CN111411165B - 一种鉴定黄瓜种质真实性的snp位点引物组合及应用 - Google Patents

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Abstract

本发明属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP位点、引物组合，基于SNP位点的DNA指纹数据库、数据库构建方法，以及基于SNP位点的黄瓜种质真实性的鉴定方法、应用。所述SNP位点选自第一SNP位点到第四十八SNP位点中的任1到48种。本发明建立了基于高通量测序鉴定黄瓜种质真实性的DNA指纹数据库，可用于对黄瓜种质在种子、幼苗、叶片等组织或器官进行早期鉴定，为黄瓜种质资源保护提供技术支持。本发明提供的方法既可以对未知黄瓜种质进行鉴定，也可以对已知黄瓜种质的真实性进行鉴定。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等优点，具有十分广阔的应用前景。

Description

一种鉴定黄瓜种质真实性的SNP位点引物组合及应用
技术领域
本发明属于分子标记及其检测领域，具体涉及一种鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP位点、引物组合，基于SNP位点的DNA指纹数据库、数据库构建方法，以及基于SNP位点的黄瓜种质真实性的鉴定方法、应用。
背景技术
种质资源是种业的基础。《种子法》第九十二条指出，种质资源是指选育植物新品种的基础材料，包括各种植物的栽培种、野生种的繁殖材料以及利用上述繁殖材料人工创造的各种植物的遗传材料。种质资源由自然演化和人工创造而形成的一种重要的自然资源，积累了极其丰富的遗传变异，是人类用于选育新品种和发展农业生产的物质基础。种质资源的发现和利用决定了现代作物育种工作能否取得突破性进展的关键。所以，在鉴定真伪、优化来源方面，和具体的品种相比，种质资源的鉴定和保护工作更加重要。然而，目前绝大部分种质资源的鉴定和保护工作却处于空白状态。
黄瓜由于其独特的风味，成为了中国消费者喜爱的蔬菜作物之一。2018年，FAOSTAT公布了其在中国的产量5629.4吨(http://www.fao.org/faostat/zh/#data/QC)，占世界黄瓜总产量的70％。目前，市场上黄瓜品种丰富，但多为杂交种。农业部公布的黄瓜登记品种达上千份，其中杂交品种超过95％。黄瓜种质资源是培育黄瓜杂交种的遗传材料，其遗传特性直接决定了杂交品种的产量和品质，然而黄瓜种质资源保护方面研究还没有报道。众所周知，一个具有优异性状的黄瓜种质，需要经过育种家数年的培育，而不法分子的盗用，严重侵犯了育种家的种质知识产权，影响了育种家的积极性，阻碍了黄瓜种业的良性发展。目前，分子标记检测的方法已经应用到黄瓜品种鉴定上，但黄瓜种质资源(育种亲本)的鉴定和保护工作的研究却甚少涉及，造成了黄瓜种质的盗用现象严重，产生了很多近似种质，阻碍了黄瓜种质知识产权的保护。同时，利用近似黄瓜种质培育的黄瓜品种，也给黄瓜品种的登记和审定带来了一定难度，影响了黄瓜品种的监管。因此急需开发一套适用于鉴定黄瓜种质的DNA快速检测技术。
黄瓜种质分为4大类，包括印度型、西双版纳型、欧洲型和东亚型。其中，印度型是黄瓜野生种质；西双版纳型是我国西双版纳地区种植的主要类型的黄瓜；欧洲型和东亚型是我国培育黄瓜品种的主要的种质。目前，我国科研机构收集的世界范围内的黄瓜种质三千余份，但是，科研中还未报导利用SNP位点来鉴定黄瓜的种质，故现在需要构建出基于核心SNP位点的黄瓜DNA指纹数据库，也需要一种基于核心SNP位点来鉴定黄瓜种质的方法和应用。
发明内容
本发明提供了一种鉴定黄瓜种质的核心SNP位点、引物组合，以及基于SNP位点的DNA指纹数据库、数据库构建方法，基于SNP位点的黄瓜种质的鉴定方法、应用。
本发明是通过以下的技术方案实现的：
鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP位点，所述SNP位点选自如下第一SNP位点到第四十八SNP位点中的任1到48种：第一SNP位点，所述第一SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第215528位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第二SNP位点，所述第二SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第6591765位，该位点的核苷酸碱基为或A或T；第三SNP位点，所述第三SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第18360230位，该位点的核苷酸碱基为G或C；第四SNP位点，所述第四SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第19328118位，该位点的核苷酸碱基为T或C；第五SNP位点，所述第五SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第21471767位，该位点的核苷酸碱基为G或C；第六SNP位点，所述第六SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第26006098位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第七SNP位点，所述第七SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第430448位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第八SNP位点，所述第八SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第6544548位，该位点的核苷酸碱基为A或T；第九SNP位点，所述第九SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第7082492位，该位点的核苷酸碱基为A或T；第十SNP位点，所述第十SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第13016733位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第十一SNP位点，所述第十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第19736406位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第十二SNP位点，所述第十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第22890765位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第十三SNP位点，所述第十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第3674759位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第十四SNP位点，所述第十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第6715343位，该位点的核苷酸碱基为T或C；第十五SNP位点，所述第十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第8251132位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第十六SNP位点，所述第十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第17274568位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第十七SNP位点，所述第十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第28481554位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第十八SNP位点，所述第十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第30072485位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第十九SNP位点，所述第十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第31558451位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第二十SNP位点，所述第二十SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第1284842位，该位点的核苷酸碱基为G或T；第二十一SNP位点，所述第二十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第14339957位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第二十二SNP位点，所述二十二第SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第16172836位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第二十三SNP位点，所述第二十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第20428654位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第二十四SNP位点，所述第二十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第22774845位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第二十五SNP位点，所述第二十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第1045863位，该位点的核苷酸碱基为T或G；第二十六SNP位点，所述第二十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第4850607位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第二十七SNP位点，所述第二十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第5787330位，该位点的核苷酸碱基为T或A；第二十八SNP位点，所述第二十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第11869197位，该位点的核苷酸碱基为G或C；第二十九SNP位点，所述第二十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第15556517位，该位点的核苷酸碱基为T或G；第三十SNP位点，所述第三十SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第23713010位，该位点的核苷酸碱基为T或C；第三十一SNP位点，所述第三十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第24681408位，该位点的核苷酸碱基为C或A；第三十二SNP位点，所述第三十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第437035位，该位点的核苷酸碱基为G或C；第三十三SNP位点，所述第三十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第6311543位，该位点的核苷酸碱基为T或G；第三十四SNP位点，所述第三十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第7644442位，该位点的核苷酸碱基为T或C；第三十五SNP位点，所述第三十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第8554160位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第三十六SNP位点，所述第三十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第9796426位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第三十七SNP位点，所述第三十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第11577012位，该位点的核苷酸碱基为T或G；第三十八SNP位点，所述第三十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第13951516位，该位点的核苷酸碱基为T或A；第三十九SNP位点，所述第三十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第18948506位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第四十SNP位点，所述第SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第24605064位，该位点的核苷酸碱基为A或T；第四十一SNP位点，所述第四十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第4474790位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第四十二SNP位点，所述第四十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第6777921位，该位点的核苷酸碱基为C或A；第四十三SNP位点，所述第四十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第7779724位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第四十四SNP位点，所述第四十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第9945305位，该位点的核苷酸碱基为T或C；第四十五SNP位点，所述第四十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第10495910位，该位点的核苷酸碱基为A或G；第四十六SNP位点，所述第四十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第11918569位，该位点的核苷酸碱基为C或T；第四十七SNP位点，所述第四十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第12580918位，该位点的核苷酸碱基为G或A；第四十八SNP位点，所述第四十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第14166928位，该位点的核苷酸碱基为A或G；所述黄瓜参考基因组为ChineseLong V2。
在一些实施方式中，所述的SNP位点中，所述第一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：145所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：145的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：146所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：146的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：147所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ IDNO：147的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：148所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：148的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：149所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：149的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：150所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：150的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：151所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：151的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：152所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：152的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：153所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：153的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQID NO：154所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：154的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：155所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：155的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：156所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：156的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：157所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：157的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：158所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：158的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：159所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：159的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：160所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：160的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：161所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQID NO：161的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：162所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：162的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ IDNO：163所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：163的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：164所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：164的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：165所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：165的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：166所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：166的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：167所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：167的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：168所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：168的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：169所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：169的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：170所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：170的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：171所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：171的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：172所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQID NO：172的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第二十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：173所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：173的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：174所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ IDNO：174的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：175所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：175的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQID NO：176所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：176的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：177所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：177的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：178所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：178的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：179所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：179的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：180所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：180的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：181所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：181的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：182所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：182的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第三十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：183所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：183的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：184所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：184的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：185所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：185的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：186所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：186的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：187所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ IDNO：187的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：188所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：188的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQID NO：189所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：189的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：190所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：190的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：191所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：191的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；所述第四十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：192所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：192的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％。
鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP引物组，所述SNP引物组用于分别扩增上述的SNP位点，所述SNP引物组包括：第一SNP引物组，用于扩增所述第一SNP位点；第二SNP引物组，用于扩增所述第二SNP位点；第三SNP引物组，用于扩增所述第三SNP位点；第四SNP引物组，用于扩增所述第四SNP位点；第五SNP引物组，用于扩增所述第五SNP位点；第六SNP引物组，用于扩增所述第六SNP位点；第七SNP引物组，用于扩增所述第七SNP位点；第八SNP引物组，用于扩增所述第八SNP位点；第九SNP引物组，用于扩增所述第九SNP位点；第十SNP引物组，用于扩增所述第十SNP位点；第十一SNP引物组，用于扩增所述第十一SNP位点；第十二SNP引物组，用于扩增所述第十二SNP位点；第十三SNP引物组，用于扩增所述第十三SNP位点；第十四SNP引物组，用于扩增所述第十四SNP位点；第十五SNP引物组，用于扩增所述第十五SNP位点；第十六SNP引物组，用于扩增所述第十六SNP位点；第十七SNP引物组，用于扩增所述第十七SNP位点；第十八SNP引物组，用于扩增所述第十八SNP位点；第十九SNP引物组，用于扩增所述第十九SNP位点；第二十SNP引物组，用于扩增所述第二十SNP位点；第二十一SNP引物组，用于扩增所述第二十一SNP位点；第二十二SNP引物组，用于扩增所述第二十二SNP位点；第二十三SNP引物组，用于扩增所述第二十三SNP位点；第二十四SNP引物组，用于扩增所述第二十四SNP位点；第二十五SNP引物组，用于扩增所述第二十五SNP位点；第二十六SNP引物组，用于扩增所述第二十六SNP位点；第二十七SNP引物组，用于扩增所述第二十七SNP位点；第二十八SNP引物组，用于扩增所述第二十八SNP位点；第二十九SNP引物组，用于扩增所述第二十九SNP位点；第三十SNP引物组，用于扩增所述第三十SNP位点；第三十一SNP引物组，用于扩增所述第三十一SNP位点；第三十二SNP引物组，用于扩增所述第三十二SNP位点；第三十三SNP引物组，用于扩增所述第三十三SNP位点；第三十四SNP引物组，用于扩增所述第三十四SNP位点；第三十五SNP引物组，用于扩增所述第三十五SNP位点；第三十六SNP引物组，用于扩增所述第三十六SNP位点；第三十七SNP引物组，用于扩增所述第三十七SNP位点；第三十八SNP引物组，用于扩增所述第三十八SNP位点；第三十九SNP引物组，用于扩增所述第三十九SNP位点；第四十SNP引物组，用于扩增所述第四十SNP位点；第四十一SNP引物组，用于扩增所述第四十一SNP位点；第四十二SNP引物组，用于扩增所述第四十二SNP位点；第四十三SNP引物组，用于扩增所述第四十三SNP位点；第四十四SNP引物组，用于扩增所述第四十四SNP位点；第四十五SNP引物组，用于扩增所述第四十五SNP位点；第四十六SNP引物组，用于扩增所述第四十六SNP位点；第四十七SNP引物组，用于扩增所述第四十七SNP位点；第四十八SNP引物组，用于扩增所述第四十八SNP位点。
在一些实施方式中，所述第一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11、SEQ IDNO：12的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：19、SEQID NO：20、SEQ ID NO：21的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：24的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：27的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：30的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：31、SEQID NO：32、SEQ ID NO：33的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：35、SEQ IDNO：36的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：42的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：43、SEQID NO：44、SEQ ID NO：45的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：47、SEQ IDNO：48的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：50、的SEQ ID NO：51的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：54的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：55、SEQID NO：56、SEQ ID NO：57的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：59、SEQ IDNO：60的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：61、SEQ ID NO：62、SEQ ID NO：63的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：66的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ IDNO：67、SEQ ID NO：68、SEQ ID NO：69的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：73、SEQ ID NO：74、SEQ ID NO：75的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：78的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：79、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：81的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：83、SEQ ID NO：84的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第二十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：86、SEQID NO：87的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：88、SEQ ID NO：89、SEQ ID NO：90的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：91、SEQ ID NO：92、SEQ ID NO：93的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ IDNO：94、SEQ ID NO：95、SEQ ID NO：96的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：98、SEQ ID NO：99的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：103、SEQ ID NO：104、SEQ ID NO：105的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：107、SEQ ID NO：108的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ IDNO：109、SEQ ID NO：110、SEQ ID NO：111的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：112、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：114的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第三十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ ID NO：117的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：121、SEQ ID NO：122、SEQ ID NO：123的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ IDNO：124、SEQ ID NO：125、SEQ ID NO：126的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：127、SEQ ID NO：128、SEQ ID NO：129的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：130、SEQ ID NO：131、SEQ ID NO：132的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：137、SEQ ID NO：138的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ IDNO：139、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：141的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；所述第四十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别与序列表中的SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：143、SEQ ID NO：144的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；优选地，每组所述引物中的第一上游引物和第二上游引物连接有不同的荧光分子，更优选，所述荧光分子选自ROX、TAMRA、FAM、HEX。
鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP试剂盒，所述SNP试剂盒配制为竞争性等位基因特异性PCR反应体系；所述反应体系包括：上述SNP引物组，优选地，所述SNP引物组中，每个引物组的第一上游引物、第二上游引物、下游引物在所述体系中浓度之比为2:2:5。
一种基于核心SNP标记的黄瓜种质DNA指纹数据库，所述DNA指纹数据库包括：标准黄瓜种质的上述SNP位点的基因型。
在一些实施方式中，所述标准黄瓜种质选自以下105个黄瓜种质：北京小刺瓜，CM8537，抚松叶三，青皮八杈，大青7314-2-6-1-1，辽通密刺，黄铁无刺瓜，bvrc1，前七里黄瓜，叶三白，辽阳叶三，新泰密刺，bvrc2，bvrc3，bvrc4，青岛秋叶儿三，Kaga Fushinari，Sagami Hanpaku Fushinari Kyuri，Aonaga Suyo Kyuri，Tsuda，Sakata Natsusango，Honshu Aibai，Sekino No.2(Ochiai No.2)，CGN19828，bvrc5，大刺黄瓜，秋黄瓜，冷露，bvrc6，bvrc7，bvrc8，四川白瓜，bvrc9，bvrc10，bvrc11，津研2号，Hok，151G，Nemet Kigyo，Kecskemeti Hamvas，M 5，752，Gy 3(S4)，Muromskij，Altaisky Ranny(Altaiski Rannii166)，A-C-3，Ames 1208，Klinsky Mestnyj，65G，bvrc12，8181，Puerta-Rico#6，1972B-2，SC53-B(6)，2163，SC 50，National Pickle，Spartan Garden MSU-C7-63，GY14，Khiar，Rasht，WJR2930，9748，N2/81，7037A，7088D，7123C，7237A，7354A，AM56，CG6647，RenR12，RenR27，RenR44，RenR54，RenR57，G421，H19，Space Master，京研35，MB，D5，D31，Ou8，秋棚，TrueLemon，WCC8，WI2757，bvrc13，bvrc14，bvrc15，bvrc16，bvrc17，bvrc18，bvrc19，bvrc20，bvrc21，bvrc22，bvrc23，bvrc24，bvrc25，bvrc26，bvrc27，bvrc28，bvrc29。
上述DNA指纹数据库的构建方法，包括：PCR反应步骤：采用上述PCR反应体系，对标准黄瓜种质进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应，得到PCR反应产物；SNP位点基因型获得步骤：对所述PCR反应产物进行检测，得到所述SNP位点的基因型；优选地，所述检测为荧光信号检测或直接测序。
一种鉴定黄瓜种质真实性的检测方法，包括以下步骤：步骤一：检测待测黄瓜的上述SNP位点的基因型；步骤二：所述待测黄瓜的种质判定：如果所述待测黄瓜基于所述48个SNP位点的基因型，和上述数据库中标准黄瓜种质中的某指定种质的基于所述48个SNP位点的基因型的差异位点数为0-2，则待测黄瓜与该指定种质判定为相似的种质；如果所述待测黄瓜基于所述48个SNP位点的基因型，和上述数据库中标准黄瓜种质中的某指定种质的基于所述48个SNP位点的基因型的差异位点数为2个以上，则待测黄瓜与该指定种质判定为不同的黄瓜种质；优选地，所述判定的结果是根据聚类分析得到的。
上述SNP位点，或上述SNP引物组合，或上述SNP试剂盒，或上述DNA指纹数据库，或上述构建方法得到的DNA指纹数据库，或上述检测方法，在以下X1或X 2中的应用：X1：鉴定待测黄瓜的种质是否属于标准黄瓜种质中的某一种；X2：鉴定待测黄瓜的种质具体为标准黄瓜种质中的哪一种。
本发明相比现有技术具有以下有益效果：
1、本发明建立了基于高通量测序鉴定黄瓜种质真实性的DNA指纹数据库，可用于对黄瓜种质在种子、幼苗、叶片等组织或器官进行早期鉴定，切实保护育种家的权益，为黄瓜种质资源保护提供技术支持。
2、本发明提供的方法既可以对未知黄瓜种质进行鉴定，也可以对已知黄瓜种质的真实性进行鉴定。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等优点，具有十分广阔的应用前景。
3、本发明利用公共数据库NCBI公布的110份黄瓜种质测序数据和72份未公布黄瓜测序数据，进行大数据挖掘黄瓜种质SNP，为黄瓜种质鉴定提供了候选位点，并采用等位基因竞争性特异PCR法，开发其特异性引物，进行高通量、低成本、自动化快速检测，最终获得黄瓜种质SNP基因型。
4、由于黄瓜的种质和品种遗传特性不同，已报道的黄瓜品种鉴定核心位点并不适合黄瓜种质。以差异2个以上SNP位点作为鉴定种质的阈值，申请号为201811634016.2的专利申请中的32个SNP位点仅能鉴定182份黄瓜种质的86.81％的样本，且与所有SNP的基于遗传距离的皮尔森相关系数为0.54，表明这32个SNP既不能有效鉴定黄瓜种质，也不能代表全基因的SNP。相比现有基于SNP位点鉴定黄瓜品种的技术，本发明开发的鉴定黄瓜种质的SNP位点能鉴定182份黄瓜种质，鉴定能力强；与全基因组SNP基于遗传距离的皮尔森相关系数高，能代表全基因组SNP；而且筛选过程更加复杂。
附图说明
图1为实施例1中建立在48个SNP引物组上的105个供试黄瓜种质的聚类图。
图2为实施例1中不同SNP组合与本申请中48个SNP的鉴定种质能力比对图。其中，圆形标记的曲线为本申请中48个SNP鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力；正方形标记的曲线为随机选取的48个SNP鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力；三角形标记的曲线为32个SNP(申请号为201811634016.2的专利中SNP)鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力。
图3为实施例2中48个SNP位点鉴定105份供试黄瓜种质的鉴定能力曲线图。
图4为实施例2中利用编号为1-12的SNP位点检测105份供试黄瓜种质基因型的96孔样品板SNP分型结果示意图。
图5为实施例2中利用编号为13-24的SNP位点检测105份供试黄瓜种质基因型的96孔样品板SNP分型结果示意图。
图6为实施例2中利用编号为25-36的SNP位点检测105份供试黄瓜种质基因型的96孔样品板SNP分型结果示意图。
图7为实施例2中利用编号为37-48的SNP位点检测105份供试黄瓜种质基因型的96孔样品板SNP分型结果示意图。
具体实施方式
定义如下：
黄瓜种质真实性：本质上是指一个黄瓜种质与其遗传背景的真实对应性；在实际工作中，某供检种质是否具有真实性，是该指供检种质与文件记录(如种质说明书、标签等)是否相符。
种质间同源基因组片段：是指在ChineseLong V2参考基因组序列之外，其他种质的黄瓜中与ChineseLong V2参考基因组序列同源且位于染色体相同区域的基因组片段。比如，就特定基因组片段，包括但不限于在本发明的105个标准种质中与ChineseLong V2参考基因组序列存在同源性的基因组片段。比如，在某特定情况下，对于本发明所表征的48个SNP中的某个或某些的上下游20或更多个碱基之内相对于ChineseLong V2参考基因组的同源序列发生了小的突变，该突变是随机的，其不具有一个种质内的普遍性，而忽略了该突变后考察该SNP，则该SNP具备该种质内的普遍性。
