CN112326763A - 一种可用于临床样品等位基因分型的dna纳米筛可再生电化学传感器 - Google Patents

一种可用于临床样品等位基因分型的dna纳米筛可再生电化学传感器 Download PDF

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Abstract

本发明公开一种可用于临床样品等位基因分型的DNA纳米筛可再生电化学传感器,特点是通过巯基修饰DNA在金电极表面的自组装构建一种能够区分ssDNA和dsDNA的界面型DNA纳米筛,其空腔大小可以通过改变巯基修饰DNA的浓度来调节,通过以[Ru(NH3)6]3+为氧化还原的电化学计时库仑法对界面上巯基DNA的间距进行表征,当巯基修饰DNA的间距小于dsDNA的长度时,dsDNA由于其刚性结构不能透过DNA纳米筛,而无规则卷曲结构的ssDNA由于其高度的柔韧性可以进入纳米筛,通过引入再生探针,构建了重现性性较好的DNA电化学模型。最后,我们以连接循环反应(LCR)为单链DNA扩增策略,构建了基于可再生纳米筛的DNA电化学传感器,实现了单个传感器的多个临床样本的连续检测。

Description

一种可用于临床样品等位基因分型的DNA纳米筛可再生电化 学传感器
技术领域
本发明涉及可用于临床样品等位基因分型的DNA纳米筛可再生电化学传感器的制备方法,属于生物传感技术领域。
背景技术
单核苷酸多态性(SNPs),也称点突变,是癌症诊断和预后有价值的遗传标志,也是预测药物疗效及耐药性的重要指标之一。目前,大多数应用于SNPs的检测方法是基于PCR扩增技术和直接测序法,但这些方法成本高、需要精密的仪器设备且对人工操作高要求,以及在检测低丰度点突变方面能力有待提高,因此,不适合作为临床常规性的诊断工具。DNA电化学传感器由于具有灵敏度高、成本低、信号读出方式简便以及易于微型化等优点,在SNP检测以及开发成床边检测工具方面具有其独特的优势。
随着工具酶、纳米材料及分子器件的引入,DNA电化学传感器的灵敏度和特异性不断提升,然而它的稳定性和重现性一直困扰着广大科研工作者。传感器在组装过程中不可避免会产生批间差异,即传感器间的差异(chip-to-chip variance),主要包括基底差异以及界面功能化修饰差异,是导致传感器重现性差的主要原因之一[1]。而通过构建可再生传感器,实现单一传感器对多个样品的连续检测,可有效地消除传感器间的差异,不仅进一步降低成本,且提高了传感器的重现性、可靠性以及准确性[2]
为实现DNA电化学传感器的再生,已报道方法的切入点主要是考虑如何破坏DNA双链间的氢键,如通常采用改变pH值、提高温度和添加化学试剂(胍盐、尿素或甘氨酸等)[3-7]等方法。然而,这些方法不仅会改变界面离子的种类和排布,还会不可逆地破坏界面上DNA捕获探针的二级结构,使DNA自组装单分子层的电荷和构象发生改变,难以获得持续且可靠的再生效果[2]。因此,迫切需要从另一个角度来开发具有高稳定性和可靠性的可再生DNA电化学传感器。
通常,用于DNA检测的DNA电化学传感器的制备包括在电极表面上形成DNA 自组装单分子层(SAM),通过靶标诱导的三明治结构与标记探针进行非共价杂交,以及使用电化学技术监控电子转移过程。在“信号开”的检测模式下,通常需要采用“倒立型杂交三明治”使如亚甲基蓝(MB)和二茂铁(Fc)等电活性物质靠近电极表面。值得注意的是,这种倒立型杂交过程与通常在酶催化的DNA电化学传感器[8]中使用的“正立型杂交模式”完全不同。对于后者,仅需要参与杂交的单链DNA(ssDNA)部分进入SAM即可完成杂交,但是,前者需要整个双链DNA(dsDNA)部分渗透进入SAM,使得突出的ssDNA与捕获探针充分碰撞才能形成三明治结构。据我们所知,ssDNA像羊毛球一样盘绕,而dsDNA具有像棍棒一样的刚性结构特征,因此,这种明显的柔韧性差异应使它们对SAM具有不同的渗透性。
