CN114657152A - 一种新型aav血清型及其制备方法 - Google Patents

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Abstract

本发明公开了一种新型AAV血清型及其制备方法,新型AAV血清型的病毒衣壳蛋白包括VP1、VP2和VP3序列,VP3序列的3’末端为鹿或猪细小病毒序列的AAV VP3序列。本发明的新型AAV血清型的制备方法包括以下步骤:将鹿或猪细小病毒的VP3序列与AAV病毒的VP3序列进行比对,确定鹿或猪细小病毒序列可插入AAV病毒的VP3的氨基酸序列位点;将所有病毒外壳蛋白基因序列扩增后,按比例加入,进行无引物PCR反应;以PCR反应后的序列为模板进行全长PCR反应,获得目的条带;将目的条带无缝克隆进入病毒载体质粒,包装得到新型AAV血清型。本发明的新型AAV血清型制成的生物基因治疗药物进入人体后,能避免人体内可能预先存在的抗体对病毒与细胞的相互作用的干扰,提高基因治疗的效果。

Description

一种新型AAV血清型及其制备方法
技术领域
本发明属于生物技术领域,特别是一种新型AAV血清型。
背景技术
腺相关病毒AAV的Cap蛋白为病毒衣壳蛋白,衣壳由三种亚基VP1、VP2和VP3按比例组成。VP1和VP2蛋白共享VP3序列,并在其N端具有其他残基。VP1的N端具有一个保守的磷脂酶A2序列,该序列与病毒从体内逃逸有关,并对其感染性至关重要;VP3蛋白的核心由保守的β-桶基序组成,决定了不同血清型AAV与宿主细胞作用受体的差异。许多人体内已经有野生型AAV抗体,因此可能已经有了预防AAV感染的方法。这些预先存在的抗体会干扰病毒与细胞的相互作用,并严重阻碍基因治疗的结果。
发明内容
本发明的第一个目的在于针对背景技术中所述的现有的AAV血清型在使用于人体时,人体内可能存在的野生型AAV抗体会干扰病毒与细胞的相互作用,影响基因治疗的效果的问题,提供一种能够解决前述问题的新型AAV血清型。
为实现以上目的,本发明通过以下技术方案予以实现:新型AAV血清型,其病毒衣壳蛋白包括VP1、VP2和VP3序列,VP3序列的3’末端为鹿或猪细小病毒序列的AAV VP3序列。
本发明的第二个目的在于提供一种新型AAV血清型的制备方法,其包括以下步骤:
S1、将鹿或猪细小病毒的VP3序列与AAV病毒的VP3序列进行比对,确定鹿或猪细小病毒序列可插入AAV病毒的VP3的氨基酸序列位点;
S2、将所有病毒外壳蛋白基因序列扩增后,按比例加入,进行无引物PCR反应;
S3、以步骤S2中的PCR反应后的序列为模板进行全长PCR反应,获得目的条带;
S4、将目的条带无缝克隆进入病毒载体质粒,包装新型AAV血清型,得到的新型AAV血清型,新型AAV血清型的VP3序列的3’末端为鹿或猪细小病毒的AAV VP3序列。
作为上述方案的进一步改进,所述的AAV病毒为AAV2血清型病毒或AAV5血清型病毒。使用AA2血清型病毒或AAV5血清型病毒,都可以用于制备本发明的新型AAV血清型。
作为上述方案的进一步改进,所述的步骤S1中,AAV病毒的VP3序列为AAV2血清型病毒的VP3序列、AAV5血清型病毒的VP3序列,或是AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒的VP3序列,即为AAV2.5T序列。
作为上述方案的进一步改进,步骤S1中,鹿或猪细小病毒的VP3序列与AAV病毒的VP3序列进行比对时,比对其中的同源序列,找出的同源序列位点即为可插入鹿或猪细小病毒序列的氨基酸序列位点。
作为上述方案的进一步改进,步骤S2中,在病毒外壳蛋白基因序列中插入引物进行引物扩增,扩增后的基因经纯化回收后再混合进行无引物PCR反应。
本发明的有益效果为:1)本发明的新型AAV血清型将鹿或猪细小病毒序列替换AAV的3’末端,制成的生物基因治疗药物进入人体后,能避免人体内可能预先存在的抗体对病毒与细胞的相互作用的干扰,提高基因治疗的效果;2)本发明的新型AAV血清型的制备方法,可以对AAV2血清型病毒或AAV5血清型病毒的VP3序列的3’末端进行替换,替换的氨基酸序列是与之具有同源氨基酸序列的动物的细小病毒序列的AAV VP3序列,采用该方法能制成多种新型AAV血清型,提高基因治疗的效果。
具体实施方式
下面通过实施例对本发明的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
实施例1
一种新型AAV血清型,其病毒衣壳蛋白包括VP1、VP2和VP3序列,VP1、VP2和VP3序列的比例为1:1:10,该AAV血清型是将AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒序列AAV2.5T序列的3’末端替换成鹿的细小病毒序列的AAV VP3序列制成的新型AAV血清型。
新型AAV血清型的制备方法,其包括以下步骤:
S1、将鹿细小病毒的VP3序列与AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒的VP3序列进行比对,鹿细小病毒的VP3序列为SEQ ID NO:1,AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒的VP3序列简称为AAV2.5T序列,其序列为SEQ ID NO:2,确定鹿细小病毒序列可插入AAV2.5T序列的氨基酸序列位点,比对时找出鹿细小病毒的VP3序列与AAV2.5T序列的氨基酸序列中的同源序列,作为插入鹿细小病毒的VP3序列的区域,通过比对找出6组同源序列,详见后面的同源序列;
S2、将所有序列扩增后,按比例加入进行无引物PCR反应;
S3、以步骤S2中的PCR反应后的序列为模板进行全长PCR反应,获得目的条带;
