CN114650833A - 用于治疗孤独症谱群障碍的组合物和方法 - Google Patents

Abstract

本公开内容涉及用于治疗孤独症谱群障碍(ASD)的组合物和方法。本文提供了包含从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品和至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型(例如，包含罗伊乳杆菌的细菌分离物)的药物组合物和制剂，以及用所述组合物治疗ASD患者的方法。进一步提供了制备包含罗伊乳杆菌的药物组合物的方法。

Description

用于治疗孤独症谱群障碍的组合物和方法

相关申请的交叉引用

本申请要求2019年12月19日提交的美国临时申请号62/950,805和2019年9月13日提交的美国临时申请号62/899,874的权益，它们通过引用整体并入本文。

背景技术

孤独症谱群障碍(ASD)是一种复杂的神经发育病症，其特征是广泛的社交和交流异常，以及兴趣受限和重复行为。ASD通常出现在生命的前三年，并表现为特征性症状或行为特性。ASD的诊断现在包括几种以前单独诊断的病症：孤独症、不另行说明的综合性发育障碍(PDD-NOS)和阿斯佩格综合征。所有这些病症现在都被涵盖在美国精神病学协会(American Psychiatric Association)的Diagnostic&Statistical Manual of MentalDisorders第五版(DSM-V)中规定的孤独症谱群障碍的诊断标准中。

除了在这些主要诊断标准中见到的症状谱外，ASD个体还表现出广泛的神经学并存病，包括智力残疾、癫痫、焦虑和情绪障碍，以及非神经学并存病，包括血液血内血清素过多、免疫调节异常和胃肠道功能障碍(例如，慢性便秘、腹泻、腹部疼痛和胃食管反流)。

哺乳动物在其胃肠道(GI)中含有多种微生物。这些微生物之间以及微生物与宿主(例如宿主免疫系统)之间的相互作用形成了小生物群。健康的小生物群为宿主提供多种益处，包括对广谱病原体的定殖抗性、必需营养物生物合成和吸收，以及维持健康肠道上皮和适当受控的系统免疫的免疫刺激。不平衡的小生物群(也称为“生态失调”或被破坏的共生)可能失去其功能，并导致对病原体的易感性增加、代谢谱改变或促炎信号的诱导，其可以导致局部或系统性炎症或自身免疫。另外，这样的被破坏的小生物群可能会被传入的一种或更多种病原体感染，所述病原体可以造成疼痛、腹泻、胀气和便秘等症状。因此，肠道小生物群在许多障碍(诸如肠道的病原性感染)的发病机制中起着重要作用。

将人类结肠小生物群植入或施用到生病患者的肠道中被称为粪便小生物群移植(FMT)，通常也称为粪便细菌疗法。据信，FMT通过创造一个不利于关键病原体的增殖和生存的生态环境，使肠道重新充满各种各样的控制关键病原体的微生物。它代表了一种治疗方案，其允许快速重建正常组成和功能性肠道微生物群落。

FMT已被用于治疗艰难梭菌(Clostridium difficile)感染(CDI)。FMT也已被建议用于治疗其它肠道传染源，诸如大肠杆菌和万古霉素抗性的肠球菌(VRE)。它需要通过结肠镜(一种灌肠法)或通过鼻空肠管以均质化粪便或培养的粪便组分(诸如梭状芽胞杆菌)的形式输注人小生物群，以植入结肠中，并从而取代或根除病原性细菌，例如，艰难梭菌。粪便细菌疗法也已经成功地治疗具有神经学组分的病症，诸如ASD、帕金森病和多发性硬化和慢性疲劳综合症。

至少在某些情况下，粪便细菌疗法起作用以治疗某种病症(例如ASD)的确切机制尚不清楚。例如，在粪便细菌疗法过程中给患者施用的典型供体粪便小生物群可以含有数百种细菌菌株，并且ASD的治疗所需的菌株的身份、以及这样的引入的菌株彼此相互作用的机制、以及患者内源性微生物组的细菌，在很大程度上是未知的。此外，在以下方面的潜在差异可以在患有或易患障碍的患者组中导致粪便细菌疗法的疗效的不确定性：(i)不同供体样品中特定细菌菌株的身份和相对丰度；和(ii)特定细菌菌株在细菌疗法接受者的肠道内的植入程度。

发明内容

在一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌(Lactobacillus reuteri)的细菌分离物。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含乳杆菌属种的细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含乳杆菌属种。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度是至少10％。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物是一个物种的成员，其中所述细菌分离物是所述细菌混合物中的物种的唯一成员。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

在另一个方面，本公开内容提供了一种用于在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)药物组合物，其包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物。

在另一个方面，本公开内容提供了一种用于将罗伊乳杆菌移入人肠中的方法，所述方法包括给所述人施用药物组合物，所述药物组合物包含(i)未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物；其中在施用所述组合物之后所述人的肠道小生物群中的罗伊乳杆菌的相对丰度大于在施用所述组合物之前肠道小生物群中罗伊乳杆菌的相对丰度。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述细菌群体或群落与包含罗伊乳杆菌的细菌分离物混合；其中所述细菌群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：基于乳杆菌属的至少一个成员在供体的粪便小生物群中的丰度选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落包含所述乳杆菌属的至少一个成员；和将所述细菌群体或群落掺入药物组合物中，其中所述细菌群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述提取的细菌群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体或群落包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的细菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的细菌群体或群落，所述方法包括：在所述供体摄入包含细菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；从所述粪便提取细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落包含所述细菌菌株；将所述细菌群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；且其中在所述供体摄取所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述细菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性真菌分离物，其中所述真菌分离物的活细胞在所述混合物中的相对丰度是至少10％。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性真菌分离物；其中所述真菌分离物的活细胞在所述混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性真菌分离物；其中所述真菌分离物是一个物种的成员，其中所述真菌分离物是所述混合物中的物种的唯一成员。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便微生物的制品；和(ii)非病原性真菌分离物；其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述真菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性真菌分离物；其中所述真菌分离物移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

在另一个方面，本公开内容提供了一种用于在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)药物组合物，其包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；和(ii)真菌分离物。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述细菌群体或群落与真菌分离物混合；其中所述细菌群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：基于至少一个真菌成员在供体的粪便小生物群中的丰度，选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述至少一个真菌成员；和将所述微生物群体或群落掺入药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取微生物群体或群落；和将所述提取的微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的微生物群体或群落，所述方法包括：在所述供体摄入包含真菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；从所述粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述真菌菌株；将所述微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物；其中在所述混合物中所述细菌分离物的活细胞的相对丰度和/或所述真菌分离物的活细胞的相对丰度是至少10％。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物；其中在所述混合物中所述细菌分离物和/或所述真菌分离物的活细胞的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物；其中所述细菌分离物是第一物种的成员，其中所述细菌分离物是所述混合物中第一物种的唯一成员，其中所述真菌分离物是第二物种的成员，其中所述真菌分离物是所述混合物中第二物种的唯一成员。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便微生物的制品；(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物；其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述真菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16SrRNA序列的真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物；其中所述细菌分离物和真菌分离物移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

在另一个方面，本公开内容提供了一种用于在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)药物组合物，其包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；和(ii)非病原性细菌分离物；和(iii)非病原性真菌分离物。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述细菌群体或群落与以下分离物混合：(i)非病原性细菌分离物和(ii)非病原性真菌分离物；其中所述细菌群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：基于供体的粪便小生物群中至少一个细菌成员和/或至少一个真菌成员的丰度，选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述至少一个细菌成员和/或至少一个真菌成员；和将所述微生物群体或群落掺入药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取微生物群体或群落；和将所述提取的微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的细菌菌株和/或真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的微生物群体或群落，所述方法包括：在所述供体摄入包含细菌菌株和/或真菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；从所述粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述细菌菌株和/或真菌菌株；将所述微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述细菌菌株和/或所述真菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度是至少10％。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌分离物是第一物种的成员，其中所述细菌分离物是所述混合物中第一物种的唯一成员，其中所述真菌分离物是第二物种的成员，其中所述真菌分离物是所述混合物中第二物种的唯一成员，其中所述古细菌分离物是第三物种的成员，其中所述古细菌分离物是所述混合物中第三物种的唯一成员。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便微生物的制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16SrRNA序列的细菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述真菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的真菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述古细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的古细菌菌株。

在另一个方面，本公开内容提供了一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

在另一个方面，本公开内容提供了一种用于在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)药物组合物，其包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述细菌群体或群落与以下物质混合：(i)非病原性细菌分离物和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌群体或群落没有经过培养。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，其包括：基于供体的粪便小生物群中的至少一个成员的丰度，选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述至少一个成员；和将所述微生物群体或群落掺入药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取微生物群体或群落；和将所述提取的微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的至少一个成员，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

在另一个方面，本公开内容提供了一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的微生物群体或群落，所述方法包括：在所述供体摄入益生菌之后，从所述供体接收粪便，所述益生菌包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；从所述粪便提取微生物群体或群落，其中所述微生物群体或群落包含所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型；将所述微生物群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体或群落没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的微生物。

附图说明

图1：该图显示了健康粪便供体的粪便小生物群中的罗伊乳杆菌的可变相对丰度。

图2：通过IFN-γ的水平测量的PBMC刺激测定，以显示来自单独的或与选定细菌分离物组合的未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)的免疫刺激效应。

图3：通过IL-12p70的水平测量的PBMC刺激测定，以显示来自单独的或与选定细菌分离物组合的未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)的免疫刺激效应。

图4：通过IL-23的水平测量的PBMC刺激测定，以显示来自单独的或与选定细菌分离物组合的未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)的免疫刺激效应。

图5：通过GM-CSF的水平测量的PBMC刺激测定，以显示来自单独的或与选定细菌分离物组合的未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)的免疫刺激效应。

图6：通过IL-10和IL-12p70之间的比率测量的PBMC刺激测定，以显示来自单独的或与选定细菌分离物组合的未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)的免疫刺激效应。

图7：使用与感兴趣的细菌菌株组合的供体衍生的细菌组合物治疗ASD的第一试验设计。

图8：使用与感兴趣的细菌菌株组合的供体衍生的细菌组合物治疗ASD的第二试验设计。

具体实施方式

除非另外定义，否则在本文中使用的所有技术和科学术语具有与本公开内容所属领域的普通技术人员通常所理解相同的含义。

在本说明书中提及的所有出版物、专利和专利申请都通过引用并入本文，其程度如同明确地且单独地指出每篇单独的出版物、专利或专利申请通过引用并入。

如在本文中和在所附权利要求书中所使用的，单数形式“一种”、“一个”和“该”包括复数指示物，除非上下文另外清楚地指明。作为例子，“一种要素”是指至少一种要素，且可以包括超过一种要素。

如本文中使用的，当用于修饰特性时，术语“基本上”通常允许在不损失该特性的情况下某种程度的变化。例如，在某些方面，这样的变化程度可以是小于0.1％、约0.1％、约0.2％、约0.3％、约0.4％、约0.5％、约0.6％、约0.7％、约0.8％、约0.9％、约1％、1-2％、2-3％、3-4％、4-5％或大于5％或10％。

在提供了值的范围的情况下，应当理解，在该范围的上限和下限与在该所述范围内的任何其它所述值或插入值之间的每个插入值被涵盖在本公开内容内。这些更小范围的上限和下限可以独立地被包括在更小范围内，并且也被涵盖在本公开内容内，不包括在所述范围中任何明确地排除的限制。在所述范围包括一个或两个限制的情况下，排除那些被包括的限制中的任一个或两个限制的范围也被包括在本公开内容中。

为避免任何疑问，本文中使用的术语或短语诸如“约”、“至少”、“至少约”、“最多”、“小于”、“大于”、“在......内”或类似术语或短语，当后跟一系列百分比数字的列表时，这样的术语或短语被视为修饰所述系列或列表中的每一个和每个百分比数字，无论所述副词、介词或其它修饰词短语是否在每一个和每个成员之前重现。

本文中使用的术语“相对丰度”表示特定种类的生物体(例如，细菌菌株、物种或属)相对于某个群落(例如，未培养粪便细菌制品或细菌混合物)中所有相似性质的生物体的相对表示。相对丰度的计算方法是将特定种类的生物体的数目除以某个群落中所有相似性质的生物体的总数。在一个方面，通过qPCR测量相对丰度，所述qPCR将用靶向感兴趣的特定细菌菌株的16S引物产生的PCR产物与靶向所有16S序列的通用引物产生的PCR产物进行对比。参见例如，Chu，N.，等人，“Profiling living bacteria informs preparation offecal microbiota transplantations.”PLoS One 12(1)：1-16(2017)。在另一个方面，基于通过高通量测序检测到的序列读出数目来测量相对丰度，如Gevers等人，“Thetreatment-

microbiomes in new-onset Crohn’s disease.”Cell Host&Microbe，15(3)：382-92(2014)所述。在一个方面，高通量测序是基于16S rRNA基因测序。在另一个方面，高通量测序是基于全基因组短枪宏基因组测序。除非另有说明，否则通过靶向V4可变区的16S rRNA的高通量测序来测量本文提及的细菌相对丰度，如Gevers等人，Cell Host&Microbe，15(3)：382-92(2014)所述。在另一个方面，将叠氮溴化丙啶(PMA)用于区分活的和死的粪便微生物，如在Chu等人，PLoS One 12(1)：1-16(2017)中所示。

本文中使用的术语“治疗”表示(i)完全地或部分地抑制疾病、障碍或病症，例如阻止其发展；(ii)完全地或部分地缓解疾病、障碍或病症，例如引起疾病、障碍和/或病症的消退；或(iii)完全地或部分地预防疾病、障碍或病症在可能易患所述疾病、障碍和/或病症但尚未诊断出患有它的患者中发生。类似地，“治疗”表示治疗性处理和预防性的或防止性的措施。在孤独症谱群障碍的背景下，“治疗”涵盖减轻、改善与孤独症谱群障碍相关的一种或更多种症状，延迟其发作，抑制其进展，或降低其严重程度。

本文中使用的“受试者”表示任何动物受试者，包括人类、实验动物(例如，灵长类动物、大鼠、小鼠)、家畜(例如牛、绵羊、山羊、猪、火鸡、鸡)和家庭宠物(例如，狗、猫、啮齿类动物等)。优选的受试者是人受试者。人受试者可能是儿科、成人或老年科受试者。在某些方面，术语“患者”和“受试者”互换使用。受试者可能是健康的，或者可能患有ASD的一种或更多种症状。

本文中使用的“小生物群”和“菌群”表示持续地和暂时地生活在受试者体内或体表上的微生物群落，包括真核生物、古细菌、细菌和病毒(包括细菌病毒(即噬菌体))。“粪便小生物群”或“粪便小生物群制品”表示存在于受试者粪便中或从受试者粪便制备的微生物群落。通常，通过将这样的粪便小生物群掺入组合物中来制备本文所述的药物组合物，无需在从粪便中纯化它以后培养粪便小生物群。本文中“未培养粪便细菌制品”表示已经从一个或多个粪便样品收获、提取或纯化的多个活的细菌菌株，无需培养所述菌株(例如在培养基中)。

在某些方面，未培养粪便细菌制品包含未选择的粪便细菌。本文中的“未选择的粪便细菌”表示从一个或多个粪便样品提取的活的粪便细菌菌株(例如，存在于粪便小生物群中)的群体或群落，而不使提取的群体或群落受到有意为细菌的特定类型、状态或分类学类别选择的环境条件(例如，通过故意除去某些细菌菌株，用试剂诸如乙醇或氯仿处理群体或群落，或培养)。这样的未选择的粪便细菌可以包含与正常健康人的粪便或肠道小生物群中的相应细菌菌株成比例含量的细菌菌株。从粪便样品中非选择性地提取粪便细菌群体或群落的步骤可以包括，例如，对粪便样品进行均质化和过滤以将粪便细菌菌株与非细胞粪便材料(诸如纤维和粗颗粒物)以及例如真核宿主细胞和病毒分离。在本文中，通常，可以在好氧或厌氧条件下，或在其组合下，制备未选择的粪便细菌制品。在某些方面，未选择的粪便细菌制品包含粪便样品的粪便小生物群的所有的或基本上所有的细菌。在某些方面，未选择的粪便细菌制品包含粪便样品的粪便小生物群的所有的或基本上所有的菌株。在某些方面，未选择的粪便细菌制品包含粪便样品的粪便小生物群的所有的或基本上所有的物种。在某些方面，未选择的粪便细菌制品包含粪便样品的粪便小生物群的所有的或基本上所有的属。在某些方面，未选择的粪便细菌制品包含粪便样品的粪便小生物群的所有的或基本上所有的门。因此，这样的非选择性的粪便小生物群可以基本上类似于在这样的粪便样品中发现的微生物组分和细菌群体或群落结构。

在一个方面，未培养的细菌群体或群落包含至少2、5、10、20、30、40、50、100、200、300、400、500或600个细菌物种或菌株。在另一个方面，未培养的细菌群体或群落包含2至5、5至10、10至20、20至30、30至40、40至50、50至60、60至100、100至200、200至300、300至400、400至500、或500至600个细菌物种或菌株。

在一个方面，未培养粪便细菌和/或未选择粪便细菌的制品不包含抗生素抗性的细菌群体。

在另一个方面，未培养粪便细菌制品的制备可以包含选择细菌的特定类型、状态或分类学类别的步骤(例如，通过故意除去某些细菌菌株和/或使用选择剂诸如乙醇或氯仿处理群体)。在某些方面，这样的未培养粪便细菌制品可以与一种或更多种细菌分离物组合以形成用于掺入药物组合物中的细菌混合物。例如，可以将粪便或从粪便中提取的粪便细菌与选择剂诸如乙醇一起温育一段时间，在温育后除去乙醇，并将温育过的细菌与一种或更多种细菌分离物混合以产生细菌混合物。在一个方面，在与选择剂温育后留在制品中的活细菌基本上包含孢子或由孢子组成。

在本文中，未培养粪便细菌制品不同于单一的纯化的细菌菌株诸如细菌分离物。本文中使用的“细菌分离物”表示通过从单个前体细菌细胞的二分裂增殖而产生的基本上遗传相同的细菌细胞的分离群(例如，通过培养细菌)。通常，细菌分离物最初被分离为单个细胞或遗传上纯的细胞群，例如，作为在固体培养基上的单个菌落，或通过在液体培养中的连续稀释，并然后储存(例如作为冷冻储备物)以给分离物提供一致且稳定的来源。一旦分离，在某些方面，细菌分离物可以作为细胞的纯培养物生长；在其它方面，多种细菌分离物可以作为混合培养物在同一容器中同时生长。在细菌上下文中，术语“基本上遗传相同的”表示，细菌分离物的未污染纯组合物中的不同细胞由于从一个共同的前体增殖而共享的非常高(例如＞99.9％)的遗传同一性，但由于相对罕见的突变的积累，在细胞之间存在微小遗传差异。通常，细菌分离物是细菌细胞的纯培养物的同义词。通常，本文中的细菌分离物由非病原性细菌组成。在一个方面，细菌分离物可以是益生菌或益生菌中的成分。

本文中使用的术语“细菌混合液(bacterial cocktail)”，有时称为“细菌联合体”或“合成细菌混合物”，表示经工程改造的细菌混合物，其包含多种细菌分离物的确定联合体。术语“多种细菌分离物的确定联合体”是指，该细菌混合液含有两种或更多种细菌分离物，并且所述混合液中每种细菌分离物的身份是已知的，且因此，可以一致地生产混合液(例如通过组合分离的细菌菌株)，从而在不同批次之间具有稳定的组成和性质。在本文中，细菌分离物的“身份”可以表示该分离物的任何特征，其独特地将该分离物鉴定为不同于一种或更多种其它细菌分离物或细菌菌株。鉴定细菌分离物的特征的例子包括核苷酸序列诸如16S rRNA序列、核酸的一个或多个编码或非编码区域的序列和整个基因组序列、基因表达水平、生理或代谢特性、或解剖学特性诸如染色模式或细胞壁特征。

本文中使用的“细菌混合物(bacterial mixture)”表示经工程改造的包含活细菌细胞的组合物，在某些方面，其可以包括一种或更多种非病原性细菌分离物和/或未培养细菌细胞的制品。在某些方面，细菌混合物包含一种或更多种非病原性细菌分离物。在某些方面，细菌混合物包含未培养粪便细菌制品。在某些方面，细菌混合物包含一种或更多种非病原性细菌分离物和未培养粪便细菌制品。

本文中使用的“真菌分离物”表示通过从单个前体真菌细胞的二分裂增殖而产生的基本上遗传相同的真菌细胞的分离群(例如，通过培养真菌)。通常，真菌分离物最初被分离为单个细胞或遗传上纯的细胞群，例如，作为在固体培养基上的单个菌落，或通过在液体培养中的连续稀释，并然后储存(例如作为冷冻储备物)以给分离物提供一致且稳定的来源。一旦分离，在某些方面，真菌分离物可以作为细胞的纯培养物生长；在其它方面，多个真菌分离物可以作为混合培养物在同一容器中同时生长。在真菌上下文中，术语“基本上遗传相同的”表示，真菌分离物的未污染纯组合物中的不同细胞由于从一个共同的前体增殖而共享的非常高(例如＞99.9％)的遗传同一性，但由于相对罕见的突变的积累，在细胞之间存在微小遗传差异。通常，真菌分离物是真菌细胞的纯培养物的同义词。通常，本文中的真菌分离物由非病原性真菌组成。在一个方面，真菌分离物可以是益生菌或益生菌中的成分。

本文所述的提及或涉及细菌分离物的任何方面可以同样适用于真菌分离物。例如，本文中关于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物)的混合物的所有公开内容和描述同样适用于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种真菌分离物)的混合物。进一步举例来说，本文中关于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物)的混合物的所有公开内容和描述同样适用于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物和一种或更多种真菌分离物)的混合物。

本文中使用的“古细菌分离物”表示通过从单个前体古细菌细胞的二分裂增殖而产生的基本上遗传相同的古细菌细胞的分离群(例如，通过培养古细菌)。通常，古细菌分离物最初被分离为单个细胞或遗传上纯的细胞群，例如，作为在固体培养基上的单个菌落，或通过在液体培养中的连续稀释，并然后储存(例如作为冷冻储备物)以给分离物提供一致且稳定的来源。一旦分离，在某些方面，古细菌分离物可以作为细胞的纯培养物生长；在其它方面，多个古细菌分离物可以作为混合培养物在同一容器中同时生长。在古细菌上下文中，术语“基本上遗传相同的”表示，古细菌分离物的未污染纯组合物中的不同细胞由于从一个共同的前体增殖而共享的非常高(例如＞99.9％)的遗传同一性，但由于相对罕见的突变的积累，在细胞之间存在微小遗传差异。通常，古细菌分离物是古细菌细胞的纯培养物的同义词。通常，本文中的古细菌分离物由非病原性古细菌组成。在一个方面，古细菌分离物可以是益生菌或益生菌中的成分。

本文所述的提及或涉及细菌分离物的任何方面也可以同样适用于古细菌分离物。例如，本文中关于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物)的混合物的所有公开内容和描述同样适用于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种古细菌分离物(和/或一种或更多种真菌分离物))的混合物。进一步举例来说，本文中关于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物)的混合物的所有公开内容和描述同样适用于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物和一种或更多种古细菌分离物)的混合物。类似地，本文中关于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物)的混合物的所有公开内容和描述同样适用于包含未培养粪便细菌制品(其富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物、一种或更多种古细菌分离物和一种或更多种古细菌分离物)的混合物。

本文中使用的“治疗有效量”、“有效量”或“药学活性剂量”表示有效地治疗所述疾病、障碍、病症或症状的组合物的量。

本文中使用的“分离的”或“纯化的”表示这样的细菌或其它实体或物质，其已经(1)在最初生产时(无论它最初是在自然界中还是在实验环境中生产)与它所关联的至少一些组分分离，和/或(2)通过人手生产、制备、纯化和/或制造。分离的或纯化的细菌可以与至少约10％、约20％、约30％、约40％、约50％、约60％、约70％、约80％、约90％或更多的最初与其关联的其它组分分离。

如本文中使用的，关于细菌或任何其它生物体或实体的术语“非病原性的”包括任何这样的生物体或实体，其不能够引起或影响包含该生物体或实体的宿主生物体的疾病、障碍或病症。

本文中使用的“孢子”或“孢子”的群体包括这样的细菌(或其它单细胞生物体)：其通常是活的，比相同细菌的营养形式更耐受环境影响诸如热和杀细菌剂，并且通常能够发芽和向外生长。“孢子形成者”或“能够形成孢子”的细菌是这样的细菌：其含有在合适的环境条件下产生孢子的基因和其它必需能力。

本文中使用的“菌落形成单位”(CFU)表示给定样品中的活微生物细胞的数目的估计值。与用于确定样品中活细菌细胞的数目的标准方法一样，通过计数琼脂平板上的菌落数目，可以评估CFU的数目。

本文中使用的，“活的”是指具有繁殖能力。细菌群体的生存力可以作为细胞膜完整性的函数来监测。膜受损的细胞被认为是死亡的或垂死的，而具有完整膜的细胞被认为是活的。例如，SYTO9和碘化丙啶被用来染色和区分活的和死的细菌。参见Stocks，Cytometry A.2004年10月；61(2)：189-95。还可以通过分子活力分析来评价细胞生存力，例如基于PCR的方案，其可以将活细胞相关核酸与灭活细胞相关核酸区分开。参见Cangelosi和Mescheke，Appl Environ Microbiol.2014年10月；80(19)：5884-5891。

本文中使用的“Shannon多样性指数”表示使用公式

考虑存在于给定群落中的物种的丰度和均匀性的多样性指数，其中H是Shannon多样性指数，R是群落中物种的总数，且p_i是第i个物种组成的R的比例。较高的值指示多样的和平均分布的群落，且0的值指示在给定群落中存在仅一个物种。关于进一步参考，参见Shannon和Weaver，(1949)The mathematical theory of communication.The University of IllinoisPress，Urbana.第117页。

本文中使用的“抗生素”表示这样的物质：其用于通过杀死细菌、抑制细菌生长或降低细菌生存力来治疗和/或预防细菌感染。

本文中使用的“不利事件(AE)”表示导致操作或小生物群相关的征象或症状的任何剂量。本文中使用的“严重不利事件(SAE)”表示在任何剂量时导致死亡或危及生命的任何医疗事件。本文中使用的“危及生命的”表示患者在事件发生时有死亡风险的事件。根据本领域普通技术人员使用的量表对不利事件进行分级(例如，国立癌症研究所(NCI)关于不利事件的通用术语标准(CTCAE))。

本文描述了包含细菌的药物组合物，以及使用该药物组合物治疗ASD的方法。孤独症谱群障碍(ASD)是一种神经发育障碍，其特征是社交和交流障碍、兴趣受限和重复行为。孤独症谱群中的个体经历了从轻度到重度的不同程度和类型的损伤。尽管鼓励早期检测和干预以使益处最大化并降低症状的严重程度，但任何年龄的个体都可以从干预和治疗中受益，所述干预和治疗可以减轻症状并增加技能和能力。本文所述方法的适当受试者包括、但不限于被诊断为患有或怀疑患有孤独症谱群障碍的人。在某些情况下，本文提供的方法的适当受试者被认为处于增加的发生ASD的风险中(例如，中度或高度风险)。在某些情况下，受试者已经被诊断为患有符合在DSM-V中规定的ASD诊断标准的病症。在其它情况下，受试者具有孤独症、Asperger氏障碍或不另行说明的综合性发育障碍(PDD-NOS)的非常确定的DSM-IV诊断。

不受理论的约束，微生物组功能可以通过几个相互关联的途径与ASD症状联系在一起，包括、例如，受损的肠道屏障完整性、受调节的粘膜免疫组织和不适当地刺激的迷走神经。此外，不受理论的约束，ASD微生物组可以诱导粘膜免疫细胞的变化，其影响局部和全身炎症性张力。在ASD儿童中免疫活性的改变与微生物组组成的改变有关，并且在同样经历胃肠道症状的ASD儿童亚群中更为明显。例如，在患有ASD和胃肠道症状的儿童中，粘膜免疫细胞群体功能向炎症性特性改变。所有ASD儿童中的外周Treg群体减少，而Treg与炎症性Th17细胞的比例改变仅见于患有ASD和胃肠道症状的儿童。较低的Treg与炎症性Th17的比率暗示自身免疫障碍。此外，在ASD个体的脑中发现了改变的免疫细胞群体。在ASD脑的皮质中，形成孔隙的紧密连接蛋白增加，且屏障封闭TJ蛋白减少，指示血脑屏障功能改变。在血管周围的血管周围淋巴细胞(CD4+、CD8+ T细胞和B细胞)在ASD个体的皮质中显著增加，指示炎症活动增加。

在一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出减少的屏障保护性SCFA(例如，丁酸盐)产生和/或增加的屏障破坏性酚(例如，4EPS、对甲酚)。在另一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出受损的肠屏障完整性，其可以导致以下一种或更多种：增加的细菌产物和胃肠道代谢物易位，改变的血清代谢物，局部炎症和胃肠道不良应激，以及LPS诱导的IFNγ、IL-6和TNF的活化(导致行为异常)。

在一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出微生物组多样性和组成的差异，和/或MAMP(例如LPS)的表达改变向局部免疫群体发出信号。在另一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出受调节的粘膜免疫组织，其可以导致以下一种或更多种：Treg的粘膜和周围群体以及Th群体向更炎症性特性的变化，IL-17a和其它细胞因子的诱导，局部炎症和胃肠道不良应激，和全身性/神经元炎症和行为异常。

在一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出肠神经系统的微生物刺激。在另一个方面，这里治疗的ASD受试者表现出不适当地刺激的迷走神经，其可以导致以下一种或更多种：迷走神经依赖性的室旁核活性的诱导，缩宫素和其它神经肽的内源性产生，行为调节，对胃肠运动具有影响的肠神经系统的可能调节。

在本公开内容的方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含未培养粪便细菌制品，例如未选择的粪便细菌。在一个方面，细菌混合物包含单一细菌分离物或多种细菌分离物(例如，以细菌混合液的形式)。在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含(i)未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种细菌分离物。这样的细菌混合物可以被称作富集、补充或“掺入”一种或更多种细菌分离物的未培养粪便细菌制品。通过给从健康供体的粪便样品(例如，粪便小生物群)衍生出的未培养粪便细菌制品富集或掺入一种或更多种非病原性细菌分离物，可以生产组合物，其中可以计算和精确地控制一种或更多种特定细菌菌株(即掺入的细菌分离物)的量。不受理论的约束，这是有利的，例如，如果掺入未培养粪便细菌制品中的至少一种细菌分离物对于受试者(例如，患有或易于获得ASD的一种或更多种症状)的治疗而言是重要的或参与所述治疗，但是其自身不足以在受试者中产生增强的或最佳的治疗应答。它们与单一细菌分离物或几种细菌分离物的施用有关的作用依赖于益生菌。与益生菌不同，一种或更多种细菌分离物与未培养粪便细菌制品(即，衍生自健康供体)一起向ASD受试者的施用可以给受试者提供施用的细菌分离物的优点，并组合存在于未培养的微生物的制品中的另外粪便细菌菌株所赋予的多因子益处。例如，这些另外的粪便细菌菌株可以组合以提供必要的环境或相互作用(例如通过一种或更多种释放的因子)，以使细菌分离物能够在受试者中诱导最佳应答，或可以直接在受试者中诱导应答，所述应答与细菌分离物诱导的应答组合和/或协同以治疗受试者(例如，调节宿主细胞产生细胞因子)。因此，在某些方面，包含一种或更多种细菌分离物和未培养粪便细菌制品的混合物的药物组合物在治疗受试者(例如，患有或易于获得ASD的一种或更多种症状)方面可以比包含单独细菌分离物的组合物更有效。

给未培养粪便细菌制品富集、补充或掺入一种或更多种微生物分离物(以产生未培养粪便细菌制品的”掺入”形式)比没有富集、补充或掺入微生物分离物的未培养粪便细菌制品具有许多优点。例如，首先，不受理论的约束，添加到未培养粪便细菌制品中的一种或更多种细菌分离物可能在用于制造未培养粪便细菌制品的供体衍生的粪便中的细菌菌株中不存在，或仅以低相对丰度存在。因此，细菌分离物向未培养粪便细菌制品的添加会增加在施用细菌混合物的患者肠道中的一种或更多种对应的细菌菌株(即，源自一种或更多种掺入的细菌分离物)的相对丰度，从而增加期望的细菌菌株移入患者肠道中的可能性。例如，未培养粪便细菌制品中相对低丰度的细菌菌株(例如，罗伊乳杆菌)可能存在于供体的肠粘膜层或小肠中，并因此通常不会在用于制备未培养粪便细菌制品的供体粪便中以高水平存在。其次，不受理论的约束，掺入的未培养粪便细菌制品还可以缓解供体粪便之间细菌菌株组成的异质性(例如，在不同时间从同一供体收集的粪便之间，或不同供体的粪便之间)。例如，某些细菌菌株在一些供体的粪便中存在或丰富，但在其它供体的粪便中不存在或低丰度(例如，罗伊乳杆菌，参见图1)。这样的问题可以通过给供体衍生的未培养粪便细菌制品补充一种或更多种微生物分离物来解决，所述微生物分离物在供体之间表现出可变水平。第三，不受理论的约束，掺入形式还可以促进或增强重要菌株或功能的冗余。供体衍生的粪便提取物药物产品中菌株的存在并不保证所述菌株在施用给患者时会移入。移入成功可以依赖于多种因素，诸如患者肠道小生物群的生态、药物产品中菌株的丰度以及微生物菌株的遗传学。如果微生物物种与患者肠道中的期望功能相关，则通过在药物产品中共同施用该物种的多种不同菌株，可以增加在治疗期间将该物种/功能引入患者肠道中的可能性。因此，如果特定菌株在药物产品的粪便微生物组分中代表了期望的物种，则在掺入组分中引入该物种的不同菌株可以增加菌株之一移入以赋予期望的功能的可能性。

与使用相同的一种或更多种微生物分离物而没有未培养粪便细菌制品(例如，单一细菌分离物或细菌分离物的联合体)相比，给未培养粪便细菌制品富集、补充或掺入一种或更多种微生物分离物(例如，以使用供体衍生的粪便提取物作为“骨架”以产生掺入形式)也具有许多优点。首先，不受理论的约束，掺入形式能够降低为了治疗患者而施用的分离物联合体的复杂性(即分离物的数目)，而不影响产品质量，这会改善制造时间线并降低成本。第二，不受理论的约束，掺入的组合物可以潜在地改善接受者肠道中的一种或更多种细菌菌株的移入。第三，不受理论的约束，如果肠道细菌预防或治疗障碍的根本作用机制是未知的，那么来自健康供体的整个微生物群落在组合物中包含会确保在预防或治疗机制下的微生物得到代表。

