CN112400019A - 用于减少lrrk2表达的化合物和方法 - Google Patents
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Abstract
提供了用于减少细胞或动物中的LRRK2 RNA的量或活性以及在某些情况下减少细胞或动物中的LRRK2蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。所述化合物、方法和药物组合物可用于改善神经退行性疾病的至少5一种症状或标志。这类症状和标志包括共济失调、神经病变和聚集体形成。这类神经退行性疾病包括帕金森氏症。
Description
序列表
本申请与电子格式的序列表一起提交。所述序列表作为标题为BIOL0324WOSEQ_ST25.txt的文档提供，其是在2019年6月14日建立，大小为1.12MB。序列表的电子格式中的信息以引用的方式整体并入本文中。
技术领域
提供了用于减少细胞或动物中的富含亮氨酸重复序列激酶2(LRRK2)RNA的量或活性以及在某些情况下减少LRRK2蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善神经退行性疾病的至少一种症状或标志。此类症状和标志包括共济失调、神经病变和聚集体形成。这类神经退行性疾病包括帕金森氏症(Parkinson'sdisease)。
背景技术
LRRK2基因编码具有犰狳重复(ARM)区、锚蛋白重复(ANK)区、富含亮氨酸重复(LRR)结构域、激酶结构域、RAS结构域、GTPase结构域和WD40结构域的蛋白质。所述蛋白质主要存在于细胞质中，但也与线粒体外膜缔合。LRRK2蛋白的一个区段富含亮氨酸并且可能与信号转导和细胞骨架装配相关。还认为LRRK2蛋白的其它部分与蛋白质-蛋白质相互作用有关。其它研究表明LRRK2蛋白具有称为激酶活性的酶功能，包括磷酸化和GTPase活性。LRRK2在脑中和体内其它组织中具有活性。
全基因组关联研究已经发现LRRK2与帕金森氏症之间的联系。实际上，LRRK2是已知最大的帕金森氏症遗传影响因素。但是，尚未考虑帕金森氏症为一种遗传疾病。大部分帕金森氏症病例是特发性的。大约10％的帕金森氏症病例与遗传原因有关。在这个相对较小的组中，LRRK2基因的突变是帕金森氏症的最常见病因，占全部帕金森氏症病例的百分之一至百分之二。
当前治疗神经退行性疾病，例如帕金森氏症，包括非LRRK2介导的帕金森氏症缺乏可接受的选择。因此，本文的一个目标是提供用于治疗这类疾病的化合物、方法和药物组合物。
发明内容
本文提供了用于减少细胞或动物中的LRRK2 RNA的量或活性以及在某些实施方案中减少LRRK2蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。在某些实施方案中，动物患有神经退行性疾病。在某些实施方案中，动物患有帕金森氏症。在某些实施方案中，可用于减少LRRK2RNA表达的化合物为寡聚化合物。在某些实施方案中，可用于减少LRRK2 RNA表达的化合物为修饰寡核苷酸。
还提供了可用于改善神经退行性疾病的至少一种症状或标志的方法。在某些实施方案中，神经退行性疾病为帕金森氏症。在某些实施方案中，帕金森氏症为LRRK2介导的帕金森氏症或非LRRK2介导的帕金森氏症。在某些实施方案中，症状或标志包括共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，这些症状的改善可改善运动功能，减少神经病变，并且减少聚集体数目。
具体实施方式
应了解以上概述和以下详细描述仅仅是例示性和说明性的并且无限制性。本文中，除非另外特别说明，否则单数的使用包括复数。如本文所用，除非另外说明，否则“或”的使用意指“和/或”。此外，术语“包括(including)”以及其它形式，例如“包括(includes)”和“包括(included)”的使用无限制性。此外，除非另外特别说明，否则例如“要素”或“组分”的术语涵盖包含一个单元的要素和组分以及包含超过一个子单元的要素和组分。
本文中使用的章节标题仅仅是出于组织的目的，并且不应视为限制所述主题。本申请中引用的所有文献或文献的部分，包括(但不限于)专利、专利申请、文章、书籍和论文，关于本文中论述的文献的部分，都在此以引用的方式明确地并入，以及整体并入。
定义
除非提供特定定义，否则与本文所述的分析化学、合成有机化学以及医药和药物化学相关的命名法以及其程序和技术是本领域众所周知和常用的命名法以及程序和技术。允许的话，所有专利、申请、公布的申请和其它公布以及本公开通篇所提及的其它资料都以引用的方式整体并入本文中。
除非另外指示，否则以下术语具有以下含义：
定义
如本文所用，“2'-脱氧核苷”意指如在天然存在的脱氧核糖核酸(DNA)中所发现，包含2'-H(H)脱氧核糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中，2'-脱氧核苷可以包含修饰核碱基或可以包含RNA核碱基(尿嘧啶)。
如本文所用，“2'上取代的核苷”意指包含2'上取代的糖部分的核苷。如本文所用，关于糖部分的“2'上取代”意指糖部分包含至少一个非H或OH的2'-取代基团。
如本文所用，“5-甲基胞嘧啶”意指经连接于5位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶为修饰核碱基。
如本文所用，“施用”意指提供药剂至动物。
如本文所用，“动物”意指人或非人动物。
如本文所用，“反义活性”意指可归因于反义化合物与其靶核酸杂交的任何可检测和/或可测量的变化。在某些实施方案中，反义活性为与在缺乏反义化合物下的靶核酸水平或标靶蛋白水平相比，靶核酸或由这类靶核酸编码的蛋白质的量或表达下降。
如本文所用，“反义化合物”意指能够实现至少一种反义活性的寡聚化合物。
如本文所用，关于治疗的“改善”意指相对于缺少治疗时的相同症状，至少一种症状有所好转。在某些实施方案中，改善为症状的严重度或频率降低，或症状的发作延迟或严重度进展或频率减缓。在某些实施方案中，症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，这些症状的改善可改善运动功能，减少神经病变，并且减少聚集体数目。
如本文所用，“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。
如本文所用，“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的修饰糖部分，其中第二个环经由连接第一个环中的两个原子的桥形成，从而形成双环结构。在某些实施方案中，双环糖部分的第一个环为呋喃糖基部分。在某些实施方案中，双环糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用，“可裂解部分”意指在生理条件下，例如在细胞、动物或人中裂解的键或一组原子。
如本文所用，关于寡核苷酸的“互补”意指当寡核苷酸的核碱基序列与另一核酸以对立方向对准时寡核苷酸的至少70％核碱基或其一个或多个区域与另一核酸的核碱基或其一个或多个区域能够彼此以氢键键结的寡核苷酸。互补核碱基意指能够彼此形成氢键的核碱基。互补核碱基对包括腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补寡核苷酸和/或核酸不需要在每个核苷处具有核碱基互补性。更确切些，容许一些错配。如本文所用，关于寡核苷酸的“完全互补”或“100％互补”意指寡核苷酸与另一寡核苷酸或核酸在寡核苷酸的每个核苷处都互补。
如本文所用，“结合基团”意指直接连接于寡核苷酸的一组原子。结合基团包括结合部分和将结合部分连接于寡核苷酸的结合连接子。
如本文所用，“结合连接子”意指将结合部分连接于寡核苷酸的单键或包含至少一个将结合部分连接于寡核苷酸的键的一组原子。
如本文所用，“结合部分”意指经由结合连接子连接于寡核苷酸的一组原子。
如本文所用，在寡核苷酸的背景下“相连”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间键。举例来说，“相连核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。
如本文所用，“约束的乙基”或“cEt”或“cEt修饰糖”意指β-D核糖基双环糖部分，其中双环糖的第二个环经由连接β-D核糖基糖部分的4'-碳和2'-碳的桥形成，其中所述桥具有式4'-CH(CH3)-O-2'，并且其中桥的甲基呈S构型。
如本文所用，“cEt核苷”意指包含cEt修饰糖的核苷。
如本文所用，“手性富集群体”意指多个具有一致分子式的分子，其中如果特定手性中心为立体无规的，那么所述群体内在所述特定手性中心含有特定立体化学构型的分子的数目或百分比超过群体内预期在相同特定手性中心含有相同特定立体化学构型的分子的数目或百分比。在每个分子内具有多个手性中心的分子的手性富集群体可以含有一个或多个立体无规的手性中心。在某些实施方案中，分子为修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，分子为包含修饰寡核苷酸的化合物。
如本文所用，“缺口聚物”意指一种包含具有多个核苷的内部区域的修饰寡核苷酸，所述核苷支持位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的RNA酶H裂解，其中构成内部区域的核苷在化学上与构成外部区域的核苷不同。内部区域可以称为“缺口”并且外部区域可以称为“翼”。除非另外指示，否则“缺口聚物”是指糖基元。除非另外指示，否则缺口聚物的缺口的核苷的糖部分为未修饰的2'-脱氧核糖基。因此，术语“MOE缺口聚物”指示具有在两个翼中具有2'-MOE核苷并且具有2'-脱氧核苷的缺口的糖基元的缺口聚物。除非另外指示，否则MOE缺口聚物可以包含一个或多个修饰核苷间键和/或修饰核碱基，并且这类修饰不需遵循糖修饰的缺口聚物模式。
如本文所用，“热点区域”是靶核酸上能够实现寡聚化合物介导的靶核酸的量或活性降低的一系列核碱基。
如本文所用，“杂交”意指互补寡核苷酸和/或核酸的配对或粘接。虽然不限于特定机制，但杂交的最常见机制涉及互补核碱基之间的氢键键结，所述氢键键结可以为沃森-克里克(Watson-Crick)、胡斯坦(Hoogsteen)或反向胡斯坦氢键键结。
如本文所用，术语“核苷间键”是寡核苷酸中介于邻接核苷之间的共价键。如本文所用，“修饰核苷间键”意指除磷酸二酯核苷间键以外的任何核苷间键。“硫代磷酸酯核苷间键”是磷酸二酯核苷间键的非桥接氧原子之一经硫原子置换的修饰核苷间键。
如本文所用，“连接子-核苷”意指将寡核苷酸直接或间接连接至结合部分的核苷。“连接子-核苷”位于寡聚化合物的结合连接子内。即使连接子-核苷与寡核苷酸相连，也不考虑其为寡聚化合物的寡核苷酸部分的一部分。
如本文所用，“非双环修饰糖部分”意指一种修饰糖部分，其包含在糖的两个原子之间不形成桥从而不形成第二个环的修饰，例如取代基。
如本文所用，“错配”或“非互补”意指当第一寡核苷酸与第二寡核苷酸对准时第一寡核苷酸的核碱基不与第二寡核苷酸或靶核酸的对应核碱基互补。
如本文所用，“MOE”意指甲氧基乙基。“2'-MOE”或“2'-MOE修饰糖”意指2'-OCH2CH2OCH3基团代替核糖基糖部分的2'-OH基团。如本文所用，“2'-MOE核苷”意指包含2'-MOE修饰糖的核苷。
如本文所用，“基元”意指寡核苷酸中未修饰和/或修饰糖部分、核碱基和/或核苷间键的模式。
除非另作说明，否则如本文所用，“RNA”意指编码蛋白质的RNA转录产物并且包括前mRNA和成熟mRNA。
如本文所用，“神经退行性疾病”意指特征为功能或结构逐渐丧失，包括运动功能丧失和神经元死亡的病状。在某些实施方案中，神经退行性疾病为帕金森氏症。在某些实施方案中，帕金森氏症可以为LRRK2介导的帕金森氏症或非LRRK2介导的帕金森氏症。
“非LRRK2介导的帕金森氏症”是对不与致病性LRRK2遗传突变相关的帕金森氏症的诊断。致病性LRRK2遗传突变包括G2019S、R1441C、R1441G、I2020T和Y1699C。帕金森氏症的诊断可以通过包括评估个体的病史、观测征象和症状以及标准临床测试或评定的任何方法来实现。与LRRK2相关的突变，例如G2019S、R1441C、R1441G、I2020T和Y1699C的遗传测试可以揭露个体是否患有非LRRK2介导的帕金森氏症。确诊帕金森氏症但无致病性LRRK2突变的个体患有非LRRK2介导的帕金森氏症。“鉴别患有非LRRK2介导的帕金森氏症的动物”意指鉴别确诊帕金森氏症或易发展出帕金森氏症而无致病性LRRK2突变的动物。
如本文所用，“核碱基”意指未修饰的核碱基或修饰核碱基。如本文所用，“未修饰的核碱基”为腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)或鸟嘌呤(G)。如本文所用，“修饰核碱基”是除未修饰的A、T、C、U或G以外的能够与至少一个未修饰的核碱基配对的一组原子。“5-甲基胞嘧啶”为修饰核碱基。通用碱基为可以与五种未修饰的核碱基中的任一种配对的修饰核碱基。如本文所用，“核碱基序列”意指核酸或寡核苷酸中与任何糖或核苷间键修饰无关的相连核碱基顺序。
如本文所用，“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物。核碱基和糖部分各自独立地未修饰或修饰。如本文所用，“修饰核苷”意指包含修饰核碱基和/或修饰糖部分的核苷。修饰核苷包括无碱基核苷，无碱基核苷缺乏核碱基。“连接核苷”是以相连次序连接的核苷(即连接的核苷之间不呈现其它核苷)。
如本文所用，“寡聚化合物”意指寡核苷酸和任选存在的一个或多个其它特征，例如结合基团或端基。寡聚化合物可以与同第一寡聚化合物互补的第二寡聚化合物配对，或可以未配对。“单链寡聚化合物”是未配对的寡聚化合物。术语“寡聚双链体”意指由具有互补核碱基序列的两种寡聚化合物形成的双链体。寡聚双链体的每种寡聚化合物可以称为“双链体寡聚化合物”。
如本文所用，“寡核苷酸”意指经由核苷间键连接的连接核苷的链，其中每个核苷和核苷间键可以被修饰或未修饰。除非另外指示，否则寡核苷酸由8-50个连接核苷组成。如本文所用，“修饰寡核苷酸”意指至少一个核苷或核苷间键被修饰的寡核苷酸。如本文所用，“未修饰寡核苷酸”意指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的寡核苷酸。
如本文所用，“药学上可接受的载体或稀释剂”意指适用于施用于动物的任何物质。某些这类载体使药物组合物可被配制为例如片剂、丸剂、糖锭、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、悬浮液和含片供受试者口服。在某些实施方案中，药学上可接受的载体或稀释剂为无菌水、无菌盐水、无菌缓冲溶液或无菌人工脑脊液。
如本文所用，“药学上可接受的盐”意指化合物的生理学上和药学上可接受的盐。药学上可接受的盐保留母体化合物的所需生物活性并且不赋予不希望的毒理效应。
如本文所用，“药物组合物”意指适合于施用于受试者的物质的混合物。举例来说，药物组合物可以包含寡聚化合物和无菌水溶液。在某些实施方案中，药物组合物在自由吸收测定中在某些细胞系中展示活性。
如本文所用，“前药”意指在体外呈一种形式，在动物或动物细胞内转变成不同形式的治疗剂。典型地，动物内前药的转变由酶(内源性或病毒性酶)的作用，或细胞或组织中存在的化学物质和/或生理条件推动。
如本文所用，“降低或抑制量或活性”是指相对于未处理或对照样品中的转录表达或活性，转录表达或活性减少或被阻断，而不一定指示转录表达或活性全部消除。
如本文所用，“RNAi化合物”意指至少部分地通过RISC或Ago2来调节靶核酸和/或由靶核酸编码的蛋白质的反义化合物。RNAi化合物包括(但不限于)双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微型RNA，包括微型RNA模拟物。在某些实施方案中，RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物排除通过RNA酶H起作用的反义化合物。
如本文所用，关于寡核苷酸的“自我互补”意指至少部分与本身杂交的寡核苷酸。
如本文所用，“siRNA”是指具有包括两条反向平行并且基本上互补的核酸链的双链体结构的核糖核酸分子。形成双链体结构的两条链可以为一个较大RNA分子的不同部分，或其可以为分开的RNA分子。在两条链属于一个较大分子的一部分，因此由连续核碱基连接在形成双链体结构的一条链的3'-端与相应另一条链的5'端之间的情况下，连接RNA链称为“发夹环”。RNA链可以具有相同或不同数目的核苷酸。
如本文所用，“标准细胞测定”意指实施例4中描述的测定和其合理变体。
如本文所用，“标准体内测定”意指实施例14中描述的实验和其合理变体。
如本文所用，在具有一致分子式的一群分子的背景下“立体无规的手性中心”意指具有无规立体化学构型的手性中心。举例来说，在包含立体无规的手性中心的一群分子中，具有立体无规的手性中心的(S)构型的分子的数目可以但不一定与具有立体无规的手性中心的(R)构型的分子的数目相同。当由未被设计成控制立体化学构型的合成方法产生时，手性中心的立体化学构型视为无规。在某些实施方案中，立体无规的手性中心为立体无规的硫代磷酸酯核苷间键。
如本文所用，“糖部分”意指未修饰糖部分或修饰糖部分。如本文所用，“未修饰糖部分”意指如在RNA中发现的2'-OH(H)核糖基部分(“未修饰的RNA糖部分”)或如在DNA中发现的2'-H(H)脱氧核糖基部分(“未修饰的DNA糖部分”)。未修饰糖部分在1'、3'和4'位每一者上具有一个氢，在3'位上具有一个氧，并且在5'位上具有两个氢。如本文所用，“修饰糖部分”或“修饰糖”意指修饰呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用，“糖替代物”意指除呋喃糖基部分以外的可以连接核碱基至寡核苷酸中的另一基团，例如核苷间键、结合基团或端基的修饰糖部分。包含糖替代物的修饰核苷可以并入寡核苷酸内的一个或多个位置中，并且这类寡核苷酸能够与互补寡聚化合物或靶核酸杂交。
如本文所用，“靶核酸”和“靶RNA”意指反义化合物被设计用于影响的核酸。
如本文所用，“靶区”意指寡聚化合物被设计用于杂交的靶核酸的一部分。
如本文所用，“端基”意指共价连接于寡核苷酸的末端的化学基团或一组原子。
如本文所用，“治疗有效量”意指为动物提供治疗益处的药剂的量。举例来说，治疗有效量使疾病的症状有所好转。
某些实施方案
本公开提供了以下非限制性编号实施方案：
实施方案1.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸，其中所述修饰寡核苷酸的核碱基序列与LRRK2核酸的等长部分至少90％互补，并且其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个选自修饰糖、糖替代物和修饰核苷间键的修饰。
实施方案2.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸并且具有包含SEQ ID NO:30-3847的核碱基序列中的任一种的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个相连核碱基的核碱基序列。
实施方案3.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸并且具有包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个相连核碱基的部分的核碱基序列，其中所述部分与以下互补：
SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和/或87,838-87,869的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936的等长部分；或
SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086的等长部分。
实施方案4.实施方案1-3中任一项的寡聚化合物，其中当跨越所述修饰寡核苷酸的整个核碱基序列测量时，所述修饰寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的核碱基序列至少80％、85％、90％、95％或100％互补的核碱基序列。
实施方案5.实施方案1-4中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核苷。
实施方案6.实施方案5的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含修饰糖部分的修饰核苷。
实施方案7.实施方案6的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含双环糖部分的修饰核苷。
实施方案8.实施方案7的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含具有2'-4'桥的双环糖部分的修饰核苷，其中所述2'-4'桥选自-O-CH2-和-O-CH(CH3)-。
实施方案9.实施方案5-8中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含非双环修饰糖部分的修饰核苷。
实施方案10.实施方案9的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含含有2'-MOE修饰糖或2'-OMe修饰糖的非双环修饰糖部分的修饰核苷。
实施方案11.实施方案5-10中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含糖替代物的修饰核苷。
实施方案12.实施方案11的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含选自吗N-啉基和PNA的糖替代物的修饰核苷。
实施方案13.实施方案1-12中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸具有包含以下的糖基元：
由1-5个连接5'-区核苷组成的5'-区；
由6-10个连接中央区核苷组成的中央区；和
由1-5个连接3'-区核苷组成的3'-区；其中
所述5'-区核苷中的每一个和所述3'-区核苷中的每一个包含修饰糖部分并且所述中央区核苷中的每一个包含未修饰的2'-脱氧核糖基糖部分。
实施方案14.实施方案1-13中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核苷间键。
实施方案15.实施方案14的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸的每个核苷间键为修饰核苷间键。
实施方案16.实施方案14或15的寡聚化合物，其中至少一个核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案17.实施方案14或16的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键。
实施方案18.实施方案14、16或17中任一项的寡聚化合物，其中每个核苷间键为磷酸二酯核苷间键或硫代磷酸酯核苷间键。