基于以上讨论,本发明公开一种新型的可再生DNA电化学传感器,通过调节巯基修饰DNA浓度来对SAM的探针间距进行纳米调控,形成能够区分ssDNA和dsDNA的DNA纳米筛。我们假设,棒状dsDNA由于其长度大于纳米筛的腔长,会被阻挡在纳米筛之外,不能以倒置的形式与巯基修饰DNA杂交。相反,缠绕的ssDNA由于具有很高的柔韧性,可以很容易地渗透到纳米筛中,完成杂交。以往已有报道,短链寡核苷酸(8~12 bp)的杂交存在一个结合和解离的动态平衡过程,全内反射荧光显微镜证实了这一点[9]。因此,当基于DNA纳米筛的电化学传感器检测ssDNA时,可以加入互补的DNA,我们称之为再生探针(RP),以打破ssDNA的平衡过程,形成的dsDNA会在纳米筛口被阻挡,导致ssDNA从SAM中被去除,电信号消失。通过这种方式,基于DNA纳米筛的电化学传感器可以容易地再生用于下一轮测试,而不会破坏DNA-SAM。本发明将ssDNA和dsDNA的柔韧性差异与短DNA双链的动态结合特性相结合,构建了一种基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感界面,同时以连接循环反应(LCR)为ssDNA扩增策略对CYP2C19等位基因进行差别化扩增,最终制备了一种可用于临床样品CYP2C19等位基因分型的可再生DNA电化学传感器,具有成本低、重现性好、准确度高以及单根电极可连续进行7次不同样品检测等优点,在临床应用方面具有非常重要的应用价值及实际意义。
参考文献:
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发明内容
本发明的目的是提供一种可用于临床样品等位基因分型的DNA纳米筛可再生电化学传感器及其对CYP2C19等位基因分型的电化学传感方法。
为了实现上述目的,本发明采用以下技术方案:
一种基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面用于对CYP2C19等位基因分型的电化学传感方法,其特征是通过巯基修饰DNA(Capture Probe)在金电极表面的自组装构建一种能够区分ssDNA和dsDNA的界面型DNA纳米筛,其空腔大小能通过改变巯基修饰DNA的浓度来调节,通过以[Ru(NH3)6]3+为氧化还原的电化学计时库仑法对界面上巯基修饰DNA的间距进行表征,当巯基修饰DNA的间距小于dsDNA的长度时,dsDNA由于其刚性结构不能透过DNA纳米筛,而无规则卷曲结构的ssDNA由于其高度的柔韧性能进入纳米筛,接着以连接酶循环反应为ssDNA扩增策略对样品中的等位基因进行扩增,用所构建的DNA纳米筛传感界面对ssDNA进行检测,使用方波伏安法对电信号进行采集,根据电流大小实现对目标链的定性定量分析;在检测完成后,加入再生探针破坏ssDNA的动态杂交过程,形成的dsDNA由于其刚性结构且长度大于巯基修饰DNA的间距而无法杂交,从而使信号物质从电极表面脱落,电极能再生并用于下一次检测,单个传感器能对7个不同样品进行连续检测。
所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面的制备方法,包括如下步骤:
(1)金电极用0.05 μm Al2O3和水的混合物抛光至镜面,依次用乙醇、蒸馏水超声清洗;将超声好的电极置于0.5 M H2SO4中循环伏安扫描至稳定,用双蒸水清洗,N2吹干后待用;
(2)将巯基修饰DNA分别稀释至以下浓度: 2 μM、1 μM、800 nM、600 nM、500 nM、400nM、200 nM;取3 μl上述各浓度的巯基修饰DNA溶液分别滴至经预处理的裸金电极表面,室温放置过夜后,以PBS洗液冲洗电极表面,氮气吹干后将电极置于100 μl的2 mM MCH溶液中浸泡2 h,用双蒸水清洗,氮气吹干备用;
