CN114317833A - 一种快速区分猪圆环病毒1型、2b型和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种快速区分猪圆环病毒1型、2b型和嵌合型猪圆环病毒C1‑233株的引物及其应用,属于生物技术领域。本发明提供的引物能够确保PCR扩增的猪圆环病毒1型毒株基因组不含Ssp I酶切位点,扩增的猪圆环病毒2b型0233株基因组含有两个Ssp I酶切位点,扩增的嵌合型猪圆环病毒C1‑233株的基因组含有一个Ssp I酶切位点。进而根据酶切后的琼脂糖凝胶电泳条带便能快速、准确区分混合样品中猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1‑233株,在嵌合型猪圆环病毒活疫苗(C1‑233株)研制、生产过程中,为快速、精确区分疫苗株与其亲本株提供了一种简便方法,克服了普通PCR+基因测序无法区分混合样品中疫苗株与亲本株的缺陷,具有重要实用价值。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,尤其涉及一种快速区分猪圆环病毒1型、2b型和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物及其应用。
背景技术
猪圆环病毒1型(Porcine circovirus 1,PCV1)毒株和猪圆环病毒2型(Porcinecircovirus 2,PCV2)毒株属于圆环病毒科、圆环病毒属,其中猪圆环病毒1型无致病性,猪圆环病毒2型是断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的主要病原。嵌合型猪圆环病毒C1-233株为活疫苗株。猪圆环病毒1型毒株,基因组大小为1759bp;猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株,基因组大小均为1767bp。目前,猪圆环病毒的检测方法主要是PCR结合基因测序方法,但当同一样品中同时存在PCV1、PCV2两种毒株时,应用该方法无法区别,原因是PCV1、PCV2毒株的基因组同源性在70%以上,普通PCR均能扩增出来,且其基因组大小相似,无法通过凝胶电泳区分开;即使将扩增产物测序,由于其同源性高,出现重叠峰,亦无法将其区分开。嵌合型猪圆环病毒活疫苗C1-233株在PCV1基因组骨架上替换其Cap蛋白编码基因ORF2构建而成,其基因组与亲本株PCV1、PCV2的同源性同样很高,用上述方法依然无法区分混合样品中的疫苗株与亲本株。建立区分PCV1、PCV2、PCV1-233株简便方法的意义在于且不限于:(1)嵌合型猪圆环病毒活疫苗(C1-233株)研制过程中,需要杜绝亲本株污染,必须对疫苗株中可能污染的亲本株进行甄别;(2)一旦嵌合型猪圆环病毒活疫苗(C1-233株)投入使用,临床上出现疫苗株、野毒株混合感染的可能性较大,同样需要区分疫苗株与野毒株。目前,如需达到上述目标,可行的方法唯有高通量测序。但高通量测序不仅成本高、耗时长,也无法满足基层实验室对临床样品的检测需求。因此,发明一种操作简便、快速、准确区分混合样品中猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的检测方法显得极为重要。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的在于提供一种能够快速、准确区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物。
为了实现上述发明目的,本发明提供了以下技术方案:
本发明提供了一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物,所述引物的上游引物为5’-TGT CCCAGC TGTAGAAGC TCT-3’,所述引物的下游引物为5’-GCA GTT GAG GAG TAC CATTCC-3’。
本发明还提供了一种上述引物在制备快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株产品中的应用。
本发明还提供了一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的方法,所述方法包括如下步骤:采用上述引物对待测物基因进行PCR扩增,利用限制性内切酶Ssp I对PCR扩增产物进行酶切,然后进行琼脂糖凝胶电泳,猪圆环病毒1型毒株为1759bp单一条带,猪圆环病毒2b型0233株为659bp、594bp和514bp三条带,嵌合型猪圆环病毒C1-233株为1098bp和669bp两条带。
优选的,所述PCR的反应体系包括:终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq MasterMix和无菌双蒸水。
优选的,所述终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq Master Mix和无菌双蒸水的体积比为0.1-1:1-5:12.5:5.5-11.3。
优选的,所述PCR的反应条件包括:95℃预变性5min;95℃变性30s,52-58℃退火30-60s,72℃延伸1min 46s-2min,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存。
优选的,所述酶切的方法包括如下步骤:将PCR扩增产物与10×Ssp IBuffer、SspI和无菌双蒸水混合,孵育。
优选的,所述PCR扩增产物与10×Ssp I Buffer和Ssp I的质量体积比为1-2μg:2μL:1-2μL。
优选的,所述孵育的温度为37℃。
优选的,所述孵育的时间为2-3h。
本发明的有益效果:
采用本发明提供的引物可以实现快速、精确鉴定混合样品中猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株,全过程只需6.5h。