实施方案19.实施方案1-18中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核碱基。
实施方案20.实施方案19的寡聚化合物，其中所述修饰核碱基为5-甲基胞嘧啶。
实施方案21.实施方案1-20中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸由12-30个、12-22个、12-20个、14-20个、15-25个、16-20个、18-22个或18-20个连接核苷组成。
实施方案22.实施方案1-21中任一项的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸由17个或20个连接核苷组成。
实施方案23.实施方案1-22中任一项的寡聚化合物，所述寡聚化合物由所述修饰寡核苷酸组成。
实施方案24.实施方案1-22中任一项的寡聚化合物，所述寡聚化合物包含含有结合部分和结合连接子的结合基团。
实施方案25.实施方案24的寡聚化合物，其中所述结合基团包含含有1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。
实施方案26.实施方案24或25的寡聚化合物，其中所述结合连接子由单键组成。
实施方案27.实施方案25的寡聚化合物，其中所述结合连接子是可裂解的。
实施方案28.实施方案27的寡聚化合物，其中所述结合连接子包含1-3个连接子-核苷。
实施方案29.实施方案24-28中任一项的寡聚化合物，其中所述结合基团在所述修饰寡核苷酸的5'-端连接于所述修饰寡核苷酸。
实施方案30.实施方案24-28中任一项的寡聚化合物，其中所述结合基团在所述修饰寡核苷酸的3'-端连接于所述修饰寡核苷酸。
实施方案31.实施方案1-30中任一项的寡聚化合物，所述寡聚化合物包含端基。
实施方案32.实施方案1-31中任一项的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物为单链寡聚化合物。
实施方案33.实施方案1-27或29-31中任一项的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物不包含连接子-核苷。
实施方案34.一种寡聚双链体，所述寡聚双链体包含实施方案1-31或33中任一项的寡聚化合物。
实施方案35.一种反义化合物，所述反义化合物包含实施方案1-33中任一项的寡聚化合物或实施方案34的寡聚双链体或由实施方案1-33中任一项的寡聚化合物或实施方案34的寡聚双链体组成。
实施方案36.一种药物组合物，所述药物组合物包含实施方案1-33中任一项的寡聚化合物或实施方案34的寡聚双链体和药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案37.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:222)
或其盐。
实施方案38.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:888)
或其盐。
实施方案39.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:1431)
或其盐。
实施方案40.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:3590)
或其盐。
实施方案41.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:3385)
或其盐。
实施方案42.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:852)
或其盐。
实施方案43.实施方案37-42中任一项的修饰寡核苷酸，所述修饰寡核苷酸为所述式的钠盐。
实施方案44.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:222)。
实施方案45.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:888)。
实施方案46.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:1431)。
实施方案47.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:3590)
实施方案48.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:3385)。
实施方案49.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
(SEQ ID NO:852)。
实施方案50.一种实施方案37-49中任一项的修饰寡核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
实施方案51.实施方案50的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
实施方案52.实施方案50或51的手性富集群体，其中所述群体富集具有至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
实施方案53.实施方案50的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有特定的独立选择的立体化学构型的修饰寡核苷酸。
实施方案54.实施方案53的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有(Sp)构型的修饰寡核苷酸。
实施方案55.实施方案53的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有(Rp)构型的修饰寡核苷酸。
实施方案56.实施方案50或实施方案53的手性富集群体，其中所述群体富集在5'至3'方向上具有至少3个呈Sp-Sp-Rp构型的相连硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
实施方案57.一种实施方案37-49中任一项的修饰寡核苷酸的群体，其中所述修饰寡核苷酸的所有所述硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。
实施方案58.一种药物组合物，所述药物组合物包含实施方案37-49中任一项的修饰寡核苷酸和药学上可接受的稀释剂或载体。
实施方案59.实施方案58的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为人工脑脊液。
实施方案60.实施方案59的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述修饰寡核苷酸和所述人工脑脊液组成。
实施方案61.一种方法，所述方法包括向动物施用实施方案36或58-60中任一项的药物组合物。
实施方案62.一种治疗与LRRK2相关的疾病的方法，所述方法包括向患有与LRRK2相关的疾病或处于发展出所述疾病的风险下的个体施用治疗有效量的根据实施方案36或58-60中任一项的药物组合物；从而治疗所述与LRRK2相关的疾病。
实施方案63.实施方案62的方法，其中所述与LRRK2相关的疾病为神经退行性疾病。
实施方案64.实施方案63的方法，其中所述神经退行性疾病为帕金森氏症。
实施方案65.实施方案64的方法，其中所述神经退行性疾病的至少一种症状或标志得到改善。
实施方案66.实施方案65的方法，其中所述症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成中的任一种。
实施方案67.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Ges mCeo Teo mCeo Aes Tds Ads Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeomCeo Ges mCes Ae(SEQ ID NO:222)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案68.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Tes mCeo Aeo mCeo mCes Ads mCds Ads Ads Ads mCds Tds mCds Ads Tds GeoGeo Aes mCes Te(SEQ ID NO:888)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案69.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Aes mCeo mCeo mCeo Tes Tds Tds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads AeomCeo Aes Tes Te(SEQ ID NO:1431)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案70.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Aes mCeo Geo mCeo Aes mCds Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads TeomCeo Aes Tes Ae(SEQ ID NO:3590)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案71.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：Aes Geo mCeo Aeo Aes Tds mCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo TesAes mCe(SEQ ID NO:3385)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案72.一种寡聚化合物，所述寡聚化合物包含根据下式的修饰寡核苷酸：mCes Geo mCes Aes mCes Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo TesAes Te(SEQ ID NO:852)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
实施方案73.实施方案3的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸是RNAi化合物。
实施方案74.实施方案73的寡聚化合物，其中所述RNAi化合物是ssRNA或siRNA。
I.某些寡核苷酸
在某些实施方案中，本文提供了包含由连接核苷组成的寡核苷酸的寡聚化合物。寡核苷酸可以为未修饰的寡核苷酸(RNA或DNA)或可以为修饰寡核苷酸。相对于未修饰的RNA或DNA，修饰寡核苷酸包含至少一个修饰。即，修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核苷(包含修饰糖部分和/或修饰核碱基)和/或至少一个修饰核苷间键。
A.某些修饰核苷
修饰核苷包含修饰糖部分或修饰核碱基或修饰糖部分与修饰核碱基两者。
1.某些糖部分
在某些实施方案中，修饰糖部分为非双环修饰糖部分。在某些实施方案中，修饰糖部分为双环或三环糖部分。在某些实施方案中，修饰糖部分为糖替代物。这类糖替代物可以包含一个或多个与其它类型修饰糖部分对应的取代。
在某些实施方案中，修饰糖部分为包含具有一个或多个取代基团的呋喃糖基环的非双环修饰糖部分，所述取代基团中无一者桥接呋喃糖基环的两个原子来形成双环结构。这类非桥接取代基可以在呋喃糖基的任何位置上，包括但不限于在2'、4'和/或5'位上的取代基。在某些实施方案中，非双环修饰糖部分的一个或多个非桥接取代基是支链的。适合于非双环修饰糖部分的2'-取代基团的实例包括但不限于：2'-F、2'-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2'-O(CH2)2OCH3(“MOE”)。在某些实施方案中，2'-取代基团选自：卤基、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10取代的烷氧基、O-C1-C10烷基、O-C1-C10取代的烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中每个Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或取代或未取代的C1-C10烷基，以及以下中所述的2'-取代基团：Cook等人,U.S.6,531,584；Cook等人,U.S.5,859,221；以及Cook等人,U.S.6,005,087。这些2'-取代基团的某些实施方案可以进一步经一个或多个独立地选自以下的取代基团取代：羟基、氨基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基(NO2)、硫醇基、硫烷氧基、硫烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适合于非双环修饰糖部分的4'-取代基团的实例包括但不限于：烷氧基(例如甲氧基)、烷基和Manoharan等人,WO2015/106128中所述的那些4'-取代基团。适合于非双环修饰糖部分的5'-取代基团的实例包括但不限于：5-甲基(R或S)、5'-乙烯基和5'-甲氧基。在某些实施方案中，非双环修饰糖部分包含超过一个非桥接糖取代基，例如2'-F-5'-甲基糖部分，以及Migawa等人,WO 2008/101157和Rajeev等人,US2013/0203836中所述的修饰糖部分和修饰核苷。
在某些实施方案中，2'上取代的非双环修饰核苷包含含有选自以下的非桥接2'-取代基团的糖部分：F、NH2、N3、OCF3、OCH3、O(CH2)3NH2、CH2CH＝CH2、OCH2CH＝CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N上取代的乙酰胺(OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn))，其中每个Rm和Rn独立地为H、氨基保护基或取代或未取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中，2'上取代的非双环修饰核苷包含含有选自以下的非桥接2'-取代基团的糖部分：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(＝O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中，2'上取代的非双环修饰核苷包含含有选自以下的非桥接2'-取代基团的糖部分：F、OCH3和OCH2CH2OCH3。
某些修饰糖部分包含桥接呋喃糖基环的两个原子以形成第二环，产生双环糖部分的取代基。在某些这类实施方案中，双环糖部分在4'与2'呋喃糖环原子之间包含桥。这类4'至2'桥接糖取代基的实例包括但不限于：4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'(“LNA”)、4'-CH2-S-2'、4'-(CH2)2-O-2'(“ENA”)、4'-CH(CH3)-O-2'(称为“约束的乙基”或“cEt”)、4'-CH2-O-CH2-2'、4'-CH2-N(R)-2'、4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(“约束的MOE”或“cMOE”)和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.7,399,845；Bhat等人,U.S.7,569,686；Swayze等人,U.S.7,741,457；以及Swayze等人,U.S.8,022,193)、4'-C(CH3)(CH3)-O-2'和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,283)、4'-CH2-N(OCH3)-2'和其类似物(参见例如Prakash等人,U.S.8,278,425)、4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见例如Allerson等人,U.S.7,696,345和Allerson等人,U.S.8,124,745)、4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见例如Zhou等人,J.Org.Chem.,2009,74,118-134)、4'-CH2-C(＝CH2)-2'和其类似物(参见例如Seth等人,U.S.8,278,426)、4'-C(RaRb)-N(R)-O-2'、4'-C(RaRb)-O-N(R)-2'、4'-CH2-O-N(R)-2'和4'-CH2-N(R)-O-2'，其中每个R、Ra和Rb独立地为H、保护基或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人,U.S.7,427,672)。
在某些实施方案中，这类4'至2'桥独立地包含1至4个独立地选自以下的连接基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝NRa)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x为0、1或2；
n为1、2、3或4；
每个Ra和Rb独立地为H、保护基、羟基、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、杂环基、取代的杂环基、杂芳基、取代的杂芳基、C5-C7脂环族基、取代的C5-C7脂环族基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或亚硫酰基(S(＝O)-J1)；并且
每个J1和J2独立地为H、C1-C12烷基、取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、取代的酰基、杂环基、取代的杂环基、C1-C12氨基烷基、取代的C1-C12氨基烷基或保护基。
其它双环糖部分是本领域中已知的，参见例如：Freier等人,Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443；Albaek等人,J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740；Singh等人,Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人,Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Kumar等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人,J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人,J.Am.Chem.Soc.,2007,129,8362-8379；Wengel等人,U.S.7,053,207；Imanishi等人,U.S.6,268,490；Imanishi等人U.S.6,770,748；Imanishi等人,U.S.RE44,779；Wengel等人,U.S.6,794,499；Wengel等人,U.S.6,670,461；Wengel等人,U.S.7,034,133；Wengel等人,U.S.8,080,644；Wengel等人,U.S.8,034,909；Wengel等人,U.S.8,153,365；Wengel等人,U.S.7,572,582；以及Ramasamy等人,U.S.6,525,191；Torsten等人,WO2004/106356；Wengel等人,WO 1999/014226；Seth等人,WO2007/134181；Seth等人,U.S.7,547,684；Seth等人,U.S.7,666,854；Seth等人,U.S.8,088,746；Seth等人,U.S.7,750,131；Seth等人,U.S.8,030,467；Seth等人,U.S.8,268,980；Seth等人,U.S.8,546,556；Seth等人,U.S.8,530,640；Migawa等人,U.S.9,012,421；Seth等人,U.S.8,501,805；以及Allerson等人,美国专利公布No US2008/0039618和Migawa等人,美国专利公布No US2015/0191727。
在某些实施方案中，双环糖部分和并入了这类双环糖部分的核苷通过异构体构型进一步定义。举例来说，LNA核苷(本文所述)可以呈α-L构型或呈β-D构型。
α-L-亚甲基氧基(4'-CH2-O-2')或α-L-LNA双环核苷已经并入到展示反义活性的寡核苷酸中(Frieden等人,Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。本文中，双环核苷的概述包括两种异构体构型。当在本文中的例示实施方案中确定特定双环核苷(例如LNA或cEt)的位置时，除非另作说明，否则它们呈β-D构型。
在某些实施方案中，修饰糖部分包含一个或多个非桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如5'上取代和4'-2'桥接的糖)。
在某些实施方案中，修饰糖部分为糖替代物。在某些这类实施方案中，糖部分的氧原子例如经硫原子、碳原子或氮原子置换。在某些这类实施方案中，这类修饰糖部分还包含如本文所述的桥接和/或非桥接取代基。举例来说，某些糖替代物包含4'-硫原子和在2'位(参见例如Bhat等人,U.S.7,875,733和Bhat等人,U.S.7,939,677)和/或5'位上的取代。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有除5以外的个数的原子的环。举例来说，在某些实施方案中，糖替代物包含六员四氢呋喃(“THP”)。这类四氢吡喃可以进一步被修饰或取代。包含这类修饰四氢吡喃的核苷包括但不限于己糖醇核酸(“HNA”)、安醇(anitol)核酸(“ANA”)、甘露糖醇核酸(“MNA”)(参见例如Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟HNA：
(“F-HNA”，参见例如Swayze等人,U.S.8,088,904；Swayze等人,U.S.8,440,803；Swayze等人,U.S.8,796,437；以及Swayze等人,U.S.9,005,906；F-HNA也可以称为F-THP或3'-氟四氢吡喃)和具有下式的包含其它修饰THP化合物的核苷：