第一方面，本发明提供鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP位点(核心SNP位点的定义为：一组能鉴定目标种质的最少SNP组合，且能尽可能代表全基因组SNP；核心位点与非核心位点的区别为：核心位点多态性更高，能使用最少的标记区分目标种质)，选自如下第一SNP位点到第四十八SNP位点中的任1到48种，参见表1：
第一SNP位点，所述第一SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第215528位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二SNP位点，所述第二SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第6591765位，该位点的核苷酸碱基为或A或T；
第三SNP位点，所述第三SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第18360230位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第四SNP位点，所述第四SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第19328118位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第五SNP位点，所述第五SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第21471767位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第六SNP位点，所述第六SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第26006098位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第七SNP位点，所述第七SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第430448位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第八SNP位点，所述第八SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第6544548位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第九SNP位点，所述第九SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第7082492位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第十SNP位点，所述第十SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第13016733位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十一SNP位点，所述第十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第19736406位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十二SNP位点，所述第十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第22890765位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十三SNP位点，所述第十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第3674759位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十四SNP位点，所述第十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第6715343位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第十五SNP位点，所述第十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第8251132位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十六SNP位点，所述第十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第17274568位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十七SNP位点，所述第十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第28481554位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十八SNP位点，所述第十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第30072485位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第十九SNP位点，所述第十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第31558451位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十SNP位点，所述第二十SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第1284842位，该位点的核苷酸碱基为G或T；
第二十一SNP位点，所述第二十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第14339957位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十二SNP位点，所述二十二第SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第16172836位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十三SNP位点，所述第二十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第20428654位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十四SNP位点，所述第二十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第22774845位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十五SNP位点，所述第二十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第1045863位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第二十六SNP位点，所述第二十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第4850607位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十七SNP位点，所述第二十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第5787330位，该位点的核苷酸碱基为T或A；
第二十八SNP位点，所述第二十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第11869197位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第二十九SNP位点，所述第二十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第15556517位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十SNP位点，所述第三十SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第23713010位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第三十一SNP位点，所述第三十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第24681408位，该位点的核苷酸碱基为C或A；
第三十二SNP位点，所述第三十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第437035位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第三十三SNP位点，所述第三十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第6311543位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十四SNP位点，所述第三十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第7644442位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第三十五SNP位点，所述第三十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第8554160位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第三十六SNP位点，所述第三十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第9796426位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第三十七SNP位点，所述第三十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第11577012位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十八SNP位点，所述第三十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第13951516位，该位点的核苷酸碱基为T或A；
第三十九SNP位点，所述第三十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第18948506位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十SNP位点，所述第SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第24605064位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第四十一SNP位点，所述第四十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第4474790位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第四十二SNP位点，所述第四十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第6777921位，该位点的核苷酸碱基为C或A；
第四十三SNP位点，所述第四十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第7779724位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十四SNP位点，所述第四十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第9945305位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第四十五SNP位点，所述第四十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第10495910位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第四十六SNP位点，所述第四十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第11918569位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第四十七SNP位点，所述第四十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第12580918位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十八SNP位点，所述第四十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第14166928位，该位点的核苷酸碱基为A或G。
上述黄瓜参考基因组为ChineseLong V2。
所述第一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：145所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：145的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：146所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：146的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：147所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：147的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：148所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：148的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：149所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：149的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：150所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：150的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：151所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：151的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：152所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：152的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：153所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：153的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：154所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：154的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：155所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：155的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：156所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：156的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：157所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：157的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：158所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：158的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：159所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：159的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：160所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：160的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：161所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：161的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：162所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：162的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：163所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：163的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：164所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：164的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：165所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：165的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：166所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：166的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：167所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：167的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：168所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：168的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：169所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：169的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：170所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：170的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：171所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：171的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：172所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：172的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第二十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：173所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：173的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：174所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：174的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：175所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：175的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：176所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：176的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：177所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：177的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：178所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：178的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：179所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：179的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：180所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：180的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：181所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：181的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：182所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：182的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第三十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：183所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：183的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：184所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：184的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：185所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：185的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：186所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：186的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：187所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：187的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：188所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：188的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：189所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：189的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：190所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：190的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：191所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：191的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％；
