CN112877251A - 一株降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌及其用途 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种能够降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌新菌株,降解菌为链霉菌Streptomycessp.TRM66268‑LWL,2020年10月14日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC),保藏号为CCTCC NO:M 2020580。该菌株能够在以液体和固体聚天冬氨酸为唯一碳氮源的培养基上生长,同时具备高效降解利用聚天冬氨酸保水剂的特殊性能。本发明的聚天冬氨酸高效降解菌株可制成孢子粉或者发酵液配合聚天冬氨酸保水剂在农林生产中应用。
Description
技术领域
本发明涉及微生物领域,具体涉及一株能够降解聚天冬氨酸保水剂的新菌株及其对聚天冬氨酸保水剂的降解用途。
背景技术
超强的吸水性水凝胶保水剂是由水溶性的聚合物通过交联剂交联形成可吸收自身重量几十倍甚至几千倍水的空间网络结构,在干旱区的农林生产中具有特别重要的意义。生物可降解的天然氨基酸聚合物在农林生产中具有广阔的应用前景。PASP的规模化生产是通过天冬氨酸聚合生成聚琥珀酰亚胺,然后通过NaOH水解、交联作用而成(CN202010768425.2)。聚天冬氨酸保水剂(PASP)不仅具有极强的吸水性能,还具有很好的生物降解性能以及生物相容性,降解产物对环境无毒无害(CN202011082693.5;方莉,谭天伟.聚天门冬氨酸的合成研究[J].化学反应工程与工艺,2003(04):295-299.方莉,谭天伟.聚天门冬氨酸的合成及其应用[J].化工进展,2001(03):24-28.)。聚天冬氨酸保水剂不仅可以单独施用提高节水效能,同时还能与肥料混用起到缓释作用,被广泛地应用于农林生产领域(CN201710985091.2;倪承凡,张富林,吴茂前,等.聚天门冬氨酸尿素对稻田田面水氮素浓度及产量的影响[J].中国土壤与肥料,2020(06):234-239.)。
保水剂的保水周期与自然的降解周期不同步,在农林生产中需要加速其降解的过程,以保证保水剂在一个作物周期后没有残留。现有的聚天冬氨酸保水剂的降解研究主要以化学降解和机械搅拌作用降解为主,所需成本较高,且很难大规模地应用(Wei J etal.Effect of enzyme and mechanical stirring on the degradation ofpolyaspartic acid hydro-gel.《Progress in Natural Science:MaterialsInternational》.2015(25):425–429)。然而,生物降解是一个自然发生的过程,在水肥施用过程中添加降解菌的孢子粉或发酵液,能够加速自然降解的过程,减少PASP的长期残留,从而对农田生态系统的平衡和农业的可持续发展具有重要意义。
发明内容:
针对现有技术的需求和不足,本发明人从施加过聚天冬氨酸保水剂的棉田土壤中以特殊的分离培养基PASP-1分离并鉴定一株全新的聚天冬氨酸高效降解链霉菌菌株。因而,本发明所解决的技术问题是:提供一株能够降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌新菌株,其为聚天冬氨酸链霉菌(Streptomyces sp.)TRM66268-LWL,于2020年10月14日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC),保藏号为CCTCC NO:M 2020580,经检测存活。
进一步,本发明提供所述链霉菌(Streptomyces sp.)TRM66268-LWL的培养方法,其中用于制作孢子粉采用的固体培养基配方为:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO40.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,琼脂18g/L,水1L。调节pH为7.0-7.2;培养条件为28℃培养7-10天,优选9天。