其中对于所述修饰THP核苷中的每一个，独立地：
Bx为核碱基部分；
T3和T4各自独立地为将修饰THP核苷连接于寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团，或T3与T4中的一个为将修饰THP核苷连接于寡核苷酸的其余部分的核苷间连接基团并且T3与T4中的另一个为H、羟基保护基、连接的结合基团或5'或3'-端基；
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地为H、C1-C6烷基、取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或取代的C2-C6炔基；并且
R1和R2中的每一个独立地选自：氢、卤素、取代或未取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2和CN，其中X为O、S或NJ1，并且每个J1、J2和J3独立地为H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供了如下修饰THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个不为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个为甲基。在某些实施方案中，提供了如下修饰THP核苷，其中R1和R2中的一个为F。在某些实施方案中，R1为F并且R2为H，在某些实施方案中，R1为甲氧基并且R2为H，并且在某些实施方案中，R1为甲氧基乙氧基并且R2为H。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有超过5个原子和超过一个杂原子的环。举例来说，已经报告包含N-吗啉基糖部分的核苷和其在寡核苷酸中的使用(参见例如Braasch等人,Biochemistry,2002,41,4503-4510和Summerton等人,U.S.5,698,685；Summerton等人,U.S.5,166,315；Summerton等人,U.S.5,185,444；和Summerton等人,U.S.5,034,506)。如这里所用，术语“N-吗啉基”意指具有以下结构的糖替代物：
在某些实施方案中，N-吗啉基可以例如通过从以上N-吗啉基结构中添加或改变多种取代基团而修饰。这类糖替代物在本文中称为“修饰N-吗啉基”。
在某些实施方案中，糖替代物包含非环状部分。包含这类非环状糖替代物的核苷和寡核苷酸的实例包括但不限于：肽核酸(“PNA”)、非环状丁基核酸(参见例如Kumar等人,Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)以及Manoharan等人,WO2011/133876中所述的核苷和寡核苷酸。
本领域中已知可以用于修饰核苷中的许多其它双环和三环糖和糖替代物环系统。
2.某些修饰核碱基
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个包含未修饰的核碱基的核苷。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个包含修饰核碱基的核苷。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个不包含核碱基的核苷，称为无碱基核苷。
在某些实施方案中，修饰核碱基选自：5上取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、经烷基或炔基取代的嘧啶、经烷基取代的嘌呤和经N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中，修饰核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟基甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶和2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤基、8-氨基、8-硫醇基、8-硫烷基、8-羟基、8-氮杂和其它8上取代的嘌呤、5-卤基、尤其5-溴、5-三氟甲基、5-卤基尿嘧啶和5-卤基胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤、3-脱氮腺嘌呤、6-N-苯甲基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲基胞嘧啶、4-N-苯甲基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲基尿嘧啶、通用碱基、疏水性碱基、混杂碱基、尺寸扩大的碱基和氟化碱基。其它修饰核碱基包括三环嘧啶，例如1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、1,3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G-夹)。修饰核碱基还可以包括其中嘌呤或嘧啶碱基经其它杂环置换的核碱基，例如7-脱氮-腺嘌呤、7-脱氮鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。其它核碱基包括以下中公开的那些碱基：Merigan等人,U.S.3,687,808；The Concise Encyclopedia Of PolymerScience and Engineering,Kroschwitz,J.I.编辑,John Wiley&Sons,1990,858-859；Englisch等人,Angewandte Chemie,国际版,1991,30,613；Sanghvi,Y.S.,第15章,Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.和Lebleu,B.编辑,CRC Press,1993,273-288；以及第6和15章,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.编辑,CRCPress,2008,163-166和442-443。
教示某些以上提出的修饰核碱基以及其它修饰核碱基的制备的公布包括不限于：Manohara等人,US2003/0158403；Manoharan等人,US2003/0175906；Dinh等人,U.S.4,845,205；Spielvogel等人,U.S.5,130,302；Rogers等人,U.S.5,134,066；Bischofberger等人,U.S.5,175,273；Urdea等人,U.S.5,367,066；Benner等人,U.S.5,432,272；Matteucci等人,U.S.5,434,257；Gmeiner等人,U.S.5,457,187；Cook等人,U.S.5,459,255；Froehler等人,U.S.5,484,908；Matteucci等人,U.S.5,502,177；Hawkins等人,U.S.5,525,711；Haralambidis等人,U.S.5,552,540；Cook等人,U.S.5,587,469；Froehler等人,U.S.5,594,121；Switzer等人,U.S.5,596,091；Cook等人,U.S.5,614,617；Froehler等人,U.S.5,645,985；Cook等人,U.S.5,681,941；Cook等人,U.S.5,811,534；Cook等人,U.S.5,750,692；Cook等人,U.S.5,948,903；Cook等人,U.S.5,587,470；Cook等人,U.S.5,457,191；Matteucci等人,U.S.5,763,588；Froehler等人,U.S.5,830,653；Cook等人,U.S.5,808,027；Cook等人,6,166,199；以及Matteucci等人,U.S.6,005,096。
3.某些修饰核苷间键
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的核苷可以使用任何核苷间键连接在一起。两类主要核苷间连接基团由磷原子的存在或缺乏来定义。代表性的含磷核苷间键包括但不限于含有磷酸二酯键(“P＝O”)(也称为未修饰或天然存在的键)的磷酸酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯(“P＝S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性的不含磷核苷间连接基团包括但不限于亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫二酯、硫代氨基甲酸酯(-O-C(＝O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-SiH2-O-)；以及N,N'-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。与天然存在的磷酸酯键相比，修饰核苷间键可以用于改变，通常增加寡核苷酸的核酸酶抗性。在某些实施方案中，具有手性原子的核苷间键可以被制备为外消旋混合物或分开的对映异构体。含磷和不含磷核苷间键的制备方法为本领域的技术人员所众所周知。
具有手性中心的代表性核苷间键包括但不限于烷基磷酸酯和硫代磷酸酯。包含具有手性中心的核苷间键的修饰寡核苷酸可以被制备为包含立体无规的核苷间键的修饰寡核苷酸群体，或制备为包含呈特定立体化学构型的硫代磷酸酯键的修饰寡核苷酸群体。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸群体包含硫代磷酸酯核苷间键，其中所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。这类修饰寡核苷酸可以使用可随机选择每个硫代磷酸酯键的立体化学构型的合成法产生。但是，如本领域的技术人员所充分了解，各个寡核苷酸分子的各个硫代磷酸酯具有界定的立体构型。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸群体富集包含一个或多个呈特定的独立选择的立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键的特定构型存在于群体中的至少65％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键的特定构型存在于群体中的至少70％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键的特定构型存在于群体中的至少80％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键的特定构型存在于群体中的至少90％分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯键的特定构型存在于群体中的至少99％分子中。修饰寡核苷酸的这类手性富集群体可以使用本领域中已知的合成法，例如以下中所述的方法产生：Oka等人,JACS 125,8307(2003)；Wan等人Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)；以及WO 2017/015555。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸群体富集具有至少一个呈(Sp)构型的所指示硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸群体富集具有至少一个呈(Rp)构型的硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的修饰寡核苷酸分别包含下式中的一种或多种，其中“B”指示核碱基：
除非另外指示，否则本文所述的修饰寡核苷酸的手性核苷间键可以为立体无规的或呈特定立体化学构型。
中性核苷间键包括不限于磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH2-N(CH3)-O-5')、酰胺-3(3'-CH2-C(＝O)-N(H)-5')、酰胺-4(3'-CH2-N(H)-C(＝O)-5')、甲缩醛(3'-O-CH2-O-5')、甲氧基丙基和硫代甲缩醛(3'-S-CH2-O-5')。其它中性核苷间键包括包含硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、羧酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺的非离子键(参见例如CarbohydrateModifications in Antisense Research；Y.S.Sanghvi和P.D.Cook编辑,ACS SymposiumSeries 580；第3章和第4章,40-65)。其它中性核苷间键包括包含混合N、O、S和CH2构成部分的非离子键。
B.某些基元
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个包含修饰糖部分的核苷。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个包含修饰核碱基的修饰核苷。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含一个或多个修饰核苷间键。在这类实施方案中，修饰寡核苷酸的修饰、未修饰和经不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间键界定一模式或基元。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间键的模式各自彼此无关。因此，修饰寡核苷酸可以通过其糖基元、核碱基基元和/或核苷间键基元来描述(如本文所用，核碱基基元描述与核碱基序列无关的对核碱基的修饰)。
1.某些糖基元
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个类型的沿着寡核苷酸或其区域排列的呈界定模式或糖基元的修饰糖和/或未修饰糖部分。在某些情况下，这类糖基元包括但不限于本文中论述的任一糖修饰。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含具有缺口聚物基元的区域或由具有缺口聚物基元的区域组成，所述缺口聚物基元由两个外部区域或“翼”和中央或内部区域或“缺口”界定。缺口聚物基元的三个区域(5'-翼、缺口和3'-翼)形成核苷的相连序列，其中每个翼的核苷的至少一些糖部分与缺口的核苷的至少一些糖部分不同。具体地说，至少最靠近缺口的每个翼的核苷(5'-翼的最3'核苷和3'-翼的最5'-核苷)的糖部分与相邻缺口核苷的糖部分不同，因此界定了翼与缺口之间的边界(即翼/缺口接合处)。在某些实施方案中，缺口内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，缺口包括一个或多个具有与缺口的一个或多个其它核苷的糖部分不同的糖部分的核苷。在某些实施方案中，两个翼的糖基元彼此相同(对称缺口聚物)。在某些实施方案中，5'-翼的糖基元与3'-翼的糖基元不同(不对称缺口聚物)。
在某些实施方案中，缺口聚物的翼包含1-5个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的每个核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的至少一个核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的至少两个核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的至少三个核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的至少四个核苷为修饰核苷。
在某些实施方案中，缺口聚物的缺口包含7-12个核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口的每个核苷为未修饰的2'-脱氧核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的缺口的至少一个核苷为修饰核苷。
在某些实施方案中，缺口聚物为脱氧缺口聚物。在某些实施方案中，每个翼/缺口接合处的缺口侧上的核苷为未修饰的2'-脱氧核苷，并且每个翼/缺口接合处的翼侧上的核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，缺口的每个核苷为未修饰的2'-脱氧核苷。在某些实施方案中，缺口聚物的每个翼的每个核苷为修饰核苷。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含具有充分修饰糖基元的区域或由具有充分修饰糖基元的区域组成。在这类实施方案中，修饰寡核苷酸的充分修饰区域的每个核苷包含修饰糖部分。在某些实施方案中，整个修饰寡核苷酸的每个核苷包含修饰糖部分。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含具有充分修饰糖基元的区域或由具有充分修饰糖基元的区域组成，其中充分修饰区域内的每个核苷包含相同修饰糖部分，本文中称为统一修饰糖基元。在某些实施方案中，充分修饰寡核苷酸为统一修饰寡核苷酸。在某些实施方案中，统一修饰寡核苷酸的每个核苷包含相同2'-修饰。
本文中，缺口聚物的三个区域的长度(核苷数目)可以使用以下记数法来提供：[5'-翼中的核苷数目]-[缺口中的核苷数目]-[3'-翼中的核苷数目]。因此，5-10-5缺口聚物由每个翼中5个连接核苷和缺口中10个连接核苷组成。在这类命名法后面为特定修饰的情况下，所述修饰为每个翼的每个糖部分中的修饰并且缺口核苷包含未修饰的脱氧核苷糖。因此，5-10-5MOE缺口聚物由5'-翼中5个连接MOE修饰核苷、缺口中10个连接脱氧核苷和3'-翼中5个连接MOE核苷组成。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为3-10-3BNA缺口聚物。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为3-10-3cEt缺口聚物。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为3-10-3LNA缺口聚物。
2.某些核碱基基元
在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域排列的呈界定模式或基元的修饰和/或未修饰的核碱基。在某些实施方案中，每个核碱基被修饰。在某些实施方案中，核碱基中没有一个被修饰。在某些实施方案中，每个嘌呤或每个嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个腺嘌呤被修饰。在某些实施方案中，每个鸟嘌呤被修饰。在某些实施方案中，每个胸腺嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个尿嘧啶被修饰。在某些实施方案中，每个胞嘧啶被修饰。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核碱基为5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，所有胞嘧啶核碱基都是5-甲基胞嘧啶，并且修饰寡核苷酸的所有其它核碱基都是未修饰的核碱基。
在某些实施方案中，修饰寡核苷酸包含修饰核碱基的嵌段。在某些这类实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3'-端。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的3'-端的3个核苷内。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的5'-端。在某些实施方案中，嵌段在寡核苷酸的5'-端的3个核苷内。
在某些实施方案中，具有缺口聚物基元的寡核苷酸包含含有修饰核碱基的核苷。在某些这类实施方案中，一个包含修饰核碱基的核苷在具有缺口聚物基元的寡核苷酸的中央缺口中。在某些这类实施方案中，所述核苷的糖部分为2'-脱氧核糖基部分。在某些实施方案中，修饰核碱基选自：2-硫代嘧啶和5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷间键基元
在某些实施方案中，寡核苷酸包含沿着寡核苷酸或其区域排列的呈界定模式或基元的修饰和/或未修饰的核苷间键。在某些实施方案中，每个核苷间连接基团为磷酸二酯核苷间键(P＝O)。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的每个核苷间连接基团为硫代磷酸酯核苷间键(P＝S)。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的每个核苷间键独立地选自硫代磷酸酯核苷间键和磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，每个硫代磷酸酯核苷间键独立地选自立体无规的硫代磷酸酯、(Sp)硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的糖基元为缺口聚物并且缺口内的核苷间键都被修饰。在某些这类实施方案中，翼中一些或所有核苷间键为未修饰的磷酸二酯核苷间键。在某些实施方案中，末端核苷间键被修饰。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸的糖基元为缺口聚物，并且核苷间键基元在至少一个翼中包含至少一个磷酸二酯核苷间键，其中至少一个磷酸二酯键不为末端核苷间键，并且剩余核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键。在某些这类实施方案中，所有硫代磷酸酯键都是立体无规的。在某些实施方案中，翼中的所有硫代磷酸酯键都为(Sp)硫代磷酸酯，并且缺口包含至少一个Sp,Sp,Rp基元。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸群体富集包含这类核苷间键基元的修饰寡核苷酸。
C.某些长度
可以在不消除活性下增加或减少寡核苷酸的长度。举例来说，在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)中，测试一系列13-25个核碱基长度的寡核苷酸诱导靶RNA在卵母细胞注射模型中裂解的能力。在寡核苷酸的末端附近具有8个或11个错配碱基的25个核碱基长度的寡核苷酸能够指导靶RNA的特异性裂解，不过裂解程度低于不含错配的寡核苷酸。类似地，靶特异性裂解使用13个核碱基的寡核苷酸，包括具有1个或3个错配的寡核苷酸实现。
