CN113924085A - 用于增加肌肉量和氧化代谢的组合物和方法 - Google Patents

用于增加肌肉量和氧化代谢的组合物和方法 Download PDF

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CN113924085A CN202080034330.6A CN202080034330A CN113924085A CN 113924085 A CN113924085 A CN 113924085A CN 202080034330 A CN202080034330 A CN 202080034330A CN 113924085 A CN113924085 A CN 113924085A
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梅利莎·斯潘塞
瓦尔盖斯·约翰
伊琳娜·克拉梅罗娃
刘剑
赫苏斯·坎帕尼亚
芭芭拉·贾戈津斯卡
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University of California
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    • C07D491/056Ortho-condensed systems with two or more oxygen atoms as ring hetero atoms in the oxygen-containing ring

Abstract

公开了具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的组合物和使用方法,其用于增加肌肉量、肌肉氧化能力和肌肉功能以及治疗肌营养不良,特别是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。
Figure DDA0003342716780000011

Description

用于增加肌肉量和氧化代谢的组合物和方法
相关申请的交叉引用
本申请要求2019年4月12日提交的美国临时申请号62/833,037的优先权,其整体以引用的方式并入本文。
技术领域
本发明总体涉及医学领域。更具体地,本发明涉及用于增加肌肉量和肌肉功能以及治疗肌营养不良,特别是肢带型肌营养不良2A型的组合物和方法。
背景技术
肌营养不良是超过30种遗传性疾病的组。肌营养不良引起肌肉无力和肌肉损失,并且可以出现在生命的任何阶段,包括婴儿期。随着受影响的人的肌肉变得无力,肌营养不良变得更严重,并且最终这种状况可能变得丧失能力。肢带型肌营养不良通常表现在近端肢体和环带肌肉中,并引起这些肌肉的无力和萎缩。肢带型肌营养不良2A型(LGMD2A/R1)是肢带型肌营养不良的最常见形式,占病例的约30%。它是一种常染色体隐性肢带型肌营养不良,特征在于近端肢体和环带肌肉的进行性对称性无力,而没有心脏受累或智力障碍。存在一种表现为相似临床表型的常染色体显性形式,命名为LGMD D1。
目前,对于任何形式的肌营养不良都没有治愈方法。目前的治疗方法主要包括物理疗法、矫形装置、外科手术和药物治疗。治疗主要针对帮助缓解症状和预防并发症。例如,目前治疗LGMD2A的主要目的是维持移动性和预防并发症。因此,需要用于治疗肌营养不良的组合物和方法。
发明内容
已经确定具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物可以增加肌肉量、肌肉功能和/或氧化代谢。这些化学物质可以有效治疗肌营养不良,诸如肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。
某些实施方案涉及一种具有式I的化学结构的AMBMP类似物化合物
Figure BDA0003342716760000021
其中R1和R2独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R5和R6独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R5和R6是形成5-元杂环的键,或R5和R6连接以形成6-元杂环;且X选自具有式II、式III、式IV或式V的化学结构的基团,
Figure BDA0003342716760000022
Figure BDA0003342716760000031
其中对于式II,Z选自H、烷基、取代的烷基、芳基、OR7或NR8R9,其中R7选自H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环;J1选自H、烷基或OR10;其中R10是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R11,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R11是OH、NH2或烷氧基;且J2选自H、烷基或OR12;其中R12是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R13,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;并且R13是OH、NH2或烷氧基;
Figure BDA0003342716760000032
其中对于式III,M选自O、NH或CH2
Figure BDA0003342716760000033
其中对于式V,R14是H或烷氧基,且R15是H或烷氧基,其中式I不是式VI
Figure BDA0003342716760000041
在一些方面,X是式II。在一些特定的方面,X是式II,且J1是OCH3
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,且X是式II。这些化合物的各种实例提供在图1中。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,Z是H,J2是H,且J1是OR10。这些化合物的各种实例提供在图1A至图1L中。在一些特定的方面,R10是CF3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1A中。在一些特定的方面,R10是CH(CH3)2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1B中。在一些特定的方面,R10是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1C中。在一些特定的方面,R10是CH2CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1D中。在一些特定的方面,R10是CH2CH2CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1E中。在一些特定的方面,R10是C(CH3)3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1F中。在一些特定的方面,R10是CH2CH2OCH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1G中。在一些特定的方面,R10是CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1H中。在一些特定的方面,R10是CH2CH2OCH2CH2NH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1I中。在一些特定的方面,R10是CH2NH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1J中。在一些特定的方面,R10是CH2CH2NH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1K中。在一些特定的方面,R10是CH2CONH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1L中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,J2是H,且Z选自烷基、取代的烷基、芳基,OR7或NR8R9,其中R7选自H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环。这些化合物的各种实例提供在图1M至图1P中。在一些特定的方面,Z是NR8R9,且R8和R9连接以形成4-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1M中。在一些特定的方面,Z是NHCH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1N中。在一些特定的方面,Z是NH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1O中。在一些特定的方面,Z是CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1P中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的一种或多种。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是H,J2是H,且Z选自H、烷基、取代的烷基、芳基、OR7或NR8R9,其中R7选自H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环。这些化合物的各种实例提供在图1Q至图1T、图1V、图1X至图1Z和图1AA中。在一些特定的方面,Z是OCF3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1Q中。在一些特定的方面,Z是OCH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1R中。在一些特定的方面,Z是OCH2CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1S中。在一些特定的方面,Z是NR8R9,且R8和R9连接以形成4-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1T中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的一种或多种。在一些特定的方面,Z是OC(CH3)3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1V中。在一些特定的方面,Z是OCH2CONH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1X中。在一些特定的方面,Z是OCH2CH2NH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1Y中。在一些特定的方面,Z是OCH2CH2NHCH2CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1Z中。在一些特定的方面,Z是OCH2NHCH2CH(CH3)2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1AA中。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,J2是OCH3,且Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1U中。在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,J2是OH,且Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1W中。在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCF3,J2是OCH3,且Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图1BB中。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式III,且M是O、NH或CH2。这些化合物的各种实例提供在图2中。在一些特定的方面,M是O,所述化合物的非限制性化学结构提供在图2A中。在一些特定的方面,M是NH,所述化合物的非限制性化学结构提供在图2B中。在一些特定的方面,M是CH2,所述化合物的非限制性化学结构提供在图2C中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的一种或多种。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,且X是式IV,所述化合物的非限制性化学结构提供在图3中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的一种或多种。
在一些方面,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,Z是H,J2是H,且R1和R2独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环。这些化合物的各种实例提供在图4中。在一些特定的方面,R1是H,且R2是CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4A中。在一些特定的方面,R1是CH3且R2是CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4B中。在一些特定的方面,R1和R2连接以形成4-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4C中。在一些特定的方面,R1和R2连接以形成5-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4D中。在一些特定的方面,R1是H,且R2是p-C6H5CH2CN,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4E中。在一些特定的方面,R1是H,且R2是p-C6H5CH2CCH,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4F中。在一些特定的方面,R1是H,且R2是p-C6H5CH2CH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图4G中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的1、2、3、4、5种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
在一些方面,R1是H,R2是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,Z是H,J2是H,且R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键。这些化合物的各种实例提供在图5中。在一些特定的方面,R3是CH3且R4是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图5A中。在一些特定的方面,R3和R4是形成5-元杂环的键,所述化合物的非限制性化学结构提供在图5B中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的一种或多种。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,X是式II,J1是OCH3,Z是H,J2是H,R5和R6独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R5和R6是形成5-元环的键,或R5和R6连接以形成6-元杂环。这些化合物的各种实例提供在图6中。在一些特定的方面,R5是CH3且R6是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图6A中。在一些特定的方面,R5和R6连接形成6-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图6B中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的一种或多种。
在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式V,R14是H或OCH3,且R15是H或OCH3。这些化合物的各种实例提供在图7中。在一些特定的方面,R14是OCH3且R15是OCH3,所述化合物的非限制性化学结构提供在图7A中。在一些特定的方面,R14是OCH3且R15是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图7B中。在一些实施方案中,可以排除本段中讨论的化合物中的一种或多种。