在另一个方面，与包含单独未培养粪便细菌制品的组合物相比，包含一种或更多种细菌分离物和未培养粪便细菌制品的混合物的药物组合物可以更有效地治疗受试者(例如，患有或易于获得ASD的一种或更多种症状)。例如，不受理论的约束，添加到未培养粪便细菌制品中的细菌分离物可能具有在未培养粪便细菌制品中缺乏的活性(即，有效治疗或预防ASD的一种或更多种症状)，例如，由于未培养粪便细菌制品缺乏与所述细菌分离物相同分类学类别的细菌菌株(或缺乏与所述细菌分离物具有高于阈值水平的％遗传同一性的细菌菌株)，或者因为与所述细菌分离物遗传上对应(例如，与所述细菌分离物处于同一分类学类别中)的细菌菌株的丰度低于未培养粪便细菌制品的阈值水平。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品(例如，从健康人供体的粪便小生物群制备)，所述制品缺乏与所述细菌分离物相同分类学类别的细菌菌株。例如，细菌分离物可以是在未培养粪便细菌制品中不存在的门、纲、目、科、属或种。在另一个方面，药物组合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，所述制品缺乏与所述细菌分离物具有100％遗传同一性的细菌菌株(例如，通过对比细菌分离物的16S rRNA序列和未培养粪便细菌制品的细菌菌株的16S rRNA序列之间的遗传同一性，或通过对比全基因组序列之间的遗传同一性来确定)。在另一个方面，药物组合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，所述制品缺乏与所述细菌分离物具有大于80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％遗传同一性的细菌菌株(例如，通过对比细菌分离物的16SrRNA序列和未培养粪便细菌制品的细菌菌株的16SrRNA序列之间的遗传同一性，或通过对比全基因组序列之间的遗传同一性来确定)。

在另一个方面，药物组合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品(例如，从健康人供体的粪便小生物群制备)，所述制品包含与所述细菌分离物相同分类学类别的一种或更多种细菌菌株，但其丰度或相对丰度低于阈值水平。例如，未培养粪便细菌制品可以包含与所述细菌分离物相同门、纲、目、科、属或种的一种或更多种细菌菌株，但其丰度或相对丰度低于阈值水平。在各个方面，与所述细菌分离物具有相同分类学类别的未培养粪便细菌制品的一种或更多种细菌菌株可以低于未培养粪便细菌制品的每单位重量(例如，克)10¹、10²、10³、10⁴、10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹或10¹⁰CFU的阈值丰度。在各个方面，与所述细菌分离物具有相同分类学类别的未培养粪便细菌制品的一种或更多种细菌菌株可以低于未培养粪便细菌制品中0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、12％、14％、15％、16％、18％、20％、22％、24％、25％、26％、28％、30％、35％、40％或50％的阈值相对丰度。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，使得所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度小于所述未培养粪便细菌制品的活细胞的相对丰度(即，如果细菌混合物包含仅一种细菌分离物，则所述细菌混合物的小于50％的活细胞是细菌分离物的细胞)。在一个方面，在包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品的细菌混合物中所述细菌分离物的活细胞的相对丰度小于50％、小于45％、小于40％、小于35％、小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于5％、小于3％或小于1％。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，使得所述细菌混合物中未培养粪便细菌制品的活细胞的相对丰度小于所述细菌分离物的活细胞的相对丰度(即，如果细菌混合物包含仅一种细菌分离物，则所述细菌混合物的小于50％的活细胞是未培养粪便细菌制品的细胞)。在另一个方面，在包含未培养粪便细菌制品和细菌分离物的细菌混合物中所述未培养粪便细菌制品的活细胞的相对丰度小于50％、小于45％、小于40％、小于35％、小于30％、小于25％、小于20％、小于15％、小于10％、小于5％、小于3％或小于1％。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，使得所述未培养粪便细菌制品的活细胞的相对丰度约等于所述细菌分离物的活细胞的相对丰度(即，如果细菌混合物包含仅一种细菌分离物，则所述细菌混合物的约50％的活细胞是细菌分离物的细胞，且所述细菌混合物的约50％的活细胞是未培养粪便细菌制品的细胞)。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含细菌分离物和未培养粪便细菌制品，使得所述细菌分离物的活细胞的相对丰度大于未培养粪便细菌制品中任何细菌菌株、任何细菌种、任何细菌属、任何细菌科、任何细菌目、任何细菌纲或任何细菌门的活细胞的相对丰度。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含至少一种非病原性细菌分离物和/或具有减弱的致病性的细菌分离物。细菌分离物可以分离自任何无生命(例如，土壤)或有生命来源(例如，动物)，包括哺乳动物诸如绵羊、猪、牛、灵长类动物或人。如果从动物分离，则细菌分离物可以衍生自或分离自动物的任何部位诸如器官、流体或分泌物，包括肠道、口腔、奶、唾液或粪便。在另一个方面，细菌分离物衍生自人。在另一个方面，细菌分离物衍生自人的粪便小生物群或肠道小生物群。在一个方面，本文施用的药物组合物包含粪便细菌。在另一个方面，本文施用的药物组合物包含从健康人供体的粪便样品提取、分离和/或培养的一种或更多种细菌分离物。

在某些方面，掺入本文描述的药物组合物中的细菌分离物包含活营养细胞。在某些方面，所述细菌分离物包含能够形成孢子的细菌。在某些方面，所述细菌分离物包含孢子(例如活孢子)形式的细菌。在某些方面，所述细菌分离物包含活营养细胞和孢子形式的细菌。在某些方面，细菌分离物基本上不含有活营养细胞。在某些方面，整个细菌混合液基本上不含有活营养细胞。在某些方面，细菌分离物基本上不含有孢子。在某些方面，整个细菌混合液基本上不含有孢子。

在一个方面，药物组合物可以包括细菌分离物(例如，与未培养粪便细菌制品组合或掺入未培养粪便细菌制品中)，其包含例如乳杆菌属(Lactobacillus)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、链球菌属(Streptococcus)、梭菌属(Clostridium)、柯林斯菌属(Collinsella)、Dorea、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、粪球菌属(Coprococcus)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、拟杆菌属(Bacteroides)、芽胞杆菌属(Baccillus)的种，或其组合。在另一个方面，药物组合物可以包括细菌分离物，所述细菌分离物包含韦荣氏球菌科(Veillonellaceae)、硬壁菌门(Firmicutes)、丙型变形菌门(Gammaproteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)的种，或其组合。在另一个方面，药物组合物可以包含细菌分离物，所述细菌分离物包含细菌孢子。在一个方面，粪便细菌孢子是梭菌属孢子、芽孢杆菌属孢子或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含乳杆菌属种。在一个方面，药物组合物包含一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种或六种或更多种细菌分离物，每种细菌分离物包含乳杆菌属种。可以单独或组合掺入药物组合物中的乳杆菌属种的非限制性例子包括耐酸乳杆菌(L.acetotolerans)、酸面乳杆菌(L.acidifarinae)、酸鱼乳杆菌(L.acidipiscis)、嗜酸乳杆菌(L.acidophilus)、敏捷乳杆菌(L.agilis)、低温乳杆菌(L.algidus)、消化乳杆菌(L.alimentarius)、大蒜乳杆菌(L.allii)、蜂房乳杆菌(L.alvei)、L.alvi、解淀粉乳杆菌(L.amylolyticus)、嗜淀粉乳杆菌(L.amylophilus)、淀粉育乳杆菌(L.amylotrophicus)、食淀粉乳杆菌(L.amylovorus)、动物乳杆菌(L.animalis)、L.animata、胃腔乳杆菌(L.antri)、蜂乳杆菌(L.apinorum)、蜜蜂乳杆菌(L.apis)、L.apodemi、水生乳杆菌(L.aquaticus)、鸟乳杆菌(L.aviarius)、鸟乳杆菌不解棉子糖亚种(L.aviarius subsp.araffinosus)、鸟乳杆菌鸟亚种(L.aviarius subsp.aviarius)、巴克氏乳杆菌(L.backii)、刺竹乳杆菌(L.bambusae)、双发酵乳杆菌(L.bifermentans)、熊蜂乳杆菌(L.bombi)、栖熊蜂乳杆菌(L.bombicola)、黑雁乳杆菌(L.brantae)、短乳杆菌(L.brevis)、短乳杆菌凝聚亚种(L.brevis subsp.coagulans)、短乳杆菌格雷夫斯亚种(L.brevis subsp.gravesensis)、L.brevisimilis、布赫纳乳杆菌(L.buchneri)、可可乳杆菌(L.cacaonum)、茶叶乳杆菌(L.camelliae)、长毛乳杆菌(L.capillatus)、干酪乳杆菌(L.casei)、干酪乳杆菌干酪亚种(L.casei subsp.casei)、L.chiayiensis、类干酪乳杆菌(L.paracasei)、类干酪乳杆菌类干酪亚种(L.paracasei subsp.paracasei)、类干酪乳杆菌忍耐亚种(L.paracaseisubsp.tolerans)、玉米乳杆菌(L.zeae)、L.catenefornis、豚鼠乳杆菌(L.caviae)、啤酒乳杆菌(L.cerevisiae)、鲸乳杆菌(L.ceti)、人阴道乳杆菌(L.coleohominis)、山齿鹑乳杆菌(L.colini)、丘状菌落乳杆菌(L.collinoides)、堆肥乳杆菌(L.composti)、弯曲状乳杆菌(L.concavus)、棒状乳杆菌(L.coryniformis)、棒状乳杆菌棒状亚种(L.coryniformissubsp.coryniformis)、棒状乳杆菌极曲亚种(L.coryniformissubsp.torquens)、卷曲乳杆菌(L.crispatus)、糕点乳杆菌(L.Crustorum)、居里氏乳杆菌(L.curieae)、短小乳杆菌(L.curtus)、弯曲乳杆菌(L.curvatus)、德氏乳杆菌(L.delbrueckii)、德氏乳杆菌保加利亚亚种(L.delbrueckii subsp.bulgaricus)、德氏乳杆菌德氏亚种(L.delbrueckiisubsp.delbrueckii)、德氏乳杆菌印度亚种(L.delbrueckii subsp.indicus)、德氏乳杆菌jakobsenii亚种(L.delbrueckii subsp.jakobsenii)、德氏乳杆菌乳酸亚种(L.delbrueckii subsp.lactis)、德氏乳杆菌酸橘亚种(L.delbrueckii subsp.sunkii)、糊精乳杆菌(L.dextrinicus)、噬二醇乳杆菌(L.diolivorans)、马乳杆菌(L.equi)、赛马乳杆菌(L.equicursoris)、良马乳杆菌(L.equigenerosi)、发酵可可豆乳杆菌(L.fabifermentans)、粪乳杆菌(L.faecis)、L.faeni、香肠乳杆菌(L.farciminis)、酒糟乳杆菌(L.farraginis)、发酵乳杆菌(L.fermentum)、栖花乳杆菌(L.floricola)、花乳杆菌(L.florum)、福尔摩沙乳杆菌(L.formosensis)、后穹窿乳杆菌(L.fornicalis)、L.fructivorans(L.fructivorans)、谷物乳杆菌(L.frumenti)、府中乳杆菌(L.fuchuensis)、栖米糠乳杆菌(L.furfuricola)、福菜乳杆菌(L.futsaii)、鸡乳杆菌(L.gallinarum)、加氏乳杆菌(L.gasseri)、胃乳杆菌(L.gastricus)、加纳乳杆菌(L.ghanensis)、鸡胗乳杆菌(L.gigeriorum)、L.ginsenosidimutans、大猩猩乳杆菌(L.gorillae)、草乳杆菌(L.graminis)、贵州乳杆菌(L.guizhouensis)、嗜盐乳杆菌(L.halophilus)、汉姆斯氏乳杆菌(L.hammesii)、哈氏乳杆菌(L.hamsteri)、哈尔滨乳杆菌(L.harbinensis)、早来乳杆菌(L.hayakitensis)、黑龙江乳杆菌(L.heilongjiangensis)、赫尔辛堡乳杆菌(L.helsingborgensis)、瑞士乳杆菌(L.helveticus)、瑞士乳杆菌jugurti亚种(L.helveticus subsp.jugurti)、草本乳杆菌(L.herbarum)、异型腐酒乳杆菌(L.heterohiochii)、L.hilgardi、北海道乳杆菌(L.hokkaidonensis)、人乳杆菌(L.hominis)、同型腐酒乳杆菌(L.homohiochii)、大麦乳杆菌(L.hordei)、L.iatae、惰性乳杆菌(L.iners)、嗉囊乳杆菌(L.ingluviei)、昆虫乳杆菌(L.insectis)、肉馅乳杆菌(L.insicii)、中间型乳杆菌(L.intermedius)、肠乳杆菌(L.intestinalis)、岩手乳杆菌(L.iwatensis)、龙船花乳杆菌(L.ixorae)、日本乳杆菌(L.japonicus)、詹氏乳杆菌(L.jensenii)、约汉逊氏乳杆菌(L.johnsonii)、卡利克斯乳杆菌(L.kalixensis)、产开菲尔多糖乳杆菌(L.kefiranofacien)、产开菲尔多糖乳杆菌kefiranofaciens亚种(L.kefiranofaciens subsp.kefirahofaciens)、产开菲尔多糖乳杆菌kefirgranum亚种(L.kefiranofaciens subsp.kefirgranum)、高加索酸奶乳杆菌(L.kefiri)、欣布拉德氏乳杆菌(L.kimbladii)、泡菜乳杆菌(L.kimchicus)、栖泡菜乳杆菌(L.kimchiensis)、木曾乳杆菌(L.kisonensis)、北里氏乳杆菌(L.kitasatonis)、韩国乳杆菌(L.koreensis)、L.kosoi、库拉堡乳杆菌(L.kullabergensis)、昆基氏乳杆菌(L.kunkeei)、L.larvae、赖氏乳杆菌(L.leichmannii)、L.letivazi、林氏乳杆菌(L.lindneri)、坏发酵乳杆菌(L.malefermentans)、马里乳杆菌(L.mali)、噬木薯杆菌(L.manihotivorans)、产蜜者乳杆菌(L.mellifer)、蜂蜜乳杆菌(L.mellis)、蜜蜂胃乳杆菌(L.melliventris)、姬螽乳杆菌(L.metriopterae)、米切纳氏乳杆菌(L.micheneri)、明登乳杆菌(L.mindensis)、混料乳杆菌(L.mixtipabuli)、运动乳杆菌(L.mobilis)、中度奶盐乳杆菌(L.modestisalitolerans)、粘膜乳杆菌(L.mucosae)、牡丹江乳杆菌(L.mudanjiangensis)、鼠乳杆菌(L.murinus)、香蕉乳杆菌(L.musae)、纳格尔氏乳杆菌(L.nagelii)、那慕尔乳杆菌(L.namurensis)、南斯乳杆菌(L.nantensis)、那须乳杆菌(L.nasuensis)、嫩江乳杆菌(L.nenjiangensis)、野田乳杆菌(L.nodensis)、L.nuruki、臭豆腐乳杆菌(L.odoratitofui)、酒乳杆菌(L.oeni)、寡发酵乳杆菌(L.oligofermentans)、口乳杆菌(L.oris)、水稻乳杆菌(L.oryzae)、大泷乳杆菌(L.otakiensis)、尾濑乳杆菌(L.ozensis)、面包乳杆菌(L.panis)、蜂粮乳杆菌(L.panisapium)、黑豹乳杆菌(L.pantheris)、副短乳杆菌(L.parabrevis)、类布氏乳杆菌(L.parabuchneri)、类干酪乳杆菌(L.paracollinoides)、副酒糟乳杆菌(L.parafarraginis)、L.paragasseri、类高加索酸奶乳杆菌(L.parakefiri)、副消化乳杆菌(L.paralimentarius)、副植物乳杆菌(L.paraplantarum)、巴氏乳杆菌(L.pasteurii)、寡食乳酸杆菌(L.paucivorans)、嗜戊糖乳杆菌(L.pentosiphilus)、戊糖乳杆菌(L.pentosus)、恶臭乳杆菌(L.perolens)、鱼酱乳杆菌(L.plajomi)、植物乳杆菌(L.plantarum)、植物乳杆菌argentoratensis亚种(L.plantarum subsp.argentoratensis)、植物乳杆菌植物亚种(L.plantarumsubsp.plantarum)、破布木乳杆菌(L.pobuzihii)、桥乳杆菌(L.pontis)、L.porci、猪肉乳杆菌(L.porcinae)、鹦鹉乳杆菌(L.psittaci)、魁氏乳杆菌(L.quenuiae)、L.raoultii、芜青乳酸菌(L.rapi)、L.rennanquilfy、凝乳酶乳杆菌(L.rennini)、罗伊乳杆菌(L.reuteri)、鼠李糖乳杆菌(L.rhamnosus)、野鼠乳杆菌(L.rodentium)、罗氏乳杆菌(L.rogosae)、西氏乳杆菌(L.rossiae)、瘤胃乳杆菌(L.ruminis)、神话猪乳杆菌(L.saerimneri)、清酒乳杆菌(L.sakei)、清酒乳杆菌carnosus亚种(L.sakeisubsp.carnosus)、清酒乳杆菌sakei亚种(L.sakei subsp.sakei)、唾液乳杆菌(L.salivarius)、旧金山乳杆菌(L.sanfranciscensis)、健男乳杆菌(L.saniviri)、萨摩乳杆菌(L.satsumensis)、嗜黑麦乳杆菌(L.secaliphilus)、雪兰莪乳杆菌(L.selangorensis)、老人乳杆菌(L.senioris)、同本泡菜乳杆菌(L.senmaizukei)、沙氏乳杆菌(L.sharpeae)、深圳乳杆菌(L.shenzhenensis)、苹果汁乳杆菌(L.sicerae)、青贮饲料乳酸菌(L.silage)、栖青贮饲料乳杆菌(L.silagincola)、精面粉乳杆菌(L.siliginis)、相似乳杆菌(L.similis)、松花江乳杆菌(L.songhuajiangensis)、施皮歇尔氏乳杆菌(L.spicheri)、栖树汁乳杆菌(L.sucicola)、猪双臼乳杆菌(L.suebicus)、酸橘乳杆菌(L.sunkii)、台湾乳杆菌(L.taiwanensis)、L.terrae、泰国乳杆菌(L.thailandensis)、汀布莱克氏乳杆菌(L.timberlakei)、L.timonensis、腊肠乳杆菌(L.tucceti)、乌尔蒂纳乳杆菌(L.ultunensis)、葡萄乳杆菌(L.uvarum)、牛痘乳杆菌(L.vacctnostercus)、阴道乳杆菌(L.vaginalis)、L.vermiforme、费尔斯莫尔德乳杆菌(L.versmoldensis)、胡峰乳杆菌(L.vespulae)、葡萄酒乳杆菌(L.vini)、瓦萨奇乳杆菌(L.wasatchensis)、香坊乳杆菌(L.xiangfangensis)、龙仁乳杆菌(L.yongmensis)、酸面团乳杆菌(L.zymae)、或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含罗伊乳杆菌。可以掺入本文描述的药物组合物中的非限制性的和示例性的罗伊乳杆菌细菌分离物包括ATCCPTA 6475、DSM 17938、ATCC 55730、ATCC PTA 5289、DSM12246、RC-

(CHR Hansen)或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含植物乳杆菌。可以掺入本文描述的药物组合物中的植物乳杆菌细菌分离物的非限制性例子包括WCFS1、ATCCBAA-793、ATCC BAA-2838、ATCC 10241、ATCC 10012、ATCC 8014或其组合。在另一个方面，植物乳杆菌细菌分离物是植物乳杆菌植物亚种PS128。在另一个方面，植物乳杆菌细菌分离物是DSMZ登记号DSM 28632(参见US20150306157A1)。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含鼠李糖乳杆菌。可以掺入本文描述的药物组合物中的鼠李糖乳杆菌细菌分离物的非限制性例子包括ATCC7469、ATCC 53103、ATCC 9595、19070-2或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含嗜酸乳杆菌。可以掺入本文描述的药物组合物中的嗜酸乳杆菌细菌分离物的非限制性例子包括ATCC 4356、ATCC 53671或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含德氏乳杆菌保加利亚亚种。可以掺入本文描述的药物组合物中的德氏乳杆菌保加利亚亚种细菌分离物的非限制性例子包括ATCC11842、ATCC BAA-365及其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含类干酪乳杆菌。可以掺入本文描述的药物组合物中的类干酪乳杆菌细菌分离物的非限制性例子包括ATCC25302、ATCC 11578、ATCC 27216、ATCC25598或其组合。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含双歧杆菌属种。在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)(例如，UCD272、ATCC 15707、ATCC BAA-2753或其组合)。在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含长双歧杆菌婴儿亚种(例如，ATCC15697)。在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含短双歧杆菌(Bifidobacterium breve)(例如，ATCC 15700、ATCC 15698、ATCC 15701或其组合)。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含链球菌属种。在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含唾液链球菌嗜热亚种(Streptococcus salivarius，subsp.thermophilus)(例如，ATCC 19258、ATCC BAA-491、ATCC 14485或其组合)。

在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含拟杆菌属种。在一个方面，药物组合物包含细菌分离物，所述细菌分离物包含脆弱拟杆菌(Bacteroidesfragilis)(例如，ATCC 25285或ATCC 23745)。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含以上细菌分离物或细菌菌株中的两种或更多种。例如，在一个方面，药物组合物可以包含：与包含鼠李糖乳杆菌(例如，19070-2)的细菌分离物组合的包含罗伊乳杆菌(例如，DSM 12246)的细菌分离物。在一个方面，药物组合物可以包含两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种或八种细菌分离物，每种细菌分离物包含嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、短双歧杆菌、长双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种、嗜酸乳杆菌、植物乳杆菌、类干酪乳杆菌或德氏乳杆菌保加利亚亚种之一。在一个方面，药物组合物可以包含细菌混合液形式的多种细菌分离物和/或益生菌。可以被包含在药物组合物中的细菌混合液的一个例子是

在一个方面，掺入本文描述的药物组合物中的细菌分离物是一种益生菌或益生菌中的一种成分。在一个方面，多个掺入本文描述的药物组合物中的细菌分离物是多种益生菌或益生菌中的多种成分。在一个方面，一种或更多种细菌分离物在掺入药物组合物中时呈益生菌的形式。

在本公开内容的方面，药物组合物可以包含细菌混合物，所述细菌混合物包含多种细菌分离物(例如作为细菌混合液)。在本公开内容的方面，所述细菌混合物可以包含至少两种细菌分离物、至少三种细菌分离物、至少四种细菌分离物、至少五种细菌分离物、至少六种细菌分离物、至少七种细菌分离物、至少八种细菌分离物、至少九种细菌分离物、至少十种细菌分离物或更大数目的细菌分离物，例如，十五种、二十种、二十五种、三十种或更多种细菌分离物。

在各个方面，药物组合物包含一种或更多种能够在给受试者施用该组合物后移入受试者胃肠道中的细菌分离物。本文中的“移入”表示细菌菌株或细菌分离物的细胞在受试者的肠道中随时间稳定存在(例如，在通过施用(例如，口服地或直肠地)本文描述的组合物将细菌菌株或分离物引入受试者的肠道以后)。通常，通过对比给受试者施用细菌分离物之前和之后受试者的粪便样品中细菌分离物的丰度，纵向地或随时间测量被引入(例如通过口服和/或直肠施用)受试者肠道中的细菌分离物的移入。在一个方面，引入受试者肠道中的细菌分离物在施用之前不存在。在另一个方面，引入受试者肠道中的细菌分离物在施用之前存在于肠道中，但在施用之后丰度增加。在某些方面，通过在给受试者施用细菌菌株之后至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少7天、至少8天、至少9天、至少10天、至少11天、至少12天、至少13天、至少14天、至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周、至少1个月、至少2个月、至少3个月、至少4个月、至少5个月、至少6个月或大于6个月后鉴定施用至受试者肠道的细菌菌株的丰度增加来确定移入。

在本公开内容的方面，当以或高于阈值剂量给受试者施用细菌分离物时，发生细菌分离物在受试者肠道中的移入。在本公开内容的方面，当将低于阈值剂量的细菌分离物施用给受试者时，细菌分离物在受试者肠道中的移入不会发生，或以相对低效的方式发生(例如，在患者之间)。例如，当以至少10⁶个细胞、至少10⁷个细胞、至少10⁸个细胞、至少10⁹个细胞、至少10¹⁰个细胞、至少10¹¹个细胞或至少10¹²个细胞的剂量给受试者施用细菌分离物(例如，口服地或直肠地在本文描述的药物组合物中)时，细菌分离物在受试者肠道中的移入可以发生。

在本公开内容的方面，当以或低于阈值剂量给受试者施用细菌分离物时，发生细菌分离物在受试者肠道中的移入。在一个方面，当将高于阈值剂量的细菌分离物施用给受试者时，细菌分离物在受试者肠道中的移入不会发生，或以相对低效的方式发生(例如，在患者之间)。例如，当以不超过10⁸个细胞、不超过10⁹个细胞、不超过10¹⁰个细胞、不超过10¹¹个细胞或不超过10¹²个细胞的剂量给受试者施用细菌分离物(例如，口服地或直肠地在本文描述的药物组合物中)时，细菌分离物在受试者肠道中的移入可以发生。

在一个方面，给有此需要的患者的一种或更多种细菌分离物的剂量可以依赖于细菌分离物的移入阈值。

在一个方面，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离物移入受试者的十二指肠。在一个方面，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离物移入受试者的空肠。在一个方面，施周给受试者的药物组合物中的细菌分离物移入受试者的回肠。在一个方面，施用给受试者的药物组合物中的细菌分离物移入受试者的结肠。

在某些方面，细菌分离物是非病原性细菌菌株。在一个方面，非病原性细菌菌株包含包含缺乏导致毒力和/或毒性的基因或其表达的基因组。例如，在某些方面，包含一种或更多种细菌分离物的细菌混合液基本上不含有能够在施用所述细菌混合液的受试者中引起疾病或障碍的生物体或实体(例如，基本上不含有病原性细菌)。

在一个方面，细菌分离物可以得自最初从健康人供体的粪便样品获得的细菌菌株的实验室储备物或细菌细胞库。例如，粪便小生物群(例如，使用本文所述的方法从粪便样品中纯化)可以用作掺入本文描述的药物组合物中的细菌分离物的来源。在某些方面，将粪便样品的粪便小生物群的全部或部分在固体培养基基质上培养，并且将一种或更多种细菌分离物鉴定为单个菌落。在其它方面，可以将粪便小生物群的全部或部分接种到液体培养物中以产生混合的细菌培养物，然后将其连续稀释以产生含有细菌分离物的单个细胞的培养物。在一个方面，然后可以将鉴定的细菌分离物使用已知技术培养(例如，在固体或液体培养基中)并扩增。分离、纯化和/或培养细菌菌株的方法描述于Sadowsky等人，WO 2012/122478和描述于Borody等人，WO 2012/016287，它们中的每一篇通过引用并入本文。

在一个方面，本文描述的细菌混合物调节真核细胞(例如为了治疗ASD而施用细菌混合物的哺乳动物的细胞)的细胞因子产生或释放。本文中的“真核细胞”表示在施用本文所述组合物的受试者体内“原位”定位的细胞(例如肠细胞)，以及在生物体外(例如在培养基中)生长或“离体”生长的细胞。

在一个方面，本文描述的细菌混合物一旦施用给受试者，可以调节受试者细胞(在本文中被称作“宿主细胞”)中细胞因子的产生。在实施方案中，细菌混合物中的细菌调节受试者宿主细胞的细胞因子产生和/或分泌，其中所述细胞因子倾向于对受试者的组织(例如，肠组织)发挥抗炎作用。可以响应于在本文所述组合物中施用的细菌(例如细菌分离物)的存在而从宿主细胞产生和/或分泌的这样的抗炎细胞因子的例子包括IL-10、IL-13、IL-4、IL-5、TGF-β、GM-CSF及其组合。在其它实施方案中，在本文所述组合物中施用的细菌混合物抑制受试者宿主细胞的细胞因子产生和/或分泌，其中所述细胞因子倾向于对受试者的组织(例如，肠组织)发挥促炎作用。这样的促炎细胞因子的例子包括IFNγ、IL-12p70、IL-1(例如，IL-1α、IL-1β)、IL-6、IL-8、IL-12、IL-17、IL-18、IL-23、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα、TNF-γ及其组合。通过提供含有可以诱导宿主细胞产生或分泌抗炎细胞因子和/或抑制宿主细胞产生和/或分泌促炎细胞因子的细菌混合物的组合物，本文所述组合物可以治疗、缓解、抑制和/或预防与孤独症相关的炎症。在本文中，能够调节宿主细胞的细胞因子产生和/或分泌的细菌混合物或细菌分离物被称作“免疫调节性的”。

在实施方案中，细菌混合物可以直接地和/或间接地调节施用药物组合物的受试者的细胞中细胞因子的产生和/或释放。在一个实施方案中，通过例如细菌混合物中的细菌分泌的或在细菌表面上展示的微生物相关分子模式(MAMPS)，免疫调节性的细菌(例如细菌分离物)可以直接作用于受试者的宿主细胞。这样的MAMPS在宿主对特定细菌物种的免疫应答中起主要作用。MAMPS由与细菌接触的大多数宿主细胞类型上表达的模式识别受体(PRR)感知。本文描述的细菌混合物中的细菌MAMPS的例子包括未甲基化的2-脱氧核糖(胞苷-磷酸-鸟嘌呤)(CpG)二核苷酸、细菌肽聚糖、细菌脂多糖(LPS，其与共受体MD-2、CD14和LPB相互作用以促进与TLR-4的高亲和力结合和随后的宿主细胞活化)，细菌脂蛋白(LP)、脂磷壁酸、鞭毛蛋白、膜囊泡和表多糖。可以通过与MAMPS的相互作用介导细胞因子产生的调节的由肠道宿主细胞和常驻肠道免疫细胞表达的PRR的例子包括Toll-样受体(TLR)、核苷酸结合寡聚化结构域(Nod)、NOD样受体和C-型凝集素。肠道细胞PRR和微生物配体的相互作用触发了与维持免疫耐受和肠健康所需的先天性和适应性免疫系统相关的信号传递途径。

在另一个实施方案中，通过例如分泌调节受试者宿主细胞的活性的代谢物，例如通过诱导细胞表达细胞因子，免疫调节性细菌可以间接作用于施用药物组合物的受试者的细胞(例如，免疫细胞)。

其细胞因子的产生和/或释放可以由本文描述的细菌混合物调节的宿主细胞的例子包括肠细胞、上皮细胞、肠粘膜细胞、肠上皮细胞、肠固有层细胞、内皮细胞、成纤维细胞、间质细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肥大细胞和外周血单核细胞(PBMC)。

在另一个实施方案中，当将细菌分离物与真核细胞共培养时，本文描述的细菌混合物可以通过位于培养基中或在培养基中生长的真核细胞(例如PBMC)调节细胞因子产生和/或释放(例如，增加细胞因子产生)。

在一个方面，给受试者施用包含一种或更多种细菌分离物(例如乳杆菌属分离物)和未培养粪便细菌制品的组合的细菌混合物以调节细胞因子产生(例如通过增加抗炎细胞因子的水平或降低促炎细胞因子的水平)。在实施方案中，与由单独未培养粪便细菌或细菌分离物的施用产生的调节相比，包含细菌分离物与未培养粪便细菌制品的组合的细菌混合物的施用在更大程度上调节真核细胞产生的细胞因子水平。

在某些实施方案中，本文描述的细菌分离物可以诱导抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-10的水平相对于对照菌株的水平增加时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-12的水平相对于对照菌株的水平降低时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的GM-CSF的水平相对于对照菌株的水平增加时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IFN-γ的水平相对于对照菌株的水平降低时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的TNF-α的水平相对于对照菌株的水平降低时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-23的水平相对于对照菌株的水平降低时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-12的水平相对于对照菌株的水平降低时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-10：IL-12比率相对于对照菌株的水平增加时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。在一个实施方案中，当它产生的IL-10∶TNF-α比率相对于对照菌株的水平增加时，细菌分离物表现出抗炎细胞因子谱。

在一个方面，药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含未培养粪便细菌的制品，例如粪便或其部分(例如，来自健康人供体)的未选择的粪便细菌和/或基本完整粪便小生物群的制品。本文中的术语“基本完整粪便小生物群”表示未培养粪便细菌制品，其包含来自从中提取粪便小生物群的粪便中的活细菌细胞所代表的所有的或基本上所有的细菌分类群的活细菌细胞。在一个方面，来自基本完整粪便小生物群中至少两个分类群的活细菌细胞的相对丰度与从中提取粪便小生物群的粪便中那些分类群的活细胞的相对丰度成正比。在一个方面，所述细菌混合物进一步包含一种或更多种细菌分离物。在一个方面，所述细菌混合物不包含细菌分离物。

在一个方面，未培养粪便细菌制品包含来自粪便样品的供体的整个或基本完整粪便小生物群。在一个方面，未培养粪便细菌制品包含非选择性的粪便小生物群。在另一个方面，未培养粪便细菌制品包含活的非病原性粪便细菌的分离的或纯化的群体或群落。在另一个方面，未培养粪便细菌制品包含来自单个供体的非选择性的和基本完整粪便小生物群制品。在另一个方面，本文使用的药物组合物包含活的、非病原性的、细菌分离物和活的、非病原性的、纯化的或提取的、未培养粪便细菌制品的混合物。

在一个方面，未培养粪便细菌制品的制备包含选自以下的处理：乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐照和声处理。在另一个方面，未培养粪便细菌制品的制备不包含选自以下的处理：乙醇处理、去污剂处理、热处理、辐照和声处理。在一个方面，未培养粪便细菌制品的制备包含选自以下的分离步骤：密度梯度、过滤(例如，筛子、尼龙网)和色谱法。在另一个方面，未培养粪便细菌制品的制备不包含选自以下的分离步骤：密度梯度、过滤(例如，筛子、尼龙网)和色谱法。在另一个方面，未培养粪便细菌制品包含来自受试者粪便样品的完整的或基本上完整的粪便小生物群。在另一个方面，本文施用的药物组合物包含基本上不含有供体真核细胞的粪便小生物群。

在一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含未培养粪便细菌制品，所述制品包含大于或等于0.3、大于或等于0.4、大于或等于0.5、大于或等于0.6、大于或等于0.7、大于或等于0.8、大于或等于0.9、大于或等于1.0、大于或等于1.1、大于或等于1.2、大于或等于1.3、大于或等于1.4、大于或等于1.5、大于或等于1.6、大于或等于1.7、大于或等于1.8、大于或等于1.9、大于或等于2.0、大于或等于2.1、大于或等于2.2、大于或等于2.3、大于或等于2.4、大于或等于2.5、大于或等于3.0、大于或等于3.1、大于或等于3.2、大于或等于3.3、大于或等于3.4、大于或等于3.5、大于或等于3.6、大于或等于3.7、大于或等于3.8、大于或等于3.9、大于或等于4.0、大于或等于4.1、大于或等于4.2、大于或等于4.3、大于或等于4.4、大于或等于4.5或大于或等于5.0的Shannon多样性指数。在另一个方面，药物组合物包含粪便小生物群，其包含0.1至3.0之间、0.1至2.5之间、0.1至2.4之间、0.1至2.3之间、0.1至2.2之间、0.1至2.1之间、0.1至2.0之间、0.4至2.5之间、0.4至3.0之间、0.5至5.0之间、0.7至5.0之间、0.9至5.0之间、1.1至5.0之间、1.3至5.0之间、1.5至5.0之间、1.7至5.0之间、1.9至5.0之间、2.1至5.0之间、2.3至5.0之间、2.5至5.0之间、2.7至5.0之间、2.9至5.0之间、3.1至5.0之间、3.3至5.0之间、3.5至5.0之间、3.7至5.0之间、31.9至5.0、或4.1至5.0之间的Shannon多样性指数。在一个方面，在门水平计算Shannon多样性指数。在另一个方面，在科水平计算Shannon多样性指数。在一个方面，在属水平计算Shannon多样性指数。在另一个方面，在种水平计算Shannon多样性指数。在另一个方面，药物组合物包含类似于正常健康人粪便菌群的比例含量的菌群制品。