所述第四十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：192所述序列的片段或其种质间同源基因组片段，更优选与序列表中的SEQ ID NO：192的核苷酸序列的同一性大于等于95％、96％、97％、98％或99％。
第二方面，本发明提供鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP引物组的组合，所述核心SNP引物组包括：
第一SNP引物组，用于扩增所述第一SNP位点；第二SNP引物组，用于扩增所述第二SNP位点；第三SNP引物组，用于扩增所述第三SNP位点；第四SNP引物组，用于扩增所述第四SNP位点；第五SNP引物组，用于扩增所述第五SNP位点；第六SNP引物组，用于扩增所述第六SNP位点；第七SNP引物组，用于扩增所述第七SNP位点；第八SNP引物组，用于扩增所述第八SNP位点；第九SNP引物组，用于扩增所述第九SNP位点；第十SNP引物组，用于扩增所述第十SNP位点；第十一SNP引物组，用于扩增所述第十一SNP位点；第十二SNP引物组，用于扩增所述第十二SNP位点；第十三SNP引物组，用于扩增所述第十三SNP位点；第十四SNP引物组，用于扩增所述第十四SNP位点；第十五SNP引物组，用于扩增所述第十五SNP位点；第十六SNP引物组，用于扩增所述第十六SNP位点；第十七SNP引物组，用于扩增所述第十七SNP位点；第十八SNP引物组，用于扩增所述第十八SNP位点；第十九SNP引物组，用于扩增所述第十九SNP位点；第二十SNP引物组，用于扩增所述第二十SNP位点；第二十一SNP引物组，用于扩增所述第二十一SNP位点；第二十二SNP引物组，用于扩增所述第二十二SNP位点；第二十三SNP引物组，用于扩增所述第二十三SNP位点；第二十四SNP引物组，用于扩增所述第二十四SNP位点；第二十五SNP引物组，用于扩增所述第二十五SNP位点；第二十六SNP引物组，用于扩增所述第二十六SNP位点；第二十七SNP引物组，用于扩增所述第二十七SNP位点；第二十八SNP引物组，用于扩增所述第二十八SNP位点；第二十九SNP引物组，用于扩增所述第二十九SNP位点；第三十SNP引物组，用于扩增所述第三十SNP位点；第三十一SNP引物组，用于扩增所述第三十一SNP位点；第三十二SNP引物组，用于扩增所述第三十二SNP位点；第三十三SNP引物组，用于扩增所述第三十三SNP位点；第三十四SNP引物组，用于扩增所述第三十四SNP位点；第三十五SNP引物组，用于扩增所述第三十五SNP位点；第三十六SNP引物组，用于扩增所述第三十六SNP位点；第三十七SNP引物组，用于扩增所述第三十七SNP位点；第三十八SNP引物组，用于扩增所述第三十八SNP位点；第三十九SNP引物组，用于扩增所述第三十九SNP位点；第四十SNP引物组，用于扩增所述第四十SNP位点；第四十一SNP引物组，用于扩增所述第四十一SNP位点；第四十二SNP引物组，用于扩增所述第四十二SNP位点；第四十三SNP引物组，用于扩增所述第四十三SNP位点；第四十四SNP引物组，用于扩增所述第四十四SNP位点；第四十五SNP引物组，用于扩增所述第四十五SNP位点；第四十六SNP引物组，用于扩增所述第四十六SNP位点；第四十七SNP引物组，用于扩增所述第四十七SNP位点；第四十八SNP引物组，用于扩增所述第四十八SNP位点。
在一些实施方式中，所述第一SNP引物组，包括所述第一SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第一SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第一SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二SNP引物组，包括所述第二SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三SNP引物组，包括所述第三SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四SNP引物组，包括所述第四SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第五SNP引物组，包括所述第五SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第五SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第五SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第六SNP引物组，包括所述第六SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第六SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第六SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第七SNP引物组，包括所述第七SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第七SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第七SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第八SNP引物组，包括所述第八SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第八SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第八SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：24的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第九SNP引物组，包括所述第九SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第九SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第九SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：27的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十SNP引物组，包括所述第十SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：30的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十一SNP引物组，包括所述第十一SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十一SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十一SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：33的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十二SNP引物组，包括所述第十二SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十二SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十二SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：36的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十三SNP引物组，包括所述第十三SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十三SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十三SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十四SNP引物组，包括所述第十四SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十四SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十四SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、的SEQ ID NO：42的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十五SNP引物组，包括所述第十五SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十五SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十五SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：43、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：45的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十六SNP引物组，包括所述第十六SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十六SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十六SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：47、SEQ ID NO：48的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十七SNP引物组，包括所述第十七SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十七SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十七SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：50、SEQ ID NO：51的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十八SNP引物组，包括所述第十八SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十八SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十八SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：54的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第十九SNP引物组，包括所述第十九SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第十九SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第十九SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：57的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十SNP引物组，包括所述第二十SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：59、SEQ ID NO：60的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十一SNP引物组，包括所述第二十一SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十一SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十一SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：61、SEQ ID NO：62、SEQ ID NO：63的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十二SNP引物组，包括所述第二十二SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十二SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十二SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：66的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十三SNP引物组，包括所述第二十三SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十三SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十三SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：67、SEQ ID NO：68、SEQ ID NO：69的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十四SNP引物组，包括所述第二十四SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十四SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十四SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十五SNP引物组，包括所述第二十五SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十五SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十五SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：73、SEQ ID NO：74、SEQ ID NO：75的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十六SNP引物组，包括所述第二十六SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十六SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十六SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：78的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十七SNP引物组，包括所述第二十七SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十七SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十七SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：79、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：81的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十八SNP引物组，包括所述第二十八SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十八SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十八SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：83、SEQ ID NO：84的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第二十九SNP引物组，包括所述第二十九SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第二十九SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第二十九SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：86、SEQ ID NO：87的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十SNP引物组，包括所述第三十SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：88、SEQ ID NO：89、SEQ ID NO：90的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十一SNP引物组，包括所述第三十一SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十一SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十一SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：91、SEQ ID NO：92、SEQ ID NO：93的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十二SNP引物组，包括所述第三十二SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十二SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十二SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：94、SEQ ID NO：95、SEQ ID NO：96的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十三SNP引物组，包括所述第三十三SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十三SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十三SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：98、SEQ ID NO：99的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十四SNP引物组，包括所述第三十四SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十四SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十四SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十五SNP引物组，包括所述第三十五SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十五SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十五SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：103、SEQ ID NO：104、SEQ ID NO：105的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十六SNP引物组，包括所述第三十六SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十六SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十六SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：107、SEQ ID