(3)将步骤(2)获得的电极浸入PH=7.4、浓度为10 mM的Tris-HCl中进行第一次计时电量法测量,电压0 V至-0.5 V,500 ms,记录截距值Q1;测量完成后将电极浸入50 μM氯化六胺合钌溶液中,室温孵育10 min,之后将电极用双蒸水彻底冲洗后再次浸入PH=7.4、浓度为10 mM的Tris-HCl中进行第二次计时电量法测量,电压0 V至-0.5 V,500 ms,记录截距值Q2,并计算两次测量得到的截距值的差值:ΔQ=Q2-Q1;
(4)将步骤(3)得到的ΔQ代入以下公式:
Figure DEST_PATH_IMAGE001
,其中Γ0表示限定在电极表面附近的氯化六胺合钌的量,n是每个氧化还原过程转移的电子数,n=1,F是法拉第常数:F=96485.33289±0.00059 C/mol,A是电极面积;将计算得到的Γ0代入公式:
Figure DEST_PATH_IMAGE002
,其中ΓDNA表示界面巯基修饰DNA的密度,z是氧化还原分子所带的电荷量:z=3,m是巯基修饰DNA的碱基个数:m=63,NA是阿伏伽德罗常数:NA≈6.02×1023
(5)计算探针间距:每个巯基修饰DNA周围有一个圆圈面积,通过ΓDNA值的倒数来估算这个面积,从而由这个圆圈面积的直径计算出DNA与DNA之间的平均距离;得到DNA间距小于17.34 nm的可再生DNA纳米筛电化学传感界面。
所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面的再生方法,其特征是利用短寡核苷酸杂交的动态性,通过加入一条与被检测ssDNA部分互补的再生探针,在ssDNA处于杂交解离态时与其杂交形成dsDNA,所形成的dsDNA由于其刚性结构且几何长度大于纳米筛界面的空腔而被阻隔,从而使ssDNA从界面脱落,使传感界面实现再生并可用于下一次ssDNA的检测。
所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面构建及其对CYP2C19等位基因分型所涉及到的所有脱氧核苷酸序列,包括巯基修饰DNA,LCR引物AP与SP以及再生探针RP:
Figure DEST_PATH_IMAGE003
具体地说,本发明采用以下技术方案:
(一)基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面的构建
根据文献报道,随着巯基修饰DNA(Capture Probe)的浓度的增加,在金电极界面所构建的DNA自组装层的密度就越大,即巯基修饰DNA间的距离减少。根据这一原理,首先将一系列浓度梯度的巯基修饰DNA(序列见表1)固定于金电极表面,接着用巯基己醇(MCH)对界面上剩余活性位点进行封闭,从而获得一定密度的DNA自组装层。接着利用氯化六胺合钌能与DNA磷酸骨架静电结合的特点,通过计时电量法对界面上捕获探针的密度以及间距进行定量分析。本发明所设计的CYP2C19等位基因目标序列长度为51 nt,可计算得出其与互补序列杂交后形成的DNA双链的几何长度为17.34 nm,因此我们以捕获探针间距小于17.34 nm时的巯基修饰DNA浓度为最优浓度用于后续实验。
(二)PCR扩增技术结合连接循环反应(LCR)对样品中的CYP2C19等位基因进行扩增
