JP2022513141A - 細菌送達ビヒクルにおける使用のためのキメラ受容体結合タンパク質 - Google Patents

Abstract

本開示は、一般に、標的細菌細胞への所望のペイロードの効率的な移入における使用のための細菌送達ビヒクルに関する。より具体的には、本開示は、ラムダ様バクテリオファージに由来するキメラ受容体結合タンパク質(RBP)のN末端領域と、異なるRBPのC末端領域との間の融合から構成されるRBPの存在に基づく所望の宿主域を有する細菌送達ビヒクルに関する。

Description

本開示は、一般に、標的細菌細胞への所望のペイロードの効率的な移入における使用のための細菌送達ビヒクルに関する。

バクテリオファージは、細菌において感染及び増殖する寄生体である。一般に、感染方法はいくつかのステージに分けることができる:(i)細菌細胞の認識及び結合に相当する吸着;(ii)細菌細胞の細胞質へのDNAゲノムの注入;(iii)宿主標的ゲノムへの挿入(溶原性ファージ)又は感染性粒子(溶菌ファージ)の産生をもたらし得るウイルスタンパク質のセットの産生、並びに(iv)通常、制御された溶解による感染細胞からの成熟ビリオンの放出[1]。

感染の成功に必要な第1の工程である、標的細胞の認識及び結合は、バクテリオファージのライフサイクルに必須の方法である。いくつかの場合では、バクテリオファージは、「広い宿主域」を有する、同じ種のいくつかの株を認識することができるが、ごく一般的には、同じ種のいくつかの株にのみ存在する特定の抗原を認識することができる[2]。したがって、感染方法のこの工程が、感染の成功のためのバクテリオファージと細菌との間の競合の中心であることは驚くべきことではない。

一般的なメカニズムとして、バクテリオファージは、認識方法に関わる2つの主なタンパク質のセットをコードする。第1のセットは、細胞表面のバクテリオファージの第1受容体に結合することができ、細胞質へのDNA放出を引き起こすイベントであり、通常、「不可逆的な」結合方法とみなされる[3]。異なるバクテリオファージ属は、このタンパク質のセットの構成が異なり、したがって名前が異なり得る。いくつかのシホウイルス(Siphovirus)では、例えば、それらは、「中心尾部線維」又は「尾端」と呼ばれ、大腸菌(Escherichia coli)のLamB受容体に不可逆的に結合する。シホウイルス科ラムダにおいて、「中心尾部線維」又は「尾端」は、タンパク質gpJから構成される[4]。いくつかの他のシホウイルスでは、T5のように、尾部のごく端に位置するタンパク質がこの方法を媒介する。T5の場合では、pb5と呼ばれるタンパク質は、FhuA受容体を認識する[5]。このタイプのタンパク質は、多くの他のバクテリオファージにおいて見出すことができる。ミオウイルス(Myovirus)では、T4のように、第1受容体又は細胞表面への不可逆的な結合は、一般的に、尾管の端にも位置する、「短い尾部線維」により媒介される[5]。

バクテリオファージの第2のタンパク質のセット(本明細書では、「受容体結合タンパク質」と呼ばれる)は、細菌のいわゆる「第2受容体」の認識及び結合活性をコードする。この第2受容体は、表面及び第1受容体と接触する第1のタンパク質のセットの位置をスキャンするため、細胞表面のファージ粒子の一時的な結合を可能にする。この結合は可逆的であるため、ファージが、第1受容体を見つけ、感染方法が開始するまで細胞表面を「歩く」ことを可能にする。これらのタンパク質複合体は、例えばT5において「L型線維」、例えばラムダにおいて「側尾部線維」、T4において「長尾部線維」、又は例えばファージP22において尾部スパイクと呼ばれることがある[5]～[8]。いくつかのファージ、例えばT4については、この第2のタンパク質のセットの存在は、感染方法が起こるために必要である[5]。ラムダのように、いくつかの他のファージでは、この第2のタンパク質のセットは、感染方法が起こるために厳密に必要ではないが、標的細胞へのより効果的な結合を可能にし得る[7]。

吸着方法は、感染の成功が起こるために厳密に必要であるため、細菌は、バクテリオファージによって認識されることを避ける多様な方法を開発し得る。例えば、それらは、バクテリオファージが結合する第1又は第2受容体を変異させることができ;それらは、タンパク質を結合させることによりこの受容体をマスクすることができ(受容体マスキング);又はそれらは、細菌莢膜の形態でそれらの周りに物理的バリアを成長させ、したがって細胞表面へのいずれの接近も遮断することができる[9]。細菌は、多くの異なる型の細胞外重合莢膜を産生することができる[10]。次に、バクテリオファージは、これらの防御機構をバイパスする異なる戦略を進化させた。例えば、尾端タンパク質の変異により、それらが異なる受容体を使用することを可能にする[11]。しかしながら、細菌周辺の重合莢膜の存在は、それが細胞表面の任意の受容体への全ての接触をブロックするため、異なる手法を必要とする。これらの場合では、バクテリオファージは、この莢膜を酵素的に分解し、細胞に接近することができる特定のタンパク質を進化させた。これらのデポリメラーゼ活性は、側尾部線維、長尾部線維又は尾部スパイクの形態で、第1受容体認識機構とは異なるタンパク質複合体にコードされる[12][13][14]。

バクテリオファージの宿主域の概念は、吸着及び注入方法のみを考慮に入れる場合、再定義する必要がある。ファージ複製サイクルに関与する全ての不適合性又は防御機構は考慮から外れるため、所与のファージの「吸着宿主域」は、通常、感染サイクルが新しく産生された成熟ビリオンをもたらす「古典的な宿主域」よりも大きい。宿主域の概念は、所与のバクテリオファージキャプシドに基づくパッケージファージミドを使用する場合、古典的な定義とはより一層異なる。パッケージファージミドは、それらが同種のウイルスゲノムをパッケージしないため、ウイルス粒子を複製するために必要な情報を含有しない。したがって、パッケージファージミドの宿主域は、それが由来する親バクテリオファージのものよりも大きい傾向がある。したがって、標的株への外因性DNAペイロードの効果的な送達のために設計された、新規の細菌送達ビヒクルの開発のため、所望の宿主域並びにパッケージファージミドの細菌細胞表面への結合の失敗をもたらし得る細菌機構をバイパスする能力を有する送達ビヒクルを作製することができることは最も重要である。

国際公開第2014124226号

Smithら、1981年、J. Mol. Biol 147:195～197頁 Rice、Longden、Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276～277頁 Chemical Reviews 2016年、116 (20) 12655～12687頁 Kues, U and Stahl, U 1989年、Microbiol Rev 53:491～516頁 Del Solarら、1998年、Microhio and Molec Biol. Rev 62:434～464頁 Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11: 95、2013年 Jinekら、Science 2012年 Fonfaraら、Nucleic Acids Res 42 (4)、2014年 Kooninら、Nat Rev Microbiol 15(3)、2017年 Henkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010年; 100: 1～29頁) Krupovicら、Arch Virol、2015年 Desplats及びKrisch、2003年、Res. Microbiol. 154:259～267頁 Bartualら、2010年、Proc. Natl. Acad. Sci. 107: 20287～20292頁 Trojetら、2011年、Genome Biol. Evol. 3:674～686頁 Matsuiら、1997年、J. Bacteriol. 179:1846～1851頁 Millerら、2003年、Microbio. Mol. Biol. Rev. 67:86～156頁 Chenら、2017年、Appl. Environ. Microbiol. Vl. 83 No. 23

一般的なメカニズムとして、バクテリオファージは、細菌細胞認識方法に関与するタンパク質のセットをコードする。本明細書では、所望の標的宿主域を有する合成細菌送達ビヒクルを作製する新規の手法を記載する。いくつかの態様では、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)によって特徴付けられ、キメラRBPが、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと異なるバクテリオファージのRBPのC末端ドメインとの間の融合を含む、合成細菌送達ビヒクルを提供する。キメラRBPが由来する、そのようなバクテリオファージのRBPは、例えば、ファージファミリーによって、「L型線維」、「側尾部線維(stf)」、「長尾部線維」又は「尾部スパイク」を含む。本明細書に開示するように、ラムダ様バクテリオファージ受容体結合タンパク質(RBP)の重要な部分、例えばstfタンパク質は、異なるRBPの部分と交換できることを実証した。更に、機能性キメラRBPを得ること可能にする、RBPにおける特定の融合位置を同定した。

キメラ受容体結合タンパク質(RBP)は、キメラRBPが、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージに由来するRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むものであり、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つ、又はラムダstf配列に関してRBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数との相同性を有するRBPの類似の領域内で、RBPの前記N末端ドメインが異なるRBPの前記C末端ドメインに融合する。本発明の特定の一態様では、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)の異なるRBPドメインは、任意のバクテリオファージ又は任意のバクテリオシンに由来する。

特定の一態様では、ラムダ様バクテリオファージ若しくはラムダバクテリオファージ由来のRBP、又は異なるRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してRBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数において相同性を含有する。特定の態様では、ラムダ様バクテリオファージ、ラムダバクテリオファージ、又は異なるRBPと3つのアミノ酸領域の1つ又は複数との間の相同性は、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関して45アミノ酸についておよそ35%の同一性又はそれ以上、30アミノ酸についておよそ50%の同一性又はそれ以上、及び18アミノ酸についておよそ90%の同一性又はそれ以上である。相同性の決定は、Smith-Watermanアルゴリズム(Smithら、1981年、J. Mol. Biol 147:195～197頁)又はEMBOSS Matcher(Rice、Longden、Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276～277頁)等のアライメントツールを使用して行うことができる。

本発明の一態様では、キメラRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してN末端RPBの80～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内の異なるRBPのC末端ドメインに融合したRBPのN末端ドメインを含む。本発明の別の実施形態では、キメラRBPは、アミノ酸SAGDAS(配列番号178)、ADAKKS(配列番号179)、MDETNR(配列番号180)、SASAAA(配列番号181)、及びGAGENS(配列番号182)からなる群から選択される挿入部位と少なくとも80%の同一性を有する挿入部位において1～150、320～460又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内に融合したN末端ドメイン及びC末端ドメインを含む。

別の態様では、キメラRBPは、異なるRBPのC末端ドメインに融合したRBPのN末端ドメインを含み、異なるRBPは変更した宿主域を与えるタンパク質又は異なるタンパク質の群である。一実施形態では、異なるRBPは、近位尾部線維及び遠位尾部線維(DTF)から構成されるT4様又はT4長尾部線維であり、T4様又はT4 RBPのC末端ドメインは遠位尾部線維(DTF)である。別の実施形態では、RBPのN末端ドメインは、アミノ酸ATLKQI(配列番号183)、IIQLED(配列番号184)、GNIIDL(配列番号185)、IATRV(配列番号186)、TPGEL(配列番号187)、GAIIN(配列番号188)、NQIID(配列番号189)、GQIVN(配列番号190)、及びVDRAV(配列番号191)からなる群から選択される挿入部位と少なくとも80%の同一性を有するT4様又はT4 DTF内の挿入部位においてT4様又はT4遠位尾部線維に融合する。特定の実施形態では、RBPのN末端ドメインは、DTFのアミノ酸40～50の好ましい領域を有する、アミノ酸1～90の領域内のT4様又はT4遠位尾部線維に融合する。

特定の実施形態では、本開示は、特定のキメラRBPを提供する。配列番号2～61、123～153、192、194～221、256、及び258は、そのようなキメラRBPのアミノ酸配列、並びに、いくつかの場合では、それらの相当する天然のシャペロンタンパク質(「AP」と示す)を開示する。そのようなAPタンパク質は、キメラRBPのフォールディングを補助する。特定の実施形態では、RBPは、配列番号2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218又は220のアミノ酸配列を含む。

別の態様では、本開示は、本明細書に開示するキメラRBPをコードするヌクレオチド配列を提供する。特定の実施形態では、そのようなキメラRBP、並びにそれらの相当するAPタンパク質をコードする核酸は、配列番号62～120、122、154～177、222～249、255及び257に示す。特定の実施形態では、そのようなキメラRBPをコードする核酸は、配列番号62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246又は248のヌクレオチド配列を含む。

本発明の特定の非限定的な一態様では、デポリメラーゼ活性をコードするようにキメラRBPを操作することは、本明細書に開示するキメラRBPを含む、提供した細菌送達ビヒクルの送達効率を劇的に増加し得ることを実証した。本発明の一実施形態では、キメラRBPの異なるRBPドメインは、被包化細菌株に対するデポリメラーゼ活性を含む。特定の実施形態では、デポリメラーゼは、エンドシアリダーゼ、例えばK1F又はK5エンドシアリダーゼである。

本発明の一実施形態では、本明細書に開示するキメラRBPをコードする核酸分子を提供する。そのような核酸は、核酸をコードするキメラRBPの移入及び発現を可能にする、ベクター、例えばバクテリオファージ、プラスミド、ファージミド、ウイルス、及び他のビヒクルに含まれ得る。

タンパク質又は目的の核酸をコードする核酸ペイロードの、所望の標的細菌宿主細胞への移入を可能にする細菌送達ビヒクルを提供する。そのような細菌送達ビヒクルは、ラムダ様バクテリオファージ、又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むキメラRBPを有することによって特徴付けられる。本発明の実施形態では、細菌送達ビヒクルは、ラムダ様バクテリオファージ、又はラムダバクテリオファージに由来するRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むキメラRBPを含有し、キメラRBPの前記N末端ドメインは、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端ドメインの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内の異なるRBPの前記C末端ドメインに融合する。一態様では、ラムダ様バクテリオファージ、ラムダバクテリオファージ由来のRBP、及び異なるRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してRBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数に相同性を含有する。特定の態様では、相同性は、ラムダバクテリオファージstf配列に関してRBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数の内に、45アミノ酸についておよそ35%の同一性若しくはそれ以上、30アミノ酸についておよそ50%の同一性若しくはそれ以上、又は18アミノ酸についておよそ90%の同一性若しくはそれ以上である。本発明の特定の一態様では、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)の異なるRBPドメインは、バクテリオファージ又はバクテリオシンに由来する。本発明の一態様では、キメラRBPは、ラムダstf配列に関してN末端RBPドメインの80～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内のRBPのC末端ドメインに融合したRBPのN末端ドメインを含む。本発明の別の実施形態では、キメラRBPは、RBPのN末端ドメイン並びにアミノ酸SAGDAS(配列番号178)、ADAKKS(配列番号179)、MDETNR(配列番号180)、SASAAA(配列番号181)、及びGAGENS(配列番号182)からなる群から選択される部位と少なくとも80%の同一性を有するN末端RBPドメインの部位内で融合したRBPのC末端ドメインを含む。

特定の実施形態では、本開示は、キメラRBPを含む細菌送達ビヒクルを提供する。配列番号2～61、123～153、192、194～221、257、256、及び258は、そのようなキメラRBPのアミノ酸配列及び、更にいくつかの場合では、それらの相当する天然のシャペロンタンパク質(「AP」と示す)を開示する。そのようなAPタンパク質は、キメラRBPのフォールディングを補助する。特定の実施形態では、RBPは、配列番号2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、178、179、182、184、186、188、190、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218又は220のアミノ酸配列を含む。

一態様では、本開示は、本明細書に開示するキメラRBPをコードするヌクレオチド配列も提供する。特定の実施形態では、そのようなキメラRBP、並びに相当するAPタンパク質をコードする核酸は、配列番号62～120、122、154～177、222～249、255及び257に示す。特定の実施形態では、そのようなキメラRBPをコードする核酸は、配列番号62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、224、227、229、231、233、235、237、240、243、245、247又は249のヌクレオチド配列を含む。

他の特定の実施形態では、本明細書に開示する細菌送達ビヒクルの送達効率を増加するため、キメラRBPの異なるRBPドメインは、被包化細菌株に対するデポリメラーゼ活性を有するドメインを含む。特定の実施形態では、デポリメラーゼは、エンドシアリダーゼ、例えばK1F又はK5エンドシアリダーゼである。

本明細書で提供する細菌送達ビヒクルは、1つ又は複数のタンパク質又は目的の核酸をコードする核酸ペイロードの、所望の標的細菌宿主細胞への移入を可能にする。本発明の特定の実施形態では、目的の核酸は、Casヌクレアーゼ遺伝子、Cas9ヌクレアーゼ遺伝子、ガイドRNA、CRISPR遺伝子座、毒素遺伝子、ヌクレアーゼ又はキナーゼ等の酵素を発現する遺伝子、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質、一般に抗生物質又は薬物に対する耐性を発現する遺伝子、毒素タンパク質又は毒素因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質又は病原性因子を発現する遺伝子、又は任意のこれらの組合せからなる群から選択される。本発明の実施形態では、核酸ペイロードは、治療用タンパク質をコードする。別の実施形態では、核酸ペイロードは、アンチセンス核酸分子をコードする。いくつかの実施形態では、核酸ペイロードは、目的の2つの核酸をコードし、1つは、ヌクレアーゼ遺伝子、例えばCasヌクレアーゼ遺伝子であり、1つは、目的の任意の他の核酸である。一態様では、細菌送達ビヒクルは、宿主細菌細胞ゲノム又は宿主細菌細胞プラスミドの切断を標的化するヌクレアーゼをコードする核酸ペイロードの移入を可能にする。いくつかの態様では、切断は、抗生物質耐性遺伝子に起こる。本発明の別の実施形態では、宿主細菌細胞ゲノムの切断を媒介するヌクレアーゼは、細菌細胞のゲノムへの目的の核酸の挿入のための相同組換え事象を刺激するように設計される。

本発明は、本明細書に開示する1つ又は複数の細菌送達ビヒクル及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物又は獣医学用組成物も提供する。処置を必要とする細菌感染症を有する対象に、提供した医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む、細菌感染症を処置するための方法も提供する。本発明は、細菌感染症の処置における使用のための、本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物、及び細菌感染症の処置における医薬の製造のための、本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。細菌集団を本明細書に開示する細菌送達ビヒクルと接触させる工程を含む、細菌集団における病原性細菌及び/又は抗生物質耐性細菌の量を減少させるための方法を提供する。本発明は、細菌集団における病原性細菌及び/又は抗生物質耐性細菌の量の減少に使用するための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物、並びに細菌集団における病原性細菌及び/又は抗生物質耐性細菌の量を減少するための医薬の製造のための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。

本明細書に開示する主題をより理解するため、及び実際にどのように実行され得るか例示するため、非限定的な例により、添付の図面を参照して、ここで実施形態を記載する。図面の特定の参照により、示した特色は、例による、及び本発明の実施形態の図解の目的のためであることを強調する。

図1は、ラムダ及びOMPFラムダパッケージファージミドによる野生型大腸菌(E. coli)株における送達を実証する図である。ラムダパッケージファージミドを、LBプラス5mM CaCl₂中で1:5に希釈し、各ウェルに10μLを添加した。およそ0.5のOD600まで増殖した細胞の90μLを、次いで各ファージミド含有ウェルに添加し、37℃で30分間インキュベートし、クロラムフェニコールを補充したLBアガー上に10μLスポットした。左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;右のパネル、OMPF-ラムダバリアント。円は、ラムダ野生型と比較して改変された送達を示す株を示す。 図2は、K1+株における野生型ラムダ及びラムダ-stf-K1Fキメラ送達ビヒクルを示す図である。ラムダパッケージファージミドを、LBプラス5mM CaCl₂中で10×段階希釈し、各ウェルに10μLを添加した。およそ0.5のOD600まで増殖した細胞を、次いで各ファージミド希釈に添加し、37℃で30分間インキュベートし、クロラムフェニコールを補充したLB上に10μLプレーティングした。上のパネル、UTI89株;下のパネル、S88株。左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;右のパネル、stf-K1Fラムダパッケージファージミド。 図3は、K5+株における野生型ラムダ及びラムダ-stf-K5キメラ送達ビヒクルを示す図である。ラムダパッケージファージミドを、LBプラス5mM CaCl₂中で10×段階希釈し、各ウェルに10μLを添加した。およそ0.5のOD600まで増殖したECOR55を、次いで各ファージミド希釈に添加し、37℃で30分間インキュベートし、クロラムフェニコールを補充したLB上に10μLプレーティングした。左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;右のパネル、stf-K15ラムダパッケージファージミド。 図4は、様々な被包化株(O及びK莢膜)における野生型ラムダ、ラムダ-stf-AG22及びラムダ-stf-SIEA11キメラ送達ビヒクルを示す図である。ラムダファージミドを、LBプラス5mM CaCl₂中で1:5に希釈し、各ウェルに10μLを添加した。およそ0.5のOD600まで増殖した細胞の90μLを、次いで各ファージミド含有ウェルに添加し、37℃で30分間インキュベートし、クロラムフェニコールを補充したLBアガー上に10μLスポットした。左のパネル、野生型ラムダファージミド;中央のパネル、ラムダstf-SIEA11バリアント;右のパネル、ラムダ-stf-AG22バリアント。円は、ラムダ野生型と比較して改変された送達を示す株を示す。 図5は、様々な被包化株(O及びK莢膜)における野生型ラムダ及び異なる挿入部位を有するstfキメラの送達を示す図である。ラムダパッケージファージミドを、LBプラス5mM CaCl₂中で1:5に希釈し、各ウェルに10μLを添加した。およそ0.5のOD600まで増殖した細胞の90μLを、次いで各ファージミド含有ウェルに添加し、37℃で30分間インキュベートし、クロラムフェニコールを補充したLBアガー上に10μLスポットした。A)左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;残りのパネル、3つの異なるADAKKS-stfバリアント。B)左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;残りのパネル、3つの異なるSASAAA-stfバリアント。C)左のパネル、野生型ラムダパッケージファージミド;残りのパネル、3つの異なるMDETNR-stfバリアント。全てのパネルについて、円は、ラムダ野生型と比較して改変された送達効率を有する株を示す。 図6は、代表的なプロテオームデータベース(rp75)において、50aaスライディングウィンドウ(工程10)を用いて実施したphmmer検索を示す図である。顕著なヒットの数(E値<0.01)を報告する。 図7は、操作したラムダstf-T4様DTFキメラの構造を示す図である。半円は、RBS部位を示す;T印、転写終結因子;矢印、プロモーター。 図8は、キメララムダstf-T4様DTFを有するファージミド粒子のスクリーニングを示す図である。異なる血清型を包含する、96個の異なる野生型大腸菌株のコレクションは、ラムダベースのファージミドを用いて形質導入し、Cm LBアガー上にプレーティングした。左のパネル、野生型ラムダstf;中央のパネル、キメララムダ-stf-WW13;右のパネル、キメララムダ-stf-PP-1。 図9は、キメララムダstf-T4様DTFを有するファージミド粒子のスクリーニングを示す図である。異なる血清型を包含する、96個の異なる野生型大腸菌株のコレクションは、ラムダベースのファージミドを用いて形質導入し、Cm LBアガー上にプレーティングした。左のパネル、野生型ラムダstf;中央のパネル、キメララムダ-stf-WW55;右のパネル、キメララムダ-stf-WW34。 図10は、キメララムダstf-T4様DTFを有するファージミド粒子のスクリーニングを示す図である。示した全ての点は、WW13アミノ酸配列に関して1～90位からのアミノ酸範囲内に位置する、DTFの普遍的な挿入部位を指す。異なる血清型を包含する、96個の異なる野生型大腸菌株のコレクションは、ラムダベースのファージミドを用いて形質導入し、Cm LBアガー上にプレーティングした(上部に名前)。 図11は、送達効率を定量化するドットスコアリングシステムを示す図である。密度0:5又はそれ以下のコロニー;密度1:5より多いコロニーであるが、明確な円状のドロップと規定するには十分でない;密度2:いくつかのコロニーだが、背景がはっきりと見え、いくつかのコロニーがまだ離れている;密度3:多くのコロニー、背景がまだ見えるが、コロニーが離れていると認識するのが困難である;密度4:スポットがほぼ完全に密集し、背景がドロップのいくつかの部分でわずかにしか見ることができない;密度5:スポットが完全に密集しているようであり、背景を見ることができない。 図12は、ECORコレクションの40個のヒト株においてキメラstfを有する送達粒子の生ドット滴定を示す図である。各パネルの下は、キメラstfの名前。各ドットの上は、図13において株を同定するために使用する1～2文字のコード。 図13は、図12の棒フォーマットした送達データを示す図である。0(エントリー無し、グレーの背景)～5(最大送達)。棒の長さは、1(最も小さい棒)～5(最も長い棒)のエントリースコアに比例する。