用于制作发酵液采用液体培养基进行发酵,液体培养基的配方为:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO4 0.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,水1L,调节pH为7.0-7.2。28℃培养7天。
本发明还提供所述的链霉菌(Streptomyces sp.)TRM66268-LWL在降解聚天冬氨酸中的应用。进一步地,其用于降解聚天冬氨酸保水剂,将PASP降解成小分子的物质。在具体的实施方式中,用于降解PASP的菌株TRM66268-LWL有两种使用方式:一种是将其制作成孢子粉随保水剂一同施用,另一种是制作成发酵液随滴灌滴加至相关的土壤中。
本发明具有以下有益效果:发明人分离到一株可有效降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌(Streptomyces sp.)TRM66268-LWL,为聚天冬氨酸的降解提供了一条新的途径和方式。聚天冬氨酸保水剂具有吸水和释水的作用,但是过多的使用则会使得土壤板结。因此分离出聚天冬氨酸降解菌,可以开发出聚天冬氨酸降解菌的孢子粉或者发酵液,通过生物降解的方式降解聚天冬氨酸保水剂,将聚天冬氨酸降解成小分子的化合物,进而被植物所吸收。
附图说明
图1链霉菌TRM66268-LWL的电镜照片(示链状孢子丝和球形孢子);
图2链霉菌TRM66268-LWL的分类学地位与系统发育树(A:菌株TRM66268-LWL基于16S rRNA基因邻接法系统进化树;B:菌株TRM66268-LWL基于16S rRNA基因最大简约法系统进化树;C:菌株TRM66268-LWL基于16S rRNA基因最大似然法系统进化树)。
图3链霉菌TRM66268-LWL管家基因邻接法系统进化树。
图4链霉菌TRM66268-LWL极性脂类型(PE:磷脂酰乙醇胺;PIM:磷脂酰肌醇甘露糖苷;DPG:双磷脂酰甘油;PI:磷脂酰肌醇;L1,L2:未知化合物)。
图5链霉菌TRM66268-LWL在固体聚天冬氨酸为唯一碳氮源的固体培养基上的长势图。
图6链霉菌TRM66268-LWL在固体聚天冬氨酸为唯一碳源的固体培养基上的长势图。
图7扫描电镜表观形态图。其中,A为聚天冬氨酸标品扫描电镜表观形态图(3000×);B为将固体聚天冬氨酸埋于梨园,链霉菌TRM66268-LWL发酵液倒在固体聚天冬氨酸表面降解一月,其固体聚天冬氨酸扫描电镜表观图(3000×);C为将固体聚天冬氨酸埋于梨园,链霉菌TRM66268-LWL发酵液倒在固体聚天冬氨酸表面降解一月,其固体聚天冬氨酸扫描电镜表观图(3000×)。
图8链霉菌TRM66268-LWL在液体聚天冬氨酸发酵液中培养其发酵液的增比粘度变化图。
具体实施方式
下面通过具体实施方式的详细描述来进一步阐明本发明,但并不是对本发明的限制,仅仅作示例说明。
实施例一、链霉菌TRM66268-LWL的来源与分离培养
从新疆阿克苏地区阿拉尔市十二团施加过聚天冬氨酸保水剂棉田(40°38'N,81°23'E)0-30cm土壤样品中,采用涂布平板法,用以聚天冬氨酸为唯一碳氮源的分离培养基(PASP-1:PASP 0.4g/L,琼脂18g/L,水1L),28℃恒温培养,共分离出19个属的放线菌139株,通过固体培养、液体发酵等方法筛选,最终分离和筛选出了对聚天冬氨酸保水剂降解效果较好的链霉菌TRM66268-LWL。
实施例二、链霉菌TRM66268-LWL的多相分类与鉴定
为进一步确定降解菌TRM66268-LWL的分类学地位,本发明采用多相分类方法对该菌株进行了分类鉴定。
1形态观察用培养基
高氏I号培养基:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO4 0.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,调节pH为7.0-7.2,28℃培养7天。
2引物
采用放线菌通用引物由上海生工生物工程有限公司合成。其序列分别为:27F(5’-AGAGTTTGATCCTGGCTC-3’)和1492R(5’-CGGCTACCTTGTTACGACTT-3’)。
3试验方法
3.1形态学观察