首先,从NCBI基因数据库Genbank中,查找CYP2C19*2全基因序列,选取含突变位点的基因片段共1170 nt,设计上下游引物对全血样品的核酸总提物进行扩增,接着利用耐热连接酶(Ampligase)具有特异性区分单碱基错配的能力,构建连接循环反应(LCR)信号放大体系,其原理见示意图1:存在完全互补的目标链时,AP(5’端的12个碱基可与捕获探针杂交)和SP(3’端修饰亚甲基蓝MB)与目标链杂交后形成含有缺口的双链DNA,Ampligase催化缺口处的3’-OH与5’-PO4形成磷酸二酯键,94 ℃高温解链后得到加长的ssDNA(AP-SP),通过“94℃解链-53 ℃连接”的温度循环,得到大量的ssDNA扩增产物;若为点突变目标链,则AP、SP与其杂交后在缺口处存在碱基错配,此时Ampligase无法发挥其催化功能。
(三)基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感界面用于CYP2C19等位基因分型
将LCR扩增产物(AP-SP)与可再生DNA纳米筛电化学传感界面的捕获探针进行杂交,使SP末端的电活性物质亚甲基蓝(MB)靠近电极表面产生电子传递,通过方波伏安法对电信号进行采集并纪录峰电流值。接着加入再生探针RP,由于AP-SP与巯基修饰DNA的杂交区域只有12 bp,因此该杂交存在动态过程,RP会在AP-SP处于杂交解离态时与其杂交形成刚性DNA双链,由于其几何长度17 nm大于巯基修饰DNA间距而无法进入DNA自组装层进行杂交,从而使AP-SP从电极表面脱落,实现传感器再生并可接着进行下一个样品的检测。单个传感器可连续检测7个样品,最终根据每个样品所采集的峰电流大小可实现临床样品中CYP2C19等位基因准确分型。利用3个本发明所构建的可再生传感器对21例临床样品的检测结果如图2,方波伏安法峰电流值主要分布在3个区域:107 nA~144 nA(高), 62 nA~74 nA(中), 18 nA~30 nA(低)。对此,我们根据实验原理将信号落在高、中、低三个区域的样品分别判定为CYP2C19*2, CYP2C19*1CYP2C19*1*2。同时,为了验证所构建的传感器检测的准确性,我们将这21例样品进行了测序(SNP检测的金标准),测序结果如图3所示,我们将电化学检测结果与测序结果进行比对,发现这两者结果完全吻合,证明了所构建的基于可再生纳米筛的DNA电化学传感器在临床样品核酸检测中具有高准确性。
由上述技术方案可知,本发明所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感器可用于临床样品中CYP2C19等位基因的准确分型,并且利用所设计的新型再生策略可实现单个传感器对7个不同样品的高通量检测,一方面消除传感器间的差异,提高了分析的准确度,另一方面进一步降低了检测成本。
附图说明
图1为基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感器的原理图。
图2为三个独立可再生传感器检测21例人的全血样品核酸总提物的PCR产物的检测图,图中:(A)为方波伏安法响应值,(B)为方波伏安法图。
图3为所检测的21例人的全血样品的基因测序图,其中第243个碱基为G的是CYP2C19*1纯野生基因型,为A的是CYP2C19*2纯突变基因型,为G/A的是CYP2C19*1*2杂合基因型。
具体实施方式
如图1所示,本发明所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感器,包括电极、巯基修饰DNA(Capture Probe)、LCR引物、耐热连接酶、巯基己醇和再生探针RP,电极优选金电极,LCR引物包括AP(5’端的12个碱基可与巯基修饰DNA杂交)和SP(3’端修饰亚甲基蓝MB),AP和SP与目标链杂交后形成含有缺口的双链DNA,耐热连接酶Ampligase催化缺口处的3’ OH与5’ PO4形成磷酸二酯键,94 ℃高温解链后得到加长的ssDNA(AP-SP),通过“94 ℃解链-53 ℃连接”的温度循环,得到大量的ssDNA扩增产物;若为点突变目标链,AP、SP与其杂交后在缺口处存在碱基错配,此时Ampligase的催化效率将大大降低,因此得到的ssDNA较少。