在一些方面,具有式I的化学结构的化合物可以具有图18A中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,R1是CH3,R2是CH3,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,J2是CH3,且Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图18B中。在一些方面,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,J1是OCH3,J2是CH3,Z是H,R1和R2连接以形成5-元杂环,所述化合物的非限制性化学结构提供在图18C中。在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6连接以形成6-元杂环,X是式II,J1是OCH3,J2是OH,且Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图18D中。在一些方面,R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5是CH3,R6是CH3,X是式II,J1是OCH3,J2是OH,Z是H,所述化合物的非限制性化学结构提供在图18E中。
某些实施方案涉及一种具有式VII的化学结构的AMBMP类似物化合物
Figure BDA0003342716760000091
其中R1、R2、R3和R4如上面关于式I所定义,R16和R17可以独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R16和R17连接以形成4-至8-元环烷基或杂环。R18可以各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基。R19可以各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基。h可以是0、1、2、3或4。k可以是1、2、3、4或5。在一些特定的方面,R16和R17可以独立地来自H、甲基、羧酸酯、羧酰胺,或R16和R17连接以形成4-至8-环烷基环。
式VII不是式VI。在一些方面,式VII可以是式I。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19A中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19B中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19C中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19D中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19E中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19F中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19G中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19H中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19I中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19J中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19K中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19L中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19M中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19N中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19O中提供的化合物的非限制性化学结构。在一些方面,具有式VII的化学结构的化合物可以具有图19P中提供的化合物的非限制性化学结构。
某些实施方案涉及具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的组合物和使用方法。某些实施方案涉及一种含有有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的药物组合物。在一些方面,药物组合物可以含有图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,药物组合物可以含有药学上可接受的载剂。在一些方面,药物组合物可以含有药学上可接受的赋形剂。在一些实施方案中,可以排除一种或多种具有式I和/或式VII的化学结构的化合物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
某些实施方案涉及治疗方法,其包括向有需要的受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,所述受试者已经被确定为患有肌营养不良。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。在一些方面,受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。在一些方面,受试者被确定为患有恶病质或少肌症。在一些方面,受试者被确定为患有癌症。在一些方面,受试者被确定为患有肌病。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
某些实施方案涉及一种治疗受试者的肌营养不良的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A型。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良R1型。在一些特定的方面,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良D1型。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述方法抑制和/或减少肌营养不良的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围的症状或并发症。
某些实施方案涉及一种治疗受试者的肌肉萎缩的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。在一些实施方案中,受试者已经被测试肌肉萎缩或引起肌肉萎缩或与肌肉萎缩相关的疾病。在一些实施方案中,受试者先前已经用一种或多种针对肌肉萎缩的疗法治疗。在一些实施方案中,所述针对肌肉萎缩的疗法中的一种或多种是处方化学治疗。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述方法抑制和/或减少肌肉萎缩的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围的症状或并发症。
某些实施方案涉及一种治疗受试者的恶病质或少肌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,受试者已经被诊断为患有癌症。在一些实施方案中,受试者已经被开出卧床休息的处方。在一些实施方案中,受试者已经被诊断为患有年龄相关性少肌症。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述方法抑制和/或减少恶病质或少肌症的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围的症状或并发症。
某些实施方案涉及一种增加受试者的肌肉量的方法,或涉及一种治疗与受试者的肌肉量减少相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,肌肉量增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种增加受试者的氧化代谢的方法,或涉及一种治疗与受试者的氧化代谢降低相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,氧化代谢增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种增加受试者的肌力的方法,或涉及一种治疗与受试者的肌力减小相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,肌力增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种改善受试者的肌肉功能的方法,或涉及一种治疗与受试者的肌肉功能减退相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,肌肉功能改善10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种减少受试者的退化中的肌纤维的数量的方法,或涉及一种治疗与受试者的退化中的肌纤维增加相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,退化中的肌纤维的数量减少至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种增加受试者的再生中的肌纤维的数量的方法,或涉及一种治疗与受试者的再生中的肌纤维减少相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,再生中的肌纤维的数量增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种增加受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述至少一种基因的表达增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
某些实施方案涉及一种治疗与受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达降低相关的疾病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述方法抑制和/或减少所述疾病的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围的症状或并发症。
某些实施方案涉及一种治疗受试者的肌病的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。肌病包括,例如,由于兰尼碱(Ryanodine)受体和/或二氢吡啶受体(DHPR)中的突变引起的疾病和线状体肌病。在一些实施方案中,所述方法用于治疗线状体肌病。肌病的另外实例在本文中叙述。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述方法抑制和/或减少所述肌病的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%或可源自其中的任何范围的症状或并发症。
在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前的肌肉量,所述受试者的肌肉量增加。在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前的肌力,所述受试者的肌力增加。在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前的肌肉功能,所述受试者的肌肉功能得到改善。在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前受试者的退化中的肌纤维的数量,受试者的退化中的肌纤维的数量减少。在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前受试者的再生中的肌纤维的数量,受试者的再生中的肌纤维的数量增加。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,肌肉量增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达,所述基因的表达增加。在一些方面,施用图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的一种或多种或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,所述方法还包括测量或确定至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达水平。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些情况下,所述至少一种基因的表达增加10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%、10%或5%,或可源自其中的任何范围。
在一些实施方案中,所述受试者是人。在一些实施方案中,所述受试者在钙蛋白酶3基因中具有突变。在一些实施方案中,所述受试者已经被确定为在钙蛋白酶3基因中具有突变。在一些实施方案中,确定所述受试者的钙蛋白酶3基因的全部或一部分的序列。在一些实施方案中,所述方法还包括确定受试者的钙蛋白酶3基因是否突变。在一些实施方案中,受试者未用兰索拉唑(1ansoprazole)或雷贝拉唑(rabeprazole)来治疗胃肠疾病或病况。在一些实施方案中,在施用兰索拉唑或雷贝拉唑时,受试者没有经历胃肠疾病或病况的任何症状。在一些实施方案中,受试者已经被诊断为患有本文所述的肌肉失常。在一些实施方案中,受试者已经被确定为CaMKII缺乏。所述缺乏可以通过测量CaMKII活性或表达,或通过确定CaMKII信号传导的活性或表达(通过确定下游靶的表达或活性)或CaMKII依赖性基因表达来确定。在一些实施方案中,所述方法还包括确定CaMKII的表达或活性的水平。基因和/或蛋白质的表达或活性水平可以通过本领域已知的方法,例如进行荧光原位杂交(FISH)、比较基因组杂交(CGH)、实时PCR、Southern印迹或蛋白质印迹分析来确定。其他适用的方法是本领域已知的和/或本文所述的。
在一些实施方案中,施用途径是口服、肠胃外、皮下、腹膜内或肌内。在一些实施方案中,具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物经局部施用。在一些实施方案中,将具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物施用到肌肉组织。在一些实施方案中,具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物通过多次施用提供。在一些方面,施用有效量的具有图1A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1C中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1D中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1E中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1F中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1G中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1H中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1I中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1J中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1K中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1L中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1M中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1N中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1O中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1P中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1Q中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1R中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1S中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1T中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1U中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1V中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1W中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1X中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1Y中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1Z中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1AA中