NO：108的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十七SNP引物组，包括所述第三十七SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十七SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十七SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：109、SEQ ID NO：110、SEQ ID NO：111的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十八SNP引物组，包括所述第三十八SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第SNP三十八引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十八SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：112、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：114的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第三十九SNP引物组，包括所述第三十九SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第三十九SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第三十九SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ ID NO：117的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十SNP引物组，包括所述第四十SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十一SNP引物组，包括所述第四十一SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十一SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十一SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：121、SEQ ID NO：122、SEQ ID NO：123的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十二SNP引物组，包括所述第四十二SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十二SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十二SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：124、SEQ ID NO：125、SEQ ID NO：126的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十三SNP引物组，包括所述第四十三SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十三SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十三SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：127、SEQ ID NO：128、SEQ ID NO：129的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十四SNP引物组，包括所述第四十四SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十四SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十四SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：130、SEQ ID NO：131、SEQ ID NO：132的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十五SNP引物组，包括所述第四十五SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十五SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十六SNP引物组，包括所述第四十六SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十六SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十六SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：137、SEQ ID NO：138的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十七SNP引物组，包括所述第四十七SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十七SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十七SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：139、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：141的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％；
所述第四十八SNP引物组，包括所述第四十八SNP引物组的第一上游引物(F1)的特异性部分、所述第四十八SNP引物组的第二上游引物(F2)的特异性部分、所述第四十八SNP引物组的下游引物(R)，分别与序列表中的SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：143、SEQ ID NO：144的核苷酸序列的同一性大于等于85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％，优选为100％。
优选地，每对上述引物对的一条引物连接有荧光分子，更优选，上述荧光分子选自ROX、TAMRA、FAM、HEX。
在优选的实施方式中，上述SNP引物组合选自引物组01-48中的一组或多组；上述引物组01-48的DNA序列信息如序列表SEQ ID：1-144所示，参见表2。
上述引物组中，上游引物的5′端可带有荧光标签序列以便荧光PCR检测，每组所述引物中的第一上游引物和第二上游引物连接有不同的荧光分子，更优选，所述荧光分子选自ROX、TAMRA、FAM、HEX；
例如FAM荧光标签序列的荧光信号为蓝色，HEX荧光标签序列的荧光信号为红色。
第三方面，本发明提供鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP试剂盒，SNP试剂配制为竞争性等位基因特异性PCR反应体系，该体系优选包括：
上述SNP引物组中，每个引物组的第一上游引物、第二上游引物、下游引物在上述体系中浓度之比为2:2:5；
该反应体系中的试剂、耗材和仪器均由LGC公司提供，包括试剂用量、用法、以及整个实验步骤按照LGC公司的操作指南KASP user guide and manual(www.lgcgenomics.com)进行，KASPar反应在384孔板(Part No.KBS-0750-001)或96孔板(Part No.KBS-0751-001)中进行，反应体系为3ul或1ul，如下表所示。
表：384孔板或96孔板的KASP反应体系
Figure BDA0002458517380000331
上述试剂盒的制备方法包括将上述任一引物组中各条引物分别单独包装。
第四方面，本发明提供上述基于核心SNP标记的黄瓜种质DNA指纹数据库，其上述DNA指纹数据库包括：标准黄瓜种质核心SNP位点的基因型。
上述标准黄瓜种质包括选自以下105个黄瓜种质：
北京小刺瓜，CM8537，抚松叶三，青皮八杈，大青7314-2-6-1-1，辽通密刺，黄铁无刺瓜，bvrc1，前七里黄瓜，叶三白，辽阳叶三，新泰密刺，bvrc2，bvrc3，bvrc4，青岛秋叶儿三，Kaga Fushinari，Sagami Hanpaku Fushinari Kyuri，Aonaga Suyo Kyuri，Tsuda，Sakata Natsusango，Honshu Aibai，Sekino No.2(Ochiai No.2)，CGN19828，bvrc5，大刺黄瓜，秋黄瓜，冷露，bvrc6，bvrc7，bvrc8，四川白瓜，bvrc9，bvrc10，bvrc11，津研2号，Hok，151G，Nemet Kigyo，Kecskemeti Hamvas，M 5，752，Gy 3(S4)，Muromskij，Altaisky Ranny(Altaiski Rannii 166)，A-C-3，Ames 1208，Klinsky Mestnyj，65G，bvrc12，8181，Puerta-Rico#6，1972B-2，SC 53-B(6)，2163，SC 50，National Pickle，Spartan Garden MSU-C7-63，GY14，Khiar，Rasht，WJR2930，9748，N2/81，7037A，7088D，7123C，7237A，7354A，AM56，CG6647，RenR12，RenR27，RenR44，RenR54，RenR57，G421，H19，Space Master，京研35，MB，D5，D31，Ou8，秋棚，TrueLemon，WCC8，WI2757，bvrc13，bvrc14，bvrc15，bvrc16，bvrc17，bvrc18，bvrc19，bvrc20，bvrc21，bvrc22，bvrc23，bvrc24，bvrc25，bvrc26，bvrc27，bvrc28，bvrc29。
第五方面，本发明提供上述黄瓜种质DNA指纹数据库的构建方法，包括以下步骤：
S1：KASP反应：采用上述反应体系，对上述标准黄瓜种质进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应，得到PCR反应产物；
PCR反应程序为：94℃预变性，15min；94℃变性20s，61℃-55℃(选用touch down程序，每循环降低0.6℃)，1min，扩增10个循环；94℃变性20s，55℃复性&延伸1min，继续扩增26个循环。
S2：SNP位点基因型获得：对上述PCR反应产物进行检测，得到所述SNP位点的基因型。
上述检测的方法可选自：为荧光信号检测，直接测序，限制性内切酶酶切。
第六方面，本发明提供鉴定黄瓜种质的真实性检测方法，包括以下步骤：
S1、检测待测黄瓜的上述SNP位点的基因型：
分别以待测黄瓜的基因组DNA为模板，分别采用上述SNP引物组合中的引物组的进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应，得到PCR扩增产物；
S2、所述待测黄瓜的种质判定：将待测黄瓜的SNP位点的基因型与上述DNA指纹数据库比对，通过聚类分析得到结果并进行判断，其判断标准为：
如果待测黄瓜种质与某标准黄瓜种质(供试黄瓜种质)的差异位点数为2个以上，则待测黄瓜种质和该标准黄瓜种质判定为不同的黄瓜种质；差异位点数越多，遗传亲缘关系越远。
如果待测黄瓜种质与某标准黄瓜种质(供试黄瓜种质)的差异位点数为0-2，则待测黄瓜种质和该标准黄瓜种质判定为相似的黄瓜种质。
第七方面，本发明提供上述SNP位点，SNP引物组合，SNP试剂盒，DNA指纹数据库检测方法，在以下X1或X 2中的应用：
X1：鉴定待测黄瓜的种质是否属于标准黄瓜种质中的某一种；
X2：鉴定待测黄瓜的种质具体为标准黄瓜种质中的哪一种；
X1、X2均属于鉴定黄瓜种质真实性的应用，其中包括鉴定黄瓜种质的真伪性。
以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。
实施例1
用于鉴定黄瓜种质真实性的位点和引物组合的获得
一、48个核心SNP位点的发现
本发明基于182份黄瓜种质的重测序数据，获得48个SNP位点。这182份黄瓜种质涵盖印度型、西双版纳型、欧洲型和东亚型，遗传多样性高，极具有代表性。
SNP位点筛选标准如下：(1)去除重测序SNP数据集中MAF<0.05和缺失率>0.3的SNP位点，得到1,333,704个SNP。(2)在(1)结果中，去除左右两翼各30bp内存在其他变异的SNP位点，得到483745个SNP。(3)SNP位点上下各30bp组成的序列与参考基因组blast比对，若该序列能够在两个位置以上(含两个位置)比对到参考基因组，则去除该SNP位点，得到472,660个SNP。(4)提取SNP侧翼序列各60bp用于设计KASPar SNP引物，去除设计引物失败的SNP位点，得到389,676个SNP；在这些SNP位点中，使用随机函数，随机筛选得到图2中随机选取的48个SNP位点。(5)为了筛选出一组具有代表性的SNP，要求根据候选SNP位点计算的遗传距离与389,676SNP计算的遗传距离皮尔森相关系数大于0.95；同时，任何两个种质之间至少有2个SNP基因型不同。利用java编程满足此条件，最终筛选出鉴定黄瓜种质的48个SNP位点。
48个SNP位点的基本信息详见表1中第2至5列。其中SNP位点在染色体上的位置是基于ChineseLong V2参考基因组序列比对确定的，所述ChineseLong V2参考基因组序列的版本号为V2，下载地址为：
ftp://cucurbitgenomics.org/pub/cucurbit/genome/cucumber/Chinese_long/v2/)。
表1.48个SNP位点的基本信息
Figure BDA0002458517380000361
Figure BDA0002458517380000371
Figure BDA0002458517380000381
Figure BDA0002458517380000391
二、48个SNP对182份黄瓜种质效率评价
图2表明，圆形标记的曲线为本申请中48个SNP鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力；正方形标记的曲线为随机选取的48个SNP鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力；三角形标记的曲线为32个SNP(申请号为201811634016.2的专利中SNP)鉴定182份黄瓜种质的鉴定能力。此图表明，(1)随机选取的SNP对182个黄瓜种质鉴定能力为77.5％，即仅能鉴定182份黄瓜种质中的77.5％，表明本申请48个SNP优于随机选取的48个SNP。(2)申请号为201811634016.2的专利中的32个SNP位点仅能鉴定182份黄瓜种质的86.81％的样本，表明本申请48个SNP优于此32个SNP。
三、用于鉴定黄瓜种质真实性的引物组合的获得
根据步骤一发现的48个SNP位点，开发出能代表全基因组SNP且适合用等位基因竞争性特异PCR(KASP)法鉴定黄瓜种质真实性的引物组合。
SNP引物组合由48个引物组组成，每个引物组的名称见表(表2)。每个引物组由3条引物序列组成，包括第一上游引物、第二上游引物、下游引物，用于扩增一个SNP位点。48个引物组中各个引物的核苷酸序列见表2。表2的第2-4列中，单下划线为FAM荧光标签序列，双下划线为HEX荧光标签序列，无下划线为特异性部分的序列。
表2：48个SNP位点的SNP引物核酸序列统计表
Figure BDA0002458517380000392
Figure BDA0002458517380000401
Figure BDA0002458517380000411
Figure BDA0002458517380000421
Figure BDA0002458517380000431
Figure BDA0002458517380000441
Figure BDA0002458517380000451
实施例2
本实施例为实施例1开发的SNP引物组合的有效性检验，同时也是基于上述48个核心SNP标记的黄瓜种质DNA指纹数据库的构建。
本实施例的105个供试黄瓜种质均为常见的优良种质或国外引进种质，均保存在北京市农林科学院蔬菜中心种质库。具体情况如下表3：
表3种植资源来源
Figure BDA0002458517380000452
Figure BDA0002458517380000461
Figure BDA0002458517380000471
1、供试黄瓜种质的基因组DNA的获得
采用CTAB法分别提取105个供试黄瓜种质的叶片(混取30粒种子的真叶，即每个种质取30粒种子长出来的真叶，指的是：同一种质取30个不同植株的真叶混合)的基因组DNA，得到供试黄瓜种质的基因组DNA。
上述CTAB法的操作具体为：
分别摘取幼苗期的上述种质的叶片，置于冷冻干燥仪(CoolSafe 55-4)中脱水；然后用高通量研磨仪(Geno/Grind6875)打碎叶片，再取200mg叶片干粉，向其中加入800μLCTAB提取液(2％CTAB，1.4mM NaCl，100mM Tris-HCl pH8.0，20mM EDTA pH8.0，1％PVP-40，0.2％β-巯基乙醇)，混匀，于65℃水浴30min，加入等体积的氯仿/异戊醇(v:v＝24：1)，在10000rpm/min条件下离心10分钟，吸取上清液转移至新的离心管中，加入0.8倍体积预冷的异丙醇，轻轻颠倒混匀，-20℃放置30min后在4℃、12,000r/min离心10min。弃上清液，加入70％乙醇溶液洗涤2遍，自然条件下干燥加100μL ddH2O溶解DNA，得到供试黄瓜种质基因组DNA，检测浓度后4℃备用。
供试黄瓜种质的基因组DNA的质量和浓度均须满足PCR要求，达标标准为：琼脂糖电泳显示DNA条带单一，没有明显弥散；紫外分光光度计Nanodrop2000(Thermo)检测A260/A280比值在1.8左右，A260/A230比值大于1.8；供试黄瓜种质的基因组DNA的浓度在30-50ng/μL。
2、分别以105个供试黄瓜种质的基因组DNA为模板，分别采用48个引物组进行竞争性等位基因特异性PCR扩增，得到PCR扩增产物。各个PCR反应体系中，第一上游引物、第二上游引物、下游引物的浓度比为2:2:5。
该反应体系中的试剂、耗材和仪器均由LGC公司提供，包括试剂用量、用法、以及整个实验步骤按照LGC公司的操作指南KASP user guide and manual(www.lgcgenomics.com)进行，KASPar反应在384孔板(Part No.KBS-0750-001)或96孔板(Part No.KBS-0751-001)中进行，反应体系为3ul或1ul，如下表4所示。
表4：384孔板或96孔板的KASP反应体系
Figure BDA0002458517380000472
Figure BDA0002458517380000481
*由LGC公司提供或其它具有AS-PCR检测能力的试剂盒
反应程序为：94℃预变性，15min；94℃变性20s，61℃-55℃(选用touch down程序，每循环降低0.6℃)，1min，扩增10个循环；94℃变性20s，55℃复性&延伸1min，继续扩增26个循环；终延伸：72℃10min。形成的扩增产物电泳前于4℃保存。
3、荧光信号检测：完成步骤2后，待PCR扩增产物温度降至40℃以下时通过酶标仪的FAM、HEX光束扫描读取荧光值(FAM荧光标签序列在激发光485nm，发射光520nm波长下观察读值，HEX荧光标签序列在激发光528nm，发射光560nm波长下观察读值)，根据荧光信号颜色判断105个供试黄瓜种质的基于每个SNP位点的基因型。
具体的判断原则如下：
如果某供试黄瓜种质的基于某SNP位点显示蓝色荧光信号，则该供试黄瓜种质的基于该SNP位点的基因型为“扩增该SNP位点的第一上游引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”纯合型；
如果某供试黄瓜种质的基于某SNP位点显示红色荧光信号，则该供试黄瓜种质的基于该SNP位点的基因型为“扩增该SNP位点的第二上游引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”纯合型；
如果某供试黄瓜种质的基于某SNP位点显示绿色荧光信号，则该供试黄瓜种质的基于该SNP位点的基因型为杂合型，一个碱基为“扩增该SNP位点的第一上游引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”，另一个碱基“扩增该SNP位点的第二上游引物的3’末端第1个碱基的互补碱基”。
上述105个供试黄瓜种质中，每个种质在上述48个SNP位点中每个位点的基因型，即构成了基于上述48个核心SNP标记的黄瓜种质DNA指纹数据库，该数据库可以用于鉴定某种未知的黄瓜种质是否属于上述105个供试种质，或具体属于上述105个供试种质中的哪一种。
需要说明的是，若PCR扩增结束后荧光信号弱，影响数据分析，可以加循环(94℃变性20s，55℃复性及延伸1min，5个循环)，直至结果满意为止。
部分结果见图4-图7。结果表明，各个引物组在供试黄瓜种质的中可以得到很好的分型效果。部分结果见图4-图7。结果表明，各个引物组在供试黄瓜种质的中可以得到很好的分型效果。如图所示，每个SNP位点在105个供试黄瓜品种(105个样本)的PCR扩增产物的荧光信号清晰地呈现为3种形式：1)聚合在接近X轴的样本显示为蓝色，基因型为连接HEX荧光标签序列的等位基因型；2)聚合在接近Y轴的样本显示为红色，基因型为连接FAM荧光标签序列的等位基因型；3)X轴和Y轴的样本显示为绿色，基因型为两种等位基因的杂合型。还有很少样本无荧光信号或无法判定，显示为粉色，可能由于DNA质量不好或浓度过低，扩增产物没有被明确分型。由此可见，各个引物的扩增效果很好，均可以将105个供试黄瓜种质的基因型作出明显的区分。
4、聚类分析
根据105个供试黄瓜种质的基于48个SNP位点的基因型，利用MiniMarker和MEGA7软件对105个供试黄瓜种质的进行聚类分析。
建立在48个引物组上的105个供试黄瓜种质的聚类图如图1所示。结果表明，48个引物组可以完全区分表中的105个供试黄瓜种质。由此可见，实施例1开发的SNP引物组合可以应用于黄瓜种质DNA指纹数据库构建和品种真实性鉴定。
5、效率评价
种质真实性鉴定可以采用序贯分析方式减少工作量。本发明的发明人比较了SNP标记个数(即引物组数)与区分105个供试黄瓜种质区分率的关系。
实验结果表明(图3)，16个引物组(16个SNP标记)可以完全鉴定105个黄瓜种质，鉴定能力达100％；剩下32个SNP，提供了足够遗传信息，可保证待测种质在这16个SNP位点缺失的条件下作为补充位点，可更多的区分105份种质之外的种质。
实施例3
本实施例是检测待测黄瓜种质是否属于105个供试黄瓜种质中的种质的方法，该待测黄瓜的种质未知，需要经过本实施例的检测方法得到该待测黄瓜的种质是否是这105个种质之一。
1、待测黄瓜种质的基因组DNA的获得
待测黄瓜种质的叶片取自北京市农林科学院蔬菜研究中心试验基地。
按照实施例2中的步骤1的方法，将“供试黄瓜种质的叶片”替换为“待测黄瓜种质的叶片”，其它步骤均不变，得到待测黄瓜种质的基因组DNA。
2、SNP引物及PCR反应体系的配置
按照实施例2中的步骤2的方法，将“供试黄瓜种质的基因组DNA”替换为“待测黄瓜种质的基因组DNA”，其它步骤均不变，进行竞争性等位基因特异性PCR反应，得到待测黄瓜种质的PCR产物。