在另一个方面，药物组合物包含来自至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10个不同科的粪便细菌。在另外一个方面，药物组合物包含来自至少11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个不同科的粪便细菌。在再一个方面，药物组合物包含来自至少21、22、23、24、25、26、27、28、29或30个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自至少31、32、33、34、35、36、37、38、39或40个不同科的粪便细菌。在另外一个方面，药物组合物包含来自至少41、42、43、44、45、46、47、48、49或50个不同科的粪便细菌。在另一个方面，药物组合物包含来自1至10之间、10至20之间、20至30之间、30至40之间、40至50之间个不同科的粪便细菌。在一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含未培养粪便细菌制品，所述制品包含不大于0.05％、0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％或10％的无生命材料重量/生物学材料重量。在另一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含未培养的粪便小生物群，其包含不大于20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％的无生命材料重量/生物学材料重量。在另一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含粪便样品的无生命材料颗粒和/或生物学材料颗粒，由其组成或基本上由其组成，所述颗粒穿过具有2.0mm、1.0mm、0.5mm、0.33mm、0.25mm、0.212mm、0.180mm、0.150mm、0.125mm、0.106mm、0.090mm、0.075mm、0.063mm、0.053mm、0.045mm、0.038mm、0.032mm、0.025mm、0.020mm、0.01mm或0.002mm的筛网、排除或颗粒过滤尺寸的筛子、柱或类似过滤装置。“无生命材料”不包括添加到处理过的粪便材料中的赋形剂，例如，药学上无活性的物质，诸如冷冻保护剂。“生物学材料”表示在粪便材料中的活材料，且包括微生物，包括原核细胞，诸如细菌和古细菌(例如，活原核细胞和孢子，所述孢子可以形成孢子以成为活原核细胞)，真核细胞诸如原生动物和真菌，和病毒。在一个方面，“生物学材料”表示存在于正常健康人的结肠中的活材料，例如，微生物、真核细胞和病毒。在一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含人粪便的提取物，其中所述组合物是基本上无臭的。在一个方面，本文提供或施用的药物组合物包含在低压冻干的、粗制的、半纯化的或纯化的制剂中的粪便材料或粪便菌群制品。

在一个方面，在药物组合物中包含的未培养粪便细菌制品包含高度精制的或纯化的粪便菌群，例如，基本上不含有非菌群粪便材料。在一个方面，可以进一步加工从供体收获的未培养的粪便小生物群(包含未培养粪便细菌制品)，例如，在筛分之前、之后、或之前和之后进行微滤。在另一个方面，对高度纯化的粪便小生物群产品进行超滤以除去大分子，但保留治疗性微生物菌群，例如，细菌。

在另一个方面，本文使用的药物组合物中的未培养粪便细菌制品包含基本上分离的或纯化的粪便菌群或完整的(或基本上完整的)小生物群，或基本上由其组成，其为(或包含)具有至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.5％、99.6％、99.7％、99.8％或99.9％分离度或纯度的粪便菌群的分离物，或具有不超过约0.1％、0.2％、0.3％、0.4％、0.5％、0.6％、0.7％、0.8％、0.9％或1.0％或更大的非粪便菌群材料；或者，在以下文献中描述的基本上分离的、纯化的或基本上完整的小生物群：Sadowsky等人，WO 2012/122478 A1，或Borody等人，WO 2012/016287 A2。

在一个方面，在药物组合物中包含的未培养粪便细菌制品包含供体的基本上完整的或未选择的粪便小生物群。在另一个方面，药物组合物中的粪便小生物群不包含抗生素抗性的群体。在另一个方面，药物组合物包含未培养的粪便小生物群并且在较大程度上不含外来物质(例如，无生命物质，包括无细胞物质诸如残余纤维、DNA、RNA、病毒外壳材料，非存活物质；和活物质，诸如来自粪便物供体的真核细胞)。

在一个方面，在药物组合物中包含的未培养粪便细菌制品衍生自人供体的筛查过疾病的粪便样品。在一个方面，粪便样品不包括抗生素抗性的群体。例如，组合物可以包含活菌群的制品，其含量可以成比例，类似于正常健康人粪便菌群，其不包括抗生素抗性的群体。

在一个方面，本文中描述和使用的未培养粪便细菌制品包含一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自以下的活粪便微生物：氨基酸球菌属(Acidaminococcus)、阿克曼氏菌(Akkermansia)、另枝菌属(Alistipes)、Anaerotruncus、拟杆菌属(Bacteroides)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、梭菌属(Clostridium)、柯林斯菌属(Collinsella)、粪球菌属(Coprococcus)、棒杆菌属(Corynebacterium)、Dorea、肠球菌属(Enterococcus)、埃希氏菌属(Escherichia)、真杆菌属(Eubacterium)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、嗜血菌属(Haemophilus)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、乳杆菌属(Lactobacillus)、莫拉菌属(Moraxella)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、Raoultella、罗氏菌属(Roseburia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、链球菌属(Streptococcus)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)和韦荣氏球菌属(Veillonella)。在一个方面，粪便小生物群制品包含一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自以下的活粪便微生物：脆弱拟杆菌普通型亚种(Bacteroides fragilis ssp.vulgatus)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、脆弱拟杆菌多形类杆菌亚种(Bacteroidesfragilis ssp.thetaiotaomicron)、产生消化链球菌II(Peptostreptococcus productusII)、狄氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、普氏栖粪杆菌(Faecalibacteriumprausnitzii)、规则粪球菌(Coprococcus eutactus)、产生消化链球菌I(Peptostreptococcus productus I)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcus bromii)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、甲酸芽殖菌(Gemmiger formicilis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、脆弱拟杆菌A型亚种(Bacteroides fragilis ssp.A)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、伴生粪球菌(Coprococcus comes)、假毛藓菌(Pseudoflavoniffactor capillosus)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、产甲酸多尔氏菌(Doreaformicigenerans)、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、凸腹真杆菌I(Eubacterium ventriosum I)、拉氏梭杆菌(Fusobacterium russi)、卵瘤胃球菌(Ruminococcus obeum)、直肠真杆菌(Eubacteriumrectale)、多枝梭菌(Clostridium ramosum)、赖氏乳杆菌(Lactobacillus leichmannii)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcus callidus)、穗状丁酸弧菌(Butyrivibrio crossotus)、发酵氨基酸球菌(Acidaminococcus fermentans)、凸腹真杆菌(Eubacterium ventriosum)、脆弱拟杆菌脆弱亚种(Bacteroides fragilis ssp.fragilis)、尖锐粪球菌(Coprococcuscatus)、海德氏需氧棒状菌(Aerostipes hadrus)、柱状真杆菌(Eubacteriumcylindroides)、啮齿真杆菌(Eubacterium ruminantium)、表皮葡萄球菌(Staphylococcusepidermidis)、产粘真杆菌(Eubacterium limosum)、极尖组织菌(Tissirella praeacuta)、死亡梭杆菌I(Fusobacterium mortiferum I)、舟形梭杆菌(Fusobacterium naviforme)、无害梭菌(Clostridium innocuum)、多枝梭菌(Clostridiumramosum)、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、生黄瘤胃球菌(Ruminococcusflavefaciens)、脆弱拟杆菌卵形亚种(Bacteroides fragilis ssp.ovatus)、具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、大肠杆菌(Escherichia coli)、麻疹孪生球菌(Gemella morbillorum)、大芬戈尔德菌(Finegoldiamagnus)、中间链球菌(Streptococcus intermedius)、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcuslactaris)、纤细真杆菌(Eubacterium tenue)、细枝真杆菌(Eubacterium ramulus)、梭形拟杆菌梭形亚种(Bacteroides clostridiiformis ssp.clostridliformis)、凝固拟杆菌(Bacteroides coagulans)、口腔普雷沃氏菌(Prevotella oralis)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotella ruminicola)、内脏臭气杆菌(Odoribacter splanchnicus)和惰性脱硫单胞菌(Desuifomonas pigra)。

在一个方面，这里描述和使用的粪便小生物群制品缺乏或基本上不具有一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自以下的活粪便微生物：氨基酸球菌属(Acidaminococcus)、阿克曼氏菌(Akkermansia)、另枝菌属(Alistipes)、Anaerotruncus、拟杆菌属(Bacteroides)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、布劳特氏菌属(Blautia)、丁酸弧菌属(Butyrivibrio)、梭菌属(Clostridium)、柯林斯菌属(Collinsella)、粪球菌属(Coprococcus)、棒杆菌属(Corynebacterium)、Dorea、肠球菌属(Enterococcus)、埃希氏菌属(Escherichia)、真杆菌属(Eubacterium)、栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、嗜血菌属(Haemophilus)、霍尔德曼氏菌属(Holdemania)、乳杆菌属(Lactobacillus)、莫拉菌属(Moraxella)、副拟杆菌属(Parabacteroides)、普雷沃氏菌属(Prevotella)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)、Raoultella、罗氏菌属(Roseburia)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、链球菌属(Streptococcus)、罕见小球菌属(Subdoligranulum)和韦荣氏球菌属(Veillonella)。在一个方面，粪便小生物群制品缺乏或基本上不具有一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种或五种或更多种选自以下的活粪便微生物：脆弱拟杆菌普通型亚种(Bacteroides fragilisssp.vulgatus)、产气柯林斯菌(Collinsella aerofaciens)、脆弱拟杆菌多形类杆菌亚种(Bacteroides fragilis ssp.thetaiotaomicron)、产生消化链球菌II(Peptostreptococcus productus II)、狄氏副拟杆菌(Parabacteroides distasonis)、普氏栖粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)、规则粪球菌(Coprococcus eutactus)、产生消化链球菌I(Peptostreptococcus productus I)、布氏瘤胃球菌(Ruminococcusbromii)、青春双歧杆菌(Bifidobacterium adolescentis)、甲酸芽殖菌(Gemmigerformicilis)、长双歧杆菌(Bifidobacterium longum)、惰性真杆菌(Eubacteriumsiraeum)、扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、挑剔真杆菌(Eubacterium eligens)、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、脆弱拟杆菌A型亚种(Bacteroides fragilis ssp.A)、两形真杆菌(Eubacterium biforme)、婴儿双歧杆菌(Bifidobacterium infantis)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、伴生粪球菌(Coprococcus comes)、假毛藓菌(Pseudoflavonifractor capillosus)、白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)、产甲酸多尔氏菌(Doreaformicigenerans)、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、凸腹真杆菌I(Eubacterium ventriosum I)、拉氏梭杆菌(Fusobacterium russi)、卵瘤胃球菌(Ruminococcus obeum)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、多枝梭菌(Clostridiumramosum)、赖氏乳杆菌(Lactobacillus leichmannii)、伶俐瘤胃球菌(Ruminococcuscallidus)、穗状丁酸弧菌(Butyrivibrio crossotus)、发酵氨基酸球菌(Acidaminococcusfermentans)、凸腹真杆菌(Eubacterium ventriosum)、脆弱拟杆菌脆弱亚种(Bacteroidesfragilis ssp.fragilis)、尖锐粪球菌(Coprococcus catus)、海德氏需氧棒状菌(Aerostipes hadrus)、柱状真杆菌(Eubacterium cylindroides)、啮齿真杆菌(Eubacterium ruminantium)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、产粘真杆菌(Eubacterium limosum)、极尖组织菌(Tissirella praeacuta)、死亡梭杆菌I(Fusobacterium mortiferum I)、舟形梭杆菌(Fusobacterium naviforme)、无害梭菌(Clostridium innocuum)、多枝梭菌(Clostridium ramosum)、痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes)、生黄瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)、脆弱拟杆菌卵形亚种(Bacteroides fragilis ssp.ovatus)、具核梭杆菌(Fusobacteriumnucleatum)、死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)、大肠杆菌(Escherichia coli)、麻疹孪生球菌(Gemella morbillorum)、大芬戈尔德菌(Finegoldia magnus)、中间链球菌(Streptococcus intermedius)、酸奶瘤胃球菌(Ruminococcus lactaris)、纤细真杆菌(Eubacterium tenue)、细枝真杆菌(Eubacterium ramulus)、梭形拟杆菌梭形亚种(Bacteroides clostridiiformis ssp.clostridliformis)、凝固拟杆菌(Bacteroidescoagulans)、口腔普雷沃氏菌(Prevotella oralis)、栖瘤胃普雷沃氏菌(Prevotellarummicola)、内脏臭气杆菌(Odoribacter splanchnicus)和惰性脱硫单胞菌(Desuifomonas pigra)。

在一个方面，用于掺入药物组合物中的未培养粪便细菌制品包含选自以下的一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种或四种或更多种梭菌属种的非病原性孢子：不同梭菌(Clostridium absonum)、阿根廷梭菌(Clostridium argentinense)、巴氏梭菌(Clostridium baratii)、肉毒梭菌(Clostridium botulinum)、尸毒梭菌(Clostridiumcadaveris)、肉梭菌(Clostridium carnis)、隐藏梭菌(Clostridium celatum)、鸣疽梭菌(Clostridium chauvoei)、梭状梭菌(Clostridium clostridioforme)、匙形梭菌(Clostridium cochlearium)、谲诈梭菌(Clostridium fallax)、费地浸麻梭菌(Clostridium felsineum)、戈氏梭菌(Clostridium ghonii)、乙二醇梭菌(Clostridiumglycolicum)、溶血梭菌(Clostridium haemolyticum)、矛形梭菌(Clostridiumhastiforme)、溶组织梭菌(Clostridiumhistolyticum)、吲哚梭菌(Clostridiumindolis)、不规则梭菌(Clostridium irregulare)、泥渣梭菌(Clostridium limosum)、恶名梭菌(Clostridium malenominatum)、诺氏梭菌(Clostridium novyi)、乳清酸梭菌(Clostridium oroticum)、副腐化梭菌(Clostridium paraputrificum)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、毛状梭菌(Clostridium piliforme)、腐化梭菌(Clostridium putrefaaiens)、腐败梭菌(Clostridium putrificum)、撒丁岛梭菌(Clostridium sardiniense)、煎盘梭菌(Clostridium sartagoforme)、闪烁梭菌(Clostridium scindens)、败血梭菌(Clostridium septicum)、污泥梭菌(Clostridiumsordellii)、楔形梭菌(Clostridium sphenoides)、螺状梭菌(Clostridium spiroforme)、产芽孢梭菌(Clostridium sporogenes)、近端梭菌(Clostridium subterminale)、共生梭菌(Clostridium symbiosum)、第三梭菌(Clostridium tertium)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、魏氏梭菌(Clostridium welchii)、和绒毛梭菌(Clostridiumvillosum)。在一个方面，药物组合物包含一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种或四种或更多种选自以下的非病原性拟杆菌属种：Bacteroides coprocola、Bacteroidesplebeius、Bacteroides massiliensis、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)、生溃疡拟杆菌(Bacteroides helcogenes)、化脓拟杆菌(Bacteroides pyogenes)、Bacteroidestectus、单形拟杆菌(Bacteroides uniformis)、粪便拟杆菌(Bacteroides stercoris)、埃氏拟杆菌(Bacteroides eggerthii)、Bacteroides finegoldii、多形拟杆菌(Bacteroidesthetaiotaomicron)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、Bacteroides acidifaciens、粪拟杆菌(Bacteroides caccae)、Bacteroides nordii、Bacteroides salyersiae、脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)、肠道拟杆菌(Bacteroides intestinalis)、Bacteroidescoprosuis、吉氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)、Bacteroides goldsteinii、屎拟杆菌(Bacteroides merdae)、福赛斯拟杆菌(Bacteroides forsythus)、内脏拟杆菌(Bacteroides splanchnicus)、多毛拟杆菌(Bacteroides capillosus)、溶纤维素拟杆菌(Bacteroides cellulosolvens)、和解脲拟杆菌(Bacteroides ureolyticus)。

在一个方面，药物组合物包含活的非病原性梭菌属和来自选自以下的一个或多个属的多种活的非病原性微生物：柯林斯菌属(Collinsella)、粪球菌属(Coprococcus)、Dorea、真杆菌属(Eubacterium)和瘤胃球菌属(Ruminococcus)。在另一个方面，药物组合物包含来自选自以下的一个或多个属的多种活的非病原性微生物：梭菌属(Clostridium)、柯林斯菌属(Collinsella)、粪球菌属(Coprococcus)、Dorea、真杆菌属和瘤胃球菌属(Eubacterium Ruminococcus)。

在一个方面，药物组合物包含选自以下的两个或多个属：柯林斯菌属、粪球菌属、Dorea、真杆菌属和瘤胃球菌属。在另一个方面，药物组合物包含选自以下的两个或多个属：粪球菌属、Dorea、真杆菌属和瘤胃球菌属。在另一个方面，药物组合物包含一个或多个、两个或多个、三个或多个、四个或多个或五个或多个选自以下的种：尖锐粪球菌(Coprococcuscatus)、伴生粪球菌(Coprococcus comes)、Dorea longicatena、挑剔真杆菌(Eubacteriumeligens)、庞大真杆菌(Eubacterium hadrum)、霍氏真杆菌(Eubacterium hallii)、直肠真杆菌(Eubacterium rectale)、和扭链瘤胃球菌(Ruminococcus torques)。

在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自100％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自至少99％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自至少98％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自至少97％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自96％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。在一个方面，本文描述的未培养粪便细菌制品包含活细胞，所述活细胞来自至少95％、94％、93％、92％、91％、90％、89％、88％、87％、85％、84％、83％、82％、81％、80％、75％、70％、65％、60％、55％、50％、45％或40％的在所述粪便细菌的来源粪便中代表的活细菌分类群。

在一个方面，本文中公开的药物组合物包含无菌粪便滤液或非细胞粪便滤液。在一个方面，无菌粪便滤液源自供体粪便。在另一个方面，无菌粪便滤液源自培养的微生物。在另一个方面，无菌粪便滤液包含非细胞非微粒粪便组分。在一个方面，如2014年5月30日公开的WO2014/078911所述，制备无菌粪便滤液。在另一个方面，如Ott等人，Gastroenterology 152：799-911(2017)所述，制备无菌粪便滤液。

在一个方面，粪便滤液包含分泌的、排泄的或以其它方式产生的液体组分或小生物群，例如，生物活性分子(BAM)(其可以是抗生素或抗炎剂)被保存、保留或重构在菌群提取物中。

在一个方面，包含粪便滤液的示例性药物组合物包含来自确定供体池的供体的起始材料，其中该供体提供粪便，将其均质化和离心，然后进行非常高水平过滤的过滤(使用例如金属筛或Millipore过滤器或等效物)，最终只允许细菌来源的细胞保留，例如经常小于约5微米直径。在初始离心后，可以将固体材料与液体分离，并然后将固体在逐渐减小尺寸的过滤器和切向过滤器中过滤，例如，使用Millipore过滤，并且任选地，还包括使用纳米膜过滤。也可以通过WO 2012/122478中所述的筛子进行过滤，但相比之下，使用小于0.0120mm、低至约0.0110mm的筛子，其最终导致只剩下细菌细胞。

在某些方面，在离心过程中分离的上清液可以在过滤系统(例如Millipore过滤或等效系统)中逐步过滤，以产生通过约0.22微米过滤器精细过滤的液体。这会除去所有颗粒物，包括所有活物质，包括细菌和病毒。然后将该产品除菌，但目的是除去细菌，但保留其分泌物，尤其是抗微生物的细菌素、细菌衍生的细胞因子样产物和所有伴随的生物活性分子(BAM)，包括：苏云金菌素(其由供体粪便中的杆菌分泌)，细菌素(包括大肠菌素、troudulixine或putaindicine、或小菌素或subtilosin A)、lanbiotics(包括乳酸链球菌肽、枯草菌素、表皮菌素、mutacin、mersacidin、阿肽加定、肉桂霉素)、乳链球菌素和其它抗微生物的或抗炎的化合物。

在一个方面，药物组合物包含重构的粪便菌群，其基本上由经纯化的粪便小生物群(包含未培养粪便细菌制品)和非细胞粪便滤液的组合组成。在另一个方面，药物组合物包含补充了一种或更多种非细胞非微粒粪便组分的经纯化的粪便小生物群(包含未培养粪便细菌制品)。在一个方面，药物组合物包含一种或更多种非细胞非微粒粪便组分。在一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含合成的分子、由粪便微生物产生的生物活性分子、或二者。在另一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含生物活性蛋白或肽、微量营养物、脂肪、糖、小碳水化合物、痕量元素、矿物盐、灰分、粘液、氨基酸、营养物、维生素、矿物质或其任意组合。在一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含一种或更多种选自以下的生物活性分子：细菌素、lanbiotic和乳链球菌素。在另一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含一种或更多种选自以下的细菌素：大肠菌素、troudulixine、putaindicine、小菌素和subtilosin A。在一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含一种或更多种选自以下的lanbiotics：thuricin、乳酸链球菌肽、枯草菌素、表皮菌素、mutacin、mersacidin、阿肽加定和肉桂霉素。在另一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含抗孢子化合物、抗微生物剂化合物、抗炎化合物或其任意组合。在另一个方面，一种或更多种非细胞非微粒粪便组分包含白介素、细胞因子、白三烯、类花生酸或其任意组合。

在另一个方面，药物组合物包含未培养粪便细菌制品(例如，人胃肠道小生物群的部分或完全代表)和菌群(小生物群)的分离的、加工的、过滤的、浓缩的、重构的和/或人工的液体组分(例如，粪便滤液)，所述液体组分除了包含其它成分外还包含：细菌分泌产物例如，细菌素(由细菌产生的蛋白性毒素，包括大肠菌素、troudulixine或putaindicine或小菌素或subtilosin A)，lanbiotics(一类肽抗生素，其含有特征性的多环硫醚氨基酸羊毛硫氨酸或甲基羊毛硫氨酸和不饱和氨基酸脱氢丙氨酸和2-氨基异丁酸；其包括苏云金菌素(其由供体粪便中的杆菌分泌)、乳酸链球菌肽、枯草菌素、表皮菌素、mutacin、mersacidin、阿肽加定、肉桂霉素)，乳链球菌素(形成孔隙的肽毒素家族)，以及由小生物群的细菌或其它微生物产生的和/或在小生物群的“液体组分”中发现的其它抗微生物的或抗炎的化合物和/或另外的生物活性分子(BAM)。

在一个方面，包含未培养粪便细菌制品的药物组合物与基于粪便非细胞滤液的药物组合物并行使用。在另一个方面，在施用包含未培养粪便细菌制品的第二药物组合物之前，使用第一基于粪便非细胞滤液的药物组合物治疗患者，或反之亦然。在另一个方面，治疗方法包括三个步骤：第一，抗生素预处理以非选择性地除去传染性病原体；第二，基于粪便非细胞滤液的治疗步骤，以进一步抑制选定的传染性病原体；和第三，使用包含未培养粪便细菌制品的药物组合物进行治疗，以重建功能性肠道微生物组。

在一个方面，将包含细菌混合物(其包含未培养粪便细菌制品)的组合物施用给受试者(例如，ASD患者)，以基于来自施用的细菌混合物的细菌细胞对受试者肠道菌群的内源性细菌细胞的替换而实现治愈、症状减轻、或一定百分比的症状减轻。菌群的变化可以尽可能“接近完全”。通常，肠道菌群的变化包括将一系列源自健康人供体粪便的菌群引入受试者的胃-肠系统，这可以基本上或完全地替代需要这样的治疗的患者(例如，ASD患者)中的病原性肠道菌群。

这里描述的药物组合物可以包含衍生自供体(例如健康人供体)的粪便样品的微生物，例如细菌。在一个方面，组合物包含衍生自健康人供体的粪便样品的全部或部分粪便小生物群的未培养粪便细菌制品。例如，组合物可以包含健康人供体的粪便样品的基本完整粪便小生物群。在一个方面，组合物包含粪便小生物群的细菌分离物，其中所述细菌分离物已经从来自健康人供体的粪便样品的全部或部分粪便小生物群中纯化和/或培养。因此，可以从粪便样品中获取、提取和/或纯化粪便小生物群，以制备包含未培养粪便细菌制品或细菌分离物中至少一种的组合物。

在一个方面，用于制备本文描述的组合物(例如，包含细菌混合物，其包含未培养粪便细菌制品和至少一种细菌分离物中的一种或更多种)的示例性粪便小生物群包含来自人供体的起始材料。在另一个方面，示例性粪便小生物群包含来自一个或多个健康人供体的材料。在另一个方面，示例性粪便小生物群包含来自已知的、确定的供体池的起始材料。在另一个方面，供体是成年男性。在另一个方面，供体是成年女性。在另一个方面，供体是青少年男性。在另一个方面，供体是青少年女性。在另一个方面，供体是女性幼儿。在另一个方面，供体是男性幼儿。在另一个方面，供体是健康的。在一个方面，人供体约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1岁以下的儿童。在另一个方面，人供体是老年个体。在另一个方面，人供体是约30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95岁以上的个体。在另一个方面，供体是在1至5岁之间、2至10岁之间、3至18岁之间、21至50岁之间、21至40岁之间、21至30岁之间、50至90岁之间、60至90岁之间、70至90岁之间、60至80岁之间或65至75岁之间。在一个方面，供体是年轻的老年个体(65-74岁)。在一个方面，供体是中年老年个体(75-84岁)。在一个方面，供体是老年个体(＞85岁)。在另一个方面，供体是经过仔细筛选的、健康的、神经典型的人。

在一个方面，关于其粪便微生物组谱，预筛选粪便供体。在另一个方面，关于一个或多个粪便细菌纲、科、属或种在供体的粪便中的存在，选择粪便供体。在另一个方面，关于一个或多个粪便细菌纲、科、属、种或菌株以高于阈值丰度的水平在供体的粪便中的存在，选择粪便供体。在一个方面，基于选自以下的一个或多个细菌属在供体粪便中的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体：乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属、普雷沃氏菌属、脱硫弧菌属及其组合。在一个方面，基于选自以下的一个或多个细菌属在供体粪便中的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体：梭菌属、拟杆菌属、Eggerthella、双歧杆菌属、普雷沃氏菌属和脱硫弧菌属及其组合。在一个方面，基于选自以下的一个或多个细菌分类群在供体粪便中的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体：普雷沃氏菌属、粪球菌属、Prevotellaceae和韦荣氏球菌科及其组合。在一个方面，基于选自以下的一个或多个细菌属的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体：乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属及其组合。在一个方面，基于乳杆菌属在供体粪便中的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体。在一个方面，基于罗伊乳杆菌在供体粪便中的存在或阈值丰度，可以选择粪便供体。

在一个方面，基于一个或多个细菌纲、科、属、种或菌株在粪便样品中的存在或阈值丰度，可以将粪便样品选择为用于掺入药物组合物中的未培养粪便细菌制品的来源。在一个方面，基于选自以下的细菌属的成员的存在或阈值丰度，可以选择粪便样品：乳杆菌属、双歧杆菌属、链球菌属及其组合。在一个方面，基于罗伊乳杆菌在粪便样品中的存在或阈值丰度，可以选择粪便样品。

从基于一个或多个细菌属、种或菌株的存在或丰度(例如罗伊乳杆菌的存在或阈值丰度)而选择的供体粪便中提取的未培养粪便细菌制品可以直接掺入本文描述的药物组合物中，不向所述制品中添加任何细菌分离物，或可替换地可以掺入与选择基础相同属、种或菌株的细菌分离物。

在一个方面，与没有摄入益生菌和/或益生元的情况下细菌属、种或菌株的相对粪便丰度相比，粪便供体通过摄入促进细菌属、种或菌株在供体肠道中的增殖或存在的益生菌和/或益生元而具有更高的细菌属、种或菌株的相对粪便丰度。

在另一个方面，在进行粪便捐献之前，供体接收或摄入某些益生元诸如寡果糖、菊糖、大麦益生元或另一种膳食纤维。在另一个方面，在进行粪便捐献之前，供体接收或摄入所选粪便细菌的生长刺激物。在另一个方面，在进行粪便捐献之前，供体接收或摄入苹果果胶、N-乙酰基葡糖胺、半胱氨酸、谷胱甘肽、核黄素和黄素中的一种或更多种。

在一个方面，对经过仔细筛选的供体进行完整的医疗史和体格检查。如果供体有传染因子的风险，则不包括在内。另外的排除标准包括以下：

1.已知的乙型肝炎、丙型肝炎或HIV病毒感染

2.在任何时间已知的HIV或病毒性肝炎暴露

3.高危行为，包括以毒品或金钱为目的的性行为，与男性发生性行为的男性，在过去12个月内有多于一个性伴侣，过去使用过静脉内毒品或鼻内可卡因，监禁史。

4. 12个月内有过纹身或身体穿孔。

5.前往世界上旅行者腹泻风险高于美国的地区。

6.当前的传染病，例如上呼吸道病毒感染。

7.肠易激综合征的病史。具体症状可以包括频繁腹部绞痛、气体过多、胃气胀、腹胀、排便急迫、腹泻、便秘。

8.炎症性肠病诸如克罗恩氏病、溃疡性结肠炎、显微镜下结肠炎的病史。

9.慢性腹泻。

10.慢性便秘或使用泻药。

11.胃肠道恶性肿瘤或已知结肠息肉病的病史。

12.任何腹部外科手术史，例如胃旁路、肠切除、阑尾切除、胆囊切除等。

13.使用益生菌或任何其它柜台有售的助剂，其被潜在供体用于调节消化的目的。如果酸乳和酸乳酒产品仅作为食品服用而不是营养补充剂，则是允许的。

14.过去6个月内为任何适应症接受过抗生素。

15.任何免疫抑制性的或抗肿瘤的处方药。

16.已确诊或新发的代谢综合征。这里用于定义的标准比任何既定标准更严格。这些包括血压升高史、糖尿病史或葡萄糖耐受不良。

17.已知的系统性自身免疫，例如，结缔组织病、多发性硬化。

18.已知的特应性疾病，包括哮喘或湿疹。

19.慢性疼痛综合征，包括纤维肌痛、慢性疲劳综合症。

20.任何处方药的进行中的(即使间歇性的)使用，包括吸入剂或局部的乳膏剂和软膏剂。

21.神经学、神经发育和神经变性障碍，包括孤独症、帕金森病。

22.一般身体状况。身体质量指数＞26kg/m2，以＞0.85(男性)和＞0.80(女性)的废物∶髋部比率定义的向心性肥胖。

23.血压＞135mmHg(心脏收缩压)和＞85mmHg(心脏舒张压)。

24.皮肤-在一年内出现皮疹、纹身或身体穿孔，或黄疸

25.淋巴结肿大。

26.听诊时哮鸣。

27.肝肿大或肝病的红斑。

28.关节肿胀或压痛。肌肉无力。

29.异常的神经学检查。

30.PCR检测呈阳性的粪便艰难梭菌毒素B。

31.粪便培养物中任何常规病原体呈阳性，包括沙门氏菌属、志贺氏菌属、耶尔森氏菌属、弯曲杆菌属、大肠杆菌0157:H7。

32.异常的卵和寄生虫检查。

33.贾第虫属、隐孢子虫属或幽门螺杆菌抗原呈阳性。

34.任何病毒性疾病的阳性筛查，包括HIV 1和2、病毒性甲型肝炎IgM、肝炎表面抗原和核心Ab。

35.异常的RPR(梅毒筛查)。

36.任何异常的肝功能检查，包括碱性磷酸酶、天冬氨酸氨基转氨酶、丙氨酸氨基转移酶。

37.升高的血清甘油三酯＞150mg/Dl

38.HDL胆固醇＜40mg/dL(男性)和＜50mg/dL(女性)

39.高灵敏度CRP＞2.4mg/L

40.升高的空腹血糖(＞100mg/dL)

在一个方面，本文提供了一种用于收集和处理粪便样品以产生未培养粪便细菌制品和/或一种或更多种细菌分离物的方法。所述方法可以包括首先从一个或多个健康的(例如，经筛查的)供体收集粪便样品。在一个方面，新鲜粪便通过粪便收集装置运输，该装置可以提供或包含适当无氧的(或基本无氧的)适当容器。在一个方面，通过例如将内置或夹持的氧清除机构(例如，如美国专利号7,541,091中所述的氧清除颗粒)并入容器中，可以使容器无氧。在另一个方面，容器本身由除氧材料制成，例如，除氧铁，例如，如O2BLOCKTM所述，或等效物，其使用纯化的和改性的层状粘土作为除氧铁的性能增强载体；将活性铁直接分散在聚合物中。在一个方面，将除氧聚合物用于制造容器本身或涂覆容器，或用作要添加的颗粒；例如，如在美国专利申请公开20110045222(特此通过引用整体并入本文)中所述，它描述了表现出除氧活性的聚合物掺合物，其具有一种或更多种不饱和烯族同聚物或共聚物；一种或更多种聚酰胺同聚物或共聚物；一种或更多种聚对苯二甲酸乙二醇酯同聚物或共聚物。在一个方面，将除氧聚合物用于制造容器本身或涂覆容器，或用作要添加的颗粒；例如，如在美国专利申请公开20110008554(特此通过引用整体并入本文)中所述，它描述了包含聚酯、共聚酯醚和氧化催化剂的组合物，其中所述共聚酯醚包含含有聚(四亚甲基-共聚-亚烷基醚)的聚醚段。在一个方面，将除氧聚合物用于制造容器本身或涂覆容器，或用作要添加的颗粒；例如，如在美国专利申请公开201000255231(特此通过引用整体并入本文)中所述，它描述了在聚合物基质中的分散铁/盐颗粒，以及具有除氧颗粒的除氧膜。

可替换地，除了除氧机构以外或代替除氧机构，容器中的空气可以(完全地或基本上)用氮气和/或其它惰性非反应性气体替代。在一个方面，容器部分地、基本上或完全地模拟(创建)厌氧环境。

在一个方面，将粪便(例如粪便样品)保存在美学上可接受的容器中，该容器既不会泄漏，也不会散发气味，但仍能保持厌氧环境。在一个方面，容器在接收粪便菌群之前是无菌的。

在一个方面，本文提供的粪便样品在其大部分或全部运输和/或储存期间保持在室温，例如在“粪便库”中。例如，一旦被送到“加工粪便库”，它就被储存在环境温度，例如，室温。在一个方面，向收获和/或储存的材料中添加稳定剂，诸如甘油。

在一个方面，如上所述，对粪便进行各种病原体检测。在一个方面，一旦清除了传染源，就将粪便样品均质化并过滤以除去大颗粒物质。在一个方面，将粪便细分为期望体积，例如，其可以在5毫升到3升或更多升之间。例如，在一个方面，容器包含50克(g)粪便，其可以被容纳在适当的耐氧塑料中，例如，镀金属的聚对苯二甲酸乙二醇酯聚酯薄膜或镀金属的MYLARTM。

