CN111719002A - 一种犬str遗传标记组及用途 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种犬STR遗传标记组及用途，属于遗传学测定技术领域。本发明中的犬STR遗传标记组选自下列至少一个STR基因座：VGL0760、VGL0910、VGL1063、VGL1165、VGL1828、VGL2009、VGL2918、VGL3008、VGL3235、C38、FHC2658、FHC2328、FHC2087、Amelo。本发明还提供了用来扩增所述STR遗传标记组的引物组，试剂盒、基因分型的方法、基因分型的系统。该系统包含14个基因座，这些基因座含有良好的遗传多态性，具有高个体识别能力，可用于犬法医遗传学个体识别及亲权鉴定。
Description
技术领域
本发明属于遗传学测定领域，具体涉及一种犬STR遗传标记组及用途，尤其涉及一种犬STR遗传标记组、用来扩增所述遗传标记组的引物组、试剂盒及其在犬个体识别和亲缘鉴定中的应用。
背景技术
微卫星标记(microsatellite)，又被称为短串联重复序列(short tandemrepeats,STRs)或简单重复序列(simple sequence repeats)，是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2～6个核苷酸的串联重复片段构成，因其重复单位的重复次数在不同个体间呈高度变异性、在基因组中分布广泛、数量丰富、检测方法简单，而被广泛应用于法医学领域，尤其在个体识别和亲权鉴定中发挥了重要的作用。STR位点通常通过PCR扩增，扩增产物通过电泳分析并根据大小分离等位基因进行检测。
但现有技术中针对犬的STR位点的数目较少，遗传信息含量有限，且部分基因的遗传多态性较低，累计个体识别率低，广泛性差，在实际应用中受到限制，因此需要进一步改进。此外，目前针对犬的试剂盒进行基因分型分析时大多需要经过核酸提取步骤，因此实验周期较长，成本较高。
发明内容
解决的技术问题：针对上述技术问题，本发明提供了一种犬STR遗传标记组及用途，具体包括涉及一种犬STR遗传标记组、用来扩增所述遗传标记组的引物组、试剂盒及其在犬个体识别和亲缘鉴定中的应用，从而能够获得更高的犬类个体识别率和更准确的亲缘鉴定结果。
技术方案：一种犬STR遗传标记组，所述遗传标记组选自下列至少一个STR基因座：VGL0760、VGL0910、VGL1063、VGL1165、VGL1828、VGL2009、VGL2918、VGL3008、VGL3235、C38、FHC2658、FHC2328、FHC2087、Amelo。
优选的，所述遗传标记组还包括下列STR基因座中至少一个：FHC2001、FHC2054、FHC2611、PEZ2、PEZ12、PEZ16、PEZ17、PEZ21、FHC2017、SRY。
上述遗传标记组作为检测靶点在制备检测试剂中的应用。
一种引物组，所述引物组适于特异性扩增上述STR基因座的核酸序列，所述引物组序列选自以下序列：FHC2001、SEQ ID NO.1～2；FHC2054、SEQ ID NO.3～4；FHC2087、SEQ IDNO.5～6；FHC2611、SEQ ID NO.7～8；PEZ2、SEQ ID NO.9～10；PEZ12、SEQ ID NO.11～12；PEZ16、SEQ ID NO.13～14；VGL0760、SEQ ID NO.15～16；VGL0910、SEQ ID NO.17～18；VGL1063、SEQ ID NO.19～20；VGL1165、SEQ ID NO.21～22；VGL1828、SEQ ID NO.23～24；VGL2009、SEQ ID NO.25～26；VGL2918、SEQ ID NO.27～28；VGL3008、SEQ ID NO.29～30；VGL3235、SEQ ID NO.31～32；PEZ17、SEQ ID NO.33～34；PEZ21、SEQ ID NO.35～36；FHC2658、SEQ ID NO.37～38；FHC2328、SEQ ID NO.39～40；C38、SEQ ID NO.41～42；FHC2017、SEQ ID NO.43～44；SRY、SEQ ID NO.45～46；Amelo、SEQ ID NO.47～48。
该引物组在制备试剂盒中的应用。
一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
优选的，所述引物组中的至少一个引物上连接有可检测标记，所述可检测标记包括荧光标记。
