CN114578060A - 一种基于samhd1蛋白作为ii期结直肠癌疗效预测标志物的方法 - Google Patents

一种基于samhd1蛋白作为ii期结直肠癌疗效预测标志物的方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获取蛋白的灰度值，并根据蛋白量进行权重分析，并将其权重数据和灰度值数据代入判别方程，可以用于区分II期结直肠癌辅助化疗敏感和不敏感的患者，为患者后续辅助决策提供治疗依据。

Description

一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的 方法
技术领域
本发明涉及植物型洗衣液制备技术领域，具体为一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法。
背景技术
在我国，结直肠痛作为第三大肿瘤，其发病率及死亡率近年来逐年上升，日前在结直肠癌临床工作中尚有许多亟待解决的问题，第一，尚缺乏有效的用于疾病早期诊断的非侵入性生物标志物，大便潜血试验及结肠镜检查是目前较为公认的早期诊断方法，多项大样本临床研究资料显示，在50岁以上的人群中进行筛查可降低结直肠癌发病率及死亡率，大便潜血检查因操作方便、成本低康得到广泛应用，但低灵敏度和特异度使其临床价值有限，结肠镜检查是日前诊断结直肠癌的金标准，但操作难度大、花费高及并发症风险导致病人依从性差，难以成为人群筛查的常规手段，第二，尚缺乏有效的预后判断及化疗疗效评价指标，日前临床上主要依据基于临床病理指标（如肿瘤大小、淋巴结转移数日、远处转移、组织分级等）的TNM分期作为疾病预后的判断及指导临床治疗，但根据此分期判断患者预后存在较大的异质性，亦不能预测肿瘤患者对化疗的反应，中医药与西医药互补的治疗模式已被临床广泛应用，即使这样，但有相当一部分病人尤其是结直肠癌在治疗时出现耐药最终因疾病疾病进展而死亡，因此，寻找有效的标志物作为结直肠癌治疗疗效及预后的判断在临床实践中显得尤为重要，因此，我们提出一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法。
发明内容
本发明的目的在于提供一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，以解决上述背景技术中提出的问题。
为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：一种作为II期结直肠癌辅助化疗疗效预测标志物，预测标志物包括SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
采用20组结直肠癌组织样本，应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，其中SerpinB1和PCNA在II期肿瘤中表达下调，II期肿瘤的这两种蛋白表达水平分别是II期肿瘤的数倍，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获得SerpinB1、PCNA和PPlaseB三种蛋白的灰度值，代入判别方程。
标志物检测判断方法的具体步骤为：
（1）提取样品全蛋白，应用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，获得蛋白凝胶图像；
（2）对所述蛋白凝胶图像进行归一化处理，其中的SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和PPIaseB蛋白点进行定量测量，获得所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、所述PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值；
（3）将所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值代入下列判别方程进行计算：
F1=0.1xSAMHD1+0.032xSerpinB1+0.012xPCNA+0.001xPPIaseB-12.186；
F2=0.025xSAMHD1+0.008xSerpinB1+0.004xPCNA+0.003xPPlaseB-6.033；
其中，SAMHD1表示SAMHD1蛋白点的灰度值，SerpinB1表示SerpinBI蛋白点的灰度值，PCNA表示PCNA蛋白点的灰度值，PPIaseB表示PPlaseB蛋白点的灰度值，如果F1不小于F2，则可以判断样品属于对辅助化疗不敏感的II期结直肠癌；如果F1小于F2，则可以判断祥品属于对辅助化疗敏感的II期结直肠癌。
与现有技术相比，本发明的有益效果是：
该发明采用20组结直肠癌组织样本，应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，其中SerpinB1和PCNA在II期肿瘤中表达下调，II期肿瘤的这两种蛋白表达水平分别是II期肿瘤的数倍，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获得SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPlaseB四种蛋白的灰度值，并根据蛋白量进行权重分析，并将其权重数据和灰度值数据代入判别方程，基于判别方程完成新样品的结直肠癌是否已经发生淋巴结转移，本发明可以用于区分II期结直肠癌辅助化疗敏感和不敏感的患者，为患者后续辅助决策提供治疗依据。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
本发明提供一种技术方案：一种作为II期结直肠癌辅助化疗疗效预测标志物，预测标志物包括SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
采用20组结直肠癌组织样本，应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，其中SerpinB1和PCNA在II期肿瘤中表达下调，II期肿瘤的这两种蛋白表达水平分别是II期肿瘤的数倍，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获得SerpinB1、PCNA和PPlaseB三种蛋白的灰度值，代入判别方程。
标志物检测判断方法的具体步骤为：
（1）提取样品全蛋白，应用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，获得蛋白凝胶图像；
（2）对所述蛋白凝胶图像进行归一化处理，其中的SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和PPIaseB蛋白点进行定量测量，获得所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、所述PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值；
（3）将所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值代入下列判别方程进行计算：
F1=0.1xSAMHD1+0.032xSerpinB1+0.012xPCNA+0.001xPPIaseB-12.186；
F2=0.025xSAMHD1+0.008xSerpinB1+0.004xPCNA+0.003xPPlaseB-6.033；
其中，SAMHD1表示SAMHD1蛋白点的灰度值，SerpinB1表示SerpinBI蛋白点的灰度值，PCNA表示PCNA蛋白点的灰度值，PPIaseB表示PPlaseB蛋白点的灰度值，如果F1不小于F2，则可以判断样品属于对辅助化疗不敏感的II期结直肠癌；如果F1小于F2，则可以判断祥品属于对辅助化疗敏感的II期结直肠癌。
本发明应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，其中SerpinB1和PCNA在II期肿瘤中表达下调，II期肿瘤的这两种蛋白表达水平分别是II期肿瘤的数倍，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获得SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPlaseB四种蛋白的灰度值，并根据蛋白量进行权重分析，并将其权重数据和灰度值数据代入判别方程，基于判别方程完成新样品的结直肠癌是否已经发生淋巴结转移，本发明可以用于区分II期结直肠癌辅助化疗敏感和不敏感的患者，为患者后续辅助决策提供治疗依据。
尽管已经示出和描述了本发明的实施例，对于本领域的普通技术人员而言，可以理解在不脱离本发明的原理和精神的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型，本发明的范围由所附权利要求及其等同物限定。

