CN114457193A - 一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 - Google Patents
一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN114457193A CN114457193A CN202111476184.5A CN202111476184A CN114457193A CN 114457193 A CN114457193 A CN 114457193A CN 202111476184 A CN202111476184 A CN 202111476184A CN 114457193 A CN114457193 A CN 114457193A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- cov
- sars
- primer
- amplification reaction
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 71
- 241001678559 COVID-19 virus Species 0.000 title claims abstract description 60
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 title claims abstract description 36
- 230000003321 amplification Effects 0.000 title claims abstract description 35
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 title claims abstract description 35
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 title claims abstract description 24
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 17
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims abstract description 17
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims abstract description 17
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims abstract description 17
- 238000002156 mixing Methods 0.000 claims abstract description 6
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 19
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 15
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 claims description 14
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 claims description 12
- CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L Magnesium sulfate Chemical compound [Mg+2].[O-][S+2]([O-])([O-])[O-] CSNNHWWHGAXBCP-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 10
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims description 10
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 6
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 claims description 6
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 6
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N Betaine Natural products C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 5
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O N,N,N-trimethylglycinium Chemical compound C[N+](C)(C)CC(O)=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O 0.000 claims description 5
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 claims description 5
- 229910052943 magnesium sulfate Inorganic materials 0.000 claims description 5
- 235000019341 magnesium sulphate Nutrition 0.000 claims description 5
- 239000012224 working solution Substances 0.000 claims description 5
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 3
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 3
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 3
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 3
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 3
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 claims description 2
- 241000288673 Chiroptera Species 0.000 claims description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 claims description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 claims description 2
- 241000282339 Mustela Species 0.000 claims description 2
- 239000012805 animal sample Substances 0.000 claims description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 claims description 2