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图1BB中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图2A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图2B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图2C中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图3中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4C中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4D中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4E中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4F中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图4G中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图5A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图5B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图6A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图6B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图7A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图7B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图18A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图18B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图18C中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图18D中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图18E中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19A中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19B中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19C中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19D中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19E中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19F中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19G中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19H中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19I中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19J中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19K中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19L中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19M中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19N中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19O中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用有效量的具有图19P中提供的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些方面,施用本公开的化合物的组合。在一些实施方案中,可以排除所述化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
其他实施方案涉及图1至图7、图18和图19中示出的任何化合物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。
在本发明的上下文中,公开了至少以下62个实施方案。实施方案1涉及一种具有式I的化学结构的化合物
Figure BDA0003342716760000241
其中R1和R2独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R5和R6独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R5和R6是形成5-元杂环的键,或R5和R6连接以形成6-元杂环;且X是具有式II、式III、式IV或式V的化学结构的基团,
Figure BDA0003342716760000251
其中Z是H、烷基、取代的烷基、芳基、OR7或NR8R9;其中R7是H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环,
其中J1选自H、烷基或OR10;其中R10是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R11,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R11是OH、NH2或烷氧基,
其中J2选自H、烷基或OR12;其中R12是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R13,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R13是OH、NH2或烷氧基,
Figure BDA0003342716760000252
其中M是O、NH或CH2
Figure BDA0003342716760000253
Figure BDA0003342716760000261
其中R14是H或烷氧基,且R15是H或烷氧基,并且
其中式I不是式VI
Figure BDA0003342716760000262
实施方案2涉及如实施方案1所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,且X是式II。实施方案3涉及如实施方案1所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,Z是H,J2是H,且J1是OR10。实施方案4涉及如实施方案3所述的化合物,其中R10是H、CF3、CH2CH3、CH(CH3)2、CH2CH2CH3、CH2CH2OCH3、CH2CH2OCH2CH2NH2、CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH3、CH2NH2、CH2CH2NH2或CH2CONH2。实施方案5涉及如实施方案1至4中任一项所述的化合物,其还包含药学上可接受的载剂。实施方案6涉及一种治疗受试者的肌营养不良的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案7涉及如实施方案6所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良。实施方案8涉及如实施方案6所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。实施方案9涉及一种治疗受试者的肌肉萎缩的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案10涉及如实施方案9所述的方法,其中所述受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。实施方案11涉及如实施方案9至10中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被测试肌肉萎缩或引起肌肉萎缩或与肌肉萎缩相关的疾病。实施方案12涉及如实施方案9至11中任一项所述的方法,其中所述受试者先前已经用一种或多种针对肌肉萎缩的疗法治疗。实施方案13涉及如实施方案12所述的方法,其中所述针对肌肉萎缩的疗法中的一种或多种是处方化学治疗。实施方案14涉及一种治疗受试者的恶病质或少肌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案15涉及如实施方案14所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有癌症。实施方案16涉及如实施方案14或15中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被开出卧床休息的处方。实施方案17涉及如实施方案14至16中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有年龄相关性少肌症。实施方案18涉及一种增加受试者的肌肉量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案19涉及一种增加受试者的肌力的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案20涉及一种改善受试者的肌肉功能的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案21涉及一种减少受试者的退化中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案22涉及一种增加受试者的再生中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案23涉及一种增加受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案1至4中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案24涉及如实施方案6至23中任一项所述的方法,其中所述受试者在钙蛋白酶3基因中具有突变。实施方案25涉及如实施方案6至24中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被确定为CaMKII缺乏。实施方案26涉及如实施方案6至25中任一项所述的方法,其中所述方法还包括确定CaMKII的表达或活性的水平。实施方案27涉及如实施方案6至26中任一项所述的方法,其中所述化合物经口、肠胃外、皮下、腹膜内或肌内施用。实施方案28涉及如实施方案6至27中任一项所述的方法,其中所述化合物经局部施用。实施方案29涉及如实施方案28所述的方法,其中将所述化合物施用到肌肉组织。实施方案30涉及如实施方案6至29中任一项所述的方法,其中所述受试者是人。
实施方案31涉及一种具有式VII的化学结构的化合物
Figure BDA0003342716760000281
其中
其中R1和R2独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R16和R17独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R16和R17连接以形成4-至8-元环烷基或杂环;R18各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基;R19各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基;h是0、1、2、3或4;k是1、2、3、4或5,
其中式VII不是式VI,
Figure BDA0003342716760000291
实施方案32涉及如实施方案31所述的化合物,其具有式I的化学结构
Figure BDA0003342716760000292
其中R1和R2独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R5和R6独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R5和R6是形成5-元杂环的键,或R5和R6连接以形成6-元杂环;且X是具有式II、式III、式IV或式V的化学结构的基团,
Figure BDA0003342716760000301
其中Z是H、烷基、取代的烷基、芳基、OR7或NR8R9;其中R7是H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环,
其中J1选自H、烷基或OR10;其中R10是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R11,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R11是OH、NH2或烷氧基,
其中J2选自H、烷基或OR12;其中R12是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R13,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R13是OH、NH2或烷氧基,
Figure BDA0003342716760000302
其中M是O、NH或CH2
Figure BDA0003342716760000311
其中R14是H或烷氧基,且R15是H或烷氧基。实施方案33涉及如实施方案32所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,且X是式II。实施方案34涉及如实施方案32所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,Z是H,J2是H,且J1是OR10。实施方案35涉及如实施方案34所述的化合物,其中R10是H、CF3、CH2CH3、CH(CH3)2、CH2CH2CH3、CH2CH2OCH3、CH2CH2OCH2CH2NH2、CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH3、CH2NH2、CH2CH2NH2或CH2CONH2。实施方案36涉及如实施方案31所述的化合物,其中所述化合物是图1至图7、图18和图19的化合物中的任一种,诸如AMBMP类似物1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66中的任一种,诸如AMBMP类似物1、2、3、4、5、6、8、17、21、25、38、39或40中的任一种。实施方案37涉及一种组合物,其包含如实施方案31至36中任一项所述的化合物,其还包含药学上可接受的载剂。实施方案38涉及一种治疗受试者的肌营养不良的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案39涉及如实施方案38所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良。实施方案39涉及如实施方案38所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。实施方案40涉及一种治疗受试者的肌肉萎缩的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案42涉及如实施方案41所述的方法,其中所述受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。实施方案43涉及如实施方案41至42中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被测试肌肉萎缩或引起肌肉萎缩或与肌肉萎缩相关的疾病。实施方案44涉及如实施方案41至43中任一项所述的方法,其中所述受试者先前已经用一种或多种针对肌肉萎缩的疗法治疗。实施方案45涉及如实施方案44所述的方法,其中所述针对肌肉萎缩的疗法中的一种或多种是处方化学治疗。实施方案46涉及一种治疗受试者的恶病质或少肌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案47涉及如实施方案46所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有癌症。实施方案48涉及如实施方案46或47所述的方法,其中所述受试者已经被开出卧床休息的处方。实施方案49涉及如实施方案46至48中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有年龄相关性少肌症。实施方案50涉及一种增加受试者的肌肉量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案51涉及一种增加受试者的肌力的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案52涉及一种改善受试者的肌肉功能的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案53涉及一种减少受试者的退化中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案54涉及一种增加受试者的再生中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案55涉及一种增加受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如实施方案31至36中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。实施方案56涉及如实施方案38至55中任一项所述的方法,其中所述受试者在钙蛋白酶3基因中具有突变。实施方案57涉及如实施方案38至56中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被确定为CaMKII缺乏。实施方案58涉及如实施方案38至57中任一项所述的方法,其中所述方法还包括确定CaMKII的表达或活性的水平。实施方案59涉及如实施方案38至58中任一项所述的方法,其中所述化合物经口、肠胃外、皮下、腹膜内或肌内施用。实施方案60涉及如实施方案38至59中任一项所述的方法,其中所述化合物经局部施用。实施方案61涉及如实施方案60所述的方法,其中将所述化合物施用到肌肉组织。实施方案62涉及如实施方案38至61中任一项所述的方法,其中所述受试者是人。
