CN111621563A - 一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 - Google Patents
一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 Download PDFInfo
- Publication number
- CN111621563A CN111621563A CN202010575676.9A CN202010575676A CN111621563A CN 111621563 A CN111621563 A CN 111621563A CN 202010575676 A CN202010575676 A CN 202010575676A CN 111621563 A CN111621563 A CN 111621563A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- primer
- seq
- nucleotide sequence
- serpinf1
- exon
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了一种检测人SERPINF1基因突变的引物组及其试剂盒,本发明属于基因检测技术领域。一种检测人SERPINF1基因突变的试剂盒,包括检测SERPINF1基因突变的由第1至第8外显子的PCR扩增引物组;PCR扩增试剂;PCR产物纯化试剂;含有上述用于检测SERPINF1基因突变的测序引物组的测序试剂。本发明提供的试剂盒,针对SERPINF1基因的第1到第8外显子进行突变检测,确保了测定结果的准确性与特异性。该引物组可用于VI型成骨不全患者SERPINF1基因突变的检测,包括纯合突变、复合杂合突变等。同时,也能用于VI型成骨不全携带者的筛查以及该基因突变可能导致的复杂疾病病变。
Description
技术领域
本发明属于基因检测技术领域,具体涉及一种检测人SERPINF1基因突变的引物组及其试剂盒。
背景技术
成骨不全(osteogenesis imperfecta,OI)是一种胶原合成代谢障碍所导致的遗传性结缔组织罕见疾病。其主要临床表型包括骨质疏松和骨的脆性增加、蓝巩膜、牙本质不全,早熟性耳硬化等症状。成骨不全存在遗传异质性,有常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传以及X-连锁遗传等三种遗传方式,其中约80%以上患者由I型胶原蛋白结构基因COLIAl或COLlA2的突变所致,属于常染色体显性遗传。VI型成骨不全是由SERPINF1基因突变所致的常染色体隐性遗传疾病。SERPINF1基因编码蛋白为血清色素上皮衍生因子(pigment epithelium-derived factor,PEDF),属于分泌性糖蛋白,在骨代谢中可能通过多种信号通路调节成骨细胞和破骨细胞活性、并与血管内皮生长因子(vascularepithelial growth factor,VEGF)相互作用从而影响骨骼矿化。VI型成骨不全患者表现为多发性骨折,严重骨骼畸形,血PEDF含量下降。同时还伴有髋关节内翻,髋臼内陷,骨骺呈现爆米花样结构改变等特征。较之I~IV型成骨不全,VI型患者无蓝巩膜、牙本质发育不全、听力受损等症状。
目前,SERPINF1基因突变导致的VI型成骨不全的报道很少,发现的该类患者新发突变及新发人群,扩大了该基因的突变谱系,为基因型表型间相互作用关系分析奠定了基础。针对该基因进行了突变引物设计及其相应基因突变检测试剂盒的研发。目前基因突变检测方法有荧光定量PCR、下一代测序(next-generation sequencing,NGS)、单链构象多态性变化、Sanger测序分析等等。
下一代测序技术具有通量高、数据量大、检测成本低、平行分析等特点。在遗传性疾病致病基因发现等方面发挥重要作用,特别是对于未知致病基因及结构复杂基因的突变检测。但是其操作流程复杂,高通量测序数据需要进复杂的生物信息学分析,专业性强,同时其得到的变异位点需要Sanger测序验证。
Sanger测序作为传统的一代测序技术,一直是基因检测的金标准。直接对DNA分子进行测序,其操作流程简单易行、快速、准确度高且可标准化,测序结果直观、便于分析。
适用于致病基因已知、突变位点已知以及结构简单的单基因或数量有限的多基因的遗传病的致病基因检测。该方法对于没有明确候选基因、候选基因数量较多以及大量样本的检测不具有优势。同时对于Sanger测序测序片段短,不能检查出大片段缺失、拷贝数变异等突变类型,导致检测结果发生遗漏。
发明内容
有鉴于此,本发明的目的在于提供一种检测人SERPINF1基因突变的引物组及其试剂盒,具有检测结果全面且准确的特点。
本发明提供了一种用于检测SERPINF1基因组突变的扩增引物组,包括8对特异性扩增SERPINF1基因第1至第8外显子的引物;
SERPINF1基因外显子1的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物FP1和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物RP1;