将扩增得到的ssDNA与通过金巯键固定于金电极表面的巯基修饰DNA杂交,使SP末端的短程电活性物质亚甲基蓝MB靠近电极表面产生电子传递,使用方波伏安法对电信号进行采集,根据电流大小实现对目标链的定性定量分析。在检测完成后,加入可再生探针破坏ssDNA的动态杂交过程,形成的dsDNA由于其刚性结构且长度大于捕获探针DNA的间距而无法杂交,从而使信号物质从电极表面脱落,电极再生并可用于下一次检测,单个传感器可对7个不同样品进行连续检测,一方面消除传感器间的差异,提高了分析的准确度,另一方面进一步降低了检测成本。本发明中涉及的核酸序列表以及实施例所用的核酸序列表见表1,为已知产品,由Takara公司提供合成服务。
表1.本发明中涉及的核酸序列表
Figure DEST_PATH_IMAGE004
实施例1:
基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感界面用于临床样品中CYP2C19等位基因分型的步骤如下:
(1)在可再生DNA纳米筛电化学传感界面上滴加3 μl的LCR反应液,室温杂交1 h,用10mM 的PBS洗液(pH 7.4)冲洗电极表面,除去未杂交的DNA链,再用双蒸水冲洗后待测;
(2)将步骤(2)制得的电极浸入电解液(10 mM PBS, 1 M NaCl, PH=7.4)中,初始电位为-0.05 V, 终电位为-0.45 V,频率为100 hz,振幅为25 mV ,记录方波伏安法电流曲线后用PBS小心冲洗,氮气吹干备用。
(3)将3 μl再生探针RP(1 μM)滴加到步骤(5)得到的电极表面,室温孵育5 min,用双蒸水冲洗后氮气吹干后重复步骤(1)、步骤(2)进行下一个样品检测。单个传感器可进行7次检测。
实施例2:
上述实施例1中的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛电化学传感界面的制备步骤如下:
(1)金电极用0.05 μm Al2O3和水的混合物抛光至镜面,依次用乙醇、蒸馏水超声清洗。将超声好的电极置于0.5 M H2SO4中循环伏安扫描至稳定,用双蒸水清洗,N2吹干后待用;
(2)将巯基修饰DNA分别稀释至以下浓度: 2 μM、1 μM、800 nM、600 nM、500 nM、400nM、200 nM。取3 μl各浓度的巯基修饰DNA溶液分别滴至经预处理的裸金电极表面,室温放置过夜(16 h)后,以PBS洗液冲洗电极表面,氮气吹干后将电极置于100 μl的2 mM 巯基己醇溶液中浸泡2 h,用双蒸水清洗,氮气吹干备用。
(3)将步骤(2)获得的电极浸入10 mM Tris-HCl(PH=7.4)进行第一次计时电量法测量(电压0 V至-0.5 V,500 ms),记录截距值Q1。测量完成后将电极浸入50 μM氯化六胺合钌溶液中,室温孵育10 min,之后将电极用双蒸水彻底冲洗后再次浸入10 mM Tris-HCl(PH=7.4)进行第二次计时电量法测量(电压0 V至-0.5 V,500 ms),记录截距值Q2,并计算两次测量得到的截距值的差值:ΔQ=Q2-Q1。
(4)将步骤(3)得到的ΔQ代入以下公式:
Figure 423260DEST_PATH_IMAGE001
,其中Γ0表示限定在电极表面附近的氯化六胺合钌的量,n是每个氧化还原过程转移的电子数(n=1),F是法拉第常数(F=96485.33289±0.00059 C/mol),A是电极面积。将计算得到的Γ0代入公式:
Figure 137138DEST_PATH_IMAGE002