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 claims description 2
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 8
- 239000000047 product Substances 0.000 description 8
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 8
- 241000711573 Coronaviridae Species 0.000 description 7
- 238000011725 BALB/c mouse Methods 0.000 description 5
- 241000127282 Middle East respiratory syndrome-related coronavirus Species 0.000 description 5
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 5
- 230000000241 respiratory effect Effects 0.000 description 5
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 4
- 241000315672 SARS coronavirus Species 0.000 description 4
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 4
- JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N Magnesium ion Chemical compound [Mg+2] JLVVSXFLKOJNIY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000443 aerosol Substances 0.000 description 3
- 229910001425 magnesium ion Inorganic materials 0.000 description 3
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 244000309467 Human Coronavirus Species 0.000 description 2
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 2
- 101100240079 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 N gene Proteins 0.000 description 2
- 241000008910 Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus Species 0.000 description 2
- XZTWHWHGBBCSMX-UHFFFAOYSA-J dimagnesium;phosphonato phosphate Chemical compound [Mg+2].[Mg+2].[O-]P([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O XZTWHWHGBBCSMX-UHFFFAOYSA-J 0.000 description 2
- 239000012154 double-distilled water Substances 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 2
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 2
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 2
- 241000008904 Betacoronavirus Species 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 241000193096 Human adenovirus B3 Species 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 208000002606 Paramyxoviridae Infections Diseases 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 235000011180 diphosphates Nutrition 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000028993 immune response Effects 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 1
- -1 pyrophosphate ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000035484 reaction time Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000009589 serological test Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 241000712461 unidentified influenza virus Species 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Virology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及生物检测领域,尤其涉及一种SARS‑CoV‑2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用。引物组包括内引物FIP序列如SEQ ID NO:1、内引物BIP序列如SEQ ID NO:2、外引物F3序列如SEQ ID NO:3、外引物B3序列如SEQ ID NO:4、环引物LF序列如SEQ ID NO:5、环引物LB序列如SEQ ID NO:6;包含以上引物组的试剂盒;技术方案:将待检样品加入使用上述试剂盒的扩增反应体系中充分混匀后短暂离心,再进行恒温扩增反应,产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测,最后对结果判读。本发明公开的方法特异性强、灵敏度高且操作简单。
Description
技术领域
本发明涉及生物检测领域,特别是涉及一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用。
背景技术
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)属于巢式病毒目,冠状病毒科,β-冠状病毒属,是目前新发现的第七种人冠状病毒,感染后会引起新型冠状病毒肺炎(COVID-19),世界卫生组织也将COVID-19列为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。基因组序列分析表明,SARS-CoV-2与严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV)相比传播能力更强。因此,不同于SARS-CoV和MERS-CoV多在医院内发生传播,SARS-CoV-2也可在社区快速传播,增加了防控的难度。