在一个方面，通过例如混合、搅动、搅拌或摇动，使粪便均质化。在某些方面，在均质化前将粪便样品用均质化缓冲液稀释。均质化缓冲液可以例如含有冷冻保护剂(例如，海藻糖)、抗氧化剂或还原剂(例如，半胱氨酸)和缓冲液(例如，0.25X PBS，在pH 7.4)。

在一个方面，为了从粪便小生物群中分离非细菌组分，可以将粪便均质化并过滤粗颗粒物。在一个方面，然后将显微镜下可见的纤维/无生命物质与细菌分离。可以使用几种方法，包括例如反复过滤，例如使过滤尺寸逐渐减小到典型细菌的尺寸。

在一个方面，使用不同的过滤器来分离细菌种，或者使用Williams在WO 2011/033310A1(特此通过引用整体并入本文)中使用的技术，该技术使用纱布过滤的原始技术。

在一个方面，适当地使用用于过滤整个粪便的过滤程序，以达到几乎100％细菌的最高浓度。在一个方面，过滤程序是两步程序，适当地使用玻璃纤维深度过滤器进行初始澄清。一方面，将粪便在正压下过滤。在一个方面，这将是使用具有30微米PVDF过滤器的组合或夹心构型。在一个方面，这种夹心程序将是在正压下过滤产品。之后，在一个方面，膜浓缩可以用作另一个步骤来减少滤液体积。在一个方面，这可以在氮气覆盖下冷冻干燥或喷雾干燥之前完成。

可以用于过滤的替代膜包括、但不限于尼龙过滤器、硝酸纤维素过滤器、聚醚砜(PES)过滤器、聚四氟乙烯(PTFE)过滤器、特氟隆^TM过滤器、混合纤维素酯过滤器、聚碳酸酯过滤器、聚丙烯过滤器、聚氯乙烯(PVC)过滤器或石英过滤器。这些的各种组合可以用于在除去固体和液体的情况下达到高细菌纯度。

药物组合物、制剂和施用

本文描述了包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含在不同制剂中的未培养粪便细菌制品和/或一种或更多种细菌分离物。本文所述的任何药物组合物可以采取片剂、丸剂、小丸、胶囊剂、含有液体的胶囊剂、含有多微粒的胶囊剂、粉剂、溶液、乳剂、滴剂、栓剂、乳剂、气雾剂、喷雾剂、混悬液、延迟释放制剂、持续释放制剂、控释制剂的形式或任何其它适合使用的形式。

包含药物组合物的制剂可以方便地以单位剂型呈现。例如，所述剂型可以通过包括使治疗剂与载体组合的步骤的方法制备，所述载体构成一种或更多种助剂。例如，如下制备制剂：将治疗剂均匀地且紧密地与液体载体、精细粉碎的固体载体或二者组合，并且然后，如果必要的话，将产品成形为期望制剂的剂型(例如，湿法或干法制粒、粉末掺合等，然后压片)。

在另一个方面，药物组合物可以与药学上可接受的载体一起提供。本文中使用的“药学上可接受的载体”表示无毒的溶剂、分散剂、赋形剂、佐剂或其它材料，其与活细菌混合以允许药物组合物的形成，例如，能够施用给患者的剂型。药学上可接受的载体可以是稀释剂、佐剂、赋形剂或耐酸包囊成分的液体(例如，盐水)、凝胶或固体形式。合适的稀释剂和赋形剂包括药用级的生理盐水、右旋糖、甘油、甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、碳酸镁等及其组合。在另一个方面，药物组合物可以含有辅助物质，诸如润湿剂或乳化剂、稳定剂或pH缓冲剂。在一个方面，药物组合物含有约1％-5％、5％-10％、10％-15％、15-20％、20％-25％、25-30％、30-35％、40-45％、50％-55％、1％-95％、2％-95％、5％-95％、10％-95％、15％-95％、20％-95％、25％-95％、30％-95％、35％-95％、40％-95％、45％-95％、50％-95％、55％-95％、60％-95％、65％-95％、70％-95％、45％-95％、80％-95％或85％-95％的活性成分。在一个方面，药物组合物含有约2％-70％、5％-60％、10％-50％、15％-40％、20％-30％、25％-60％、30％-60％或35％-60％的活性成分。

在一个方面，可以将药物组合物掺入片剂、灌服药、大丸剂、胶囊剂、预混合物或贴剂中。将这些活性成分调配成这样的剂型，可以借助于药物调配领域中众所周知的方法来实现。参见，例如，美国专利号4，394，377。用活性成分的任何期望形式填充明胶胶囊可以容易地生产胶囊剂。如果需要的话，可以使用惰性粉末稀释剂(诸如糖、淀粉、奶粉、纯化的结晶纤维素等)稀释这些材料，以增加体积以便于填充胶囊。

在一个方面，为了制备固体组合物诸如片剂，将活性成分与药物载体(例如，常规压片成分诸如玉米淀粉、乳糖、蔗糖、山梨醇、滑石粉、硬脂酸、硬脂酸镁、磷酸二钙或树胶)或其它药物稀释剂(例如水)混合，以形成含有本文所述组合物的均质混合物的固体预配制组合物。当将这些预配制组合物称为均质时，意味着活性成分均匀地分散在整个组合物中，致使该组合物可容易地细分为同等有效的单位剂型，例如片剂、丸剂和胶囊剂。然后将该固体预配制组合物细分为含有期望量的活性成分(例如，至少约10⁵、10⁶、10⁷、10⁸、10⁹、10¹⁰、10¹¹、10¹²或10¹³CFU)的上述类型的单位剂型。本文所述的药物组合物可以经过调味。

在一个方面，将包含本文描述的细菌混合物(和任选的一种或更多种另外的治疗剂)的药物组合物配制为适于本文所述施用模式的组合物。

在各个方面，药物组合物的施用是口服、静脉内、腹膜内和胃肠外中的任一种。例如，施用途径包括、但不限于口服、腹膜内、静脉内、肌肉内或直肠。在各个方面，所述药物组合物的施用是口服、鼻-胃、顺行胃肠、逆行胃肠、内窥镜或灌肠。

在一个方面，本文所述的药物组合物可以配制为适于口服施用的组合物。例如，用于口服递送的组合物可以呈片剂、锭剂、水性或油性混悬液、颗粒剂、粉剂、喷洒剂、乳剂、胶囊剂、糖浆剂或酏剂的形式。口服地施用的组合物可以包含一种或更多种试剂，例如，甜味剂诸如果糖、阿司帕坦或糖精；矫味剂诸如薄荷、冬青油或樱桃；着色剂；和防腐剂，以提供药学上可口的制品。此外，在片剂或丸剂形式的情况下，所述组合物可以被包覆以延迟崩解，从而在较长时间段内提供所述细菌混合物的持续递送。围绕渗透活性剂的选择性渗透膜也适用于口服施用的组合物。在这些稍后的平台中，来自胶囊周围环境的流体被驱动化合物吸收，所述驱动化合物膨胀以替换穿过孔的试剂或试剂组合物。这些递送平台可以提供基本上为零级的递送曲线，这与立即释放制剂的尖峰曲线相反。时间延迟材料，例如单硬脂酸甘油酯或硬脂酸甘油酯，也可以是有用的。口服组合物可以包括标准赋形剂，诸如甘露醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、乙基丙烯酸及其衍生物聚合物，以及碳酸镁。在一个方面，所述赋形剂是药用级。除了活性化合物以外，混悬液还可以含有助悬剂，例如，乙氧基化的异硬脂醇、聚氧乙烯山梨醇和脱水山梨糖醇酯、微晶纤维素、氢氧化铝氧化物、皂粘土、琼脂、黄蓍胶等、及其混合物。

在各个方面，将药物组合物配制成固体剂型诸如片剂、可分散粉末剂、颗粒剂或胶囊剂。在一个方面，将药物组合物配制成胶囊剂。在另一个方面，将药物组合物配制成片剂。在另一个方面，将药物组合物配制成软凝胶胶囊剂。在另一个方面，将药物组合物配制成明胶胶囊剂。

在一个方面，药物组合物的形式为：灌肠组合物，其可以用适当稀释剂重构；包有肠溶衣的胶囊剂；包有肠溶衣的微胶囊剂；耐酸片剂；耐酸胶囊剂；耐酸微胶囊剂；用于用适当稀释剂重构以进行鼻-肠道输注或结肠镜输注的粉末；用于用适当稀释剂、调味剂和胃酸抑制剂重构以进行口服摄入的粉末；用于用食物或饮料重构的粉末；或食品或食品添加物，其包含所述组合物的包有肠溶衣的和/或耐酸的微胶囊剂、粉末、果冻或液体。

在一个方面，本文所述的药物组合物以微胶囊剂的形式配制。微囊化是给液体或固体涂布保护壁材料，其抑制挥发并保护免于化学变质。在壁材料中包含的固体或液体被称为芯，整个微囊化的颗粒被称为微胶囊。这里可以使用的壁材料包括阿拉伯树胶、羧甲基纤维素、海藻酸盐、明胶、乳清蛋白、酪蛋白酸钠和大豆蛋白。

在一个方面，将(a)未培养粪便细菌制品和(b)一种或更多种细菌分离物的混合物共同包囊在相同的微胶囊池中并施用给受试者。在另一个方面，将未培养粪便细菌制品与一种或更多种细菌分离物分开微囊化，并分开(例如，依次)或一起(例如，在混合具有不同包囊内容物的微胶囊剂以后)施用给受试者。在另一个方面，将来自每种不同细菌分离物的细菌分别微囊化，并随后根据每种细菌分离物的期望比率或比例(有或没有含有未培养粪便细菌制品的单独微胶囊剂)将所得微胶囊剂混合在一起用于施用给受试者。

微囊化可以用微囊化装置执行，包括微流体微滴生成或包囊装置。例如，在美国专利号7,482,152(特此通过引用整体并入本文)中描述了示例性微囊化装置。微胶囊剂可以包含一种或更多种稳定剂或胶凝剂，其可以用于稳定微胶囊剂或乳剂。稳定剂或胶凝剂可以包括、但不限于海藻酸盐(也叫藻胶或海藻酸)和琼脂。海藻酸盐可以以多种形式使用，包括、但不限于无机盐诸如海藻酸钠、海藻酸钾、藻酸钙及其组合。海藻酸盐可以衍生自诸如海藻(例如，巨藻、泡叶藻、海带属)或细菌(例如，假单胞菌属、固氮菌属)等来源。交联剂或溶液，诸如氯化钙，可以用于稳定或胶凝微胶囊剂。在一个方面，根据US20160317583制备并使用基于海藻酸盐的微胶囊剂。在一个方面，海藻酸盐聚合物具有约2.5％(w/v)的浓度，其中微胶囊剂包含聚-L-赖氨酸的额外连续外表面包衣。在另一个方面，微胶囊剂包含来自钙或钡或钙与钡的混合物中的二价阳离子，以将海藻酸盐聚合物交联成微胶囊。

微胶囊可以通过尺寸(例如，直径)来表征。微胶囊尺寸可以为约0.001、0.002、0.003、0.004、0.005、0.006、0.007、0.008、0.009、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450或500毫米。微胶囊尺寸可以小于或等于约0.001、0.002、0.003、0.004、0.005、0.006、0.007、0.008、0.009、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450或500毫米。微胶囊尺寸可以大于或等于约0.001、0.002、0.003、0.004、0.005、0.006、0.007、0.008、0.009、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.15、0.2、0.25、0.3、0.35、0.4、0.45、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.75、0.8、0.85、0.9、0.95、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.5、6、6.5、7、7.5、8、8.5、9、9.5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、150、200、250、300、350、400、450或500毫米。微胶囊尺寸可以为从约0.05至约1毫米。微胶囊群体中的尺寸分布可以是均匀的或基本上同质的。例如，微胶囊群体可以通过小于或等于约20、19、18、17、16、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、4.4、4.3、4.2、4.1、4.0、3.9、3.8、3.7、3.6、3.5、3.4、3.3、3.2、3.1、3.0、2.9、2.8、2.7、2.6、2.5、2.4、2.3、2.2、2.1、2.0、1.9、1.8、1.7、1.6、1.5、1.45、1.40、1.35、1.30、1.25、1.20、1.15、1.14、1.13、1.12、1.11、1.10、1.09、1.08、1.07、1.06、1.05、1.04、1.03、1.02、1.01或1.00的分散度或多分散性指数(PDI)来表征。

在各个方面，制剂可以另外包含药学上可接受的载体或赋形剂。本领域技术人员会认识到，所述制剂可以是适合期望用途和施用途径的任何合适形式。

在某些剂型中，将本文描述的药物组合物与至少一种惰性的、药学上可接受的赋形剂或载体诸如柠檬酸钠、磷酸二钙等和/或以下物质混合：a)填充剂或增量剂诸如淀粉、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露醇、硅酸、微晶纤维素和面包师专用糖，等，b)粘合剂诸如羧甲纤维素、海藻酸盐、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖、阿拉伯胶、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、甲基纤维素、羟丙基纤维素(HPC)和羟基甲基纤维素，等，c)保湿剂诸如甘油，等，d)崩解剂诸如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、海藻酸、某些硅酸盐、碳酸钠、交联聚合物诸如交聚维酮(交联聚乙烯吡咯烷酮)、交联羧甲纤维素钠(交联羧甲纤维素钠)、淀粉羟乙酸钠，等，e)溶液缓凝剂诸如石蜡，等，f)吸收促进剂诸如季铵化合物，等，g)润湿剂诸如鲸蜡醇和单硬脂酸甘油酯，等，h)吸收剂诸如高岭土和皂粘土粘土，等，和i)润滑剂诸如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固体聚乙二醇、月桂基硫酸钠，山嵛酸甘油酯，等，以及这样的赋形剂的混合物。本领域技术人员会认识到，特定赋形剂在口服剂型中可以具有两种或更多种功能。对于口服剂型，例如胶囊剂或片剂，所述剂型还可以包含缓冲剂。

在一个方面，将包含细菌混合物的药物组合物与以下物质组合：一种或更多种药学上可接受的冷冻保护剂、冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、赋形剂、填充剂和/或防腐剂、抑酸剂、抗酸剂、H2拮抗剂和质子泵抑制剂，或其组合。在一个方面，将包含细菌混合物的药物组合物与以下物质组合：一种或更多种药学上可接受的掩味剂(例如，味道掩蔽剂)。在一个方面，将包含细菌混合物的药物组合物与一种或更多种药学上可接受的可混合粉末组合以改善颜色吸引力、味道和/或风味，以便更容易地在ASD患者、尤其是儿童ASD患者中施用。示例性的味道掩蔽剂包括Smoothenol。示例性的风味包括桃、橙、草莓、葡萄、番木瓜、混合浆果、黑巧克力、菠萝和蓝莓。

在一个方面，将包含细菌混合物的药物组合物与其它佐剂诸如抗酸剂组合以防止胃中的细菌失活(例如，Mylanta、Mucaine、Gastrogel)。在另一个方面，使用H2-拮抗剂或质子泵抑制剂也可以在药理学上抑制胃酸分泌。H2-拮抗剂的一个例子是雷尼替丁。质子泵抑制剂的一个例子是奥美拉唑。在一个方面，在施用药物组合物之前或与药物组合物共同施用时施用抑酸剂。

在一个方面，本文施用的药物组合物进一步包含抑酸剂、抗酸剂、H2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在一个方面，本文施用的药物组合物基本上不含有无生命物质。在另一个方面，本文施用的药物组合物基本上不含有选自以下的无细胞材料：残余纤维、DNA、病毒外壳材料和非存活物质。在另一个方面，施用的药物组合物不包含抑酸剂、抗酸剂、H2拮抗剂、质子泵抑制剂或其组合。在另一个方面，施用的药物组合物不包含抑酸剂。在另一个方面，施用的药物组合物不包含抗酸剂。在另一个方面，施用的药物组合物不包含H2拮抗剂。在另一个方面，施用的药物组合物不包含质子泵抑制剂。在另一个方面，施用的药物组合物不包含甲氧氯普胺。

在一个方面，细菌混合物是干燥的，例如，当其包含低压冻干的细菌细胞/孢子或包含干燥的粘合剂、填充剂和分散剂时。可替代地，所述细菌混合物可以是含水的，例如，当其包含非干燥的粘合剂、填充剂和分散剂时。

在一个方面，可以对本文描述的细菌混合物进行低压冻干。本文中使用的“低压冻干”或“冷冻干燥”表示通过首先将材料冷冻、并然后促使其中的冰在真空环境中升华来干燥材料的过程。

在一个方面，细菌混合物包含低压冻干制剂，其进一步包含还原剂和/或抗氧化剂。在某些方面，所述还原剂包含选自以下的半胱氨酸：D-半胱氨酸和L-半胱氨酸。在另一个方面，半胱氨酸的浓度为至少约0.025％。在一个方面，半胱氨酸的浓度为约0.025％。在另一个方面，半胱氨酸的浓度为0.025％。在另一个方面，使用除了半胱氨酸以外的另一种还原剂代替半胱氨酸或与半胱氨酸组合使用。在一个方面，另一种还原剂选自抗坏血酸、抗坏血酸钠、巯基乙酸、亚硫酸钠、亚硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钠、偏亚硫酸氢钾、谷胱甘肽、甲硫氨酸、硫代甘油和α生育酚。

在一个方面，半胱氨酸的浓度为至少约0.005％、至少约0.01％、至少约0.015％、至少约0.02％、至少约0.025％、至少约0.03％、至少约0.035％、至少约0.04％、至少约0.045％、至少约0.05％、至少约0.055％、至少约0.06％、至少约0.065％、至少约0.07％、至少约0.075％、至少约0.08％、至少约0.085％、至少约0.09％、至少约0.095％、至少约0.1％、至少约0.12％、至少约0.14％、至少约0.16％、至少约0.18％、至少约0.2％、至少约0.25％、至少约0.3％、至少约0.4％、至少约0.5％、至少约0.6％、至少约0.7％、至少约0.8％、至少约0.9％、至少约1％、至少约2％、至少约4％、至少约6％、至少约8％、至少约10％、至少约12％、至少约14％、至少约16％、至少约18％、至少约20％、至少约22％、至少约24％或至少约26％。

在一个方面，细菌混合物包含冷冻保护剂或冻干保护剂的混合物。本文中使用的“冷冻保护剂”表示为了在冷冻期间保护活性成分而添加到制剂中的物质。例如，冷冻保护剂可以包含以下物质、基本上由其组成或由其组成：聚乙二醇、脱脂乳、赤藓醇、阿糖醇、山梨醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲亚砜(DMSO)或等效物、甘油、聚乙二醇(PEG)或等效物、或氨基酸(例如，丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸)。在本公开内容的一个方面，冷冻保护剂可以选自：5％蔗糖；10％蔗糖；10％脱脂乳；10％海藻糖+2.5％蔗糖；5％海藻糖+2.5％蔗糖；5％甘露醇；5％甘露醇+0.1％聚山梨酯80；10％甘露醇；10％甘露醇+0.1％聚山梨酯80；5％海藻糖；5％海藻糖+0.1％聚山梨酯80；10％海藻糖；和10％海藻糖+0.1％聚山梨酯80。

在一个方面，细菌混合物包含冻干保护剂。本文中使用的“冻干保护剂”表示为了在低压冻干(也被称作冷冻干燥)阶段期间保护活性成分而添加到制剂中的物质。在一个方面，将相同物质或相同物质组合用作冷冻保护剂和冻干保护剂。示例性的冻干保护剂包括：糖诸如蔗糖或海藻糖；氨基酸诸如谷氨酸单钠或组氨酸；甲胺诸如甜菜碱；溶致性盐诸如硫酸镁；多元醇诸如三元醇或更高级糖醇，例如甘油、赤藓醇、甘油、阿糖醇、木糖醇、山梨醇和甘露醇；丙二醇；聚乙二醇；Pluronics；及其组合。在一个方面，冻干保护剂是非还原糖，诸如海藻糖或蔗糖。在一个方面，冷冻保护剂或冻干保护剂基本上由本段和上段中提及的一种或更多种物质组成，或由其组成。

在一个方面，冷冻保护剂或冻干保护剂包含细胞内试剂，例如，DMSO、甘油或PEG，其穿透到细胞内，防止可能导致膜破裂的冰晶的形成。在一个方面，冷冻保护剂或冻干保护剂包含细胞外试剂，例如，蔗糖、海藻糖或右旋糖，其不穿透到细胞膜中，但起作用以改善在冷冻期间发生的渗透失衡。

在一个方面，本公开内容提供了包含低压冻干的粪便微生物制品的药物组合物，所述制品包含含有至少约12.5％海藻糖的低压冻干制剂。

在一个方面，低压冻干制剂包含海藻糖。在一个方面，低压冻干制剂包含2％至30％、3％至25％、4％至20％、5％至15％、6％至10％、2％至30％、2％至25％、2％至20％、2％至15％或2％至10％海藻糖。在一个方面，低压冻干制剂包含至少2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％或15％海藻糖。在一个方面，低压冻干制剂包含至多2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％或15％海藻糖。在另一个方面，低压冻干制剂包含约5％海藻糖。在另一个方面，低压冻干制剂包含海藻糖和蔗糖。在另一个方面，低压冻干制剂包含约8％至12％海藻糖和约1.5％至3.5％蔗糖和约0.5％至1.5％NaCl。

在一个方面，低压冻干制剂包含至少约5％、至少约7.5％、至少约10％、至少约12.5％、至少约13％、至少约13.5％、至少约14％、至少约14.5％、至少约15％、至少约15.5％、至少约16％、至少约16.5％、至少约17％、至少约17.5％、至少约18％、至少约18.5％、至少约19％、至少约19.5％、至少约20％、至少约22.5％、至少约25％、至少约27.5％、至少约30％、至少约32.5％、至少约35％、至少约37.5％、至少约40％、至少约42.5％、至少约45％、至少约47.5％、至少约50％、至少约52.5％、至少约55％、至少约57.5％或至少约60％的海藻糖。

在一个方面，在环境温度或更低温度储存至少12周后，这里提供的药物组合物对于治疗患有ASD的受试者是有效的。在一个方面，药物组合物在环境温度或更低温度储存至少4、8、10、16、20、24、30、40、50、60、70、80或100周后保持有效。

在一个方面，可以将本文所述的药物组合物低压冻干或冷冻干燥，并在环境温度(例如，室温)、冷冻温度或约2℃至8℃之间储存。在一个方面，冷冻干燥可以使大多数细胞保持活力，并产生粉末状产品，其可以轻轻地粉碎成粉末。然后，可以将粉末或低压冻干或冷冻干燥的组合物封装到载体中，例如片剂、凝胶丸(geltab)、药丸或胶囊剂，例如，包有肠溶衣的胶囊剂，或放置到油填充的胶囊剂中以供摄入。可替换地，可以将冷冻干燥的或低压冻干的产品或粉末在递送给个体之前在环境温度在例如流体(例如，无菌流体，诸如盐水)、缓冲液或介质(诸如流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA)介质)中重构。

对于冷冻干燥，在一个方面，将细菌保存在液体中，可以防止细胞在解冻时破裂。这可以包括各种稳定剂，例如，甘油和适当的缓冲液和/或乙二醇。在一个方面，冷冻保护工艺使用约10％至80％、20％至70％、30％至60％或40％至50％的稳定剂的最终浓度，取决于所使用的稳定剂；在一个方面，这通过防止形成冰晶有助于稳定蛋白，所述冰晶否则会破坏蛋白结构。

在一个方面，有助于减少活细菌破坏的稳定剂包括脱脂乳、赤藓醇、阿糖醇、山梨醇、葡萄糖、果糖和其它多元醇。聚合物诸如葡聚糖和聚乙二醇也可以用于稳定细菌细胞。

在一个方面，制备药物组合物可以包括以下步骤：(1)用外部肠溶包衣涂覆分离的胶囊(即，包括分开的胶囊体和胶囊帽)的外部，(2)用细菌混合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)填充胶囊体，和(3)将胶囊帽封闭在胶囊体上，从而将细菌混合物封装在包有肠溶衣的胶囊中。

任选地，制备药物组合物可以包括以下步骤：(1)用外部肠溶包衣涂覆分离的胶囊(即，包括分开的胶囊体和胶囊帽)的外部，(2)用内部包衣涂覆分离的胶囊的内部，(3)用细菌混合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)填充胶囊体，和(4)将胶囊帽封闭在胶囊体上，从而将细菌混合物封装在双重包衣胶囊中。

可替代地，制备药物组合物可以包括以下步骤：(1)用内部包衣涂覆分离的胶囊(即，包括分开的胶囊体和胶囊帽)的内部，(2)用外部肠溶包衣涂覆分离的胶囊的外部，(3)用细菌混合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)填充胶囊体，和(4)将胶囊帽封闭在胶囊体上，从而将细菌混合物封装在双重包衣胶囊中。

在一个方面，一种或更多种另外的治疗剂可以被包含在药物组合物中，并由胶囊封装。

在一个方面，分离明胶胶囊(例如，大小#00)的主体和帽。通过将一种或更多种肠溶包衣聚合物与其它组分一起分散在溶液中，制备外部肠溶包衣悬浮液。将外部肠溶包衣悬浮液应用于分离的胶囊体和帽的外部，例如，使用流化床Wurster柱包衣机、Fluid BedCoater或等效设备。使胶囊在产品碗中流态化，并喷涂外部肠溶包衣悬浮液以产生外部包衣达到约2mg/cm2至6mg/cm2之间(例如，3mg/cm2)的目标。完成该步骤后，将胶囊设置为干燥状态，例如，约8小时到24小时之间。干燥后，将示例性胶囊称重以计算外部肠溶包衣引起的重量增加。可以检查胶囊的不规则性。

在一个方面，将

S100(聚(甲基丙烯酸，甲基甲基丙烯酸酯))、淀粉、柠檬酸三乙酯和

T20溶解在水、乙醇和正丁醇的溶液中，混合，并且然后装入适当的喷雾装置。然后将溶液喷涂在胶囊体和胶囊帽的外表面，以达到目标重量增加。在进一步加工(例如填充细菌混合物)之前，允许胶囊体和胶囊帽干燥约8小时至约24小时或更长时间，例如一周、一个月或更长时间。

在一个方面，可能合乎需要的是，除了在胶囊体中提供组合物之外，还给胶囊帽提供一定量的细菌混合物。在这方面，将更多的组合物包含在胶囊中，和/或将更少的空气包含在封闭胶囊中。

在一个方面，胶囊的内表面包含内部包衣，例如不溶于水的内部包衣。

上述组合物和材料(例如，细菌混合物、内部包衣、胶囊剂和外部包衣)中的任一种可以组合到本文描述的药物组合物中。熟练的技术人员会知道如何根据他的/她的当前需要选择内部包衣、胶囊和外部包衣，这可以基于例如掺入组合物中的特定细菌分离物和/或在受试者中的期望递送位置(例如结肠或小肠，包括回肠、空肠或十二指肠)，以及细菌分离物的递送地点。

在一个方面，包含含有乳杆菌属细菌的细菌分离物的药物组合物在肠的回肠中释放细菌分离物。在一个方面，所述细菌分离物包含罗伊乳杆菌。

另外的有关的教导公开在WO 2007122374中，其特此通过引用整体并入本文。

在一个方面，在药物组合物的制造过程中，药学上可接受的冷冻保护剂、冻干保护剂、粘合剂、崩解剂、填充剂、防腐剂、抑酸剂、抗酸剂、H2拮抗剂和质子泵抑制剂或其组合可以混合到药物组合物(例如，包含细菌混合物)中以促进合乎需要的性能。

在一个方面，所述药物组合物包含表面活性剂。适合使用的表面活性剂包括、但不限于任何药学上可接受的、无毒的表面活性剂。适合使用的表面活性剂的类别包括、但不限于聚乙氧基化的脂肪酸、PEG-脂肪酸二酯、PEG-脂肪酸单酯和二酯混合物、聚乙二醇甘油脂肪酸酯、醇-油酯交换产物、聚甘油脂肪酸、丙二醇脂肪酸酯、丙二醇酯-甘油酯的混合物、甘油单酯和甘油二酯、甾醇和甾醇衍生物、聚乙二醇脱水山梨糖醇脂肪酸酯、聚乙二醇烷基醚、糖酯、聚乙二醇烷基酚、聚氧乙烯-聚氧丙烯嵌段共聚物、脱水山梨糖醇脂肪酸酯、低级醇脂肪酸酯、离子表面活性剂、及其混合物。在某些方面，组合物可以包含一种或更多种表面活性剂，包括、但不限于月桂基硫酸钠、聚山梨酯20、聚山梨酯40、聚山梨酯60、聚山梨酯80和柠檬酸三乙酯。

在一个方面，所述药物组合物包含药学上可接受的塑化剂以得到期望的机械性能诸如柔性和硬度。这样的塑化剂包括、但不限于三醋汀、柠檬酸酯、柠檬酸三乙酯、酞酸酯、癸二酸二丁酯、鲸蜡醇、聚乙二醇、聚山梨酯或其它塑化剂。

在另一个方面，所述药物组合物包含一种或更多种应用溶剂。例如，可以用于应用延迟释放涂布组合物的一些更常见溶剂包括异丙醇、丙酮、二氯甲烷等。

在另一个方面，所述药物组合物包含一种或更多种碱性材料。适合在组合物中使用的碱性材料包括、但不限于酸(诸如磷酸、碳酸、柠檬酸)的钠、钾、钙、镁和铝盐和其它铝/镁化合物。此外，碱性材料可以选自抗酸材料诸如氢氧化铝、氢氧化钙、氢氧化镁和氧化镁。

除了惰性稀释剂外，口服地施用的组合物还可以包括佐剂诸如甜味剂、调味料和芳香剂。

在各个方面，所述药物组合物配制成用于全身或局部递送。在一个方面，施用是全身性的。在另一个方面，可能合乎需要的是，对需要治疗的区域进行局部施用。

可以使用各种方法来配制本文所述的药物组合物(例如，包含细菌混合物)和/或将其递送到感兴趣的位置。例如，所述药物组合物可以被配制成用于递送至胃肠道。胃肠道包括消化系统的器官，诸如口腔、食管、胃、小肠、十二指肠、空肠、回肠、大肠和直肠，且包括其所有子部分(例如，小肠可以包括十二指肠、空肠和回肠；大肠可以包括横结肠、降结肠、升结肠、乙状结肠和盲肠)。例如，所述组合物可以配制成用于将一种或更多种活性剂递送至胃、小肠、大肠和直肠中的一种或更多种，或其任何子部分(例如十二指肠、空肠和回肠，横结肠、降结肠、升结肠、乙状结肠和盲肠)。在某些方面，本文所述的组合物可以配制成递送至上胃肠道或下胃肠道。在一个方面，通过例如使胃肠道的粘膜组织直接地或间接地与组合物接触，可以给受试者施用组合物。

在各个方面，药物组合物的施用是进入胃肠道，例如经由口服递送、鼻胃管、肠插管(例如肠内管或饲管，诸如空肠管或胃-空肠管等)、直接输注(例如，十二指肠输注)、内窥镜检查、结肠镜检查或灌肠。

在一个方面，一种方法包括口服地、通过灌肠或经由直肠栓剂施用药物组合物。在一个方面，本文中施周的药物组合物被配制为包有肠溶衣的(和/或耐酸的)胶囊或微胶囊，或配制为食品、食品添加剂、乳制品、大豆制品或其衍生物、果冻、基于明胶的咀嚼物(例如口香糖)、调味液体、冰块、冰淇淋或酸奶的一部分，或与其一起施用。在另一个方面，本文施用的药物组合物被配制为耐酸肠溶衣胶囊。药物组合物可以提供为与食品或饮料组合出售的粉末。食物或饮料可以是乳制品或大豆制品。在另一个方面，食品或食品添加物包含含有药物组合物的包有肠溶衣的和/或耐酸的微胶囊剂。

在一个方面，药物组合物包含液体培养物。在另一个方面，将药物组合物均质化、低压冻干、研磨和粉碎。然后，可以将它注入，溶解在诸如盐水中，作为灌肠剂。可替换地，可以将粉末封装为包有肠溶衣的和/或耐酸的延迟释放胶囊剂用于口服施用。在一个方面，可以将粉末用耐酸/延迟释放胶囊双重封装用于口服施用。这些胶囊剂可以采用包有肠溶衣的和/或耐酸的延迟释放微胶囊剂的形式。可以提供一种可口形式的粉末，用于重构饮用或用于重构为食品添加剂。在另一个方面，食物是酸奶。在一个方面，可以将粉末重构以通过鼻-十二指肠输注进行输注。

在另一个方面，本文施用的药物组合物呈液体、冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、泡沫干燥、低压冻干或粉末形式。在另一个方面，本文施用的药物组合物被配制为延迟的或逐渐的肠道释放形式。在另一个方面，本文施用的药物组合物包含赋形剂、盐水、缓冲液、缓冲剂或流体-葡萄糖-纤维二糖琼脂(RGCA)介质。在另一个方面，本文施用的药物组合物包含冷冻保护剂。在一个方面，冷冻保护剂包含聚乙二醇、脱脂乳、赤藓醇、阿糖醇、山梨醇、葡萄糖、果糖、丙氨酸、甘氨酸、脯氨酸、蔗糖、乳糖、核糖、海藻糖、二甲亚砜(DMSO)、甘油或其组合。

在各个方面，本文提供了包含细菌混合物(例如，包含与未培养粪便细菌制品组合的一种或更多种细菌分离物)的调释制剂，其中所述制剂将大量细菌混合物(和任选的额外治疗剂)释放到胃肠道的一个或多个区域。例如，所述制剂可以在胃后释放至少约60％的细菌分离物并进入胃肠道的一个或多个区域。

在各个方面，调释制剂可以在胃之后将至少60％的细菌混合物(和任选的额外治疗剂)释放到肠道的一个或多个区域。例如，调释制剂在肠道中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌混合物(和任选的额外治疗剂)。

在各个方面，调释制剂可以在小肠中释放至少60％的细菌混合物(和任选的额外治疗剂)。例如，调释制剂在小肠(例如，十二指肠、空肠、回肠和回盲肠连接部中的一种或更多种)中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌混合物(和任选的额外治疗剂)。

在各个方面，调释制剂可以在大肠中释放至少60％的细菌混合物(和任选的额外治疗剂)。例如，调释制剂在大肠(例如，盲肠、升结肠段、横结肠段、降结肠段、乙状结肠段和直肠中的一种或更多种)中释放至少60％、至少61％、至少62％、至少63％、至少64％、至少65％、至少66％、至少67％、至少68％、至少69％、至少70％、至少71％、至少72％、至少73％、至少74％、至少75％、至少76％、至少77％、至少78％、至少79％、至少80％、至少81％、至少82％、至少83％、至少84％、至少85％、至少86％、至少87％、至少88％、至少89％、至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％的细菌分离物(和/或额外治疗剂)。

