CN113423824A

CN113423824A - 用于细菌递送媒介物中的嵌合受体结合蛋白

Info

Publication number: CN113423824A
Application number: CN201980090328.8A
Authority: CN
Inventors: J·费南德斯-罗德里格斯
Original assignee: Erig Biotechnology Co ltd
Current assignee: Erig Biotechnology Co ltd; Eligo Bioscience
Priority date: 2018-11-27
Filing date: 2019-11-26
Publication date: 2021-09-21
Also published as: WO2020109339A1; US20200190147A1; KR20210100119A; US20200277337A1; US11236133B2; EP3887511A1; JP2022513141A; US20220112247A1; CA3120615A1; US11512116B2; US20230279058A1; US11661443B2; IL283089A; EP4374923A2

Abstract

本公开内容总体上涉及用于将所需有效载荷有效转移到靶细菌细胞内的细菌递送媒介物。更具体而言，本公开内容涉及基于嵌合受体结合蛋白(RBP)的存在而具有所需宿主范围的细菌递送媒介物，所述嵌合受体结合蛋白(RBP)由衍生自λ样细菌噬菌体的RBP的N末端区域与不同RBP的C末端区域之间的融合物组成。

Description

用于细菌递送媒介物中的嵌合受体结合蛋白

技术领域

本公开内容总体上涉及用于将所需有效载荷(payload)有效转移到靶细菌细胞内的细菌递送媒介物。

背景技术

细菌噬菌体是感染细菌并在细菌中繁殖的寄生虫。一般而言，感染过程可以分为几个阶段：(i)对应于识别且结合细菌细胞的吸附；(ii)将DNA基因组注入细菌细胞质内；(iii)产生一组病毒蛋白，其可以导致插入宿主靶基因组中(溶原性噬菌体)或产生感染性颗粒(裂解性噬菌体)，以及(iv)通常通过受控裂解，从受感染细胞中释放成熟病毒粒子[1]。

作为对于成功感染必要的第一步，识别且结合靶细胞是细菌噬菌体生命周期中的重要过程。在一些情况下，细菌噬菌体可以识别同一物种的几种菌株，具有“广宿主范围”，但非常常见的是仅能够识别存在于同一物种的一些菌株上的特异性抗原[2]。因此并不意外的是，感染过程的这一步骤是细菌噬菌体和细菌之间竞争成功感染的核心。

作为一般机制，细菌噬菌体编码涉及识别过程的两组主要蛋白质。第一组能够附着至细胞表面上的细菌噬菌体的初级受体，这一事件触发DNA喷射到细胞质内，并且通常被视为“不可逆”的结合过程[3]。不同的细菌噬菌体属在这组蛋白质的组构方面不同，并且因此命名可以不同。例如，在一些长尾病毒(Siphovirus)中，它们被称为“中央尾丝”或“尾尖”，其与大肠杆菌(Escherichia coli)中的LamB受体不可逆地结合。在长尾噬菌体科(siphoviridae)λ中，“中央尾丝”或“尾尖”由蛋白质gpJ组成[4]。在一些其它长尾病毒如T5中，位于尾部最尖端处的蛋白质介导了这一过程。在T5的情况下，称为pb5的蛋白质识别FhuA受体[5]。这种类型的蛋白质可以在许多其它细菌噬菌体中找到。在肌尾病毒(Myoviruse)如T4中，与初级受体或细胞表面的不可逆结合一般而言由“短尾丝”介导，后者也位于尾管的末端处[5]。

细菌噬菌体中的第二组蛋白质(在本文中称为“受体结合蛋白”)编码针对细菌上所谓的“次级受体”的识别和结合活性。这种次级受体允许噬菌体颗粒在细胞表面上的瞬时结合，以便扫描表面并将第一组蛋白质放置为与初级受体接触。由于这种结合是可逆的，它允许噬菌体在细胞表面上“行走”，直到找到初级受体并开始感染过程。这些蛋白质复合物有时例如在T5中被称为“L形丝”，例如在λ中被称为“侧尾丝”，如在T4 中被称为“长尾丝”，或例如在噬菌体P22中被称为尾刺[5]–[8]。对于一些噬菌体，该第二组蛋白质的存在对于感染过程发生是必要的，例如T4 [5]。在一些其它噬菌体如λ中，该第二组蛋白质对于感染过程发生并非绝对必要的，但它可能允许与靶细胞的更有效结合[7]。

由于吸附过程对于成功感染发生是绝对必要的，因此细菌可以发展多种方式来避免被细菌噬菌体识别。例如，它们可以使细菌噬菌体结合的初级受体或次级受体突变；它们可以通过将蛋白质与之附着来掩蔽这种受体(受体掩蔽)；或者它们可以以细菌荚膜的形式在其周围形成物理屏障，因此阻断对细胞表面的任何接近[9]。细菌可以产生许多不同类型的细胞外聚合物荚膜[10]。继而，细菌噬菌体已进化出不同的策略来绕过这些防御机制。例如，尾尖蛋白的突变允许其使用不同的受体[11]。然而，细菌周围聚合物荚膜的存在需要不同的方法，因为它阻断了与细胞表面上的任何受体的所有接触。在这些情况下，细菌噬菌体已进化出特异性蛋白质，其可以酶促降解这种荚膜以获得对细胞的接近。这些解聚酶活性在以侧尾丝、长尾丝或尾刺形式的不同于初级受体识别机制的蛋白质复合物中编码[12]、[13]、[14]。

当仅考虑吸附和注入过程时，需要重新定义细菌噬菌体的宿主范围的概念。由于与噬菌体复制周期有关的所有不相容性或防御机制都被排除在外，给定噬菌体的“吸附宿主范围”通常大于其中感染周期导致新近产生的成熟病毒粒子的“经典宿主范围”。当使用基于给定细菌噬菌体衣壳的包装噬菌粒时，宿主范围的概念甚至变得与经典定义更加不同。包装噬菌粒不含复制病毒颗粒所必要的信息，因为它们并不包装其同源病毒基因组。因此，包装噬菌粒的宿主范围趋于大于其衍生来源的亲本细菌噬菌体的宿主范围。因此，对于设计用于将外源DNA有效载荷有效递送到靶菌株内的新的细菌递送媒介物的开发，最重要的是能够改造具有所需宿主范围以及绕过细菌机制的能力的递送媒介物，所述细菌机制可以导致包装噬菌粒与细菌细胞表面的不成功结合。

发明内容

作为一般机制，细菌噬菌体编码涉及细菌细胞识别过程的蛋白质组。本文描述的是改造具有所需靶宿主范围的合成细菌递送媒介物的新方法。在一些方面，提供了合成细菌递送媒介物，其特征在于嵌合受体结合蛋白(RBP)，其中所述嵌合RBP包含来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域以及不同细菌噬菌体RBP的C末端结构域之间的融合物。例如并且取决于噬菌体科，嵌合RBP衍生来源的此类细菌噬菌体RBP包括“L形丝”、“侧尾丝(stf)”、“长尾丝”或“尾刺”。如本文公开的，已证实了λ样细菌噬菌体受体结合蛋白(RBP)的显著部分，例如stf蛋白，可以与不同RBP的一部分交换。此外，已鉴定了RBP中的特异性融合位置，其允许获得功能性嵌合RBP。

嵌合受体结合蛋白(RBP)是其中嵌合RBP包含衍生自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物的嵌合受体结合蛋白，其中RBP的所述N末端结构域在氨基酸区域之一内与不同RBP的所述C末端结构域融合，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列(SEQ ID NO: 1)的N末端RBP的位置1-150、320-460或495-560，或者与范围为参考λ stf序列的RBP的位置1-150、320-460和495-560的三个氨基酸区域中的一个或多个具有同源性的RBP的类似区域。在本发明的一个具体方面，嵌合受体结合蛋白(RBP)的不同RBP结构域衍生自任何细菌噬菌体或任何细菌素。

在一个具体方面，来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP或者不同RBP含有在三个氨基酸区域中的一个或多个中的同源性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的RBP的位置1-150、320-460和495-560。在某些方面，λ样细菌噬菌体、λ细菌噬菌体或不同RBP与三个氨基酸区域中的一个或多个之间的同源性，对于参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的45个或更多个氨基酸为约35%的同一性，对于30个或更多个氨基酸为约50%的同一性，并且对于18个或更多个氨基酸为约90%的同一性。同源性的确定可以使用比对工具来执行，所述比对工具例如Smith-Waterman算法(Smith等人，1981，J.Mol. Biol 147:195-197)或EMBOSS Matcher(Rice，Longden，Bleasby 2000 EMBOSSTrends in Genetics 16: 276-277)。

在本发明的一个方面，嵌合RBP包含在氨基酸区域之一内与不同RBP的C末端结构域融合的RBP的N末端结构域，所述氨基酸区域选自参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的N末端RBP的位置80-150、320-460或495-560。在本发明的另一个实施方案中，嵌合RBP包含在插入位点处在选自位置1-150、320-460或495-560的氨基酸区域之一内融合的N末端结构域和C末端结构域，所述插入位点与选自以下的插入位点具有至少80%的同一性：氨基酸SAGDAS (SEQ ID NO: 178)、ADAKKS (SEQ ID NO: 179)、MDETNR (SEQ ID NO: 180)、SASAAA (SEQ ID NO: 181)和GAGENS (SEQ ID NO: 182)。

在另一个方面，嵌合RBP包含与不同RBP的C末端结构域融合的RBP的N末端结构域，其中所述不同RBP是赋予改变的宿主范围的蛋白质或不同蛋白质组。在一个实施方案中，不同RBP是由近端尾丝和远端尾丝(DTF)组成的T4样或T4长尾丝，并且T4样或T4 RBP的C末端结构域是远端尾丝(DTF)。在另一个实施方案中，RBP的N末端结构域在T4样或T4 DTF内的插入位点处与T4样或T4远端尾丝融合，所述插入位点与选自以下的插入位点具有至少80%的同一性：氨基酸ATLKQI (SEQ ID NO: 183)、IIQLED (SEQ ID NO: 184)、GNIIDL (SEQ IDNO: 185)、IATRV (SEQ ID NO: 186)、TPGEL (SEQ ID NO: 187)、GAIIN (SEQ ID NO:188)、NQIID (SEQ ID NO: 189)、GQIVN (SEQ ID NO: 190)和VDRAV (SEQ ID NO: 191)。在一个具体实施方案中，RBP的N末端结构域在DTF的氨基酸1到90的区域内与T4样或T4远端尾丝融合，其中优选的区域是DTF的氨基酸40到50。

在具体实施方案中，本公开内容提供了特异性嵌合RBP。SEQ ID NO 2-61、123-153、192、194-221、256和258公开了此类嵌合RBP的氨基酸序列，以及在一些情况下，其相应的天然伴侣蛋白质(chaperone protein) (命名为“AP”)。此类AP蛋白有助于嵌合RBP的折叠。在一个具体实施方案中，RBP包含SEQ ID NO: 2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218或220的氨基酸序列。

在另一个方面，本公开内容提供了编码本文公开的嵌合RBP的核苷酸序列。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸以及其相应的AP蛋白在SEQ ID NO 62-120、122、154-177、222-249、255和257中进行描绘。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸包含SEQ ID NO: 62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246或248的核苷酸序列。

在本发明的一个具体的非限制性方面，已证实将嵌合RBP改造为编码解聚酶活性，可以显著地增加所提供的包含本文公开的嵌合RBP的细菌递送媒介物的递送效率。在本发明的一个实施方案中，嵌合RBP的不同RBP结构域包含针对带荚膜细菌菌株的解聚酶活性。在一个具体实施方案中，解聚酶是内切唾液酸酶，例如K1F或K5内切唾液酸酶。

在本发明的一个实施方案中，提供了编码本文公开的嵌合RBP的核酸分子。此类核酸可以包括在载体中，所述载体例如细菌噬菌体、质粒、噬菌粒、病毒以及允许嵌合RBP编码核酸的转移和表达的其它媒介物。

提供了细菌递送媒介物，其允许将编码目的蛋白质或核酸的核酸有效载荷转移到所需的靶细菌宿主细胞内。此类细菌递送媒介物的特征在于具有嵌合RBP，其包含来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物。在本发明的一个实施方案中，细菌递送媒介物含有嵌合RBP，其包含衍生自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物，其中嵌合RBP的所述N末端结构域在氨基酸区域之一内与不同RBP的所述C末端结构域融合，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列(SEQ ID NO: 1)的N末端结构域的位置1-150、320-460或495-560。在一个方面，来自λ样细菌噬菌体、λ细菌噬菌体的RBP以及不同RBP含有在三个氨基酸区域中的一个或多个中的同源性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ IDNO:1)的RBP的位置1-150、320-460和495-560。在某些方面，同源性对于三个氨基酸区域中的一个或多个内的45个或更多个氨基酸为约35%的同一性，对于30个或更多个氨基酸为约50%的同一性，或者对于18个或更多个氨基酸为约90%的同一性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列的RBP的位置1-150、320-460和495-560。在本发明的一个具体方面，嵌合受体结合蛋白(RBP)的不同RBP结构域衍生自细菌噬菌体或细菌素。在本发明的一个方面，嵌合RBP包含在氨基酸区域之一内与RBP的C末端结构域融合的RBP的N末端结构域，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列的N末端RBP的位置80-150、320-460或495-560。在本发明的另一个实施方案中，嵌合RBP包含在N末端RBP结构域的位点内融合的RBP的N末端结构域和RBP的C末端结构域，所述位点与选自氨基酸SAGDAS (SEQ ID NO: 178)、ADAKKS (SEQ IDNO: 179)、MDETNR (SEQ ID NO: 180)、SASAAA (SEQ ID NO: 181)和GAGENS (SEQ ID NO:182)的位点具有至少80%的同一性。

在具体实施方案中，本公开内容提供了包含嵌合RBP的细菌递送媒介物。SEQ IDNO 2-61、123-153、192、194-221、257、256和258公开了此类嵌合RBP的氨基酸序列，以及另外在一些情况下，其相应的天然伴侣蛋白质(命名为“AP”)。此类AP蛋白有助于嵌合RBP的折叠。在一个具体实施方案中，RBP包含SEQ ID NO: 2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、178、179、182、184、186、188、190、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218或220的氨基酸序列。

在一个方面，本公开内容还提供了编码本文公开的嵌合RBP的核苷酸序列。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸以及相应的AP蛋白在SEQ ID NO 62-120、122、154-177、222-249、255和257中进行描绘。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸包含SEQ ID NO: 62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、224、227、229、231、233、235、237、240、243、245、247或249的核苷酸序列。

在其它具体实施方案中，并且为了增加本文公开的细菌递送媒介物的递送效率，嵌合RBP的不同RBP结构域包含具有针对带荚膜细菌菌株的解聚酶活性的结构域。在一个具体实施方案中，解聚酶是内切唾液酸酶，例如K1F或K5内切唾液酸酶。

本文提供的细菌递送媒介物允许将编码一种或多种目的蛋白质或核酸的核酸有效载荷转移到所需的靶细菌宿主细胞内。在本发明的某些实施方案中，目的核酸选自Cas核酸酶基因、Cas9核酸酶基因、引导RNA、CRISPR基因座、毒素基因、表达酶例如核酸酶或激酶的基因、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、表达对一般而言的抗生素或药物的抗性的基因、表达毒性蛋白或毒性因子的基因、以及表达毒力蛋白或毒力因子的基因、或其任何组合。在本发明的一个实施方案中，核酸有效载荷编码治疗性蛋白质。在另一个实施方案中，核酸有效载荷编码反义核酸分子。在一些实施方案中，核酸有效载荷编码2种目的核酸，一种是核酸酶基因例如Cas核酸酶基因，一种是任何其它目的核酸。在一个方面，细菌递送媒介物允许转移编码核酸酶的核酸有效载荷，所述核酸酶靶向宿主细菌细胞基因组或宿主细菌细胞质粒的切割。在一些方面，切割在抗生素抗性基因中发生。在本发明的另一个实施方案中，核酸酶介导的宿主细菌细胞基因组的切割被设计为刺激同源重组事件，用于将目的核酸插入细菌细胞的基因组内。

本发明还提供了药物组合物或兽医组合物，其包含本文公开的一种或多种细菌递送媒介物和药学上可接受的载体。还提供的是用于治疗细菌感染的方法，其包括将所提供的药物组合物或兽医组合物施用于需要治疗的患有细菌感染的受试者。本发明还涉及用于治疗细菌感染的如本文公开的药物组合物或兽医组合物，以及如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗细菌感染。提供了用于降低细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量的方法，其包括使细菌群体与本文公开的细菌递送媒介物接触。本发明还涉及如本文公开的药物组合物或兽医组合物，其用于降低细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量；以及如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于降低细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量。

附图说明

为了更好地理解本文公开的主题并例证它可以如何在实践中执行，现在将参考附图通过非限制性示例的方式描述实施方案。具体参考附图，应强调的是所显示的细节作为示例的方式，并且用于本发明的实施方案的说明性讨论的目的。

图1证实了用λ和OMPF-λ包装噬菌粒在野生型大肠杆菌菌株中的递送。λ包装噬菌粒在LB + 5mM CaCl₂中进行1:5稀释，并且在每孔中加入10 µL。然后将90 µL生长至OD₆₀₀约0.5的细胞加入每个含有噬菌粒的孔中，在37°C下温育30分钟，并且将10 µL点样在补充有氯霉素的LB琼脂上。左图，野生型λ包装噬菌粒；右图，OMPF-λ变体。圆圈显示了与λ野生型相比具有修饰递送的菌株。

图2描绘了在K1+菌株上的野生型λ和λ-stf-K1F嵌合递送媒介物。λ包装噬菌粒在LB+5mM CaCl₂中进行10X系列稀释，并且在每孔中加入10 µL。然后将生长至OD₆₀₀约0.5的细胞加入每种噬菌粒稀释物中，在37°C下温育30分钟，并且将10 µL在补充有氯霉素的LB上铺平板。上图，菌株UTI89；下图，菌株S88。左图，野生型λ包装噬菌粒；右图，stf-K1F λ包装噬菌粒。

图3描绘了在K5+菌株上的野生型λ和λ-stf-K5嵌合递送媒介物。λ包装噬菌粒在LB+5mM CaCl₂中进行10X系列稀释，并且在每孔中加入10 µL。然后将生长至OD₆₀₀约0.5的ECOR55加入每种噬菌粒稀释物中，在37°C下温育30分钟，并且将10 µL在补充有氯霉素的LB上铺平板。左图，野生型λ包装噬菌粒；右图，stf-K15 λ包装噬菌粒。

图4描绘了在各种带荚膜菌株(O和K荚膜)上的野生型λ、λ-stf-AG22和λ-stf-SIEA11嵌合递送媒介物。λ噬菌粒在LB+5mM CaCl₂中进行1:5稀释，并且在每孔中加入10 µL。然后将90 µL生长至OD₆₀₀约0.5的细胞加入每个含有噬菌粒的孔中，在37°C下温育30分钟，并且将10 µL点样在补充有氯霉素的LB琼脂上。左图，野生型λ噬菌粒；中图，λ stf-SIEA11变体；右图，λ-stf-AG22变体。圆圈显示了与λ野生型相比具有修饰递送的菌株。

