CN113416775A - 一种心血管疾病相关snp位点引物组合物及应用 - Google Patents

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CN113416775A CN202110651870.5A CN202110651870A CN113416775A CN 113416775 A CN113416775 A CN 113416775A CN 202110651870 A CN202110651870 A CN 202110651870A CN 113416775 A CN113416775 A CN 113416775A
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Abstract

本发明提供了一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物及其应用，属于分子生物学技术领域。本发明通过NGS的方法，设计开发了一组SNP位点扩增引物，通过生物信息学分析方法，检测个体体内与心血管疾病相关的基因结构变化，预测个体患病风险，提高心血管疾病的预防和/或治疗效果。本发明所述的评估系统及检测方法成本低，操作简便，灵敏度好，且准确率高，重复性好，具有极大的临床应用价值。

Description

一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物及应用
技术领域
本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物及应用。
背景技术
心血管疾病(cardiovascular disease，CVD)一般指心脑血管疾病，是心脏血管和脑血管疾病的统称，泛指由于高脂血症、血液黏稠、动脉粥样硬化、高血压等所导致的心脏、大脑及全身组织发生的缺血性或出血性疾病。心脑血管疾病是一种严重威胁人类，特别是50岁以上中老年人健康的常见病，具有高患病率、高致残率和高死亡率的特点，即使应用目前最先进、完善的治疗手段，仍可有50％以上的脑血管意外幸存者生活不能完全自理。
心血管疾病的早筛早测对于降低心血管疾病的危害意义重大，预防心脑血管疾病的发生，应从预防和控制其危险因素开始。遗传背景则是影响心血管疾病危险因素之一。研究表明，患有心血管病的患者，其父母死于这类疾病的几率比一般人高4倍。单卵双胞胎者父母如有此类疾病，则双胞胎们发生心血管病的几率要比一般人高6倍。
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是由单个核苷酸的变异(包括转换、颠换、缺失和插入四种形式)所引起的DNA序列的多态性，一般情况下只会发生转换和颠换这两种形式，二者之比约为1：2。SNP在人类基因组中广泛存在，大约每五百到一千个碱基中就会出现一个，占全部已知基因多态性的90％以上，可以说是人类最常见的可遗传变异。单核苷酸多态性最常出现在CG序列中，C等位基因型转换为T等位基因型的情况最为常见，这可能与胞嘧啶容易通过甲基化形成胸腺嘧啶有关。单核苷酸多态性作为被发掘的第三代DNA遗传标志物，相比前两代标志物而言，具有数量多、密度大、分布广、稳定性强、易于检测等优点，有利于单核苷酸多态性在医学方面的应用和推广。
专利CN108004312B提供了一种针对SNP位点的引物组用于检测心血管疾病相关基因的多态性，所述的SNP位点包括：SLCO1B1 521C、SLCO1B1 521T、SLCO1B1 463A、SLCO1B1463C、SLCO1B1 388A、SLCO1B1 388G、ABCA1 656A、ABCA1 656G、CYP2C9 1075C、CYP2C91075A、ABCB1 1236T、ABCB1 1236C、ABCB1 2677A、ABCB1 2677G、ABCB1 2677T、ABCG2 421C、ABCG2 421A、CYP3A4 1334C、CYP3A4 1334T、CYP3A4 653G、CYP3A4 653C、SLC10A1 800T和SLC10A1 800C。专利CN105002286B则公开了一种与高血压和/或心血管疾病发病风险相关的多个单核苷酸多态性位点及其相关应用，通过整合影响亚洲人群血压变异相关的22个单核苷酸多态性位点，在26262例研究对象中进行基因分型，在传统的危险因素模型中，加入遗传风险评分GRS，提高对高血压和心血管疾病风险的预测能力。而现有技术中对心血管疾病相关的SNP位点的研究较少。
因此，亟需构建一种新的心血管疾病相关SNP位点及其引物组合物，用于心血管疾病的预防或治疗，便于更好地维持人机体的健康。
发明内容
针对上述不足，本发明提供了一种心血管疾病相关SNP位点及其引物组合物。本发明通过NGS的方法，设计开发了一组SNP位点扩增引物，通过生物信息学分析方法，检测个体体内与心血管疾病相关的基因结构变化，从而指导人们从饮食、运动、生活习惯等方面进行提前预防和提示未来进行医院常规体检的长期关注点。本申请所述的引物组合物及检测方法检测成本低，操作简便，灵敏度好，且准确率高，重复性好，具有极大的临床应用价值。
为了实现上述发明目的，本发明的技术方案如下：
一方面，本发明提供了一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物，所述的SNP位点包括：rs1332824、rs1952706、rs2074633、rs2415317、rs2787417、rs28688791、rs934075、rs944289、rs1049334、rs11264280、rs1152591、rs11598047、rs11718898、rs12044963、rs12415501、rs12664873、rs13219206、rs17059534、rs17461925、rs1997572、rs2047036、rs2106261、rs2220427、rs2296610、rs2540953、rs2967791、rs337711、rs3771537、rs4946333、rs520525、rs639652、rs6843082、rs7026071、rs72700118、rs74022964、rs7508、rs75190942、rs7698692、rs7915134、rs883079、rs60572254、rs403814、rs1842896、rs7136259、rs9268402、rs6842241、rs9584669、rs11748327、rs3803915、rs4618210、rs490556、rs521660、rs10263935。
具体地，所述的引物组合物如下表1所示。
表1引物组合物
Figure BDA0003111847290000031
Figure BDA0003111847290000041
Figure BDA0003111847290000051
具体地，所述的心血管疾病包括大动脉缺血性卒中、房颤、外周动脉疾病、高血压、心梗和主动脉夹层。
另一方面，本发明提供了上述SNP位点引物组合物在制备检测和/或评估心血管疾病产品中的应用。
又一方面，本发明提供了一种用于检测和/或评估心血管疾病的产品，所述产品包括上述SNP位点引物组合物。
具体地，所述的产品为独立试剂或试剂盒。
又一方面，本发明提供了上述SNP位点引物组合物或产品在检测心血管疾病相关SNP位点中的应用。
又一方面，本发明提供了一种心血管疾病相关SNP位点的检测方法，所述方法为非疾病诊断和治疗方法，所述方法包括利用上述引物组合物或产品对待测样品基因组中的SNP位点进行检测。
具体地，所述的方法包括以下步骤：
(1)基因组DNA提取；
(2)第1轮多重PCR反应；
(3)第1轮磁珠纯化；
(4)第2轮多重PCR反应；
(5)第2轮磁珠纯化；
(6)文库定量；
(7)文库质量检测；
(8)将文库上机测序，得到fastaq序列文件，经过质量评估、比对、SNP calling步骤得到待测样本捕获区域的SNP的基因型信息；
(9)将得到的每一个SNP的基因型赋予其在人群研究中的疾病的OR值；
(10)将个体某一疾病所涉及的SNP的所有OR值进行相乘，即该个体针对该疾病的绝对遗传风险；
(11)将绝对遗传风险在千人基因组/中国人基因组队列中排名，即该个体针对该疾病的相对遗传风险，排名在5％以内为低风险，在95％以上为高风险，5-95％之间为正常范围。
进一步具体地，步骤(8)中所述质量评估软件为FASTQC软件，所述比对软件为BWA软件，所述SNP calling软件为GATK软件。
与现有技术相比，本发明的积极和有益效果在于：
1、本发明提供了一种用于检测心血管疾病SNP位点引物组合物，能够同时对大动脉缺血性卒中、房颤、外周动脉疾病、高血压、心梗和主动脉夹层等心血管疾病进行检测及患病风险评估，从而指导人们从饮食、运动、生活习惯等方面进行提前预防和提示未来进行医院常规体检的长期关注点，进一步提高心血管疾病的防治效果。
2.本发明提供的SNP位点引物组合物及检测方法，可从微量外周血中获取到足够多的遗传信息，进行遗传风险评估，灵敏度好，同时高效特异的扩增引物，精准地获取SNP位点信息，杜绝非特异扩增，大大的提高了精准度，并降低实验成本，操作简便。从获取的SNP组合，经过特异的分析方法，计算预测个体未来有可能的患病风险，具有极大的临床应用价值。
3.本发明包含的SNP位点信息覆盖多种心血管疾病，对于每一种疾病，获得了N个该疾病易感位点基因型，每一个易感位点的基因型等位基因有自己的OR值，根据测序结果得到的位点的基因型信息，获得某种疾病所覆盖的位点基因型对应的OR值，进一步计算该疾病整体的遗传风险值。对于个体某种疾病的风险评估，要将个体的绝对遗传风险放到足够大的人群中去比较，才能更准确的代表该个体的患病风险。因此，本发明利用已建立的中国自然人群以及千人基因组人群为参照，确定所检测个体的疾病遗传风险。以95％为cut-off，个体某种疾病OR值超过所在人群95％的人，则认为该个体该种疾病遗传风险偏高。
附图说明
图1为下机测序数据示例图。
图2为大动脉缺血性卒中遗传风险评估图。
图3为外周动脉疾病遗传风险评估图。
图4为心肌梗死遗传风险评估图。
图5为冠状动脉疾病遗传风险评估图。
图6为高血压遗传风险评估图。
图7为房颤遗传风险评估图。
具体实施方式
下面结合具体实施例，对本发明作进一步详细的阐述，下述实施例不用于限制本发明，仅用于说明本发明。以下实施例中所使用的实验方法如无特殊说明，实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，下述实施例中所使用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
除非另外定义，否则本文中所用的全部技术与科学用语均具有本领域技术人员通常理解的含义。
在某些实施例中，所用试剂或仪器详细信息如下：
无水乙醇：北京化工分析纯；
AgencourtAMPure XP Kit：Beckman(A63881)；
QubitdsDNA HS Assay Kit：Life Technologies(Q32851)；
Nuclease-free water：Ambion(AM9930)；
High Sensitivity DNA Kit：Agilent(p/n 5067-4626)；
Figure BDA0003111847290000081
Custom Panel：艾吉泰康生物科技(北京)有限公司(IGMU062)，包括Box 1(-20℃保存)：IGT-I7(5μM)、IGT-EM101 polymerase mixture、Enhancer NB(1N)和Box 2(-20℃保存)：YF buffer B(4℃保存)、IGT-I5(5μM)；
PCR仪器：Life公司ABI 9700；
DynaMag-96 Side：Life Technologies(cat.no.12331D)；
Figure BDA0003111847290000082
Fluorometer：Thermo(Q33216)；
Agilent 2100Bioanalyzer system：Agilent(G2939AA)。
实施例1引物组合物
本申请所述引物组合物具体如下表2所示。
表2引物组合物
Figure BDA0003111847290000083
Figure BDA0003111847290000091
Figure BDA0003111847290000101
实施例2文库构建及检测
1.基因组DNA提取
按照商业化基因组DNA提取试剂盒操作步骤进行唾液或血液基因组DNA(gDNA)的提取，使用Qubit(Life Technologies)进行定量。
2.第1轮多重PCR反应
1.1.反应体系如下表3所示。
表3反应体系
Reagent Volume(μL)
ddH<sub>2</sub>O 4-x
Enhancer NB(1N) 5
Primer(表2) 2.4
gDNA X(30ng)
IGT-EM101 polymerase mixture 3.6
其中，Primer引物混合物中每条引物的终浓度为0.5pmol。
1.2.反应程序为：95℃3min30s；98℃20s，60℃8min，18cycle；72℃5min。
3.第1轮磁珠纯化
3.1.向15μL PCR产物加入15μL室温平衡后的AMPure XP磁珠，用移液器吸打混匀数次；
3.2.室温孵育5min后，将PCR管置于DynaMag-96 Side磁力架上3min；
3.3.彻底移除上清，将PCR管从磁力架取下，向管内加入40μLYF buffer B，用移液器吸打混匀数次；
3.4.室温孵育5min后，将PCR管置于DynaMag-96 Side磁力架上3min；
3.5.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向管内加入180μL 80％乙醇溶液，静置30s；
3.6.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向管内加入180μL 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清；
3.7.室温静置10min，使残留乙醇彻底挥发；
3.8.将PCR管从磁力架取下，加入22μL Nuclease-free water，移液器轻轻吸打重悬磁珠，避免产生气泡，室温静置2min；
3.9.将PCR管重新置于磁力架上，静置3min；
3.10.用移液器吸取9.4μL上清液，转移到新的200μL PCR管内，管内上清液为多重PCR产物。
4.第2轮多重PCR反应
4.1.反应体系如下表4所示。
表4反应体系
Reagent Volume(μL)
步骤3.10多重PCR反应产物混合物 9.4
IGT-I5(5μM) 1
IGT-I7(5μM) 1
IGT-EM101 polymerase mixture 3.6
4.2.反应程序为：95℃3min30s；98℃20s，58℃1min，72℃30s，8cycle；72℃5min。
5.第2轮磁珠纯化
5.1.向15μL PCR产物加入13.5μL室温平衡后的AMPure XP磁珠，用移液器吸打混匀数次；
5.2.室温孵育5min后，将PCR管置于DynaMag-96 Side磁力架上3min；
5.3.彻底移除上清，将PCR管从磁力架取下，向管内加入40μL YF buffer B，用移液器吸打混匀数次；
5.4.室温孵育5min后，将PCR管置于DynaMag-96 Side磁力架上3min；
5.5.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向管内加入180μL 80％乙醇溶液，静置30s；
5.6.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向管内加入180μL 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清；
5.7.室温静置10min，使残留乙醇彻底挥发；
5.8.将PCR管从磁力架取下，加入24μL Nuclease-free water或者1×TE buffer(pH 8.0)，移液器轻轻吸打重悬磁珠，避免产生气泡，室温静置2min；
5.9.将PCR管重新置于磁力架上，静置3min；
5.10.用移液器吸取20μL上清液，转移到新的PCR管内，管内上清液为制备的多重PCR文库。
6.文库定量
取2μL文库样本使用
Figure BDA0003111847290000121
Fluorometer(QubitdsDNA HS Assay Kit)进行文库浓度测定，记录文库浓度。
7.文库质量检测
取1μL文库样本使用Agilent 2100Bioanalyzer system(High Sensitivity DNAKit)进行文库片段长度和纯度测量，正常文库的靶片段分布区间在300-400bp之间，主峰在360bp左右。
8.将文库上机测序，得到fastaq序列文件。经过质量评估、比对、SNP calling等步骤得到待测样本捕获区域的SNP的基因型信息，其中质量评估使用FASTQC软件，比对使用BWA软件，SNP calling使用GATK软件。
9.将得到的每一个SNP的基因型赋予其在人群研究中的疾病的OR值。
10.将个体某一疾病所涉及的SNP的所有OR值进行相乘，即该个体针对该疾病的绝对遗传风险。
11.将绝对遗传风险在千人基因组/中国人基因组队列中排名，即该个体针对该疾病的相对遗传风险，排名在5％以内为低风险，在95％以上为高风险，5-95％之间为正常范围。
实施例3
心血管疾病与基因和检测位点的对应关系如下表5所示。
表5
Figure BDA0003111847290000131
Figure BDA0003111847290000141
实验例1准确性检测
使用本申请所述的检测方法对上述53个位点进行检测，同时用Sanger测序进行验证，结果如下表6所示。
表6准确性检测结果
Figure BDA0003111847290000142
Figure BDA0003111847290000151
Figure BDA0003111847290000161
由表6可知，本申请所述引物组合物及检测方法准确性为100％。
实验例2重复性检测
选取1例外周血样本A和1例唾液样本B，每个样本重复3次进行一个批次的检测，检测结果如下表7所示。
表7重复性检测结果
Figure BDA0003111847290000162
Figure BDA0003111847290000171
备注：样本A-1为样本A第1次检测。
由表7检测结果可知，本申请所述的引物组合物及检测方法重复性为100％。
实验例3精密度检测
选取1例外周血样本A和1例唾液样本B，每个样本分别使用三个批次的引物组合物进行检测，检测结果如下表8所示。
表8精密度检测结果
Figure BDA0003111847290000172
Figure BDA0003111847290000181
Figure BDA0003111847290000191
由表8检测结果可知，本申请所述的引物组合物及检测方法精密度为100％。
实验例4
选取1例外周血样本A按照本申请实施例1和实施例2的方法进行检测，并进行心血管疾病遗传风险的评估，以大动脉缺血性卒中、外周动脉疾病、心肌梗死、冠状动脉疾病、高血压、房颤为例，该样本在千人基因组人群和现阶段参照自测基因组人群中的遗传风险如图2-7所示。其中，横坐标为标准化后相对风险OR值的自然对数，纵坐标为所对应OR值上的人群概率密度。该样本大动脉缺血性卒中OR＝1.9182，Rank千人基因组＝53％，Rank自测＝46.4％；外周动脉疾病OR＝1，Rank千人基因组＝61％，Rank自测＝22.5％；心肌梗死OR＝1.0989，Rank千人基因组＝50.5％，Rank自测＝43％；冠状动脉疾病OR＝0.8772，Rank千人基因组＝11％，Rank自测＝4.6％；高血压OR＝1，Rank千人基因组＝0.2％，Rank自测＝0.1％；房颤OR＝1.3026，Rank千人基因组＝35.3％，Rank自测＝11.7％。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对本发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
序列表
<110> 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）
<120> 一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物及应用
<130> 20210128
<160> 106
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 1
cctgactggc tgtattcacc c 21
<210> 2
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 2
agttaacata caatttcaat acagcacaga ta 32
<210> 3
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 3
taggtgactt ggtatgttag cgc 23
<210> 4
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 4
ctcacttgtc actttcatat tagcttattc a 31
<210> 5
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 5
gattccttaa acgtaaccgc tgtg 24
<210> 6
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 6
ttctgaaatt aacaatatct agtgctgtac tg 32
<210> 7
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 7
tattggtatt tgtattaagt ccgtgtttac c 31
<210> 8
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 8
tcagcatcac atgtcattag ggaat 25
<210> 9
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 9
aatatgaatg tacttaatac cactgaactg tac 33
<210> 10
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 10
caatattcaa ctctatgatg tacatactga actat 35
<210> 11
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 11
aagccaaact gtactgtctt aaaagtg 27
<210> 12
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 12
ttcacttctt agcatagacc atctgg 26
<210> 13
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 13
ctgtgcctgg ctagaaagat tttaag 26
<210> 14
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 14
gtaaatttgg aagatctctg actgaatcaa 30
<210> 15
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 15
actctctgga gaaccaacag ga 22
<210> 16
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 16
attgtgaggt atatatggtt ctataattag cct 33
<210> 17
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 17
aaatgaatta aagtggacca atagggc 27
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 18
ccactgatca gctgaaatgg ga 22
<210> 19
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 19
caagaatgga agccatacga taaaaca 27
<210> 20
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 20
gtctttcctc tttagcaact gagttataag 30
<210> 21
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 21
ttaaagctgc cttagaaata ctattggc 28
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 22
gtttcattct cagaggcctc ctt 23
<210> 23
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 23
aataaacaag gagagtctgg aagtgaa 27
<210> 24
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 24
tacccctgca attcatcctt acg 23
<210> 25
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 25
agcacgtgtg gccgc 15
<210> 26
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 26
tgttggtgca cagggtgtc 19
<210> 27
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 27
agcacctttt ctaatttgca caaaga 26
<210> 28
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 28
aggaggctgg gtctcagatc 20
<210> 29
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 29
acagcgcccc ctagagg 17
<210> 30
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 30
gccatggact gtgggctc 18
<210> 31
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 31
agaactttag ttacatgact attaaacact gg 32
<210> 32
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 32
ctgttcccca attcaaggtc ttattaaat 29
<210> 33
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 33
tcctgcaaca caaggcgatt 20
<210> 34
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 34
aatcattttc ctccctctct taaccaa 27
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 35
tcatgaagtg gagaacatat gtccc 25
<210> 36
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 36
catgcccagc cttgagtcat 20
<210> 37
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 37
attatagctt tgtagacatt aaattcaagg aaga 34
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 38
atgacagaaa gaaaaggtgg aggaa 25
<210> 39
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 39
gcctgggaag tcgaagctg 19
<210> 40
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 40
tgagttcgtt ctttgtgaga tgct 24
<210> 41
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 41
cgaggtgggc agttcaatgt ata 23
<210> 42
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 42
ctggaactgc atcctactct gtc 23
<210> 43
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 43
tccagggagc tagaccacat ag 22
<210> 44
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 44
agcatctgca gaggtaggga t 21
<210> 45
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 45
ttctgtattc ttaacagtct gtgtataatc cta 33
<210> 46
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 46
tgctaaatat tatcctggct atctggg 27
<210> 47
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 47
gtggaatcat cactaaagcc ttacttg 27
<210> 48
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 48
attggagggt agaaatattt aacattgtct tatt 34
<210> 49
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 49
ggcggtggtg tttgggat 18
<210> 50
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 50
tgatgggtga caattaataa gaacatagat tag 33
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 51
gagccgagat cacaccatcg 20
<210> 52
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 52
tgaccgtttc ttcagaagag aagg 24
<210> 53
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 53
cctatttcct gatgatttac ttaaatttga aacat 35
<210> 54
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 54
caaattacaa atccattgat gaaatactta gagtt 35
<210> 55
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 55
cacatcactt cccaattgca tcttta 26
<210> 56
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 56
gagcaaagtg gaaattggag atgatt 26
<210> 57
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 57
cagattaagg ggtgacttat gcaga 25
<210> 58
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 58
aataaagagt tcagacagga tcaaatacat g 31
<210> 59
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 59
actctggaat gcagtgaata ccc 23
<210> 60
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 60
tttattcgct cgtgttgtaa aatctaaaat g 31
<210> 61
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 61
tttaatatat tgagtatttt caactgggta ggaaa 35
<210> 62
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 62
agatatcaaa tatagtcagt cggaatacat ga 32
<210> 63
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 63
gttttacacc tgatagaaat tattgaacat gtc 33
<210> 64
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 64
tctctttcac tatttgatag cctcagag 28
<210> 65
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 65
aatggcgtga actggtgagg 20
<210> 66
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 66
gaagtggaaa taatcactgc tgttagg 27
<210> 67
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 67
aggccgggtc cattatgga 19
<210> 68
<211> 33
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 68
catgtaaacc tagtgaagtg tatttagatt tct 33
<210> 69
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 69
tctgttccat cgatttgctt ctctat 26
<210> 70
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 70
cttgcccagc ctatgatctt ttaaaat 27
<210> 71
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 71
tttaattcag atacgatgtt cagcttgtat t 31
<210> 72
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 72
gtacgtcatt tgtgcaagac cg 22
<210> 73
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 73
tccagttcaa aagattgtag tgaggt 26
<210> 74
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 74
tcaaggtagg aggaactaga taagct 26
<210> 75
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 75
taggaaacta tgatgaaaat cagtgaagta aaata 35
<210> 76
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 76
tctctccact ggtatgctaa acatg 25
<210> 77
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 77
aaagatatgt ttaacctctc tgatactgac t 31
<210> 78
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 78
agagggggtt tcaccaggat 20
<210> 79
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 79
aattgtggtt tcaagctact gattagatc 29
<210> 80
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 80
gtgccagagt ggagcgac 18
<210> 81
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 81
gtgccagagt ggagcgac 18
<210> 82
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 82
gccatggact gtgggctc 18
<210> 83
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 83
ggacctcaaa taaggccagc a 21
<210> 84
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 84
tttgcttaaa acctttccag tgctt 25
<210> 85
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 85
cacacaaaca cgcgcacata t 21
<210> 86
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 86
atgcttagta aaacatgata actagtgctt t 31
<210> 87
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 87
cctacaatat ttagtacagt aacatgctat atgg 34
<210> 88
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 88
cacagatgtt caagtacctc atgtaaaata t 31
<210> 89
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 89
agaaaaagag gaaggggcag taag 24
<210> 90
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 90
gtctggtaat ggacttatgg gagatc 26
<210> 91
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 91
aaaagctatt agttattctg gttggctg 28
<210> 92
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 92
aagaatttag ggaccatttt gtaaaacca 29
<210> 93
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 93
taaatgtttg atgttttaag ccactgaga 29
<210> 94
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 94
ctaggaaatt atatatgtta tctggcttct caaat 35
<210> 95
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 95
ctggcaaggc atgactgtct 20
<210> 96
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 96
aatctgtcac agaaatactt gaacattagg 30
<210> 97
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 97
ggcaggagaa tcgaatcgct 20
<210> 98
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 98
tggaccaatg cctgtgcc 18
<210> 99
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 99
atatgctgac acggaaagat cactaa 26
<210> 100
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 100
gtaagggctc cataaccatc tgtt 24
<210> 101
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 101
aggtggacag gagagaaacc a 21
<210> 102
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 102
tagcagtgaa attaatatgg aaaagggc 28
<210> 103
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 103
ccaggggcta gtctctgcta 20
<210> 104
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 104
tcctcagtgg tgaaagagct ttt 23
<210> 105
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 105
ctctgcttca atcctctcat ctctaatat 29
<210> 106
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(artificial sequence)
<400> 106
gcacccacag gacatgaaaa tg 22

Claims (10)

1.一种心血管疾病相关SNP位点引物组合物，其特征在于：所述的SNP位点包括：rs1332824、rs1952706、rs2074633、rs2415317、rs2787417、rs28688791、rs934075、rs944289、rs1049334、rs11264280、rs1152591、rs11598047、rs11718898、rs12044963、rs12415501、rs12664873、rs13219206、rs17059534、rs17461925、rs1997572、rs2047036、rs2106261、rs2220427、rs2296610、rs2540953、rs2967791、rs337711、rs3771537、rs4946333、rs520525、rs639652、rs6843082、rs7026071、rs72700118、rs74022964、rs7508、rs75190942、rs7698692、rs7915134、rs883079、rs60572254、rs403814、rs1842896、rs7136259、rs9268402、rs6842241、rs9584669、rs11748327、rs3803915、rs4618210、rs490556、rs521660和rs10263935。