本明細書では、所望の標的宿主域を有する合成細菌送達ビヒクルを操作する新規の手法を開示する。合成細菌送達ビヒクルは、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)によって特徴付けられ、キメラRBPは、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含む。本明細書では、ラムダ様RBPの重要な部分、例えばstfタンパク質は、異なるRBPの部分と交換できることを実証した。更に、機能性キメラRBPを得ること可能にする、受容体結合タンパク質の特定の融合部分を同定した。

本明細書で使用する場合、受容体結合タンパク質又はRBPは、細菌の外層エンベロープ、例えば、限定はされないが、細菌の外層膜、LPS、莢膜、タンパク質受容体、チャネル、鞭毛、線毛等の構造、分泌システムに位置する基質を認識、場合により結合及び/又は改変又は分解するポリペプチドである。基質は、限定はされないが、任意の炭水化物又は改変炭水化物、任意の脂質又は改変脂質、任意のタンパク質又は改変タンパク質、任意のアミノ酸配列、及び任意のこれらの組合せであり得る。本明細書で使用する場合、ラムダ様バクテリオファージは、前記バクテリオファージによってコードされた他のアミノ酸配列とは独立して、配列番号1のラムダバクテリオファージstf配列に関して1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数において、45アミノ酸についておよそ35%の同一性若しくはそれ以上、30アミノ酸についておよそ50%の同一性若しくはそれ以上、又は18アミノ酸についておよそ90%の同一性若しくはそれ以上のアミノ酸配列相同性を有するRBPをコードする任意のバクテリオファージを指す。

本開示は、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)を提供し、キメラRBPは、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるバクテリオファージのRBPのC末端ドメインとの間の融合を含む。キメラRBPが由来する、そのようなバクテリオファージのRBPは、例えば、「L型線維」、「側尾部線維(stf)」、「長尾部線維」又は「尾部スパイク」を含む。本明細書に開示する場合、ラムダ様バクテリオファージ受容体結合タンパク質(RBP)の重要な部分、例えばstfタンパク質は、異なるRBPの部分と交換できることを実証した。更に、機能性キメラRBPを得ること可能にする、RBPにおける特定の融合部分を同定した。そのようなキメラRBPは、宿主域及び/又は生物活性、例えばデポリメラーゼ活性等が変更されたものを含む。

キメラ受容体結合タンパク質(RBP)は、キメラRBPが、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージに由来するRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むものであり、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つ、又はラムダstf配列に関してRBPの1～150、320～460、又は495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数との相同性を有するRBPの類似の領域内で、RBPの前記N末端ドメインが異なるRBPの前記C末端ドメインに融合する。本発明の特定の一態様では、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)の異なるRBPは、任意のバクテリオファージ又は任意のバクテリオシンに由来する。

特定の一態様では、ラムダ様バクテリオファージ、ラムダバクテリオファージ由来のRBP、又は異なるRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してRBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数との相同性を含有する。特定の態様では、ラムダ様バクテリオファージ、ラムダバクテリオファージ、又は異なるRBPと1つ又は複数のアミノ酸領域との間の相同性は、45アミノ酸についておよそ35%の同一性又はそれ以上、30アミノ酸についておよそ50%の同一性又はそれ以上、及び18アミノ酸についておよそ90%の同一性又はそれ以上である。相同性の決定は、Smith-Watermanアルゴリズム(Smithら、1981年、J. Mol. Biol 147:195～197頁)又はEMBOSS Matcher(Rice、Longden、Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276～277頁)等のアライメントツールを使用して行うことができる。本発明の一態様では、キメラRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関して80～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内にキメラRBPのC末端ドメインに融合したキメラRBPのN末端ドメインを含む。本発明の別の実施形態では、キメラRBPは、アミノ酸SAGDAS(配列番号178)、ADAKKS(配列番号179)、MDETNR(配列番号180)、SASAAA(配列番号181)、及びGAGENS(配列番号182)からなる群から選択される挿入部位と少なくとも80%の同一性を有する挿入部位において、3つのアミノ酸領域の1つの内に融合したN末端ドメイン及びC末端ドメインを含む。

特定の実施形態では、本発明は、キメラRBPを提供する。配列番号2～61、123～153、192、194～221、256、及び258は、そのようなキメラRBPのアミノ酸配列及び、更にいくつかの場合では、それらの相当する天然のシャペロンタンパク質(「AP」と示す)を開示する。そのようなAPタンパク質は、キメラRBPのフォールディングを補助する。特定の実施形態では、RBPは、配列番号2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218又は220のアミノ酸配列を含む。

一態様では、本開示は、本明細書に開示するキメラRBPをコードするヌクレオチド配列も提供する。特定の実施形態では、そのようなキメラRBP、並びに相当するAPタンパク質をコードする核酸は、配列番号62～120、122、154～177、222～249、255及び257に示す。特定の実施形態では、キメラRBPをコードする核酸は、配列番号62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、224、227、229、231、233、235、237、240、243、245、247又は249のヌクレオチド配列を含む。

本発明の特定の非限定的な一態様では、キメラRBPを操作してデポリメラーゼ活性をコードさせることは、本明細書に開示するキメラRBPを含む、提供した細菌送達ビヒクルの送達効率を劇的に増加し得ることを実証した。本発明の一実施形態では、キメラRBPの異なるRBPドメインは、被包化細菌株に対するデポリメラーゼ活性を含む。特定の実施形態では、デポリメラーゼは、エンドシアリダーゼ、例えばK1F又はK5エンドシアリダーゼ等である。

本明細書に開示するキメラRBPをコードする核酸分子を提供する。そのような核酸は、核酸をコードするキメラRBPの移入及び発現を可能にする、ベクター、例えばバクテリオファージ、プラスミド、ファージミド、ウイルス、及び他のビヒクルに含まれ得る。

タンパク質又は目的の核酸をコードする核酸ペイロードの、所望の標的細菌宿主細胞への移入を可能にする細菌送達ビヒクルを提供する。そのような細菌送達ビヒクルは、ラムダ様バクテリオファージ、又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むキメラRBPを有することによって特徴付けられる。本発明の実施形態では、細菌送達ビヒクルは、ラムダ様バクテリオファージ、又はラムダバクテリオファージに由来するRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含むキメラRBPを含有し、キメラRBPの前記N末端ドメインは、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端ドメインRBPの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内の異なるRBPの前記C末端に融合する。一態様では、ラムダ様バクテリオファージ、ラムダバクテリオファージ由来のRBP、及び異なるRBPは、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数に相同性を含有する。特定の態様では、相同性は、ラムダバクテリオファージstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、及び495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数の内に、45アミノ酸についておよそ35%の同一性若しくはそれ以上、30アミノ酸についておよそ50%の同一性若しくはそれ以上、又は18アミノ酸についておよそ90%の同一性若しくはそれ以上である。本発明の特定の一態様では、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)の異なるRBPドメインは、バクテリオファージ又はバクテリオシンに由来する。本発明の一態様では、キメラRBPは、ラムダstf配列(配列番号1)に関してRBPの80～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内のRBPのC末端ドメインに融合したRBPのN末端ドメインを含む。本発明の別の実施形態では、キメラRBPは、RBPのN末端ドメイン及びアミノ酸SAGDAS(配列番号178)、ADAKKS(配列番号179)、MDETNR(配列番号180)、SASAAA(配列番号181)、及びGAGENS(配列番号182)からなる群から選択される部位と少なくとも80%の同一性を有するN末端RBPの部位内で融合したRBPのC末端ドメインを含む。

特定の実施形態では、本開示は、キメラRBPを含む細菌送達ビヒクルを提供する。配列番号2～153、192、194～221、256、及び258は、そのようなキメラRBPのアミノ酸配列及び、更にいくつかの場合では、それらの相当する天然のシャペロンタンパク質(「AP」と示す)を開示する。そのようなAPタンパク質は、キメラRBPのフォールディングを補助する。特定の実施形態では、RBPは、配列番号2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218又は220のアミノ酸配列を含む。

一態様では、本開示は、本明細書に開示するキメラRBPをコードするヌクレオチド配列も提供する。特定の実施形態では、そのようなキメラRBP、並びに相当するAPタンパク質をコードする核酸は、配列番号62～120、122及び154～177に示す。特定の実施形態では、キメラRBPをコードする核酸は、配列番号62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246又は248のヌクレオチド配列を含む。

他の特定の実施形態では、本明細書に開示する細菌送達ビヒクルの送達効率を増加するため、キメラの異なるRBPドメインは、被包化細菌株に対するデポリメラーゼ活性を有するドメインを含む。特定の実施形態では、デポリメラーゼは、エンドシアリダーゼ、例えばK1F又はK5エンドシアリダーゼ等である。

本明細書で提供する細菌送達ビヒクルは、タンパク質又は目的の核酸をコードする核酸ペイロードの、所望の標的細菌宿主細胞への移入を可能にする。本明細書で使用する場合、用語「送達ビヒクル」は、細菌へのペイロードの移入を可能にする任意の手段を指す。限定はされないが、バクテリオファージ足場、ウイルス足場、化学ベースの送達ビヒクル(例えば、シクロデキストリン、リン酸カルシウム、カチオンポリマー、カチオンリポソーム)、タンパク質ベース又はペプチドベースの送達ビヒクル、脂質ベースの送達ビヒクル、ナノ粒子ベースの送達ビヒクル、非化学ベースの送達ビヒクル(例えば、形質転換、エレクトロポレーション、ソノポレーション、光学トランスフェクション)、粒子ベースの送達ビヒクル(例えば、遺伝子銃、マグネトフェクション、インパレフェクション、微粒子銃、細胞透過性ペプチド)又はドナー細菌(コンジュゲーション)を含む、本発明によって包含されるいくつかの型の送達ビヒクルがある。

送達ビヒクルの任意の組合せも、本発明によって包含される。送達ビヒクルは、バクテリオファージ由来足場を指すこともでき、天然、進化した又は操作したキャプシドから得ることができる。いくつかの実施形態では、細菌が本来それ自身で環境からペイロードを吸収する能力があるため、送達ビヒクルはペイロードである。

本明細書で使用する場合、用語「ペイロード」は、送達ビヒクルによって細菌に移入される、任意の1つ又は複数の核酸配列及び/又はアミノ酸配列、又は両方の組合せ(例えば、限定はされないが、ペプチド核酸又はペプチドオリゴヌクレオチドコンジュゲート)を指す。用語「ペイロード」は、プラスミド、ベクター又は積荷も指し得る。ペイロードは、天然、進化した又は操作したバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドであり得る。ペイロードは、天然、進化した又は操作したバクテリオファージゲノムから得られるファージミド又はファスミドの一部のみから構成されてもよい。

本明細書で使用する場合、用語「核酸」は、一本鎖若しくは二本鎖であり得る、又は一本鎖と二本鎖配列の両方の部分を含有する、共に共有結合した少なくとも2つのヌクレオチドの配列を指す。本発明の核酸は、自然発生、組換え又は合成であり得る。核酸は、環状配列若しくは線状配列の形態、又は両方の形態の組合せであり得る。核酸は、DNA、ゲノム若しくはcDNAの両方、若しくはRNA又は両方の組合せであり得る。核酸は、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの任意の組合せ、及びウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン(xathanine)、ヒポキサンチン(hypoxathanine)、イソシトシン、5-ヒドロキシメチルシトシン及びイソグアニンを含む塩基の任意の組合せを含有し得る。本発明で使用され得る改変塩基の他の例は、Chemical Reviews 2016年、116 (20) 12655～12687頁に詳述される。用語「核酸」は、限定はされないが、ホスホラミド、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、O-メチルホスホロアミダイト結合及び/又はデオキシリボヌクレオチド及びリボヌクレオチド核酸を含む、他の骨格を含有し得る任意の核酸類似体も包含する。核酸の上記の特徴の任意の組合せも、本発明により包含される。

本文書の「およそ」は、相同性又は同一性を指定する場合、数の+/-10%、好ましくは数の+/-5%を意味する。次いで、およそ100は、90と110との間、好ましくは95と105との間を意味する。

当技術分野で公知の複製起点は、種特異的プラスミドDNA(例えば、CoIE1、Rl、pT181、pSC101、pMB1、R6K、RK2、p15a等)から、細菌ウイルス(例えば、φX174、M13、F1及びP4)から、及び細菌染色体複製起点(例えば、oriC)から同定された。一実施形態では、本開示によるファージミドは、標的細菌において機能性である細菌の複製起点を含む。

或いは、本開示によるプラスミドは、いずれの機能性な細菌の複製起点も含まず、又は標的細菌において不活性な複製起点を含有する。したがって、本開示のプラスミドは、細菌ウイルス粒子によって細菌に導入されると、それ自体では複製できない。

一実施形態では、パッケージされるプラスミド上の複製起点は、標的細菌において不活性であり、この複製起点が、細菌ウイルス粒子によって標的化された細菌において機能性でなく、したがって望まないプラスミド複製を防ぐことを意味する。

一実施形態では、プラスミドは、細菌ウイルス粒子の産生のために使用される細菌において機能性である細菌の複製起点を含む。

プラスミド複製は、宿主酵素及びプラスミド制御シス及びトランス決定因子に依存する。例えば、いくつかのプラスミドは、ほとんど全てのグラム陰性細菌において認識される決定因子を有し、複製開始及び制御の間に各宿主において正確に作用する。他のプラスミドは、いくつかの細菌においてのみこの能力を保持する(Kues, U and Stahl, U 1989年、Microbiol Rev 53:491～516頁)。

プラスミドは、3つの一般的なメカニズム、すなわちシータ型、鎖置換、及び複製起点で開始するローリングサークルによって複製される(Del Solarら、1998年、Microhio and Molec Biol. Rev 62:434～464頁によって概説される)。これらの複製起点は、プラスミド及び/又は宿主コードタンパク質の相互作用に必要な部位を含有する。

本開示のプラスミドにおいて使用する複製起点は、中程度のコピー数のもの、例えばpBR322(細胞当たり15～20コピー)又はR6Kプラスミド(細胞当たり15～20コピー)からのcolE1 oriであってよく、又は高コピー数、例えばpUC ori(細胞当たり500～700コピー)、pGEM ori(細胞当たり300～400コピー)、pTZ ori(細胞当たり>1000コピー)又はpBluescript ori(細胞当たり300～500コピー)であってよい。

一実施形態では、細菌の複製起点は、ColE1、pMB1及びバリアント(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5、pPS10、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158及びpUB113からなる群において選択される。

より好ましくは、細菌の複製起点は、ColE1、pMB1及びバリアント(pBR322、pET、pUC等)、p15a、ColA、ColE2、pOSAK、pSC101、R6K、IncW(pSa等)、IncFII、pT181、P1、F IncP、IncC、IncJ、IncN、IncP1、IncP4、IncQ、IncH11、RSF1010、CloDF13、NTP16、R1、f5及びpPS10からなる群において選択される大腸菌の複製起点である。

より好ましくは、細菌の複製起点は、pC194、pE194、BBR1、pBC1、pEP2、pWVO1、pLF1311、pAP1、pWKS1、pLS1、pLS11、pUB6060、pJD4、pIJ101、pSN22、pAMbeta1、pIP501、pIP407、ZM6100(Sa)、pCU1、RA3、pMOL98、RK2/RP4/RP1/R68、pB10、R300B、pRO1614、pRO1600、pECB2、pCM1、pFA3、RepFIA、RepFIB、RepFIC、pYVE439-80、R387、phasyl、RA1、TF-FC2、pMV158及びpUB113からなる群において選択される。

更により好ましくは、細菌の複製起点はColE1である。

本開示による送達される核酸配列は、完全なファージゲノムの相補性により、異なるキャプシドへの後の被包化のための送達される核酸配列の複製を開始することができるファージ複製起点を含み得る。

本開示の送達される核酸配列に含まれるファージの複製起点は、ファージに見出される任意の複製起点であり得る。

好ましくは、ファージの複製起点は、M13、f1、φX174、P4、ラムダ、P2、ラムダ様、HK022、mEP237、HK97、HK629、HK630、mEP043、mEP213、mEP234、mEP390、mEP460、mEPx1、mEPx2、phi80、mEP234、T2、T4、T5、T7、RB49、phiX174、R17、PRD1 Pl様、P2様、P22、P22様、N15及びN15様バクテリオファージの野生型又は非野生型配列であり得る。

より好ましくは、ファージの複製起点は、M13、f1、φX174、P4、及びラムダのファージの複製起点からなる群において選択される。

特定の実施形態では、ファージの複製起点は、ラムダ又はP4複製起点である。

目的の送達される核酸は、プロモーターの制御下の核酸配列を含む。本発明の特定の実施形態では、目的の核酸は、Casヌクレアーゼ遺伝子、Cas9ヌクレアーゼ遺伝子、ガイドRNA、CRISPR遺伝子座、毒素遺伝子、ヌクレアーゼ又はキナーゼ等の酵素を発現する遺伝子、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質、一般に抗生物質又は薬物に対する耐性を発現する遺伝子、毒素タンパク質又は毒素因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質又は病原性因子を発現する遺伝子、又は任意のこれらの組合せからなる群から選択される。本発明の実施形態では、核酸ペイロードは治療用タンパク質をコードする。別の実施形態では、核酸ペイロードはアンチセンス核酸分子をコードする。いくつかの実施形態では、核酸ペイロードは目的の2核酸をコードし、1つはヌクレアーゼ遺伝子、例えばCasヌクレアーゼ遺伝子、及び1つは任意の他の目的の核酸である。

一実施形態では、目的の配列は、標的細菌に送達される、プログラム可能なヌクレアーゼ回路である。このプログラム可能なヌクレアーゼ回路は、目的の標的遺伝子(例えば、ヒトに有害な遺伝子)を含有する細菌のin vivoでの配列特異的除去を媒介することができる。本開示のいくつかの実施形態は、化膿性連鎖球菌(Streptococcus pyogenes)のType II CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-associated)システムの操作したバリアントに関する。使用され得る他のプログラム可能なヌクレアーゼは、他のCRISPR-Casシステム、操作したTALEN(Transcription Activator-Like Effector Nuclease)バリアント、操作したzincフィンガーヌクレアーゼ(ZFN)バリアント、天然の、進化又は操作したメガヌクレアーゼ又はリコンビナーゼバリアント、及びプログラム可能なヌクレアーゼの任意の組合せ又はハイブリッドを含む。したがって、本明細書で提供する操作した自律分散型ヌクレアーゼ回路を使用して、目的の遺伝子、例えば毒素遺伝子、病原性因子遺伝子、抗生物質耐性遺伝子、リモデリング遺伝子又は調節遺伝子をコードするDNAを選択的に切断することができる(国際公開第2014124226号参照)。

好ましくはプログラム可能な、目的の他の配列は、標的細菌に送達されるように送達される核酸配列に添加され得る。好ましくは、送達される核酸配列に添加された目的の配列は、標的細菌の細胞死をもたらす。例えば、プラスミドに添加された目的の核酸配列は、ホリン又は毒素をコードし得る。

或いは、送達される核酸配列に添加された目的の回路の配列は、細菌死をもたらさない。例えば、目的の配列は、発光又は蛍光シグナルをもたらすレポーター遺伝子をコードし得る。或いは、目的の配列は、細菌の代謝又はその環境の組成を改変する等、有用な機能を達成するタンパク質及び酵素を含み得る。

特定の実施形態では、目的の核酸配列は、Cas9、単一ガイドRNA(sgRNA)、CRISPR遺伝子座、ヌクレアーゼ又はキナーゼ等の酵素を発現する遺伝子、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質、一般に抗生物質又は薬物に対する耐性を発現する遺伝子、毒素タンパク質又は毒素因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質又は病原性因子を発現する遺伝子からなる群において選択される。

特定の実施形態では、本開示による送達される核酸配列は、他の細菌を死滅させる又は他の細菌の増殖を阻害する、細菌により産生されるタンパク質性の毒素であり得るバクテリオシンをコードする目的の核酸配列を含む。バクテリオシンは、産生する株、共通の耐性メカニズム、及び死滅のメカニズムを含むいくつかの方法でカテゴリー分類される。そのようなバクテリオシンは、グラム陰性細菌(例えば、ミクロシン、コリシン様バクテリオシン及びタイロシン)から、及びグラム陽性細菌(例えば、クラスI、クラスII、クラスIII又はクラスIVバクテリオシン)から記載されていた。

一実施形態では、本開示による送達される核酸配列は、ミクロシン、コリシン様バクテリオシン、タイロシン、クラスI、クラスII、クラスIII及びクラスIVバクテリオシンからなる群において選択される毒素をコードする目的の配列を更に含む。

特定の実施形態では、相当する免疫性ポリペプチド(すなわち、抗毒素)は、送達する核酸配列産生及びカプシド化目的のための細菌細胞を保護するために使用され得る(Cotterら、Nature Reviews Microbiology 11: 95、2013年)が、医薬組成物中及び本開示の送達される核酸配列が送達される標的細菌内には含まれない。

本開示の一態様では、CRISPRシステムは、送達される核酸配列に含まれる。CRISPRシステムは、2つの異なるエレメント、すなわちi)エンドヌクレアーゼ、この場合CRISPR関連ヌクレアーゼ(Cas又は「CRISPR関連タンパク質」)及びii)ガイドRNAを含有する。ガイドRNAは、CRISPR(RNAcr)細菌RNAとRNAtracr(トランス活性化RNA CRISPR)との組合せからなるキメラRNAの形態である(Jinekら、Science 2012年)。ガイドRNAは、Casタンパク質へのガイドとして寄与する「スペーシング配列」に相当するRNAcrの標的化特異性と単一転写物におけるRNAtracrの構造特性とを合わせる。ガイドRNA及びCasタンパク質が細胞において同時に発現される場合、標的ゲノム配列は永続的に改変又は中断され得る。改変は、修復マトリクスによって有利にガイドされる。一般に、CRISPRシステムは、作用のヌクレアーゼメカニズムに依存する2つの主要なクラスを含む。クラス1は、多サブユニットエフェクター複合体からなり、I、III及びIV型を含む。クラス2は、Cas9ヌクレアーゼのように単一ユニットエフェクターモジュールからなり、II(II-A、II-B、II-C、II-Cバリアント)、V (V-A、V-B、V-C、V-D、V-E、V-U1、V-U2、V-U3、V-U4、V-U5)及びVI (VI-A、VI-B1、VI-B2、VI-C、VI-D)型を含む。

本開示による目的の配列は、Casタンパク質をコードする核酸配列を含む。様々なCRISPR酵素は、プラスミドの目的の配列として使用するために利用可能である。いくつかの実施形態では、CRISPR酵素は、II型CRISPR酵素である。いくつかの実施形態では、CRISPR酵素は、DNA切断を触媒する。いくつかの他の実施形態では、CRISPR酵素はRNA切断を触媒する。一実施形態では、CRISPR酵素はsgRNAに結合され得る。特定の実施形態では、sgRNAは、構成物質耐性遺伝子、病原性タンパク質又は病原性因子遺伝子、毒素タンパク質又は毒素因子遺伝子、細菌受容体遺伝子、膜タンパク質遺伝子、構造タンパク質遺伝子、分泌タンパク質遺伝子及び一般に薬物に対する耐性を発現する遺伝子からなる群において選択される遺伝子を標的化する。