S4、将目的条带无缝克隆进入病毒载体质粒,包装新型AAV血清型,得到的新型AAV血清型的VP3序列的3’末端替换成鹿细小病毒的AAV VP3序列,新型AAV血清型的氨基酸序列为SEQ ID NO:3。
上述步骤S1中,AAV2.5T序列的外壳蛋白基因序列中与鹿细小病毒的VP3序列的6组同源氨基酸序列为:
1)AAV2.5T序列中的第203-213位的氨基酸序列:GDNNQGADGVG。
鹿细小病毒的VP3序列中的第447-465位的氨基酸序列:GISNNSTSTASPGGTESQG。
2)AAV2.5T序列中的第315-324位的氨基酸序列:VTVQDSTTTI。
鹿细小病毒的VP3序列中的第567-580位的氨基酸序列:VSMGSGSTSSTYTI。
3)AAV2.5T序列中的第371-390位的氨基酸序列:TLNRDNTENPTERSSFFCLE。
鹿细小病毒的VP3序列中的第627-673位的氨基酸序列:TLGGISAEPKEHRITNTSTFCNGTRITNQTWTERHHSVQDSELFLIE。
4)AAV2.5T序列中的第429-469位的氨基酸序列:NPLVDQYLYRFVSTNNTGGVQFNKNLAGRYANTYKNWFPGP。
鹿细小病毒的VP3序列中的第712-803位的氨基酸序列:NPCQQLRFYNIKNTHYEDTKQDIDVVMCTSSSDTTCSNECGTSGSNNKIKRKRITVETKGNVDHHNRIQLQNNNVKILRASNTRPAMWLPAP。
5)AAV2.5T序列中的第557-609位的氨基酸序列:QPVNRVAYNVGGQMATNNQSSTTAPTTGTYNLQEIVPGSVWMERDVYLQGPIW。
鹿细小病毒的VP3序列中的第891-965位的氨基酸序列:QTTHPAIYTNGECLPPNKTFQLVINTRRGADGPSNSTHIKNSTTDTTNFGIEQCYGMMPGQVAEKQSGFYENQIW。
6)AAV2.5T序列中的第645-725位的氨基酸序列:PGNITSFSDVPVSSFITQYSTGQVTVEMEWELKKENSKRWNPEIQYTNNYNDPQFVDFAPDSTGEYRTTRPIGTRYLTRPL。
鹿细小病毒的VP3序列中的第1002-1093位的氨基酸序列:PANSTTDMGKYKSPIMGSILNQYMTFQIQYAMKWEYLP-KSRNKCWNPITPPQLPQPSNGHNVIYNLDTRRQGNQYCIPDETWAFKQRIRNRR。
上述的步骤S2中,AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒序列的VP3序列AAV2.5T序列的外壳蛋白基因序列按顺序分为13个部分,PCR扩增片段分为3组,第1-3部分为第1组,第4-8部分为第2组,第9-13部分为第3组,分组情况如下:
第1组,第1-3部分分别为:
1、CAP-F+A1R;
2、CAP-F+A3R;
3、D2F + A3R。
第2组,第4-8部分分别为:
4、A4F+A5R;
5、D4F+A5R;
6、A7F+A7R;
7、A7F+A8R;
8、A6F+A7R。
第3组,第9-13部分分别为:
9、A9F+A9R;
10、A9F+A11R;
11、A11F+A11R;
12、A11F+2511R;
13、A13F+2511R。
分组后,在第2组的原第5部分与第6部分之间插入4组引物片段,作为第6-9部分,第二组的原第6和第7部分改为第10和第11部分,并在第11部分后面加入1组引物片段,作为第12部分,第二组的原第8部分改为第13部分,扩增后第二组包括了第4-13部分。
第3组的原第9-12部分改为第14-17部分,并在第17部分的后面加入两个引物片段,成为第18部分和第19部分,将原第13部分改为第20部分,并在第20部分的后面加入三个引物片段,作为第21部分、第22部分和第23部分。
扩增后的病毒外壳蛋白基因序列包括以下3组:
第1组,第1-3部分分别为:
1、CAP-F+A1R on 2.5T template;
2、CAP-F+A3R on 2.5T template;
3、D2F+A3R on 2.5T template。
第2组,第4-13部分分别为:
4、A4F+A5R on 2.5T template;
5、D4F+A5R on 2.5T template;
6、DD4F+DD6R on D template;
7、DD4F+DD8R on D template;
8、DD6F+DD8R on D template;
9、DD6F+DD6R on D template;
10、A7F+A7R on 2.5T template;
11、A7F+A8R on 2.5T template;
12、DD8F+DD8R on D template;
13、A6F+A7R on 2.5T template。
第3组,第14-23部分分别为:
14、A9F+A9R on 2.5T template;
15、A9F+ A11R on 2.5T template;
16、A11F+A11R on 2.5T template;
17、A11F + 2511R on 2.5T template;
18、DD10F+DD10R on D template;
19、DD12 F+DD12R on D template;
20、A13F+2511R on 2.5T template;
21、DD10F+CAP-R on D template;
22、DD10F+DD12R on D template;
23、DD12F+CAP-R on D template。
上述的2.5T template为AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒序列AAV2.5T序列的外壳蛋白基因序列模板,D template为鹿细小病毒的基因序列模板。