“受试者”、“个体”或“患者”在本文中可互换使用,并且是指脊椎动物,例如灵长类动物、哺乳动物或人。哺乳动物包括但不限于马、犬、牛、羊、鼠、大鼠、猿猴、人、农场动物、运动动物和宠物。还旨在作为受试者而包括的是参与临床研究试验但未显示任何疾病临床体征的任何受试者,或参与流行病学研究的受试者,或用作对照的受试者。
如本文所用,术语“包含”旨在是指组合物和方法包括所列举的要素,但不排除其他要素。“基本上由......组成”在用于限定组合物和方法时应该应是指对于指定的目的排除对组合具有任何重要意义的其他要素。在本公开的药物组合物的上下文中,“基本上由......组成”旨在包括所有列举的活性剂,并且排除任何额外的未列举的活性剂,但不排除组合物中不是活性成分的其他组分。因此,基本上由如本文所定义的要素组成的组合物不排除来自分离和纯化方法的痕量污染物和药学上可接受的载剂,诸如磷酸盐缓冲盐水、防腐剂等。“由......组成”应该是指排除超过痕量要素的其他成分和用于施用本发明的组合物的基本方法步骤或产生组合物或实现预期结果的工艺步骤。由这些过渡术语中的每一个限定的实施方案在本发明的范围内。
术语“改善”、“抑制”或“减轻”或这些术语的任何变化在权利要求书和/或说明书中使用时包括任何可测量的减少或完全抑制以实现所要结果。
如本文所用,“治疗(treating)”、“治疗(treatment)”或“疗法”是用于获得有益或所需临床结果的方法。这包括:减轻包括实施例在内的整个公开内容中描述的症状或任何相关结果的缓解。此外,这些术语旨在涵盖治愈以及改善病况或疾病的至少一种症状。
一种或多种组合物的使用可以基于本文所述的方法采用。一种或多种组合物的使用可以用于制备根据本文所述的方法治疗的药物。贯穿本申请讨论了其他实施方案。关于本公开的一个方面讨论的任何实施方案适用于本公开的其他方面,反之亦然。应理解实施例部分中的实施方案是适用于本文描述的技术的所有方面的实施方案。
如本文所用,术语“或”和“和/或”用于描述彼此组合或排他的多种组分。例如,“x、y和/或z”可以指单独的“x”、单独的“y”、单独的“z”、“x、y和z”、“(x和y)或z”、“x或(y和z)”或“x或y或z”。具体地涵盖x、y或z可以具体地从实施方案中排除。
贯穿本申请,术语“约”根据其在细胞生物学领域中普通和一般的含义使用,以表明值包括用于测定所述值的装置或方法的误差的标准偏差。
术语“包含”,与“包括”、“含有”或“特征在于”同义,是包括性的或开放式的,并且不排除额外的未列举的要素或方法步骤。短语“由......组成”排除未指定的任何要素、步骤或成分。短语“基本上由......组成”将所述主题的范围限制到指定的材料或步骤以及那些不会实质上影响其基本和新颖特性的材料或步骤。涵盖在术语“包含”的上下文中描述的实施方案也可以在术语“由......组成”或“基本上由......组成”的上下文中实现。
具体地涵盖,关于本发明的一个实施方案讨论的任何限制可以适用于本发明的任何其他实施方案。此外,本发明的任何组合物都可以用于本发明的任何方法中,并且本发明的任何方法都可以用于生产或利用本发明的任何组合物。在实施例中阐述的实施方案的方面也是可以在不同实施例中的其他地方或在本申请中的其他地方(诸如在发明内容、具体实施方式、权利要求和附图说明的描述中)讨论的实施方案的上下文中实现的实施方案。
术语“治疗有效量”是指治疗或抑制疾病或病况的药物的量。在一些实施方案中,治疗有效量抑制本文所述的蛋白质和/或基因的至少或至多或确切地100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%或10%或可源自其中的任何范围的活性和/或表达。在一些实施方案中,治疗有效量增加本文所述的蛋白质和/或基因的至少或至多或确切地10000%、1000%、500%、200%、100%、99%、98%、96%、94%、92%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%、50%、40%、30%、20%或10%或可源自其中的任何范围的活性和/或表达。
当在权利要求书和/或说明书中与术语“包含”结合使用时,使用词语“一个/种(a/an)”可以指“一个/种(one)”,但其也与“一个/种或多个/种”、“至少一个/种”和“一个/种或多于一个/种”的含义一致。
本公开的其他目的、特点和优点将从以下具体实施方式中显而易见。然而,应该理解,具体实施方式和具体实施例,在指出本发明的优选实施方案的同时,只作为说明给出,因为本领域技术人员从所述具体实施方式中将显而易见本发明的精神和范围内的各种变化和修改。
附图说明
以下附图形成本说明书的一部分,并且包括在内以进一步展示本发明的某些方面。通过参考这些附图中的一个或多个结合本文所呈现的具体实施方案的详细描述,可以更好地理解本发明。
图1:A)AMBMP类似物1;B)AMBMP类似物2;C)AMBMP类似物3;D)AMBMP类似物4;E)AMBMP类似物5;F)AMBMP类似物6;G)AMBMP类似物7;H)AMBMP类似物8;I)AMBMP类似物9;J)AMBMP类似物10;K)AMBMP类似物11;L)AMBMP类似物12;M)AMBMP类似物13;N)AMBMP类似物14;O)AMBMP类似物15;P)AMBMP类似物16;Q)AMBMP类似物17;R)AMBMP类似物18;S)AMBMP类似物19;T)AMBMP类似物20;U)AMBMP类似物21;V)AMBMP类似物39;W)AMBMP类似物40;X)AMBMP类似物41;Y)AMBMP类似物42;Z)AMBMP类似物43;AA)AMBMP类似物44;BB)AMBMP类似物45。
图2:A)AMBMP类似物22,其中M=O;B)AMBMP类似物23,其中M=NH;C)AMBMP类似物24,其中M=CH2
图3:AMBMP类似物25。
图4:A)AMBMP类似物26;B)AMBMP类似物27;C)AMBMP类似物28;D)AMBMP类似物29;E)AMBMP类似物30;F)AMBMP类似物31;G)AMBMP类似物32。
图5:A)AMBMP类似物33;B)AMBMP类似物34。
图6:A)AMBMP类似物35;B)AMBMP类似物36。
图7:A)AMBMP类似物37;B)AMBMP类似物38。
图8:由运动诱导并激活基因转录的信号传导路径。
图9:在肢带型肌营养不良2A型中,CAPN3突变,导致CAMK信号传导的损失和下游基因转录的钝化。
图10:在运动后或在一次萎缩后的肌肉负荷期间,钙蛋白酶3缺乏的肌肉不能适当地诱导肌原纤维基因。
图11:用AMBMP治疗的C3KO小鼠显示慢肌纤维直径增加。
图12:用AMBMP治疗的C3KO小鼠以剂量依赖的方式显示线粒体氧化功能增加。
图13:AMBMP治疗导致运动性能改善。
图14:AMBMP治疗增加CaMKIIβ活性,但AMPK和AKT信号传导都不受影响。
图15:AMBMP增加不典型远端肌病(calpainopathy)小鼠的慢氧化纤维。
图16:A)在用0.0μM、1.25μM、2.5μM、5μM AMBMP类似物1-6、17、18和25治疗的情况下肌球蛋白轻链-2(Myl2)基因的相对表达。B)注射10mg/kg的AMBMP类似物3后收集的小鼠骨骼肌中的CaMKIIβ激活,如通过使用抗磷酸CaMKIIβ抗体的蛋白质印迹评估的磷酸-CaMKIIβ(P-CaMKII或P-CaMK)活性所示。C)对于腹膜内注射10mg/kg的AMBMP类似物3的小鼠进行的P-CaMK的评估,标准化至凝胶负荷。D)对于腹膜内注射10mg/kg的AMBMP类似物3的小鼠通过RT-PCR评估跖肌中的Myl2表达,将Myl2的表达标准化至作为管家对照基因的GAPDH。E)对于用AMBMP(浓度1.25μM、2.5μM)和AMBMP类似物40(1.25μM、5μM)治疗48小时的C2C12生肌细胞,将Myl2的表达标准化至GAPDH。
图17:AMBMP类似物合成方案:A)方案I;B)方案II;C)方案III;和D)方案IV。
图18:A)AMBMP类似物46;B)AMBMP类似物47;C)AMBMP类似物48;D)AMBMP类似物49;E)AMBMP类似物50。
图19:A)AMBMP类似物51;B)AMBMP类似物52;C)AMBMP类似物53;D)AMBMP类似物54;E)AMBMP类似物55;F)AMBMP类似物56;G)AMBMP类似物57;H)AMBMP类似物58;I)AMBMP类似物59;J)AMBMP类似物60;K)AMBMP类似物61;L)AMBMP类似物62;M)AMBMP类似物63;N)AMBMP类似物64;O)AMBMP类似物65;P)AMBMP类似物66。
具体实施方式
I.化合物
已经确定具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物可以增加肌肉量和肌肉功能。这些化学物质可以有效治疗肌营养不良,诸如肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。不受理论的束缚,据信这些化合物可以通过激活CaMKII而取代CAMKII信号传导阻断来提供其生物学效应。因此,这些可以增加肌肉大小、线粒体复合物I和II活性、包含慢纤维表型的基因的表达和运行性能。本公开的实施方案涉及具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物的组合物和使用方法,所述化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物显示与AMBMP相似或更高的CAMKII信号传导活性,但比AMBMP(式VI)毒性更低和/或溶解性更高。一种或多种具有式I的化学结构的化合物可以具有比AMBMP的log P值低0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7和1.8中的至少任一个、等于任一个或在任意两个之间的log P值,其中P是化合物在有机相和水相之间的分配系数,即P=[有机相]/[水相]。一种或多种具有式I和/或式VII的化学结构的化合物在C2C12细胞中对内源性肌球蛋白轻链2(Myl2)启动子的EC50效价可以为<1uM。所述化合物在标准温度和压力下在水中的溶解度可以为>10uM。所述化合物可以以小于98.5%结合人白蛋白。所述化合物在37℃和标准压力下在人血清中可以具有t1/2>0.5小时的稳定性。稳定性可以包括来自降解和/或来自代谢的稳定性。所述化合物可以是口服生物可利用的。口服生物可利用可以包括在口服施用化合物后50摩尔%的化合物进入人的血流。所述化合物对于50%细胞死亡可以具有>50μM的细胞毒性。毒性可以作为化合物对C2C12细胞的细胞死亡的剂量依赖效应测量。
某些实施方案在权利要求书中阐述。在一些实施方案中,存在治疗受试者的肌营养不良的方法,其包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
其他方法包括增加受试者的肌肉量,增加受试者的肌力,改善受试者的肌肉功能,减少受试者的退化中的肌纤维的数量,增加受试者的再生中的肌纤维的数量,以及增加受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达。这类方法可以包括向所述受试者施用有效量的具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施方案中,向所述受试者施用组合物,其中本文所述的化合物是所述组合物中的活性成分。
在一些实施方案中,受试者正在治疗的肌营养不良的类型是肢带型肌营养不良。在特定的实施方案中,所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型。在一些实施方案中,对受试者的施用途径是口服、肠胃外、皮下、腹膜内或肌内。在额外的实施方案中,所述化合物经口施用。在另外的实施方案中,将化合物直接施用到肌肉组织。在额外的实施方案中,所述化合物以多次施用的方式向所述受试者提供。在一些情况下,所述化合物被配制在包含药学上可接受的赋形剂的组合物中。
在一些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前的肌肉量,所述受试者的肌肉量增加。在某些实施方案中,相对于施用具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物之前的肌力,所述受试者的肌力增加。此外,方法可以涉及相对于治疗前的肌肉功能改善的受试者的肌肉功能。其他情况涉及使受试者的退化中的肌纤维的数量相对于治疗前受试者的退化中的肌纤维的数量减少或使受试者的再生中的肌纤维的数量相对于治疗前受试者的再生中的肌纤维的数量增加。在某些实施方案中,相对于治疗前至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达,所述基因的表达增加。在一些情况下,所述受试者在钙蛋白酶3基因中具有突变。在另外的情况下,在治疗前检测到所述突变。涵盖,在一些实施方案中,受试者可以是哺乳动物,并且在另外的实施方案中,受试者是人。
在一些情况下,受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。在所述方法的其他实施方案中,受试者已经被测试肌肉萎缩或引起肌肉萎缩或与肌肉萎缩相关的疾病。在某些实施方案中,受试者先前已经用一种或多种针对肌肉萎缩的疗法,诸如处方化学治疗,例加处方药物治疗。在一些实施方案中,受试者未用兰索拉唑(lansoprazole)或雷贝拉唑(rabeprazole)来治疗胃肠疾病或病况。在某些方法中,在施用兰索拉唑或雷贝拉唑时,受试者没有经历胃肠疾病或病况的任何症状。
提供了涉及治疗肌肉萎缩、肌病或肌营养不良的方法和组合物,所述肌肉萎缩、肌病或肌营养不良是涉及控制运动的骨骼肌的进行性无力和退化的一类疾病和病况。实施方案可以应用于以下类型的肌营养不良:肌强直型、面肩肱型(FSHD)、先天型或肢带型。在一些实施方案中,可以被治疗的疾病或病况是由钙蛋白酶3或Ca-钙调蛋白激酶II(CaMKII)中的一种或两种的活性和/或表达降低所引起的或与之相关的疾病或病况。在具体的实施方案中,所述疾病是肢带型肌营养不良2A/R1/D1型(LGMD2A/R1/D1)。在额外的实施方案中,所述疾病或病况可以是以下之一:废用性萎缩、酸性麦芽糖酶缺乏症(AMD)、肌肉萎缩性侧索硬化(ALS)、安德森-泰维勒综合征(Andersen-Tawil Syndrome)、贝克肌营养不良(BMD)、贝克先天性肌强直、贝特莱姆肌病(Bethlem Myopathy)、脊髓性肌肉萎缩(脊髓延髓性肌肉萎缩)、肉碱缺乏症、肉碱棕榈酰转移酶缺乏症(CPT缺乏症)、中央轴空病(CCD)、中枢性肌病、夏-马-图三氏病(Charcot-Marie-Tooth Disease)(CMT)、先天性肌营养不良(CMD)、先天性肌无力综合征(CMS)、先天性强直性肌营养不良、科里病(Cori Disease)(去支酶缺乏症)、去支酶缺乏症、德热里纳-索塔斯病(Dejerine-Sottas Disease)(DSD)、皮肌炎(DM)、远端肌营养不良(DD)、杜兴氏肌营养不良(DMD)、强直性肌营养不良(Dystrophia Myotonica)(强直性肌营养不良(Myotonic Muscular Dystrophy))、埃-德二氏肌营养不良(Emery-Dreifuss Muscular Dystrophy,EDMD)、内分泌肌病、欧伦贝格病(Eulenberg Disease)(先天副肌强直)、面肩肱肌营养不良(FSH或FSHD)、芬兰(胫骨)远端肌病、福布斯病(ForbesDisease)(去支酶缺乏症)、弗里德赖希氏共济失调(Friedreich’s Ataxia)(FA)、福山先天性肌营养不良(Fukuyama Congenital Muscular Dystrophy)、糖原贮积病10型、糖原贮积病11型、糖原贮积病2型、糖原贮积病3型、糖原贮积病5型、糖原贮积病7型、糖原贮积病9型、Gowers-Laing远端肌病、Hauptmann-Thanheuser MD(埃-德二氏肌营养不良)、遗传性包涵体肌炎、遗传性运动感觉神经病(夏-马-图三氏病)、甲状腺功能亢进性肌病、甲状腺功能减退性肌病、包涵体肌炎(IBM)、遗传性肌病、整合素缺乏性先天性肌营养不良、肯尼迪病(Kennedy disease)(脊髓延髓性肌肉萎缩)、库格尔贝格-韦兰德病(Kugelberg-WelanderDisease)(脊髓性肌肉萎缩)、乳酸脱氢酶缺乏症、朗伯-伊顿肌无力综合征(Lambert-EatonMyasthenic Syndrome)(LEMS)、肢带型肌营养不良(LGMD)、劳氏格雷克氏病(Lou Gehrig’sDisease)(肌肉萎缩性侧索硬化)、麦卡德尔病(McArdle Disease)(磷酸化酶缺乏症)、分区蛋白缺乏性先天性肌营养不良、肌肉代谢性疾病、线粒体肌病、三好远端肌病(MiyoshiDistal Myopathy)、运动神经元病、肌-眼-脑病、重症肌无力(MG)、肌腺苷酸脱氨酶缺乏症、肌原纤维肌病、肌磷酸化酶缺乏症、先天性肌强直(MC)、肌强直性肌营养不良(MMD)、肌管性肌病(MTM或MM)、肌纤蛋白肌病、野中远端肌病(Nonaka Distal Myopathy)、眼咽肌营养不良(Oculopharyngeal Muscular Dystrophy)(OPMD)、先天性副肌强直、皮尔逊综合征(Pearson Syndrome)、周期性麻痹、腓骨肌肉萎缩(夏-马-图三氏病)、磷酸果糖激酶缺乏症、磷酸甘油酸激酶缺乏症、磷酸甘油酸变位酶缺乏症、磷酸化酶缺乏症、磷酸化酶缺乏症、多肌炎(PM)、庞贝病(Pompe Disease)(酸性麦芽酶缺乏症)、进行性外部眼肌麻痹(PEO)、棒体病(神经膜性肌病)、脊髓性肌肉萎缩(SMA)、脊髓延髓性肌肉萎缩(SBMA)、斯坦纳特病(Steinert Disease)(强直性肌营养不良)、塔里病(Tarui Disease)(磷酸果糖激酶缺乏症)、汤姆森病(Thomsen Disease)(先天性肌强直)、乌尔里奇型先天性肌营养不良(Ullrich Congenital Muscular Dystrophy)、沃克-沃伯格综合征(Walker-WarburgSyndrome)(先天性肌营养不良)、韦兰德远端肌病(Welander Distal Myopathy)、韦德尼希-霍夫曼病(Werdnig-Hoffmann Disease)(脊髓性肌肉萎缩)或ZASP相关肌病。这些疾病或病况可以与受试者的肌肉量减少、肌力减小、肌肉功能减退、退化中的肌纤维增加、再生中的肌纤维减少和一种或多种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达中的一者或多者相关。