3、荧光信号检测
取待测黄瓜种质的PCR产物，按照实施例2的步骤2的方法，根据荧光信号颜色判断待测黄瓜种质的基于上述48个SNP位点中每个位点的基因型，具体的判断原则如实施例2步骤3所述，将“供试黄瓜种质”替换为“待测黄瓜种质”。
4、待测黄瓜种质的具体种质判定
将待测黄瓜种质的48个SNP位点的基因型与实施例2中的由105个供试黄瓜种质构成的黄瓜种质DNA指纹数据库进行比对，统计待测黄瓜种质和各个供试黄瓜种质的差异位点数，然后进行如下判断：
如果待测黄瓜种质与某标准黄瓜种质(供试黄瓜种质)的差异位点数为2个以上，则待测黄瓜种质和该标准黄瓜种质判定为不同的黄瓜种质；差异位点数越多，遗传亲缘关系越远。
如果待测黄瓜种质与某标准黄瓜种质(供试黄瓜种质)的差异位点数为0-2，则待测黄瓜种质和该标准黄瓜种质判定为相似的黄瓜种质。
结果表明，待测黄瓜种质在48个SNP位点上与105个供试黄瓜种质的差异位点数均为4个以上，因此，待测黄瓜种质不属于105个供试黄瓜种质中的任何一个种质，即待测黄瓜种质并不是上述105个供试黄瓜种质之一。
最后所应说明的是，以上具体实施方式仅用以说明本发明的技术方案而非限制，尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的精神和范围，其均应涵盖在本发明的权利要求范围当中。
序列表
<110> 北京市农林科学院
<120> 一种鉴定黄瓜种质真实性的SNP位点引物组合及应用
<141> 2020-04-20
<160> 192
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 1
gggccttctt ccctccacc 19
<210> 2
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<212> DNA
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<400> 2
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gtgggttttg tgggatgaga gga 23
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gttctatgat tgttgaagta tgtgttgtta 30
<210> 101
<211> 29
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 101
ttctatgatt gttgaagtat gtgttgttg 29
<210> 102
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 102
gaattcattc tacctataac tatagaatca ataa 34
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<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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tctaatacac tagacatgag atcagag 27
<210> 104
<211> 28
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 104
ctctaataca ctagacatga gatcagaa 28
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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caaaaaaaaa acataaacta ttttatggca aggtat 36
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<211> 33
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<213> Artificial Sequence
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ttgcatgtac caaaaatatc ttataattta ctc 33
<210> 107
<211> 33
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ttgcatgtac caaaaatatc ttataattta ctt 33
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<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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gcaatttgat aatttagatc tttagttatc tttcta 36
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<213> Artificial Sequence
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ctagtctttt atcttcctgt tttgttactt a 31
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<213> Artificial Sequence
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tagtctttta tcttcctgtt ttgttacttc 30
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<211> 31
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<213> Artificial Sequence
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acatgaaaat gccaaagcat acaatcatgt t 31
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<211> 27
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ccacgtaact tggattcaat gttgaaa 27
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ccacgtaact tggattcaat gttgaat 27
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ctctacaatg ctgtggctag atttatgaat 30
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<213> Artificial Sequence
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actttatatg aatcaaaatg cttaagagaa ttg 33
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<213> Artificial Sequence
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actttatatg aatcaaaatg cttaagagaa tta 33
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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ctgaacgtga atcttctttt cactgctaat 30
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<211> 30
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<213> Artificial Sequence
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attgaggaaa gcatagaaac agatatagaa 30
<210> 119
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<213> Artificial Sequence
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attgaggaaa gcatagaaac agatatagat 30
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<213> Artificial Sequence
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caaactactt gttaggaaaa ttgttacaag aaaa 34
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<213> Artificial Sequence
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cattagggat taacttccaa cagtttttc 29
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cattagggat taacttccaa cagtttttt 29
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<213> Artificial Sequence
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gaggagcagg tacaatcaat tgggata 27
<210> 124
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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aactagtctt ctttgtgaat aataaagttt tag 33
<210> 125
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aactagtctt ctttgtgaat aataaagttt tat 33
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<213> Artificial Sequence
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gcctatacaa aaatttcaaa caaaaggtaa gcta 34
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<213> Artificial Sequence
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aatcttagtc gagatcactt aatggac 27
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<211> 28
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<213> Artificial Sequence
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caatcttagt cgagatcact taatggat 28
<210> 129
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<213> Artificial Sequence
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gtgcattaga aattttcgta aaaatgtcca tcat 34
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<211> 30
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<213> Artificial Sequence
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aatttcacaa actaacccaa tatccaagaa 30
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<211> 28
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tttcacaaac taacccaata tccaagag 28
<210> 132
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<213> Artificial Sequence
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cacttatcaa aagaaatgaa tcaatcataa gaaaa 35
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<213> Artificial Sequence
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attccttcac ttatctcaat caattatcaa ata 33
<210> 134
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<213> Artificial Sequence
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tccttcactt atctcaatca attatcaaat g 31
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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agaatgctag tgagtttgca tcccaaaa 28
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<211> 28
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<213> Artificial Sequence
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tatcctacat aatggaacca attaaccc 28
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tttatcctac ataatggaac caattaacct 30
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<213> Artificial Sequence
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ggagtattct tgaaatcgtg agatgtgaa 29
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<211> 33
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tttgaaaagg gaaagaacat tgaaataaat atg 33
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<211> 33
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<213> Artificial Sequence
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tttgaaaagg gaaagaacat tgaaataaat ata 33
<210> 141
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 141
cacctattca tattctctta tctcatatta attat 35
<210> 142
<211> 35
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 142
acatttatat atcaattttc aaaatgtacc caaat 35
<210> 143
<211> 34
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 143
catttatata tcaattttca aaatgtaccc aaac 34
<210> 144
<211> 36
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 144
gcatttaatt tagtttgtct ttatttagaa ccaaat 36
<210> 145
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 145
cccttctact gcacacatca ggtggaggga agaaggccca a 41
<210> 146
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 146
ctttttttta acacatcaaa attctctctc ctgtatttac t 41
<210> 147
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 147
atgttgtcaa actttatgtt gataaatttg ttttcttcct t 41
<210> 148
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 148
agatagtgca actacgcaca taatactaac aagtaaaagc t 41
<210> 149
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 149
aaaagacaat tagagattct gatccaattt tttttaattc t 41
<210> 150
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 150
gaagctcttc gtgataggaa actttgtgag ttgtgcctat t 41
<210> 151
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 151
aaatgaatct ctctaatgta ctattttata ccattgaagc t 41
<210> 152
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 152
gcattgatca ttcttccccg aacatcactg ttggggtcac c 41
<210> 153
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 153
tgctctaaaa accctacgat acctctcatc ccacaaaacc c 41
<210> 154
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 154
cctatatata tataaaagaa cagaaaaaaa aggattttga a 41
<210> 155
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 155
gggtacaaaa gaaagagaga caaaaataag taactaagta a 41
<210> 156
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 156
aattacataa ttttacattt cctgatgtaa aaagaatata a 41
<210> 157
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 157
ccagtaggaa ggaaggtgat gcttgttaag gctgttgtcg t 41
<210> 158
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 158
aaaccatggg cacaacgcca taatttcatt catattccct c 41
<210> 159
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 159
gatgcggtga atgatgctcc gaaagctcca gaatttatgg g 41
<210> 160
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 160
atccacaact tcttaaagac ggatgagtta gatgttataa g 41
<210> 161
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 161
tttctcgtaa aacacatgca cattgcagtt gaatgcgtta c 41
<210> 162
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 162
ccacgattat tgtactaaaa aatattagtg atgtaccatt t 41
<210> 163
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 163
aagaaaagaa aaagatgagg aaattccatc acatttcaca t 41
<210> 164
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 164
attagttttt tttatggaaa gtttggattg attcctttgt g 41
<210> 165