图5证实了对于各种带荚膜菌株(O和K荚膜)，具有不同插入位点的野生型λ和stf嵌合体的递送。λ包装噬菌粒在LB+5mM CaCl₂中进行1:5稀释，并且在每孔中加入10 µL。然后将90 µL生长至OD₆₀₀约0.5的细胞加入每个含有噬菌粒的孔中，在37°C下温育30分钟，并且将10 µL点样在补充有氯霉素的LB琼脂上。A). 左图，野生型λ包装噬菌粒；剩余小图，三种不同的ADAKKS-stf变体。B)左图，野生型λ包装噬菌粒；剩余小图，三种不同的SASAAA-stf变体。C)左图，野生型λ包装噬菌粒；剩余小图，三种不同的MDETNR-stf变体。对于所有小图，圆圈显示了与λ野生型相比具有改善递送效率的菌株。

图6描绘了在代表性蛋白质组数据库(rp75)上，用50aa滑动窗口(步骤10)执行的phmmer搜索。报告了显著命中数(E值< 0.01)。

图7. 描绘了改造的λ stf-T4样DTF嵌合体的体系结构。半圆表示RBS位点；T符号，转录终止子；箭头，启动子。

图8. 显示了用嵌合λ stf-T4-样DTF的噬菌粒颗粒筛选。包括不同血清型的96种不同的野生型大肠杆菌菌株的集合，用基于λ的噬菌粒进行转导，并且在Cm LB琼脂上铺平板。左图，野生型λ stf；中图，嵌合λ-stf-WW13；右图，嵌合λ-stf-PP-1。

图9.证实了用嵌合λ stf-T4-样DTF的噬菌粒颗粒筛选。包括不同血清型的96种不同的野生型大肠杆菌菌株的集合，用基于λ的噬菌粒进行转导，并且在Cm LB琼脂上铺平板。左图，野生型λ stf；中图，嵌合λ-stf-WW55；右图，嵌合λ-stf-WW34。

图10. 描绘了用嵌合λ stf-T4-样DTF的噬菌粒颗粒筛选。显示的所有点指DTF的通用插入位点，其位于参考WW13氨基酸序列的位置1到90的氨基酸范围内。包括不同血清型的96种不同的野生型大肠杆菌菌株的集合，用基于λ的噬菌粒进行转导，并且在Cm LB琼脂上铺平板(名称在上面)。

图11. 描绘了定量递送效率的点评分系统。密度0：5个或更少的菌落；密度1：多于5个菌落但不足以限定清晰的圆形液滴；密度2：几个菌落，但背景清晰可见，并且一些菌落仍是分开的；密度3：许多菌落，背景仍可见，但菌落很难分辨为分开的；密度4：斑点几乎完全密集，背景仅在液滴的一些部分中隐约可见；密度5：斑点看起来完全密集，看不到背景。

图12描绘了ECOR集合的40种人菌株中具有嵌合stf的递送颗粒的原始点滴定。在每个小图下方，嵌合stf的名称。在每个点上方，用于鉴定图13中的菌株的1-2字母代码。

图13代表了图12的条形化递送数据。从0(无进入，灰色背景)到5(最大递送)。条长度与从1(最小条)到5(最长条)的进入评分成比例。

具体实施方式

本文公开的是改造具有所需靶宿主范围的合成细菌递送媒介物的新方法。合成细菌递送媒介物的特征在于嵌合受体结合蛋白(RBP)，其中所述嵌合RBP包含来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物。本文已证实了λ样RBP的显著部分，例如stf蛋白，可以与不同RBP的一部分交换。此外，已鉴定了受体结合蛋白的特异性融合位置，其允许获得功能性嵌合RBP。

如本文使用的，受体结合蛋白或RBP是识别且任选地结合和/或修饰或降解位于细菌外包膜上的底物的多肽，所述底物例如但不限于细菌外膜、LPS、荚膜、蛋白质受体、通道、结构例如鞭毛、菌毛、分泌系统。底物可以是但不限于任何碳水化合物或修饰的碳水化合物、任何脂质或修饰的脂质、任何蛋白质或修饰的蛋白质、任何氨基酸序列及其任何组合。如本文使用的，λ样细菌噬菌体指编码RBP的任何细菌噬菌体，在范围为参考SEQ ID NO: 1的λ细菌噬菌体stf序列的位置1-150、320-460和495-560的三个氨基酸区域中的一个或多个中，所述RBP具有的氨基酸序列同源性对于45个或更多个氨基酸为约35%的同一性，对于30个或更多个氨基酸为约50%的同一性，并且对于18个或更多个氨基酸为约90%的同一性，而不依赖于由所述细菌噬菌体编码的其它氨基酸序列。

本公开内容提供了嵌合受体结合蛋白(RBP)，其中所述嵌合RBP包含来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域以及不同细菌噬菌体RBP的C末端结构域之间的融合物。嵌合RBP衍生来源的此类细菌噬菌体RBP包括例如“L形丝”、“侧尾丝(stf)”、“长尾丝”或“尾刺”。如本文公开的，已证实了λ样细菌噬菌体受体结合蛋白(RBP)的显著部分，例如stf蛋白，可以与不同RBP的一部分交换。此外，已鉴定了RBP中的特异性融合位置，其允许获得功能性嵌合RBP。此类嵌合RBP包括具有改变的宿主范围和/或生物活性例如解聚酶活性的那些嵌合RBP。

嵌合受体结合蛋白(RBP)是其中嵌合RBP包含衍生自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物的嵌合受体结合蛋白，其中RBP的所述N末端结构域在氨基酸区域之一内与不同RBP的所述C末端结构域融合，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列(SEQ ID NO: 1)的N末端RBP的位置1-150、320-460或495-560，或者与范围为参考λ stf序列的RBP的位置1-150、320-460和495-560的三个氨基酸区域中的一个或多个具有同源性的RBP的类似区域。在本发明的一个具体方面，嵌合受体结合蛋白(RBP)的不同RBP衍生自任何细菌噬菌体或任何细菌素。

在一个具体方面，来自λ样细菌噬菌体、λ细菌噬菌体的RBP、或者不同RBP与三个氨基酸区域中的一个或多个含有同源性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的RBP的位置1-150、320-460和495-560。在某些方面，λ样细菌噬菌体、λ细菌噬菌体或不同RBP与一个或多个氨基酸区域之间的同源性，对于45个或更多个氨基酸为约35%的同一性，对于30个或更多个氨基酸为约50%的同一性，并且对于18个或更多个氨基酸为约90%的同一性。同源性的确定可以使用比对工具来执行，所述比对工具例如Smith-Waterman算法(Smith等人，1981，J. Mol. Biol 147:195-197)或EMBOSS Matcher(Rice，Longden，Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276-277)。在本发明的一个方面，嵌合RBP包含在氨基酸区域之一内与嵌合RBP的C末端结构域融合的嵌合RBP的N末端结构域，所述氨基酸区域选自参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的位置80-150、320-460或495-560。在本发明的另一个实施方案中，嵌合RBP包含在插入位点处在三个氨基酸区域之一内融合的N末端结构域和C末端结构域，所述插入位点与选自以下的插入位点具有至少80%的同一性：氨基酸SAGDAS (SEQ ID NO: 178)、ADAKKS (SEQ ID NO: 179)、MDETNR(SEQ ID NO: 180)、SASAAA (SEQ ID NO: 181)和GAGENS (SEQ ID NO: 182)。

在具体实施方案中，本发明提供了嵌合RBP。SEQ ID NO 2-61、123-153、192、194-221、256和258公开了此类嵌合RBP的氨基酸序列，以及另外在一些情况下，其相应的天然伴侣蛋白质(命名为“AP”)。此类AP蛋白有助于嵌合RBP的折叠。在一个具体实施方案中，RBP包含SEQ ID NO: 2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218或220的氨基酸序列。

在一个方面，本公开内容还提供了编码本文公开的嵌合RBP的核苷酸序列。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸以及相应的AP蛋白在SEQ ID NO 62-120、122、154-177、222-249、255和257中进行描绘。在一个具体实施方案中，编码嵌合RBP的核酸包含SEQ ID NO: 62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、224、227、229、231、233、235、237、240、243、245、247或249的核苷酸序列。

在本发明的一个具体的非限制性方面，已证实了将嵌合RBP改造为编码解聚酶活性，可以显著地增加所提供的包含本文公开的嵌合RBP的细菌递送媒介物的递送效率。在本发明的一个实施方案中，嵌合RPB的不同RBP结构域包含针对带荚膜细菌菌株的解聚酶活性。在一个具体实施方案中，解聚酶是内切唾液酸酶，例如K1F或K5内切唾液酸酶。

提供了编码本文公开的嵌合RBP的核酸分子。此类核酸可以包括在载体中，所述载体例如细菌噬菌体、质粒、噬菌粒、病毒以及允许嵌合RBP编码核酸的转移和表达的其它媒介物。

提供了细菌递送媒介物，其允许将编码目的蛋白质或核酸的核酸有效载荷转移到所需的靶细菌宿主细胞内。此类细菌递送媒介物的特征在于具有嵌合RBP，其包含来自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物。在本发明的一个实施方案中，细菌递送媒介物含有嵌合RBP，其包含衍生自λ样细菌噬菌体或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物，其中嵌合RBP的所述N末端结构域在氨基酸区域之一内与不同RBP的所述C末端结构域融合，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列(SEQ ID NO: 1)，N末端结构域RBP的位置1-150、320-460或495-560。在一个方面，来自λ样细菌噬菌体、λ细菌噬菌体的RBP、以及不同RBP含有在三个氨基酸区域中的一个或多个中的同源性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQID NO: 1)的N末端RBP的位置1-150、320-460和495-560。在某些方面，同源性对于三个氨基酸区域中的一个或多个内的45个或更多个氨基酸为约35%的同一性，对于30个或更多个氨基酸为约50%的同一性，或者对于18个或更多个氨基酸为约90%的同一性，所述氨基酸区域范围为参考λ细菌噬菌体stf序列(SEQ ID NO:1)的N末端RBP的位置1-150、320-460和495-560。在本发明的一个具体方面，嵌合受体结合蛋白(RBP)的不同RBP结构域衍生自细菌噬菌体或细菌素。在本发明的一个方面，嵌合RBP包含在氨基酸区域之一内与RBP的C末端结构域融合的RBP的N末端结构域，所述氨基酸区域选自参考λ stf序列(SEQ ID NO:1)的RBP的80-150、320-460或495-560。在本发明的另一个实施方案中，嵌合RBP包含在N末端RBP的位点内融合的RBP的N末端结构域和RBP的C末端结构域，所述位点与选自以下的位点具有至少80%的同一性：氨基酸SAGDAS (SEQ ID NO: 178)、ADAKKS (SEQ ID NO: 179)、MDETNR (SEQ IDNO: 180)、SASAAA (SEQ ID NO: 181)和GAGENS (SEQ ID NO: 182)。

在具体实施方案中，本公开内容提供了包含嵌合RBP的细菌递送媒介物。SEQ IDNO 2-153、192、194-221、256和258公开了此类嵌合RBP的氨基酸序列，以及另外在一些情况下，其相应的天然伴侣蛋白质(命名为“AP”)。此类AP蛋白有助于嵌合RBP的折叠。在一个具体实施方案中，RBP包含SEQ ID NO: 2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218或220的氨基酸序列。

在一个方面，本公开内容还提供了编码本文公开的嵌合RBP的核苷酸序列。在一个具体实施方案中，编码此类嵌合RBP的核酸以及相应的AP蛋白在SEQ ID NO 62-120、122和154-177中进行描绘。在一个具体实施方案中，编码嵌合RBP的核酸包含SEQ ID NO: 62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246或248的核苷酸序列。

本文提供的细菌递送媒介物允许将编码目的蛋白质或核酸的核酸有效载荷转移到所需的靶细菌宿主细胞内。如本文使用的，术语“递送媒介物”指允许将有效载荷转移到细菌内的任何手段。存在由本发明包括的几种类型的递送媒介物，包括但不限于细菌噬菌体支架、病毒支架、基于化学的递送媒介物(例如，环糊精、磷酸钙、阳离子聚合物、阳离子脂质体)、基于蛋白质或基于肽的递送媒介物、基于脂质的递送媒介物、基于纳米颗粒的递送媒介物、基于非化学的递送媒介物(例如，转化、电穿孔、声致穿孔、光学转染)、基于颗粒的递送媒介物(例如，基因枪、磁转染、刺穿感染(impalefection)、粒子轰击、细胞穿透肽)或供体细菌(缀合)。

递送媒介物的任何组合也由本发明包括。递送媒介物可以指细菌噬菌体衍生的支架，并且可以得自天然、进化或改造的衣壳。在一些实施方案中，递送媒介物是有效载荷，因为细菌天然地有能力自行从环境中吸收有效载荷。

如本文使用的，术语“有效载荷”指用递送媒介物转移到细菌内的任何一个或多个核酸序列和/或氨基酸序列、或两者的组合(例如但不限于肽核酸或肽-寡核苷酸缀合物)。术语“有效载荷”也可以指质粒、载体或货物。有效载荷可以是从天然、进化或改造的细菌噬菌体基因组获得的噬菌粒或噬粒。有效载荷也可以仅由从天然、进化或改造的细菌噬菌体基因组获得的噬菌粒或噬粒的部分组成。

如本文使用的，术语“核酸”指共价连接在一起的至少两个核苷酸的序列，其可以是单链或双链的或者含有单链序列和双链序列两者的部分。本发明的核酸可以是天然存在的、重组的或合成的。核酸可以是环状序列或线性序列的形式或两种形式的组合。核酸可以是DNA(基因组或cDNA两者)、或RNA或两者的组合。核酸可以含有脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸的任何组合，以及碱基的任何组合，所述碱基包括尿嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶、鸟嘌呤、肌苷、黄嘌呤、次黄嘌呤、异胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶和异鸟嘌呤。可以用于本发明中的修饰碱基的其它实例在Chemical Reviews 2016，116(20)12655-12687中详述。术语“核酸”还包括任何核酸类似物，其可以含有其它主链，包括但不限于磷酰胺、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、O-甲基亚磷酰胺键和/或脱氧核糖核苷酸和核糖核苷酸核酸。核酸的上述特征的任何组合也由本发明包括。

在本文件中，当定义同源性或同一性时，“约”意指数量的+/- 10%，优选数量的+/-5%。那么，约100意指在90和110之间，优选在95和105之间。

本领域已知的复制起点已从以下中进行鉴定：物种特异性质粒DNA(例如CoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、p15a等等)、细菌病毒(例如

X174、M13、F1和P4)和细菌染色体复制起点(例如oriC)。在一个实施方案中，根据本公开内容的噬菌粒包含在靶向的细菌中有功能的细菌复制起点。

可替代地，根据本公开内容的质粒不包含任何功能性细菌复制起点、或含有在靶向细菌中无活性的复制起点。因此，本公开内容的质粒已通过细菌病毒颗粒引入细菌内之后，它无法单独复制。

在一个实施方案中，待包装的质粒上的复制起点在靶向的细菌中是无活性的，这意味着该复制起点在通过细菌病毒颗粒靶向的细菌中无功能，因此阻止不需要的质粒复制。

在一个实施方案中，质粒包含在用于生产细菌病毒颗粒的细菌中有功能的细菌复制起点。

质粒复制取决于宿主酶和质粒控制的顺式和反式决定簇。例如，一些质粒具有的决定簇在几乎所有革兰氏阴性菌中都被识别，并且在复制启动和调控过程中在每种宿主中正确地起作用。其它质粒仅在一些细菌中拥有这种能力(Kues，U和Stahl，U 1989Microbiol Rev 53:491-516)。

质粒通过从复制起点处起始的三种一般机制进行复制，即θ型、链置换和滚环(通过Del Solar等人1998 Microhio and Molec Biol. Rev 62:434-464综述)。这些复制起点含有对于质粒和/或宿主编码蛋白质的相互作用所需的位点。

在本公开内容的质粒上使用的复制起点可以具有中等拷贝数，例如来自pBR322的colEl ori(每个细胞15-20个拷贝)或R6K质粒(每个细胞15-20个拷贝)，或可以是高拷贝数，例如pUC oris(每个细胞500-700个拷贝)、pGEM oris(每个细胞300-400个拷贝)、pTZoris(每个细胞>1000个拷贝)或pBluescript oris(每个细胞300-500个拷贝)。

在一个实施方案中，细菌复制起点选自ColE1、pMB1和变体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa etc)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158和pUB113。

更优选地，细菌复制起点是选自以下的大肠杆菌复制起点：ColE1、pMB1和变体(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa etc)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5和pPS10。

更优选地，细菌复制起点选自pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158和pUB113。

甚至更优选地，细菌复制起点是ColE1。

根据本公开内容的所递送的核酸序列可以包含噬菌体复制起点，伴随完整噬菌体基因组的互补，其可以启动所递送的核酸序列的复制，用于随后包封到不同衣壳内。

包含在本公开内容的所递送的核酸序列中的噬菌体复制起点可以是在噬菌体中发现的任何复制起点。

优选地，噬菌体复制起点可以是以下的野生型或非野生型序列：M13、f1、

X174、P4、λ、P2、λ样、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、phi80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、phiX174、R17、PRD1 Pl样、P2样、P22、P22样、N15和N15样细菌噬菌体。

更优选地，噬菌体复制起点选自M13、f1、

X174、P4和λ的噬菌体复制起点。

在一个特定实施方案中，噬菌体复制起点是λ或P4复制起点。

所递送的目的核酸包含在启动子的控制下的核酸序列。在本发明的某些实施方案中，目的核酸选自Cas核酸酶基因、Cas9核酸酶基因、引导RNA、CRISPR基因座、毒素基因、表达酶例如核酸酶或激酶的基因、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、表达对一般而言的抗生素或药物的抗性的基因、表达毒性蛋白或毒性因子的基因、以及表达毒力蛋白或毒力因子的基因、或其任何组合。在本发明的一个实施方案中，核酸有效载荷编码治疗性蛋白质。在另一个实施方案中，核酸有效载荷编码反义核酸分子。在一些实施方案中，核酸有效载荷编码2种目的核酸，一种是核酸酶基因例如Cas核酸酶基因，一种是任何其它目的核酸。

在一个实施方案中，目的序列是待递送至靶向的细菌的可编程核酸酶线路(programmable nuclease circuit)。这种可编程核酸酶线路能够介导体内序列特异性的细菌消除，所述细菌含有目的靶基因(例如对人有害的基因)。本公开内容的一些实施方案涉及化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)的II型CRISPR-Cas(成簇规律间隔短回文重复-CRISPR相关)系统的改造变体。可以使用的其它可编程核酸酶包括其它CRISPR-Cas系统，改造的TALEN(转录激活因子样效应物核酸酶)变体，改造的锌指核酸酶(ZFN)变体，天然、进化或改造的大范围核酸酶或重组酶变体，以及可编程核酸酶的任何组合或杂交体。因此，本文提供的改造的自主分布的核酸酶线路可以用于选择性地切割编码目的基因的DNA，所述目的基因例如毒素基因、毒力因子基因、抗生素抗性基因、重塑基因或调节基因(参考WO2014124226)。

优选可编程的其它目的序列可以加入所递送的核酸序列中，以便递送至靶向的细菌。优选地，加入所递送的核酸序列中的目的序列导致靶向的细菌的细胞死亡。例如，加入质粒中的目的核酸序列可以编码穿孔素(holin)或毒素。