采用本发明提供的引物扩增目的基因序列后,只需要使用一种限制性内切酶SspI便能对病毒基因组PCR扩增产物进行酶切,与多酶切法相比,速度快、特异性高,而且经限制性内切酶Ssp I酶切后,只需通过酶切后的琼脂糖凝胶电泳条带便能快速、准确区分混合样品中猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株,在嵌合型猪圆环病毒活疫苗(C1-233株)研制、生产过程中,为快速、精确区分疫苗株与其亲本株提供了一种简便方法,克服了普通PCR+基因测序无法区分混合样品中嵌合型猪圆环病毒活疫苗株(C1-233株)与亲本株(猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株)的缺陷。同时,与高通量测序相比,本发明方法具有成本低、快速,且适合基层实验室应用的优点。
附图说明
图1为猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2b型0233株、嵌合型猪圆环病毒C1-233株以及三种病毒混合样品基因组的PCR扩增产物图,其中M为GoldBand 5000DNAMarker,1为猪圆环病毒1型,2为猪圆环病毒2b型0233株,3为嵌合型猪圆环病毒C1-233株,4为猪圆环病毒1型株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株混合样品;
图2为猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株、嵌合型猪圆环病毒C1-233株和三种病毒混合样品PCR扩增产物的Ssp I酶切结果图,其中1-4序列号分别代表的组别同图1。
具体实施方式
本发明提供了一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物,所述引物的上游引物为5’-TGT CCCAGC TGTAGAAGC TCT-3’(SEQ IDNO.1),所述引物的下游引物为5’-GCA GTT GAG GAG TAC CATTCC-3’(SEQ ID NO.2)。
采用本发明提供的上述引物扩增获得目的基因序列后,只需要使用一种限制性内切酶Ssp I进行酶切,酶切后进行琼脂糖凝胶电泳,根据电泳条带便能快速、准确区分混合样品中猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株,具有成本低、快速,且适合基层实验室应用的优点。
本发明还提供了一种上述引物在制备快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株产品中的应用。
本发明对于产品的具体种类没有特殊限定,包括试剂、试剂盒、探针等。
本发明还提供了一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的方法,所述方法包括如下步骤:采用上述引物对待测物基因进行PCR扩增,利用限制性内切酶Ssp I对PCR扩增产物进行酶切,然后进行琼脂糖凝胶电泳,猪圆环病毒1型毒株为1759bp单一条带,猪圆环病毒2b型0233株为659bp、594bp和514bp三条带,嵌合型猪圆环病毒C1-233株为1098bp和669bp两条带。
在本发明中,所述PCR扩增的反应体系优选的包括:终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq MasterMix和无菌双蒸水,本发明对于上述各原料的来源没有特殊限定,所述2×Taq MasterMix优选的为2×TaqMasterMix(Dye Plus)。在本发明中,所述终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×TaqMasterMix和无菌双蒸水的体积比优选为0.1-1:1-5:12.5:5.5-11.3,在本发明具体实施例中,PCR扩增的反应体系为25μL,所述终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq MasterMix和无菌双蒸水分别为1μL、2μL、12.5μL和8.5μL。所述PCR的反应条件优选的包括:95℃预变性5min;95℃变性30s,52-58℃退火30-60s,72℃延伸1min46s-2min,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存,更优选的包括:95℃预变性5min;95℃变性30s,58℃退火30s,72℃延伸2min,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存。
在本发明中,所述酶切的方法优选的包括如下步骤:将PCR扩增产物与10×Ssp IBuffer、Ssp I和无菌双蒸水混合,孵育。在本发明进行酶切时,所述PCR扩增产物与10×SspI Buffer和Ssp I的质量体积比优选为1-2μg:2μL:1-2μL,本发明对于上述各原料的具体来源没有特殊限定,采用本领域常规市售产品均可。在本发明中,所述孵育的温度优选为37℃,所述孵育的时间优选为2-3h。本发明对于孵育的具体方式没有特殊限定,在本发明具体实施例中,所述孵育选择的是水浴孵育。
下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
实施例1
采用由上海生工生物工程(上海)股份有限公司合成的上游引物:5’-TGT CCCAGCTGTAGAAGC TCT-3’,下游引物:5’-GCA GTT GAG GAG TAC CAT TCC-3’分别对猪圆环病毒1型毒株(本实验室分离保存)、猪圆环病毒2b型0233毒株(本实验室分离保存)、嵌合型猪圆环病毒C1-233株(本实验室构建的重组疫苗病毒)以及猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株混合样品的全基因组进行PCR扩增反应。