在某些实施方案中，寡核苷酸(包括修饰寡核苷酸)可以具有多个范围的长度中的任一种。在某些实施方案中，寡核苷酸由X个至Y个连接核苷组成，其中X表示在所述范围中的最小数目核苷，并且Y表示在所述范围中的最大数目核苷。在某些这类实施方案中，X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50；限制条件为X≤Y。举例来说，在某些实施方案中，寡核苷酸由12至13个、12至14个、12至15个、12至16个、12至17个、12至18个、12至19个、12至20个、12至21个、12至22个、12至23个、12至24个、12至25个、12至26个、12至27个、12至28个、12至29个、12至30个、13至14个、13至15个、13至16个、13至17个、13至18个、13至19个、13至20个、13至21个、13至22个、13至23个、13至24个、13至25个、13至26个、13至27个、13至28个、13至29个、13至30个、14至15个、14至16个、14至17个、14至18个、14至19个、14至20个、14至21个、14至22个、14至23个、14至24个、14至25个、14至26个、14至27个、14至28个、14至29个、14至30个、15至16个、15至17个、15至18个、15至19个、15至20个、15至21个、15至22个、15至23个、15至24个、15至25个、15至26个、15至27个、15至28个、15至29个、15至30个、16至17个、16至18个、16至19个、16至20个、16至21个、16至22个、16至23个、16至24个、16至25个、16至26个、16至27个、16至28个、16至29个、16至30个、17至18个、17至19个、17至20个、17至21个、17至22个、17至23个、17至24个、17至25个、17至26个、17至27个、17至28个、17至29个、17至30个、18至19个、18至20个、18至21个、18至22个、18至23个、18至24个、18至25个、18至26个、18至27个、18至28个、18至29个、18至30个、19至20个、19至21个、19至22个、19至23个、19至24个、19至25个、19至26个、19至29个、19至28个、19至29个、19至30个、20至21个、20至22个、20至23个、20至24个、20至25个、20至26个、20至27个、20至28个、20至29个、20至30个、21至22个、21至23个、21至24个、21至25个、21至26个、21至27个、21至28个、21至29个、21至30个、22至23个、22至24个、22至25个、22至26个、22至27个、22至28个、22至29个、22至30个、23至24个、23至25个、23至26个、23至27个、23至28个、23至29个、23至30个、24至25个、24至26个、24至27个、24至28个、24至29个、24至30个、25至26个、25至27个、25至28个、25至29个、25至30个、26至27个、26至28个、26至29个、26至30个、27至28个、27至29个、27至30个、28至29个、28至30个或29至30个连接核苷组成。
D.某些修饰寡核苷酸
在某些实施方案中，以上修饰(糖、核碱基、核苷间键)并入修饰寡核苷酸中。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸通过其修饰基元和全长表征。在某些实施方案中，这类参数各自彼此无关。因此，除非另外指示，否则具有缺口聚物糖基元的寡核苷酸的每个核苷间键可以被修饰或未修饰，并且可以遵循或可以不遵循糖修饰的缺口聚物修饰模式。举例来说，糖缺口聚物的翼区域内的核苷间键可以彼此相同或不同，并且可以与糖基元的缺口区域的核苷间键相同或不同。同样，这类糖缺口聚物寡核苷酸可以包含一个或多个与糖修饰的缺口聚物模式无关的修饰核碱基。除非另外指示，否则所有修饰都与核碱基序列无关。
E.某些修饰寡核苷酸群体
群体的所有修饰寡核苷酸具有相同分子式的修饰寡核苷酸群体可以为立体无规的群体或手性富集群体。立体无规的群体中所有修饰寡核苷酸的所有手性中心都是立体无规的。在手性富集群体中，所述群体的修饰寡核苷酸中至少一个特定手性中心不为立体无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的修饰寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分，并且所有硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。在某些实施方案中，手性富集群体的修饰寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分与至少一个呈特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键。
F.核碱基序列
在某些实施方案中，寡核苷酸(未修饰或修饰寡核苷酸)通过其核碱基序列进一步描述。在某些实施方案中，寡核苷酸具有与第二寡核苷酸或所确定的参考核酸，例如靶核酸互补的核碱基序列。在某些这类实施方案中，寡核苷酸的区域具有与第二寡核苷酸或所确定的参考核酸，例如靶核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中，寡核苷酸的区域或整个长度的核碱基序列与第二寡核苷酸或核酸，例如靶核酸至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。
II.某些寡聚化合物
在某些实施方案中，本文提供了由寡核苷酸(修饰或未修饰)和任选的一个或多个结合基团和/或端基组成的寡聚化合物。结合基团由一个或多个结合部分和将结合部分连接于寡核苷酸的结合连接子组成。结合基团可以连接于寡核苷酸的任一个或两个末端和/或任何内部位置。在某些实施方案中，结合基团连接于修饰寡核苷酸的核苷的2'-位。在某些实施方案中，连接于寡核苷酸的任一个或两个末端的结合基团为端基。在某些这类实施方案中，结合基团或端基连接在寡核苷酸的3'和/或5'-端。在某些这类实施方案中，结合基团(或端基)连接在寡核苷酸的3'-端。在某些实施方案中，结合基团连接在寡核苷酸的3'-端附近。在某些实施方案中，结合基团(或端基)连接在寡核苷酸的5'-端。在某些实施方案中，结合基团连接在寡核苷酸的5'-端附近。
端基的实例包括但不限于结合基团、封端基团、磷酸酯部分、保护基、修饰或未修饰的核苷和两个或更多个独立地修饰或未修饰的核苷。
A.某些结合基团
在某些实施方案中，寡核苷酸共价连接于一个或多个结合基团。在某些实施方案中，结合基团对所连接的寡核苷酸的一种或多种性质进行改性，包括但不限于药效学、药物动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞吸收、电荷和清除。在某些实施方案中，结合基团赋予所连接的寡核苷酸新的特性，例如使寡核苷酸能够被检测到的荧光团或报告基团。先前已经描述了某些结合基团和结合部分，例如：胆固醇部分(Letsinger等人,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、胆酸(Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)(Manoharan等人,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)、巯基胆固醇(Oberhauser等人,Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538)、脂肪链(例如十二烷二醇或十一烷基残基)(Saison-Behmoaras等人,EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人,FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人,Biochimie,1993,75,49-54)、磷脂(例如二-十六烷基-外消旋-丙三醇或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙铵)(Manoharan等人,TetrahedronLett.,1995,36,3651-3654；Shea等人,Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人,Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)或金刚烷乙酸棕榈基部分(Mishra等人,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)、十八烷基胺或己基氨基-羰基-氧基胆固醇部分(Crooke等人,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)、生育酚基团(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；以及Nishina等人,Molecular Therapy,2008,16,734-740)或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.结合部分
结合部分包括不限于嵌入剂、报告分子、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、巯基胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、若丹明、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中，结合部分包含活性原料药，例如阿司匹林(aspirin)、华法令(warfarin)、苯基保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fen-bufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S)-(+)-普拉洛芬((S)-(+)-pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺基肌氨酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟灭酸(flufenamic acid)、亚叶酸(folinic acid)、苯噻二嗪(benzothiadiazide)、氯噻嗪(chlorothiazide)、二氮杂卓(diazepine)、吲哚美辛(indo-methicin)、巴比妥酸盐(barbiturate)、头孢菌素(cephalosporin)、磺胺药(sulfa drug)、抗糖尿病药、抗细菌剂或抗生素。
2.结合连接子
结合部分通过结合连接子连接于寡核苷酸。在某些寡聚化合物中，结合连接子为单一化学键(即结合部分通过单键直接连接于寡核苷酸)。在某些实施方案中，结合连接子包含链结构，例如烃基链，或例如乙二醇、核苷或氨基酸单元的重复单元的低聚物。
在某些实施方案中，结合连接子包含选自烷基、氨基、氧代基、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基的一种或多种基团。在某些这类实施方案中，结合连接子包含选自烷基、氨基、氧代基、酰胺和醚基的基团。在某些实施方案中，结合连接子包含选自烷基和酰胺基的基团。在某些实施方案中，结合连接子包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中，结合连接子包含至少一个含磷部分。在某些实施方案中，结合连接子包含至少一个磷酸基。在某些实施方案中，结合连接子包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中，结合连接子，包括上述结合连接子，为双官能连接部分，例如本领域中已知可用于将结合基团连接于母体化合物，例如本文提供的寡核苷酸的连接部分。一般来说，双官能连接部分包含至少两个官能团。官能团之一被选择用于结合于母体化合物上的特定位点，并且另一个被选择用于结合于结合基团。用于双官能连接部分中的官能团的实例包括但不限于与亲核基团反应的亲电试剂和与亲电子基团反应的亲核试剂。在某些实施方案中，双官能连接部分包含一种或多种选自氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基的基团。
结合连接子的实例包括但不限于吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-顺丁烯二酰亚胺甲基)环己烷-1-甲酸丁二酰亚胺酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其它结合连接子包括但不限于取代或未取代的C1-C10烷基、取代或未取代的C2-C10烯基或取代或未取代的C2-C10炔基，其中优选取代基团的非限制性清单包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基、硫醇、硫基烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中，结合连接子包含1-10个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含2-5个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含准确3个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含TCA基元。在某些实施方案中，这类连接子-核苷为修饰核苷。在某些实施方案中，这类连接子-核苷包含修饰糖部分。在某些实施方案中，连接子-核苷未被修饰。在某些实施方案中，连接子-核苷包含选自嘌呤、取代的嘌呤、嘧啶或取代的嘧啶的任选被保护的杂环碱基。在某些实施方案中，可裂解部分为选自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤的核苷。在寡聚化合物到达靶组织后典型地需要连接子-核苷从寡聚化合物裂解。因此，连接子-核苷典型地通过可裂解键彼此连接和连接于寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，这类可裂解键为磷酸二酯键。
本文中，不将连接子-核苷视为寡核苷酸的一部分。因此，在寡聚化合物包含由指定数目或范围的连接核苷组成和/或与参考核酸具有指定互补百分比的寡核苷酸并且寡聚化合物还包含含有包含连接子-核苷的结合连接子的结合基团的实施方案中，那些连接子-核苷不计入寡核苷酸的长度，并且在确定寡核苷酸与参考核酸的互补性百分比中不使用那些连接子-核苷。举例来说，寡聚化合物可以包含(1)由8-30个核苷组成的修饰寡核苷酸和(2)包含1-10个与修饰寡核苷酸的核苷相连的连接子-核苷的结合基团。这类寡聚化合物中相连连接核苷的总数大于30个。可替代地，寡聚化合物可以包含由8-30个核苷组成并且无结合基团的修饰寡核苷酸。这类寡聚化合物中相连连接核苷的总数至多30个。除非另外指示，否则结合连接子包含至多10个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含至多5个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含至多3个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含至多2个连接子-核苷。在某些实施方案中，结合连接子包含至多1个连接子-核苷。
在某些实施方案中，需要结合基团从寡核苷酸裂解。举例来说，在某些情况下，包含特定结合部分的寡聚化合物更好地被特定细胞类型吸收，但一旦吸收寡聚化合物后，希望结合基团裂解以释放未结合或母体寡核苷酸。因此，某些结合连接子可以包含一个或多个可裂解部分。在某些实施方案中，可裂解部分为可裂解键。在某些实施方案中，可裂解部分为包含至少一个可裂解键的一组原子。在某些实施方案中，可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或超过四个可裂解键的一组原子。在某些实施方案中，可裂解部分在细胞或亚细胞区室，例如溶酶体内，选择性地裂解。在某些实施方案中，可裂解部分由内源性酶，例如核酸酶选择性地裂解。
在某些实施方案中，可裂解键选自：酰胺、酯、醚、磷酸二酯中的一种或两种酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可裂解键为磷酸二酯的一种或两种酯。在某些实施方案中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可裂解部分为介于寡核苷酸与结合部分或结合基团之间的磷酸酯键。
在某些实施方案中，可裂解部分包含一种或多种连接子-核苷或由一种或多种连接子-核苷组成。在某些这类实施方案中，一种或多种连接子-核苷通过可裂解键彼此连接和连接于寡聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，这类可裂解键为未修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中，可裂解部分为通过磷酸酯核苷间键连接于寡核苷酸的3'-或5'-端核苷并且通过磷酸酯或硫代磷酸酯键共价连接于结合连接子或结合部分的其余部分的2'-脱氧核苷。在某些这类实施方案中，可裂解部分为2'-脱氧腺苷。
B.某些端基
在某些实施方案中，寡聚化合物包含一个或多个端基。在某些这类实施方案中，寡聚化合物包含稳定5'-磷酸酯。稳定5'-磷酸酯包括(但不限于)5'-膦酸酯，包括(但不限于)5'-乙烯基膦酸酯。在某些实施方案中，端基包含一个或多个无碱基核苷和/或反向核苷。在某些实施方案中，端基包含一个或多个2'-连接核苷。在某些这类实施方案中，2'-连接核苷为无碱基核苷。
III.寡聚双链体
在某些实施方案中，本文所述的寡聚化合物包含具有与靶核酸互补的核碱基序列的寡核苷酸。在某些实施方案中，寡聚化合物与第二寡聚化合物配对以形成寡聚双链体。这类寡聚双链体包含具有与靶核酸互补的区域的第一寡聚化合物和具有与第一寡聚化合物互补的区域的第二寡聚化合物。在某些实施方案中，寡聚双链体的第一寡聚化合物包含以下或由以下组成：(1)修饰或未修饰的寡核苷酸和任选的结合基团和(2)第二种修饰或未修饰的寡核苷酸和任选的结合基团。寡聚双链体的任一种或两种寡聚化合物可以包含结合基团。寡聚双链体的每种寡聚化合物的寡核苷酸可以包括非互补性悬垂核苷。
IV.反义活性
在某些实施方案中，寡聚化合物和寡聚双链体能够与靶核酸杂交，产生至少一种反义活性；这类寡聚化合物和寡聚双链体为反义化合物。在某些实施方案中，当在标准细胞测定中反义化合物降低或抑制靶核酸的量或活性达25％或更多时其具有反义活性。在某些实施方案中，反义化合物选择性地影响一种或多种靶核酸。这类反义化合物包含与一种或多种靶核酸杂交，产生一种或多种所需反义活性，并且不与一种或多种非靶核酸杂交或不以产生显著的非所需的反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交的核碱基序列。
在某些反义活性中，反义化合物与靶核酸的杂交可募集使靶核酸裂解的蛋白质。举例来说，某些反义化合物引起RNA酶H介导的靶核酸裂解。RNA酶H为使RNA:DNA双链体的RNA链裂解的细胞核酸内切酶。这类RNA:DNA双链体中的DNA无需为未修饰的DNA。在某些实施方案中，本文描述了足够“DNA样”而引起RNA酶H活性的反义化合物。在某些实施方案中，容许缺口聚物的缺口中的一个或多个非DNA样核苷。
在某些反义活性中，反义化合物或反义化合物的一部分负载至RNA诱导沉默复合物(RISC)中，最终引起靶核酸裂解。举例来说，某些反义化合物引起靶核酸被Argonaute裂解。负载至RISC中的反义化合物为RNAi化合物。RNAi化合物可以为双链(siRNA)或单链(ssRNA)。
在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交不募集使靶核酸裂解的蛋白质。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交改变靶核酸的剪接。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交抑制靶核酸与蛋白质或其它核酸之间的结合相互作用。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸的杂交改变靶核酸的翻译。
可以直接或间接观察反义活性。在某些实施方案中，反义活性的观察或检测涉及对靶核酸或由这类靶核酸编码的蛋白质的量的变化、核酸或蛋白质的剪接变异体的比率的变化和/或细胞或动物的表型变化的观察或检测。
V.某些靶核酸
在某些实施方案中，寡聚化合物包含含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸或由含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸组成。在某些实施方案中，靶核酸为内源性RNA分子。在某些实施方案中，靶核酸编码蛋白质。在某些这类实施方案中，靶核酸选自：成熟mRNA和前mRNA，包括内含子、外显子和非翻译区域。在某些实施方案中，靶RNA为成熟mRNA。在某些实施方案中，靶核酸为前mRNA。在某些这类实施方案中，靶区完全在内含子内。在某些实施方案中，靶区跨越内含子/外显子接合处。在某些实施方案中，靶区至少50％在内含子内。在某些实施方案中，靶核酸为逆基因的RNA转录产物。在某些实施方案中，靶核酸为非编码RNA。在某些这类实施方案中，标靶非编码RNA选自：长的非编码RNA、短的非编码RNA、内含子RNA分子。
A.与靶核酸的互补性/错配
可以在不消除活性下引入错配碱基。举例来说，Gautschi等人(J.Natl.CancerInst.93:463-471,2001年3月)证明了与bcl-2mRNA 100％互补并且与bcl-xL mRNA有3个错配的寡核苷酸在体外和体内减少bcl-2和bcl-xL两者的表达的能力。此外，此寡核苷酸证明在体内有效的抗肿瘤活性。Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)在兔网状红血球测定中分别测试一系列串联14核碱基寡核苷酸和由两个或三个串联寡核苷酸的序列构成的28核碱基和42核碱基寡核苷酸抑制人DHFR翻译的能力。三个14核碱基寡核苷酸中的每一个单独情况下能够抑制翻译，不过水平比28核碱基或42核碱基寡核苷酸更低。
在某些实施方案中，在寡核苷酸整个长度上寡核苷酸与靶核酸互补。在某些实施方案中，寡核苷酸与靶核酸99％、95％、90％、85％或80％互补。在某些实施方案中，在寡核苷酸整个长度上寡核苷酸与靶核酸至少80％互补，并且包含与靶核酸100％或完全互补的区域。在某些实施方案中，完全互补区为6个至20个、10个至18个或18个至20个核碱基长。