多サブユニットエフェクターの一部として、又は単一ユニットエフェクターとしてのCasタンパク質の非限定的な例としては、Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas6、Cas7、Cas8、Cas9(Csn1及びCsx12としても公知)、Cas10、Cas11(SS)、Cas12a(Cpf1)、Cas12b(C2c1)、Cas12c(C2c3)、Cas12d(CasY)、Cas12e(CasX)、C2c4、C2c8、C2c5、C2c10、C2c9、Cas13a(C2c2)、Cas13b(C2c6)、Cas13c(C2c7)、Cas13d、Csa5、Csc1、Csc2、Cse1、Cse2、Csy1、Csy2、Csy3、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csn2、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx13、Csx1、Csx15、SdCpf1、CmtCpf1、TsCpf1、CmaCpf1、PcCpf1、ErCpf1、FbCpf1、UbcCpf1、AsCpf1、LbCpf1、これらの相同体、これらの相同分子種、これらのバリアント、又はこれらの改変バージョンが挙げられる。いくつかの実施形態では、CRISPR酵素は、プロトスペーサー隣接モチーフ(PAM)部位において標的核酸の両鎖を切断する。

特定の実施形態では、CRISPR酵素は、任意のCas9タンパク質、例えば任意の自然発生の細菌性Cas9並びにこれらの任意のバリアント、相同体又は相同分子種である。

「Cas9」により、タンパク質Cas9(Csn1又はCsx12とも呼ばれる)又は機能性タンパク質、ペプチド又はこれらのポリペプチド断片を意味し、すなわちガイドRNAと相互作用することができる及び標的ゲノムのDNAの二本鎖切断を行うことを可能にする酵素活性(ヌクレアーゼ)を発揮することができる。したがって、「Cas9」は、例えば、タンパク質の前定義された機能に必須ではないタンパク質のドメイン、特にgRNAとの相互作用に必要ではないドメインをトランケートして除去した改変タンパク質を示す。

本開示の文脈で使用する場合、Cas9(全タンパク質又はこれらの断片)をコードする配列は、任意の公知のCas9タンパク質から得ることができる(Fonfaraら、Nucleic Acids Res 42 (4)、2014年; Kooninら、Nat Rev Microbiol 15(3)、2017年)。本開示で有用なCas9タンパク質の例としては、限定はされないが、化膿性連鎖球菌(SpCas9)、ストレプトコッカス・サーモフィルス(Streptococcus thermophiles)(St1Cas9、St3Cas9)、ストレプトコッカス・ミュータンス(Streptococcus mutans)、黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)(SaCas9)、カンピロバクター・ジェジュニ(Campylobacter jejuni)(CjCas9)、フランシセラ・ノビサイダ(Francisella novicida)(FnCas9)及び髄膜炎菌(Neisseria meningitides)(NmCas9)のCas9タンパク質が挙げられる。

本開示の文脈で使用する場合、Cpf1(Cas12a)(全タンパク質又はこれらの断片)をコードする配列は、任意の公知のCpf1(Cas12a)タンパク質から得ることができる(Kooninら、2017年)。本開示で有用なCpf1(Cas12a)タンパク質の例としては、限定はされないが、アシダミノコッカス菌(Acidaminococcus sp)、ラクノスピラ・バクテリウム(Lachnospiraceae bacteriu)及びフランシセラ・ノビサイダのCpf1(Cas12a)タンパク質が挙げられる。

Cas13a(全タンパク質又はこれらの断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13a(C2c2)タンパク質から得ることができる(Abudayyehら、2017年)。本開示で有用なCas13a(C2c2)タンパク質の例としては、限定はされないが、レプトトリキア・ウェイデイ(Leptotrichia wadei)(LwaCas13a)のCas13a(C2c2)タンパク質が挙げられる。

Cas13d(全タンパク質又はこれらの断片)をコードする配列は、任意の公知のCas13dタンパク質から得ることができる(Yanら、2018年)。本開示で有用なCas13dタンパク質の例としては、限定はされないが、ユーバクテリウム・シラエウム(Eubacterium siraeum)及びルミノコッカス属(Ruminococcus sp)のCas13dタンパク質が挙げられる。

特定の実施形態では、目的の核酸配列は、遺伝子発現の減少又は抗生物質耐性遺伝子、病原性因子又はタンパク質遺伝子、毒素因子又はタンパク質遺伝子、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質を発現する遺伝子、及び一般に薬物に対する耐性を発現する遺伝子からなる群において選択される遺伝子の不活性化のためのCRISPR/Cas9システムである。

一実施形態では、CRISPRシステムは、病原性因子を標的化及び不活性化するために使用される。病原性因子は、宿主に与えられる損傷の程度を増加することにより宿主-病原体相互作用を変更する、病原体により産生される任意の物質であり得る。病原性因子は、例えば、細胞接着又は宿主におけるニッチのコロニー形成において、宿主の免疫応答を避けること、宿主細胞への侵入及び宿主細胞から放出を促進すること、宿主から栄養を得ること、又は宿主における他の生理学的プロセスを阻害すること、を含む多くの方法において病原体によって使用される。病原性因子は、酵素、エンドトキシン、接着因子、運動性因子、補体回避に関与する因子、及びバイオフィルム形成を促進する因子を含み得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、大腸菌病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、EHEC-HlyA、Stx1(VT1)、Stx2(VT2)、Stx2a(VT2a)、Stx2b(VT2b)、Stx2c(VT2c)、Stx2d(VT2d)、Stx2e(VT2e)及びStx2f(VT2f)、Stx2h(VT2h)、fimA、fimF、fimH、neuC、kpsE、sfa、foc、iroN、aer、iha、papC、papGI、papGII、papGIII、hlyC、cnf1、hra、sat、ireA、usp ompT、ibeA、malX、fyuA、irp2、traT、afaD、ipaH、eltB、estA、bfpA、eaeA、espA、aaiC、aatA、TEM、CTX、SHV、csgA、csgB、csgC、csgD、csgE、csgF、csgG、csgH、T1SS、T2SS、T3SS、T4SS、T5SS、T6SS(分泌システム)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、志賀赤痢菌(Shigella dysenteriae)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、stx1及びstx2であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、ペスト菌(Yersinia pestis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、yscF(プラスミド保有(pCDl)T3SS外側ニードルサブユニット)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、野兎病菌(Francisella tularensis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、fslAであり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、炭疽菌(Bacillus anthracis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、pag(炭疽毒素、細胞結合防御抗原)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、コレラ菌(Vibrio cholera)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ctxA及びctxB(コレラ毒素)、tcpA(毒素同時制御線毛)、及びtoxT(マスター病原性レギュレーター)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ピオベルジン(例えば、シグマ因子pvdS、生合成支配遺伝子pvdL、pvdl、pvdJ、pvdH、pvdA、pvdF、pvdQ、pvdN、pvdM、pvdO、pvdP、トランスポーター遺伝子pvdE、pvdR、pvdT、opmQ)、シデロフォア・ピオケリン(例えば、pchD、pchC、pchB、pchA、pchE、pchF及びpchG)、並びに毒素(例えば、exoU、exoS及びexoT)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、fimA(粘着性、1型線毛主要サブユニット)、及びcps(莢膜多糖)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、アシネトバクター・バウマンニ(Acinetobacter baumannii)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、ptk(莢膜重合)、及びepsA(アセンブリー)であり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、チフス菌(Salmonella enterica Typhi)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、MIA(侵入、SPI-1レギュレーター)、ssrB(SPI-2レギュレーター)、及び放出ポンプ遺伝子acrA、acrB及びtolCを含む、胆汁耐性と関連するものであり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、FadA及びTIGITであり得る。例えば、そのような標的化病原性因子遺伝子は、バクテロイデス・フラギリス(Bacteroides fragilis)病原性因子遺伝子、例えば、限定はされないが、bftであり得る。

別の実施形態では、CRISPR/Cas9システムは、抗生物質耐性遺伝子、例えば、限定はされないが、GyrB、ParE、ParY、AAC(1)、AAC(2')、AAC(3)、AAC(6')、ANT(2")、ANT(3")、ANT(4')、ANT(6)、ANT(9)、APH(2")、APH(3")、APH(3')、APH(4)、APH(6)、APH(7")、APH(9)、ArmA、RmtA、RmtB、RmtC、Sgm、AER、BLA1、CTX-M、KPC、SHV、TEM、BlaB、CcrA、IMP、NDM、VIM、ACT、AmpC、CMY、LAT、PDC、OXA β-ラクタマーゼ、mecA、Omp36、OmpF、PIB、bla(blaI、blaR1)及びmec(mecI、mecR1)オペロン、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ(CAT)、クロラムフェニコールホスホトランスフェラーゼ、エタンブトール耐性アラビノシルトランスフェラーゼ(EmbB)、MupA、MupB、膜内在性タンパク質MprF、Cfr 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、リファンピンADP-リボシルトランスフェラーゼ(Arr)、リファンピングリコシルトランスフェラーゼ、リファンピンモノオキシゲナーゼ、リファンピンホスホトランスフェラーゼ、DnaA、RbpA、RNAポリメラーゼのリファンピン耐性ベータ-サブユニット(RpoB)、Erm 23S rRNAメチルトランスフェラーゼ、Lsa、MsrA、Vga、VgaB、ストレプトグラミンVgbリアーゼ、Vatアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロンアセチルトランスフェラーゼ、フルオロキノロン耐性DNAトポイソメラーゼ、フルオロキノロン耐性GyrA、GyrB、ParC、キノロン耐性タンパク質(Qnr)、FomA、FomB、FosC、FosA、FosB、FosX、VanA、VanB、VanD、VanR、VanS、リンコサミドヌクレオチジルトランスフェラーゼ(Lin)、EreA、EreB、GimA、Mgt、Ole、マクロライドホスホトランスフェラーゼ(MPH)、MefA、MefE、Mel、ストレプトスリシンアセチルトランスフェラーゼ(sat)、Sul1、Sul2、Sul3、スルホンアミド耐性FolP、テトラサイクリン不活性化酵素TetX、TetA、TetB、TetC、Tet30、Tet31、TetM、TetO、TetQ、Tet32、Tet36、MacAB-TolC、MsbA、MsrA、VgaB、EmrD、EmrAB-TolC、NorB、GepA、MepA、AdeABC、AcrD、MexAB-OprM、mtrCDE、EmrE、adeR、acrR、baeSR、mexR、phoPQ、mtrR、又はComprehensive Antibiotic Resistance Database(CARD https://card.mcmaster.ca/)に記載の任意の抗生物質耐性遺伝子を標的化及び不活性化するために使用される。

別の実施形態では、CRISPR/Cas9システムは、細菌性毒素遺伝子を標的化及び不活性化するために使用される。細菌毒素は、エキソトキシン又はエンドトキシンのいずれかとして分類され得る。エキソトキシンは、生成及び活発に分泌される;エンドトキシンは、細菌の一部のままである。細菌毒素への応答は、重度の炎症を含むことがあり、化膿症をもたらし得る。そのような毒素は、例えば、ボツリヌス神経毒素、破傷風毒素、ブドウ球菌毒素、ジフテリア毒素、炭疽毒素、アルファ毒素、百日咳毒素、志賀毒素、耐熱性エンテロトキシン(大腸菌ST)、コリバクチン、BFT(バクテロイデス・フラギリス毒素)又はHenkelら、(Toxins from Bacteria in EXS. 2010年; 100: 1～29頁)に記載の任意の毒素であり得る。

本明細書に開示する細菌送達ビヒクルによって標的化される細菌は、哺乳動物の生物体に存在する任意の細菌であり得る。特定の態様では、細菌は、送達ビヒクルにより発現されたキメラRBPと細菌細胞の相互作用を介して標的化される。それは、微生物叢又はマイクロビオームの任意の、共生生物、共生又は病原菌であり得る。

マイクロビオームは、様々な内在性細菌種を含み、そのいずれかは本開示に従って標的化され得る。いくつかの実施形態では、標的化内在性細菌細胞の属及び/又は種は、細菌送達ビヒクルを調製するために使用されるバクテリオファージの型に依存し得る。例えば、いくつかのバクテリオファージは、細菌の特定の宿主種に向性を示す、又は優先的に標的化する。他のバクテリオファージは、そのような向性を示さず、内在性細菌細胞の多くの異なる属及び/又は種を標的化するために使用され得る。

細菌細胞の例としては、限定はされないが、エルシニア属種(Yersinia spp.)、エシェリキア属種(Escherichia spp.)、クレブシエラ属種(Klebsiella spp.)、アシネトバクター属種(Acinetobacter spp.)、ボルデテラ種(Bordetella spp.)、ナイセリア属種(Neisseria spp.)、アエロモナス属種(Aeromonas spp.)、フランシセラ属種(Franciesella spp.)、コリネバクテリウム属種(Corynebacterium spp.)、シトロバクター属種(Citrobacter spp.)、クラミジア属種(Chlamydia spp.)、ヘモフィルス属種(Hemophilus spp.)、ブルセラ属種(Brucella spp.)、マイコバクテリウム属種(Mycobacterium spp.)、レジオネラ属種(Legionella spp.)、ロドコッカス属種(Rhodococcus spp.)、シュードモナス属種(Pseudomonas spp.)、ヘリコバクター属種(Helicobacter spp.)、ビブリオ属種(Vibrio spp.)、バチルス属種(Bacillus spp.)、エリシペロスリクス属種(Erysipelothrix spp.)、サルモネラ属種(Salmonella spp.)、ストレプトミセス属種(Streptomyces spp.)、ストレプトコッカス属種(Streptococcus spp.)、スタフィロコッカス属種(Staphylococcus spp.)、バクテロイデス属種(Bacteroides spp.)、プレボテラ属種(Prevotella spp.)、クロストリジウム属種(Clostridium spp.)、ビフィドバクテリウム属種(Bifidobacterium spp.)、クロストリジウム属種(Clostridium spp.)、ブレビバクテリウム属種(Brevibacterium spp.)、ラクトコッカス属種(Lactococcus spp.)、リューコノストック属種(Leuconostoc spp.)、アクチノバチルス属種(Actinobacillus spp.)、セレノモナス属種(Selnomonas spp.)、シゲラ属種(Shigella spp.)、ザイモナス属種(Zymonas spp.)、マイコプラズマ属種(Mycoplasma spp.)、トレポネーマ属種(Treponema spp.)、リューコノストック属種(Leuconostoc spp.)、コリネバクテリウム属種(Corynebacterium spp.)、エンテロコッカス属種(Enterococcus spp.)、エンテロバクター属種(Enterobacter spp.)、ピロコッカス属種(Pyrococcus spp.)、セルラチア属種(Serratia spp.)、モルガネラ属種(Morganella spp.)、パルビモナス属種(Parvimonas spp.)、フソバクテリウム属種(Fusobacterium spp.)、アクチノミセス属種(Actinomyces spp.)、ポルフィロモナス属種(Porphyromonas spp.)、ミクロコッカス属種(Micrococcus spp.)、バルトネラ属種(Bartonella spp.)、ボレリア属種(Borrelia spp.)、ブルセリア属種(Brucelia spp.)、カンピロバクター属種(Campylobacter spp.)、クラミドフィリア属種(Chlamydophilia spp.)、クチバクテリウム属種(Cutibacterium spp.)、プロピオニバクテリウム属種(Propionibacterium spp.)、ガードネレラ属種(Gardnerella spp.)、エーリキア属種(Ehrlichia spp.)、ヘモフィルス属種(Haemophilus spp.)、レプトスピラ属種(Leptospira spp.)、リステリア属種(Listeria spp.)、マイコプラズマ属種(Mycoplasma spp.)、ノカルジア属種(Nocardia spp.)、リケッチア属種(Rickettsia spp.)、ウレアプラズマ属種(Ureaplasma spp.)、及びラクトバチルス属種(Lactobacillus spp)、並びにこれらの混合物の細菌由来の細胞が挙げられる。

したがって、細菌送達ビヒクルは、細菌の前述の属のいずれか1つ又は複数由来の細菌細胞を標的化(例えば、特異的に標的化)し、本開示に従って目的のペイロードを特異的に送達し得る。

好ましくは、標的化細菌は、エルシニア属種、エシェリキア属種、クレブシエラ属種、アシネトバクター属種、シュードモナス属種、ヘリコバクター属種、ビブリオ属種、サルモネラ属種、ストレプトコッカス属種、スタフィロコッカス属種、バクテロイデス属種、クロストリジウム属種、シゲラ属種、エンテロコッカス属種、エンテロバクター属種、リステリア属種、クチバクテリウム属種、プロピオニバクテリウム属種、フソバクテリウム属種、ポルフィロモナス属種及びガードネレラ属種からなる群から選択され得る。

いくつかの実施形態では、本開示の細菌細胞は、嫌気性細菌細胞(例えば、増殖のために酸素を必要としない細胞)である。嫌気性細菌細胞は、通性嫌気性細胞、例えば、限定はされないが、大腸菌、シェワネラ・オネイデンシス(Shewanella oneidensis)、ガードネレラ・バギナリス(Gardnerella vaginalis)及びリステリア(Listeria)を含む。嫌気性細菌細胞は、偏性嫌気性細胞、例えばバクテロイデス、クロストリジウム、クチバクテリウム、プロピオニバクテリウム、フソバクテリウム及びプルフィロモナ種も含む。ヒトでは、嫌気性細菌は、消化管において最も一般的に見出される。いくつかの特定の実施形態では、したがって、標的細菌は、消化管において最も一般的に見出される細菌である。細菌ウイルス粒子を調製するために使用されるバクテリオファージ、次いで細菌ウイルス粒子は、当業者に公知のそれらの特定のスペクトルに従って嫌気性細菌細胞を標的化(例えば、特異的に標的化)し、プラスミドを特異的に送達することができる。

いくつかの実施形態では、標的細菌細胞は、限定はされないが、バクテロイデス・テタイオタオミクロン(Bacteroides thetaiotaomicron)、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイデス・ジスタソニス(Bacteroides distasonis)、バクテロイデス・ブルガタス(Bacteroides vulgatus)、クロストリジウム・レプタム(Clostridium leptum)、クロストリジウム・コッコイデス(Clostridium coccoides)、黄色ブドウ球菌、枯草菌(Bacillus subtilis)、クロストリジウム・ブチリカム(Clostridium butyricum)、ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム(Brevibacterium lactofermentum)、B群溶結性連鎖球菌(Streptococcus agalactiae)、ラクトコッカス・ラクチス(Lactococcus lactis)、リューコノストック・ラクチス(Leuconostoc lactis)、アクチノバチルス・アクチノビセテムコミタンス(Actinobacillus actinobycetemcomitans)、シアノバクテリア(cyanobacteria)、大腸菌、ヘリコバクター・ピロリ(Helicobacter pylori)、偏性嫌気性細菌(Selnomonas ruminatium)、D群赤痢菌(Shigella sonnei)、ザイモモナス・モビリス(Zymomonas mobilis)、マイコプラズマ・ミコイデス(Mycoplasma mycoides)、トレポネーマ・デンチコラ(Treponema denticola)、バチルス・チューリンギエンシス(Bacillus thuringiensis)、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス(Staphilococcus lugdunensis)、リューコノストック・オエノス(Leuconostoc oenos)、コリネバクテリウム・ゼロシス(Corynebacterium xerosis)、ラクトバチルス・プランタルム(Lactobacillus plantarum)、ラクトバチルス・ラムノサス(Lactobacillus rhamnosus)、ラクトバチルス・カゼイ(Lactobacillus casei)、ラクトバチルス・アシドフィルス(Lactobacillus acidophilus)、エンテロコッカス・フェカリス(Enterococcus faecalis)、バチルス・コアグランス(Bacillus coagulans)、バチルス・セレウス(Bacillus cereus)、バチルス・ポピラエ(Bacillus popillae)、シネコシスティス株PCC6803(Synechocystis strain PCC6803)、バチルス・リクエファシエンス(Bacillus liquefaciens)、ピロコッカス・アビシイ(Pyrococcus abyssi)、セレノモナス・ノミナンチウム(Selenomonas nominantium)、ラクトバチルス・ヒルガルディー(Lactobacillus hilgardii)、ストレプトコッカス・フェルス(Streptococcus ferus)、ラクトバチルス・ペントーサス(Lactobacillus pentosus)、バクテロイデス・フラギリス、スタフィロコッカス・エピデルミディス(Staphylococcus epidermidis)、ストレプトミセス・ファエクロモゲネス(Streptomyces phaechromogenes)、ストレプトミセス・ガナエニス(Streptomyces ghanaenis)、クレブシエラ・ニューモニエ(Klebsiella pneumoniae)、エンテロバクター・クロアカ(Enterobacter cloacae)、エンテロバクター・アエロゲネス(Enterobacter aerogenes)、セルラチア・マルセッセンス(Serratia marcescens)、モルガネラ・モルガニイ(Morganella morganii)、シトロバクター・フレウンディ(Citrobacter freundii)、プロピオニバクテリウム・フロイデンライシイ(Propionibacterium freudenreichii)、シュードモナス・アエリグノサ(Pseudomonas aerigunosa)、パルビノモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、プレボテラ・インテルメディア(Prevotella intermedia)、フソバクテリウム・ヌクレアタム(Fusobacterium nucleatum)、プレボテラ・ニグレッセンス(Prevotella nigrescens)、アクチノミセス・イスラエリイ(Actinomyces israelii)、ポルフィロモナス・エンドドンタリス(Porphyromonas endodontalis)、ポルフィロモナス・ジンジバリス(Porphyromonas gingivalis)、ミクロコッカス・ルテウス(Micrococcus luteus)、バチルス・メガテリウム(Bacillus megaterium)、アエロモナス・ハイドロフィラ(Aeromonas hydrophila)、アエロモナス・キャビアエ(Aeromonas caviae)、バチルス・アントラシス(Bacillus anthracis)、バルトネラ・ヘンセラエ(Bartonella henselae)、バルトネラ・クインターナ(Bartonella Quintana)、百日咳菌(Bordetella pertussis)、ボレリア・ブルグドルフェリ(Borrelia burgdorferi)、ボレリア・ガリニイ(Borrelia garinii)、ボレリア・アフゼリイ(Borrelia afzelii)、ボレリア・レクルレンチス(Borrelia recurrentis)、ブルセラ・アボルツス(Brucella abortus)、ブルセラ・カニス(Brucella canis)、ブルセラ・メリテンシス(Brucella melitensis)、ブルセラ・スイス(Brucella suis)、カンピロバクター・ジェジュニ、カンピロバクター・コリ(Campylobacter coli)、カンピロバクター・フェタス(Campylobacter fetus)、クラミジア・ニューモニエ(Chlamydia pneumoniae)、クラミジア・トラコマチス(Chlamydia trachomatis)、クラミドフィラ・シッタシ(Chlamydophila psittaci)、クロストリジウム・ボツリヌム(Clostridium botulinum)、クロストリジウム・ディフィシル(Clostridium difficile)、クロストリジウム・パーフリンゲンス(Clostridium perfringens)、クロストリジウム・テタニ(Clostridium tetani)、コリネバクテリウム・ジフテリア(Corynebacterium diphtheria)、キューティバクテリウム・アクネス(Cutibacterium acnes)(以前のプロピオニバクテリウム・アクネス(Propionibacterium acnes))、エーリキア・カニス(Ehrlichia canis)、エーリキア・キャフェエンシス(Ehrlichia chaffeensis)、エンテロコッカス・ファエシウム(Enterococcus faecium)、フランシセラ・ツラレンシス(Francisella tularensis)、インフルエンザ菌(Haemophilus influenza)、レジオネラ・ニューモフィラ(Legionella pneumophila)、レプトスピラ・インテロガンス(Leptospira interrogans)、レプトスピラ・サンタロサイ(Leptospira santarosai)、レプトスピラ・ウェイリイ(Leptospira weilii)、レプトスピラ・ノグチイ(Leptospira noguchii)、リステリア・モノシトゲネス(Listeria monocytogenes)、マイコバクテリウム・レプラエ(Mycobacterium leprae)、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)、マイコバクテリウム・ウルセランス(Mycobacterium ulcerans)、マイコプラズマ・ニューモニア(Mycoplasma pneumonia)、淋菌(Neisseria gonorrhoeae)、ネイセリア・メニンギチデス(Neisseria meningitides)、ノカルジア・アステロイドス(Nocardia asteroids)、リケッチア・リケッチア(Rickettsia rickettsia)、サルモネラ・エンテリティディス(Salmonella enteritidis)、チフス菌(Salmonella typhi)、サルモネラ・パラチフィ(Salmonella paratyphi)、サルモネラ・ティフィムリウム(Salmonella typhimurium)、シゲラ・フレックスネリ(Shigella flexnerii)、志賀赤痢菌、スタフィロコッカス・サプロフィティクス(Staphylococcus saprophyticus)、ストレプトコッカス・ニューモニエ(Streptococcus pneumoniae)、化膿性連鎖球菌、ガードネレラ・バギナリス、ストレプトコッカス・ビリダンス(Streptococcus viridans)、トレポネーマ・パリズム(Treponema pallidum)、ウレアプラズマ・ウレアリチカム(Ureaplasma urealyticum)、コレラ菌、ビブリオ・パラハエモリチクス(Vibrio parahaemolyticus)、エルシニア・ぺスチス(Yersinia pestis)、エルシニア・エンテロコリチカ(Yersinia enterocolitica)、エルシニア・シュードツベルクロシス(Yersinia pseudotuberculosis)、アクチノバクター・バウマニイ(Actinobacter baumanii)、シュードモナス・アエリグノサ、及びこれらの混合物であり、好ましくは、目的の細菌は、大腸菌、エンテロコッカス・ファエシウム、黄色ブドウ球菌、クレブシエラ・ニューモニエ、アシネトバクター・バウマニイ、緑膿菌、エンテロバクター・クロアカ、及びエンテロバクター・アエロゲネス、並びにこれらの混合物である。