扫描电子显微镜观察:平板划线法,28℃培养降解菌TRM66268-LWL。用扫描电子显微镜观察记录菌丝形态、菌丝生长情况,菌丝体是否产生孢子丝及孢子丝的排列方式、形状;孢子形状和大小;孢子的有无、形状、大小及形成方式等。
3.2链霉菌TRM66268-LWL的分子生物学鉴定。
3.2.1链霉菌TRM66268-LWL基因组DNA的提取。
收集培养平板上的TRM66268-LWL菌体放入1.5mL的无菌离心管中,加入480μL的1×TE缓冲液。加入20μL溶菌酶(50mg·m L-1),放入37℃摇床中,200rpm振荡过夜。每管加入50μL 20%的SDS,加入5μL 20mg·m L-1的蛋白酶K,放入60℃摇床中,200r/min振荡1h。加入550μL的酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),12000rpm离心10min,取上清移入另一离心管中,反复抽提2-3次。取上清,加入等体积的无水乙醇,加入0.1倍体积的乙酸钠(3mol·L-1),放入4℃冰箱中沉淀DNA约0.5h。12000rpm离心10min,弃上清。用200μL的70%乙醇清洗离心产物2次,12000rpm离心5min,弃上清,将乙醇挥发完全。用50μL无菌超纯水充分溶解底部的DNA,1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA提取质量,将提取的DNA放入-20℃冰箱中保存备用。
3.2.2链霉菌TRM66268-LWL 16S r RNA基因的扩增。
用放线菌16S r RNA基因通用引物27F(5’-AGAGTTTGATCCTGGCTC-3’)和1492R(5’-CGGCTACCTTGTTACGACTT-3’)扩增放线菌基因组DNA中的16S r RNA基因片段。
25μL的PCR反应体系为:dd H2O 20.4μL,10×Buffer(缓冲液含Mg2+)2.5μL,dNTPs0.5μL,引物27F(10μmol·L-1)0.5μL,引物1492R(10μmol·L-1)0.5μL,Taq DNA聚合酶0.1μL,模板DNA 0.5μL。
PCR反应条件为:预变性94℃4min;变性94℃1min,退火56℃1min,延伸72℃2min,30次循环;总延伸72℃8min。反应完成后用1%琼脂糖凝胶电泳检测。符合条件的PCR产物进行序列测定。
3.2.3测序结果的比对分析。
测序结果用SeqMan软件拼接,序列通过EzBioCloud数据库中的已有效发表的菌株序列进行比对,下载相似度较高的已有效发表菌株的16S r RNA基因序列,用MEGA5.0软件对序列进行系统发育树的构建,确定放线菌的分类学地位。
全基因组拼接结果用NCBI中GenBank数据库进行比对,进一步确定菌株的分类学地位。
4试验结果
4.1链霉菌TRM66268-LWL的形态学观察
将链霉菌TRM66268-LWL在28℃不同培养基上生长7天的生长特性如下表1所示。
表1菌株TRM66268-LWLT在28℃不同培养基上生长7天的生长特性
+++长势较好,++长势适中,+生长较差
其中,链霉菌TRM66268-LWL在高氏I号培养基上生长良好,菌落圆形扁平,表面干燥,菌落边缘整齐,气生菌丝丰富,孢子堆白色,基内菌丝黄色,无色素产生。
链霉菌TRM66268-LWL革兰氏染色为阳性,最适生长温度28℃,最适生长p H为7,最适NaCl(W/V)为1%,在高氏I号培养基上28℃平板培养7d,通过扫描显微镜观察发现:链霉菌TRM66268-LWL的菌丝长势较好,孢子长在菌丝体上,球形,且孢子之间较为分散,见图1。
基于实验发现链霉菌TRM66268-LWL与相似菌株在分类指标存在一些差异。如下表2所示。
表2链霉菌TRM66268-LWL与相似菌株多相分类指标主要差别
其中,PE:磷脂酰乙醇胺;PIM:磷脂酰肌醇甘露糖苷;DPG:双磷脂酰甘油;PI:磷脂酰肌醇;Rib:核糖;ara:阿拉伯糖;man:甘露糖;glu:葡萄糖;gal:半乳糖。
菌株:1,TRM66268-LWLT;2,S.indicus DSM 42001T(Luo YX et al.);3,S.caldifontis KCTC 39537T(Amin A et al.);4,S.qinzhouensis SSL-25T(Zhu P etal.).+,积极的;–,消极的;–/w,些微消极;+/w,些微积极;ND,未知.