在某些方面，将所述药物组合物配制用于在胃中释放。在其它方面，所述药物组合物被配制成不会在胃中实质性地释放细菌混合物。

在某些方面，所述调释制剂在特定pH释放细菌混合物(和任选的额外治疗剂)。例如，在某些方面，调释制剂在酸性环境中基本稳定，且在近中性到碱性环境中基本不稳定(例如快速溶解或物理不稳定)。在某些方面，稳定性表示没有实质性释放，而不稳定性表示实质性释放。例如，在某些方面，调释制剂在约7.0或更低、或约6.5或更低、或约6.0或更低、或约5.5或更低、或约5.0或更低、或约4.5或更低、或约4.0或更低、或约3.5或更低、或约3.0或更低、或约2.5或更低、或约2.0或更低、或约1.5或更低、或约1.0或更低的pH基本稳定。在某些方面，本发明制剂在较低pH区域是稳定的，且因此不会在例如胃中实质性释放。在某些方面，调释制剂在约1至约4或更低的pH基本稳定，并且在更大的pH值基本不稳定。在这些方面，调释制剂不会在胃中实质性释放。在这些方面，调释制剂在小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一种或更多种)和/或大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一种或更多种)中实质性释放。在某些方面，调释制剂在约4至约5或更低的pH基本稳定，且因此在更大的pH基本不稳定，并因此不会在胃和/或小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一种或更多种)中实质性释放。在这些方面，调释制剂在大肠(例如，盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一种或更多种)中实质性释放。在各个方面，本文列举的pH值可以如本领域已知的那样进行调整，以适应受试者的状态，例如，无论是在禁食状态还是餐后状态。

在某些方面，调释制剂在胃液中基本稳定，且在肠液中基本不稳定，且因此，在小肠(例如十二指肠、空肠和回肠中的一种或更多种)和/或大肠(例如盲肠、升结肠、横结肠、降结肠和乙状结肠中的一种或更多种)中实质性释放。

在某些方面，调释制剂在胃液中稳定或在酸性环境中稳定。这些调释制剂在pH为约4至约5或更低的胃液中，或在pH为约4至约5或更低的模拟胃液中，在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟中，释放以重量计约30％或更少的在调释制剂中的药物组合物(例如，包含细菌混合物)。调释制剂在pH为4-5或更低的胃液中，或在pH为4-5或更低的模拟胃液中，在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟中，可以释放以重量计从约0％至约30％、从约0％至约25％、从约0％至约20％、从约0％至约15％、从约0％至约10％、约5％至约30％、从约5％至约25％、从约5％至约20％、从约5％至约15％、从约5％至约10％的在调释制剂中的组合物。调释制剂在pH为5或更低的胃液中，或在pH为5或更低的模拟胃液中，在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟中，可以释放以重量计约1％、约2％、约3％、约4％、约5％、约6％、约7％、约8％、约9％或约10％的在调释制剂中的总组合物。

在某些方面，调释制剂在肠液中是不稳定的。这些调释制剂在肠液或模拟肠液中在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟中释放以重量计约70％或更多的在调释制剂中的细菌混合物和/或额外治疗剂。在某些方面，调释制剂在近中性至碱性环境中是不稳定的。这些调释制剂在pH为约4-5或更大的肠液中或在pH为约4-5或更大的模拟肠液中，在约15分钟、或约30分钟、或约45分钟、或约60分钟、或约90分钟中，释放以重量计约70％或更多的在调释制剂中的细菌混合物和/或额外治疗剂。在近中性或碱性环境中不稳定的调释制剂在pH大于约5的流体(例如，pH为从约5至约14、从约6至约14、从约7至约14、从约8至约14、从约9至约14、从约10至约14或从约11至约14的流体)中，在从约5分钟至约90分钟、或从约10分钟至约90分钟、或从约15分钟至约90分钟、或从约20分钟至约90分钟、或从约25分钟至约90分钟、或从约30分钟至约90分钟、或从约5分钟至约60分钟、或从约10分钟至约60分钟、或从约15分钟至约60分钟、或从约20分钟至约60分钟、或从约25分钟至约90分钟、或从约30分钟至约60分钟中，可以释放以重量计70％或更多的在调释制剂中的药物组合物(例如，包含微生物混合液)。

模拟胃液和模拟肠液的例子包括、但不限于在2005年药典23NF/28USP第2858页试验溶液中公开的那些，和/或本领域技术人员已知的其它模拟胃液和模拟肠液，例如，无酶制备的模拟胃液和/或肠液。

在各个方面，调释制剂可以在食糜中基本稳定。例如，在某些方面，在施用之后约10、或9、或8、或7、或6、或5、或4、或3、或2、或1小时，细菌混合物中细菌的活性或活力损失小于约50％、或约40％、或约30％、或约20％、或约10％。

在各个方面，可以将调释制剂设计用于立即释放(例如，在摄入后)。在各个方面，调释制剂可以具有持续释放特性，即活性成分在身体(例如，胃肠道)内在延长的时间段内缓慢释放。在各个方面，调释制剂可以具有延迟释放特性，即在摄入后不立即释放活性成分；相反，延迟活性成分的释放，直到组合物在胃肠道中较低；例如，为了在小肠(例如，十二指肠、空肠、回肠中的一种或更多种)或大肠(例如，盲肠、升结肠段、横结肠段、降结肠段、乙状结肠段和直肠中的一种或更多种)中释放。例如，可以对组合物进行肠溶包衣以延迟活性成分的释放直到其到达小肠或大肠。

在各个方面，调释制剂可以利用一种或更多种调释包衣诸如延迟释放包衣，以提供细菌混合物与任选的额外治疗剂一起向胃肠道的有效的、延迟的但实质性的递送。

在一个方面，延迟释放包衣包括在酸性环境中基本稳定且在近中性至碱性环境中基本不稳定的肠溶剂。在一个方面，延迟释放包衣包含在胃液中基本稳定的肠溶剂。肠溶剂可以选自例如甲基丙烯酸共聚物、邻苯二甲酸乙酸纤维素、羟丙基甲基纤维素邻苯二甲酸酯、聚醋酸乙烯邻苯二甲酸酯、羧甲基乙基纤维素和

-型聚合物(聚(甲基丙烯酸、甲基甲基丙烯酸酯)、醋酸羟丙甲纤维素琥珀酸酯、醋酸纤维素偏苯三甲酸酯、紫胶或其它合适肠溶包衣聚合物的溶液或分散体。

-型聚合物包括，例如，

FS 30D，L 30 D-55，L 100-55，L 100，L 12，5，L 12，5 P，RL 30 D，RL PO，RL 100，RL 12，5，RS 30 D，RS PO，RS 100，RS 12，5，NE 30 D，NE 40 D，NM 30 D，S 100，S12，5，和S 12，5 P。类似的聚合物包括

MAE 30 DP和

MAE 100 P。在某些方面，使用

FS 30D，L 30 D-55，L 100-55，L 100，L 12，5，L 12，5 P RL30 D，RL PO，RL 100，RL 12，5，RS 30 D，RS PO，RS 100，RS 12，5，NE 30 D，NE 40 D，NM 30D，S 100，S 12，5 S 12，5 P，

MAE 30 DP和

MAE 100 P中的一种或更多种。在各个方面，肠溶剂可以是前述溶液或分散体的组合。

在某些方面，将一种或更多种包衣系统添加剂与肠溶剂一起使用。例如，一种或更多种PlasACRYLTM添加剂可以用作抗粘着剂包衣添加剂。示例性的PlasACRYLTM添加剂包括、但不限于PlasACRYLTM HTP20和PlasACRYLTM T20。

在另一个方面，当在水溶液中时，延迟释放包衣可以作为时间的函数降解，而不考虑溶液中的pH和/或酶的存在。这样的包衣可以包含水不溶性聚合物。因此，其在水溶液中的溶解度与pH无关。本文中使用的术语“与pH无关”意味着聚合物的水渗透性及其释放药物成分的能力不是pH的函数，和/或仅非常轻微地依赖于pH。这样的包衣可以用于制备例如持续释放制剂。合适的水不溶性聚合物包括药学上可接受的无毒的聚合物，其基本上不溶于水性介质，例如，水，与溶液的pH无关。合适的聚合物包括、但不限于纤维素醚、纤维素酯或纤维素醚-酯，即，纤维素衍生物，其中纤维素骨架上的一些羟基被烷基替代，且一些被烷酰基修饰。例子包括乙基纤维素、乙酰基纤维素、硝酸纤维素等。不溶性聚合物的其它例子包括、但不限于漆、和丙烯酸和/或甲基丙烯酸酯聚合物、具有低季铵含量的丙烯酸酯或甲基丙烯酸酯的聚合物或共聚物、或其混合物等。不溶性聚合物的其它例子包括

和

不溶性聚合物可以包括聚乙烯基酯、聚乙烯基缩醛、聚丙烯酸酯、丁二烯苯乙烯共聚物等。在一个方面，通过使用缓慢侵蚀的蜡塞(例如，各种PEGS，包括例如PEG6000)来实现结肠递送。

在另一个方面，延迟释放包衣可以被肠道菌群中存在的微生物酶降解。在一个方面，延迟释放包衣可以被存在于小肠中的细菌降解。在另一个方面，延迟释放包衣可以被存在于大肠中的细菌降解。

在各个方面，可以设计调释制剂用于在结肠中释放。可以利用各种结肠特异性的递送方案。例如，使用例如在Li等人，AAPS PharmSciTech(2002)，3(4)：1-9(其整个内容通过引用并入本文)中描述的结肠特异性的药物递送系统(CODES)，可以配制调释制剂。这样的系统中的药物释放被与pH敏感的聚合物包衣关联的结肠微生物菌群触发。例如，所述制剂可以设计为具有三个聚合物层的芯片剂。第一层包衣为酸溶性聚合物(例如，EUDRAGITE)，外部包衣为肠溶性包衣，二者中间夹有羟丙基甲基纤维素屏障层。在另一个方面，通过用在结肠中降解的特定聚合物(例如，果胶)配制药物组合物(例如，包含微生物混合液)，可以实现结肠递送。果胶可以进一步与阳离子(诸如锌阳离子)胶凝或交联。在一个方面，所述制剂为离子交联的果胶珠的形式，其进一步涂有聚合物(例如，EUDRAGIT聚合物)。另外的结肠特异性制剂包括、但不限于压力控制的药物递送系统(用例如乙基纤维素制备)和渗透控制的药物递送系统(即，ORDS-CT)。

如本文所述，使用例如体外溶出度试验，可以评价用于细菌混合物(和任选的额外治疗剂)的结肠特异性递送的制剂。例如，可以在不同缓冲液中进行平行溶出研究，以表征制剂在不同pH水平的行为。可替换地，可以进行体外酶试验。例如，可以在含有合适细菌培养基的发酵罐中温育制剂，并确定在不同时间间隔释放的药物量。药物释放研究也可以在含有酶的缓冲介质或大鼠、豚鼠或兔盲肠内容物中进行，并确定在特定时间内释放的药物量。在另一个方面，可以使用动物模型(诸如狗、豚鼠、大鼠和猪)进行体内评价。此外，通过计算药物递送指数(DDI)可以进行结肠特异性的药物递送制剂的临床评价，该指数考虑了RCE(向药物的相对结肠组织暴露)与RSC(血液中药物的相对量，即相对于向药物的全身暴露)的相对比率。越高的药物DDI指示越好的结肠药物递送。通过结肠镜检查和插管法可以监测药物从结肠的吸收。

在各个方面，本发明制剂提供了细菌混合物(和任选的额外治疗剂)在胃肠道释放区域中的基本均匀递送。在一个方面，本发明制剂使细菌混合物的斑片状或异质性释放最小化。

在各个方面，本发明制剂提供了多剂量的一种或更多种细菌混合物沿着胃肠道的释放。例如，所述组合物和/或制剂可以在沿着肠道的不同位置、在不同时间和/或在不同pH释放多剂量的相同细菌混合物。可替换地，所述组合物和/或制剂可以在沿着肠道的不同位置、在不同时间和/或在不同pH释放一定剂量的不同细菌混合物。在一个方面，所述药物组合物包含第一细菌混合物和第二细菌混合物，所述第一细菌混合物包含在肠中的第一位置释放的一种或更多种细菌分离物，所述第二细菌混合物包含在肠中的第二位置释放的未培养粪便细菌制品。在一个方面，所述第一细菌混合物在回肠中释放，且所述第二细菌混合物在结肠中释放。

可以调整这样的制剂的总体释放特性，例如，使用多个颗粒类型或多个层。例如，在一个方面，第一细菌混合物(或第一剂的细菌混合物)可以配制成用于在例如中释放小肠(例如，十二指肠、空肠、回肠中的一种或更多种)，而第二细菌混合物(或第二剂的细菌混合物)配制成用于在例如大肠(例如，盲肠、升结肠段、横结肠段、降结肠段、乙状结肠段和直肠中的一种或更多种)中延迟释放。在另一个实施例中，第一细菌混合物(或第一剂的细菌混合物)可以配制成用于在例如小肠(例如，十二指肠、空肠、回肠中的一种或更多种)中释放，而第二细菌混合物(或第二剂的细菌混合物)配制成用于在例如小肠的另一部分(例如，十二指肠、空肠、回肠中的一种或更多种)中延迟释放。在另一个方面，第一细菌混合物(或第一剂的细菌混合物)可以配制成用于在例如大肠(例如，盲肠、升结肠段、横结肠段、降结肠段、乙状结肠段和直肠中的一种或更多种)中释放，而第二细菌混合物(或第二剂的细菌混合物)配制成用于在例如大肠的另一部分(例如，盲肠、升结肠段、横结肠段、降结肠段、乙状结肠段和直肠中的一种或更多种)中延迟释放。在各个方面，所述组合物和/或制剂可以在沿着肠道的不同位置、在不同时间和/或在不同pH释放至少一剂、至少两剂、至少三剂、至少四剂或至少五剂的细菌混合物。同样地，在各个方面，所述组合物和/或制剂可以在沿着肠道的不同位置、在不同时间和/或在不同pH释放至少一种细菌混合物、至少两种细菌混合物、至少三种细菌混合物、至少四种细菌混合物或至少五种细菌混合物。

在另一个方面，延迟或逐渐肠道释放制剂包含双层片剂或胶囊的使用，其包括包含聚环氧烷烃、聚乙烯吡咯烷酮、润滑剂或其混合物的第一层，以及包含聚氧化乙烯、羧基甲基纤维素或二者的第二渗透推送层。在一个方面，延迟或逐渐肠道释放制剂包含选自以下的释放延迟基质材料的使用：丙烯酸聚合物、纤维素、蜡、脂肪酸、紫胶、玉米醇溶蛋白、氢化植物油、氢化蓖麻油、聚乙烯基吡咯烷、乙酸乙烯酯共聚物、乙烯醇共聚物、聚氧化乙烯、丙烯酸和甲基丙烯酸共聚物、甲基丙烯酸甲酯共聚物、甲基丙烯酸乙氧基乙酯聚合物、甲基丙烯酸氰基乙酯聚合物、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、聚(丙烯酸)、聚(甲基丙烯酸)、甲基丙烯酸烷基酰胺共聚物、聚(甲基丙烯酸甲酯)、聚(甲基丙烯酸酸酐)、甲基丙烯酸甲酯聚合物、聚甲基丙烯酸酯、聚(甲基丙烯酸甲酯)共聚物、聚丙烯酰胺、甲基丙烯酸氨基烷基酯共聚物、甲基丙烯酸缩水甘油酯共聚物、甲基纤维素、乙基纤维素、羧甲纤维素、羟丙基甲基纤维素、羟基甲基纤维素、羟乙基纤维素、羟丙基纤维素、交联羧甲纤维素钠、交联羟丙基纤维素、天然蜡、合成蜡、脂肪醇、脂肪酸、脂肪酸酯、脂肪酸甘油酯、氢化脂肪、烃蜡、硬脂酸、硬脂醇、蜂蜡、糖蜡(glycowax)、蓖麻蜡、巴西棕榈蜡、聚乳酸、聚乙醇酸、乳酸和羟乙酸的共聚物、羧甲基淀粉、甲基丙烯酸钾/二乙烯基苯共聚物、交联聚乙烯吡咯烷酮、聚乙烯醇、聚乙烯醇共聚物、聚乙二醇、未交联的聚乙烯吡咯烷酮、聚乙酸乙烯酯、聚乙酸乙烯酯共聚物或其任意组合。在一个方面，延迟或逐渐肠道释放制剂包含微环境pH调节剂的使用。

应该理解，本文描述的药物组合物可以包含多种独特的细菌混合物，例如以实现每种细菌混合物的不同递送位置特性。在一个方面，药物组合物包含至少两种细菌混合物，使得第一细菌混合物包含一种或更多种细菌分离物且第二细菌混合物包含未培养粪便细菌制品。在一个方面，所述第二细菌混合物进一步包含一种或更多种细菌分离物，其不同于所述第一细菌混合物中的细菌分离物。可替换地，所述第二细菌混合物可以基本上由未培养粪便细菌制品组成。在另一个方面，所述第一细菌混合物包含仅一种细菌分离物。药物组合物可以包含任何数目的细菌混合物，例如一、二、三、四、五、六、七、八、九、十或超过十种细菌混合物，其中每种含有不同的细菌分离物、细菌分离物的不同组合、未培养粪便细菌制品、或未培养粪便细菌制品与一种或更多种细菌分离物的不同组合。

在一个方面，药物组合物可以是灌服药。在一个方面，通过选择药物组合物的盐水悬浮形式来制备灌服药。通过制备一种成分的悬浮液与另一种成分的水溶液，可以将一种成分的水溶性形式与另一种成分的水不溶性形式结合使用。任一种活性成分的水不溶性形式可以在某些生理上可接受的溶剂(诸如聚乙二醇)中制备为悬浮液。任一种活性成分的水不溶性形式的悬浮液可以在以下溶剂中制备：油诸如花生、玉米、芝麻油等；二醇诸如丙二醇或聚乙二醇；或水，取决于特定活性成分的溶解度。为了保持活性成分悬浮，合适的生理上可接受的佐剂可能是必要的。佐剂可以包括并选自增稠剂，诸如羧甲纤维素、聚乙烯吡咯烷酮、明胶和海藻酸盐。表面活性剂通常用于悬浮活性成分，尤其是脂溶性的丙酸盐增强化合物。对于在液体非溶剂中制备悬浮液最有用的是烷基酚聚氧化乙烯加合物、萘磺酸酯、烷基苯-磺酸酯和聚氧乙烯脱水山梨糖醇酯。此外，许多物质会影响液体的亲水性、密度和表面张力，其在个别情况下可以有助于制造悬浮液。例如，有机硅防泡沫剂、二醇、山梨醇和糖可以是有用的悬浮剂。

在一个方面，可以通过贴剂施用药物组合物。

在某些方面，本文所述的细菌分离物呈活营养细胞的形式。在某些方面，本文所述的细菌分离物呈孢子的形式。在某些方面，本文描述的细菌分离物是低压冻干的。作为非限制性例子，低压冻干可以通过本领域已知的方法进行，包括在美国专利号7,799,328中描述的方法，其内容特此通过引用整体并入。在某些方面，将本文所述的低压冻干的细菌混合物置于包有肠溶衣的软凝胶或胶囊中。

在各个方面，制剂可以采用在以下中的一篇或多篇中描述的那些的形式：美国专利号8,535,713和8,9117,77和美国专利公开号20120141585、20120141531、2006/001896、2007/0292523、2008/0020018、2008/0113031、2010/0203120、2010/0255087、2010/0297221、2011/0052645、2013/0243873、2013/0330411、2014/0017313，和2014/0234418，其内容特此通过引用整体并入。

在各个方面，制剂可以采用在国际专利公开号WO 2008/135090中描述的那些的形式，其内容特此通过引用整体并入。

在各个方面，制剂可以采用在以下中的一篇或多篇中描述的那些的形式：美国专利号4,196,564；4,196,565；4,247,006；4,250,997；4,268,265；5,317,849；6,572,892；7,712,634；8,074,835；8,398,912；8,440,224；8,557,294；8,646,591；8,739,812；8,810,259；8,852,631；和8,911,788和美国专利公开号2014/0302132；2014/0227357；20140088202；20130287842；2013/0295188；2013/0307962；和20130184290，其内容特此通过引用整体并入。

施用和剂量

应当理解，药物组合物或在其中的细菌细胞(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品的细菌混合物)的剂量将根据例如以下因素而变化：特定剂型，给受试者的施用模式，在组合物中的细菌分离物(如果存在的话)的身份，在组合物中的细菌分离物(如果存在的话)的数目，以及未培养粪便细菌制品在组合物中的存在或不存在。这些因素，以及可能改变细菌混合物中细菌活性的变量(例如，受试者体重、性别和饮食、施用时间、施用途径、排泄速率、受试者状况、药物组合、遗传倾向和反应敏感性)，可以被本领域技术人员考虑以制定有效剂量或剂量方案用于治疗或预防患者中ASD的至少一种症状。可以在最大耐受剂量内连续地或以一个或多个离散剂量进行施用。本领域技术人员使用常规剂量施用试验可以确定在给定条件组下的最佳施用速率。

在各个方面，药物组合物或在其中的细菌细胞(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品的细菌混合物)的剂量可以有效调节患者的微生物组以利于生态平衡，从而治疗或预防ASD的一种或更多种症状。

在一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个CFU的细菌分离物。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至多10⁵、至多10⁶、至多10⁷、至多10⁸、至多10⁹、至多10¹⁰、至多10¹¹、至多10¹²、至多10¹³、至多10¹⁴或至多10¹⁵个CFU的细菌分离物。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药理学上有活性的或治疗上有效的剂量选自以下：从10⁸个CFU至10¹⁴个CFU、从10⁹个CFU至10¹³个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹²个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹¹个CFU、从10⁹个CFU至10¹⁴个CFU、从10⁹个CFU至10¹²个CFU、从10⁹个CFU至10¹¹个CFU、从10⁹个CFU至10¹⁰个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹⁴个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹³个CFU、从10¹¹个CFU至10¹⁴个CFU、从10¹¹个CFU至10¹³个CFU、从10¹²个CFU至10¹⁴个CFU和从10¹³个CFU至10¹⁴个CFU的细菌分离物。

在一个方面，药物组合物包含一种或更多种细菌分离物，其中每种细菌分离物以在前述药学上有活性的或治疗上有效的剂量之一的每个单位剂量存在，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。

在一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个细菌分离物细胞或孢子。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药理学上有活性的或治疗上有效的剂量包含共计至多10⁵、至多10⁶、至多10⁷、至多10⁸、至多10⁹、至多10¹⁰、至多10¹¹、至多10¹²、至多10¹³、至多10¹⁴或至多10¹⁵个细菌分离物细胞或孢子。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的细菌分离物的药理学上有活性的或治疗上有效的剂量选自以下：从10⁸至10¹⁴、从10⁹至10¹³、从10¹⁰至10¹²、从10¹⁰至10¹¹、从10⁹至10¹⁴、从10⁹至10¹²、从10⁹至10¹¹、从10⁹至10¹⁰、从10¹⁰至10¹⁴、从10¹⁰至10¹³、从10¹¹至10¹⁴、从10¹¹至10¹³、从10¹²至10¹⁴和从10¹³至10¹⁴个细菌分离物细胞或孢子。

在一个方面，细菌分离物的药学上有活性的或治疗上有效的剂量细胞计数是针对活细胞。在一个方面，药物组合物包含一种或更多种细菌分离物，其中每种细菌分离物以在前述药学上有活性的或治疗上有效的剂量之一的每个剂量单位存在，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。

在一个方面，本文描述的药物组合物呈胶囊形式，且每个胶囊包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个细菌分离物细胞或孢子。在一个方面，本文描述的药物组合物呈胶囊形式，并且每个胶囊包含从10⁸至10¹⁴、从10⁹至10¹³、从10¹⁰至10¹²、从10¹⁰至10¹¹、从10⁹至10¹⁴、从10⁹至10¹²、从10⁹至10¹¹、从10⁹至10¹⁰、从10¹⁰至10¹⁴、从10¹⁰至10¹³、从10¹¹至10¹⁴、从10¹¹至10¹³、从10¹²至10¹⁴或从10¹³至10¹⁴个细菌分离物细胞或孢子。

在一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个CFU的未培养粪便细菌制品。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至多10⁵、至多10⁶、至多10⁷、至多10⁸、至多10⁹、至多10¹⁰、至多10¹¹、至多10¹²、至多10¹³、至多10¹⁴或至多10¹⁵个CFU的未培养粪便细菌制品。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药理学上有活性的或治疗上有效的剂量选自以下：从10⁸个CFU至10¹⁴个CFU、从10⁹个CFU至10¹³个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹²个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹¹个CFU、从10⁹个CFU至10¹⁴个CFU、从10⁹个CFU至10¹²个CFU、从10⁹个CFU至10¹¹个CFU、从10⁹个CFU至10¹⁰个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹⁴个CFU、从10¹⁰个CFU至10¹³个CFU、从10¹¹个CFU至10¹⁴个CFU、从10¹¹个CFU至10¹³个CFU、从10¹²个CFU至10¹⁴个CFU和从10¹³个CFU至10¹⁴个CFU的未培养粪便细菌制品。

在一个方面，未培养粪便细菌制品以在前述药学上有活性的或治疗上有效的剂量之一存在于药物组合物的每个单位剂量中，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。

在一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个未培养粪便细菌制品的细胞或孢子。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药学上有活性的或治疗上有效的剂量包含共计至多10⁵、至多10⁶、至多10⁷、至多10⁸、至多10⁹、至多10¹⁰、至多10¹¹、至多10¹²、至多10¹³、至多10¹⁴或至多10¹⁵个未培养粪便细菌制品的细胞或孢子。在另一个方面，给受试者施用(即，在单次或多次施用中)以治疗ASD的至少一种症状的未培养粪便细菌制品的药理学上有活性的或治疗上有效的剂量选自以下：从10⁸至10¹⁴、从10⁹至10¹³、从10¹⁰至10¹²、从10¹⁰至10¹¹、从10⁹至10¹⁴、从10⁹至10¹²、从10⁹至10¹¹、从10⁹至10¹⁰、从10¹⁰至10¹⁴、从10¹⁰至10¹³、从10¹¹至10¹⁴、从10¹¹至10¹³、从10¹²至10¹⁴和从10¹³至10¹⁴个未培养粪便细菌制品的细胞或孢子。

在一个方面，未培养粪便细菌制品的药学上有活性的或治疗上有效的剂量细胞计数是针对活细胞。在一个方面，未培养粪便细菌制品以前述药学上有活性的或治疗上有效的剂量之一存在于药物组合物的每个单位剂量中，单位重量为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0克，或单位体积为约0.2、0.4、0.6、0.8或1.0毫升。

在一个方面，本文描述的药物组合物呈胶囊的形式，且每个胶囊包含至少10⁵、至少10⁶、至少10⁷、至少10⁸、至少10⁹、至少10¹⁰、至少10¹¹、至少10¹²、至少10¹³、至少10¹⁴或至少10¹⁵个未培养粪便细菌制品的细胞或孢子。在一个方面，本文描述的药物组合物呈胶囊的形式，且每个胶囊包含从10⁸至10¹⁴、从10⁹至10¹³、从10¹⁰至10¹²、从10¹⁰至10¹¹、从10⁹至10¹⁴、从10⁹至10¹²、从10⁹至10¹¹、从10⁹至10¹⁰、从10¹⁰至10¹⁴、从10¹⁰至10¹³、从10¹¹至10¹⁴、从10¹¹至10¹³、从10¹²至10¹⁴或从10¹³至10¹⁴个未培养粪便细菌制品的细胞或孢子。

可以给受试者施用与未培养粪便细菌制品组合的一种或更多种细菌分离物来治疗ASD的一种或更多种症状。在这种情况下，可以将细菌分离物和未培养粪便细菌制品在相同的药物组合物中或在分开的组合物中一起施用给受试者。此外，药物组合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物、未培养粪便细菌制品或二者)可以在单一单位剂量或多个单位剂量中施用给受试者，例如作为剂量方案的一部分。在一个方面，给受试者施用的未培养粪便细菌制剂的剂量(例如通过CFU或细胞/孢子计数测量)大于细菌分离物的剂量。可替换地，给受试者施用的未培养粪便细菌制剂的剂量(例如通过CFU或细胞/孢子计数测量)可以小于细菌分离物的剂量。在另一个方面，未培养粪便细菌制品的剂量(例如通过CFU或细胞/孢子计数测量)可以与细菌分离物的剂量大致相同。例如，在一个方面，可以给受试者施用约10¹⁰个细胞的剂量的细菌分离物(例如罗伊乳杆菌)和约10¹⁰个细胞的剂量的未培养粪便细菌制品以治疗或预防ASD的一种或更多种症状。

在一个方面，施用给受试者以治疗ASD的一种或更多种症状的细菌分离物的细胞数目与施用给受试者的未培养粪便细菌制品的细胞总数大致相同或比后者更大。可替换地，施用给受试者以治疗ASD的一种或更多种症状的细菌分离物的细胞数目与施用给受试者的未培养粪便细菌制品的细胞总数大致相同或比后者更小。

在一个方面，药物组合物包含含有多种细菌分离物的细菌混合物。在另一个方面，至少两种细菌分离物以大致相同量或剂量(例如，大致相同数目的活细胞或孢子，或大致相同的CFU)存在。在另一个方面，至少三种细菌分离物、至少四种细菌分离物、至少五种细菌分离物、至少六种细菌分离物、至少七种细菌分离物、至少八种细菌分离物、至少九种细菌分离物、至少十种细菌分离物或超过十种细菌分离物以大致相同量或剂量(例如，大致相同数目的活细胞或孢子，或大致相同的CFU)存在于药物组合物中。在另一个方面，细菌混合物中的所有细菌分离物以大致相同的量存在。

在一个方面，药物组合物包含含有多种细菌分离物的细菌混合物，且所述多种细菌分离物中的至少两种以不同量或剂量(例如，不同数目的活细胞或孢子，或不同的CFU)存在。在另一个方面，至少三种、至少四种、至少五种、至少六种、至少七种、至少八种、至少九种、至少十或超过十种细菌分离物以不同量或剂量存在于细菌混合物中。

药物组合物可以包含细菌混合物，所述细菌混合物包含与未培养粪便细菌制品组合的多种细菌分离物。在一个方面，每种细菌分离物在组合物中存在的量或剂量大于未培养粪便细菌制品的量或剂量(例如，测量为活细胞或孢子的数目，或CFU)。在另一个方面，每种细菌分离物在组合物中存在的量或剂量小于未培养粪便细菌制品的量或剂量(例如，测量为活细胞或孢子的数目，或CFU)。在另一个方面，至少一种细菌分离物在组合物中存在的量或剂量大于未培养粪便细菌制品的量或剂量，且至少一种细菌分离物在组合物中存在的量或剂量小于未培养粪便细菌制品的量或剂量(例如，测量为活细胞或孢子的数目，或CFU)。

在一个方面，药物组合物包含一种或更多种细菌分离物，其量或剂量等于或高于为在受试者肠道中发生细菌分离物移入而需要施用给受试者的细菌分离物的最小量或剂量。例如，将细菌分离物移入受试者肠道所需的细菌分离物的最小剂量可以是至少10⁶个细胞、至少10⁷个细胞、至少10⁸个细胞、至少10⁹个细胞、至少10¹⁰个细胞、至少10¹¹个细胞或至少10¹²个细胞。在一个方面，微生物混合液的第一种和第二种细菌分离物以不同的最小剂量或量移入受试者肠道中，并且所述微生物混合液中第一种和第二种细菌分离物中的每一种的剂量或量对应于所述各种细菌分离物的移入所需的各自最小剂量或量而变化。

可以以单位剂型(例如，片剂或胶囊剂)施用单个剂量的药物组合物(例如，包含细菌混合物)，所述单位剂型含有例如从约0.01mg至约5,000mg、从约0.01mg至约4,000mg、从约0.01mg至约3,000mg、从约0.01mg至约2,000mg、从约0.01mg至约1,000mg、从约0.01mg至约950mg、从约0.01mg至约900mg、从约0.01mg至约850mg、从约0.01mg至约800mg、从约0.01mg至约750mg、从约0.01mg至约700mg、从约0.01mg至约650mg、从约0.01mg至约600mg、从约0.01mg至约550mg、从约0.01mg至约500mg、从约0.01mg至约450mg、从约0.01mg至约400mg、从约0.01mg至约350mg、从约0.01mg至约300mg、从约0.01mg至约250mg、从约0.01mg至约200mg、从约0.01mg至约150mg、从约0.01mg至约100mg、从约0.1mg至约90mg、从约0.1mg至约80mg、从约0.1mg至约70mg、从约0.1mg至约60mg、从约0.1mg至约50mg、从约0.1mg至约40mg、从约0.1mg至约30mg、从约0.1mg至约20mg、从约0.1mg至约10mg、从约0.1mg至约5mg、从约0.1mg至约3mg、从约0.1mg至约1mg活性成分/单位剂型，或从约5mg至约80mg/单位剂型。例如，单位剂型可以包括约0.01mg、约0.02mg、约0.03mg、约0.04mg、约0.05mg、约0.06mg、约0.07mg、约0.08mg、约0.09mg、约0.1mg、约0.2mg、约0.3mg、约0.4mg、约0.5mg、约0.6mg、约0.7mg、约0.8mg、约0.9mg、约1mg、约2mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约45mg、约50mg、约55mg、约60mg、约65mg、约70mg、约75mg、约80mg、约85mg、约90mg、约95mg、约100mg、约150mg、约200mg、约250mg、约300mg、约350mg、约400mg、约450mg、约500mg、约550mg、约600mg、约650mg、约700mg、约750mg、约800mg、约850mg、约900mg、约950mg、约1,000mg，约2,000mg、约3,000mg、约4,000mg或约5,000mg活性成分，包括在二者之间的所有值和范围。

在一个方面，以每天从约0.01mg至约100mg、每天从约0.01mg至约5,000mg、每天约0.01mg至约4,000mg、每天约0.01mg至约3,000mg、每天约0.01mg至约2,000mg、每天约0.01mg至约1,000mg、每天从约0.01mg至约950mg、每天从约0.01mg至约900mg、每天从约0.01mg至约850mg、每天从约0.01mg至约800mg、每天从约0.01mg至约750mg、每天从约0.01mg至约700mg、每天从约0.01mg至约650mg、每天从约0.01mg至约600mg、每天从约0.01mg至约550mg、每天从约0.01mg至约500mg、每天从约0.01mg至约450mg、每天从约0.01mg至约400mg、每天从约0.01mg至约350mg、每天从约0.01mg至约300mg、每天从约0.01mg至约250mg、每天从约0.01mg至约200mg、每天从约0.01mg至约150mg、每天从约0.1mg至约100mg、每天从约0.1mg至约95mg、每天从约0.1mg至约90mg、每天从约0.1mg至约85mg、每天从约0.1mg至约80mg、每天从约0.1mg至约75mg、每天从约0.1mg至约70mg、每天从约0.1mg至约65mg、每天从约0.1mg至约60mg、每天从约0.1mg至约55mg、每天从约0.1mg至约50mg、每天从约0.1mg至约45mg、每天从约0.1mg至约40mg、每天从约0.1mg至约35mg、每天从约0.1mg至约30mg、每天从约0.1mg至约25mg、每天从约0.1mg至约20mg、每天从约0.1mg至约15mg、每天从约0.1mg至约10mg、每天从约0.1mg至约5mg、每天从约0.1mg至约3mg、每天从约0.1mg至约1mg、或每天从约5mg至约80mg的量施用药物组合物(例如，包含细菌混合物)。在各个方面，以约0.01mg、约0.02mg、约0.03mg、约0.04mg、约0.05mg、约0.06mg、约0.07mg、约0.08mg、约0.09mg、约0.1mg、约0.2mg、约0.3mg、约0.4mg、约0.5mg、约0.6mg、约0.7mg、约0.8mg、约0.9mg、约1mg、约2mg、约3mg、约4mg、约5mg、约6mg、约7mg、约8mg、约9mg约10mg、约15mg、约20mg、约25mg、约30mg、约35mg、约40mg、约45mg、约50mg、约55mg、约60mg、约65mg、约70mg、约75mg、约80mg、约85mg、约90mg、约95mg、约100mg、约150mg、约200mg、约250mg、约300mg、约350mg、约400mg、约450mg、约500mg、约550mg、约600mg、约650mg、约700mg、约750mg、约800mg、约850mg、约900mg、约950mg、约1,000mg、约2,000mg、约3,000mg、约4,000mg或约5,000mg的每日剂量施用细菌混合物，包括在二者之间的所有值和范围。