在某些实施方案中，寡核苷酸包含一个或多个相对于靶核酸错配的核碱基。在某些实施方案中，这类错配降低了针对标靶的反义活性，但针对非标靶的活性降低的量更大。因此，在某些实施方案中，提高寡核苷酸的选择性。在某些实施方案中，错配特定位于具有缺口聚物基元的寡核苷酸内。在某些实施方案中，错配在从缺口区域的5'-端起的位置1、2、3、4、5、6、7或8处。在某些实施方案中，错配在从缺口区域的3'-端起的位置9、8、7、6、5、4、3、2、1处。在某些实施方案中，错配在从翼区域的5'-端起的位置1、2、3或4处。在某些实施方案中，错配在从翼区域的3'-端起的位置4、3、2或1处。
B.LRRK2
在某些实施方案中，寡聚化合物包含含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸或由含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸组成，其中靶核酸为LRRK2。在某些实施方案中，LRRK2核酸具有SEQ ID NO:1(GENBANK登记号:NM_198578.3)和SEQ ID NO:2(从核苷酸2759000至2909000截短的GENBANK登记号:NT_029419.11)中所示的序列。
在某些实施方案中，细胞接触与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补的寡聚化合物降低LRRK2 RNA的量，并且在某些实施方案中，降低LRRK2蛋白质的量。在某些实施方案中，寡聚化合物由修饰寡核苷酸组成。在某些实施方案中，细胞接触与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补的寡聚化合物改善神经退行性疾病的一种或多种症状或标志。在某些实施方案中，寡聚化合物由修饰寡核苷酸组成。在某些实施方案中，症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成。在某些实施方案中，细胞接触与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补的修饰寡核苷酸改善运动功能，减少神经病变，并且降低聚集体数目。在某些实施方案中，寡聚化合物由修饰寡核苷酸组成。
C.某些组织中的某些靶核酸
在某些实施方案中，寡聚化合物包含含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸或由含有与靶核酸互补的区域的寡核苷酸组成，其中靶核酸在药理学相关组织中表达。在某些实施方案中，药理学相关组织为构成中枢神经系统(CNS)的细胞和组织。这类组织包括脑组织，例如皮质、黑质、纹状体、中脑和脑干以及脊髓。
VI.某些药物组合物
在某些实施方案中，本文描述了包含一种或多种寡聚化合物的药物组合物。在某些实施方案中，所述一种或多种寡聚化合物各由修饰寡核苷酸组成。在某些实施方案中，药物组合物包含药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种寡聚化合物或由无菌盐水溶液和一种或多种寡聚化合物组成。在某些实施方案中，无菌盐水为医药级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和无菌水或由一种或多种寡聚化合物和无菌水组成。在某些实施方案中，无菌水为医药级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)或由一种或多种寡聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)组成。在某些实施方案中，无菌PBS为医药级PBS。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和人工脑脊液或由一种或多种寡聚化合物和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，人工脑脊液为医药级。
在某些实施方案中，药物组合物包含修饰寡核苷酸和人工脑脊液。在某些实施方案中，药物组合物由修饰寡核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，药物组合物基本上由修饰寡核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，人工脑脊液为医药级。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种寡聚化合物和一种或多种赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂选自水、盐溶液、醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。
在某些实施方案中，寡聚化合物可以与药学上可接受的活性和/或惰性物质混合以制备药物组合物或制剂。用于配制药物组合物的组合物和方法取决于许多标准，包括(但不限于)施用途径、疾病程度或待施用剂量。
在某些实施方案中，包含寡聚化合物的药物组合物涵盖寡聚化合物的任何药学上可接受的盐、寡聚化合物的酯或这类酯的盐。在某些实施方案中，包含含有一种或多种寡核苷酸的寡聚化合物的药物组合物在施用于包括人类的动物后能够提供(直接或间接)生物学上活性代谢物或其残余物。因此，举例来说，本公开还关于寡聚化合物的药学上可接受的盐、前药、这类前药的药学上可接受的盐和其它生物同等物。合适的药学上可接受的盐包括(但不限于)钠盐和钾盐。在某些实施方案中，前药包含一个或多个连接于寡核苷酸的结合基团，其中所述结合基团在体内被内源核酸酶裂解。
脂质部分已经用于多种方法中的核酸疗法中。在某些这类方法中，核酸、例如寡聚化合物引入到预先形成的脂质体或由阳离子脂质和中性脂质的混合物制成的脂质复合物中。在某些方法中，在不存在中性脂质下形成DNA与单阳离子或聚阳离子脂质的复合物。在某些实施方案中，脂质部分被选择用于增加药剂至特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分被选择用于增加药剂至脂肪组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分被选择用于增加药剂至肌肉组织的分布。
在某些实施方案中，药物组合物包含递送系统。递送系统的实例包括(但不限于)脂质体和乳液。某些递送系统可用于制备某些药物组合物，包括包含疏水性化合物的药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂，例如二甲亚砜。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种被设计用于递送本发明的一种或多种药剂至特定组织或细胞类型的组织特异性递送分子。举例来说，在某些实施方案中，药物组合物包括涂有组织特异性抗体的脂质体。
在某些实施方案中，药物组合物包含共溶剂系统。某些这类共溶剂系统包含例如苯甲醇、非极性表面活性剂、水可混溶性有机聚合物和水相。在某些实施方案中，这类共溶剂系统用于疏水性化合物。这类共溶剂系统的一非限制性实例为VPD共溶剂系统，其为包含3％w/v苯甲醇、8％w/v非极性表面活性剂Polysorbate 80TM和65％w/v聚乙二醇300的无水乙醇溶液。在不显著地改变溶解性和毒性特征下可以显著地改变这类共溶剂系统的比例。此外，共溶剂组分的特性可以变化：举例来说，可以使用其它表面活性剂代替Polysorbate80TM；聚乙二醇的分级尺寸可以变化；其它生物相容性聚合物可以替换聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯烷酮；并且其它糖或多糖可以代替右旋糖。
在某些实施方案中，药物组合物被制备用于经口施用。在某些实施方案中，药物组合物被制备用于经颊施用。在某些实施方案中，药物组合物被制备用于通过注射施用(例如静脉内、皮下、肌肉内、鞘内(IT)、脑室内(ICV)等)。在某些这类实施方案中，药物组合物包含载体并且在水溶液，例如水或生理学相容的缓冲液，例如汉克氏溶液(Hanks'ssolution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理盐水缓冲液中配制。在某些实施方案中，包括其它成分(例如帮助溶解或用作防腐剂的成分)。在某些实施方案中，可注射悬浮液使用适当液体载体、悬浮剂等制备。用于注射的某些药物组合物呈单位剂型呈现，例如呈安瓿或呈多剂量容器。用于注射的某些药物组合物为于油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液，并且可以含有例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂的配制剂。适用于注射用药物组合物的某些溶剂包括(但不限于)亲脂性溶剂和脂油，例如芝麻油、合成脂肪酸酯(例如油酸乙酯或甘油三酯)和脂质体。
在某些条件下，本文公开的某些化合物充当酸。虽然这类化合物可以被绘制或描述成质子化(游离酸)形式、电离(阴离子)形式或电离并且与阳离子(盐)形式缔合，但这类化合物的水溶液呈这类形式的平衡存在。举例来说，水溶液中寡核苷酸的磷酸酯键呈游离酸、阴离子和盐形式的平衡存在。除非另外指示，否则本文所述的化合物意图包括所有这类形式。此外，某些寡核苷酸具有若干这类键，每个键都处于平衡中。因此，溶液中的寡核苷酸呈在多个位置都处于平衡中的形式集合存在。术语“寡核苷酸”意图包括所有这类形式。所绘结构必定描绘单一形式。然而，除非另外指示，否则这类图式同样意图包括对应形式。本文中，描绘化合物的游离酸并且后面为术语“或其盐”的结构明确地包括可以完全或部分地质子化/去质子化/与阳离子缔合的所有这类形式。在某些情况下，鉴别一种或多种特定阳离子。
在某些实施方案中，本文公开的寡聚化合物于具有钠的水溶液中。在某些实施方案中，寡聚化合物于具有钾的水溶液中。在某些实施方案中，寡聚化合物于人工CSF中。在某些实施方案中，寡聚化合物于PBS中。在某些实施方案中，寡聚化合物于水中。在某些这类实施方案中，溶液的pH值用NaOH和/或HCl调整以实现所需pH值。
VII.某些组合物
1.化合物编号：780241
化合物编号：780241可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')GCTCATATCTAAAGACCGCA(作为SEQ ID NO:222并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：780241可以通过以下化学符号表征：Ges mCeo Teo mCeo Aes TdsAds Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeo mCeo Ges mCes Ae；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
化合物编号：780241可以由以下化学结构表示：
结构1.化合物编号：780241(SEQ ID NO:222)
化合物编号：780241可以由以下化学结构表示：
结构2.化合物编号：780241的钠盐(SEQ ID NO:222)
2.化合物编号：802714
化合物编号：802714可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')TCACCACAAACTCATGGACT(作为SEQ ID NO:888并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：802714可以通过以下化学符号表征：Tes mCeo Aeo mCeo mCes AdsmCds Ads Ads Ads mCds Tds mCds Ads Tds Geo Geo Aes mCes Te；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号：802714可以由以下化学结构表示：
结构3.化合物编号：802714(SEQ ID NO:888)
化合物编号：802714可以由以下化学结构表示：
结构4.化合物编号：802714的钠盐(SEQ ID NO:888)
3.化合物编号：803268
化合物编号：803268可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')ACCCTTTCCATGTGAACATT(作为SEQ ID NO:1431并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：803268可以通过以下化学符号表征：Aes mCeo mCeo mCeo Tes TdsTds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads Aeo mCeo Aes Tes Te；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
化合物编号：803268可以由以下化学结构表示：
结构5.化合物编号：803268(SEQ ID NO:1431)
化合物编号：803268可以由以下化学结构表示：
结构6.化合物编号：803268的钠盐(SEQ ID NO:1431)
4.化合物编号：876031
化合物编号：876031可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')ACGCACTTAACAATATCATA(作为SEQ ID NO:3590并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：876031可以通过以下化学符号表征：Aes mCeo Geo mCeo Aes mCdsTds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Teo mCeo Aes Tes Ae；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
化合物编号：876031可以由以下化学结构表示：
结构7.化合物编号：876031(SEQ ID NO:3590)
化合物编号：876031可以由以下化学结构表示：
结构8.化合物编号：876031的钠盐(SEQ ID NO:3590)
5.化合物编号：876604
化合物编号：876604可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')AGCAATCATTGGTAGCATAC(作为SEQ ID NO:3385并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3、3至4、4至5、16至17和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：876604可以通过以下化学符号表征：Aes Geo mCeo Aeo Aes TdsmCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo Tes Aes mCe；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
化合物编号：876604可以由以下化学结构表示：
结构8.化合物编号：876604(SEQ ID NO:3385)
化合物编号：876604可以由以下化学结构表示：
结构10.化合物编号：876604的钠盐(SEQ ID NO:3385)
6.化合物编号：934556
化合物编号：934556可以表征为5-10-5MOE缺口聚物，序列为(从5'至3')CGCACTTAACAATATCATAT(作为SEQ ID NO:852并入本文中)，其中核苷1-5和16-20中的每一个(从5'至3')包含2'-MOE修饰并且核苷6-15中的每一个为2'-脱氧核苷，其中核苷2至3和17至18之间的核苷间键为磷酸二酯核苷间键并且核苷1至2、3至4、4至5、5至6、6至7、7至8、8至9、9至10、10至11、11至12、12至13、13至14、14至15、15至16、16至17、18至19和19至20之间的核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键，并且其中每个胞嘧啶为5-甲基胞嘧啶。
化合物编号：934556可以通过以下化学符号表征：mCes Geo mCes Aes mCes TdsTds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo Tes Aes Te；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
在某些实施方案中，化合物编号：934556可以由以下化学结构表示：
结构11.化合物编号：934556(SEQ ID NO:852)
化合物编号：934556可以由以下化学结构表示：
结构12.化合物编号：934556的钠盐(SEQ ID NO:852)
VIII.某些热点区域
1.SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:852、1997、2073、2148、3513和3590的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少54％的LRRK2 RNA减少。
2.SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:291、869、870、871、872、873、874、875、876、877、878、879和880的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少52％的LRRK2 RNA减少。
3.SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:293、886、887、888、889、890、891、892、893和3745的核碱基序列与SEQID NO:2的核碱基27,963-28,016互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少39％的LRRK2 RNA减少。
4.SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:920、921、2378、2454、2530、2606、2683、2759、2835、3061、3137、3212和3288的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少42％的LRRK2 RNA减少。
5.SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:131、217、1106、1107和1108的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少51％的LRRK2 RNA减少。
6.SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:667、668、669、670、671、1785、1786、1787、1788、1789、1790、1791和1792的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和87,838-87,869互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少38％的LRRK2 RNA减少。
7.SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:674、1799、1800、1801、1802和1803的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少66％的LRRK2 RNA减少。
8.SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:222、1130、1131、1132和1133的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少53％的LRRK2 RNA减少。
9.SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:225、1145、2005、2840、3369、3446、3521、3598和3674的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少64％的LRRK2 RNA减少。
10.SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:439、1807、1808、1809、1810、1811和1812的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少49％的LRRK2 RNA减少。
11.SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:692、1826、1827、1828、1829、1830、1831、1832、1833、1834和1835的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067互补。
化合物编号：780642、803664、803665、803666、803667、803668、803669、803670、803671、803672和803673的修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少42％的LRRK2 RNA减少。
12.SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:1213、2613、2690、3143、3219和3295的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少59％的LRRK2 RNA减少。
13.SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:1231、1232、2462、2538、2614、2691、2767、3069、3144、3220、3296的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少55％的LRRK2 RNA减少。
14.SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:150、1233、2008、3372、3449和3524的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少38％的LRRK2 RNA减少。