目前,新冠病毒的检测方法已经有很多,但都难以用于严峻形势下的快速检测,例如,病毒分离培养是国际上公认的病毒学检测“金标准”,该方法特异性强,但过程繁琐,耗时较长;血清学试验如酶联免疫吸附试验(ELISA)虽然也具有良好的可行性,但抗体检测有一定的滞后性,需要在人体免疫应答之后才能检出抗体;传统的核酸检测方法如RT-PCR、Real-time RT-PCR等需要非常精密的仪器设备。传统的LAMP需要通过电泳来对扩增产物进行观测,该过程因需开盖操作极易产生气溶胶污染,造成假阳性。也有研究人员在体系中加入镁离子,利用镁离子与体系中的焦磷酸根离子形成焦磷酸镁白色沉淀,从而达到可视化检测,但镁离子的引入会降低扩增效率,且根据肉眼判读焦磷酸镁沉淀产生易造成主观判断误差,需要借助浊度仪对结果进行检测,结果的判定较为复杂。
因此,现有技术中对新冠病毒的检测方法存在着过程繁琐、耗时较长,需要精密仪器设备,易产生气溶胶污染以及结果判定不够直观的问题,都难以应用于严峻形势下的快速检测。
发明内容
为解决上述问题,本发明提出了一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒以及可视化现场快速检测方法和应用。
首先本发明提供了一种SARS-CoV-2引物组,优选地,包括内引物FIP、内引物BIP、外引物F3、外引物B3、环引物LF和环引物LB,所述内引物 FIP序列如SEQ ID NO:1所示,所述内引物BIP序列如SEQ ID NO:2所示,所述外引物F3序列如SEQ ID NO:3所示,所述外引物B3序列如SEQ ID NO:4所示,所述环引物LF序列如SEQ ID NO:5所示,所述环引物LB序列如SEQID NO:6所示。
优选地,所述的环引物LF的5’端修饰有FITC,所述的环引物LB的5’端修饰有Biotin。
本发明还提供了一种SARS-CoV-2扩增反应试剂盒,优选地,包含上述引物组。
优选地,所述试剂盒中还包含反转录酶、链置换酶DNA聚合酶、聚合酶工作液、硫酸镁溶液、甜菜碱溶液、重悬缓冲液和RNaseFree ddH2O。
本发明还提供了一种应用上述SARS-CoV-2扩增反应试剂盒的可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法,优选地,包含以下步骤:
步骤1、将待检样品或N基因全长阳性质粒加入SARS-CoV-2扩增反应试剂盒中充分混匀后短暂离心;
步骤2、在59-65℃的温度下进行恒温扩增反应50-60min;
步骤3、将步骤2扩增反应得到的产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测;
步骤4、结果判读:若观察到一次性封闭式核酸可视化检测装置的质控线和检测线位置均出现红色条带,则样品中含有SARS-CoV-2;若质控线位置出现红色条带,而检测线位置无条带,则样品中不含SARS-CoV-2;若质控线位置没有出现红色条带,则检测结果无效。
更优选地,所述可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法包含以下步骤:
步骤1、将待检样品或N基因全长阳性质粒加入SARS-CoV-2扩增反应试剂盒中充分混匀后短暂离心;
步骤2、在61℃的温度下进行恒温扩增反应50min;
步骤3、将步骤2扩增反应得到的产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测;
步骤4、结果判读:若观察到一次性封闭式核酸可视化检测装置的质控线和检测线位置均出现红色条带,则样品中含有SARS-CoV-2;若质控线位置出现红色条带,而检测线位置无条带,则样品中不含SARS-CoV-2;若质控线位置没有出现红色条带,则检测结果无效。
优选地,步骤1中所述的N基因全长阳性质粒的序列如SEQIDNO:7 所示。
优选地,所述扩增反应的反应体系包括0.5μL 10μM的内引物FIP、0.5μL 10μM内引物BIP、0.125μL 10μM外引物F3、0.125μL 10μM外引物B3、 0.25μL 10μM环引物LF、0.25μL10μM环引物LB、2.5μL聚合酶工作液、5μL RNA模板、0.5μLAMV反转录酶、1μL Bst2.0DNA聚合酶、3.5μL 10mM dNTP、终浓度4mM的硫酸镁溶液、终浓度0.2M甜菜碱溶液以及 7.25μL RNaseFree ddH2O。
本发明还提供了一种用于上述SARS-CoV-2扩增反应试剂盒在制备 SARS-CoV-2检测制品中的应用,具体地,所述SARS-CoV-2检测制品是指用于筛查SARS-CoV-2感染患者的临床样品或筛查源于犬、水貂、蝙蝠等动物疑似样品的SARS-CoV-2或不以疾病的诊断和治疗为目的的检测或辅助检测待检样品是否含有SARS-CoV-2的检测制品。
与现有技术相比,本发明的有益效果为:
1.本发明提供的SARS-CoV-2引物组特异性强,与SARS-CoV、 MERS-CoV等其他冠状病毒不存在交叉反应;
2.本发明所建立的检测方法灵敏度高,最低检测限为2×101copies/μL阳性质粒或2×101copies/μLSARS-CoV-2RNA,检测结果稳定可靠;
3.本发明提供的可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法,简便、高效,不需要精密的变温设备和专业的技术人员,只需在恒温条件下就能获得靶标基因的有效扩增,通过一次性全封闭式核酸可视化检测装置进行扩增结果的判读,既实现了结果的可视化,又避免了气溶胶的污染,且整个扩增与检测过程在50-60min内可以完成,大大缩短了常规PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳判读的检测时间,真正实现了便携式的现场快速诊断。
附图说明
图1是实施例4中不同扩增反应时间的检测结果图;
图2是实施例5中61℃下不同N基因RNA转录本浓度的检测结果图;
图3是实施例6中特异性检测结果图;
图4是实施例6中临床样品评价结果图。
具体实施方式
以下结合具体实施例对本发明作进一步阐述,但不应理解成对本发明的限制。需要说明的是,实施例中使用到的N基因全长阳性质粒购于上海生工生物有限公司;AMV反转录酶购自宝生物工程(大连)公司;病毒 RNA/DNA提取试剂盒购自北京天根天根生化科技公司;一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测购自杭州优思达生物技术有限公司;含有人冠状病毒(HKU1,OC43,229E)、流感病毒(H3N2,H1N1)、腺病毒3型、副流感病毒(1型,2型,3型,4型)等呼吸性病原体核酸的呼吸性病原体试剂盒RP1、 RP2购于ZeptoMetrix公司。
实施例1.
本实施例提供了一种SARS-CoV-2引物组,所述引物组包括内引物FIP、内引物BIP、外引物F3、外引物B3、环引物LF、环引物LB,所述内引物FIP 序列如SEQ ID NO:1所示,所述内引物BIP序列如SEQ ID NO:2所示,所述外引物F3序列如SEQ ID NO:3所示,所述外引物B3序列如SEQ ID NO:4所示,所述环引物LF序列如SEQ ID NO:5所示,所述环引物LB序列如SEQID NO:6 所示,所述的环引物LF的5’端修饰有FITC,所述的环引物LB的5’端修饰有Biotin。
本实施例提供的引物具体序列如表1所示:
表1引物序列
实施例2.