下列为上述的第一组到第三组中使用的引物的具体序列:
引物CAP-F的DNA序列为:
GTGGATTTGGATGACTGCATCTTTGAAC。
引物A1R的DNA序列为:
Gcccaatgggccgccacct。
引物D2F的DNA序列为:
gaggtggcggcccattgggcATCTCTAACAATTCAACTTCAACTGCATCCCCCGGAGGCACAGAATCACAgggcaatgcctcgggagatt。
引物A3R的DNA序列为:
CCTCTTTGACTTGAATGTTGAAGATTTTGACTCTG。
引物A4F的DNA序列为:
CAGAGTCAAAATCTTCAACATTCAAGTCAAAGAGG。
引物A5R的DNA序列为:
GTCGCGTAACCGTACTGCGG。
引物D4F的DNA序列为:
cttcaacattcaagtcaaagaggtTAGCATGGGATCAGGCAGTACTAGCTCCACATATACTATCACAGAATCACAAACAGCTACCATGC。
引物DD4F的DNA序列为:
cttcaacattcaagtcaaagaggtTAGCATGGGATCAGGCAGTACTAG。
引物DD6R的DNA序列为:
cagcatcttgctgggaaagtacTCAATAAGAAAGAGCTCAGAGTCTTGAACTGAG。
引物DD8R的DNA序列为:
gttccagccctgggttcggcccatgGGGGCTGGAAGCCACATAG。
引物DD6F的DNA序列为:
ctgccgcagtacggttacgcgACTCTCGGTGGCATATCAGCTG。
引物A7F的DNA序列为:
GTACTTTCCCAGCAAGATGCTGAGAAC。
引物A7R的DNA序列为:
GGGTTGGCCAGCTTGAAGAG。
引物A8R的DNA序列为:
GTTCCAGCCCTGGGTTCGG。
引物DD8F的DNA序列为:
gtcagaacctCttcaagctggccaacccATGTCAACAACTTAGATTTTATAATATCAAAAATACACATTATGAAGATACC。
引物A6F的DNA序列为:
GTCTTTACGCTGCCGCAGTAC。
引物A9F的DNA序列为:
CCCATGGGCCGAACCCAG。
引物A9R的DNA序列为:
CTGCGTCTCGCTCTCGCT。
引物A11R的DNA序列为:
GGCACAGGCGTGTTCTTGATG。
引物A11F的DNA序列为:
ATCTGGGCCAAGATCCCAGAG。
引物DD10F的DNA序列为:
gctcatcaccagcgagagcgagacgcagACAACACACCCAGCAATATACACCAATG。
引物DD10R的DNA序列为:
gcccccgtCTCTGGGATCTTGGCCCAGATTTGGTTTTCATAAAATCCTGATTGTTTTTCTGCTACTTG。
引物DD12R的DNA序列为:
ctgggggtcgttgtagttgtttgtgtaCTGTGGTAGTTGTGGAGGCGT。
引物A13F的DNA序列为:
CAGTACACAAACAACTACAACGACCC。
在步骤S2中所述的PCR 无引物聚合酶链式反应过程为:
将上述的病毒外壳蛋白基因序列的23个部分中的第2部分作为一个模板,记为#2组,第7部分作为一个模板,记为#7组,第1部分和第3部分作为A组,第4-6、8-13部分作为B组,其余作为C组,
首先,设置各组的模板浓度:#2组: 51.6 ng/µl;#7组: 48.2 ng/µl;A组 83.4ng/µl;B组18.7 ng/µl;C组 85.7 ng/µl。
然后,按比例加入下列体积的混合样品,
分别加入2xQ5 10 µl;#2组1.5 µl;#A组1.2 µl;#7组1 µl;#B组5 µl;#C组1.6 µl。
然后执行下列的聚合酶链式反应循环程序,
98°C 30s;
[98°C 8s, 72°C (−0.5°C/cycle) 1min] x10 Cycle;
[98°C 8s, 70°C (−0.5°C/cycle) 20s, 72°C 1min] x25 Cycle;
72°C for 2min。
用Zymo试剂盒纯化PCR反应液,用15µl洗脱液洗脱;进行无缝克隆Gibson组装;将8µl纯化PCR产物 + 7µl线性化载体pIR2Noc + 15µl NEBuilder混合;在50°C孵育1小时;用10µl连接产物转化DH10B感受态细胞;将转化后的感受态细胞转移至100ml LB含青霉素的培养基中孵育过夜后大抽文库质粒;取其中100µl感受态细胞涂在青霉素平板上转染,计算转化效率。准备两个1.5ml离心管准备转染样品:每皿转染200 ng文库质粒+ 28.8µgpHelper质粒加入到DMEM无血清培养基。
使用转染试剂为PEI-max以1:3的比例加入到DMEM无血清培养基;涡旋每个管,等待5分钟;将PEI溶液转移到DNA溶液中,短暂旋涡,室温下孵育10-15分钟;转移至30ml 含有2-3% 胎牛血清的DMEM培养基中;从培养皿中吸走旧的培养基,加入含有转染混合物的培养基,培养3-4天;收集培养基和细胞,细胞在-80度和37度反复冻融4次,加入终浓度为0.15U/ml的全能核酸酶37℃摇动孵育30分钟,再加入0.25%Triton-X100 37°C摇动孵育30分钟,然后离心从培养基和裂解液中提取10µl样品:DNaseI处理(1µl DNase处理50µl反应,37°C 30分钟,75°C 10分钟);加入0.6µl蛋白酶K, 56°C孵育40分钟;将病毒基因组DNA纯化回收;将纯化病毒基因组DNA作为模板依次使用原液,10倍稀释和100倍稀释液进行Q5聚合酶链式反应循环程序进行扩增,用CAP-F+CAP-R作为引物;反应程序为:
98°C 30s;
32x [98°C 8s / 68°C 20s / 72°C 60s];
72°C 2 min;
4°C。
从凝胶中切割PCR产物,如附图1所示,划线的位置即为切胶回收的片段,切割时,从最大的片段剪切到2.65 kb。例如,如果2.5 kb可见,只剪切>=2.5 kb,而不是更低,直到2.65 kb,如果没有明显可见片段,则剪切2.3 kb以上的所有片段,直到2.65 kb。
然后对片段进行测序,筛选出其中最优化的目的条带,将筛选出的目的条带无缝克隆进入病毒载体质粒,包装新型AAV血清型,得到的新型AAV血清型的VP3序列的3’末端替换成鹿细小病毒的AAV VP3序列。
下列为采用上述的实施例获得的一种新型AAV血清型的氨基酸序列:
MAADGYLPDWLEDTLSEGIRQWWKLKPGPPPPKPAERHKDDSRGLVLPGYKYLGPFNGLDKGEPVNEADAAALEHDKAYDRQLDSGDNPYLKYNHADAEFQELLKEDTSFGGNLGRAVFQAKKRVLEPFGLVEEGAKTAPTGKRIDDHFPKRKKARTEEDSKPSTSSDAEAGPSGSQQLQIPAQPASSLGADTMSAGGGGPLGDNNQGADGVGNASGDWHCDSTWMGDRVVTKSTRTWVLPSYNNHQYREIKSGSVDGSNANAYFGYSTPWGYFDFNRFHSHWSPRDWQRLINNYWGFRPRSLRVKIFNIQVKEVTVQDSTTTIANNLTSTVQVFTDDDYQLPYVVGNGTEGCLPAFPPQVFTLPQYGYATLNRDNTENPTERSSFFCLEYFPSKMLRTGNNFEFTYNFEEVPFHSSFAPSQNLFKLANPLVDQYLYRFVSTNNTGGVQFNKNLAGRYANTYKNWFPGPMGRTQGWNLGSGVNRASVSAFATTNRMELEGASYQVPPQPNGMTNNLQGSNTYALENTMIFNSQPANPGTTATYLEGNMLITSESETQTTHPAIYTNGECLPPNKTFQLVINTRRGADGPSNSTHIKNSTTDTTNFGIEQCYGMMPGQVAEKQSGFYENQIWCRNPNTDMADGGGNPLIAQWGIKSPPHLILVRMLPTPANSTTDMGKYKSPIMGSILNQYMTFQIQYAMKWEYLPKSRNKCWNPITPPQLPQPSNGHNVIYNLDTRRQGNQYCIPDETWAFKQRIRNRR。
通过实验检测,将本发明的新型AAV血清型制成生物基因治疗药物,在患者使用后,人体内存在的AAV抗体对本发明的新型AAV血清型病毒与人体细胞的相互作用不会产生干扰,具有显著的基因治疗效果,证明本发明的新型AAV血清型对于体内存在AAV抗体的患者同样能够达到很好的疗效。
上述虽然只介绍了鹿细小病毒的AAV序列与AAV2.5T序列相结合的方案,但是本领域技术人员在本发明记载的方案的基础上,可以得到猪细小病毒的AAV序列与AAV2.5T序列相结合的方案,得到与上述的序列不同的新型AAV血清型。而且,虽然上述只公开了得到的一种新型AAV血清型,但是鹿细小病毒的AAV序列与AAV2.5T序列相结合的方案,有6段氨基酸序列是具有同源性的,所以这6段同源氨基酸序列都能与AAV2.5T序列相结合,得到不同的新型AAV血清型,所以能得到的新型AAV血清型的种类数量是很多的。虽然在本申请中没有一一列举,但是采用本发明上述公开的方法即可得到这些新型AAV血清型。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例,对于本领域的普通技术人员而言,可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。
SEQUENCE LISTING
<110> 苏州博腾生物制药有限公司
<120> 一种新型AAV血清型及其制备方法
<130> 20220329
<160> 3
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 1112
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
Met Thr Asp Arg Ala Arg Gly Glu Gly Gly Ser Ser Ile Ala Leu His
1 5 10 15
Leu Gly Glu Thr Phe Lys Leu Leu Ile Asp His Lys Tyr Asn Thr His
20 25 30
Pro Asp Thr Glu Ala Tyr Tyr Thr Asp Ser Ser Gly Ala Lys Tyr Glu
35 40 45
Lys Arg Arg Tyr Ile Phe Val Gly Ala Asp Gln Asp Thr Glu Gln Ala
50 55 60
Trp Ala Asp Gln Gln Ala Tyr Asn Lys Leu Pro Gly Gln Lys Ile Lys
65 70 75 80
Gly Pro His Gly Lys Trp Ala Gly Trp Thr Phe Pro Asn Pro Pro Asp
85 90 95
Asp Val Val Trp Pro Glu Ser Ser Leu Asp Pro Thr Arg Ser Gln Pro
100 105 110
Asp Pro Arg Pro Thr Pro Thr Ser Pro Pro Thr Gln Gln Phe Asn Trp
115 120 125