15.SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:1243、2311、2387、2920、2995和3755的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少52％的LRRK2 RNA减少。
16.SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:750、1927、1928、1929、1930、1931、1932、1933、1934、1935、2822、2898、3351和3733的核碱基序列与SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少51％的LRRK2 RNA减少。
17.SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086
在某些实施方案中，SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086包含热点区域。在某些实施方案中，siRNA与SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸与SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086互补。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为20个核碱基长。在某些实施方案中，修饰寡核苷酸为缺口聚物。在某些实施方案中，所述缺口聚物为5-10-5MOE缺口聚物。在某些实施方案中，所述修饰寡核苷酸的核苷间键为磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间键从5'至3'以如下次序排列：sooosssssssssssooss。
SEQ ID No:39、231、232、233、1161和1162的核碱基序列与SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086互补。
在某些实施方案中，与SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086互补的修饰寡核苷酸在至少一个单剂量测定中实现体外至少56％的LRRK2 RNA减少。
非限制性公开内容和以引用的方式并入
本文中列出的每篇文献和专利公布以引用的方式整体并入。
虽然本文所述的某些化合物、组合物和方法已经根据某些实施方案特定描述，但以下实施例仅仅用于说明本文所述的化合物并且不意图限制其，本申请中叙述的每篇参考文献、GenBank登记号等以引用的方式整体并入本文中。
虽然伴随本申请的序列表根据需要将每个序列确定为“RNA”或“DNA”，但实际上，那些序列可通过化学修饰的任何组合来修饰。本领域的技术人员容易了解例如“RNA”或“DNA”的描述修饰寡核苷酸的名称在某些情况下为任意的。举例来说，包含含有2'-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的寡核苷酸可称作具有修饰糖(2'-OH代替DNA的一个2'-H)的DNA或称作具有修饰碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)代替RNA的尿嘧啶)的RNA。因此，本文提供的核酸序列，包括(但不限于)序列表中的序列，意图涵盖含有天然或修饰RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括(但不限于)具有修饰核碱基的这类核酸。借助于其它实例并且不受限制，具有核碱基序列“ATCGATCG”的寡聚化合物涵盖具有无论修饰还是未修饰的这类核碱基序列的任何寡聚化合物，包括(但不限于)包含RNA碱基的这类化合物，例如具有序列“AUCGAUCG”的化合物，和具有一些DNA碱基和一些RNA碱基，例如“AUCGATCG”的化合物，和具有其它修饰核碱基，例如“ATmCGAUCG”的寡聚化合物，其中mC指示在5位包含甲基的胞嘧啶碱基。
本文所述的某些化合物(例如修饰寡核苷酸)具有一个或多个不对称中心，因此产生对映异构体、非对映异构体和可以根据绝对立体化学界定的其它立体异构构型，如(R)或(S)，如例如糖端基差向异构体的α或β，或如例如氨基酸的(D)或(L)等等。描绘或描述为具有某些立体异构构型的本文提供的化合物仅仅包括所指示的化合物。除非另外指定，否则在立体化学未界定下描绘或描述的本文提供的化合物包括所有这类可能异构体，包括其立体无规和光学纯形式。同样，除非另外指示，否则还包括本文中化合物的互变异构形式。除非另外指示，否则本文所述的化合物意图包括对应盐形式。
本文所述的化合物包括其中一个或多个原子经所指示元素的非放射性同位素或放射性同位素置换的变体。举例来说，本文中包含氢原子的化合物涵盖每个1H氢原子的所有可能氘取代。本文中化合物涵盖的同位素取代包括但不限于：2H或3H代替1H，13C或14C代替12C，15N代替14N，17O或18O代替16O，以及33S、34S、35S或36S代替32S。在某些实施方案中，非放射性同位素取代可以赋予寡聚化合物有利于用作治疗或研究工具的新特性。在某些实施方案中，放射性同位素取代可以使化合物适合于达成研究或诊断的目的，例如成像。
实施例
以下实施例说明本公开的某些实施方案并且无限制性。此外，在提供特定实施方案的情况下，本发明人已经预期那些特定实施方案的一般应用。举例来说，具有特定基元的寡核苷酸的公开为具有相同或类似基元的其它寡核苷酸提供合理的支持。并且举例来说，除非另外指示，否则在特定位置出现特定高亲和力修饰的情况下，相同位置的其它高亲和力修饰视为合适的。
实施例1：在体外具有硫代磷酸酯核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，单剂量
设计与人LRRK2核酸互补的修饰寡核苷酸，并且在体外测试其对LRRK2 RNA的作用。
使用电穿孔，利用5,000nM浓度的修饰寡核苷酸，或针对未处理的对照物，不利用修饰寡核苷酸，转染密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞。在大约24小时后，将RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人引物探针组RTS3133_MGB(正向序列TTCCACACTTGCGGTCTTTAGA，本文中称为SEQ ID NO:11；反向序列GCGGGACCTGGTAGGTACTG，本文中称为SEQ ID NO:12；探针序列ATGAGCAGCAATGAT，本文中称为SEQ ID:13)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。对照百分比值用星号(*)标记的修饰寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。其它测定可以用于测量靶向扩增子区域的寡核苷酸的效力和功效。
表1上的修饰寡核苷酸为5-10-5MOE缺口聚物。所述缺口聚物为20个核碱基长，其中中央缺口区段包含十个2'-脱氧核苷并且在5'端和3'端上侧接包含五个2'-MOE核苷的翼区段。缺口聚物的糖基元为(从5'至3')：eeeeeddddddddddeeeee，其中‘d’表示2'-脱氧核糖并且‘e’表示2'-MOE修饰糖。每个核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键并且每个胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。“起始位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最5'-核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最3'-核苷。
下表1中列出的每个修饰寡核苷酸与人LRRK2核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补，如所指示。‘N/A’指示修饰寡核苷酸不以100％互补性与所述特定核酸互补。如下所示，与人LRRK2 RNA的序列互补的修饰寡核苷酸降低人LRRK2 RNA的量。
表1
在具有硫代磷酸酯核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
实施例2：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，单剂量
设计与人LRRK2核酸互补的修饰寡核苷酸，并且在体外测试其对LRRK2 RNA的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试修饰寡核苷酸。
使用电穿孔，利用5,000nM浓度的修饰寡核苷酸，或针对未处理的对照物，不利用修饰寡核苷酸，转染密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞。在大约24小时后，将RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人引物探针组RTS3132(正向序列CATCACTCAGGCTGTTAAGACAAGA，本文中称为SEQ ID NO:14；反向序列CAGCTGCCAGCAAAGATATCAA，本文中称为SEQ ID NO:15；探针序列CTTTGCCACCTCCACCACCCCA，本文中称为SEQ ID:16)、RTS3133_MGB(正向序列TTCCACACTTGCGGTCTTTAGA，本文中称为SEQID NO:11；反向序列GCGGGACCTGGTAGGTACTG，本文中称为SEQ ID NO:12；探针序列ATGAGCAGCAATGAT，本文中称为SEQ ID:13)和RTS3146_MGB(正向序列GAGCTTCCTCACGCAGTTCAC，本文中称为SEQ ID NO:17；反向序列TGCTGGGTCTTGAAAATGAAGA，本文中称为SEQ ID NO:18；探针序列TTCTAAATGAATCAGGAGTCC，本文中称为SEQ ID:19)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。对照百分比值用星号(*)标记的修饰寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。
表2中的修饰寡核苷酸为5-10-5MOE缺口聚物。缺口聚物为20个核碱基长，其中中央缺口区段包含十个2'-脱氧核苷并且在5'端和3'端上侧接包含五个2'-MOE核苷的翼区段。缺口聚物的糖基元为(从5'至3')：eeeeeddddddddddeeeee，其中‘d’表示2'-脱氧核糖并且‘e’表示2'-MOE修饰糖。每个缺口聚物中的所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。每个缺口聚物的核苷间键为混合的磷酸二酯和硫代磷酸酯键。缺口聚物的核苷间键基元为(从5'至3')：sooosssssssssssooss；其中‘o’表示磷酸二酯核苷间键并且‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键。“起始位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最5'-核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最3'-核苷。
下表2中列出的每个修饰寡核苷酸与人LRRK2核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补，如所指示。‘N/A’指示修饰寡核苷酸不以100％互补性与所述特定核酸序列互补。如下所示，与人LRRK2RNA的序列互补的修饰寡核苷酸降低人LRRK2 RNA的量。
表2
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
实施例3：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，单剂量
设计与人LRRK2核酸互补的修饰寡核苷酸，并且在体外测试其对LRRK2 RNA的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试修饰寡核苷酸。
使用电穿孔，利用3,000nM浓度的修饰寡核苷酸，或针对未处理的对照物，不利用修饰寡核苷酸，转染密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞。在大约24小时后，将RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR，使用如实施例2中所述的人引物探针组RTS3132，测量LRRK2 RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。对照百分比值用星号(*)标记的修饰寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。其它测定可以用于测量靶向扩增子区域的寡核苷酸的效力和功效。
表3-9中的修饰寡核苷酸为5-10-5MOE缺口聚物。缺口聚物为20个核碱基长，其中中央缺口区段包含十个2'-脱氧核苷并且在5'端和3'端上侧接包含五个2'-MOE核苷的翼区段。缺口聚物的糖基元为(从5'至3')：eeeeeddddddddddeeeee，其中‘d’表示2'-脱氧核糖并且‘e’表示2'-MOE修饰糖。每个缺口聚物中的所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。每个缺口聚物的核苷间键为混合的磷酸二酯和硫代磷酸酯键。缺口聚物的核苷间键基元为(从5'至3')：sooosssssssssssooss；其中‘o’表示磷酸二酯核苷间键并且‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键。“起始位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最5'-核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最3'-核苷。
下表3-9中列出的每个修饰寡核苷酸与人LRRK2核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ IDNO:2互补，如所指示。‘N/A’指示修饰寡核苷酸不以100％互补性与所述特定核酸序列互补。如下所示，与人LRRK2RNA的序列互补的修饰寡核苷酸降低人LRRK2 RNA的量。
表3
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表4
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表5
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表6
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表7
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表8
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表9
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
实施例4：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，单剂量
设计与人LRRK2核酸互补的修饰寡核苷酸，并且在体外测试其对LRRK2 RNA的作用。在具有类似培养条件的一系列实验中测试修饰寡核苷酸。
使用电穿孔，利用4,000nM浓度的修饰寡核苷酸，或针对未处理的对照物，不利用修饰寡核苷酸，转染密度为20,000个细胞/孔的培养的SH-SY5Y细胞。在大约24小时后，将RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR，使用如实施例2中所述的人引物探针组RTS3132，测量LRRK2 RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。对照百分比值用星号(*)标记的修饰寡核苷酸靶向引物探针组的扩增子区域。其它测定可以用于测量靶向扩增子区域的寡核苷酸的效力和功效。
表10-50中的修饰寡核苷酸为5-10-5MOE缺口聚物。缺口聚物为20个核碱基长，其中中央缺口区段包含十个2'-脱氧核苷并且在5'端和3'端上侧接包含五个2'-MOE核苷的翼区段。缺口聚物的糖基元为(从5'至3')：eeeeeddddddddddeeeee，其中‘d’表示2'-脱氧核糖并且‘e’表示2'-MOE修饰糖。每个缺口聚物中的所有胞嘧啶残基都是5-甲基胞嘧啶。每个缺口聚物的核苷间键为混合的磷酸二酯和硫代磷酸酯键。缺口聚物的核苷间键基元为(从5'至3')：sooosssssssssssooss；其中‘o’表示磷酸二酯核苷间键并且‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键。“起始位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最5'-核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最3'-核苷。
下表10-50中列出的每个修饰寡核苷酸与人LRRK2核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ IDNO:2互补，如所指示。‘N/A’指示修饰寡核苷酸不以100％互补性与所述特定核酸序列互补。如下所示，与人LRRK2 RNA的序列互补的修饰寡核苷酸降低人LRRK2 RNA的量。
表10
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表11
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表12
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表13
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表14
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表15
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表16
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表17
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表18
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表19
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表20
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表21
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表22
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表23
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表24
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表25
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表26
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表27
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表28
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表29
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表30
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表31
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表32
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表33
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表34
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表35
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表36
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表37
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表38
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表39
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表40在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表41
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表42
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表43
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表44
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表45
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表46
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表47
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表48
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表49