可替代地，加入所递送的核酸序列中的目的序列线路并不导致细菌死亡。例如，目的序列可以编码导致发光信号或荧光信号的报告基因。可替代地，目的序列可以包含实现有用功能的蛋白质和酶，所述有用功能例如改变细菌的代谢或其环境的组成。

在一个特定实施方案中，目的核酸序列选自Cas9、单引导RNA(sgRNA)、CRISPR基因座、表达酶例如核酸酶或激酶的基因、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、对一般而言的抗生素或药物的抗性、表达毒性蛋白或毒性因子的基因、以及表达毒力蛋白或毒力因子的基因。

在一个特定实施方案中，根据本公开内容的所递送的核酸序列包含编码细菌素的目的核酸序列，所述细菌素可以是由细菌产生以杀死或抑制其它细菌生长的蛋白质毒素。细菌素按几种方式进行分类，包括生产菌株、常见抗性机制和杀死机制。来自革兰氏阴性菌(例如小菌素、大肠杆菌素样细菌素和尾链素(tailocin))、以及革兰氏阳性菌(例如I类、II类、III类或IV类细菌素)的此类细菌素已得到描述。

在一个实施方案中，根据本公开内容的所递送的核酸序列进一步包含编码毒素的目的序列，所述毒素选自小菌素、大肠杆菌素样细菌素、尾链素、I类、II类、III类和IV类细菌素。

在一个特定实施方案中，相应的免疫多肽(即抗毒素)可以用于保护用于所递送的核酸序列生产和衣壳化目的的细菌细胞(Cotter等人，Nature Reviews Microbiology 11:95，2013)，但在药物组合物以及被递送本公开内容的递送核酸序列的靶向的细菌中不存在。

在本公开内容的一个方面，CRISPR系统包括在所递送的核酸序列中。CRISPR系统含有两种不同的元件，即i)内切核酸酶，在这种情况下，CRISPR相关核酸酶(Cas或“CRISPR相关蛋白”)，以及ii)引导RNA。引导RNA是嵌合RNA的形式，其由CRISPR(RNAcr)细菌RNA和RNAtracr(反式激活RNA CRISPR)的组合组成(Jinek等人，Science 2012)。引导RNA在单个转录物中组合了对应于“间隔序列”的RNAcr(其充当Cas蛋白的引导)的靶向特异性，以及RNAtracr的构象性质。当引导RNA和Cas蛋白在细胞中同时表达时，靶基因组序列可以被永久修饰或中断。修饰有利地由修复矩阵引导。一般而言，取决于核酸酶的作用机制，CRISPR系统包括两个主要类别。1类由多亚基效应物复合物构成，并且包括I、III和IV型。2类由单一单元效应物模块如Cas9核酸酶构成，并且包括II型(II-A、II-B、II-C、II-C变体)、V型(V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)和VI型(VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)。

根据本公开内容的目的序列包含编码Cas蛋白的核酸序列。各种CRISPR酶可用作质粒上的目的序列。在一些实施方案中，CRISPR酶是II型CRISPR酶。在一些实施方案中，CRISPR酶催化DNA切割。在一些其它实施方案中，CRISPR酶催化RNA切割。在一个实施方案中，CRISPR酶可以与sgRNA偶联。在某些实施方案中，sgRNA靶向选自以下的基因：抗生素抗性基因、毒力蛋白或毒力因子基因、毒素蛋白或毒素因子基因、细菌受体基因、膜蛋白基因、结构蛋白基因、分泌蛋白基因和表达对一般而言的药物的抗性的基因。

作为多亚基效应物的部分或作为单一单元效应物的Cas蛋白的非限制性实例包括Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(也称为Csn1和Csx12)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、其同源物、其直向同源物、其变体或其修饰形式。在一些实施方案中，CRISPR酶在前间隔序列邻近基序(PAM)位点处切割靶核酸的两条链。

在一个特定实施方案中，CRISPR酶是任何Cas9蛋白，例如任何天然存在的细菌Cas9，以及其任何变体、同源物或直向同源物。

“Cas9”意指蛋白质Cas9(也称为Csn1或Csx12)或其功能性蛋白质、肽或多肽片段，即能够与引导RNA相互作用并发挥酶促活性(核酸酶)，这允许其执行靶基因组的DNA的双链切割。因此，“Cas9”可以表示修饰的蛋白质，例如截短以去除对于蛋白质的预定功能并非必需的蛋白质结构域，特别是对于与gRNA的相互作用并非必要的结构域。

如本公开内容的上下文中使用的，编码Cas9(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas9蛋白获得(Fonfara等人，Nucleic Acids Res 42(4)，2014；Koonin等人，Nat Rev Microbiol 15(3)，2017)。可用于本公开内容中的Cas9蛋白的实例包括但不限于以下的Cas9蛋白：化脓性链球菌(SpCas9)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、变异链球菌(Streptococcus mutans)、金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)(SaCas9)、空肠弯曲杆菌(Campylobacter jejuni)(CjCas9)、新泽西弗朗西斯菌(Francisella novicida)(FnCas9)和脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitides)(NmCas9)。

如本公开内容的上下文中使用的，编码Cpfl(Cas12a)(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cpfl(Cas12a)蛋白获得(Koonin等人，2017)。可用于本公开内容中的Cpf1(Cas12a)蛋白的实例包括但不限于氨基酸球菌属物种(Acidaminococcus sp)、毛螺菌科细菌(Lachnospiraceae bacteriu)和新泽西弗朗西斯菌的Cpf1(Cas12a)蛋白。

编码Cas13a(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas13a(C2c2)蛋白获得(Abudayyeh等人，2017)。可用于本公开内容中的Cas13a(C2c2)蛋白的实例包括但不限于瓦氏纤毛菌(Leptotrichia wadei)(LwaCas13a)的Cas13a(C2c2)蛋白。

编码Cas13d(整个蛋白质或其片段)的序列可以从任何已知的Cas13d蛋白获得(Yan等人，2018)。可用于本公开内容中的Cas13d蛋白的实例包括但不限于惰性真杆菌(Eubacterium siraeum)和瘤胃球菌属物种(Ruminococcus sp)的Cas13d蛋白。

在一个特定实施方案中，目的核酸序列是CRISPR/Cas9系统，用于选自以下的基因的基因表达降低或失活：抗生素抗性基因、毒力因子或毒力蛋白基因、毒素因子或毒素蛋白基因、表达细菌受体的基因、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白和表达对一般而言的药物的抗性的基因。

在一个实施方案中，CRISPR系统用于靶向毒力因子且使其失活。毒力因子可以是由病原体产生的任何物质，其通过增加对宿主造成的损害程度来改变宿主-病原体相互作用。毒力因子以多种方式由病原体使用，所述方式包括例如在宿主中的细胞粘附或小生境定殖，以逃避宿主的免疫应答，促进进入和离开宿主细胞，从宿主中获得营养，或抑制宿主中的其它生理过程。毒力因子可以包括酶、内毒素、粘附因子、运动因子、涉及补体逃避的因子和促进生物膜形成的因子。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是大肠杆菌毒力因子基因，例如但不限于EHEC-HlyA、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)和Stx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、usp ompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH、T1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌系统)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是痢疾志贺氏菌(Shigella dysenteriae)毒力因子基因，例如但不限于stx1和stx2。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是鼠疫耶尔森氏菌(Yersinia pestis)毒力因子基因，例如但不限于yscF(携带(pCD1)T3SS外针亚基的质粒)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是土拉弗朗西斯菌(Francisella tularensis)毒力因子基因，例如但不限于fslA。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是炭疽杆菌(Bacillus anthracis)毒力因子基因，例如但不限于pag(炭疽毒素，细胞结合保护性抗原)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是霍乱弧菌(Vibrio cholera)毒力因子基因，例如但不限于ctxA和ctxB(霍乱毒素)、tcpA(毒素共调菌毛)和toxT(主毒力调控因子)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)毒力因子基因，例如但不限于绿脓菌素(pyoverdine)(例如σ因子pvdS、生物合成基因pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、转运蛋白基因pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、铁载体pyochelin(例如pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF和pchG，以及毒素(例如exoU、exoS和exoT)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)毒力因子基因，例如但不限于fimA(粘附，I型菌毛主要亚基)和cps(荚膜多糖)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是鲍氏不动杆菌(Acinetobacter baumannii)毒力因子基因，例如但不限于ptk(荚膜聚合)和epsA(组装)。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是伤寒肠道沙门氏菌(Salmonella enterica Typhi)毒力因子基因，例如但不限于MIA(侵入，SPI-1调控因子)、ssrB(SPI-2调控因子)、以及与胆汁耐受相关的那些基因，包括外排泵基因acrA、acrB和tolC。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)毒力因子基因，例如但不限于FadA和TIGIT。例如，此类靶向的毒力因子基因可以是脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)毒力因子基因，例如但不限于bft。

在另一个实施方案中，CRISPR/Cas9系统用于靶向抗生素抗性基因且使其失活，所述抗生素抗性基因例如但不限于GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2′)、AAC(3)、AAC(6′)、ANT(2″)、ANT(3″)、ANT(4′)、ANT(6)、ANT(9)、APH(2″)、APH(3″)、APH(3′)、APH(4)、APH(6)、APH(7″)、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXA β-内酰胺酶、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)和mec(mecI、mecR1)操纵子、氯霉素乙酰转移酶(CAT)、氯霉素磷酸转移酶、乙胺丁醇抗性阿拉伯糖基转移酶(EmbB)、MupA、MupB、整合膜蛋白MprF、Cfr 23S rRNA甲基转移酶、利福平ADP-核糖基转移酶(Arr)、利福平糖基转移酶、利福平单加氧酶、利福平磷酸转移酶、DnaA、RbpA、利福平-抗性的RNA聚合酶β亚基(RpoB)、Erm 23S rRNA甲基转移酶、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、链阳菌素Vgb裂解酶、Vat乙酰转移酶、氟喹诺酮乙酰转移酶、氟喹诺酮抗性DNA拓扑异构酶、氟喹诺酮抗性GyrA、GyrB、ParC、喹诺酮抗性蛋白(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、林可酰胺核苷酸基转移酶(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、大环内酯磷酸转移酶(MPH)、MefA、MefE、Mel、链丝菌素乙酰转移酶(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、磺胺抗性FolP、四环素失活酶TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TolC、MsbA、MsrA,VgaB、EmrD、EmrAB-TolC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrR、或者综合抗生素抗性数据库(Comprehensive Antibiotic Resistance Database)(CARDhttps://card.mcmaster.ca/)中描述的任何抗生素抗性基因。

在另一个实施方案中，CRISPR/Cas9系统用于靶向细菌毒素基因且使其失活。细菌毒素可以分类为外毒素或内毒素。外毒素是生成并主动分泌的；内毒素仍然是细菌的部分。对细菌毒素的应答可以涉及重度炎症，并且可以导致败血症。此类毒素可以是例如肉毒杆菌神经毒素、破伤风毒素、葡萄球菌毒素、白喉毒素、炭疽毒素、α毒素、百日咳毒素、志贺毒素、热稳定肠毒素(大肠杆菌ST)、大肠杆菌素、BFT(脆弱拟杆菌毒素)或Henkel等人(Toxinsfrom Bacteria in EXS. 2010；100: 1–29)中描述的任何毒素。

通过本文公开的细菌递送媒介物靶向的细菌可以是存在于哺乳动物生物中的任何细菌。在某个方面，通过由递送媒介物表达的嵌合RBP与细菌细胞的相互作用来靶向细菌。它可以是微生物群或微生物组的任何共生、共栖或致病菌。

微生物组可以包含各种内源性细菌物种，其中任一种可以根据本公开内容进行靶向。在一些实施方案中，靶向的内源细菌细胞的属和/或种可以取决于用于制备细菌递送媒介物的细菌噬菌体的类型。例如，一些细菌噬菌体显示出对于特异性宿主细菌种的向性或优先靶向其。其它细菌噬菌体并未显示出此类向性，并且可以用于靶向内源性细菌细胞的许多不同属和/或种。

细菌细胞的实例包括但不限于来自以下属的细菌的细胞：耶尔森氏菌属物种(Yersinia spp.)、埃希氏菌属物种(Escherichia spp.)、克雷伯氏菌属物种(Klebsiella spp.)、不动杆菌属物种(Acinetobacter spp.)、博德特氏菌属物种(Bordetella spp.)、奈瑟球菌属物种(Neisseria spp.)、气单胞菌属物种(Aeromonas spp.)、弗朗西斯菌属物种(Franciesella spp.)、棒状杆菌属物种(Corynebacterium spp.)、柠檬酸杆菌属物种(Citrobacter spp.)、衣原体属物种(Chlamydia spp.)、嗜血杆菌属物种(Hemophilus spp.)、布鲁氏菌属物种(Brucella spp.)、分枝杆菌属物种(Mycobacterium spp.)、军团菌属物种(Legionella spp.)、红球菌属物种(Rhodococcus spp.)、假单胞菌属物种(Pseudomonas spp.)、螺杆菌属物种(Helicobacter spp.)、弧菌属物种(Vibrio spp.)、芽孢杆菌属物种(Bacillus spp.)、丹毒丝菌属物种(Erysipelothrix spp.)、沙门氏菌属物种(Salmonella spp.)、链霉菌属物种(Streptomyces spp.)、链球菌属物种(Streptococcus spp.)、葡萄球菌属物种(Staphylococcus spp.)、拟杆菌属物种(Bacteroides spp.)、普雷沃氏菌属物种(Prevotella spp.)、梭菌属物种(Clostridium spp.)、双歧杆菌属物种(Bifidobacterium spp.)、梭菌属物种、短杆菌属物种(Brevibacterium spp.)、乳球菌属物种(Lactococcus spp.)、明串珠菌属物种(Leuconostoc spp.)、放线杆菌属物种(Actinobacillus spp.)、硒单胞菌属物种(Selnomonas spp.)、志贺氏菌属物种(Shigella spp.)、发酵单胞菌属物种(Zymonas spp.)、支原体属物种(Mycoplasma spp.)、密螺旋体属物种(Treponema spp.)、明串珠菌属物种、棒状杆菌属物种、肠球菌属物种(Enterococcus spp.)、肠杆菌属物种(Enterobacter spp.)、热球菌属物种(Pyrococcus spp.)、沙雷氏菌属物种(Serratia spp.)、摩根氏菌属物种(Morganella spp.)、微单胞菌属物种(Parvimonas spp.)、梭杆菌属物种(Fusobacterium spp.)、放线菌属物种(Actinomyces spp.)、卟啉单胞菌属物种(Porphyromonas spp.)、微球菌属物种(Micrococcus spp.)、巴尔通体属物种(Bartonella spp.)、疏螺旋体属物种(Borrelia spp.)、布鲁氏菌属物种(Brucelia spp.)、弯曲杆菌属物种、Chlamydophilia spp.、Cutibacterium spp.、丙酸杆菌属物种(Propionibacterium spp.)、加德纳菌属物种(Gardnerella spp.)、埃立克体属物种(Ehrlichia spp.)、嗜血杆菌属物种、钩端螺旋体属物种(Leptospira spp.)、李斯特菌属物种(Listeria spp.)、支原体属物种、诺卡氏菌属物种(Nocardia spp.)、立克次体属物种(Rickettsia spp.)、脲原体属物种(Ureaplasma spp.)和乳杆菌属物种(Lactobacillus spp)及其混合物。

因此，细菌递送媒介物可以靶向(例如，特异性地靶向)来自任何一个或多个前述细菌属的细菌细胞，以特异性地递送根据本公开内容的目的有效载荷。

优选地，靶向的细菌可以选自耶尔森氏菌属物种、埃希氏菌属物种、克雷伯氏菌属物种、不动杆菌属物种、假单胞菌属物种、螺杆菌属物种、弧菌属物种、沙门氏菌属物种、链球菌属物种、葡萄球菌属物种、拟杆菌属物种、梭菌属物种、志贺氏菌属物种、肠球菌属物种、肠杆菌属物种、李斯特菌属物种、Cutibacterium spp.、丙酸杆菌属物种、梭杆菌属物种、卟啉单胞菌属物种和加德纳菌属物种。

在一些实施方案中，本公开内容的细菌细胞是厌氧菌细胞(例如，不需要氧用于生长的细胞)。厌氧菌细胞包括兼性厌氧细胞，例如但不限于大肠杆菌、奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)、阴道加德纳菌(Gardnerella vaginalis)和李斯特菌属。厌氧菌细胞还包括专性厌氧细胞，例如拟杆菌属、梭菌属、Cutibacterium、丙酸杆菌属、梭杆菌属和卟啉单胞菌属物种。在人中，厌氧菌最常在胃肠道中发现。在一些特定实施方案中，靶向的细菌因此是胃肠道中最常发现的细菌。用于制备细菌病毒颗粒的细菌噬菌体，然后是细菌病毒颗粒，可以根据其通过本领域技术人员已知的特异性谱来靶向(例如，特异性地靶向)厌氧菌细胞，以特异性地递送质粒。

在一些实施方案中，靶向的细菌细胞是(但不限于)多形拟杆菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、脆弱拟杆菌、吉氏拟杆菌(Bacteroides distasonis)、普通拟杆菌(Bacteroides vulgatus)、柔嫩梭菌(Clostridium leptum)、球形梭菌(Clostridium coccoides)、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、丁酸梭菌(Clostridium butyricum)、乳糖发酵短杆菌(Brevibacterium lactofermentum)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)、乳酸链球菌(Lactococcus lactis)、乳酸明串珠菌(Leuconostoc lactis)、伴放线放线杆菌(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、蓝藻菌(cyanobacteria)、大肠杆菌、幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)、反刍动物硒单胞菌(Selnomonas ruminatium)、宋内志贺氏菌(Shigella sonnei)、运动发酵单胞菌(Zymomonas mobili)、丝状支原体(Mycoplasma mycoides)、齿垢密螺旋体(Treponema denticola)、苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis)、路邓葡萄球菌(Staphilococcus lugdunensis)、酒明串珠菌(Leuconostoc oenos)、干燥棒状杆菌(Corynebacterium xerosis)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、鼠李糖乳杆菌(Lactobacillus rhamnosus)、干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)、嗜酸乳杆菌(Lactobacillus acidophilus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、日本金龟子芽孢杆菌(Bacillus popillae)、集胞藻属(Synechocystis)菌株PCC6803、液化芽孢杆菌(Bacillus liquefaciens)、Pyrococcus abyssi、反刍动物硒单胞菌、希氏乳杆菌(Lactobacillus hilgardii)、野生链球菌(Streptococcus ferus)、戊糖乳杆菌(Lactobacillus pentosus)、脆弱拟杆菌、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、Streptomyces phaechromogenes、加纳链霉菌(Streptomyces ghanaenis)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)、产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)、粘质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)、弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、费氏丙酸杆菌(Propionibacterium freudenreichii)、铜绿假单胞菌、微小微单胞菌(Parvimonas micra)、中间普雷沃氏菌(Prevotella intermedia)、具核梭杆菌、变黑普雷沃氏菌(Prevotella nigrescens)、以色列放线菌(Actinomyces israelii)、牙髓卟啉单胞菌(Porphyromonas endodontalis)、牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis)、藤黄微球菌(Micrococcus luteus)、巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)、炭疽杆菌、汉氏巴尔通体(Bartonella henselae)、五日热巴尔通体(Bartonella Quintana)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)、伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)、伽氏疏螺旋体(Borrelia garinii)、埃氏疏螺旋体(Borrelia afzelii)、回归热疏螺旋体(Borrelia recurrentis)、流产布鲁氏菌(Brucella abortus)、犬布鲁氏菌(Brucella canis)、羊布鲁氏菌(Brucella melitensis)、猪布鲁氏菌(Brucella suis)、空肠弯曲杆菌、结肠弯曲杆菌(Campylobacter coli)、胎儿弯曲杆菌(Campylobacter fetus)、肺炎衣原体(Chlamydia pneumoniae)、沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)、鹦鹉热衣原体(Chlamydophila psittaci)、肉毒梭菌(Clostridium botulinum)、艰难梭菌(Clostridium difficile)、产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)、破伤风梭菌(Clostridium tetani)、白喉棒状杆菌(Corynebacterium diphtheria)、Cutibacterium acnes(以前的痤疮丙酸杆菌(Propionibacterium acnes))、犬埃立克体(Ehrlichia canis)、查菲埃立克体(Ehrlichia chaffeensis)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、土拉弗朗西斯菌、流感嗜血杆菌(Haemophilus influenza)、嗜肺军团菌(Legionella pneumophila)、问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)、Leptospira santarosai、韦氏钩端螺旋体(Leptospira weilii)、野口钩端螺旋体(Leptospira noguchii)、单核细胞增多性李斯特菌(Listeria monocytogenes)、麻风分枝杆菌(Mycobacterium leprae)、结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、溃疡分枝杆菌(Mycobacterium ulcerans)、肺炎支原体(Mycoplasma pneumonia)、淋病奈瑟球菌、脑膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitides)、星形诺卡氏菌(Nocardia asteroids)、立氏立克次体(Rickettsia rickettsia)、肠炎沙门氏菌(Salmonella enteritidis)、伤寒沙门氏菌(Salmonella typhi)、副伤寒沙门氏菌(Salmonella paratyphi)、鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)、福氏志贺氏菌(Shigella flexnerii)、痢疾志贺氏菌、腐生葡萄球菌(Staphylococcus saprophyticus)、肺炎链球菌(Streptococcus pneumoniae)、化脓性链球菌、阴道加德纳菌、草绿色链球菌(Streptococcus viridans)、苍白密螺旋体(Treponema pallidum)、解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum)、霍乱弧菌、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、鼠疫耶尔森氏菌、小肠结肠炎耶尔森氏菌(Yersinia enterocolitica)、假结核病耶尔森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌及其混合物，优选地，目的细菌选自大肠杆菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯氏菌、鲍氏不动杆菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌和产气肠杆菌及其混合物。

