 또는 감염성 질환)은 증가된 RKY 활성 또는 기능 (예를 들어 신호전달 경로 활성)이 질환 (예를 들어, 암, 염증성 질환, 자가면역 질환, 또는 감염성 질환)을 유발하는 경우, RKY 조절제 또는 RKY 억제제로 치료될 수 있다. 예를 들어, RKY 활성 또는 기능과 관련된 염증성 질환 또는 RKY 관련 염증성은 증가된 RKY 활성 또는 기능 (예를 들어 신호전달 경로 활성)이 질환을 유발하는 경우, RKY 조절제 또는 RKY 억제제로 치료될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "신호전달 경로"는 하나의 구성요소의 변경 사항을 하나 이상의 다른 구성 요소에 전달하고, 이는 다시 추가 구성 요소에 변경 사항을 전달할 수 있으며, 이는 임의로 다른 신호전달 경로 구성 요소로 되는 세포와 임의로 세포 외 구성 요소 (예를 들어 단백질, 핵산, 소분자, 이온, 지질) 사이의 일련의 상호작용을 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "비정상"은 정상과 다르다는 것을 지칭한다. 효소 활성을 설명하는 데 사용될 때, 비정상은 정상 대조군 또는 질환에 걸리지 않은 정상 대조군 샘플의 평균보다 크거나 작은 활성을 지칭한다. 비정상 활성은 질환을 초래하는 활성의 양을 지칭할 수 있으며, 비정상 활성을 정상 또는 질환과 관련되지 않은 양으로 (예를 들어 본원에 기술된 방법을 사용하여), 되돌리면 질환 또는 하나 이상의 질환 증상의 감소를 초래한다.
본원에서 언급되는 "치료제"는 암과 같은 질환 (예를 들어, 백혈병)을 치료 또는 예방하는 데 유용한 조성물이다. 구현예에서, 치료제는 항암제이다. "항암제"는 일반적인 의미에 따라 사용되며 항종양 특성 또는 세포의 성장 또는 증식을 억제하는 능력을 갖는 조성물 (예를 들어 화합물, 약물, 길항제, 억제제, 조절제)을 지칭한다. 구현예에서, 항암제는 화학요법제이다. 구현예에서, 항암제는 암 치료 방법에 유용성이 있는 본원에서 확인된 제제이다. 구현예에서, 항암제는 미국 이외의 국가의 FDA 또는 유사한 규제 기관에 의해 승인된 암 치료용 제제이다.
본원에 사용된 "항암제"는 암 세포 또는 조직의 파괴 또는 억제를 통해 암을 치료하는 데 사용되는 분자 (예를 들어 화합물, 펩티드, 단백질, 핵산, 0103)를 지칭한다. 항암제는 특정 암이나 특정 조직에 대해 선택적일 수 있다. 구현예에서, 본원에서 항암제는 후성유전 억제제 및 다중 키나제 억제제를 포함할 수 있다. "항암제" 및 "항암제"는 일반적인 의미에 따라 사용되며 항종양 특성 또는 세포의 성장 또는 증식을 억제하는 능력을 갖는 조성물 (예를 들어 화합물, 약물, 길항제, 억제제, 조절제)을 지칭한다. 일부 구현예에서, 항암제는 화학요법제이다. 일부 구현예에서, 항암제는 암 치료 방법에 유용성을 갖는 본원에서 확인된 제제이다. 일부 구현예에서, 항암제는 미국 이외의 국가의 FDA 또는 유사한 규제 기관에 의해 승인된 암 치료용 제제이다. 항암제의 예는 MEK (예를 들어 MEK1, MEK2, 또는 MEK1 및 MEK2) 억제제 (예를 들어 XL518, CI-1040, PD035901, 셀루메티닙/ AZD6244, GSK1120212/ 트라메티닙, GDC-0973, ARRY-162, ARRY-300, AZD8330, PD0325901, U0126, PD98059, TAK-733, PD318088, AS703026, BAY 869766), 알킬화제 (예를 들어, 시클로포스파미드, 이포스파미드, 클로람부실, 부술판, 멜팔란, 메클로레타민, 우라무스틴, 티오테파, 니트로소우레아, 질소 머스타드 (예를 들어, 메클로로에타민, 시클로포스파미드, 클로람부실, 메이팔란), 에틸렌이민 및 메틸멜라민 (예를 들어, 헥사메틸멜라민, 티오테파), 알킬 설포네이트 (예를 들어, 부술판), 니트로소우레아 (예를 들어, 카르무스틴, 로무시트네, 세무스틴, 스트렙토조신), 트리아젠 (데카르바진)), 항대사물질 (예를 들어, 5-아자티오프린, 류코보린, 카페시타빈, 플루다라빈, 젬시타빈, 페메트렉시드, 랄티트렉세드, 엽산 유사체 (예를 들어, 메토트렉세이트), 또는 피리미딘 유사체 (예를 들어, 플루오로우라실, 플록소우리딘, 시타라빈), 퓨린 유사체 (예를 들어, 메르캅토퓨린, 티오구아닌, 펜토스타틴) 등), 식물 알칼로이드 (예를 들어, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 비노렐빈, 빈데신, 포도필로톡신, 파클리탁셀, 도세탁셀 등), 토포이소머라제 억제제 (예를 들어, 이리노테칸, 토포테칸, 암사크린, 에토포시드 (VP16), 에토포시드포스페이트, 테니포시드 등), 항종양 항생제 (예를 들어, 독소루비신, 아드리아마이신, 다우노루비신, 에피루비신, 액티노마이신, 블레오마이신, 미토마이신, 미톡산트론, 플리카마이신 등), 백금계 화합물 (예를 들어 시스플라틴, 옥살로플라틴, 카보플라틴), 안트라세네디온 (예를 들어, 미톡산트론), 치환 우레아 (예를 들어, 히드록시우레아), 메틸 히드라진 유도체 (예를 들어, 프로카바진), 부신피질 억제제 (예를 들어, 미토탄, 아미노글루테티미드), 에피포도필로톡신 (예를 들어, 에토포사이드), 항생제 (예를 들어, 다우노루비신, 독소루비신, 블레오마이신), 효소 (예를 들어, L-아스파라기나제), 미토겐 활성화 단백질 키나제 신호 전달 억제제 (예를 들어 U0126, PD98059, PD184352, PD0325901, ARRY-142886, SB239063, SP600125, BAY 43-9006, 워트만닌, 또는 LY294002, Syk 억제제, mTOR 억제제, 항체 (예를 들어, 리툭산), 고시폴, 제나센스, 폴리페놀 E, 클로로푸신, 모든 트랜스-레티노산 (ATRA), 브리오스타틴, 종양 괴사 인자 관련 세포사멸 유도 리간드 (TRAIL), 5-아자-2'-데옥시시티딘, 모든 트랜스 레티노산, 독소루비신, 빈크리스틴, 에토포시드, 젬시타빈, 이마티닙 (글리벡.RTM.), 젤다나마이신, 17-N-알릴아미노-17- 데메톡시겔다나마이신 (17-AAG), 플라보피리돌, LY294002, 보르테조밉, 트라스투주맙, BAY 11-7082, PKC412, PD184352, 20-epi-1, 25 디히드록시비타민 D3; 또는 5-에티닐우라실을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항암제의 추가적인 예는 아비라테론; 아클라루비신; 아실풀벤; 아데시페놀; 아도젤레신; 알데스류킨; ALL-TK 길항제; 알트레타민; 암바무스틴; 아미독스; 아미포스틴; 아미노레불린산; 암루비신; 암사크린; 아나그렐리드; 아나스트로졸; 안드로그라폴라이드; 혈관신생 억제제; 길항제 D; 길항제 G; 안타렐릭스; 항-등쪽화 형태발생 단백질-1; 항안드로겐, 전립선 암종; 항에스트로겐; 안티네오플라스톤; 안티센스 올리고뉴클레오티드; 아피디콜린 글리시네이트; 세포자멸사 유전자 조절제; 세포자멸사 조절제; 아푸린산; 아라-CDP-DL-PTBA; 아르기닌 데아미나제; 아술라크린; 아타메스탄; 아트리무스틴; 악시나스타틴 1; 악시나스타틴 2; 악시나스타틴 3; 아자세트론; 아자톡신; 아자티로신; 바카틴 III 유도체; 발라놀; 바티마스타트; BCR/ABL 길항제; 벤조클로린; 벤조일스타우로스포린; 베타락탐 유도체; 베타-알레틴; 베타클라마이신 B; 베툴린산; bFGF 억제제; 비칼루타마이드; 비산트렌; 비스아지리디닐스페르민; 비나파이드; 비스트라텐 A; 비젤레신; 브리플레이트; 브로피리민; 부도티탄; 부티오닌 술폭시민; 칼시포트리올; 칼포스틴 C; 캄프토테신 유도체; 카나리폭스 IL-2; 카페시타빈; 카르복스아미드-아미노-트리아졸; 카르복시아미도트리아졸; CaRest M3; CARN 700; 연골 유래 억제제; 카르젤레신; 카제인 키나제 억제제 (ICOS); 카스타노스페르민; 세크로핀 B; 세트로렐릭스; 클로린; 클로로퀴녹살린 설폰아미드; 시카프로스트; 시스-포르피린; 클라드리빈; 클로미펜 유사체; 클로트리마졸; 콜리스마이신 A; 콜리스마이신 B; 콤브레타스타틴 A4; 콤브레타스타틴 유사체; 코나게닌; 크램베시딘 816; 크리스나톨; 크립토피신 8; 크립토피신 A 유도체; 큐라신 A; 시클로펜탄트라퀴논; 시클로플라탐; 사이페마이신; 시타라빈 옥포스페이트; 세포용해인자; 시토스타틴; 다클리시맙; 데시타빈; 데히드로디뎀닌 B; 데슬로렐린; 덱사메타손; 덱시포스파미드; 덱스라족산; 덱스베라파밀; 디아지콘; 디뎀닌 B; 디독스; 디에틸노르스페르민; 디히드로-5-아자시티딘; 9-디옥사마이신; 디페닐 스피로무스틴; 도코사놀; 돌라세트론; 독시플루리딘; 드롤록시펜; 드로나비놀; 듀오카마이신 SA; 엡셀렌; 에코무스틴; 에델포신; 에드레콜로맙; 에플로르니틴; 엘레멘; 에미테푸르; 에피루비신; 에프리스테리드; 에스트라무스틴 유사체; 에스트로겐 작용제; 에스트로겐 길항제; 에타니다졸; 에토포시드 인산염; 또는 엑세메스탄을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항암제의 추가적인 예는 파드로졸; 파자라빈; 펜레티나이드; 필그라스팀; 피나스테리드; 플라보피리돌; 플레젤라스틴; 플루아스테론; 플루다라빈; 플루오로다우노루니신 염산염; 포르페니믹스; 포름스탄; 포스트리에신; 포테무스틴; 가돌리늄 텍사피린; 질산갈륨; 갈로시타빈; 가니렐릭스; 젤라티나제 억제제; 젬시타빈; 글루타티온 억제제; 헵설팜; 헤레굴린; 헥사메틸렌 비스아세트아미드; 하이퍼리신; 이반드론산; 이다루비신; 이독시펜; 이드라만톤; 일모포신; 일로마스타트; 이미다조아크리돈; 이미퀴모드; 면역자극 펩티드; 인슐린 유사 성장 인자-1 수용체 억제제; 인터페론 작용제; 인터페론; 인터루킨; 이오벤구안; 요오도독소루비신; 이포메놀, 4-; 이로프락트; 이르소글라딘; 이소벤졸; 이소호모할리콘드린 B; 이타세트론; 자스플라키놀리드; 카할랄리드 F; 라멜라린-N 트리아세테이트; 란레오타이드; 레이나마이신; 레노그라스팀; 렌티난 황산염; 렙톨스타틴; 레트로졸; 백혈병 억제 인자; 백혈구 알파 인터페론; 류프롤리드+에스트로겐+프로게스테론; 류프로렐린; 레바미솔; 리아로졸; 선형 폴리아민 유사체; 친유성 이당류 펩티드; 친유성 백금 화합물; 리소클린아미드 7; 로바플라틴; 롬브리신; 로메트렉솔; 로니다민; 로속산트론; 로바스타틴; 록소리빈; 루르토테칸; 루테튬 텍사피린; 리소필린; 용해성 펩티드; 마이탄신; 만노스타틴 A; 마리마스타트; 마소프로콜; 마스핀; 마트릴리신 억제제; 매트릭스 메탈로프로테이나제 억제제; 메노가릴; 메르바론; 메텔린; 메티오닌효소; 메토클로프라미드; MIF 억제제; 미페프리스톤; 밀테포신; 미리모스팀; 불일치 이중 가닥 RNA; 미토구아존; 미토락톨; 미토마이신 유사체; 미토나파이드; 섬유아세포 성장 인자-사포린; 미톡산트론; 모파로텐; 몰그라모스팀; 단일클론 항체, 인간 융모성 성선자극호르몬; 모노포스포릴 지질 A+ 미오박테리움 세포벽 