在某些方面，药物组合物(例如，包含细菌混合物)的合适剂量是在约0.01mg/kg至约100mg/kg受试者体重的范围内，例如，约0.01mg/kg、约0.02mg/kg、约0.03mg/kg、约0.04mg/kg、约0.05mg/kg、约0.06mg/kg、约0.07mg/kg、约0.08mg/kg、约0.09mg/kg、约0.1mg/kg、约0.2mg/kg、约0.3mg/kg、约0.4mg/kg、约0.5mg/kg、约0.6mg/kg、约0.7mg/kg、约0.8mg/kg、约0.9mg/kg、约1mg/kg、约1.1mg/kg、约1.2mg/kg、约1.3mg/kg、约1.4mg/kg、约1.5mg/kg、约1.6mg/kg、约1.7mg/kg、约1.8mg/kg、1.9mg/kg、约2mg/kg、约3mg/kg、约4mg/kg、约5mg/kg、约6mg/kg、约7mg/kg、约8mg/kg、约9mg/kg、约10mg/kg体重、约20mg/kg体重、约30mg/kg体重、约40mg/kg体重、约50mg/kg体重、约60mg/kg体重、约70mg/kg体重、约80mg/kg体重、约90mg/kg体重或约100mg/kg体重，包括在二者之间的所有值和范围。在其它方面，组合物的合适剂量是在约0.01mg/kg至约100mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约90mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约80mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约70mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约60mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约50mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约40mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约30mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约20mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约10mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约9mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约8mg/kg体重的范围内，在约0.01mg/kg至约7mg/kg体重的范围内，在0.01mg/kg至约6mg/kg体重的范围内，在约0.05mg/kg至约5mg/kg体重的范围内，在约0.05mg/kg至约4mg/kg体重的范围内，在约0.05mg/kg至约3mg/kg体重的范围内，在约0.05mg/kg至约2mg/kg体重的范围内，在约0.05mg/kg至约1.5mg/kg体重的范围内，或在约0.05mg/kg至约1mg/kg体重的范围内。

根据某些方面，例如，每天超过一次、约每天一次、约每隔一天一次、约每三天一次、约每周一次、约每两周一次、约每月一次、约每两个月一次、约每三个月一次、约每六个月一次或约每年一次施用药物组合物(例如，包含细菌混合物)。

在一个方面，可以每天至少一次将药物组合物施用给有此需要的患者持续至少两个连续天。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在另一个方面，每周至少两次、三次、四次或五次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或月。在再一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，可以每天至少两次将药物组合物施用给有此需要的患者持续至少两个连续天。在一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在另一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在另一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在另外一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或月。在另外一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在本公开内容的一个方面，可以每天至少三次将药物组合物施用给有此需要的患者持续至少两个连续天。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或月。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，可以以每天至少一次或两次的定量施用计划将药物组合物施用给有此需要的患者持续至少三个连续天或周。在一个方面，每天至少一次、两次或三次施用剂量持续1至12周之间、2至12周之间、3至12周之间、4至12周之间、5至12周之间、6至12周之间、7至12周之间、8至12周之间、9至12周之间、10至12周之间、1至2周之间、2至3周之间、3至4周之间、4至5周之间、5至6周之间、6至7周之间、7至8周之间、8至9周之间、9至10周之间或10至11周之间的阶段。

在一个方面，可以以每周一次、每周两次或每周三次的定量施用计划将药物组合物施用给有此需要的患者。术语“每周一次”是指，通常一周只施用剂量一次，例如，在每周的同一天。“每周两次”是指，通常一周只施用剂量两次，例如，在每周阶段的相同两天。“每周三次”是指，通常一周只施用剂量三次，例如，在每周阶段的相同三天。

在一个方面，可以将药物组合物施用给有此需要的患者，其中所述施用包含第一个定量施用计划和随后的第二个定量施用计划。在一个方面，第一个定量施用计划包含治疗或诱导剂量。在一个方面，第二个定量施用计划包含维持剂量。例如，第二个剂量计划的药学上有活性的维持剂量可以低于或等于第一个定量施用计划的药学上有活性的诱导剂量。在其它实施例中，第二个定量施用计划的维持剂量可以高于第一个定量施用计划的诱导剂量。

用于施用药物组合物的第一个和第二个定量施用计划中的至少一个可以包含每天至少一次施用组合物持续至少一天。在一个方面，第一个或第二个定量施用计划中的至少一个包含每天至少一次施用组合物持续至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在一个方面，第一个或第二个定量施用计划中的至少一个包含每天至少一次施用组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周。在一个方面，第一个或第二个定量施用计划中的至少一个包含施用组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在一个方面，第一个或第二个定量施用计划中的至少一个包含施用组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续周或月。在一个方面，第一个或第二个定量施用计划中的至少一个包含施用组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，在方法中使用的第一个或第二个定量施用计划中的至少一个可以是每周一次、每周两次或每周三次。

在一个方面，第一个和第二个定量施用计划中的至少一个可以持续至少约2、4、6、8、10、12、18、24、36、48、72或96个月。在一个方面，第二个定量施用计划永久地持续，在治疗的受试者的整个生存期内，或无限时间段。在一个方面，第一个和第二个定量施用计划中的至少一个是连续定量施用计划。在一个方面，第一个和第二个定量施用计划中的至少一个是间歇定量施用计划。在一个方面，第一个和第二个定量施用计划中的至少一个是间歇定量施用计划，其包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗阶段和随后的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的休息阶段。在一个方面，第一个和第二个定量施用计划中的至少一个包含每隔一天、每两天或每3、4、5、6、7、8天施用剂量。在一个方面，施用剂量延长的时间段，其中有或没有滴定(或以其它方式改变剂量或定量施用计划)。

在一个方面，第一个和第二个定量施用计划之间的间隔是至少约1、2、3、4、5、6、或7天、或至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、或12周、或至少约1、2、3、4、6、7、8、9、10、11、或12月。

在一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持剂量)包含的剂量比在第一个定量施用计划中使用的剂量(例如，初次诱导剂量)低约2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、75、100、200、400、800、1000、5000或更多倍。在另一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持定量施用计划)具有与第一个定量施用计划(例如，初次治疗定量施用计划)相等或比其更低的施用频率。在一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持定量施用计划)具有比第一个定量施用计划(例如，初次治疗定量施用计划)更高的施用间隔。在一个方面，在初次治疗定量施用计划中的所有剂量来自单个供体。在另一个方面，在初次治疗定量施用计划中的剂量来自多个供体。在一个方面，在维持定量施用计划中的所有剂量来自单个供体。在另一个方面，在维持定量施用计划中的剂量来自多个供体。

在一个方面，第一个定量施用计划包含将单剂量的药物组合物施用给受试者。在一个方面，第二个定量施用计划包含将单剂量或多剂量的药物组合物施用给受试者，其中在第二个定量施用计划中药物组合物的剂量小于在第一个定量施用计划中药物组合物的剂量。

在各个方面，本文描述的方法可用于治疗人受试者。在某些方面，所述人是儿科人。在其它方面，所述人是成年人。在其它方面，所述人是老年人。在其它方面，所述人可以被称作患者。在某些方面，所述人是女性。在某些方面，所述人是男性。

在某些方面，所述人具有在从约1至约18个月龄、从约18至约36个月龄、从约1至约5岁、从约5至约10岁、从约10至约15岁、从约15至约20岁、从约20至约25岁、从约25至约30岁、从约30至约35岁、从约35至约40岁、从约40至约45岁、从约45至约50岁、从约50至约55岁、从约55至约60岁、从约60至约65岁、从约65至约70岁、从约70至约75岁、从约75至约80岁、从约80至约85岁、从约85至约90岁、从约90至约95岁或从约95至约100岁的范围内的年龄。

在一个方面，被治疗的受试者是人患者。在一个方面，患者是男性患者。在一个方面，患者是女性患者。在一个方面，患者是早产新生儿。在一个方面，患者是足月新生儿。在一个方面，患者是新生儿。在一个方面，患者是婴儿。在一个方面，患者是幼儿。在一个方面，患者是低龄儿童。在一个方面，患者是儿童。在一个方面，患者是青少年。在一个方面，患者是儿科患者。在一个方面，患者是老年患者。在一个方面，人患者是约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1岁以下的儿童患者。在另一个方面，人患者是成年患者。在另一个方面，人患者是年长患者。在另一个方面，人患者是约30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95岁以上的患者。在另一个方面，患者是约1至5岁之间、2至10岁之间、3至18岁之间、21至50岁之间、21至40岁之间、21至30岁之间、50至90岁之间、60至90岁之间、70至90岁之间、60至80岁之间、或65至75岁之间。在一个方面，患者是初老年患者(65-74岁)。在一个方面，患者是中老年患者(75-84岁)。在一个方面，患者是老年患者(＞85岁)。

额外治疗剂和共同制剂

本文所述的药物组合物可以包括除细菌混合物之外的一种或更多种治疗剂，其可以在本文所述的方法中施用给有此需要的受试者。额外治疗剂可以与本文描述的细菌混合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)同时或顺序施用。此外，本发明组合物和制剂可以包含额外治疗剂(例如通过共同制剂)。例如，额外治疗剂、一种或更多种细菌分离物和未培养粪便细菌制品可以组合在单个制剂中。

在一个方面，给受试者同时施用额外治疗剂和细菌混合物。本文使用的术语“同时”是指，以不超过约60分钟(诸如不超过约30分钟、不超过约20分钟、不超过约10分钟、不超过约5分钟或不超过约1分钟)的时间间隔施用额外治疗剂和细菌混合物。额外治疗剂和细菌混合物的施用可以通过单一制剂(例如，包含额外治疗剂和细菌混合物的制剂)或单独制剂(例如，包括额外治疗剂的第一制剂和包括细菌混合物的第二制剂)的同时施用来实现。

共同施用不需要同时施用额外治疗剂，如果施用的时间安排使得额外治疗剂和细菌混合物(例如，包含一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)的药理活性在时间上重叠。例如，可以依次施用额外治疗剂和细菌混合物。本文使用的术语“依次”是指，以超过约60分钟的时间间隔施用额外治疗剂和细菌混合物。例如，额外治疗剂和细菌混合物的依次施用之间的时间可以间隔超过约60分钟、超过约2小时、超过约5小时、超过约10小时、超过约1天、超过约2天、超过约3天或超过约1周。最佳施用时间取决于正在施用的额外治疗剂和细菌混合物的代谢率、排泄率和/或药效动力学活性。可以首先施用额外治疗剂或细菌混合物中的任一种。

在另一个方面，额外治疗剂和细菌混合物可以同时施用给受试者，但额外治疗剂和细菌混合物在胃肠道中从其各自剂型(或单个单位剂型，如果共配制的话)中的释放可以依次发生。

共同施用也不需要通过与细菌混合物相同的施用途径给受试者施用多种额外治疗剂。相反，每种额外治疗剂都可以通过任何适当的途径施用，例如，胃肠外地或非胃肠外地。

在某些方面，所述额外治疗剂是用于治疗受试者中ASD的一种或更多种症状的药剂。在某些方面，所述额外治疗剂选自以下：isperidone、氟西汀、阿立哌唑、维生素D、左卡尼汀及其组合。

在某些方面，所述额外治疗剂是抗炎剂诸如甾体类抗炎剂或非甾体类抗炎剂(NSAIDS)。类固醇、特别是肾上腺皮质类固醇和它们的合成类似物是本领域众所周知的。可以作为额外治疗剂施用给受试者的皮质类固醇的非限制性例子包括羟基曲安西龙、α-甲基地塞米松、β-甲基倍他米松、二丙酸倍氯米松、苯甲酸倍他米松、二丙酸倍他米松、戊酸倍他米松、戊酸氯倍他索、地奈德、去氧米松、地塞米松、二乙酸二氟拉松、戊酸二氟米松、fluadrenolone、氟氯奈德、新戊酸氟米松、醋酸肤轻松、醋酸氟轻松、氟考丁酯、氟可龙、醋酸氟泼尼定、氟氢缩松、哈西奈德、醋酸氢化可的松、丁酸氢化可的松、甲泼尼龙、曲安奈德、可的松、可托多松、flucetonide、氟氢可的松、双醋酸双氟拉松、fluradrenoloneacetonide、甲羟松、amcinafel、安西非特、倍他米松及其酯的平衡物、氯泼尼松、clocortelone、clescinolone、二氯松、二氟泼尼酯、氟氯奈德、氟尼缩松、氟米龙、氟培龙、氟泼尼龙、氢化可的松、甲泼尼松、帕拉米松、泼尼松龙、泼尼松、二丙酸倍氯米松。可以使用的NSAIDS包括、但不限于水杨酸、乙酰基水杨酸、水杨酸甲酯、水杨酸乙二醇酯、水杨酰胺、苄基-2，5-二乙酰氧基苯甲酸、布洛芬、fulindac、萘普生、酮洛芬、依托芬那酯、保秦松、吲哚美辛及其组合。另外的抗炎剂描述于例如美国专利号4,537,776，其整个内容特此通过引用整体并入本文。

在某些方面，可以掺入药物组合物中的额外治疗剂是益生元。益生元是一种或更多种化合物(例如，包含一种或更多种营养物)，其被服用给受试者以促进受试者肠道内的一种或更多种微生物(例如，细菌)的生长、增殖或活性(例如，通过提供被一种或更多种微生物代谢的底物)。不希望受理论的约束，可以将益生元添加到药物组合物中，以对受试者的内源性微生物组中的细菌和/或药物组合物本身进行营养补充，例如，以刺激未培养粪便细菌制品的一种或更多种菌株和/或一种或更多种细菌分离物的生长或活性。此外，可以向组合物中添加一种或更多种益生元，以在将细菌细胞转移到新环境时，例如，在分离和/或纯化未培养粪便细菌制品之后，或在冷冻、冷冻干燥、喷雾干燥、在溶液中重构等之前或之后，缓冲对细菌细胞的“休克”。

可以添加到药物组合物中的益生元的非限制性例子包括氨基酸、乳酸、硝酸铵、直链淀粉、大麦护根、生物素、碳酸盐、纤维素、甲壳质、胆碱、低聚果糖(FOS)、果糖、半乳低聚糖(GOS)、葡萄糖、甘油、杂多糖、组氨酸、同多糖、羟磷灰石、菊糖、异麦芽酮糖、乳糖、乳果糖、麦芽糊精、麦芽糖、甘露寡糖、氮、低聚葡萄糖、寡果糖、富含寡果糖的菊糖、寡糖、果胶、磷酸盐、磷、聚葡萄糖、多元醇、钾碱、钾、硝酸钠、淀粉、蔗糖、硫、太阳纤维(sun fiber)、塔格糖、硫胺素、反式-半乳低聚糖、海藻糖、维生素、水溶性的碳水化合物、木寡糖(XOS)及其组合。示例性的益生元包括复合糖、氨基酸、肽或细菌组合物的存活所必需的其它营养组分。

在一个方面，在使用药物组合物进行治疗之前，未使用益生元对受试者进行预处理。在另一个方面，所述药物组合物未补充益生元。

在一个方面，可以将益生元(例如，以干燥或液体形式)包含在本文所述的药物组合物(例如，包含细菌混合物)中。

可替代地，或另外，可以将要给受试者(例如具有ASD的一种或更多种症状)施用的益生元(例如，以干燥或液体形式)包含在缺乏细菌混合物的独特药物组合物中。

在施用包含细菌混合物的药物组合物之前、同时和/或之后，可以在相同的药物组合物中或在单独的药物组合物中给受试者施用益生元。

益生元可以以单剂量或多剂量提供和施用。当作为单剂量提供时，单一组合物可以包含仅一种益生元或益生元的混合物。当以多剂量提供时，施用给受试者的每种组合物可以包含单一益生元或益生元的混合物，和/或施用给受试者的第一组合物可以包含与施用给受试者的第二组合物不同的一种或更多种益生元。

例如，当提供多剂量时，包含益生元的第一组合物可以包括第一益生元，例如，菊糖，并且第二组合物可以包括不同的益生元，例如，果胶，有或没有第一益生元。可替换地，第一组合物可以包括益生元的组合，例如，菊糖和果胶，且第二组合物可以包括益生元的不同组合，例如，菊糖和FOS。第一组合物可以包括益生元的组合，且第二组合物可以包括仅一种益生元。

在组合物中所包含的益生元的量取决于特定益生元、益生元所针对的特定一种或更多种细菌菌株和/或受试者/患者的疾病状态。

在某些方面，可以掺入药物组合物中的额外治疗剂是止泻剂。适合包含在本文所述的药物组合物中的止泻剂的非限制性例子包括、但不限于DPP-IV抑制剂、天然的阿片样物质(诸如鸦片酊、复方樟脑酊和可待因)、合成的阿片样物质(诸如地芬诺酯、地芬诺辛和洛哌丁胺)、次水杨酸铋、兰瑞肽、伐普肽和奥曲肽、胃动素拮抗剂、COX2抑制剂如塞来考昔、谷氨酰胺、沙利度胺和传统的止泻药物(诸如高岭土、果胶、小檗碱和毒蕈碱样药剂)及其组合。

在某些方面，掺入药物组合物中的额外治疗剂可以是镇痛剂。在本文所述的组合物和方法中有用的镇痛剂包括、但不限于吗啡、可待因、海洛因、美沙酮和有关的化合物、蒂巴因、东罂粟碱和它们的衍生物、丁丙诺啡、哌啶、吗啡烷、苯并吗啡烷、四氢异喹啉、thiambutanes、苄胺、替利定、维米醇、奈福泮、辣椒辣素(8-甲基-N-香草基-6E-壬烯酰胺)、“合成的”辣椒辣素(N-香草基壬酰胺)和有关的化合物及其组合。

在某些方面，所述额外治疗剂是抗细菌剂，其包括、但不限于头孢菌素抗生素(头孢氨苄、头孢呋辛、头孢羟氨苄、头孢唑林、头孢噻吩、头孢克洛、头孢盂多、头孢西丁、头孢丙烯和头孢比普)；氟喹诺酮抗生素(环丙沙星、左氟沙星、氧氟沙星、加替沙星、莫西沙星和诺氟沙星)；四环素抗生素(四环素、米诺环素、土霉素和多西环素)；青霉素抗生素(阿莫西林、氨苄西林、青霉素V、双氯西林、羧苄西林、万古霉素和甲氧西林)；单酰胺菌素抗生素(氨曲南)；碳青霉烯抗生素(厄他培南、多立培南、亚胺培南/西司他丁和美罗培南)；及其组合。在某些方面，所述抗细菌剂可以是青霉素、头孢菌素、单酰胺菌素和碳青霉烯抗生素中的任一种或其组合。

在一个方面，一种方法进一步包括在施用治疗性细菌混合物之前用抗生素组合物对受试者进行预处理。在一个方面，本文施用的抗生素组合物包含选自以下的抗生素：利福布汀、克拉霉素、氯法齐明、万古霉素、利福平、硝基咪唑、氯霉素、及其组合。在另一个方面，本文施用的抗生素组合物包含选自以下的抗生素：利福昔明、利福霉素衍生物、利福平、利福布汀、利福喷汀、利福拉齐、二环霉素、氨基糖苷、庆大霉素、新霉素、链霉素、巴龙霉素、威达米星、突变霉素(mutamicin)、西索米星、奈替米星、retymicin、卡那霉素、氨曲南、氨曲南大环内酯、克拉霉素、地红霉素、罗红霉素、泰利霉素、阿奇霉素、次水杨酸铋、万古霉素、链霉素、非达米星、阿米卡星、阿贝卡星、新霉素、奈替米星、巴龙霉素、rhodostreptomycin、妥布霉素、安普霉素、及其组合。在另一个方面，在施用细菌混合物之前，未使用抗生素组合物对受试者进行预处理。在另一个方面，所述药物组合物未补充抗生素组合物。在另一个方面，一种方法进一步包括在施用细菌混合物之前用抗炎药对受试者进行预处理。在另一个方面，在施用细菌或混合物之前，不使用抗炎药对受试者进行预处理。在另一个方面，细菌混合物没有补充抗炎药。

如本文所述，额外治疗剂的递送可以靶向胃肠道的各个部分。

可以将本文描述的药物组合物(例如包含一种或更多种细菌混合物，其包含例如一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品)施用给有此需要的受试者以治疗或预防一种或更多种障碍、疾病或病症。在一个方面，给受试者施用药物组合物以预防或治疗受试者中ASD的一种或更多种症状。本文提供了在有此需要的受试者中治疗或预防ASD的一种或更多种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用本文描述的药物组合物。

本文提供的方法导致或旨在实现ASD的一种或更多种指标或症状的可检测改善，包括、但不限于眼睛跟踪、皮肤电导和/或EEG测量响应于视觉刺激的变化，参与和响应社会互动的困难，语言和非语言沟通问题，重复行为，智力残疾，运动协调困难，注意力问题，睡眠紊乱，以及身体健康问题诸如胃肠紊乱。

本领域已知几种用于评价受试者的社会和交际发展的筛查工具，并因此可以作为辅助工具用于筛查和检测孤独症谱群障碍特有的交际技能、社交互动的受损严重程度和受限的、重复的和刻板的行为模式的变化。评价可以包括神经和基因评估，以及深入的认知和语言试验。专门开发用于诊断和评估孤独症的其它措施包括孤独症诊断访谈修订版(ADI-R)、孤独症诊断观察表(ADOS-G)和儿童期孤独症评级量表(CARS)。

孤独症诊断访谈修订版(ADI-R)是一个2小时的结构化访谈，是临床诊断孤独症和孤独症谱群障碍的主要工具之一。本文中使用的ADI-R可以用于验证ASD的诊断。ADI-R是儿童和成人的护理人员的标准化、半结构化临床访谈。该访谈包含93个项目，并重点关注三个内容区域或领域的行为：社交互动的质量(例如，情感分享、提供和寻求安慰、社交微笑和回应其它孩子)；沟通和语言(例如，刻板的话语、代词转换、语言的社会用法)；以及重复、受限和刻板的兴趣和行为(例如，不寻常的专注、手和手指习惯、不寻常的感官兴趣)。该措施还包括与治疗计划相关的其它项目，如自伤和过度活动。临床医师根据护理人员对孩子行为的描述对应答进行评分。ADI-R访谈在三个内容领域(即沟通和语言、社交互动和限制性重复行为)中的每一个领域生成分数。升高的分数指示在特定领域中的问题行为。分数是基于临床医师在护理人员报告孩子的行为和发育后的判断。对于每个项目，临床医师的评分范围为0到3。0的评分指示，编码中指定类型的行为不存在；1的评分指示，指定类型的行为以异常形式存在，但严重性或频率不足以达到2的标准；2的评分指示，明确的异常行为符合规定的标准；且3的评分指示，指定的行为的极端严重性。量度的作者在计算算法时将3记为2。在某些情况下，也给出了7分(指示编码的一般区域存在明显异常，但不是指定的类型)、8分(指示不适用)和9分(指示未知或未询问)，它们在计算算法时都转换为0。

当沟通、社会互动和行为模式的所有三个内容领域的得分都达到或超过规定的截止值，并且在36个月龄之前该障碍的发病明显时，就给出孤独症的分类。将同样的算法用于从18个月到成年的心理年龄的儿童，有三个包含小修改的版本：1)终身版本；2)基于当前行为的版本；和3)供4岁以下儿童使用的版本。根据ICD-10(国际疾病和相关健康问题统计分类第10版)和DSM-IV(精神障碍诊断和统计手册，第4版)的描述，该算法规定了每个领域的最低得分以产生孤独症诊断。在沟通和语言领域，语言科目的总截止评分为8分，非语言科目的总截止评分为7分。对于所有受试者，社交互动领域的截止值为10，限制性和重复性行为的截止值为3。

根据CARS，评价人员在15个领域中的每一个领域从1分到4分对受试者评分：与人有关；模仿；情绪应答；身体使用；物体使用；适应变化；视觉应答；倾听应答；味觉、嗅觉、触觉应答和使用；恐惧；言语交际；非言语交际；活动；智力应答的水平和一致性；以及总体印象。

CARS的第二版，也被称作儿童期孤独症评级量表-2或CARS-2，由Schopler等人开发(儿童期孤独症评级量表-第二版(CARS2)：Manual.Los Angeles：WesternPsychological Services，2010)。最初的CARS主要用具有共同病态智力功能的个体开发，并因未能准确识别患有ASD的较高功能个体而受到批评。CARS-2保留了最初的CARS表格，供较年轻或较低功能人使用(现由于“标准表格”更名为CARS2-ST)，但还包括一个单独的评级量表用于较高功能个体(由于“高功能”被称为CARS2-HF)，以及一个未评分的信息收集量表(“父母或护理人员问卷”或CARS2-QPC)，该量表可以用于进行CARS2ST和CARS2-HF评级。

另一种可用于根据本文提供的方法评估治疗前、治疗中或治疗后症状严重程度的变化的症状评级工具是异常行为清单(ABC)。参见Aman等人，Psychometriccharacteristics of the aberrant behavior checklist.Am J Ment Defic.1985年3月；89(5)：492-502。ABC是一种症状清单，用于评估具有发育障碍(智力残疾、ASD、脑性瘫痪、癫痫)的儿童和成人的问题行为。它也有助于对家庭、教育环境、社区设施和发展中心中具有发育障碍的儿童和青少年的问题行为进行分类。它包含58个项目，分解为5个子量表，且施用时间为10-15分钟。

ABC识别观察人员的环境以及功能限制的存在/严重程度。对特定症状进行评级，一本广泛的手册为每种评估行为提供了全面的描述。ABC的五个子量表包括：(1)易怒/激动，(2)嗜睡/回避社交，(3)刻板行为，(4)活动过度/不顺应，以及(5)不当言语。ABC-2是ABC的修订版。ABC-2还包含58个项目，分解为与ABC相同的5个子量表。

根据本文提供的方法，可用于评估治疗前、治疗中或治疗后症状严重程度的变化的另一个症状评级工具是社会应答性量表(SRS)。SRS量表是一个65项的量表，其评估社会障碍，这是孤独症的一个核心问题，包括社会意识、社会信息处理、相互社会沟通能力、社交焦虑/回避，以及孤独偏见和特性。参见Constantino等人，Validation of a briefquantitative measure of autistic traits：comparison of the socialresponsiveness scale with the autism diagnostic interview-revised.JAutism DevDisord.2003年8月；33(4)：427-33。

本文中使用的SRS-2是SRS的更新版本。SRS-2也是一个65项的量表，其评估社会障碍，这是孤独症的一个核心问题，包括社会意识、社会信息处理、相互社会沟通能力、社交焦虑/回避，以及孤独偏见和特性。

本文中使用的Vineland适应行为量表II (VABS-II)是四个不同领域的功能水平的量度：沟通、日常生活技能、社会化和运动技能，以及11个子领域。原始分数被转换成与年龄相当的分数。它补充了评估问题行为的ABC。参见Sara等人，Vineland AdaptiveBehavior Scales，第二版(Vineland^TM-II)，Pearson Publishing，2005。VABS-II的范围包括0-80临界适应功能；51-70：适应功能轻度缺陷；35-50：适应行为中度缺陷；20-35：适应行为严重缺陷；20以下：适应行为显著或非常缺乏。80以上的分数与IQ分数的分类范围大致相同(低平均、平均、高平均、优秀)。

本文中使用的VABS版本III(VABS-III)是一种单个施用的适应行为量度(量表)，其用于评估具有智力、发育和其它残疾的个体。该量表测量四个主要领域的适应行为：沟通、日常生活技能、社会化和总体运动技能。这些领域中的前三个包括几个子领域(沟通接受沟通、表达沟通、书面沟通、日常生活技能、家庭技能、个人技能、社区技能、社会化人际关系、游戏/休闲和应对技能)。VABS-III由父母通过Q-global(一个安全的在线试验平台)在线管理，并大约需要40分钟来完成。父母不需要一次完成所有工具，并可以根据需要启动和停止工具，直到完成。所有评分均在线完成，并在完成该工具后提供给赞助商。测量可以在就诊前48小时内完成，但不得晚于就诊当天。

本文中使用的父母总体印象-III(PGI-III)是PGI-R的扩展版本。参见Adams等人，Effect of a Vitamin/Mineral Supplement on Children with Autism，BMCPediatrics，11：111(2011)。PGI-III评估了17个领域的变化，总体而言，使用了从“糟得多”到“好得多”的7-点量表。通过计算PGI-III-Final的全部18个评分的平均值来计算“平均变化”。PGI-III是优选的，因为发现直接询问父母观察到的变化比让他们在开始和结束时估计症状严重程度并然后计算差异更可靠。此外，使用7-点量表来检测变化似乎会产生对变化的高度灵敏度。

本文中使用的另一个症状评级工具是临床综合印象量表(CGI)，它是一个3-项量表，其测量具有精神病学症状的受试者中的疾病严重程度和治疗应答。由临床医师或经过培训的评级员进行评级。在初始评估(CGI-严重程度，或CGI-S)后，进行连续评估以确定对干预的应答。CGI改善(CGI-I)测量疾病的严重程度、临床进展和治疗“效力”(后者包括对治疗相关AE和效力的评估)。

CGI-S量表是一个七-点评级量表，其如下评估患者的精神疾病：1＝正常，完全没有病；2＝边缘精神疾病；3＝轻度疾病；4＝中度疾病；5＝明显生病；6＝病情严重；7＝病情最严重的患者。参见Busner等人，The Clinical Global Impressions Scale，Psychiatry，4(7)：28-37，2007，通过引用整体并入本文。(“Busner2007”)

CGI-I量表也是一个七-点评级量表，其将患者的整体临床状况与开始用药前一周阶段(或基线就诊)进行对比。与开始用药前相比，患者的病情评级如下：1＝自开始治疗以来有很大改善；2＝较大改善；3＝最少改善；4＝与基线(治疗开始)相比无变化；5＝最少恶化；6＝糟得多；7＝自开始治疗以来差得多。参见Busner 2007。

疗效指数采用4-点量表(范围从“无变化或更糟且副作用大于治疗效果”到“显著改善且无副作用”)进行测量。在基线筛查时，仅评价CGI-S。在随后的随访中，测量整体改善和效力指数(CGI-I)。在最后一次就诊时(例如第32周)，应执行所有三项测量。

在CGI中待评估的具体参数(即关于严重程度、改善和治疗影响)应来自在初始CY-BOCS中确定的锚定点或1-3个关键行为。

儿童Yale Brown强迫量表(CY-BOCS)是一个用于评估6至17岁青少年的强迫性障碍的严重程度的量表。CY-BOCS用于诊断强制性障碍，确定当前和过去的症状，并评估一段时间内强制性障碍的严重程度。CY-BOCS评分的严重程度范围如下：0-7＝亚临床，8-15＝轻度，16-23＝中度，24-31＝重度，32-40＝极端。参见McKay等人，The Children’s Yale-Brown Obsessive-Compulsive Scale：item structure in an outpatient setting，Psychol Assess，15(4)：578-81，2003，特此通过引用整体并入本文。本文中使用的CY-BOCS为临床医师提供锚定点或1-3个关键行为，临床医师将使用CGI-I评分系统随时间追踪这些行为。

本发明的发明人已经发现，恢复肠道细菌的物种多样性有助于治疗有此需要的患者中的孤独症状。在一个方面，本申请提供了一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的一种或更多种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用有效治疗ASD的量的药物组合物，其中所述药物组合物包含未培养粪便细菌制品和至少一种细菌分离物，其中与开始治疗前相比，所述受试者在治疗后表现出ASD症状严重程度的至少10％减轻。在一个方面，通过儿童期孤独症评级量表(CARS)评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过儿童期孤独症评级量表2-标准形式(CARS2-ST)评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过儿童期孤独症评级量表2-高功能(CARS2-HF)评估ASD症状严重程度。在一个方面，通过异常行为清单(ABC)评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过社会应答性量表(SRS)评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过Vineland适应行为量表II(VABS-II)评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过CGI评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过CGI-S评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过CY-BOCS评估ASD症状严重程度。在另一个方面，通过ADI-R评估ASD症状严重程度。在一个方面，基于Leiter国际表现量表(参见Roid，G.H.，&Miller，L.J.(1997).Leiter International Performance Scale-Revised.Wood Dale，IL：Stoelting)，治疗在ASD患者中导致至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的改善。在另一个方面，在至少8、16、24、32、40、50、60或80周的治疗后测量Leiter评分改善，并与治疗前的Leiter评分进行对比。

本领域普通技术人员理解，前述评估系统只是用于评价ASD相关的社会和认知症状的示例性工具。可以使用或设计其它类似工具来评价ASD相关的核心症状。例如，在一个方面，基于孤独症治疗评价清单(ATEC)，治疗导致至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的改善。参见Rimland和Edelson：Autism Treatment EvaluationChecklist：Statistical Analyses.Autism Research Institute 2000。在另一个方面，基于综合性发育障碍行为清单(PDD-BI)，治疗导致至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的改善。参见Cohen等人，The PDD Behavior Inventory：a rating scalefor assessing response to intervention in children withpervasivedevelopmental disorder.J Autism Dev Disord.2003 33(1)：31-45。在另一个方面，基于孤独症量表的严重程度(SAS)，治疗导致至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的改善。参见Adams等人，The severity of autism is associated with toxicmetal body burden and red blood cell glutathione levels.J Toxicol.2009，2009：532640。在另一个方面，基于在Aman等人，Outcome Measures for Clinical Drug Trialsin Autism，CNS spectr.9(1)：36-47(2004)中提到的任何一个系统或量表，评估孤独症相关症状的改善或症状严重程度的降低。在另一个方面，基于在表1中列出的任何一种症状表征系统，评估孤独症相关症状的改善或症状严重程度的降低。在一个方面，在至少8、16、24、32、40、50、60或80周的治疗后，测量上述系统中的任何一种的症状改善，并与治疗前的Leiter评分进行对比。在一个方面，在中断治疗至少2、4、6、8、10周或更长时间后，测量上述系统中的任何一种的症状改善，并与治疗前的测量进行对比。