在一个实施方案中，靶向的细菌是大肠杆菌。

因此，用于制备细菌递送媒介物的细菌噬菌体，然后是细菌递送媒介物，可以靶向(例如，特异性地靶向)来自任何一个或多个前述细菌属和/或种的细菌细胞，以特异性地递送质粒。

在一个实施方案中，靶向的细菌是致病菌。靶向的细菌可以是毒性细菌。

靶向的细菌可以是抗菌抗性细菌，优选地选自产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)大肠杆菌、ESBL肺炎克雷伯氏菌、万古霉素抗性肠球菌属(VRE)、甲氧西林抗性金黄色葡萄球菌(MRSA)、多药抗性(MDR)鲍氏不动杆菌、MDR肠杆菌属物种及其组合。优选地，靶向的细菌可以选自产超广谱β-内酰胺酶(ESBL)大肠杆菌菌株。

可替代地，靶向的细菌可以是给定物种的微生物组的细菌，优选人微生物群的细菌。

本公开内容涉及如本文所述的含有有效载荷的细菌递送媒介物。细菌递送媒介物由细菌病毒制备。选择细菌递送媒介物，以便能够将有效载荷引入靶向的细菌内。

具有嵌合受体结合蛋白的细菌递送媒介物可以由其衍生的细菌病毒优选是细菌噬菌体。任选地，基于Krupovic等人Arch Virol，2015的分类法，细菌噬菌体选自有尾噬菌体目(Caudovirales)。

细菌噬菌体可以选自肌尾噬菌体科(Myoviridae)(例如但不限于以下属：Cp220病毒、Cp8病毒、Ea214病毒、Felixo1病毒、Moogle病毒、Susp病毒、Hp1病毒、P2病毒、Kay病毒、P100病毒、Silvia病毒、Spo1病毒、Tsarbomba病毒、Twort病毒、Cc31病毒、Jd18病毒、Js98病毒、Kp15病毒、Moon病毒、Rb49病毒、Rb69病毒、S16病毒、Schizot4病毒、Sp18病毒、T4病毒、Cr3病毒、Se1病毒、V5病毒、Abouo病毒、Agate病毒、Agrican357病毒、Ap22病毒、Arv1病毒、B4病毒、Bastille病毒、Bc431病毒、Bcep78病毒、Bcepmu病毒、Biquarta病毒、Bxz1病毒、Cd119病毒、Cp51病毒、Cvm10病毒、Eah2病毒、El病毒、Hapuna病毒、Jimmer病毒、Kpp10病毒、M12病毒、Machina病毒、Martha病毒、Msw3病毒、Mu病毒、Myohalo病毒、Nit1病毒、P1病毒、Pakpuna病毒、Pbuna病毒、Phikz病毒、Rheph4病毒、Rsl2病毒、Rsluna病毒、Secunda5病毒、Sep1病毒、Spn3病毒、Svuna病毒、Tg1病毒、Vhml病毒和Wph病毒)。

细菌噬菌体可以选自短尾噬菌体科(Podoviridae)(例如但不限于以下属：Fri1病毒、Kp32病毒、Kp34病毒、Phikmv病毒、Prado病毒、Sp6病毒、T7病毒、Cp1病毒、P68病毒、Phi29病毒、Nona33病毒、Pocj病毒、Tl2011病毒、Bcep22病毒、Bpp1病毒、Cba41病毒、Dfl12病毒、Ea92病毒、Epsilon15病毒、F116病毒、G7c病毒、Jwalpha病毒、Kf1病毒、Kpp25病毒、Lit1病毒、Luz24病毒、Luz7病毒、N4病毒、Nonana病毒、P22病毒、Page病毒、Phieco32病毒、Prtb病毒、Sp58病毒、Una961病毒和Vp5病毒)。

细菌噬菌体可以选自长尾噬菌体科(例如但不限于以下属：Cam病毒、Lika病毒、R4病毒、Acadian病毒、Cooper病毒、Pg1病毒、Pipefish病毒、Rosebush病毒、Brujita病毒、Che9c病毒、Hawkeye病毒、Plot病毒、Jersey病毒、K1g病毒、Sp31病毒、Lmd1病毒、Una4病毒、Bongo病毒、Rey病毒、Butters病毒、Charlie病毒、Redi病毒、Baxter病毒、Nymphadora病毒、Bignuz病毒、Fishburne病毒、Phayonce病毒、Kp36病毒、Rogue1病毒、Rtp病毒、T1病毒、Tls病毒、Ab18病毒、Amigo病毒、Anatole病毒、Andromeda病毒、Attis病毒、Barnyard病毒、Bernal13病毒、Biseptima病毒、Bron病毒、C2病毒、C5病毒、Cba181病毒、Cbast病毒、Ceci病毒、Che8病毒、Chi病毒、Cjw1病毒、Corndog病毒、Cronus病毒、D3112病毒、D3病毒、Decurro病毒、Demosthenes病毒、Doucette病毒、E125病毒、Eiau病毒、Ff47病毒、Gaia病毒、Giles病毒、Gordon病毒、Gordtnk病毒、Harrison病毒、Hk578病毒、Hk97病毒、Jenst病毒、Jwx病毒、Kellezio病毒、Korra病毒、L5病毒、lambda病毒、Laroye病毒、Liefie病毒、Marvin病毒、Mudcat病毒、N15病毒、Nonag病毒、Np1病毒、Omega病毒、P12002病毒、P12024病毒、P23病毒、P70病毒、Pa6病毒、Pamx74病毒、Patience病毒、Pbi1病毒、Pepy6病毒、Pfr1病毒、Phic31病毒、Phicbk病毒、Phieta病毒、Phifel病毒、Phijl1病毒、Pis4a病毒、Psa病毒、Psimuna病毒、Rdjl病毒、Rer2病毒、Sap6病毒、Send513病毒、Septima3病毒、Seurat病毒、Sextaec病毒、Sfi11病毒、Sfi21dt1病毒、Sitara病毒、Sk1病毒、Slash病毒、Smoothie病毒、Soups病毒、Spbeta病毒、Ssp2病毒、T5病毒、Tank病毒、Tin2病毒、Titan病毒、Tm4病毒、Tp21病毒、Tp84病毒、Tria病毒、Trigintaduo病毒、Vegas病毒、Vendetta病毒、Wbeta病毒、Wildcat病毒、Wizard病毒、Woes病毒、Xp10病毒、Ydn12病毒和Yua病毒)。

细菌噬菌体可以选自埃凯曼病毒科(Ackermannviridae)(例如但不限于以下属：Ag3病毒、Limestone病毒、Cba120病毒和Vi1病毒)。

任选地，细菌噬菌体不是有尾噬菌体目的部分，而是来自具有未指定目的科，例如但不限于复层噬菌体科(Tectiviridae)(例如以下属：Alphatectivirus、Betatectivirus)、覆盖噬菌体科(Corticoviridae)(例如覆盖噬菌体属(Corticovirus))、丝状噬菌体科(Inoviridae)(例如以下属：Fibrovirus、Habenivirus、丝状噬菌体属(Inovirus)、Lineavirus、Plectrovirus、Saetivirus、Vespertiliovirus)、囊状噬菌体科(Cystoviridae)(例如囊状噬菌体属(Cystovirus))、光滑噬菌体科(Leviviridae)(例如以下属：Allolevivirus、光滑噬菌体属(Levivirus))、微小噬菌体科(Microviridae)(例如以下属：α3微小病毒、G4微小病毒、Phix174微小病毒、蛭弧菌微小噬菌体属(Bdellomicrovirus)、衣原体微小噬菌体属(Chlamydiamicrovirus)、螺旋体微小菌体属(Spiromicrovirus))和芽生噬菌体科(Plasmaviridae)(例如芽生噬菌体属(Plasmavirus))。

任选地，细菌噬菌体靶向的古细菌不是有尾噬菌体目的部分，而是来自具有未指定目的科，例如但不限于Ampullaviridae、微小纺锤形噬菌体科(FuselloViridae)、Globuloviridae、滴状病毒科(Guttaviridae)、脂毛噬菌体科(Lipothrixviridae)、嗜盐菌多形病毒科(Pleolipoviridae)、古噬菌体科(Rudiviridae)、Salterprovirus和Bicaudaviridae。

下述段落中呈现了细菌属及其已知宿主特异性细菌病毒的非详尽列表。作为非限制性实例，本文公开的嵌合RBP和细菌递送媒介物可以由下述噬菌体进行改造。括号中指示了同义词和拼写变体。同音异义词尽可能经常重复(例如，D、D、d)。未命名的噬菌体通过在其属旁边的"NN"指示，并且其编号在括号中给出。

放线菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8和1281。

气单胞菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(同义词= 44R)、(同义词= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5和PM6。

芽孢杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、FSi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(同义词= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MPlO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(同义词= ΦSPP1)、SPβ、STI、STi、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、A型、B型、C型、D型、E型、T

3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l,、

med-2、

T、

μ-4、

3T、

75、

lO5、(同义词=

lO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-芽孢杆菌属(13)、alel、ARl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(同义词= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP124、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、γ、GEl、GF-2、GSi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、ISi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SPlO、SP-15、SP50、(同义词= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、V型、VI型、V、Vx、β22、

e、

NR2、

25、

63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(巨大芽孢杆菌(B.megateriwn))、4(球形芽孢杆菌(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、

l5、

29、1-97、837/IV、mϊ-芽孢杆菌属(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BSlOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、F型、G型、IV型、ΗN-BacMus(3)、BLE、(同义词= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27和Bam35。下述芽孢杆菌特异性噬菌体是缺陷型的：DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No.IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、SPa、1型和μ。

拟杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、

Al、

BrOl、

BrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-拟杆菌属(3)、Bf42、Bf71、ΗN-蛭弧菌属(Bdellovibrio)(1)和BF-41。

博德特氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：134和NN-博德特氏菌属(3)。

疏螺旋体属的细菌可以被下述噬菌体感染：NN-疏螺旋体属(1)和NN-疏螺旋体属(2)。

布鲁氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：A422、Bk、(同义词= Berkeley)、BM29、FOi、(同义词= FOl)、(同义词= FQl)、D、FP2、(同义词= FP2)、(同义词= FD2)、Fz、(同义词=Fz75/13)、(同义词= Firenze 75/13)、(同义词= Fi)、Fi、(同义词= Fl)、Fim、(同义词=FIm)、(同义词= Fim)、FiU、(同义词= FlU)、(同义词= FiU)、F2、(同义词= F2)、F3、(同义词= F3)、F4、(同义词= F4)、F5、(同义词= F5)、F6、F7、(同义词= F7)、F25、(同义词= F25)、(同义词= £25)、F25U、(同义词= F25u)、(同义词= F25U)、(同义词= F25V)、F44、(同义词-F44)、F45、(同义词= F45)、F48、(同义词= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(同义词= M85)、P、(同义词= D)、S708、R、Tb、(同义词= TB)、(同义词= Tbilisi)、W、(同义词= Wb)、(同义词=Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(同义词= 10)、(同义词= F8)、(同义词= F8)、12m、24/11、(同义词= 24)、(同义词= F9)、(同义词= F9)、45/111、(同义词= 45)、75、84、212/XV、(同义词=212)、(同义词= Fi0)、(同义词= FlO)、371/XXIX、(同义词= 371)、(同义词= Fn)、(同义词=Fl l)和513。

伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)的细菌可以被下述噬菌体感染：CP75、NN-伯克霍尔德氏菌属(1)和42。

弯曲杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：C型、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-弯曲杆菌属(2)、Vfi-6、(同义词= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(同义词=Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(同义词= V-45)和NN-弯曲杆菌属(1)。

衣原体属的细菌可以被下述噬菌体感染：Chpl。

梭菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(同义词= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(同义词= ID)、(同义词= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(同义词= Naltox+)、PA135Oe、Pfό、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X\2D3(同义词= 2Dt0X+)、3C、(同义词= 3Ctox+)、4C、(同义词= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-梭菌属(61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X；Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-梭菌属(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5和NN-梭菌属(8)。

棒状杆菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：CGK1(缺陷型)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(同义词= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(同义词= Ktox")、L、L、(同义词= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(同义词= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(同义词= γtoχ-)、γl9、δ、(同义词= δ'ox+)、p、(同义词= ptoχ-)、Φ9、

984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498和5848。

肠球菌属的细菌被下述噬菌体感染：DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-肠球菌属(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235和341。

丹毒丝菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：NN-丹毒丝菌属(1)。

埃希氏菌属的细菌可以被下述噬菌体感染：BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(同义词= mu)、(同义词= MuI)、(同义词= Mu-I)、(同义词= MU-I)、(同义词= MuI)、(同义词= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(缺陷型)、Sl、W

、

K13、

R73(缺陷型)、

l、

2、

7、

92、ψ(缺陷型)、7 A、8

、9

、15(缺陷型)、18、28-1、186、299、ΗH-埃希氏菌属(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(同义词= Dd-Vi)、(同义词= DDVI)、(同义词= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I(同义词= OXl)、(同义词= HF)、Ox-2(同义词= 0x2)、(同义词= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(同义词= 0X5)、Ox-6、(同义词= 66F)、(同义词=

66t)、(同义词=

66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、(同义词= TuII*)、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、(同义词=ganuTia)、(同义词= γ)、(同义词= PC)、(同义词= P.C.)、(同义词= T-2)、(同义词= T2)、(同义词= P4)、T4、(同义词= T-4)、(同义词= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(同义词= Ac3)、3A、3T+、(同义词= 3)、(同义词= Ml)、5

、(同义词=

5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(同义词= Sd)、(同义词= SD)、(同义词= Sa)3(同义词=sd)、(同义词= SD)、(同义词= CD)、T3、(同义词= T-3)、(同义词= T3)、T7、(同义词= T-7)、(同义词= T7)、WPK、W31、ΔH、

C3888、

K3、

K7、

K12、

V-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、

l、

l.2、

20、

95、

263、

lO92、

l、

ll、(同义词=

W)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-埃希氏菌属(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(同义词= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(同义词= α)、(同义词= P28)、(同义词= T-I)、(同义词= Tx)、T3C、T5、(同义词= T-5)、(同义词= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(同义词= λ)、(同义词= Φλ)、ΦD326、

γ、Φ06、Φ7、Φ10、

80、χ、(同义词= χi)、(同义词=

χ)、(同义词=

χi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J和933H。

梭杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：NN-梭杆菌属(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527和fv8501。

嗜血杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：HP1、S2和N3。

螺杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：HP1和^^-螺杆菌属(1)。

克雷伯氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(同义词= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(同义词= KIl)、Kl2、(同义词= K12)、Kl3、(同义词= K13)、(同义词= Kl 70/11)、Kl4、(同义词= K14)、Kl5、(同义词= K15)、Kl6、(同义词= K16)、Kl7、(同义词= K17)、Kl8、(同义词= K18)、Kl19、(同义词= K19)、Kl27、(同义词= K127)、Kl31、(同义词= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(同义词= K12B)、Kl25、(同义词= K125)、Kl42B、(同义词= K142)、(同义词= K142B)、Kl181B、(同义词= KIl 81)、(同义词= K1181B)、Kl765/!、(同义词= K1765/1)、Kl842B、(同义词= K1832B)、Kl937B、(同义词= K1937B)、Ll、

28、7、231、483、490、632和864/100。

钩端螺旋体属的细菌被下述噬菌体感染：LEl、LE3、LE4和~NN -钩端螺旋体属(1)。

李斯特菌属的细菌被下述噬菌体感染：A511、01761、4211、4286、(同义词= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、

MLUP5、(同义词= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716和NN-李斯特菌属(15)。

摩根氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：47。

分枝杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(同义词= GS4E)、GS7、(同义词= GS-7)、(同义词= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(同义词= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(同义词=phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、

630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(同义词= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、PolonusI、Roy、Rl、(同义词= Rl-Myb)、(同义词= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D和NN-分枝杆菌属(1)。

奈瑟球菌属的细菌被下述噬菌体感染：I组、II组和NPl。

诺卡氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：MNP8、NJ-L、NS-8、N5和TtiN -诺卡氏菌属。

变形杆菌属的细菌被下述噬菌体感染：Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、

m、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、

χ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8和24/2514。

普罗威登斯菌属(Providencia)的细菌被下述噬菌体感染：PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402和9213/921 Ia。

假单胞菌属的细菌被下述噬菌体感染：PfI、(同义词= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-假单胞菌属(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(同义词= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、

BE、

CTX、

C17、

KZ、(同义词=ΦKZ)、

-LT、Φmu78、

NZ、

PLS-1、

ST-1、

W-14、

-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、ΗN-假单胞菌属(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、

BS、ΦKf77、

-MC、ΦmnF82、

PLS27、

PLS743、

S-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-假单胞菌属(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、

C5、

Cl l、

Cl l-1、

C13、

C15、

MO、

X、

O4、

l l、

240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、ΗN-假单胞菌属(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、