sk; 모피다몰; 다중 약물 내성 유전자 억제제; 다중 종양 억제인자 1-기반 치료법; 머스타드 항암제; 마이카퍼옥시드 B; 마이코박테리아 세포벽 추출물; 미리아포론; N-아세틸디날린; N-치환 벤즈아미드; 나파렐린; 나그레스팁; 날록손+펜타조신; 나파빈; 나프테르핀; 나르토그라스티임; 네다플라틴; 네모루비신; 네리드론산; 중성 엔도펩티다제; 닐루타마이드; 니사마이신; 산화질소 조절제; 질산화물 항산화제; 니트룰린; O6-벤질구아닌; 옥트레오티드; 오키세논; 올리고뉴클레오티드; 오나프리스톤; 온단세트론; 온단세트론; 오라신; 경구 사이토카인 유도제; 오르마플라틴; 오스테론; 옥살리플라틴; 옥사우노마이신; 팔라우아민; 팔미토일리족신; 파미드론산; 파낙시트리올; 파노미펜; 파라박틴; 파젤립틴; 페가스파가제; 펠데신; 펜토산 폴리황산염 나트륨; 펜토스타틴; 펜트로졸; 퍼플루브론; 퍼포스파미드; 페릴릴 알코올; 페나지노마이신; 페닐아세테이트; 포스파타제 억제제; 피시바닐; 필로카르핀 염산염; 피라루비신; 피리트렉심; 플라세틴 A; 플라세틴 B; 플라스미노겐 활성화제 억제제; 백금 복합체; 백금 화합물; 백금-트리아민 착물; 포르피머 나트륨; 포르피로마이신; 프레드니손; 프로필 비스아크리돈; 프로스타글란딘 J2; 프로테아좀 억제제; 단백질 A 기반 면역 조절제; 단백질 키나제 C 억제제; 단백질 키나제 C 억제제, 미세조류; 단백질 티로신 포스파타제 억제제; 퓨린 뉴클레오시드 포스포릴라제 억제제; 퍼푸린; 피라졸로아크리딘; 또는 피리독실화 헤모글로빈 폴리옥시에틸레리 접합체를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항암제의 추가적인 예는 raf 길항제; 랄티트렉시드; 라모세트론; ras 파르네실 단백질 트랜스퍼라제 억제제; ras 억제제; ras-GAP 억제제; 탈메틸화된 레텔립틴; 레늄 Re 186 에티드로네이트; 리족신; 리보자임; RII 레티나미드; 로글레티미드; 로히투킨; 로머타이드; 로퀴니멕스; 루비기논 B1; 루복실; 사핑골; 상토핀; SarCNU; 사르코피톨 A; 사르그라모스팀; Sdi 1 모방체; 세무스틴; 노화 유래 억제제 1; 센스 올리고뉴클레오티드; 신호 전달 억제제; 신호 전달 조절제; 단일 사슬 항원 결합 단백질; 시조푸란; 소부족산; 나트륨 붕산염; 나트륨 페닐아세테이트; 솔브롤; 소마토메딘 결합 단백질; 소네르민; 스파르포스산; 스피카마이신 D; 스피로무스틴; 스플레펜틴; 스폰지스타틴 1; 스쿠알라민; 줄기세포 억제제; 줄기세포 분열 억제제; 스티피아미드; 스트로멜리신 억제제; 설피노신; 초활성 혈관활성 장 펩티드 길항제; 수라디스타; 수라민; 스웨인소닌; 합성 글리코사미노글리칸; 탈리무스틴; 타목시펜 메티오다이드; 타우로무스틴; 타자로텐; 테코갈란 나트륨; 테가푸르; 텔루라피릴륨; 텔로머라제 억제제; 테모포르핀; 테모졸로미드; 테니포시드; 테트라클로로데카옥사이드; 테트라조민; 탈리블라스틴; 티오코랄린; 트롬보포이에틴; 트롬보포이에틴 모방체; 티말파신; 티모포이에틴 수용체 작용제; 티모트리난; 갑상선 자극 호르몬; 주석 에틸 에티오푸르푸린; 티라파자민; 티타노센 바이클로라이드; 톱센틴; 토레미펜; 전능성 줄기세포 인자; 번역 억제제; 트레티노인; 트리아세틸우리딘; 트리시리빈; 트리메트렉세이트; 트립토렐린; 트로피세트론; 투로스테리드; 티로신 키나제 억제제; 티르포스틴; UBC 억제제; 유베니멕스; 비뇨생식기동 유래 성장 억제 인자; 유로키나제 수용체 길항제; 바프레타이드; 바리올린 B; 벡터 시스템, 적혈구 유전자 치료법; 벨라레솔; 베라민; 베르딘; 베르테포르핀; 비노렐빈; 빈살틴; 비탁신; 보로졸; 자노테론; 제니플라틴; 질라스코브; 지노스타틴 자극제, 아드리아마이신, 닥티노마이신, 블레오마이신, 빈블라스틴, 시스플라틴, 아시비신; 아클라루비신; 아코다졸 염산염; 아크로닌; 아도젤레신; 알데스류킨; 알트레타민; 암보마이신; 아메탄트론 아세테이트; 아미노글루테티미드; 암사크린; 아나스트로졸; 안트라마이신; 아스파라기나아제; 아스퍼린; 아자시티딘; 아제테파; 아조토마이신; 바티마스타트; 벤조데파; 비칼루타마이드; 비산트렌 염산염; 비스나파이드 디메실레이트; 비젤레신; 블레오마이신 황산염; 브레퀴나르 나트륨; 브로피리민; 부설판; 칵티노마이신; 칼루스테론; 카라세미드; 카비타이머; 카르보플라틴; 카르무스틴; 카루비신 염산염; 카르젤레신; 세데핀골; 클로람부실; 시롤레마이신; 클라드리빈; 크리스나톨 메실레이트; 사이클로포스파미드; 시타라빈을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항암제의 추가적인 예는 다카르바진; 다우노루비신 염산염; 데시타빈; 덱소르마플라틴; 데자구아닌; 데자구아닌 메실레이트; 디아지콘; 독소루비신; 독소루비신 염산염; 드롤록시펜; 드롤록시펜 시트레이트; 드로모스타놀론 프로피오네이트; 두아조마이신; 에다트렉세이트; 에플로르니틴 염산염; 엘사미트루신; 엔로플라틴; 엔프로메이트; 에피프로피딘; 에피루비신 염산염; 에르불로졸; 에소루비신 염산염; 에스트라무스틴; 에스트라무스틴 인산염 나트륨; 에타니다졸; 에토포시드; 에토포시드 인산염; 에토프린; 파드로졸 염산염; 파자라빈; 펜레티나이드; 플록수리딘; 플루다라빈 인산염; 플루오로우라실; 플루오로시타빈; 포스퀴돈; 포스트리에신 나트륨; 젬시타빈; 젬시타빈 염산염; 히드록시우레아; 이다루비신 염산염; 이포스파미드; 리모포신; 인터루킨 I1 (재조합 인터루킨 II, 또는 rlL.sub.2 포함), 인터페론 알파-2a; 인터페론 알파-2b; 인터페론 알파-n1; 인터페론 알파-n3; 인터페론 베타-1a 인터페론 감마-1b; 이프로플라틴; 이리노테칸 염산염; 란레오타이드 아세테이트; 레트로졸; 류프롤리드 아세테이트; 리아로졸 염산염; 로메트렉솔 나트륨; 로무스틴; 로속산트론 염산염; 마소프로콜; 메이탄신; 메클로레타민 염산염; 메게스트롤 아세테이트; 멜렌게스트롤 아세테이트; 멜팔란; 메노가릴; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 메토트렉세이트 나트륨; 메토프린; 메츄레데파; 미틴도마이드; 미토카르신; 미토크로민; 미토길린; 미토말신; 미토마이신; 미토스퍼; 미토탄; 미톡산트론 염산염; 마이코페놀산; 노코다조이; 노갈라마이신; 오르마플라틴; 옥시수란; 페가스파가제; 펠리오마이신; 펜타무스틴; 페플로마이신 황산염; 퍼포스파미드; 피포브로만; 피포술판; 피록산트론 염산염; 플리카마이신; 플로메스탄; 포르피머 나트륨; 포르피로마이신; 프레드니무스틴; 프로카르바진 염산염; 푸로마이신; 푸로마이신 염산염; 피라조푸린; 리보프린; 로글레티미드; 사핑골; 사핑골 염산염; 세무스틴; 심트라젠; 스파포세이트 나트륨; 스파소마이신; 스피로게르마늄 염산염; 스피로무스틴; 스피로플라틴; 스트렙토니그린; 스트렙토조신; 설로페누르; 탈리소마이신; 테코갈란 나트륨; 테가푸르; 텔록산트론 염산염; 테모포르핀; 테니포시드; 테록시론; 테스토락톤; 티아미프린; 티오구아닌; 티오테파; 티아조푸린; 티라파자민; 토레미펜 시트레이트; 트레스토론 아세테이트; 트리시리빈 인산염; 트리메트렉세이트; 트리메트렉세이트 글루쿠로네이트; 트립토렐린; 튜불로졸 염산염; 우라실 머스타드; 우레데파; 바프레타이드; 베르테포르핀; 빈블라스틴 황산염; 빈크리스틴 황산염; 빈데신; 빈데신 황산염; 바네피딘 황산염; 빈글리시네이트 황산염; 비닐류로신 황산염; 비노렐빈 타르트레이트; 빈로시딘 황산염; 빈졸리딘 황산염; 보로졸; 제니플라틴; 지노스타틴; 조루비신 염산염, G2-M 단계에서 세포를 정지시키고/시키거나 미세소관의 형성 또는 안정성을 조절하는 제제, (예를 들어 탁솔.TM (즉 파클리탁셀), 탁소테레.TM, 탁산 골격을 포함하는 화합물, 에르불로졸 (즉 R-55104), 돌라스타틴 10 (즉 DLS-10 및 NSC-376128), 미보불린 이세티오네이트 (즉 CI-980로서), 빈크리스틴, NSC-639829, 디스코더몰리드 (즉 NVP-XX-A-296로서), ABT-751 (Abbott, 즉 E-7010), 또는 알토르히르틴 (예를 들어 알토르히르틴 A 및 알토르히르틴 C)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항암제의 추가적인 예는 스폰기스타틴 (예를 들어 스폰기스타틴 1, 스폰기스타틴 2, 스폰기스타틴 3, 스폰기스타틴 4, 스폰기스타틴 5, 스폰기스타틴 6, 스폰기스타틴 7, 스폰기스타틴 8, 및 스폰기스타틴 9), 세마도틴 염산염 (즉 LU-103793 및 NSC-D-669356), 에포틸론 (예를 들어 에포틸론 A, 에포틸론 B, 에포틸론 C (즉 데옥시에포틸론 A 또는 dEpoA), 에포틸론 D (즉 KOS-862, dEpoB, 및 데옥시에포틸론 B), 에포틸론 E, 에포틸론 F, 에포틸론 B N-산화물, 에포틸론 A N-산화물, 16-아자-에포틸론 B, 21-아미노에포틸론 B (즉 BMS-310705), 21-히드록시에포틸론 D (즉 데옥시에포틸론 F 및 dEpoF), 26-플루오로에포틸론, 아우리스타틴 PE (즉 NSC-654663), 소블리도틴 (즉 TZT-1027), LS-4559-P (Pharmacia, 즉 LS-4577), LS-4578 (Pharmacia, 즉 LS-477-P), LS-4477 (Pharmacia), LS-4559 (Pharmacia), RPR-112378 (Aventis), 빈크리스틴 황산염, DZ-3358 (Daiichi), FR-182877 (Fujisawa, 즉 WS-9885B), GS-164 (Takeda), GS-198 (Takeda), KAR-2 (헝가리 과학 아카데미), BSF-223651 (BASF, 즉 ILX-651 및 LU-223651), SAH-49960 (Lilly/Novartis), SDZ-268970 (Lilly/Novartis), AM-97 (Armad/Kyowa Hakko), AM-132 (Armad), AM-138 (Armad/Kyowa Hakko), IDN-5005 (Indena), 크립토피신 52 (즉 LY-355703), AC-7739 (Ajinomoto, 즉 AVE-8063A 및 CS-39.HCl), AC-7700 (Ajinomoto, 즉 AVE-8062, AVE-8062A, CS-39-L-Ser.HCl, 및 RPR-258062A), 비틸레부아마이드, 튜불리신 A, 카나덴솔, 센타우레이딘 (즉 NSC-106969), T-138067 (Tularik, 즉 T-67, TL-138067 및 TI-138067), COBRA-1 (Parker Hughes Institute, 즉 DDE-261 및 WHI-261), H10 (캔자스 주립대학교), H16 (캔자스 주립대학교), 온코시딘 A1 (즉 BTO-956 및 DIME), DDE-313 (Parker Hughes Institute), 피지아놀리드B, 라우리말리드, SPA-2 (Parker Hughes Institute), SPA-1 (Parker Hughes