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 165
ctatataaga cactaaaaaa aagagaacca cacatgtgtg t 41
<210> 166
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 166
cttctgggta gaatgaatct atgaactctt aatattttgt a 41
<210> 167
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 167
aacaaatagt gtagcattat gcatattgag tggaaaaaag t 41
<210> 168
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 168
tctccacgtg ttgtctcctc gtttcctttc attatataat c 41
<210> 169
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 169
ttcacagtgc cgcaattttt tacgataagt atttttattt g 41
<210> 170
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 170
aaattttgta ctatgctttc gaaaagttag aatctaaaac c 41
<210> 171
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 171
ttcttgcagt tcttattaac tgtcaaagac gaaggcgatt c 41
<210> 172
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 172
tccacattgg aaaaattaag gaacctcaca attttaaaag a 41
<210> 173
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 173
gttgagctat attcatcgct tgaccagtat caattgccaa c 41
<210> 174
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 174
tcttatatac taaaattatt tatattggat cgtagtaata c 41
<210> 175
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 175
cttcaggcag ccccaaatcc ccgaacttct cccagcaggt g 41
<210> 176
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 176
cctgctttct taaacaatct gtagagataa atgtatatag g 41
<210> 177
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 177
atgttatatt atgtcaggct tagaggggga aaatcaaagt a 41
<210> 178
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 178
taactataga atcaataacc taacaacaca tacttcaaca a 41
<210> 179
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 179
tatggcaagg tatattaata ctctgatctc atgtctagtg t 41
<210> 180
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 180
ttagttatct ttctaataga gagtaaatta taagatattt t 41
<210> 181
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 181
aaagcataca atcatgttca taagtaacaa aacaggaaga t 41
<210> 182
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 182
atttatgaat gatggctcga tttcaacatt gaatccaagt t 41
<210> 183
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 183
tcaaaatgct taagagaatt gcattagcag tgaaaagaag a 41
<210> 184
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 184
agcatagaaa cagatataga atgagttttc ttgtaacaat t 41
<210> 185
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 185
attaacttcc aacagttttt cctcttatcc caattgattg t 41
<210> 186
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 186
ctagcttaat atcttctcct ctaaaacttt attattcaca a 41
<210> 187
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 187
cgtaaaaatg tccatcatgc gtccattaag tgatctcgac t 41
<210> 188
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 188
tgaatcaatc ataagaaaag ttcttggata ttgggttagt t 41
<210> 189
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 189
atctcaatca attatcaaat attttgggat gcaaactcac t 41
<210> 190
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 190
cataatggaa ccaattaacc cttcacatct cacgatttca a 41
<210> 191
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 191
aagaacattg aaataaatat gaaataatta atatgagata a 41
<210> 192
<211> 41
<212> DNA
<213> Cucumis sativus
<400> 192
tctttattta gaaccaaatg atttgggtac attttgaaaa t 41

Claims (10)

1.鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP引物组，所述SNP引物组用于分别扩增如下SNP位点组；
所述SNP位点组由如下第一SNP位点到第四十八SNP位点组成：
第一SNP位点，所述第一SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第215528位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二SNP位点，所述第二SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第6591765位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第三SNP位点，所述第三SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第18360230位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第四SNP位点，所述第四SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第19328118位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第五SNP位点，所述第五SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第21471767位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第六SNP位点，所述第六SNP位点位于黄瓜参考基因组第1染色体第26006098位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第七SNP位点，所述第七SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第430448位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第八SNP位点，所述第八SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第6544548位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第九SNP位点，所述第九SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第7082492位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第十SNP位点，所述第十SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第13016733位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十一SNP位点，所述第十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第19736406位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十二SNP位点，所述第十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第2染色体第22890765位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十三SNP位点，所述第十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第3674759位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十四SNP位点，所述第十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第6715343位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第十五SNP位点，所述第十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第8251132位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十六SNP位点，所述第十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第17274568位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第十七SNP位点，所述第十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第28481554位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第十八SNP位点，所述第十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第30072485位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第十九SNP位点，所述第十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第3染色体第31558451位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十SNP位点，所述第二十SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第1284842位，该位点的核苷酸碱基为G或T；
第二十一SNP位点，所述第二十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第14339957位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十二SNP位点，所述第二十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第16172836位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第二十三SNP位点，所述第二十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第20428654位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十四SNP位点，所述第二十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第4染色体第22774845位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十五SNP位点，所述第二十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第1045863位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第二十六SNP位点，所述第二十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第4850607位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第二十七SNP位点，所述第二十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第5787330位，该位点的核苷酸碱基为T或A；
第二十八SNP位点，所述第二十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第11869197位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第二十九SNP位点，所述第二十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第15556517位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十SNP位点，所述第三十SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第23713010位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第三十一SNP位点，所述第三十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第5染色体第24681408位，该位点的核苷酸碱基为C或A；
第三十二SNP位点，所述第三十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第437035位，该位点的核苷酸碱基为G或C；
第三十三SNP位点，所述第三十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第6311543位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十四SNP位点，所述第三十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第7644442位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第三十五SNP位点，所述第三十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第8554160位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第三十六SNP位点，所述第三十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第9796426位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第三十七SNP位点，所述第三十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第11577012位，该位点的核苷酸碱基为T或G；
第三十八SNP位点，所述第三十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第13951516位，该位点的核苷酸碱基为T或A；
第三十九SNP位点，所述第三十九SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第18948506位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十SNP位点，所述第四十SNP位点位于黄瓜参考基因组第6染色体第24605064位，该位点的核苷酸碱基为A或T；
第四十一SNP位点，所述第四十一SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第4474790位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第四十二SNP位点，所述第四十二SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第6777921位，该位点的核苷酸碱基为C或A；
第四十三SNP位点，所述第四十三SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第7779724位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十四SNP位点，所述第四十四SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第9945305位，该位点的核苷酸碱基为T或C；
第四十五SNP位点，所述第四十五SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第10495910位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
第四十六SNP位点，所述第四十六SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第11918569位，该位点的核苷酸碱基为C或T；
第四十七SNP位点，所述第四十七SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第12580918位，该位点的核苷酸碱基为G或A；
第四十八SNP位点，所述第四十八SNP位点位于黄瓜参考基因组第7染色体第14166928位，该位点的核苷酸碱基为A或G；
所述黄瓜参考基因组为ChineseLong V2；
所述SNP引物组包括：
第一SNP引物组，用于扩增所述第一SNP位点；第二SNP引物组，用于扩增所述第二SNP位点；第三SNP引物组，用于扩增所述第三SNP位点；第四SNP引物组，用于扩增所述第四SNP位点；第五SNP引物组，用于扩增所述第五SNP位点；第六SNP引物组，用于扩增所述第六SNP位点；第七SNP引物组，用于扩增所述第七SNP位点；第八SNP引物组，用于扩增所述第八SNP位点；第九SNP引物组，用于扩增所述第九SNP位点；第十SNP引物组，用于扩增所述第十SNP位点；第十一SNP引物组，用于扩增所述第十一SNP位点；第十二SNP引物组，用于扩增所述第十二SNP位点；第十三SNP引物组，用于扩增所述第十三SNP位点；第十四SNP引物组，用于扩增所述第十四SNP位点；第十五SNP引物组，用于扩增所述第十五SNP位点；第十六SNP引物组，用于扩增所述第十六SNP位点；第十七SNP引物组，用于扩增所述第十七SNP位点；第十八SNP引物组，用于扩增所述第十八SNP位点；第十九SNP引物组，用于扩增所述第十九SNP位点；第二十SNP引物组，用于扩增所述第二十SNP位点；第二十一SNP引物组，用于扩增所述第二十一SNP位点；第二十二SNP引物组，用于扩增所述第二十二SNP位点；第二十三SNP引物组，用于扩增所述第二十三SNP位点；第二十四SNP引物组，用于扩增所述第二十四SNP位点；第二十五SNP引物组，用于扩增所述第二十五SNP位点；第二十六SNP引物组，用于扩增所述第二十六SNP位点；第二十七SNP引物组，用于扩增所述第二十七SNP位点；第二十八SNP引物组，用于扩增所述第二十八SNP位点；第二十九SNP引物组，用于扩增所述第二十九SNP位点；第三十SNP引物组，用于扩增所述第三十SNP位点；第三十一SNP引物组，用于扩增所述第三十一SNP位点；第三十二SNP引物组，用于扩增所述第三十二SNP位点；第三十三SNP引物组，用于扩增所述第三十三SNP位点；第三十四SNP引物组，用于扩增所述第三十四SNP位点；第三十五SNP引物组，用于扩增所述第三十五SNP位点；第三十六SNP引物组，用于扩增所述第三十六SNP位点；第三十七SNP引物组，用于扩增所述第三十七SNP位点；第三十八SNP引物组，用于扩增所述第三十八SNP位点；第三十九SNP引物组，用于扩增所述第三十九SNP位点；第四十SNP引物组，用于扩增所述第四十SNP位点；第四十一SNP引物组，用于扩增所述第四十一SNP位点；第四十二SNP引物组，用于扩增所述第四十二SNP位点；第四十三SNP引物组，用于扩增所述第四十三SNP位点；第四十四SNP引物组，用于扩增所述第四十四SNP位点；第四十五SNP引物组，用于扩增所述第四十五SNP位点；第四十六SNP引物组，用于扩增所述第四十六SNP位点；第四十七SNP引物组，用于扩增所述第四十七SNP位点；第四十八SNP引物组，用于扩增所述第四十八SNP位点；
所述SNP引物组应用于标准黄瓜种质，所述标准黄瓜种质选自以下105个黄瓜种质：