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
表50
在具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物下人LRRK2 RNA的对照百分比
实施例5：在体外具有硫代磷酸酯核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中测试多种剂量的选自以上实施例1的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的1.125μM、2.250μM、4.500μM、9.000μM和18.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。在大约24小时的处理期的后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人LRRK2引物探针组RTS3133_MGB(在本文实施例1中所述)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表51
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2 RNA表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
实施例6：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中测试多种剂量的选自以上实施例2和实施例3的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的0.333μM、1.000μM、3.000μM和9.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2RNA水平。人LRRK2引物探针组RTS3132(在上文实施例2中所述)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表52
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表53
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
实施例7：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中测试多种剂量的选自以上实施例4的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的0.296μM、0.888μM、2.666μM和8.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人LRRK2引物探针组RTS3132(在本文实施例2中所述)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表54
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表55
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表56
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表57
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
实施例8：在体外具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中测试多种剂量的选自以上实施例4的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的0.444μM、1.333μM、4.000μM和12.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人LRRK2引物探针组RTS3132(在本文实施例2中所述)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表58
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表59
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表60
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表61
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表62
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表63
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表64
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表65
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表66
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表67
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
表68
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表69
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
表70
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
实施例9：与人LRRK2 RNA互补的具有混合核苷间键的缺口聚物的设计
设计与人LRRK2核酸互补的修饰寡核苷酸。表71中的修饰寡核苷酸为缺口聚物。缺口聚物具有中央缺口区段，所述中央缺口区段包含2'-脱氧核苷并且在5'端和3'端上侧接包含cEt核苷和/或2'-MOE核苷的翼区段。每个缺口聚物中的所有胞嘧啶残基都是5'-甲基胞嘧啶。核苷间键为混合的磷酸二酯核苷间键和硫代磷酸酯核苷间键。序列和化学注释列指定序列，包括5'-甲基胞嘧啶、糖化学和核苷间键化学，其中下标‘d’表示2'-脱氧核糖；下标‘e’表示2'-MOE修饰糖；下标‘k’表示cEt修饰糖；下标‘o’表示磷酸二酯核苷间键；下标‘s’表示硫代磷酸酯核苷间键；并且胞嘧啶残基前的‘m’上标指示5-甲基胞嘧啶。“起始位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最5'-核苷。“终止位点”指示人核酸序列中与缺口聚物互补的最3'-核苷。
下表中列出的每个修饰寡核苷酸与人LRRK2核酸序列SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2互补，如所指示。‘N/A’指示修饰寡核苷酸不以100％互补性与所述特定核酸互补。
表71
与人LRRK2 RNA互补的修饰寡核苷酸
实施例10：在体外经由自由吸收，具有混合核苷间键的5-10-5MOE缺口聚物对人LRRK2 RNA表达的作用
在A431细胞中通过自由吸收，测试多种剂量的选自以上实施例的修饰寡核苷酸。将细胞以10,000个细胞/孔的密度，利用如下表中所说明的0.039μM、0.156μM、0.625μM、2.500μM和10.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行涂铺。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2 RNA水平。人LRRK2引物探针组RTS3132(在本文实施例2中所述)用于测量RNA水平。根据如通过
测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表72
A431细胞中通过自由吸收，人LRRK2表达的剂量依赖性减少
实施例11：在体外修饰寡核苷酸对恒河猴LRRK2 RNA的作用，多剂量
在LLC-MK2猴细胞中测试多种剂量的选自以上实施例的也与恒河猴LRRK2互补的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的0.011μM、0.034μM、0.103μM、0.309μM、0.926μM、2.778μM、8.333μM和25.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。还测试对照寡核苷酸676630，其为具有混合磷酸二酯和硫代磷酸酯主链的5-10-5MOE缺口聚物，标靶未知并且序列为CCTATAGGACTATCCAGGAA(SEQ ID NO:3848)。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2RNA水平。人LRRK2引物探针组hLRRK2 LTS35700(正向序列CCAGGTACAATGCAAAGCTTAAT，本文中称为SEQ ID NO:20；反向序列TCAGTCCAATCACTGACAAGTT，本文中称为SEQ ID NO:21；探针序列TTGGGAAGTCCTTGGTGTTCACCA，本文中称为SEQ ID NO:22)用于测量RNA水平。根据如通过RIBOGREEN测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表73
LLC-MK2恒河猴细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
#IC50值无法计算
*此修饰寡核苷酸与恒河猴LRRK2核酸SEQ ID NO:3互补并且含有一个与恒河猴LRRK2核酸SEQ ID NO:3的错配
**这些修饰寡核苷酸与恒河猴LRRK2核酸SEQ ID NO:3互补并且含有两个与恒河猴LRRK2核酸SEQ ID NO:3的错配
实施例12：在体外修饰寡核苷酸对人LRRK2 RNA表达的作用，多剂量
在SH-SY5Y细胞中测试多种剂量的选自以上的修饰寡核苷酸。将细胞以20,000个细胞/孔的密度涂铺，并且使用电穿孔，利用如下表中所说明的0.011μM、0.034μM、0.103μM、0.309μM、0.926μM、2.778μM、8.333μM和25.000μM浓度的修饰寡核苷酸，进行转染。还测试对照寡核苷酸676630，其为具有混合磷酸二酯和硫代磷酸酯主链的5-10-5MOE缺口聚物，标靶未知。在大约24小时的处理期后，将全部RNA从细胞分离，并且通过定量实时PCR测量LRRK2RNA水平。人LRRK2引物探针组LTS35700(本文实施例11中所述)用于测量RNA水平。根据如通过RIBOGREEN测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于未处理的对照细胞的LRRK2RNA水平百分比呈现于下表中。如下表中所说明，在用修饰寡核苷酸处理的细胞中LRRK2 RNA水平以剂量依赖性方式降低。使用“log(抑制剂)对比反应-可变斜率(4参数)”式，使用Prism6软件，计算IC50。
表74
在SH-SY5Y细胞中人LRRK2表达的剂量依赖性减少
*IC50值无法计算
实施例13：在转基因小鼠中与人LRRK2互补的修饰寡核苷酸的活性，两周评定
在人BAC野生型LRRK2转基因小鼠模型(B6；SJL-Tg(LRRK2)66Mjff/J；货号：013725,The Jackson Laboratory)中测试上述修饰寡核苷酸以在两周后评定活性。针对BAC LRRK2-Wt转基因为半合子的小鼠有活力并且能繁殖。这些小鼠表达野生型人富含亮氨酸重复序列激酶2(LRRK2)基因，由BAC转基因上人LRRK2启动子/强化子区指导(Ouyang Y等人,2011)。来自此模型的小鼠在包括脊髓和脑的多种组织中表达人LRRK2。
处理
LRRK2转基因小鼠各接受单一脑室内(ICV)300μg剂量的下表中所列出的修饰寡核苷酸。每个处理组由4只小鼠组成。一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照。
RNA分析
在两周后，处死小鼠并从皮质脑组织和脊髓提取RNA以供实时PCR分析，使用引物探针组hLRRK2 LTS35700(上文实施例11中所述)测量LRRK2的RNA表达。结果以相对于PBS对照的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中，用亲环蛋白A标准化。
如下表中所示，与PBS对照相比，用修饰寡核苷酸处理引起人LRRK2 RNA减少。
表75
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表76
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表77
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表78
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表79
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表80
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表81
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表82
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表83
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表84
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表85
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表86
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表87
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
实施例14：在转基因小鼠中与人LRRK2互补的修饰寡核苷酸的活性，八周评定
在人BAC野生型LRRK2转基因小鼠模型(上文所述)中测试上述修饰寡核苷酸以在八周后评定活性。针对BAC LRRK2-Wt转基因为半合子的小鼠有活力并且能繁殖。这些小鼠表达野生型人富含亮氨酸重复序列激酶2(LRRK2)基因，由BAC转基因上人LRRK2启动子/强化子区指导(Ouyang Y等人,2011)。来自此模型的小鼠在包括脊髓和脑的多种组织中表达人LRRK2。
处理
LRRK2转基因小鼠各接受单一ICV 300μg剂量的下表中所列出的修饰寡核苷酸。每个处理组由4只小鼠组成。一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照。
RNA分析
在八周后，处死小鼠并且从皮质脑组织和脊髓提取RNA以供实时PCR分析，使用引物探针组hLRRK2 LTS35700(上文实施例11中所述)测量LRRK2的RNA表达。结果以相对于PBS对照的LRRK2RNA水平百分比呈现于下表中，用亲环蛋白A标准化。
如下表中所示，与PBS对照相比，用修饰寡核苷酸处理引起人LRRK2 RNA减少。
表88
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
表89
转基因小鼠中人LRRK2 RNA的减少
实施例15：在转基因大鼠中与人LRRK2互补的修饰寡核苷酸的活性
在人BAC G2019S突变LRRK2转基因大鼠(NTac:SD-Tg(LRRK*G2019S)571Cjli；Taconic)模型中测试上述修饰寡核苷酸以评定活性。通过将具有G2019S突变的整个人LRRK2基因原核注射至NTac:SD接合子，产生模型。来自此模型的大鼠在包括脊髓和脑的多种组织中表达人LRRK2(West AB等人,J.Comp.Neurology,2014,522(11):2465-2480)。
处理
LRRK2转基因大鼠各接受单一ICV 1,000μg剂量的下表中所列出的修饰寡核苷酸。每个处理组由4-5只大鼠组成。一组4只大鼠接受PBS作为阴性对照。
RNA分析
在两周后，处死大鼠并且从脑干、皮质脑组织、脊髓、肺和肾提取RNA以供实时PCR分析，使用引物探针组hLRRK2 LTS35700(在上文实施例11中所述)测量LRRK2的RNA表达。结果以相对于PBS对照的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中，用亲环蛋白A标准化。
如下表中所示，与PBS对照相比，用修饰寡核苷酸处理引起人LRRK2 RNA减少。
表90
转基因大鼠中人LRRK2 RNA的减少
实施例16：在转基因大鼠中与人LRRK2互补的修饰寡核苷酸的效力
在上文所述的人BAC G2019S突变LRRK2转基因大鼠(NTac:SD-Tg(LRRK*G2019S)571Cjli)模型中测试上述修饰寡核苷酸以测试寡核苷酸的效力。
处理
LRRK2转基因大鼠各接受单一脑室内(ICV)10μg、30μg、100μg、300μg、700μg、1,000μg或3,000μg剂量的下表中所列出的修饰寡核苷酸。每个处理组由5只大鼠组成。一组5只大鼠接受PBS作为每个剂量组的阴性对照。
RNA分析
在两周后，处死大鼠并且从皮质提取RNA以供实时PCR分析，使用引物探针组hLRRK2 LTS35700(上文实施例11中所述)测量LRRK2的RNA表达。结果以相对于PBS对照的LRRK2 RNA水平百分比呈现于下表中，用亲环蛋白A标准化。
如下表中所示，与PBS对照相比，用修饰寡核苷酸处理引起人LRRK2 RNA减少。使用GraphPad Prism 6软件(San Diego,CA)分析剂量反应资料。使用嵌入的GraphPad式“log(激动剂)对比反应--寻找EC任一个”，由log变换剂量或浓度和个别动物LRRK2 RNA水平计算ED50值，约束如下：对于ED50，最低>0，最高＝100，F＝50。
表91
转基因大鼠中人LRRK2 RNA的剂量依赖性减少百分比，皮质
实施例17：在野生型小鼠中与LRRK2互补的修饰寡核苷酸的耐受性，3小时FOB评定
在野生型雌性C57/Bl6小鼠中测试上述修饰寡核苷酸以评定寡核苷酸的耐受性。野生型雌性C57/Bl6小鼠各接受单一ICV 700μg剂量的下表中所列出的修饰寡核苷酸。每个处理组由4只小鼠组成。一组4只小鼠接受PBS作为每个实验的阴性对照(以下单独表中确定)。在注射后3小时，根据7个不同标准评估小鼠。标准为(1)小鼠机灵、警惕和有反应的；(2)在无刺激下小鼠站立或弓起；(3)在无刺激下小鼠展示任何移动；(4)小鼠在举起后展示向前移动；(5)小鼠在举起后展示任何移动；(6)小鼠对捏尾巴有所反应；(7)呼吸均匀。对于7个标准中的每一个，如果符合标准，那么给与小鼠分项分数0，而如果不符合，那么给与分项分数1(功能观察组合分数或FOB)。在评估所有7个标准后，将每只小鼠的分数求和并且在每个处理组内求平均值。结果呈现在下表中。
表92
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表93
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表94
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表95
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表96
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表97
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
表98
小鼠中在700μg剂量下的耐受性分数
实施例18：在大鼠中与人LRRK2互补的修饰寡核苷酸的耐受性，3小时FOB评定
在史泊格多利大鼠(Sprague Dawley rat)中测试上述修饰寡核苷酸以评定寡核苷酸的耐受性。史泊格多利大鼠各接受单一鞘内(IT)3mg剂量的下表中所列出的寡核苷酸。每个处理组由3-4只大鼠组成。一组4只大鼠接受PBS作为每个实验的阴性对照(以下单独表中确定)。在注射后3小时，评估每只大鼠身体的7个不同部分的移动。7个身体部分为(1)大鼠尾巴；(2)大鼠背部姿势；(3)大鼠后肢；(4)大鼠后爪；(5)大鼠前爪；(6)大鼠前部姿势；(7)大鼠头部。对于7个不同身体部分中的每一个，如果身体部分移动，那么给与每只大鼠分项分数0，或如果身体部分不移动，那么给与分项分数1。对于7个标准中的每一个，如果大鼠满足标准，那么给与其分项分数0，而如果不满足，那么给与其分项分数1(功能观察组合分数或FOB)。在评估所有7个标准后，将每只大鼠的分数求和并且在每个处理组内求平均值。结果呈现于下表中。
表99
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表100
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表101
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表102
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表103
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表104
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表105
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表106
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表107
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表108
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表109
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表110
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表111
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表112
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表113