PCR反应体系为:终浓度为0.4μM的上、下游引物各1μL,DNA模板2μL,2×TaqMasterMix(Dye Plus)12.5μL,无菌双蒸水补足至25μL。
PCR反应条件为:95℃预变性5min;95℃变性30s,58℃退火30s,72℃延伸2min,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存。
结果如图1所示。由图1可以看出,本发明引物对可扩增出猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株三个毒株以及三个毒株混合样品的全基因组序列。
利用限制性内切酶Ssp I(购自Takara)分别对上述获得的四组病毒的PCR扩增产物分别进行酶切,酶切条件为:PCR扩增产物1μg,10×Ssp IBuffer 2μL,Ssp I 1μL,加无菌双蒸水至20μL,37℃水浴孵育3h。酶切结果如图2所示。
由图2可以看出,猪圆环病毒1型毒株PCR扩增产物不能被Ssp I酶切,呈1759bp单一条带,猪圆环病毒2b型0233株PCR扩增产物被Ssp I酶切后,呈659bp、594bp和514bp三条带,嵌合型猪圆环病毒C1-233株PCR扩增产物被Ssp I酶切后,呈1098bp和669bp两条带,猪圆环病毒1型毒株、猪圆环病毒2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株混合样品PCR扩增产物被Ssp I酶切后,呈1759bp、1098bp、669bp或659bp、594bp、514bp五条带。表明采用本发明引物对和限制性内切酶Ssp I,可以成功区分混合样品中是否含有猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233毒株。
实施例2
与实施例1的区别在于PCR扩增的反应体系为:终浓度为0.4μM的上、下游引物0.1μL,DNA模板5μL,2×Taq MasterMix(Dye Plus)12.5μL,无菌双蒸水补足至25μL。PCR反应条件为:95℃预变性5min;95℃变性30s,52℃退火60s,72℃延伸1min 46s,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存。酶切条件为:PCR扩增产物2μg,10×Ssp I Buffer 2μL,Ssp I 2μL,加无菌双蒸水至20μL,37℃水浴孵育2h。其余均同实施例1。结果同实施例1结果十分相似。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 扬州大学
<120> 一种快速区分猪圆环病毒1型、2b型和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物及其应用
<160> 2
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tgtcccagct gtagaagctc t 21
<210> 2
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gcagttgagg agtaccattc c 21
Claims (10)
1.一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的引物,其特征在于,所述引物的上游引物为5’-TGT CCCAGC TGTAGAAGC TCT-3’,所述引物的下游引物为5’-GCA GTT GAG GAG TAC CATTCC-3’。
2.权利要求1所述引物在制备快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株产品中的应用。
3.一种快速区分猪圆环病毒1型毒株、2b型0233株和嵌合型猪圆环病毒C1-233株的方法,其特征在于,所述方法包括如下步骤:采用权利要求1所述引物对待测物基因进行PCR扩增,利用限制性内切酶Ssp I对PCR扩增产物进行酶切,然后进行琼脂糖凝胶电泳,猪圆环病毒1型毒株为1759bp单一条带,猪圆环病毒2b型0233株为659bp、594bp和514bp三条带,嵌合型猪圆环病毒C1-233株为1098bp和669bp两条带。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述PCR的反应体系包括:终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq MasterMix和无菌双蒸水。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,所述终浓度为0.4μM的上、下游引物,DNA模板,2×Taq Master Mix和无菌双蒸水的体积比为0.1-1:1-5:12.5:5.5-11.3。
6.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述PCR的反应条件包括:95℃预变性5min;95℃变性30s,52-58℃退火30-60s,72℃延伸1min46s-2min,35个循环;72℃延伸5min,12℃保存。
7.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,所述酶切的方法包括如下步骤:将PCR扩增产物与10×Ssp I Buffer、Ssp I和无菌双蒸水混合,孵育。
8.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述PCR扩增产物与10×Ssp I Buffer和Ssp I的质量体积比为1-2μg:2μL:1-2μL。
9.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述孵育的温度为37℃。
10.根据权利要求7所述的方法,其特征在于,所述孵育的时间为2-3h。
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