SERPINF1基因外显子2的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的上游引物FP2和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的下游引物RP2;
所述的SERPINF1基因外显子3的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的上游引物FP3和核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的下游引物RP3;
所述的SERPINF1基因外显子4的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的上游引物FP4和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物RP4;
所述的SERPINF1基因外显子5的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示的上游引物FP5和核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的下游引物RP5;
所述的SERPINF1基因外显子6的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的上游引物FP6和核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示的下游引物RP6;
所述的SERPINF1基因外显子7的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物FP7和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物RP7;
所述的SERPINF1基因外显子8的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示的上游引物FP8和核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的下游引物RP8。
本发明提供了一种用于检测SERPINF1基因组突变的测序引物组,包括8条SERPINF1基因第1至第8外显子的测序引物;
外显子1的PCR测序引物RP1的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
外显子2的PCR测序引物FP2的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;
外显子3的PCR测序引物FP3的核苷酸序列为SEQ ID NO.5所示;
外显子4的PCR测序引物FP4的核苷酸序列为SEQ ID NO.7所示;
外显子5的PCR测序引物FP5的核苷酸序列为SEQ ID NO.9所示;
外显子6的PCR测序引物FP6的核苷酸序列为SEQ ID NO.11所示;
外显子7的PCR测序引物FP7的核苷酸序列为SEQ ID NO.13所示;
外显子8的PCR测序引物FP8的核苷酸序列为SEQ ID NO.15所示。
本发明提供一种用于检测SERPINF1基因突变的试剂盒,包括所述扩增引物组。
优选的,还包括PCR扩增试剂;
所述PCR扩增试剂包括dNTP Mix、含Mg2+的2×Phanta Max Buffer和DNA聚合酶。
优选的,还包括PCR产物纯化试剂;所述PCR产物纯化试剂包括SAP酶和ExoI酶。
优选的,还包括权利要求2所述检测SERPINF1基因突变的测序引物组。
优选的,还包括测序试剂;所述测序试剂包括BigDye 3.1混合液、EDTA溶液、无水乙醇、体积浓度75%乙醇水溶液和Hi-Di甲酰胺溶液。
本发明提供了所述扩增引物组和/或所述测序引物组在制备检测SERPINF1基因突变的试剂中的应用。
本发明提供了一种用于检测SERPINF1基因组突变的扩增引物组,采用特异性引物组,针对SERPINF1基因的DNA第1到第8外显子进行突变检测,确保了测定结果的准确性,避免发生突变位点的遗漏。与传统的单一突变位点的检测而言,扩大了检测突变范围至SERPINF1外显子区所有位点,覆盖已报道的突变位点与可能的突变位点。与传统的通过荧光定量PCR采用探针法检测相比,降低了检测成本,同时PCR产物通过DNA序列测定以及后续序列比对完成,其准确性要高于荧光定量PCR。与高通量测序相比较,直接对SERPINF1致病基因进行检测,避免了高通量测序中因原始数据筛选、阈值设定等问题而可能出现的假阳性与假阴性问题;同时节省了成本与人力。
同时,本发明所提供的每对引物的PCR扩增与DNA测序条件完全一致,可以同时进行扩增测序,极大降低了检测过程的工作量。
附图说明
图1为本发明实施例4中3组家庭中成骨不全患者P1-P6血液样本SERPINF1基因测序峰图;
图2为本发明实施例4中3组家庭中成骨不全患者P1-P6血液样本SERPINF1基因测序峰图。
具体实施方式