Claims (3)

1.一种作为II期结直肠癌辅助化疗疗效预测标志物，其特征在于：预测标志物包括SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白。
2.根据权利要求1所述的一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，其特征在于：采用20组结直肠癌组织样本，应用二维电泳技术对它们进行定量蛋白质组学分析，将肿瘤组织的全蛋白根据等电点和分子量大小的不同进行分离，然后将SAMHD1蛋白、SerpinB1、PCNA和PPIaseB四种蛋白的表达水平作为联合指标，可以将II期结直肠癌患者的良好性进行检测，其中SerpinB1和PCNA在II期肿瘤中表达下调，II期肿瘤的这两种蛋白表达水平分别是II期肿瘤的数倍，然后将其归一化处理后带入到分析判别方程中，利用这组判别方程即可对结直肠癌样品进行正确分期判断，仅需将该样品的全蛋白采用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，将图像进行归一化处理，获得SerpinB1、PCNA和PPlaseB三种蛋白的灰度值，代入判别方程。
3.根据权利要求2所述的一种基于SAMHD1蛋白作为II期结直肠癌疗效预测标志物的方法，其特征在于：标志物检测判断方法的具体步骤为：
（1）提取样品全蛋白，应用二维电泳技术进行定量蛋白质组学分析，获得蛋白凝胶图像；
（2）对所述蛋白凝胶图像进行归一化处理，其中的SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和PPIaseB蛋白点进行定量测量，获得所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、所述PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值；
（3）将所述SAMHD1蛋白点、SerpinB1蛋白点、PCNA蛋白点和所述PPIaseB蛋白点的灰度值代入下列判别方程进行计算：
F1=0.1xSAMHD1+0.032xSerpinB1+0.012xPCNA+0.001xPPIaseB-12.186；
F2=0.025xSAMHD1+0.008xSerpinB1+0.004xPCNA+0.003xPPlaseB-6.033；
其中，SAMHD1表示SAMHD1蛋白点的灰度值，SerpinB1表示SerpinBI蛋白点的灰度值，PCNA表示PCNA蛋白点的灰度值，PPIaseB表示PPlaseB蛋白点的灰度值，如果F1不小于F2，则可以判断样品属于对辅助化疗不敏感的II期结直肠癌；如果F1小于F2，则可以判断祥品属于对辅助化疗敏感的II期结直肠癌。
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Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN115954045A (zh) * 2022-12-02 2023-04-11 上海爱谱蒂康生物科技有限公司 一种肠癌个性化治疗决策方法、系统及含其的存储介质
CN115954045B (zh) * 2022-12-02 2023-09-08 上海爱谱蒂康生物科技有限公司 一种肠癌个性化治疗决策方法、系统及含其的存储介质
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