肢带型肌营养不良2A/R1/D1型(LGMD2A/R1/D1)是由非溶酶体半胱氨酸蛋白酶钙蛋白酶3(CAPN3)中的突变引起的。来自缺乏CAPN3的患者和小鼠或具有CAPN3突变的患者的肌肉具有大大减小的肌肉体积;然而,与肌营养不良病变不同,它们的肌纤维膜是稳定的,表明LGMD2A/R1/D1的致病机制与肌营养不良病变不同。CAPN3定位到几个亚细胞区室,包括三单元组,其中它被钙调蛋白激活并且在钙释放中起尚不明确的作用。我们实验室的先前研究已经表明来自Capn3敲除(C3KO)小鼠的肌肉在一次萎缩后不生长。伴随地,Ca-钙调蛋白激酶II(CaMKII)信号传导受到损害。尽管接受运动训练的WT小鼠的肌肉增加了几种慢基因如Myl2、Mybph和Ckmt2的表达,但C3KO小鼠的肌肉没有展现出这些对运动的适应性变化。相似地,在C3KO小鼠中,肌原纤维、细胞骨架、线粒体和脂质代谢基因也被钝化。与我们的小鼠研究一致,在LGMD2A活检中观察到慢纤维的优先病理受累。因此,增强CaMKII诱导的基因的表达代表着LGMD2A/R1/D1的新靶标。激活这些慢基因的化合物可能对LGMD2A/R1/D1具有治疗潜力。为了鉴定这类化合物,使用具有稳定的Myl2启动子报道基因的C2C12细胞设计了高通量筛选。报道基因表达反映在C2C12分化期间内源性Myl2表达模式。使用这些细胞进行高通量筛选,以鉴定取代CAMKII信号传导阻断并治疗LGMD2A/R1/D1的药物。阳性命中在二次筛选中得到验证,并将在小鼠模型中测试。这些研究代表鉴定针对LGMD2A/R1/D1的药物的第一高通量筛选方法。
在某些实施方案中,方法包括施用有效量的至少一种第一化合物和有效量的至少一种第二化合物,其中所述第一化合物是具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,并且所述第二化合物选自由6-甲基-2-(苯基乙炔基)吡啶盐酸盐、(2’Z,3’E)-6-溴靛玉红-3′-肟、大豆苷元(Daidzein)、兰索拉唑、萘丁美酮(Nabumetone)、帕苯达唑(Parbendazole)、PD-98059、甲磺酸苯胺酯、非那吡啶、雷贝拉唑、卢卡地平(Rutaecarpine)、SB-204741、SB-206553盐酸盐水合物、SB-366791和SIB 1893组成的组。在一些方面,第一化合物是图1至图7、图18或图19中示出的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些方面,可以排除第二化合物中的一种或多种。第一化合物和第二化合物可以同时或分别施用。第二化合物的组合物和使用方法在Spencer等的PCT申请WO2017/208211中讨论,其公开内容以引用的方式并入本文。
某些实施方案涉及一种含有有效量的至少一种第一化合物和有效量的至少一种第二化合物的药物组合物,其中所述第一化合物是具有式I和/或式VII的化学结构的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物,并且所述第二化合物选自由6-甲基-2-(苯基乙炔基)吡啶盐酸盐、(2’Z,3’E)-6-溴靛玉红-3′-肟、大豆苷元、兰索拉唑、萘丁美酮、帕苯达唑、PD-98059、甲磺酸苯胺酯、非那吡啶、雷贝拉唑、卢卡地平、SB-204741、SB-206553盐酸盐水合物、SB-366791和SIB 1893组成的组。在一些方面,第一化合物是图1至图7、图18或图19中示出的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。在一些实施方案中,可以排除图1至图7、图18和图19中示出的化合物中的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66种或更多种(或可源自其中的任何范围)。在一些方面,可以排除第二化合物中的一种或多种。在一些方面,药物组合物可以含有药学上可接受的载剂。在一些方面,药物组合物可以含有药学上可接受的赋形剂。
基因表达的分析
如果基因在某一细胞类型中的表达水平比在参考细胞类型或在参考细胞类型的混合物中高至少2倍、5倍、10倍、100倍、1000倍或10000倍,则所述基因应当被理解为在所述细胞类型中特异性表达。参考细胞类型包括非患病组织细胞或患病组织细胞的异质群体。
在某些方面,表达水平的确定是在基因芯片如AffymetrixTM基因芯片上进行。在一些方面,表达水平的确定是通过RNA测序进行。在另一方面,表达水平的确定通过动态实时PCR进行。
表达模式也可以通过使用不同生物标志物的表达水平之间的一个或多个比率来比较。也可以采用其他合适的测量或指示符来评估不同表达模式之间的关系或差异。
可以使用各种方法将生物标志物的表达水平与参考表达水平进行比较。这些参考水平可以使用基于所有患者的参考的表达水平来确定。或者,它可以基于内部参考,诸如在所有细胞中表达的基因。在一些实施方案中,所述参考是在疾病细胞中以比任何生物标志物高的水平表达的基因。任何比较都可以使用待比较的表达水平之间的倍数变化或绝对差异来进行。在所述比较中可以使用一种或多种生物标志物。涵盖可以将1、2、3、4、5、6、7、8、9、10和/或11种(或可源自其中的任何范围)生物标志物彼此比较和/或与内部或外部的参考比较。本领域的普通技术人员将知道如何进行这类比较。
倍数增加或减小可以是至少或至多1-、2-、3-、4-、5-、6-、7-、8-、9-、10-、11-、12-、13-、14-、15-、16-、17-、18-、19-、20-、25-、30-、35-、40-、45-、50-、55-、60-、65-、70-、75-、80-、85-、90-、95-、100-倍或更多倍,或可源自其中的任何范围。或者,表达的差异可以表示为百分比减小或增加,诸如至少或至多20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、110%、120%、130%、140%、150%、160%、170%、180%、190%、200%、300%、400%、500%、600%、700%、800%、900%、1000%差异,或可源自其中的任何范围。
表达相对表达水平的其他方法是用标准化或相对的数字,诸如0.001、0.002、0.003、0.004、0.005、0.006、0.007、0.008、0.009、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、9.1、9.2、9.3、9.4、9.5、9.6、9.7、9.8、9.9、10.0或可源自其中的任何范围。在一些实施方案中,所述水平可以相对于非转移性对照或相对于转移性对照。
可以使用算法如加权投票程序来促进生物标志物水平的评价。此外,其他临床证据可以与基于生物标志物的测试组合以降低错误评价的风险。在一些实施方案中,可以考虑其他细胞遗传学评价。
来自患者的含有患病细胞的任何生物样品都可以用于评价本文讨论的任何生物标志物的表达模式。在一些实施方案中,使用来自肌肉的生物样品。样品的评价可以包括,但不必须包括,淘选(富集)肌细胞或分离肌细胞。
使用核酸测量基因表达
基于差异表达的基因产物的测试方法是本领域众所周知的。根据一个方面,生物标志物的差异表达模式可以通过测量患者细胞中这些基因的RNA转录物的水平或其表达受这些基因调节的基因的水平来确定。用于这个目的的合适方法包括但不限于RT-PCR、Northern印迹、原位杂交、Southern印迹、狭线印迹、核酸酶保护测定和寡核苷酸阵列。
在某些方面,从细胞分离的RNA可以在检测和/或定量之前扩增成cDNA或cRNA。分离的RNA可以是总RNA或mRNA。RNA扩增可以是特异性的或非特异性的。合适的扩增方法包括但不限于逆转录酶PCR、等温扩增、连接酶链反应和Qbeta复制酶。扩增的核酸产物可以通过与标记的探针杂交来检测和/或定量。在一些实施方案中,检测可以包括荧光共振能量转移(FRET)或一些其他种类的量子点。
用于生物标志物的扩增引物或杂交探针可以由基因序列制备或通过商业来源如Affymatrix获得。在某些实施方案中,基因序列与编码序列的至少8个连续核苷酸相同或互补。
适合制备用于检测其相应生物标志物的探针/引物的序列包括与本文所述的生物标志物基因的全部或部分相同或互补的那些,所述生物标志物基因诸如CaMKII、肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶。
使用长度为13至100个核苷酸,特别是17至100个核苷酸,或在一些方面长度高达1-2千碱基或更长的探针或引物,允许形成既稳定又具有选择性的双链体分子。可以使用在长度大于20个碱基的连续延伸上具有互补序列的分子来增加获得的杂交分子的稳定性和/或选择性。可以设计具有一个或多个具有20至30个核苷酸(或者如果需要甚至更长)的互补序列的用于杂交的核酸分子。这类片段可以例如通过经由化学手段直接合成片段或通过将选定序列引入用于重组生产的重组载体而容易地制备。
在一个实施方案中,每个探针/引物包含至少15个核苷酸。例如,每个探针可以包含至少或至多20、25、50、75、100、125、150、175、200、225、250、275、300、325、350、400个或更多个核苷酸(可源自其中的任何范围)。它们可以具有这些长度,并且具有与本文所述的基因相同或互补的序列。特别地,每个探针/引物具有相对高的序列复杂性,并且不具有任何横棱两可的残基(未确定的“n”个残基)。探针/引物可以在严格或高度严格的条件下与靶基因,包括其RNA转录物,杂交。在一些实施方案中,因为每种生物标志物具有多于一种人序列,所以涵盖探针和引物可以被设计成与这些序列中的每一种一起使用。例如,肌苷是经常用于探针或引物中以与多于一种序列杂交的核苷酸。涵盖探针或引物可以具有肌苷或其他设计实施方式,其适应对于特定生物标志物识别多于一种人序列。
对于需要高选择性的应用,通常期望采用相对高度严格的条件来形成杂交体。例如,相对低盐和/或高温条件,诸如在约50℃至约70℃的温度下由约0.02M至约0.10M NaCl提供的条件。这类高严格条件容许探针或引物与模板或靶链之间很少(如果有的话)的错配,并且将特别适合分离具体基因或检测具体mRNA转录物。通常理解通过添加增加量的甲酰胺可以使条件更严格。
在另一个实施方案中,基因的探针/引物选自与其他基因的序列显著不同的区域。这类区域可以通过对人基因组序列数据库如NCBI的Entrez数据库检查探针/引物序列来确定。一种适合所述目的的算法是BLAST算法。所述算法包括首先通过鉴定查询序列中长度为W的短字来鉴定高得分序列对(HSP),当与数据库序列中相同长度的字进行比对时,其匹配或满足一些正值阈值得分T。T被称为邻近字得分阈值。这些初始的邻近字命中(neighborhood word hit)充当用于起始搜索以发现含有它们的更长HSP的种子。然后沿着每个序列在两个方向上延伸字命中以增加累积比对得分。对于核苷酸序列,累积得分使用参数M(对于一对匹配残基的奖分;总是>0)和N(对于错配残基的罚分;总是<0)计算。BLAST算法参数W、T和X决定了比对的灵敏度和速度。如本领域的普通技术人员所理解的,可以针对不同目的调整这些参数。
在一个实施方案中,使用定量RT-PCR(诸如TaqMan、ABI)检测和比较样品中RNA转录物的水平。定量RT-PCR包括将RNA逆转录(RT)成cDNA,随后进行相对定量PCR(RT-PCR)。在PCR过程的线性部分中靶DNA的浓度与PCR开始前靶的起始浓度成比例。通过确定已完成相同循环次数且处于其线性范围内的PCR反应中靶DNA的PCR产物的浓度,可以确定原始DNA混合物中具体靶序列的相对浓度。如果DNA混合物是由从不同组织或细胞分离的RNA合成的cDNA,则对于相应组织或细胞,可以确定靶序列来源的具体mRNA的相对丰度。PCR产物的浓度和相对mRNA丰度之间的正比例性在PCR反应的线性范围部分中是真实的。曲线的平台部分中靶DNA的最终浓度由反应混合物中试剂的可利用性决定,并且与靶DNA的原始浓度无关。因此,当PCR反应在其曲线的线性部分中时,可以进行扩增的PCR产物的取样和定量。此外,可以将可扩增cDNA的相对浓度标准化至某一独立的标准,所述标准可以基于内部存在的RNA种类或外部引入的RNA种类。特定mRNA种类的丰度也可以相对于样品中所有mRNA种类的平均丰度来确定。
在一个实施方案中,PCR扩增利用一种或多种内部PCR标准。所述内标可以是细胞中丰富的管家基因,或者其可以具体地是GAPDH、GUSB和β-2微球蛋白。这些标准可以用于标准化表达水平,从而可以直接比较不同基因产物的表达水平。本领域的普通技术人员知道如何使用内标来标准化表达水平。
临床样品中固有的问题是它们具有可变的量和/或质量。如果RT-PCR作为相对定量RT-PCR用内标进行,则可以克服这个问题,其中所述内标是相似于或大于靶cDNA片段的可扩增cDNA片段,并且其中编码内标的mRNA的丰度比编码靶的mRNA的丰度高大约5-100倍。所述测定测量了相应mRNA种类的相对丰度,而不是绝对丰度。
在另一个实施方案中,相对定量RT-PCR使用外标协议。在所述协议中,PCR产物在其扩增曲线的线性部分取样。对于每个靶cDNA片段,可以凭经验确定最适用于取样的PCR循环次数。此外,可以将从各种样品分离的每个RNA群体的逆转录酶产物针对相等浓度的可扩增cDNA标准化。
核酸阵列也可以用于检测和比较细胞中生物标志物的差异表达模式。适合检测相应生物标志物的探针可以稳定地附着到固体基材上的已知离散区域。如本文所用,如果探针在杂交和随后的洗涤期间保持其相对于离散区域的位置,则探针“稳定地附着”到离散区域。核酸阵列的构建是本领域众所周知的。用于制备多核苷酸阵列的合适基材包括但不限于膜、薄膜、塑料和石英晶片。
核酸阵列可以包含至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200、250个或更多个不同的多核苷酸探针,其可以与不同的和/或相同的生物标志物杂交。可以在单个核酸阵列上使用针对相同基因的多个探针。核酸阵列中也可以包括针对其他疾病基因的探针。阵列上的探针密度可以在任何范围内。在一些实施方案中,所述密度可以是50、100、200、300、400、500个或更多个探针/cm2
具体地涵盖基于芯片的核酸技术,诸如Hacia等(1996)和Shoemaker等(1996)所述的那些。简短地讲,这些技术涉及用于快速且准确地分析大量基因的定量方法。通过用寡核苷酸标记基因或使用固定的探针阵列,可以采用芯片技术将靶分子分离为高密度阵列,并且基于杂交筛选这些分子(也参见,Pease等,1994;和Fodor等,1991)。涵盖可以结合关于诊断、预后和治疗方法评价一种或多种生物标志物的表达水平使用所述技术。
某些实施方案可以涉及使用阵列或由阵列产生的数据。数据可以容易地获得。此外,可以制备阵列以生成随后可以用于相关研究的数据。
阵列通常是指核酸分子(探针)的有序宏阵列或微阵列,所述核酸分子与多个mRNA分子或cDNA分子完全或几乎互补或相同,并且以空间上分离的组织方式定位在支撑材料上。宏阵列通常是其上已经点样探针的硝化纤维或尼龙的片材。微阵列更密集地定位核酸探针,使得多达10,000个核酸分子可以放入通常1至4平方厘米的区域。微阵列可以通过将核酸分子如基因、寡核苷酸等点样到基材上或在基材上原位制造寡核苷酸序列来制造。点状或制造的核酸分子可以以多达约30个或更多个,例如多达约100个或甚至1000个不相同的核酸分子/平方厘米的高密度矩阵模式应用。与基于硝化纤维的材料的过滤器阵列相反,微阵列通常使用涂覆的玻璃作为固体支撑物。通过具有互补核酸样品的有序阵列,可以追踪每个样品的位置并将其与原始样品联系起来。本领域技术人员已知多种不同的阵列装置,其中多种不同的核酸探针与固体支撑物的表面稳定结合。用于阵列的有用基材包括尼龙、玻璃和硅。这类阵列可以以许多不同的方式变化,包括平均探针长度、探针的序列或类型、探针和阵列表面之间的键合的性质如共价或非共价,等。除了探针检测表达水平之外,标记和筛选方法以及阵列在任何参数方面关于其效用都不受限制;因此,方法和组合物可以与多种不同类型的基因一起使用。