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表114
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
表115
大鼠中在3mg剂量下的耐受性分数
实施例19：PFF模型中在修饰寡核苷酸下LRRK2的预防性减少
野生型小鼠接受700μg在下表中所列出的寡核苷酸或单独PBS媒介物的单一ICV注射。每个处理组由十一只或十二只小鼠组成。在寡核苷酸处理后两周，将α-突触核蛋白的预成形原纤维(PFF)注射至纹状体中，从而在若干脑区域和运动缺陷中形成α-突触核蛋白聚集体，如所述(参见Luk等人,Science,2012,338,949-953)。一个对照组不接受PFF的注射。在寡核苷酸处理后五十五天，在挂线测试中测试运动功能。结果以每个处理组的小鼠保持在线上的平均时长呈现于下表中。
挂线测试后一天，处死每个处理组中的所有小鼠，未接受寡核苷酸和未注射PFF的组除外；所述组中仅仅处死四只小鼠。将动物灌注冰冷PBS。固定同侧半球并加工用于免疫化学。解剖对侧中脑和纹状体并冷冻，直至RNA分析，同时解剖整个对侧皮质并冷冻直至蛋白质分析。通过定量实时PCR，使用鼠科引物探针组RTS3043(正向序列GGCGAGTTATCCGCACCAT，本文中称为SEQ ID NO:23；反向序列CCAAAACCAGCATGACATTCTTAA，本文中称为SEQ ID NO:24；探针序列TGAGAGCCATGGCCACAGCACAA，本文中称为SEQ ID NO:25)分析LRRK2 RNA表达。根据如通过RIBOGREEN测量的总RNA含量，调整LRRK2 RNA水平。结果以相对于既未接受寡核苷酸处理也未注射PFF的野生型对照组的平均抑制百分比展示于下表中。
通过蛋白质印迹法分析皮质中LRRK2、α-突触核蛋白和超磷酸化α-突触核蛋白(p-α-syn)的蛋白水平。对侧皮质组织首先在RIPA缓冲液中均质化并且以13,300x g离心。针对LRRK2蛋白水平，使上清液进行蛋白质印迹法，并且β-微管蛋白用作内部对照物。结果表明在用寡核苷酸处理的动物中皮质中的LRRK2蛋白水平显著低于未接受寡核苷酸处理的动物。使团粒再悬浮于RIPA缓冲液中，以100,000x g离心，并且所得不溶物质进一步悬浮在2％SDS缓冲液中，接着进行额外100,000x g离心。通过蛋白质印迹法分析所得上清液的α-突触核蛋白和p-α-syn。结果显示，PFF注射使内源性小鼠α-突触核蛋白募集成不溶聚集体，如Luk等人中所报告。聚集体也超磷酸化。如在蛋白质印迹法中不溶小鼠α-突触核蛋白和p-α-syn减少所证明，寡核苷酸处理减少聚集体形成。通过免疫组织化学目测黑质中的p-α-syn聚集体。下表中展示针对来自每个处理组的同等尺寸的样品观察到的平均聚集体数目。结果的单因素ANOVA检验显示用PBS处理与用寡核苷酸处理的动物之间的差异显著。
表116
用LRKK2修饰寡核苷酸对PFF小鼠的预防性处理
实施例20：PFF模型中在修饰寡核苷酸下LRRK2的减少
使用690093评估在注射PFF后野生型小鼠中寡核苷酸减少的作用。除在注射PFF后的两周进行寡核苷酸处理而不是注射PFF前的两周外，如实施例19中所述处理小鼠。每个处理组由十只动物组成。在注射PFF后的五十五天，如实施例19中所述，在挂线测试中评定小鼠。如实施例19中所述，在挂线测试后的一天，处死小鼠，收集中脑、纹状体和黑质，并且测量LRRK2 RNA和p-α-syn聚集体。结果以每个处理组的平均值展示于下表中。输入“nd”指示未收集所述处理组的资料。结果显示即使修饰寡核苷酸在PFF模型发作后施用，运动功能也得到改善并且病理性聚集体数目减少。
表117
用LRKK2修饰寡核苷酸对PFF小鼠的处理
实施例21：在长期研究中PFF模型中在修饰寡核苷酸下LRRK2的预防性减少
在长期研究中测试修饰寡核苷酸以确定用修饰寡核苷酸长期处理是否保护多巴胺能神经元。随着时间过去黑质致密部中α-syn聚集体的累积有损多巴胺能神经元的存活(Luk 2012,Tran 2014)。
使用690093或对照寡核苷酸676630评估野生型小鼠中在注射PFF后寡核苷酸减少的作用，676630是一种具有混合磷酸二酯和硫代磷酸酯主链的5-10-5MOE缺口聚物，标靶未知。除小鼠在第90天接受第二ICV剂量的690093外，如实施例19中所述处理小鼠，并且在第一次ICV处理后的180天处死。每个处理组由12只动物组成。处死时，收集中脑、纹状体和黑质，并且如实施例19中所述，测量LRRK2 RNA和p-α-syn聚集体，并且通过免疫组织化学，使用抗酪氨酸羟化酶(TH)抗体定量多巴胺能细胞。结果以每个处理组的平均值展示于下表中。结果显示在用与LRRK2互补的修饰寡核苷酸处理的组中，在长期处理过程中病理性聚集体的数目减少。另外，TH阳性神经元的定量显示与进行对照处理的细胞相比，在同侧黑质致密部中690093介导的LRRK2抑制拯救TH阳性细胞。
表118
在长期研究中用LRKK2修饰寡核苷酸对PFF小鼠的预防性处理
实例22：在大鼠中与人类LRRK2互补的修饰寡核苷酸的耐受性，长期评定
在相同条件下进行的单独研究中，在史泊格多利大鼠中测试上文所述的修饰寡核苷酸以评定寡核苷酸的长期耐受性。史泊格多利大鼠各接受单一鞘内(IT)递送的3mg剂量的寡核苷酸或PBS。在处理后的第1周开始，历时6周，将每只动物称重并且每周由经过训练的观察者评估不良事件。不良事件定义为在用PBS处理的对照动物中非典型的神经功能障碍，包括(但不限于)：异常的四肢伸展、步态异常、颤抖、呼吸异常、瘫痪以及僵直。不良事件的发作定义为在给药后当第一次记录功能障碍时的周数。如果没有不良事件，那么未发作(-)。不良事件的发作典型地与发育停滞相关，如类似于用PBS处理的动物，缺乏体重增加/维持所定义。类似耐受性评定描述于Ostergaard等人,Nucleic Acids Res.2013年11月；41(21):9634-9650和Southwell等人,Mol Ther.2014年12月；22(12):2093-2106中。如下表所示，在长期耐受性评定中876031、780241、802714、803268、876604和934556耐受性良好。
表119
在大鼠中3mg剂量下的长期耐受性
Claims (74)
1.一种寡聚化合物，其包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸，其中所述修饰寡核苷酸的核碱基序列与LRRK2核酸的等长部分至少90％互补，并且其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个选自修饰糖和修饰核苷间键的修饰。
2.一种寡聚化合物，其包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸并且具有包含SEQ ID NO:30-3847的核碱基序列中的任一种的至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个相连核碱基的核碱基序列。
3.一种寡聚化合物，其包含由12个至50个连接核苷组成的修饰寡核苷酸并且具有包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个相连核碱基的部分的核碱基序列，其中所述部分与以下互补：
SEQ ID NO:2的核碱基18,633-18,658的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基21,721-21,755的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基27,963-28,016的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基35,415-35,446的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基77,221-77,264的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基81,581-81,612和/或87,838-87,869的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基81,627-81,651的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,058-82,081的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,180-82,220的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基82,500-82,525的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基91,038-91,067的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基92,148-92,173的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基98,186-98,220的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基98,218-98,242的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基99,199-99,223的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基119,903-119,936的等长部分；或
SEQ ID NO:1的核碱基4,062-4,086的等长部分。
4.如权利要求1-3中任一项所述的寡聚化合物，其中当跨越所述修饰寡核苷酸的整个核碱基序列测量时，所述修饰寡核苷酸具有与SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2的核碱基序列至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补的核碱基序列。
5.如权利要求1-4中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核苷。
6.如权利要求5所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含修饰糖部分的修饰核苷。
7.如权利要求6所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含双环糖部分的修饰核苷。
8.如权利要求7所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含具有2'-4'桥的双环糖部分的修饰核苷，其中所述2'-4'桥选自-O-CH2-和-O-CH(CH3)-。
9.如权利要求5-8中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含非双环修饰糖部分的修饰核苷。
10.如权利要求9所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含含有2'-MOE修饰糖或2'-OMe修饰糖的非双环修饰糖部分的修饰核苷。
11.如权利要求5-10中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含糖替代物的修饰核苷。
12.如权利要求11所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个包含选自N-吗啉基和PNA的糖替代物的修饰核苷。
13.如权利要求1-12中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸具有包含以下的糖基元：
由1-5个连接5'-区核苷组成的5'-区；
由6-10个连接中央区核苷组成的中央区；和
由1-5个连接3'-区核苷组成的3'-区；其中
所述5'-区核苷中的每一个和所述3'-区核苷中的每一个包含修饰糖部分并且所述中央区核苷中的每一个包含未修饰的2'-脱氧核糖基糖部分。
14.如权利要求1-13中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核苷间键。
15.如权利要求14所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸的每个核苷间键为修饰核苷间键。
16.如权利要求14或15所述的寡聚化合物，其中至少一个核苷间键为硫代磷酸酯核苷间键。
17.如权利要求14或16所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间键。
18.如权利要求14、16或17中任一项所述的寡聚化合物，其中每个核苷间键为磷酸二酯核苷间键或硫代磷酸酯核苷间键。
19.如权利要求1-18中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸包含至少一个修饰核碱基。
20.如权利要求19所述的寡聚化合物，其中所述修饰核碱基为5-甲基胞嘧啶。
21.如权利要求1-20中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸由12-30个、12-22个、12-20个、14-20个、15-25个、16-20个、18-22个或18-20个连接核苷组成。
22.如权利要求1-21中任一项所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸由17个或20个连接核苷组成。
23.如权利要求1-22中任一项所述的寡聚化合物，所述寡聚化合物由所述修饰寡核苷酸组成。
24.如权利要求1-22中任一项所述的寡聚化合物，所述寡聚化合物包含含有结合部分和结合连接子的结合基团。
25.如权利要求24所述的寡聚化合物，其中所述结合基团包含含有1-3个GalNAc配体的GalNAc簇。
26.如权利要求24或25所述的寡聚化合物，其中所述结合连接子由单键组成。
27.如权利要求25所述的寡聚化合物，其中所述结合连接子是可裂解的。
28.如权利要求27所述的寡聚化合物，其中所述结合连接子包含1-3个连接子-核苷。
29.如权利要求24-28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述结合基团在所述修饰寡核苷酸的5'-端连接于所述修饰寡核苷酸。
30.如权利要求24-28中任一项所述的寡聚化合物，其中所述结合基团在所述修饰寡核苷酸的3'-端连接于所述修饰寡核苷酸。
31.如权利要求1-30中任一项所述的寡聚化合物，所述寡聚化合物包含端基。
32.如权利要求1-31中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物为单链寡聚化合物。
33.如权利要求1-27或29-31中任一项所述的寡聚化合物，其中所述寡聚化合物不包含连接子-核苷。
34.一种寡聚双链体，其包含如权利要求1-31或33中任一项所述的寡聚化合物。
35.一种反义化合物，其包含如权利要求1-33中任一项所述的寡聚化合物或如权利要求34所述的寡聚双链体或由如权利要求1-33中任一项所述的寡聚化合物或如权利要求34所述的寡聚双链体组成。
36.一种药物组合物，其包含如权利要求1-33中任一项所述的寡聚化合物或如权利要求34所述的寡聚双链体和药学上可接受的载体或稀释剂。
37.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
38.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
39.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
40.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
41.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
42.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
或其盐。
43.如权利要求37-42中任一项所述的修饰寡核苷酸，所述修饰寡核苷酸为所述式的钠盐。
44.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
45.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
46.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
47.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
48.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
49.一种根据下式的修饰寡核苷酸：
50.一种如权利要求37-49中任一项所述的修饰寡核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
51.如权利要求50所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Sp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
52.如权利要求50或51所述的手性富集群体，其中所述群体富集包含至少一个具有(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
53.如权利要求50所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有特定的独立选择的立体化学构型的修饰寡核苷酸。
54.如权利要求53所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有(Sp)构型的修饰寡核苷酸。
55.如权利要求53所述的手性富集群体，其中所述群体富集在每个硫代磷酸酯核苷间键具有(Rp)构型的修饰寡核苷酸。
56.如权利要求50或权利要求53所述的手性富集群体，其中所述群体富集在5'至3'方向上具有至少3个呈Sp-Sp-Rp构型的相连硫代磷酸酯核苷间键的修饰寡核苷酸。
57.一种如权利要求37-49中任一项所述的修饰寡核苷酸的群体，其中所述修饰寡核苷酸的所有所述硫代磷酸酯核苷间键都是立体无规的。
58.一种药物组合物，其包含如权利要求37-49中任一项所述的修饰寡核苷酸和药学上可接受的稀释剂或载体。
59.如权利要求58所述的药物组合物，其中所述药学上可接受的稀释剂为人工脑脊液。
60.如权利要求59所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述修饰寡核苷酸和所述人工脑脊液组成。
61.一种方法，其包括向动物施用如权利要求36或58-60中任一项所述的药物组合物。
62.一种治疗与LRRK2相关的疾病的方法，所述方法包括向患有与LRRK2相关的疾病或处于发展出所述疾病的风险下的个体施用治疗有效量的如权利要求36或58-60中任一项所述的药物组合物；从而治疗所述与LRRK2相关的疾病。
63.如权利要求62所述的方法，其中所述与LRRK2相关的疾病为神经退行性疾病。
64.如权利要求63所述的方法，其中所述神经退行性疾病为帕金森氏症。
65.如权利要求64所述的方法，其中所述神经退行性疾病的至少一种症状或标志得到改善。
66.如权利要求65所述的方法，其中所述症状或标志为共济失调、神经病变和聚集体形成中的任一种。
67.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Ges mCeo Teo mCeo Aes Tds Ads Tds mCds Tds Ads Ads Ads Gds Ads mCeo mCeoGes mCes Ae(SEQ ID NO:222)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
68.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Tes mCeo Aeo mCeo mCes Ads mCds Ads Ads Ads mCds Tds mCds Ads Tds Geo GeoAes mCes Te(SEQ ID NO:888)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
69.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Aes mCeo mCeo mCeo Tes Tds Tds mCds mCds Ads Tds Gds Tds Gds Ads Aeo mCeoAes Tes Te(SEQ ID NO:1431)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
70.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：
Aes mCeo Geo mCeo Aes mCds Tds Tds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Teo mCeoAes Tes Ae(SEQ ID NO:3590)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
71.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：Aes Geo mCeo Aeo Aes TdsmCds Ads Tds Tds Gds Gds Tds Ads Gds mCeo Aeo Tes Aes mCe(SEQ ID NO:3385)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
72.一种寡聚化合物，其包含根据下式的修饰寡核苷酸：mCes Geo mCes Aes mCes TdsTds Ads Ads mCds Ads Ads Tds Ads Tds mCes Aeo Tes Aes Te(SEQ ID NO:852)；其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2'-MOE修饰糖，
d＝2'-脱氧核糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间键，并且
o＝磷酸二酯核苷间键。
73.如权利要求3所述的寡聚化合物，其中所述修饰寡核苷酸是RNAi化合物。
74.如权利要求73所述的寡聚化合物，其中所述RNAi化合物是ssRNA或siRNA。
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