,其中ΓDNA表示界面巯基修饰DNA的密度,z是氧化还原分子所带的电荷量(z=3),m是巯基修饰DNA的碱基个数(m=63),NA是阿伏伽德罗常数(NA≈6.02×1023)。
(5)计算探针间距:假设每个巯基修饰DNA周围有一个圆圈面积,通过ΓDNA值的倒数来估算这个面积,从而由这个圆圈面积的直径计算出DNA与DNA之间的平均距离。得到DNA间距小于17.34 nm的可再生DNA纳米筛电化学传感界面。
实施例3:
上述实施例1所用到的LCR反应液的制备: 将4 μl AP(1 μM)、4 μl SP(1 μM)、0.2 μlAmpligase(5 U/μl, 购自美国Lucigen公司)、5.0 μl Reaction Buffer(10×,购自美国Lucigen公司)与1 μl CYP2C19等位基因PCR扩增产物的混合溶液充分混匀,放入PCR仪进行扩增,反应条件:53 ℃ 2 min - 94 ℃ 1 min,30个循环。反应完成后,加入2.63 μl的0.2M 磷酸盐缓冲液(PH=7.4)。
实施例4:
上述实施例2所用的CYP2C19等位基因PCR扩增产物的制备方法:将1 μl的正向引物(5’-AAGCAGGTATAAGTCTAGGAAATGA-3’)、1 μl反向引物(5’-ACTCCTTGACCTGTTAAACATCCGT-3’)、1 μl模板、1 μl dNTP (10 mM, 购自上海生工公司)、5 μl Taq Buffer(购自上海生工公司)、5 μl MgCl2(25 mM,购自上海生工公司)、0.5 μl Taq酶(5 U/μL,购自上海生工公司)与15.5 μl 水的混合溶液充分混匀,放入PCR仪进行反应,反应条件:95 ℃预变性3 min后,“94 ℃ 30s -55 ℃ 35s - 72 ℃ 45s”30个循环,最后72 ℃修复延伸7 min。
实施例5:
将LCR扩增产物(AP-SP)与可再生DNA纳米筛电化学传感界面的捕获探针进行杂交,使SP末端的电活性物质亚甲基蓝(MB)靠近电极表面产生电子传递,通过方波伏安法对电信号进行采集并纪录峰电流值。接着加入再生探针RP,由于AP-SP与巯基修饰DNA的杂交区域只有12 bp,因此该杂交存在动态过程,RP会在AP-SP处于杂交解离态时与其杂交形成刚性DNA双链,由于其几何长度17 nm大于巯基修饰DNA间距而无法进入DNA自组装层进行杂交,从而使AP-SP从电极表面脱落,实现传感器再生并可接着进行下一个样品的检测。单个传感器可连续检测7个样品,最终根据每个样品所采集的峰电流大小可实现临床样品中CYP2C19等位基因准确分型。利用3个本发明所构建的可再生传感器对21例临床样品的检测结果如图2,方波伏安法峰电流值主要分布在3个区域:107 nA~144 nA(高), 62 nA~74 nA(中), 18 nA~30 nA(低)。对此,我们根据实验原理将信号落在高、中、低三个区域的样品分别判定为CYP2C19*2, CYP2C19*1CYP2C19*1*2。同时,为了验证所构建的传感器检测的准确性,我们将这21例样品进行了测序(SNP检测的金标准),测序结果如图3所示,我们将电化学检测结果与测序结果进行比对,发现这两者结果完全吻合,证明了所构建的基于可再生纳米筛的DNA电化学传感器在临床样品核酸检测中具有高准确性。

Claims (4)