本实施例提供了一种SARS-CoV-2试剂盒,优选地,试剂盒中反应体系为25μL,所述反应体系包括0.5μL 10μM内引物FIP、0.5μL 10μM内引物 BIP、0.125μL 10μM外引物F3、0.125μL 10μM外引物B3、0.25μL 10μM环引物LF、0.25μL 10μM环引物LB、2.5μL聚合酶工作液、5μL RNA模板、0.5μL AMV反转录酶、1μL Bst2.0 DNA聚合酶、3.5μL 10mMdNTP、终浓度4mM的硫酸镁溶液、终浓度0.2M甜菜碱溶液以及7.25μL RNaseFree ddH2O。实施例3.
本实施例提供了一种应用实施例2中所述的试剂盒的可视化现场 SARS-CoV-2快速检测方法,将待测样本加入到反应体系中充分混合均匀后进行短暂的离心处理,并置于61℃恒温水浴孵育50min,然后将扩增反应得到的产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测,根据观察质控线和检测线的位置是否出现红色条带,判断检测结果。
实施例4.
将2×102copies/μL、2×101copies/μL和2×100copies/μL的N基因阳性质粒标准品为模板,分别在30min、40min、50min、60min进行扩增,经一次性全封闭式核酸可视化检测装置检测结果,如图1所示,可以看出,扩增时间在50min以上均能检测出2×101copies/μL阳性质粒。
所述N基因全长阳性质粒的序列如SEQ ID NO:7所示,具体为: 5’-ATGTCTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTA CGTTTGGTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAA CGCAGTGGGGCGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAA TAATACTGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGA CCTTAAATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGATGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTC GTGGTGGTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCT ACTACCTAGGAACTGGGCCAGAAGCTGGACTTCCCTATGGTGCTAAC AAAGACGGCATCATATGGGTTGCAACTGAGGGAGCCTTGAATACACC AAAAGATCACATTGGCACCCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGT GCTACAACTTCCTCAAGGAACAACATTGCCAAAAGGCTTCTACGCAG AAGGGAGCAGAGGCGGCAGTCAAGCCTCTTCTCGTTCCTCATCACGT AGTCGCAACAGTTCAAGAAATTCAACTCCAGGCAGCAGTAGGGGAA CTTCTCCTGCTAGAATGGCTGGCAATGGCGGTGATGCTGCTCTTGCTT TGCTGCTGCTTGACAGATTGAACCAGCTTGAGAGCAAAATGTCTGGT AAAGGCCAACAACAACAAGGCCAAACTGTCACTAAGAAATCTGCTG CTGAGGCTTCTAAGAAGCCTCGGCAAAAACGTACTGCCACTAAAGCA TACAATGTAACACAAGCTTTCGGCAGACGTGGTCCAGAACAAACCCA AGGAAATTTTGGGGACCAGGAACTAATCAGACAAGGAACTGATTACA AACATTGGCCGCAAATTGCACAATTTGCCCCCAGCGCTTCAGCGTTCT TCGGAATGTCGCGCATTGGCATGGAAGTCACACCTTCGGGAACGTGG TTGACCTACACAGGTGCCATCAAATTGGATGACAAAGATCCAAATTTC AAAGATCAAGTCATTTTGCTGAATAAGCATATTGACGCATACAAAACA TTCCCACCAACAGAGCCTAAAAAGGACAAAAAGAAGAAGGCTGATG AAACTCAAGCCTTACCGCAGAGACAGAAGAAACAGCAAACTGTGAC TCTTCTTCCTGCTGCAGATTTGGATGATTTCTCCAAACAATTGCAACA ATCCATGAGCAGTGCTGACTCAACTCAGGCCTAA-3’。
实施例5.