进一步的，所述引物组中的引物分为4组并分别使用4种不同的荧光标记。
优选的，所述试剂盒中还包括等位基因分型标准物，所述等位基因分型标准物包括上述每一个基因座的纯合子DNA。
上述试剂盒在犬个体识别和亲缘鉴定中的应用。
有益效果：本发明提供了一组可用于犬个体识别和/或亲权鉴定的STR遗传标记组及其应用。该遗传标记组选自14组针对犬遗传基因的新位点，具有多态性高，平衡性好，灵敏度高的优点，完全能够满足犬类个体识别、亲权鉴定以及DNA 数据库建设的需要，可为涉犬案件侦破提供一定的技术支持。使用本发明中所述的应用，可以直接利用犬的血液样本加入PCR-STR反应体系中进行复合PCR扩增，免去了核酸提取步骤，使对犬进行基因分型的操作流程简化，缩短实验周期，降低成本。
附图说明
图1为雌性犬STR基因座复合扩增结果；
图2为雄性犬STR基因座复合扩增结果。
具体实施方式
下面结合本发明的具体内容，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明的保护范围。
实施例1
1.采集了共计150余份我国常见犬的血样，研究了我国常见犬的遗传多态性；以比格犬为例，成功筛选、验证并最终获得了14个可用于我国常见犬个体识别的STR新位点，该14个新位点的基因座如下所示：VGL0760、VGL0910、VGL1063、VGL1165、VGL1828、VGL2009、VGL2918、VGL3008、VGL3235、C38、FHC2658、FHC2328、FHC2087、Amelo。该14个新位点结合10个已知的STR位点，设计引物如下表1所示：
表1. 24个STR基因座的引物
经过实验验证，利用上述引物可以实现每一个STR基因座的扩增，同时这些引物混合形成混合物，能够在一个扩增体系中同时实现对所有STR基因座的扩增。
从上述24个STR基因座选择其中14个基因座(包括6个新位点和8个已知位点)作为遗传标记组，其多态性数据如下表2所示：
表2. 14个基因座的多态性数据
2.设计、验证、优化并最终建立了包括13个常染色体基因座(PEZ21、VGL3008、VGL2918、VGL0910、VGL1063、FHC2611、PEZ16、FHC2054、FHC2087Ub、FHC2087Ua、PZE2、FHC2328、PEZ12)和1个性染色体基因座(Amelo)在内的共计14个STR基因座的4色荧光复合扩增体系,如下表3所示：
表3. 14个STR基因座的4色荧光复合扩增体系
进一步制备了用于犬个体识别和/或亲权鉴定的试剂盒，该试剂盒中包含上述4色荧光复合扩增体系，即该试剂盒具体组成如下表4所示：
表4.试剂盒组成
更进一步的，该试剂盒还包括等位基因分型标准物，所述等位基因分型标准物为对应基因座的纯合子DNA。
所述试剂盒中的引物及其序列和在扩增体系中的浓度如下表5所示：
表5.试剂盒中引物混合物组成
利用该试剂盒对犬基因组DNA 14个基因座的荧光标记进行检测分析，其方法包括步骤如下：
A、犬基因组DNA提取；
B、PCR扩增体系；包括扩增反应混合物(含dNTP、DNA聚合酶、反应缓冲液等)、4色荧光引物混合物；
C、扩增热循环：其扩增程序及参数为：95℃2min；95℃30s，57℃30s，72℃1min，循环28次；72℃60min；
D、扩增产物在遗传分析仪上荧光检测；
E、分型分析。
其中，雌性犬STR基因座复合扩增结果如图1所示，雄性犬STR基因座复合扩增结果如图2所示。
3、对80只比格犬无关个体进行检测，获得了各基因座的等位基因频率如下表6所示：
表6.各基因座的等位基因频率
上述实例只为说明本发明的技术构思及特点，其目的在于让熟悉此项技术的人士能够了解本发明的内容并据以实施，并不能以此限制本发明的保护范围。凡根据本发明精神实质所做的等效变换或修饰，都应涵盖在本发明的保护范围之内。
序列表
<110> 南京森林警察学院
公安部物证鉴定中心
<120> 一种犬STR遗传标记组及用途
<160> 48
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tcctcctctt ctttccattg 20
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<211> 23
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<400> 2