表1：可以用于监测ASD相关的核心社会和认知症状的选定结果量度。

在一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，使用本文描述的药物组合物的治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS、CARS2-ST、CARS2-HF、ABC、SRS和VABS-II。在一个方面，与开始治疗前相比，在4周或更多周的治疗以后，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：儿童期孤独症评级量表-2(CARS-2)、异常行为清单-2(ABC-2)、Reynolds智力评估量表-非语言(RIAS-NV)、社会应答性量表-2(SRS-2)和父母总体印象-III(PGI-III)。在一个方面，与开始治疗前相比，在6周或更多周的治疗以后，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：儿童期孤独症评级量表-2(CARS-2)、异常行为清单-2(ABC-2)、Reynolds智力评估量表-非语言(RIAS-NV)、社会应答性量表-2(SRS-2)和父母总体印象-III(PGI-III)。在一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：儿童期孤独症评级量表-2(CARS-2)、异常行为清单-2(ABC-2)、Reynolds智力评估量表-非语言(RIAS-NV)、社会应答性量表-2(SRS-2)和父母总体印象-III(PGI-III)。

在另一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，使用本文描述的药物组合物的治疗实现了10％至20％之间、10％至30％之间、10％至40％之间、10％至50％之间、10％至60％之间、10％至70％之间、10％至80％之间、10％至90％之间、20％至30％之间、20％至40％之间、20％至50％之间、20％至60％之间、20％至70％之间、20％至80％之间、20％至90％之间、30％至40％之间、30％至50％之间、30％至60％之间、30％至70％之间、30％至80％之间、30％至90％之间、40％至50％之间、40％至60％之间、40％至70％之间、40％至80％之间、40％至90％之间、50％至60％之间、50％至70％之间、50％至80％之间或50％至90％之间的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III。在另一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，治疗实现了10％至90％之间、20％至80％之间、30％至70％之间或40％至60％之间的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III。在另一个方面，与开始治疗前相比，在12周或更多周的治疗以后，治疗实现了10％至90％之间、20％至80％之间、30％至70％之间或40％至60％之间的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III。在另一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，治疗实现了10％至90％之间、20％至80％之间、30％至70％之间或40％至60％之间的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III。在另一个方面，与开始治疗前相比，在24周或更多周的治疗以后，治疗实现了10％至90％之间、20％至80％之间、30％至70％之间或40％至60％之间的ASD症状严重程度的减轻，其中通过选自以下的方法评估ASD症状严重程度：CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III。

在一个方面，使用本文描述的药物组合物的治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过CARS评估ASD症状严重程度。在一个方面，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过CARS2-ST评估ASD症状严重程度。在一个方面，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过CARS2-HF评估ASD症状严重程度。在一个方面，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过ABC评估ASD症状严重程度。在一个方面，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过SRS评估ASD症状严重程度。在一个方面，治疗实现了至少10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的ASD症状严重程度的减轻，并在中断治疗以后基本上维持症状严重程度减轻至少8、12、16、20、24或28周，其中通过VABS-II评估ASD症状严重程度。

在一个方面，被治疗的ASD受试者在开始治疗之前没有表现出胃肠(GI)症状。在一个方面，被治疗的ASD受试者在治疗之前至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、6个月、1年或2年没有表现出胃肠(GI)症状。在另一个方面，被治疗的ASD受试者在开始治疗之前表现出一种或更多种胃肠道症状。在一个方面，被治疗的ASD受试者在治疗之前至少1天、2天、3天、4天、5天、6天、1周、2周、3周、4周、1个月、2个月、6个月、1年或2年连续地或间歇性地表现出胃肠(GI)症状。在一个方面，被治疗的ASD受试者表现出慢性异常肠功能的症状最少1年。这样的慢性异常肠功能的症状可以包括，例如，便秘和/或腹泻。在一个方面，与开始治疗前相比，在治疗之后，被治疗的ASD受试者表现出至少20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的胃肠道症状严重程度的减轻。在一个方面，通过胃肠症状评级量表(GSRS)评估胃肠道症状严重程度。在另一个方面，通过孤独症的胃肠粪便和症状问卷(GSSQA)评估胃肠道症状严重程度。在另一个方面，与开始治疗前相比，在2周或更多周的治疗以后，在ASD患者中的治疗实现了20％至30％之间、20％至40％之间、20％至50％之间、20％至60％之间、20％至70％之间、20％至80％之间、20％至90％之间、30％至40％之间、30％至50％之间、30％至60％之间、30％至70％之间、30％至80％之间、30％至90％之间、40％至50％之间、40％至60％之间、40％至70％之间、40％至80％之间、40％至90％之间、50％至60％之间、50％至70％之间、50％至80％之间或50％至90％之间的胃肠道症状严重程度的减轻，其中通过GSRS或GSSQA评估胃肠道症状严重程度。

GSRS是一种15个项目的疾病特异性工具，所述项目组成五个描述反流、腹痛、消化不良、腹泻和便秘的症状群。参见Svedlund等人，Dig.Dis.Sci.，33(2)：129-34(1988)。GSRS有一个七-点分级Likert-型量表，其中0表示麻烦的症状不存在，且3表示症状的极端程度，用半步来增加量表的灵敏度。在一个方面，这里提供的治疗方法减少、减轻或消除选自以下的一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种或七种或更多种胃肠道症状：心口痛、疝气痛性腹部疼痛、钝性腹部疼痛、不明确的腹部疼痛、胃灼热、反酸、上腹部吮吸感、恶心和呕吐、腹鸣、腹胀、嗳气、肠胃气增加、排便次数减少、排便次数增加、大便疏松、大便坚硬、排便急迫、不完全排空感。在另一个方面，这里提供的治疗方法减少、减轻或消除选自以下的2至4种、4至6种、6至8种、8至10种、10至12种、2至3种、2至4种、2至5种、2至6种、2至7种、2至8种、2至9种、2至10种、2至11种、2至12种、3至4种、3至5种、3至6种、3至7种、3至8种、3至9种、3至10种、3至11种、3至12种、4至5种、4至6种、4至7种、4至8种、4至9种、4至10种、4至11种、4至12种、5至6种、5至7种、5至8种、5至9种、5至10种、5至11种、5至12种、6至7种、6至8种、6至9种、6至10种、6至11种、6至12种、7至8种、7至9种、7至10种、7至11种或7至12种胃肠道症状：心口痛、疝气痛性腹部疼痛、钝性腹部疼痛、不明确的腹部疼痛、胃灼热、反酸、上腹部吮吸感、恶心和呕吐、腹鸣、腹胀、嗳气、肠胃气增加、排便次数减少、排便次数增加、大便疏松、大便坚硬、排便急迫、不完全排空感和每周少于3次完全自发肠运动。

孤独症的胃肠粪便和症状问卷(GSSQA)是针对具有孤独症的4至17岁个体中的胃肠道症状的临床评估工具。GSSQA利用观察者报告的结果(ObsRO)。

在一个方面，治疗的受试者的腹部疼痛从较严重的水平降低到不太严重的水平，其中疼痛水平选自以下：对所有社会活动有影响的严重或致残性疼痛，长时间的、令人烦恼的疼痛，导致要求缓解和干扰许多社会活动的疼痛，偶尔的疼痛和干扰一些社会活动，没有或暂时的疼痛。

在另一个方面，治疗的受试者的胃灼热从较严重的水平降低到不太严重的水平，其中疼痛水平选自以下：仅通过抗酸剂短暂缓解的持续不适，频繁出现持续不适；请求缓解，短暂持久时间的偶尔不适，没有或短暂的胃灼热。

在另一个方面，治疗的受试者的反酸情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：每天反流几次；通过抗酸剂仅能暂时和不明显缓解，每天反流一次或两次；请求缓解，偶尔出现麻烦的反流，没有或短暂的反流。

在另一个方面，治疗的受试者的上腹部吮吸感从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：持续不适；经常在两餐之间要求食物或抗酸剂，经常出现持续不适，在两餐之间要求食物和抗酸剂，偶尔出现短期不适；两餐之间不需要食物或抗酸剂，没有或短暂的吮吸感觉。本文中使用的上腹部吮吸感代表通过食物或抗酸剂缓解的上腹部吮吸感。如果没有得到食物或抗酸剂，吸吮感觉会发展为痛和疼痛。

在另一个方面，治疗的受试者的恶心或呕吐情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：持续恶心并伴有频繁呕吐，频繁且持续的恶心且无呕吐，偶尔出现的持续时间短的恶心发作，没有恶心。

在另一个方面，治疗的受试者的腹鸣情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：严重干扰社会表现的连续腹鸣，可以通过移动来控制而不影响社会表现的频繁和长时间发作，偶尔出现短时间的麻烦性腹鸣，没有或短暂的腹鸣。

在另一个方面，治疗的受试者的腹胀情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：严重干扰社会表现的持续不适，可以通过调整衣服来控制的频繁和长时间发作，短暂的偶尔不适，没有或短暂的腹胀。

在另一个方面，治疗的受试者的嗳气情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：严重干扰社会表现的频繁发作，干扰某些社会活动的频繁发作，偶尔的麻烦嗳气，没有或短暂的嗳气。

在另一个方面，治疗的受试者的肠胃气增加情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中情况水平选自以下：严重干扰社会表现的频繁发作、干扰某些社会活动的频繁和长时间发作，短暂的偶尔不适，肠胃气没有增加。

在另一个方面，治疗的受试者的降低的排便频率从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：每七天或更低频率，每六天，每五天，每四天，每三天，每两天，和每天一次。

在另一个方面，治疗的受试者的增加的排便频率从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：每天七次或更频繁，每天六次，每天五次，每天四次，每天三次，每天两次和每天一次。

在另一个方面，治疗的受试者的疏松大便情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：水样，流淌的，稍松的和正常稠度。

在另一个方面，治疗的受试者的坚硬粪便情况从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：硬和碎块状且伴有偶尔腹泻，硬，有点硬，和正常稠度。在一个方面，使用每天粪便记录(DSR)评价治疗的受试者的粪便。在一个方面，根据DSR，治疗的受试者表现出以下所有的减轻：1型坚硬大便，2型坚硬大便，6型软大便，7型液体大便，和异常大便。

在另一个方面，治疗的受试者的排便急迫从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：不能控制排便，干扰社会表现的突然需要去厕所的频繁排便急迫感，偶尔的排便急迫感，和排便的正常控制。

在另一个方面，治疗的受试者的不完全排空感从较严重的水平改善至不太严重的水平，其中所述水平选自以下：排便极其困难且经常感觉不完全排空，排便比较困难且经常感觉不完全排空，排便有点困难；偶尔有不完全排空的感觉，和无需使劲完全排空的感觉。

在另一个方面，治疗的受试者每周的完全自发肠运动(CSBM)次数相对于基线增加。在另一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7或8周的治疗以后，治疗的受试者的CSBM增加了每周至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次完全自发肠运动(CSBM)。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、或7周或更多周的治疗以后，受试者的完全自发肠运动(CSBM)次数增加了每周至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次CSBM。在另一个方面，在治疗结束后，治疗的受试者的每周CSBM次数维持至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周。在另一个方面，与基线相比，在4、8、16和32周，治疗的受试者的每周CSBM次数增加了每周至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次CSBM。

在一个方面，症状严重程度减轻(例如，ASD症状，胃肠道症状，或二者)在治疗期间在进行中或在完成或中断治疗后持续。在一个方面，在治疗期间或治疗后的特定时间点，例如，在开始治疗后约2、4、6、8、12、18、24、32、40、48周，或在完成或中断治疗后约2、4、6、8、12、18、24、32、40、48周，评估症状严重程度减轻(例如，ASD症状，胃肠道症状，或二者)。

在一个方面，方法进一步包括，在施用包含粪便微生物制品的药物组合物之前，给受试者施用抗生素。在另一个方面，方法进一步包括对受试者进行肠清洁。

在另一个方面，本文提供了一种治疗人受试者中的孤独症谱群障碍的方法。在示例性方面，所述方法包括下述步骤或基本上由其组成：给人受试者施用抗生素；在施用抗生素后对人受试者进行肠清洁；和在肠清洁后给人受试者施用本文所述的药物组合物，其中在所述人受试者中治疗孤独症谱群障碍。

在示例性方面，治疗ASD包括减轻、改善ASD特有的一种或更多种、两种或更多种、三种或更多种、四种或更多种、五种或更多种、六种或更多种、七种或更多种、八种或更多种症状，延迟其发作，抑制其进展或降低其严重程度。在一个方面，治疗减轻、改善一种或更多种与ASD相关的社会和认知核心症状，延迟其发作，抑制其进展或降低其严重程度。在某些方面，所述症状选自以下的：(i)坚持相同或抗拒改变；(ii)表达需求的困难；(iii)重复单词或短语，代替正常的、有反应的语言；(iv)因他人不显而易见的原因而大笑、哭泣或表现出痛哭；(v)喜欢独处或冷漠；(vi)发脾气；(七)与他人交往困难；(viii)可能不想拥抱或被拥抱；(ix)很少或没有眼神交流；(x)对正常的教学方法无应答；(xi)持续的古怪游戏；(xii)对疼痛明显过度敏感或不敏感；(xiii)很少或没有真正的危险恐惧；(xiv)明显的身体过度活动或极度活动不足；(xv)不均匀的粗/细运动技能；和/或(xvi)对语言提示无应答。在某些方面，症状选自以下的：强迫行为、仪式性行为、限制性行为、刻板、同质性或自我伤害。这里描述的方法可以导致上述症状的任何组合的改善。

在示例性方面，根据ASD评级量表评估，人受试者表现出孤独症症状严重程度的显著降低。例如，在某些情况下，根据儿童期孤独症评级量表(CARS)评估，与开始该方法之前评估的严重程度相比，人受试者表现出孤独症症状严重程度的至少10％或20％减轻。

适合根据本文提供的方法进行治疗的受试者在开始使用本文提供的方法之前可能不会出现或报告胃肠不良应激症状。例如，在某些情况下，适合根据本文提供的方法进行治疗的人受试者在开始治疗之前或治疗时没有表现出胃肠道症状。在一个方面，本文治疗的ASD受试者表现出一种或更多种或两种或更多种选自以下的胃肠道症状：腹部疼痛、反流、消化不良、肠易激综合征、慢性持续性腹泻、腹泻、气胀、便秘和交替性便秘/腹泻。

无论是否存在胃肠不良应激症状，与神经典型人相比，适用于本文提供的方法的人受试者在所述治疗方法之前通常具有显著更少的肠道细菌种类。在某些情况下，与神经典型人相比，在施用药物组合物之前，要用该方法治疗的人受试者表现出少了至少约20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％或90％的肠道细菌种类。

在一个方面，治疗的受试者在治疗期间具有减少的不利事件。在另一个方面，治疗的受试者在治疗期间没有不利事件。在本公开内容的一个方面，不利事件选自以下的：腹部痛性痉挛、发胀、气胀、胃气胀、腹泻、粪便中带血、发热、及其组合。在另一个方面，不利事件是任何征象或症状，无论严重程度如何，任何临床上显著的实验室异常，或在体检期间检测到的任何异常。在另一个方面，不利事件归因于药学活性剂量。在另一个方面，不利事件不归因于药学活性剂量。在另一个方面，不利事件包含请求的不利事件、非请求的不利事件、严重不利事件或其组合。在一个方面，严重不利事件需要住院患者住院治疗或延长现有住院治疗；导致持续或严重残疾和/或无能，导致先天性异常和/或出生缺陷；或者是基于医学和科学判断的任何重要医疗事件，其可能不会立即危及生命，或导致死亡或住院治疗，但可能对患者构成重大风险，或可能需要医疗干预以防止上述任何其它结果。

在本公开内容的一个方面，通过2、4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30或32周的治疗，治疗的受试者具有减少的不利事件或没有不利事件。

本文还提供了降低孤独症人受试者的孤独症严重程度的方法。在示例性方面，所述方法包括下述步骤或基本上由其组成：给孤独症人受试者口服施用不可吸收的抗生素；对孤独症患者进行肠清洁；以及将来自神经典型人供体的包含一种或更多种细菌分离物和未培养粪便细菌制品的细菌混合物施用给人受试者，其中根据儿童期孤独症评级量表(CARS)评估，与开始该方法之前相比，在所述方法之后，所述人受试者表现出孤独症症状严重程度的显著降低。在某些情况下，根据儿童期孤独症评级量表(CARS)评估，与开始该方法之前评估的严重程度相比，所述人受试者表现出孤独症症状严重程度的至少10％或20％减轻。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括给所述受试者口服施用药学活性剂量的本文描述的药物组合物，其中所述药学活性剂量用至少50m1水施用。在另一个方面，方法包括在消费食品或除水以外的液体以后不少于2小时施用细菌混合物。在另一个方面，方法包括在施用细菌混合物以后不少于一小时消费食品或水。在一个方面，本公开内容提供了通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括在任何固体或液体卡路里摄入以后至少2小时施用药物组合物。在另一个方面，所述方法包括在任何固体或液体卡路里摄入之前至少1小时施用药物组合物。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其包括给所述受试者施用一定量的药物组合物，其有效地提供评估评分的至少10％改善。在一个方面，所述药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含未培养粪便细菌制品(例如，基本完整粪便小生物群)和一种或更多种细菌分离物。在另一个方面，所述受试者具有便秘的胃肠道症状，在一段时间内每周具有小于3次完全自发肠运动。在另一个方面，与开始治疗前相比，所述受试者在治疗后表现出评估评分的改善，且其中所述评估评分是基于选自以下的评估系统：临床综合印象量表(CGI)、儿童的Yale Brown强迫量表(CY-BOCS)、异常行为清单(ABC)、Vineland适应行为量表II(VABS-II)和VABS-III。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用一定量的本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，每周具有小于3次完全自发肠运动。在另外一个方面，所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，每周具有小于2次完全自发肠运动。在另一个方面，所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，每周具有小于2次完全自发肠运动。在另一个方面，所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，每周具有小于1完全自发肠运动。在一个方面，所述有此需要的受试者在选自约1、2、3和4周的一段时间内具有便秘的胃肠道症状。在另一个方面，所述有此需要的受试者在选自约10、20、30和40天的一段时间内具有便秘的胃肠道症状。在另一个方面，所述有此需要的受试者在10至15天、15至20天、20至25天、25至30天、30至35天、35至40天的阶段内具有便秘的胃肠道症状。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，所述便秘在至少1、2、3、4、5、6、7或8周的治疗以后通过每周至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次完全自发肠运动(CSBM)改善。在另一个方面，所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，所述便秘1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、或7周或更多周的治疗以后通过每周至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10次完全自发肠运动(CSBM)改善。在另一个方面，所述有此需要的受试者具有便秘的胃肠道症状，所述便秘在治疗结束后保持改善至少1、2、3、4、5、6、7或8周。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述有此需要的受试者在治疗之前具有便秘的胃肠道症状，每周具有小于3次完全自发肠运动且表现出ASD资格评估评分。在一个方面，所述资格评估评分是基于选自以下的评估系统：临床综合印象量表(CGI)、儿童的Yale Brown强迫量表(CY-BOCS)、异常行为清单(ABC)、孤独症诊断访谈修订版(ADI-R)、Vineland适应行为量表II(VABS-II)和VABS-III。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述有此需要的受试者在治疗之前具有2、3、4、5、6或7的CGI-S评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在治疗之前具有2或更高、3或更高、4或更高、5或更高或6或更高的CGI-S评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者进一步具有胃肠道症状，包含具有每周小于3次CSBM的便秘。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述受试者在一周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的患者在两周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在三周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在四周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在五周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在6周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另外一个方面，所述有此需要的受试者在7周或更多周的治疗以后具有1、2、3或4的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在2周或更多周的治疗以后具有1、2或3的CGI-I评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在至少1、2、3、4、5、6、7或8周的治疗以后具有从5至4、5至3、5至2、5至1、4至3、4至2、4至1、3至2、3至1、或2至1的CGI-I评分改善。在另一个方面，所述有此需要的受试者在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周或8周的治疗以后具有从5至4、5至3、5至2、5至1、4至3、4至2、4至1、3至2、3至1、或2至1的CGI-I评分改善。在另一个方面，所述有此需要的受试者在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周或8周的治疗以后具有至少1、2、3或4个点的CGI-I评分改善。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述治疗有效地提供选自CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III的一种或更多种评估评分的至少10％改善。在一个方面，所述有此需要的受试者在开始治疗之前具有胃肠道症状，包含每周具有小于3次CSBM的便秘。在一个方面，一种或更多种评估评分的10％改善是在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后。在另一个方面，所述治疗有效地提供选自CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III的两种或更多种评估评分的至少10％改善。在另一个方面，所述治疗有效地提供选自CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III的三种或更多种评估评分的至少10％改善。在另一个方面，所述治疗有效地提供选自CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III的四种或更多种评估评分的至少10％改善。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括在治疗之前、期间和之后分析受试者在血液、粪便或尿液中的代谢物谱。在另一个方面，所述方法进一步包括在治疗期间至少两次和治疗之后至少一次分析受试者在血液、粪便或尿液中的代谢物谱。在另一个方面，所述方法进一步包括在开始治疗之前分析受试者在血液中的代谢物谱。

在本公开内容的一个方面，所述有此需要的受试者是在5至17岁之间。在另一个方面，所述有此需要的受试者是至少5岁。在另一个方面，所述有此需要的受试者低于17岁。

在另一个方面，所述有此需要的受试者不具有任何需要药物剂量调整的严重医学病症，其中所述严重医学障碍选自：单基因障碍、严重脑畸形、管饲、需要立即治疗(危及生命)的严重胃肠道问题、诊断出的乳糜泻、嗜酸性粒细胞性胃肠炎、严重体重不足/营养不良、和近期/计划手术。

在一个方面，本公开内容提供了通过施用含有安慰剂的胶囊剂至少7个连续天筛选个体依从性的方法。在另一个方面，施用安慰剂胶囊剂至少14个连续天。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的方法，其中所述方法包括给所述受试者施用一定量的本文描述的药物组合物，与开始治疗前相比，在治疗之后，其有效地提供儿童的Yale Brown强迫量表(CY-BOCS)评估评分的至少10％改善。在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少10％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少15％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少20％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少30％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CY-BOCS评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少40％改善。

在另一个方面，所述有此需要的受试者在治疗之前具有8或更高的CY-BOCS评估评分。在另一个方面，所述有此需要的受试者在治疗之前具有16或更高的CY-BOCS评估评分。在一个方面，所述有此需要的受试者在开始治疗之前进一步包含胃肠道症状，包含每周具有小于3次CSBM的便秘。

在一个方面，所述有此需要的受试者在治疗之前具有8至15、16至23、24至31或32至40的CY-BOCS评分。在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7或8周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有0至7、8至15或16至23的CY-BOCS评分。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有0至7、8至15、16至23的CY-BOCS评分。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有从重度或极端至中度、轻度或亚临床的CY-BOCS评分改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周或8周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有至少1个严重程度范围的CY-BOCS评分改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有至少2个严重程度范围的CY-BOCS评分改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有至少3个严重程度范围的CY-BOCS评分改善。在再一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述有此需要的受试者具有至少4个严重程度范围的CY-BOCS评分改善。在另一个方面，所述有此需要的受试者具有在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗中维持的CY-BOCS评分。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少10％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少15％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少20％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少30％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供ABC评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持ABC评估评分的至少40％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CARS评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少10％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少15％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少20％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少30％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供CARS-2评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CARS-2评估评分的至少40％改善。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中与开始治疗前相比，在治疗之后，所述药物组合物有效地提供Vineland适应行为量表II(VABS-II)评估评分的至少10％改善。在一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少10％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少15％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少20％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少30％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II或VABS-III评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持VABS-II或VABS-III评估评分的至少40％改善。

在一个方面，在开始治疗之前，所述有此需要的受试者表现出85或更低的VABS-II域评估评分以及12或更低的至少一个子域评分。在另一个方面，在开始治疗之前，所述有此需要的受试者表现出75或更低的VABS-II域评估评分以及12或更低的至少一个子域评估评分。在另一个方面，在开始治疗之前，所述有此需要的受试者表现出65或更低的VABS-II域评估评分以及12或更低的至少一个子域评估评分。在另一个方面，与开始治疗前相比，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周或8周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供VABS-II评估评分的至少10％改善。在另一个方面，VABS-II评估评分的10％改善在治疗已经结束后维持至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的方法，其中所述方法包括给所述受试者施用一定量的本文描述的药物组合物，与开始治疗前相比，在治疗之后，其有效地提供Reynolds Intellectual Assessment Scales^TM-非语言(RIAS-NV)IQ评分的至少10％改善。在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分评估评分的至少10％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少10％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少10％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少10％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少15％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少15％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少15％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持CY-BOCS评估评分的至少15％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少20％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少20％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少20％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少20％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少30％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少30％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少30％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少30％改善。

在一个方面，在至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少40％改善。在另一个方面，在1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少40％改善。在另一个方面，在1至3周、3至5周、5至7周、7至9周、9至11周、11至13周、13至16周的治疗以后，所述药物组合物有效地提供RIAS-NV评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23或24周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少40％改善。在另一个方面，在治疗已经结束后1周或更多周、2周或更多周、3周或更多周、4周或更多周、5周或更多周、6周或更多周、7周或更多周、8周或更多周、9周或更多周、10周或更多周、11周或更多周、12周或更多周、13周或更多周、14周或更多周、15周或更多周或16周或更多周、17周或更多周、18周或更多周、19周或更多周、20周或更多周、21周或更多周、22周或更多周、23周或更多周或24周或更多周以后，所述药物组合物有效地维持RIAS-NV评分的至少40％改善。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述药物组合物有效地提供评估评分的至少10％改善，其中所述受试者表现出通过孤独症诊断访谈修订版(ADI-R)评估鉴定的孤独症谱系障碍标准。在另一个方面，所述有此需要的受试者表现出通过ADI-R评估鉴定的孤独症谱系障碍标准并进一步包含每周具有小于3次CSBM的便秘的胃肠道症状。在另一个方面，所述有此需要的受试者表现出通过ADI-R评估鉴定的孤独症谱系障碍标准，且所述评估评分的至少10％改善是基于选自CARS-2、ABC-2、RIAS-NV、SRS-2和PGI-III的评估系统。在另一个方面，所述有此需要的受试者表现出通过ADI-R评估鉴定的孤独症谱系障碍标准，且所述评估评分的至少10％改善是基于选自CGI、CY-BOCS、ABC、VABS-II和VABS-III的评估系统。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括给所述受试者施用药学上有活性的或治疗上有效的剂量的本文描述的药物组合物。在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括每天给所述受试者施用治疗有效剂量的本文描述的药物组合物。在一个方面，每天至少一次给有此需要的患者施用药物组合物持续至少两个连续天。在一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周。在一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周或月。在另一个方面，每天至少一次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，每天至少两次给有此需要的患者施用药物组合物持续至少两个连续天。在一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在另一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周。在一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在另一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周或月。在另一个方面，每天至少两次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，每天至少三次给有此需要的患者施用药物组合物持续至少两个连续天。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个连续天。在另一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周。在一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至多4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个连续天或周。在另一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周或月。在另一个方面，每天至少三次施用药物组合物持续至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续月或年，在受试者的整个生存期内长期施用，或无限时间段。

在一个方面，本公开内容提供了一种在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括给所述受试者口服施用治疗上有活性的剂量的包含细菌混合物的药物组合物，其中以每天至少一次或两次的定量施用计划施用所述剂量持续至少三个连续天或周。在另一个方面，每天至少一次、两次或三次施用剂量持续1至16周之间、2至16周之间、3至16周之间、4至16周之间、5至16周之间、6至16周之间、7至16周之间、8至16周之间、10至16周之间、12至16周之间、1至12周之间、2至12周之间、3至12周之间、4至12周之间、5至12周之间、6至12周之间、7至12周之间、8至12周之间、9至12周之间、10至12周之间、1至2周之间、2至3周之间、3至4周之间、4至5周之间、5至6周之间、6至7周之间、7至8周之间、8至9周之间、9至10周之间或10至11周之间的阶段。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括单次定量施用计划。在一个方面，所述定量施用计划包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16个连续周的治疗阶段。在一个方面，定量施用计划包含每天、每隔一天、每两天或每3、4、5、6、7、8天施用剂量。

在一个方面，本公开内容提供了一种通过施用本文描述的药物组合物在有此需要的受试者中治疗ASD的方法，其中所述方法包括第一个定量施用计划和随后的第二个定量施用计划。在一个方面，第一个定量施用计划包含治疗或诱导剂量。在一个方面，第一个定量施用计划包含连续定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含两个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含相等剂量的两个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含在一天的剂量。在另一个方面，第一个定量施用计划包含三个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含四个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含五个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含六个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含七个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第一个定量施用计划包含至少3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个连续天的定量施用计划。在另一个方面，第二个定量施用计划包含低于或等于第一个定量施用计划的药学活性剂量的维持剂量。在另一个方面，第二个定量施用计划持续至少约2、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24、36、48、72或96周。在另一个方面，第二个定量施用计划包含至少2、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24、36、48、72或96个连续周的定量施用计划。在另一个方面，第二个定量施用计划包含至少2、4、5、6、7、8、9、10、11、12、18、24、36、48、72或96个连续周的定量施用计划。在另一个方面，第二个定量施用计划包含至少12、14、21、28、35、42、49、56、63、70或77个连续天的定量施用计划。在一个方面，第二个定量施用计划永久地持续，在治疗的受试者的整个生存期内，或无限时间段。在一个方面，第二个定量施用计划是连续定量施用计划。在另一个方面，第二个定量施用计划是间歇定量施用计划。在另一个方面，第二个定量施用计划是间歇定量施用计划，其包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的治疗阶段和随后的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天的休息阶段。在另一个方面，第二个定量施用计划包含每隔一天、每两天或每3、4、5、6、7、8天施用第二剂量(例如，维持剂量)。在另一个方面，维持施用剂量延长的时间段，有或没有滴定(或以其它方式改变剂量或定量施用计划)。在一个方面，在第一个和第二个定量施用计划之间没有间隔。在另一个方面，第一个和第二个定量施用计划之间的间隔是至少1、2、3、4、5、6或7天。在一个方面，第一个和第二个定量施用计划之间的间隔是至少约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15或16周。在另一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持剂量)包含比在第一个定量施用计划中使用的剂量(例如，初次治疗剂量)低约2、3、4、5、10、50、100、200、400或500倍的剂量。在另一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持定量施用计划)具有与第一个定量施用计划(例如，初次治疗定量施用计划)相等或比其更低的施用频率。在另一个方面，第二个定量施用计划(例如，维持定量施用计划)具有比第一个定量施用计划(例如，初次治疗定量施用计划)更高的施用间隔。

在一个方面，本公开内容提供了一种用于治疗有此需要的受试者的方法，其中所述方法包括给所述受试者施用药学活性剂量的包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含多个仔细筛选的健康供体的未培养粪便细菌制品。在一个方面，在施用阶段中给受试者施用药物组合物，其中第一剂量包含至少一种药物组合物，所述药物组合物包含单个供体的未培养粪便细菌制品，且药物组合物的第二剂量包含不同于第一剂量的供体的单个供体的未培养粪便细菌制品。在另一个方面，第一剂量包含含有单个供体的未培养粪便细菌制品的药物组合物，且第二剂量包含供体池的未培养粪便细菌制品。所述第一和第二剂量不指示给受试者的施用顺序，而是指示可以以非掺合形式使用来自不同供体的未培养粪便细菌制品。在另一个方面，以掺合形式提供来自多个仔细筛选的健康供体的未培养粪便细菌制品。

在一个方面，本文使用的药物组合物包含细菌混合物，所述细菌混合物包含衍生自供体的未培养粪便细菌制品，所述供体具有预选的合乎需要的特征或正在接受某些预处理。在一个方面，供体不具有当前的或先前的ASD诊断或不具有ASD症状。在另一个方面，供体不具有被诊断为ASD或表现出ASD症状的家族成员或直系亲属。在另一个方面，供体不具有被诊断为ASD或表现出ASD症状的同胞、父母或孩子。在一个方面，供体先前没有接受过任何粪便小生物群移植。在一个方面，用于ASD治疗的粪便供体先前捐献了用于治疗胃肠道障碍(例如，艰难梭菌感染或炎症性肠病(IBD))的粪便。

在一个方面，接受本文所述治疗的受试者是孕妇。在另一个方面，接受本文所述治疗的孕妇有一个较大的孩子被诊断为ASD或表现出ASD综合征。在另一个方面，接受本文所述治疗的孕妇处于生下患有ASD的孩子的风险中。在另一个方面，粪便供体是怀孕的。在另一个方面，将从来自怀孕供体的粪便制备的未培养粪便细菌制品施用给处于生下患有ASD的孩子的风险中的怀孕受试者(例如，与一种或更多种细菌分离物组合)。

在一个方面，治疗具有ASD的受试者的方法包括给所述受试者施用药物组合物，其包含含有乳杆菌属的一个成员的细菌混合物。例如，在药物组合物中施用给受试者的细菌混合物可以包含罗伊乳杆菌(例如，在细菌混合物所包含的未培养粪便细菌制品和/或细菌分离物中)。某些细菌菌株(例如罗伊乳杆菌)向表现出ASD的一种或更多种症状或易于发生ASD的一种或更多种症状的受试者的施用可以治疗或预防ASD。不受理论的约束，在将罗伊乳杆菌施用给受试者以后，罗伊乳杆菌可以移入受试者肠道中并通过缩宫素依赖性的作用机理起作用以治疗或预防ASD。例如，罗伊乳杆菌通过从肠粘膜到影响受试者行为的脑区域(例如室旁核或PVN)的传入迷走神经连接，可以刺激神经元信号传递。在一个方面，罗伊乳杆菌可以诱导PVN神经元的缩宫素释放，并通过调节社会行为的缩宫素受体调节多巴胺能神经元中的突触可塑性。

在一个方面，本文公开了一种将乳杆菌属的一个成员(例如，罗伊乳杆菌)移入受试者肠道中的方法，所述方法包括给所述受试者施用包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含(i)未培养粪便细菌制品；和(ii)包含所述乳杆菌属成员的细菌分离物；其中在施用所述组合物之后所述乳杆菌属成员在受试者肠道中的移入大于在施用所述组合物之前的移入。可以测量移入，例如，通过确定所述乳杆菌属成员在受试者的肠道小生物群(例如粪便小生物群)中的相对丰度。在一个方面，在施用未培养粪便细菌制品和包含所述乳杆菌属成员的细菌分离物以后，所述乳杆菌属成员在肠道小生物群中的相对丰度大于当单独施用所述细菌分离物时肠道小生物群中的乳杆菌属的相对丰度。也就是说，与包含所述乳杆菌属成员的细菌分离物组合施用未培养粪便细菌制品会便利、促进和/或协同罗伊乳杆菌细菌分离物在受试者肠道中的移入。

在一个方面，本公开内容提供了通过给受试者施用药学活性剂量的药物组合物来治疗有此需要的受试者的方法，所述药物组合物包含单个供体的未培养粪便细菌制品和任选的一种或更多种细菌分离物。在另一个方面，在所述施用之后进行试验以确定药物组合物的药学活性剂量的效力。在另一个方面，受试者的试验提供了结果以确定是否应当调整药物组合物的活性剂量。在另一个方面，在所述施用之后施用药物组合物，其包含从多个供体掺合的未培养粪便细菌制品和任选的一种或更多种微生物分离物。在本公开内容的一个方面，提供了治疗有此需要的受试者的方法，其包括：(1)给所述受试者施用第一药学活性剂量的药物组合物，其包含单个供体的未培养粪便细菌制品(和任选的一种或更多种细菌分离物)；(2)试验所述受试者以确定效力、另外的剂量是否必要或是否应当调整剂量；(3)施用第二药物组合物，其包含从多个供体掺合的未培养粪便细菌制品(和任选的一种或更多种细菌分离物)；(4)任选地试验所述受试者以确定效力、另外的剂量是否必要或是否应当调整剂量；和(5)任选地施用第三药物组合物，其包含从多个供体掺合的未培养粪便细菌制品(和任选的一种或更多种细菌分离物)，其中所述多个供体(a)包含来自第二药物组合物的所有供体和额外的供体，(b)包含在第二药物组合物中未包含的粪便细菌的供体，(c)包含在第二药物组合物中包含的粪便细菌的一些但并非所有供体，或包含在第二药物组合物中未包含的粪便细菌的供体。在另一个方面，所述第一、第二和第三药物组合物以不同的顺序(即，第一、第三、第二；第三、第二、第一；第三、第一、第二；第二、第一、第三等)施用。