O3、

O6和1214。

立克次体属的细菌被下述噬菌体感染：NN-立克次体属。

沙门氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(同义词= 0-1)、(同义词= O1)、(同义词= O-I)、(同义词=7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(同义词= ViI)、9、imSalmonella(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(同义词= P22)、(同义词= PLT22)、(同义词= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(同义词=

l[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、

l、1、2、3a、3al、1010、Ym-沙门氏菌属(1)、N-4、SasL6和27。

沙雷氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、

CWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359和SMBl。

志贺氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：Fsa、(同义词=a)、FSD2d、(同义词= D2d)、(同义词= W2d)、FSD2E、(同义词= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(同义词= HIV)、SHvi、(同义词= HVI)、SHVvm、(同义词= HVIII)、SKγ66、(同义词= γ66)、(同义词= yββ)、(同义词= γ66b)、SKm、(同义词= SIIIb)5(同义词= UI)、SKw、(同义词=Siva)、(同义词= IV)、SIC™、(同义词= SIVA.)、(同义词= IVA)、SKvi、(同义词= KVI)、(同义词= Svi)、(同义词= VI)、SKvm、(同义词= Svm)、(同义词= VIII)、SKVΠIA、(同义词=SvmA)、(同义词= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(同义词= D2c)、(同义词= D20)、

l、

IVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(同义词= FS7)、(同义词= K29)、FlO、(同义词= FSlO)、(同义词= K31)、I1、(同义词= α)、(同义词= FSa)、(同义词= Kl 8)、(同义词= α)、I2、(同义词= a)、(同义词= K19)、SG33、(同义词= G35)、(同义词= SO-35/G)、SG35、(同义词= SO-55/G)、SG3201、(同义词= SO-3201/G)、SHn、(同义词= HII)、SHv、(同义词= SHV)、SHx、SHX、SKn、(同义词= K2)、(同义词= KII)、(同义词= Sn)、(同义词= SsII)、(同义词= II)、SKrv、(同义词= Sm)、(同义词= SsIV)、(同义词= IV)、SK1Va、(同义词= Swab)、(同义词=SsIVa)、(同义词= IVa)、SKV、(同义词= K4)、(同义词= KV)、(同义词= SV)、(同义词=SsV)、(同义词= V)、SKx、(同义词= K9)、(同义词= KX)、(同义词= SX)、(同义词= SsX)、(同义词= X)、STV、(同义词= T35)、(同义词= 35-50-R)、STvm、(同义词= T8345)、(同义词=8345-SO-S-R)、W1、(同义词= D8)、(同义词= FSD8)、W2a、(同义词= D2A)、(同义词= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(同义词= Fl)、SF6、(同义词= F6)、SG42、(同义词= SO-42/G)、SG3203、(同义词= SO-3203/G)、SKF12、(同义词= SsF12)、(同义词= F12)、(同义词= F12)、STn、(同义词= 1881-SO-R)、γ66、(同义词= γ66a)、(同义词= Ssγ66)、

2、BIl、DDVII、(同义词=DD7)、FSD2b、(同义词= W2B)、FS2、(同义词= F2)、(同义词= F2)、FS4、(同义词= F4)、(同义词= F4)、FS5、(同义词= F5)、(同义词= F5)、FS9、(同义词= F9)、(同义词= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(同义词= SO-36/G)、(同义词= G36)、SG3204、(同义词= SO-3204/G)、SG3244、(同义词= SO-3244/G)、SHi、(同义词= HI)、SHvπ、(同义词= HVII)、SHK、(同义词= HIX)、SHx1、SHxπ、(同义词= HXn)、SKI、KI、(同义词= S1)、(同义词= SsI)、SKVII、(同义词=KVII)、(同义词= Svπ)、(同义词= SsVII)、SKIX、(同义词= KIX)、(同义词= S1x)、(同义词=SsIX)、SKXII、(同义词= KXII)、(同义词= Sxn)、(同义词= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、

3、

5、

7、

8、

9、

lO、

ll、

l3、

l4、

l8、SHm、(同义词= Hπi)、SHχi、(同义词= HXt)和SKxI、(同义词= KXI)、(同义词= Sχi)、(同义词= SsXI)、(同义词= XI)。

葡萄球菌属的细菌被下述噬菌体感染：A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(同义词= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、

812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(同义词=stcl)、STC2、(同义词=stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、

B5-2、

D、ω、11、(同义词=

l l)、(同义词= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(同义词= P42D)、44A、48、51、52、52A、(同义词= P52A)、52B、53、55、69、71、(同义词= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、

RE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A547C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460和mS-葡萄球菌属(1)。

链球菌属的细菌被下述噬菌体感染：EJ-I、NN-链球菌属(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(同义词= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、

O1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(同义词= SFiI l)、(同义词=

SFill)、(同义词= ΦSfil l)、(同义词=

Sfil l)、sfil9、(同义词= SFil9)、(同义词=

SFil9)、(同义词=

Sfil9)、Sfi21、(同义词= SFi21)、(同义词=

SFi21)、(同义词=

Sfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(同义词=

S3)、s265、Φ17、

42、Φ57、

80、

81、

82、

83、

84、

85、

86、

87、

88、

89、

90、

91、

92、

93、

94、

95、

96、

97、

98、

99、

lOO、

lOl、

lO2、

227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44、337/ST17和mStreptococcus(34)。

密螺旋体属的细菌被下述噬菌体感染：NN-密螺旋体属(1)。

弧菌属的细菌被下述噬菌体感染：CTXΦ、fs、(同义词= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、κ、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(同义词= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(同义词= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、

VP143、

VP253、Φ16、

l38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(同义词= II组)、(同义词==

2)、V、VIII、~m-弧菌属(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、S、T、

92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I(同义词= I组)、III(同义词= III组)、VI、(同义词= A-Saratov)、VII、IX、X、ΗN-弧菌属(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(同义词=

l49)、IV、(同义词=IV组)、NN-弧菌属(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B和ΗN-弧菌属(7)。