综合根据链霉菌TRM66268-LWL菌落、菌体形态和生理特征测定,确定降解菌TRM66268-LWL属于链霉菌属(Streptomyces)。
4.2链霉菌TRM66268-LWL的分子生物学鉴定
4.2.1链霉菌TRM66268-LWL的16S r RNA基因序列测定结果
测序结果用SeqMan软件拼接,确定该片段由1388个碱基组成,得到降解菌TRM66268-LWL的16S rRNA基因序列如SEQ ID NO.1所示。
4.2.2同源进化树构建
通过在EzBioCloud数据库中进行比对,与待测放线菌16S r RNA基因序列相似度较近的序列,用MEGA软件对放线菌16S r RNA基因序列进行多重序列比对,构建系统发育树。降解菌TRM66268-LWL进化树见图2,降解菌TRM66268-LWL与印度链霉菌(Streptomycesindicus)的16S r RNA基因序列(一致性为98.41%)聚在同一个系统进化分支上,但相似度较低(见表3),故将该链霉菌新物种根据其功能,与聚天冬氨酸链霉菌(Streptomycespolyasparticus)最为接近。
表3链霉菌TRM66268-LWLT与链霉菌属近缘型菌株的dDDH和ANI值
实施例三、链霉菌TRM66268-LWL对PASP的降解功能验证
将固体聚天冬氨酸0.3g和250mL的水置于500mL的三角瓶中进行灭菌,加入30ul的该降解菌株种子液,置于摇床进行培养,培养条件为:150rpm,28℃,培养30天。发现菌株可以在培养基中生长,且有微黄色色素产生。
将该菌株接种划线到以固体聚天冬氨酸为唯一碳氮源的PASP-1培养基中培养,其培养基配方为:PASP 0.4g/L,琼脂18g/L,水1L。28℃培养30天,结果表明,该菌株能够在PASP-1培养基上生长,见图5。
将该菌株接种划线到以聚天冬氨酸为唯一碳源的PASP-2培养基中培养,其培养基配方为:PASP 0.4g/L,(NH4)2SO4 1g/L,KH2PO4 1.5g/L,K2HPO4 1.5g/L,MgSO4·7H2O 0.2g/L,NaCl 1g/L,FeSO4·7H2O 0.05g/L,pH 7.2,琼脂18g/L,水1L。28℃培养15天,其菌株长势较好,见图6。
将该菌株接种到高氏I号液体培养基中,28℃,150rpm在摇床发酵7天,得到菌株发酵液。将固体聚天冬氨酸装于10mL的离心管中,离心管盖盖紧,在管壁插数个小孔,便于菌体进入。将离心管埋于梨园,深度为30cm,将发酵液倒在离心管上,填埋土壤。1月后将离心管挖出,聚天冬氨酸稍加处理后用扫描电镜观测其表观形态。结果表明,固体聚天冬氨酸表明出现一些凹槽,被菌体降解(图7A为聚天冬氨酸标品;图7B为不施加TRM66268-LWL菌株发酵液的聚天冬氨酸降解后的扫描电镜图;图7C为施加过TRM66268-LWL发酵液的聚天冬氨酸降解后扫描电镜图;扫描电镜的拍摄倍数都为3000×)。
将菌体接种到以液体聚天冬氨酸为唯一碳氮源的发酵培养基中进行培养,分别在1天、7天、14天、21天和28天测量发酵液的增比粘度。发酵所用培养基配方为:液体聚天冬氨酸5mL/150mL水,在28℃,150rpm的摇床上进行发酵培养。结果表明,菌体量逐渐增多,而发酵液分子量用乌氏粘度计进行测量,其增比粘度逐渐降低,发酵28天后,增比粘度降低了18.82%,说明该菌株降解了聚天冬氨酸,见图8。
将菌体接种到以添加过固体聚天冬氨酸保水剂的液体培养基PASP-5中进行发酵培养,并设置一组空白对照,28℃,150rpm在摇床发酵9天,三天取出一次检测其发酵液的COD值,每株菌取出三瓶为实验的三个重复。培养基配方为:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO4 0.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,PASP 1g/L。根据降解率计算公式第n天的降解率=(COD初始净-COD第n天净)/COD初始净×100%,其中COD净=COD样品-COD空白。实验结果如表4所示。
表4TRM66268-LWLT菌株在含有PASP发酵液中发酵28天内的COD值及其降解率
时间 | 1天 | 3天 | 5天 | 7天 | 9天 |
PASP(COD) | 475.3 | 408.8 | 376.4 | 275.9 | 262 |
空白(COD) | 162.5 | 183.9 | 189.7 | 186.7 | 173.93 |
净COD | 312.8 | 224.9 | 186.7 | 89.2 | 88.07 |
降解率 | 0 | 28.10% | 40.31% | 71.48% | 71.84% |
结果表明,固体聚天冬氨酸降解率逐渐增大,发酵第九天时PASP的降解率达到了71.84%,聚天冬氨酸被菌株所降解。
<110> 塔里木大学