Institute, 즉 SPIKET-P), 3-IAABU (Cytoskeleton/Mt. Sinai School of Medicine, 즉 MF-569), 나르코신 (NSC-5366으로도 알려짐), 나스카핀, D-24851 (Asta Medica), A-105972 (Abbott), 헤미아스터린, 3-BAABU (Cytoskeleton/Mt. Sinai School of Medicine, 즉 MF-191), TMPN (애리조나 주립대학교), 바나도센아세틸아세토네이트, T-138026 (Tularik), 몬사트롤, 이나노신 (즉 NSC-698666), 3-IAABE (Cytoskeleton/Mt. Sinai School of Medicine), A-204197 (Abbott), T-607 (Tuiarik, 즉 T-900607), RPR-115781 (Aventis), 엘레우테로빈 (예를 들어 데스메틸엘류테로빈, 데세이틸류테로빈, 이소엘류테로빈 A, 및 Z-엘류테로빈), 카리바오시드, 카리베올린, 할리콘드린 B, D-64131 (Asta Medica), D-68144 (Asta Medica), 디아조아미드 A, A-293620 (Abbott), NPI-2350 (Nereus), 타칼로놀리드 A, TUB-245 (Aventis), A-259754 (Abbott), 디오조스타틴, (-)-페닐라히스틴 (즉 NSCL-96F037), D-68838 (Asta Medica), D-68836 (Asta Medica), 미오세베린 B, D-43411 (Zentaris, 즉 D-81862), A-289099 (Abbott), A-318315 (Abbott), HTI-286 (즉 SPA-110, 트리플루오로아세트산염) (Wyeth), D-82317 (Zentaris), D-82318 (Zentaris), SC-12983 (NCI), 레스베라스타틴 인산 나트륨, BPR-OY-007 (National Health Research Institutes), 및 SSR-250411 (Sanofi)), 스테로이드 (예를 들어, 덱사메타손), 피나스테리드, 아로마타제 억제제, 고세렐린 또는 류프롤리드와 같은 성선자극호르몬 방출 호르몬 작용제 (GnRH), 부신피질호르몬 (예를 들어, 프레드니손), 프로게스틴 (예를 들어, 하이드록시프로게스테론 카프로에이트, 메게스트롤 아세테이트, 메드록시프로게스테론 아세테이트), 에스트로겐 (예를 들어, 디에슬리스틸베스트롤, 에티닐 에스트라디올), 항에스트로겐 (예를 들어, 타목시펜), 안드로겐 (예를 들어, 테스토스테론 프로피오네이트, 플루옥시메스테론), 항안드로겐 (예를 들어, 플루타미드), 면역자극제 (예를 들어, 바실러스 칼메트 게랭 (BCG), 레바미솔, 인터루킨-2, 알파-인터페론 등), 단일클론 항체 (예를 들어, 항-CD20, 항-HER2, 항-CD52, 항-HLA-DR, 및 항-VEGF 단일클론 항체), 면역독소 (예를 들어, 항-CD33 단일클론 항체-칼리케아미신 접합체, 항-CD22 단일클론 항체-슈도모나스 외독소 접합체 등), 방사선면역요법 (예를 들어, 111In, 90Y, 또는 131I에 접합된 항-CD20 단일클론 항체 등), 트리톨라이드, 호모해링토닌, 낙티노마이신, 독소루비신, 에피루비신, 토포테칸, 이트라코나졸, 빈데신, 세리바스타틴, 빈크리스틴, 데옥시다데노신, 설트랄린, 피타바스타틴, 이리노테칸, 클로파지민, 5-노닐옥시트립타민, 베무라페닙, 다브라페닙, 에를로티닙, 게피티닙, EGFR 억제제, 표피 성장 인자 수용체 (EGFR)-표적 치료법 또는 치료제 (예를 들어 게피티닙 (Iressa ™), 에를로티닙 (Tarceva ™), 세툭시맙 (Erbitux™), 라파티닙 (Tykerb™), 파니투무맙 (Vectibix™), 반데타닙 (Caprelsa™), 아파티닙/BIBW2992, CI-1033/카네르티닙, 네라티닙/HKI-272, CP-724714, TAK-285, AST-1306, ARRY334543, ARRY-380, AG-1478, 다코미티닙/PF299804, OSI-420/데스메틸 에를로티닙, AZD8931, AEE788, 펠리티닙/EKB-569, CUDC-101, WZ8040, WZ4002, WZ3146, AG-490, XL647, PD153035, BMS-599626), 소라페닙, 이마티닙, 수니티닙, 다사티닙 등을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에 사용된 바와 같이, 병태, 질환 또는 장애 또는 병태, 질환 또는 장애와 관련된 증상을 "치료하는" 또는 "의 치료"는 임상 결과를 포함하여 유익하거나 원하는 결과를 얻기 위한 접근 방식을 지칭한다. 유익하거나 원하는 임상 결과는 부분적이든 전체적이든 하나 이상의 증상이나 상태의 완화 또는 호전, 병태, 장애 또는 질환의 정도 감소, 병태, 장애 또는 질환의 상태 안정화, 병태, 장애 또는 질환의 발달 예방, 병태, 장애 또는 질환의 확산 예방, 병태, 장애 또는 질환 진행의 지연 또는 둔화, 병태, 장애 또는 질환 발병의 지연 또는 둔화, 병태, 장애 또는 질환 상태의 개선 또는 경감, 및 관해를 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 또한, "치료하는"은 치료가 없을 때 예상되는 것 이상으로 대상체의 생존을 연장하는 것을 의미할 수 있다. 또한, "치료하는"은 병태, 장애 또는 질환의 진행을 억제하고, 병태, 장애 또는 질환의 진행을 일시적으로 늦추는 것을 의미할 수 있지만, 일부 경우에는, 병태, 장애 또는 질환의 진행을 영구적으로 중단시키는 것이 포함된다. 본원에 사용된 용어 치료, 치료하다, 또는 치료하는은 프로테아제의 발현을 특징으로 하는 질환 또는 병태의 하나 이상의 증상의 효과 또는 프로테아제의 발현을 특징으로 하는 질환 또는 병태의 증상을 감소시키는 방법을 지칭한다. 따라서 개시된 방법에서, 치료는 확립된 질환, 병태, 또는 질환 또는 병태의 증상의 중증도의 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 감소를 지칭할 수 있다. 예를 들어, 질환을 치료하는 방법은 대조군과 비교하여 대상체에서 질환의 하나 이상의 증상이 10% 감소한 경우 치료로 간주된다. 따라서 감소는 천연 또는 대조군 수준과 비교하여 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 또는 10% 내지 100% 사이 임의의 백분율 감소일 수 있다. 치료는 반드시 치유 또는 질환, 병태, 또는 질환 또는 병태의 증상의 완치 또는 완전한 제거를 의미하지 않는 것으로 이해된다. 추가로, 본원에 사용된 바와 같이, 하락, 감소 또는 억제에 대한 언급은 대조군 수준과 비교하여 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이상의 변화를 포함하고 그러한 용어에는 완전한 제거가 포함될 수 있지만 반드시 포함되는 것은 아니다.
용어 "용량" 및 "투여량"은 본원에서 상호 교환적으로 사용된다. 용량은 각 투여 시 개인에게 제공되는 활성 성분의 양을 지칭한다. 용량은 주어진 치료법의 정상 용량 범위, 투여 빈도; 개인의 크기와 관용; 상태의 중증도; 부작용 위험; 및 투여 경로를 포함하는 여러 요인에 따라 달라진다. 당업자는 용량이 상기 요인에 따라 또는 치료 진행에 따라 변경될 수 있음을 인식할 것이다. 용어 "투여 형태"는 약학 또는 약학 조성물의 특정 형식을 지칭하며, 투여 경로에 따라 달라진다. 예를 들어, 투여 형태는 분무용 액체 형태, 예를 들어, 흡입제, 정제 또는 액체, 예를 들어, 경구 전달용, 또는 식염수, 예를 들어, 주사용일 수 있다.
본원에 사용된 "치료적 유효 용량 또는 양"은 투여되는 효과 (예를 들어 질환 치료 또는 예방)를 생성하는 용량을 의미한다. 정확한 용량 및 제형은 치료 목적에 따라 달라질 것이며, 공지된 기술을 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있을 것이다 (예를 들어, Lieberman, Pharmaceutical Dosage Forms (vols. 1-3, 1992); Lloyd, The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding (1999); Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th Edition, Gennaro, Editor (2003), 및 Pickar, Dosage Calculations (1999) 참조). 예를 들어, 주어진 매개변수에 대해, 치료적 유효량은 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 40%, 50%, 60%, 75%, 80%, 90%, 또는 적어도 100%의 증가 또는 감소를 나타낼 것이다. 치료 효능은 "배" 증가 또는 감소로 표현될 수도 있다. 예를 들어, 치료적 유효량은 표준 대조군에 비해 적어도 1.2배, 1.5배, 2배, 5배, 이상의 효과를 가질 수 있다. 치료적 유효 용량 또는 양은 질환의 하나 이상의 증상을 개선할 수 있다. 치료적 유효 용량 또는 양은 투여되는 효과가 질환 발병 위험이 있는 사람을 치료하는 것인 경우 질환의 발병 또는 질환의 하나 이상의 증상을 예방하거나 지연시킬 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "투여하는"은 대상체에 대한 경구 투여, 좌제 투여, 국소 접촉, 정맥 내, 복강 내, 근육 내, 병변 내, 척수강 내, 비강 내 또는 피하 투여, 또는 서방형 장치, 예를 들어, 미니 삼투압 펌프의 이식을 의미한다. 투여는 비경구 및 경점막 (예를 들어, 구강, 설하, 구개, 치은, 비강, 질, 직장 또는 경피)을 포함하는 임의의 경로로 이루어진다. 비경구 투여는 예를 들어, 정맥 내, 근육 내, 세동맥 내, 피내, 피하, 복강 내, 뇌실 내 및 두개 내 투여를 포함한다. 다른 전달 방식은 리포솜 제형, 정맥 내 주입, 경피 패치 등의 사용을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. "공동 투여"는 본원에 기술된 조성물이 하나 이상의 추가 요법, 예를 들어 화학 요법, 호르몬 요법, 방사선 요법 또는 면역 요법과 같은 암 요법의 투여와 동시에, 직전에, 또는 직후에 투여되는 것을 의미한다. 본 발명의 화합물은 단독으로 투여될 수 있거나 환자에게 공동투여될 수 있다. 공동투여는 화합물을 개별적으로 또는 조합하여 (하나 이상의 화합물) 동시 또는 순차적 투여를 포함하는 것을 의미한다. 따라서, 바람직한 경우 조제물을 다른 활성 물질과 조합할 수도 있다 (예를 들어 대사 저하를 줄이기 위해). 본 발명의 조성물은 장착기 스틱, 용액, 현탁액, 에멀젼, 젤, 크림, 연고, 페이스트, 젤리, 페인트, 분말 및 에어로졸로 제제화되어 경피, 국소 경로로 전달될 수 있다.
