CN114609389A - 一种基于znf326蛋白作为ii期结直肠癌疗效预测标志物的方法 - Google Patents

一种基于znf326蛋白作为ii期结直肠癌疗效预测标志物的方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效，为预测II期结直肠癌治疗疗效及预后提供特异性的、迅速的、无创伤性的检测手段。

Description

一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的 方法
技术领域
本发明涉及II期结直肠癌疗效预测标志物方法技术领域，具体为一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法。
背景技术
在我国，结直肠痛作为第三大肿瘤，其发病率及死亡率近年来逐年上升，日前在结直肠癌临床工作中尚有许多亟待解决的问题，第一，尚缺乏有效的用于疾病早期诊断的非侵入性生物标志物，大便潜血试验及结肠镜检查是目前较为公认的早期诊断方法，多项大样本临床研究资料显示，在50岁以上的人群中进行筛查可降低结直肠癌发病率及死亡率，大便潜血检查因操作方便、成本低康得到广泛应用，但低灵敏度和特异度使其临床价值有限，结肠镜检查是日前早期诊断结直肠癌的金标准，但操作难度大、花费高及并发症风险导致病人依从性差，难以成为人群筛查的常规手段，第二，尚缺乏有效的预后判断及化疗疗效评价指标，日前临床上主要依据基于临床病埋指标（如肿瘤大小、淋巴结转移数日、远处转移、组织分级等）的TNM分期作为疾病预后的判断及指导临床治疗，但根据此分期判断患者预后存在较大的异质性，亦不能预测肿瘤患者对化疗的反应，中医药与西医药互补的治疗模式已被临床广泛应用，即使这样，但有相当一部分病人尤其是晚期结直肠癌在治疗时出现耐药最终因疾病疾病进展而死亡，因此，寻找有效的标志物作为晚期结直肠癌治疗疗效及预后的判断在临床实践中显得尤为重要，因此，我们提出一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，以解决上述背景技术中提出的问题。
为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种作为II期结直肠癌疗效预测标志物，预测标志物包括ZNF326蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效。
预测标志物检测的具体步骤为：
S1：样本采集：采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究30例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化；
S2：蛋白类型提取：从样品中提取蛋白并测蛋白浓度，并对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段，然后取等量样品进行DIA模式扫描获取数据，同时取混合样本进行酶切离和DDA模式扫描，再将DDA数据进行定性分析用于获取肽段离子库，进行定量分析获取差异蛋白，从而完成生物信息学分析，确立出差异化大的蛋白类型；
S3：蛋白类型校验：首先从样品中提取蛋白并测蛋白浓度；然后对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段；同时针对差异化明显的几类蛋白通过DDA模式获取目标肽段谱图信息建立方法；然后取等量样品进行PRM模式扫描获取数据；最后，使用Skyline进行定量分析；
S4：预测结果分析：每例样品分别进行了一次LC-PRM/MS测试，采用Skyline3.5.0对PRM原始数据进行分析，选择肽段丰度较高的子离子进行定量分析，将Skyline分析后的每段目标肽段的峰面积结果进行导出，其中每个蛋白肽段包括目标蛋白名称、目标肽段序列，母离子带电电荷数、选取的子离子、子离子带电电荷数及用于定量的每个子离子原始峰面积，然后对目标蛋白中肽段的子离子峰面积进行整合，通过利用统计学分析差异化大的蛋白种类，确立出其中变化趋势与之前的结果一致性较大的蛋白种类，并将其排除，随病情好转程度的变化而呈现出蛋白量前后差异化较大的蛋白种类则定性为可作为II期结直肠癌疗效预测标志物。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：
该发明基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效，可作为潜在的生物标志物，为预后晚期结直肠癌治疗疗效及预后提供特异性的、迅速的、无创伤性的检测手段。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
本发明提供一种技术方案：一种作为II期结直肠癌疗效预测标志物，预测标志物包括ZNF326蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效。
预测标志物检测的具体步骤为：
S1：样本采集：采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究30例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化；
S2：蛋白类型提取：从样品中提取蛋白并测蛋白浓度，并对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段，然后取等量样品进行DIA模式扫描获取数据，同时取混合样本进行酶切离和DDA模式扫描，再将DDA数据进行定性分析用于获取肽段离子库，进行定量分析获取差异蛋白，从而完成生物信息学分析，确立出差异化大的蛋白类型；
S3：蛋白类型校验：首先从样品中提取蛋白并测蛋白浓度；然后对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段；同时针对差异化明显的几类蛋白通过DDA模式获取目标肽段谱图信息建立方法；然后取等量样品进行PRM模式扫描获取数据；最后，使用Skyline进行定量分析；
S4：预测结果分析：每例样品分别进行了一次LC-PRM/MS测试，采用Skyline3.5.0对PRM原始数据进行分析，选择肽段丰度较高的子离子进行定量分析，将Skyline分析后的每段目标肽段的峰面积结果进行导出，其中每个蛋白肽段包括目标蛋白名称、目标肽段序列，母离子带电电荷数、选取的子离子、子离子带电电荷数及用于定量的每个子离子原始峰面积，然后对目标蛋白中肽段的子离子峰面积进行整合，通过利用统计学分析差异化大的蛋白种类，确立出其中变化趋势与之前的结果一致性较大的蛋白种类，并将其排除，随病情好转程度的变化而呈现出蛋白量前后差异化较大的蛋白种类则定性为可作为II期结直肠癌疗效预测标志物。
该发明基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效，可作为潜在的生物标志物，为预后晚期结直肠癌治疗疗效及预后提供特异性的、迅速的、无创伤性的检测手段。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。