将浓度为2×1010copies/μL的体外转录获得的SARS-CoV-2的N基因RNA 转录本进行10倍系列稀释至2×10-1copies/μL,作为检测模板,加入反应体系中分别在59℃、61℃、63℃、65℃、67℃条件进行扩增50min,扩增后的产物经一次性全封闭式核酸可视化检测装置进行检测。
所述SARS-CoV-2N基因RNA转录本序列如SEQ ID NO:8所示,具体为: GACGTTCGTGTTGTTTTAGATTTCATCTAAACGAACAAACTAAAATGT CTGATAATGGACCCCAAAATCAGCGAAATGCACCCCGCATTACGTTTG GTGGACCCTCAGATTCAACTGGCAGTAACCAGAATGGAGAACGCAGT GGGGCGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATAC TGCGTCTTGGTTCACCGCTCTCACTCAACATGGCAAGGAAGACCTTAA ATTCCCTCGAGGACAAGGCGTTCCAATTAACACCAATAGCAGTCCAGA TGACCAAATTGGCTACTACCGAAGAGCTACCAGACGAATTCGTGGTG GTGACGGTAAAATGAAAGATCTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTACCTAGGAACTGGGCCAGAAGCT。
在61℃、63℃、67℃条件下,N基因RNA转录本浓度≥2×102copies/μL 时质控线和检测线均呈现红色条带,即检测结果为SARS-CoV-2阳性;在 61℃条件下,N基因RNA转录本浓度≥2×101copies/μL时质控线和检测线均呈现红色条带,见图2,结果可以证明,本发明方法的最低可检测到2×101 copies/μL RNA转录本,敏感度较高。
实施例6.
应用本发明提供方法分别对含有SARS-CoV-2N基因的重组质粒 pUC57-N、体外转录获得的SARS-CoV-2的N基因RNA转录本、MERS-CoV RNA、HKU4 RNA、SARSr-CoV及试剂盒RP1和RP2中的呼吸性病原体核酸作为模板对本发明提供的试剂盒和方法进行评价,结果见图3,可以证明本发明所建立的方法与SARSr-CoV和MERS-CoV、HKU4、HKU1、OC43、229E 冠状病毒及其他呼吸性病原体不存在交叉反应,该方法具有较强的特异性。
实施例7.
采集SARS-CoV-2感染的BALB/c小鼠和猴的呼吸道分泌物,包括 BALB/c小鼠咽拭子样品6份(分别编号M6-M9、M12-M13)、食蟹猴咽拭子样品5份(分别编号M1-M5)、健康BALB/c小鼠和食蟹猴咽拭子样品各1份(分别编号M10、M11),使用病毒RNA/DNA提取试剂盒提取上述样品的RNA,采用实施例3所述的检测方法进行检测,并且同时用Real-time RT-PCR方法进行检测,图4以看出本发明的检测结果与Real-time RT-PCR方法检测结果完全一致,11份SARS-CoV-2感染的BALB/c小鼠和食蟹猴呼吸道样品均为 SARS-CoV-2阳性,2份健康BALB/c小鼠和食蟹猴呼吸道样品均为 SARS-CoV-2阴性。以上表明本发明的SARS-CoV-2试剂盒及检测方法在疑似SARS-CoV-2阳性样品的临床筛查中是可行的。
SEQUENCE LISTING
<110> 吉林大学
<120> 一种 SARS-CoV-2 引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用
<160> 8
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 1
ccactgcgtt ctccattctg gtaaatgcac cccgcattac g 41
<210> 2
<211> 41
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 2
cgcgatcaaa acaacgtcgg cccttgccat gttgagtgag a 41
<210> 3
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 3
tggaccccaa aatcagcg 18
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 4
ccttgccatg ttgagtgaga 20
<210> 5
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 5
tgaatctgag ggtccaccaa a 21
<210> 6
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 6
ggtttaccca ataatactgc gtctt 25
<210> 7
<211> 1260
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 7
atgtctgata atggacccca aaatcagcga aatgcacccc gcattacgtt tggtggaccc 60