경구 투여에 적합한 제제는 (a) 물, 식염수 또는 PEG 400과 같은 희석제에 현탁된 유효량의 본원에 제공된 항체와 같은 액체 용액; (b) 각각 미리 결정된 양의 액체, 고체, 과립 또는 젤라틴과 같은 활성 성분을 함유하는 캡슐, 사쉐 또는 정제; (c) 적절한 액체 중 현탁액; 및 (d) 적합한 에멀젼으로 이루어질 수 있다. 정제 형태는 락토스, 수크로스, 만니톨, 소르비톨, 인산칼슘, 옥수수 전분, 감자 전분, 미정질 셀룰로오스, 젤라틴, 콜로이드성 이산화규소, 활석, 스테아르산 마그네슘, 스테아르산 및 기타 부형제, 착색제, 충전제, 결합제, 희석제, 완충제, 습윤제, 방부제, 향미제, 염료, 붕해제 및 약학적으로 적합한 담체 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 로젠지 형태는 향미료 예를 들어, 수크로스에 활성 성분뿐만 아니라, 활성 성분 외에도, 당업계에 공지된 담체를 함유하는 젤라틴 및 글리세린 또는 수크로스 및 아카시아 에멀젼, 젤 등과 같은 불활성 기제에 활성 성분을 포함하는 패스틸을 포함할 수 있다.
약학 조성물은 또한 단백질, 키토산과 같은 다당류, 폴리락트산, 폴리글리콜산 및 공중합체 (예를 들어 라텍스 관능화된 세파로스 (TM), 아가로스, 셀룰로오스 등), 중합체성 아미노산, 아미노산 공중합체, 및 지질 응집체 (예를 들어 기름 방울 또는 리포솜)와 같은 크고 천천히 대사되는 거대분자를 포함할 수 있다. 추가적으로, 이들 담체는 면역자극제 (즉, 보조제)로서 기능할 수 있다.
직장 투여에 적합한 제제에는 예를 들어 좌약 베이스와 함께 포장된 핵산으로 구성된 좌약이 포함된다. 적합한 좌약 기제는 천연 또는 합성 트리글리세리드 또는 파라핀 탄화수소를 포함한다. 추가로, 선택한 화합물과 예를 들어, 액체 트리글리세리드, 폴리에틸렌 글리콜, 및 파라핀 탄화수소를 포함하는 기제의 조합으로 이루어진 젤라틴 직장 캡슐을 사용하는 것도 가능하다.
예를 들어, 관절 내 (관절에서), 정맥 내, 근육 내, 종양 내, 피내, 복강 내 및 피하 경로에 의한 것과 같은 비경구 투여에 적합한 제제는 수성 및 비수성 등장성 멸균 주사 용액이 포함되며, 이는 항산화제, 완충제, 정균제, 및 제제를 대상 수용자의 혈액과 등장성으로 만드는 용질, 및 현탁화제, 가용화제, 증점제, 안정제 및 보존제를 포함할 수 있는 수성 및 비수성 멸균 현탁액을 포함할 수 있다. 본 발명의 실시에서, 조성물은 예를 들어, 정맥 내 주입, 경구, 국소, 복강 내, 방광 내 또는 척수강 내로 투여될 수 있다. 비경구 투여, 경구 투여, 및 정맥 내 투여가 바람직한 투여 방법이다. 화합물의 제제는 앰플 및 바이알과 같은 단위 용량 또는 다중 용량 밀봉 용기로 제공될 수 있다.
주사 용액 및 현탁액은 이전에 기술된 종류의 멸균 분말, 과립 및 정제로부터 제조될 수 있다. 생체 외 요법을 위해 핵산에 의해 형질도입된 세포는 또한 상기 기재된 바와 같이 정맥 내 또는 비경구로 투여될 수 있다.
병용 투여는 별도의 제제 또는 단일 제약 제제를 사용하는 공동 투여, 및 어느 순서로든 연속 투여를 고려하며, 여기서 바람직하게는 둘 다 (또는 모든) 활성제가 동시에 생물학적 활성을 발휘하는 기간이 존재한다.
본 발명의 조성물은 지속 방출 및/또는 편안함을 제공하는 성분을 추가로 포함할 수 있다. 이러한 구성 요소는 고분자량, 음이온성 점액 모방 중합체, 겔화 다당류 및 미세하게 분할된 약물 전달체 기질을 포함한다. 이들 구성요소는 미국 특허 번호 4,911,920; 5,403,841; 5,212,162; 및 4,861,760에서 더욱 상세히 기술된다. 이들 특허의 전체 내용은 모든 목적을 위해 그 전체가 참조로 본원에 포함된다. 또한, 본 발명의 조성물은 체내에서 느린 방출을 위해 미소구체로서 전달될 수 있다. 예를 들어, 미소구체는 피하에서 서서히 방출되는 약물 함유 미소구체의 피내 주사를 통해 (Rao, J. Biomater Sci. Polym. Ed. 7:623-645, 1995 참조; 생분해성 및 주사 가능한 겔 제제로서 (예를 들어, Gao Pharm. Res. 12:857-863, 1995 참조); 또는 경구 투여용 미소구체로서 (예를 들어, Eyles, J. Pharm. Pharmacol. 49:669-674, 1997 참조) 투여될 수 있다. 구현예에서, 본 발명의 조성물의 제형은 세포막과 융합되거나 세포내이입되는 리포솜의 사용에 의해, 즉, 세포내이입을 초래하는 세포의 표면 막 단백질 수용체에 결합하는 리포솜에 부착된 수용체 리간드를 사용함으로써 전달될 수 있다. 특히 리포솜 표면이 표적 세포에 특이적인 수용체 리간드를 운반하거나 달리 우선적으로 특정 기관으로 향하는 경우 리포솜을 사용함으로써, 생체 내 표적 세포 내로 본 발명의 조성물의 전달에 집중할 수 있다. (예를 들어, Al-Muhammed, J. Microencapsul. 13:293-306, 1996; Chonn, Curr. Opin. Biotechnol. 6:698-708, 1995; Ostro, Am. J. Hosp. Pharm. 46:1576-1587, 1989 참조). 또한, 본 발명의 조성물은 나노입자로 전달될 수 있다.
본원에 사용된 바와 같이, 용어 "약학적으로 허용 가능한"은 "생리학적으로 허용 가능한" 및 "약리학적으로 허용 가능한"과 동의어로 사용된다. 약학 조성물은 일반적으로 완충제 및 저장 보존용 제제를 포함할 것이며, 투여 경로에 따라 적절한 전달을 위한 완충제 및 담체를 포함할 수 있다.
"약학적으로 허용 가능한 부형제" 및 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 대상체에 대한 활성제의 투여 및 흡수를 돕고 환자에 대해 심각한 유해한 독성학적 효과를 유발하지 않고 본 발명의 조성물에 포함될 수 있는 물질을 지칭한다. 약학적으로 허용 가능한 부형제의 비제한적인 예는 물, NaCl, 생리 식염수 용액, 젖산 링거액, 정상 수크로스, 정상 포도당, 결합제, 충전제, 붕해제, 윤활제, 코팅제, 감미료, 향료, 염 용액 (예를 들어 링거액), 알코올, 오일, 젤라틴, 락토스, 아밀로오스 또는 전분과 같은 탄수화물, 지방산 에스테르, 히드록시메틸셀룰로오스, 폴리비닐 피롤리딘 및 색소 등을 포함한다. 이러한 조제물은 멸균될 수 있고, 바람직하다면 윤활제, 방부제, 안정제, 습윤제, 유화제, 삼투압에 영향을 미치는 염, 완충제, 착색제 및/또는 방향성 물질 등과 같은 유해하게 반응하지 않는 보조제와 혼합될 수 있다. 당업자는 다른 약학 부형제가 본 발명에 유용하다는 것을 인식할 것이다.
용어 "약학적으로 허용 가능한 염"은 당업계에 널리 공지된 다양한 유기 및 무기 반대 이온으로부터 유래된 염을 지칭하며 단지 예로서, 나트륨, 칼륨, 칼슘, 마그네슘, 암모늄, 테트라알킬암모늄 및 등; 및 분자가 염기 작용기를 함유하는 경우, 염산염, 브롬화수소산염, 타르타르산염, 메실산염, 아세트산염, 말레산염, 옥살산염 등과 같은 유기 또는 무기산의 염을 포함한다.
용어 "조제물"은 다른 담체가 있거나 없는 활성 성분이 담체로 둘러싸여 있는 캡슐을 제공하는 담체로서 캡슐화 물질과 함께 활성 화합물의 제제를 포함하도록 의도되며, 이는 그것과 연합된다. 유사하게, 카셰 및 로젠지를 포함한다. 정제, 산제, 캡슐, 환제, 카셰 및 로젠지는 경구 투여에 적합한 고형 투여 형태로 사용될 수 있다.
약학 조제물은 임의로 단위 투여 형태이다. 이러한 형태로 조제물은 적절한 양의 활성 성분을 함유하는 단위 용량으로 세분된다. 단위 투여 형태는 포장된 조제물, 패킷 정제, 캡슐, 바이알 또는 앰풀의 분말과 같이 개별 양의 조제물을 포함하는 패키지일 수 있다. 또한, 단위 투여 형태는 캡슐, 정제, 카셰 또는 로젠지 그 자체일 수 있거나, 이들 중 적절한 개수를 포장된 형태일 수 있다. 단위 투여 형태는 냉동 분산액일 수 있다.
본원에 기술된 실시예 및 구현예는 단지 설명을 위한 것이며 이를 고려한 다양한 변형 또는 변화가 당업자에게 제안될 것이며 본 출원의 사상 및 범위 및 첨부된 청구범위의 범위 내에 포함되어야 한다는 것이 이해된다. 본원에 인용된 모든 간행물, 특허 및 특허 출원은 모든 목적을 위해 그 전체 내용이 참고로 본원에 포함된다.
항-RYK 항체
본원에서 특히, 높은 효율 및 특이성으로 인간 관련 티로신 수용체 키나제 (RYK)에 결합하는 항체 (예를 들어, 키메라 항체, 단일클론 항체, 항체 단편 (예를 들어, scFv))가 제공된다. 본원에 제공된 항체 및 항체 조성물은 예를 들어, 신규한 경쇄 및 중쇄 도메인 CDR 및 프레임워크 영역을 포함하며, 특히, 암 및 기타 RYK 관련 질환을 진단하고 치료하는 데 유용하다. 구현예에서, 본원에 제공된 항-RYK 항체는 인간 RYK 단백질에 결합할 수 있지만 마우스 RYK 단백질에는 결합할 수 없다.
한 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함한다.
구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 15의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 15의 서열이다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 16의 서열을 포함한다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 16의 서열이다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 15의 서열을 포함하고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 16의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 15의 서열이고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 16의 서열이다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 3 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 4 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 5 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 약 6 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 7 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 8 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 9 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 10 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 50 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 100 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 200 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 300 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 400 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 500 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 600 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 700 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 800 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 900 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 1 nM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 1 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 900 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 800 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 700p M의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 600 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 500 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 400 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 300 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 200 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 100 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 50 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 10 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 9 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 8 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 7 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 6 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 5 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 4 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 3 pM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 3 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 4 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 5 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 7 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 8 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 9 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 10 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 50 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 100 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 200 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 300 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 400 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 500 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 600 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 700 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 800 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 900 pM 내지 2 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 1 nM 내지 2 nM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 1 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 900 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 800 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 700p M의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 600 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 500 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 400 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 300 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 200 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 100 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 50 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 10 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 9 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 8 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 7 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 6 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 5 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 4 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 2 pM 내지 3 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 513 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 513 pM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체 항체는 본원에서 2-D11로 지칭된다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함한다.