本发明提供了一种用于检测SERPINF1基因组突变的扩增引物组,包括8对特异性扩增SERPINF1基因第1至第8外显子的引物;SERPINF1基因外显子1的PCR扩增引物为SEQ IDNO.1和SEQ ID NO.2;SERPINF1基因外显子2的PCR扩增引物为SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4;所述的SERPINF1基因外显子3的PCR扩增引物为SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6;所述的SERPINF1基因外显子4的PCR扩增引物为SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8;所述的SERPINF1基因外显子5的PCR扩增引物为SEQ ID NO.9和SEQ ID NO.10;所述的SERPINF1基因外显子6的PCR扩增引物为SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12;所述的SERPINF1基因外显子7的PCR扩增引物为SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14;所述的SERPINF1基因外显子8的PCR扩增引物为SEQ IDNO.15和SEQ ID NO.16。本发明对所述引物组的来源没有特殊限制,采用本领域所熟知的人工合成方法制备即可。
本发明提供了一种用于检测SERPINF1基因组突变的测序引物组,包括8条SERPINF1基因第1至第8外显子的测序引物,依次为SEQ ID NO.2、SEQ ID NO.3、SEQ IDNO.5、SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.15。
本发明提供一种用于检测SERPINF1基因突变的试剂盒,包括所述扩增引物组。优选还包括PCR扩增试剂;所述PCR扩增试剂包括dNTP Mix、含Mg2+的2×Phanta Max Buffer和DNA聚合酶。所述试剂盒优选还包括PCR产物纯化试剂;所述PCR产物纯化试剂包括SAP酶和ExoI酶。所述试剂盒优选还包括所述检测SERPINF1基因突变的测序引物组。优选还包括测序试剂;所述测序试剂包括BigDye 3.1混合液、0.125M EDTA溶液、无水乙醇、体积浓度75%乙醇水溶液和Hi-Di甲酰胺溶液。本发明对所述试剂盒中涉及的试剂的来源没有特殊限制,采用本领域所熟知的试剂的来源即可,例如常见的商品途径购买。
在本发明中,所述试剂盒的使用方法优选包括以下步骤:
1)使用所述扩增引物进行PCR特异性扩增,得到PCR产物;
2)将所述PCR产物进行纯化,得到纯化的PCR产物;
3)将所述纯化的PCR产物进行测序,将测序得到的序列进行突变功能的预测。
在本发明中,所述PCR特异性扩增的反应程序优选如下:95℃预变性3分钟;95℃变性15秒,65℃退火15秒,72℃延伸30秒,循环次数35;72℃终延伸5分钟。所述PCR特异性扩增的反应体系如下:10mM dNTP Mix 1μl、2×Phanta Max Buffer 20μl、Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase 1μl、上游引物4μl、下游引物4μl、DNA模板50~400ng,DEPC水补足至40μl。其中每次PCR特异性扩增优选包含一对引物,每对引物单独进行PCR特异性扩增。
在本发明中,所述纯化的反应体系优选为20μl,包括:PCR产物8μl,1U/μl SAP酶1μl、10U/μl ExoI酶1μl和H2O 10μl。所述纯化的反应程序为:37℃消化60分钟,然后65℃灭活15分钟。产物纯化后优选经1%琼脂糖凝胶电泳或是微量核酸定量仪进行浓度测定。
在本发明中,每个DNA测序反应的体系为10μl,包括4μl BigDye,3.2pmol/L对应的测序引物2μl,5~20ng纯化的PCR产物,用DEPC水补足至10μl。测序反应的条件优选为:96℃1分钟变性,96℃10秒,50℃5秒,60℃4分钟,共28个循环反应,PCR循环完并冷却到4℃。
将测序得到的序列进行突变功能的预测,具体采用Mutation Survey软件进行突变位点的识别,采用ExAC该数据库分析变异位点已知变异频率,采用PolyPhen2、SIFT与Mutationtaster对突变功能进行预测。
本发明提供了所述扩增引物组和/或所述测序引物组在制备检测SERPINF1基因突变的试剂中的应用。
本发明对所述试剂的浓度没有特殊限制,采用本领域所熟知的试剂的浓度即可。所述试剂优选将每条引物单独分装保存。
本发明提供的SERPINF1基因扩增引物组及其检测试剂盒或试剂可用于SERPINF1基因突变导致的成骨不全VI型的基因检测,进而辅助临床确诊该类疾病,提供骨健康与神经健康保障。同时还为研究SERPINF1基因突变与基因功能之间的关系以及基因型与表型之间的相互关系奠定基础。
下面结合实施例对本发明提供的一种检测人SERPINF1基因突变的引物组及其试剂盒进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
试剂来源说明
全血基因组DNA提取试剂盒购自Omega公司;
10mM dNTP Mix、含Mg2+的2×Phanta Max Buffer、Phanta Max Super-FidelityDNAPolymerase均购自Vazyme公司;
SAP(1U/μl,货号70092Y)、ExoI(10U/μl,货号70073Z)均购自USB公司;
BigDye 3.1,货号4337455,ThermoFisher Scientific公司;