Thr Gly Gly Gly Trp Pro Thr Asn Thr Glu Leu Pro Ser Ser Asn Val
130 135 140
Pro Gln Met Gly Ile Gly Ser Gln Gly Asn Val Gln Phe Ser Pro Met
145 150 155 160
Thr Ala Asp Glu Thr Thr Ile Glu Arg Ala Lys Asn Glu Gly His Pro
165 170 175
Ile Pro Pro Ile Thr Glu Ser Pro Glu Ile Ala His Asp Leu Glu Thr
180 185 190
Leu Glu His Glu Thr Glu Glu Ser Glu Phe Asn Met Gln Leu Ile Lys
195 200 205
Gln Ala Ile Ala Glu Thr His Asp Ser Glu Asp Ile Glu Thr Arg Ala
210 215 220
Lys Asp Gly Glu Gly Ala Asp Gln Thr Ser Leu Thr Val His Gly Arg
225 230 235 240
Tyr Val Gly Pro Gly Asn Pro Leu Pro Ala Gly Lys Pro Ser Ser Lys
245 250 255
Leu Asp Glu Ile Ala Leu Arg His Asp Ile Arg Tyr His Val Glu Leu
260 265 270
Lys His Lys His Trp Pro Tyr Leu Thr Tyr Gln Tyr Ala Asp Lys Ile
275 280 285
Met Ile Asp Glu Ile Asn Gln Asn Met Glu Gln Ile Thr Tyr Gln Tyr
290 295 300
Ala Asp Lys Ile Met Ile Asp Glu Ile Asn Gln Asn Met Glu Gln Ile
305 310 315 320
Lys Gln Glu Gly Asn Glu Trp Leu Ala Asn Phe Ile Lys Ser Leu Trp
325 330 335
Thr Thr Gln Lys Leu Tyr Ser Ala Pro Ile Gly Val Leu Leu Glu Asn
340 345 350
Ile Ile Pro Glu Met Gly Trp Tyr Gly Asp Thr Ala Asn Lys Ile Tyr
355 360 365
Asn Phe Asn Gln Phe Gln His Ala Leu Thr Arg His Gly Lys Thr Thr
370 375 380
Trp Thr Gly Leu Asn Asp Pro Ile His Leu Pro Phe Arg Pro Asp Arg
385 390 395 400
Thr His Pro Ser Glu Thr Asp Ser Pro Ser Asn Ala Asp Ala Asp Gln
405 410 415
Ala Ala Lys Lys Lys Pro Pro Lys Ser Ala Pro Pro Ser Ser His Ser
420 425 430
Pro Thr Asn Lys Asn Leu Ser Ser Thr Asp Met Ser Thr Cys Asp Ala
435 440 445
Asn Thr Ala Pro Thr Val Asp Thr Ile Cys Thr Asn Asp Gly Leu Pro
450 455 460
Ile Gly Ile Ser Asn Asn Ser Thr Ser Thr Ala Ser Pro Gly Gly Thr
465 470 475 480
Glu Ser Gln Gly Gly Gly Gly Gly Ala Ala Lys Cys Pro Glu Lys Trp
485 490 495
Phe Gly Gly Val Thr Trp Glu Gly Asn Thr Phe Thr Thr Tyr Asn Thr
500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
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565 570 575
Thr Ile Ala Glu Ile Gln Ala Lys Asp Val Ser Met Gly Ser Gly Ser
580 585 590
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Leu His Arg Asp Ser Asp Tyr Asp Leu Pro Tyr Pro Ile Gly Gly Gly
610 615 620
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705 710 715 720
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740 745 750
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770 775 780
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805 810 815
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835 840 845
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885 890 895