耶尔森氏菌属的细菌被下述噬菌体感染：H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、

YerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176和Yer2AT。

更优选地，细菌噬菌体选自沙门氏菌属病毒SKML39、志贺氏菌属病毒AG3、Dickeya病毒Limestone、Dickeya病毒RC2014、埃希氏菌属病毒CBA120、埃希氏菌属病毒PhaxI、沙门氏菌属病毒38、沙门氏菌属病毒Det7、沙门氏菌属病毒GG32、沙门氏菌属病毒PM10、沙门氏菌属病毒SFP10、沙门氏菌属病毒SH19、沙门氏菌属病毒SJ3、埃希氏菌属病毒ECML4、沙门氏菌属病毒Marshall、沙门氏菌属病毒Maynard、沙门氏菌属病毒SJ2、沙门氏菌属病毒STML131、沙门氏菌属病毒ViI、欧文氏菌属(Erwinia)病毒Ea2809、克雷伯氏菌属病毒0507KN21、沙雷氏菌属病毒IME250、沙雷氏菌属病毒MAM1、弯曲杆菌属病毒CP21、弯曲杆菌属病毒CP220、弯曲杆菌属病毒CPt10、弯曲杆菌属病毒IBB35、弯曲杆菌属病毒CP81、弯曲杆菌属病毒CP30A、弯曲杆菌属病毒CPX、弯曲杆菌属病毒NCTC12673、欧文氏菌属病毒Ea214、欧文氏菌属病毒M7、埃希氏菌属病毒AYO145A、埃希氏菌属病毒EC6、埃希氏菌属病毒HY02、埃希氏菌属病毒JH2、埃希氏菌属病毒TP1、埃希氏菌属病毒VpaE1、埃希氏菌属病毒wV8、沙门氏菌属病毒FelixO1、沙门氏菌属病毒HB2014、沙门氏菌属病毒Mushroom、沙门氏菌属病毒UAB87、柠檬酸杆菌属病毒Moogle、柠檬酸杆菌属病毒Mordin、埃希氏菌属病毒SUSP1、埃希氏菌属病毒SUSP2、气单胞菌属病毒phiO18P、嗜血杆菌属病毒HP1、嗜血杆菌属病毒HP2、巴斯德氏菌属(Pasteurella)病毒F108、弧菌属病毒K139、弧菌属病毒Kappa、伯克霍尔德氏菌属病毒phi52237、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE122、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE202、埃希氏菌属病毒186、埃希氏菌属病毒P4、埃希氏菌属病毒P2、埃希氏菌属病毒Wphi、曼海姆氏菌属(Mannheimia)病毒PHL101、假单胞菌属病毒phiCTX、罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)病毒RSA1、沙门氏菌属病毒Fels2、沙门氏菌属病毒PsP3、沙门氏菌属病毒SopEphi、耶尔森氏菌属病毒L413C、葡萄球菌属病毒G1、葡萄球菌属病毒G15、葡萄球菌属病毒JD7、葡萄球菌属病毒K、葡萄球菌属病毒MCE2014、葡萄球菌属病毒P108、葡萄球菌属病毒Rodi、葡萄球菌属病毒S253、葡萄球菌属病毒S25-4、葡萄球菌属病毒SA12、李斯特菌属病毒A511、李斯特菌属病毒P100、葡萄球菌属病毒Remus、葡萄球菌属病毒SA11、葡萄球菌属病毒Stau2、芽孢杆菌属病毒Camphawk、芽孢杆菌属病毒SPO1、芽孢杆菌属病毒BCP78、芽孢杆菌属病毒TsarBomba、葡萄球菌属病毒Twort、肠球菌属病毒phiEC24C、乳杆菌属病毒Lb338-1、乳杆菌属病毒LP65、肠杆菌属病毒PG7、埃希氏菌属病毒CC31、克雷伯氏菌属病毒JD18、克雷伯氏菌属病毒PKO111、埃希氏菌属病毒Bp7、埃希氏菌属病毒IME08、埃希氏菌属病毒JS10、埃希氏菌属病毒JS98、埃希氏菌属病毒QL01、埃希氏菌属病毒VR5、肠杆菌属病毒Eap3、克雷伯氏菌属病毒KP15、克雷伯氏菌属病毒KP27、克雷伯氏菌属病毒Matisse、克雷伯氏菌属病毒Miro、柠檬酸杆菌属病毒Merlin、柠檬酸杆菌属病毒Moon、埃希氏菌属病毒JSE、埃希氏菌属病毒phi1、埃希氏菌属病毒RB49、埃希氏菌属病毒HX01、埃希氏菌属病毒JS09、埃希氏菌属病毒RB69、志贺氏菌属病毒UTAM、沙门氏菌属病毒S16、沙门氏菌属病毒STML198、弧菌属病毒KVP40、弧菌属病毒nt1、弧菌属病毒ValKK3、埃希氏菌属病毒VR7、埃希氏菌属病毒VR20、埃希氏菌属病毒VR25、埃希氏菌属病毒VR26、志贺氏菌属病毒SP18、埃希氏菌属病毒AR1、埃希氏菌属病毒C40、埃希氏菌属病毒E112、埃希氏菌属病毒ECML134、埃希氏菌属病毒HY01、埃希氏菌属病毒Ime09、埃希氏菌属病毒RB3、埃希氏菌属病毒RB14、埃希氏菌属病毒T4、志贺氏菌属病毒Pss1、志贺氏菌属病毒Shfl2、耶尔森氏菌属病毒D1、耶尔森氏菌属病毒PST、不动杆菌属病毒133、气单胞菌属病毒65、气单胞菌属病毒Aeh1、埃希氏菌属病毒RB16、埃希氏菌属病毒RB32、埃希氏菌属病毒RB43、假单胞菌属病毒42、克罗诺杆菌属(Cronobacter)病毒CR3、克罗诺杆菌属病毒CR8、克罗诺杆菌属病毒CR9、克罗诺杆菌属病毒PBES02、果胶杆菌属(Pectobacterium)病毒phiTE、克罗诺杆菌属病毒GAP31、埃希氏菌属病毒4MG、沙门氏菌属病毒SE1、沙门氏菌属病毒SSE121、埃希氏菌属病毒FFH2、埃希氏菌属病毒FV3、埃希氏菌属病毒JES2013、埃希氏菌属病毒V5、短芽孢杆菌属(Brevibacillus)病毒Abouo、短芽孢杆菌属病毒Davies、芽孢杆菌属病毒Agate、芽孢杆菌属病毒Bobb、芽孢杆菌属病毒Bp8pC、欧文氏菌属病毒Deimos、欧文氏菌属病毒Ea35-70、欧文氏菌属病毒RAY、欧文氏菌属病毒Simmy50、欧文氏菌属病毒SpecialG、不动杆菌属病毒AB1、不动杆菌属病毒AB2、不动杆菌属病毒AbC62、不动杆菌属病毒AP22、节杆菌属(Arthrobacter)病毒ArV1、节杆菌属病毒Trina、芽孢杆菌属病毒AvesoBmore、芽孢杆菌属病毒B4、芽孢杆菌属病毒Bigbertha、芽孢杆菌属病毒Riley、芽孢杆菌属病毒Spock、芽孢杆菌属病毒Troll、芽孢杆菌属病毒Bastille、芽孢杆菌属病毒CAM003、芽孢杆菌属病毒Bc431、芽孢杆菌属病毒Bcp1、芽孢杆菌属病毒BCP82、芽孢杆菌属病毒BM15、芽孢杆菌属病毒Deepblue、芽孢杆菌属病毒JBP901、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep1、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep43、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep781、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepNY3、黄单胞菌属(Xanthomonas)病毒OP2、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepMu、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE255、气单胞菌属病毒44RR2、分枝杆菌属病毒Alice、分枝杆菌属病毒Bxz1、分枝杆菌属病毒Dandelion、分枝杆菌属病毒HyRo、分枝杆菌属病毒I3、分枝杆菌属病毒Nappy、分枝杆菌属病毒Sebata、梭菌属病毒phiC2、梭菌属病毒phiCD27、梭菌属病毒phiCD119、芽孢杆菌属病毒CP51、芽孢杆菌属病毒JL、芽孢杆菌属病毒Shanette、埃希氏菌属病毒CVM10、埃希氏菌属病毒ep3、欧文氏菌属病毒Asesino、欧文氏菌属病毒EaH2、假单胞菌属病毒EL、盐单胞菌属(Halomonas)病毒HAP1、弧菌属病毒VP882、短芽孢杆菌属病毒Jimmer、短芽孢杆菌属病毒Osiris、假单胞菌属病毒Ab03、假单胞菌属病毒KPP10、假单胞菌属病毒PAKP3、中华根瘤菌属(Sinorhizobium)病毒M7、中华根瘤菌属病毒M12、中华根瘤菌属病毒N3、欧文氏菌属病毒Machina、节杆菌属病毒Brent、节杆菌属病毒Jawnski、节杆菌属病毒Martha、节杆菌属病毒Sonny、爱德华氏菌属(Edwardsiella)病毒MSW3、爱德华氏菌属病毒PEi21、埃希氏菌属病毒Mu、志贺氏菌属病毒SfMu、盐杆菌属(Halobacterium)病毒phiH、芽孢杆菌属病毒Grass、芽孢杆菌属病毒NIT1、芽孢杆菌属病毒SPG24、气单胞菌属病毒43、埃希氏菌属病毒P1、假单胞菌属病毒CAb1、假单胞菌属病毒CAb02、假单胞菌属病毒JG004、假单胞菌属病毒PAKP1、假单胞菌属病毒PAKP4、假单胞菌属病毒PaP1、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepF1、假单胞菌属病毒141、假单胞菌属病毒Ab28、假单胞菌属病毒DL60、假单胞菌属病毒DL68、假单胞菌属病毒F8、假单胞菌属病毒JG024、假单胞菌属病毒KPP12、假单胞菌属病毒LBL3、假单胞菌属病毒LMA2、假单胞菌属病毒PB1、假单胞菌属病毒SN、假单胞菌属病毒PA7、假单胞菌属病毒phiKZ、根瘤菌属(Rhizobium)病毒RHEph4、罗尔斯通氏菌属病毒RSF1、罗尔斯通氏菌属病毒RSL2、罗尔斯通氏菌属病毒RSL1、气单胞菌属病毒25、气单胞菌属病毒31、气单胞菌属病毒Aes12、气单胞菌属病毒Aes508、气单胞菌属病毒AS4、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)病毒IME13、葡萄球菌属病毒IPLAC1C、葡萄球菌属病毒SEP1、沙门氏菌属病毒SPN3US、芽孢杆菌属病毒1、Geo芽孢杆菌属病毒GBSV1、耶尔森氏菌属病毒R1RT、耶尔森氏菌属病毒TG1、芽孢杆菌属病毒G、芽孢杆菌属病毒PBS1、微囊藻属(Microcystis)病毒Ma-LMM01、弧菌属病毒MAR、弧菌属病毒VHML、弧菌属病毒VP585、芽孢杆菌属病毒BPS13、芽孢杆菌属病毒Hakuna、芽孢杆菌属病毒Megatron、芽孢杆菌属病毒WPh、不动杆菌属病毒AB3、不动杆菌属病毒Abp1、不动杆菌属病毒Fri1、不动杆菌属病毒IME200、不动杆菌属病毒PD6A3、不动杆菌属病毒PDAB9、不动杆菌属病毒phiAB1、埃希氏菌属病毒K30、克雷伯氏菌属病毒K5、克雷伯氏菌属病毒K11、克雷伯氏菌属病毒Kp1、克雷伯氏菌属病毒KP32、克雷伯氏菌属病毒KpV289、克雷伯氏菌属病毒F19、克雷伯氏菌属病毒K244、克雷伯氏菌属病毒Kp2、克雷伯氏菌属病毒KP34、克雷伯氏菌属病毒KpV41、克雷伯氏菌属病毒KpV71、克雷伯氏菌属病毒KpV475、克雷伯氏菌属病毒SU503、克雷伯氏菌属病毒SU552A、泛菌属(Pantoea)病毒Limelight、泛菌属病毒Limezero、假单胞菌属病毒LKA1、假单胞菌属病毒phiKMV、黄单胞菌属病毒f20、黄单胞菌属病毒f30、木杆菌属(Xylella)病毒Prado、欧文氏菌属病毒Era103、埃希氏菌属病毒K5、埃希氏菌属病毒K1-5、埃希氏菌属病毒K1E、沙门氏菌属病毒SP6、埃希氏菌属病毒T7、克吕沃尔氏菌属(Kluyvera)病毒Kvp1、假单胞菌属病毒gh1、原绿球藻属(Prochlorococcus)病毒PSSP7、聚球藻属(Synechococcus)病毒P60、聚球藻属病毒Syn5、链球菌属病毒Cp1、链球菌属病毒Cp7、葡萄球菌属病毒44AHJD、链球菌属病毒C1、芽孢杆菌属病毒B103、芽孢杆菌属病毒GA1、芽孢杆菌属病毒phi29、库特氏菌属(Kurthia)病毒6、放线菌属病毒Av1、支原体属病毒P1、埃希氏菌属病毒24B、埃希氏菌属病毒933W、埃希氏菌属病毒Min27、埃希氏菌属病毒PA28、埃希氏菌属病毒Stx2 II、志贺氏菌属病毒7502Stx、志贺氏菌属病毒POCJ13、埃希氏菌属病毒191、埃希氏菌属病毒PA2、埃希氏菌属病毒TL2011、志贺氏菌属病毒VASD、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcep22、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcepil02、伯克霍尔德氏菌属病毒Bcepmigl、伯克霍尔德氏菌属病毒DC1、博德特氏菌病毒BPP1、伯克霍尔德氏菌属病毒BcepC6B、噬纤维素菌属(Cellulophaga)病毒Cba41、噬纤维素菌属病毒Cba172、Dinoroseobacter病毒DFL12、欧文氏菌属病毒Ea9-2、欧文氏菌属病毒Frozen、埃希氏菌属病毒phiV10、沙门氏菌属病毒Epsilon15、沙门氏菌属病毒SPN1S、假单胞菌属病毒F116、假单胞菌属病毒H66、埃希氏菌属病毒APEC5、埃希氏菌属病毒APEC7、埃希氏菌属病毒Bp4、埃希氏菌属病毒EC1UPM、埃希氏菌属病毒ECBP1、埃希氏菌属病毒G7C、埃希氏菌属病毒IME11、志贺氏菌属病毒Sb1、无色杆菌属(Achromobacter)病毒Axp3、无色杆菌属病毒JWAlpha、爱德华氏菌属病毒KF1、假单胞菌属病毒KPP25、假单胞菌属病毒R18、假单胞菌属病毒Ab09、假单胞菌属病毒LIT1、假单胞菌属病毒PA26、假单胞菌属病毒Ab22、假单胞菌属病毒CHU、假单胞菌属病毒LUZ24、假单胞菌属病毒PAA2、假单胞菌属病毒PaP3、假单胞菌属病毒PaP4、假单胞菌属病毒TL、假单胞菌属病毒KPP21、假单胞菌属病毒LUZ7、埃希氏菌属病毒N4、沙门氏菌属病毒9NA、沙门氏菌属病毒SP069、沙门氏菌属病毒BTP1、沙门氏菌属病毒HK620、沙门氏菌属病毒P22、沙门氏菌属病毒ST64T、志贺氏菌属病毒Sf6、芽孢杆菌属病毒Page、芽孢杆菌属病毒Palmer、芽孢杆菌属病毒Pascal、芽孢杆菌属病毒Pony、芽孢杆菌属病毒Pookie、埃希氏菌属病毒172-1、埃希氏菌属病毒ECB2、埃希氏菌属病毒NJ01、埃希氏菌属病毒phiEco32、埃希氏菌属病毒Septima11、埃希氏菌属病毒SU10、布鲁氏菌属病毒Pr、布鲁氏菌属病毒Tb、埃希氏菌属病毒Pollock、沙门氏菌属病毒FSL SP-058、沙门氏菌属病毒FSL SP-076、螺杆菌属病毒1961P、螺杆菌属病毒KHP30、螺杆菌属病毒KHP40、Hamiltonella病毒APSE1、乳球菌属病毒KSY1、席藻属(Phormidium)病毒WMP3、席藻属病毒WMP4、假单胞菌属病毒119X、玫瑰杆菌属(Roseobacter)病毒SIO1、弧菌属病毒VpV262、弧菌属病毒VC8、弧菌属病毒VP2、弧菌属病毒VP5、链霉菌属病毒Amela、链霉菌属病毒phiCAM、链霉菌属病毒Aaronocolus、链霉菌属病毒Caliburn、链霉菌属病毒Danzina、链霉菌属病毒Hydra、链霉菌属病毒Izzy、链霉菌属病毒Lannister、链霉菌属病毒Lika、链霉菌属病毒Sujidade、链霉菌属病毒Zemlya、链霉菌属病毒ELB20、链霉菌属病毒R4、链霉菌属病毒phiHau3、分枝杆菌属病毒Acadian、分枝杆菌属病毒Baee、分枝杆菌属病毒Reprobate、分枝杆菌属病毒Adawi、分枝杆菌属病毒Bane1、分枝杆菌属病毒BrownCNA、分枝杆菌属病毒Chrisnmich、分枝杆菌属病毒Cooper、分枝杆菌属病毒JAMaL、分枝杆菌属病毒Nigel、分枝杆菌属病毒Stinger、分枝杆菌属病毒Vincenzo、分枝杆菌属病毒Zemanar、分枝杆菌属病毒Apizium、分枝杆菌属病毒Manad、分枝杆菌属病毒Oline、分枝杆菌属病毒Osmaximus、分枝杆菌属病毒Pg1、分枝杆菌属病毒Soto、分枝杆菌属病毒Suffolk、分枝杆菌属病毒Athena、分枝杆菌属病毒Bernardo、分枝杆菌属病毒Gadjet、分枝杆菌属病毒Pipefish、分枝杆菌属病毒Godines、分枝杆菌属病毒Rosebush、分枝杆菌属病毒Babsiella、分枝杆菌属病毒Brujita、分枝杆菌属病毒Che9c、分枝杆菌属病毒Sbash、分枝杆菌属病毒Hawkeye、分枝杆菌属病毒Plot、沙门氏菌属病毒AG11、沙门氏菌属病毒Ent1、沙门氏菌属病毒f18SE、沙门氏菌属病毒Jersey、沙门氏菌属病毒L13、沙门氏菌属病毒LSPA1、沙门氏菌属病毒SE2、沙门氏菌属病毒SETP3、沙门氏菌属病毒SETP7、沙门氏菌属病毒SETP13、沙门氏菌属病毒SP101、沙门氏菌属病毒SS3e、沙门氏菌属病毒wksl3、埃希氏菌属病毒K1G、埃希氏菌属病毒K1H、埃希氏菌属病毒K1ind1、埃希氏菌属病毒K1ind2、沙门氏菌属病毒SP31、明串球菌属病毒Lmd1、明串球菌属病毒LN03、明串球菌属病毒LN04、明串球菌属病毒LN12、明串球菌属病毒LN6B、明串球菌属病毒P793、明串球菌属病毒1A4、明串球菌属病毒Ln8、明串球菌属病毒Ln9、明串球菌属病毒LN25、明串球菌属病毒LN34、明串球菌属病毒LNTR3、分枝杆菌属病毒Bongo、分枝杆菌属病毒Rey、分枝杆菌属病毒Butters、分枝杆菌属病毒Michelle、分枝杆菌属病毒Charlie、分枝杆菌属病毒Pipsqueaks、分枝杆菌属病毒Xeno、分枝杆菌属病毒Panchino、分枝杆菌属病毒Phrann、分枝杆菌属病毒Redi、分枝杆菌属病毒Skinnyp、戈登氏菌属(Gordonia)病毒BaxterFox、戈登氏菌属病毒Yeezy、戈登氏菌属病毒Kita、戈登氏菌属病毒Zirinka、戈登氏菌属病毒Nymphadora、分枝杆菌属病毒Bignuz、分枝杆菌属病毒Brusacoram、分枝杆菌属病毒Donovan、分枝杆菌属病毒Fishburne、分枝杆菌属病毒Jebeks、分枝杆菌属病毒Malithi、分枝杆菌属病毒Phayonce、肠杆菌属病毒F20、克雷伯氏菌属病毒1513、克雷伯氏菌属病毒KLPN1、克雷伯氏菌属病毒KP36、克雷伯氏菌属病毒PKP126、克雷伯氏菌属病毒Sushi、埃希氏菌属病毒AHP42、埃希氏菌属病毒AHS24、埃希氏菌属病毒AKS96、埃希氏菌属病毒C119、埃希氏菌属病毒E41c、埃希氏菌属病毒Eb49、埃希氏菌属病毒Jk06、埃希氏菌属病毒KP26、埃希氏菌属病毒Rogue1、埃希氏菌属病毒ACGM12、埃希氏菌属病毒Rtp、埃希氏菌属病毒ADB2、埃希氏菌属病毒JMPW1、埃希氏菌属病毒JMPW2、埃希氏菌属病毒T1、志贺氏菌属病毒PSf2、志贺氏菌属病毒Shfl1、柠檬酸杆菌属病毒Stevie、埃希氏菌属病毒TLS、沙门氏菌属病毒SP126、克罗诺杆菌属病毒Esp2949-1、假单胞菌属病毒Ab18、假单胞菌属病毒Ab19、假单胞菌属病毒PaMx11、节杆菌属病毒Amigo、丙酸杆菌属病毒Anatole、丙酸杆菌属病毒B3、芽孢杆菌属病毒Andromeda、芽孢杆菌属病毒Blastoid、芽孢杆菌属病毒Curly、芽孢杆菌属病毒Eoghan、芽孢杆菌属病毒Finn、芽孢杆菌属病毒Glittering、芽孢杆菌属病毒Riggi、芽孢杆菌属病毒Taylor、戈登氏菌属病毒Attis、分枝杆菌属病毒Barnyard、分枝杆菌属病毒Konstantine、分枝杆菌属病毒Predator、分枝杆菌属病毒Bernal13、葡萄球菌属病毒13、葡萄球菌属病毒77、葡萄球菌属病毒108PVL、分枝杆菌属病毒Bron、分枝杆菌属病毒Faith1、分枝杆菌属病毒Joedirt、分枝杆菌属病毒Rumpelstiltskin、乳球菌属病毒bIL67、乳球菌属病毒c2、乳杆菌属病毒c5、乳杆菌属病毒Ld3、乳杆菌属病毒Ld17、乳杆菌属病毒Ld25A、乳杆菌属病毒LLKu、乳杆菌属病毒phiLdb、噬纤维素菌属病毒Cba121、噬纤维素菌属病毒Cba171、噬纤维素菌属病毒Cba181、噬纤维素菌属病毒ST、芽孢杆菌属病毒250、芽孢杆菌属病毒IEBH、分枝杆菌属病毒Ardmore、分枝杆菌属病毒Avani、分枝杆菌属病毒Boomer、分枝杆菌属病毒Che8、分枝杆菌属病毒Che9d、分枝杆菌属病毒Deadp、分枝杆菌属病毒Dlane、分枝杆菌属病毒Dorothy、分枝杆菌属病毒Dotproduct、分枝杆菌属病毒Drago、分枝杆菌属病毒Fruitloop、分枝杆菌属病毒Gumbie、分枝杆菌属病毒Ibhubesi、分枝杆菌属病毒Llij、分枝杆菌属病毒Mozy、分枝杆菌属病毒Mutaforma13、分枝杆菌属病毒Pacc40、分枝杆菌属病毒PMC、分枝杆菌属病毒Ramsey、分枝杆菌属病毒Rockyhorror、分枝杆菌属病毒SG4、分枝杆菌属病毒Shauna1、分枝杆菌属病毒Shilan、分枝杆菌属病毒Spartacus、分枝杆菌属病毒Taj、分枝杆菌属病毒Tweety、分枝杆菌属病毒Wee、分枝杆菌属病毒Yoshi、沙门氏菌属病毒Chi、沙门氏菌属病毒FSLSP030、沙门氏菌属病毒FSLSP088、沙门氏菌属病毒iEPS5、沙门氏菌属病毒SPN19、分枝杆菌属病毒244、分枝杆菌属病毒Bask21、分枝杆菌属病毒CJW1、分枝杆菌属病毒Eureka、分枝杆菌属病毒Kostya、分枝杆菌属病毒Porky、分枝杆菌属病毒Pumpkin、分枝杆菌属病毒Sirduracell、分枝杆菌属病毒Toto、分枝杆菌属病毒Corndog、分枝杆菌属病毒Firecracker、红细菌属(Rhodobacter)病毒RcCronus、假单胞菌属病毒D3112、假单胞菌属病毒DMS3、假单胞菌属病毒FHA0480、假单胞菌属病毒LPB1、假单胞菌属病毒MP22、假单胞菌属病毒MP29、假单胞菌属病毒MP38、假单胞菌属病毒PA1KOR、假单胞菌属病毒D3、假单胞菌属病毒PMG1、节杆菌属病毒Decurro、戈登氏菌属病毒Demosthenes、戈登氏菌属病毒Katyusha、戈登氏菌属病毒Kvothe、丙酸杆菌属病毒B22、丙酸杆菌属病毒Doucette、丙酸杆菌属病毒E6、丙酸杆菌属病毒G4、伯克霍尔德氏菌属病毒phi6442、伯克霍尔德氏菌属病毒phi1026b、伯克霍尔德氏菌属病毒phiE125、爱德华氏菌属病毒eiAU、分枝杆菌属病毒Ff47、分枝杆菌属病毒Muddy、分枝杆菌属病毒Gaia、分枝杆菌属病毒Giles、节杆菌属病毒Captnmurica、节杆菌属病毒Gordon、戈登氏菌属病毒GordTnk2、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)病毒Harrison、埃希氏菌属病毒EK99P1、埃希氏菌属病毒HK578、埃希氏菌属病毒JL1、埃希氏菌属病毒SSL2009a、埃希氏菌属病毒YD2008s、志贺氏菌属病毒EP23、伴突属(Sodalis)病毒SO1、埃希氏菌属病毒HK022、埃希氏菌属病毒HK75、埃希氏菌属病毒HK97、埃希氏菌属病毒HK106、埃希氏菌属病毒HK446、埃希氏菌属病毒HK542、埃希氏菌属病毒HK544、埃希氏菌属病毒HK633、埃希氏菌属病毒mEp234、埃希氏菌属病毒mEp235、埃希氏菌属病毒mEpX1、埃希氏菌属病毒mEpX2、埃希氏菌属病毒mEp043、埃希氏菌属病毒mEp213、埃希氏菌属病毒mEp237、埃希氏菌属病毒mEp390、埃希氏菌属病毒mEp460、埃希氏菌属病毒mEp505、埃希氏菌属病毒mEp506、短芽孢杆菌属病毒Jenst、无色杆菌属病毒83-24、无色杆菌属病毒JWX、节杆菌属病毒Kellezzio、节杆菌属病毒Kitkat、节杆菌属病毒Bennie、节杆菌属病毒DrRobert、节杆菌属病毒Glenn、节杆菌属病毒HunterDalle、节杆菌属病毒Joann、节杆菌属病毒Korra、节杆菌属病毒Preamble、节杆菌属病毒Pumancara、节杆菌属病毒Wayne、分枝杆菌属病毒Alma、分枝杆菌属病毒Arturo、分枝杆菌属病毒Astro、分枝杆菌属病毒Backyardigan、分枝杆菌属病毒BBPiebs31、分枝杆菌属病毒Benedict、分枝杆菌属病毒Bethlehem、分枝杆菌属病毒Billknuckles、分枝杆菌属病毒Bruns、分枝杆菌属病毒Bxb1、分枝杆菌属病毒Bxz2、分枝杆菌属病毒Che12、分枝杆菌属病毒Cuco、分枝杆菌属病毒D29、分枝杆菌属病毒Doom、分枝杆菌属病毒Ericb、分枝杆菌属病毒Euphoria、分枝杆菌属病毒George、分枝杆菌属病毒Gladiator、分枝杆菌属病毒Goose、分枝杆菌属病毒Hammer、分枝杆菌属病毒Heldan、分枝杆菌属病毒Jasper、分枝杆菌属病毒JC27、分枝杆菌属病毒Jeffabunny、分枝杆菌属病毒JHC117、分枝杆菌属病毒KBG、分枝杆菌属病毒Kssjeb、分枝杆菌属病毒Kugel、分枝杆菌属病毒L5、分枝杆菌属病毒Lesedi、分枝杆菌属病毒LHTSCC、分枝杆菌属病毒lockley、分枝杆菌属病毒Marcell、分枝杆菌属病毒Microwolf、分枝杆菌属病毒Mrgordo、分枝杆菌属病毒Museum、分枝杆菌属病毒Nepal、分枝杆菌属病毒Packman、分枝杆菌属病毒Peaches、分枝杆菌属病毒Perseus、分枝杆菌属病毒Pukovnik、分枝杆菌属病毒Rebeuca、分枝杆菌属病毒Redrock、分枝杆菌属病毒Ridgecb、分枝杆菌属病毒Rockstar、分枝杆菌属病毒Saintus、分枝杆菌属病毒Skipole、分枝杆菌属病毒Solon、分枝杆菌属病毒Switzer、分枝杆菌属病毒SWU1、分枝杆菌属病毒Ta17a、分枝杆菌属病毒Tiger、分枝杆菌属病毒Timshel、分枝杆菌属病毒Trixie、分枝杆菌属病毒Turbido、分枝杆菌属病毒Twister、分枝杆菌属病毒U2、分枝杆菌属病毒Violet、分枝杆菌属病毒Wonder、埃希氏菌属病毒DE3、埃希氏菌属病毒HK629、埃希氏菌属病毒HK630、埃希氏菌属病毒λ、节杆菌属病毒Laroye、分枝杆菌属病毒Halo、分枝杆菌属病毒Liefie、分枝杆菌属病毒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在一个实施方案中，细菌病毒颗粒靶向大肠杆菌，并且包括选自以下的细菌噬菌体的衣壳：BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、W

、

K13、

l、

2、

7、

92、7 A、8

、9

、18、28-1、186、299、ΗH-埃希氏菌属(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5

、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、

C3888、

K3、

K7、

K12、

V-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、

l、

l.2、

20、

95、

263、

lO92、

l、

ll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-埃希氏菌属(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ 、ΦD326、

γ、Φ06、Φ7、Φ10、

80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J和933H。

益生元包括但不限于氨基酸、生物素、果寡糖、半乳寡糖、半纤维素(例如阿拉伯木聚糖、木聚糖、木葡聚糖和葡甘露聚糖)、菊粉、几丁质、乳果糖、甘露寡糖、富含低聚果糖的菊粉、树胶(例如瓜尔胶、阿拉伯树胶和角叉菜胶(carregenaan))、低聚果糖、低聚右旋糖(oligodextrose)、塔格糖、抗性麦芽糖糊精(例如抗性淀粉)、反式半乳寡糖、果胶(例如木糖聚半乳糖醛酸(xylogalactouronan)、柑橘果胶、苹果果胶和鼠李糖聚半乳糖醛酸-I)、膳食纤维(例如大豆纤维、甜菜纤维、豌豆纤维、玉米麸和燕麦纤维)和木寡糖。