tcagattcaa ctggcagtaa ccagaatgga gaacgcagtg gggcgcgatc aaaacaacgt 120
cggccccaag gtttacccaa taatactgcg tcttggttca ccgctctcac tcaacatggc 180
aaggaagacc ttaaattccc tcgaggacaa ggcgttccaa ttaacaccaa tagcagtcca 240
gatgaccaaa ttggctacta ccgaagagct accagacgaa ttcgtggtgg tgacggtaaa 300
atgaaagatc tcagtccaag atggtatttc tactacctag gaactgggcc agaagctgga 360
cttccctatg gtgctaacaa agacggcatc atatgggttg caactgaggg agccttgaat 420
acaccaaaag atcacattgg cacccgcaat cctgctaaca atgctgcaat cgtgctacaa 480
cttcctcaag gaacaacatt gccaaaaggc ttctacgcag aagggagcag aggcggcagt 540
caagcctctt ctcgttcctc atcacgtagt cgcaacagtt caagaaattc aactccaggc 600
agcagtaggg gaacttctcc tgctagaatg gctggcaatg gcggtgatgc tgctcttgct 660
ttgctgctgc ttgacagatt gaaccagctt gagagcaaaa tgtctggtaa aggccaacaa 720
caacaaggcc aaactgtcac taagaaatct gctgctgagg cttctaagaa gcctcggcaa 780
aaacgtactg ccactaaagc atacaatgta acacaagctt tcggcagacg tggtccagaa 840
caaacccaag gaaattttgg ggaccaggaa ctaatcagac aaggaactga ttacaaacat 900
tggccgcaaa ttgcacaatt tgcccccagc gcttcagcgt tcttcggaat gtcgcgcatt 960
ggcatggaag tcacaccttc gggaacgtgg ttgacctaca caggtgccat caaattggat 1020
gacaaagatc caaatttcaa agatcaagtc attttgctga ataagcatat tgacgcatac 1080
aaaacattcc caccaacaga gcctaaaaag gacaaaaaga agaaggctga tgaaactcaa 1140
gccttaccgc agagacagaa gaaacagcaa actgtgactc ttcttcctgc tgcagatttg 1200
gatgatttct ccaaacaatt gcaacaatcc atgagcagtg ctgactcaac tcaggcctaa 1260
<210> 8
<211> 401
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 8
gacgttcgtg ttgttttaga tttcatctaa acgaacaaac taaaatgtct gataatggac 60
cccaaaatca gcgaaatgca ccccgcatta cgtttggtgg accctcagat tcaactggca 120
gtaaccagaa tggagaacgc agtggggcgc gatcaaaaca acgtcggccc caaggtttac 180
ccaataatac tgcgtcttgg ttcaccgctc tcactcaaca tggcaaggaa gaccttaaat 240
tccctcgagg acaaggcgtt ccaattaaca ccaatagcag tccagatgac caaattggct 300
actaccgaag agctaccaga cgaattcgtg gtggtgacgg taaaatgaaa gatctcagtc 360
caagatggta tttctactac ctaggaactg ggccagaagc t 401
Claims (9)
1.一种SARS-CoV-2引物组,其特征在于,所述引物组包括内引物FIP、内引物BIP、外引物F3、外引物B3、环引物LF和环引物LB,所述内引物FIP序列如SEQ ID NO:1所示,所述内引物BIP序列如SEQ ID NO:2所示,所述外引物F3序列如SEQ ID NO:3所示,所述外引物B3序列如SEQ ID NO:4所示,所述环引物LF序列如SEQ ID NO:5所示,所述环引物LB序列如SEQ IDNO:6所示。
2.根据权利要求1所述的SARS-CoV-2引物组,其特征在于,所述的环引物LF的5’端修饰有FITC,所述的环引物LB的5’端修饰有Biotin。