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980 985 990
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1010 1015 1020
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1040 1045 1050
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<210> 2
<211> 725
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Gln Trp Trp Lys Leu Lys Pro Gly Pro Pro Pro Pro
20 25 30
Lys Pro Ala Glu Arg His Lys Asp Asp Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Arg Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro
115 120 125
Phe Gly Leu Val Glu Glu Gly Ala Lys Thr Ala Pro Thr Gly Lys Arg
130 135 140
Ile Asp Asp His Phe Pro Lys Arg Lys Lys Ala Arg Thr Glu Glu Asp
145 150 155 160
Ser Lys Pro Ser Thr Ser Ser Asp Ala Glu Ala Gly Pro Ser Gly Ser
165 170 175
Gln Gln Leu Gln Ile Pro Ala Gln Pro Ala Ser Ser Leu Gly Ala Asp
180 185 190
Thr Met Ser Ala Gly Gly Gly Gly Pro Leu Gly Asp Asn Asn Gln Gly
195 200 205
Ala Asp Gly Val Gly Asn Ala Ser Gly Asp Trp His Cys Asp Ser Thr
210 215 220
Trp Met Gly Asp Arg Val Val Thr Lys Ser Thr Arg Thr Trp Val Leu
225 230 235 240
Pro Ser Tyr Asn Asn His Gln Tyr Arg Glu Ile Lys Ser Gly Ser Val
245 250 255
Asp Gly Ser Asn Ala Asn Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly
260 265 270
Tyr Phe Asp Phe Asn Arg Phe His Ser His Trp Ser Pro Arg Asp Trp
275 280 285
Gln Arg Leu Ile Asn Asn Tyr Trp Gly Phe Arg Pro Arg Ser Leu Arg
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Val Lys Ile Phe Asn Ile Gln Val Lys Glu Val Thr Val Gln Asp Ser
305 310 315 320
Thr Thr Thr Ile Ala Asn Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr
325 330 335
Asp Asp Asp Tyr Gln Leu Pro Tyr Val Val Gly Asn Gly Thr Glu Gly
340 345 350
Cys Leu Pro Ala Phe Pro Pro Gln Val Phe Thr Leu Pro Gln Tyr Gly
355 360 365
Tyr Ala Thr Leu Asn Arg Asp Asn Thr Glu Asn Pro Thr Glu Arg Ser
370 375 380
Ser Phe Phe Cys Leu Glu Tyr Phe Pro Ser Lys Met Leu Arg Thr Gly
385 390 395 400
Asn Asn Phe Glu Phe Thr Tyr Asn Phe Glu Glu Val Pro Phe His Ser
405 410 415
Ser Phe Ala Pro Ser Gln Asn Leu Phe Lys Leu Ala Asn Pro Leu Val
420 425 430
Asp Gln Tyr Leu Tyr Arg Phe Val Ser Thr Asn Asn Thr Gly Gly Val
435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
Gly Val Asn Arg Ala Ser Val Ser Ala Phe Ala Thr Thr Asn Arg Met
485 490 495
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500 505 510
Thr Asn Asn Leu Gln Gly Ser Asn Thr Tyr Ala Leu Glu Asn Thr Met
515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