一実施形態では、標的細菌は、大腸菌である。

したがって、細菌送達ビヒクルを調製するために使用するバクテリオファージ、次いで細菌送達ビヒクルは、前述の細菌の属及び/又は種のいずれか1つ又は複数由来の細菌細胞を標的化(例えば、特異的に標的化)し、プラスミドを特異的に送達することができる。

一実施形態では、標的細菌は病原菌である。標的細菌は、病原性細菌であり得る。

標的細菌は、抗菌耐性細菌であり、好ましくは、広域スペクトルベータ-ラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌、ESBLクレブシエラ・ニューモニエ、バンコマイシン耐性エンテロコッカス(VRE)、メチシリン耐性スタフィロコッカス・アウレウス(MRSA)、多剤耐性(MDR)アシネトバクター・バウマニイ、MDRエンテロバクター属種、及びこれらの組合せからなる群から選択され得る。好ましくは、標的細菌は、広域スペクトルベータ-ラクタマーゼ産生(ESBL)大腸菌株からなる群から選択され得る。

或いは、標的細菌は、所与の種のマイクロビオームの細菌、好ましくは、ヒト微生物叢の細菌であり得る。

本開示は、本明細書に記載のペイロードを含有する細菌送達ビヒクルに向けられる。細菌送達ビヒクルは、細菌ウイルスから調製される。細菌送達ビヒクルは、標的細菌へとペイロードを導入することができるように選択される。

それによりキメラ受容体結合タンパク質を有する細菌送達ビヒクルが由来し得る、細菌ウイルスは、好ましくはバクテリオファージである。場合により、バクテリオファージは、Krupovicら、Arch Virol、2015年の分類学に基づき、カウドウイルス目(Order Caudovirales)から選択される。

バクテリオファージは、ミオウイルス(Myoviridae)科(例えば、限定はされないが、Cp220ウイルス属、Cp8ウイルス属、Ea214ウイルス属、Felixo1ウイルス属、Moogleウイルス属、Suspウイルス属、Hp1ウイルス属、P2ウイルス属、Kayウイルス属、P100ウイルス属、Silviaウイルス属、Spo1ウイルス属、Tsarbombaウイルス属、Twortウイルス属、Cc31ウイルス属、Jd18ウイルス属、Js98ウイルス属、Kp15ウイルス属、Moonウイルス属、Rb49ウイルス属、Rb69ウイルス属、S16ウイルス属、Schizot4ウイルス属、Sp18ウイルス属、T4ウイルス属、Cr3ウイルス属、Se1ウイルス属、V5ウイルス属、Abouoウイルス属、Agateウイルス属、Agrican357ウイルス属、Ap22ウイルス属、Arv1ウイルス属、B4ウイルス属、Bastilleウイルス属、Bc431ウイルス属、Bcep78ウイルス属、Bcepmuウイルス属、Biquartaウイルス属、Bxz1ウイルス属、Cd119ウイルス属、Cp51ウイルス属、Cvm10ウイルス属、Eah2ウイルス属、Elウイルス属、Hapunaウイルス属、Jimmerウイルス属、Kpp10ウイルス属、M12ウイルス属、Machinaウイルス属、Marthaウイルス属、Msw3ウイルス属、Muウイルス属、Myohaloウイルス属、Nit1ウイルス属、P1ウイルス属、Pakpunaウイルス属、Pbunaウイルス属、Phikzウイルス属、Rheph4ウイルス属、Rsl2ウイルス属、Rslunaウイルス属、Secunda5ウイルス属、Sep1ウイルス属、Spn3ウイルス属、Svunaウイルス属、Tg1ウイルス属、Vhmlウイルス属及びWphウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、ポドウイルス(Podoviridae)科(例えば、限定はされないが、Fri1ウイルス属、Kp32ウイルス属、Kp34ウイルス属、Phikmvウイルス属、Pradoウイルス属、Sp6ウイルス属、T7ウイルス属、Cp1ウイルス属、P68ウイルス属、Phi29ウイルス属、Nona33ウイルス属、Pocjウイルス属、Tl2011ウイルス属、Bcep22ウイルス属、Bpp1ウイルス属、Cba41ウイルス属、Dfl12ウイルス属、Ea92ウイルス属、Epsilon15ウイルス属、F116ウイルス属、G7cウイルス属、Jwalphaウイルス属、Kf1ウイルス属、Kpp25ウイルス属、Lit1ウイルス属、Luz24ウイルス属、Luz7ウイルス属、N4ウイルス属、Nonanaウイルス属、P22ウイルス属、Pageウイルス属、Phieco32ウイルス属、Prtbウイルス属、Sp58ウイルス属、Una961ウイルス属及びVp5ウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、サイフォウイルス(Siphoviridae)科(例えば、限定はされないが、Camウイルス属、Likaウイルス属、R4ウイルス属、Acadianウイルス属、Cooperウイルス属、Pg1ウイルス属、Pipefishウイルス属、Rosebushウイルス属、Brujitaウイルス属、Che9cウイルス属、Hawkeyeウイルス属、Plotウイルス属、Jerseyウイルス属、K1gウイルス属、Sp31ウイルス属、Lmd1ウイルス属、Una4ウイルス属、Bongoウイルス属、Reyウイルス属、Buttersウイルス属、Charlieウイルス属、Rediウイルス属、Baxterウイルス属、Nymphadoraウイルス属、Bignuzウイルス属、Fishburneウイルス属、Phayonceウイルス属、Kp36ウイルス属、Rogue1ウイルス属、Rtpウイルス属、T1ウイルス属、Tlsウイルス属、Ab18ウイルス属、Amigoウイルス属、Anatoleウイルス属、Andromedaウイルス属、Attisウイルス属、Barnyardウイルス属、Bernal13ウイルス属、Biseptimaウイルス属、Bronウイルス属、C2ウイルス属、C5ウイルス属、Cba181ウイルス属、Cbastウイルス属、Ceciウイルス属、Che8ウイルス属、Chiウイルス属、Cjw1ウイルス属、Corndogウイルス属、Cronusウイルス属、D3112ウイルス属、D3ウイルス属、Decurroウイルス属、Demosthenesウイルス属、Doucetteウイルス属、E125ウイルス属、Eiauウイルス属、Ff47ウイルス属、Gaiaウイルス属、Gilesウイルス属、Gordonウイルス属、Gordtnkウイルス属、Harrisonウイルス属、Hk578ウイルス属、Hk97ウイルス属、Jenstウイルス属、Jwxウイルス属、Kellezioウイルス属、Korraウイルス属、L5ウイルス属、lambdaウイルス属、Laroyeウイルス属、Liefieウイルス属、Marvinウイルス属、Mudcatウイルス属、N15ウイルス属、Nonagウイルス属、Np1ウイルス属、Omegaウイルス属、P12002ウイルス属、P12024ウイルス属、P23ウイルス属、P70ウイルス属、Pa6ウイルス属、Pamx74ウイルス属、Patienceウイルス属、Pbi1ウイルス属、Pepy6ウイルス属、Pfr1ウイルス属、Phic31ウイルス属、Phicbkウイルス属、Phietaウイルス属、Phifelウイルス属、Phijl1ウイルス属、Pis4aウイルス属、Psaウイルス属、Psimunaウイルス属、Rdjlウイルス属、Rer2ウイルス属、Sap6ウイルス属、Send513ウイルス属、Septima3ウイルス属、Seuratウイルス属、Sextaecウイルス属、Sfi11ウイルス属、Sfi21dt1ウイルス属、Sitaraウイルス属、Sk1ウイルス属、Slashウイルス属、Smoothieウイルス属、Soupsウイルス属、Spbetaウイルス属、Ssp2ウイルス属、T5ウイルス属、Tankウイルス属、Tin2ウイルス属、Titanウイルス属、Tm4ウイルス属、Tp21ウイルス属、Tp84ウイルス属、Triaウイルス属、Trigintaduoウイルス属、Vegasウイルス属、Vendettaウイルス属、Wbetaウイルス属、Wildcatウイルス属、Wizardウイルス属、Woesウイルス属、Xp10ウイルス属、Ydn12ウイルス属及びYuaウイルス属)から選択され得る。

バクテリオファージは、アッカーマンウイルス(Ackermannviridae)科(例えば、限定はされないが、Ag3ウイルス属、Limestoneウイルス属、Cba120ウイルス属及びVi1ウイルス属)から選択され得る。

場合により、バクテリオファージは、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば、限定はされないが、テクチウイルス(Tectiviridae)科(例えば、アルファテクチウイルス(Alphatectiviridae)属、ベータテクチウイルス(Betatectiviridae)属)、コルチコウイルス(Corticoviridae)科(例えば、コルチコウイルス属)、イノウイルス(Inoviridae)科(例えば、Fibroウイルス属、Habeniウイルス属、イノウイルス属、Lineaウイルス属、Plectroウイルス属、Saetiウイルス属、Vespertilioウイルス属)、シストウイルス(Cystoviridae)科(例えば、シストウイルス属)、レビウイルス(Leviviridae)科(例えば、Alloレビウイルス属、レビウイルス属)、ミクロウイルス(Microviridae)科(例えば、Alpha3ミクロウイルス属、G4ミクロウイルス属、Phix174ミクロウイルス属、Bdelloミクロウイルス属、Chlamydiaミクロウイルス属、Spiroミクロウイルス属)及びプラズマウイルス(Plasmaviridae)科(例えば、プラズマウイルス属)由来である。

場合により、バクテリオファージは、カウドウイルス目の一部ではないが、未分類の目を有する科、例えば限定はされないが、Ampullaウイルス科、フセロウイルス科、Globuloウイルス科、グッタウイルス科、リポスリクスウイルス科、Pleolipoウイルス科、ルディウイルス科、Salterproウイルス及びBicaudaウイルス科由来である標的化古細菌である。

細菌属及びそれらの公知の宿主特異的細菌ウイルスの完全に網羅しているわけではないリストを以下の段落に提示する。本明細書に開示するキメラRBP及び細菌送達ビヒクルは、非限定的な例として、以下のファージから操作され得る。同意語及び表記揺れは、括弧に示す。同音異義語は、それらが生じる度に繰り返す(例えば、D、D、d)。名前の無いファージは、「NN」によって示し、横にそれらの属及びそれらの番号を括弧に示す。

アクチノミセス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Av-I、Av-2、Av-3、BF307、CTl、CT2、CT3、CT4、CT6、CT7、CT8及び1281。

アエロモナス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:AA-I、Aeh2、N、PMl、TP446、3、4、11、13、29、31、32、37、43、43-10T、51、54、55R.1、56、56RR2、57、58、59.1、60、63、Aehl、F、PM2、1、25、31、40RR2.8t、(syn= 44R)、(syn= 44RR2.8t)、65、PM3、PM4、PM5及びPM6。

バチルス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:A、aizl、Al-K-I、B、BCJAl、BCl、BC2、BLLl、BLl、BP142、BSLl、BSL2、BSl、BS3、BS8、BS15、BS18、BS22、BS26、BS28、BS31、BS104、BS105、BS106、BTB、B1715V1、C、CK-I、Coll、Corl、CP-53、CS-I、CSi、D、D、D、D5、entl、FP8、FP9、FSi、FS2、FS3、FS5、FS8、FS9、G、GH8、GT8、GV-I、GV-2、GT-4、g3、gl2、gl3、gl4、gl6、gl7、g21、g23、g24、g29、H2、kenl、KK-88、Kuml、Kyul、J7W-1、LP52、(syn= LP-52)、L7、Mexl、MJ-I、mor2、MP-7、MPlO、MP12、MP14、MP15、Neol、N°2、N5、N6P、PBCl、PBLA、PBPl、P2、S-a、SF2、SF6、Shal、Sill、SP02、(syn= ΦSPP1)、SPβ、STI、STi、SU-Il、t、TbI、Tb2、Tb5、TbIO、Tb26、Tb51、Tb53、Tb55、Tb77、Tb97、Tb99、Tb560、Tb595、Td8、Td6、Tdl5、TgI、Tg4、Tg6、Tg7、Tg9、TgIO、TgIl、Tgl3、Tgl5、Tg21、Tinl、Tin7、Tin8、Tinl3、Tm3、Tocl、Togl、toll、TP-I、TP-10vir、TP-15c、TP-16c、TP-17c、TP-19、TP35、TP51、TP-84、Tt4、Tt6、type A、type B、type C、type D、type E、Tφ3、VA-9、W、wx23、wx26、Yunl、α、γ、pl l、φmed-2、φT、φμ-4、φ3T、φ75、φlO5、(syn= φlO5)、IA、IB、1-97A、1-97B、2、2、3、3、3、5、12、14、20、30、35、36、37、38、41C、51、63、64、138D、I、II、IV、NN-バチルス(13)、alel、ARl、AR2、AR3、AR7、AR9、Bace-11、(syn= 11)、Bastille、BLl、BL2、BL3、BL4、BL5、BL6、BL8、BL9、BP12
4、BS28、BS80、Ch、CP-51、CP-54、D-5、darl、denl、DP-7、entl、FoSi、FoS2、FS4、FS6、FS7、G、gall、gamma、GEl、GF-2、GSi、GT-I、GT-2、GT-3、GT-4、GT-5、GT-6、GT-7、GV-6、gl5、19、110、ISi、K、MP9、MP13、MP21、MP23、MP24、MP28、MP29、MP30、MP32、MP34、MP36、MP37、MP39、MP40、MP41、MP43、MP44、MP45、MP47、MP50、NLP-I、No.l、N17、N19、PBSl、PKl、PMBl、PMB12、PMJl、S、SPOl、SP3、SP5、SP6、SP7、SP8、SP9、SPlO、SP-15、SP50、(syn= SP-50)、SP82、SST、subl、SW、Tg8、Tgl2、Tgl3、Tgl4、thul、thuΛ、thuS、Tin4、Tin23、TP-13、TP33、TP50、TSP-I、type V、type VI、V、Vx、β22、φe、φNR2、φ25、φ63、1、1、2、2C、3NT、4、5、6、7、8、9、10、12、12、17、18、19、21、138、III、4(B.メガテリウン(B. megateriwn))、4(B.セファエリクス(B. sphaericus))、AR13、BPP-IO、BS32、BS107、Bl、B2、GA-I、GP-IO、GV-3、GV-5、g8、MP20、MP27、MP49、Nf、PP5、PP6、SF5、Tgl8、TP-I、Versailles、φl5、φ29、1-97、837/IV、mι-バチルス(1)、BatlO、BSLlO、BSLI l、BS6、BSI l、BS16、BS23、BSlOl、BS102、gl8、morl、PBLl、SN45、thu2、thu3、TmI、Tm2、TP-20、TP21、TP52、type F、type G、type IV、HN-BacMus (3)、BLE、(syn= θc)、BS2、BS4、BS5、BS7、BlO、B12、BS20、BS21、F、MJ-4、PBA12、AP50、AP50-04、AP50-11、AP50-23、AP50-26、AP50-27及びBam35。以下のバチルス特異的ファージは欠失している:DLP10716、DLP-11946、DPB5、DPB12、DPB21、DPB22、DPB23、GA-2、M、No. IM、PBLB、PBSH、PBSV、PBSW、PBSX、PBSY、PBSZ、phi、SPa、type 1及びμ。

バクテロイデス(Bacteriodes)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:ad I2、Baf-44、Baf-48B、Baf-64、Bf-I、Bf-52、B40-8、Fl、βl、φAl、φBrOl、φBrO2、11、67.1、67.3、68.1、mt-バクテロイデス(3)、Bf42、Bf71、HN-ブデロビブリオ(1)及びBF-41。

ボルデテラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:134及びNN-ボルデテラ(3)。

ボレリア(Borrellia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-ボレリア(1)及びNN-ボレリア(2)。

ブルセラ属の細菌は、以下のファージによって感染され得る: A422、Bk、(syn= Berkeley)、BM29、FOi、(syn= FOl)、(syn= FQl)、D、FP2、(syn= FP2)、(syn= FD2)、Fz、(syn= Fz75/13)、(syn= Firenze 75/13)、(syn= Fi)、Fi、(syn= Fl)、Fim、(syn= FIm)、(syn= Fim)、FiU、(syn= FlU)、(syn= FiU)、F2、(syn= F2)、F3、(syn= F3)、F4、(syn= F4)、F5、(syn= F5)、F6、F7、(syn= F7)、F25、(syn= F25)、(syn= ￡25)、F25U、(syn= F25u)、(syn= F25U)、(syn= F25V)、F44、(syn- F44)、F45、(syn= F45)、F48、(syn= F48)、I、Im、M、MC/75、M51、(syn= M85)、P、(syn= D)、S708、R、Tb、(syn= TB)、(syn= Tbilisi)、W、(syn= Wb)、(syn= Weybridge)、X、3、6、7、10/1、(syn= 10)、(syn= F8)、(syn= F8)、12m、24/11、(syn= 24)、(syn= F9)、(syn= F9)、45/111、(syn= 45)、75、84、212/XV、(syn= 212)、(syn= Fi0)、(syn= FlO)、371/XXIX、(syn= 371)、(syn= Fn)、(syn= Fl l)及び513。

バークホルデリア(Burkholderia)属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CP75、NN-バークホルデリア(1)及び42。

カンピロバクター属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:C type、NTCC12669、NTCC12670、NTCC12671、NTCC12672、NTCC12673、NTCC12674、NTCC12675、NTCC12676、NTCC12677、NTCC12678、NTCC12679、NTCC12680、NTCC12681、NTCC12682、NTCC12683、NTCC12684、32f、111c、191、NN-カンピロバクター(2)、Vfi-6、(syn= V19)、VfV-3、V2、V3、V8、V16、(syn= Vfi-1)、V19、V20(V45)、V45、(syn= V-45)及びNN-カンピロバクター(1)。

クラミジア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:Chpl。

クロストリジウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CAKl、CA5、Ca7、CEβ、(syn= 1C)、CEγ、Cldl、c-n71、c-203 Tox-、DEβ、(syn= ID)、(syn= lDt0X+)、HM3、KMl、KT、Ms、NAl、(syn= Naltox+)、PA135Oe、Pfo、PL73、PL78、PL81、Pl、P50、P5771、P19402、lCt0X+、2Ct0X＼ 2D3 (syn= 2Dt0X+)、3C、(syn= 3Ctox+)、4C、(syn= 4Ct0X+)、56、III-l、NN-Clostridium (61)、NBlt0X+、αl、CAl、HMT、HM2、PFl5 P-23、P-46、Q-05、Q-oe、Q-16、Q-21、Q-26、Q-40、Q-46、S111、SA02、WA01、WA03、Wm、W523、80、C、CA2、CA3、CPTl、CPT4、cl、c4、c5、HM7、H11/A1、H18/Ax、FWS23、Hi58ZA1、K2ZA1、K21ZS23、ML、NA2t0X; Pf2、Pf3、Pf4、S9ZS3、S41ZA1、S44ZS23、α2、41、112ZS23、214/S23、233/Ai、234/S23、235/S23、II-l、II-2、II-3、NN-クロストリジウム(12)、CAl、Fl、K、S2、1、5及びNN-クロストリジウム(8)。

コリネバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:CGKl(欠失)、A、A2、A3、AlOl、A128、A133、A137、A139、A155、A182、B、BF、B17、B18、B51、B271、B275、B276、B277、B279、B282、C、capi、CCl、CGl、CG2、CG33、CL31、Cog、(syn= CG5)、D、E、F、H、H-I、hqi、hq2、11ZH33、Ii/31、J、K、K、(syn= Ktox")、L、L、(syn= Ltox+)、M、MC-I、MC-2、MC-3、MC-4、MLMa、N、O、ovi、ov2、ov3、P、P、R、RP6、RS29、S、T、U、UB1、ub2、UH1、UH3、uh3、uh5、uh6、β、(syn= βtox+)、βhv64、βvir、γ、(syn= γtoχ-)、γl9、δ、(syn= δ'ox+)、p、(syn= ptoχ-)、Φ9、φ984、ω、IA、1/1180、2、2/1180、5/1180、5ad/9717、7/4465、8/4465、8ad/10269、10/9253、13Z9253、15/3148、21/9253、28、29、55、2747、2893、4498及び5848。

エンテロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:DF78、Fl、F2、1、2、4、14、41、867、Dl、SB24、2BV、182、225、C2、C2F、E3、E62、DS96、H24、M35、P3、P9、SBlOl、S2、2BII、5、182a、705、873、881、940、1051、1057、21096C、NN-エンテロコッカス(1)、PEl、Fl、F3、F4、VD13、1、200、235及び341。

エリシペロスリクス属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:NN-エリシペロスリクス(Eiysipelothrix)(1)。

エシェリキア属の細菌は、以下のファージによって感染され得る:BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、(syn= mu)、(syn= MuI)、(syn= Mu-I)、(syn= MU-I)、(syn= MuI)、(syn= μ)、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4(欠失)、Sl、Wφ、φK13、φR73(欠失)、φl、φ2、φ7、φ92、ψ(欠失)、7 A、8φ、9φ、15(欠失)、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、(syn= Dd-Vi)、(syn= DDVI)、(syn= DDVi)、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I (syn= OXl)、(syn= HF)、Ox-2 (syn= 0x2)、(syn= 0X2)、Ox-3、Ox-4、Ox-5、(syn= 0X5)、Ox-6、(syn= 66F)、(syn= φ66t)、(syn= φ66t-)5 0111、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、(syn= TuII^*)、TuIP-24、TuII^*46、TuIP-60、T2、(syn= ganuTia)、(syn= γ)、(syn= PC)、(syn= P.C.)、(syn= T-2)、(syn= T2)、(syn= P4)、T4、(syn= T-4)、(syn= T4)、T6、T35、αl、1、IA、3、(syn= Ac3)、3A、3T+、(syn= 3)、(syn= Ml)、5φ、(syn= φ5)、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、(syn= Sd)、(syn= SD)、(syn= Sa)3 (syn= sd)、(syn= SD)、(syn= CD)、T3、(syn= T-3)、(syn= T3)、T7、(syn= T-7)、(syn= T7)、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、(syn= φW)、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、(syn= ΦHK97)、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、no.D、PA-2、q、S2、Tl、(syn= α)、(syn= P28)、(syn= T-I)、(syn= Tx)、T3C、T5、(syn= T-5)、(syn= T5)、UC-I、w、β4、γ2、λ(syn= lambda)、(syn= Φλ)、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、(syn= χi)、(syn= φχ)、(syn= φχi)、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933H。

フソバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-フソバクテリウム(2)、fv83-554/3、fv88-531/2、227、fv2377、fv2527及びfv8501。

ヘモフィリス属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl、S2及びN3。

ヘリコバクター属の細菌は、以下のファージによって感染される:HPl及び^^-ヘリコバクター(1)。

クレブシエラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:AIO-2、KI4B、Kl6B、Kl9、(syn= K19)、Kl14、Kl15、Kl21、Kl28、Kl29、KI32、Kl33、Kl35、Kl106B、Kl171B、Kl181B、Kl832B、AIO-I、AO-I、AO-2、AO-3、FC3-10、K、Kl1、(syn= KIl)、Kl2、(syn= K12)、Kl3、(syn= K13)、(syn= Kl 70/11)、Kl4、(syn= K14)、Kl5、(syn= K15)、Kl6、(syn= K16)、Kl7、(syn= K17)、Kl8、(syn= K18)、Kl19、(syn= K19)、Kl27、(syn= K127)、Kl31、(syn= K131)、Kl35、Kl171B、II、VI、IX、CI-I、Kl4B、Kl8、Kl11、Kl12、Kl13、Kl16、Kl17、Kl18、Kl20、Kl22、Kl23、Kl24、Kl26、Kl30、Kl34、Kl106B、KIi65B、Kl328B、KLXI、K328、P5046、11、380、III、IV、VII、VIII、FC3-11、Kl2B、(syn= K12B)、Kl25、(syn= K125)、Kl42B、(syn= K142)、(syn= K142B)、Kl181B、(syn= KIl 81)、(syn= K1181B)、Kl765/!、(syn= K1765/1)、Kl842B、(syn= K1832B)、Kl937B、(syn= K1937B)、Ll、φ28、7、231、483、490、632及び864/100。

レプトスピラ(Lepitospira)属の細菌は、以下のファージによって感染される:LEl、LE3、LE4及び～NN-レプトスピラ(1)。

リステリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A511、01761、4211、4286、(syn= BO54)、A005、A006、A020、A500、A502、A511、Al 18、A620、A640、B012、B021、B024、B025、B035、B051、B053、B054、B055、B056、BlOl、BI lO、B545、B604、B653、C707、D441、HSO47、HlOG、H8/73、H19、H21、H43、H46、H107、H108、HI lO、H163/84、H312、H340、H387、H391/73、H684/74、H924A、PSA、U153、φMLUP5、(syn= P35)、00241、00611、02971A、02971C、5/476、5/911、5/939、5/11302、5/11605、5/11704、184、575、633、699/694、744、900、1090、1317、1444、1652、1806、1807、1921/959、1921/11367、1921/11500、1921/11566、1921/12460、1921/12582、1967、2389、2425、2671、2685、3274、3550、3551、3552、4276、4277、4292、4477、5337、5348/11363、5348/11646、5348/12430、5348/12434、10072、11355C、11711A、12029、12981、13441、90666、90816、93253、907515、910716及びNN-リステリア(15)。

モルガネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:47。

マイコバクテリウム属の細菌は、以下のファージによって感染される:13、AGl、ALi、ATCC 11759、A2、B.C3、BG2、BKl、BK5、butyricum、B-I、B5、B7、B30、B35、Clark、Cl、C2、DNAIII、DSP1、D4、D29、GS4E、(syn= GS4E)、GS7、(syn= GS-7)、(syn= GS7)、IPa、lacticola、Legendre、Leo、L5、(syn= ΦL-5)、MC-I、MC-3、MC-4、minetti、MTPHI l、Mx4、MyF3P/59a、phlei、(syn= phlei 1)、phlei 4、Polonus II、rabinovitschi、smegmatis、TM4、TM9、TMlO、TM20、Y7、YlO、φ630、IB、IF、IH、1/1、67、106、1430、Bl、(syn= Bol)、B24、D、D29、F-K、F-S、HP、Polonus I、Roy、Rl、(syn= Rl-Myb)、(syn= Ri)、11、31、40、50、103a、103b、128、3111-D、3215-D及びNN-マイコバクテリウム(1)。

ナイセリア属の細菌は、以下のファージによって感染される:Group I、group II及びNPl。

ノカルジア属の細菌は、以下のファージによって感染される:MNP8、NJ-L、NS-8、N5及びTtiN-ノカルジア。

プロテウス(Proteus)属の細菌は、以下のファージによって感染される:Pm5、13vir、2/44、4/545、6/1004、13/807、20/826、57、67b、78、107/69、121、9/0、22/608、30/680、PmI、Pm3、Pm4、Pm6、Pm7、Pm9、PmIO、PmI l、Pv2、πl、φm、7/549、9B/2、10A/31、12/55、14、15、16/789、17/971、19A/653、23/532、25/909、26/219、27/953、32A/909、33/971、34/13、65、5006M、7480b、VI、13/3a、Clichy 12、π2600、φχ7、1/1004、5/742、9、12、14、22、24/860、2600/D52、Pm8及び24/2514。

プロビデンシア(Providencia)属の細菌は、以下のファージによって感染される:PL25、PL26、PL37、9211/9295、9213/921 Ib、9248、7/R49、7476/322、7478/325、7479、7480、9000/9402及び9213/921 Ia。

シュードモナス属の細菌は、以下のファージによって感染される:PfI、(syn= Pf-I)、Pf2、Pf3、PP7、PRRl、7s、im-シュードモナス(1)、AI-I、AI-2、B 17、B89、CB3、Col 2、Col 11、Col 18、Col 21、C154、C163、C167、C2121、E79、F8、ga、gb、H22、K1、M4、N2、Nu、PB-I、(syn= PBl)、pfl6、PMN17、PPl、PP8、Psal、PsPl、PsP2、PsP3、PsP4、PsP5、PS3、PS17、PTB80、PX4、PX7、PYOl、PYO2、PYO5、PYO6、PYO9、PYOlO、PYO13、PYO14、PYO16、PYO18、PYO19、PYO20、PYO29、PYO32、PYO33、PYO35、PYO36、PYO37、PYO38、PYO39、PYO41、PYO42、PYO45、PYO47、PYO48、PYO64、PYO69、PYO103、PlK、SLPl、SL2、S2、UNL-I、wy、Yai、Ya4、Yan、φBE、φCTX、φC17、φKZ、(syn= ΦKZ)、φ-LT、Φmu78、φNZ、φPLS-1、φST-1、φW-14、φ-2、1/72、2/79、3、3/DO、4/237、5/406、6C、6/6660、7、7v、7/184、8/280、9/95、10/502、11/DE、12/100、12S、16、21、24、25F、27、31、44、68、71、95、109、188、337、352、1214、HN-シュードモナス(23)、A856、B26、CI-I、CI-2、C5、D、gh-1、Fl 16、HF、H90、K5、K6、Kl 04、K109、K166、K267、N4、N5、O6N-25P、PE69、Pf、PPN25、PPN35、PPN89、PPN91、PP2、PP3、PP4、PP6、PP7、PP8、PP56、PP87、PPl 14、PP206、PP207、PP306、PP651、Psp231a、Pssy401、Pssy9220、psi、PTB2、PTB20、PTB42、PXl、PX3、PXlO、PX12、PX14、PYO70、PYO71、R、SH6、SH133、tf、Ya5、Ya7、φBS、ΦKf77、φ-MC、ΦmnF82、φPLS2
7、φPLS743、φS-1、1、2、2、3、4、5、6、7、7、8、9、10、11、12、12B、13、14、15、14、15、16、17、18、19、20、20、21、21、22、23、23、24、25、31、53、73、119x、145、147、170、267、284、308、525、NN-シュードモナス(5)、af、A7、B3、B33、B39、BI-I、C22、D3、D37、D40、D62、D3112、F7、FlO、g、gd、ge、gξ Hwl2、Jb 19、KFl、L°、OXN-32P、O6N-52P、PCH-I、PC13-1、PC35-1、PH2、PH51、PH93、PH132、PMW、PM13、PM57、PM61、PM62、PM63、PM69、PM105、PMl 13、PM681、PM682、PO4、PPl、PP4、PP5、PP64、PP65、PP66、PP71、PP86、PP88、PP92、PP401、PP711、PP891、Pssy41、Pssy42、Pssy403、Pssy404、Pssy420、Pssy923、PS4、PS-IO、Pz、SDl、SLl、SL3、SL5、SM、φC5、φCl l、φCl l-1、φC13、φC15、φMO、φX、φO4、φl l、φ240、2、2F、5、7m、11、13、13/441、14、20、24、40、45、49、61、73、148、160、198、218、222、236、242、246、249、258、269、295、297、309、318、342、350、351、357-1、400-1、HN-シュードモナス(6)、GlOl、M6、M6a、Ll、PB2、Pssyl5、Pssy4210、Pssy4220、PYO12、PYO34、PYO49、PYO50、PYO51、PYO52、PYO53、PYO57、PYO59、PYO200、PX2、PX5、SL4、φO3、φO6及び1214。

リケッチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-Rickettsia。

サルモネラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:b、Beccles、CT、d、Dundee、f、FeIs 2、GI、GUI、GVI、GVIII、k、K、i、j、L、01、(syn= 0-1)、(syn= O1)、(syn= O-I)、(syn= 7)、02、03、P3、P9a、PlO、Sab3、Sab5、SanlS、Sanl7、SI、Taunton、ViI、(syn= ViI)、9、imサルモネラ(1)、N-I、N-5、N-IO、N-17、N-22、11、12、16-19、20.2、36、449C/C178、966A/C259、a、B.A.O.R.、e、G4、GUI、L、LP7、M、MG40、N-18、PSA68、P4、P9c、P22、(syn= P22)、(syn= PLT22)、(syn= PLT22)、P22al、P22-4、P22-7、P22-11、SNT-I、SNT-2、SP6、Villi、ViIV、ViV、ViVI、ViVII、Worksop、Sj5、ε34、1,37、1(40)、(syn= φl[40])、1,422、2、2.5、3b、4、5、6,14(18)、8、14(6,7)、10、27、28B、30、31、32、33、34、36、37、39、1412、SNT-3、7-11、40.3、c、C236、C557、C625、C966N、g、GV、G5、Gl 73、h、IRA、Jersey、MB78、P22-1、P22-3、P22-12、Sabl、Sab2、Sab2、Sab4、Sanl、San2、San3、San4、San6、San7、San8、San9、Sanl3、Sanl4、Sanl6、Sanl8、Sanl9、San20、San21、San22、San23、San24、San25、San26、SasLl、SasL2、SasL3、SasL4、SasL5、SlBL、SII、ViII、φl、1、2、3a、3al、1010、Ym-サルモネラ(1)、N-4、SasL6及び27。

セラチア属の細菌は、以下のファージによって感染される:A2P、PS20、SMB3、SMP、SMP5、SM2、V40、V56、ic、ΦCP-3、ΦCP-6、3M、10/la、20A、34CC、34H、38T、345G、345P、501B、SMB2、SMP2、BC、BT、CW2、CW3、CW4、CW5、Lt232、L2232、L34、L.228、SLP、SMPA、V.43、σ、φCWl、ΦCP6-1、ΦCP6-2、ΦCP6-5、3T、5、8、9F、10/1、2OE、32/6、34B、34CT、34P、37、41、56、56D、56P、6OP、61/6、74/6、76/4、101/8900、226、227、228、229F、286、289、290F、512、764a、2847/10、2847/1Oa、L.359及びSMBl。

シゲラ属の細菌は、以下のファージによって感染される:Fsa、(syn= a)、FSD2d、(syn= D2d)、(syn= W2d)、FSD2E、(syn= W2e)、fv、F6、f7.8、H-Sh、PE5、P90、SfII、Sh、SHm、SHrv、(syn= HIV)、SHvi、(syn= HVI)、SHVvm、(syn= HVIII)、SKγ66、(syn= gamma 66)、(syn= yββ)、(syn= γ66b)、SKm、(syn= SIIIb)5 (syn= UI)、SKw、(syn= Siva)、(syn= IV)、SIC（商標）、(syn= SIVA.)、(syn= IVA)、SKvi、(syn= KVI)、(syn= Svi)、(syn= VI)、SKvm、(syn= Svm)、(syn= VIII)、SKVΠIA、(syn= SvmA)、(syn= VIIIA)、STvi、STK、STx1、STxn、S66、W2、(syn= D2c)、(syn= D20)、φl、φIVb 3-SO-R、8368-SO-R、F7、(syn= FS7)、(syn= K29)、FlO、(syn= FSlO)、(syn= K31)、I1、(syn= alfa)、(syn= FSa)、(syn= Kl 8)、(syn= α)、I2、(syn= a)、(syn= K19)、SG33、(syn= G35)、(syn= SO-35/G)、SG35、(syn= SO-55/G)、SG3201、(syn= SO-3201/G)、SHn、(syn= HII)、SHv、(syn= SHV)、SHx、SHX、SKn、(syn= K2)、(syn= KII)、(syn= Sn)、(syn= SsII)、(syn= II)、SKrv、(syn= Sm)、(syn= SsIV)、(syn= IV)、SK1Va、(syn= Swab)、(syn= SsIVa)、(syn= IVa)、SKV、(syn= K4)、(syn= KV)、(syn= SV)、(syn= SsV)、(syn= V)、SKx、(syn= K9)、(syn= KX)、(syn= SX)、(syn= SsX)、(syn= X)、STV、(syn= T35)、(syn= 35-50-R)、STvm、(syn= T8345)、(syn= 8345-SO-S-R)、W1、(syn= D8)、(syn= FSD8)、W2a、(syn= D2A)、(syn= FS2a)、DD-2、Sf6、FSi、(syn= Fl)、SF6、(syn= F6)、SG42、(syn= SO-42/G)、SG3203、(syn= SO-3203/G)、SKF12、(syn= SsF12)、(syn= F12)、(syn= F12)、STn、(syn= 1881-SO-R)、γ66、(syn= gamma 66a)、(syn= Ssγ66)、φ2、BIl、DDVII、(syn= DD7)、FSD2b、(syn= W2B)、FS2、(syn= F2)、(syn= F2)、FS4、(syn= F4)、(syn= F4)、FS5、(syn= F5)、(syn= F5)、FS9、(syn= F9)、(syn= F9)、FI l、P2-S0-S、SG36、(syn= SO-36/G)、(syn= G36)、SG3204、(syn= SO-3204/G)、SG3244、(syn= SO-3244/G)、SHi、(syn= HI)、SHvπ、(syn= HVII)、SHK、(syn= HIX)、SHx1、SHxπ、(syn= HXn)、SKI、KI、(syn= S1)、(syn= SsI)、SKVII、(syn= KVII)、(syn= Svπ)、(syn= SsVII)、SKIX、(syn= KIX)、(syn= S1x)、(syn= SsIX)、SKXII、(syn= KXII)、(syn= Sxn)、(syn= SsXII)、STi、STffl、STrv、STVi、STvπ、S70、S206、U2-S0-S、3210-SO-S、3859-SO-S、4020-SO-S、φ3、φ5、φ7、φ8、φ9、φlO、φl l、φl3、φl4、φl8、SHm、(syn= Hπi)、SHχi、(syn= HXt)及びSKxI、(syn= KXI)、(syn= Sχi)、(syn= SsXI)、(syn= XI)。

スタフィロコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:A、EW、K、Ph5、Ph9、PhIO、Phl3、Pl、P2、P3、P4、P8、P9、PlO、RG、SB-i、(syn= Sb-I)、S3K、Twort、ΦSK311、φ812、06、40、58、119、130、131、200、1623、STCl、(syn= stcl)、STC2、(syn= stc2)、44AHJD、68、ACl、AC2、A6"C"、A9"C"、b581、CA-I、CA-2、CA-3、CA-4、CA-5、DI l、L39x35、L54a、M42、Nl、N2、N3、N4、N5、N7、N8、NlO、Ni l、N12、N13、N14、N16、Ph6、Phl2、Phl4、UC-18、U4、U15、Sl、S2、S3、S4、S5、X2、Z1、φB5-2、φD、ω、11、(syn= φl l)、(syn= P11-M15)、15、28、28A、29、31、31B、37、42D、(syn= P42D)、44A、48、51、52、52A、(syn= P52A)、52B、53、55、69、71、(syn= P71)、71A、72、75、76、77、79、80、80α、82、82A、83 A、84、85、86、88、88A、89、90、92、95、96、102、107、108、111、129-26、130、130A、155、157、157A、165、187、275、275A、275B、356、456、459、471、471A、489、581、676、898、1139、1154A、1259、1314、1380、1405、1563、2148、2638A、2638B、2638C、2731、2792A、2792B、2818、2835、2848A、3619、5841、12100、AC3、A8、AlO、A13、b594n、D、HK2、N9、N15、P52、P87、Sl、S6、Z4、φRE、3A、3B、3C、6、7、16、21、42B、42C、42E、44、47、47A5 47C、51、54、54x1、70、73、75、78、81、82、88、93、94、101、105、110、115、129/16、174、594n、1363/14、2460 and mS-スタフィロコッカス(1)。

ストレプトコッカス属の細菌は、以下のファージによって感染される:EJ-I、NN-ストレプトコッカス(Streptococais)(1)、a、Cl、FL0Ths、H39、Cp-I、Cρ-5、Cp-7、Cp-9、Cp-IO、AT298、A5、alO/Jl、alO/J2、alO/J5、alO/J9、A25、BTI l、b6、CAl、c20-l、c20-2、DP-I、Dp-4、DTl、ET42、elO、FA101、FEThs、Fκ、FKKIOI、FKLIO、FKP74、FKH、FLOThs、FyIOl、fl、F10、F20140/76、g、GT-234、HB3、(syn= HB-3)、HB-623、HB-746、M102、O1205、φO1205、PST、PO、Pl、P2、P3、P5、P6、P8、P9、P9、P12、P13、P14、P49、P50、P51、P52、P53、P54、P55、P56、P57、P58、P59、P64、P67、P69、P71、P73、P75、P76、P77、P82、P83、P88、sc、sch、sf、SfIl 1、(syn= SFiI l)、(syn= φSFill)、(syn= ΦSfil l)、(syn= φSfil l)、sfil9、(syn= SFil9)、(syn= φSFil9)、(syn= φSfil9)、Sfi21、(syn= SFi21)、(syn= φSFi21)、(syn= φSfi21)、ST0、STX、st2、ST2、ST4、S3、(syn= φS3)、s265、Φ17、φ42、Φ57、φ80、φ81、φ82、φ83、φ84、φ85、φ86、φ87、φ88、φ89、φ90、φ91、φ92、φ93、φ94、φ95、φ96、φ97、φ98、φ99、φlOO、φlOl、φlO2、φ227、Φ7201、ωl、ω2、ω3、ω4、ω5、ω6、ω8、ωlO、1、6、9、1OF、12/12、14、17SR、19S、24、50/33、50/34、55/14、55/15、70/35、70/36、71/ST15、71/45、71/46、74F、79/37、79/38、80/J4、80/J9、80/ST16、80/15、80/47、80/48、101、103/39、103/40、121/41、121/42、123/43、123/44、124/44
、337/ST17及びmストレプトコッカス(34)。

トレポネーマ属の細菌は、以下のファージによって感染される:NN-トレポネーマ(1)。

ビブリオ属の細菌は、以下のファージによって感染される:CTXΦ、fs、(syn= si)、fs2、Ivpf5、Vfl2、Vf33、VPIΦ、VSK、v6、493、CP-Tl、ET25、kappa、K139、Labol、)XN-69P、OXN-86、O6N-21P、PB-I、P147、rp-1、SE3、VA-I、(syn= VcA-I)、VcA-2、VPl、VP2、VP4、VP7、VP8、VP9、VPlO、VP17、VP18、VP19、X29、(syn= 29 d'Herelle)、t、ΦHAWI-1、ΦHAWI-2、ΦHAWI-3、ΦHAWI-4、ΦHAWI-5、ΦHAWI-6、ΦHAWI-7、XHAWI-8、ΦHAWI-9、ΦHAWI-10、ΦHCl-1、ΦHC1-2、ΦHC1-3、ΦHC1-4、ΦHC2-1、>HC2-2、ΦHC2-3、ΦHC2-4、ΦHC3-1、ΦHC3-2、ΦHC3-3、ΦHD1S-1、ΦHD1S-2、ΦHD2S-1、ΦHD2S-2、ΦHD2S-3、ΦHD2S-4、ΦHD2S-5、ΦHDO-1、ΦHDO-2、ΦHDO-3、ΦHDO-4、ΦHDO-5、ΦHDO-6、ΦKL-33、ΦKL-34、ΦKL-35、ΦKL-36、ΦKWH-2、ΦKWH-3、ΦKWH-4、ΦMARQ-1、ΦMARQ-2、ΦMARQ-3、ΦMOAT-1、ΦO139、ΦPEL1A-1、ΦPEL1A-2、ΦPEL8A-1、ΦPEL8A-2、ΦPEL8A-3、ΦPEL8C-1、ΦPEL8C-2、ΦPEL13A-1、ΦPEL13B-1、ΦPEL13B-2、ΦPEL13B-3、ΦPEL13B-4、ΦPEL13B-5、ΦPEL13B-6、ΦPEL13B-7、ΦPEL13B-8、ΦPEL13B-9、ΦPEL13B-10、φVP143、φVP253、Φ16、φl38、1- II、5、13、14、16、24、32、493、6214、7050、7227、II、(syn= group II)、(syn= φ2)、V、VIII、～m-ビブリオ(13)、KVP20、KVP40、nt-1、O6N-22P、P68、el、e2、e3、e4、e5、FK、G、I、K、nt-6、Nl、N2、N3、N4、N5、O6N-34P、OXN-72P、OXN-85P、OXN-100P、P、Ph-I、PL163/10、Q、
S、T、φ92、1-9、37、51、57、70A-8、72A-4、72A-10、110A-4、333、4996、I (syn= group I)、III (syn= group III)、VI、(syn= A-Saratov)、VII、IX、X、HN-ビブリオ(6)、pAl、7、7-8、70A-2、71A-6、72A-5、72A-8、108A-10、109A-6、109A-8、l lOA-1、110A-5、110A-7、hv-1、OXN-52P、P13、P38、P53、P65、P108、Pill、TPl3 VP3、VP6、VP12、VP13、70A-3、70A-4、70A-10、72A-1、108A-3、109-B1、110A-2、149、(syn= φl49)、IV、(syn= group IV)、NN-ビブリオ(22)、VP5、VPIl、VP15、VP16、αl、α2、α3a、α3b、353B及びHN-ビブリオ(7)。

エルシニア属の細菌は、以下のファージによって感染される:H、H-I、H-2、H-3、H-4、Lucas 110、Lucas 303、Lucas 404、YerA3、YerA7、YerA20、YerA41、3/M64-76、5/G394-76、6/C753-76、8/C239-76、9/F18167、1701、1710、PST、1/F2852-76、D'Herelle、EV、H、Kotljarova、PTB、R、Y、YerA41、φYerO3-12、3、4/C1324-76、7/F783-76、903、1/M6176及びYer2AT。