Na2EDTA﹒2H2O,货号15576028,ThermoFisher Scientific公司;
AM9740 Hi-Di Formamide,货号4404307,ABI公司;
无水乙醇购自国药集团;
去RNase酶与DNase酶水,货号10977015,购自ThermoFisher Scientific公司;
琼脂糖为西班牙进口,引物由华大基因合成。
实施例1
根据NCBI GeneBank数据库分析SERPINF1基因DNA序列(NG_028180.1),进行第1到第8外显子扩增引物的设计。扩增区域包括SERPINF1全部外显子及其外显子与内含子交界处不少于50bp的内含子序列。PCR扩增中所采用引物核苷酸序列如表1所示。
表1 SERPINF1基因外显子引物扩增及测序序列
实施例2
一种用于检测SERPINF1基因突变的试剂盒,包括:
实施例1设计的用于检测SERPINF1基因突变的由第1至第8外显子的PCR扩增引物组;
PCR扩增试剂包括:10mM dNTP Mix、含Mg2+的2×Phanta Max Buffer、Phanta MaxSuper-Fidelity DNA Polymerase和去RNase酶与DNase酶水(DEPC水);PCR扩增体系中各组分的工作浓度为:10000μM dNTP Mix/2mM 2×Phanta Max Buffer/1U/μl Phanta MaxSuper-Fidelity DNA Polymerase、上游引物和下游引物均为5μM和模板浓度为50~400ng/μl。
PCR产物纯化试剂包括:1U/μl SAP酶、10U/μl ExoI酶、去RNase与DNase水;各组分的工作浓度为:0.05U/μl SAP酶、0.5U/μl ExoI酶。
DNA测序试剂包括:上述用于检测SERPINF1基因突变的测序引物组、BigDye 3.1混合液、0.125M EDTA溶液、无水乙醇、体积浓度75%乙醇水溶液、Hi-Di甲酰胺溶液、DEPC水;
所述测序引物组中的测序引物工作浓度为0.64pMol/L。
本试剂盒于-20保存,尽量减少反复冻融。
实施例3
利用上述实施例2中用于检测SERPINF1基因突变的试剂盒进行人SERPINF1基因突变检测方法,步骤如下:
(1)外周血基因组DNA的提取
采集患者外周血5ml,采用Omega公司DNA提取试剂盒(D3392-01)进行全血基因组DNA的提取,采用NanoDrop 2000/2000c分光光度计进行DNA浓度和纯度测定;具体操作步骤条件参见产品说明书;
(2)PCR扩增
PCR反应体系为40μl,其中包括:
10mM dNTP Mix 1μl,2×Phanta Max Buffer 20μl,Phanta Max Super-FidelityDNAPolymerase 1μl,上游引物4μl,下游引物4μl,DNA模板50ng~400ng,用DEPC水补足至40μl。
采用BIO-RAD公司PIC-200型PCR仪,进行降落PCR,PCR反应条件如下:95℃预变性3分钟;95℃变性15秒,65℃退火15秒,72℃延伸30秒,循环次数35;72℃终延伸5分钟。
(3)PCR产物纯化
PCR纯化反应体系为20μl,具体成分如下:PCR产物8μl,1U/μl SAP酶1μl,10U/μlExoI酶1μl,H2O 10μl。纯化反应条件为:37℃消化60分钟,然后65℃灭活15分钟。产物纯化后经1%琼脂糖凝胶电泳或是微量核酸定量仪进行浓度测定。
(4)DNA测序反应及纯化
每个DNA测序反应的体系为10μl,包括4μl BigDye、3.2pmol/L对应的测序引物2μl、5~20ng纯化的PCR产物,用DEPC水补足至10μl。测序反应条件为:96℃1分钟变性,96℃10秒,50℃5秒,60℃4分钟,共28个循环反应,PCR循环完并冷却到4℃,取下并马上进行短时间离心。
测序反应结束后将反应产物中加入2.5μl 0.125M的EDTA溶液,然后加入30μl无水乙醇,颠倒混匀后室温放置15分钟。在12000g离心10分钟后,移除上清。加入60μl 70%乙醇水溶液,在4℃、12000g离心15分钟后,移除上清。重复一次后,待乙醇挥发干净后将沉淀溶于10μl Hi-Di甲酰胺,经95℃变性4分钟后采用ABI3130XL测序仪进行测序分析。
(5)测序结果分析
ExAC(The Exome Aggregation Consortium)数据库收录超过6万个人类基因组信息,含有基因变异数据。PolyPhen2、SIFT与Mutation taster能够预测基因变异对其所编码蛋白结构与功能的影响,评估其可能的致病性。采用Mutation Survey软件进行突变位点的识别。采用ExAC该数据库分析变异位点已知变异频率。采用PolyPhen2、SIFT与Mutationtaster对突变功能进行预测。
实验例4
采用实施例2所述试剂盒和实施例3所述检测分析方法,对来自天津市武清区人民医院与山东第一医科大学附属省立医院的临床诊断为成骨不全的6个家庭共计6个临床患者进行了SERPINF1基因检测。基因突变结果以及患者基本信息表2,其中除c.167C>G外,其余变异位点均为新检测得到的位点。