Arg Val Ala Tyr Asn Val Gly Gly Gln Met Ala Thr Asn Asn Gln Ser
565 570 575
Ser Thr Thr Ala Pro Thr Thr Gly Thr Tyr Asn Leu Gln Glu Ile Val
580 585 590
Pro Gly Ser Val Trp Met Glu Arg Asp Val Tyr Leu Gln Gly Pro Ile
595 600 605
Trp Ala Lys Ile Pro Glu Thr Gly Ala His Phe His Pro Ser Pro Ala
610 615 620
Met Gly Gly Phe Gly Leu Lys His Pro Pro Pro Met Met Leu Ile Lys
625 630 635 640
Asn Thr Pro Val Pro Gly Asn Ile Thr Ser Phe Ser Asp Val Pro Val
645 650 655
Ser Ser Phe Ile Thr Gln Tyr Ser Thr Gly Gln Val Thr Val Glu Met
660 665 670
Glu Trp Glu Leu Lys Lys Glu Asn Ser Lys Arg Trp Asn Pro Glu Ile
675 680 685
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690 695 700
Asp Ser Thr Gly Glu Tyr Arg Thr Thr Arg Pro Ile Gly Thr Arg Tyr
705 710 715 720
Leu Thr Arg Pro Leu
725
<210> 3
<211> 759
<212> PRT
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
Met Ala Ala Asp Gly Tyr Leu Pro Asp Trp Leu Glu Asp Thr Leu Ser
1 5 10 15
Glu Gly Ile Arg Gln Trp Trp Lys Leu Lys Pro Gly Pro Pro Pro Pro
20 25 30
Lys Pro Ala Glu Arg His Lys Asp Asp Ser Arg Gly Leu Val Leu Pro
35 40 45
Gly Tyr Lys Tyr Leu Gly Pro Phe Asn Gly Leu Asp Lys Gly Glu Pro
50 55 60
Val Asn Glu Ala Asp Ala Ala Ala Leu Glu His Asp Lys Ala Tyr Asp
65 70 75 80
Arg Gln Leu Asp Ser Gly Asp Asn Pro Tyr Leu Lys Tyr Asn His Ala
85 90 95
Asp Ala Glu Phe Gln Glu Leu Leu Lys Glu Asp Thr Ser Phe Gly Gly
100 105 110
Asn Leu Gly Arg Ala Val Phe Gln Ala Lys Lys Arg Val Leu Glu Pro
115 120 125
Phe Gly Leu Val Glu Glu Gly Ala Lys Thr Ala Pro Thr Gly Lys Arg
130 135 140
Ile Asp Asp His Phe Pro Lys Arg Lys Lys Ala Arg Thr Glu Glu Asp
145 150 155 160
Ser Lys Pro Ser Thr Ser Ser Asp Ala Glu Ala Gly Pro Ser Gly Ser
165 170 175
Gln Gln Leu Gln Ile Pro Ala Gln Pro Ala Ser Ser Leu Gly Ala Asp
180 185 190
Thr Met Ser Ala Gly Gly Gly Gly Pro Leu Gly Asp Asn Asn Gln Gly
195 200 205
Ala Asp Gly Val Gly Asn Ala Ser Gly Asp Trp His Cys Asp Ser Thr
210 215 220
Trp Met Gly Asp Arg Val Val Thr Lys Ser Thr Arg Thr Trp Val Leu
225 230 235 240
Pro Ser Tyr Asn Asn His Gln Tyr Arg Glu Ile Lys Ser Gly Ser Val
245 250 255
Asp Gly Ser Asn Ala Asn Ala Tyr Phe Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Gly
260 265 270
Tyr Phe Asp Phe Asn Arg Phe His Ser His Trp Ser Pro Arg Asp Trp
275 280 285
Gln Arg Leu Ile Asn Asn Tyr Trp Gly Phe Arg Pro Arg Ser Leu Arg
290 295 300
Val Lys Ile Phe Asn Ile Gln Val Lys Glu Val Thr Val Gln Asp Ser
305 310 315 320
Thr Thr Thr Ile Ala Asn Asn Leu Thr Ser Thr Val Gln Val Phe Thr
325 330 335