制备微阵列的代表性方法和设备已经描述在例如美国专利号5,143,854;5,202,231;5,242,974;5,288,644;5,324,633;5,384,261;5,405,783;5,412,087;5,424,186;5,429,807;5,432,049;5,436,327;5,445,934;5,468,613;5,470,710;5,472,672;5,492,806;5,525,464;5,503,980;5,510,270;5,525,464;5,527,681;5,529,756;5,532,128;5,545,531;5,547,839;5,554,501;5,556,752;5,561,071;5,571,639;5,580,726;5,580,732;5,593,839;5,599,695;5,599,672;5,610,287;5,624,711;5,631,134;5,639,603;5,654,413;5,658,734;5,661,028;5,665,547;5,667,972;5,695,940;5,700,637;5,744,305;5,800,992;5,807,522;5,830,645;5,837,196;5,871,928;5,847,219;5,876,932;5,919,626;6,004,755;6,087,102;6,368,799;6,383,749;6,617,112;6,638,717;6,720,138,以及WO 93/17126;WO 95/11995;WO 95/21265;WO 95/21944;WO 95/35505;WO 96/31622;WO 97/10365;WO 97/27317;WO 99/35505;WO 09923256;WO 09936760;WO 0138580;WO 0168255;WO 03020898;WO 03040410;WO 03053586;WO 03087297;WO 03091426;WO03100012;WO 04020085;WO 04027093;EP 373 203;EP 785 280;EP 799 897和UK 8 803000;其公开内容以引用的方式全部并入本文。
涵盖所述阵列可以是高密度阵列,使得其含有100个或更多个不同的探针。涵盖其可以含有1000、16,000、65,000、250,000或1,000,000个或更多个不同的探针。探针可以针对一种或多种不同生物体中的靶标。在一些实施方案中,寡核苷酸探针的长度范围是5至50、5至45、10至40或15至40个核苷酸。在某些实施方案中,寡核苷酸探针的长度是20至25个核苷酸。
阵列中每个不同探针序列的位置和序列通常是已知的。此外,大量的不同探针可以占据相对小的面积,提供具有通常大于约60、100、600、1000、5,000、10,000、40,000、100,000或400,000个不同寡核苷酸探针/cm2的探针密度的高密度阵列。阵列的表面积可以是约或小于约1、1.6、2、3、4、5、6、7、8、9或10cm2
此外,本领域的普通技术人员可以容易地分析使用阵列生成的数据。这类协议包括在WO 9743450;WO 03023058;WO 03022421;WO 03029485;WO 03067217;WO 03066906;WO03076928;WO 03093810;WO 03100448 A1中见到的信息,所有这些文献都具体地以引用的方式并入。
在一个实施方案中,使用核酸酶保护测定来定量源自组织样品的RNA。本领域技术人员已知有许多不同型式的核酸酶保护测定。这些核酸酶保护测定的共同特征是它们涉及反义核酸与待定量的RNA的杂交。然后用核酸酶消化所得的杂交双链分子,与双链分子相比,所述核酸酶更有效地消化单链核酸。消化后存活的反义核酸的量是待定量的靶RNA种类的量的量度。商业上可获得的核酸酶保护测定的实例是由Ambion,Inc.(Austin,Tex.)制造的RNase保护测定。
使用蛋白质和多肽的基因表达的测量
在其他实施方案中,生物标志物的差异表达模式可以通过测量细胞中由这些基因编码的多肽的水平来确定。适合所述目的方法包括但不限于免疫测定,诸如ELISA、RIA、FACS、斑点印迹、Western印迹、免疫组织化学和基于抗体的放射成像。进行这些免疫测定的协议是本领域众所周知的。也可以使用其他方法,诸如2-维SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳。这些工序可以用于识别由本文所述的生物标志物基因编码的任何多肽。
适合检测外周血样中靶蛋白水平的方法的一个实例是ELISA。在示例性ELISA中,将能够结合由一种或多种生物标志物基因编码的靶蛋白的抗体固定到展现出蛋白亲和性的选定表面上,诸如聚苯乙烯或聚氯乙烯微量滴定板中的孔。然后,将待测试的细胞样品添加到孔中。在结合和洗涤以去除非特异性结合的免疫复合物之后,可以检测一种或多种结合的抗原。检测可以通过添加对靶蛋白具有特异性并连接到可检测标记上的第二抗体来实现。检测还可以通过添加第二抗体,然后添加对所述第二抗体具有结合亲和性的第三抗体来实现,其中所述第三抗体连接到可检测标记。在添加到微量滴定板之前,可以使用本领域已知的各种方法裂解外周血样中的细胞。可以使用适当的提取工序将靶蛋白与潜在的干扰物质分离。
在另一个ELISA实施方案中,将含有靶蛋白的细胞样品固定到孔表面上,然后与抗体接触。在结合和洗涤以去除非特异性结合的免疫复合物之后,检测结合的抗原。当起始抗体连接到可检测标记时,可以直接检测免疫复合物。所述免疫复合物也可以使用对第一抗体具有结合亲和性的第二抗体来检测,其中所述第二抗体连接到可检测标记连接。
另一种典型的ELISA涉及在检测中使用抗体竞争。在这种ELISA中,靶蛋白固定在孔表面上。将标记的抗体添加到孔中,使其与靶蛋白结合,并且借助于其标记检测。然后通过在与包被孔一起孵育之前或期间将样品与标记的抗体混合来确定未知样品中靶蛋白的量。未知样品中靶蛋白的存在降低了可与孔结合的抗体的量,从而降低了最终信号。
不同的ELISA形式可以具有某些共同的特点,诸如包被、孵育或结合、洗涤以去除非特异性结合的种类以及检测结合的免疫复合物。例如,在用抗原或抗体包被板时,可以将板的孔与抗原或抗体的溶液一起孵育过夜或持续指定的小时数。然后洗涤板的孔以去除不完全吸附的材料。然后用对于测试样品而言抗原中性的非特异性蛋白质“包被”孔的任何剩余的可用表面。这些非特异性蛋白质的实例包括牛血清白蛋白(BSA)、酪蛋白和奶粉溶液。包被允许阻断固定表面上的非特异性吸附位点,并因此降低由抗血清非特异性结合到表面上引起的背景。
在ELISA中,还可以使用二次或三次检测手段。在蛋白质或抗体与孔结合、用非反应性材料包被以降低背景和洗涤以去除未结合的材料之后,在有效允许免疫复合物(抗原/抗体)形成的条件下,使固定表面与待测试的对照和/或临床或生物样品接触。这些条件可以包括,例如,用溶液如BSA、牛γ球蛋白(BGG)和磷酸盐缓冲盐水(PBS)/Tween稀释抗原和抗体,和将所述抗体和抗原在室温下孵育约1至4小时或在49℃下孵育过夜。随后免疫复合物的检测需要标记的二次结合配体或抗体,或二次结合配体或抗体连同标记的三次抗体或第三结合配体。
在ELISA中的所有孵育步骤之后,可以洗涤接触的表面以去除未复合的物质。例如,可以用溶液如PBS/Tween或硼酸盐缓冲液洗涤表面。在测试样品和最初结合的材料之间形成特异性免疫复合物且随后洗涤之后,可以确定免疫复合物的量的出现。
为了提供检测手段,第二或第三抗体可以具有相关的标记以允许检测。在一个实施方案中,标记是在用适当的生色底物孵育时产生显色的酶。因此,例如,可以在有利于进一步免疫复合物形成发展的条件下,使第一或第二免疫复合物与脲酶、葡萄糖氧化酶、碱性磷酸酶或过氧化氢酶缀合的抗体接触并孵育一段时间(例如,在室温下在含PBS的溶液如PBS-Tween中孵育2小时)。
在与标记的抗体一起孵育后,并且随后洗涤以去除未结合的物质,定量标记的量,例如,在过氧化物酶作为酶标记的情况下通过与显色底物如尿素和溴甲酚紫或2,2′-叠氮基-二-(3-乙基)-苯并噻唑啉-6-磺酸(ABTS)和过氧化氢一起孵育来定量。定量可以通过例加使用分光光度计测量颜色产生的程度来实现。
另一种合适的方法是RIA(放射免疫测定)。RIA的一个实例是基于放射性标记的多肽和未标记的多肽之间对结合有限量的抗体的竞争。合适的放射性标记包括但不限于I125。在一个实施方案中,将固定浓度的I125-标记的多肽与对所述多肽具有特异性的抗体的一系列稀释液一起孵育。当将未标记的多肽添加到系统中时,与抗体结合的I125-多肽的量减少。因此,可以构建标准曲线来表示作为未标记多肽的浓度的函数的抗体结合的I125-多肽的量。根据所述标准曲线,可以确定未知样品中多肽的浓度。进行RIA以测量细胞样品中的多肽水平的各种协议是本领域众所周知的。
合适的抗体包括但不限于多克隆抗体、单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、单链抗体、Fab片段和由Fab表达文库产生的片段。
抗体可以用一个或多个可检测部分标记以允许检测抗体-抗原复合物。可检测部分可以包括可通过光谱、酶、光化学、生物化学、生物电子、免疫化学、电学、光学或化学手段检测的组合物。可检测部分包括但不限于放射性同位素、化学发光化合物、标记的结合蛋白、重金属原子、光谱标志物如荧光标志物和染料、磁性标记、连接的酶、质谱标签、自旋标记、电子转移供体和受体等。
Pandey和Mann(2000)以及MacBeath和Schreiber(2000)中详细讨论了蛋白阵列技术,其各自以引用的方式具体地并入本文。这些阵列通常含有数千种不同的蛋白质或抗体,将这些蛋白质或抗体点样在载玻片上或固定在微孔中,并且允许一次性检查大量蛋白质的生物化学活性和结合概况。为了检测与这种阵列的蛋白质相互作用,将标记的蛋白质与固定在载玻片上的每种靶蛋白一起孵育,然后确定标记的分子结合这许多蛋白质中的哪一种。在某些实施方案中,这种技术可以用于定量样品中的许多蛋白质,诸如生物标志物蛋白质。
蛋白质芯片的基本结构与DNA芯片有一些相似性,诸如使用点有分子阵列的玻璃或塑料表面。这些分子可以是设计用于捕获蛋白质的DNA或抗体。将限定量的蛋白质固定在每个点上,同时保留蛋白质的一些活性。利用荧光标志物或揭示已捕获这些蛋白质的斑点的其他检测方法,蛋白质微阵列在高通量蛋白质组学和药物发现中被用作强有力的工具。
最早和最著名的蛋白质芯片是由Ciphergen Biosystems Inc.(Fremont,Calif.)生产的ProteinChip。所述ProteinChip基于表面增强的激光解吸和电离(SELDI)工艺。使用在芯片上进行的功能测定来分析已知的蛋白。例如,芯片表面可以含有酶、受体蛋白质或抗体,其使得研究人员能够进行蛋白质-蛋白质相互作用研究、配体结合研究或免疫测定。利用现有技术离子光学和激光光学技术,ProteinChip系统检测小于1000Da的小肽到高达300kDa的蛋白质,并且基于飞行时间(TOF)计算质量。
ProteinChip生物标志物系统是第一基于蛋白质生物芯片的系统,其使得能够进行生物标志物模式识别分析。所述系统允许研究人员通过研究来自一系列粗制临床样品(即,激光捕获显微解剖细胞、活检组织、组织、尿和血清)的蛋白质组来解决重要的临床问题。所述系统还利用生物标志物模式软件,所述软件使基于模式识别的统计分析方法自动化,以将来自临床样品的蛋白质表达模式与疾病表型相关联。
在其他方面,样品中多肽的水平可以通过检测与多肽相关的生物活性来确定。如果多肽的生物学功能/活性是已知的,则可以设计合适的体外生物测定来评价生物学功能/活性,从而确定样品中多肽的量。
II.药物组合物和施用方法
本文所述的组合物和方法可以涉及通过经由用于向患者引入疗法的任何途径向患者施用。这些途径包括但不限于静脉内、皮内、动脉内、腹膜内、病灶内、颅内、关节内、前列腺内、胸膜内、气管内、鼻内、鞘内、玻璃体内、阴道内、直肠内、局部、肿瘤内、肌内、腹膜内、眼内、皮下、结膜下、膀胱内、粘膜、心包内、脐内、眼内、口服、局部(topically)、局部(locally)、通过吸入、通过注射、通过输注、通过连续输注、通过局部灌注、经由导管、经由喷雾器或经由灌洗或其各种组合施用。在具体的实施方案中,所述组合物通过吸入施用到受试者。在特定的实施方案中,所述组合物作为气雾剂施用到受试者。施用途径的其他实例包括喷雾器。另外,所述组合物可以直接施用到受肌肉萎缩影响的区域,诸如局部施用到肌肉(或施用到肌肉之上的皮肤或组织)。
所述组合物可以配制成药学上可接受的组合物。在某些实施方案中,防腐剂和/或稳定剂包含在所述组合物中。
此外,在一些实施方案中,组合物可以含有约、至少约或至多约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10.0、10.5、11.0、11.5、12.0、12.5、13.0、13.5、14.0、14.5、15.0、15.5、16.0、16.5、17.0、17.5、18.0、18.5、19.0、19.5、20.0、21、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000ng、μg或mg(或可源自其中的任何范围)本公开的化合物,其可以以约,至少约或至最多约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、3.3、3.4、3.5、3.6、3.7、3.8、3.9、4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.0、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6.0、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.3、7.4、7.5、7.6、7.7、7.8、7.9、8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5、8.6、8.7、8.8、8.9、9.0、10、11、12、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000μl或ml(或可源自其中的任何范围)。或者,组合物可以具有至少约、至多约或约0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10.0、10.5、11.0、11.5、12.0、12.5、13.0、13.5、14.0、14.5、15.0、15.5、16.0、16.5、17.0、17.5、18.0、18.5、19.0、19.5、20.0、21、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000μM或mM(或可源自其中的任何范围)的化合物浓度。
此外,可以以一个或多个剂量向受试者施用与本公开的化合物/kg受试者体重一样多的量。例如,受试者可以以约1μg/kg至约1mg/kg范围内的量施用。在某些实施方案中,给予受试者的量是约、至少约或至多约1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10.0、10.5、11.0、11.5、12.0、12.5、13.0、13.5、14.0、14.5、15.0、15.5、16.0、16.5、17.0、17.5、18.0、18.5、19.0、19.5、20.0、21、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240、250、260、270、280、290、300、310、320、330、340、350、360、370、380、390、400、410、420、430、440、441、450、460、470、480、490、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、610、620、630、640、650、660、670、680、690、700、710、720、730、740、750、760、770、780、790、800、810、820、830、840、850、860、870、880、890、900、910、920、930、940、950、960、970、980、990或1000μg/kg或mg/kg或可源自其中的任何范围。这些量可以以每次施用为基础或以每日为基础(例如以μg/kg体重/天为基础)开处方。
这类量可以每日施用,尽管涵盖其他给药方案。涵盖组合物可以仅一次或多次施用。在某些实施方案中,组合物施用1、2、3、4、5、6次或更多次或可源自其中的任何范围。涵盖预防或治疗方案可以涉及在1、2、3、4、5、6和/或7天或1、2、3、4或5周和/或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11和/或12个月或可源自其中的任何范围内多次施用。此外,在经过一定时间后或当疾病或病况的症状变得明显或更严重时,可以重复任何这样的方案。
在某些方面,用于所述方法的组合物或剂如治疗化合物合适地包含在药学上可接受的载剂中。所述载剂是无毒的、生物相容的,并且选择为不会不利地影响剂的生物活性。在本公开的一些方面,所述剂可以配制成用于局部递送(即,递送至身体的具体位置,诸如骨骼肌或其他组织)或全身递送的制剂,所述制剂以固体、半固体、凝胶、液体或气体形式,诸如片剂、胶囊、粉剂、颗粒、软膏、溶液、储剂、吸入剂和注射剂,允许口服、肠胃外或外科施用。本公开的某些方面还涵盖通过涂覆医疗装置、局部施用等来局部施用组合物。
用于经由注射、输注或冲洗进行肠胃外递送以及局部递送的合适载剂包括蒸馏水、生理磷酸盐缓冲盐水、正常或乳酸盐林格氏溶液、葡萄糖溶液、汉克氏溶液或丙二醇。另外,可以采用无菌的固定油作为溶剂或悬浮介质。出于所述目的,可以采用任何生物相容性油,包括合成的单甘油酯或二甘油酯。另外,脂肪酸如油酸用于制备可注射剂。载剂和剂可以作为液体、混悬液、可聚合或不可聚合的凝胶、糊剂或油膏来配混。
载剂还可以包含递送媒介物以维持(即,延长、延迟或调节)一种或多种剂的递送或增强一种或多种治疗剂的递送、摄取、稳定性或药代动力学。作为非限制性实例,这种递送媒介物可以包括由蛋白质、脂质体、碳水化合物、合成有机化合物、无机化合物、聚合或共聚水凝胶和聚合胶束构成的微粒、微球、纳米球或纳米颗粒。