益生菌包括但不限于乳杆菌、双歧杆菌、链球菌、肠球菌、丙酸杆菌、酵母菌、乳杆菌、双歧杆菌或变形菌。

抗生素可以选自青霉素类，例如青霉素G、青霉素K、青霉素N、青霉素O、青霉素V、甲氧西林、苄青霉素、萘夫西林、苯唑西林、氯唑西林、双氯西林、氨苄西林、阿莫西林、匹氨西林、海他西林、巴氨西林、美坦西林、酞氨西林、依匹西林、羧苄西林、替卡西林、替莫西林、美洛西林和哌拉西林；头孢菌素类，例如头孢乙腈、头孢羟氨苄、头孢氨苄、头孢来星、头孢洛宁、头孢噻啶、头孢噻吩、头孢匹林、头孢曲嗪、头孢氮氟、头孢西酮、头孢唑啉、头孢拉定、头孢沙定、头孢替唑、头孢克洛、头孢尼西、头孢丙烯、头孢呋辛、头孢唑南、头孢美唑、头孢替坦、头孢西丁、氯碳头孢、头孢拉宗、头孢米诺、头孢替坦、头孢西丁、头孢替安、头孢卡品、头孢达肟、头孢地尼、头孢托仑、头孢他美、头孢克肟、头孢甲肟、头孢地嗪、头孢噻肟、头孢维星、头孢咪唑、头孢泊肟、头孢特仑、ceftamere、头孢布烯、头孢噻呋、头孢噻林、头孢唑肟、头孢曲松、头孢哌酮、头孢他啶、拉氧头孢、头孢克定、头孢吡肟、头孢瑞南、头孢噻利、头孢唑兰、头孢匹罗、头孢喹肟、氟氧头孢、头孢比普、头孢洛林、头孢洛扎、头孢洛仑、头孢帕罗、头孢卡奈、头孢屈洛、头孢吡酮、头孢三唑、头孢维曲、头孢马替林、cefmepidium、头孢噁唑、头孢罗替、头孢舒米、头孢噻氧、头孢呋汀和头孢硝噻吩；多粘菌素类，例如多链丝霉素(polysporin)、新孢霉素、多粘菌素B和多粘菌素E，利福平类，例如利福平、利福喷丁和利福昔明；非达霉素；喹诺酮类，例如西诺沙星、萘啶酸、噁喹酸、吡咯米酸、吡哌酸、罗索沙星、环丙沙星、依诺沙星、氟罗沙星、洛美沙星、那氟沙星、诺氟沙星、氧氟沙星、培氟沙星、芦氟沙星、巴洛沙星、格帕沙星、左氧氟沙星、帕珠沙星、替马沙星、托氟沙星、克林沙星、加替沙星、吉米沙星、莫西沙星、西他沙星、曲伐沙星、普卢利沙星、德拉沙星、奈诺沙星和扎波沙星；磺胺类，例如磺胺异噁唑、磺胺乙酰胺、磺胺嘧啶、磺胺二甲嘧啶、磺胺异噁唑、磺胺索嘧啶、磺胺多辛、磺胺甲噁唑、磺胺噁唑、磺胺硝苯、磺胺二甲氧嘧啶、磺胺甲氧哒嗪、磺胺对甲氧嘧啶、磺胺多辛、磺胺甲氧嗪和对苯二酚(terephtyl)；大环内酯类，例如阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、非达霉素、泰利霉素、碳霉素(carbomycin)A、交沙霉素、吉他霉素、麦迪霉素、夹竹桃霉素、索利霉素、螺旋霉素、醋竹桃霉素、泰乐菌素和罗红霉素；酮内酯类，例如泰利霉素和赛红霉素；氟酮内酯类(lluoroketolides)，例如索利霉素；林可酰胺类，例如林可霉素、克林霉素和吡利霉素；四环素类，例如地美环素、多西环素、米诺环素、土霉素和四环素；氨基糖苷类，例如阿米卡星、地贝卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、西索米星、妥布霉素、巴龙霉素和链霉素；安莎霉素类，例如格尔德霉素、除莠霉素和利福昔明；碳头孢烯类，例如氯碳头孢；碳青霉烯类，例如厄他培南、多利培南、亚胺培南(或西司他丁)和美罗培南；糖肽类，例如替考拉宁、万古霉素、特拉万星、达巴万星和奥利万星；林可酰胺类，例如克林霉素和林可霉素；脂肽类，例如达托霉素；单内酰胺类，例如氨曲南；硝基呋喃类，例如呋喃唑酮和呋喃妥因；噁唑烷酮类，例如利奈唑胺、posizolid、雷德唑胺和特地唑胺；泰斯巴汀、氯法齐明、氨苯砜、卷曲霉素、环丝氨酸、乙胺丁醇、乙硫异烟胺、异烟肼、吡嗪酰胺、利福布汀、胂凡钠明、氯霉素、磷霉素、夫西地酸、甲硝唑、莫匹罗星、平板霉素、喹奴普丁(或达福普汀)、甲砜霉素、替加环素、替硝唑、甲氧苄啶、阿拉曲沙星、非达霉素、萘啶酸、利福平、其衍生物和组合。

本发明提供了药物组合物或兽医组合物，其包含本文公开的一种或多种细菌递送媒介物和药学上可接受的载体。一般地，对于药物用途，细菌递送媒介物可以被配制为药物制剂或组合物，其包含至少一种细菌递送媒介物和至少一种药学上可接受的载体、稀释剂或赋形剂，以及任选地一种或多种进一步的药学活性化合物。此类制剂可以是适合于以下的形式：经口施用，肠胃外施用(例如通过静脉内、肌内或皮下注射或静脉内输注)，局部施用，通过吸入、皮肤贴剂、植入物、栓剂施用等。此类施用形式可以是固体、半固体或液体，取决于施用方式和途径。例如，用于经口施用的制剂可以具有肠溶衣，所述肠溶衣允许制剂中的合成细菌递送媒介物抵抗胃环境并进入肠道。更一般地，用于经口施用的合成细菌递送媒介物制剂，可以适当地配制用于递送到胃肠道的任何所需部分内。另外，合适的栓剂可以用于递送到胃肠道内。可用于细菌递送媒介物组合物中的各种药学上可接受的载体、稀释剂和赋形剂是技术人员已知的。

还提供的是使用本文公开的合成细菌递送媒介物，用于治疗细菌感染的方法。该方法包括将本文公开的合成细菌递送媒介物或组合物施用于需要治疗的患有细菌感染的受试者。在一些实施方案中，受试者是哺乳动物。在一些实施方案中，受试者是人。

根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物可以进一步包含药学上可接受的媒介物。固体药学上可接受的媒介物可以包括一种或多种物质，其也可以充当调味剂、润滑剂、增溶剂、助悬剂、染料、填料、助流剂、压缩助剂、惰性粘合剂、甜味剂、防腐剂、染料、包衣或片剂崩解剂。合适的固体媒介物包括例如磷酸钙、硬脂酸镁、滑石、糖、乳糖、糊精、淀粉、明胶、纤维素、聚乙烯吡咯烷酮(polyvinylpyrrolidine)、低熔点蜡和离子交换树脂。

药物组合物或兽医组合物可以制备为无菌固体组合物，其可以在施用时使用无菌水、盐水或其它适当的无菌可注射介质进行悬浮。本公开内容的药物组合物或兽医组合物可以以无菌溶液或悬浮液的形式经口施用，所述无菌溶液或悬浮液含有其它溶质或助悬剂(例如，足够的盐水或葡萄糖以使溶液等渗)、胆汁盐、阿拉伯胶、明胶、脱水山梨糖醇单油酸酯、聚山梨酸酯8o(山梨糖醇及其酸酐与环氧乙烷共聚的油酸酯)等等。根据本公开内容的颗粒也可以以液体或固体组合物的形式经口施用。适合于经口施用的组合物包括固体形式，例如丸剂、胶囊、颗粒、片剂和粉末，以及液体形式，例如溶液、糖浆剂、酏剂和悬浮液。可用于肠内施用的形式包括无菌溶液、乳状液和悬浮液。

根据本公开内容的细菌递送媒介物可以溶解或悬浮于药学上可接受的液体媒介物中，所述液体媒介物例如水、有机溶剂、两者的混合物或者药学上可接受的油或脂肪。液体媒介物可以含有其它合适的药物添加剂，例如增溶剂、乳化剂、缓冲剂、防腐剂、甜味剂、调味剂、助悬剂、增稠剂、着色剂、粘度调节剂、稳定剂或渗透调节剂。用于经口施用和肠内施用的液体媒介物的合适实例包括水(部分含有如上文的添加剂，例如纤维素衍生物，优选羧甲基纤维素钠溶液)、醇类(包括一元醇和多元醇，例如二醇)及其衍生物、以及油(例如分馏椰子油和花生油)。对于肠胃外施用，媒介物也可以是油性酯，例如油酸乙酯和肉豆蔻酸异丙酯。无菌液体媒介物可用于无菌液体形式组合物中，用于肠内施用。用于加压组合物的液体媒介物可以是卤代烃或其它药学上可接受的推进剂。

对于经皮施用，药物组合物或兽医组合物可以配制成软膏、乳膏或凝胶形式，并且可以使用适当的渗透剂或去污剂来促进渗透，例如二甲基亚砜、二甲基乙酰胺和二甲基甲酰胺。

对于经粘膜施用，可以使用鼻腔喷雾剂、直肠或阴道栓剂。可以通过本领域已知的方法，将活性化合物掺入任何已知的栓剂基质内。此类基质的实例包括可可脂、聚乙二醇(碳蜡)、聚乙烯脱水山梨糖醇单硬脂酸酯，以及这些与其它相容材料的混合物，以改变熔点或溶解速率。

本发明涉及用于治疗由细菌引起的疾病或病症的方法，其包括施用治疗量的如本文公开的药物组合物或兽医组合物。它还涉及如本文公开的药物组合物或兽医组合物，其用于治疗由细菌引起的疾病或病症；以及如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗由细菌引起的疾病或病症。

由细菌引起的疾病或病症可以选自腹部绞痛、寻常痤疮、急性会厌炎、关节炎、菌血症、血性腹泻、肉毒杆菌中毒、布鲁氏菌病、脑脓肿、软下疳、性病、衣原体、克罗恩氏病、结膜炎、胆囊炎、结肠直肠癌、息肉病、生态失调、莱姆病、腹泻、白喉、十二指肠溃疡、心内膜炎、丹毒丝菌病(erysipelothricosis)、肠热症、发热、肾小球肾炎、胃肠炎、胃溃疡、格巴二氏综合征、破伤风、淋病、牙龈炎、炎性肠病、肠易激综合征、钩端螺旋体病、麻风病、李斯特菌病、肺结核、温夫人综合征、军团菌病、脑膜炎、粘液脓性结膜炎、多药抗性细菌感染、多药抗性细菌携带、肌坏死-气性坏疽、鸟分枝杆菌复合群、新生儿坏死性小肠结肠炎、诺卡氏菌病、医院感染、耳炎、牙周炎、咽炎、肺炎、腹膜炎、紫癜热、落基山斑疹热、志贺氏菌病、梅毒、鼻窦炎、乙状结肠炎、败血症、皮下脓肿、兔热病、气管支气管炎、扁桃体炎、伤寒、溃疡性结肠炎、尿路感染、百日咳。

本发明涉及用于治疗由细菌引起的感染的方法，其包括施用治疗量的如本文公开的药物组合物或兽医组合物。它还涉及如本文公开的药物组合物或兽医组合物，其用于治疗由细菌引起的感染；以及如本文公开的药物组合物或兽医组合物用于制造药物的用途，所述药物用于治疗由细菌引起的感染。

由细菌引起的感染可以选自：皮肤感染如痤疮，肠道感染如食道炎、胃炎、肠炎、结肠炎、乙状结肠炎、直肠炎和腹膜炎，尿路感染，阴道感染，女性上生殖道感染如输卵管炎、子宫内膜炎、卵巢炎、子宫肌炎、子宫旁组织炎和盆腔腹膜感染，呼吸道感染如肺炎，羊膜内感染，牙源性感染，牙髓感染，纤维化，脑膜炎，血流感染，医院感染如导管相关感染、医院获得性肺炎、产后感染、医院获得性胃肠炎、医院获得性尿路感染或其组合。优选地，根据本公开内容的感染由呈现抗生素抗性的细菌引起。在一个特定实施方案中，感染由如上文在靶向的细菌中列出的细菌引起。

本公开内容涉及药物组合物或兽医组合物，其用于治疗代谢紊乱，包括例如肥胖和糖尿病。

在一个特定实施方案中，本公开内容涉及药物组合物或兽医组合物，其用于治疗涉及人微生物组的细菌的病理状况，例如炎症和自身免疫性疾病、癌症、感染或脑病症。事实上，微生物组的一些细菌在不触发任何感染的情况下，可以分泌诱导和/或增强炎症或自身免疫性疾病或癌症发展的分子。更具体而言，本公开内容还涉及调节微生物组的组成以改善免疫疗法的功效，所述免疫疗法基于例如CAR-T(嵌合抗原受体T)细胞、TIL(肿瘤浸润性淋巴细胞)、以及也称为抑制性T细胞的Treg(调节性T细胞)。调节微生物组的组成以改善免疫疗法的功效，还可以包括本领域众所周知的免疫检查点抑制剂的使用，所述抑制剂例如但不限于PD-1(程序性细胞死亡蛋白1)抑制剂、PD-L1(程序性死亡配体1)抑制剂和CTLA-4(细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4)。

微生物组的一些细菌也可以分泌影响脑的分子。

因此，本公开内容的一个进一步目的是用于控制受试者的微生物组的方法，其包括在所述受试者中施用有效量的如本文公开的药物组合物。

在一个特定实施方案中，本公开内容还涉及用于需要治疗细菌感染的个体的个体化治疗的方法，其包括：i)从个体获得生物样品，并且测定来自样品的一组细菌DNA序列；ii)基于序列的确定，鉴定样品中的一种或多种致病性细菌菌株或物种；并且iii)向个体施用根据本公开内容的药物组合物，所述药物组合物能够识别样品中鉴定的每种致病性细菌菌株或物种，并递送包装的质粒。

优选地，生物样品包含病理性和非病理性细菌物种，并且在向个体施用根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物之后，个体上或个体中的致病菌的量降低，但非致病菌的量并未降低。

在另一个特定实施方案中，本公开内容涉及根据本公开内容的药物组合物或兽医组合物，其为了改善药物的有效性而使用。事实上，微生物组的一些细菌，虽然本身并非致病性的，但已知能够代谢药物并将其修饰为无效或有害的分子。

在另一个特定实施方案中，本公开内容涉及任何目的化合物的原位细菌生产，所述化合物包括治疗性化合物，例如用于哺乳动物的预防性和治疗性疫苗。目的化合物可以在靶向的细菌内部产生、从靶向的细菌中分泌、或在靶向的细菌的表面上表达。在一个更特定的实施方案中，抗原在靶向的细菌的表面上表达，用于预防性和/或治疗性疫苗接种。

本公开内容还涉及细菌递送颗粒的非治疗用途。例如，非治疗用途可以是美容用途或用于改善受试者的健康的用途，所述受试者特别是并未患有疾病的受试者。相应地，本公开内容还涉及包含本公开内容的细菌递送颗粒的化妆品组合物或非治疗性组合物。

实施例1

下文实施例证实了λ受体结合蛋白(RBP)的有意义部分，例如stf蛋白，可以与不同RBP的一部分交换。更特别地，已鉴定了λRBP中的特异性融合位置，其允许获得功能性嵌合RBP。具体而言，在一个非限制性实施方案中，数据证实了，在衍生自细菌噬菌体λ的噬菌粒的情况下，修饰侧尾丝蛋白导致扩展的宿主范围。将嵌合stf蛋白加入λ形(lambdoid)噬菌粒中，被证实为修饰且增加其宿主范围的非常有力的方法，并且在一些情况下比修饰gpJ基因更有效。另外，修饰侧尾丝蛋白以编码解聚酶活性，可以显著地增加递送效率。在一些情况下，这种酶促活性的添加允许100%的递送效率，而野生型λ噬菌粒完全没有显示进入。这两种方法可以组合，以生成对细菌物种的许多菌株具有不同特异性和递送效率的噬菌粒变体。

进行了测试，以确定尾尖基因(gpJ)的修饰是否对λ噬菌粒的宿主范围具有影响。λ尾尖被修饰为包括[11]中描述的突变，以生成OMPF-λ。这种噬菌粒现在应该使用OmpF而不是LamB作为细胞表面中的初级受体。接下来，在跨越各种O和K血清型的大肠杆菌菌株集合中测试递送效率，如图1中所示。

如图1中可见的，使用识别不同细胞表面受体的噬菌粒对递送效率和宿主范围具有最低限度的影响。在用修饰的噬菌粒处理后，仅3种菌株显示了菌落数目的边际改善。这一结果可能是由于在大多数细胞周围荚膜的存在，所述荚膜对噬菌粒形成物理屏障，因此致使这种方法不成功。鉴于这些结果，λ stf基因被修饰为包括针对细菌荚膜的酶促活性。

λ stf的序列(SEQ ID NO:1)是：

粗体且加下划线的序列代表引入T4噬菌体中的蛋白质部分[47]。进行实验，以调查是否能够用来自不同噬菌体的尾丝交换λ stf的C末端，以得到针对带荚膜的大肠杆菌具有酶促活性的嵌合侧尾丝。选择来自K1F噬菌体的尾丝，其已进行深入研究并且其结构已得到解析[19]、[20]。K1F编码具有内切唾液酸酶活性的酶，所述酶针对通过K1包封的大肠杆菌分泌的唾液酸聚合物具有活性。事实上，K1+菌株对T7感染免疫，因为荚膜形成了阻止噬菌体附着的物理屏障，但如果在感染前将纯化的K1F酶加入细胞中，则T7能够裂解它们[21]，确认了细菌荚膜的存在是避免被细菌噬菌体识别的有力机制。因此，通过在K1+菌株中测试修饰的λ-stf-K1噬菌粒的递送，能够验证λ-stf嵌合蛋白是否保留其酶促活性。

K1F尾丝的序列是(SEQ ID NO:121)：

粗体且加下划线的序列代表已结晶，并且已显示保留其内切唾液酸酶活性的蛋白质部分。由于λ stf蛋白和K1F尾丝之间不存在同一性，因此基于从不同信息来源(包括文献和晶体结构)得出的结论来制备插入点。

使用Cas9介导的基因交换方案，将stf基因修饰为在其C末端处包括K1F内切唾液酸酶[22]。λ-K1F噬菌粒如[23]中进行生产，并且针对一些K1+菌株(具体地大肠杆菌UTI89和S88)进行滴定。结果是惊人的；在这些菌株中，如果使用λ野生型stf，则不存在递送，但K1F变体的加入给出100%的递送(图2)。

遵循相同的原理来产生λ-stf的不同变体，这次具有K5荚膜降解活性(来自噬菌体K5A的K5裂解酶尾丝)。与K1F的情况一样，λ-stf和K5裂解酶之间不存在同源性，但其晶体结构已得到公开[24]。因此，使用与K1F相同的方法来生成stf-K5嵌合侧尾丝，并且针对K5包封的大肠杆菌菌株(ECOR55)测试所产生的噬菌粒。然而，在这种情况下，产生具有stf融合基因的δ-stf λ生产菌株，所述融合基因在诱导型启动子的控制下反式表达。如图3中描绘的，使用野生型λ-stf存在一些残留递送，很可能是由于存在具有较薄K5荚膜的一些细胞。然而，λ-stf-K5嵌合体的添加允许多于10⁶倍的递送改善。

在一些其它情况下，可以发现与λ stf具有一定程度的同源性的侧尾丝，但是没有可用的晶体结构。在这些情况下，插入点被设计为与λ stf具有同一性的最后一段氨基酸。例如，在两种内部测序的噬菌体中，预测的侧尾丝蛋白如下：

噬菌体AG22 stf (SEQ ID NO: 192)：

。

它与λ stf的比对如下：

第二种内部噬菌体的stf序列如下：

噬菌体SIEA11 stf (SEQ ID NO: 193)：

。

它与λ stf的比对如下：

在这两种具体情况下，未知这些侧尾丝能够识别哪种抗原，因此产生了具有嵌合侧尾丝的λ包装噬菌粒，并且在含有一组非常多样化的O和K血清型的大肠杆菌集合中测试其递送效率。

如图4中所示，嵌合stf的添加允许基于λ的噬菌粒在96种测试菌株中的25种(多于25%的集合)中显示增加的递送效率。在一些情况下，增加是适度的；在其它情况下，它允许在用野生型λ噬菌粒没有进入或具有极低进入的菌株中非常良好的递送效率。还值得注意的是，如同λ，AG22属于长尾噬菌体科，但SIEA11是P2样噬菌体。这突出显示了stf模块可以跨越细菌噬菌体属交换的重要观察结果。