구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열이다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열을 포함한다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열이다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열을 포함하고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열이고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열이다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 7 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 8 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 9 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 10 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 11 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 12 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 13 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 약 14 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 15 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 16 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 16 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 약 6 nM 내지 약 15 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 14 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 13 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 12 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 11 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 10 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 9 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 8 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 약 6 nM 내지 약 7 nM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 7 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 8 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 9 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 10 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 11 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 12 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 13 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 14 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 15 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 16 nM 내지 17 nM의 KD를 갖는다.
구현예에서, 단일클론 항체는 본 단락에 기술된 평형 해리 상수 (KD)로 RYK에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 16 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 15 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 14 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 13 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 12 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 약 11 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 10 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 9 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 6 nM 내지 8 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 7 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 약 10 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 10 nM의 KD를 갖는다. 구현예에서, 항-RYK 항체 항체는 본원에서 7-D10으로 지칭된다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함한다.
구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 47의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 47의 서열이다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 48의 서열을 포함한다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 48의 서열이다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 47의 서열을 포함하고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 48의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 47의 서열이고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 48의 서열이다. 구현예에서, 항-RYK 항체 항체는 본원에서 11-E9로 지칭된다.
다른 양태에서 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하고; 여기서 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함한다.
구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 63의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 63의 서열이다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 64의 서열을 포함한다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 64의 서열이다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 63의 서열을 포함하고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 64의 서열을 포함한다. 구현예에서, 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 63의 서열이고 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 64의 서열이다. 구현예에서, 항-RYK 항체 항체는 본원에서 3-C12로 지칭된다.
구현예에서, 항-RYK 항체는 키메라 항체이다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 Fab' 단편이다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 IgG이다. 구현예에서, 경쇄 가변 도메인 및 상기 중쇄 가변 도메인은 scFv의 일부를 형성한다.
구현예에서, 항-RYK 항체는 RYK 단백질에 결합할 수 있다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 세포외 RYK 도메인에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 인간 세포외 RYK 도메인에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열번호 129의 아미노산 서열을 포함하는 세포외 RYK 도메인에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열번호 129의 아미노산 서열인 세포외 RYK 도메인에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열에 결합한다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 RYK 단백질에 결합된다. 구현예에서, RYK 단백질은 인간 RYK 단백질이다. 구현예에서, RYK 단백질은 서열 번호 130의 서열을 포함한다. 구현예에서, RYK 단백질은 서열 번호 130의 서열이다. 구현예에서, RYK 단백질은 서열 번호 129의 서열이다. 구현예에서, RYK 단백질은 마우스 RYK 단백질에 결합하지 않는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열 번호 131의 아미노산 잔기 32 내지 41에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 RYK 단백질에 결합하지 않는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열 번호 131의 서열을 포함하는 RYK 단백질에 결합하지 않는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 서열 번호 131의 RYK 단백질에 결합하지 않는다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 마우스 세포외 RYK 도메인에 결합하지 않는다. 구현예에서, RYK 단백질은 세포의 일부를 형성한다. 구현예에서, RYK 단백질은 세포 표면에서 발현된다.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
다른 양태에서 항-RYK 항체가 제공되며, 여기서 상기 항-RYK 항체는 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합한다: 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
구현예에서, 항-RYK 항체는 치료 또는 진단 모이어티에 부착된다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 치료 모이어티에 부착된다. 구현예에서, 항-RYK 항체는 진단 모이어티에 부착된다.
핵산 조성물
본원에 제공된 조성물은 항- RYK 항체 또는 이의 일부를 암호화는 핵산 분자를 포함하며 이의 구현예를 포함한다. 본원에 제공된 단리된 핵산에 의해 암호화된 항체는 본 출원 전체에 걸쳐 자세히 설명되어 있다 (상기 설명 및 실시예 섹션 포함). 따라서, 한 양태에서 그의 구현예를 포함하여 본원에 제공된 항-RYK 항체를 암호화하는 단리된 핵산이 제공된다.
항체 조성물
본원에 제공된 항체의 경쇄 및 중쇄는 특히 당업계에 널리 공지된 통상적인 방법을 사용하여 재조합 단백질 (예를 들어, 키메라 항원 수용체 (CAR) 또는 이중특이적 항체 (BiTe)의 일부를 형성할 수 있다. 효과기 세포를 사용하여, 본원에 제공된 항-RYK 항체는 RYK-발현 세포의 세포 사멸을 유도할 수 있으므로 그 자체로 사용되거나 CAR 또는 BiTe와 관련하여 사용되는 경우 치료 목적에 유용하다.
세포 조성물
본원에 제공된 조성물은 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항-RYK 항체를 포함하는 세포 조성물을 포함한다. 따라서, 한 양태에서 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항-RYK 항체, 또는 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 핵산을 포함하는 세포가 제공된다.
약학 조성물
본원에 제공된 조성물은 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항-RYK 항체를 포함하는 약학 조성물을 포함한다. 따라서, 한 양태에서 치료 유효량의 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항체 및 약학적으로 허용 가능한 부형체를 포함하는 약학 조성물이 제공된다.
방법
한 양태에서 RYK 단백질에 결합할 수 있는 항체를 형성하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 포유동물을 서열 번호 129의 서열을 포함하는 펩티드로 면역화시키는 것을 포함한다.
다른 양태에서 RYK -발현 세포를 검출하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 (i) RYK-발현 세포를 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 항체와 접촉시키는 단계; (ii) 및 세포에 의해 발현된 RYK 단백질에 대한 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함한다.
구현예에서, 항체는 검출 가능한 모이어티에 부착된다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 전혈, 혈액 분획물 또는 생성물, 조직 또는 배양 세포이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 전혈이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈액 분획 또는 생성물이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈액 분획물이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 혈액 생성물이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 조직이다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 배양된 세포이다.
구현예에서, RYK-발현 세포는 암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 방광암 세포, 뇌암 세포, 유방암 세포, 만성 골수성 백혈병 (CML) 세포, 결장암 세포, 유잉 육종 세포, 폐암 세포, 맨틀 세포 림프종 세포, 난소암 세포, 췌장암 세포, 피부암 세포 또는 흑색종 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 방광암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 뇌암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 유방암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 만성 골수성 백혈병 (CML) 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 결장암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 유잉 육종 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 폐암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 맨틀 세포 림프종 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 난소암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 췌장암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 피부암 세포이다. 구현예에서, 암 세포는 흑색종 세포이다.
다른 양태에서 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 대상체에게 이의 구현예를 포함하는 본원에 제공된 치료 유효량의 항-RYK 항체를 투여하는 단계를 포함한다.
구현예에서, 암은 방광암, 뇌암, 유방암, 만성 골수성 백혈병 (CML), 결장암, 유잉 육종, 폐암, 맨틀 세포 림프종, 난소암, 췌장암, 피부암 또는 흑색종이다. 구현예에서, 암은 방광암이다. 구현예에서, 암은 뇌암이다. 구현예에서, 암은 만성 골수성 백혈병 (CML)이다. 구현예에서, 암은 결장암이다. 구현예에서, 암은 유잉 육종이다. 구현예에서, 암은 폐암이다. 구현예에서, 암은 맨틀 세포 림프종이다. 구현예에서, 암은 난소암이다. 구현예에서, 암은 췌장암이다. 구현예에서, 암은 피부암이다. 구현예에서, 암은 흑색종이다.
다른 양태에서 항-RYK 항체를 식별하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 다음 단계를 포함한다: (i) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 제1 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; (ii) 제1 RYK 폴리펩티드에 결합하는 항체를 검출하는 단계; (iii) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하지 않는 제2 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; 및 (iv) 제2 RYK 폴리펩티드에 결합하지 않는 항체를 검출하여, 항-RYK 항체를 식별하는 단계.
구현예에서, 항체는 키메라 항체이다. 구현예에서 항체는 Fab' 단편이다. 구현예에서, 항체는 단일 사슬 항체이다.
본원에 기술된 실시예 및 구현예는 단지 예시의 목적일 뿐이며 이에 비추어 다양한 수정 또는 변경이 당업자에게 제안될 것이며 본 출원의 사상 및 범위 및 첨부된 청구범위의 범위 내에 포함되어야 한다는 것이 이해된다. 본원에 인용된 모든 간행물, 특허 및 특허 출원은 모든 목적을 위해 그 전체 내용이 참고로 본원에 포함된다.
실시예
실시예 1:
출원인은 인간 Ryk의 세포외 도메인에 대해 고도로 특이적이지만 고도로 상동성인 마우스 Ryk에 결합하지 않는 mAb를 생성했다. 이러한 mAb는 성숙한 인간 Ryk 단백질의 아미노 말단에서 에피토프(들)에 결합하는 것으로 보인다. 더욱이, 이러한 mAb는 Ryk에 대해 매우 높은 친화도를 가지며 놀랍게도 정상적인 인간 산후 조직과 반응하지 않는 것으로 보인다. 예를 들어, 출원인은 이러한 mAb는 do 정상적인 인간 제대혈 또는 산후 혈액, 편도선, 비장 또는 골수에서 조혈 세포에 결합하지 않는다는 것을 발견했다. 그러나, 놀랍게도 이러한 mAb는 다양한 고형 종양 또는 혈액암에서 유래된 암 세포주와 반응한다. 이러한 mAb는 동일한 조직 유형에서 유래한 모든 암과 반응하지 않기 때문에 이러한 mAb는 해당 조직 유형에서 유래한 모든 산후 세포와 반응하지 않는 것으로 추측된다. 놀랍게도, 출원인은 mAb가 삼중 음성, 전이성 유방암 세포와 같은 공격적인 암 환자의 원발 종양 세포와 매우 강력하게 반응한다는 것을 발견했다. 더욱이, 출원인은 이러한 mAb가 악성 흉막삼출액 또는 복수의 암세포와 강력하게 반응하고 혈액 내 순환 종양 세포와 반응할 수 있음을 발견했다. 또한, 예비 연구에 따르면 이러한 mAb는 높은 전이 궤도 및 불량한 예후와 관련된 암 줄기세포 또는 중간엽 특징을 갖는 암세포와 가장 강력하게 반응하는 것으로 나타났다.
이들 항체는 Ryk를 발현하는 암세포에 결합하는 데 사용될 수 있다. Ryk는 정상적인 산후 조직에서 무시할 수 있을 정도로 낮은 수준으로 발현되기 때문에, 이러한 mAb는 항체 의존성 세포 독성 (ADCC)을 통해, 또는 암세포 이동, 성장 및/또는 암 줄기 세포 재생을 분명히 촉진하는, Ryk의 아직 정의되지 않은 기능을 억제함으로써 파괴를 위해 Ryk 발현 암세포를 표적으로 삼을 수 있다. 또한, 이러한 mAb는 독소와 연결되어, 항 Ryk를 발현하는 종양 세포에 대한 항-Ryk mAb-결합 독소의 특정 전달을 가능하게 할 수 있다. 높은 친화도로 인해, 이들은 인간 항체를 동화시키기 위해 '인간화'될 수 있고/거나 Ryk에 결합하는 단일 사슬-Fv (scFv) 도메인을 생성하는 데 사용되고, 이는 CD3와 같은 다른 분자와 함께 Ryk를 표적화하는 이중 특이적 항체를 만드는 데 사용될 수 있고, 이는 Ryk-발현 종양 세포에 대한 항-종양 면역 반응의 세포 면역 활성화를 허용할 수 있다. 더욱이, 이들 항-Ryk scFv는 키메라 항원 수용체 (CAR)를 생성하는 데 사용될 수 있다. T 세포 또는 NK 세포에 의한 항-Ryk CAR의 발현은 Ryk-발현 암에 대한 항-Ryk CAR T/NK 세포 치료법을 허용할 수 있다.
본원에 기술된 바와 같이, 출원인은 항-Ryk 항체를 만들고 항원에 대한 친화도를 측정했다. 추가로, Ryk 결합 부위가 서열 분석되고 2개의 개시된 항-Ryk mAb, 2-D11 및 7-H10 (근간)의 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열이 결정되었다. 항체는 삼중 음성 유방암의 이종이식을 포함하여 다양한 암의 세포주에서 시험되었다. 추가로, 2-D11 항체는 유방암 환자 유래 이종이식편의 원발성 종양 세포를 포함하여 다양한 암 조직 유형에서 유래한 암 세포주를 염색하는 데 사용되었다 (예를 들어 삼중 음성 전이성 유방암).