<120> 一株降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌及其用途
<160> 1
<210> 1
<211> 1388
<212> DNA
<400> 1
TGCAGTCGAACGATGAAGCCCTTCGGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGCAATCTGCCCTTCACTCTGGGACAAGCCCTGGAAACGGGGTCTAATACCGGATANGACCTTCTTCCGCATGGTTGAAGGTGGAAAGCTCCGGCGGTGAAGGATGAGCCCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGGCGACGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGCAGGGAAGAAGCGAAAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGCCAGTCGCGTCGGGTGTGAAAGACCGGGGCTTAACCCCGGTTCTGCATTCGATACGGGCTGGCTAGAGTGTGGTAGGGGAGATCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGATCTCTGGGCCATTACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGGAACTAGGTGTTGGCGACATTCCACGTCGTCGGTGCCGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGCTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATACACCGGAAAGCATTAGAGATAGTGCCCCCCTTGTGGTCGGTGTACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCCCGTGTTGCCAGCAAGCCCTTCGGGGTGTTGGGGACTCACGGGAGACCGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTGCACACGTGCTACAATGGCCGGTACAATGAGCTGCGATACCGCGAGGTGGAGCGAATCTCAAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTCGGAGTTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAGTCGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCAACCCCTTGTGGGAGGGA
Claims (9)
1.一株能够降解聚天冬氨酸保水剂的链霉菌(Streptomycessp.),所述菌株于2020年10月14日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC),保藏编号为CCTCC NO:M 2020580。
2.如权利要求1所述的链霉菌的培养方法,其特征在于,所采用的培养基为PASP-1培养基:PASP 0.4g/L,琼脂18g/L,水1L,调节pH为7.0-7.2。
3.如权利要求1所述的链霉菌的孢子粉的制备方法,其特征在于,采用孢子粉固体培养基进行培养,收集孢子粉,其中所述孢子粉固体培养基配方为:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO4 0.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,琼脂18g/L,水 1L,调节pH为7.0-7.2。
4.如权利要求3所述的发酵液的制备方法,其特征在于,所述培养的条件为28℃培养7-10天。
5.如权利要求1所述的链霉菌的发酵液的制备方法,其特征在于,采用液体培养基进行发酵培养,获得发酵液。
6.如权利要求5所述的发酵液的制备方法,其特征在于,所述液体培养基的配方为:可溶性淀粉20g/L,KNO3 1g/L,K2HPO4 0.5g/L,MgSO4 0.5g/L,FeSO4 0.02g/L,加水至1L,调节pH为7.0-7.2。
7.如权利要求4所述的发酵液的制备方法,其特征在于,所述培养的条件为28℃培养6-10天。
8.如权利要求1所述的链霉菌在降解聚天冬氨酸保水剂中的应用。
9.如权利要求8所述的应用,其特征在于,将所述链霉菌制作成孢子粉随聚天冬氨酸保水剂一同施用;或者将所述链霉菌制作成发酵液随滴灌滴加至土壤中。
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