3.一种SARS-CoV-2扩增反应试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中包含权利要求1或2所述的引物组。
4.根据权利要求3所述的SARS-CoV-2扩增反应试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还包含反转录酶、链置换酶DNA聚合酶、聚合酶工作液、硫酸镁溶液、甜菜碱溶液、重悬缓冲液和RNaseFree ddH2O。
5.一种应用权利要求3或4所述的SARS-CoV-2扩增反应试剂盒的可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法,其特征在于,包含以下步骤:
步骤1、将待检样品或N基因全长阳性质粒加入SARS-CoV-2扩增反应试剂盒中充分混匀后短暂离心;
步骤2、在59-65℃的温度下进行恒温扩增反应50-60min;
步骤3、将步骤2扩增反应得到的产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测;
步骤4、结果判读:若观察到一次性封闭式核酸可视化检测装置的质控线和检测线位置均出现红色条带,则样品中含有SARS-CoV-2;若质控线位置出现红色条带,而检测线位置无条带,则样品中不含SARS-CoV-2;若质控线位置没有出现红色条带,则检测结果无效。
6.根据权利要求5所述的可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法,其特征在于,包含以下步骤:
步骤1、将待检样品或N基因全长阳性质粒加入SARS-CoV-2扩增反应试剂盒中充分混匀后短暂离心;
步骤2、在61℃的温度下进行恒温扩增反应50min;
步骤3、将步骤2扩增反应得到的产物使用一次性封闭式核酸可视化检测装置进行检测;
步骤4、结果判读:若观察到一次性封闭式核酸可视化检测装置的质控线和检测线位置均出现红色条带,则样品中含有SARS-CoV-2;若质控线位置出现红色条带,而检测线位置无条带,则样品中不含SARS-CoV-2;若质控线位置没有出现红色条带,则检测结果无效。
7.根据权利要求5所述的可视化现场SARS-CoV-2快速检测方法,其特征在于,步骤1中所述的N基因全长阳性质粒的序列如SEQ ID NO:7所示。
9.一种权利要求3或4所述的SARS-CoV-2扩增反应试剂盒在制备SARS-CoV-2检测制品中的应用,其特征在于,所述SARS-CoV-2检测制品是指用于筛查SARS-CoV-2感染患者的临床样品或筛查源于犬、水貂、蝙蝠等动物疑似样品的SARS-CoV-2或不以疾病的诊断和治疗为目的的检测或辅助检测待检样品是否含有SARS-CoV-2的检测制品。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202111476184.5A CN114457193A (zh) | 2021-12-06 | 2021-12-06 | 一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202111476184.5A CN114457193A (zh) | 2021-12-06 | 2021-12-06 | 一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN114457193A true CN114457193A (zh) | 2022-05-10 |
Family
ID=81406000
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202111476184.5A Pending CN114457193A (zh) | 2021-12-06 | 2021-12-06 | 一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN114457193A (zh) |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111378784A (zh) * | 2020-03-06 | 2020-07-07 | 齐鲁工业大学 | 新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸目视检测试剂盒 |
CN112111604A (zh) * | 2020-09-11 | 2020-12-22 | 杭州医学院 | 一种用于检测SARS-CoV-2新型冠状病毒N基因的引物组、试剂盒及方法 |
CN113444836A (zh) * | 2020-03-27 | 2021-09-28 | 台达电子国际(新加坡)私人有限公司 | 检测sars-cov-2的套组及方法 |
CN113444831A (zh) * | 2020-03-27 | 2021-09-28 | 牛津大学(苏州)科技有限公司 | 用于检测SARS-CoV-2新型冠状病毒的引物及其试剂盒、检测方法和应用 |
CN113481284A (zh) * | 2021-06-30 | 2021-10-08 | 清华大学深圳国际研究生院 | 一种基于恒温扩增的比色核酸检测试剂盒和检测方法 |