在某些方面,施用到患者或受试者的组合物的实际剂量可以通过物理和生理因素如体重、病况的严重程度、所治疗疾病的类型、先前或同时的治疗干预、患者的特发病以及施用途径确定。在任何情况下,负责施用的医师将确定组合物中一种或多种活性成分的浓度和用于个体受试者的一个或多个适当剂量。
在某些实施方案中,药物组合物可以包含例如至少约0.1%的活性剂,诸如分离的外来体、相关的脂质纳米囊泡或者装载有治疗剂或诊断剂的外来体或纳米囊泡。在其他实施方案中,活性剂可以占单元重量的约2%至约75%,或约25%至约60%,例如,以及可源自其中的任何范围。在其他非限制性实例中,剂量也可以包括每次施用约1微克/千克/体重、约5微克/千克/体重、约10微克/千克/体重、约50微克/千克/体重、约100微克/千克/体重、约200微克/千克/体重、约350微克/千克/体重、约500微克/千克/体重、约1毫克/千克/体重、约5毫克/千克/体重、约10毫克/千克/体重、约50毫克/千克/体重、约100毫克/千克/体重、约200毫克/千克/体重、约350毫克/千克/体重、约500毫克/千克/体重至约1000毫克/千克/体重或更多,以及可源自其中的任何范围。在可源自本文列出的数值的范围的非限制性实例中,可以施用约5微克/千克/体重至约100毫克/千克/体重、约5微克/千克/体重至约500毫克/千克/体重等的范围。
药物组合物的溶液可以在适当地混合有表面活性剂如羟丙基纤维素的水中制备。分散体还可以在甘油、液体聚乙二醇、其混合物中以及在油中制备。在普通的储存和使用条件下,这些制剂含有防腐剂以防止微生物的生长。
在某些方面,药物组合物有利地以作为液体溶液或混悬液的可注射组合物的形式施用;也可以制备适于在注射前溶解或悬浮在液体中的固体形式。这些制剂也可以被乳化。用于这个目的典型组合物包含药学上可接受的载剂。例如,所述组合物可以含有10mg或更少、25mg、50mg或高达约100mg人血清白蛋白/mi磷酸盐缓冲盐水。其他药学上可接受的载剂包括水溶液、无毒赋形剂,包括盐、防腐剂、缓冲剂等。
非水溶剂的实例是丙二醇、聚乙二醇、植物油和可注射的有机酯如油酸乙酯。水性载剂包括水、醇/水溶液、盐水溶液、肠胃外媒介物如氯化钠、林格氏葡萄糖等。静脉内媒介物包括流体和营养补充剂。防腐剂包括抗微生物剂、抗真菌剂、抗氧化剂、螯合剂和惰性气体。根据众所周知的参数调节药物组合物的pH和各种组分的确切浓度。
额外的制剂适合口服施用。口服制剂包括这样的典型赋形剂,例如药物级甘露糖醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、糖精钠、纤维素、碳酸镁等。所述组合物可以是溶液、混悬液、片剂、丸剂、胶囊、缓释制剂或粉剂的形式。
在另外的方面,药物组合物可以包括经典的药物制剂。根据某些方面的药物组合物的施用可以经由任何通用途径进行,只要靶组织可经由所述途径利用即可。这可以包括口服、鼻、颊、直肠、阴道或局部。或者,施用可以通过原位、皮内、皮下、肌内、腹膜内或静脉内注射进行。这样的组合物通常作为药学上可接受的组合物施用,其包含生理学上可接受的载剂、缓冲剂或其他赋形剂。对于肺部病况的治疗,可以使用气雾剂递送。气溶胶的体积在约0.01ml和0.5ml之间。
药物组合物的有效量基于预期目标确定。术语“单位剂量”或“剂量”是指适用于受试者的物理上离散的单位,每个单位含有预定量的药物组合物,计算所述预定量以产生与其施用,即适当的途径和治疗方案相关的上述所需响应。根据治疗次数和单位剂量两者施用的量取决于所需的保护或效果。
药物组合物的确切量还取决于医师的判断,并且对于每个个体是特定的。影响剂量的因素包括患者的身体和临床状态、施用途径、治疗的预期目标(例加,症状的缓解相对治愈)和特定治疗物质的效力、稳定性和毒性。
可以使用本公开的化合物和/或用于肌营养不良或肌肉萎缩或恶病质或肌病的其他传统治疗剂的各种组合。例如,第一治疗化合物或剂是“A”,且第二治疗化合物或剂是“B”,可以以如下非限制性方式组合和/或排除:
A/B/A B/A/B B/B/A A/A/B A/B/B B/A/A A/B/B/B B/A/B/B B/B/B/A B/B/A/BA/A/B/B A/B/MB A/B/B/A B/B/A/A B/A/B/A B/A/A/B A/A/A/B B/A/A/A A/B/A/A A/A/B/A。
考虑到疗法的毒性(如果有的话),对患者施用治疗化合物或剂将遵循施用这类化合物的一般协议。预期治疗周期将根据需要重复。还涵盖各种标准疗法以及外科手术干预可以与所述疗法组合应用。
在一些实施方案中,本公开的方法包括额外的治疗。在一些实施方案中,所述额外的治疗包含皮质类固醇。示例性皮质类固醇包括泼尼松(prednisone)、泼尼松龙(prednisolone)、倍氯米松(beclomethasone)、氟替卡松(fluticasone)、甲泼尼龙(methylprednisolone)、可的松(cortisone)、氢化可的松、曲安西龙(triamcinolone)、甲泼尼龙和地塞米松(dexamethasone)。在一些实施方案中,所述额外的治疗包括心脏药物,诸如血管紧张素转化酶(ACE)抑制剂或β阻断剂。示例性ACE抑制剂包括贝那普利(benazepril)、卡托普利(captopril)、依那普利(captopril)、福辛普利(fosinopril)、赖诺普利(Lisinopril)、莫昔普利(moexipril)、培哚普利(moexipril)、喹那普利(quinapril)、雷米普利(ramipril)和群多普利(trandolapril)。示例性β阻断剂包括盐酸醋丁洛尔(acebutolol hydrochloride)、阿替洛尔(atenolol)、盐酸倍他洛尔(betaxololhydrochloride)、富马酸比索洛尔(bisoprolol fumarate)、盐酸卡替洛尔(carteololhydroc hloride)、盐酸艾司洛尔(esmolol hydrochloride)、美托洛尔(metoprolol)、硫酸喷布洛尔(penbutolol sulfate)、纳多洛尔(nadolol)、奈必洛尔(nebi volol)、吲哚洛尔(pindolol)、普萘洛尔(propranolol)、马来酸噻吗洛尔(timolol maleate)、盐酸索他洛尔(sotalol hydrochloride)、卡维地洛尔(carvedilol)和盐酸拉贝洛尔(labetalolhydrochloride)。
在一些实施方案中,所述额外的治疗性治疗包括运动,低冲击运动,理疗,物理辅助,诸如轮椅、腿支架或拐杖,和/或职业疗法。在一些实施方案中,额外的治疗性治疗包括肌酸补充。
III.化学定义
与这类化合物相关的各种化学定义提供如下。
如本文所用,术语“水溶性”是指化合物在水中至少溶解到0.010摩尔/升的程度,或者根据文献优先分类为可溶的。
如本文所用,术语“硝基”是指-NO2;术语“卤素”表示-F、-Cl、-Br或-I;术语“巯基”是指-SH;术语“氰基”是指-CN;术语“叠氮基”是指-N3;术语“甲硅烷基”是指-SiH3,且术语“羟基”是指-OH。
除非另有说明,否则术语“烷基”本身或作为另一取代基的一部分,是指直链(即非支链)或支链碳链,其可以是完全饱和的、单不饱和的或多不饱和的。不饱和烷基是具有一个或多个双键或三键的烷基。饱和烷基包括具有一个或多个碳-碳双键的那些(烯基)和具有一个或多个碳-碳三键的那些(炔基)。基团-CH3(Me)、-CH2CH3(Et)、-CH2CH2CH3(n-Pr)、-CH(CH3)2(iso-Pr)、-CH2CH2CH2CH3(n-Bu)、-CH(CH2)CH2CH3(仲丁基)、-CH2CH(CH3)2(异丁基)、-C(CH3)3(叔丁基)、-CH2C(CH3)3(新戊基)都是烷基的非限制性实例。
除非另有说明,否则术语“杂烷基”本身或与另一术语组合,是指具有至少一个碳原子和至少一个选自由O、N、S、P和Si组成的组的杂原子的直链或支链。在某些实施方案中,所述杂原子选自由O和N组成的组。所述一个或多个杂原子可以位于杂烷基的任何内部位置或烷基与分子的其余部分连接的位置。最多两个杂原子可以是连续的。以下基团都是杂烷基的非限制性实例:三氟甲基、-CH2F、-CH2Cl、-CH2Br、-CH2OH、-CH2OCH3、-CH2OCH2CF3、-CH2OC(O)CH3、-CH2NH2、-CH2NHCH3、-CH2N(CH3)2、-CH2CHxCl、-CH2CH2OH、CH2CH2OC(O)CH3、-CH2CH2NHCO2C(CH3)3和-CH2Si(CH3)3
术语“环烷基”和“杂环基”本身或与其他术语组合分别是指“烷基”和“杂烷基”的环状型式。另外,对于杂环基,杂原子可以占据杂环与分子的其余部分连接的位置。
术语“芳基”是指多不饱和的芳族烃取代基。芳基可以是单环的或多环的(例如,稠合在一起或共价连接的2至3个环)。术语“杂芳基”是指含有一至四个选自N、O和S的杂原子的芳基。杂芳基可以通过碳或杂原子连接到分子的其余部分。芳基和杂芳基的非限制性实例包括苯基、1-萘基、2-萘基、4-联苯基、1-吡咯基、2-吡咯基、3-吡咯基、3-吡唑基、2-咪唑基、4-咪唑基、吡嗪基、2-噁唑基、4-噁唑基、2-苯基-4-噁唑基、5-噁唑基、3-异噁唑基、4-异噁唑基、5-异噁唑基、2-噻唑基、4-噻唑基、5-噻唑基、2-呋喃基、3-呋喃基、2-噻吩基、3-噻吩基、2-吡啶基、3-吡啶基、4-吡啶基、2-嘧啶基、4-嘧啶基、5-苯并噻唑基、嘌呤基、2-苯并咪唑基、5-吲哚基、1-异喹啉基、5-异喹啉基、2-喹喔啉基、5-喹喔啉基、3-喹啉基和6-喹啉基。上述芳基和杂芳基环系统中的每一个的取代基选自下述可接受的取代基的组。
本文中描述的各种基团是取代的或未取代的(即,任选取代的)。任选取代的基团可以包括一个或多个取代基,所述取代基独立地选自:卤素、硝基、氰基、羟基、氨基、巯基、甲酰基、羧基、氧代基、氨基甲酰基、取代或未取代的烷基、取代或未取代的杂烷基、烷氧基、烷硫基、烷基氨基、(烷基)2氨基、烷基亚磺酰基、烷基磺酰基、芳基磺酰基、取代或未取代的环烷基、取代或未取代的杂环基、取代或未取代的芳基和取代或未取代的杂芳基。在某些方面,任选的取代基可以进一步被一个或多个独立地选自以下的取代基取代:卤素、硝基、氰基、羟基、氨基、巯基、甲酰基、羧基、氨基甲酰基、未取代的烷基、未取代的杂烷基、烷氧基、烷硫基、烷基氨基、(烷基)2氨基、烷基亚磺酰基、烷基磺酰基、芳基磺酰基、未取代的环烷基、未取代的杂环基、未取代的芳基或未取代的杂芳基。示例性的任选取代基包括但不限于:-OH、氧代基(=O)、-Cl、-F、Br、C1-4烷基、苯基、苄基、-NH2、-NH(C1-4烷基)、-N(C1-4烷基)2、-NO2、-S(C1-4烷基)、-SO2(C1-4烷基)、-CO2(C1-4烷基)和-O(C1-4烷基)。
术语“烷氧基”是指具有结构-OR′的基团,其中R′是任选取代的烷基或环烷基。术语“杂烷氧基”相似地指具有结构-OR的基团,其中R是杂烷基或杂环基。
术语“氨基”是指具有结构-NR′R”的基团,其中R′和R”独立地是氢或任选取代的烷基、杂烷基、环烷基或杂环基。术语“氨基”包括伯胺、仲胺和叔胺。
如本文所用的术语“氧代基”是指与碳原子双键键结的氧。
如本文所用的术语“烷基磺酰基”是指具有式-S(O2)-R’的部分,其中R’是烷基。R′可以具有指定数目的碳原子(例如“C1-4烷基磺酰基”)
如本文所用的术语“药学上可接受的盐”是指对活生物体基本无毒的本发明化合物的盐。典型的药学上可接受的盐包括通过本发明化合物与无机或有机酸或有机碱反应制备的盐,这取决于本发明化合物上存在的取代基。
可以用于制备药学上可接受的盐的无机酸的非限制性实例包括:盐酸、磷酸、硫酸、氢溴酸、氢碘酸、亚磷酸等。可以用于制备药学上可接受的盐的有机酸的实例包括:脂族单羧酸和二羧酸,诸如草酸、碳酸、柠檬酸、琥珀酸、苯基-杂原子-取代的链烷酸、脂族和芳族硫酸等。因此,由无机或有机酸制备的药学上可接受的盐包括盐酸盐、氢溴酸盐、硝酸盐、硫酸盐、焦硫酸盐、硫酸氢盐、亚硫酸盐、硫酸氢盐、磷酸盐、磷酸氢盐、磷酸二氢盐、偏磷酸盐、焦磷酸盐、氢碘酸盐、氢氟酸盐、乙酸盐、丙酸盐、甲酸盐、草酸盐、柠檬酸盐、乳酸盐、对甲苯磺酸盐、甲磺酸盐、马来酸盐等。
合适的药学上可接受的盐也可以通过使本发明的剂与有机碱如甲胺、乙胺、乙醇胺、赖氨酸、鸟氨酸等反应来形成。药学上可接受的盐包括在本发明的一些化合物上见到的羧酸或磺酸基团与无机阳离子如钠、钾、铵或钙,或有机阳离子如异丙基铵、三甲基铵、四甲基铵和咪唑鎓之间形成的盐。
应当认识到,形成本发明的任何盐的一部分的特定阴离子或阳离子不是关键性的,只要所述盐作为整体在药理学上可接受即可。
药学上可接受的盐的额外实例及其制备和使用方法在Handbook ofPharmaceutical Salts:Properties,Selection and Use(2002)中给出,其以引用的方式并入本文。
化合物的“异构体”是单独的化合物,其中每个分子含有与化合物相同的组成原子,但其中那些原子的三维构型不同。除非另外指明,否则本文所述的化合物也涵盖其异构体。
IV.实施例
包括以下实施例以说明本发明的优选实施方案。本领域技术人员应当理解,在实施例中公开的技术代表本发明人发现的在本发明的实践中作用良好的技术,因此可以认为构成其实践的优选模式。然而,根据本公开,本领域的普通技术人员应当理解,在不脱离本发明的精神和范围的情况下,可以对所公开的具体实施方案进行许多改变并且仍然获得相同或相似的结果。
实施例1
运动不会诱导C3KO肌肉中恰当的肌原纤维基因表达。肢带型肌营养不良2A/R1/D1型(LGMD2A/R1/D1)是由编码非溶酶体半胱氨酸蛋白酶钙蛋白酶3(CAPN3)的基因突变引起的。来自缺乏CAPN3的患者和小鼠的肌肉具有大大减小的肌肉体积;然而,与肌营养不良病变不同,它们的肌纤维膜是稳定的,表明LGMD2A的致病机制与肌营养不良病变不同。CAPN3定位到几个亚细胞区室,包括三单元组,其中它被钙调蛋白激活并且在钙释放中起尚不明确的作用。本发明人的先前研究已经表明来自CAPN3敲除(C3KO)小鼠的肌肉在一次萎缩后不生长。伴随地,Ca-钙调蛋白激酶II(CaMKII)信号传导受到损害。尽管接受运动训练的WT小鼠的肌肉增加了几种慢基因如Myl2、Mybph和Ckmt2的表达,但C3KO小鼠的肌肉没有展现出这些对运动的适应性变化。相似地,在C3KO小鼠中,肌原纤维、细胞骨架、线粒体和脂质代谢基因也被钝化。与小鼠研究一致,在LGMD2A活检中观察到慢纤维的优先病理受累。图8显示由运动诱导并激活基因转录的信号传导路径。图9显示,在肢带型肌营养不良2A型中,CAPN3不存在,导致CAMK信号传导降低和下游基因转录钝化。RT-PCR验证在跖肌中的肌节相关蛋白(Myl2-调节肌球蛋白轻链2,心脏,慢;Ckmt2-线粒体肌酸激酶;Myom3-肌间蛋白3;Myol8b-肌球蛋白18b)的基因表达水平。相对于久坐(sed)对照绘制运动(run)组的表达水平(图10)。qPCR验证RNaseq数据集中的基因。Myl2、Ckmt2和Lpl都是CAMKIIβ的下游靶标
实施例2
AMBMP取代CAMKII信号传导阻断并治疗LGMD2A。增强CaMKII诱导的基因的表达代表着LGMD2A的新靶标。激活这些慢基因的化合物可能对LGMD2A/R1/D1具有治疗潜力。此外,这些研究鉴定了参与正常肌肉重塑的路径,例如,促进萎缩后生长和促进氧化代谢。作用于所述路径的药物可以有益于许多类型的肌肉病况,诸如癌症恶病质、由于衰老和长期卧床休息引起的少肌症。如WO2017/208211中所讨论的,先前的研究已经鉴定AMBMP(式VI)为取代CAMKII信号传导阻断并治疗LGMD2A的药物。
图11显示AMBMP导致慢肌纤维直径增加。在对于纤维类型染色后在肌肉横截面中测量的平均横截面积(CSA)。两种纤维类型都显示出增加,但只有慢纤维的横截面积显著增加。A)腹膜内注射AMBMP盐酸盐(7.5mg/kg/天)持续14天的C3KO小鼠。B)通过皮下(subQ)注射用AMBMP盐酸盐(7.5mg/kg/天)治疗14天的C3KO小鼠。腹膜内注射AMBMP盐酸盐(7.5mg/kg/天)持续14天的C3KO小鼠与对照(未用AMBMP治疗的小鼠)相比显示(C)线粒体功能改善。*p<0.05.柱=SD。
如图12中显示,用AMBMP盐酸盐治疗(腹膜内注射)2周的C3KO小鼠显示线粒体含量以剂量依赖的方式增加。对一组C3KO小鼠腹膜内注射AMBMP盐酸盐(7.5mg/kg/天)持续14天,对另一组C3KO小鼠腹膜内注射AMBMP盐酸盐(15mg/kg/天)持续14天,并且对照组C3KO小鼠未用AMBMP治疗。具有高线粒体含量和中等线粒体含量的总纤维的百分比随AMBMP治疗以剂量依赖的方式增加,并且具有低线粒体含量的总纤维的百分比随AMBMP治疗以剂量依赖的方式减小(图12A)。图12B显示对于NADH染色的肌肉的切片(较深的染色等同于较高的氧化能力)。定量来自AMBMP治疗的小鼠(7.5mg/kg或15mg/kg,2周(wks))的跖肌上的NADH染色显示为FOG:FG纤维比。*p<0.05。AMBMP治疗以剂量依赖的方式增加线粒体含量。
如图13中显示,AMBMP治疗导致运动性能改善。小鼠在接受治疗的同时接受3周的耐力训练。比较运动状况前后的运动表现。野生型(WT)小鼠未用AMBMP治疗。WT型小鼠显示训练效果。一组C3KO小鼠未用AMBMP治疗,并且未显示训练效果。对另一组C3KO小鼠腹膜内注射AMBMP盐酸盐(7.5mg/kg/天)持续14天,并且显示训练效果。
如图14中显示,用AMBMP治疗的C3KO小鼠具有标准化CaMKIIβ活性,但AKT或AMPK信号传导不受影响。腹膜内注射7.5mg/kg/天的AMBMP盐酸盐持续2周的C3KO小鼠和WT小鼠显示比相应未治疗对照增加的CaMKIIβ活性(图14A)。腹膜内注射7.5mg/kg/天的AMBMP盐酸盐持续2周的C3KO小鼠显示比未治疗对照增加的CaMKIIβ活性,而不影响AKT或AMPK信号传导(图14B)。
图15显示AMBMP转变Capn3-/-肌肉中慢纤维的百分比。A)在来自每日用AMBMP以30mg/kg subQ治疗持续2周的不典型远端肌病小鼠的比目鱼肌中的慢肌球蛋白重链阳性纤维%的统计学显著转变;B)每日用AMBMP以7.5mg/kg治疗持续2周的对于慢肌球蛋白染色的不典型远端肌病肌肉的横截面。
实施例3