患者血液样本SERPINF1基因测序峰图如图1和图2所示。表2与图1表明患者P1、P2、P3和P5均属于复合杂合突变,P4和P6属于纯合突变。由图1可知,其中患者P1、P2与P5的突变类型属于移码突变。患者P1存在两位点c.260_268het_dupCGGCCCTCT和c.839dupT的复合杂合突变,患者P2为c.200delG与c.224_227het_dupCGAC的复合杂合突变,患者P5为c.260_268het_dupCGGCCCTCT的纯合突变。将所有检测到的位点进行突变效应预测。Polyphen2中,具体数值代表了损害的程度,分值越接近1,则损害可能越大。SIFT预测中,只要分值小于0.05,均认为可能影响到编码蛋白质的功能。Mutation taster软件中,得分都靠近1,说明该位点对功能的影响都是disease causing。而发生在保守区的突变通常被认为是致病性的标记。根据三种不同功能效应预测软件可知,所有检测到的位点碱基替代都可能影响到功能。根据临床诊断,结合临床表型以及本实验例的检测方法,能够成功的识别临床SERPINF1基因突变的成骨不全患者,为该类疾病确诊与产前筛查奠定基础。
以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
序列表
<110> 山东第一医科大学(山东省医学科学院)
<120> 一种检测人SERPINF1基因突变的引物组及其试剂盒
<160> 16
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ggaagaggaa ggtgtgcaaa tg 22
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
tcatccactc acccttttgc cc 22
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ggggaaagtg actagccctg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
gagaaataaa ggcccaagcc 20
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
taggaaggac agccccaag 19
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ctgcttacac agctgggacc 20
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
ggcctgatgc ctttaaccta c 21
<210> 8
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
gcccttcctc cacaccag 18
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ctgagcgcta aaccagaacc 20
<210> 10
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
gccgggagtg gtggtaca 18
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
cagagcccct gacagctaag 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gctcaaagtc acacagcagg 20
<210> 13
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
aggggctgga tgaaggac 18
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
tggcacgatg aggattaagg 20
<210> 15
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
cagctcagac ctcttcaggc 20
<210> 16
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
aggctagaag tagaggacca cc 22
Claims (8)
1.一种用于检测SERPINF1基因组突变的扩增引物组,其特征在于,包括8对特异性扩增SERPINF1基因第1至第8外显子的引物;
SERPINF1基因外显子1的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的上游引物FP1和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的下游引物RP1;
SERPINF1基因外显子2的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的上游引物FP2和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的下游引物RP2;
所述的SERPINF1基因外显子3的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的上游引物FP3和核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的下游引物RP3;