1.一种基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面用于对CYP2C19等位基因分型的电化学传感方法,其特征是通过巯基修饰DNA(Capture Probe)在金电极表面的自组装构建一种能够区分ssDNA和dsDNA的界面型DNA纳米筛,其空腔大小能通过改变巯基修饰DNA的浓度来调节,通过以[Ru(NH3)6]3+为氧化还原的电化学计时库仑法对界面上巯基修饰DNA的间距进行表征,当巯基修饰DNA的间距小于dsDNA的长度时,dsDNA由于其刚性结构不能透过DNA纳米筛,而无规则卷曲结构的ssDNA由于其高度的柔韧性能进入纳米筛,接着以连接酶循环反应为ssDNA扩增策略对样品中的等位基因进行扩增,用所构建的DNA纳米筛传感界面对ssDNA进行检测,使用方波伏安法对电信号进行采集,根据电流大小实现对目标链的定性定量分析;在检测完成后,加入再生探针破坏ssDNA的动态杂交过程,形成的dsDNA由于其刚性结构且长度大于巯基修饰DNA的间距而无法杂交,从而使信号物质从电极表面脱落,电极能再生并用于下一次检测,单个传感器能对7个不同样品进行连续检测。
2.权利要求1所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面的制备方法,包括如下步骤:
金电极用0.05 μm Al2O3和水的混合物抛光至镜面,依次用乙醇、蒸馏水超声清洗;将超声好的电极置于0.5 M H2SO4中循环伏安扫描至稳定,用双蒸水清洗,N2吹干后待用;
将巯基修饰DNA分别稀释至以下浓度: 2 μM、1 μM、800 nM、600 nM、500 nM、400 nM、200 nM;取3 μl上述各浓度的巯基修饰DNA溶液分别滴至经预处理的裸金电极表面,室温放置过夜后,以PBS洗液冲洗电极表面,氮气吹干后将电极置于100 μl的2 mM MCH溶液中浸泡2 h,用双蒸水清洗,氮气吹干备用;
(3)将步骤(2)获得的电极浸入PH=7.4、浓度为10 mM的Tris-HCl中进行第一次计时电量法测量,电压0 V至-0.5 V,500 ms,记录截距值Q1;测量完成后将电极浸入50 μM氯化六胺合钌溶液中,室温孵育10 min,之后将电极用双蒸水彻底冲洗后再次浸入PH=7.4、浓度为10 mM的Tris-HCl中进行第二次计时电量法测量,电压0 V至-0.5 V,500 ms,记录截距值Q2,并计算两次测量得到的截距值的差值:ΔQ=Q2-Q1;
(4)将步骤(3)得到的ΔQ代入以下公式:
Figure 50549DEST_PATH_IMAGE002
,其中Γ0表示限定在电极表面附近的氯化六胺合钌的量,n是每个氧化还原过程转移的电子数,n=1,F是法拉第常数:F=96485.33289±0.00059 C/mol,A是电极面积;将计算得到的Γ0代入公式:
Figure 233268DEST_PATH_IMAGE004
,其中ΓDNA表示界面巯基修饰DNA的密度,z是氧化还原分子所带的电荷量:z=3,m是巯基修饰DNA的碱基个数:m=63,NA是阿伏伽德罗常数:NA≈6.02×1023
(5)计算探针间距:每个巯基修饰DNA周围有一个圆圈面积,通过ΓDNA值的倒数来估算这个面积,从而由这个圆圈面积的直径计算出DNA与DNA之间的平均距离;得到DNA间距小于17.34 nm的可再生DNA纳米筛电化学传感界面。
3.权利要求1所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面的再生方法,其特征是利用短寡核苷酸杂交的动态性,通过加入一条与被检测ssDNA部分互补的再生探针,在ssDNA处于杂交解离态时与其杂交形成dsDNA,所形成的dsDNA由于其刚性结构且几何长度大于纳米筛界面的空腔而被阻隔,从而使ssDNA从界面脱落,使传感界面实现再生并可用于下一次ssDNA的检测。
4.权利要求1所述的基于界面探针密度调控的可再生DNA纳米筛界面构建及其对CYP2C19等位基因分型所涉及到的所有脱氧核苷酸序列,包括巯基修饰DNA,LCR引物AP与SP以及再生探针RP:
Figure 668798DEST_PATH_IMAGE006
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