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<211> 22
<212> DNA
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Claims (10)
1.一种犬STR遗传标记组，其特征在于，所述遗传标记组选自下列至少一个STR基因座：VGL0760、VGL0910、VGL1063、VGL1165、VGL1828、VGL2009、VGL2918、VGL3008、VGL3235、C38、FHC2658、FHC2328、FHC2087、Amelo。
2.根据权利要求1所述的一种犬STR遗传标记组，其特征在于，所述遗传标记组还包括下列STR基因座中至少一个：FHC2001、FHC2054、FHC2611、PEZ2、PEZ12、PEZ16、PEZ17、PEZ21、FHC2017、SRY。
3.权利要求1或2所述遗传标记组作为检测靶点在制备检测试剂中的应用。
4.一种引物组，其特征在于，所述引物组适于特异性扩增权利要求1或2所述STR基因座的核酸序列，所述引物组序列选自以下序列：FHC2001、SEQ ID NO .1 ~2；FHC2054、SEQ IDNO .3~4；FHC2087、SEQ ID NO .5~6；FHC2611、SEQ ID NO .7~8；PEZ2、SEQ ID NO .9 ~10；PEZ12、SEQ ID NO .11 ~12；PEZ16、SEQ ID NO .13 ~14；VGL0760、SEQ ID NO .15 ~16；VGL0910、SEQ ID NO .17 ~18；VGL1063、SEQ ID NO .19 ~20；VGL1165、SEQ ID NO .21 ~22；VGL1828、SEQ ID NO .23 ~24；VGL2009、SEQ ID NO .25 ~26；VGL2918、SEQ ID NO .27~28；VGL3008、SEQ ID NO .29 ~30；VGL3235、SEQ ID NO .31 ~32；PEZ17、SEQ ID NO .33 ~34；PEZ21、SEQ ID NO .35 ~36；FHC2658、SEQ ID NO .37~38；FHC2328、SEQ ID NO .39~40；C38、SEQ ID NO .41 ~42；FHC2017、SEQ ID NO .43 ~44；SRY、SEQ ID NO .45~46；Amelo、SEQ ID NO .47~48。
5.权利要求4所述的引物组在制备试剂盒中的应用。
6.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求4所述的引物组。
7.根据权利要求6所述的一种试剂盒，其特征在于，所述引物组中的至少一个引物上连接有可检测标记，所述可检测标记包括荧光标记。
8.根据权利要求7所述的一种试剂盒，其特征在于，所述引物组中的引物分为4组并分别使用4种不同的荧光标记。
9.根据权利要求6所述的一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒中还包括等位基因分型标准物，所述等位基因分型标准物包括权利要求1或2所述的每一个基因座的纯合子DNA。
10.权利要求6所述的试剂盒在犬个体识别和亲缘鉴定中的应用。
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| CN102321752A (zh) * | 2010-08-19 | 2012-01-18 | 无锡中德美联生物技术有限公司 | 一种同时分析犬基因组dna 17个基因座的荧光标记检测试剂盒及其检测方法和应用 |
| CN107937554A (zh) * | 2017-11-08 | 2018-04-20 | 广东华美众源生物科技有限公司 | 犬基因组17个基因座的荧光标记复合扩增检测试剂盒及检测方法和应用 |
| CN110656183A (zh) * | 2018-06-28 | 2020-01-07 | 深圳市华大司法技术协同创新研究院 | 用于犬的str基因座集及用途 |
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2020
- 2020-06-30 CN CN202010620959.0A patent/CN111719002A/zh active Pending
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