より好ましくは、バクテリオファージは、サルモネラウイルスSKML39、シゲラウイルスAG3、ディッケヤウイルスLimestone、ディッケヤウイルスRC2014、エシェリキアウイルスCBA120、エシェリキアウイルスPhaxI、サルモネラウイルス38、サルモネラウイルスDet7、サルモネラウイルスGG32、サルモネラウイルスPM10、サルモネラウイルSFP10、サルモネラウイルスSH19、サルモネラウイルスSJ3、エシェリキアウイルスECML4、サルモネラウイルスMarshall、サルモネラウイルスMaynard、サルモネラウイルスSJ2、サルモネラウイルスSTML131、サルモネラウイルスViI、エルウィニアウイルスEa2809、クレブシエラウイルス0507KN21、セラチアウイルスIME250、セラチアウイルスMAM1、カンピロバクターウイルスCP21、カンピロバクターウイルスCP220、カンピロバクターウイルスCPt10、カンピロバクターウイルスIBB35、カンピロバクターウイルスCP81、カンピロバクターウイルスCP30A、カンピロバクターウイルスCPX、カンピロバクターウイルスNCTC12673、エルウィニアウイルスEa214、エルウィニアウイルスM7、エシェリキアウイルスAYO145A、エシェリキアウイルスEC6、エシェリキアウイルスHY02、エシェリキアウイルスJH2、エシェリキアウイルスTP1、エシェリキアウイルスVpaE1、エシェリキアウイルスwV8、サルモネラウイルスFelixO1、サルモネラウイルスHB2014、サルモネラウイルスMushroom、サルモネラウイルスUAB87、シトロバクターウイルスMoogle、シトロバクターウイルスMordin、エシェリキアウイルスSUSP1、エシェリキアウイルスSUSP2、アエロモナスウイルスphiO18P、ヘモフィルスウイルスHP1、ヘモフィルスウイルスHP2、パスツレラウイルスF108、ビブリオウイルスK139、ビブリオウイルスKappa、バークホルデリアウイルスphi52237、バークホルデリアウイルスphiE122、バークホルデリアウイルスphiE202、エシェリキアウイルス186、エシェリキアウイルスP4、エシェリキアウイルスP2、エシェリキアウイルスWphi、マンヘミアウイルスPHL101、シュードモナスウイルスphiCTX、ラルストニアウイルスRSA1、サルモネラウイルスFels2、サルモネラウイルスPsP3、サルモネラウイルスSopEphi、エルシニアウイルスL413C、スタフィロコッカスウイルスG1、スタフィロコッカスウイルスG15、スタフィロコッカスウイルスJD7、スタフィロコッカスウイルスK、スタフィロコッカスウイルスMCE2014、スタフィロコッカスウイルスP108、スタフィロコッカスウイルスRodi、スタフィロコッカスウイルスS253、スタフィロコッカスウイルスS25-4、スタフィロコッカスウイルスSA12、リステリアウイルスA511、リステリアウイルスP100、スタフィロコッカスウイルスRemus、スタフィロコッカスウイルスSA11、スタフィロコッカスウイルスStau2、バチルスウイルスCamphawk、バチルスウイルスSPO1、バチルスウイルスBCP78、バチルスウイルスTsarBomba、スタフィロコッカスウイルスTwort、エンテロコッカスウイルスphiEC24C、ラクトバチルスウイルスLb338-1、ラクトバチルスウイルスLP65、エンテロバクターウイルスPG7、エシェリキアウイルスCC31、クレブシエラウイルスJD18、クレブシエラウイルスPKO111、エシェリキアウイルスBp7、エシェリキアウイルスIME08、エシェリキアウイルスJS10、エシェリキアウイルスJS98、エシェリキアウイルスQL01、エシェリキアウイルスVR5、エンテロバクターウイルスEap3、クレブシエラウイルスKP15、クレブシエラウイルスKP27、クレブシエラウイルスMatisse、クレブシエラウイルスMiro、シトロバクターウイルスMerlin、シトロバクターウイルスMoon、エシェリキアウイルスJSE、エシェリキアウイルスphi1、エシェリキアウイルスRB49、エシェリキアウイルスHX01、エシェリキアウイルスJS09、エシェリキアウイルスRB69、シゲラウイルスUTAM、サルモネラウイルスS16、サルモネラウイルスSTML198、ビブリオウイルスKVP40、ビブリオウイルスnt1、ビブリオウイルスValKK3、エシェリキアウイルスVR7、エシェリキアウイルスVR20、エシェリキアウイルスVR25、エシェリキアウイルスVR26、シゲラウイルスSP18、エシェリキアウイルスAR1、エシェリキアウイルスC40、エシェリキアウイルスE112、エシェリキアウイルスECML134、エシェリキアウイルスHY01、エシェリキアウイルスIme09、エシェリキアウイルスRB3、エシェリキアウイルスRB14、エシェリキアウイルスT4、シゲラウイルスPss1、シゲラウイルスShfl2、エルシニアウイルスD1、エルシニアウイルスPST、アシネトバクターウイルス133、アエロモナスウイルス65、アエロモナスウイルスAeh1、エシェリキアウイルスRB16、エシェリキアウイルスRB32、エシェリキアウイルスRB43、シュードモナスウイルス42、クロノバクターウイルスCR3、クロノバクターウイルスCR8、クロノバクターウイルスCR9、クロノバクターウイルスPBES02、ペクトバクテリウムウイルスphiTE、クロノバクターウイルスGAP31、エシェリキアウイルス4MG、サルモネラウイルスSE1、サルモネラウイルスSSE121、エシェリキアウイルスFFH2、エシェリキアウイルスFV3、エシェリキアウイルスJES2013、エシェリキアウイルスV5、ブレビバチルスウイルスAbouo、ブレビバチルスウイルスDavies、バチルスウイルスAgate、バチルスウイルスBobb、バチルスウイルスBp8pC、エルウィニアウイルスDeimos、エルウィニアウイルスEa35-70、エルウィニアウイルスRAY、エルウィニアウイルスSimmy50、エルウィニアウイルスSpecialG、アシネトバクターウイルスAB1、アシネトバクターウイルスAB2、アシネトバクターウイルスAbC62、アシネトバクターウイルスAP22、アルスロバクターウイルスArV1、アルスロバクターウイルスTrina、バチルスウイルスAvesoBmore、バチルスウイルスB4、バチルスウイルスBigbertha、バチルスウイルスRiley、バチルスウイルスSpock、バチルスウイルスTroll、バチルスウイルスBastille、バチルスウイルスCAM003、バチルスウイルスBc431、バチルスウイルスBcp1、バチルスウイルスBCP82、バチルスウイルスBM15、バチルスウイルスDeepblue、バチルスウイルスJBP901、バークホルデリアウイルスBcep1、バークホルデリアウイルスBcep43、バークホルデリアウイルスBcep781、バークホルデリアウイルスBcepNY3、キサントモナスウイルスOP2、バークホルデリアウイルスBcepMu、バークホルデリアウイルスphiE255、アエロモナスウイルス44RR2、マイコバクテリウムウイルスAlice、マイコバクテリウムウイルスBxz1、マイコバクテリウムウイルスDandelion、マイコバクテリウムウイルスHyRo、マイコバクテリウムウイルスI3、マイコバクテリウムウイルスNappy、マイコバクテリウムウイルスSebata、クロストリジウムウイルスphiC2、クロストリジウムウイルスphiCD27、クロストリジウムウイルスphiCD119、バチルスウイルスCP51、バチルスウイルスJL、バチルスウイルスShanette、エシェリキアウイルスCVM10、エシェリキアウイルスep3、エルウィニアウイルスAsesino、エルウィニアウイルスEaH2、シュードモナスウイルスEL、ハロモナスウイルスHAP1、ビブリオウイルスVP882、ブレビバチルスウイルスJimmer、ブレビバチルスウイルスOsiris、シュードモナスウイルスAb03、シュードモナスウイルスKPP10、シュードモナスウイルスPAKP3、シノリゾビウムウイルスM7、シノリゾビウムウイルスM12、シノリゾビウムウイルスN3、エルウィニアウイルスMachina、アルスロバクターウイルスBrent、アルスロバクターウイルスJawnski、アルスロバクターウイルスMartha、アルスロバクターウイルスSonny、エドワージエラウイルスMSW3、エドワージエラウイルスPEi21、エシェリキアウイルスMu、シゲラウイルスSfMu、ハロバクテリウムウイルスphiH、バチルスウイルスGrass、バチルスウイルスNIT1、バチルスウイルスSPG24、アエロモナスウイルス43、エシェリキアウイルスP1、シュードモナスウイルスCAb1、シュードモナスウイルスCAb02、シュードモナスウイルスJG004、シュードモナスウイルスPAKP1、シュードモナスウイルスPAKP4、シュードモナスウイルスPaP1、バークホルデリアウイルスBcepF1、シュードモナスウイルス141、シュードモナスウイルスAb28、シュードモナスウイルスDL60、シュードモナスウイルスDL68、シュードモナスウイルスF8、シュードモナスウイルスJG024、シュードモナスウイルスKPP12、シュードモナスウイルスLBL3、シュードモナスウイルスLMA2、シュードモナスウイルスPB1、シュードモナスウイルスSN、シュードモナスウイルスPA7、シュードモナスウイルスphiKZ、リゾビウムウイルスRHEph4、ラルストニアウイルスRSF1、ラルストニアウイルスRSL2、ラルストニアウイルスRSL1、アエロモナスウイルス25、アエロモナスウイルス31、アエロモナスウイルスAes12、アエロモナスウイルスAes508、アエロモナスウイルスAS4、ステノトロホモナスウイルスIME13、スタフィロコッカスウイルスIPLAC1C、スタフィロコッカスウイルスSEP1、サルモネラウイルスSPN3US、バチルスウイルス1、ゲオバチルスウイルスGBSV1、エルシニアウイルスR1RT、エルシニアウイルスTG1、バチルスウイルスG、バチルスウイルスPBS1、ミクロシスティスウイルスMa-LMM01、ビブリオウイルスMAR、ビブリオウイルスVHML、ビブリオウイルスVP585、バチルスウイルスBPS13、バチルスウイルスHakuna、バチルスウイルスMegatron、バチルスウイルスWPh、アシネトバクターウイルスAB3、アシネトバクターウイルスAbp1、アシネトバクターウイルスFri1、アシネトバクターウイルスIME200、アシネトバクターウイルスPD6A3、アシネトバクターウイルスPDAB9、アシネトバクターウイルスphiAB1、エシェリキアウイルスK30、クレブシエラウイルスK5、クレブシエラウイルスK11、クレブシエラウイルスKp1、クレブシエラウイルスKP32、クレブシエラウイルスKpV289、クレブシエラウイルスF19、クレブシエラウイルスK244、クレブシエラウイルスKp2、クレブシエラウイルスKP34、クレブシエラウイルスKpV41、クレブシエラウイルスKpV71、クレブシエラウイルスKpV475、クレブシエラウイルスSU503、クレブシエラウイルスSU552A、パンテアウイルスLimelight、パンテアウイルスLimezero、シュードモナスウイルスLKA1、シュードモナスウイルスphiKMV、キサントモナスウイルスf20、キサントモナスウイルスf30、キシレラウイルスPrado、エルウィニアウイルスEra103、エシェリキアウイルスK5、エシェリキアウイルスK1-5、エシェリキアウイルスK1E、サルモネラウイルスSP6、エシェリキアウイルスT7、クライベラウイルスKvp1、シュードモナスウイルスgh1、プロクロロコッカスウイルスPSSP7、シネココッカスウイルスP60、シネココッカスウイルスSyn5、ストレプトコッカスウイルスCp1、ストレプトコッカスウイルスCp7、スタフィロコッカスウイルス44AHJD、ストレプトコッカスウイルスC1、バチルスウイルスB103、バチルスウイルスGA1、バチルスウイルスphi29、クルチアウイルス6、アクチノミセスウイルスAv1、マイコプラズマウイルスP1、エシェリキアウイルス24B、エシェリキアウイルス933W、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルスPA28、エシェリキアウイルスStx2 II、シゲラウイルス7502Stx、シゲラウイルスPOCJ13、エシェリキアウイルス191、エシェリキアウイルスPA2、エシェリキアウイルスTL2011、シゲラウイルスVASD、バークホルデリアウイルスBcep22、バークホルデリアウイルスBcepil02、バークホルデリアウイルスBcepmigl、バークホルデリアウイルスDC1、ボルデテラウイルスBPP1、バークホルデリアウイルスBcepC6B、セルノファーガウイルスCba41、セルノファーガウイルスCba172、ディノロセオバクターウイルスDFL12、エルウィニアウイルスEa9-2、エルウィニアウイルスFrozen、エシェリキアウイルスphiV10、サルモネラウイルスEpsilon15、サルモネラウイルスSPN1S、シュードモナスウイルスF116、シュードモナスウイルスH66、エシェリキアウイルスAPEC5、エシェリキアウイルスAPEC7、エシェリキアウイルスBp4、エシェリキアウイルスEC1UPM、エシェリキアウイルスECBP1、エシェリキアウイルスG7C、エシェリキアウイルスIME11、シゲラウイルスSb1、アクロモバクターウイルスAxp3、アクロモバクターウイルスJWAlpha、エドワージエラウイルスKF1、シュードモナスウイルスKPP25、シュードモナスウイルスR18、シュードモナスウイルスAb09、シュードモナスウイ
ルスLIT1、シュードモナスウイルスPA26、シュードモナスウイルスAb22、シュードモナスウイルスCHU、シュードモナスウイルスLUZ24、シュードモナスウイルスPAA2、シュードモナスウイルスPaP3、シュードモナスウイルスPaP4、シュードモナスウイルスTL、シュードモナスウイルスKPP21、シュードモナスウイルスLUZ7、エシェリキアウイルスN4、サルモネラウイルス9NA、サルモネラウイルスSP069、サルモネラウイルスBTP1、サルモネラウイルスHK620、サルモネラウイルスP22、サルモネラウイルスST64T、シゲラウイルスSf6、バチルスウイルスPage、バチルスウイルスPalmer、バチルスウイルスPascal、バチルスウイルスPony、バチルスウイルスPookie、エシェリキアウイルス172-1、エシェリキアウイルスECB2、エシェリキアウイルスNJ01、エシェリキアウイルスphiEco32、エシェリキアウイルスSeptima11、エシェリキアウイルスSU10、ブルセラウイルスPr、ブルセラウイルスTb、エシェリキアウイルスPollock、サルモネラウイルスFSL SP-058、サルモネラウイルスFSL 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オウイルスMAR10、ビブリオウイルスSSP002、エシェリキアウイルスAKFV33、エシェリキアウイルスBF23、エシェリキアウイルスDT57C、エシェリキアウイルスEPS7、エシェリキアウイルスFFH1、エシェリキアウイルスH8、エシェリキアウイルスslur09、エシェリキアウイルスT5、サルモネラウイルス118970sal2、サルモネラウイルスShivani、サルモネラウイルスSPC35、サルモネラウイルスStitch、アルスロバクターウイルスTank、ツカムレラウイルスTIN2、ツカムレラウイルスTIN3、ツカムレラウイルスTIN4、ロドバクターウイルスRcSpartan、ロドバクターウイルスRcTitan、マイコバクテリウムウイルスAnaya、マイコバクテリウムウイルスAngelica、マイコバクテリウムウイルスCrimd、マイコバクテリウムウイルスFionnbarth、マイコバクテリウムウイルスJaws、マイコバクテリウムウイルスLarva、マイコバクテリウムウイルスMacncheese、マイコバクテリウムウイルスPixie、マイコバクテリウムウイルスTM4、バチルスウイルスBMBtp2、バチルスウイルスTP21、ゲオバチルスウイルスTp84、スタフィロコッカスウイルス47、スタフィロコッカスウイルス3a、スタフィロコッカスウイルス42e、スタフィロコッカスウイルスIPLA35、スタフィロコッカスウイルスphi12、スタフィロコッカスウイルスphiSLT、マイコバクテリウムウイルス32HC、ロドコッカスウイルスRGL3、パエニバチルスウイルスVegas、ゴードニアウイルスVendetta、バチルスウイルスWbeta、マイコバクテリウムウイルスWildcat、ゴードニアウイルスTwister6、ゴードニアウイルスWizard、ゴードニアウイルスHotorobo、ゴードニアウイルスMonty、ゴードニアウイルスWoes、キサントモナスウイルスCP1、キサントモナスウイルスOP1、キサントモナスウイルスphil7、キサントモナスウイルスXop411、キサントモナスウイルスXp10、ストレプトマイセスウイルスTP1604、ストレプトマイセスウイルスYDN12、アルファプロテオバクテリアウイルスphiJl001、シュードモナスウイルスLKO4、シュードモナスウイルスM6、シュードモナスウイルスMP14
12、シュードモナスウイルスPAE1、シュードモナスウイルスYua、シュードアルテロモナスウイルスPM2、シュードモナスウイルスphi6、シュードモナスウイルスphi8、シュードモナスウイルスphi12、シュードモナスウイルスphi13、シュードモナスウイルスphi2954、シュードモナスウイルスphiNN、シュードモナスウイルスphiYY、ビブリオウイルスfs1、ビブリオウイルスVGJ、ラルストニアウイルスRS603、ラルストニアウイルスRSM1、ラルストニアウイルスRSM3、エシェリキアウイルスM13、エシェリキアウイルスI22、サルモネラウイルスIKe、アコレプラズマウイルスL51、ビブリオウイルスfs2、ビブリオウイルスVFJ、エシェリキアウイルスIf1、プロピオニバクテリウムウイルスB5、シュードモナスウイルスPf1、シュードモナスウイルスPf3、ラルストニアウイルスPE226、ラルストニアウイルスRSS1、スピロプラズマウイルスSVTS2、ステノトロホモナスウイルスPSH1、ステノトロホモナスウイルスSMA6、ステノトロホモナスウイルスSMA7、ステノトロホモナスウイルスSMA9、ビブリオウイルスCTXphi、ビブリオウイルスKSF1、ビブリオウイルスVCY、ビブリオウイルスVf33、ビブリオウイルスVfO3K6、キサントモナスウイルスCf1c、スピロプラズマウイルスC74、スピロプラズマウイルスR8A2B、スピロプラズマウイルスSkV1CR23x、エシェリキアウイルスFI、エシェリキアウイルスQbeta、エシェリキアウイルスBZ13、エシェリキアウイルスMS2、エシェリキアウイルスalpha3、エシェリキアウイルスID21、エシェリキアウイルスID32、エシェリキアウイルスID62、エシェリキアウイルスNC28、エシェリキアウイルスNC29、エシェリキアウイルスNC35、エシェリキアウイルスphiK、エシェリキアウイルスSt1、エシェリキアウイルスWA45、エシェリキアウイルスG4、エシェリキアウイルスID52、エシェリキアウイルスTalmos、エシェリキアウイルスphiX174、ブデロビブリオウイルスMAC1、ブデロビブリオウイルスMH2K、クラミジアウイルスChp1、クラミジアウイルスChp2、クラミジアウイルスCPAR39、クラミジアウイルスCPG1、スピロプラズマウイルスSpV4、アコレプラズマウイルスL2、シュードモナスウイルスPR4、シュードモナスウイルスPRD1、バチルスウイルスAP50、バチルスウイルスBam35、バチルスウイルスGIL16、バチルスウイルスWip1、エシェリキアウイルスphi80、エシェリキアウイルスRB42、エシェリキアウイルスT2、エシェリキアウイルスT3、エシェリキアウイルスT6、エシェリキアウイルスVT2-Sa、エシェリキアウイルスVT1-Sakai、エシェリキアウイルスVT2-Sakai、エシェリキアウイルスCP-933V、エシェリキアウイルスP27、エシェリキアウイルスStx2phi-I、エシェリキアウイルスStx1phi、エシェリキアウイルスStx2phi-II、エシェリキアウイルスCP-1639からなる群において選択され、エシェリキアウイルスBP-4795、エシェリキアウイルス86、エシェリキアウイルスMin27、エシェリキアウイルス2851、エシェリキアウイルス1717、エシェリキアウイルスYYZ-2008、エシェリキアウイルスEC026_P06、エシェリキアウイルスECO103_P15、エシェリキアウイルスECO103_P12、エシェリキアウイルスECO111_P16、エシェリキアウイルスECO111_P11、エシェリキアウイルスVT2phi_272、エシェリキアウイルスTL-2011c、エシェリキアウイルスP13374、エシェリキアウイルスSp5に基づく。

一実施形態では、細菌ウイルス粒子は、大腸菌を標的化し、BW73、B278、D6、D108、E、El、E24、E41、FI-2、FI-4、FI-5、HI8A、Ffl8B、i、MM、Mu、025、PhI-5、Pk、PSP3、Pl、PlD、P2、P4、Sl、Wφ、φK13、φl、φ2、φ7、φ92、7 A、8φ、9φ、18、28-1、186、299、HH-エシェリキア(2)、AB48、CM、C4、C16、DD-VI、E4、E7、E28、FIl、FI3、H、Hl、H3、H8、K3、M、N、ND-2、ND-3、ND4、ND-5、ND6、ND-7、Ox-I、Ox-2、Ox-3、Ox-4、Ox-5、Ox-6、PhI-I、RB42、RB43、RB49、RB69、S、SaI-I、Sal-2、Sal-3、Sal-4、Sal-5、Sal-6、TC23、TC45、TuII^*-6、TuIP-24、TuII*46、TuIP-60、T2、T4、T6、T35、αl、1、IA、3、3A、3T+、5φ、9266Q、CFO103、HK620、J、K、KlF、m59、no. A、no. E、no. 3、no. 9、N4、sd、T3、T7、WPK、W31、ΔH、φC3888、φK3、φK7、φK12、φV-1、Φ04-CF、Φ05、Φ06、Φ07、φl、φl.2、φ20、φ95、φ263、φlO92、φl、φll、Ω8、1、3、7、8、26、27、28-2、29、30、31、32、38、39、42、933W、NN-エシェリキア(1)、Esc-7-11、AC30、CVX-5、Cl、DDUP、ECl、EC2、E21、E29、Fl、F26S、F27S、Hi、HK022、HK97、HK139、HK253、HK256、K7、ND-I、PA-2、q、S2、Tl、)、T3C、T5、UC-I、w、β4、γ2、λ、ΦD326、φγ、Φ06、Φ7、Φ10、φ80、χ、2、4、4A、6、8A、102、150、168、174、3000、AC6、AC7、AC28、AC43、AC50、AC57、AC81、AC95、HK243、KlO、ZG/3A、5、5A、21EL、H19-J及び933Hからなる群において選択されるバクテリオファージのキャプシドを含む。

プレバイオティクスは、限定はされないが、アミノ酸、ビオチン、フルクト-オリゴサッカライド、ガラクト-オリゴサッカライド、ヘミセルロース(例えば、アラビノキシラン、キシラン、キシログルカン、及びグルコマンナン)、イヌリン、キチン、ラクツロース、マンナンオリゴサッカライド、オリゴフルクトース強化イヌリン、ガム(例えば、グアーガム、アラビアガム及びカラゲナン)、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、難消化性マルトデキストリン(例えば、難消化性デンプン)、トランス-ガラクトオリゴサッカライド、ペクチン(例えば、キシロガラクツロナン、シトラスペクチン、リンゴペクチン、及びラムノガラクツロナン-I)、食物繊維(例えば、大豆繊維、テンサイ繊維、エンドウ豆繊維、トウモロコシふすま及びオート麦繊維)及びキシロオリゴサッカライドを含む。

プロバイオティクスは、限定はされないが、乳酸菌、ビフィズス菌、連鎖球菌、腸球菌、プロピオン酸菌、酵母(saccaromycetes)、乳酸菌、ビフィズス菌、又はプロテオバクテリアを含む。