실시예 3:
항-RYK mAb는 만성 림프구 백혈병 (CLL) 환자의 백혈병 세포에 결합하기 위해 생성되었으며, 이는 데이터가 항-RYK 항혈청을 사용한 연구에서 RYK가 CLL 세포에서 발현되었음을 시사하기 때문이다. 그러나, RYK에 대해 특이적인 고-친화도 mAb를 생성할 때, 출원인은 항-RYK 항혈청이 실제로는 RYK를 발현하지 않고 본원에 기술된 개시된 항-Ryk와 반응하지 않는 것으로 밝혀진 CLL 세포에 대해 허위 결합 활성을 갖는다는 사실을 발견하고 놀랐다. 출원인은 또한 RYK가 시험된 모든 비-암 세포에서 발현되는 것이 아니라 다양한 인간 암의 신생물 세포에서 발현된다는 사실도 발견했다.
실시예 3:
인간 Ryk의 세포외 단백질 서열은 마우스 RYK의 세포외 단백질 서열과 고도로 상동성이다 (도 1). 도 2에 도시된 아미노산으로 구성된 인간 RYK의 성숙한 세포외 단백질에 결합하지만, 도 3에 도시된 아미노산으로 구성된 고도로 상동성인 마우스 RYK에 결합하지 않는 항-인간 RYK mAb를 생성하였다.
항-인간 RYK mAb, 2-D11 및 7-H10은 마우스 Ryk의 것과 구별되는 인간 Ryk의 아미노 말단 에피토프 (잔기 46-57)에 특이적인 것으로 나타나고 (도 3); 이들 mAb는 또한 고도로 상동성인 마우스 Ryk의 위치와 다른 위치에서 인간 Ryk의 아미노산 치환을 함유하는 Ryk의 돌연변이 형태에 결합하여 인간 또는 마우스의 재조합 세포외 단백질 또는 인간 Ryk의 다양한 돌연변이 형태 각각의 면역블롯 분석에 의해 나타난 바와 같이, 치환 부위에서 마우스 Ryk를 도 3에 도시된 아미노산 서열과 동화시킨다 (도 4) 이를 위해, 2-D11, 7-H10, 또는 양 항-RYK mAb의 결합을 키에 명시된 바와 같이 재조합 세포외 RYK 단백질을 사용하여 평가되었다. 각각의 재조합 단백질을 나일론 막으로 옮기고, 2-D11, 7-H10, 또는 양 항-RYK로 탐침하고, 양고추냉이 퍼옥시다제와 접합된 항-마우스 IgG 또는 당나귀-항-양 항체로 검출했다. 검은 점은 항체 결합에 대한 양성 신호를 나타낸다. 도 4에 나타낸 바와 같이, 양 항-Ryk는 인간 또는 마우스 Ryk와 결합하는 반면, 2-D11 또는 7-H10는 각각 인간 Ryk와 반응했지만 마우스 Ryk와는 반응하지 않았다. 더욱이, 2-D11 또는 7-H10은 인간 Ryk 서열이 마우스 Ryk 서열과 다른 특정 부위에서 아미노산 치환(들)을 보유하는 인간 Ryk의 돌연변이 형태 각각과 반응했고; 이들 재조합 단백질 각각의 아미노산 서열은 도 3에 제공된다.
상기 언급된, mAb 2-D11은 도 5a에 도시된 중쇄 가변 영역 서열을 갖고 2-D11의 경쇄 가변 영역 서열은 도 5b에 제공된다. 상기 언급된, mAb 7-H10는 도 6a에 도시된 중쇄 가변 영역 서열을 갖고 2-D11의 경쇄 가변 영역 서열은 도 6b에 제공된다. 또한, 이들 도면에는 각각, 2-D11 또는 7-H10과 서열 상동성이 가장 가까운 마우스 생식세포 중쇄 가변 영역 유전자 (도 5a, 도 6a) 또는 마우스 생식세포 경쇄 가변 영역 유전자 (도 5b, 도 6b)가 제시된다.
인간 Ryk에 대한 2-D11 또는 7-H10의 KinExA 결합 데이터가 도 7에 제공된다. 인간 Ryk에 대한 2-D11의 계산된 Kd는 512.9 pM이고; 인간 Ryk에 대한 7-H10의 계산된 Kd는 10.56 nM이다.
2-D11 mAb는 형광색소 (Alexa 647)와 접합되었고 접합된 mAb는 확립된 종양 세포주를 염색하는 데 사용되었다. 열린 히스토그램은 관련 없는 특이성의 대조군 형광색소-접합 mAb로 염색된 세포주의 형광 강도를 도시한다 (도 8). 음영 처리된 히스토그램은 2-D11-형광색소-접합 mAb로 염색된 세포의 형광을 도시한다. 이러한 세포에 결합하지 않는 관련 없는 특이성의 형광색소-접합 '대조군 mAb'로 처리된 세포와 비교하여 "++" 염색 (BT549의 경우), "+" 염색 (HT29의 경우), 또는 무 염색 또는 "음성" (SK-MES-1의 경우)을 나타내는 종양 세포주의 대표적인 염색이 제공된다. 이들 대조군-mAb-염색 세포는 염색되지 않은 세포와 동일한 형광을 나타냈다.
표 1은 도 8에 도시된 바와 같이, 형광색소-접합 2-D11로 염색된 다양한 암 세포주에 대한 유동 세포측정 데이터를 제공한다. 각 세포주의 이름은 첫 번째 열에 나열되고 기원 조직은 두 번째 열에 나열된다. 인간 Ryk에 대한 2-D11 mAb의 결합은 5 μg/ml의 2-D11 항-인간 Ryk-Alexa647 접합된 mAb 또는 동량의 이소형 일치 대조군 mAb를 사용하여 20분간 얼음 위에서 염색하여 유세포 분석 염색 및 분석을 통해 평가하고, 세척하고, 분석했다. 2-D11 염색된 세포의 중간값 형광 강도 (MFI)가 중간 열에 나열되어 있고 이소형 대조군 염색 세포의 MFI가 인접한 열에 나열되어 있다. 세포주는 이소형 대조군 염색 세포 (MFIR)의 MFI와 비교하여 염색된 세포의 중간값 형광 강도 (MFI)의 비율을 기준으로 "++", "+", 또는 음성 ("+"로 표시되지 않음) 라인으로 점수를 매겼다.
도 9는 각 열의 상단에 표시된 대로 성인 혈액, 제대혈 (N=2), 편도선 (N=2), 또는 비장에서 발견되는 림프구 세포의 형광색소 결합 2-D11 염색에 대한 유세포 분석 데이터를 제공한다. 열린 히스토그램은 2-D11 대신 관련 없는 특이성 (대조군 염색)의 형광색소 접합 mAb로 염색된 세포를 나타낸다. 음영 처리된 히스토그램은 2-D11로 염색된 세포이다. 세포는 또한 CD19 또는 CD3에 특이적인 다양한 색상의 형광색소와 접합된 mAb로 염색되었다. 맨 위 행은 게이팅된 CD19+ B 세포에 대한 데이터를 제공하고, 중간 행은 게이팅된 CD3+ T 세포에 대한 데이터를 제공하고, 맨 아래 행은 CD19 또는 CD3에 특이적인 mAb에 대한 결합이 부족한 세포에 대한 데이터를 제공한다 (NK 세포). 이들 데이터에서 볼 수 있듯이, 2-D11은 정상적인 인간 림프구 세포와 반응하지 않는다.
도 10은 원발성 인간 유방암 세포에 대한 2-D11의 대표적인 염색을 나타낸다. 도 10에 염색된 세포는 전이성 유방암 환자에게서 제거한 삼중 음성 (ER/PR-, HER2-) 유방 선암종 조직을 면역 결핍에 이식하여 생성된, 환자 유래 이종이식편 (PDX)으로부터 제조한 해리된 단일 세포였다.
표
표 1. 항-인간 RYK mAb를 사용한 암 세포주의 유세포 분석 염색 분석.
각 세포주의 이름이 첫 번째 열에 나열되고 기원 조직은 두 번째 열에 나열된다. 인간 RYK에 대한 2-D11 mAb의 결합을 5 ug/ml의 2-D11 항-인간 RYK-Alexa647 접합된 mAb 또는 동량의 이소형 일치 대조군 mAb를 사용하여 20분간 얼음 위에서 염색하여 유세포 분석 염색 및 분석을 통해 평가하고, 세척하고, 분석했다. 2-D11 염색된 세포의 중간값 형광 강도 (MFI)는 중간 열에 나열되어 있고 이소형 대조군 염색 세포의 MFI는 인접한 열에 나열되어 있다. 세포주는 이소형 대조군 염색된 세포 (MFIR)의 MFI와 비교하여 염색된 세포의 중간값 형광 강도 (MFI)를 기준으로 "++", "+" 또는 음성 ("+"로 표시되지 않음) 라인으로 점수를 매겼다.