在另一个方面，本公开内容提供了用含有药物组合物的胶囊剂治疗有此需要的受试者的方法，所述药物组合物包含来自单个供体的未培养粪便细菌制品。在另一个方面，胶囊剂包含药物组合物，其包含来自多个供体的未培养粪便细菌制品。在一个方面，给受试者施用两个或更多个丸剂，其包含来自单一但不同供体的未培养粪便细菌制品。

在一个方面，本公开内容提供了治疗有此需要的受试者的方法，其包括施用包含单个供体的未培养粪便细菌制品的药物组合物，所述制品类似于或不同于治疗阶段中的先前施用。在另一个方面，治疗阶段包括施用第一剂量和施用第二剂量，所述第一剂量包含含有单个供体的未培养粪便细菌制品的药物组合物，所述第二剂量包含含有多个供体的未培养粪便细菌制品的药物组合物。

在一个方面，根据本文描述的方法在相同药物组合物中将未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物施用给受试者。在一个方面，根据本文描述的方法在不同的药物组合物中将未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物施用给受试者。在一个方面，根据本文描述的方法在相同药物组合物中将多种细菌分离物施用给受试者。在一个方面，根据本文描述的方法在不同的药物组合物中将多种细菌分离物施用给受试者。例如，方法可以包括给有此需要的受试者施用有效量的多种药物组合物，例如，如本文中公开的两种或更多种药物组合物、三种或更多种药物组合物、四种或更多种药物组合物或五种或更多种药物组合物。所述多种药物组合物可以同时或依次提供。因而，例如，如果要用未培养粪便细菌制品和两种细菌分离物治疗受试者，第一组合物可以包含两种细菌分离物且第二组合物可以包含所述未培养粪便细菌制品。在不同的实施例中，如果要用未培养粪便细菌制品和两种细菌分离物治疗受试者，第一组合物可以包含与第一种细菌分离物组合(或“掺入”)的未培养粪便细菌制品，且第二组合物可以包含第二种细菌分离物。在不同的实施例中，如果要用未培养粪便细菌制品和三种细菌分离物治疗受试者，第一组合物可以包含第一种细菌分离物，第二组合物可以包含第二种细菌分离物，第三组合物可以包含第三种细菌分离物，和第四组合物可以包含未培养粪便细菌制品。

在一个方面，在有此需要的受试者中治疗ASD的一种或更多种症状的方法包括给所述受试者施用：(i)一种或更多种细菌分离物；(ii)未培养粪便细菌制品；和(iii)一种或更多种抗生素。(i)-(iii)的不同组分可以以任何顺序施用给受试者。例如，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用包含未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物的细菌混合物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用未培养粪便细菌制品，随后施用一种或更多种细菌分离物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后施用未培养粪便细菌制品。关于以上实施例中的每一个，还应当理解，治疗方法中的任何给定组分可以施用多次。例如，可以将抗生素施用给受试者，随后施用未培养粪便细菌制品，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后第二次施用未培养粪便细菌制品。

在一个方面，在有此需要的受试者中治疗ASD的一种或更多种症状的方法包括给所述受试者施用：(i)一种或更多种细菌分离物；(ii)未培养粪便细菌制品；和(iii)一种或更多种益生元。(i)-(iii)的不同组分可以以任何顺序施用给受试者。例如，可以给受试者施用一种或更多种益生元，随后施用包含未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物的细菌混合物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种益生元，随后施用未培养粪便细菌制品，随后施用一种或更多种细菌分离物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种益生元，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后施用未培养粪便细菌制品。在另一个实施例中，可以在施用一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品中的一种或两种之后给受试者施用一种或更多种益生元。关于以上实施例中的每一个，还应当理解，治疗方法中的任何给定组分可以施用多次。例如，可以将未培养粪便细菌制品施用给受试者，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后施用益生元，随后第二次施用所述未培养粪便细菌制品。

在一个方面，在有此需要的受试者中治疗ASD的一种或更多种症状的方法包括给所述受试者施用：(i)一种或更多种细菌分离物；(ii)未培养粪便细菌制品；(iii)一种或更多种益生元；和(iv)一种或更多种抗生素。(i)-(iv)的不同组分可以以任何顺序施用给受试者。例如，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用一种或更多种益生元，随后施用包含未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物的细菌混合物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用一种或更多种益生元，随后施用未培养粪便细菌制品，随后施用一种或更多种细菌分离物。在另一个实施例中，可以给受试者施用一种或更多种抗生素，随后施用一种或更多种益生元，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后施用未培养粪便细菌制品。在另一个实施例中，可以在施用一种或更多种细菌分离物和/或未培养粪便细菌制品中的一种或两种以后施用益生元。关于以上实施例中的每一个，还应当理解，治疗方法中的任何给定组分可以施用多次。例如，可以将抗生素施用给受试者，随后施用未培养粪便细菌制品，随后施用一种或更多种细菌分离物，随后施用益生元，随后第二次施用所述未培养粪便细菌制品。

在每种上述组合治疗中，不同治疗之间(例如，未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物的施用之间)的持续时间可以为至少1小时、至少2小时、至少6小时、至少12小时、至少1天、至少2天、至少3天、至少4天、至少5天、至少6天、至少1周、至少2周、至少3周、至少4周、至少5周、至少6周、至少7周、至少8周或大于8周。

在一个方面，被治疗的受试者是已经患有障碍(例如，ASD)的受试者。所公开的药物组合物向遗传上易发或易感障碍(例如，ASD)的临床无症状人受试者的施用也有助于预防临床症状的出现。遗传上易发或易感ASD的人受试者可以是有亲密家族成员或亲属表现出或已经患有障碍(例如，ASD)的人受试者。在另一个方面，被治疗的受试者是要预防ASD的受试者。在另一个方面，被治疗的受试者易发或易感障碍(例如，ASD)。在另一个方面，被治疗的受试者是被诊断为患有障碍(例如，ASD)的受试者。在一个方面，被治疗的受试者是有此需要的患者。

在一个方面，被治疗的受试者是人患者。在一个方面，患者是男性患者。在一个方面，患者是女性患者。在一个方面，患者是早产新生儿。在一个方面，患者是足月新生儿。在一个方面，患者是新生儿。在一个方面，患者是婴儿。在一个方面，患者是幼儿。在一个方面，患者是低龄儿童。在一个方面，患者是儿童。在一个方面，患者是青少年。在一个方面，患者是儿科患者。在一个方面，患者是老年患者。在一个方面，人患者是低于约18、15、12、10、8、6、4、3、2或1岁的儿童患者。在另一个方面，人患者是成年患者。在另一个方面，人患者是年长患者。在另一个方面，人患者是约30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90或95岁以上的患者。在另一个方面，患者是约1至5岁之间、2至10岁之间、3至18岁之间、21至50岁之间、21至40岁之间、21至30岁之间、50至90岁之间、60至90岁之间、70至90岁之间、60至80岁之间、或65至75岁之间。在一个方面，患者是初老年患者(65-74岁)。在一个方面，患者是中老年患者(75-84岁)。在一个方面，患者是老年患者(＞85岁)。

在一个方面，一种方法包括口服地、通过灌肠或经由直肠栓剂施用药物组合物。在一个方面，药物组合物被配制为凝胶丸(geltab)、丸剂、微胶囊剂、胶囊剂或片剂。在一个方面，药物组合物被配制为包有肠溶衣的胶囊剂或微胶囊剂、耐酸胶囊剂或微胶囊剂，或配制为食品、食品添加剂、乳制品，大豆制品或其衍生物、果冻或酸奶的一部分或与其一起施用。在另一个方面，药物组合物被配制为耐酸的包有肠溶衣的胶囊剂。药物组合物可以提供为与食品或饮料组合出售的粉末。食物或饮料可以是乳制品或大豆制品。在另一个方面，食品或食品添加物包含含有药物组合物的包有肠溶衣的和/或耐酸的微胶囊剂。

本文描述了包含本文公开的任何药物组合物和使用说明书的试剂盒。例如，试剂盒可以包括包含一种或更多种细菌混合物的单位剂型。这样的试剂盒可以包括一种或更多种细菌混合物，其包含未培养粪便细菌制品和一种或更多种细菌分离物中的至少一种，以及任选地，用于给受试者施用所述组合物的递送装置，或关于通过适当的递送途径给受试者施用剂量的说明书。在某些情况下，所述剂型包含活细菌的任何合适形式(新鲜、冷冻、低压冻干等)，并配制成用于口服地、通过鼻胃管、通过结肠镜或通过肛门施用给人受试者。如本文所述，适用于本文提供的试剂盒的剂型包括、但不限于液体溶液、胶囊剂、片剂、粉剂、颗粒和低压冻干形式。

试剂盒的说明书可以描述例如试剂盒中一种或更多种药物组合物的定量施用信息。例如，组合物的施用频率和剂量，例如，在给定时间要施用的药物组合物的胶囊的数目，以及每天/每周施用的次数)。在试剂盒包含一种以上组合物(例如，多种细菌混合物或缺乏细菌混合物的另外药物组合物)的方面，说明书可以描述每种组合物的定量施用。例如，一种组合物可以在另一种组合物之前施用，例如，两种药物组合物的依次施用间隔数分钟、数小时、数天、数周、数月或更长时间。可替换地，可以同时施用两种组合物。

在另一个方面，本文提供了本文描述的细菌混合物用于制备药物的用途，所述药物用于治疗孤独症谱群障碍或用于降低孤独症谱群障碍的一种或更多种症状的严重程度。

本文公开了一种方法，其包括基于细菌分类群(例如，门、纲、目、科、属、种或菌株)在供体粪便中的丰度选择人粪便供体，以及随后从所述供体收集粪便以用作用于制备未培养粪便细菌制品的粪便细菌的来源。例如，使用基于核酸杂交的技术诸如PCR(例如，定量PCR)，可以关于感兴趣的特定分类群(例如，乳杆菌属或罗伊乳杆菌种)的存在或丰度对潜在供体的粪便或粪便小生物群进行筛选，并且，如果在粪便中存在高于阈值丰度的水平的分类群，则可以选择供体作为粪便供体，用于制备包含感兴趣的分类群的药物组合物。在一个方面，可以给从供体粪便制备的未培养粪便细菌制品(即含有感兴趣的分类群)补充一种或多种细菌分离物(例如，包含感兴趣的细菌分类群，诸如罗伊乳杆菌)，以增加包含未培养粪便细菌制品的细菌混合物中的细菌分类群。

在另一个方面，在进行粪便捐献之前，粪便供体可以摄入一种或更多种细菌分离物(例如，乳杆菌属的成员，例如罗伊乳杆菌)，例如以一种或更多种益生菌的形式。在一个方面，粪便供体在捐献粪便之前可以摄入细菌分离物以便将细菌分离物引入捐献的粪便的粪便小生物群中，即作为细菌菌株。因此，需要被包含在药物组合物的细菌混合物中的细菌分离物可以通过供体对细菌分离物的摄入而引入粪便供体的粪便小生物群中，由此允许从粪便制备未培养的粪便细菌，所述粪便是用源自期望细菌分离物的细菌菌株“做好的”，或者已经包括源自期望细菌分离物的细菌菌株。来自已摄入细菌分离物(例如，以益生菌的形式)的供体的粪便的未培养粪便细菌制品可以直接掺入本文所述的药物组合物中，无需向所述制品中添加任何另外的细菌分离物，或可替换地，可以进一步掺入或富集额外剂量的细菌分离物。当供体的粪便小生物群不内源性地包含与细菌分离物相同分类学类别(例如，门、纲、目、科、属或种)的细菌菌株时，或不内源性地包含与细菌分离物具有高于阈值水平的遗传同一性(例如，包含与细菌分离物的16S rRNA序列具有大于97％的同一性、大于98％的同一性、大于99％的同一性、大于99.1％的同一性、大于99.2％的同一性、大于99.3％的同一性、大于99.4％的同一性、大于99.5％的同一性、大于99.6％的同一性、大于99.7％的同一性、大于99.8％的同一性或大于99.9％的同一性的16S rRNA序列)的细菌菌株时，这样给粪便供体的粪便小生物群“预掺入”一种或更多种期望的细菌菌株(作为施用给粪便供体的细菌分离物的来源)可以是特别有利的。在本文中，通过粪便小生物群的供体对细菌分离物的摄入而掺入粪便小生物群中的细菌分离物被称作“细菌菌株”(即，源自摄入的细菌分离物)，以将它与离体存在的纯化的细菌分离物区分开。

在一个方面，供体可以摄入包含细菌分离物的益生菌，所述细菌分离物属于在摄入益生菌之前在供体的粪便中不可检测的分类学类别或以低于阈值丰度的相对丰度存在。例如，关于特定分类群(门、纲、目、科、属、种或菌株)在供体的小生物群中的存在，可以筛选供体的粪便的小生物群(例如使用核酸杂交技术诸如PCR)。如果在小生物群中未发现该分类群，或其以低于阈值丰度的相对丰度存在，则可以给供体施用或让其摄入包含该分类群的细菌分离物的益生菌。

在一个方面，粪便供体可以摄入包含罗伊乳杆菌的细菌分离物以增加所述供体的粪便中的罗伊乳杆菌水平。然后可以从所述粪便提取包括罗伊乳杆菌菌株(其源自摄入的细菌分离物)的未培养粪便细菌制品并掺入本文描述的药物组合物中。在一个方面，给所述未培养粪便细菌制品补充一定量的被供体摄入的相同细菌分离物和/或一种或更多种另外的细菌分离物。任选地，在供体摄入益生菌之前和/或之后可以筛选供体的粪便小生物群以确定罗伊乳杆菌是否存在于小生物群中，且如果存在，则确定粪便小生物群中罗伊乳杆菌的丰度。

在一个方面，粪便供体摄入一种或更多种细菌分离物与从供体收集粪便(即，包含源自一种或更多种细菌分离物的细菌菌株)之间的持续时间可以变化；例如持续时间可以是至少1小时、至少2小时、至少4小时、至少6小时、至少8小时、至少10小时、至少12小时、至少14小时、至少16小时、至少18小时、至少20小时、至少22小时、至少24小时、至少26小时、至少28小时、至少30小时、至少32小时、至少34小时、至少36小时、至少38小时、至少40小时、至少42小时、至少44小时、至少46小时、至少48小时、至少50小时、至少52小时、至少54小时、至少56小时、至少58小时、至少60小时、至少62小时、至少64小时、至少66小时、至少68小时、至少70小时、至少72小时或大于72小时。

在一个方面，供体可以摄入一定剂量的细菌分离物一次或多次以促进细菌分离物作为细菌菌株向供体的粪便小生物群中的掺入。在一个方面，供体可以每天至少一次或两次摄入一定剂量的细菌分离物持续至少三个连续天或周。在另一个方面，每天至少一次、两次或三次摄入一定剂量持续1至16周之间、2至16周之间、3至16周之间、4至16周之间、5至16周之间、6至16周之间、7至16周之间、8至16周之间、10至16周之间、12至16周之间、1至12周之间、2至12周之间、3至12周之间、4至12周之间、5至12周之间、6至12周之间、7至12周之间、8至12周之间、9至12周之间、10至12周之间、1至2周之间、2至3周之间、3至4周之间、4至5周之间、5至6周之间、6至7周之间、7至8周之间、8至9周之间、9至10周之间或10至11周之间的阶段。

本文中公开了一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体或群落；和将所述提取的细菌群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体或群落包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的细菌菌株。

本文中公开了一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的细菌群体或群落，所述方法包括：在所述供体摄入包含细菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；从所述粪便提取细菌群体或群落，其中所述细菌群体或群落包含所述细菌菌株；将所述细菌群体或群落掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体或群落没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述细菌菌株。

应当理解，如本文中所述的组合物、剂型和药物包括组合药物组合物，其中将一种或更多种另外的化合物或药物加入经纯化的粪便小生物群组合物中，或以其它方式与经纯化的粪便小生物群组合物共同施用。

本说明书提供了且包括以下实施方案：

实施方案1.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物。

实施方案2.实施方案1的药物组合物，其中所述粪便、所述未培养粪便细菌制品或二者不包含罗伊乳杆菌。

实施方案3.实施方案1的药物组合物，其中所述粪便、所述未培养粪便细菌制品或二者不包含与包含罗伊乳杆菌的细菌分离物具有100％的遗传同一性的细菌菌株。

实施方案4.实施方案3的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品不包含与包含罗伊乳杆菌的细菌分离物具有大于98％的遗传同一性的细菌菌株。

实施方案5.实施方案3或实施方案4的药物组合物，其中通过将包含罗伊乳杆菌的细菌分离物的16S rRNA序列与所述未培养粪便细菌制品的16S rRNA序列进行对比，确定所述遗传同一性。

实施方案6.实施方案1至5中的任一个的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品包含小于5％的相对丰度的罗伊乳杆菌细菌。

实施方案7.实施方案1至6中的任一个的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品包含小于3％的相对丰度的罗伊乳杆菌细菌。

实施方案8.实施方案1至7中的任一个的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品包含小于1％的相对丰度的罗伊乳杆菌细菌。

实施方案9.实施方案1至8中的任一个的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品包含小于0.5％的相对丰度的罗伊乳杆菌细菌。

实施方案10.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含乳杆菌属种的细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含乳杆菌属种。

实施方案11.实施方案10的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品不包含与包含乳杆菌属种的细菌分离物具有大于99％的遗传同一性的细菌菌株。

实施方案12.实施方案10或实施方案11的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品不包含与包含乳杆菌属种的细菌分离物具有大于97％的遗传同一性的细菌菌株。

实施方案13.实施方案11或实施方案12的药物组合物，其中通过将包含乳杆菌属种的细菌分离物的16S rRNA序列与所述未培养粪便细菌制品的16S rRNA序列进行对比，确定所述遗传同一性。

实施方案14.实施方案10至13中的任一个的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是罗伊乳杆菌。

实施方案15.实施方案10至13中的任一个的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是植物乳杆菌。

实施方案16.实施方案10至13中的任一个的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是嗜酸乳杆菌。

实施方案17.实施方案10至13中的任一个的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是类干酪乳杆菌。

实施方案18.实施方案10至13中的任一个的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是德氏乳杆菌保加利亚亚种。

实施方案19.实施方案1至18中的任一个的药物组合物，其中所述药物组合物进一步包含一种或更多种另外的细菌分离物。

实施方案20.实施方案19的药物组合物，其中所述一种或更多种另外的细菌分离物包含双歧杆菌属或链球菌属的成员。

实施方案21.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度是至少10％。

实施方案22.实施方案21的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度是至少30％。

实施方案23.实施方案21的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度是至少45％。

实施方案24.实施方案21至23中的任一个的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌种的活细胞的相对丰度。

实施方案25.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

实施方案26.实施方案25的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌种的活细胞的相对丰度。

实施方案27.实施方案25的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌属的活细胞的相对丰度。

实施方案28.实施方案25的药物组合物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌门的活细胞的相对丰度。

实施方案29.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物是一个物种的成员，其中所述细菌分离物是所述细菌混合物中的物种的唯一成员。

实施方案30.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16SrRNA序列的细菌菌株。

实施方案31.实施方案30的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于97％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株。

实施方案32.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

实施方案33.实施方案21至32中的任一个的药物组合物，其中所述细菌分离物包含乳杆菌属的成员。

实施方案34.实施方案33的药物组合物，其中所述乳杆菌属的成员选自罗伊乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、类干酪乳杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、及其组合。

实施方案35.实施方案34的药物组合物，其中所述乳杆菌属的成员是罗伊乳杆菌。

实施方案36.实施方案21至35中的任一个的药物组合物，其中所述细菌分离物包含双歧杆菌属的成员。

实施方案37.实施方案35的药物组合物，其中所述双歧杆菌属的成员选自短双歧杆菌、长双歧杆菌、长双歧杆菌婴儿亚种、及其组合。

实施方案38.实施方案21至36中的任一个的药物组合物，其中所述细菌分离物包含链球菌属的成员。

实施方案39.实施方案37的药物组合物，其中所述链球菌属的成员是唾液链球菌嗜热亚种。

实施方案40.实施方案21至39中的任一个的药物组合物，其中所述药物组合物包含多种细菌分离物。

实施方案41.实施方案1至40中的任一个的药物组合物，其中所述未培养粪便细菌制品包含未选择的粪便细菌。

实施方案42.实施方案1至41中的任一个的药物组合物，其中所述细菌混合物包含低压冻干的细菌。

实施方案43.实施方案1至42中的任一个的药物组合物，其中所述细菌混合物包含冷冻保护剂。

实施方案44.实施方案1至43中的任一个的药物组合物，其中所述细菌混合物被包封在胶囊中。

实施方案45.实施方案44的药物组合物，其中所述胶囊是延迟释放胶囊。

实施方案46.实施方案45的药物组合物，其中所述延迟释放胶囊被配制成在施用所述组合物的受试者的回肠中释放所述细菌分离物。

实施方案47.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用实施方案1至47中的任一个的药物组合物。

实施方案48.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体的药物组合物，其中所述细菌群体没有经过培养；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物。

实施方案49.实施方案48的方法，其中所述药物组合物包含所述细菌分离物。

实施方案50.实施方案48或实施方案49的方法，其中所述细菌群体缺乏罗伊乳杆菌。

实施方案51.一种将罗伊乳杆菌移入人肠中的方法，所述方法包括给所述人施用药物组合物，所述药物组合物包含(i)未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物；其中在施用所述组合物之后所述人的肠道小生物群中的罗伊乳杆菌的相对丰度大于在施用所述组合物之前肠道小生物群中罗伊乳杆菌的相对丰度。

实施方案52.实施方案51的方法，其中所述肠道小生物群包含回肠的小生物群。

实施方案53.实施方案51的方法，其中所述肠道小生物群包含粪便小生物群。

实施方案54.实施方案51至53中的任一个的方法，其中在施用所述组合物之后人的肠道小生物群中的罗伊乳杆菌的相对丰度大于单独施用细菌分离物以后肠道小生物群中罗伊乳杆菌的相对丰度。

实施方案55.实施方案51至54中的任一个的方法，其中施用所述组合物会治疗人的孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状。

实施方案56.一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所述细菌群体与包含罗伊乳杆菌的细菌分离物混合；其中所述细菌群体没有经过培养。

实施方案57.实施方案56的方法，所述方法进一步包括将所述细菌群体与另外的细菌分离物混合。

实施方案58.一种方法，其包括：基于乳杆菌属的至少一个成员在供体的粪便小生物群中的丰度选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取细菌群体，其中所述细菌群体包含乳杆菌属的至少一个成员；和将所述细菌群体掺入药物组合物中，其中所述细菌群体没有经过培养。

实施方案59.实施方案58的方法，其中所述方法进一步包括将所述细菌群体与包含乳杆菌属的至少一个成员的细菌分离物混合。

实施方案60.实施方案58或实施方案59的方法，其中所述乳杆菌属的至少一个成员选自罗伊乳杆菌、植物乳杆菌、嗜酸乳杆菌、类干酪乳杆菌、德氏乳杆菌保加利亚亚种、及其组合。

实施方案61.实施方案60的方法，其中所述乳杆菌属的至少一个成员是罗伊乳杆菌。

实施方案62.一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所提取的细菌群体掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的细菌菌株。

实施方案63.一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的细菌群体，所述方法包括：在所述供体摄入包含细菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；从所述粪便提取细菌群体，其中所述细菌群体包含所述细菌菌株；将所述细菌群体掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述细菌菌株。

实施方案64.实施方案63的方法，所述方法进一步包括确定在所述供体摄入所述益生菌之前所述供体的粪便不包含所述细菌菌株。

实施方案65.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)乳杆菌属种的非病原性细菌分离物；其中所述细菌混合物中乳杆菌属种的活细胞的相对丰度大于粪便的粪便细菌中乳杆菌属种的活细胞的相对丰度。

实施方案66.实施方案65的药物组合物，其中所述乳杆菌属种是罗伊乳杆菌。

实施方案67.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度是至少10％。

实施方案68.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

实施方案69.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌分离物是第一物种的成员，其中所述细菌分离物是所述混合物中第一物种的唯一成员，其中所述真菌分离物是第二物种的成员，其中所述真菌分离物是所述混合物中第二物种的唯一成员，其中所述古细菌分离物是第三物种的成员，其中所述古细菌分离物是所述混合物中第三物种的唯一成员。

实施方案70.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便微生物的制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述真菌分离物的16SrRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的真菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述古细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16SrRNA序列的古细菌菌株。

实施方案71.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

实施方案72.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体的药物组合物，其中所述细菌群体没有经过培养；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

实施方案73.一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所述细菌群体与以下物质混合：(i)非病原性细菌分离物和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌群体没有经过培养。

实施方案74.一种方法，其包括：基于供体的粪便小生物群中的至少一个成员的丰度，选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取微生物群体，其中所述微生物群体包含所述至少一个成员；和将所述微生物群体掺入药物组合物中，其中所述微生物群体没有经过培养，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

实施方案75.一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取微生物群体；和将所提取的微生物群体掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的至少一个成员，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

实施方案76.一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的微生物群体，所述方法包括：在所述供体摄入益生菌之后，从所述供体接收粪便，所述益生菌包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；从所述粪便提取微生物群体，其中所述微生物群体包含至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型；将所述微生物群体掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体没有经过培养；且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的微生物。

通过参考以下非限制性实施例，可以更好地理解本公开内容，这些实施例作为本公开内容的示例提供。为了更充分地举例说明本公开内容的优选方面，给出了以下实施例，但是，绝不应将其解释为限制本公开内容的广泛范围。因此，所附权利要求的范围不应限于本文所含方面的描述。

实施例

实施例1：人供体粪便中罗伊乳杆菌的可变相对丰度

使用在这些数据库中包含的分类注释，从GreenGenes(v 13_8)和SILVA(SSUr132)中识别出属于乳杆菌属和罗伊乳杆菌种的运算分类单位(OTU)。通过将来自1195个样品(源于90位粪便供体)和15个运行对照的NGS读数(在Broad Institute进行的测序)分别以97％和99％的同一性映射到GreenGenes和SILVA数据库，构建GreenGenes和SILVA OTU表。

图1显示了来自每个供体的所有样品中所有乳杆菌OTU和仅罗伊乳杆菌OTU的中位总和相对丰度。该图表明，健康粪便供体的粪便小生物群中的罗伊乳杆菌的相对丰度存在差异。

实施例2：从基于罗伊乳杆菌在粪便中的存在所选择的供体的粪便生产药物组合 物

基于图1的结果，基于罗伊乳杆菌在供体粪便中的存在来选择供体。从供体收集粪便样品，用在PBS盐水中的15％海藻糖和0.05％半胱氨酸稀释，均质化，并过滤。将滤液低压冻干，并将低压冻干的细菌混合物封装以形成药物组合物。

实施例3：细菌混合物的生产

从经过筛选的健康人供体中收集粪便样品，用在PBS盐水中的15％海藻糖和0.05％半胱氨酸稀释，均质化，并过滤。对滤液进行低压冻干以产生低压冻干的未培养粪便细菌制品。获得包含低压冻干的罗伊乳杆菌(ATCC PTA 6475)的细菌分离物，并与低压冻干的未培养粪便细菌制品混合以产生包含罗伊乳杆菌细菌分离物和未培养粪便细菌制品的细菌混合物。

实施例4：利用感兴趣的同化细菌菌株生产供体衍生的细菌组合物

预先筛选的健康供体摄入含有一种或更多种期望的细菌菌株(例如，乳杆菌属)的益生菌组合物。从供体收集粪便样品并进行处理以提取细菌群体，其包括期望的益生菌的细菌菌株。这样的期望的细菌菌株在摄入之前不存在于供体粪便小生物群中，或者以较低水平存在。然后将所提取的细菌群体配制成药物组合物。

实施例5：与感兴趣的细菌菌株组合的供体衍生的细菌组合物的免疫刺激效应

在液体vBHI3培养基中培养三种乳杆菌属分离物，包括罗伊乳杆菌(ATCC PTA6475)、罗伊乳杆菌(DSM 17938)和植物乳杆菌。将细胞洗涤并以1x10⁹CFU/mL重新悬浮(任选地，在-80℃储存，直到随后的共培养步骤)。将人PBMC接种到24-孔平板中，并在5％CO₂中温育过夜。将每种细菌刺激物添加给PBMC，并共同培养24小时。对于所有单一刺激和共刺激，相对于PBMC的数目以2倍的感染复数(MOI)添加乳杆菌属菌株，以2倍或10倍的MOI添加未选择供体衍生的粪便小生物群(FSM)组分，并以0.4倍的MOI添加大肠杆菌。然后收集共培养上清液，并通过Luminex对细胞因子水平(IL-10、IL-12p70、IFN-γ、GM-CSF、TNF-α和IL-23)进行定量。FSM与乳杆菌属菌株罗伊乳杆菌(DSM 17938)(图2至5)、植物乳杆菌(图5)和罗伊乳杆菌(ATCC PTA 6475)(图2至6)的组合导致促炎细胞因子的下调(图2至4)、抗炎细胞因子的上调(图5)和响应于炎症性刺激的IL-10/IL-12比率的增加(大肠杆菌)。这些结果表明，可以将包含未培养粪便细菌制品和乳杆菌属细菌分离物的细菌混合物施用给培养的人细胞以促进抗炎免疫特性。

实施例6：ASD的治疗

将ASD患者分组并接受不同的治疗方案，这些方案在预处理(例如，抗生素(万古霉素)或肠道准备)、治疗持续时间(单剂量或多剂量)、剂量(单个或总剂量)或施用频率(每日或每周)方面有所不同(图7和8)。将来自不同供体的粪便材料用于生产在给定剂量使用的细菌组合物。在不同剂量水平使用的细菌组合物可以来自同一供体的粪便材料。在治疗前、治疗中和治疗后观察患者症状并进行临床检查。在治疗前、治疗中和治疗后，还对患者粪便样品进行DNA宏基因组学分析以确定细菌移入。

Claims (25)

1.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物。

2.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)包含乳杆菌属种的细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含乳杆菌属种。

3.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物，其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度是至少10％。

4.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物的活细胞在所述细菌混合物中的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

5.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物是一个物种的成员，其中所述细菌分离物是所述细菌混合物中的物种的唯一成员。

6.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述未培养粪便细菌制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株。

7.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)非病原性细菌分离物；其中所述细菌分离物移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

8.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用根据权利要求1至7中任一项所述的药物组合物。

9.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体的药物组合物，其中所述细菌群体没有经过培养；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物。

10.一种将罗伊乳杆菌移入人肠中的方法，所述方法包括给所述人施用药物组合物，所述药物组合物包含(i)未培养粪便细菌制品；和(ii)包含罗伊乳杆菌的细菌分离物；其中在施用所述组合物之后所述人的肠道小生物群中的罗伊乳杆菌的相对丰度大于在施用所述组合物之前肠道小生物群中罗伊乳杆菌的相对丰度。

11.一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所述细菌群体与包含罗伊乳杆菌的细菌分离物混合；其中所述细菌群体没有经过培养。

12.一种方法，其包括：

基于乳杆菌属的至少一个成员在供体的粪便小生物群中的丰度选择人粪便供体；

从所述供体的粪便提取细菌群体，其中所述细菌群体包含乳杆菌属的至少一个成员；和

将所述细菌群体掺入药物组合物中，其中所述细菌群体没有经过培养。

13.一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所提取的细菌群体掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的细菌菌株。

14.一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的细菌群体，所述方法包括：

在所述供体摄入包含细菌菌株的益生菌之后，从所述供体接收粪便；

从所述粪便提取细菌群体，其中所述细菌群体包含所述细菌菌株；

将所述细菌群体掺入所述药物组合物中，其中所述细菌群体没有经过培养；并且

其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述细菌菌株。

15.一种包含细菌混合物的药物组合物，所述细菌混合物包含：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)乳杆菌属种的非病原性细菌分离物；其中所述细菌混合物中乳杆菌属种的活细胞的相对丰度大于粪便的粪便细菌中乳杆菌属种的活细胞的相对丰度。

16.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度是至少10％。

17.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述混合物中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的活细胞的相对丰度大于所述未培养粪便细菌制品中的任何细菌菌株的活细胞的相对丰度。

18.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌分离物是第一物种的成员，其中所述细菌分离物是所述混合物中第一物种的唯一成员，其中所述真菌分离物是第二物种的成员，其中所述真菌分离物是所述混合物中第二物种的唯一成员，其中所述古细菌分离物是第三物种的成员，其中所述古细菌分离物是所述混合物中第三物种的唯一成员。

19.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便微生物的制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的细菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述真菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的真菌菌株，其中所述未培养粪便微生物的制品不包含具有与所述古细菌分离物的16S rRNA序列具有大于99％的同一性的16S rRNA序列的古细菌菌株。

20.一种药物组合物，其包含含有以下物质的混合物：(i)从人供体的粪便衍生出的未培养粪便细菌制品；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型移入施用所述组合物的受试者的回肠中。

21.一种在有此需要的受试者中治疗孤独症谱群障碍(ASD)的至少一种症状的方法，所述方法包括给所述受试者施用(i)包含从人供体的粪便衍生出的细菌群体的药物组合物，其中所述细菌群体没有经过培养；和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

22.一种方法，其包括：从健康人供体的粪便提取细菌群体；和将所述细菌群体与以下物质混合：(i)非病原性细菌分离物和(ii)至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；其中所述细菌群体没有经过培养。

23.一种方法，其包括：基于供体的粪便小生物群中的至少一个成员的丰度，选择人粪便供体；从所述供体的粪便提取微生物群体，其中所述微生物群体包含所述至少一个成员；和将所述微生物群体掺入药物组合物中，其中所述微生物群体没有经过培养，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

24.一种制备药物组合物的方法，所述方法包括：从健康人供体的粪便提取微生物群体；和将所提取的微生物群体掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体包含源自所述健康人供体摄入的益生菌的至少一个成员，其中所述至少一个成员包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型。

25.一种制备药物组合物的方法，所述药物组合物包含健康人供体的微生物群体，所述方法包括：在所述供体摄入益生菌之后，从所述供体接收粪便，所述益生菌包含至少一种、至少两种或所有三种选自细菌分离物、真菌分离物和古细菌分离物的非病原性微生物类型；从所述粪便提取微生物群体，其中所述微生物群体包含至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型；将所述微生物群体掺入所述药物组合物中，其中所述微生物群体没有经过培养；并且其中在所述供体摄入所述益生菌之前，所述供体的粪便不包含所述至少一种、至少两种或所有三种非病原性微生物类型的微生物。

Images