2.根据权利要求1所述的引物组合物，其特征在于：所述的引物组合物包括：
Figure FDA0003111847280000011
Figure FDA0003111847280000021
Figure FDA0003111847280000031
3.根据权利要求2所述的引物组合物，其特征在于：所述的心血管疾病包括大动脉缺血性卒中、房颤、外周动脉疾病、高血压、心梗或主动脉夹层中的一种或多种。
4.权利要求1所述的引物组合物在制备检测和/或评估心血管疾病产品中的应用。
5.一种用于检测和/或评估心血管疾病的产品，其特征在于：所述产品包括权利要求1所述的SNP位点引物组合物。
6.根据权利要求5所述的产品，其特征在于：所述的产品为独立试剂或试剂盒。
7.权利要求1所述的引物组合物或权利要求5所述的产品在检测心血管疾病相关SNP位点中的应用。
8.一种药物和营养代谢能力相关SNP位点的检测方法，所述方法为非疾病诊断和治疗方法，其特征在于：所述方法包括利用权利要求1所述的引物组合物或权利要求5所述的产品对待测样品基因组中的SNP位点进行检测。
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于：所述方法包括以下步骤：
(1)基因组DNA提取；
(2)第1轮多重PCR反应；
(3)第1轮磁珠纯化；
(4)第2轮多重PCR反应；
(5)第2轮磁珠纯化；
(6)文库定量；
(7)文库质量检测；
(8)将文库上机测序，得到fastaq序列文件，经过质量评估、比对、SNP calling步骤得到待测样本捕获区域的SNP的基因型信息；
(9)将得到的每一个SNP的基因型赋予其在人群研究中的疾病的OR值；
(10)将个体某一疾病所涉及的SNP的所有OR值进行相乘，即该个体针对该疾病的绝对遗传风险；
(11)将绝对遗传风险在千人基因组/中国人基因组队列中排名，即该个体针对该疾病的相对遗传风险，排名在5％以内为低风险，在95％以上为高风险，5-95％之间为正常范围。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，步骤(8)中所述质量评估软件为FASTQC软件，所述比对软件为BWA软件，所述SNP calling软件为GATK软件。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117542526A (zh) * 2024-01-08 2024-02-09 深圳市早知道科技有限公司 一种基于生物遗传信息的疾病风险预测方法及系统

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102757954A (zh) * 2012-06-07 2012-10-31 中国医学科学院阜外心血管病医院 与冠心病相关的多个基因单核苷酸多态性位点组合及其应用
CN105002286A (zh) * 2015-07-30 2015-10-28 中国医学科学院阜外心血管病医院 与高血压和/或心血管疾病发病风险相关的多个单核苷酸多态性位点及相关应用
CN108004312A (zh) * 2017-12-20 2018-05-08 德诺杰亿（北京）生物科技有限公司 检测心血管疾病相关基因多态性的引物组、试剂盒及方法

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102757954A (zh) * 2012-06-07 2012-10-31 中国医学科学院阜外心血管病医院 与冠心病相关的多个基因单核苷酸多态性位点组合及其应用
CN105002286A (zh) * 2015-07-30 2015-10-28 中国医学科学院阜外心血管病医院 与高血压和/或心血管疾病发病风险相关的多个单核苷酸多态性位点及相关应用
CN108004312A (zh) * 2017-12-20 2018-05-08 德诺杰亿（北京）生物科技有限公司 检测心血管疾病相关基因多态性的引物组、试剂盒及方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
TSONG-HAI LEE ET AL.,: "Identification of PTCSC3 as a Novel Locus for Large‐Vessel Ischemic Stroke: A Genome‐Wide Association Study", 《JOURNAL OF THE AMERICAN HEART ASSOCIATION》 *
XIN LIU ET AL.,: "Genome Wide Association Study Identifies L3MBTL4 as a Novel Susceptibility Gene for Hypertension", 《SCIENTIFIC REPORTS》 *
YUFENG HUANG ET AL.,: "Molecular Basis of Gene-Gene Interaction: Cyclic Cross-Regulation of Gene Expression and Post-GWAS Gene-Gene Interaction Involved in Atrial Fibrillation", 《PLOS GENET》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN117542526A (zh) * 2024-01-08 2024-02-09 深圳市早知道科技有限公司 一种基于生物遗传信息的疾病风险预测方法及系统
CN117542526B (zh) * 2024-01-08 2024-04-26 深圳市早知道科技有限公司 一种基于生物遗传信息的疾病风险预测方法及系统

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