所述的SERPINF1基因外显子4的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的上游引物FP4和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的下游引物RP4;
所述的SERPINF1基因外显子5的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示的上游引物FP5和核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的下游引物RP5;
所述的SERPINF1基因外显子6的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的上游引物FP6和核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示的下游引物RP6;
所述的SERPINF1基因外显子7的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的上游引物FP7和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的下游引物RP7;
所述的SERPINF1基因外显子8的PCR扩增引物为核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示的上游引物FP8和核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的下游引物RP8。
2.一种用于检测SERPINF1基因组突变的测序引物组,其特征在于,包括8条SERPINF1基因第1至第8外显子的测序引物;
外显子1的PCR测序引物RP1的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
外显子2的PCR测序引物FP2的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;
外显子3的PCR测序引物FP3的核苷酸序列为SEQ ID NO.5所示;
外显子4的PCR测序引物FP4的核苷酸序列为SEQ ID NO.7所示;
外显子5的PCR测序引物FP5的核苷酸序列为SEQ ID NO.9所示;
外显子6的PCR测序引物FP6的核苷酸序列为SEQ ID NO.11所示;
外显子7的PCR测序引物FP7的核苷酸序列为SEQ ID NO.13所示;
外显子8的PCR测序引物FP8的核苷酸序列为SEQ ID NO.15所示。
3.一种用于检测SERPINF1基因突变的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1所述扩增引物组。
4.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,还包括PCR扩增试剂;
所述PCR扩增试剂包括dNTP Mix、含Mg2+的2×Phanta Max Buffer和DNA聚合酶。
5.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,还包括PCR产物纯化试剂;所述PCR产物纯化试剂包括SAP酶和ExoI酶。
6.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,还包括权利要求2所述检测SERPINF1基因突变的测序引物组。
7.根据权利要求3所述试剂盒,其特征在于,还包括测序试剂;所述测序试剂包括BigDye 3.1混合液、EDTA溶液、无水乙醇、体积浓度75%乙醇水溶液和Hi-Di甲酰胺溶液。
8.权利要求1所述扩增引物组和/或权利要求2所述测序引物组在制备检测SERPINF1基因突变的试剂中的应用。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010575676.9A CN111621563A (zh) | 2020-06-22 | 2020-06-22 | 一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202010575676.9A CN111621563A (zh) | 2020-06-22 | 2020-06-22 | 一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN111621563A true CN111621563A (zh) | 2020-09-04 |
Family
ID=72269453
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202010575676.9A Withdrawn CN111621563A (zh) | 2020-06-22 | 2020-06-22 | 一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN111621563A (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114657243A (zh) * | 2022-05-12 | 2022-06-24 | 广州知力医学诊断技术有限公司 | 用于检测遗传性抗凝蛋白缺乏、纤维蛋白原异常高频基因突变的引物、试剂盒 |