AMBMP类似物1-6、17、18和25的生物活性数据。AMBMP类似物1-6、17、18和25对C2C12细胞中内源性肌球蛋白轻链-2(Myl2)表达的剂量依赖性效应显示在图16A中。
2.5μM AMBMP类似物1-6、8、17、21、25、38、39和40对C2C12细胞中Myl2相对于GAPDH(管家对照基因)表达的影响显示在表1中。Myl2是CaMKIIβ活性的标志物。
表1:在C2C12细胞中的Myl2表达
Figure BDA0003342716760000711
体内测试AMBMP类似物3诱导CaMKIIβ激活和Myl2基因表达的能力。对小鼠腹膜内注射10mg/kg的AMBMP类似物3。在注射后2、4和6小时收集骨骼肌。将注射了DMSO的小鼠用作对照组。图16B显示小鼠骨骼肌中的CaMKIIβ激活,如通过使用抗磷酸CaMKIIβ抗体通过Western印迹评估的磷酸-CaMKIIβ(P-CaMKII或P-CaMK)表达所示。图16C显示对于凝胶负荷标准化的P-CaMK的水平。图16D显示通过RT-PCR评估并标准化至作为管家对照基因的GAPDH的跖肌中的Myl2表达(每个柱是一只小鼠)。
在C2C12生肌细胞中测试AMBMP类似物40诱导Myl2表达的能力。将C2C12细胞用AMBMP或AMBMP类似物40处理48小时(浓度在图中显示);将DMSO用作阴性对照。Myl2的表达通过RT-PCR评估,并且标准化至作为管家对照基因的GAPDH。如图16E中所示,类似物40诱导Myl2表达增加2.5-2.9倍。与AMBMP相比,类似物40也能更好地被细胞耐受(数据未示出)。
实施例4
AMBMP类似物的合成。AMBMP类似物按照一般方案I、II、III和/或IV的一个或多个步骤合成(图17)。
AMBMP类似物3(图1C)
方法1:根据方案I合成AMBMP类似物3
使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使反应产物在柱中在Pd(PPh3)4存在下进一步与等量的(3-羟基苯基)硼酸反应。获得的产物使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95∶5→80∶20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供AMBMP类似物3。AMBMP类似物3具有2.47的log P产物通过核磁共振光谱(NMR)表征。
方法2:根据方案IV合成AMBMP类似物3
将N4-(苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲基)-6-氯嘧啶-2,4-二胺(500mg,1.79mmol,1.0当量)、((3-羟基苯基)硼酸(493.80mg,3.58mmol,2.0当量)、碳酸钠(758.89mg,7.16mmol,4.0当量)和四(三苯基膦)-钯(0)(1034.25mg,0.90mmol,0.5当量)添加到125mL玻璃压力容器中并悬浮于25mL甲苯-乙醇(2∶1)中。在氮气下在110℃下搅拌反应混合物72小时。冷却后,将粗产物通过硅藻土过滤,并且收集滤液并减压浓缩。然后将浓缩物用NaHCO3洗涤并用乙酸乙酯(4×30mL)萃取。收集有机层,用Na2SO4干燥,然后通过快速色谱法使用DCM和甲醇的梯度方法纯化。将含有产物的级分合并且减压浓缩,产生最终产物3-(2-氨基-6-((苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲基)氨基)嘧啶-4-基)苯酚(白色粉末,50mg,8.3%产率)。
Figure BDA0003342716760000731
AMBMP类似物4(图1D)
根据方案I合成AMBMP类似物4。使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使反应产物在柱中在Pd(PPh3)4存在下进一步与等量的(3-(乙氧基)苯基)硼酸反应。获得的产物使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95∶5→80∶20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供AMBMP类似物4,产率为60%。产物通过NMR表征。
或者,根据方案IV合成AMBMP类似物4。
Figure BDA0003342716760000732
AMBMP 类似物5(图1E)
根据方案I合成AMBMP类似物5。使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使反应产物在柱中在Pd(PPh3)4存在下进一步与等量的(3-(丙氧基)苯基)硼酸反应。获得的产物使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95∶5→80∶20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供AMBMP类似物5,产率为48%。产物通过NMR表征。
或者,根据方案IV合成AMBMP类似物5。
Figure BDA0003342716760000741
AMBMP 类似物6(图1E)
根据方案I合成AMBMP类似物6。使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使反应产物在柱中在Pd(PPh3)4存在下进一步与等量的(3-(叔丁基)苯基)硼酸反应。获得的产物使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95∶5→80∶20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供AMBMP类似物6,产率为15%。产物通过NMR表征。
或者,根据方案IV合成AMBMP类似物6。
Figure BDA0003342716760000742
AMBMP类似物7(图1G)
根据方案III合成AMBMP类似物7。使用PPh3和偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)使AMBMP类似物3与等量的2-甲氧基乙-1-醇反应以获得AMBMP类似物7。AMBMP类似物7具有2.90的LogP
AMBMP类似物8(图1H)
根据方案III合成AMBMP类似物8。使用PPh3和偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)使AMBMP类似物3与等量的3-[2-(2-甲氧基乙氧基)乙氧基]丙-1-醇反应以获得AMBMP类似物8。AMBMP类似物8具有2.86的Log P
或者,AMBMP类似物8作为
Figure BDA0003342716760000751
合成。
AMBMP类似物9(图1I)
根据方案III合成AMBMP类似物9。使用PPh3和偶氮二甲酸二乙酯(DEAD)使AMBMP类似物3与等量的2-(2-氨基乙氧基)乙-1-醇反应以获得AMBMP类似物9。AMBMP类似物9具有1.70的Log P
AMBMP类似物17(图1Q)
根据方案I合成AMBMP类似物17。使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使反应产物在柱中在Pd(PPh3)4存在下进一步与等量的(4-(三氟甲氧基)苯基)硼酸反应。获得的产物使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95∶5→80∶20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供AMBMP类似物17,产率为48%。产物通过MR和质谱(MS)表征。
或者,根据方案IV合成AMBMP类似物6。
Figure BDA0003342716760000761
AMBMP类似物18(图1R)
在15毫升玻璃压力管中装入200mg(0.72mmol)4,6-二氯嘧啶-2-胺,且使4,6-二氯嘧啶-2-胺与等量的苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲胺在叔丁醇中反应。使获得的产物与217mg(1.43mmo1)(4-甲氧基苯基)硼酸、305mg(2.88mmol)Na2CO3、416mg(0.36mmo1)Pd(PPh3)4反应,并在氮气下悬浮于10mL ACN-H2O(1∶1)中。将反应混合物在140℃下搅拌48小时,然后冷却至室温。将混合物通过短的二氧化硅塞过滤,并用EtOAc洗涤。将获得的粗物质用NaHCO3洗涤并用EtOAc(2×10mL)萃取。将合并的有机相干燥(MgSO4),然后使用硅胶色谱法在Combiflash Rf 200上通过采用己烷-EtOAc步骤梯度(95:5→80:20)在30分钟内纯化。将对应于产物峰的级分合并,并且使用旋转蒸发仪浓缩,提供151mg AMBMP类似物18,产率为60%。产物通过NMR和MS表征。
AMBMP类似物40(图1W)
根据方案IV合成AMBMP类似物40。将N4-(苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲基)-6-氯嘧啶-2,4-二胺(100mg,0.36mmol,1.0当量)、(3-羟基-5-甲氧基苯基)硼酸(120.81mg,0.72mmol,2.0当量)、碳酸钠(152.46mg,1.44mmol,4.0当量)和四(三苯基膦)-钯(0)(207.78mg,0.18mmol,0.5当量)添加到15mL玻璃压力容器中并悬浮于5mL甲苯-乙醇(2∶1)中。在氮气下在110℃下搅拌反应混合物72小时。冷却后,将粗产物通过硅藻土过滤,并且收集滤液并减压浓缩。然后将浓缩物用NaHCO3洗涤并用乙酸乙酯(4×30mL)萃取。收集有机层,用Na2SO4干燥,然后通过快速色谱法使用己烷和乙酸乙酯的梯度方法纯化。将含有产物的级分合并且减压浓缩,产生最终产物3-(2-氨基-6-((苯并[d][1,3]二氧杂环戊烯-5-基甲基)氨基)嘧啶-4-基)-5-甲氧基苯酚(淡黄色粉末,38.21mg,28.8%产率)。
Figure BDA0003342716760000771
根据本公开,本文公开和要求保护的所有方法都可以在没有过度实验的情况下进行和执行。虽然已经关于优选的实施方案描述了本发明的组合物和方法,但是对于本领域技术人员显而易见的是,在不背离本发明的概念、精神和范围的情况下,可以对本文所述的方法和所述方法的步骤或步骤顺序进行改变。更具体地,显而易见的是,某些化学和生理学两者相关的剂可以代替本文所述的剂,而将获得相同或相似的结果。所有这些对本领域技术人员显而易见的相似替代和修改都被认为在所附权利要求所限定的本发明的精神、范围和概念内。

Claims (32)

1.一种化合物,其具有式VII的化学结构
Figure FDA0003384360550000011
其中R1和R2独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R16和R17独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R16和R17连接以形成4-至8-元环烷基或杂环;R18各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基;R19各自独立地是烷基、取代的烷基、杂烷基、环烷基、芳基或杂芳基;h是0、1、2、3或4;k是1、2、3、4或5,
其中式VII不是式VI,
Figure FDA0003384360550000012
2.如权利要求1所述的化合物,其具有式I的化学结构
Figure FDA0003384360550000021
其中R1和R2独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R1和R2连接以形成4-至6-元杂环;R3和R4独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R3和R4是形成5-元杂环的键,或R3和R4连接以形成6-元杂环;R5和R6独立地选自H、烷基、取代的烷基、芳基,或R5和R6是形成5-元杂环的键,或R5和R6连接以形成6-元杂环;且X是具有式II、式III、式IV或式V的化学结构的基团,
Figure FDA0003384360550000022
其中Z是H、烷基、取代的烷基、芳基、OR7或NR8R9;其中R7是H、烷基、卤烷基、取代的烷基或芳基;R8和R9独立地是H、烷基、取代的烷基、芳基,或R8和R9连接以形成4-至6-元杂环,
其中J1选自H、烷基或OR10;其中R10是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R11,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R11是OH、NH2或烷氧基,
其中J2选自H、烷基或OR12;其中R12是H、烷基、卤烷基、取代的烷基、芳基或((CH2)nO)pCH2CH2R13,其中n是1、2或3;p是0、1、2、3、4、5、6、7、8、9或10;且R13是OH、NH2或烷氧基,
Figure FDA0003384360550000031
其中M是O、NH或CH2
Figure FDA0003384360550000032
其中R14是H或烷氧基,且R15是H或烷氧基。
3.如权利要求2所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,且X是式II。
4.如权利要求2所述的化合物,其中R1是H,R2是H,R3是H,R4是H,R5和R6是形成5-元杂环的键,X是式II,Z是H,J2是H,且J1是OR10
5.如权利要求4所述的化合物,其中R10是H、CF3、CH2CH3、CH(CH3)2、CH2CH2CH3、CH2CH2OCH3、CH2CH2OCH2CH2NH2、CH2CH2OCH2CH2OCH2CH2OCH3、CH2NH2、CH2CH2NH2或CH2CONH2
6.如权利要求1所述的化合物,其中所述化合物是AMBMP类似物1、2、3、4、5、6、8、17、21、25、38、39或40。
7.一种组合物,其包含如权利要求1至6中任一项所述的化合物,其还包含药学上可接受的载剂。
8.一种治疗受试者的肌营养不良的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
9.如权利要求8所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良。
10.如权利要求8所述的方法,其中所述类型的肌营养不良是肢带型肌营养不良2A型。
11.一种治疗受试者的肌肉萎缩的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
12.如权利要求11所述的方法,其中所述受试者已经被确定为患有肌肉萎缩或处于肌肉萎缩的风险中。
13.如权利要求11至12中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被测试肌肉萎缩或引起肌肉萎缩或与肌肉萎缩相关的疾病。
14.如权利要求11至13中任一项所述的方法,其中所述受试者先前已经用一种或多种针对肌肉萎缩的疗法治疗。
15.如权利要求14所述的方法,其中所述针对肌肉萎缩的疗法中的一种或多种是处方化学治疗。
16.一种治疗受试者的恶病质或少肌症的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
17.如权利要求16所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有癌症。
18.如权利要求16或17所述的方法,其中所述受试者已经被开出卧床休息的处方。
19.如权利要求16至18中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被诊断为患有年龄相关性少肌症。
20.一种增加受试者的肌肉量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
21.一种增加受试者的肌力的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
22.一种改善受试者的肌肉功能的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
23.一种减少受试者的退化中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
24.一种增加受试者的再生中的肌纤维的数量的方法,所述方法包括向所述受试者施用有1效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
25.一种增加受试者的至少一种选自由肌球蛋白轻链-2、肌球蛋白-XVIIIb、肌间蛋白3、脂蛋白脂肪酶、含Patatin样磷脂酶结构域2和肌小节型线粒体肌酸激酶组成的组的基因的表达的方法,所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求1至6中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
26.如权利要求8至25中任一项所述的方法,其中所述受试者在钙蛋白酶3基因中具有突变。
27.如权利要求8至26中任一项所述的方法,其中所述受试者已经被确定为CaMKII缺乏。
28.如权利要求8至27中任一项所述的方法,其中所述方法还包括确定CaMKII的表达或活性的水平。
29.如权利要求8至28中任一项所述的方法,其中所述化合物经口、肠胃外、皮下、腹膜内或肌内施用。
30.如权利要求8至29中任一项所述的方法,其中所述组合物经局部施用。
31.如权利要求30所述的方法,其中将所述化合物施用到肌肉组织。
32.如权利要求8至31中任一项所述的方法,其中所述受试者是人。
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