Asp Asp Asp Tyr Gln Leu Pro Tyr Val Val Gly Asn Gly Thr Glu Gly
340 345 350
Cys Leu Pro Ala Phe Pro Pro Gln Val Phe Thr Leu Pro Gln Tyr Gly
355 360 365
Tyr Ala Thr Leu Asn Arg Asp Asn Thr Glu Asn Pro Thr Glu Arg Ser
370 375 380
Ser Phe Phe Cys Leu Glu Tyr Phe Pro Ser Lys Met Leu Arg Thr Gly
385 390 395 400
Asn Asn Phe Glu Phe Thr Tyr Asn Phe Glu Glu Val Pro Phe His Ser
405 410 415
Ser Phe Ala Pro Ser Gln Asn Leu Phe Lys Leu Ala Asn Pro Leu Val
420 425 430
Asp Gln Tyr Leu Tyr Arg Phe Val Ser Thr Asn Asn Thr Gly Gly Val
435 440 445
Gln Phe Asn Lys Asn Leu Ala Gly Arg Tyr Ala Asn Thr Tyr Lys Asn
450 455 460
Trp Phe Pro Gly Pro Met Gly Arg Thr Gln Gly Trp Asn Leu Gly Ser
465 470 475 480
Gly Val Asn Arg Ala Ser Val Ser Ala Phe Ala Thr Thr Asn Arg Met
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
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565 570 575
Gln Leu Val Ile Asn Thr Arg Arg Gly Ala Asp Gly Pro Ser Asn Ser
580 585 590
Thr His Ile Lys Asn Ser Thr Thr Asp Thr Thr Asn Phe Gly Ile Glu
595 600 605
Gln Cys Tyr Gly Met Met Pro Gly Gln Val Ala Glu Lys Gln Ser Gly
610 615 620
Phe Tyr Glu Asn Gln Ile Trp Cys Arg Asn Pro Asn Thr Asp Met Ala
625 630 635 640
Asp Gly Gly Gly Asn Pro Leu Ile Ala Gln Trp Gly Ile Lys Ser Pro
645 650 655
Pro His Leu Ile Leu Val Arg Met Leu Pro Thr Pro Ala Asn Ser Thr
660 665 670
Thr Asp Met Gly Lys Tyr Lys Ser Pro Ile Met Gly Ser Ile Leu Asn
675 680 685
Gln Tyr Met Thr Phe Gln Ile Gln Tyr Ala Met Lys Trp Glu Tyr Leu
690 695 700
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705 710 715 720
Pro Gln Pro Ser Asn Gly His Asn Val Ile Tyr Asn Leu Asp Thr Arg
725 730 735
Arg Gln Gly Asn Gln Tyr Cys Ile Pro Asp Glu Thr Trp Ala Phe Lys
740 745 750
Gln Arg Ile Arg Asn Arg Arg
755

Claims (6)

1.一种新型AAV血清型,其病毒衣壳蛋白包括VP1、VP2和VP3序列,其特征在于:VP3序列的3’末端为鹿或猪细小病毒序列的AAV VP3序列。
2.一种新型AAV血清型的制备方法,其特征在于:其包括以下步骤:
S1、将鹿或猪细小病毒的VP3序列与AAV病毒的VP3序列进行比对,确定鹿或猪细小病毒序列可插入AAV病毒的VP3的氨基酸序列位点;
S2、将所有病毒外壳蛋白基因序列扩增后,按比例加入,进行无引物PCR反应;
S3、以步骤S2中的PCR反应后的序列为模板进行全长PCR反应,获得目的条带;
S4、将目的条带无缝克隆进入病毒载体质粒,包装新型AAV血清型,得到的新型AAV血清型,新型AAV血清型的VP3序列的3’末端为鹿或猪细小病毒的AAV VP3序列。
3.根据权利要求2所述的新型AAV血清型的制备方法,其特征在于:所述的AAV病毒为AAV2血清型病毒或AAV5血清型病毒。
4.根据权利要求2所述的新型AAV血清型的制备方法,其特征在于:所述的步骤S1中,AAV病毒的VP3序列为AAV2血清型病毒的VP3序列、AAV5血清型病毒的VP3序列,或是AAV2血清型和AAV5血清型的嵌合病毒的VP3序列,即为AAV2.5T序列。
5.根据权利要求2所述的新型AAV血清型的制备方法,其特征在于:步骤S1中,鹿或猪细小病毒的VP3序列与AAV病毒的VP3序列进行比对时,比对其中的同源序列,找出的同源序列位点即为可插入鹿或猪细小病毒序列的氨基酸序列位点。
6.根据权利要求2所述的新型AAV血清型的制备方法,其特征在于:步骤S2中,在病毒外壳蛋白基因序列中插入引物进行引物扩增,扩增后的基因经纯化回收后再混合进行无引物PCR反应。
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