KR20210100119A - 박테리아 전달 비히클에서 사용을 위한 키메라 수용체 결합 단백질 - Google Patents

박테리아 전달 비히클에서 사용을 위한 키메라 수용체 결합 단백질 Download PDF

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Abstract

본 개시는 일반적으로 표적 박테리아 세포로 바람직한 페이로드의 효율적인 전달에서 효율적으로 사용을 위한 박테리아 전달 비히클에 관한 것이다. 보다 특히, 본 개시는 람다-유사 박테리오파지로부터 유래된 RBP의 N-말단 영역 및 상이한 RBP의 C-말단 영역 간 융합체로 구성된 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)의 존재를 기반으로 바람직한 숙주 범위를 갖는 박테리아 전달 비히클에 관한 것이다.

Description

박테리아 전달 비히클에서 사용을 위한 키메라 수용체 결합 단백질
본 개시는 일반적으로 표적 박테리아 세포로 바람직한 페이로드의 효율적인 전달에서 사용을 위한 박테리아 전달 비히클에 관한 것이다.
박테리오파지는 박테리아를 감염시켜서 거기서 복제되는 기생체이다. 일반적으로, 감염 과정은 몇 개의 단계로 나눌 수 있다: (i) 박테리아 세포에 대한 인식 및 결합에 상응하는 흡착; (ii) 박테리아 세포의 세포질로 DNA 게놈의 주입; (iii) 숙주 표적 게놈으로의 삽입 (용원성 파지) 또는 감염성 입자의 생산 (용해성 파지)을 야기시킬 수 있는 일련의 바이러스 단백질의 생산; 및 (iv) 일반적으로 제어된 용해를 통한, 감염된 세포로부터 성숙한 비리온의 방출 [1].
성공적인 감염에 필요한 제1 단계로서, 표적 세포에 대한 인식 및 결합은 박테리오파지 생활 주기에서 필수적인 과정이다. 박테리오파지는 일부 경우에 "광범위한 숙주 범위"를 갖는, 동일 종의 몇몇 균주를 인식할 수 있지만, 매우 일반적으로 오직 동일 종의 일부 균주에서만 존재하는 특이적 항원을 인식할 수 있다 [2]. 따라서, 감염 과정의 이러한 단계가 성공적인 감염을 위한 박테리오파지 및 박테리아 간 경쟁에서 중추적이라는 것이 놀랍지는 않다.
일반 기전으로서, 박테리오파지는 인식 과정에 관여되는 주요한 2종의 단백질 세트를 코딩한다. 제1 세트는 세포 표면 상의 박테리오파지의 1차 수용체에 부착할 수 있으며, 세포질로 DNA 배출을 촉발시키고 일반적으로 "비가역적" 결합 과정으로서 여겨지는 사건이다 [3]. 상이한 박테리오파지 속은 이러한 단백질 세트의 구성이 상이하고, 그러므로 명명이 상이할 수 있다. 일부 시포바이러스 (Siphovirus)에서, 예를 들어, 그들은 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli)의 LamB 수용체에 비가역적으로 결합하는 "중심 꼬리 섬유" 또는 "꼬리 선단"이라고 불린다. 시포바이러스과 (siphoviridae) 람다에서, "중심 꼬리 섬유" 또는 "꼬리 선단"은 단백질 gpJ로 구성된다 [4]. T5 같은, 일부 다른 시포바이러스에서, 꼬리의 최선단에 위치된 단백질은 이러한 과정을 매개한다. T5의 경우에, pb5라고 불리는 단백질은 FhuA 수용체를 인식한다 [5]. 이러한 유형의 단백질은 많은 다른 박테리오파지에서 발견될 수 있다. T4 같은 미오바이러스 (Myovirus)에서, 일반적으로 1차 수용체 또는 세포 표면과의 비가역적 결합은 또한 꼬리 튜브의 말단에 위치하는, "짧은 꼬리 섬유"에 의해 매개된다 [5].
박테리오파지에서 제2 세트의 단백질 (본 명세서에서 "수용체 결합 단백질"이라고 함)은 박테리아 상의 소위 "2차 수용체"에 대한 인식 및 결합 활성을 코딩한다. 이러한 2차 수용체는 표면을 면밀히 살피고 1차 수용체와 접촉하는 제1 세트의 단백질을 위치시키기 위해서 세포 표면 상의 파지 입자의 일시적 결합을 가능하게 한다. 이러한 결합은 가역적이므로, 이것은 1차 수용체가 발견되고 감염 과정이 시작될 때까지 세포 표면 상에서 파지가 "배회"할 수 있게 한다. 이들 단백질 복합체는 때때로 예컨대 T5에서, "L-형상 섬유", 예컨대 람다에서 "측면 꼬리 섬유", T4에서 처럼 "긴 꼬리 섬유", 또는 예컨대 파지 P22에서 꼬리스파이크라고 한다 [5]-[8]. 일부 파지 경우에, 이러한 제2 세트의 단백질의 존재는 예컨대 T4에서, 감염 과정이 일어나는데 필수적이다 [5]. 람다같은, 일부 다른 파지에서, 이러한 제2 세트의 단백질은 감염 과정이 일어나는데 절대적으로 필수적이지 않지만, 표적 세포에 대한 더 효율적인 결합을 허용할 수 있다 [7].
흡착 과정이 성공적인 감염이 일어나는데 절대적으로 필수적이므로, 박테리아는 박테리오파지에 의해 인식되는 것을 피하기 위해 다수의 방식을 개발시킬 수 있다. 예를 들어, 그들은 박테리오파지가 결합하는 1차 또는 2차 수용체를 돌연변이시킬 수 있거나; 그들은 단백질을 그에 부착시켜 이러한 수용체를 차폐시킬 수 있거나 (수용체 차폐); 또는 그들은 박테리아 캡슐의 형태로 그들 주변에 물리적 장벽을 성장시켜서, 세포 표면으로의 임의 접근을 차단시킬 수 있다 [9]. 박테리아는 많은 상이한 유형의 세포외 중합체 캡슐을 생산할 수 있다 [10]. 결과적으로, 박테리오파지는 이들 방어 기전을 우회하기 위한 상이한 전략을 진화시켜왔다. 예를 들어, 꼬리 선단 단백질의 돌연변이는 그들이 상이한 수용체를 사용하는 것을 가능하게 한다 [11]. 그러나, 박테리아 주변에 중합체 캡슐의 존재는 세포 표면 상에서 임의 수용체에 대한 모든 접촉을 차단하기 때문에, 상이한 접근법을 요구한다. 이들 경우에서, 박테리오파지는 세포에 대한 접근을 획득하도록 이 캡슐을 효소적으로 분해시킬 수 있는 특별한 단백질을 진화시켜 왔다. 이들 해중합효소 활성은 측면 꼬리 섬유, 긴 꼬리 섬유 또는 꼬리스파이크의 형태로, 1차 수용체 인식 기구와는 별개인, 단백질 복합체에서 코딩된다 [12], [13], [14].
박테리오파지의 숙주 범위의 개념은 흡착 및 주입 과정만이 고려될 때 재정의될 필요가 있다. 파지 복제 주기와 관련된 모든 비상용성 또는 방어 기전이 그림에서 제외되므로, 소정 파지의 "흡착 숙주 범위"는 일반적으로 감염성 주기가 새롭게 생산된 성숙한 비리온을 야기시키는 "고전적인 숙주 범위"에 비해서 더 크다. 숙주 범위의 개념은 소정 박테리오파지 캡시드를 기반으로 하는 패키지된 파지미드가 사용될 때 고전적인 정의와 훨씬 더 상이해 진다. 패키지된 파지미드는 그들이 그들의 동족 바이러스 게놈을 패키지하지 않기 때문에, 바이러스 입자를 복제하는데 필수적인 정보를 함유하지 않는다. 따라서, 패키지된 파지미드의 숙주 범위는 이것이 유도되는 부모 박테리오파지의 것에 비해 더 큰 경향이 있다. 그러므로, 표적 균주로 외생성 DNA 페이로드의 효율적인 전달을 위해 설계된, 신규한 박테리아 전달 비히클의 개발을 위해서, 박테리아 세포 표면에 대한 패키지된 파지미드의 비성공적인 결합을 초래할 수 있는 박테리아 기전을 우회시키는 능력을 비롯하여 바람직한 숙주 범위를 갖는 전달 비히클을 조작시킬 수 있는 것이 가장 중요하다.
일반 기전으로서, 박테리오파지는 박테리아 세포 인식 과정에 관여되는 단백질 세트를 코딩한다. 본 명세서에서는 바람직한 표적 숙주 범위를 갖는 합성 박테리아 전달 비히클을 조작하기 위한 신규한 접근법을 기술한다. 일부 양태에서, 합성 박테리아 전달 비히클은 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)을 특징으로 하는 것이 제공되고, 여기서 키메라 RBP는 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지로부터의 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 박테리오파지 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함한다. 키메라 RBP가 유래되는, 이러한 박테리오파지 RBP는 예를 들어, 파지 패밀리에 의존하여, "L-형상 섬유", "측면 꼬리 섬유 (stf)", "긴 꼬리 섬유" 또는 "꼬리스파이크"를 포함한다. 본 명세서에 개시된 바와 같이, 람다-유사 박테리오파지 수용체 결합 단백질 (RBP), 예컨대 stf 단백질의 상당 부분이 상이한 RBP의 부분으로 교환될 수 있다는 것이 입증되었다. 게다가, 기능성 키메라 RBP를 수득할 수 있게 하는 RBP 내 특별한 융합 위치가 확인되었다.
키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)은 키메라 RBP가 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지로부터 유래된 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 것이고, 여기서 RBP의 상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 또는 람다 stf 서열에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상과 상동성을 갖는 RBP의 유사한 영역 내에서 상이한 RBP의 상기 C-말단 도메인에 융합된다. 본 발명의 일 특정 양태에서, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)의 상이한 RBP 도메인은 임의의 박테리오파지 또는 임의의 박테리오신으로부터 유래된다.
일 특정 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지 유래의 RBP, 또는 상이한 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위의 3개 아미노산 영역 중 하나 이상에 상동성을 함유한다. 일정 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 람다 박테리오파지, 또는 상이한 RBP 및 3개 아미노산 영역 중 하나 이상 간 상동성은 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 45개 이상의 아미노산에 대해 대략 35% 동일성, 30개 이상의 아미노산에 대해 대략 50% 동일성, 및 18개 이상의 아미노산에 대해 대략 90% 동일성이다. 상동성의 결정은 정렬 도구 예컨대 스미스-워터만 (Smith-Waterman) 알고리즘 (Smith et al., 1981, J. Mol. Biol 147:195-197) 또는 EMBOSS Matcher (Rice, Longden, Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276-277)를 사용해 수행할 수 있다.
본 발명의 일 양태에서, 키메라 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 80-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택된 아미노산 영역 중 하나 내에서 상이한 RBP의 C-말단 도메인에 융합된 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다. 본 발명의 다른 구현예에서, 키메라 RBP는 아미노산 SAGDAS (SEQ ID NO: 178), ADAKKS (SEQ ID NO: 179), MDETNR (SEQ ID NO: 180), SASAAA (SEQ ID NO: 181), 및 GAGENS (SEQ ID NO: 182)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 삽입 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 삽입 부위에서 위치 1-150, 320-460 또는 495-560로부터 선택된 아미노산 영역 중 하나 내에서 융합되는 N-말단 도메인 및 C-말단 도메인을 포함한다.
다른 양태에서, 키메라 RBP는 상이한 RBP의 C-말단 도메인에 융합된 RBP의 N-말단 도메인을 포함하고, 여기서 상이한 RBP는 변경된 숙주 범위를 부여하는 단백질 또는 상이한 단백질의 군이다. 일 구현예에서, 상이한 RBP는 근위 꼬리 섬유 및 원위 꼬리 섬유 (DTF)로 구성된 T4-유사 또는 T4 긴 꼬리 섬유이고, T4-유사 또는 T4 RBP의 C-말단 도메인은 원위 꼬리 섬유 (DTF)이다. 다른 구현예에서, RBP의 N-말단 도메인은 아미노산 ATLKQI (SEQ ID NO: 183), IIQLED (SEQ ID NO: 184), GNIIDL (SEQ ID NO: 185), IATRV (SEQ ID NO: 186), TPGEL (SEQ ID NO: 187), GAIIN (SEQ ID NO: 188), NQIID (SEQ ID NO: 189), GQIVN (SEQ ID NO: 190), 및 VDRAV (SEQ ID NO: 191)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 삽입 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 T4-유사 또는 T4 DTF 내에 삽입 부위에서 T4-유사 또는 T4 원위 꼬리 섬유에 융합된다. 특정 구현예에서, RBP의 N-말단 도메인은 DTF의 아미노산 40 내지 50으로부터의 바람직한 영역과, 아미노산 1 내지 90으로부터의 영역 내에서 T4-유사 또는 T4 원위 꼬리 섬유에 융합된다.
특정 구현예에서, 본 개시는 특별한 키메라 RBP를 제공한다. SEQ ID NO: 2-61, 123-153, 192, 194-221, 256, 및 258은 이러한 키메라 RBP의 아미노산 서열을 비롯하여, 일부 예에서, 그들 상응하는 천연 샤페론 단백질 ("AP"로 명명)을 개시한다. 이러한 AP 단백질은 키메라 RBP의 폴딩을 보조한다. 특정 구현예에서, RBP는 SEQ ID NO: 2, 4, 7, 9, 12, 15, 17, 20, 23, 24, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 42, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148, 151, 192, 194, 195, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 211, 214, 216, 218 또는 220의 아미노산 서열을 포함한다.
다른 양태에서, 본 개시는 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 비롯하여, 그들의 상응하는 AP 단백질을 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62-120, 122, 154-177, 222-249, 255 및 257에 도시된다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62, 64, 67, 69, 72, 75, 77, 80, 83, 84, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 102, 104, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 116, 119, 154, 155, 156, 159, 162, 163, 166, 169, 172, 175, 222, 223, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 239, 242, 244, 246 또는 248의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
본 발명의 특별한 비제한적인 일 양태에서, 해중합효소 활성을 코딩하도록 키메라 RBP의 조작은 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 포함하는 제공된 박테리아 전달 비히클의 전달 효율을 극적으로 증가시킬 수 있다는 것이 입증되었다. 본 발명의 일 구현예에서, 키메라 RPB의 상이한 RBP 도메인은 캡슐형 박테리아 균주에 대한 해중합효소 활성을 포함한다. 특정 구현예에서, 해중합효소는 엔도시알리다제 예컨대, 예를 들어, K1F 또는 K5 엔도시알리다제이다.
본 발명의 일 구현예에서, 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 핵산 분자가 제공된다. 이러한 핵산은 벡터 예컨대 박테리오파지, 플라스미드, 파지미드, 바이러스, 및 핵산을 코딩하는 키메라 RBP의 전달 및 발현을 가능하게 하는 다른 비히클에 포함될 수 있다.
박테리아 전달 비히클은 바람직한 표적 박테리아 숙주 세포로, 관심 핵산 또는 단백질을 코딩하는, 핵산 페이로드의 전달을 가능하게 하는 것이 제공된다. 이러한 박테리아 전달 비히클은 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지 유래 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 키메라 RBP를 갖는 것을 특징으로 한다. 본 발명의 일 구현예에서, 박테리아 전달 비히클은 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지로부터 유래되는 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 키메라 RBP를 함유하고, 여기서 키메라 RBP의 상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 도메인의 위치 1-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택된 아미노산 영역 중 하나 내에서 상이한 RBP의 상기 C-말단 도메인에 융합된다. 일 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 람다 박테리오파지 유래 RBP, 및 상이한 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560의 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상에서 상동성을 함유한다. 일정 양태에서, 상동성은 람다 박테리오파지 stf 서열에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560의 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상 내에서 45개 이상의 아미노산에 대해 대략 35% 동일성, 30개 이상의 아미노산에 대해 대략 50% 동일성, 또는 18개 이상의 아미노산에 대해 대략 90% 동일성이다. 본 발명의 일 특정 양태에서, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)의 상이한 RBP 도메인은 박테리오파지 또는 박테리오신으로부터 유래된다. 본 발명의 일 양태에서, 키메라 RBP는 람다 stf 서열에 대해서 N-말단 RBP 도메인의 위치 80-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 RBP의 C-말단 도메인에 융합된 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다. 본 발명의 다른 구현예에서, 키메라 RBP는 아미노산 SAGDAS (SEQ ID NO: 178), ADAKKS (SEQ ID NO: 179), MDETNR (SEQ ID NO: 180), SASAAA (SEQ ID NO: 181), 및 GAGENS (SEQ ID NO: 182)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 N-말단 RBP 도메인의 부위 내에서 융합된 RBP의 C-말단 도메인 및 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 개시는 키메라 RBP를 포함하는 박테리아 전달 비히클을 제공한다. SEQ ID NO: 2-61, 123-153, 192, 194-221, 257, 256, 및 258은 이러한 키메라 RBP 및 또한, 예를 들어, 그들의 상응하는 천연 샤페론 단백질 ("AP"로 명명)의 아미노산 서열을 개시한다. 이러한 AP 단백질은 키메라 RBP의 폴딩을 보조한다. 특정 구현예에서, RBP는 SEQ ID NO: 2, 4, 7 ,9, 12, 15, 17, 20, 23, 24, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 42, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148, 151, 178, 179, 182, 184, 186, 188, 190, 192, 194, 195, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 211, 214, 216, 218 또는 220의 아미노산 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시는 또한 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 비롯하여, 상응하는 AP 단백질을 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62-120, 122, 154-177, 222-249, 255 및 257로 표시되어 있다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62, 64, 67, 69, 72, 75, 77, 80, 83, 84, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 102, 104, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 116, 119, 154, 155, 156, 159, 162, 163, 166, 169, 172, 175, 222, 224, 227, 229, 231, 233, 235, 237, 240, 243, 245, 247 또는 249의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
다른 특별한 구현예에서, 본 명세서에 개시된 박테리아 전달 비히클의 전달 효율을 증가시키기 위해서, 키메라 RBP의 상이한 RBP 도메인은 캡슐형 박테리아 균주에 대한 해중합효소 활성을 갖는 도메인을 포함한다. 특정 구현예에서, 해중합효소는 엔도시알리다제, 예컨대 예를 들어, K1F 또는 K5 엔도시알리다제이다.
본 명세서에서 제공하는 박테리아 전달 비히클은 바람직한 표적 박테리아 숙주 세포로, 관심 핵산 또는 하나 이상의 단백질을 코딩하는, 핵산 페이로드의 전달을 가능하게 한다. 본 발명의 일정 구현예에서, 관심 핵산은 Cas 뉴클레아제 유전자, Cas9 뉴클레아제 유전자, 가이드 RNA, CRISPR 유전자좌, 독소 유전자, 효소 예컨대 뉴클레아제 또는 키나제, TALEN, ZFN, 메가뉴클레아제, 리콤비나제, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질을 발현하는 유전자, 항생제 또는 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자, 독성 단백질 또는 독성 인자를 발현하는 유전자, 및 병독성 단백질 또는 병독성 인자를 발현하는 유전자, 또는 임의의 그들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 본 발명의 일 구현예에서, 핵산 페이로드는 치료 단백질을 코딩한다. 다른 구현예에서, 핵산 페이로드는 안티-센스 핵산 분자를 코딩한다. 일부 구현예에서, 핵산 페이로드는 2종의 관심 핵산을 코딩하며, 하나는 뉴클레아제 유전자, 예를 들어 Cas 뉴클레아제 유전자이고 하나는 임의의 다른 관심 핵산이다. 일 양태에서, 박테리아 전달 비히클은 숙주 박테리아 세포 게놈 또는 숙주 박테리아 세포 플라스미드의 절단을 표적화하는 뉴클레아제를 코딩하는 핵산 페이로드의 전달을 가능하게 한다. 일부 양태에서, 절단은 항생제 내성 유전자에서 일어난다. 본 발명의 다른 구현예에서, 숙주 박테리아 세포 게놈의 뉴클레아제 매개 절단은 박테리아 세포의 게놈으로 관심 핵산의 삽입을 위한 상동성 재조합 사건을 자극시키도록 설계된다.
본 발명은 또한 본 명세서에 개시된 하나 이상의 박테리아 전달 비히클 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 또는 수의학 조성물을 제공한다. 또한 제공된 약학 또는 수의학 조성물을 치료를 필요로 하는 박테리아 감염을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 박테리아 감염을 치료하기 위한 방법을 제공한다. 본 발명은 또한 박테리아 감염의 치료에서 사용을 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물, 및 박테리아 감염의 치료에서의 약물의 제조를 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 용도에 관한 것이다. 박테리아 개체군을 본 명세서에 개시된 박테리아 전달 비히클과 접촉시키는 단계를 포함하는, 박테리아 개체군 중 병독성 및/또는 항생제 내성 박테리아의 양을 감소시키는 방법이 제공된다. 본 발명은 또한 박테리아 개체군 중 병독성 및/또는 항생제 내성 박테리아의 양을 감소시키는데서 사용을 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물, 및 박테리아 개체군 중 병독성 및/또는 항생제 내성 박테리아의 양을 감소시키기 위한 약물의 제조를 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 용도에 관한 것이다.
본 명세서에 개시된 대상 주제를 더욱 잘 이해하고 이를 실제로 수행할 수 있는 방법을 예시하기 위해서, 첨부된 도면을 참조하여, 비제한적인 예로서, 구현예들을 이제 설명할 것이다. 도면을 특별히 참조하여, 도시된 상세 사항은 본 발명의 구현예의 예시적인 설명의 목적을 위한 것이고 예시라는 것을 강조한다.
도 1 은 람다 및 OMPF-람다 패키지된 파지미드로 야생형 이. 콜라이 (E. coli) 균주에서의 전달을 입증한다. 람다 패키지된 파지미드는 5 mM CaCl2가 더해진 LB에 1:5로 희석하였고 각 웰에 10 ㎕를 첨가하였다. 이어서 대략 0.5의 OD600까지 성장시킨 90 ㎕의 세포를 각각의 파지미드-함유 웰에 첨가하였고, 30분동안 37℃에서 인큐베이션시켰으며, 클로람페니콜이 보충된 LB-한천 상에 10 ㎕를 스폿팅하였다. 우측 패널, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 우측 패널, OMPF-람다 변이체. 원형은 람다 야생형과 비교하여 변형된 전달의 균주를 보여준다.
도 2 는 K1+ 균주에 대한 야생형 람다 및 람다-stf-K1F 키메라 전달 비히클을 도시한다. 람다 패키지된 파지미드는 5 mM CaCl2 가 더해진 LB에 10X로 순차적으로 희석하였고 10 ㎕를 각 웰에 첨가하였다. 대략 0.5의 OD600 까지 성장시킨 세포를 이어 각 파지미드 희석물에 첨가하였고, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션시켰으며, 클로람페니콜에 보충된 LB 상에 10 ㎕ 를 도말하였다. 위 패널, 균주 UTI89; 아래 패널, 균주 S88. 좌측 플레이트, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 우측 플레이트, stf-K1F 람다 패키지된 파지미드.
도 3 은 K5+ 균주에 대한 야생형 람다 및 람다-stf-K5 키메라 전달 비히클을 도시한다. 람다 패키지된 파지미드는 5 mM CaCl2 가 더해진 LB에 10X로 순차적으로 희석하였고 10 ㎕를 각 웰에 첨가하였다. 다음으로 대략 0.5의 OD600 까지 성장시킨 ECOR55 가 각 파지미드 희석물에 첨가되었고, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션하였으며 10 ㎕ 를 클로람페니콜이 보충된 LB 상에 도말하였다. 우측 패널, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 우측 패널, stf-K15 람다 패키지된 파지미드.
도 4 는 다양한 캡슐형 균주 (O 및 K 캡슐)에 대한 야생형 람다, 람다-stf-AG22 및 람다-stf-SIEA11 키메라 전달 비히클을 도시한다. 람다 파지미드는 5 mM CaCl2 가 더해진 LB에 1:5로 희석하였고 10 ㎕를 각 웰에 첨가하였다. 다음으로 대략 0.5의 OD600 까지 성장시킨 90 ㎕의 세포를 각 파지미드-함유 웰에 첨가하였고, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션시켰으며 10 ㎕를 클로람페니콜이 보충된 LB-한천 상에 스폿팅하였다. 우측 패널, 야생형 람다 파지미드; 중간 패널, 람다 stf-SIEA11 변이체; 우측 패널, 람다-stf-AG22 변이체. 원형은 람다 야생형과 비교하여 변형된 전달의 균주를 보여준다.
도 5 는 다양한 캡슐형 균주 (O 및 K 캡슐)에 대한 야생형 람다 및 상이한 삽입 부위를 갖는 stf 키메라의 전달을 입증한다. 람다 패키지된 파지미드는 5 mM CaCl2 가 더해진 LB에 1:5로 희석하였고 10 ㎕를 각 웰에 첨가하였다. 다음으로 대략 0.5의 OD600으로 성장시킨 90 ㎕의 세포를 각 파지미드-함유 웰에 첨가하였고, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션시켰으며 10 ㎕ 를 클로람페니콜이 보충된 LB-한천에 스폿팅하였다. A) 우측 패널, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 나머지 패널, 3종의 상이한 ADAKKS-stf 변이체. B) 우측 패널, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 나머지 패널, 3종의 상이한 SASAAA-stf 변이체. C) 우측 패널, 야생형 람다 패키지된 파지미드; 나머지 패널, 3종의 상이한 MDETNR-stf 변이체. 전체 패널에서, 원형은 람다 야생형과 비교하여 전달 효율이 개선된 균주를 보여준다.
도 6 은 대표적인 단백질체 데이터베이스 (rp75)에서 50 aa 슬라이딩창 (단계 10)에서 수행된 phmmer 검색을 도시한다. 유의한 히트 수 (E-값 < 0.01)가 기록되어 있다.
도 7 은 조작된 람다 stf-T4-유사 DTF 키메라의 구조를 도시한다. 반원은 RBS 부위를 표시한다; T 표시, 전사 종결인자; 화살표, 프로모터.
도 8 은 키메라 람다 stf-T4-유사 DTF에 의한 파지미드 입자의 스크리닝을 도시한다. 상이한 혈청형을 포괄하는, 96종의 상이한 야생형 이. 콜라이 균주의 컬렉션을 람다-기반 파지미드로 형질도입시켰고 Cm LB 한천 상에 도말하였다. 우측 패널, 야생형 람다 stf; 중간 패널, 키메라 람다-stf-WW13; 우측 패널, 키메라 람다-stf-PP-1.
도 9 는 키메라 람다 stf-T4-유사 DTF에 의한 파지미드 입자의 스크리닝을 입증한다. 상이한 혈청형을 포괄하는, 96종의 상이한 야생형 이. 콜라이 균주의 컬렉션을 람다-기반 파지미드로 형질도입시켰고 Cm LB 한천 상에 도말하였다. 우측 패널, 야생형 람다 stf; 중간 패널, 키메라 람다-stf-WW55; 우측 패널, 키메라 람다-stf-WW34.
도 10 은 키메라 람다 stf-T4-유사 DTF에 의한 파지미드 입자의 스크리닝을 도시한다. 도시된 모든 점은 WW13 아미노산 서열에 대해 위치 1 내지 90 범위의 아미노산 내에 위치된, DTF의 보편적인 삽입 부위를 의미한다. 상이한 혈청형을 포괄한 96종의 상이한 야생형 이. 콜라이 균주의 컬렉션을 람다-기반 파지미드로 형질도입시켰고, Cm LB 한천 상에 도말하였다 (명칭은 상부에 표시).
도 11 은 전달 효율을 정량하기 위한 도트 채점 체계를 도시한다. 밀도 0: 5 이하의 콜로니; 밀도 1: 5개 초과 콜로니, 그러나 분명한 원형 액적을 한정하기에는 충분하지 않음; 밀도 2: 수개의 콜로니, 그러나 배경이 분명하게 보이고 일부 콜로니는 여전히 분리됨; 밀도 3: 많은 콜로니, 배경이 여전히 보이지만 콜로니들이 분리된 것으로 거의 식별가능하지 않음; 밀도 4: 스폿이 거의 완전히가 조밀하고, 배경은 액적의 일부 부분에서만 희미하게 볼 수 있음; 밀도 5: 스폿이 완전히 조밀하게 보이고, 배경은 볼수 없음.
도 12 는 ECOR 컬렉션의 40종 인간 균주에서 키메라 stf에 의한 전달 입자의 미가공 도트 적정을 도시한다. 각 패널 아래는 키메라 stf의 명칭이다. 각 도트의 위에, 1-2 글자 코드를 사용하여 도 13의 균주를 식별하였다.
도 13 은 도 12의 막대-형식 전달 데이터를 나타낸다. 0 (비진입, 회색 배경) 부터 5 (최대 전달). 막대 길이는 1 (최단 막대) 내지 5 (최장 막대)의 진입 점수에 비례한다.
본 명세서는 바람직한 표적 숙주 범위를 갖는 합성 박테리아 전달 비히클을 조작하기 위한 신규한 접근법을 개시한다. 합성 박테리아 전달 비히클은 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)을 특징으로 하며, 여기서 키메라 RBP는 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지 유래의 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함한다. 람다-유사 RBP의 유의한 부분, 예컨대 stf 단백질은 상이한 RBP의 부분으로 교환될 수 있다는 것이 본 명세서에서 입증되었다. 게다가, 수용체 결합 단백질의 특이적 융합 위치는 기능성 키메라 RBP를 수득할 수 있게 하는 것이 동정되었다.
본 명세서에서 사용되는, 수용체 결합 단백질 또는 RBP는 박테리아 외부 엔벨로프, 예컨대, 제한없이, 박테리아 외막, LPS, 캡슐, 단백질 수용체, 채널, 구조 예컨대 편모, 선모, 분비 시스템 상에 위치하는 기질을 인식하고, 임의로 이에 결합하고/하거나, 변형시키거나 또는 분해시키는 폴리펩티드이다. 기질은 제한없이 임의의 탄수화물 또는 변형된 탄수화물, 임의의 지질 또는 변형된 지질, 임의의 단백질 또는 변형된 단백질, 임의의 아미노산 서열, 및 이의 임의 조합일 수 있다. 본 명세서에서 사용되는, 람다-유사 박테리오파지는 상기 박테리오파지에 의해 코딩되는 다른 아미노산 서열과 독립적으로, SEQ ID NO: 1의 람다 박테리오파지 stf 서열에 대해서 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위의 3개 아미노산 영역 중 하나 이상에서, 45개 이상의 아미노산에 대해 대략 35% 동일성, 30개 이상의 아미노산에 대해 대략 50% 동일성, 또는 18개 이상의 아미노산에 대해 대략 90% 동일성의 아미노산 서열 상동성을 갖는 RBP를 코딩하는 임의의 박테리오파지를 의미한다.
본 개시는 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)을 개시하고, 여기서 키메라 RBP는 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지 유래 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 박테리오파지 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함한다. 키메라 RBP가 유래되는, 이러한 박테리오파지 RBP는 예를 들어, "L-형상 섬유", "측면 꼬리 섬유 (stf)", "긴 꼬리 섬유", 또는 "꼬리스파이크"를 포함한다. 본 명세서에서 개시되는 바와 같이, 람다-유사 박테리오파지 수용체 결합 단백질 (RBP), 예컨대 stf 단백질의 유의한 부분이 상이한 RBP의 부분으로 교환될 수 있다는 것을 입증하였다. 게다가, RBP 내 특이적 융합 위치는 기능성 키메라 RBP를 수득할 수 있게 하는 것이 동정되었다. 이러한 키메라 RBP는 변경된 숙주 범위 및/또는 생물학적 활성 예컨대, 예를 들어, 해중합효소 활성을 갖는 것을 포함한다.
키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)은 키메라 RBP가 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지로부터 유래된 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 것이고, RBP의 상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 또는 람다 stf 서열에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상과 상동성을 갖는 RBP의 유사 영역에서 상이한 RBP의 상기 C-말단 도메인에 융합된다. 본 발명의 일 특정 양태에서, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)의 상이한 RBP는 임의의 박테리오파지 또는 임의의 박테리오신으로부터 유래된다.
일 특정 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 람다 박테리오파지 유래 RBP, 또는 상이한 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상과의 상동성을 함유한다. 일정 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 람다 박테리오파지, 또는 상이한 RBP, 및 하나 이상의 아미노산 영역 간 상동성은 45개 이상의 아미노산에 대해 대략 35% 동일성, 30개 이상의 아미노산에 대해 대략 50% 동일성, 및 18개 이상의 아미노산에 대해 대략 90% 동일성이다. 상동성의 결정은 정렬 도구 예컨대 스미스-워터만 (Smith-Waterman) 알고리즘 (Smith et al., 1981, J. Mol. Biol 147:195-197) 또는 EMBOSS Matcher (Rice, Longden, Bleasby 2000 EMBOSS Trends in Genetics 16: 276-277)를 사용해 수행할 수 있다. 본 발명의 일 양태에서, 키메라 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 위치 80-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 키메라 RBP의 C-말단 도메인에 융합된 키메라 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다. 본 발명의 다른 구현예에서, 키메라 RBP는 아미노산 SAGDAS (SEQ ID NO: 178), ADAKKS (SEQ ID NO: 179), MDETNR (SEQ ID NO: 180), SASAAA (SEQ ID NO: 181), 및 GAGENS (SEQ ID NO: 182)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 삽입 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 삽입 부위에서 3개 아미노산 영역 중 하나 내에서 융합되는 N-말단 도메인 및 C-말단 도메인을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 발명은 키메라 RBP를 제공한다. SEQ ID NO: 2-61, 123-153, 192, 194-221, 256, 및 258은 이러한 키메라 RBP, 및 또한, 일부 예에서, 그들의 상응하는 천연 샤페론 단백질 ("AP"로 표시)의 아미노산 서열을 개시한다. 이러한 AP 단백질은 키메라 RBP의 폴딩을 보조한다. 특정 구현예에서, RBP는 SEQ ID NO: 2, 4, 7 ,9, 12, 15, 17, 20, 23, 24, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 42, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148, 151, 192, 194, 195, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 211, 214, 216, 218 또는 220의 아미노산 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시는 또한 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 비롯하여, 상응하는 AP 단백질을 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62-120, 122, 154-177, 222-249, 255 및 257로 표시된다. 특정 구현예에서, 키메라 RBP를 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62, 64, 67, 69, 72, 75, 77, 80, 83, 84, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 102, 104, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 116, 119, 154, 155, 156, 159, 162, 163, 166, 169, 172, 175, 222, 224, 227, 229, 231, 233, 235, 237, 240, 243, 245, 247 또는 249의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
본 발명의 일 특정 비제한적 양태에서, 해중합효소 활성을 코딩하기 위한 키메라 RBP의 조작이 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 포함하는 제공된 박테리아 전달 비히클의 전달 효율을 극적으로 증가시킬 수 있다는 것을 입증하였다. 본 발명의 일 구현예에서, 키메라 RBP의 상이한 RBP 도메인은 캡슐형 박테리아 균주에 대해 해중합효소 활성을 포함한다. 특정 구현예에서, 해중합효소는 엔도시알리다제 예컨대, 예를 들어, K1F 또는 K5 엔도시알리다제이다.
본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 핵산 분자가 제공된다. 이러한 핵산은 벡터 예컨대 박테리오파지, 플라스미드, 파지미드, 바이러스, 및 핵산을 코딩하는 키메라 RBP를 전달 및 발현할 수 있는 다른 비히클에 포함될 수 있다.
박테리아 전달 비히클은 바람직한 표적 박테리아 숙주 세포로, 관심 단백질 또는 핵산을 코딩하는, 핵산 페이로드의 전달을 가능하게 하는 것이 제공된다. 이러한 박테리아 전달 비히클은 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지 유래 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 키메라 RBP를 갖는 것을 특징으로 한다. 본 발명의 일 구현예에서, 박테리아 전달 비히클은 람다-유사 박테리오파지, 또는 람다 박테리오파지로부터 유래된 RBP의 N-말단 도메인, 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하는 키메라 RBP를 함유하고, 여기서 키메라 RBP의 상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 도메인 RBP의 위치 1-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 상기 상이한 RBP의 C-말단 도메인에 융합된다. 일 양태에서, 람다-유사 박테리오파지, 람다 박테리오파지 유래 RBP, 및 상이한 RBP는 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상에 상동성을 함유한다. 일정 양태에서, 상동성은 람다 박테리오파지 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460, 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상 내에서 45개 이상의 아미노산에 대해 대략 35% 동일성, 30개 이상의 아미노산에 대해 대략 50% 동일성, 또는 18개 이상의 아미노산에 대해 대략 90% 동일성이다. 본 발명의 일 특정 양태에서, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)의 상이한 RBP 도메인은 박테리오파지 또는 박테리오신으로부터 유래된다. 본 발명의 일 양태에서, 키메라 RBP는 람다 stf 서열 (SEQ ID NO: 1)에 대해서 RBP의 80-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 RBP의 C-말단 도메인에 융합되는 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다. 본 발명의 다른 구현예에서, 키메라 RBP는 아미노산 SAGDAS (SEQ ID NO: 178), ADAKKS (SEQ ID NO: 179), MDETNR (SEQ ID NO: 180), SASAAA (SEQ ID NO: 181), 및 GAGENS (SEQ ID NO: 182)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 N-말단 RBP의 부위 내에서 융합된 RBP의 C-말단 도메인 및 RBP의 N-말단 도메인을 포함한다.
특정 구현예에서, 본 개시는 키메라 RBP를 포함하는 박테리아 전달 비히클을 제공한다. SEQ ID NO: 2-153, 192, 194-221, 256, 및 258은 이러한 키메라 RBP, 및 또한, 일부 예에서, 그들의 상응하는 천연 샤페론 단백질 ("AP"로 표시)의 아미노산 서열을 개시한다. 이러한 AP 단백질은 키메라 RBP의 폴딩을 보조한다. 특정 구현예에서, RBP는 SEQ ID NO: 2, 4, 7 ,9, 12, 15, 17, 20, 23, 24, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 42, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148, 151, 192, 194, 195, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 211, 214, 216, 218 또는 220의 아미노산 서열을 포함한다.
일 양태에서, 본 개시는 또한 본 명세서에 개시된 키메라 RBP를 코딩하는 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 특정 구현예에서, 이러한 키메라 RBP를 비롯하여, 상응하는 AP 단백질을 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62-120, 122 및 154-177에 표시된다. 특정 구현예에서, 키메라 RBP를 코딩하는 핵산은 SEQ ID NO: 62, 64, 67, 69, 72, 75, 77, 80, 83, 84, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 102, 104, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 116, 119, 154, 155, 156, 159, 162, 163, 166, 169, 172, 175, 222, 223, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 239, 242, 244, 246 또는 248의 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
다른 특정 구현예에서 본 명세서에 개시된 박테리아 전달 비히클의 전달 효율을 증가시키기 위해서 키메라의 상이한 RBP 도메인은 캡슐형 박테리아 균주에 대해 해중합효소 활성을 갖는 도메인을 포함한다. 특정 구현예에서, 해중합효소는 엔도시알리다제, 예컨대 예를 들어, K1F 또는 K5 엔도시알리다제이다.
본 명세서에 제공되는 박테리아 전달 비히클은 바람직한 표적 박테리아 숙주 세포로, 관심 단백질 또는 핵산을 코딩하는, 핵산 페이로드의 전달을 가능하게 한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 "전달 비히클"은 박테리아로 페이로드의 전달을 가능하게 하는 임의 수단을 의미한다. 제한없이, 박테리오파지 스캐폴드, 바이러스 스캐폴드, 화학 기반 전달 비히클 (예를 들어, 시클로덱스트린, 칼슘 포스페이트, 양이온성 중합체, 양이온성 리포솜), 단백질-기반 또는 펩티드-기반 전달 비히클, 지질-기반 전달 비히클, 나노입자-기반 전달 비히클, 비화학-기반 전달 비히클 (예를 들어, 형질전환, 전기천공, 초음파천공, 광학 형질감염), 입자-기반 전달 비히클 (예를 들어, 유전자 총, 마그네토펙션, 임팔러펙션, 입자 충돌, 세포-침투성 펩티드) 또는 도너 박테리아 (접합)를 포함하여 본 발명에 의해 포괄되는 몇개 유형의 전달 비히클이 존재한다.
전달 비히클의 임의 조합이 또한 본 발명에 의해 포괄된다. 전달 비히클은 박테리오파지 유래된 스캐폴드를 의미할 수 있고, 천연, 진화, 또는 조작 캡시드로부터 수득될 수 있다. 일정 구현예에서, 전달 비히클은 박테리아가 그들 스스로 환경으로부터 페이로드를 흡수하는데 천연적으로 적격하므로 페이로드이다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "페이로드"는 전달 비히클로 박테리아에 전달되는 임의의 하나 이상의 핵산 서열 및/또는 아미노산 서열, 또는 둘 모두의 조합 (예컨대, 제한없이, 펩티드 핵산 또는 펩티드-올리고뉴클레오티드 접합체)을 의미한다. 용어 "페이로드"는 또한 플라스미드, 벡터, 또는 카고를 의미할 수 있다. 페이로드는 파지미드일 수 있거나 또는 천연, 진화 또는 조작된 박테리오파지 게놈으로부터 수득된 파지미드일 수 있다. 페이로드는 또한 파지미드 또는 천연, 진화 또는 조작된 박테리오파지 게놈으로부터 수득된 파지미드의 일부로만 구성될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "핵산"은 단일-가닥일 수 있거나 또는 이중-가닥일 수 있거나 또는 단일 가닥 및 이중 가닥 서열 둘 모두의 일부분을 함유하는 함께 공유 연결된 적어도 2종의 뉴클레오티드의 서열을 의미한다. 본 발명의 핵산은 천연 생성, 재조합 또는 합성일 수 있다. 핵산은 원형 서열 또는 선형 서열의 형태 또는 두 형태의 조합일 수 있다. 핵산은 DNA, 게놈 또는 cDNA, 또는 RNA 또는 둘 모두의 조합일 수 있다. 핵산은 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드의 임의 조합, 및 우라실, 아데닌, 티민, 시토신, 구아닌, 이노신, 잔타닌, 히포잔타닌, 이소시토신, 5-히드록시메틸시토신 및 이소구아닌을 포함한, 염기의 임의 조합을 함유할 수 있다. 본 발명에서 사용될 수 있는 변형된 염기의 다른 예는 [Chemical Reviews 2016, 116 (20) 12655-12687]에 상술되어 있다. 용어 "핵산"은 또한 제한없이, 포스포르아미드, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, O-메틸포스포로아미다이트 연결 및/또는 데옥시리보뉴클레오티드 및 리보뉴클레오티드 핵산을 포함한 다른 골격을 함유할 수 있는 임의의 핵산 유사체를 포괄한다. 핵산의 상기 특성의 임의 조합이 또한 본 발명에 포괄된다.
상동성 또는 동일성을 정의할 때 본 문서에서 "대략"은 수치의 +/- 10%, 바람직하게 수치의 +/- 5%를 의미한다. 다음으로 대략 100은 90 내지 110, 바람직하게 95 내지 105를 의미한다.
당분야에 공지된 복제 기원은 종-특이적 플라스미드 DNA (예를 들어, CoIE1, Rl, pT181, pSC101, pMB1, R6K, RK2, p15a 등), 박테리아 바이러스 (예를 들어, 예를 들어, φ174, M13, F1 및 P4), 및 박테리아 염색체 복제 기원 (예를 들어, oriC)으로부터 동정된다. 일 구현예에서, 본 개시에 따른 파지미드는 표적화된 박테리아에서 기능성인 박테리아 복제 기원을 포함한다.
대안적으로, 본 개시에 따른 플라스미드는 임의의 기능성 박테리아 복제 기원을 포함하지 않거나 또는 표적화된 박테리아에서 불활성인 복제 기원을 함유한다. 따라서, 본 개시의 플라스미드는 박테리아 바이러스 입자에 의해 박테리아로 도입되면 그 자체로 복제할 수 없다.
일 구현예에서, 플라스미드에 패키지되는 복제 기원은 표적화된 박테리아에서 불활성인데, 이러한 복제 기원은 박테리아 바이러스 입자에 의해 표적화되는 박테리아에서 기능성이 아니므로, 원치않는 플라스미드 복제를 방지한다는 것을 의미한다.
일 구현예에서, 플라스미드는 박테리아 바이러스 입자의 생산을 위해 사용되는 박테리아에서 기능성인 박테리아 복제 기원을 포함한다.
플라스미드 복제는 숙주 효소 및 플라스미드-제어된 시스 및 트랜스 결정자에 의존적이다. 예를 들어, 일부 플라스미드는 복제 개시 및 조절 동안 거의 모든 그람-음성 박테리아에서 인식되고 각 숙주에서 올바르게 작용하는 결정자를 갖는다. 다른 플라스미드는 오직 일부 박테리아에서만 이러한 능력을 보유한다 (Kues, U and Stahl, U 1989 Microbiol Rev 53:491-516).
플라스미드는 복제 기원에서 출발하는 3개의 일반 기전, 즉 세타 유형, 가닥 치환, 및 롤링 써클에 의해 복제된다 ([Del Solar et al. 1998 Microhio and Molec Biol. Rev 62:434-464]에서 고찰). 이들 복제 기원은 플라스미드 및/또는 숙주 코딩된 단백질의 상호작용에 필요한 부위를 함유한다.
본 개시의 플라스미드에서 사용되는 복제 기원은 중간 카피수인 것, 예컨대 pBR322 (세포 당 15-20 카피수) 또는 R6K 플라스미드 (세포 당 15-20 카피수)로부터의 colE1 ori일 수 있거나, 또는 높은 카피수인 것, 예를 들어, pUC oris (세포 당 500-700 카피수), pGEM oris (세포 당 300-400 카피수), pTZ oris (세포 당 >1000 카피수) 또는 pBluescript oris (세포 당 300-500 카피수)일 수 있다.
일 구현예에서, 박테리아 복제 기원은 ColE1, pMB1 및 변이체 (pBR322, pET, pUC 등), p15a, ColA, ColE2, pOSAK, pSC101, R6K, IncW (pSa 등), IncFII, pT181, P1, F IncP, IncC, IncJ, IncN, IncP1, IncP4, IncQ, IncH11, RSF1010, CloDF13, NTP16, R1, f5, pPS10, pC194, pE194, BBR1, pBC1, pEP2, pWVO1, pLF1311, pAP1, pWKS1, pLS1, pLS11, pUB6060, pJD4, pIJ101, pSN22, pAM베타1, pIP501, pIP407, ZM6100(Sa), pCU1, RA3, pMOL98, RK2/RP4/RP1/R68, pB10, R300B, pRO1614, pRO1600, pECB2, pCM1, pFA3, RepFIA, RepFIB, RepFIC, pYVE439-80, R387, phasyl, RA1, TF-FC2, pMV158 및 pUB113으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
보다 바람직하게, 박테리아 복제 기원은 ColE1, pMB1 및 변이체 (pBR322, pET, pUC 등), p15a, ColA, ColE2, pOSAK, pSC101, R6K, IncW (pSa 등), IncFII, pT181, P1, F IncP, IncC, IncJ, IncN, IncP1, IncP4, IncQ, IncH11, RSF1010, CloDF13, NTP16, R1, f5 및 pPS10으로 이루어진 군에서 선택되는 이. 콜라이 복제 기원이다.
보다 바람직하게, 박테리아 복제 기원은 pC194, pE194, BBR1, pBC1, pEP2, pWVO1, pLF1311, pAP1, pWKS1, pLS1, pLS11, pUB6060, pJD4, pIJ101, pSN22, pAMbeta1, pIP501, pIP407, ZM6100(Sa), pCU1, RA3, pMOL98, RK2/RP4/RP1/R68, pB10, R300B, pRO1614, pRO1600, pECB2, pCM1, pFA3, RepFIA, RepFIB, RepFIC, pYVE439-80, R387, phasyl, RA1, TF-FC2, pMV158 및 pUB113으로 이루어진 군에서 선택된다.
보다 더 바람직하게, 박테리아 복제 기원은 ColE1이다.
본 개시에 따라 전달된 핵산 서열은 완전한 파지 게놈의 상보성으로, 상이한 캡시드로 이후 캡슐화를 위해 전달된 핵산 서열의 복제를 개시할 수 있는 파지 복제 기원을 포함할 수 있다.
본 개시의 전달된 핵산 서열에 포함되는 파지 복제 기원은 파지에 존재하는 임의의 복제 기원일 수 있다.
바람직하게, 파지 복제 기원은 M13, f1, φX174, P4, 람다, P2, 람다-유사, HK022, mEP237, HK97, HK629, HK630, mEP043, mEP213, mEP234, mEP390, mEP460, mEPx1, mEPx2, phi80, mEP234, T2, T4, T5, T7, RB49, phiX174, R17, PRD1 P1-유사, P2-유사, P22, P22-유사, N15 및 N15-유사 박테리오파지의 야생형 또는 비-야생형 서열일 수 있다.
보다 바람직하게, 파지 복제 기원은 M13, f1, φX174, P4, 및 람다의 파지 복제 기원으로 이루어진 군에서 선택된다.
특정 구현예에서, 파지 복제 기원은 람다 또는 P4의 복제 기원이다.
전달된 관심 핵산은 프로모터의 제어 하에 있는 핵산 서열을 포함한다. 본 발명의 일정 구현예에서, 관심 핵산은 Cas 뉴클레아제 유전자, Cas9 뉴클레아제 유전자, 가이드 RNA, CRISPR 유전자좌, 독소 유전자, 효소 예컨대 뉴클레아제 또는 키나제, TALEN, ZFN, 메가뉴클레아제, 리콤비나제, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질을 발현하는 유전자, 항생제 또는 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자, 독성 단백질 또는 독성 인자를 발현하는 유전자, 및 병독성 단백질 또는 병독성 인자를 발현하는 유전자, 또는 임의의 그들 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 본 발명의 일 구현예에서, 핵산 페이로드는 치료 단백질을 코딩한다. 다른 구현예에서, 핵산 페이로드는 안티-센스 핵산 분자를 코딩한다. 일부 구현예에서, 핵산 페이로드는 2개의 관심 핵산을 코딩하며, 하나는 뉴클레아제 유전자, 예를 들어 Cas 뉴클레아제 유전자이고, 하나는 임의의 다른 관심 핵산이다.
일 구현예에서, 관심 서열은 표적화된 박테리아에 전달하려는 프로그램가능한 뉴클레아제 회로이다. 이러한 프로그램가능한 뉴클레아제 회로는 관심 표적 유전자 (예를 들어, 인간에 유해한 유전자)를 함유하는 박테리아의 생체내 서열-특이적 제거를 매개할 수 있다. 본 개시의 일부 구현예는 스트렙토코커스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes)의 II형 CRISPR-Cas (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-CRISPR-associated) 시스템의 조작된 변이체에 관한 것이다. 사용할 수 있는 다른 프로그램가능한 뉴클레아제는 다른 CRISPR-Cas 시스템, 조작된 TALEN (Transcription Activator-Like Effector Nuclease) 변이체, 조작된 아연 핑거 뉴클레아제 (ZFN) 변이체, 천연, 진화 또는 조작된 메가뉴클레아제 또는 리콤비나제 변이체, 및 프로그램가능한 뉴클레아제의 임의 조합 또는 하이브리드를 포함한다. 따라서, 본 명세서에서 제공된 조작된 자체적으로 분포된 뉴클레아제 회로는 관심 유전자 예컨대, 예를 들어, 독소 유전자, 병독성 인자 유전자, 항생제 내성 유전자, 리모델링 유전자 또는 조절성 유전자 (cf. WO2014124226)를 코딩하는 DNA를 선택적으로 절단시키는데 사용될 수 있다.
바람직하게 프로그램가능한, 다른 관심 서열을 전달된 핵산 서열에 첨가하여서 표적화된 박테리아에 전달할 수 있다. 바람직하게, 전달된 핵산 서열에 첨가된 관심 서열은 표적화된 박테리아의 세포 사멸을 초래한다. 예를 들어, 플라스미드에 첨가된 관심 핵산 서열은 홀린 또는 독소를 코딩할 수 있다.
대안적으로, 전달된 핵산 서열에 첨가된 관심 회로의 서열은 박테리아 사멸을 초래하지 않는다. 예를 들어, 관심 서열은 발광 또는 형광 신호를 일으키는 리포터 유전자를 코딩할 수 있다. 대안적으로, 관심 서열은 유용한 기능 예컨대 박테리아의 물질대사 또는 그 환경 조성의 변형을 달성하는 단백질 및 효소를 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 관심 핵산 서열은 Cas9, 단일 가이드 RNA (sgRNA), CRISPR 유전자좌, 효소 예컨대 뉴클레아제 또는 키나제, TALEN, ZFN, 메가뉴클레아제, 리콤비나제, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질, 항생제 또는 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자, 독성 단백질 또는 독성 인자를 발현하는 유전자 및 병독성 단백질 또는 병독성 인자를 발현하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된다.
특정 구현예에서, 본 개시에 따라 전달되는 핵산 서열은 다른 박테리아를 사멸시키거나 또는 그 성장을 억제시키기 위해 박테리아가 생산하는 단백질성 독소일 수 있는, 박테리오신을 코딩하는 관심 핵산 서열을 포함한다. 박테리오신은 생산 균주, 공통 내성 기전, 및 사멸 기전을 포함하여, 몇가지 방식으로 분류된다. 이러한 박테리오신은 그람 음성 박테리아 (예를 들어, 미크로신, 콜리신-유사 박테리오신 및 테일로신) 및 그람 양성 박테리아 (예를 들어, 클래스 I, 클래스 II, 클래스 III 또는 클래스 IV 박테리오신)로부터 설명되었다.
일 구현예에서, 본 개시에 따라 전달된 핵산 서열은 미크로신, 콜리신-유사박테리오신, 테일로신, 클래스 I, 클래스 II, 클래스 III 및 클래스 IV 박테리오신으로 이루어진 군에서 선택되는 독소를 코딩하는 관심 서열을 더 포함한다.
특정 구현예에서, 상응하는 면역 폴리펩티드 (즉, 항-독소)는 전달된 핵산 서열 생산 및 캡슐화 목적을 위해서 박테리아 세포를 보호하는데 사용될 수 있지만 (Cotter et al., Nature Reviews Microbiology 11: 95, 2013), 본 개시의 전달된 핵산 서열이 전달되는 표적화된 박테리아 및 약학 조성물에는 부재한다.
본 개시의 일 양태에서, CRISPR 시스템은 전달된 핵산 서열에 포함된다. CRISPR 시스템은 2종의 별개 구성요소, 즉, i) 엔도뉴클레아제, 이 경우에는 CRISPR 연관 뉴클레아제 (Cas 또는 "CRISPR 연관 단백질") 및 ii) 가이드 RNA를 함유한다. 가이드 RNA는 CRISPR (RNAcr) 박테리아 RNA 및 RNAtracr (trans-activating RNA CRISPR)의 조합 (Jinek et al., Science 2012)으로 이루어지는 키메라 RNA의 형태이다. 가이드 RNA는 Cas 단백질에 대한 가이드로서 제공되는 "스페이싱 서열"에 상응하는 RNAcr의 표적화 특이성, 및 단일 전사물 내 RNAtracr의 입체형태 성질을 조합한다. 가이드 RNA 및 Cas 단백질이 세포에서 동시에 발현될 때, 표적 게놈 서열은 영구적으로 변형될 수 있거나 또는 중단될 수 있다. 변형은 유리하게 복구 매트릭스에 의해 가이드된다. 일반적으로, CRISPR 시스템은 뉴클레아제 작용 기전에 의존하여 2종의 주요 클래스를 포함한다. 클래스 1은 복수-서브유닛 이펙터 복합체로 만들어지고 I형, III형, 및 IV형을 포함한다. 클래스 2는 Cas9 뉴클레아제 처럼, 단일-유닛 이펙터 모듈로 만들어지고, II형 (II-A,II-B,II-C,II-C 변이체), V (V-A,V-B,V-C,V-D,V-E,V-U1,V-U2,V-U3,V-U4,V-U5) 및 VI형 (VI-A,VI-B1,VI-B2,VI-C,VI-D)을 포함한다.
본 개시에 따른 관심 서열은 Cas 단백질을 코딩하는 핵산 서열을 포함한다. 다양한 CRISPR 효소가 플라스미드에서 관심 서열로서 사용을 위해 이용가능하다. 일정 구현예에서, CRISPR 효소는 II형 CRISPR 효소이다. 일정 구현예에서, CRISPR 효소는 DNA 절단을 촉매한다. 일부 다른 구현예에서, CRISPR 효소는 RNA 절단을 촉매한다. 일 구현예에서, CRISPR 효소는 sgRNA에 커플링될 수 있다. 일정 구현예에서, sgRNA는 항생제 내성 유전자, 병독성 단백질 또는 인자 유전자, 독소 단백질 또는 인자 유전자, 박테리아 수용체 유전자, 막 단백질 유전자, 구조 단백질 유전자, 분비형 단백질 유전자 및 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자로 이루어진 군에서 선택된 유전자를 표적화한다.
복수-서브유닛 이펙터의 일부로서 또는 단일-유닛 이펙터로서 Cas 단백질의 비제한적인 예는 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9 (Csn1 및 Csx12로도 공지됨), Cas10, Cas11 (SS), Cas12a (Cpf1), Cas12b (C2c1), Cas12c (C2c3), Cas12d (CasY), Cas12e (CasX), C2c4, C2c8, C2c5, C2c10, C2c9, Cas13a (C2c2), Cas13b (C2c6), Cas13c (C2c7), Cas13d, Csa5, Csc1, Csc2, Cse1, Cse2, Csy1, Csy2, Csy3, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csn2, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx13, Csx1, Csx15, SdCpf1, CmtCpf1, TsCpf1, CmaCpf1, PcCpf1, ErCpf1, FbCpf1, UbcCpf1, AsCpf1, LbCpf1, 이의 상동체, 이의 오솔로그, 이의 변이체, 또는 이의 변형된 형태를 포함한다. 일정 구현예에서, CRISPR 효소는 PAM (Protospacer Adjacent Motif) 부위에서 표적 핵산의 양쪽 가닥을 절단한다.
특정 구현예에서, CRISPR 효소는 임의의 Cas9 단백질, 예를 들어, 임의의 천연-생성 박테리아 Cas9를 비롯하여, 이의 임의 변이체, 상동체, 또는 오솔로그이다.
"Cas9"란 즉, 가이드 RNA(들)와 상호작용할 수 있고, 표적 게놈의 DNA의 이중 가닥 절단을 수행할 수 있는 효소적 활성 (뉴클레아제)을 발휘할 수 있는, 단백질 Cas9 (Csn1 또는 Csx12라고도 함) 또는 이의 기능성 단백질, 펩티드, 또는 폴리펩티드 단편을 의미한다. 따라서, "Cas9"는 변형된 단백질을 의미할 수 있고, 예를 들어, 단백질의 사전정의된 기능에 필수적이지 않은 단백질의 도메인, 특히 gRNA(들)와 상호작용에 필수적이지 않은 도메인을 제거하기 위해 절두된 것을 의미할 수 있다.
본 개시의 문맥에서 사용되는 바와 같은 Cas9 (전체 단백질 또는 이의 단편)를 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas9 단백질로부터 수득될 수 있다 (Fonfara et al., Nucleic Acids Res 42 (4), 2014; Koonin et al., Nat Rev Microbiol 15(3), 2017). 본 개시에서 유용한 Cas9 단백질의 예는 스트렙토코커스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes) (SpCas9), 스트렙토코커스 써모필러스 (Streptococcus thermophiles) (St1Cas9, St3Cas9), 스트렙토코커스 뮤탄스 (Streptococcus mutans), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus) (SaCas9), 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni) (CjCas9), 프란시셀라 노비시다 (Francisella novicida) (FnCas9) 및 네이세리아 메닌지티데스 (Neisseria meningitides) (NmCas9)의 Cas9 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본 개시의 문맥에서 사용되는 바와 같은 Cpf1 (Cas12a) (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cpf1 (Cas12a) 단백질로부터 수득될 수 있다 (Koonin et al., 2017). 본 개시에서 유용한 Cpf1(Cas12a) 단백질의 예는 악시다미노코커스 (Acidaminococcus) sp, 라크노스피라세아에 박테리우 (Lachnospiraceae bacteriu) 및 프란시셀라 노비시다 (Francisella novicida)의 Cpf1(Cas12a) 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
Cas13a (전체 단백질 또는 이의 단편)을 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas13a (C2c2) 단백질로부터 수득될 수 있다 (Abudayyeh et al., 2017). 본 개시에서 유용한 Cas13a (C2c2) 단백질의 예는 렙토트리키아 웨이데이 (Leptotrichia wadei)의 Cas13a (C2c2) 단백질 (LwaCas13a)을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
Cas13d (전체 단백질 또는 이의 단편)를 코딩하는 서열은 임의의 기지 Cas13d 단백질로부터 수득될 수 있다 (Yan et al., 2018). 본 개시에서 유용한 Cas13d 단백질의 예는 유박테리움 시라에움 (Eubacterium siraeum) 및 루미노코커스 (Ruminococcus) sp 의 Cas13d 단백질을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
특정 구현예에서, 관심 핵산 서열은 항생제 내성 유전자, 병독성 인자 또는 단백질 유전자, 독소 인자 또는 단백질 유전자, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질을 발현하는 유전자, 및 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자로 이루어진 군에서 선택되는 유전자의 불활성화 또는 유전자 발현의 감소를 위한 CRISPR/Cas9 시스템이다.
일 구현예에서, CRISPR 시스템은 병독성 인자를 표적화하고 불활성화시키는데 사용된다. 병독성 인자는 숙주에게 가해진 손상 정도를 증가시켜서 숙주-병원체 상호작용을 변경시키는 병원체에 의해 생산된 임의 물질일 수 있다. 병독성 인자는 숙주의 면역 반응을 회피하거나, 숙주 세포로의 진입 및 그로부터의 배출을 촉진하거나, 숙주로부터 영양분을 수득하거나, 또는 숙주에서 다른 생리적 과정을 억제하기 위해서, 예를 들어, 세포 부착 또는 숙주 내 적소의 군락화를 포함하여, 많은 방식으로 병원체에 의해 사용된다. 병독성 인자는 효소, 내독소, 부착 인자, 운동 인자, 보체 회피에 관여되는 인자, 및 생물막 형성을 촉진하는 인자를 포함할 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 이. 콜라이 병독성 인자 유전자, 예컨대, 제한없이, EHEC-HlyA, Stx1 (VT1), Stx2 (VT2), Stx2a (VT2a), Stx2b (VT2b), Stx2c (VT2c), Stx2d (VT2d), Stx2e (VT2e) 및 Stx2f (VT2f), Stx2h (VT2h), fimA, fimF, fimH, neuC, kpsE, sfa, foc, iroN, aer, iha, papC, papGI, papGII, papGIII, hlyC, cnf1, hra, sat, ireA, usp, ompT, ibeA, malX, fyuA, irp2, traT, afaD, ipaH, eltB, estA, bfpA, eaeA, espA, aaiC, aatA, TEM, CTX, SHV, csgA, csgB, csgC, csgD, csgE, csgF, csgG, csgH, T1SS, T2SS, T3SS, T4SS, T5SS, T6SS (분비 시스템)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 시겔라 디센테리아에 (Shigella dysenteriae) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이 stx1 및 stx2일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 여시니아 페스티스 (Yersinia pestis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, yscF (플라스미드-유래 (pCDl) T3SS 외부 바늘 서브유닛)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 프란시셀라 툴라렌시스 (Francisella tularensis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, fslA일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, pag (탄저균 독소, 세포-결합 보호성 항원)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 비브리오 콜레라 (Vibrio cholera) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, ctxA 및 ctxB (콜레라 독소), tcpA (독소 공-조절 선모), 및 toxT (마스터 병독성 조절인자)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, 피오베르딘 (예를 들어, 시그마 인자 pvdS, 생합성 유전자 pvdL, pvdl, pvdJ, pvdH, pvdA, pvdF, pvdQ, pvdN, pvdM, pvdO, pvdP, 수송체 유전자 pvdE, pvdR, pvdT, opmQ), 시데로포어 피오켈린 (예를 들어, pchD, pchC, pchB, pchA, pchE, pchF 및 pchG, 및 독소 (예를 들어, exoU, exoS 및 exoT)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, fimA (부착, I형 핌브리아 주요 서브유닛), 및 cps (캡슐 다당류)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 아시네토박터 바우만니이 (Acinetobacter baumannii) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, ptk (캡슐 중합) 및 epsA (조립)일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 살모넬라 엔테리카 티피 (Salmonella enterica Typhi) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, MIA (침윤, SPI-1 조절인자), ssrB (SPI-2 조절인자), 및 유출 펌프 유전자 acrA, acrB 및 tolC를 포함한, 담즙 내성과 연관된 것들일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 푸소박테리움 뉴클레아텀 (Fusobacterium nucleatum) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, FadA 및 TIGIT일 수 있다. 예를 들어, 이러한 표적화된 병독성 인자 유전자는 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis) 병독성 인자 유전자 예컨대, 제한없이, bft일 수 있다.
다른 구현예에서, CRISPR/Cas9 시스템은 항생제 내성 유전자 예컨대, 제한없이, GyrB, ParE, ParY, AAC(1), AAC(2'), AAC(3), AAC(6'), ANT(2"), ANT(3"), ANT(4'), ANT(6), ANT(9), APH(2"), APH(3"), APH(3'), APH(4), APH(6), APH(7"), APH(9), ArmA, RmtA, RmtB, RmtC, Sgm, AER, BLA1, CTX-M, KPC, SHV, TEM, BlaB, CcrA, IMP, NDM, VIM, ACT, AmpC, CMY, LAT, PDC, OXA, β-락타마제, mecA, Omp36, OmpF, PIB, bla (blaI, blaR1) 및 mec (mecI, mecR1) 오페론, 클로람페니콜 아세틸트랜스퍼라제 (CAT), 클로람페니콜 포스포트랜스퍼라제, 에탐부톨-내성 아라비노실트랜스퍼라제 (EmbB), MupA, MupB, 통합 막 단백질 MprF, Cfr 23S rRNA 메틸트랜스퍼라제, 리팜핀 ADP-리보실트랜스퍼라제 (Arr), 리팜핀 글리코실트랜스퍼라제, 리팜핀 모노옥시게나제, 리팜핀 포스포트랜스퍼라제, DnaA, RbpA, RNA 중합효소의 리팜핀-내성 베타-서브유닛 (RpoB), Erm 23S rRNA 메틸트랜스퍼라제, Lsa, MsrA, Vga, VgaB, 스트렙토그라민 Vgb 리아제, Vat 아세틸트랜스퍼라제, 플루오로퀴놀론 아세틸트랜스퍼라제, 플루오로퀴놀론-내성 DNA 토포이소머라제, 플루오로퀴놀론-내성 GyrA, GyrB, ParC, 퀴놀론 내성 단백질 (Qnr), FomA, FomB, FosC, FosA, FosB, FosX, VanA, VanB, VanD, VanR, VanS, 린코사미드 뉴클레오티딜트랜스퍼라제 (Lin), EreA, EreB, GimA, Mgt, Ole, 마크롤리드 포스포트랜스퍼라제 (MPH), MefA, MefE, Mel, 스트렙토트리신 아세틸트랜스퍼라제 (sat), Sul1, Sul2, Sul3, 술폰아미드-내성 FolP, 테트라사이클린 불활성화 효소 TetX, TetA, TetB, TetC, Tet30, Tet31, TetM, TetO, TetQ, Tet32, Tet36, MacAB-TolC, MsbA, MsrA,VgaB, EmrD, EmrAB-TolC, NorB, GepA, MepA, AdeABC, AcrD, MexAB-OprM, mtrCDE, EmrE, adeR, acrR, baeSR, mexR, phoPQ, mtrR, 또는 종합 항생제 내성 데이터베이스 (Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD https://card.mcmaster.ca/)에 기술된 임의의 항생제 내성 유전자를 표적화하고 불활성화하는데 사용된다.
다른 구현예에서, CRISPR/Cas9 시스템은 박테리아 독소 유전자를 표적화하고 불활성화시키는데 사용된다. 박테리아 독소는 외독소 또는 내독소로서 분류될 수 있다. 외독소는 생성되어 활성적으로 분비되며; 내독소는 박테리아의 일부로 남는다. 박테리아 독소에 대한 반응은 중증 감염을 포함할 수 있고 패혈증을 초래할 수 있다. 이러한 독소는 예를 들어 보툴리늄 신경독소, 파상풍 독소, 스타필로코커스 독소, 디프테리아 독소, 탄저병 독소, 알파 독소, 백일해 독소, 시가 독소, 열-안정성 장독소 (이. 콜라이 ST), 콜리박틴, BFT (비. 프라질리스 (B. fragilis) 독소) 또는 Henkel 등 (Toxins from Bacteria in EXS. 2010; 100: 1-29)에 기술된 임의 독소일 수 있다.
본 명세서에 개시된 박테리아 전달 비히클에 의해 표적화된 박테리아는 포유동물 유기체에 존재하는 임의 박테리아일 수 있다. 일정 양태에서, 박테리아는 박테리아 세포와 전달 비히클에 의해 발현된 키메라 RBP의 상호작용을 통해 표적화된다. 이것은 미생물총 또는 마이크로바이옴의 임의의 편리공생, 상리공생, 또는 병원성 박테리아일 수 있다.
마이크로바이옴은 다양한 내생성 박테리아 종을 포함할 수 있고, 이들 중 임의 것은 본 개시에 따라 표적화될 수 있다. 일정 구현예에서, 표적화된 내생성 박테리아 세포의 속 및/또는 종은 박테리아 전달 비히클을 제조하는데 사용되는 박테리오파지 유형에 의존적일 수 있다. 예를 들어, 일부 박테리오파지는 박테리아의 특이적 숙주 종에 대해 향성을 나타내거나, 또는 우선적으로 그를 표적화할 수 있다. 다른 박테리오파지는 이러한 향성을 나타내지 않고 내생성 박테리아 세포의 다수의 상이한 속 및/또는 종을 표적화하는데 사용될 수 있다.
박테리아 세포의 예는 제한없이, 속 여시니아 (Yersinia) spp., 에스케리치아 (Escherichia) spp., 클렙시엘라 (Klebsiella) spp., 아시네토박터 (Acinetobacter) spp., 보르데텔라 (Bordetella) spp., 네이세리아 (Neisseria) spp., 애로모나스 (Aeromonas) spp., 프란시셀라 (Franciesella) spp., 코리네박테리움 (Corynebacterium) spp., 시트로박터 (Citrobacter) spp., 클라미디아 (Chlamydia) spp., 헤모필러스 (Hemophilus) spp., 브루셀라 (Brucella) spp., 마이코박테리움 (Mycobacterium) spp., 레지오넬라 (Legionella) spp., 로도코커스 (Rhodococcus) spp., 슈도모나스 (Pseudomonas) spp., 엘리코박터 (elicobacter) spp., 비브리오 (Vibrio) spp., 바실러스 (Bacillus) spp., 에리시펠로트릭스 (Erysipelothrix) spp., 살모넬라 (Salmonella) spp., 스트렙토마이세스 (Streptomyces) spp., 스트렙토코커스 (Streptococcus) spp., 스타필로코커스 (Staphylococcus) spp., 박테로이데스 (Bacteroides) spp., 프레보텔라 (Prevotella) spp., 클로스트리듐 (Clostridium) spp., 비피도박테리움 (Bifidobacterium) spp., 클로스트리듐 (Clostridium) spp., 브레비박테리움 (Brevibacterium) spp., 락토코커스 (Lactococcus) spp., 류코노스톡 (Leuconostoc) spp., 악티노바실러스 (Actinobacillus) spp., 셀노모나스 (Selnomonas) spp., 시겔라 (Shigella) spp., 자이모나스 (Zymonas) spp., 마이코플라스마 (Mycoplasma) spp., 트레포네마 (Treponema) spp., 류코노스톡 (Leuconostoc) spp., 코리네박테리움 (Corynebacterium) spp., 엔테로코커스 (Enterococcus) spp., 엔테로박터 (Enterobacter) spp., 파이로코커스 (Pyrococcus) spp., 세라티아 (Serratia) spp., 모르가넬라 (Morganella) spp., 파르비모나스 (Parvimonas) spp., 푸소박테리움 (Fusobacterium) spp., 악티노마이세스 (Actinomyces) spp., 포르피로모나스 (Porphyromonas) spp., 마이크로코커스 (Micrococcus) spp., 바르토넬라 (Bartonella) spp., 보렐리아 (Borrelia) spp., 브루셀리아 (Brucelia) spp., 캄필로박터 (Campylobacter) spp., 클라미도필리아 (Chlamydophilia) spp., 큐티박테리움 (Cutibacterium) spp., 프로피오니박테리움 (Propionibacterium) spp., 가르드네렐라 (Gardnerella) spp., 엘리키아 (Ehrlichia) spp., 해모필러스 (Haemophilus) spp., 렙토스피라 (Leptospira) spp., 리스테리아 (Listeria) spp., 마이코플라스마 (Mycoplasma) spp., 노카르디아 (Nocardia) spp., 리켓치아 (Rickettsia) spp., 우레아플라스마 (Ureaplasma) spp., 및 락토바실러스 (Lactobacillus) spp, 및 이의 혼합물의 박테리아 유래 세포를 포함한다.
따라서, 박테리아 전달 비히클은 본 개시에 따라서 관심 페이로드를 특이적으로 전달하기 위해서 전술한 속의 박테리아 중 임의의 하나 이상으로부터의 박테리아 세포를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
바람직하게, 표적화된 박테리아는 여시니아 spp., 에스케리치아 spp., 클렙시엘라 spp., 아시네토박터 spp., 슈도모나스 spp., 헬리코박터 spp., 비브리오 spp, 살모넬라 spp., 스트렙토코커스 spp., 스타필로코커스 spp., 박테로이데스 spp., 클로스트리듐 spp., 시겔라 spp., 엔테로코커스 spp., 엔테로박터 spp., 리스테리아 spp., 큐티박테리움 spp., 프로피오니박테리움 spp., 푸소박테리움 spp., 포르피로모나스 spp. 및 카르드네렐라 spp. 로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
일정 구현예에서, 본 개시의 박테리아 세포는 혐기성 박테리아 세포 (예를 들어, 성장에 산소를 요구하지 않는 세포)이다. 혐기성 박테리아 세포는 조건적 혐기성 세포 예컨대 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 슈와넬라 오네이덴시스 (Shewanella oneidensis), 가르드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis) 및 리스테리아 (Listeria)를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 혐기성 박테리아 세포는 또한 절대 혐기성 세포 예컨대, 예를 들어, 박테로이데스, 클로스트리듐, 큐티박테리움, 프로피오니박테리움, 푸소박테리움, 및 포르피로모나스 종을 포함한다. 인간에서, 혐기성 박테리아는 위장관에서 가장 일반적으로 존재한다. 일부 특정 구현예에서, 따라서 표적화된 박테리아는 위장관에서 가장 일반적으로 존재하는 박테리아이다. 박테리아 바이러스 입자의 제조에 사용된 박테리오파지, 및 다음으로 박테리아 바이러스 입자는 플라스미드를 특이적으로 전달하기 위해 당업자에게 공지된 그들의 특이적 스펙트럼에 따라 혐기성 박테리아 세포를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
일정 구현예에서, 표적화된 박테리아 세포는 제한없이, 박테로이데스 세타이오타오미크론 (Bacteroides thetaiotaomicron), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 박테로이데스 디스타소니스 (Bacteroides distasonis), 박테로이데스 불가투스 (Bacteroides vulgatus), 클로스트리듐 렙툼 (Clostridium leptum), 클로스트리듐 코코이데스 (Clostridium coccoides), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 바실러스 서브틸리스 (Bacillus subtilis), 클로스트리듐 부티리컴 (Clostridium butyricum), 브레비박테리움 락토페르멘툼 (Brevibacterium lactofermentum), 스트렙토코커스 아갈락티아에 (Streptococcus agalactiae), 락토코커스 락티스 (Lactococcus lactis), 류코노스톡 락티스 (Leuconostoc lactis), 악티노바실러스 악티노비세템코미탄스 (Actinobacillus actinobycetemcomitans), 시아노박테리아 (cyanobacteria), 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 헬리코박터 필로리 (Helicobacter pylori), 셀노모나스 루미나티움 (Selnomonas ruminatium), 시겔라 손네이 (Shigella sonnei), 자이모모나스 모빌리스 (Zymomonas mobilis), 마이코플라스마 마이코이데스 (Mycoplasma mycoides), 트레포네마 덴티콜라 (Treponema denticola), 바실러스 투린지엔시스 (Bacillus thuringiensis), 스타필로코커스 루그두넨시스 (Staphilococcus lugdunensis), 류코노스톡 오에노스 (Leuconostoc oenos), 코리네박테리움 제로시스 (Corynebacterium xerosis), 락토바실러스 플란타럼 (Lactobacillus plantarum), 락토바실러스 람노서스 (Lactobacillus rhamnosus), 락토바실러스 카세이 (Lactobacillus casei), 락토바실러스 악시도필러스 (Lactobacillus acidophilus), 엔테로코커스 파에칼리스 (Enterococcus faecalis), 바실러스 코아굴란스 (Bacillus coagulans), 바실러스 세레우스 (Bacillus cereus), 바실러스 포필라에 (Bacillus popillae), 시네코시스티스 (Synechocystis) 균주 PCC6803, 바실러스 리케파시엔스 (Bacillus liquefaciens), 피로코커스 아비시 (Pyrococcus abyssi), 셀레노모나스 노미난티움 (Selenomonas nominantium), 락토바실러스 힐가르디이 (Lactobacillus hilgardii), 스트렙토코커스 페루스 (Streptococcus ferus), 락토바실러스 펜토서스 (Lactobacillus pentosus), 박테로이데스 프라질리스 (Bacteroides fragilis), 스타필로코커스 에피더미디스 (Staphylococcus epidermidis), 스트렙토마이세스 파에크로모게네스 (Streptomyces phaechromogenes), 스트렙토마이세스 가나에니스 (Streptomyces ghanaenis), 크렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 엔테로박터 애로게네스 (Enterobacter aerogenes), 세라티아 마르세센스 ((Serratia marcescens), 모르가넬라 모르가니이 (Morganella morganii), 시트로박터 프룬디이 (Citrobacter freundii), 프로피오니박테리움 프루덴레이키이 (Propionibacterium freudenreichii), 슈도모나스 애리구노사 (Pseudomonas aerigunosa), 파르비모나스 미크라 (Parvimonas micra), 프레보텔라 인테르메디아 (Prevotella intermedia), 푸소박테리움 뉴클레아텀 (Fusobacterium nucleatum), 프레보텔라 니그레센스 (Prevotella nigrescens), 악티노마이세스 이스라엘리이 (Actinomyces israelii), 포르피로모나스 엔도돈탈리스 (Porphyromonas endodontalis), 포르피로모나스 진지발리스 (Porphyromonas gingivalis), 마이크로코커스 루테우스 (Micrococcus luteus), 바실러스 메가테리움 (Bacillus megaterium), 애로모나스 히드로필라 (Aeromonas hydrophila), 애로모나스 카비아에 (Aeromonas caviae), 바실러스 안트라시스 (Bacillus anthracis), 바르토넬라 헨셀라에 (Bartonella henselae), 바르토넬라 퀸타나 (Bartonella Quintana), 보르데텔라 페투시스 (Bordetella pertussis), 보렐리아 부르그도르페리 (Borrelia burgdorferi), 보렐리아 가리니이 (Borrelia garinii), 보렐리아 아프젤리이 (Borrelia afzelii), 보렐리아 레쿠렌티스 (Borrelia recurrentis), 브루셀라 아보르투스 (Brucella abortus), 브루셀라 카니스 (Brucella canis), 브루셀라 멜리텐시스 (Brucella melitensis), 브루셀라 수이스 (Brucella suis), 캄필로박터 제주니 (Campylobacter jejuni), 캄필로박터 콜라이 (Campylobacter coli), 캄필로박터 페투스 (Campylobacter fetus), 클라미디아 뉴모니아에 (Chlamydia pneumoniae), 클라미디아 트라코마티스 (Chlamydia trachomatis), 클라미도필라 사이타시 (Chlamydophila psittaci), 클로스트리듐 보툴리넘 (Clostridium botulinum), 클로스트리듐 디피실 (Clostridium difficile), 클로스트리듐 퍼프린젠스 (Clostridium perfringens), 클로스트리듐 테타니 (Clostridium tetani), 코리네박테리움 디프테리아 (Corynebacterium diphtheria), 큐티박테리움 아크네스 (Cutibacterium acnes) (이전에 프로피오니박테리움 아크네스 (Propionibacterium acnes)), 엘리키아 카니스 (Ehrlichia canis), 엘리키아 카페엔시스 (Ehrlichia chaffeensis), 엔테로코커스 파에시움 (Enterococcus faecium), 프란시셀라 툴라렌시스 (Francisella tularensis), 해모필러스 인플루엔자 (Haemophilus influenza), 레지오넬라 뉴모필라 (Legionella pneumophila), 렙토스피라 인테로간스 (Leptospira interrogans), 렙토스피라 산타로사이 (Leptospira santarosai), 렙토스피라 웨일리이 (Leptospira weilii), 렙토스피라 노구치이 (Leptospira noguchii), 리스테리아 모노시토게네스 (Listeria monocytogenes), 마이코박테리움 레프라에 (Mycobacterium leprae), 마이코박테리움 튜버쿨로시스 (Mycobacterium tuberculosis), 마이코박테리움 울세란스 (Mycobacterium ulcerans), 마이코플라스마 뉴모니아 (Mycoplasma pneumonia), 네이세리아 고노로에아에 (Neisseria gonorrhoeae), 네이세리아 메닌지티데스 (Neisseria meningitides), 노카르디아 아스테로이드 (Nocardia asteroids), 리켓치아 리켓치아 (Rickettsia rickettsia), 살모넬라 엔테리티디스 (Salmonella enteritidis), 살모넬라 티피 (Salmonella typhi), 살모넬라 파라티피 (Salmonella paratyphi), 살모넬라 티피뮤리움 (Salmonella typhimurium), 시겔라 플렉스네리이 (Shigella flexnerii), 시겔라 디센테리아에 (Shigella dysenteriae), 스타필로코커스 사프로피티커스 (Staphylococcus saprophyticus), 스트렙토코커스 뉴모니아에 (Streptococcus pneumoniae), 스트렙토코커스 피오게네스 (Streptococcus pyogenes), 가르드네렐라 바지날리스 (Gardnerella vaginalis), 스트렙토코커스 비리단스 (Streptococcus viridans), 트레포네마 팔리덤 (Treponema pallidum), 우레아플라스마 우레알리티컴 (Ureaplasma urealyticum), 비브리오 콜레라 (Vibrio cholera), 비브리오 파라해몰리티커스 (Vibrio parahaemolyticus), 여시니아 페스티스 (Yersinia pestis), 여시니아 엔테로콜리티카 (Yersinia enterocolitica), 여시니아 슈도튜버큘로시스 (Yersinia pseudotuberculosis), 악티노박터 바우마니이 (Actinobacter baumanii), 슈도모나스 애리구노사 (Pseudomonas aerigunosa), 및 이의 혼합물이고, 바람직하게, 관심 박테리아는 에스케리치아 콜라이 (Escherichia coli), 엔테로코커스 패시움 (Enterococcus faecium), 스타필로코커스 아우레우스 (Staphylococcus aureus), 클렙시엘라 뉴모니아에 (Klebsiella pneumoniae), 아시네토박터 바우마니이 (Acinetobacter baumanii), 슈도모나스 애루지노사 (Pseudomonas aeruginosa), 엔테로박터 클로아카에 (Enterobacter cloacae), 및 엔테로박터 애로게네스 (Enterobacter aerogenes), 및 이의 혼합물로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일 구현예에서, 표적화된 박테리아는 에스케리치아 콜라이이다.
따라서, 박테리아 전달 비히클의 제조에 사용되는 박테리오파지, 및 다음으로 박테리아 전달 비히클은 플라스미드를 특이적으로 전달하기 위해 전술한 속 및/또는 종의 박테리아 중 임의의 하나 이상으로부터의 박테리아 세포를 표적화 (예를 들어, 특이적으로 표적화)할 수 있다.
일 구현예에서, 표적화된 박테리아는 병원성 박테리아이다. 표적화된 박테리아는 병독성 박테리아일 수 있다.
표적화된 박테리아는 바람직하게, 연장된 스펙트럼의 베타-락타마제-생산 (ESBL) 에스케리치아 콜라이, ESBL 클렙시엘라 뉴모니아에, 반코마이신-내성 엔테로코커스 (VRE), 메티실린-내성 스타필로코커스 아우레우스 (MRSA), 다제-내성 (MDR) 아시네토박터 바우마니이, MDR 엔테로박터 spp., 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 항박테리아 내성 박테리아일 수 있다. 바람직하게, 표적화된 박테리아는 연장된 스펙트럼의 베타-락타마제-생산 (ESBL) 에스케리치아 콜라이 균주로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
대안적으로, 표적화된 박테리아는 소정 종의 마이크로바이옴의 박테리아, 바람직하게 인간 미생물총의 박테리아일 수 있다.
본 개시는 본 명세서에 기술된 바와 같은 페이로드를 함유하는 박테리아 전달 비히클에 관한 것이다. 박테리아 전달 비히클은 박테리아 바이러스로부터 제조된다. 박테리아 전달 비히클은 표적화된 박테리아로 페이로드를 도입시킬 수 있기 위해 선택된다.
키메라 수용체 결합 단백질을 갖는 박테리아 전달 비히클이 유래될 수 있는, 박테리아 바이러스는 바람직하게 박테리오파지이다. 임의로, 박테리오파지는 [Krupovic et al, Arch Virol, 2015]의 분류법을 기반으로, 이루어진 카우도비랄레스 (Caudovirales) 목으로부터 선택된다:
박테리오파지는 미오비리다에 (Myoviridae) 과 (예컨대, 제한없이, 속 Cp220바이러스, Cp8바이러스, Ea214바이러스, 펠릭소1바이러스, 무글바이러스, 수스프바이러스, Hp1바이러스, P2바이러스, 카이바이러스, P100바이러스, 실비아바이러스, 스포1바이러스, 차르봄바바이러스, 트워트바이러스, Cc31바이러스, Jd18바이러스, Js98바이러스, Kp15바이러스, 문바이러스, Rb49바이러스, Rb69바이러스, S16바이러스, 스키조트4바이러스, Sp18바이러스, T4바이러스, Cr3바이러스, Se1바이러스, V5바이러스, 아보우오바이러스, 아게이트바이러스, 아그리칸357바이러스, Ap22바이러스, Arv1바이러스, B4바이러스, 바스티유바이러스, Bc431바이러스, Bcep78바이러스, 비셉무바이러스, 비콰르타바이러스, Bxz1바이러스, Cd119바이러스, Cp51바이러스, Cvm10바이러스, Eah2바이러스, El바이러스, 하푸나바이러스, 짐머바이러스, Kpp10바이러스, M12바이러스, 마키나바이러스, 마르타바이러스, Msw3바이러스, 뮤바이러스, 미오할로바이러스, Nit1바이러스, P1바이러스, 파크푸나바이러스, 프부나바이러스, Phikz바이러스, Rheph4바이러스, Rsl2바이러스, Rsluna바이러스, 세쿤다5바이러스, Sep1바이러스, Spn3바이러스, 스부나바이러스, Tg1바이러스, Vhml바이러스 및 Wph바이러스)로부터 선택될 수 있다.
박테리오파지는 포도비리다에 (Podoviridae) 과 (예컨대, 제한없이, 속 Fri1바이러스, Kp32바이러스, Kp34바이러스, Phikmv바이러스, 프라도바이러스, Sp6바이러스, T7바이러스, Cp1바이러스, P68바이러스, Phi29바이러스, 노나33바이러스, Pocj바이러스, T12011바이러스, Bcep22바이러스, Bpp1바이러스, Cba41바이러스, Dfl12바이러스, Ea92바이러스, 엡실론15바이러스, F116바이러스, G7c바이러스, Jw알파바이러스, Kf1바이러스, Kpp25바이러스, Lit1바이러스, Luz24바이러스, Luz7바이러스, N4바이러스, 노나나바이러스, P22바이러스, 페이지바이러스, 피에코32바이러스, Prtb바이러스, Sp58바이러스, 우나961바이러스 및 Vp5바이러스)로부터 선택될 수 있다.
박테리오파지는 시포비리다에 (Siphoviridae) 과 (예컨대, 제한없이, 속 캄바이러스, 리카바이러스, R4바이러스, 아카디안바이러스, 쿠퍼바이러스, Pg1바이러스, 파이퍼피시바이러스, 로즈부시바이러스, 브루지타바이러스, Che9c바이러스, 호크아이바이러스, 플로트바이러스, 저지바이러스, K1g바이러스, Sp31바이러스, Lmd1바이러스, 우나4바이러스, 본고바이러스, 레이바이러스, 버터스바이러스, 찰리바이러스, 레디바이러스, 박스터바이러스, 님파도라바이러스, 비그누즈바이러스, 피시부르네바이러스, 파이온스바이러스, Kp36바이러스, 로게1바이러스, Rtp바이러스, T1바이러스, Tls바이러스, Ab18바이러스, 아미고바이러스, 아나톨바이러스, 안드로메다바이러스, 아티스바이러스, 반야드바이러스, 베르날13바이러스, 비셉티마바이러스, 브론바이러스, C2바이러스, C5바이러스, Cba181바이러스, Cbast바이러스, 세시바이러스, Che8바이러스, Chi바이러스, Cjw1바이러스, 콘독바이러스, 크로너스바이러스, D3112바이러스, D3바이러스, 데쿠로바이러스, 데모스테네스바이러스, 두세트바이러스, E125바이러스, 에이아우바이러스, Ff47바이러스, 가이아바이러스, 길스바이러스, 고든바이러스, Gordtnk바이러스, 해리슨바이러스, Hk578바이러스, Hk97바이러스, 젠스트바이러스, Jwx바이러스, 켈레지오바이러스, 코라바이러스, L5바이러스, 람다바이러스, 라로이어바이러스, 리에피에바이러스, 마빈바이러스, 머드캣바이러스, N15바이러스, 노나그바이러스, Np1바이러스, 오메가바이러스, P12002바이러스, P12024바이러스, P23바이러스, P70바이러스, Pa6바이러스, Pamx74바이러스, 페이션스바이러스, Pbi1바이러스, Pepy6바이러스, Pfr1바이러스, Phic31바이러스, Phicbk바이러스, 피에타바이러스, 피펠바이러스, Phijl1바이러스, Pis4a바이러스, Psa바이러스, 사이무나바이러스, Rdjl바이러스, Rer2바이러스, Sap6바이러스, Send513바이러스, 셉티마3바이러스, 쇠라바이러스, 섹스택바이러스, Sfi11바이러스, Sfi21dt1바이러스, 시타라바이러스, Sk1바이러스, 슬래시바이러스, 스무티바이러스, 수프스바이러스, Sp베타바이러스, Ssp2바이러스, T5바이러스, 탱크바이러스, 틴2바이러스, 티탄바이러스, Tm4바이러스, Tp21바이러스, Tp84바이러스, 트리아바이러스, 트리긴타두오바이러스, 베가스바이러스, 벤데타바이러스, W베타바이러스, 와일드캣바이러스, 위저드바이러스, 우스바이러스, Xp10바이러스, Ydn12바이러스 및 위아바이러스)로부터 선택될 수 있다.
박테리오파지는 악커만비리다에 (Ackermannviridae) 과 (예컨대, 제한없이, 속 Ag3바이러스, 라임스톤바이러스, Cba120바이러스 및 Vi1바이러스)로부터 선택될 수 있다.
임의로, 박테리오파지는 카우도비랄레스 목의 일부가 아니지만 미지정된 목의 과 예컨대, 제한없이, 덱티비리다에 (Tectiviridae) 과 (예컨대 속 알파텍티바이러스, 베타텍티바이러스), 코르티코비리다에 (orticovridae) 과 (예컨대 속 코르티코바이러스), 이노비리다에 (Inoviridae) 과 (예컨대 속 피브로바이러스, 하베니바이러스, 이노바이러스, 리네아바이러스, 플렉트로바이러스, 사에티바이러스, 베스페르틸리오바이러스), 시스토비리다에 (Cystoviridae) 과 (예컨대 속 시스토바이러스), 레비비리다에 (Leviviridae) 과 (예컨대 속 알로레비바이러스, 레비바이러스), 마이크로비리다에 (Microviridae) 과 (예컨대 속 알파3마이크로바이러스, G4마이크로바이러스, Phix174마이크로바이러스, 비델로마이크로바이러스, 클라미디아마이크로바이러스, 스피로마이크로바이러스) 및 플라스마비리다에 (Plasmaviridae) 과 (예컨대 속 플라스마바이러스) 유래일 수 있다.
임의로, 박테리오파지는 카우도비랄레스 목의 일부는 아니지만 미지정 목의 과, 예컨대, 제한없이, 암풀라비리다에 (Ampullaviridae), 푸셀로비리다에 (FuselloViridae), 글로불로비리다에 (Globuloviridae), 구타비리다에 (Guttaviridae), 리포트릭스비리다에 (Lipothrixviridae), 플레오리포비리다에 (Pleolipoviridae), 루디비리다에 (Rudiviridae), 살터프로바이러스 (Salterprovirus) 및 비카우다비리다에 (Bicaudaviridae) 과 유래의 고세균을 표적화한다.
박테리아 속 및 그들 기지의 숙주-특이적 박테리아 바이러스의 비제한적인 목록은 하기 단락에 표시된다. 본 명세서에 개시된 키메라 RBP 및 박테리아 전달 비히클은 비제한적인 예로서, 하기 파지들로부터 조작될 수 있다. 동의어 및 철자 변형은 괄호에 표시된다. 동음이의어는 생성되는 만큼 자주 반복된다 (예를 들어, D, D, d). 무명의 파지는 그들 속 옆에 "NN"으로 표시되고 그들 번호는 괄호에 제공된다.
속 악티노마이세스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: Av-I, Av-2, Av-3, BF307, CTl, CT2, CT3, CT4, CT6, CT7, CT8 및 1281.
속 애로모나스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: AA-I, Aeh2, N, PMl, TP446, 3, 4, 11, 13, 29, 31, 32, 37, 43, 43-10T, 51, 54, 55R.1, 56, 56RR2, 57, 58, 59.1, 60, 63, Aehl, F, PM2, 1, 25, 31, 40RR2.8t, (syn= 44R), (syn= 44RR2.8t), 65, PM3, PM4, PM5 및 PM6.
속 바실러스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: A, aizl, A1-K-I, B, BCJAl, BCl, BC2, BLLl, BLl, BP142, BSLl, BSL2, BSl, BS3, BS8, BS15, BS18, BS22, BS26, BS28, BS31, BS104, BS105, BS106, BTB, B1715V1, C, CK-I, Coll, Corl, CP-53, CS-I, CSi, D, D, D, D5, entl, FP8, FP9, FSi, FS2, FS3, FS5, FS8, FS9, G, GH8, GT8, GV-I, GV-2, GT-4, g3, g12, g13, g14, g16, g17, g21, g23, g24, g29, H2, kenl, KK-88, Kuml, Kyul, J7W-1, LP52, (syn= LP-52), L7, Mexl, MJ-I, mor2, MP-7, MPlO, MP12, MP14, MP15, Neol, N°2, N5, N6P, PBCl, PBLA, PBPl, P2, S-a, SF2, SF6, Shal, Sill, SP02, (syn= ΦSPP1), SPβ, STI, STi, SU-Il, t, TbI, Tb2, Tb5, TbIO, Tb26, Tb51, Tb53, Tb55, Tb77, Tb97, Tb99, Tb560, Tb595, Td8, Td6, Tdl5, TgI, Tg4, Tg6, Tg7, Tg9, TgIO, TgIl, Tgl3, Tgl5, Tg21, Tinl, Tin7, Tin8, Tinl3, Tm3, Tocl, Togl, toll, TP-I, TP-10vir, TP-15c, TP-16c, TP-17c, TP-19, TP35, TP51, TP-84, Tt4, Tt6, A형, B형, C형, D형, E형, Tφ3, VA-9, W, wx23, wx26, Yunl, α, γ, p11,, φmed-2, φT, φμ-4, φ3T, φ75, φlO5, (syn= φlO5), IA, IB, 1-97A, 1-97B, 2, 2, 3, 3, 3, 5, 12, 14, 20, 30, 35, 36, 37, 38, 41C, 51, 63, 64, 138D, I, II, IV, NN-바실러스 (13), alel, ARl, AR2, AR3, AR7, AR9, Bace-11, (syn= 11), 바스티유, BLl, BL2, BL3, BL4, BL5, BL6, BL8, BL9, BP124, BS28, BS80, Ch, CP-51, CP-54, D-5, darl, denl, DP-7, entl, FoSi, FoS2, FS4, FS6, FS7, G, gall, 감마, GEl, GF-2, GSi, GT-I, GT-2, GT-3, GT-4, GT-5, GT-6, GT-7, GV-6, gl5, 19, 110, ISi, K, MP9, MP13, MP21, MP23, MP24, MP28, MP29, MP30, MP32, MP34, MP36, MP37, MP39, MP40, MP41, MP43, MP44, MP45, MP47, MP50, NLP-I, No.1, N17, N19, PBS1, PK1, PMB1, PMB12, PMJl, S, SPOl, SP3, SP5, SP6, SP7, SP8, SP9, SP10, SP-15, SP50, (syn= SP-50), SP82, SST, subl, SW, Tg8, Tg12, Tg13, Tg44, thul, thuΛ, thuS, Tin4, Tin23, TP-13, TP33, TP50, TSP-I, V형, VI형, V, Vx, β22, φe, φNR2, φ25, φ63, 1, 1, 2, 2C, 3NT, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 12, 17, 18, 19, 21, 138, III, 4 (비. 메가테리운 (B. megateriwn)), 4 (비. 스파에리커스 (B. sphaericus)), AR13, BPP-IO, BS32, BS107, Bl, B2, GA-I, GP-IO, GV-3, GV-5, g8, MP20, MP27, MP49, Nf, PP5, PP6, SF5, Tgl8, TP-I, 베르사이유, φ15, φ29, 1-97, 837/IV, mi-바실러스 (1), BatlO, BSLlO, BSLIl, BS6, BSIl, BS16, BS23, BSlOl, BS102, gl8, morl, PBLl, SN45, thu2, thu3, TmI, Tm2, TP-20, TP21, TP52, F형, G형, IV형, HN-BacMus (3), BLE, (syn= θc), BS2, BS4, BS5, BS7, BlO, B12, BS20, BS21, F, MJ-4, PBA12, AP50, AP50-04, AP50-11, AP50-23, AP50-26, AP50-27 및 Bam35. 하기 바실러스-특이적 파지는 불완전하다: DLP10716, DLP-11946, DPB5, DPB12, DPB21, DPB22, DPB23, GA-2, M, No. IM, PBLB, PBSH, PBSV, PBSW, PBSX, PBSY, PBSZ, phi, SPa, 1형 및 μ.
속 박테리오데스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: ad I2, Baf-44, Baf-48B, Baf-64, Bf-I, Bf-52, B40-8, F1, β1, φA1, φBrOl, φBrO2, 11, 67.1, 67.3, 68.1, mt-박테로이데스 (3), Bf42, Bf71, HN-비델로비브리오 (1) 및 BF-41.
속 보르데텔라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: 134 및 NN-보르데텔라 (3).
속 보렐리아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-보렐리아 (1) 및 NN-보렐리아 (2).
속 브루셀라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: A422, Bk, (syn= 버클리), BM29, FOi, (syn= FO1), (syn= FQ1), D, FP2, (syn= FP2), (syn= FD2), Fz, (syn= Fz75/13), (syn= 피렌체 75/13), (syn= Fi), Fi, (syn= Fl), Fim, (syn= FIm), (syn= Fim), FiU, (syn= FlU), (syn= FiU), F2, (syn= F2), F3, (syn= F3), F4, (syn= F4), F5, (syn= F5), F6, F7, (syn= F7), F25, (syn= F25), (syn= ￡25), F25U, (syn= F25u), (syn= F25U), (syn= F25V), F44, (syn= F44), F45, (syn= F45), F48, (syn= F48), I, Im, M, MC/75, M51, (syn= M85), P, (syn= D), S708, R, Tb, (syn= TB), (syn= 트빌리시), W, (syn= Wb), (syn= 웨이브릿지), X, 3, 6, 7, 10/1, (syn= 10), (syn= F8), (syn= F8), 12m, 24/11, (syn= 24), (syn= F9), (syn= F9), 45/111, (syn= 45), 75, 84, 212/XV, (syn= 212), (syn= Fi0), (syn= FlO), 371/XXIX, (syn= 371), (syn= Fn), (syn= Fll) 및 513.
속 버크홀데리아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CP75, NN-버크홀데리아 (Burkholderia) (1) 및 42.
속 캄필로박터의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: C형, NTCC12669, NTCC12670, NTCC12671, NTCC12672, NTCC12673, NTCC12674, NTCC12675, NTCC12676, NTCC12677, NTCC12678, NTCC12679, NTCC12680, NTCC12681, NTCC12682, NTCC12683, NTCC12684, 32f, 111c, 191, NN-캄필로박터 (2), Vfi-6, (syn= V19), VfV-3, V2, V3, V8, V16, (syn= Vfi-1), V19, V20(V45), V45, (syn= V-45) 및 NN-캄필로박터 (1).
속 클라미디아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: Chpl.
속 클로스트리듐의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CAK1, CA5, Ca7, CEβ (syn= 1C), CEγ, Cldl, c-n71, c-203 Tox-, DEβ (syn= ID), (syn= lDt0X+), HM3, KMl, KT, Ms, NAl, (syn= Naltox+), PA135Oe, Pfo, PL73, PL78, PL81, Pl, P50, P5771, P19402, lCt0X+, 2Ct0X＼2D3 (syn= 2Dt0X+), 3C, (syn= 3Ctox+), 4C, (syn= 4Ct0X+), 56, III-1, NN-클로스트리듐 (61), NBlt0X+, α1, CAl, HMT, HM2, PFl5 P-23, P-46, Q-05, Q-oe, Q-16, Q-21, Q-26, Q-40, Q-46, S111, SA02, WA01, WA03, Wm, W523, 80, C, CA2, CA3, CPTl, CPT4, cl, c4, c5, HM7, H11/A1, H18/Ax, FWS23, Hi58ZA1, K2ZA1, K21ZS23, ML, NA2t0X; Pf2, Pf3, Pf4, S9ZS3, S41ZA1, S44ZS23, α2, 41, 112ZS23, 214/S23, 233/Ai, 234/S23, 235/S23, II-l, II-2, II-3, NN-클로스트리듐 (12), CA1, Fl, K, S2, 1, 5 및 NN-클로스트리듐 (8).
속 코리네박테리움의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: CGKl (불완전), A, A2, A3, AlOl, A128, A133, A137, A139, A155, A182, B, BF, B17, B18, B51, B271, B275, B276, B277, B279, B282, C, capi, CCl, CGl, CG2, CG33, CL31, Cog, (syn= CG5), D, E, F, H, H-I, hqi, hq2, 11ZH33, Ii/31, J, K, K, (syn= Ktox"), L, L, (syn= Ltox+), M, MC-I, MC-2, MC-3, MC-4, MLMa, N, O, ovi, ov2, ov3, P, P, R, RP6, RS29, S, T, U, UB1, ub2, UH1, UH3, uh3, uh5, uh6, β (syn= βox+), βhv64, βvir, γ, (syn= γtoχ-), γl9, δ (syn= δ'ox+), p, (syn= ptoχ-), Φ9, φ984, ω, IA, 1/1180, 2, 2/1180, 5/1180, 5ad/9717, 7/4465, 8/4465, 8ad/10269, 10/9253, 13Z9253, 15/3148, 21/9253, 28, 29, 55, 2747, 2893, 4498 및 5848.
속 엔테로코커스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: DF78, F1, F2, 1, 2, 4, 14, 41, 867, D1, SB24, 2BV, 182, 225, C2, C2F, E3, E62, DS96, H24, M35, P3, P9, SBlOl, S2, 2BII, 5, 182a, 705, 873, 881, 940, 1051, 1057, 21096C, NN-엔테로코커스 (1), PE1, F1, F3, F4, VD13, 1, 200, 235 및 341.
속 에리시펠로트릭스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: NN-에이시펠로트릭스 (1).
속 에스케리치아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염될 수 있다: BW73, B278, D6, D108, E, El, E24, E41, FI-2, FI-4, FI-5, HI8A, Ffl8B, i, MM, Mu, (syn= mu), (syn= MuI), (syn= Mu-I), (syn= MU-I), (syn= MuI), (syn= μ), 025, PhI-5, Pk, PSP3, Pl, PlD, P2, P4 (불완전), S1, Wφ, φK13, φR73 (불완전), φ1, φ2, φ7, φ92, ψ (불완전), 7 A, 8φ, 9φ, 15 (불완전), 18, 28-1, 186, 299, HH-에스케리치아 (2), AB48, CM, C4, C16, DD-VI, (syn= Dd-Vi), (syn= DDVI), (syn= DDVi), E4, E7, E28, FIl, FI3, H, Hl, H3, H8, K3, M, N, ND-2, ND-3, ND4, ND-5, ND6, ND-7, Ox-I (syn= OXl), (syn= HF), Ox-2 (syn= 0x2), (syn= 0X2), Ox-3, Ox-4, Ox-5, (syn= 0X5), Ox-6, (syn= 66F), (syn= φ66t), (syn= φ66t-)5 0111, PhI-I, RB42, RB43, RB49, RB69, S, SaI-I, Sal-2, Sal-3, Sal-4, Sal-5, Sal-6, TC23, TC45, TuII*-6, (syn= TuII*), TuIP-24, TuII*46, TuIP-60, T2, (syn= ganuTia), (syn= γ), (syn= PC), (syn= P.C.), (syn= T-2), (syn= T2), (syn= P4), T4, (syn= T-4), (syn= T4), T6, T35, α1, 1, IA, 3, (syn= Ac3), 3A, 3T+, (syn= 3), (syn= Ml), 5φ (syn= φ5), 9266Q, CFO103, HK620, J, K, KlF, m59, no. A, no. E, no. 3, no. 9, N4, sd, (syn= Sd), (syn= SD), (syn= Sa)3 (syn= sd), (syn= SD), (syn= CD), T3, (syn= T-3), (syn= T3), T7, (syn= T-7), (syn= T7), WPK, W31, ΔH, φC3888, φK3, φK7, φK12, φV-1, Φ04-CF, Φ05, Φ06, Φ07, φ1, φ1.2, φ20, φ95, φ263, φ1O92, φ1, φ1l, (syn=φW), Ω8, 1, 3, 7, 8, 26, 27, 28-2, 29, 30, 31, 32, 38, 39, 42, 933W, NN-에스케리치아 (1), Esc-7-11, AC30, CVX-5, Cl, DDUP, ECl, EC2, E21, E29, Fl, F26S, F27S, Hi, HK022, HK97, (syn= ΦHK97), HK139, HK253, HK256, K7, ND-I, no.D, PA-2, q, S2, Tl, (syn= α), (syn= P28), (syn= T-I), (syn= Tx), T3C, T5, (syn= T-5), (syn= T5), UC-I, w, β4, γ2, λ (syn= 람다), (syn= Φλ), ΦD326, φγ, Φ06, Φ7, Φ10, φ80, χ (syn= χi), (syn= φχ), (syn= φχi), 2, 4, 4A, 6, 8A, 102, 150, 168, 174, 3000, AC6, AC7, AC28, AC43, AC50, AC57, AC81, AC95, HK243, KlO, ZG/3A, 5, 5A, 21EL, H19-J 및 933H.
속 푸소박테리움의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: NN-푸소박테리움 (2), fv83-554/3, fv88-531/2, 227, fv2377, fv2527 및 fv8501.
속 해모필러스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: HP1, S2 및 N3.
속 헬리코박터의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: HPl 및 ^^-헬리코박터 (1).
속 클렙시엘라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: AIO-2, KI4B, Kl6B, Kl9, (syn= K19), Kl14, Kl15, Kl21, Kl28, Kl29, KI32, Kl33, Kl35, Kl106B, Kl171B, Kl181B, Kl832B, AIO-I, AO-I, AO-2, AO-3, FC3-10, K, Kl1, (syn= KIl), Kl2, (syn= K12), Kl3, (syn= K13), (syn= Kl 70/11), Kl4, (syn= K14), Kl5, (syn= K15), Kl6, (syn= K16), Kl7, (syn= K17), Kl8, (syn= K18), Kl19, (syn= K19), Kl27, (syn= K127), Kl31, (syn= K131), Kl35, Kl171B, II, VI, IX, CI-I, Kl4B, Kl8, Kl11, Kl12, Kl13, Kl16, Kl17, Kl18, Kl20, Kl22, Kl23, Kl24, Kl26, Kl30, Kl34, Kl106B, KIi65B, Kl328B, KLXI, K328, P5046, 11, 380, III, IV, VII, VIII, FC3-11, Kl2B, (syn= K12B), Kl25, (syn= K125), Kl42B, (syn= K142), (syn= K142B), Kl181B, (syn= KIl 81), (syn= K1181B), Kl765/!, (syn= K1765/1), Kl842B, (syn= K1832B), Kl937B, (syn= K1937B), L1, φ28, 7, 231, 483, 490, 632 및 864/100.
속 레피토스피라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: LE1, LE3, LE4 및 ~NN-레프토스피라 (1).
속 리스테리아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: A511, 01761, 4211, 4286, (syn= BO54), A005, A006, A020, A500, A502, A511, A118, A620, A640, B012, B021, B024, B025, B035, B051, B053, B054, B055, B056, BlOl, BI lO, B545, B604, B653, C707, D441, HSO47, HlOG, H8/73, H19, H21, H43, H46, H107, H108, HI lO, H163/84, H312, H340, H387, H391/73, H684/74, H924A, PSA, U153, φMLUP5, (syn= P35), 00241, 00611, 02971A, 02971C, 5/476, 5/911, 5/939, 5/11302, 5/11605, 5/11704, 184, 575, 633, 699/694, 744, 900, 1090, 1317, 1444, 1652, 1806, 1807, 1921/959, 1921/11367, 1921/11500, 1921/11566, 1921/12460, 1921/12582, 1967, 2389, 2425, 2671, 2685, 3274, 3550, 3551, 3552, 4276, 4277, 4292, 4477, 5337, 5348/11363, 5348/11646, 5348/12430, 5348/12434, 10072, 11355C, 11711A, 12029, 12981, 13441, 90666, 90816, 93253, 907515, 910716 및 NN-리스페리아 (15).
속 모르가넬라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 47.
속 마이코박테리움의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 13, AGl, ALi, ATCC 11759, A2, B.C3, BG2, BKl, BK5, 부티리컴, B-I, B5, B7, B30, B35, Clark, Cl, C2, DNAIII, DSP1, D4, D29, GS4E, (syn= GS4E), GS7, (syn= GS-7), (syn= GS7), IPa, 락티콜라, 레장드르, Leo, L5, (syn= ΦL-5), MC-I, MC-3, MC-4, 미네티, MTPHI l, Mx4, MyF3P/59a, phlei, (syn= phlei 1), phlei 4, 폴로너스 II, 라비노비츠키, 스메그마티스, TM4, TM9, TMlO, TM20, Y7, YlO, φ630, IB, IF, IH, 1/1, 67, 106, 1430, Bl, (syn= Bol), B24, D, D29, F-K, F-S, HP, 폴로너스 I, Roy, R1, (syn= Rl-Myb), (syn= Ri), 11, 31, 40, 50, 103a, 103b, 128, 3111-D, 3215-D 및 NN-마이코박테리움 (1).
속 네이세리아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: 그룹 I, 그룹 II 및 NPl.
속 노카르디아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: MNP8, NJ-L, NS-8, N5 및 TtiN-노카르디아.
속 프로테우스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: Pm5, 13vir, 2/44, 4/545, 6/1004, 13/807, 20/826, 57, 67b, 78, 107/69, 121, 9/0, 22/608, 30/680, PmI, Pm3, Pm4, Pm6, Pm7, Pm9, PmIO, PmI 1, Pv2, πl, φm, 7/549, 9B/2, 10A/31, 12/55, 14, 15, 16/789, 17/971, 19A/653, 23/532, 25/909, 26/219, 27/953, 32A/909, 33/971, 34/13, 65, 5006M, 7480b, VI, 13/3a, Clichy 12, π2600, φχ7, 1/1004, 5/742, 9, 12, 14, 22, 24/860, 2600/D52, Pm8 및 24/2514.
속 프로비덴시아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: PL25, PL26, PL37, 9211/9295, 9213/921 Ib, 9248, 7/R49, 7476/322, 7478/325, 7479, 7480, 9000/9402 및 9213/921 Ia.
속 슈도모나스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: PfI, (syn= Pf-I), Pf2, Pf3, PP7, PRRl, 7s, im-슈도모나스 (1), AI-I, AI-2, B 17, B89, CB3, Col 2, Col 11, Col 18, Col 21, C154, C163, C167, C2121, E79, F8, ga, gb, H22, K1, M4, N2, Nu, PB-I, (syn= PBl), pfl6, PMN17, PPl, PP8, Psal, PsPl, PsP2, PsP3, PsP4, PsP5, PS3, PS17, PTB80, PX4, PX7, PYOl, PYO2, PYO5, PYO6, PYO9, PYOlO, PYO13, PYO14, PYO16, PYO18, PYO19, PYO20, PYO29, PYO32, PYO33, PYO35, PYO36, PYO37, PYO38, PYO39, PYO41, PYO42, PYO45, PYO47, PYO48, PYO64, PYO69, PYO103, PlK, SLPl, SL2, S2, UNL-I, wy, Yai, Ya4, Yan, φBE, φCTX, φC17, φKZ, (syn=ΦKZ), φ-LT, Φmu78, φNZ, φPLS-1, φST-1, φW-14, φ-2, 1/72, 2/79, 3, 3/DO, 4/237, 5/406, 6C, 6/6660, 7, 7v, 7/184, 8/280, 9/95, 10/502, 11/DE, 12/100, 12S, 16, 21, 24, 25F, 27, 31, 44, 68, 71, 95, 109, 188, 337, 352, 1214, HN-슈도모나스 (23), A856, B26, CI-I, CI-2, C5, D, gh-1, Fl 16, HF, H90, K5, K6, K104, K109, K166, K267, N4, N5, O6N-25P, PE69, Pf, PPN25, PPN35, PPN89, PPN91, PP2, PP3, PP4, PP6, PP7, PP8, PP56, PP87, PPl 14, PP206, PP207, PP306, PP651, Psp231a, Pssy401, Pssy9220, psi, PTB2, PTB20, PTB42, PXl, PX3, PXlO, PX12, PX14, PYO70, PYO71, R, SH6, SH133, tf, Ya5, Ya7, φBS, ΦKf77, φ-MC, ΦmnF82, φPLS27, φPLS743, φS-1, 1, 2, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 12B, 13, 14, 15, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 20, 21, 21, 22, 23, 23, 24, 25, 31, 53, 73, 119x, 145, 147, 170, 267, 284, 308, 525, NN-슈도모나스 (5), af, A7, B3, B33, B39, BI-I, C22, D3, D37, D40, D62, D3112, F7, FlO, g, gd, ge, gξ Hwl2, Jb 19, KF1, L°, OXN-32P, O6N-52P, PCH-I, PC13-1, PC35-1, PH2, PH51, PH93, PH132, PMW, PM13, PM57, PM61, PM62, PM63, PM69, PM105, PMl 13, PM681, PM682, PO4, PPl, PP4, PP5, PP64, PP65, PP66, PP71, PP86, PP88, PP92, PP401, PP711, PP891, Pssy41, Pssy42, Pssy403, Pssy404, Pssy420, Pssy923, PS4, PS-IO, Pz, SDl, SLl, SL3, SL5, SM, φC5, φC11, φC11-1, φC13, φC15, φMO, φX, φO4, φ11, φ240, 2, 2F, 5, 7m, 11, 13, 13/441, 14, 20, 24, 40, 45, 49, 61, 73, 148, 160, 198, 218, 222, 236, 242, 246, 249, 258, 269, 295, 297, 309, 318, 342, 350, 351, 357-1, 400-1, HN-슈도모나스 (6), GlOl, M6, M6a, Ll, PB2, Pssyl5, Pssy4210, Pssy4220, PYO12, PYO34, PYO49, PYO50, PYO51, PYO52, PYO53, PYO57, PYO59, PYO200, PX2, PX5, SL4, φO3, φO6 및 1214.
속 리켓치아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: NN-리켓치아.
속 살모넬라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: b, 베클, CT, d, 던디, f, FeIs 2, GI, GUI, GVI, GVIII, k, K, i, j, L, 01, (syn= 0-1), (syn= O1), (syn= O-I), (syn= 7), 02, 03, P3, P9a, PlO, Sab3, Sab5, SanlS, Sanl7, SI, 톤턴, ViI, (syn= ViI), 9, im살모넬라 (1), N-I, N-5, N-IO, N-17, N-22, 11, 12, 16-19, 20.2, 36, 449C/C178, 966A/C259, a, B.A.O.R., e, G4, GUI, L, LP7, M, MG40, N-18, PSA68, P4, P9c, P22, (syn= P22), (syn= PLT22), (syn= PLT22), P22al, P22-4, P22-7, P22-11, SNT-I, SNT-2, SP6, Villi, ViIV, ViV, ViVI, ViVII, Worksop, Sj5, ε34, 1,37, 1(40), (syn= φ1[40]), 1,422, 2, 2.5, 3b, 4, 5, 6,14(18), 8, 14(6,7), 10, 27, 28B, 30, 31, 32, 33, 34, 36, 37, 39, 1412, SNT-3, 7-11, 40.3, c, C236, C557, C625, C966N, g, GV, G5, Gl 73, h, IRA, 저지, MB78, P22-1, P22-3, P22-12, Sab1, Sab2, Sab2, Sab4, Sanl, San2, San3, San4, San6, San7, San8, San9, San13, San14, San16, San18, San19, San20, San21, San22, San23, San24, San25, San26, SasL1, SasL2, SasL3, SasL4, SasL5, SlBL, SII, ViII, φ1, 1, 2, 3a, 3al, 1010, Ym-살모넬라 (1), N-4, SasL6 및 27.
속 세라티아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: A2P, PS20, SMB3, SMP, SMP5, SM2, V40, V56, ic, ΦCP-3, ΦCP-6, 3M, 10/la, 20A, 34CC, 34H, 38T, 345G, 345P, 501B, SMB2, SMP2, BC, BT, CW2, CW3, CW4, CW5, Lt232, L2232, L34, L.228, SLP, SMPA, V.43, σ, φCWl, ΦCP6-1, ΦCP6-2, ΦCP6-5, 3T, 5, 8, 9F, 10/1, 2OE, 32/6, 34B, 34CT, 34P, 37, 41, 56, 56D, 56P, 6OP, 61/6, 74/6, 76/4, 101/8900, 226, 227, 228, 229F, 286, 289, 290F, 512, 764a, 2847/10, 2847/1Oa, L.359 및 SMB1.
속 시겔라의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: Fsa, (syn=a), FSD2d, (syn= D2d), (syn= W2d), FSD2E, (syn= W2e), fv, F6, f7.8, H-Sh, PE5, P90, SfII, Sh, SHm, SHrv, (syn= HIV), SHvi, (syn= HVI), SHVvm, (syn= HVIII), SKγ66, (syn= 감마 66), (syn= yββ), (syn= γ66b), SKm, (syn= SIIIb)5 (syn= UI), SKw, (syn= Siva), (syn= IV), SIC™ (syn= SIVA.), (syn= IVA), SKvi, (syn= KVI), (syn= Svi), (syn= VI), SKvm, (syn= Sdvm), (syn= VIII), SKVIIIA, (syn= SvmA), (syn= VIIIA), STvi, STK, STx1, STxn, S66, W2, (syn= D2c), (syn= D20), φ1, φIVb 3-SO-R, 8368-SO-R, F7, (syn= FS7), (syn= K29), FlO, (syn= FSlO), (syn= K31), I1, (syn= alfa), (syn= FSa), (syn= Kl 8), (syn= α), I2, (syn= a), (syn= K19), SG33, (syn= G35), (syn= SO-35/G), SG35, (syn= SO-55/G), SG3201, (syn= SO-3201/G), SHn, (syn= HII), SHv, (syn= SHV), SHx, SHX, SKn, (syn= K2), (syn= KII), (syn= Sn), (syn= SsII), (syn= II), SKrv, (syn= Sm), (syn= SsIV), (syn= IV), SK1Va, (syn= Swab), (syn= SsIVa), (syn= IVa), SKV, (syn= K4), (syn= KV), (syn= SV), (syn= SsV), (syn= V), SKx, (syn= K9), (syn= KX), (syn= SX), (syn= SsX), (syn= X), STV, (syn= T35), (syn= 35-50-R), STvm, (syn= T8345), (syn= 8345-SO-S-R), W1, (syn= D8), (syn= FSD8), W2a, (syn= D2A), (syn= FS2a), DD-2, Sf6, FSi, (syn= Fl), SF6, (syn= F6), SG42, (syn= SO-42/G), SG3203, (syn= SO-3203/G), SKF12, (syn= SsF12), (syn= F12), (syn= F12), STn, (syn= 1881-SO-R), γ66, (syn= 감마 66a), (syn= Ssγ6), φ2, BIl, DDVII, (syn= DD7), FSD2b, (syn= W2B), FS2, (syn= F2), (syn= F2), FS4, (syn= F4), (syn= F4), FS5, (syn= F5), (syn= F5), FS9, (syn= F9), (syn= F9), FIl, P2-S0-S, SG36, (syn= SO-36/G), (syn= G36), SG3204, (syn= SO-3204/G), SG3244, (syn= SO-3244/G), SHi, (syn= HI), SHvπ (syn= HVII), SHK, (syn= HIX), SHx1, SHxπ, (syn= HXn), SKI, KI, (syn= S1), (syn= SsI), SKVII, (syn= KVII), (syn= Svπ), (syn= SsVII), SKIX, (syn= KIX), (syn= S1x), (syn= SsIX), SKXII, (syn= KXII), (syn= Sxn), (syn= SsXII), STi, STffl, STrv, STVi, STvπ, S70, S206, U2-S0-S, 3210-SO-S, 3859-SO-S, 4020-SO-S, φ3, φ5, φ7, φ8, φ9, φ1O, φ11, φ13, φ14, φ18, SHm, (syn= Hπ1), SHχi, (syn= HXt) 및 SKxI, (syn= KXI), (syn= Sχi), (syn= SsXI), (syn= XI).
속 스타필로코커스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: A, EW, K, Ph5, Ph9, PhIO, Phl3, Pl, P2, P3, P4, P8, P9, P10, RG, SB-i, (syn= Sb-I), S3K, 트워트, ΦK311, φ812, 06, 40, 58, 119, 130, 131, 200, 1623, STCl, (syn=stcl), STC2, (syn=stc2), 44AHJD, 68, ACl, AC2, A6"C", A9"C", b581, CA-I, CA-2, CA-3, CA-4, CA-5, DIl, L39x35, L54a, M42, Nl, N2, N3, N4, N5, N7, N8, NlO, Ni l, N12, N13, N14, N16, Ph6, Phl2, Phl4, UC-18, U4, U15, Sl, S2, S3, S4, S5, X2, Z1, φB5-2, φD, ω, 11, (syn= φ11), (syn= P11-M15), 15, 28, 28A, 29, 31, 31B, 37, 42D, (syn= P42D), 44A, 48, 51, 52, 52A, (syn= P52A), 52B, 53, 55, 69, 71, (syn= P71), 71A, 72, 75, 76, 77, 79, 80, 80α, 82, 82A, 83 A, 84, 85, 86, 88, 88A, 89, 90, 92, 95, 96, 102, 107, 108, 111, 129-26, 130, 130A, 155, 157, 157A, 165, 187, 275, 275A, 275B, 356, 456, 459, 471, 471A, 489, 581, 676, 898, 1139, 1154A, 1259, 1314, 1380, 1405, 1563, 2148, 2638A, 2638B, 2638C, 2731, 2792A, 2792B, 2818, 2835, 2848A, 3619, 5841, 12100, AC3, A8, AlO, A13, b594n, D, HK2, N9, N15, P52, P87, Sl, S6, Z4, φRE, 3A, 3B, 3C, 6, 7, 16, 21, 42B, 42C, 42E, 44, 47, 47A5 47C, 51, 54, 54x1, 70, 73, 75, 78, 81, 82, 88, 93, 94, 101, 105, 110, 115, 129/16, 174, 594n, 1363/14, 2460 및 mS-스타필로코커스 (1).
속 스트렙토코커스의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: EJ-I, NN-스트렙토코카이스 (1), a, Cl, FL0Ths, H39, Cp-I, Cρ-5, Cp-7, Cp-9, Cp-IO, AT298, A5, alO/Jl, alO/J2, alO/J5, alO/J9, A25, BTI 1, b6, CAl, c20-1, c20-2, DP-I, Dp-4, DT1, ET42, elO, FA101, FEThs, Fκ, FKKIOI, FKLIO, FKP74, FKH, FLOThs, FyIOl, f1, F10, F20140/76, g, GT-234, HB3, (syn= HB-3), HB-623, HB-746, M102, O1205, φO1205, PST, PO, Pl, P2, P3, P5, P6, P8, P9, P9, P12, P13, P14, P49, P50, P51, P52, P53, P54, P55, P56, P57, P58, P59, P64, P67, P69, P71, P73, P75, P76, P77, P82, P83, P88, sc, sch, sf, SfIl 1, (syn= SFiI l), (syn= φSFill), (syn= φSfil 1), (syn= φSfil 1), sfil9, (syn= SFil9), (syn= φSFil9), (syn= φSfil9), Sfi21, (syn= SFi21), (syn= φSFi21), (syn= φSfi21), ST0, STX, st2, ST2, ST4, S3, (syn= φS3), s265, Φ17, φ42, Φ57, φ80, φ81, φ82, φ83, φ84, φ85, φ86, φ87, φ88, φ89, φ90, φ91, φ92, φ93, φ94, φ95, φ96, φ97, φ98, φ99, φ1OO, φ1Ol, φ1O2, φ227, Φ7201, ω1, ω2, ω3, ω4, ω5, ω6, ω8, ω1O, 1, 6, 9, 1OF, 12/12, 14, 17SR, 19S, 24, 50/33, 50/34, 55/14, 55/15, 70/35, 70/36, 71/ST15, 71/45, 71/46, 74F, 79/37, 79/38, 80/J4, 80/J9, 80/ST16, 80/15, 80/47, 80/48, 101, 103/39, 103/40, 121/41, 121/42, 123/43, 123/44, 124/44, 337/ST17 및 m스트렙토코커스 (34).
속 트레포네마의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: NN-트레포네마 (1).
속 비브리오의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: CTXΦ, fs, (syn= si), fs2, Ivpf5, Vfl2, Vf33, VPIΦ, VSK, v6, 493, CP-Tl, ET25, 카파, K139, Labol, )XN-69P, OXN-86, O6N-21P, PB-I, P147, rp-1, SE3, VA-I, (syn= VcA-I), VcA-2, VPl, VP2, VP4, VP7, VP8, VP9, VPlO, VP17, VP18, VP19, X29, (syn= 29 d'Herelle), t, ΦHAWI-1, ΦHAWI-2, ΦHAWI-3, ΦHAWI-4, ΦHAWI-5, ΦHAWI-6, ΦHAWI-7, XHAWI-8, ΦHAWI-9, ΦHAWI-10, ΦHCl-1, ΦHC1-2, ΦHC1-3, ΦHC1-4, ΦHC2-1, >HC2-2, ΦHC2-3, ΦHC2-4, ΦHC3-1, ΦHC3-2, ΦHC3-3, ΦHD1S-1, ΦHD1S-2, ΦHD2S-1, ΦHD2S-2, ΦHD2S-3, ΦHD2S-4, ΦHD2S-5, ΦHDO-1, ΦHDO-2, ΦHDO-3, ΦHDO-4, ΦHDO-5, ΦHDO-6, ΦKL-33, ΦKL-34, ΦKL-35, ΦKL-36, ΦKWH-2, ΦKWH-3, ΦKWH-4, ΦMARQ-1, ΦMARQ-2, ΦMARQ-3, ΦMOAT-1, ΦO139, ΦPEL1A-1, ΦPEL1A-2, ΦPEL8A-1, ΦPEL8A-2, ΦPEL8A-3, ΦPEL8C-1, ΦPEL8C-2, ΦPEL13A-1, ΦPEL13B-1, ΦPEL13B-2, ΦPEL13B-3, ΦPEL13B-4, ΦPEL13B-5, ΦPEL13B-6, ΦPEL13B-7, ΦPEL13B-8, ΦPEL13B-9, ΦPEL13B-10, φVP143, φVP253, Φ16, φ138, 1-II, 5, 13, 14, 16, 24, 32, 493, 6214, 7050, 7227, II, (syn= 그룹 II), (syn== φ2), V, VIII, ~m-비브리오 (13), KVP20, KVP40, nt-1, O6N-22P, P68, el, e2, e3, e4, e5, FK, G, I, K, nt-6, Nl, N2, N3, N4, N5, O6N-34P, OXN-72P, OXN-85P, OXN-100P, P, Ph-I, PL163/10, Q, S, T, φ92, 1-9, 37, 51, 57, 70A-8, 72A-4, 72A-10, 110A-4, 333, 4996, I (syn= 그룹 I), III (syn= 그룹 III), VI, (syn= A-Saratov), VII, IX, X, HN-비브리오 (6), pAl, 7, 7-8, 70A-2, 71A-6, 72A-5, 72A-8, 108A-10, 109A-6, 109A-8, llOA-1, 110A-5, 110A-7, hv-1, OXN-52P, P13, P38, P53, P65, P108, Pill, TPl3 VP3, VP6, VP12, VP13, 70A-3, 70A-4, 70A-10, 72A-1, 108A-3, 109-B1, 110A-2, 149, (syn= φ149), IV, (syn= 그룹 IV), NN-비브리오 (22), VP5, VPIl, VP15, VP16, α1, α2, α3a, α3b, 353B 및 HN-비브리오 (7).
속 여시니아의 박테리아는 하기 파지에 의해 감염된다: H, H-1, H-2, H-3, H-4, 루카스 110, 루카스 303, 루카스 404, YerA3, YerA7, YerA20, YerA41, 3/M64-76, 5/G394-76, 6/C753-76, 8/C239-76, 9/F18167, 1701, 1710, PST, 1/F2852-76, 데렐, EV, H, 코틀랴로바, PTB, R, Y, YerA41, φYerO3-12, 3, 4/C1324-76, 7/F783-76, 903, 1/M6176 및 Yer2AT.
보다 바람직하게, 박테리오파지는 하기로 이루어진 군에서 선택된다: 살모넬라 바이러스 SKML39, 시겔라 바이러스 AG3, 디케이야 바이러스 라임스톤, 디케이야 바이러스 RC2014, 에스케리치아 바이러스 CBA120, 에스케리치아 바이러스 PhaxI, 살모넬라 바이러스 38, 살모넬라 바이러스 Det7, 살모넬라 바이러스 GG32, 살모넬라 바이러스 PM10, 살모넬라 바이러스 SFP10, 살모넬라 바이러스 SH19, 살모넬라 바이러스 SJ3, 에스케리치아 바이러스 ECML4, 살모넬라 바이러스 마샬, 살모넬라 바이러스 메이나드, 살모넬라 바이러스 SJ2, 살모넬라 바이러스 STML131, 살모넬라 바이러스 ViI, 어위니아 바이러스 Ea2809, 클렙시엘라 바이러스 0507KN21, 세라티아 바이러스 IME250, 세라티아 바이러스 MAM1, 캄필로박터 바이러스 CP21, 캄필로박터 바이러스 CP220, 캄필로박터 바이러스 CPt10, 캄필로박터 바이러스 IBB35, 캄필로박터 바이러스 CP81, 캄필로박터 바이러스 CP30A, 캄필로박터 바이러스 CPX, 캄필로박터 바이러스 NCTC12673, 어위니아 바이러스 Ea214, 어위니아 바이러스 M7, 에스케리치아 바이러스 AYO145A, 에스케리치아 바이러스 EC6, 에스케리치아 바이러스 HY02, 에스케리치아 바이러스 JH2, 에스케리치아 바이러스 TP1, 에스케리치아 바이러스 VpaE1, 에스케리치아 바이러스 wV8, 살모넬라 바이러스 FelixO1, 살모넬라 바이러스 HB2014, 살모넬라 바이러스 머쉬룸, 살모넬라 바이러스 UAB87, 시트로박터 바이러스 무글, 시트로박터 바이러스 모딘, 에스케리치아 바이러스 SUSP1, 에스케리치아 바이러스 SUSP2, 애로모나스 바이러스 phiO18P, 해모필러스 바이러스 HP1, 해모필러스 바이러스 HP2, 파스퇴렐라 바이러스 F108, 비브리오 바이러스 K139, 비브리오 바이러스 카파, 버크홀데리아 바이러스 phi52237, 버크홀데리아 바이러스 phiE122, 버크홀데리아 바이러스 phiE202, 에스케리치아 바이러스 186, 에스케리치아 바이러스 P4, 에스케리치아 바이러스 P2, 에스케리치아 바이러스 Wphi, 만헤이미아 바이러스 PHL101, 슈도모나스 바이러스 phiCTX, 랄스토니아 바이러스 RSA1, 살모넬라 바이러스 Fels2, 살모넬라 바이러스 PsP3, 살모넬라 바이러스 SopEphi, 여시니아 바이러스 L413C, 스타필로코커스 바이러스 G1, 스타필로코커스 바이러스 G15, 스타필로코커스 바이러스 JD7, 스타필로코커스 바이러스 K, 스타필로코커스 바이러스 MCE2014, 스타필로코커스 바이러스 P108, 스타필로코커스 바이러스 Rodi, 스타필로코커스 바이러스 S253, 스타필로코커스 바이러스 S25-4, 스타필로코커스 바이러스 SA12, 리스테리아 바이러스 A511, 리스테리아 바이러스 P100, 스타필로코커스 바이러스 레무스, 스타필로코커스 바이러스 SA11, 스타필로코커스 바이러스 Stau2, 바실러스 바이러스 캠프호크, 바실러스 바이러스 SPO1, 바실러스 바이러스 BCP78, 바실러스 바이러스 차르봄바, 스타필로코커스 바이러스 트워트, 엔테로코커스 바이러스 phiEC24C, 락토바실러스 바이러스 Lb338-1, 락토바실러스 바이러스 LP65, 엔테로박터 바이러스 PG7, 에스케리치아 바이러스 CC31, 클렙시엘라 바이러스 JD18, 클렙시엘라 바이러스 PKO111, 에스케리치아 바이러스 Bp7, 에스케리치아 바이러스 IME08, 에스케리치아 바이러스 JS10, 에스케리치아 바이러스 JS98, 에스케리치아 바이러스 QL01, 에스케리치아 바이러스 VR5, 엔테로박터 바이러스 Eap3, 클렙시엘라 바이러스 KP15, 클렙시엘라 바이러스 KP27, 클렙시엘라 바이러스 마티스, 클렙시엘라 바이러스 미로, 시트로박터 바이러스 멀린, 시트로박터 바이러스 문, 에스케리치아 바이러스 JSE, 에스케리치아 바이러스 phi1, 에스케리치아 바이러스 RB49, 에스케리치아 바이러스 HX01, 에스케리치아 바이러스 JS09, 에스케리치아 바이러스 RB69, 시겔라 바이러스 UTAM, 살모넬라 바이러스 S16, 살모넬라 바이러스 STML198, 비브리오 바이러스 KVP40, 비브리오 바이러스 nt1, 비브리오 바이러스 ValKK3, 에스케리치아 바이러스 VR7, 에스케리치아 바이러스 VR20, 에스케리치아 바이러스 VR25, 에스케리치아 바이러스 VR26, 시겔라 바이러스 SP18, 에스케리치아 바이러스 AR1, 에스케리치아 바이러스 C40, 에스케리치아 바이러스 E112, 에스케리치아 바이러스 ECML134, 에스케리치아 바이러스 HY01, 에스케리치아 바이러스 Ime09, 에스케리치아 바이러스 RB3, 에스케리치아 바이러스 RB14, 에스케리치아 바이러스 T4, 시겔라 바이러스 Pss1, 시겔라 바이러스 Shfl2, 여시니아 바이러스 D1, 여시니아 바이러스 PST, 아시네토박터 바이러스 133, 애로모나스 바이러스 65, 애로모나스 바이러스 Aeh1, 에스케리치아 바이러스 RB16, 에스케리치아 바이러스 RB32, 에스케리치아 바이러스 RB43, 슈도모나스 바이러스 42, 크로노박터 바이러스 CR3, 크로노박터 바이러스 CR8, 크로노박터 바이러스 CR9, 크로노박터 바이러스 PBES02, 펙토박테리움 바이러스 phiTE, 크로노박터 바이러스 GAP31, 에스케리치아 바이러스 4MG, 살모넬라 바이러스 SE1, 살모넬라 바이러스 SSE121, 에스케리치아 바이러스 FFH2, 에스케리치아 바이러스 FV3, 에스케리치아 바이러스 JES2013, 에스케리치아 바이러스 V5, 브레비바실러스 바이러스 아보우오, 브레비바실러스 바이러스 데이비스, 바실러스 바이러스 아게이트, 바실러스 바이러스 Bobb, 바실러스 바이러스 Bp8pC, 어위니아 바이러스 데이모스, 어위니아 바이러스 Ea35-70, 어위니아 바이러스 RAY, 어위니아 바이러스 Simmy50, 어위니아 바이러스 스페샬G, 아시네토박터 바이러스 AB1, 아시네토박터 바이러스 AB2, 아시네토박터 바이러스 AbC62, 아시네토박터 바이러스 AP22, 아트로박터 바이러스 ArV1, 아트로박터 바이러스 트리나, 바실러스 바이러스 아베소브모어, 바실러스 바이러스 B4, 바실러스 바이러스 빅버사, 바실러스 바이러스 라일리, 바실러스 바이러스 스폭, 바실러스 바이러스 트롤, 바실러스 바이러스 바스티유, 바실러스 바이러스 CAM003, 바실러스 바이러스 Bc431, 바실러스 바이러스 Bcp1, 바실러스 바이러스 BCP82, 바실러스 바이러스 BM15, 바실러스 바이러스 딥블루, 바실러스 바이러스 JBP901, 버크홀데리아 바이러스 Bcep1, 버크홀데리아 바이러스 Bcep43, 버크홀데리아 바이러스 Bcep781, 버크홀데리아 바이러스 BcepNY3, 잔토모나스 바이러스 OP2, 버크홀데리아 바이러스 BcepMu, 버크홀데리아 바이러스 phiE255, 애로모나스 바이러스 44RR2, 마이코박테리움 바이러스 앨리스, 마이코박테리움 바이러스 Bxz1, 마이코박테리움 바이러스 단델리온, 마이코박테리움 바이러스 HyRo, 마이코박테리움 바이러스 I3, 마이코박테리움 바이러스 Nappy, 마이코박테리움 바이러스 세바타, 클로스트리듐 바이러스 phiC2, 클로스트리듐 바이러스 phiCD27, 클로스트리듐 바이러스 phiCD119, 바실러스 바이러스 CP51, 바실러스 바이러스 JL, 바실러스 바이러스 샤네트, 에스케리치아 바이러스 CVM10, 에스케리치아 바이러스 ep3, 어위니아 바이러스 아세시노, 어위니아 바이러스 EaH2, 슈도모나스 바이러스 EL, 할로모나스 바이러스 HAP1, 비브리오 바이러스 VP882, 브레비바실러스 바이러스 짐머, 브레비바실러스 바이러스 오시리스, 슈도모나스 바이러스 Ab03, 슈도모나스 바이러스 KPP10, 슈도모나스 바이러스 PAKP3, 시노리조비움 바이러스 M7, 시노리조비움 바이러스 M12, 시노리조비움 바이러스 N3, 어위니아 바이러스 마키나, 아트로박터 바이러스 브렌트, 아트로박터 바이러스 존스키, 아트로박터 바이러스 마르타, 아트로박터 바이러스 소니, 에드워드시엘라 바이러스 MSW3, 에드워드시엘라 바이러스 PEi21, 에스케리치아 바이러스 Mu, 시겔라 바이러스 SfMu, 할로박테리움 바이러스 phiH, 바실러스 바이러스 그라스, 바실러스 바이러스 NIT1, 바실러스 바이러스 SPG24, 애로모나스 바이러스 43, 에스케리치아 바이러스 P1, 슈도모나스 바이러스 CAb1, 슈도모나스 바이러스 CAb02, 슈도모나스 바이러스 JG004, 슈도모나스 바이러스 PAKP1, 슈도모나스 바이러스 PAKP4, 슈도모나스 바이러스 PaP1, 버크홀데리아 바이러스 BcepF1, 슈도모나스 바이러스 141, 슈도모나스 바이러스 Ab28, 슈도모나스 바이러스 DL60, 슈도모나스 바이러스 DL68, 슈도모나스 바이러스 F8, 슈도모나스 바이러스 JG024, 슈도모나스 바이러스 KPP12, 슈도모나스 바이러스 LBL3, 슈도모나스 바이러스 LMA2, 슈도모나스 바이러스 PB1, 슈도모나스 바이러스 SN, 슈도모나스 바이러스 PA7, 슈도모나스 바이러스 phiKZ, 리조비움 바이러스 RHEph4, 랄스토니아 바이러스 RSF1, 랄스토니아 바이러스 RSL2, 랄스토니아 바이러스 RSL1, 애로모나스 바이러스 25, 애로모나스 바이러스 31, 애로모나스 바이러스 Aes12, 애로모나스 바이러스 Aes508, 애로모나스 바이러스 AS4, 스테노트로포모나스 바이러스 IME13, 스타필로코커스 바이러스 IPLAC1C, 스타필로코커스 바이러스 SEP1, 살모넬라 바이러스 SPN3US, 바실러스 바이러스 1, 지오바실러스 바이러스 GBSV1, 여시니아 바이러스 R1RT, 여시니아 바이러스 TG1, 바실러스 바이러스 G, 바실러스 바이러스 PBS1, 마이크로시스티스 바이러스 Ma-LMM01, 비브리오 바이러스 MAR, 비브리오 바이러스 VHML, 비브리오 바이러스 VP585, 바실러스 바이러스 BPS13, 바실러스 바이러스 하쿠나, 바실러스 바이러스 메가트론, 바실러스 바이러스 WPh, 아시네토박터 바이러스 AB3, 아시네토박터 바이러스 Abp1, 아시네토박터 바이러스 Fri1, 아시네토박터 바이러스 IME200, 아시네토박터 바이러스 PD6A3, 아시네토박터 바이러스 PDAB9, 아시네토박터 바이러스 phiAB1, 에스케리치아 바이러스 K30, 클렙시엘라 바이러스 K5, 클렙시엘라 바이러스 K11, 클렙시엘라 바이러스 Kp1, 클렙시엘라 바이러스 KP32, 클렙시엘라 바이러스 KpV289, 클렙시엘라 바이러스 F19, 클렙시엘라 바이러스 K244, 클렙시엘라 바이러스 Kp2, 클렙시엘라 바이러스 KP34, 클렙시엘라 바이러스 KpV41, 클렙시엘라 바이러스 KpV71, 클렙시엘라 바이러스 KpV475, 클렙시엘라 바이러스 SU503, 클렙시엘라 바이러스 SU552A, 판토에아 바이러스 라임라이트, 판토에아 바이러스 라임제로, 슈도모나스 바이러스 LKA1, 슈도모나스 바이러스 phiKMV, 잔토모나스 바이러스 f20, 잔토모나스 바이러스 f30, 자일렐라 바이러스 프라도, 어위니아 바이러스 Era103, 에스케리치아 바이러스 K5, 에스케리치아 바이러스 K1-5, 에스케리치아 바이러스 K1E, 살모넬라 바이러스 SP6, 에스케리치아 바이러스 T7, 클루이베라 바이러스 Kvp1, 슈도모나스 바이러스 gh1, 프로클로로코커스 바이러스 PSSP7, 시네코코커스 바이러스 P60, 시네코코커스 바이러스 Syn5, 스트렙토코커스 바이러스 Cp1, 스트렙토코커스 바이러스 Cp7, 스타필로코커스 바이러스 44AHJD, 스트렙토코커스 바이러스 C1, 바실러스 바이러스 B103, 바실러스 바이러스 GA1, 바실러스 바이러스 phi29, 커르티아 바이러스 6, 악티노마이세스 바이러스 Av1, 마이코플라스마 바이러스 P1, 에스케리치아 바이러스 24B, 에스케리치아 바이러스 933W, 에스케리치아 바이러스 Min27, 에스케리치아 바이러스 PA28, 에스케리치아 바이러스 Stx2 II, 시겔라 바이러스 7502Stx, 시겔라 바이러스 POCJ13, 에스케리치아 바이러스 191, 에스케리치아 바이러스 PA2, 에스케리치아 바이러스 TL2011, 시겔라 바이러스 VASD, 버크홀데리아 바이러스 Bcep22, 버크홀데리아 바이러스 Bcepil02, 버크홀데리아 바이러스 Bcepmigl, 버크홀데리아 바이러스 DC1, 보르데텔라 바이러스 BPP1, 버크홀데리아 바이러스 BcepC6B, 셀룰로파가 바이러스 Cba41, 셀룰로파가 바이러스 Cba172, 디노로세오박터 바이러스 DFL12, 어위니아 바이러스 Ea9-2, 어위니아 바이러스 프로즌, 에스케리치아 바이러스 phiV10, 살모넬라 바이러스 엡실론15, 살모넬라 바이러스 SPN1S, 슈도모나스 바이러스 F116, 슈도모나스 바이러스 H66, 에스케리치아 바이러스 APEC5, 에스케리치아 바이러스 APEC7, 에스케리치아 바이러스 Bp4, 에스케리치아 바이러스 EC1UPM, 에스케리치아 바이러스 ECBP1, 에스케리치아 바이러스 G7C, 에스케리치아 바이러스 IME11, 시겔라 바이러스 Sb1, 아크로모박터 바이러스 Axp3, 아크로모박터 바이러스 JWAlpha, 에드워드시엘라 바이러스 KF1, 슈도모나스 바이러스 KPP25, 슈도모나스 바이러스 R18, 슈도모나스 바이러스 Ab09, 슈도모나스 바이러스 LIT1, 슈도모나스 바이러스 PA26, 슈도모나스 바이러스 Ab22, 슈도모나스 바이러스 CHU, 슈도모나스 바이러스 LUZ24, 슈도모나스 바이러스 PAA2, 슈도모나스 바이러스 PaP3, 슈도모나스 바이러스 PaP4, 슈도모나스 바이러스 TL, 슈도모나스 바이러스 KPP21, 슈도모나스 바이러스 LUZ7, 에스케리치아 바이러스 N4, 살모넬라 바이러스 9NA, 살모넬라 바이러스 SP069, 살모넬라 바이러스 BTP1, 살모넬라 바이러스 HK620, 살모넬라 바이러스 P22, 살모넬라 바이러스 ST64T, 시겔라 바이러스 Sf6, 바실러스 바이러스 페이지, 바실러스 바이러스 팔머, 바실러스 바이러스 파스칼, 바실러스 바이러스 포니, 바실러스 바이러스 푸키, 에스케리치아 바이러스 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스트렙토코커스 바이러스 2972, 스트렙토코커스 바이러스 ALQ132, 스트렙토코커스 바이러스 O1205, 스트렙토코커스 바이러스 Sfi11, 스트렙토코커스 바이러스 7201, 스트렙토코커스 바이러스 DT1, 스트렙토코커스 바이러스 phiAbc2, 스트렙토코커스 바이러스 Sfi19, 스트렙토코커스 바이러스 Sfi21, 파에니바실러스 바이러스 디바, 파에니바실러스 바이러스 Hb10c2, 파에니바실러스 바이러스 라니, 파에니바실러스 바이러스 셀리, 파에니바실러스 바이러스 시타라, 파에니바실러스 바이러스 윌로우, 락토코커스 바이러스 712, 락토코커스 바이러스 ASCC191, 락토코커스 바이러스 ASCC273, 락토코커스 바이러스 ASCC281, 락토코커스 바이러스 ASCC465, 락토코커스 바이러스 ASCC532, 락토코커스 바이러스 Bibb29, 락토코커스 바이러스 bIL170, 락토코커스 바이러스 CB13, 락토코커스 바이러스 CB14, 락토코커스 바이러스 CB19, 락토코커스 바이러스 CB20, 락토코커스 바이러스 jj50, 락토코커스 바이러스 P2, 락토코커스 바이러스 P008, 락토코커스 바이러스 sk1, 락토코커스 바이러스 Sl4, 바실러스 바이러스 슬래시, 바실러스 바이러스 스탈, 바실러스 바이러스 스탤리, 바실러스 바이러스 스틸스, 모르도니아 바이러스 바키타, 모르도니아 바이러스 클럽L, 모르도니아 바이러스 원업, 모르도니아 바이러스 스무디, 모르도니아 바이러스 수프스, 바실러스 바이러스 SP베타, 비브리오 바이러스 MAR10, 비브리오 바이러스 SSP002, 에스케리치아 바이러스 AKFV33, 에스케리치아 바이러스 BF23, 에스케리치아 바이러스 DT57C, 에스케리치아 바이러스 EPS7, 에스케리치아 바이러스 FFH1, 에스케리치아 바이러스 H8, 에스케리치아 바이러스 slur09, 에스케리치아 바이러스 T5, 살모넬라 바이러스 118970sal2, 살모넬라 바이러스 시바니, 살모넬라 바이러스 SPC35, 살모넬라 바이러스 스팃치, 아트로박터 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비브리오 바이러스 fs1, 비브리오 바이러스 VGJ, 랄스토니아 바이러스 RS603, 랄스토니아 바이러스 RSM1, 랄스토니아 바이러스 RSM3, 에스케리치아 바이러스 M13, 에스케리치아 바이러스 I22, 살모넬라 바이러스 IKe, 아콜레플라스마 바이러스 L51, 비브리오 바이러스 fs2, 비브리오 바이러스 VFJ, 에스케리치아 바이러스 If1, 프로피오니박테리움 바이러스 B5, 슈도모나스 바이러스 Pf1, 슈도모나스 바이러스 Pf3, 랄스토니아 바이러스 PE226, 랄스토니아 바이러스 RSS1, 스피로플라스마 바이러스 SVTS2, 스테노트로포모나스 바이러스 PSH1, 스테노트로포모나스 바이러스 SMA6, 스테노트로포모나스 바이러스 SMA7, 스테노트로포모나스 바이러스 SMA9, 비브리오 바이러스 CTXphi, 비브리오 바이러스 KSF1, 비브리오 바이러스 VCY, 비브리오 바이러스 Vf33, 비브리오 바이러스 VfO3K6, 잔토모나스 바이러스 Cf1c, 스피로플라스마 바이러스 C74, 스피로플라스마 바이러스 R8A2B, 스피로플라스마 바이러스 SkV1CR23x, 에스케리치아 바이러스 FI, 에스케리치아 바이러스 Q베타, 에스케리치아 바이러스 BZ13, 에스케리치아 바이러스 MS2, 에스케리치아 바이러스 알파3, 에스케리치아 바이러스 ID21, 에스케리치아 바이러스 ID32, 에스케리치아 바이러스 ID62, 에스케리치아 바이러스 NC28, 에스케리치아 바이러스 NC29, 에스케리치아 바이러스 NC35, 에스케리치아 바이러스 phiK, 에스케리치아 바이러스 St1, 에스케리치아 바이러스 WA45, 에스케리치아 바이러스 G4, 에스케리치아 바이러스 ID52, 에스케리치아 바이러스 탈모스, 에스케리치아 바이러스 phiX174, 브델로비브리오 바이러스 MAC1, 브델로비브리오 바이러스 MH2K, 클라미디아 바이러스 Chp1, 클라미디아 바이러스 Chp2, 클라미디아 바이러스 CPAR39, 클라미디아 바이러스 CPG1, 스피로플라스마 바이러스 SpV4, 아콜레플라스마 바이러스 L2, 슈도모나스 바이러스 PR4, 슈도모나스 바이러스 PRD1, 바실러스 바이러스 AP50, 바실러스 바이러스 Bam35, 바실러스 바이러스 GIL16, 바실러스 바이러스 Wip1, 에스케리치아 바이러스 phi80, 에스케리치아 바이러스 RB42, 에스케리치아 바이러스 T2, 에스케리치아 바이러스 T3, 에스케리치아 바이러스 T6, 에스케리치아 바이러스 VT2-Sa, 에스케리치아 바이러스 VT1-Sakai, 에스케리치아 바이러스 VT2-사카이, 에스케리치아 바이러스 CP-933V, 에스케리치아 바이러스 P27, 에스케리치아 바이러스 Stx2phi-I, 에스케리치아 바이러스 Stx1phi, 에스케리치아 바이러스 Stx2phi-II, 에스케리치아 바이러스 CP-1639, 에스케리치아 바이러스 BP-4795 기반, 에스케리치아 바이러스 86, 에스케리치아 바이러스 Min27, 에스케리치아 바이러스 2851, 에스케리치아 바이러스 1717, 에스케리치아 바이러스 YYZ-2008, 에스케리치아 바이러스 EC026_P06, 에스케리치아 바이러스 ECO103_P15, 에스케리치아 바이러스 ECO103_P12, 에스케리치아 바이러스 ECO111_P16, 에스케리치아 바이러스 ECO111_P11, 에스케리치아 바이러스 VT2phi_272, 에스케리치아 바이러스 TL-2011c, 에스케리치아 바이러스 P13374, 에스케리치아 바이러스 Sp5.
일 구현예에서, 박테리아 바이러스 입자는 이. 콜라이를 표적으로 하고 하기로 이루어진 군에서 선택되는 박테리오파지의 캡시드를 포함한다: BW73, B278, D6, D108, E, El, E24, E41, FI-2, FI-4, FI-5, HI8A, Ffl8B, i, MM, Mu, 025, PhI-5, Pk, PSP3, Pl, PlD, P2, P4, Sl, Wφ, φK13, φ1, φ2, φ7 φ92, 7 A, 8φ, 9φ, 18, 28-1, 186, 299, HH-에스케리치아 (2), AB48, CM, C4, C16, DD-VI, E4, E7, E28, FIl, FI3, H, H1, H3, H8, K3, M, N, ND-2, ND-3, ND4, ND-5, ND6, ND-7, Ox-I, Ox-2, Ox-3, Ox-4, Ox-5, Ox-6, PhI-I, RB42, RB43, RB49, RB69, S, SaI-I, Sal-2, Sal-3, Sal-4, Sal-5, Sal-6, TC23, TC45, TuII*-6, TuIP-24, TuII*46, TuIP-60, T2, T4, T6, T35, α1, 1, IA, 3, 3A, 3T+, 5φ, 9266Q, CFO103, HK620, J, K, KlF, m59, no. A, no. E, no. 3, no. 9, N4, sd, T3, T7, WPK, W31, ΔH, φC3888, φK3, φK7, φK12, φV-1, Φ04-CF, Φ05, Φ06, Φ07, φ1, φ1.2, φ20, φ95, φ263, φ1O92, φ1, φl1, Ω8, 1, 3, 7, 8, 26, 27, 28-2, 29, 30, 31, 32, 38, 39, 42, 933W, NN-에스케리치아 (1), Esc-7-11, AC30, CVX-5, Cl, DDUP, ECl, EC2, E21, E29, Fl, F26S, F27S, Hi, HK022, HK97, HK139, HK253, HK256, K7, ND-I, PA-2, q, S2, Tl,), T3C, T5, UC-I, w, β4, γ2, λ, ΦD326, φγ, Φ06, Φ7, Φ10, φ80, χ, 2, 4, 4A, 6, 8A, 102, 150, 168, 174, 3000, AC6, AC7, AC28, AC43, AC50, AC57, AC81, AC95, HK243, KlO, ZG/3A, 5, 5A, 21EL, H19-J 및 933H.
프리바이오틱스는 아미노산, 바이오틴, 프룩토-올리고당, 갈락토-올리고당, 헤미셀룰로스 (예를 들어, 아라비노실란, 실란, 실로글루칸, 및 글루코만난), 인슐린, 키틴, 락툴로스, 만난 올리고당, 올리고프룩토스-농축 이눌린, 검 (예를 들어, 구아르 검, 검 아라빅, 및 카리기난), 올리고프룩토스, 올리고덱스트로스, 타가토스, 저항성 말토덱스트린 (예를 들어, 저항성 전분), 트랜스-갈락토올리고당, 펙틴 (예를 들어, 실로갈락토우로난, 시트러스 펙틴, 사과 펙틴, 및 람노갈락투로난-I), 식이성 섬유 (예를 들어, 콩 섬유, 사탕무 섬유, 완두콩 섬유, 옥수수겨, 및 귀리 섬유) 및 자일로올리고당을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
프로바이오틱스는 락토바실러스, 비피도박테리아, 스트렙토코커스, 엔테로코커스, 프로피오니박테리아, 사카로마이세테스, 락토바실러스, 비피도박테리아, 또는 프로테오박테리아를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
항생제는 하기로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다: 페니실린 예컨대 페니실린 G, 페니실린 K, 페니실린 N, 페니실린 O, 페니실린 V, 메티실린, 벤질페니실린, 나프실린, 옥사실린, 클록사실린, 디클록사실린, 암피실린, 아목시실린, 피밤피실린, 헤타실린, 바캄피실린, 메탐피실린, 탈람피실린, 에피실린, 카르베니실린, 티카르실린, 테모실린, 메즐로실린, 및 피페라실린; 세팔로스포린, 예컨대 세파세트릴, 세파드록실, 세팔렉신, 세팔로글리신, 세팔로늄, 세팔로리딘, 세팔로틴, 세파피린, 세파트리진, 세파자플루어, 세파제돈, 세파졸린, 세프라딘, 세프록사딘, 세프테졸, 세파클로어, 세포니시드, 세프프로질, 세푸록심, 세푸조남, 세프메타졸, 세포테탄, 세폭시틴, 로라카르베프, 세프부페라존, 세프미녹스, 세포테탄, 세폭시틴, 세포티암, 세프카펜, 세프달록심, 세프디니르, 세프디토렌, 세페타메트, 세픽심, 세프메녹심, 세포디짐, 세포탁심, 세포벡신, 세프피미졸, 세프포독심, 세프테람, 세프타메르, 세프티부텐, 세프티오푸어, 세프티올렌, 세프티족심, 세프트리악손, 세포페라존, 세프타지딤, 라타목세프, 세프클리딘, 세페핌, 세플루프레남, 세포셀리스, 세포조프란, 세프피롬, 세프퀴놈, 플로목세프, 세프토비프롤, 세프타롤린, 세프톨로잔, 세팔로람, 세파파롤, 세프카넬, 세페드롤로어, 세펨피돈, 세페트리졸, 세피비트릴, 세프마틸렌, 세프메피디움, 세폭사졸, 세프로틸, 세프수미드, 세프티옥시드, 세푸라세팀, 및 니트로세핀; 폴리믹신 예컨대 폴리스포린, 네오스포린, 폴리믹신 B, 및 폴리믹신 E, 리팜피신 예컨대 리팜피신, 리파펜틴, 및 리팍시민; 피닥소미신; 퀴놀론 예컨대 시녹사신, 날리딕산, 옥솔린산, 피로미드산, 피페미드산, 로속사신, 시프로플록사신, 에녹사신, 플레록사신, 로메플록사신, 나디플록사신, 노르플록사신, 오프록사신, 페플록사신, 루플록사신, 발로플록사신, 그레파플록사신, 레보플록사신, 파주플록사신, 테마플록사신, 토수플록사신, 클리나플록사신, 가티플록사신, 제미플록사신, 목시플록사신, 시타플록사신, 트로바플록사신, 프룰리플록사신, 델라플록사신, 네모녹사신, 및 자보플록사신; 술폰아미드 예컨대 술파푸라졸, 술파세타미드, 술파디아진, 술파디미딘, 술파푸라졸, 술피소미딘, 술파독신, 술파메톡사졸, 술파목솔, 술파니트란, 술파디메톡신, 술파메톡시피리다진, 술파메톡시디아진, 술파독신, 술파메토피라진, 및 테레프틸; 마크롤리드 예컨대 아지트로마이신, 클라리트로마이신, 에리트로마이신, 피닥소미신, 텔리트로마이신, 카르보마이신 A, 조사마이신, 키타사마이신, 메디카마이신, 올레안도마이신, 솔리트로마이신, 피라마이신, 트롤레안도마이신, 틸로신, 및 록시트로마이신; 케톨리드 예컨대 텔리트로마이신, 및 세트로마이신; 루오로케톨리드 예컨대 솔리트로마이신; 린코사미드 예컨대 린코마이신, 클린다마이신, 및 필리마이신; 테트라사이클린 예컨대 데메클로사이클린, 독시사이클린, 미노사이클린, 옥시테트라사이클린, 및 테트라사이클린; 아미노글리코시드 예컨대 아미카신, 디베카신, 젠타미신, 카나마이신, 네오마이신, 네틸미신, 시소미신, 토브라마이신, 파로모마이신, 및 스트렙토마이신; 안사마이신 예컨대 젤다나마이신, 허비마이신, 및 리팍시민; 카르바세펨 예컨대 로라카르베프; 카르바페넴 예컨대 엘타페넴, 도리페넴, 이미페넴 (또는 실라스타틴), 및 메로페넴; 글리코펩티드 예컨대 테이코플라닌, 반코마이신, 텔라반신, 달바반신, 및 오리타반신; 린코사미드 예컨대 클린다마이신, 및 린코마이신; 리포펩티드 예컨대 답토마이신; 모노박탐 예컨대 아즈트레오남; 니트로퓨란 예컨대 퓨라졸리돈, 및 니트로퓨란토인; 옥사졸리디논 예컨대 리네졸리드, 포시졸리드, 라데졸리드, 및 토레졸리드; 테익소박틴, 클로파지민, 답손, 카프레오마이신, 시클로세린, 에탐부톨, 에티온아미드, 이소니아지드, 피라진아미드, 리파부틴, 아르스펜아민, 클로람페니콜, 포스포마이신, 푸시드산, 메트로니다졸, 무피로신, 플라텐시마이신, 퀴누프리스틴 (또는 달포프리스틴), 티암페니콜, 티게사이클린, 티니다졸, 트리메토프림, 알라트로플록사신, 피닥소마이신, 날리딕스산, 리팜핀, 이의 유도체, 및 조합.
본 발명은 본 명세서에 개시된 하나 이상의 박테리아 전달 비히클 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 또는 수의학 조성물을 제공한다. 일반적으로, 약학 용도를 위해서, 박테리아 전달 비히클은 적어도 하나의 박테리아 전달 비히클 및 적어도 하나의 약학적으로 허용가능한 담체, 희석제 또는 부형제, 및 임의로 하나 이상의 추가의 약학적으로 활성인 화합물을 포함하는 약학 조제물 또는 조성물로서 제제화될 수 있다. 이러한 제제는 경구 투여, 비경구 투여 (예컨대 정맥내, 근육내, 또는 피하 주사 또는 정맥내 주입), 국소 투여, 흡입에 의한 투여, 피부 팻치, 임플란트, 좌제 등에 적합한 형태일 수 있다. 이러한 투여 형태는 투여 반식 및 경로에 의존하여, 고형, 반고형, 또는 액상일 수 있다. 예를 들어, 경구 투여를 위한 제제는 제제 내 합성 박테리아 전달 비히클이 위 환경을 견뎌서 장으로 통과할 수 있게 하는 장용성 제피가 제공될 수 있다. 보다 일반적으로, 경구 투여를 위한 합성 박테리아 전달 비히클 제제는 위장관의 임의의 바람직한 부분에 전달을 위해 적합하게 제제화될 수 있다. 또한, 적합한 좌제는 위장관으로 전달에 사용될 수 있다. 박테리아 전달 비히클 조성물에서 유용한 다양한 약학적으로 허용가능한 담체, 희석제, 및 부형제는 당업자에게 공지되어 있다.
또한 본 명세서에 개시된 합성 박테리아 전달 비히클을 사용하여 박테리아 감염을 치료하기 위한 방법을 제공한다. 방법은 본 명세서에 개시된 합성 박테리아 전달 비히클 또는 조성물을 치료를 필요로 하는 박테리아 감염을 갖는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 일정 구현예에서, 대상체는 포유동물이다. 일정 구현예에서, 대상체는 인간이다.
본 개시에 따른 약학 또는 수의학 조성물은 약학적으로 허용가능한 비히클을 더 포함할 수 있다. 고형의 약학적으로 허용가능한 비히클은 풍미제, 윤활제, 가용화제, 현탁제, 염료, 충전제, 활택제, 압착 보조제, 불활성 결합제, 감미제, 보존제, 염료, 코팅제, 또는 정제-붕해제로서도 작용할 수 있는 하나 이상의 물질을 포함할 수 있다. 적합한 고형 비히클은 예를 들어 칼슘 포스페이트, 마그네슘 스테아레이트, 탈크, 당류, 락토스, 덱스트린, 전분, 젤라틴, 셀룰로스, 폴리비닐피롤리딘, 저용융 왁스, 및 이온 교환 수지를 포함한다.
약학 또는 수의학 조성물은 멸균된 물, 염수, 또는 다른 적절한 멸균된 주사용 매질을 사용하여 투여 시에 현탁시킬 수 있는 멸균 고형 조성물로서 제조될 수 있다. 본 개시의 약학 또는 수의학 조성물은 다른 용질 또는 현탁제 (예를 들어, 용액을 등장성으로 만들기에 충분한 염수 또는 포도당), 담즙염, 아카시아, 젤라틴, 솔비탄 모놀레에이트, 폴리솔베이트 80 (솔비톨의 올레에이트 에스테르 및 에틸렌 옥시드와 공중합된 이의 무수물) 등을 함유하는 멸균 용액 또는 현탁액의 형태로 경구로 투여될 수 있다. 본 개시에 따른 입자는 또한 액상 또는 고형 조성물 형태로 경구로 투여될 수 있다. 경구 투여에 적합한 조성물은 고체 형태, 예컨대 알약, 캡슐, 과립, 정제, 및 분말, 및 액체 형태, 예컨대 용액, 시럽, 엘릭시르, 및 현탁액을 포함한다. 장 투여에 유용한 형태는 멸균 용액, 에멀션, 및 현탁액을 포함한다.
본 개시에 따른 박테리아 전달 비히클은 약학적으로 허용가능한 액상 비히클 예컨대 물, 유기 용매, 둘 모두의 혼합물 도는 약학적으로 허용가능한 오일 또는 지방에 용해될 수 있거나 또는 현탁될 수 있다. 액상 비히클은 다른 적합한 약학 첨가제 예컨대 가용화제, 유화제, 완충제, 보존제, 감미제, 풍미제, 현탁제, 증점제, 착색제, 점도 조절제, 안정화제, 또는 삼투-조절제를 함유할 수 있다. 경구 및 장 투여를 위한 액상 비히클의 적합한 예는 물 (상기와 같은 첨가제, 예를 들어, 셀룰로스 유도체, 바람직하게 소듐 카르복시메틸 셀룰로스 용액을 부분적으로 함유), 알콜 (1가 알콜 및 다가 알콜, 예를 들어, 글리콜을 포함) 및 그들 유도체, 및 오일 (예를 들어, 분별 코코넛 오일 및 땅콩 오일)을 포함한다. 비경구 투여의 경우, 비히클은 또한 유성 에스테르 예컨대 에틸 올레에이트 및 이소프로필 피리스테이트일 수 있다. 멸균 액상 비히클은 장 투여를 위한 멸균된 액체 형태 조성물에서 유용하다. 가압 조성물을 위한 액상 비히클은 할로겐화된 탄화수소 또는 다른 약학적으로 허용가능한 추진제일 수 있다.
경피 투여의 경우, 약학 또는 수의학 조성물은 연고, 크린, 또는 겔 형태로 제제화될 수 있고, 적절한 침투제 또는 세제, 예컨대 디메틸 술폭시드, 디메틸 아세타미드, 및 디메틸포름아미드를 사용하여 침투를 촉진시킬 수 있다
경점막 투여의 경우, 비강 분무기, 직장 또는 질 좌제가 사용될 수 있다. 활성 화합물은 당분야에 공지된 방법을 통해서 임의의 기지의 좌제 베이스에 혼입될 수 있다. 이러한 베이스의 예는 코코아 버터, 폴리에틸렌 글리콜 (카보왁스), 폴리에틸렌 솔비탄 모노스테아레이트, 및 이들과 용융점 또는 용해율을 변형시키기 위한 다른 상용성 물질의 혼합물을 포함한다.
본 발명은 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 치료량을 투여하는 단계를 포함하는, 박테리아에 의해 야기된 질환 또는 질병을 치료하기 위한 방법에 관한 것이다. 또한 박테리아에 의해 야기된 질환 또는 질병의 치료에서 사용을 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물, 및 박테리아에 의해 야기된 질환 또는 질병의 치료에서의 약물의 제조를 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 용도에 관한 것이다.
박테리아에 의해 야기된 질환 또는 질병은 복부 경련, 여드름, 급성 후두개염, 관절염, 균혈증, 혈성 설사, 보툴리누스 중독증, 브루셀라병, 뇌농양, 연성하감 성병, 클라미디아, 클론병, 결막염, 담낭염, 직결장암, 폴립증, 군집붕괴, 라임병, 설사, 디프테리아, 십이지장 궤양, 심내막염, 에리시펠로트리코시스 (erysipelothricosis), 장티푸스, 열병, 사구체신염, 위장염, 위 궤양, 길랑-바레 증후군, 파상풍, 임질, 치은염, 염증성 장 질환, 과민성 장 증후군, 렙토스피라증, 한센병, 리스테리아증, 결핵, 레이디 위더미어 증후군, 재향군인병, 뇌수막염, 점액농성 결막염, 다제 내성 박테리아 감염, 다제 내성 박테리아 운반, 근괴사-가스 괴저, 마이코박테리움 아비움 (Mycobacterium avium) 복합체, 신생아 괴사성 장염, 노카르디아증, 원내감염, 이염, 치주염, 인두염, 폐렴, 복막염, 자반열, 록키산 홍반열, 시겔라증, 매독, 부비강염, 구불결장염, 패혈증, 피하 농양, 야생토끼병, 기관 기관지염, 편도염, 장티푸스, 궤양성 결장염, 요로 감염, 백일해로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다.
본 발명은 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 치료량을 투여하는 단계를 포함하는, 박테리아에 의해 야기된 감염을 치료하기 위한 방법에 관한 것이다. 또한 박테리아에 의해 야기된 감염의 치료에서 사용을 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물, 및 박테리아에 의해 야기된 감염의 치료에서 약물의 제조를 위한 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 또는 수의학 조성물의 용도에 관한 것이다.
박테리아에 의해 야기된 감염은 피부 감염 예컨대 여드름, 장 감염 예컨대 식도염, 위염, 장염, 결장염, 구불결장염, 직장염, 및 복막염, 요로 감염, 질 감염, 여성 상부 생식기 감염, 예컨대 난관염, 자궁내막염, 난소염, 자궁근염, 자궁주위염 및 골반 복막의 감염, 호흡기 감염 예컨대 폐렴, 양막내 감염, 치원성 감염, 치내 감염, 섬유증, 뇌수막염, 혈류 감염, 병원내 감염 예컨대 카테터-관련 감염, 병원 획득 폐렴, 산후 감염, 병원 획득 위장염, 병원 획득 요료 감염, 또는 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직하게, 본 개시에 따른 감염은 항생제 내성을 나타내는 박테리아에 의해 야기된다. 특정 구현예에서, 감염은 표적화된 박테리아에서 상기 열거된 바와 같은 박테리아에 의해 야기된다.
본 개시는 예를 들어, 비만 및 당뇨병을 포함하는 대사 장애의 치료에서 사용을 위한 약학 또는 수의학 조성물에 관한 것이다.
특정 구현예에서, 본 개시는 인간 마이크로바이옴의 박테리아가 관여되는 병리, 예컨대 염증성 및 자가 면역 질환, 암, 감염, 또는 뇌 질병의 치료에서 사용을 위한 약학 또는 수의학 조성물에 관한 것이다. 실제로, 임의의 감염을 촉발시키지 않고, 마이크로바이옴의 일부 박테리아는 염증성 또는 자가면역 질환 또는 암 생성을 유도하게 되고/되거나 증강시키게 되는 분자를 분비할 수 있다. 보다 특히, 본 개시는 예를 들어, CAR-T (키메라 항원 수용체 T) 세포, TIL (종양 침윤성 림프구) 및 억제자 T 세포로서도 알려진 Treg (조절성 T 세포)를 기반으로 하는 면역요법의 효능을 개선시키기 위한 마이크로바이옴 조성의 조절에 관한 것이다. 면역요법의 효능을 개선시키기 위한 마이크로바이옴 조성의 조절은 또한 당분야에 충분히 공지된 면역 체크포인트 억제제 예컨대, 제한없이, PD-1 (프로그램된 세포 사멸 단백질 1) 억제제, PD-L1 (프로그램된 사멸 리간드 1) 억제제 및 CTLA-4 (세포독성 T 림프구 연 관 단백질 4)의 용도를 포함할 수 있다.
마이크로바이옴의 일부 박테리아가 또한 뇌에 영향을 미치게 되는 분자를 분비할 수 있다.
그러므로, 본 개시의 추가 목적은 대상체의 마이크로바이옴을 제어하기 위한 방법으로서, 상기 대상체에서 본 명세서에 개시된 바와 같은 약학 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함한다.
특정 구현예에서, 본 개시는 또한 박테리아 감염에 대한 치료를 필요로 하는 개체를 위한 개인화 치료를 위한 방법에 관한 것으로서, i) 생물학적 샘플을 개체로부터 수득하고 샘플로부터 박테리아 DNA 서열의 군을 결정하는 단계; ii) 서열의 결정을 기반으로, 샘플에 존재한 하나 이상의 병원성 박테리아 균주 또는 종을 동정하는 단계; 및 iii) 샘플에서 동정된 각각의 병원성 박테리아 균주 또는 종을 인식시킬 수 있고 패키지된 플라스미드를 전달할 수 있는 본 개시에 따른 약학 조성물을 개체에게 투여하는 단계를 포함한다.
바람직하게, 생물학적 샘플은 병적 및 비병적 박테리아 종을 포함하고, 개체에게 본 개시에 따른 약학 또는 수의학 조성물을 투여하는 단계 이후에, 개체 상에서 또는 개체 내에서 병원성 박테리아의 양이 감소되지만, 비병원성 박테리아의 양은 감소되지 않는다.
다른 특정 구현예에서, 본 개시는 약물의 유효성을 개선시키기 위해서 사용을 위한 본 개시에 따른 약학 또는 수의학 조성물에 관한 것이다. 실제로, 그 스스로 병원성이지 않은, 마이크로바이옴의 일부 박테리아는 약물을 대사시킬 수 있고 그들을 무효 또는 유해한 분자로 변형시킬 수 있는 것으로 알려져 있다.
다른 특정 구현예에서, 본 개시는 치료적 화합물 예컨대 포유동물을 위한 예방적 및 치료적 백신을 포함하여, 임의의 관심 화합물의 제자리 박테리아 생산에 관한 것이다. 관심 화합물은 표적화된 박테리아 내부에서 생산될 수 있거나, 표적화된 박테리아로부터 분비될 수 있거나 또는 표적화된 박테리아의 표면 상에서 발현될 수 있다. 보다 특정한 구현예에서, 항원은 예방적 및/또는 치료적 백신접종을 위해 표적화된 박테리아의 표면 상에서 발현된다.
본 개시는 또한 박테리아 전달 입자의 비치료적 용도에 관한 것이다. 예를 들어, 비특이적 용도는 대상체, 특히 질환을 앓지 않는 대상체의 웰빙을 개선시키기 위한 용도 또는 미용 용도일 수 있다. 따라서, 본 개시는 또한 개시된 경우 박테리아 전달 입자를 포함하는 미용 조성물 또는 비치료적 조성물에 관한 것이다.
실시예 1
하기 실시예는 람다 수용체 결합 단백질 (RBP), 예를 들어, stf 단백질의 중요한 부분이 상이한 RBP의 일부분으로 교환될 수 있다는 것을 입증한다. 보다 구체적으로, 기능성 키메라 RBP를 수득할 수 있게 하는 람다 RBP의 특이적 융합 위치가 확인되었다. 특히, 이 데이터는 비제한적인 구현예에서, 박테리오파지 람다로부터 유래되는 파지미드의 경우에, 측면 꼬리 섬유 단백질의 변형이, 그 결과로서 확장된 숙주 범위를 일으킨다는 것을 입증한다. 람다형 파지미드에 키메라 stf 단백질의 첨가는 그들 숙주 범위를 변형시키고 증가시키기 위한 매우 강력한 접근법인 것으로 입증되며, 일부 경우에 gpJ 유전자의 변형에 비해 더 효율적이다. 또한, 해중합효소 활성을 코딩시키도록 측면 꼬리 섬유 단백질의 변형은 전달 효율을 극적으로 증가시킬 수 있다. 일부 경우에, 이러한 효소 활성의 첨가는 야생형 람다 파지미드가 전혀 진입을 보이지 않으면서 100% 전달 효율을 가능하게 한다. 이들 2가지 접근법은 조합되어 박테리아 종의 많은 균주에 대해 상이한 특이성 및 전달 효율을 갖는 파지미드 변이체를 생성시킬 수 있다.
꼬리 선단 유전자 (gpJ)의 변형이 람다 파지미드의 숙주 범위에 대해 영향이 있는지 여부를 결정하기 위한 시험을 수행하였다. 람다 꼬리 선단은 [11]에 기술된 돌연변이를 포함하도록 변형시켜서 OMPF-람다를 생성시켰다. 이러한 파지미드는 세포 표면에서 1차 수용체로서 LamB 대신에 이제 OmpF를 사용하게 된다. 다음으로, 도 1에 도시된 바와 같이, 다양한 O 및 K 혈청형을 포괄하는 이. 콜라이 균주의 컬렉션에서 전달 효율을 시험하였다.
도 1에서 확인할 수 있듯이, 상이한 세포 표면 수용체를 인식하는 파지미드의 사용은 전달 효율 및 숙주 범위에 최소의 영향을 갖는다. 오직 3종의 균주만이 변형된 파지미드의 처리 이후에 콜로니 수의 근소한 개선을 보인다. 이러한 결과는 파지미드에 대해 물리적 장벽을 형성하는 대다수 세포 주변의 캡슐의 존재에 기인할 수 있어서, 이러한 접근법은 성공적이지 않게 된다. 이러한 결과의 관점에서, 람다 stf 유전자는 박테리아 캡슐에 대한 효소 활성을 포함하도록 변형될 수 있다.
람다 stf의 서열 (SEQ ID NO:1)은 다음과 같다:
Figure pct00001
Figure pct00002
굵은 밑줄 서열은 T4 파지에 도입된 단백질의 일부분을 나타낸다 [47]. 캡슐형 이. 콜라이에 대해 효소 활성을 갖는 키메라 측면 꼬리 섬유를 생산하도록 상이한 파지로부터의 꼬리 섬유로 람다 stf의 C-말단을 교환시키는 것이 가능한지 여부를 조사하기 위해 실험을 수행하였다. 심도있게 연구되어 그 구조가 해결된 K1F 파지로부터의 꼬리 섬유가 선택되었다 [19], [20]. K1F는 K1-캡슐형 이. 콜라이에 의해 분비되는 시알산 중합체에 대해 활성이 있는, 엔도시알리다제 활성을 갖는 효소를 코딩한다. 사실, K1+ 균주는 캡슐이 파지의 부착을 방지하는 물리적 장벽을 형성하기 때문에 T7 감염에 면역력이 있지만, 정제된 K1F 효소는 감염 전에 세포에 첨가되면, T7이 그들을 용해시킬 수 있어서 [21], 박테리아 캡슐의 존재가 박테리오파지에 의한 인식을 피하는 강력한 기전이라는 것이 확인된다. 따라서, K1+ 균주에서 변형된 람다-stf-K1 파지미드의 전달을 시험함으로써, 람다-stf 키메라 단백질이 이의 효소 활성을 유지하는지 여부를 검증하는 것이 가능하였다.
K1F 꼬리 섬유의 서열은 다음과 같다 (SEQ ID NO: 121):
Figure pct00003
굵은체 및 밑줄 서열은 결정화시키고 이의 엔도시알리다제 활성을 보유하는 것으로 확인된 단백질의 일부분을 나타낸다. 람다 stf 단백질 및 K1F 꼬리 섬유 간에 동일성이 존재하지 않으므로, 문헌 및 결정 구조를 포함한, 상이한 정보원에서 발췌한 결론을 기반으로 삽입 지점을 만들었다.
stf 유전자는 Cas9-매개 유전자 교환 프로토콜을 사용해 이의 C-말단에서 K1F 엔도시알리다제를 포함하도록 변형되었다 [22]. 람다-K1F 파지미드는 -[23]에서와 같이 생산하였고 일부 K1+ 균주, 특히 이. 콜라이 UTI89 및 S88에 대해 적정하였다. 결과는 인상적이었는데, 이들 균주에서, 람다 야생형 stf가 사용되면 전달되지 않았지만, K1F 변이체의 첨가로 100% 전달된다 (도 2).
이번에는 K5-캡슐 분해 활성 (파지 K5A 유래의 K5 리아제 꼬리 섬유)을 갖는, 람다-stf의 상이한 변이체를 생성시키기 위해서 동일한 원리를 따랐다. K1F의 경우에서 처럼, 람다-stf 및 K5 리아제 간 상동성이 존재하지 않지만, 이의 결정 구조가 공개되었다 [24]. 그리하여, K1F에 대한 것과 동일한 접근법을 사용하여 stf-K5 키메라 측면 꼬리 섬유를 생성시켰고 이. 콜라이의 K5-캡슐형 균중 대해 생성된 파지미드를 시험하였다 (ECOR 55). 그러나, 이러한 경우에, delta-stf 람다 생산 균주는 유도성 프로모터의 제어 하에서 트랜스로 발현된 stf 융합 유전자와 함께 생산되었다. 도 3에 도시된 바와 같이, 야생형 람다-stf를 사용한 일부 잔여 전달이 존재하였고, 아마도 더 얇은 K5 캡슐을 갖는 일부 세포의 존재에 기인하는 듯 하다. 그러나, 람다-stf-K5 키메라의 첨가는 106 배 초과의 전달 개선을 가능하게 한다.
일부 다른 경우에, 측면 꼬리 섬유는 람다 stf와 어느 정도의 상동성을 갖는 것을 발견할 수 있지만, 결정 구조는 이용불가하다. 이들 경우에, 삽입 지점은 람다 stf와 동일성을 갖는 아미노산의 마지막 스트레치로서 설계되었다. 예를 들어, 2종의 내부 시퀀싱된 파지에서, 예상 측면 꼬리 섬유 단백질은 다음과 같다:
파지 AG22 stf (SEQ ID NO: 192):
Figure pct00004
람다 stf와 이의 정렬은 다음과 같다:
Figure pct00005
제2의 내부 파지의 stf의 서열은 다음과 같다:
파지 SIEA11 stf (SEQ ID NO: 193)
Figure pct00006
람다 stf와 이의 정렬은 다음과 같다:
Figure pct00007
이들 2종의 특이적 경우에서, 어떠한 항원이 이들 측면 꼬리 섬유를 인식할 수 있는가는 알려지지 않았고, 그래서 키메라 측면 꼬리 섬유를 갖는 람다 패키지된 파지미드가 생산되었고 그들 전달 효율은 O 및 K 혈청형의 매우 다양한 군을 함유하는 이. 콜라이 컬렉션에서 시험되었다.
도 4에 도시된 바와 같이, 키메라 stf의 첨가는 람다-기반 파지미드가 시험된 96종 균주 중 25종에서 증가된 전달 효율을 보이게 된다 (컬렉션의 25% 초과). 일부 경우에, 증가는 보통이고, 다른 경우에서, 야생형 람다 파지미드가 전혀 진입하지 않았거나 또는 매우 낮게 진입된 균주에서 매우 양호한 전달 효율을 가능하게 한다. AG22는 람다같은, 시포바이러스_과에 속하지만, SIEA11는 P2-유사 파지라는 것은 또한 주목할 가치가 있다. 이것은 stf 모듈이 박테리오파지 속 전반에서 교환될 수 있다는 유의한 관찰을 강조한다.
다른 측면 꼬리 섬유 유전자는 도 4에 도시된 바와 같이 분석하였고 람다 stf 유전자 내에 몇개의 삽입 지점은 이전에 도시된 바와 같이 이. 콜라이 컬렉션에서 차등적 진입을 갖는 키메라 변이체를 제공하는 것이 확인되었다. 이들 삽입 지점은 비상동성 꼬리 섬유 변이체 (예컨대 상기 K1F 및 K5의 경우) 또는 람다 stf 및 시험하려는 변이체 간 다양한 정도의 상동성에 대한 결과를 기반으로 한다. 이러한 상동성은 짧은, 약 5 내지 10개 아미노산일 수 있거나, 또는 실질적으로 유사하다. 시험된 삽입 지점은 하기에 굵게 밑줄 로 표시된다:
>람다 stf (SEQ ID NO:1)
Figure pct00008
람다 stf 단백질은 774개 아미노산으로 이루어진다. 삽입 지점은 N-말단 (아미노산 131, 삽입 지점 ADAKKS)에 더 가깝거나 또는 C-말단 (아미노산 529, 삽입 지점 GAGENS)에 더 가깝게 존재할 수 있다. 도 5는 삽입 지점 ADAKKS, SASAAA 및 MDETNR 에 대한 일부 선택된 예를 도시한다.
본 명세서에 기술된 결과는 한 파지의 캡시드에 부착하는 한 꼬리 섬유의 일부분 (일반적으로 단백질의 N-말단)을 박테리아와 상호작용하는 다른 섬유의 일부분 (일반적으로 단백질의 C-말단)과 조합한 키메라 꼬리 섬유를 구축하는 것이 가능하다는 것을 보여준다. 상이한 꼬리 섬유의 서열 간 상동성의 스트레치는 바람직한 재조합 지점으로서 고려될 수 있다. 파지 람다의 Stf 단백질에 대한 이러한 지점을 식별하기 위해서 Stf 서열의 스캔은 50 aa 창에서 수행하였고 phmmer 검색 [25]은 대표적인 단백질체 75 데이터베이스에서 상동성 서열을 식별하도록 각 창에서 수행하였다 (도 6).
실시예 2
T4-유사 파지는 공통의 긴 꼬리 섬유 구조: "힌지 커넥터"로서 작용하는 단백질에 의해서 연결된 숙주 특이성을 코딩하는 원위 꼬리 섬유 및 파지 입자에 부착되는 근위 꼬리 섬유를 공유하는 매우 다양한 박테리오파지 과이다 (Desplats and Krisch, 2003, Res. Microbiol. 154:259-267; Bartual et al. 2010, Proc. Natl. Acad. Sci. 107: 20287-20292). 꼬리 섬유의 주요 숙주 범위 결정자는 윈위 부분에 존재한다고 생각된다. 그리하여, 매우 광범위한 것으로 알려진, 소정 T4-유사 파지의 숙주 범위를 임의의 다른 파지 또는 관심 파지미드로 옮기는 것이 가능한지 여부를 이해하는 것이 매우 중요하다. 몇 종의 T4-유사 파지의 원위 꼬리 섬유 (T4-유사 긴 꼬리 섬유의 C-말단 도메인)가 가능한 기능성 삽입 부위에 대해 스크리닝되었고, 람다 stf 유전자와의 몇개 융합체를 생성시켰고 그들 숙주 범위를 스크리닝하였다.
이종성 꼬리 섬유 (람다 파지 stf)에 융합될 때, 기능성 키메라를 제공하게 되는 DTF 내 가능한 삽입 부위를 검색하였다. 파지 (WW13)의 DTF가 테스트베드로서 사용되었다. 이러한 파지는 힌지 커넥터에 의해 이격된 근위 및 원위 꼬리 섬유, gp38 샤페론/어드헤신 (꼬리 섬유의 폴딩 및 숙주의 인식을 보조하기 위함 (Trojet et al., 2011, Genome Biol. Evol. 3:674-686)) 및 꼬리 섬유의 적절한 폴딩에 필요한 것으로 알려진 gp57A 샤페론 (Matsui et al., 1997, J. Bacteriol. 179:1846-1851)을 갖는, 고전적인 T4-유사 구조를 보유한다. T4-유사 파지의 내생성 게놈 조절이 복잡하고 미지의 조절층을 포함할 수 있으므로 (Miller et al., 2003, Microbio. Mol. Biol. Rev. 67:86-156), RBS를 코딩하는 합성 링커는 DTF 유전자 및 어드헤신 사이에서 천연 DNA 링커를 치환시키도록 설계되었고; 바로 하류에서, 샤페론 gp57A 앞에 다른 합성 RBS가 첨가되었고, 그리하여 DTF의 적절한 폴딩에 필요한 모든 기능을 코딩하는 폴리시스트론 mRNA를 생성시켰다 (도 7). 이러한 구성체는 유도성 프로모터의 제어 하에 있는 플라스미드에 구축되었고 람다-기반 파지미드를 생산하는 균주에서 트랜스로 보충되었다.
T4-유사 서열 (밑줄은 상기 기술된 융합체에서 사용된 DTF 삽입 부위임):
WW13 (SEQ ID NO:123)
Figure pct00009
Figure pct00010
도 7 은 조작된 람다 stf-T4-유사 DTF 키메라의 구조를 도시한다. 반원은 RBS 부위를 표시하고; T 표시는 전사 종결인자; 화살표는 프로모터를 표시한다. DTF의 C-말단의 몇개 부분을 스크리닝하였고 GAGENS 삽입 부위에서 람다 stf 유전자에 융합시켰다. 이. 콜라이 균주의 컬렉션에서 파지미드 입자의 생산 및 클로람페니콜 마커의 형질도입으로 평가시에, 키메라 람다 stf-WW13의 몇가지 변이체는 기능성이었다. 도 8에 도시된 기능성 키메라는 WW13의 IIQLED 삽입 부위에서 융합으로 수득되었다. 추가의 기능성 키메라는 람다 stf MDETNR 삽입 부위 및 WW13 DTF GNIIDL, VDRAV 및 IIQLE 삽입 부위에서 융합으로 수득되었다 (도 11).
WW13과 서열 상동성을 공유하는, PP-1 같은 다른 T4-유사 파지를 또한 시험하였고 기능성 키메라를 생산하는 것을 검증하였다 (도 8). 이들 기능성 키메라는 PP-1 DTF 부분의 시작부에서 IATRV 삽입 부위를 보여준다.
도 8 은 키메라 람다 stf-T4-유사 DTF를 갖는 파지미드 입자의 스크리닝을 도시한다. 상이한 혈청형을 포괄하는, 96종의 상이한 야생형 이. 콜라이 균주의 컬렉션을 람다-기반 파지미드로 형질도입시켰고 Cm LB 한천 상에 도말하였다. 우측 패널은 야생형 람다 stf를 나타내고; 중간 패널은 키메라 람다-stf-WW13을 나타내며; 우측 패널은 키메라 람다-stf-PP-1을 나타낸다.
WW13에 대해 발견된 삽입 부위가 소정 T4-유사 DTF에서 항상 존재하는 것은 아니어서, 분석을 복잡하게 만든다. WW13와 상동성이 없는 다른 기능성 삽입 부위가 제2 파지에 대해 발견되었다 (WW55, 도 9). 동일한 TPGEL 삽입 부위가 T4-유사 파지의 서브세트에서 발견될 수 있었고 그들 중 적어도 하나, WW34 (도 9)와, 람다 stf 내 MDETNR 삽입 부위에서 기능성 키메라를 산출하는 것이 입증되었다.
도 9 는 키메라 람다 stf-T4-유사 DTF를 갖는 파지미드 입자의 스크리닝을 도시한다. 상이한 혈청형을 포괄하는 96종의 상이한 야생형 이. 콜라이 균주의 컬렉션은 람다-기반 파지미드로 형질도입되었고 Cm LB 한천 상에 도말하였다. 우측 패널은 야생형 람다 stf를 나타내고; 중간 패널은 키메라 람다-stf-WW55를 나타내며; 우측 패널은 키메라 람다-stf-WW34를 나타낸다.
T4-유사 DTF 단백질이 삽입을 위한 공통 부위를 공유할 수 있거나 또는 그렇지 않을 수 있으므로, 모든 T4-유사 DTF에 존재하는 보편적인 삽입 부위를 식별하기 위한 시도를 하였다. 몇개의 T4-유사 DTF를 정렬할 때, 충분히 보존된 N-말단을 제외하고, 모든 서열에 존재하는 전체 DTF 유전자에 따라서 상동성이 존재하지 않는다. DTF의 N-말단은 주요 파지 입자와의 부착을 위해 힌지 컬렉터와 상호작용하는 것으로 여겨진다.
고전적인 견해는 숙주 범위 결정자가 DTF의 C-말단부에 존재한다는 것이지만, 최근의 연구들은 N-말단이 또한 이러한 과정에 관여될 수 있다는 것을 입증하였다 (Chen et al., 2017, Appl. Environ. Microbiol. Vl. 83 No. 23). 다음으로 DTF의 N-말단은 모든 T4-유사 파지에 존재하고 기능성 키메라를 산출할 수 있는 삽입 부위를 찾기 위해 면밀히 검토하였다. 파지 WW13 DTF 및 람다 stf 내 삽입 부위 MDETNR이 사용되었다. 완전한 DTF 유전자 (아미노산 2에서 출발)의 직접 융합이 입자에 일부 활성을 제공하지만, DTF 융합의 거동을 재연하는, DTF의 아미노산 40 내지 50의 바람직한 영역을 갖는, 아미노산 1 내지 90의 영역을 동정하였고 도 10에 도시되어 있다. 중요한 것은, 이러한 영역이 스크리닝된 모든 T4-유사 파지에 존재하고 매우 신속하게 사용하여 WW55를 포함한, 다양한 세트의 DTF를 갖는 키메라를 생성시켰다 (도 10).
따라서, 본 개시는 숙주 범위가 변경된 파지 및 파지미드 입자의 생성에 유용한데, 임의의 T4-유사 파지로부터의 DTF를 사용하여 키메라의 구축을 위한 실용적인 프레임워크를 제공하기 때문으로, 이의 모듈성 및 전환성을 강조한다.
실시예 3
인간 마이크로바이옴은 내장, 피부, 질, 및 입을 포함한, 상이한 신체 구역에 포함된다 [29]. 이들 영역에서 미생물총은 상이한 미생물 군집, 예컨대 박테리아, 고세균, 및 진균으로 구성된다 [29]-[31]. 이들 군집의 특별한 조성을 밝히기 위한 시도된 수많은 연구들이 수행되었지만, "코어 마이크로바이옴"이 존재할 수 있으나, 몇몇 인자들, 예컨대 지리적 위치, 식이 또는 연령에 의존하여 각 미생물의 상대적 함량에 많은 변동이 존재한다는 것이 분명해 졌다 [32]-[35].
특별히, 인간 내장 미생물총의 경우에, 진단 방법을 실행하지 않고 소정 개인이 보유하는 박테리아 종이 무엇인지 선험적으로 알게 될 가능성은 없다. 에스케리치아 콜라이의 경우에, 대다수의 인간에서 일부 혈청형 및 계통군의 출현율을 지적하는 일부 연구들이 수행되었지만; 지리적 분포를 비롯하여 샘플채취 시점에 의존하여 샘플의 조성에 유의한 변화가 있으며, 예를 들어, 1980년대에 유럽, 아프리카, 아시아, 및 남아메리카에서 단리된 샘플은 계통군 A 및 B1 (각각 55% 및 21%)에 대한 출현율을 보이지만; 유럽, 북아메리카, 아시아, 및 오스트레일리아에서 2000년대에 수득된 샘플은 주로 B2 군 (43%)과 그 다음으로, A군 (24%), D군 (21%), 및 B1군 (12%)에 속한다 [36]. 계통군 B2 및 D는 편리공생 균주에 비해서 병원성 균주와 보통 더 일반적으로 연관된다고 여겨지지만 [37], 편리공생균이고 상이한 혈청형에 속하는 계통군 B2에 속하는 다수의 인간- 및 비인간-특이적 균주를 보여주는 연구들이 존재한다 [38].
인간 마이크로바이옴, 특히 에스케리치아 콜라이 아형의 본질적인 가변성은 표적화된 치료적 접근법을 설계하는 것을 어렵게 만든다. 표적 박테리아 개체군의 사멸을 목적으로 하는 파지 요법의 경우에, 예를 들어, 2종의 가능한 접근법이 가능한데, 첫째로, 특이적 이. 콜라이 혈청형을 인식하여 표적화할 수 있는 협소한 숙주 범위 입자의 사용 또는 둘째로 때때로 상이한 속으로부터 유래되는, 많은 상이한 균주를 인식할 수 있는 광범위 숙주 범위 파지의 사용이다 [39]. 이러한 어려움은 표적 박테리아 개체군을 사멸시키는 것을 목적으로 하지 않지만, 그들에 기능을 첨가하고자 하는 전략 (즉, 숙주에서 효과를 가질 것이고 표적화된 미생물총에 의해 발현될 것인 인자의 전달)을 고려한다면 악화된다. 이러한 특별한 경우에, 패키지된 파지미드의 사용은 상당히 흥미로운데, 그들이 숙주를 사멸시키지 않기 때문이고 (그들 페이로드가 숙주 사멸을 목적으로 하는 유전자를 운반하지 않으며), 페이로드는 임의의 내생성 파지 유전자를 복제 및 확장시키지 않고 함유하지 않는다. 그러나, 파지의 경우에서 처럼, 진단 연구는 그들 사멸없이 표적 박테리아에 기능을 첨가하는 페이로드의 전달을 가능하게 하는 패키지된 파지미드를 찾거나 또는 설계하기 위해서 처리 전에 환자에 존재하는 박테리아의 특이적 혈청형/변이체를 동정하는 것이 필요할 것이다.
이들 2종의 접근법을 조합함으로써, 에스케리치아 콜라이에 집중하여, 상이한 혈청형 및 계통군에 속하는 많은 수의 균주를 인식할 수 있는 조작된 전달 비히클 (즉, "광범위 숙주 범위"를 갖는 조작된 입자)을 사용하는 것을 제안하였다. 표적화된 박테리아 개체군이 그들 수를 감소시키기 위해 가능한 100%에 가까울 필요가 있는, 사멸-지향적 접근법과 반대로, 치료적 전달 접근법은 선험적으로 큰 백분율의 박테리아에 도달할 필요가 없고; 전달은 치료적 페이로드가 적용분야에 의존하여 매우 가변적일 수 있는, 올바른 수준으로 발현되도록 충분히 높을 필요가 있다. 추가로, 페이로드는 상이한 혈청형 또는 계통군에 의해 발현될 수 있다. 이러한 접근법은 인자가 대다수의 환자에서 생체내 발현되는 페이로드를 전달하게 될 기회를 증가시킨다.
표적 균주의 미지 혈청형/변이체로 구성된 박테리아 공동체에서 전달을 획득하기 위해서, 전달 비히클은 매우 다양한 표적 균주를 인식하는 그들 능력에 기인하여 선택된 키메라 측면 꼬리 섬유 (stf)를 함유하도록 조작되었다. 이. 콜라이에서 광범위 숙주 범위를 갖는 것으로 기술된 많은 파지가 존재하고 이들 중 많은 것들이 T4 과에 속하지만, 일반적으로, 이. 콜라이 및 관련 박테리아에 대한 파지는 제한된 숙주 범위를 갖는다.
그러나, [41]에 따라서, 얼마나 많은 균주가 "광범위 숙주 범위"로서 간주되는 파지에 의해 표적화될 필요가 있는지에 대한 합의는 존재하지 않는다.
에스케리치아 콜라이의 경우에서, ECOR 컬렉션은 자연계에서 이러한 박테리아의 가변성을 대표하는 것으로 여겨지는 상이한 공급원으로부터 단리된 균주 세트이다 [42]. 일부 파지는 이러한 컬렉션에 대해 광범위 숙주 범위를 갖는 것으로 확인되었다 (예를 들어, ECOR 균주의 약 53%는 파지 AR1에 의해 용해 [43]될 수 있고 약 60%는 파지 SU16에 의해 용해 [44]될 수 있음). 이와 반대로, 단일 파지는 스타필로코커스 아우레우스 균주의 95% 를 감염시킬 수 있다 [40].
문헌에 기술된 바와 같이, 가능한 많은 숙주를 인식할 수 있는 변이체를 동정하려는 시도로 키메라 stf를 갖는 조작된 전달 비히클을 시험하고 그들 숙주 범위를 평가하기 위해서 이러한 컬렉션의 인간 균주를 사용하고자 결정하였다 [45]. 편차는 용해와 반대로 본 어세이가 전달 효율을 측정한다는 것이다.
밤샘 배양물로부터의 균주를 심부 96웰 플레이트 중에 5 mM CaCl2가 보충된 600 ㎕의 LB에 1:100으로 희석하였고 2시간 동안 37℃에 900 rpm 에서 성장시켰다. 다음으로 106/㎕의 평균으로 생산된 10 ㎕의 패키지된 파지미드는 90 ㎕의 박테리아 배양물에 첨가하였고, 30분 동안 37℃에서 인큐베이션시켰으며 10 ㎕의 혼합물을 24 ㎍/mL 클로람페니콜이 보충된 LB 한천 상에 도말시켰고 밤새 37℃에서 인큐베이션시켰다. 다음 날에, 도트의 밀도는 0 내지 5로 채점하였고, 0은 형질도입체가 없고 5는 매우 높은 밀도의 스폿이다 [도 11]. 스폿의 밀도는 패키지된 파지미드의 전달 효율과 직접 관련되는데, 클로람페니콜 아세틸트랜스퍼라제 유전자를 함유하는 페이로드를 받은 박테리아의 수에 상응하기 때문이다.
몇몇 stf 키메라를 ECOR 컬렉션의 40종 인간 균주에서 시험하였고 스크리닝하였다. 대조군으로서, 야생형 stf의 전달 효율을 시험하였다. 전달 실험에 사용되는 패키지된 파지미드 변이체는 변형되어서 이의 꼬리 선단 gpJ는 이제 LamB 이외의 수용체를 인식한다 (1A2 변이체). 도 12에, 18 stf에 대한 미가공 도트 적정이 도시되어 있고 도 13에는 도트 밀도로 채점된 전달 효율을 비롯하여 전달 통계와 함께 막대-형식 표가 도시되어 있다.
3 이상의 밀도 점수를 갖는 도트 (중간 내지 높은 전달 효율로서 간주)만을 고려하면, 일부 stf는 선택된 ECOR 균주에서 전달 효율이 야생형 stf를 사용했을 때에 비해 유의하게 더 높기 때문에 광범위 숙주 범위로 간주될 수 있다. 예를 들어, stf EB6 또는 stf 68B의 경우에, 균주의 약 50%는 야생형 stf를 갖는 균주의 17.5%와 비교하여, 중간 내지 높은 전달 효율을 보인다. 이들 stf는 그들이 상이한 계통군을 비롯하여 혈청형에서 전달될 수 있으므로, 생체내 전달을 위한 양호한 후보이다. 도 13의 표의 하단에, 3보다 높은 밀도 점수에 대한 막대 형식 설명이 도시되어 있고, 광범위 숙주 범위에 대한 한계치는 야생형 stf의 기준선과 비교하여 적어도 2X의 증가로 설정되며; 이것은 균주의 적어도 35%에서 3 이상의 점수로 전달할 수 있는 stf 이다. 다른 stf 는 또한 야생형 stf와 비교하여 증가된 전달을 보이고, 그래서 야생형 stf 가 전달된 균주의 수와 비교하여 적어도 50% 증가로 3점 이상의 점수로 전달될 수 있는 stf에 대해 덜 엄격한 한계치를 설정하였다 (이것은, 균주의 적어도 26.25%에서 3점 이상의 점수의 전달임). 비교로서, stf K1 및 stf 66D에 대한 데이터가 도시되고: 이들 stf는 적은 수의 균주 (예를 들어, stf K1의 경우 균주 B 및 AB; 및 stf 66D의 경우 균주 E 및 AF)에서 효율적으로 전달되는 것으로 보이고, 이것은 그들이 아마도 협소한 숙주 범위를 갖는다는 것을 의미하는데; 예상되는 바이며, K1 stf의 경우에 동족 수용체가 K1 캡슐이기 때문이다 [46]. 추가로, T4-유사 파지에서 기원된 stf를 갖는 키메라에 대한 데이터가 도시되어 있고; 문헌에서 제안된 바와 같이, 이러한 키메라는 광범위 숙주 범위를 보이지만 최선의 후보로 보이지는 않는다.
종합하면, 이들 결과는 전달 비히클의 stf를 조작하여 많은 수의 표적 이. 콜라이 균주를 인식할 수 있게 하여서, "광범위 숙주 범위"가 되게할 수 있다는 것을 시사한다. 이러한 유형의 입자는 소정 박테리아 균주를 인식하는 특이적 변이체를 조작하지 않고도 표적 박테리아에 기능을 첨가하는 페이로드를 전달하는데 매우 유용할 수 있다.
참조문헌목록
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SEQUENCE LISTING <110> ELIGO BIOSCIENCE <120> CHIMERIC RECEPTOR BINDING PROTEINS FOR USE IN BACTERIAL DELIVERY VEHICLES <130> B3138PC <160> 258 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 774 <212> PRT <213> artificial <220> <223> lambda stf <400> 1 Met Ala Val Lys Ile Ser Gly Val Leu Lys Asp Gly Thr Gly Lys Pro 1 5 10 15 Val Gln Asn Cys Thr Ile Gln Leu Lys Ala Arg Arg Asn Ser Thr Thr 20 25 30 Val Val Val Asn Thr Val Gly Ser Glu Asn Pro Asp Glu Ala Gly Arg 35 40 45 Tyr Ser Met Asp Val Glu Tyr Gly Gln Tyr Ser Val Ile Leu Gln Val 50 55 60 Asp Gly Phe Pro Pro Ser His Ala Gly Thr Ile Thr Val Tyr Glu Asp 65 70 75 80 Ser Gln Pro Gly Thr Leu Asn Asp Phe Leu Cys Ala Met Thr Glu Asp 85 90 95 Asp Ala Arg Pro Glu Val Leu Arg Arg Leu Glu Leu Met Val Glu Glu 100 105 110 Val Ala Arg Asn Ala Ser Val Val Ala Gln Ser Thr Ala Asp Ala Lys 115 120 125 Lys Ser Ala Gly Asp Ala Ser Ala Ser Ala Ala Gln Val Ala Ala Leu 130 135 140 Val Thr Asp Ala Thr Asp Ser Ala Arg Ala Ala Ser Thr Ser Ala Gly 145 150 155 160 Gln 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ccctgccact catcgcagta 7080 ttgttgtaat tcattaagca ttctgccgac atggaagcca tcacaaacgg catgatgaac 7140 ttggatcgcc agtggcatta acaccttgtc gccttgcgta taatattttc ccatagtgaa 7200 aacgggggcg aagaagttgt ccatatttgc tacgtttaaa tcaaaactgg tgaaactcac 7260 ccagggattg gcactgacga aaaacatatt ttcgataaac 7300 <210> 253 <211> 585 <212> DNA <213> artificial <220> <223> WT Lambda STF AP1 <400> 253 atggcattca gaatgagtga acaaccacgg accataaaaa tttataatct gctggccgga 60 actaatgaat ttattggtga aggtgacgca tatattccgc ctcataccgg tctgcctgca 120 aacagtaccg atattgcacc gccagatatt ccggctggct ttgtggctgt tttcaacagt 180 gatgaggcat cgtggcatct cgttgaagac catcggggta aaaccgtcta tgacgtggct 240 tccggcgacg cgttatttat ttctgaactc ggtccgttac cggaaaattt tacctggtta 300 tcgccgggag gggaatatca gaagtggaac ggcacagcct gggtgaagga tacggaagca 360 gaaaaactgt tccggatccg ggaggcggaa gaaacaaaaa aaagcctgat gcaggtagcc 420 agtgagcata ttgcgccgct tcaggatgct gcagatctgg aaattgcaac gaaggaagaa 480 acctcgttgc tggaagcctg gaagaagtat cgggtgttgc tgaaccgtgt tgatacatca 540 actgcacctg atattgagtg gcctgctgtc cctgttatgg agtaa 585 <210> 254 <211> 194 <212> PRT <213> artificial <220> <223> WT Lambda STF AP1 <400> 254 Met Ala Phe Arg Met Ser Glu Gln Pro Arg Thr Ile Lys Ile Tyr Asn 1 5 10 15 Leu Leu Ala Gly Thr Asn Glu Phe Ile Gly Glu Gly Asp Ala Tyr Ile 20 25 30 Pro Pro His Thr Gly Leu Pro Ala Asn Ser Thr Asp Ile Ala Pro Pro 35 40 45 Asp Ile Pro Ala Gly Phe Val Ala Val Phe Asn Ser Asp Glu Ala Ser 50 55 60 Trp His Leu Val Glu Asp His Arg Gly Lys Thr Val Tyr Asp Val Ala 65 70 75 80 Ser Gly Asp Ala Leu Phe Ile Ser Glu Leu Gly Pro Leu Pro Glu Asn 85 90 95 Phe Thr Trp Leu Ser Pro Gly Gly Glu Tyr Gln Lys Trp Asn Gly Thr 100 105 110 Ala Trp Val Lys Asp Thr Glu Ala Glu Lys Leu Phe Arg Ile Arg Glu 115 120 125 Ala Glu Glu Thr Lys Lys Ser Leu Met Gln Val Ala Ser Glu His Ile 130 135 140 Ala Pro Leu Gln Asp Ala Ala Asp Leu Glu Ile Ala Thr Lys Glu Glu 145 150 155 160 Thr Ser Leu Leu Glu Ala Trp Lys Lys Tyr Arg Val Leu Leu Asn Arg 165 170 175 Val Asp Thr Ser Thr Ala Pro Asp Ile Glu Trp Pro Ala Val Pro Val 180 185 190 Met Glu <210> 255 <211> 786 <212> DNA <213> artificial <220> <223> WW55 3.0 AP1 <400> 255 atggcaatat cttctggatg ggtaggatca tctgctgtgt ccgagactgg tcaacggtgg 60 atgagcgccg caatgcaagc tgttcgctta ggtcgtccgg cgtatatgtc ggcaatggtc 120 ggacgctcta aagagattca ttatagcatt ggtgctagta actcttacaa taaagacact 180 cttattaact ggatgaaagc acaaggatct actccggtag taattactat cacgggtaat 240 attgtttccc aatctactgg cgttccttgt cttgatttcc ctagctcact gacaaacgaa 300 tatgtaacac tcattattaa ctctggtgtt catgtattag gtcgtggagg aaatggcgga 360 agtaactctg ctggtggagc aggaggaaat gcaataaata acggaattgg aactcgttta 420 agaataaaca ataatggtat tattggtggt ggcggtggtg gcggtgctgg tgctagatac 480 aatcctttcc ctcaaatgga tatgaaattt ggcggcggtg gaggccgtcc atttggtgct 540 gcgggtgcgg caggaggcgg cgcagcggca gcatctgctg gtacaatttc tgccccaggt 600 aaaggcactg tttctggggt tcattatgga ggagatggtg gagatttggg agctgctggc 660 aaatcttcat atattaaagg tggtactggt ggaactgttc actcgggtgg tgctgcgggt 720 aaagctgtta ctggtaatgc ccctcgctgg gataaagtag gcacgatcta cggtgctcgc 780 gtgtaa 786 <210> 256 <211> 261 <212> PRT <213> artificial <220> <223> WW55 3.0 AP1 <400> 256 Met Ala Ile Ser Ser Gly Trp Val Gly Ser Ser Ala Val Ser Glu Thr 1 5 10 15 Gly Gln Arg Trp Met Ser Ala Ala Met Gln Ala Val Arg Leu Gly Arg 20 25 30 Pro Ala Tyr Met Ser Ala Met Val Gly Arg Ser Lys Glu Ile His Tyr 35 40 45 Ser Ile Gly Ala Ser Asn Ser Tyr Asn Lys Asp Thr Leu Ile Asn Trp 50 55 60 Met Lys Ala Gln Gly Ser Thr Pro Val Val Ile Thr Ile Thr Gly Asn 65 70 75 80 Ile Val Ser Gln Ser Thr Gly Val Pro Cys Leu Asp Phe Pro Ser Ser 85 90 95 Leu Thr Asn Glu Tyr Val Thr Leu Ile Ile Asn Ser Gly Val His Val 100 105 110 Leu Gly Arg Gly Gly Asn Gly Gly Ser Asn Ser Ala Gly Gly Ala Gly 115 120 125 Gly Asn Ala Ile Asn Asn Gly Ile Gly Thr Arg Leu Arg Ile Asn Asn 130 135 140 Asn Gly Ile Ile Gly Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ala Gly Ala Arg Tyr 145 150 155 160 Asn Pro Phe Pro Gln Met Asp Met Lys Phe Gly Gly Gly Gly Gly Arg 165 170 175 Pro Phe Gly Ala Ala Gly Ala Ala Gly Gly Gly Ala Ala Ala Ala Ser 180 185 190 Ala Gly Thr Ile Ser Ala Pro Gly Lys Gly Thr Val Ser Gly Val His 195 200 205 Tyr Gly Gly Asp Gly Gly Asp Leu Gly Ala Ala Gly Lys Ser Ser Tyr 210 215 220 Ile Lys Gly Gly Thr Gly Gly Thr Val His Ser Gly Gly Ala Ala Gly 225 230 235 240 Lys Ala Val Thr Gly Asn Ala Pro Arg Trp Asp Lys Val Gly Thr Ile 245 250 255 Tyr Gly Ala Arg Val 260 <210> 257 <211> 261 <212> DNA <213> artificial <220> <223> WW55 3.0 AP2 <400> 257 atgtccaatc agcatgaaca aatgattaat gtcctgaaag tacgtctgtt tgacactcaa 60 gaaaaggccg cattcttaga aggccaactg aaagatcgtg agcgtgtatt gatggaactg 120 gtacgcattc tgggtattca gccagacgaa aacggcactg tttcccttga tgctattgtc 180 gaagaagtga aagcacttct ccctaaagac gaagcagcgg aagacgcaga agaggaagta 240 gaactgatca cggaggcttg a 261 <210> 258 <211> 86 <212> PRT <213> artificial <220> <223> WW55 3.0 AP2 <400> 258 Met Ser Asn Gln His Glu Gln Met Ile Asn Val Leu Lys Val Arg Leu 1 5 10 15 Phe Asp Thr Gln Glu Lys Ala Ala Phe Leu Glu Gly Gln Leu Lys Asp 20 25 30 Arg Glu Arg Val Leu Met Glu Leu Val Arg Ile Leu Gly Ile Gln Pro 35 40 45 Asp Glu Asn Gly Thr Val Ser Leu Asp Ala Ile Val Glu Glu Val Lys 50 55 60 Ala Leu Leu Pro Lys Asp Glu Ala Ala Glu Asp Ala Glu Glu Glu Val 65 70 75 80 Glu Leu Ile Thr Glu Ala 85

Claims (27)

  1. 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP)로서,
    키메라 RBP는 람다-유사 또는 람다 박테리오파지 유래 RBP의 N-말단 도메인 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하고,
    상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460　또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 상기 C-말단 도메인에 융합되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  2. 제1항에 있어서, 키메라 RBP는 람다-유사 또는 람다 박테리오파지 유래 RBP의 N-말단 도메인 및 상이한 RBP의 C-말단 도메인 간 융합을 포함하고,
    람다-유사 또는 람다 박테리오파지 유래 상기 RBP 및 다른 RBP는 람다 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460 및 495-560 범위인 3개 아미노산 영역 중 하나 이상에서 상동성을 가지고,
    상기 N-말단 도메인은 람다 stf 서열 (SEQ ID NO:1)에 대해서 N-말단 RBP의 위치 1-150, 320-460 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 상기 C-말단 도메인에 융합되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 상이한 RBP는 임의의 박테리오파지 또는 박테리오신으로부터 유래되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 키메라 RBP의 상기 N-말단 도메인은 N-말단 RBP의 위치 80-150, 320-460, 또는 495-560으로부터 선택되는 아미노산 영역 중 하나 내에서 상기 C-말단 도메인에 융합되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, N-말단 도메인 및 C-말단 도메인은 상기 영역 내에, 아미노산 SAGDAS (SEQ ID NO: 178), ADAKKS (SEQ ID NO: 179), MDETNR (SEQ ID NO: 180), SASAAA (SEQ ID NO: 181), 및 GAGENS (SEQ ID NO: 182)으로 이루어진 군으로부터 선택되는 삽입 부위와 적어도 80% 동일성을 갖는 삽입 부위에서 융합되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 키메라 RBP는 SEQ ID NO: 2, 4, 7, 9, 12, 15, 17, 20, 23, 24, 25, 27, 29, 31, 33, 35, 37, 39, 41, 42, 44, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 56, 59, 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148, 151, 192, 194, 195, 198, 200, 202, 204, 206, 208, 211, 214, 216, 218 또는 220의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상이한 RBP의 C-말단 도메인은 캡슐형 박테리아 균주에 대해 해중합효소 활성을 갖는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  8. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상이한 RBP는 T4-유사 박테리오파지인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  9. 제8항에 있어서, RBP의 C-말단 도메인의 삽입 부위는 T4-유사 박테리오파지 원위 꼬리 섬유 내에 존재하는 IIQLED (SEQ ID NO: 184), GNIIDL (SEQ ID NO: 185), IATRV (SEQ ID NO: 186), TPGEL (SEQ ID NO: 187), GAIIN (SEQ ID NO: 188), NQIID (SEQ ID NO: 189), GQIVN (SEQ ID NO: 190), 및 VDRAV (SEQ ID NO: 191)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  10. 제8항 또는 제9항에 있어서, RBP의 C-말단 도메인의 삽입 부위는 T4-유사 박테리오파지 원위 꼬리 섬유 내에서, 아미노산 40 내지 50으로부터의 바람직한 영역을 갖는, 아미노산 1 내지 90으로부터의 영역 내에 위치하는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RBP).
  11. 제8항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 키메라 RBP는 SEQ ID NO: 130, 131, 132, 135, 138, 139, 142, 145, 148 또는 151의 아미노산 서열을 포함하는 것인, 키메라 수용체 결합 단백질 (RB).
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은 키메라 RBP를 포함하는, 박테리아 전달 비히클.
  13. 제12항에 있어서, 상기 박테리아 전달 비히클은 박테리오파지인, 박테리아 전달 비히클.
  14. 제12항 또는 제13항에 있어서, 상기 박테리아 전달 비히클은 패키지된 파지미드인, 박테리아 전달 비히클.
  15. 제12항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 관심 단백질 또는 관심 핵산을 코딩하는 핵산 페이로드를 더 포함하는 것인, 박테리아 전달 비히클.
  16. 제15항에 있어서, 관심 핵산은 Cas 뉴클레아제 유전자, Cas9 뉴클레아제 유전자, 가이드 RNA, CRISPR 유전자좌, 독소 유전자, 효소 예컨대 뉴클레아제 또는 키나제, TALEN, ZFN, 메가뉴클레아제, 리콤비나제, 박테리아 수용체, 막 단백질, 구조 단백질, 분비형 단백질을 발현하는 유전자, 항생제 또는 일반 약물에 대한 내성을 발현하는 유전자, 독성 단백질 또는 독성 인자를 발현하는 유전자, 및 병독성 단백질 또는 병독성 인자를 발현하는 유전자, 또는 그들의 임의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 박테리아 전달 비히클.
  17. 제15항에 있어서, 관심 단백질은 숙주 박테리아 세포 게놈 또는 숙주 박테리아 세포 플라스미드의 절단을 표적화하는 뉴클레아제인, 박테리아 전달 비히클.
  18. 제17항에 있어서, 절단은 항생제 내성 유전자에서 일어나는 것인, 박테리아 전달 비히클.
  19. 제15항에 있어서, 핵산 페이로드는 치료 단백질을 코딩하는 것인, 박테리아 전달 비히클.
  20. 제15항에 있어서, 핵산 페이로드는 안티-센스 핵산 분자를 코딩하는 것인, 박테리아 전달 비히클.
  21. 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항에 정의된 바와 같은 키메라 RBP를 코딩하는 핵산 분자.
  22. 제21항에 있어서, SEQ ID NO: 62, 64, 67, 69, 72, 75, 77, 80, 83, 84, 85, 87, 89, 91, 93, 95, 97, 99, 101, 102, 104, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 116, 119, 154, 155, 156, 159, 162, 163, 166, 169, 172, 175, 222, 223, 226, 228, 230, 232, 234, 236, 239, 242, 244, 246 또는 248의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것인, 핵산 분자.
  23. 제12항 내지 제20항 중 어느 한 항의 하나 이상의 박테리아 전달 비히클 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학 또는 수의학 조성물.
  24. 박테리아 감염을 치료하기 위한 방법으로서, 치료를 필요로 하는 박테리아 감염을 갖는 대상체에게 제23항의 약학 또는 수의학 조성물 또는 제12항 내지 제20항 중 어느 한 항의 하나 이상의 박테리아 전달 비히클을 투여하는 단계를 포함하는, 치료 방법.
  25. 박테리아 감염에 사용을 위한 제23항의 약학 또는 수의학 조성물 또는 제12항 내지 제20항 중 어느 한 항의 하나 이상의 박테리아 전달 비히클.
  26. 박테리아 개체군에서 병독성 및/또는 항생제 내성 박테리아의 양을 감소시키기 위한 방법으로서, 박테리아 개체군을 제12항 내지 제20항 중 어느 한 항의 박테리아 전달 비히클과 접촉시키는 단계를 포함하는, 감소 방법.
  27. 박테리아 개체군에서 병독성 및/또는 항생제 내성 박테리아의 양을 감소시키는데 사용을 위한 제23항의 약학 또는 수의학 조성물 또는 제12항 내지 제20항 중 어느 한 항의 하나 이상의 박테리아 전달 비히클.
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