其它侧尾丝基因已如图4中所示进行分析，并且已鉴定了在λ stf基因内的几个插入点，其给出在大肠杆菌集合中具有差异进入的嵌合变体，如先前所示。这些插入点基于非同源尾丝变体的结果(例如在上文K1F和K5的情况下)，或基于λ stf和待测试变体之间不同程度的同源性。这种同源性可以很短，约5-10个氨基酸，或基本上相似。测试的插入点以粗体且加下划线显示于下文：

>λ stf (SEQ ID NO:1)

λ stf蛋白由774个氨基酸组成。可以发现插入点更靠近N末端(氨基酸131，插入点ADAKKS)或更靠近C末端(氨基酸529，插入点GAGENS)。图5描绘了关于插入点ADAKKS、SASAAA和MDETNR的一些所选实例。

本文描述的结果显示了能够构建嵌合尾丝，其将附着至一种噬菌体的衣壳的尾丝部分(通常是蛋白质的N末端)与和细菌相互作用的另一尾丝部分(通常是蛋白质的C末端)组合。不同尾丝序列之间的同源性段可以被视为优选的重组点。为了鉴定关于噬菌体λ的Stf蛋白的此类点，用50aa窗口执行Stf序列的扫描，并且对每个窗口执行phmmer搜索[25]，以鉴定代表性蛋白质组75数据库中的同源序列(图6)。

实施例2

T4样噬菌体是非常多样化的细菌噬菌体家族，其共享共同的长尾丝体系结构：通过充当“铰链连接子”的蛋白质连接的附着至噬菌体颗粒的近端尾丝和编码宿主特异性的远端尾丝(DTF)(Desplats 和Krisch，2003，Res. Microbiol. 154:259-267；Bartual等人2010，Proc. Natl. Acad. Sci. 107: 20287-20292)。认为尾丝的主要宿主范围决定簇位于远端部分中。因此，理解是否能够将给定T4样噬菌体的宿主范围(其已知是非常广泛的)转化给任何其它目的噬菌体或噬菌粒是非常重要的。在几种T4样噬菌体的远端尾丝(T4样长尾丝的C末端结构域)中筛选可能的功能插入位点，生成了具有λ stf基因的几种融合物，并且筛选其宿主范围。

搜索DTF中可能的插入位点，当与异源尾丝(λ噬菌体stf)融合时，所述插入位点给出功能性嵌合体。噬菌体(WW13)的DTF用作测试平台。这种噬菌体具有经典的T4样体系结构，具有通过铰链连接子分开的近端尾丝和远端尾丝，所述铰链连接子为gp38分子伴侣/粘附素(以帮助尾丝的折叠和宿主的识别)(Trojet等人，2011，Genome Biol. Evol. 3:674-686)、以及已知对于尾丝的正确折叠所需的gp57A分子伴侣(Matsui等人，1997，J.Bacteriol. 179:1846-1851)。由于T4样噬菌体的内源基因组调控是复杂的，并且可能包括未知的调控层(Miller等人，2003，Microbio. Mol. Biol. Rev. 67:86-156)，因此编码RBS的合成接头被设计为替换在DTF基因和粘附素之间的天然DNA接头；紧邻下游，添加在分子伴侣gp57A之前的另一个合成RBS，从而产生编码DTF正确折叠所需的所有功能的多顺反子mRNA(图7)。这种构建体在处于诱导型启动子的控制下的质粒中进行构建，并且在产生基于λ的噬菌粒的菌株中进行反式互补。

T4样序列(加下划线的为用于上述融合物的DTF插入位点):

WW13 (SEQ ID NO:123)

图7. 描绘了改造的λ stf-T4样DTF嵌合体的体系结构。半圆表示RBS位点；T符号，转录终止子；箭头，启动子。筛选了DTF的C末端的几个部分，并且在GAGENS插入位点处与λstf基因融合。嵌合体λ stf-WW13的几个变体是有功能的，如通过噬菌粒颗粒的产生和大肠杆菌菌株集合中氯霉素标记物的转导所评价的。获得了图8中所示的功能嵌合体，其中融合在WW13中的IIQLED插入位点处。通过在λ stf MDETNR插入位点处，以及在WW13 DTFGNIIDL、VDRAV和IIQLE插入位点处的融合，获得另外的功能性嵌合体(图11)。

与WW13共享序列同源性的其它T4样噬菌体，如PP-1，也进行测试且验证为产生功能性嵌合体(图8)。这些功能性嵌合体显示了在PP-1DTF部分的开始处的IATRV插入位点。

图8描绘了用嵌合λ stf-T4-样DTF的噬菌粒颗粒筛选。包括不同血清型的96种不同的野生型大肠杆菌菌株的集合，用基于λ的噬菌粒进行转导，并且在Cm LB琼脂上铺平板。左图代表野生型λ stf；中图代表嵌合λ-stf-WW13；而右图代表嵌合λ-stf-PP-1。

对于WW13发现的插入位点并非总是存在于给定的T4样DTF中，从而使分析复杂化。第二种噬菌体发现了与WW13不含同源性的另一个功能性插入位点(WW55，图9)。相同的TPGEL插入位点可以在T4样噬菌体的子集中找到，并且证明为得到在λ stf中具有其中至少一个WW34(图9)和MDETNR插入位点的功能性嵌合体。

图9. 显示了用嵌合λ stf-T4-样DTF进行的噬菌粒颗粒筛选。包括不同血清型的96种不同的野生型大肠杆菌菌株的集合，用基于λ的噬菌粒进行转导，并且在Cm LB琼脂上铺平板。左图代表野生型λ stf；中图代表嵌合λ-stf-WW55；而右图代表嵌合λ-stf-WW34。

由于T4样DTF蛋白可能共享或不共享共同的插入位点，因此尝试鉴定存在于所有T4样DTF中的通用插入位点。当几种T4样DTF进行比对时，除了非常保守的N末端之外，沿着所有序列中存在的整个DTF基因不存在同源性。DTF的N末端被认为与铰链连接子相互作用，用于附着至主要的噬菌体颗粒。

尽管经典观点是宿主范围决定簇位于DTF的C末端部分，但最近的研究已证明了N末端也可能涉及此过程(Chen等人，2017，Appl. Environ. Microbiol. Vl. 83 No. 23)。然后扫描DTF的N末端，以寻找存在于所有T4样噬菌体中并且能够得到功能性嵌合体的插入位点。使用噬菌体WW13 DTF和λ stf中的插入位点MDETNR。虽然完整的DTF基因的直接融合(在氨基酸2处起始)给出具有一些活性的颗粒，但图10中鉴定且显示了重现DTF融合物行为的DTF的从氨基酸1到90的区域，优选区域是DTF的从氨基酸40到50。重要的是，这个区域存在于所有筛选的T4样噬菌体中，并且可以非常快速地用于生成具有多样化DTF集合的嵌合体，包括WW55(图10)。

因此，本公开内容可用于生成具有改变的宿主范围的噬菌体和噬菌粒颗粒，因为它提供了使用来自任何T4样噬菌体的DTF用于构建嵌合体的实用框架，突出显示了其模块化和可转换性。

实施例3

人微生物组包括机体的不同区域，包括肠道、皮肤、阴道和口腔[29]。这些区域中的微生物群由不同的微生物群落组成，如细菌、古细菌和真菌[29]-[31]。虽然已进行了试图阐明这些群落的具体组成的众多研究，但越来越明确的是，虽然可能存在“核心微生物组”，但在每种微生物的相对含量方面存在许多变动，这取决于几种因素，例如地理位置、饮食或年龄[32]-[35]。

具体而言，在人肠道微生物群的情况下，如果不运行诊断方法，则不可能先验地知道给定个人拥有的细菌物种是什么。在大肠杆菌的情况下，一些研究已指出一些血清型和系统发育群在大多数人中流行；然而，取决于地理分布以及采样时间，在样品的组成方面存在显著变化：例如，二十世纪八十年代从欧洲、非洲、亚洲和南美洲分离的样品，显示了系统组(phylogroup)A和B1的流行(分别为55%和21%)；但二十一世纪00年代在欧洲、北美、亚洲和澳大利亚获得的样品主要属于B2组(43%)，随后为A(24%)、D(21%)和B1(12%)[36]。还认为与共生菌株相比，系统发育组B2和D通常与致病性菌株更相关[37]，但存在这样的研究，其显示了属于系统发育组B2的许多人和非人特异性菌株是共生菌丛，并且属于不同的血清型[38]。

人微生物组的内在变异性，且特别是大肠杆菌亚型的内在变异性，使得难以设计靶向治疗方法。例如，在旨在杀死靶细菌群体的噬菌体疗法的情况下，两种可能的方法是可能的：首先，使用能够识别且靶向特异性大肠杆菌血清型的窄宿主范围颗粒，或其次，使用广宿主范围的噬菌体，其能够识别许多不同的菌株，有时甚至来自不同的属[39]。如果考虑的策略并非旨在杀死靶细菌群体，而是寻求为其添加功能(即，递送在宿主中具有效应并通过靶向的微生物群表达的因子)，则这一困难加剧。在这种具体情况下，包装噬菌粒的使用是非常有利的，因为它们并不杀死宿主(除非它们的有效载荷携带旨在杀死宿主的基因)，有效载荷并不复制且扩增，并且不含任何内源性噬菌体基因。然而，与噬菌体的情况一样，需要诊断研究，以鉴定在治疗前存在于患者中的特异性细菌血清型/变体，以便找到或设计允许递送有效载荷的包装噬菌粒，所述有效载荷对靶细菌添加功能而不杀死它们。

通过组合这两种方法，提议使用改造的递送媒介物，其能够识别属于不同血清型和系统发育组的大量菌株(即，具有“广宿主范围”的改造颗粒)，其中重点在于大肠杆菌。与其中靶向的细菌群体需要尽可能接近100%地降低其数目的以杀死为导向的方法相反，治疗递送方法无需先验来达到大百分比的细菌；递送需要足够高，用于治疗有效载荷以正确的水平表达，其可能取决于应用而高度可变。另外，有效载荷可以由不同的血清型或系统发育组表达。这种方法增加了颗粒递送在大多数患者体内表达的有效载荷的机会。

为了实现在由靶菌株的未知血清型/变体组成的细菌群落中的递送，递送媒介物被改造为含有嵌合侧尾丝(stf)，所述stf由于其识别大量各种靶菌株的能力而被选择。存在已描述为在大肠杆菌中具有广宿主范围的许多噬菌体，并且其中许多属于T4科，但是一般而言，针对大肠杆菌和相关细菌的噬菌体具有有限的宿主范围。

然而，根据[41]，不存在关于需要通过噬菌体靶向多少菌株以被视为“广宿主范围”的共识。

在大肠杆菌的情况下，ECOR集合是从不同来源中分离的菌株集合，其被认为代表这种细菌在自然界中的变异性[42]。一些噬菌体已显示具有针对这个集合的广宿主范围(例如，约53%的ECOR菌株可以由噬菌体AR1[43]裂解，且约60%由噬菌体SU16裂解[44])。与此相反，单一噬菌体能够感染95%的金黄色葡萄球菌菌株[40]。

决定使用人菌株的这个集合来测试具有嵌合stf的改造递送媒介物，并且评价其宿主范围，以尝试鉴定能够识别尽可能多宿主的变体，如文献中已描述的[45]。不同之处在于本文测定测量递送效率而不是裂解。

来自过夜培养物的菌株在深96孔板中的600 uL补充有5mM CaCl₂的LB中进行1:100稀释，并且在37ºC下在900 rpm下生长2小时。然后将以10⁶/µL的平均值产生的10 µL包装噬菌粒加入90 uL细菌培养物中，在37ºC下温育30分钟，并且将10 µL混合物在补充有24µg/mL氯霉素的LB琼脂上铺平板，并且在37ºC下温育过夜。第二天，点的密度从0到5进行评分，其中0是没有转导子，而5是具有非常高密度的斑点[图11]。斑点的密度与包装噬菌粒的递送效率直接有关，因为它对应于已接收含有氯霉素乙酰转移酶基因的有效载荷的细菌数目。

在40种人菌株的ECOR集合中测试且筛选了几种stf嵌合体。作为对照，测试了野生型stf的递送效率。用于递送实验的包装噬菌粒变体进行修饰，使得其尾尖gpJ现在识别除LamB外的受体(1A2变体)。在图12中，显示了18个stf的原始点滴定，并且在图13中显示了条形化的表，其中通过点密度以及递送统计数据对递送效率进行评分。

仅考虑密度评分为3或更高的点(被视为中至高递送效率)，一些stf可以被视为广宿主范围，因为在所选ECOR菌株中的递送效率明显高于使用野生型stf时。例如，与用野生型stf的17.5%菌株相比，对于stf EB6或stf 68B，约50%的菌株显示中至高递送效率。这些stf是用于体内递送的良好候选物，因为它们能够在不同的系统发育组和血清型中递送。在图13中的表的底部，显示了密度评分高于3的条形化表示，其中广宿主范围stf的阈值设定为与野生型stf的基线相比至少2X的增加；即，stf能够在至少35%的菌株中以3或更高的评分递送。与野生型stf相比，其它stf也显示了增加的递送，因此对于能够以3或更高的评分递送的stf设定了不太严格的阈值，与用野生型stf递送的菌株数目相比，具有至少50%的增加(即，在至少26.25%的菌株中以3或更高的评分递送)。作为比较，显示了关于stf K1和stf66D的数据：这些stf似乎在少数菌株中有效地递送(例如，关于stf K1的菌株B和AB；以及关于stf 66D的菌株E和AF)，这意味着它们很可能具有窄宿主范围；这是预期的，因为在K1stf的情况下，同源受体是K1荚膜[46]。另外，还显示了关于具有在T4样噬菌体中起源的stf的嵌合体的数据；如文献提示的，这种嵌合体显示了广宿主范围，但是它似乎不是最佳候选物。

综上所述，这些结果提示了，可以将递送媒介物的stf改造为识别广泛数目的靶大肠杆菌菌株，从而致使其成为“广宿主范围”。这种类型的颗粒对于递送为靶细菌添加功能的有效载荷可以是非常有用的，而无需改造识别给定细菌菌株的特异性变体。

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序列

Claims

1.一种嵌合受体结合蛋白(RBP)

其中所述嵌合RBP包含来自λ样或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物，和

其中所述N末端结构域在选自以下的氨基酸区域之一内与所述C末端结构域融合：参考λ stf序列(SEQ ID NO:1)的N末端RBP的位置1-150、320-460或495-560。

2.权利要求1的RBP，其中所述嵌合RBP包含来自λ样或λ细菌噬菌体的RBP的N末端结构域与不同RBP的C末端结构域之间的融合物，

其中来自λ样或λ细菌噬菌体的所述RBP与另一种RBP具有在三个氨基酸区域中的一个或多个中的同源性，所述氨基酸区域范围为参考λ stf序列(SEQ ID NO:1)的N末端RBP的位置1-150、320-460和495-560，和

3.权利要求1或2的嵌合RBP，其中所述不同RBP衍生自任何细菌噬菌体或细菌素。

4.权利要求1-3中任一项的嵌合RBP，其中所述嵌合RBP的所述N末端结构域在选自以下的氨基酸区域之一内与所述C末端结构域融合：N末端RBP的位置80-150、320-460或495-560。

5.权利要求1-4中任一项的嵌合RBP，其中所述N末端结构域和所述C末端结构域在插入位点处在所述区域内融合，所述插入位点与选自以下的插入位点具有至少80%的同一性：氨基酸SAGDAS (SEQ ID NO: 178)、ADAKKS (SEQ ID NO: 179)、MDETNR (SEQ ID NO: 180)、SASAAA (SEQ ID NO: 181)和GAGENS (SEQ ID NO: 182)。

6.权利要求1-5中任一项的嵌合RBP，其中所述嵌合RBP包含SEQ ID NO: 2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218或220的氨基酸序列。

7.权利要求1-6中任一项的嵌合RBP，其中所述不同RBP的C末端结构域具有针对带荚膜细菌菌株的解聚酶活性。

8.权利要求1-3中任一项的嵌合RBP，其中所述不同RBP是T4样细菌噬菌体。

9.权利要求8的嵌合RBP，其中所述RBP的C末端结构域的插入位点选自在T4样细菌噬菌体远端尾丝内存在的IIQLED (SEQ ID NO: 184)、GNIIDL (SEQ ID NO: 185)、IATRV (SEQID NO: 186)、TPGEL (SEQ ID NO: 187)、GAIIN (SEQ ID NO: 188)、NQIID (SEQ ID NO:189)、GQIVN (SEQ ID NO: 190)和VDRAV (SEQ ID NO: 191)。

10.权利要求8或9的嵌合RBP，其中所述RBP的C末端结构域的插入位点位于T4样细菌噬菌体远端尾丝内从氨基酸1到90的区域内，优选从氨基酸40到50的区域内。

11.权利要求8-10中任一项的嵌合RBP，其中所述嵌合RBP包含SEQ ID NO: 130、131、132、135、138、139、142、145、148或151的氨基酸序列。

12.一种细菌递送媒介物，其包含如权利要求1-11中任一项所定义的嵌合RBP。

13.权利要求12的细菌递送媒介物，其中所述细菌递送媒介物是细菌噬菌体。

14.权利要求12或13的细菌递送媒介物，其中所述细菌递送媒介物是包装噬菌粒。

15.权利要求12-14中任一项的细菌递送媒介物，其进一步包含编码目的蛋白质或目的核酸的核酸有效载荷。

16.权利要求15的细菌递送媒介物，其中所述目的核酸选自Cas核酸酶基因、Cas9核酸酶基因、引导RNA、CRISPR基因座、毒素基因、表达酶例如核酸酶或激酶的基因、TALEN、ZFN、大范围核酸酶、重组酶、细菌受体、膜蛋白、结构蛋白、分泌蛋白、表达对一般而言的抗生素或药物的抗性的基因、表达毒性蛋白或毒性因子的基因、以及表达毒力蛋白或毒力因子的基因、或其任何组合。

17.权利要求15的细菌递送媒介物，其中所述目的蛋白质是靶向宿主细菌细胞基因组或宿主细菌细胞质粒的切割的核酸酶。

18.权利要求17的细菌递送媒介物，其中所述切割在抗生素抗性基因中发生。

19.权利要求15的细菌递送媒介物，其中所述核酸有效载荷编码治疗性蛋白质。

20.权利要求15的细菌递送媒介物，其中所述核酸有效载荷编码反义核酸分子。

21.一种编码如权利要求1-11中任一项所定义的嵌合RBP的核酸分子。

22.权利要求21的核酸，其包含SEQ ID NO: 62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246或248的核苷酸序列。

23.一种药物组合物或兽医组合物，其包含权利要求12-20中任一项的一种或多种细菌递送媒介物和药学上可接受的载体。

24.一种用于治疗细菌感染的方法，其包括将权利要求23的药物组合物或兽医组合物或者权利要求12-20中任一项的一种或多种细菌递送媒介物施用于需要治疗的受试者，所述受试者患有细菌感染。

25.用于细菌感染的权利要求23的药物组合物或兽医组合物或者权利要求12-20中任一项的一种或多种细菌递送媒介物。

26.一种用于降低细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量的方法，其包括使细菌群体与权利要求12-20中任一项的细菌递送媒介物接触。

27.权利要求23的药物组合物或兽医组合物或者权利要求12-20中任一项的一种或多种细菌递送媒介物，其用于降低细菌群体中的毒性细菌和/或抗生素抗性细菌的量。