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정보 서열 목록
서열 번호 1 2-D11 CDR H1
GFSLNDYG
서열 번호 2 2-D11 CDR H2
IWGDGVT
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QGSGVWFAH
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FQGSHVPYT
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QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCSVS
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VNWVRQPPGKDLEWLGM
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LEWYLQKPGQSPKLLIY
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DVLVTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQTIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGIYYCFQGSHVPYTFGGGTKLEIK
서열 번호 17 7-H10 CDR H1
GYIFTNYD
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GTS
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서열 번호 32 7-H10 VL
EIVLTQSPALMAASPGEKVTITCSVSSRISSINLHWYQQKSETSPKTWIYGTSNLASGVPSRFSGSGSGTSYSLTISNMEAEDAATYYCQQWSSYPYTFGGGTKVEIK
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GFSLNGYG
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서열 번호 65 2-D11 CDR H1 뉴클레오티드
GGGTTCTCATTAAACGACTATGGT
서열 번호 66 2-D11 CDR H2 뉴클레오티드
ATTTGGGGTGATGGAGTCACA
서열 번호 67 2-D11 CDR H3 뉴클레오티드
GTCAGACAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTCAC
서열 번호 68 2-D11 CDR L1 뉴클레오티드
CAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACGTAT
서열 번호 69 2-D11 CDR L2 뉴클레오티드
AAAGTTTCC
서열 번호 70 2-D11 CDR L3 뉴클레오티드
TTTCAAGGTTCACATGTTCCGTACACG
서열 번호 71 2-D11 FR H1 뉴클레오티드
CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTTCCGTCTCA
서열 번호 72 2-D11 FR H2 뉴클레오티드
GTAAATTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATG
서열 번호 73 2-D11 FR H3 뉴클레오티드
GAGTATAATTCAACTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAATCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGT
서열 번호 74 2-D11 FR H4 뉴클레오티드
TGGGGCCAAGGGACTCTGGTCAGTGTCTCTTCA
서열 번호 75 2-D11 FR L1 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGT
서열 번호 76 2-D11 FR L2 뉴클레오티드
TTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCCTAATCTAC
서열 번호 77 2-D11 FR L3 뉴클레오티드
AACCGATTTTCTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAATTTATTACTGC
서열 번호 78 2-D11 FR L4 뉴클레오티드
TTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 79 2-D11 VH 뉴클레오티드
CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTTCCGTCTCAGGGTTCTCATTAAACGACTATGGTGTAAATTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATGATTTGGGGTGATGGAGTCACAGAGTATAATTCAACTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAATCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGTGTCAGACAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTCACTGGGGCCAAGGGACTCTGGTCAGTGTCTCTTCA
서열 번호 80 2-D11 VL 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGTCAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACGTATTTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCCTAATCTACAAAGTTTCCAACCGATTTTCTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAATTTATTACTGCTTTCAAGGTTCACATGTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 81 7-H10 CDR H1 뉴클레오티드
GGCTACATCTTCACAAACTATGAT
서열 번호 82 7-H10 CDR H2 뉴클레오티드
ATTTTTCCTGGAGATGATAGTACT
서열 번호 83 7-H10 CDR H3 뉴클레오티드
ACAAGATATCATTACTACGGTAGTTCCTTGGGGTGGTCCTTCGATGTC
서열 번호 84 7-H10 CDR L1 뉴클레오티드
TCAAGAATAAGTTCCATTAAC
서열 번호 85 7-H10 CDR L2 뉴클레오티드
GGCACATCC
서열 번호 86 7-H10 CDR L3 뉴클레오티드
CAACAGTGGAGTAGTTATCCGTACACG
서열 번호 87 7-H10 FR H1 뉴클레오티드
CAGGTTCAGCTGCAGCAGTCTGGAGCTGAACTGGCAAAGCCTGGGACTTCAGTGAAATTGTCCTGCAAGGCTTCT
서열 번호 88 7-H10 FR H2 뉴클레오티드
ATAAACTGGGTGAGGCAGAGGCCTGAACAGGGACTTGAGTGGATTGGATGG
서열 번호 89 7-H10 FR H3 뉴클레오티드
AAGTACAATGAGAAATTCGAGGGCAAGGCCGCACTGACTACAGACAAGTCCTCCAACACAGCCTACATACAACTCAGCAGACTGACATCTGGGGACTCAGCTGTCTATTTCTGT
서열 번호 90 7-H10 FR H4 뉴클레오티드
TGGGGCGCAGGGACCTCGGTCACCGTCTCCTCA
서열 번호 91 7-H10 FR L1 뉴클레오티드
GAAATTGTGCTCACCCAGTCTCCAGCACTCATGGCTGCATCTCCAGGGGAGAAGGTCACCATCACCTGCAGTGTCAGT
서열 번호 92 7-H10 FR L2 뉴클레오티드
TTGCACTGGTACCAGCAGAAGTCAGAAACCTCCCCCAAAACCTGGATTTAT
서열 번호 93 7-H10 FR L3 뉴클레오티드
AACCTGGCTTCTGGAGTCCCTAGTCGCTTCAGTGGCAGTGGATCTGGGACCTCTTATTCTCTCACAATCAGCAACATGGAGGCTGAAGATGCTGCCACTTATTACTGT
서열 번호 94 7-H10 FR L4 뉴클레오티드
TTCGGAGGGGGGACCAAGGTGGAAATAAAA
서열 번호 95 7-H10 VH 뉴클레오티드
CAGGTTCAGCTGCAGCAGTCTGGAGCTGAACTGGCAAAGCCTGGGACTTCAGTGAAATTGTCCTGCAAGGCTTCTGGCTACATCTTCACAAACTATGATATAAACTGGGTGAGGCAGAGGCCTGAACAGGGACTTGAGTGGATTGGATGGATTTTTCCTGGAGATGATAGTACTAAGTACAATGAGAAATTCGAGGGCAAGGCCGCACTGACTACAGACAAGTCCTCCAACACAGCCTACATACAACTCAGCAGACTGACATCTGGGGACTCAGCTGTCTATTTCTGTACAAGATATCATTACTACGGTAGTTCCTTGGGGTGGTCCTTCGATGTCTGGGGCGCAGGGACCTCGGTCACCGTCTCCTCA
서열 번호 96 7-H10 VL 뉴클레오티드
GAAATTGTGCTCACCCAGTCTCCAGCACTCATGGCTGCATCTCCAGGGGAGAAGGTCACCATCACCTGCAGTGTCAGTTCAAGAATAAGTTCCATTAACTTGCACTGGTACCAGCAGAAGTCAGAAACCTCCCCCAAAACCTGGATTTATGGCACATCCAACCTGGCTTCTGGAGTCCCTAGTCGCTTCAGTGGCAGTGGATCTGGGACCTCTTATTCTCTCACAATCAGCAACATGGAGGCTGAAGATGCTGCCACTTATTACTGTCAACAGTGGAGTAGTTATCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGGTGGAAATAAAA
서열 번호 97 11-E9 CDR H1 뉴클레오티드
GGGTTCTCATTAAACGGCTATGGT
서열 번호 98: 11-E9 CDR H2 뉴클레오티드
ATCTGGGGTGATGGAATCACA
서열 번호 99 11-E9 CDR H3 뉴클레오티드
GTCAGACAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTTAC
서열 번호 100 11-E9 CDR L1 뉴클레오티드
CAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACCTAT
서열 번호 101 11-E9 CDR L2 뉴클레오티드
AAAGTTTCC
서열 번호 102 11-E9 CDR L3 뉴클레오티드
TTTCAAGGTTCACATGTTCCGTACACG
서열 번호 103 11-E9 FR H1 뉴클레오티드
CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTACCGTCTCA
서열 번호 104 11-E9 FR H2 뉴클레오티드
GTAAACTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATG
서열 번호 105 11-E9 FR H3 뉴클레오티드
GAGTTTAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGT
서열 번호 106 11-E9 FR H4 뉴클레오티드
TGGGGCCAAGGGACTCTGTCA
서열 번호 107 11-E9 FR L1 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGT
서열 번호 108 11-E9 FR L2 뉴클레오티드
TTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCTTGATTTAC
서열 번호 109 11-E9 FR L3 뉴클레오티드
AACCGATTTTGTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAGTTTATTACTGC
서열 번호 110 11-E9 FR L4 뉴클레오티드
TTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 111 11-E9 VH 뉴클레오티드
CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTACCGTCTCAGGGTTCTCATTAAACGGCTATGGTGTAAACTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATGATCTGGGGTGATGGAATCACAGAGTTTAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGTGTCAGACAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTTACTGGGGCCAAGGGACTCTGTCA
서열 번호 112 11-E9 VL 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGTCAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACCTATTTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCTTGATTTACAAAGTTTCCAACCGATTTTGTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAGTTTATTACTGCTTTCAAGGTTCACATGTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 113 3-C12 CDR H1 뉴클레오티드
GGGTTCTCATTAAACGGCTATGGT
서열 번호 114 3-C12 CDR H2 뉴클레오티드
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CAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTTAC
서열 번호 116 3-C12 CDR L1 뉴클레오티드
CAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACCTAT
서열 번호 117 3-C12 CDR L2 뉴클레오티드
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CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTACCGTCTCA
서열 번호 120 3-C12 FR H2 뉴클레오티드
GTAAACTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATG
서열 번호 121 3-C12 FR H3 뉴클레오티드
GAGTTTAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGTGTCAGA
서열 번호 122 3-C12 FR H4 뉴클레오티드
TGGGGCCAAGGGACTCTGGTCAGT
서열 번호 123 3-C12 FR L1 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGT
서열 번호 124 3-C12 FR L2 뉴클레오티드
TTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCCTGATTTAC
서열 번호 125 3-C12 FR L3 뉴클레오티드
AACCGATTTTCTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAGTTTATTACTGC
서열 번호 126 3-C12 FR L4 뉴클레오티드
TTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 127 3-C12 VH 뉴클레오티드
CAGGTGCAGCTGAAGGAGTCAGGACCTGGCCTGGTGGCGCCCTCACAGAGCCTGTCCATCACATGTACCGTCTCAGGGTTCTCATTAAACGGCTATGGTGTAAACTGGGTTCGCCAGCCTCCAGGAAAGGATCTGGAGTGGCTGGGAATGATCTGGGGTGATGGAATCACAGAGTTTAATTCAGCTCTCAAATCCAGACTGAGCATCAGCAAGGACAACTCCAAGAGCCAAGTTTTCTTAAAAATGAACAGTCTGCAAACTGAAGACACAGCCAGGTACTACTGTGTCAGACAGGGGTCTGGTGTCTGGTTTGCTTACTGGGGCCAAGGGACTCTGGTCAGT
서열 번호 128 3-C12 VL 뉴클레오티드
GATGTTTTGGTGACCCAAACTCCACTCTCCCTGCCTGTCAGTCTTGGAGATCAAGCCTCCATCTCTTGCAGATCTAGTCAGACCATTGTACATAGTAATGGAAACACCTATTTAGAATGGTACCTGCAGAAACCAGGCCAGTCTCCAAAGCTCCTGATTTACAAAGTTTCCAACCGATTTTCTGGGGTCCCAGACAGGTTCAGTGGCAGTGGATCAGGCACAGATTTCACACTCAAGATCAGCAGAGTGGAGGCTGAGGATCTGGGAGTTTATTACTGCTTTCAAGGTTCACATGTTCCGTACACGTTCGGAGGGGGGACCAAGCTGGAAATAAAA
서열 번호 129 인간 RYK 세포외 도메인의 아미노산 1-181
MRGAARLGRPGRSCLPGARGLRAPPPPPLLLLLALLPLLPAPGAAAAPAPRPPELQSASAGPSVSLYLSEDEVRRLIGLDAELYYVRNDLISHYALSFSLLVPSETNFLHFTWHAKSKVEYKLGFQVDNVLAMDMPQVNISVQGEVPRTLSVFRVELSCTGKVDSEVMILMQLNLTVNSSK
서열 번호 130 인간 RYK 세포외 도메인의 아미노산 48-57
PAPRPPELQS
서열 번호 131 마우스 RYK 세포외 도메인
MRAGRGGVPGSGGLRAPPPPLLLLLLAMLPAAAPRSPALAAAPAGPSVSLYLSEDEVRRLLGLDAELYYVRNDLISHYALSFNLLVPSETNFLHFTWHAKSKVEYKLGFQVDNFVAMGMPQVNISAQGEVPRTLSVFRVELSCTGKVDSEVMILMQLNLTVNSSKNFTVLNFKRRKMCYKKLEEVKTSALDKNTSRTIYDPVHAAPTTSTRVFY
서열 번호 132 인간 RYK 세포외 도메인
mrgaarlgrpgrsclpgarglrappppplllllallpllpapgaaaapaprppelqsasagpsvslylsedevrrligldaelyyvrndlishyalsfsllvpsetnflhftwhakskveyklgfqvdnvlamdmpqvnisvqgevprtlsvfrvelsctgkvdsevmilmqlnltvnssknftvlnfkrrkmcykkleevktsaldkntsrtiydpvhaapttstrvfy
서열 번호 133 마우스 IGHV2-6
QVQLKESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTGYGVNWVRQPPGKGLEWLGMIWGDGSTDYNSALKSRLSISKDNSKSQVFLKMNSLQTDDTARYYCAR
서열 번호 134 마우스 IGKV1-117
DVLMTQTPLSLPVSLGDQASISCRSSQSIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHVP
서열 번호 135 마우스 IGHV1-85
QVQLQQSGPELVKPGASVKLSCKASGYTFTSYDINWVKQRPGQGLEWIGWIYPRDGSTKYNEKFKGKATLTVDTSSSTAYMELHSLTSEDSAVYFCAR
서열 번호 136 마우스 IGKV4-53
EIVLTQSPALMAASPGEKVTITCSVSSSISSSNLHWYQQKSETSPKPWIYGTSNLASGVPVRFSGSGSGTSYSLTISSMEAEDAATYYCQQWSSYPL
P 구현예
P 구현예 1. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk) 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2, 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk) 항체.
P 구현예 2. P 구현예 1에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 21의 서열을 포함하는, 항체.
P 구현예 3. P 구현예 1 또는 2에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 22의 서열을 포함하는, 항체.
P 구현예 4. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk) 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 7에 제시된 CDR H1, 서열 번호 8에 제시된 CDR H2 및 서열 번호 9에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 10에 제시된 CDR L1, 서열 번호 11에 제시된 CDR L2, 및 서열 번호 12에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-수용체 관련 티로신 키나제 (Ryk) 항체.
P 구현예 5. P 구현예 4에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열을 포함하는, 항체.
P 구현예 6. P 구현예 4 또는 5에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열을 포함하는, 항체.