CN114717303A (zh) * | 2022-01-21 | 2022-07-08 | 苏州赛福医学检验有限公司 | 基于多重pcr及高通量测序技术检测成骨不全症相关基因的引物组、试剂盒及应用 |
-
2020
- 2020-06-22 CN CN202010575676.9A patent/CN111621563A/zh not_active Withdrawn
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN114717303A (zh) * | 2022-01-21 | 2022-07-08 | 苏州赛福医学检验有限公司 | 基于多重pcr及高通量测序技术检测成骨不全症相关基因的引物组、试剂盒及应用 |
CN114717303B (zh) * | 2022-01-21 | 2024-04-12 | 苏州赛福医学检验有限公司 | 基于多重pcr及高通量测序技术检测成骨不全症相关基因的引物组、试剂盒及应用 |
CN114657243A (zh) * | 2022-05-12 | 2022-06-24 | 广州知力医学诊断技术有限公司 | 用于检测遗传性抗凝蛋白缺乏、纤维蛋白原异常高频基因突变的引物、试剂盒 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Shamsher et al. | Novel mutations in keratin 16 gene underly focal non-epidermolytic palmoplantar keratoderma (NEPPK) in two families | |
CN110541025B (zh) | 杜氏肌营养不良基因缺陷的检测方法、引物组合物及试剂盒 | |
CN107254531B (zh) | 早发性结直肠癌辅助诊断的遗传生物标志物及其应用 | |
CN102242212B (zh) | 一种肥厚型心肌病基因分型方法及检测试剂盒 | |
CN110684838A (zh) | 一种肥厚型心肌病基因检测试剂盒 | |
CN110257498B (zh) | 含有ENST00000505175.1的血清/血浆LncRNA标志物组合及其应用 | |
CN111621563A (zh) | 一种检测人serpinf1基因突变的引物组及其试剂盒 | |
CN111549127A (zh) | 人col1a1和/或col1a2基因的扩增、检测突变用引物及其试剂盒 | |
CN101287846A (zh) | 诊断血栓栓塞病和冠心病的方法 | |
AU2016351311B9 (en) | SCAP gene mutant and the application thereof | |
EP2772540A1 (en) | Method for detecting specific single nucleotide polymorphism related to ankylosing spondylitis and kit therefor | |
CN113980961A (zh) | 一种用于smn1和smn2基因数字pcr检测的组合物及试剂盒 | |
CN104745592B (zh) | Cyp4v2基因突变体及其应用 | |
JP2010142252A (ja) | 患者結果の指標として有用なプロテインc多型 | |
CN106701709B (zh) | Atm基因突变体及其应用 | |
CN111690734B (zh) | 检测人ifitm5基因突变的引物组及其试剂盒 | |
CN115786356B (zh) | 致心律失常右室发育不良心肌病变异基因cdh2及其应用 | |
CN116004642A (zh) | 长qt综合征变异基因kcnh2及其应用 | |
TW202214874A (zh) | 用於人類個體中基因分型sting變體之快速方法 | |
CN114015768A (zh) | 检测FBN1基因突变位点c.G3901T的试剂在制备诊断马凡综合征试剂盒中的应用 | |
CN104745591B (zh) | Cyp4v2基因突变体及其应用 | |
CN108866067B (zh) | 一种雷伯氏先天性黑矇的致病突变及其检测试剂 | |
NL2030347B1 (en) | Primer set for detecting mutations of human serpinf1 gene and kit thereof | |
CN108424959B (zh) | 一种用于强直性脊柱炎早期诊断的生物标记物及其在试剂盒中应用 | |
CN113957144B (zh) | 一种合并型甲基丙二酸血症基因突变检测试剂盒 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
WW01 | Invention patent application withdrawn after publication | ||
WW01 | Invention patent application withdrawn after publication |
Application publication date: 20200904 |