抗生物質は、ペニシリン、例えば、ペニシリンG、ペニシリンK、ペニシリンN、ペニシリンO、ペニシリンV、メチシリン、ベンジルペニシリン、ナフシリン、オキサシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、アンピシリン、アモキシシリン、ピバンピシリン、ヘタシリン、バカンピシリン、メタンピシリン、タランピシリン、エピシリン、カルベニシリン、チカルシリン、テモシリン、メズロシリン、及びピペラシリン;セファロスポリン、例えば、セファセトリル、セファドロキシル、セファレキシン、セファログリシン、セファロニウム、セファロリジン、セファロチン、セファピリン、セファトリジン、セファザフル、セファゼドン、セファゾリン、セフラジン、セフロキサジン、セフテゾール、セファクロル、セフォニシド、セフプロジル、セフロキシム、セフゾナム、セフメタゾール、セフォテタン、セフォキシチン、ロラカルベフ、セフブペラゾン、セフミノクス、セフォテタン、セフォキシチン、セフォチアム、セフカペン、セフダロキシム、セフジニル、セフジトレン、セフェタメト、セフィキシム、セフメノキシム、セフォジジム、セフォタキシム、セフォベシン、セフピミゾール、セフポドキシム、セフテラム、セフタメレ、セフチブテン、セフチオフル、セフチオレン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフォペラゾン、セフタジジム、ラタモキセフ、セフクリジン、セフェピム、セフルプレナム、セフォセリス、セフォゾプラン、セフピロム、セフキノム、フロモキセフ、セフトビプロール、セフタロリン、セフトロザン、セファロラム、セファパロール、セフカネル、セフェドロロール、セフェムピドン、セフェトリゾール、セフィビトリル、セフマチレン、セフメピジウム、セフォキサゾール、セフロチル、セフスミド、セフチオキシド、セフラセチム、及びニトロセフィン;ポリミキシン、例えば、ポリスポリン、ネオスポリン、ポリミキシンB、及びポリミキシンE、リファンピシン、例えば、リファンピシン、リファペンチン、及びリファキシミン;フィダキソマイシン;キノロン、例えば、シノキサシン、ナリジクス酸、オキソリン酸、ピロミド酸、ピぺミド酸、ロソキサシン、シプロフロキサシン、エノキサシン、フレロキサシン、ロメフロキサシン、ナジフロキサシン、ノルフロキサシン、オフロキサシン、ペフロキサシン、ルフロキサシン、バロフロキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、パズフロキサシン、テマフロキサシン、トスフロキサシン、クリナフロキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、モキシフロキサシン、シタフロキサシン、トロバフロキサシン、プルリフロキサシン、デラフロキサシン、ネモノキサシン、及びザボフロキサシン;スルホンアミド、例えば、スルファフラゾール、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジミジン、スルファフラゾール、スルフィソミジン、スルファドキシン、スルファメトキサゾール、スルファモキソール、スルファニトラン、スルファジメトキシン、スルファメトキシピリダジン、スルファメトキシジアジン、スルファドキシン、スルファメトピラジン、及びテレフチル;マクロライド、例えばアジスロマイシン、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フィダキソマイシン、テリスロマイシン、カルボマイシンA、ジョサマイシン、キタサマイシン、ミデカマイシン、オレアンドマイシン、ソリスロマイシン、スピラマイシン、トロレアンドマイシン、タイロシン、及びロキシスロマイシン;ケトライド、例えば、テリスロマイシン、及びセトロマイシン;ルオロケトライド、例えば、ソリスロマイシン;リンコサミド、例えば、リンコマイシン、クリンダマイシン、及びピルリマイシン;テトラサイクリン、例えばデメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリン;アミノグリコシド、例えば、アミカシン、ジベカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、シソマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びストレプトマイシン;アンサマイシン、例えば、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、及びリファキシミン;カルバセフェム、例えば、ロラカルベフ;カルバペネム、例えば、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム(又はシラスタチン)、及びメロペネム;グリコペプチド、例えば、テイコプラニン、バンコマイシン、テラバンシン、ダルババンシン、及びオリタバンシン;リンコサミド、例えば、クリンダマイシン及びリンコマイシン;リポペプチド、例えば、ダプトマイシン;モノバクタム、例えば、アズトレオナム;ニトロフラン、例えば、フラゾリドン、及びニトロフラントイン;オキサゾリジノン、例えば、リネゾリド、ポジゾリド、ラデゾリド、及びトレゾリド;テイクソバクチン、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、シクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジンアミド、リファブチン、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、ホスホマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン(又はダルフォプリスチン)、チアムフェニコール、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム、アラトロフロキサシン、フィダキソマイシン、ナリジキシス酸、リファムピン、これらの誘導体及び組合せからなる群から選択され得る。

本発明は、本明細書に開示する細菌送達ビヒクル及び薬学的に許容される担体の1つ又は複数を含む、医薬組成物又は獣医学用組成物を提供する。一般に、医薬用途のため、細菌送達ビヒクルは、医薬品又は少なくとも1つの細菌送達ビヒクル及び少なくとも1つの薬学的に許容される担体、希釈剤又は賦形剤、並びに任意選択で1つ又は複数の更なる薬学的に活性な化合物を含む組成物として製剤化され得る。そのような製剤は、経口投与、非経口投与(例えば、静脈内、筋肉内若しくは皮下注射、又は静脈内注入による)、局所投与、吸入による、皮膚パッチによる、移植による、坐薬等による投与に好適な形態であり得る。そのような投与形態は、投与の方法及び経路に依存して、固体、半固体又は液体であり得る。例えば、経口投与のための製剤は、製剤中の合成の細菌送達ビヒクルが胃の環境に耐え、腸へと通過することが可能になるように腸溶コーティングをして提供され得る。より一般的には、経口投与のための合成の細菌送達ビヒクル製剤は、胃腸管の任意の所望の部分への送達に好適に製剤化され得る。更に、好適な坐薬は、胃腸管への送達に使用され得る。細菌送達ビヒクル組成物に有用な様々な薬学的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤が、当業者に公知である。

本明細書に開示する合成の細菌送達ビヒクルを使用する細菌感染症を処置するための方法も提供する。方法は、本明細書に開示する合成の細菌送達ビヒクル又は組成物を、処置を必要とする細菌感染症を有する対象に投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、対象は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。

本開示による医薬組成物又は獣医学用組成物は、薬学的に許容されるビヒクルを更に含み得る。固体の薬学的に許容されるビヒクルは、香味剤、潤滑剤、可溶化剤、懸濁剤、色素、充填剤、滑剤、圧縮補助剤、不活性結合剤、甘味剤、防腐剤、色素、コーティング剤、又は錠剤崩壊剤としても作用し得る1つ又は複数の物質を含み得る。好適な固体ビヒクルは、例えば、リン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、滑石、糖、ラクトース、デキストリン、デンプン、ゼラチン、セルロース、ポリビニルピロリジン、低融点ワックス及びイオン交換樹脂を含む。

医薬組成物又は獣医学用組成物は、滅菌水、生理食塩水、又は他の適切な滅菌注射可能培地を使用して、投与時に懸濁し得る滅菌固体組成物として調製され得る。本開示の医薬組成物又は獣医学用組成物は、他の溶質又は懸濁剤(例えば、溶液を等張にするのに十分な生理食塩水又はグルコース)、胆汁酸塩、アカシア、ゼラチン、モノオレイン酸ソルビタン(sorbitan monoleate)、ポリソルベート80(ソルビトールのオレイン酸エステル及びエチレンオキシドで共重合されたその無水物)等を含有する滅菌溶液又は懸濁液の形態で経口投与され得る。本開示による粒子はまた、液体又は固体組成物の形態のいずれかで経口投与され得る。経口投与に好適な組成物は、丸薬、カプセル剤、顆粒剤、錠剤、及び粉末剤等の固体形態、並びに液剤、シロップ剤、エリキシル剤、及び懸濁液剤等の液体形態を含む。経腸投与に有用な形態は、滅菌溶剤、乳剤、及び懸濁液剤を含む。

本開示による細菌送達ビヒクルは、薬学的に許容される液体ビヒクル、例えば、水、有機溶媒、両方の混合物、又は薬学的に許容される油若しくは脂質に溶解又は懸濁され得る。液体ビヒクルは、他の好適な薬学的添加剤、例えば、可溶化剤、乳化剤、緩衝剤、保存剤、甘味剤、香味剤、懸濁剤、増粘剤、着色剤、粘度調整剤、安定剤又は浸透圧調整剤を含有し得る。経口及び経腸投与のための液体ビヒクルの好適な例は、水(部分的に、上記のような添加剤、例えばセルロース誘導体、好ましくはカルボキシメチルセルロースナトリウム溶液を含有する)、アルコール(一価アルコール及び多価アルコール、例えばグリコールを含む)及びこれらの誘導体、並びに油(例えば、ヤシ油及び落花生油)を含む。非経口投与の場合、ビヒクルは、油性エステル、例えば、オレイン酸エチル及びミリスチン酸イソプロピルでもあり得る。滅菌液体ビヒクルは、経腸投与のための滅菌液体形態組成物に有用である。圧縮組成物のための液体ビヒクルは、ハロゲン化炭化水素又は他の薬学的に許容される噴霧剤であり得る。

経皮投与の場合、医薬組成物又は獣医学用組成物は、軟膏、クリーム又はゲルの形態に製剤化することができ、例えば、ジメチルスルホキシド、ジメチルアセトアミド及びジメチルホルムアミド等の適切な浸透剤又は界面活性剤を使用して浸透を促進させることができる。

経粘膜投与の場合、鼻腔用スプレー、直腸又は膣坐薬が使用され得る。活性化合物は、当技術分野で公知の方法によって、公知の坐薬基剤のいずれかに組み込まれ得る。このような基剤の例としては、カカオバター、ポリエチレングリコール(カーボワックス)、ポリエチレンモノステアリン酸ソルビタン、及びこれらの融点又は溶解速度を改変する他の適合性材料との混合物が挙げられる。

本発明は、治療量の本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む、細菌によって引き起こされる疾患又は障害を処置するための方法に関する。それは細菌によって引き起こされる疾患又は障害の処置における使用のための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物、及び細菌によって引き起こされる疾患又は障害の処置における医薬の製造のための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。

細菌によって引き起こされる疾患又は障害は、腹部痙攣、尋常性座瘡、急性喉頭蓋炎、関節炎、菌血症、血性下痢、ボツリヌス中毒症、ブルセラ症、脳膿瘍、軟性下疳性病、クラミジア、クローン病、結膜炎、胆嚢炎、結腸直腸がん、ポリープ症、腸内菌共生バランス失調、ライム病、下痢、ジフテリア、十二指腸潰瘍、心内膜炎、エリシペロトリクス症(erysipelothricosis)、腸熱、発熱、糸球体腎炎、胃腸炎、胃潰瘍、ギランバレー症候群、破傷風、淋病、歯肉炎、炎症性腸疾患、過敏性腸症候群、レプトスピラ症、ハンセン病、リステリア症、結核、ウインダミア卿夫人症候群、レジオネラ症、髄膜炎、粘液膿性結膜炎、多剤耐性細菌感染症、多剤耐性細菌輸送、筋壊死性ガス壊疽、マイコバクテリウム・アビウム複合体、新生児壊死性腸炎、ノカルジア症、院内感染、耳炎、歯周炎、咽頭炎、肺炎、腹膜炎、紫斑熱、ロッキーマウンテン紅斑熱、赤痢、梅毒、副鼻腔炎、S状結腸炎、敗血症、皮下膿瘍、野兎病、気管気管支炎、扁桃炎、腸チフス、潰瘍性大腸炎、尿感染症、百日咳からなる群から選択され得る。

本発明は、治療量の本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物を投与する工程を含む、細菌によって引き起こされる感染症を処置するための方法に関する。それは細菌によって引き起こされる感染症の処置における使用のための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物、及び細菌によって引き起こされる感染症の処置における医薬の製造のための本明細書に開示する医薬組成物又は獣医学用組成物の使用にも関する。

細菌によって引き起こされる感染症は、皮膚感染症、例えば、ニキビ、腸感染症、例えば、食道炎、胃炎、腸炎、大腸炎、S状結腸炎、直腸炎、及び腹膜炎、尿路感染症、膣感染症、女性上部生殖管感染症、例えば、卵管炎、子宮内膜炎、卵巣炎、子宮筋炎、子宮傍組織炎、及び骨盤腹膜の感染症、気道感染症、例えば、肺炎、羊膜内感染症、歯原性感染症、歯内感染症、線維症、髄膜炎、血流感染症、院内感染症、例えば、カテーテル関連感染症、院内感染肺炎、分娩後感染、院内感染胃腸炎、院内感染尿路感染、又はこれらの組合せからなる群から選択され得る。好ましくは、本開示による感染症は、抗生物質耐性を示す細菌によって引き起こされる。特定の実施形態では、感染症は、標的化細菌ににおいて上記に列挙した細菌によって引き起こされる。

本開示は、例えば、肥満及び糖尿病を含む代謝障害の処置における使用のための医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。

特定の実施形態では、本開示は、ヒトマイクロビオームの細菌が関与する病理学、例えば、炎症性疾患及び自己免疫疾患、がん、感染症、又は脳障害の処置における使用のための医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。確かに、マイクロビオームのいくつかの細菌は、いずれの感染症を引き起こすこともなく、炎症性疾患若しくは自己免疫疾患、又はがんの発生を誘発及び/又は増強する分子を分泌し得る。より具体的には、本開示は、例えばCAR-T(キメラ抗原受容体T)細胞、TIL(腫瘍浸潤リンパ球)及びサプレッサーT細胞としても公知のTreg(調節性T細胞)に基づく免疫療法の有効性を改善する、マイクロビオームの組成の改変にも関する。免疫療法の有効性を改善するためのマイクロビオームの組成の改変は、当技術分野で周知の免疫チェックポイント阻害剤、例えば、限定はされないが、PD-1(プログラム細胞死タンパク質1)阻害剤、PD-L1(プログラム死リガンド1)阻害剤及びCTLA-4(細胞傷害性Tリンパ球関連タンパク質4)の使用も含み得る。

マイクロビオームのいくつかの細菌は、脳に影響する分子も分泌し得る。

したがって、本開示の更なる目的は、対象のマイクロビオームを制御するための方法であり、前記対象において本明細書に開示する有効量の医薬組成物を投与する工程を含む。

特定の実施形態では、本開示は、細菌感染症の処置を必要とする個体のための個別処置方法にも関し:i)個体から生物学的試料を得て、試料から細菌DNA配列の群を決定する工程;ii)配列の決定に基づいて、試料にあった1つ又は複数の病原菌株又は種を同定する工程;及びiii)試料において同定された各病原菌株又は種を認識することができ、又はパッケージプラスミドを送達する、本開示による医薬組成物を個体に投与する工程を含む。

好ましくは、生物学的試料は、病原菌及び非病原菌種を含み、個体に本開示による医薬組成物又は獣医学用組成物を投与した後、個体上又は個体内の病原菌の量が減少するが、非病原菌の量は減少しない。

別の特定の実施形態では、本開示は、薬物の有効性を改善するために使用するための、本開示による医薬組成物又は獣医学用組成物に関する。確かに、マイクロビオームのいくつかの細菌は、それ自体では病原性ではなく、薬物を代謝し、それらを無効又は有害な分子に改変することができることが公知である。

別の特定の実施形態では、本開示は、治療用化合物、例えば、哺乳動物の予防及び治療ワクチンを含む、目的の任意の化合物のin-situ細菌産生に関する。目的の化合物は、標的細菌内で産生され得る、標的細菌から分泌され得る、又は標的細菌の表面に発現され得る。より特定の実施形態では、抗原は、予防及び/又は治療ワクチン接種のために、標的細菌の表面に発現される。

本開示は、細菌送達粒子の非治療的使用にも関する。例えば、非治療的使用は、化粧使用、又は対象、特に疾患を患っていない対象の健康を改善するための使用であり得る。したがって、本開示は、本開示の場合、細菌送達粒子を含む、化粧品組成物又は非治療組成物にも関する。

以下の実施例は、ラムダ受容体結合タンパク質(RBP)、例えばstfタンパク質の指し示す部分が、異なるRBPの部分と交換され得ることを実証する。より詳細には、機能性キメラRBPを得ることを可能にするラムダRBPの特定の融合部分が同定された。具体的には、非限定的な実施形態では、データは、バクテリオファージラムダに由来するファージミドの場合、側尾部線維タンパク質の改変は宿主域の拡大をもたらすことを実証した。キメラstfタンパク質のラムドイドファージミドへの添加は、それらの宿主域を改変及び増加する非常に強力な手法、及びいくつかの場合では、gpJ遺伝子の改変よりも効率的であることが実証される。更に、デポリメラーゼ活性をコードする側尾部線維タンパク質の改変は、送達効率を劇的に増加し得る。いくつかの場合では、この酵素活性の付加は、100%の送達効率を可能にするが、野生型ラムダファージミドは、全く侵入を示さなかった。これら2つの手法を組み合わせ、細菌種の多くの株への異なる特異性及び送達効率を有するファージミドバリアントを生成することができる。

試験は、尾端遺伝子(gpJ)の改変がラムダファージミドの宿主域において影響を示すかどうか決定するために行った。ラムダ尾端は、[11]に記載の変異を含むように改変し、OMPF-ラムダを生成した。このファージミドは、ここで、細胞表面の一次受容体としてLamBの代わりにOmpFを使用するべきである。次に、送達効率を、図1に示すように様々なO及びK血清型に渡る、大腸菌株のコレクションにおいて試験した。

図1に見られるように、異なる細胞表面受容体を認識するファージミドの使用は、送達効率及び宿主域に最小限の影響を及ぼす。3つの株のみが、改変ファージミドによる処置の後に、コロニーの数のわずかな改善を示す。この結果は、ファージミドに対する物理的バリアを形成する細胞の大半の周りの莢膜の存在に起因し、したがってこの手法を失敗させ得る。これらの結果に照らして、細菌莢膜に対する酵素活性を含むようにラムダstf遺伝子を改変した。

ラムダstf(配列番号1)の配列は:

太字及び下線の配列は、T4ファージに導入されたタンパク質の部分を表す[47]。実験は、ラムダstfのC末端を異なるファージ由来の尾部線維と交換し、被包化大腸菌に対する酵素活性を有するキメラ側尾部線維を生じることが可能であるかどうか調べるために行った。詳細に研究され、その構造が解明されている[19]、[20]K1Fファージ由来の尾部線維を選択した。K1Fは、K1被包化大腸菌によって分泌されたシアル酸のポリマーに対して活性なエンドシアリダーゼ活性を有する酵素をコードする。実際、K1+株は、莢膜がファージの結合を妨げる物理的バリアを形成するため、T7感染に対して免疫性であるが、精製K1F酵素を感染の前に細胞に添加する場合、T7はそれらを溶解することができ[21]、細菌莢膜の存在が、バクテリオファージにより認識を避けるために強力なメカニズムであることを確認する。したがって、K1+株における改変ラムダ-stf-K1ファージミドの送達を試験することにより、ラムダ-stfキメラタンパク質がその酵素活性を保持するかどうか調べることが可能である。

K1F尾部線維の配列は(配列番号121)である:

太字及び下線の配列は、結晶化され、そのエンドシアリダーゼ活性を保持することが示されたタンパク質の部分を表す。ラムダstfタンパク質とK1F尾部線維との間に同一性がないため、挿入点は、文献及び結晶構造を含む異なる情報源から抽出した結論に基づき作製した。

stf遺伝子を、Cas9媒介遺伝子交換プロトコールを使用してそのC末端にK1Fエンドシアリダーゼを含むように改変した[22]。ラムダK1Fファージミドは、[23]のように産生し、いくつかのK1+株、特に大腸菌UTI89及びS88に対して滴定した。結果は、著しく;これらの株では、ラムダ野生型stfが使用される場合、送達はないが、K1Fバリアントの添加は100%の送達を示す(図2)。

同じ原理により、続いて今度はK5莢膜分解活性(ファージK5A由来のK5リアーゼ尾部線維)を有するラムダ-stfの異なるバリアントを作出した。K1Fの場合のように、ラムダ-stfとK5リアーゼの間の相同性はないが、その結晶構造は発表されている[24]。したがって、K1Fと同じ手法を使用してstf-K5キメラ側部尾部線維を生成し、大腸菌(ECOR55)のK5被包化株に対して産生されたファージミドを試験した。しかしながら、この場合、デルタ-stfラムダ産生株は、誘導性プロモーターの制御下でトランスに発現されたstf融合遺伝子と産生された。図3に示すように、おそらくより薄いK5莢膜を有するいくらかの細胞の存在による、野生型ラムダ-stfを使用するいくらかの残りの送達がある。しかしながら、ラムダ-stf-K5キメラの添加は、10⁶倍を超える送達の改善を可能にする。

いくつかの他の場合では、側尾部線維は、ラムダstfにある程度の相同性を有することが見出され得るが、結晶構造は入手できない。これらの場合では、挿入点は、ラムダstfと同一性を有するアミノ酸の最後の鎖として設計された。例えば、インハウスでシークエンスした2つのファージにおいて、予測される側尾部線維タンパク質は以下の通りである:

ファージAG22 stf(配列番号192):
MAIYRQGQASMDAQGYVTGYGTKWREQLTLIRPGATIFFLAQPLQAAVITEVISDTSIRAITTGGAVVQKTNYLILLHDSLTVDGLAQDVAETLRYYQGKESEFAGFIEIIKDFDWDKLQKIQEDVKTNADAAAASQQAAKTSENNAKTSATNAANSKKGADTAKAAAESARDAANTAKTGAEAAKSGAESARDAANTAKAGAESARDQAEEYAKQAAEPYKDLLQPLPDVWIPFNDSLDMITGFSPSYKKIVIGDDEITMPGDKIVKFKRASTATYINKSGVLTNAAIDEPRFEKDGLLIEGQRTNLLINSTNPSKWNKSSNMILDRSGVDDFGFQYAKFTLKPEMVGQTSSINIVTVSGSRGFDVTGNEKYVTISCRAQSGTPNLRCRLRFENYDGSAYASLGDAYVNLTDLSIEKTGGAANRITARAVKDEASKWIFFEATIKALDTENMIGAMVQYAPAKDGGGTGADDYIYIATPQVEGGVCASSFIITEATPVTRASDMVTIPIKNNLYNLPFTVLCEVHKNWYITPNAAPRVFDTGGHQSGAAIILAFGSADGDNDGFPYCDIGKSNRRVNENAKLKKMIIGMRVKSDYNTCCVSNARISSETKTEWRYIVSTATIRIGGQTSTGERHLFGHVRNFRIWHKALTDHQLGEIV

ラムダstfとのそのアライメントは以下の通りである:

第2のインハウスのファージのstfの配列は以下の通りである:

ファージSIEA11 stf(配列番号193)
MSTKFKTVITTAGAAKLAAATVPGGKKVTLSAMAVGDGNGKLPVPDAGQTKLVHEVWRHALNKVSVDNKNKNYIVAELVVPPEVGGFWMRELGLYDDAGTLIAVSNMAESYKPELAEGSGRAQTCRMVIIVSNVASVELSIDASTVMATQDYVDDKIAEHEQSRRHPDATLTEKGFTQLSSATNSTSESLAATPKAVKAANDNANSRLAKNQNGADIQDKSAFLDNVGVTSLTFMKNNGEMPVDADLNTFGSVKAYSGIWSKATSTNATLEKNFPEDNAVGVLEVFTGGNFAGTQRYTTRDGNLYIRKLIGTWNGNDGPWGAWRHVQAVTRALSTTIDLNSLGGAEHLGLWRNSSSAIASFERHYPEQGGDAQGILEIFEGGLYGRTQRYTTRNGTMYIRGLTAKWDAENPQWEDWNQIGYQTSSTFYEDDLDDLMSPGIYSVTGKATHTPIQGQSGFLEVIRRKDGVYVLQRYTTTGTSAATKDRLYERVFLGGSFNAWGEWRQIYNSNSLPLELGIGGAVAKLTSLDWQTYDFVPGSLITVRLDNMTNIPDGMDWGVIDGNLINISVGPSDDSGSGRSMHVWRSTVSKANYRFFMVRISGNPGSRTITTRRVPIIDEAQTWGAKQTFSAGLSGELSGNAATATKLKTARKINNVSFDGTSDINLTPKNIGAFASGKTGDTVANDKAVGWNWSSGAYNATIGGASTLILHFNIGEGSCPAAQFRVNYKNGGIFYRSARDGYGFEADWSEFYTTTRKPTAGDVGALPLSGGQLNGALGIGTSSALGGNSIVLGDNDTGFKQNGDGNLDVYANSVHVMRFVSGSVQSNKTINITGRVNPSDYGNFDSRYVRDVRLGTRVVQTMQKGVMYEKAGHVITGLGIVGEVDGDDPAVFRPIQKYINGTWYNVAQV

ラムダstfとのそのアライメントは以下の通りである:

これら2つの特定の場合では、これらの側尾部線維がどの抗原を認識できるか公知ではないため、キメラ側尾部線維を有するラムダパッケージファージミドを産生し、O及びK血清型の非常に多様な群を含有する大腸菌コレクションにおいてそれらの送達効率を試験した。

図4に示すように、キメラstfの添加は、ラムダベースのファージミドの、試験した96株のうち25株において送達効率の増加を示した(コレクションの25%より多い)。いくつかの場合では、増加は中程度であり;その他では、野生型ラムダファージミドによる侵入が無い又は非常に少ない株において、それは非常に良い送達効率を可能にした。AG22はラムダのようにシホウイルス科に属するが、SEIA11はP2様ファージであることも注意に値する。これは、stfモジュールがバクテリオファージ属を越えて交換可能であり得るという重要な観察をハイライトする。

他の側尾部線維遺伝子は、図4に示すように解析し、先に示したように、大腸菌コレクションにおいて異なる侵入を示すキメラバリアントを生じるラムダstf遺伝子へのいくつかの挿入点を同定した。これらの挿入点は、非相同尾部線維バリアント(例えば、上記のK1F及びK5の場合)についての結果又はラムダsftと試験されるバリアントとの間の様々な程度の相同性に基づく。この相同性は、短く、約5～10アミノ酸、又は実質的に同様であってよい。試験した挿入点は、以下に太字及び下線で示す:

>ラムダstf(配列番号1)

ラムダstfタンパク質は、774アミノ酸からなる。挿入点は、N末端付近(アミノ酸131、挿入点ADAKKS)又はC末端付近(アミノ酸529、挿入点GAGENS)に見出され得る。図5は、挿入点のいくつかの選択された例、ADAKKS、SASAAA及びMDETNRを示す。

本明細書に記載の結果は、1つのファージのキャプシドに結合する1つの尾部線維の一部(通常、タンパク質のN末端)を細菌と相互作用する別の線維の一部(通常、タンパク質のC末端)と組み合わせるキメラ尾部線維を構築することが可能であることを示す。異なる尾部線維の配列間の相同性の鎖は、好ましい組換え点として考えられ得る。ファージラムダのStfタンパク質のそのような点を同定するため、Stf配列のスキャンを50aaウィンドウで行い、phmmer検索[25]を各ウィンドウで行い、代表的なプロテオーム75データベースにおいて相同な配列を同定した(図6)。

T4様ファージは、共通の長尾部線維構造を共有するバクテリオファージの非常に多様な科であり;ファージ粒子に結合する近位尾部線維及び「ヒンジ結合因子」として作用するタンパク質により結合される宿主特異性をコードする遠位尾部線維(DTF)(Desplats及びKrisch、2003年、Res. Microbiol. 154:259～267頁; Bartualら、2010年、Proc. Natl. Acad. Sci. 107: 20287～20292頁)。尾部線維の主な宿主域決定因子は、遠位部分にあると考えられる。したがって、非常に広範であることが公知の、所与のT4様ファージの宿主域を、目的の任意の他のファージ又はファージミドに移すことが可能であるかどうか理解することは非常に重要である。いくつかのT4様ファージの遠位尾部線維(T4様の長尾部線維のC末端ドメイン)は、可能な機能性挿入部位をスクリーニングし、ラムダstf遺伝子とのいくつかの融合を生成し、それらの宿主域をスクリーニングした。

異種尾部線維(ラムダファージstf)に融合させた場合、機能性キメラを生じるDTFの可能な挿入部位を検索した。ファージ(WW13)のDTFをテストベッドとして使用した。このファージは、ヒンジ結合因子により分けられた近位及び遠位尾部線維、尾部線維のフォールディング及び宿主の認識を補助するgp38シャペロン/アドへシン(Trojetら、2011年、Genome Biol. Evol. 3:674～686頁)、並びに尾部線維の正確なフォールディングに必要とされることが公知のgp57Aシャペロン(Matsuiら、1997年、J. Bacteriol. 179:1846～1851頁)を有する、古典的なT4様構造を持つ。T4様ファージの内在性ゲノム制御は複雑であり、未知の調節の層を含み得るため(Millerら、2003年、Microbio. Mol. Biol. Rev. 67:86～156頁)、RBSをコードする合成リンカーは、DTF遺伝子とアドへシンとの間の天然のDNAリンカーを置き換えるように設計した;すぐ下流に、シャペロンpg57Aに先行する別の合成RBSを付加し、したがって、DTFの正確なフォールディングに必要な全ての機能をコードするポリシストロニックなmRNAを作出した(図7)。この構築物は、誘導性プロモーターの制御下及びラムダベースファージミドを産生する株においてトランスに補足する、プラスミドで構築した。

T4様配列(下線は、上記の融合で使用したDTF挿入部位である):

WW13(配列番号123)

図7は、操作したラムダstf-T4様DTFキメラの構造を示す。半円は、RBS部位を示す;T印、転写終結因子;矢印、プロモーター。DTFのC末端のいくつかの部分をスクリーニングし、GAGENS挿入部位においてラムダstf遺伝子に融合させた。大腸菌株のコレクションにおけるファージミド粒子の産生及びクロラムフェニコールマーカーの形質導入によって評価したように、キメララムダstf-WW13のいくつかのバリアントは機能性である。図8に示す機能性キメラは、WW13のIIQLED挿入部位における融合により得られた。更なる機能性キメラは、ラムダstf MDETNR挿入部位及びWW13 DTF GNIIDL、VDRAV及びIIQLE挿入部位における融合により得られた(図11)。

PP-1のように、WW13と配列相同性を共有する他のT4様ファージも試験し、機能性キメラを産生することを確認した(図8)。これらの機能性キメラは、PP-1 DTF部分の開始点にIATRV挿入部位を示す。

図8は、キメララムダstf-T4-様DTFを有するファージミド粒子のスクリーニングを示す。異なる血清型を包含する、96個の異なる野生型大腸菌株のコレクションは、ラムダベースのファージミドを用いて形質導入し、Cm LBアガー上にプレーティングした。左のパネルは、野生型ラムダstfを表し;中央のパネルは、キメララムダ-stf-WW13を表し;右のパネルは、キメララムダ-stf-PP-1を表す。

WW13に見出される挿入部位は、所与のT4様DTFにいつもは存在せず、それにより解析を困難にする。WW13に相同性のない別の機能性挿入部位は、第2のファージについて発見された(WW55、図9)。同じTPGEL挿入部位は、T4様ファージのサブセットに見出すことができ、それらの少なくとも1つ、WW34と、ラムダstfにおけるMDETNR挿入部位において、機能性キメラを生じることが分かっている(図9)。

図9は、キメララムダstf-T4様DTFを有するファージミド粒子のスクリーニングを示す。異なる血清型を包含する、96個の異なる野生型大腸菌株のコレクションは、ラムダベースのファージミドを用いて形質導入し、Cm LBアガー上にプレーティングした。左のパネルは、野生型ラムダstfを表し;中央のパネルは、キメララムダ-stf-WW55を表し;右のパネルは、キメララムダ-stf-WW34を表す。

T4様DTFタンパク質は、挿入のための共通部位を共有し得る又はし得ないため、全てのT4様DTFに存在するユニバーサル挿入部位を同定する試みが行われた。いくつかのT4様DTFをアラインする場合、よく保存されたN末端を除き、全ての配列に存在する全DTF遺伝子に沿った相同性は存在しない。DTFのN末端は、主なファージ粒子に結合するためのヒンジ結合因子と相互作用すると考えられる。

古典的な考えでは、宿主域決定因子はDTFのC末端部分にあるが、近年の研究では、N末端もこのプロセスに関与し得ることが証明された(Chenら、2017年、Appl. Environ. Microbiol. Vl. 83 No. 23)。次いでDTFのN末端をスキャンして、全てのT4様ファージに存在し、機能性キメラを生じることができる挿入部位を探した。ファージWW13 DTF及びラムダstfの挿入部位MDETNRを使用した。完全DTF遺伝子(アミノ酸2で開始する)の直接融合は、いくらかの活性を有する粒子を生じるが、DTF融合の挙動を要約する、DTFのアミノ酸40～50の好ましい領域を有するアミノ酸1～90の領域を同定し、図10に示す。重要なことに、この領域は、スクリーニングした全てのT4様ファージに存在し、WW55を含む、DTFの多様なセットを有するキメラを生成するために非常に早く使用することができた(図10)。

したがって、本開示は、それが任意のT4様ファージからのDTFを使用して、そのモジュラリティ及び翻訳可能性をハイライトしたキメラの構築のための粒子フレームワークを提供するため、宿主域を変更したファージ及びファージミド粒子の生成に有用である。

ヒトマイクロビオームは、消化管、皮膚、膣及び口を含む、身体の異なる区域を含む[29]。これらの領域の微生物叢は、微生物、例えば細菌、古細菌及び真菌の異なる集団から構成される[29]～[31]。これらの集団の特定の組成を明らかにしようとする多くの研究が行われたが、「コアマイクロビオーム」が存在し得るが、いくつかの因子、例えば地理的位置、食事又は年齢に応じて各微生物の相対的含量には多くのバリエーションがあることが明らかになっている[32]～[35]。

特に、ヒト消化管微生物叢の場合、診断方法を実行することなく、所与の人がどの細菌種を持つか先験的に知ることは不可能である。大腸菌の場合、多くのヒトにおいていくつかの血清型及び系統群の流行を指摘するいくつかの研究が行われたが、地理的分布並びにサンプリングの時間に依存して試料の組成に著しい変化があり:例えば、1980年代のヨーロッパ、アフリカ、アジア及び南アメリカから単離した試料は、phylogroupA及びB1(それぞれ55%及び21%)の流行を示すが;ヨーロッパ、北アメリカ、アジア及びオーストラリアで2000年代に得た試料は、主にB2群(43%)、続いてA(24%)、D(21%)、及びB1(12%)[36]に属した。系統群B2及びDが通常より一般的に共生株よりも病原株と関連するが[37]、共生生物である、及び異なる血清型に属する系統群B2に属している多くのヒト及び非ヒト特異的株を示す研究がある[38]。

ヒトマイクロビオームの本質的な変異性、及び特に大腸菌サブタイプのものは、標的化治療手法の設計を困難にする。標的細菌集団を死滅させることを目的とするファージ治療の場合、例えば2つの可能な手法:1つ目は、特定の大腸菌血清型を認識及び標的化することができる狭い宿主域の粒子の使用、又は、2つ目は、時には異なる属からでさえも、多くの異なる株を認識することができる広範な宿主域のファージの使用が可能である[39]。この難しさは、標的細菌集団を死滅させることを目的としないが、それらに機能を付加(すなわち、宿主において効果を示す及び標的微生物叢によって発現される因子の送達)しようとする戦略を考慮する場合、悪化する。この特定の場合では、パッケージファージミドの使用は、それらが宿主を殺さないため(それらのペイロードが宿主を殺すことを目的とした遺伝子を持たない限り)、非常に興味深く、ペイロードは複製及び拡大せず、いずれの内在性ファージ遺伝子も含有しない。しかしながら、ファージの場合では、診断研究は、それらを死滅させることなく標的細菌に機能を付加するペイロードの送達を可能にするパッケージファージミドを見出す又は設計するため、処置の前に患者に存在する細菌の特定の血清型/バリアントを同定する必要がある。

これら2つの手法を組み合わせることにより、大腸菌に注目して、異なる血清型及び系統群に属する多くの株を認識することができる操作した送達ビヒクル(すなわち、「広範な宿主域」を有する操作した粒子)を使用することが提案された。死滅方向の手法とは反対に、標的細菌集団は、できる限り100%近く、それらの数を減らす必要があり、治療送達手法は、先験的に細菌の多くのパーセンテージに達する必要はなく;送達は、治療用ペイロードが正確なレベルで発現されるのに十分高い必要があり、適用に応じて非常に可変的であり得る。更に、ペイロードは、異なる血清型又は系統群によって発現され得る。この手法は、粒子が、大半の患者においてin vivoで発現されるペイロードを送達する機会を増加する。

標的株の未知の血清型/バリアントから構成される細菌集団における送達を達成するため、送達ビヒクルを操作して、多様な標的株を認識するそれらの能力により選択されたキメラ側尾部線維(stf)を含有させた。大腸菌において広範な宿主域を有すると記載された多くのファージがあり、これらの多くはT4ファミリーに属すが、一般に、大腸菌及び関連細菌に対するファージは制限された宿主域を有する。

しかしながら、[41]により、「広範な宿主域」と考えられるファージによって標的化されるのにどのくらい多くの株が必要であるかについては共通認識がない。

大腸菌の場合、ECORコレクションは、天然のこの細菌の変異性を表すと考えられる、異なる起源から単離された株のセットである[42]。いくつかのファージは、このコレクションに対して広範な宿主域を有することが示された(例えば、ECOR株の約53%がファージAR1によって[43]、約60%がファージSU16によって[44]溶解され得る)。これに対して、単一のファージが、95%の黄色ブドウ球菌株に感染することができる[40]。

このコレクションのヒト株を使用して、キメラstfを有する操作した送達ビヒクルを試験し、文献に記載されたように[45]、できる限り多くの宿主を認識することができるバリアントを同定する試みにおいてそれらの宿主域を評価することを決定した。違いは、本アッセイが、溶解に対して送達効率を測定することである。

終夜の培養からの株は、96深ウェルプレートにおいて、5mM CaCl₂を補充した600μLのLBで1:100に希釈し、37℃で2時間、900rpmで増殖した。平均10⁶/μLで産生した10μLのパッケージファージミドを、次いで、90μLの細菌培養に添加し、37℃で30分間インキュベートし、24μg/mLのクロラムフェニコールを補充したLBアガー上に10μLの混合物をプレーティングし、37℃で終夜インキュベートした。翌日、ドットの密度を0～5にスコア化し、0は形質導入体なし、5は非常に高密度のスポットである[図11]。スポットの密度は、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝子を含有するペイロードを受け取った細菌の数に相当するため、パッケージファージミドの送達効率に直接関連する。

いくつかのstfキメラを試験し、ECORコレクションの40個のヒト株においてスクリーニングした。対照として、野生型stfの送達効率を試験した。送達実験に使用したパッケージファージミドバリアントは、今ではその尾端gpJがLamB以外の受容体を認識するように改変された(1A2バリアント)。図12では、18stfについて生ドット滴定が示され、図13では、棒フォーマットした表は、ドット密度並びに送達統計によってスコア化した送達効率によって示される。

3以上の密度スコアのドットのみを考慮して(中程度から高い送達効率と考えられる)、いくつかのstfは、選択されたECOR株における送達効率が、野生型stfを使用する場合よりも著しく高いため、広い宿主域と考えられ得る。例えば、stf EB6又はstf 68Bについて、約50%の株が、野生型stfを有する株の17.5%と比較して、中程度から高い送達効率を示す。これらのstfは、それらが異なる系統群並びに血清型において送達できるため、in vivo送達の良い候補である。図13の表の下部では、3より高い密度スコアについての棒フォーマットした表示が示され、広範な宿主域のstfの閾値は、野生型stfのベースラインと比較して少なくとも2倍の増加に設定され;これは、少なくとも35%の株において3以上のスコアで送達することができるstfである。他のstfも、野生型stfと比較して送達の増加を示し、野生型stfによって送達される株の数(これは、少なくとも26.25%の株において3以上のスコアでの送達)と比較して、少なくとも50%増加した3以上のスコアで送達できるstfについて、厳しくはない閾値を設定した。比較として、stf K1及びstf 66Dについてのデータを示す:これらのstfは、少数の株で効率的に送達されるようであり(例えば、stf K1について株B及びAB;並びにstf 66Dについて株E及びAF)、これは、それらがおそらく狭い宿主域を有することを意味し;K1 stfの場合、同種の受容体がK1莢膜であるため、予測される[46]。更に、データは、T4様ファージにおいて生じるstfを有するキメラについて示し;文献が示すように、このキメラは、最良の候補ではないようであるが、広範な宿主域を示す。

総合して考えると、これらの結果は、送達ビヒクルのstfは操作され、広い数の標的大腸菌株を認識することができ、したがって、それを「広範な宿主域」にすることができることを示唆している。この型の粒子は、所与の細菌株を認識する特定のバリアントを操作する必要なく、標的細菌に機能を付加するペイロードを送達するのに非常に有用であり得る。

引用した参照のリスト
[参考文献]

Claims (27)

1. キメラ受容体結合タンパク質(RBP)であって、
   キメラRBPが、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含み、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内で、前記N末端ドメインが前記C末端ドメインに融合する、キメラ受容体結合タンパク質(RBP)。
2. キメラRBPが、ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来のRBPのN末端ドメインと、異なるRBPのC末端ドメインとの間の融合を含み、
   ラムダ様バクテリオファージ又はラムダバクテリオファージ由来の前記RBP及び他のRBPが、ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、又は495～560位の範囲の3つのアミノ酸領域の1つ又は複数において相同性を有し、
   ラムダstf配列(配列番号1)に関してN末端RBPの1～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内で、前記N末端ドメインが前記C末端ドメインに融合する、請求項1に記載のRBP。
3. 前記異なるRBPが、任意のバクテリオファージ又はバクテリオシンに由来する、請求項1又は2に記載のキメラRBP。
4. キメラRBPの前記N末端ドメインが、N末端RPBの80～150、320～460、又は495～560位から選択されるアミノ酸領域の1つの内の前記C末端ドメインに融合する、請求項1から3のいずれか一項に記載のキメラRBP。
5. アミノ酸SAGDAS(配列番号178)、ADAKKS(配列番号179)、MDETNR(配列番号180)、SASAAA(配列番号181)、及びGAGENS(配列番号182)からなる群から選択される挿入部位と少なくとも80%の同一性を有する挿入部位において、前記領域内でN末端ドメインとC末端ドメインとが融合する、請求項1から4のいずれか一項に記載のキメラRBP。
6. キメラRBPが、配列番号2、4、7、9、12、15、17、20、23、24、25、27、29、31、33、35、37、39、41、42、44、46、47、48、49、50、51、52、53、56、59、130、131、132、135、138、139、142、145、148、151、192、194、195、198、200、202、204、206、208、211、214、216、218又は220のアミノ酸配列を含む、請求項1から5のいずれか一項に記載のキメラRBP。
7. 異なるRBPのC末端ドメインが、被包化細菌株に対するデポリメラーゼ活性を有する、請求項1から6のいずれか一項に記載のキメラRBP。
8. 異なるRBPが、T4様バクテリオファージである、請求項1から3のいずれか一項に記載のキメラRBP。
9. RBPのC末端ドメインの挿入部位が、T4様バクテリオファージ遠位尾部線維内に見出されるIIQLED(配列番号184)、GNIIDL(配列番号185)、IATRV(配列番号186)、TPGEL(配列番号187)、GAIIN(配列番号188)、NQIID(配列番号189)、GQIVN(配列番号190)、及びVDRAV(配列番号191)からなる群から選択される、請求項8に記載のキメラRBP。
10. RBPのC末端ドメインの挿入部位が、T4様バクテリオファージ遠位尾部線維内の、アミノ酸40～50の好ましい領域を有する、アミノ酸1～90の領域内に位置する、請求項8又は9に記載のキメラRBP。
11. キメラRBPが、配列番号130、131、132、135、138、139、142、145、148又は151のアミノ酸配列を含む、請求項8から10のいずれか一項に記載のキメラRBP。
12. 請求項1から11のいずれか一項に記載のキメラRBPを含む細菌送達ビヒクル。
13. 前記細菌送達ビヒクルがバクテリオファージである、請求項12に記載の細菌送達ビヒクル。
14. 前記細菌送達ビヒクルがパッケージファージミドである、請求項12又は13に記載の細菌送達ビヒクル。
15. 目的のタンパク質又は目的の核酸をコードする核酸ペイロードを更に含む、請求項12から14のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクル。
16. 目的の核酸が、Casヌクレアーゼ遺伝子、Cas9ヌクレアーゼ遺伝子、ガイドRNA、CRISPR遺伝子座、毒素遺伝子、ヌクレアーゼ又はキナーゼ等の酵素を発現する遺伝子、TALEN、ZFN、メガヌクレアーゼ、リコンビナーゼ、細菌受容体、膜タンパク質、構造タンパク質、分泌タンパク質、一般に抗生物質又は薬物に対する耐性を発現する遺伝子、毒素タンパク質又は毒素因子を発現する遺伝子、及び病原性タンパク質又は病原性因子を発現する遺伝子、又は任意のこれらの組合せからなる群において選択される、請求項15に記載の細菌送達ビヒクル。
17. 目的のタンパク質が、宿主細菌細胞ゲノム又は宿主細菌細胞プラスミドの切断を標的化するヌクレアーゼである、請求項15に記載の細菌送達ビヒクル。
18. 切断が、抗生物質耐性遺伝子に起こる、請求項17に記載の細菌送達ビヒクル。
19. 核酸ペイロードが、治療用タンパク質をコードする、請求項15に記載の細菌送達ビヒクル。
20. 核酸ペイロードが、アンチセンス核酸分子をコードする、請求項15に記載の細菌送達ビヒクル。
21. 請求項1から11のいずれか一項に記載のキメラRBPをコードする核酸分子。
22. 配列番号62、64、67、69、72、75、77、80、83、84、85、87、89、91、93、95、97、99、101、102、104、106、107、108、109、110、111、112、113、116、119、154、155、156、159、162、163、166、169、172、175、222、223、226、228、230、232、234、236、239、242、244、246又は248のヌクレオチド配列を含む、請求項21に記載の核酸。
23. 請求項12から20のいずれか一項に記載の1つ又は複数の細菌送達ビヒクル及び薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物又は獣医学用組成物。
24. 処置を必要とする細菌感染症を有する対象に、請求項23に記載の医薬組成物若しくは獣医学用組成物又は請求項12から20のいずれか一項に記載の1つ若しくは複数の細菌送達ビヒクルを投与する工程を含む、細菌感染症を処置するための方法。
25. 細菌感染症に使用するための、請求項23に記載の医薬組成物若しくは獣医学用組成物又は請求項12から20のいずれか一項に記載の1つ若しくは複数の細菌送達ビヒクル。
26. 細菌集団を請求項12から20のいずれか一項に記載の細菌送達ビヒクルと接触させる工程を含む、細菌集団における病原性細菌及び/又は抗生物質耐性細菌の量を減少させるための方法。
27. 細菌集団における病原性細菌及び/又は抗生物質耐性細菌の量の減少に使用するための、請求項23に記載の医薬組成物若しくは獣医学用組成物又は請求項12から20のいずれか一項に記載の1つ若しくは複数の細菌送達ビヒクル。

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