-
2021
- 2021-12-06 CN CN202111476184.5A patent/CN114457193A/zh active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN111378784A (zh) * | 2020-03-06 | 2020-07-07 | 齐鲁工业大学 | 新型冠状病毒SARS-CoV-2核酸目视检测试剂盒 |
CN113444836A (zh) * | 2020-03-27 | 2021-09-28 | 台达电子国际(新加坡)私人有限公司 | 检测sars-cov-2的套组及方法 |
CN113444831A (zh) * | 2020-03-27 | 2021-09-28 | 牛津大学(苏州)科技有限公司 | 用于检测SARS-CoV-2新型冠状病毒的引物及其试剂盒、检测方法和应用 |
CN112111604A (zh) * | 2020-09-11 | 2020-12-22 | 杭州医学院 | 一种用于检测SARS-CoV-2新型冠状病毒N基因的引物组、试剂盒及方法 |
CN113481284A (zh) * | 2021-06-30 | 2021-10-08 | 清华大学深圳国际研究生院 | 一种基于恒温扩增的比色核酸检测试剂盒和检测方法 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
KR102109196B1 (ko) | 2019 신종코로나바이러스 검출용 lamp 조성물 및 이의 용도 | |
CN111534643B (zh) | 一种检测呼吸道病原的核酸的试剂盒、检测方法及应用 | |
CN110551846B (zh) | 一种用于非洲猪瘟病毒核酸快速检测的Cpf1试剂盒及其检测方法 | |
EP4012050B1 (en) | Composition, kit and method for detecting and typing viruses causing respiratory tract infection and application of composition, kit and method | |
CN111004870B (zh) | 新型冠状病毒n基因核酸检测试剂盒 | |
CN105695631B (zh) | 人免疫缺陷病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒快速联检试剂盒及其制备和应用 | |
WO2016082691A1 (zh) | 反转录pcr检测基孔肯雅病毒的试剂盒及其检测方法 | |
CN107557496A (zh) | 一种用于检测MERS‑CoV病毒的荧光RT‑RAA引物、探针及检测方法 | |
CN111394431B (zh) | 一种使用双重实时荧光等温扩增技术检测核酸的方法 | |
CN110938709B (zh) | 基于重组酶聚合酶扩增技术的肠道病毒可视化核酸检测试剂盒及方法 | |
CN111518877B (zh) | 用于微量样本分型检测多房棘球蚴和细粒棘球蚴的一管法巢式实时定量pcr检测试剂盒 | |
CN111521781B (zh) | 一种用于新冠肺炎病毒SARS-CoV-2核酸的检测试剂盒及其检测方法 | |
CN113005228A (zh) | 一种同步检测多项呼吸道病原体的检测试剂盒及其检测方法 | |
CN113637795A (zh) | 一种甲型/乙型流感病毒、新型冠状病毒检测方法与试剂盒 | |
CN111808987A (zh) | 2019新型冠状病毒s蛋白基因恒温显色扩增引物组、筛查试剂盒及检测方法 | |
CN114410839A (zh) | 一种新型冠状病毒rt-rpa可视化检测引物探针及试剂盒 | |
CN101886139A (zh) | 一种新型甲型流感病毒h1n1亚型双色荧光pcr检测方法及其试剂盒 | |
CN101550454A (zh) | 人偏肺病毒实时荧光pcr检测试剂盒 | |
CN112831605A (zh) | 多酶恒温扩增检测试剂盒及其应用 | |
CN107937606B (zh) | 一种鉴定狂犬病毒疫苗株和野生型毒株的试剂以及方法 | |
CN114457193A (zh) | 一种SARS-CoV-2引物组、扩增反应试剂盒及可视化现场快速检测方法和应用 | |
CN107236827B (zh) | 猪传染性胃肠炎病毒检测试剂盒及检测方法 | |
CN107058630B (zh) | 一种牛副流感3型病毒3种基因型多重rt-pcr检测方法 | |
CN108676922A (zh) | 用于检测猪流行性腹泻病毒野毒株的引物和探针及TaqMan实时荧光定量PCR方法 | |
CN111363849A (zh) | 一种新型冠状病毒核酸检测试剂盒及检测方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20220510 |
|
RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |