CN113308560A - 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用 - Google Patents

一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN113308560A
CN113308560A CN202110544282.1A CN202110544282A CN113308560A CN 113308560 A CN113308560 A CN 113308560A CN 202110544282 A CN202110544282 A CN 202110544282A CN 113308560 A CN113308560 A CN 113308560A
Authority
CN
China
Prior art keywords
patients
model
microorganism
microbial
distinguishing
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN202110544282.1A
Other languages
English (en)
Other versions
CN113308560B (zh
Inventor
任志刚
王海宇
崔光莹
孙冉冉
余祖江
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shanghai Futai Biomedical Technology Co.,Ltd.
Original Assignee
First Affiliated Hospital of Zhengzhou University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by First Affiliated Hospital of Zhengzhou University filed Critical First Affiliated Hospital of Zhengzhou University
Publication of CN113308560A publication Critical patent/CN113308560A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN113308560B publication Critical patent/CN113308560B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
    • Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
    • Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明属于生物医药技术领域，具体涉及一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用。本发明提供了一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物标志物，由SEQ ID NO:1‑8所示的8种微生物基因组成，所述微生物基因在人体口腔中富集。本发明的微生物基因区别模型在新冠肺炎感染患者和非感染者中实现了良好的区别能力，也验证了该区别模型在中国不同地域中的可行性、适用性和普适性。同时证明了该区别模型能够弥补RT‑PCR检测的不足，将感染新冠病毒的疑似患者从健康人群的鉴定出来。

Description

一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因 标志物及其应用
技术领域
本发明属于生物医药技术领域，具体涉及一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用。
背景技术
新冠肺炎的广泛传播给全世界的卫生健康事业带来了极大的负担。通过逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)进行核酸检测来判断是否感染新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2，SARS-CoV-2)，是目前公认的诊断“金标准”。但是，由于病毒窗口期等方面的原因，感染新冠病毒后，部分患者经 RT-PCR检测出现假阴性的结果，且假阴性率高达20％，这极大的增加了疾病的传染源和传播范围。因此，建立一种新的区别健康人和新型冠状病毒感染者的诊断模型，以弥补现有检测方法的不足，对于新冠肺炎防治工作具有重大意义。
正常人体寄居的细菌种类超过1000种，数量高达100万亿。这些数量庞大的微生物和人体内环境相互作用，共同构成了人体微生态系统。口腔微生态系统作为消化系统的起始端，是人体微生态系统的重要组成部分，与人体健康和疾病密切相关。目前从口腔中分离和鉴定出来的细菌种类已经达到700余种。口腔菌群和宿主共生并共进化过程中，在调节宿主的消化吸收、免疫反应、代谢、炎症等方面发挥重要作用。口腔微生态失调促进慢性疾病、系统性疾病的发生发展，包括龋齿、类风湿性关节炎、心血管疾病、结肠癌、颈部鳞状细胞癌等。
口腔微生物中关健功能菌可成为人类疾病的新型生物标志物。口腔微生态的特征或者基于口腔微生物建立的区别模型作为特定疾病或肿瘤的区分工具正越来越多被广泛报道和认可。口腔菌群可反映人对疾病的易感性，提示口腔菌群具有潜在的预警和诊断作用。Burkhardt F等(Gut，2017年)通过宏基因组学报道了口腔微生态与结直肠癌的相关性，指出16个菌种可能成为区分结直肠癌的口腔微生物标志物。Zhang X等(Nature Medicine,2015年)通过宏基因组测序技术解析了中国人群类风湿性关节炎患者的口腔微生态结果，在微生物基因和功能水平上，鉴定了类风湿性特异性的6个牙齿微生物标志物和2个唾液微生物标志物，创建了两个高准确度的类风湿性关节炎患者区分模型。Yang L等指出，口腔微生态的改变与艾滋病毒感染者的肺部功能损害及系统炎症密切相关。口腔微生物可以作为预测艾滋病感染者肺功能的标志物，并且口腔微环境稳态的破坏有助于慢性阻塞性肺疾病的病理发展。Richard B等(JAMA Oncology，2018)等指出口腔中共生Corynebacterium和Kingella的丰度越高，头颈部鳞状细胞癌的风险就越低，这对癌症的预防有潜在的意义。Farrell J等(Gut，2012) 揭示了胰腺癌患者的口腔微生态特征，并鉴定出胰腺癌患者的2个口腔微生物标志物，建立了一个高准确度的胰腺癌患者区分模型。因而，口腔微生物可能是不同疾病诊断的有力工具。然而，用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物模型还未曾报道过。
发明内容
本发明提供了一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物模型，由SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因组成，所述微生物基因在人体口腔中富集。
另外本发明还提供了一种用于检测试剂，包括用于检测SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因的引物，序列如下：
>OTU1721
CCTACGGGTGGCAGCAGTGAGGAATCTTCCACAATGGGCGAAAGCCTGATGGAGCAACGCCGCGTGCAGGATGAA GGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTATAAGTGAGGATTATGACAGTAACTTATGAATAAGGATCGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTCATACGTAGGATCCGAGCGTTATCCGGAGTGACTGGGCGTAAAGAGTTGCGTAGGTGGTTCGATAAG CGAATAGTGAAATCTGGTGGCTCAACCATTCAGACTATTATTCGAACTGTTGAACTCGAGAGCAGAAGAGGTAGCTGGA ATTTCTAGTGTAGGAGTGAAATCCGTAGATATTAGAAGGAACACCGATGGCGTAGGCAGGCTACTGGGCTGTTTCTGAC ACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCGAACCGGATTAGATACCCCAGTAGTC
>OTU1642
CCTACGGGTGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGgggCAACCCTGACGCAGCCATGCCGCGTGAATGAAGAA GGCCTTCGGGTTGTAAAGTTCTTTCGGTAGCGAGGAAGGCATTTAGTTTAATAGACTAGGTGATTGACGTTAACTACAG AAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATAACTGGGCGTAA AGGGCACGCAGGCGGTGACTTAAGTGAGGTGTGAAAGCCCCGGGCTTAACCTGGGAATTGCATTTCATACTGGGTCGCT AGAGTACTTTAGGGAGGGGTAGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGAAGGCGAAGG CAGCCCCTTGGGAATGTACTGACGCTCATGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTC
>OTU1277
CCTACGGGTGGCTGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGATGAC GGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCGCTCATGGTCAAGCCGCAACAATGGTTGTGGTGAGGGTAGTGGGTAAAGAAGCA CCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTTG TAGGCGGTTTGTCGCGTCTGCCGTGAAATCCTCTGGCTTAACTGGgggCGTGCGGTGGGTACGGGCAGGCTTGAGTGCG GTAGGGGAGACTGGAACTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTC TGGGCCGTTACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTC
>OTU1868
CCTACGGGTGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGATGGAAATCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGCAGGATGAC GGCCCTATGGGTTGTAAACTGCTTTTATGTGAGAATAAAGTTAGGTATGTATACTTATTTGCATGTATCACATGAATAA GGACCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGGTCCAGGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGT GCGTAGGCCGTTTGATAAGCGTGCTGTGAAATATAGTGGCTCAACCTCTATCGTGCAGCGCGAACTGTTGAACTTGAGT GCGTAGTAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCT TACCGTAACGTTACTGACGCTTAAGCACGAAGGTGCGGGTATCGAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTC
>OTU648
CCTACGGGTGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGgggAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAA GTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACAGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGgggCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAATGGCAAGT CTGAAGTGAAATACCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCTTTGGAAACTGTTGTTCTAGAGTGTTGGAGAGGTAAGTGGAAT TCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGGAAGAACACCGGAGGCGAAGGCGGCTTACTGGACAATAACTGACGT TGAGGCTCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTC
>OTU2268
CCTACGGGCGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGtgtgCACGATGA CGTTtttCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAaaaaaTGACGGTACCAACAGAAGAAGTGACGGCTAAATACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCACAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGCGGTTAGAT AAGTCTGAAGTTAAAGGCTGTGGCTTAACCATAGTACGCTTTGGAAACTGTTTAACTTGAGTGCAAGAGGGGAGAGTGG AATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATatatGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTctctGGGCTGTAACTGA CGCTGAGAAGCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCCGGTAGTC
>OTU1454
CCTACGGGCGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAGAGTCTGATCCAGCAATTCTGtgtgCACGATGA AGTTtttCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAaaaaaTGACGGTACCAACAGAAGAAGTGACGGCTAAATACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCACAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGTGGTTAtat aAGTCTGATGTGAAAATGCAGGGCTCAACTCTGTATTGCGTTGGAAACTGTGTAACTAGAGTACTGGAGAGGTAAGCGG AACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCTTACTGGACAGATACTGA CGCTGAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGTACCGGGTAGTC
>OTU1086
CCTACGGGTGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAAGGATGAA GGCCTTCGGGTTGTAAACTTCTGTCCTAGGGGAAGAAACAAATGACATTACCCTTGGAGGAAGCCCCGGCTAACTACGT GCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGgggCGAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGTGCGTAGGTGGCACCTTA AGCGCAGGGTTTAAGGCAATGGCTCAACCATTGTTCGCCTTGCGAACTGGGGTGCTTGAGTGCAGGAGGGGAAAGTGGA ATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACTGTTACTGAC ACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTAGTAGTC
所述引物序列为SEQ ID NO:9-10。
引物Primers
测序区域V3+V4：338F-805R
上游引物：338F ACTCCTACGGGAGGCAGCA
下游引物：805R GGACTACHVGGGTWTCTAAT
本发明还提供了检测试剂在建立一种区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物模型中的应用，所述检测试剂适用于检测SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因。
所述微生物区别模型适用于区别新型冠状病毒感染和非感染者，新型冠状病毒感染者包括RT-PCR检测阳性的确诊患者及RT-PCR检测阴性但IgG抗体阳性的临床诊断患者(疑似患者)。
对所述对象的舌苔进行检测，以便确定该样本是否包含所述的微生物基因，是否可以建立区别新型冠状病毒感染和非感染者的微生物基因模型。
通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，完成微生物DNA的16S rDNAMiseq 测序，检测是否存在权利要求1所述的8种微生物基因。
进一步的，通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，进行口腔菌群的16SrDNA Miseq测序。基于高通量测序数据，在训练集中建立新型冠状病毒感染和非感染者的微生物区别模型，建立新冠肺炎患病率(probability of disease，POD)指数；POD指数在验证集中计算其区别能力，进行验证；进一步在来自不同地域的独立诊断集中进行独立验证，实现微生物基因区别模型在中国新型冠状病毒感染人群中的普适性；最后在新冠肺炎疑似患者中进行验证，证实微生物基因区别模型弥补RT-PCR检测不足的可能性。
具体包括：
(1)收集入组对象(新型冠状病毒感染和非感染者)的舌苔样本，按照DNA的标准抽提方法完成舌苔样本中微生物总DNA的抽提，在Illumina MiSeq平台完成口腔菌群的16SrDNA 高通量测序工作；
(2)基于高通量测序数据，在微生物区别模型的训练集中，在48例新冠病毒感染患者和100 例健康对照之间，基于一个随机森林模型，通过一个五倍交叉验证的算法，鉴定了用于该模型的最佳的8个微生物基因标志物。
(3)基于8个微生物基因标志物，通过使用随机生成的决策树的比率来计算新冠肺炎患病率的患病率(Probability of disease,POD)指数。
(4)该微生物区别模型在48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照之间的区别能力达到 98.06％，POD指数在新冠病毒感染确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝3.4x10-21)。
(5)在验证集中，该微生物区别模型在24例新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到95.75％；POD指数在确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.4x10-10)。
(6)在独立诊断集中，该微生物区别模型在74例来自杭州的新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到87.24％；POD指数在杭州地区新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-12)。
(7)在验证集中，该微生物区别模型在37例新冠肺炎疑似患者和50例健康对照之间的区别能力达到92.11％；POD指数在疑似患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-11)。
因此，本发明的微生物基因区别模型在新冠病毒感染和非感染患者中实现了良好的区别能力，也验证了该区别模型能够将核酸检测阴性而IgG抗体阳性的疑似患者从健康人群中鉴别出来。
另外，还提供了一种用于区别新冠病毒感染和非感染的口腔微生物模型的试剂盒，包括用于检测权利要求1所述的SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因的引物。
本发明的具体操作步骤如下：
(1)按照前瞻性临床试验的设计原则，本发明的研究设计如图1所示。
(2)每一个入组的新冠病毒感染和非感染患者提供一份新鲜的舌苔样本，研究实验人员将样本在70℃灭活1小时，然后立即冻存于-80℃冰箱。舌苔细菌总DNA的抽提方法按照试剂盒的说明书进行。
(3)完成舌苔细菌总DNA样本的扩增和DNA文库构建，在IlluminaMiseq测序平台完成 16S rDNA测序。所有的输出序列完成基本的预处理和基本的生物信息学分析。
(4)从所有样本中随机抽选等量的序列数，按照UPARSE传递途径拼接成对应的16SrDNA 基因序列分类单元(Operational Taxonomy Units,OTUs)。按照微生物基因标志物训练集、微生物基因标志物验证集和微生物基因标志物独立诊断集，将产生的所有样本的OTUs基因序列收集整理。基于微生物基因序列，使用RDP分类器2.6版本注释。
(5)基于高通量测序数据产生的代表性序列，计算出微生物基因标志物发现集的OTUs频率文件、验证集的OTUs频率文件和独立诊断集的OTUs频率文件。这些OTUs用于一个相关性研究来鉴定在新冠病毒感染和非感染患者之间差异明显的OTUs丰度。使用Wilcoxon检验方法统计分析新冠病毒感染和非感染患者之间差异的微生物基因标志物。选择出的8个OTUs微生物基因标志物做进一步的分析。
(6)在微生物区别模型的训练集中，包括24例新冠病毒感染确诊患者和48例健康对照，使用筛选出的OTUs丰度文件，在一个随机森林模型(R软件3.4.1和随机森林软件包4.6–12)中采用五倍交叉验证的算法(除了设置“importance＝TRUE”之外，软件参数默认)进行微生物基因标志物的筛选。采用五倍交叉验证的5次试验，获得了交叉验证错误曲线，其中最小的交叉验证错误点作为cut-off值使用。最小的交叉验证错误值加上对应值的标准差为cut-off值。筛选出小于cut-off值的错误率的8个以下的OTUs标志物的集合，选择最小数目OTUs的集合作为最佳的微生物基因标志物的集合，最终鉴定了用于该模型的最佳的8个微生物基因标志物 (图2)。选择出的8个微生物OTUs标志物的基因序列见SEQ ID NO:1-8。
(7)通过使用随机生成的决策树的比率来计算患病率(Probability of disease,POD)指数。决策树预测样本为“CP”，设置的参数预测为：proximity＝T,norm.votes＝T,predict.all＝TRUE。在LOO模式中构建的随机森林模型用于预测验证集中每一个样本的POD指数，最终计算每一个样本的平均预测的POD指数。
(8)使用R 3.3.0程序包中的pROC工具计算受试者工作曲线(ROC)，用来评估微生物区别模型，曲线下面积(AUC)用于指定ROC的效应值。
(9)该微生物区别模型在48例新冠病毒确诊患者和100例健康对照之间的区别能力达到 98.06％(图4)，POD指数在新冠病毒确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝ p＝3.4x10-21)(图3)。
(10)在验证集中，POD指数在24例新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异 (p＝2.4x10-10)(图5)，该微生物区别模型在50例新冠肺炎确诊患者和24例健康对照之间的区别能力达到95.75％(图6)。
(11)在独立诊断集中，POD指数在来自杭州地区的74例新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-12)(图7)，该微生物区别模型在74例杭州地区新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到87.24％(图8)
(12)在验证集中，POD指数在37例中新冠肺炎疑似患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-11)(图9)，该微生物区别模型在在37例新冠肺炎疑似患者和50例健康对照之间的区别能力达到92.11％(图10)。
因此，本发明的微生物基因区别模型在新冠肺炎感染患者和非感染者中实现了良好的区别能力，也验证了该区别模型在中国不同地域中的可行性、适用性和普适性。同时证明了该区别模型能够弥补RT-PCR检测的不足，将感染新冠病毒的疑似患者从健康人群的鉴定出来。
附图说明
图1.一种用于区别新冠肺炎感染和非感染的口腔微生物模型的研究设计和临床应用。
图2.基于随机森林模型采用五倍交叉验证法鉴定的最佳的口腔微生物基因标志物。
图3.在48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照的训练集中，患病率(POD)指数在两组之间的表达差异；
图4.在48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照的训练集中，微生物基因区别模型实现的区别效能；
图5.在验证集中，与50例健康对照人群相比，患病率(POD)指数在24例新冠肺炎确诊患者的表达差异；
图6.在验证集中，患病率(POD)指数在50例健康对照和24例新冠肺炎确诊患者之间的区别能力；
图7.在独立诊断集中，与50例健康对照人群相比，患病率(POD)指数在74例杭州地区新冠肺炎确诊患者的表达差异；
图8.在独立诊断集中，患病率(POD)指数在50例健康对照和74例杭州地区新冠肺炎确诊患者之间的区别能力；
图9.在验证集中，与50例健康对照人群相比，患病率(POD)指数在37例新冠肺炎疑似患者的表达差异；
图10.在验证集中，患病率(POD)指数在50例健康对照和37例新冠肺炎疑似患者之间的区别能力；
具体实施方式
下面结合实施例对本发明作进一步的阐述，但本发明的保护内容不仅限于这些实施例。
下列实施例中所用方法如无特别说明，均为常规方法。下列实施例中所需要的材料或试剂，如无特殊说明均为公开商业途径获得。
本发明通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，进行口腔菌群的16SrDNA Miseq测序。基于高通量测序数据，在训练集中建立新型冠状病毒感染和非感染者的微生物区别模型，建立新冠肺炎患病率(probability of disease，POD)指数；POD指数在验证集中计算其区别能力，进行验证；进一步在来自不同地域的独立诊断集中进行独立验证，实现微生物基因区别模型在中国新型冠状病毒感染人群中的普适性；最后在新冠肺炎疑似患者中进行验证，以证明微生物基因区别模型弥补RT-PCR的可能性。
其操作步骤如下：
(1)按照前瞻性临床试验的设计原则，本发明的研究设计如图1所示。
(2)每一个入组的新型冠状病毒感染患者和非感染患者提供一份新鲜的舌苔样本，研究实验人员将样本在70℃灭活1小时，然后立即冻存于-80℃冰箱。舌苔细菌总DNA的抽提方法按照试剂盒的说明书进行。
(3)完成舌苔细菌总DNA样本的扩增和DNA文库构建，在IlluminaMiseq测序平台完成 16S rDNA测序。所有的输出序列完成基本的预处理和基本的生物信息学分析。
(4)从所有样本中随机抽选等量的序列数，按照UPARSE传递途径拼接成对应的16SrDNA 基因序列分类单元(Operational Taxonomy Units,OTUs)。按照微生物基因标志物训练集、微生物基因标志物验证集和微生物基因标志物独立诊断集，将产生的所有样本的OTUs基因序列收集整理。基于微生物基因序列，使用RDP分类器2.6版本注释。
(5)基于高通量测序数据产生的代表性序列，计算出微生物基因标志物发现集的OTUs频率文件、验证集的OTUs频率文件和独立诊断集的OTUs频率文件。这些OTUs用于一个相关性研究来鉴定在新型冠状病毒感染和非感染者之间差异明显的OTUs丰度。使用Wilcoxon检验方法统计分析新型冠状病毒感染和非感染者之间差异的微生物基因标志物。选择出的OTUs微生物基因标志物做进一步的分析。
(6)在微生物区别模型的训练集中，包括48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照，使用筛选出的OTUs丰度文件，在一个随机森林模型(R软件3.4.1和随机森林软件包4.6–12)中采用五倍交叉验证的算法(除了设置“importance＝TRUE”之外，软件参数默认)进行微生物基因标志物的筛选。采用五倍交叉验证的5次试验，获得了交叉验证错误曲线，其中最小的交叉验证错误点作为cut-off值使用。最小的交叉验证错误值加上对应值的标准差为cut-off值。筛选出小于cut-off值的错误率的8个以下的OTUs标志物的集合，选择最小数目OTUs的集合作为最佳的微生物基因标志物的集合，最终鉴定了用于该模型的最佳的8个微生物基因标志物(图 2)。选择出的8个微生物OTUs标志物的基因序列见SEQ ID NO:1-8。
(7)通过使用随机生成的决策树的比率来计算患病率(Probability of disease,POD)指数。决策树预测样本为“CP”，设置的参数预测为：proximity＝T,norm.votes＝T,predict.all＝TRUE。在LOO模式中构建的随机森林模型用于预测验证集中每一个样本的POD指数，最终计算每一个样本的平均预测的POD指数。
(8)使用R 3.3.0程序包中的pROC工具计算受试者工作曲线(ROC)，用来评估微生物区别模型，曲线下面积(AUC)用于指定ROC的效应值。
(9)该微生物区别模型在48例新冠病毒确诊患者和100例健康对照之间的区别能力达到 98.06％(图4)，POD指数在新冠病毒确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝ p＝3.4x10-21)(图3)。
(10)在验证集中，POD指数在24例新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异 (p＝2.4x10-10)(图5)，该微生物区别模型在50例新冠肺炎确诊患者和24例健康对照之间的区别能力达到95.75％(图6)。
(11)在独立诊断集中，POD指数在来自杭州地区的74例新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-12)(图7)，该微生物区别模型在74例杭州地区新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到87.24％(图8)
(12)在验证集中，POD指数在37例中新冠肺炎疑似患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-11)(图9)，该微生物区别模型在在37例新冠肺炎疑似患者和50例健康对照之间的区别能力达到92.11％(图10)。
因此，本发明的微生物基因区别模型在新冠肺炎感染患者和非感染者中实现了良好的区别能力，也验证了该区别模型在中国不同地域中的可行性、适用性和普适性。同时证明了该区别模型能够弥补RT-PCR检测的不足，将核酸检测阴性的新冠肺炎感染者从健康人群中鉴别出来。
序列表
<110> 郑州大学第一附属医院
<120> 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用
<150> 2020116292908
<151> 2020-12-31
<150> 2021103360348
<151> 2021-03-29
<160> 10
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 442
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Candidate_division_TM7_norank)
<400> 1
cctacgggtg gcagcagtga ggaatcttcc acaatgggcg aaagcctgat ggagcaacgc 60
cgcgtgcagg atgaaggcct tcgggttgta aactgctttt ataagtgagg attatgacag 120
taacttatga ataaggatcg gctaactacg tgccagcagc cgcggtcata cgtaggatcc 180
gagcgttatc cggagtgact gggcgtaaag agttgcgtag gtggttcgat aagcgaatag 240
tgaaatctgg tggctcaacc attcagacta ttattcgaac tgttgaactc gagagcagaa 300
gaggtagctg gaatttctag tgtaggagtg aaatccgtag atattagaag gaacaccgat 360
ggcgtaggca ggctactggg ctgtttctga cactgaggca cgaaagcgtg gggagcgaac 420
cggattagat accccagtag tc 442
<210> 2
<211> 465
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Haemophilus)
<400> 2
cctacgggtg gcagcagtgg ggaatattgc gcaatggggg caaccctgac gcagccatgc 60
cgcgtgaatg aagaaggcct tcgggttgta aagttctttc ggtagcgagg aaggcattta 120
gtttaataga ctaggtgatt gacgttaact acagaagaag caccggctaa ctccgtgcca 180
gcagccgcgg taatacggag ggtgcgagcg ttaatcggaa taactgggcg taaagggcac 240
gcaggcggtg acttaagtga ggtgtgaaag ccccgggctt aacctgggaa ttgcatttca 300
tactgggtcg ctagagtact ttagggaggg gtagaattcc acgtgtagcg gtgaaatgcg 360
tagagatgtg gaggaatacc gaaggcgaag gcagcccctt gggaatgtac tgacgctcat 420
gtgcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctag tagtc 465
<210> 3
<211> 457
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Actinomyces)
<400> 3
cctacgggtg gctgcagtgg ggaatattgc acaatgggcg aaagcctgat gcagcgacgc 60
cgcgtgaggg atgacggcct tcgggttgta aacctctttc gctcatggtc aagccgcaac 120
aatggttgtg gtgagggtag tgggtaaaga agcaccggct aactacgtgc cagcagccgc 180
ggtaatacgt agggtgcgag cgttgtccgg aattattggg cgtaaagggc ttgtaggcgg 240
tttgtcgcgt ctgccgtgaa atcctctggc ttaactgggg gcgtgcggtg ggtacgggca 300
ggcttgagtg cggtagggga gactggaact cctggtgtag cggtggaatg cgcagatatc 360
aggaagaaca ccggtggcga aggcgggtct ctgggccgtt actgacgctg aggagcgaaa 420
gcgtggggag cgaacaggat tagataccct ggtagtc 457
<210> 4
<211> 460
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Prevotella)
<400> 4
cctacgggtg gcagcagtga ggaatattgg tcaatggatg gaaatctgaa ccagccaagt 60
agcgtgcagg atgacggccc tatgggttgt aaactgcttt tatgtgagaa taaagttagg 120
tatgtatact tatttgcatg tatcacatga ataaggaccg gctaattccg tgccagcagc 180
cgcggtaata cggaaggtcc aggcgttatc cggatttatt gggtttaaag ggtgcgtagg 240
ccgtttgata agcgtgctgt gaaatatagt ggctcaacct ctatcgtgca gcgcgaactg 300
ttgaacttga gtgcgtagta ggtaggcgga attcgtggtg tagcggtgaa atgcttagat 360
atcacgaaga actccgattg cgaaggcagc ttaccgtaac gttactgacg cttaagcacg 420
aaggtgcggg tatcgaacag gattagatac cctagtagtc 460
<210> 5
<211> 440
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Oribacterium)
<400> 5
cctacgggtg gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc 60
cgcgtgagtg aagaagtatt tcggtatgta aagctctatc agcagggaag ataatgacag 120
tacctgacta agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc 180
aagcgttatc cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggaatggca agtctgaagt 240
gaaatacccg ggctcaacct gggaactgct ttggaaactg ttgttctaga gtgttggaga 300
ggtaagtgga attcctggtg tagcggtgaa atgcgtagat atcaggaaga acaccggagg 360
cgaaggcggc ttactggaca ataactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gatcaaacag 420
gattagatac cctagtagtc 440
<210> 6
<211> 443
<212> DNA
<213> 口腔微生物(ASCC02_norank)
<400> 6
cctacgggcg gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aaaagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgacgttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaaaaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgagcg caggcggtta gataagtctg 240
aagttaaagg ctgtggctta accatagtac gctttggaaa ctgtttaact tgagtgcaag 300
aggggagagt ggaattccat gtgtagcggt gaaatgcgta gatatatgga ggaacaccgg 360
tggcgaaagc ggctctctgg gctgtaactg acgctgagaa gcgaaagcat ggggagcgaa 420
caggattaga taccccggta gtc 443
<210> 7
<211> 441
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Fusobacterium)
<400> 7
cctacgggcg gcagcagtgg ggaatattgg acaatggacc aagagtctga tccagcaatt 60
ctgtgtgcac gatgaagttt ttcggaatgt aaagtgcttt cagttgggaa gaaaaaaatg 120
acggtaccaa cagaagaagt gacggctaaa tacgtgccag cagccgcggt aatacgtatg 180
tcacaagcgt tatccggatt tattgggcgt aaagcgcgtc taggtggtta tataagtctg 240
atgtgaaaat gcagggctca actctgtatt gcgttggaaa ctgtgtaact agagtactgg 300
agaggtaagc ggaactacaa gtgtagaggt gaaattcgta gatatttgta ggaatgccga 360
tggggaagcc agcttactgg acagatactg acgctgaagc gcgaaagcgt gggtagcaaa 420
caggattagt accgggtagt c 441
<210> 8
<211> 442
<212> DNA
<213> 口腔微生物(Family_XIII_Incertae_Sedis)
<400> 8
cctacgggtg gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg caagcctgat gcagcaacgc 60
cgcgtgaagg atgaaggcct tcgggttgta aacttctgtc ctaggggaag aaacaaatga 120
cattaccctt ggaggaagcc ccggctaact acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg 180
ggcgagcgtt atccggaatt attgggcgta aagagtgcgt aggtggcacc ttaagcgcag 240
ggtttaaggc aatggctcaa ccattgttcg ccttgcgaac tggggtgctt gagtgcagga 300
ggggaaagtg gaattcctag tgtagcggtg aaatgcgtag atattaggag gaacaccagt 360
ggcgaaggcg actttctgga ctgttactga cactgaggca cgaaagcgtg gggagcaaac 420
aggattagat accctagtag tc 442
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
actcctacgg gaggcagca 19
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
ggactachvg ggtwtctaat 20

Claims (10)

1.一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物基因标志物，其特征在于：由SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因组成，所述微生物在口腔中富集。
2.一种用于检测权利要求1所述口腔微生物模型的检测试剂，包括用于检测权利要求1所述的SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因的引物。
3.根据权利要求1所述的检测试剂，其特征在于：所述引物序列为SEQ ID NO:9-10。
4.权利要求2所述检测试剂在制备新型冠状病毒感染和非感染的区分检测试剂盒中的应用，所述检测试剂适用于检测权利要求1所述的口腔微生物基因。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于：所述口腔微生物模型适用于区分新型冠状病毒感染和非感染者，其中新型冠状病毒感染者包括RT-PCR检测阳性的确诊患者及RT-PCR检测阴性但IgG抗体阳性的临床诊断患者(疑似患者)。
6.根据权利要求2所述的应用，其特征在于：对所述对象的舌苔进行检测，以便确定该样本是否包含所述的微生物基因，是否可以建立区别新型冠状病毒感染和非感染的微生物基因模型。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于：通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，完成微生物DNA的16S rDNA Miseq测序，检测是否存在权利要求1所述的8种微生物基因。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于：通过收集入组对象的舌苔样本，抽提微生物总DNA，进行口腔菌群的16S rDNA Miseq测序；基于高通量测序数据，在训练集中建立新型冠状病毒感染和非感染者的微生物区别模型，建立新冠肺炎患病率(probability ofdisease，POD)指数；POD指数在验证集中计算其区别能力，进行验证；进一步在来自不同地域的独立诊断集中进行独立验证，实现微生物基因区别模型在中国新型冠状病毒感染人群中的普适性；最后在新冠肺炎疑似患者中进行验证，实现微生物基因区别模型弥补RT-PCR检测不足的可能性。
9.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，具体包括：
(1)收集入组对象的舌苔样本，入组对象包括48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照，按照DNA的标准抽提方法完成舌苔样本中微生物总DNA的抽提，在Illumina MiSeq平台完成口腔菌群的16S rDNA高通量测序工作；
(2)基于高通量测序数据，在微生物区别模型的训练集中，在48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照者之间，基于一个随机森林模型，通过一个五倍交叉验证的算法，鉴定了用于该模型的最佳的8个微生物基因标志物；；
(3)基于8个微生物基因标志物，通过使用随机生成的决策树的比率来计算新冠肺炎的患病率(Probability of disease,POD)指数；
(4)该微生物区别模型在48例新冠肺炎确诊患者和100例健康对照者之间的区别能力达到98.06％，POD指数在新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝3.4x10-21)；
(5)在验证集中，该微生物区别模型在24例新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到95.75％；POD指数在早期肝癌患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.4x10-10)；
(6)在独立诊断集中，该微生物区别模型在74例来自杭州的新冠肺炎确诊患者和50例健康对照之间的区别能力达到87.24％；POD指数在杭州地区新冠肺炎确诊患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-12)。
(7)在验证集中，该微生物区别模型在37例新冠肺炎疑似患者和50例健康对照之间的区别能力达到92.11％；POD指数在疑似患者中明显升高，两组之间有显著性差异(p＝2.3x10-11)。
10.一种用于区别新型冠状病毒感染和非感染者的口腔微生物模型的试剂盒，包括用于检测权利要求1所述的SEQ ID NO:1-8所示的8种微生物基因的引物。
CN202110544282.1A 2020-12-31 2021-05-19 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用 Active CN113308560B (zh)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN2020116292908 2020-12-31
CN202011629290 2020-12-31
CN202110336034 2021-03-29
CN2021103360348 2021-03-29

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN113308560A true CN113308560A (zh) 2021-08-27
CN113308560B CN113308560B (zh) 2023-07-07

Family

ID=77373615

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN202110544282.1A Active CN113308560B (zh) 2020-12-31 2021-05-19 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN113308560B (zh)

Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108504739A (zh) * 2018-05-15 2018-09-07 浙江大学 一种用于肝癌早期诊断的生物标志物及其应用
WO2018209307A1 (en) * 2017-05-12 2018-11-15 The Regents Of The University Of California Methods for detecting dysbiosis and treating subjects with dysbiosis
CN109371147A (zh) * 2018-11-01 2019-02-22 任志刚 一种用于区别肝癌和非肝癌的肠道微生物基因标志物及其应用
CN111297407A (zh) * 2020-04-20 2020-06-19 郑州大学第一附属医院 击发弹出分离式一次性新冠肺炎病毒咽拭子检测套装
CN111378788A (zh) * 2020-04-08 2020-07-07 广州微远基因科技有限公司 辅助covid-19诊断的菌种标志物及其应用
CN111424114A (zh) * 2020-03-12 2020-07-17 上海力拜生物科技有限公司 2019-nCoV新型冠状病毒唾液检测生物标志物及其应用
CN111796098A (zh) * 2020-05-29 2020-10-20 中国科学院武汉病毒研究所 诊断新冠肺炎由重症转危重症的血浆蛋白标志物、检测试剂或检测工具
CN111999508A (zh) * 2020-05-15 2020-11-27 上海交通大学 一种诊断标志物及其在covid-19诊断及冠状病毒既往感染检测中的应用
CN112067712A (zh) * 2020-08-18 2020-12-11 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种诊断新型冠状病毒的挥发性标志物及其应用