P 구현예 7. 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 대상체에게 치료 유효량의 P 구현예 1 내지 6 중 어느 하나의 항체를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예
구현예 1. 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 2. 구현예 1에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인이 서열 번호 15의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 3. 구현예 1-2 중 어느 하나에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인이 서열 번호 16의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 4. 구현예 1-3 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 약 2 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
구현예 5. 구현예 1-4 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 약 513 pM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
구현예 6. 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 7. 구현예 6에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인이 서열 번호 31의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 8. 구현예 6-7 중 어느 하나에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인이 서열 번호 32의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 9. 구현예 6-8 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 약 6 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
구현예 10. 구현예 6-9 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 약 10 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
구현예 11. 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 12. 구현예 11에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인이 서열 번호 47의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 13. 구현예 11-12 중 어느 하나에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인이 서열 번호 48의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 14. 경쇄 가변 도메인 및 중쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하고; 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 15. 구현예 14에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인이 서열 번호 63의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 16. 구현예 14-15 중 어느 하나에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인이 서열 번호 64의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 17. 구현예 1-16 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 키메라 항체인, 항-RYK 항체.
구현예 18. 구현예 1-17 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 Fab' 단편인, 항-RYK 항체.
구현예 19. 구현예 1-18 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 IgG인, 항-RYK 항체.
구현예 20. 구현예 1-17 중 어느 하나에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인 및 상기 중쇄 가변 도메인이 scFv의 일부를 형성하는, 항-RYK 항체.
구현예 21. 구현예 1-20 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체는 RYK 단백질에 결합할 수 있는, 항-RYK 항체.
구현예 22. 구현예 1-21 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 세포외 RYK 도메인에 결합하는, 항-RYK 항체.
구현예 23. 구현예 1-22 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 129의 아미노산 서열을 포함하는 세포외 RYK 도메인에 결합하는, 항-RYK 항체.
구현예 24. 구현예 1-23 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열에 결합하는, 항-RYK 항체.
구현예 25. 구현예 1-21 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 RYK 단백질에 결합되는, 항-RYK 항체.
구현예 26. 구현예 21-25 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK 단백질이 인간 RYK 단백질인, 항-RYK 항체.
구현예 27. 구현예 21-26 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK 단백질이 서열 번호 130의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
구현예 28. 구현예 21-27 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK 단백질이 마우스 RYK 단백질에 결합하지 않는, 항-RYK 항체.
구현예 29. 구현예 21-28 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 131의 아미노산 잔기 32 내지 41에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 RYK 단백질에 결합하지 않는, 항-RYK 항체.
구현예 30. 구현예 25-28 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK 단백질이 세포의 일부를 형성하는, 항-RYK 항체.
구현예 31. 구현예 21-30 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK 단백질이 세포의 표면 상에 발현되는, 항-RYK 항체.
구현예 32. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프와 결합하는 것인, 항-RYK 항체: 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
구현예 33. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프와 결합하는 것인, 항-RYK 항체: 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
구현예 34. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프와 결합하는 것인, 항-RYK 항체: 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
구현예 35. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프와 결합하는, 것인 항-RYK 항체: 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
구현예 36. 구현예 1-35 중 어느 하나에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 치료 또는 진단 모이어티에 부착되는, 항-RYK 항체.
구현예 37. 구현예 1-36 중 어느 하나의 항-RYK 항체를 암호화하는 단리된 핵산.
구현예 38. 구현예 1-36 중 어느 하나의 항-RYK 항체, 또는 구현예 37의 핵산을 포함하는 세포.
구현예 39. 치료 유효량의 구현예 1-36 중 어느 하나의 항체 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 조성물.
구현예 40. RYK 단백질에 결합할 수 있는 항체를 형성하는 방법으로서, 상기 방법은 서열 번호 129의 서열을 포함하는 펩티드로 포유동물을 면역화시키는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 41. RYK -발현 세포를 검출하는 방법으로서, 상기 방법은 (i) RYK-발현 세포를 구현예 1-36 중 어느 하나의 항체와 접촉시키는 단계; (ii) 및 상기 세포에 의해 발현된 RYK 단백질에 대한 상기 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 42. 구현예 41에 있어서, 상기 항체가 검출 가능한 모이어티에 부착되는, 방법.
구현예 43. 구현예 41 또는 42에 있어서, 상기 RYK-발현 세포는 생물학적 샘플 내에 있는, 방법.
구현예 44. 구현예 41에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 전혈, 혈액 분획물 또는 생성물, 조직, 또는 배양된 세포인, 방법.
구현예 45. 구현예 41-44 중 어느 하나에 있어서, 상기 RYK-발현 세포는 암세포인, 방법.
구현예 46. 구현예 45에 있어서, 상기 암 세포는 방광암 세포, 뇌암 세포, 유방암 세포, 만성 골수성 백혈병 (CML) 세포, 결장암 세포, 유잉 육종 세포, 폐암 세포, 맨틀 세포 림프종 세포, 난소암 세포, 췌장암 세포, 피부암 세포 또는 흑색종 세포인, 방법.
구현예 47. 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 대상체에게 치료 유효량의 구현예 1-36 중 어느 하나의 항-RYK 항체를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 48. 구현예 47에 있어서, 상기 암은 방광암, 뇌암, 유방암, 만성 골수성 백혈병 (CML), 결장암, 유잉 육종, 폐암, 맨틀 세포 림프종, 난소암, 췌장암, 피부암, 또는 흑색종인, 방법.
구현예 49. 항-RYK 항체를 식별하는 방법으로서, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법: (i) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 제1 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; (ii) 상기 제1 RYK 폴리펩티드에 결합하는 상기 항체를 검출하는 단계; (iii) 상기 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하지 않는 제2 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; 및 (iv) 상기 제2 RYK 폴리펩티드에 결합하지 않는 상기 항체를 검출하여, 항-RYK 항체를 식별하는 단계.
구현예 50. 구현예 49에 있어서, 상기 항체는 키메라 항체인, 방법.
구현예 51. 구현예 49 또는 50에 있어서, 상기 항체는 Fab' 단편인, 방법.
구현예 52. 구현예 49 또는 50에 있어서, 상기 항체는 단일 사슬 항체인, 방법.

Claims (52)

  1. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하고;
    상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
  2. 제1항에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 15의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  3. 제1항 내지 제2항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 16의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체는 약 2 pM 내지 약 2 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체는 약 513 pM의 KD를 갖는 항-RYK 항체.
  6. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하고;
    상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
  7. 제6항에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 31의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  8. 제6항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 32의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  9. 제6항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체는 약 6 nM 내지 약 17 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
  10. 제6항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체는 약 10 nM의 KD를 갖는, 항-RYK 항체.
  11. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하고;
    상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
  12. 제11항에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 47의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  13. 제11항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 48의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  14. 중쇄 가변 도메인 및 경쇄 가변 도메인을 포함하는 항-RYK 항체로서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하고;
    상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는, 항-RYK 항체.
  15. 제14항에 있어서, 상기 중쇄 가변 도메인은 서열 번호 63의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  16. 제14항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인은 서열 번호 64의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 키메라 항체인, 항-RYK 항체.
  18. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 Fab' 단편인, 항-RYK 항체.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 IgG인, 항-RYK 항체.
  20. 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 경쇄 가변 도메인 및 상기 중쇄 가변 도메인이 scFv의 일부를 형성하는, 항-RYK 항체.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 RYK 단백질에 결합할 수 있는, 항-RYK 항체.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 세포외 RYK 도메인에 결합하는, 항-RYK 항체.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 129의 아미노산 서열을 포함하는 세포외 RYK 도메인에 결합하는, 항-RYK 항체.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열에 결합하는, 항-RYK 항체.
  25. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 RYK 단백질에 결합되는, 항-RYK 항체.
  26. 제21항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK 단백질이 인간 RYK 단백질인, 항-RYK 항체.
  27. 제21항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK 단백질이 서열 번호 130의 서열을 포함하는, 항-RYK 항체.
  28. 제21항 내지 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK 단백질이 마우스 RYK 단백질에 결합하지 않는, 항-RYK 항체.
  29. 제21항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 서열 번호 131의 아미노산 잔기 32 내지 41에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 RYK 단백질에 결합하지 않는, 항-RYK 항체.
  30. 제25항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK 단백질이 세포의 일부를 형성하는, 항-RYK 항체.
  31. 제21항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK 단백질이 세포의 표면 상에 발현되는, 항-RYK 항체.
  32. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합하는, 항-RYK 항체: 서열 번호 1에 제시된 CDR H1, 서열 번호 2에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 3에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 4에 제시된 CDR L1, 서열 번호 5에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 6에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
  33. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합하는, 항-RYK 항체: 서열 번호 17에 제시된 CDR H1, 서열 번호 18에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 19에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 20에 제시된 CDR L1, 서열 번호 21에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 22에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
  34. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합하는, 항-RYK 항체: 서열 번호 33에 제시된 CDR H1, 서열 번호 34에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 35에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 36에 제시된 CDR L1, 서열 번호 37에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 38에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
  35. 항-RYK 항체로서, 상기 항-RYK 항체가 하기를 포함하는 항체와 동일한 에피토프에 결합하는, 항-RYK 항체: 서열 번호 49에 제시된 CDR H1, 서열 번호 50에 제시된 CDR H2, 및 서열 번호 51에 제시된 CDR H3를 포함하는 중쇄 가변 도메인, 및 서열 번호 52에 제시된 CDR L1, 서열 번호 53에 제시된 CDR L2 및 서열 번호 54에 제시된 CDR L3를 포함하는 경쇄 가변 도메인.
  36. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-RYK 항체가 치료 또는 진단 모이어티에 부착되는, 항-RYK 항체.
  37. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항의 항-RYK 항체를 암호화하는 단리된 핵산.
  38. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 항-RYK 항체, 또는 제37항의 핵산을 포함하는 세포.
  39. 치료 유효량의 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 항체 및 약학적으로 허용 가능한 부형제를 포함하는 약학 조성물.
  40. RYK 단백질에 결합할 수 있는 항체를 형성하는 방법으로서, 상기 방법은 서열 번호 129의 서열을 포함하는 펩티드로 포유동물을 면역화시키는 단계를 포함하는, 방법.
  41. RYK-발현 세포를 검출하는 방법으로서, 상기 방법은 (i) RYK-발현 세포를 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 항체와 접촉시키는 단계; (ii) 및 상기 세포에 의해 발현되는 RYK 단백질에 대한 상기 항체의 결합을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  42. 제41항에 있어서, 상기 항체가 검출 가능한 모이어티에 부착되는, 방법.
  43. 제41항 또는 제42항에 있어서, 상기 RYK-발현 세포가 생물학적 샘플 내에 있는, 방법.
  44. 제41항에 있어서, 상기 생물학적 샘플이 전혈, 혈액 분획물 또는 생성물, 조직 또는 배양된 세포인, 방법.
  45. 제41항 내지 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 RYK-발현 세포가 암 세포인, 방법.
  46. 제45항에 있어서, 상기 암 세포가 방광암 세포, 뇌암 세포, 유방암 세포, 만성 골수성 백혈병 (CML) 세포, 결장암 세포, 유잉 육종 세포, 폐암 세포, 맨틀 세포 림프종 세포, 난소암 세포, 췌장암 세포, 피부암 세포 또는 흑색종 세포인, 방법.
  47. 얌의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은 대상체에게 치료 유효량의 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항의 항-RYK 항체를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  48. 제47항에 있어서, 상기 암이 방광암, 뇌암, 유방암, 만성 골수성 백혈병 (CML), 결장암, 유잉 육종, 폐암, 맨틀 세포 림프종, 난소암, 췌장암, 피부암, 또는 흑색종인, 방법.
  49. 항-RYK 항체를 식별하는 방법으로서, 상기 방법은 하기 단계를 포함하는, 방법:
    (i) 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하는 제1 RYK 폴리펩티드에 접촉시키는 단계;
    (ii) 상기 제1 RYK 폴리펩티드에 결합하는 상기 항체를 검출하는 단계;
    (iii) 상기 항체를 서열 번호 129의 아미노산 잔기 48 내지 57에 상응하는 아미노산 서열을 포함하지 않는 제2 RYK 폴리펩티드와 접촉시키는 단계; 및
    (iv) 상기 제2 RYK 폴리펩티드에 결합하지 않는 상기 항체를 검출하여, 항-RYK 항체를 식별하는 단계.
  50. 제49항에 있어서, 상기 항체가 키메라 항체인, 방법.
  51. 제49항 또는 제50항에 있어서, 상기 항체가 Fab' 단편인, 방법.
  52. 제49항 또는 제50항에 있어서, 상기 항체가 단일 사슬 항체인, 방법.
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