Claims (3)

1.一种作为II期结直肠癌疗效预测标志物，其特征在于：预测标志物包括ZNF326蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
2.根据权利要求1所述的一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，其特征在于：基于预测标志物检测蛋白在制备结直肠癌疗效监测试剂中的应用，采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究若干例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化，通过统计学方法获悉蛋白发生的显著性变化（p<0.05），接着随机挑选几个差异的蛋白通过PRM蛋白组学方法进行验证，结果表明其中SerpinB1、PCNA和PPIaseB三种蛋白变化趋势一致，治疗效果利用ROC曲线分析发现ZNF326蛋白能很好地预测结肠癌患者的疗效。
3.根据权利要求2所述的一种基于ZNF326蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，其特征在于：预测标志物检测的具体步骤为：
S1：样本采集：采用高分辨质谱的全扫描数据非依赖采集（DIA）定量蛋白质组学技术，研究30例II期大肠癌患者经化疗药物治疗前后血清样本分子特征的变化；
S2：蛋白类型提取：从样品中提取蛋白并测蛋白浓度，并对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段，然后取等量样品进行DIA模式扫描获取数据，同时取混合样本进行酶切离和DDA模式扫描，再将DDA数据进行定性分析用于获取肽段离子库，进行定量分析获取差异蛋白，从而完成生物信息学分析，确立出差异化大的蛋白类型；
S3：蛋白类型校验：首先从样品中提取蛋白并测蛋白浓度；然后对提取后的蛋白样品通过胰蛋白酶消化成肽段；同时针对差异化明显的几类蛋白通过DDA模式获取目标肽段谱图信息建立方法；然后取等量样品进行PRM模式扫描获取数据；最后，使用Skyline进行定量分析；
S4：预测结果分析：每例样品分别进行了一次LC-PRM/MS测试，采用Skyline3.5.0对PRM原始数据进行分析，选择肽段丰度较高的子离子进行定量分析，将Skyline分析后的每段目标肽段的峰面积结果进行导出，其中每个蛋白肽段包括目标蛋白名称、目标肽段序列，母离子带电电荷数、选取的子离子、子离子带电电荷数及用于定量的每个子离子原始峰面积，然后对目标蛋白中肽段的子离子峰面积进行整合，通过利用统计学分析差异化大的蛋白种类，确立出其中变化趋势与之前的结果一致性较大的蛋白种类，并将其排除，随病情好转程度的变化而呈现出蛋白量前后差异化较大的蛋白种类则定性为可作为II期结直肠癌疗效预测标志物。
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CN116519954A (zh) * 2023-06-28 2023-08-01 杭州广科安德生物科技有限公司 一种结直肠癌检测模型构建方法、系统及生物标志物
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