Patent Citations (9)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2018209307A1 (en) * 2017-05-12 2018-11-15 The Regents Of The University Of California Methods for detecting dysbiosis and treating subjects with dysbiosis
CN108504739A (zh) * 2018-05-15 2018-09-07 浙江大学 一种用于肝癌早期诊断的生物标志物及其应用
CN109371147A (zh) * 2018-11-01 2019-02-22 任志刚 一种用于区别肝癌和非肝癌的肠道微生物基因标志物及其应用
CN111424114A (zh) * 2020-03-12 2020-07-17 上海力拜生物科技有限公司 2019-nCoV新型冠状病毒唾液检测生物标志物及其应用
CN111378788A (zh) * 2020-04-08 2020-07-07 广州微远基因科技有限公司 辅助covid-19诊断的菌种标志物及其应用
CN111297407A (zh) * 2020-04-20 2020-06-19 郑州大学第一附属医院 击发弹出分离式一次性新冠肺炎病毒咽拭子检测套装
CN111999508A (zh) * 2020-05-15 2020-11-27 上海交通大学 一种诊断标志物及其在covid-19诊断及冠状病毒既往感染检测中的应用
CN111796098A (zh) * 2020-05-29 2020-10-20 中国科学院武汉病毒研究所 诊断新冠肺炎由重症转危重症的血浆蛋白标志物、检测试剂或检测工具
CN112067712A (zh) * 2020-08-18 2020-12-11 上海纳米技术及应用国家工程研究中心有限公司 一种诊断新型冠状病毒的挥发性标志物及其应用

Non-Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LARISSA STEIGMANN等: "Biosensor and Lab-on-a-chip Biomarker-identifying Technologies for Oral and Periodontal Diseases", FRONTIERS IN PHARMACOLOGY, vol. 11, pages 588480 *
QING-LEI ZENG等: "Effect of Convalescent Plasma Therapy on Viral Shedding and Survival in Patients With Coronavirus Disease 2019", JOURNAL OF INFECTIOUS DISEASES, vol. 222, no. 1, pages 38 - 43 *
ZHIGANG REN等: "Alterations in the human oral and gut microbiomes and lipidomics in COVID-19", 《GUT》 *
ZHIGANG REN等: "Alterations in the human oral and gut microbiomes and lipidomics in COVID-19", 《GUT》, vol. 70, no. 7, 31 March 2021 (2021-03-31), pages 1253 - 1265 *
张旭东;孟庆义;: "新型冠状病毒感染与肠道菌群", 实用休克杂志(中英文), no. 02, pages 75 - 79 *
汤灵玲等: "肠道优势菌群丰度变化与新冠病毒肺炎严重程度相关性的临床意义", ENGINEERING, vol. 6, no. 10, pages 264 - 278 *
郭和合等: "人工智能肺炎辅助诊断系统在新型冠状病毒肺炎疑似病例CT筛查中的应用价值", 实用医学杂志, vol. 36, no. 13, pages 1729 - 1732 *

Also Published As

Publication number Publication date
CN113308560B (zh) 2023-07-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109852714B (zh) 一种肠癌早期诊断和腺瘤诊断标志物及用途
CN105296590B (zh) 大肠癌标志物及其应用
CN111430027A (zh) 基于肠道微生物的双相情感障碍生物标志物及其筛选应用
CN112899368B (zh) 一种用于原发性肝细胞癌早期诊断的生物标志物及其检测试剂和应用
CN112609015A (zh) 一种预测结直肠癌风险的微生物标志物及其应用
CN110838365A (zh) 肠易激综合症相关菌群标志物及其试剂盒
CN109652513A (zh) 基于二代测序技术精确检测液体活检个体突变的方法和试剂盒
CN113362893A (zh) 肿瘤筛查模型的构建方法及应用
CN104428426B (zh) 多发性硬化的诊断miRNA概况
CN110468240A (zh) 从生物样品中快速获取多种生物信息的方法
CN113308560A (zh) 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其应用
CN112609024B (zh) 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的肠道微生物基因标志物及其应用
CN114317725B (zh) 克罗恩病生物标志物、试剂盒及生物标志物的筛选方法
CN112680549A (zh) 一种用于区别自身免疫性肝炎和健康人群的口腔微生物基因标志物及其应用
CN115873956A (zh) 用于预测受试者患有结直肠癌风险的试剂盒、系统、应用和预测模型的建模方法
CN112011605B (zh) 微生物菌群在疾病诊断中的应用
CN113862382B (zh) 肠道菌群的生物标志物在制备诊断成人免疫性血小板减少症的产品中的应用
CN115927588A (zh) 一种用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其应用
CN117106946A (zh) 用于新型冠状病毒感染患者无创诊断的口腔真菌微生物基因标志物及其应用
CN116445599A (zh) 一种用于系统性红斑狼疮患者无创诊断的口腔微生物基因标志物及其临床应用
CN114934116A (zh) 早期胃癌预后差异基因与复发预测模型
CN115261500B (zh) 爆发力相关的肠道微生物标记物及其应用
CN114959077A (zh) 用于区别胆管细胞癌和健康人群的口腔微生物基因标志物及其应用
CN111733252A (zh) 一种特征miRNA表达谱组合及胃癌早期预测方法
CN112048552B (zh) 诊断重症肌无力的肠道菌群及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant
TR01 Transfer of patent right

Effective date of registration: 20240423

Address after: Room 432, Building 3, No. 500 Jianyun Road, Pudong New Area, Shanghai, 201318

Patentee after: Shanghai Futai Biomedical Technology Co.,Ltd.

Country or region after: China

Address before: 450052 No. 50 East Construction Road, Erqi District, Zhengzhou City, Henan Province

Patentee before: THE FIRST AFFILIATED HOSPITAL OF ZHENGZHOU University

Country or region before: China

TR01 Transfer of patent right