北京小刺瓜，CM8537，抚松叶三，青皮八杈，大青 7314-2-6-1-1，辽通密刺，黄铁无刺瓜，bvrc1，前七里黄瓜，叶三白，辽阳叶三，新泰密刺，bvrc2，bvrc3，bvrc4，青岛秋叶儿三，KagaFushinari，Sagami HanpakuFushinariKyuri，AonagaSuyoKyuri，Tsuda，SakataNatsusango，Honshu Aibai，Sekino No. 2，CGN19828，bvrc5，大刺黄瓜，秋黄瓜，冷露，bvrc6，bvrc7，bvrc8，四川白瓜，bvrc9，bvrc10，bvrc11，津研2号，Hok，151G，NemetKigyo，KecskemetiHamvas，M 5，752，Gy 3，Muromskij，AltaiskyRanny，A-C-3，Ames 1208，KlinskyMestnyj，65G，bvrc12，8181，Puerta-Rico #6，1972 B-2，SC 53-B，2163，SC 50，NationalPickle，Spartan Garden MSU-C7-63，GY14，Khiar，Rasht，WJR2930，9748，N2/81，7037A，7088D，7123C，7237A，7354A，AM56，CG6647，RenR12，RenR27，RenR44，RenR54，RenR57，G421，H19，Space Master，京研35，MB，D5，D31，Ou8，秋棚，TrueLemon，WCC8，WI2757，bvrc13，bvrc14，bvrc15，bvrc16，bvrc17，bvrc18，bvrc19，bvrc20，bvrc21，bvrc22，bvrc23，bvrc24，bvrc25，bvrc26，bvrc27，bvrc28，bvrc29。
2.根据权利要求1所述鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP引物组，其特征在于：
所述第一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：145所述序列的片段；
所述第二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：146所述序列的片段；
所述第三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：147所述序列的片段；
所述第四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：148所述序列的片段；
所述第五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：149所述序列的片段；
所述第六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：150所述序列的片段；
所述第七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：151所述序列的片段；
所述第八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：152所述序列的片段；
所述第九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：153所述序列的片段；
所述第十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：154所述序列的片段；
所述第十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：155所述序列的片段；
所述第十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：156所述序列的片段；
所述第十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：157所述序列的片段；
所述第十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：158所述序列的片段；
所述第十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：159所述序列的片段；
所述第十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：160所述序列的片段；
所述第十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：161所述序列的片段；
所述第十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：162所述序列的片段；
所述第十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：163所述序列的片段；
所述第二十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：164所述序列的片段；
所述第二十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：165所述序列的片段；
所述第二十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：166所述序列的片段；
所述第二十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：167所述序列的片段；
所述第二十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：168所述序列的片段；
所述第二十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：169所述序列的片段；
所述第二十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：170所述序列的片段；
所述第二十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：171所述序列的片段；
所述第二十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：172所述序列的片段；
所述第二十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：173所述序列的片段；
所述第三十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：174所述序列的片段；
所述第三十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：175所述序列的片段；
所述第三十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：176所述序列的片段；
所述第三十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：177所述序列的片段；
所述第三十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：178所述序列的片段；
所述第三十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：179所述序列的片段；
所述第三十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：180所述序列的片段；
所述第三十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：181所述序列的片段；
所述第三十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：182所述序列的片段；
所述第三十九SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：183所述序列的片段；
所述第四十SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：184所述序列的片段；
所述第四十一SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：185所述序列的片段；
所述第四十二SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：186所述序列的片段；
所述第四十三SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：187所述序列的片段；
所述第四十四SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：188所述序列的片段；
所述第四十五SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：189所述序列的片段；
所述第四十六SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：190所述序列的片段；
所述第四十七SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：191所述序列的片段；
所述第四十八SNP位点及其上下游碱基的序列为序列表中的SEQ ID NO：192所述序列的片段。
3.根据权利要求1所述SNP引物组，其特征在于：
所述第一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3的核苷酸序列所示；
所述第二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6的核苷酸序列所示；
所述第三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9的核苷酸序列所示；
所述第四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：10、SEQ ID NO：11、SEQ ID NO：12的核苷酸序列所示；
所述第五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：13、SEQ ID NO：14、SEQ ID NO：15的核苷酸序列所示；
所述第六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：16、SEQ ID NO：17、SEQ ID NO：18的核苷酸序列所示；
所述第七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：19、SEQ ID NO：20、SEQ ID NO：21的核苷酸序列所示；
所述第八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：22、SEQ ID NO：23、SEQ ID NO：24的核苷酸序列所示；
所述第九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：25、SEQ ID NO：26、SEQ ID NO：27的核苷酸序列所示；
所述第十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：28、SEQ ID NO：29、SEQ ID NO：30的核苷酸序列所示；
所述第十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：31、SEQ ID NO：32、SEQ ID NO：33的核苷酸序列所示；
所述第十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：34、SEQ ID NO：35、SEQ ID NO：36的核苷酸序列所示；
所述第十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：37、SEQ ID NO：38、SEQ ID NO：39的核苷酸序列所示；
所述第十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：40、SEQ ID NO：41、SEQ ID NO：42的核苷酸序列所示；
所述第十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：43、SEQ ID NO：44、SEQ ID NO：45的核苷酸序列所示；
所述第十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：46、SEQ ID NO：47、SEQ ID NO：48的核苷酸序列所示；
所述第十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：49、SEQ ID NO：50、的SEQ ID NO：51的核苷酸序列所示；
所述第十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：52、SEQ ID NO：53、SEQ ID NO：54的核苷酸序列所示；
所述第十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：55、SEQ ID NO：56、SEQ ID NO：57的核苷酸序列所示；
所述第二十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：58、SEQ ID NO：59、SEQ ID NO：60的核苷酸序列所示；
所述第二十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：61、SEQ ID NO：62、SEQ ID NO：63的核苷酸序列所示；
所述第二十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：64、SEQ ID NO：65、SEQ ID NO：66的核苷酸序列所示；
所述第二十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：67、SEQ ID NO：68、SEQ ID NO：69的核苷酸序列所示；
所述第二十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：70、SEQ ID NO：71、SEQ ID NO：72的核苷酸序列所示；
所述第二十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：73、SEQ ID NO：74、SEQ ID NO：75的核苷酸序列所示；
所述第二十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：76、SEQ ID NO：77、SEQ ID NO：78的核苷酸序列所示；
所述第二十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：79、SEQ ID NO：80、SEQ ID NO：81的核苷酸序列所示；
所述第二十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：82、SEQ ID NO：83、SEQ ID NO：84的核苷酸序列所示；
所述第二十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：85、SEQ ID NO：86、SEQ ID NO：87的核苷酸序列所示；
所述第三十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：88、SEQ ID NO：89、SEQ ID NO：90的核苷酸序列所示；
所述第三十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：91、SEQ ID NO：92、SEQ ID NO：93的核苷酸序列所示；
所述第三十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：94、SEQ ID NO：95、SEQ ID NO：96的核苷酸序列所示；
所述第三十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：97、SEQ ID NO：98、SEQ ID NO：99的核苷酸序列所示；
所述第三十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：100、SEQ ID NO：101、SEQ ID NO：102的核苷酸序列所示；
所述第三十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：103、SEQ ID NO：104、SEQ ID NO：105的核苷酸序列所示；
所述第三十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：106、SEQ ID NO：107、SEQ ID NO：108的核苷酸序列所示；
所述第三十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：109、SEQ ID NO：110、SEQ ID NO：111的核苷酸序列所示；
所述第三十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：112、SEQ ID NO：113、SEQ ID NO：114的核苷酸序列所示；
所述第三十九SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：115、SEQ ID NO：116、SEQ ID NO：117的核苷酸序列所示；
所述第四十SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：118、SEQ ID NO：119、SEQ ID NO：120的核苷酸序列所示；
所述第四十一SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：121、SEQ ID NO：122、SEQ ID NO：123的核苷酸序列所示；
所述第四十二SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：124、SEQ ID NO：125、SEQ ID NO：126的核苷酸序列所示；
所述第四十三SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：127、SEQ ID NO：128、SEQ ID NO：129的核苷酸序列所示；
所述第四十四SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：130、SEQ ID NO：131、SEQ ID NO：132的核苷酸序列所示；
所述第四十五SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：133、SEQ ID NO：134、SEQ ID NO：135的核苷酸序列所示；
所述第四十六SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：136、SEQ ID NO：137、SEQ ID NO：138的核苷酸序列所示；
所述第四十七SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：139、SEQ ID NO：140、SEQ ID NO：141的核苷酸序列所示；
所述第四十八SNP引物组，第一上游引物的特异性部分、第二上游引物的特异性部分和下游引物分别如序列表中的SEQ ID NO：142、SEQ ID NO：143、SEQ ID NO：144的核苷酸序列所示。
4.根据权利要求3所述SNP引物组，其特征在于：每组所述引物组中的第一上游引物和第二上游引物连接有不同的荧光分子。
5.根据权利要求4所述SNP引物组，其特征在于：所述荧光分子选自ROX、TAMRA、FAM、HEX。
6.鉴定黄瓜种质真实性的核心SNP试剂盒，其特征在于：所述SNP试剂盒配制为竞争性等位基因特异性PCR反应体系；所述PCR反应体系包括：
权利要求3-5中任一项所述SNP引物组；
所述SNP引物组中，每个引物组的第一上游引物、第二上游引物、下游引物在所述体系中浓度之比为2:2:5。
7.一种基于核心SNP标记的标准黄瓜种质DNA指纹数据库的应用，其特征在于，所述DNA指纹数据库包括：标准黄瓜种质的如权利要求1所述SNP位点组的基因型，
所述标准黄瓜种质选自以下105个黄瓜种质：
北京小刺瓜，CM8537，抚松叶三，青皮八杈，大青 7314-2-6-1-1，辽通密刺，黄铁无刺瓜，bvrc1，前七里黄瓜，叶三白，辽阳叶三，新泰密刺，bvrc2，bvrc3，bvrc4，青岛秋叶儿三，KagaFushinari，Sagami HanpakuFushinariKyuri，AonagaSuyoKyuri，Tsuda，SakataNatsusango，Honshu Aibai，Sekino No. 2，CGN19828，bvrc5，大刺黄瓜，秋黄瓜，冷露，bvrc6，bvrc7，bvrc8，四川白瓜，bvrc9，bvrc10，bvrc11，津研2号，Hok，151G，NemetKigyo，KecskemetiHamvas，M 5，752，Gy 3，Muromskij，AltaiskyRanny，A-C-3，Ames 1208，KlinskyMestnyj，65G，bvrc12，8181，Puerta-Rico #6，1972 B-2，SC 53-B，2163，SC 50，NationalPickle，Spartan Garden MSU-C7-63，GY14，Khiar，Rasht，WJR2930，9748，N2/81，7037A，7088D，7123C，7237A，7354A，AM56，CG6647，RenR12，RenR27，RenR44，RenR54，RenR57，G421，H19，Space Master，京研35，MB，D5，D31，Ou8，秋棚，TrueLemon，WCC8，WI2757，bvrc13，bvrc14，bvrc15，bvrc16，bvrc17，bvrc18，bvrc19，bvrc20，bvrc21，bvrc22，bvrc23，bvrc24，bvrc25，bvrc26，bvrc27，bvrc28，bvrc29。
8.一种基于核心SNP标记的标准黄瓜种质DNA指纹数据库的构建方法，其特征在于，所述构建方法包括，
PCR反应步骤：采用权利要求6所述PCR反应体系，对权利要求1中所述标准黄瓜种质进行竞争性等位基因特异性PCR扩增反应，得到PCR反应产物；
SNP位点基因型获得步骤：对所述PCR反应产物进行检测，得到所述SNP位点的基因型；
所述检测为荧光信号检测或直接测序。
9.一种鉴定黄瓜种质真实性的检测方法，其特征在于，所述检测方法包括以下步骤：
步骤一：检测待测黄瓜的如权利要求1所述SNP位点组的基因型；
步骤二：所述待测黄瓜的种质判定：
如果所述待测黄瓜基于权利要求1所述SNP位点组中的48个SNP位点的基因型和权利要求7所述数据库的标准黄瓜种质中的某指定种质的基于权利要求1所述SNP位点组中的48个SNP位点的基因型的差异位点数为0-2，则待测黄瓜与该指定种质判定为相似的种质；
如果所述待测黄瓜基于权利要求1所述SNP位点组中的48个SNP位点的基因型和权利要求7所述数据库的标准黄瓜种质中的某指定种质的基于权利要求1所述SNP位点组中的48个SNP位点的基因型的差异位点数为2个以上，则待测黄瓜与该指定种质判定为不同的黄瓜种质；
所述判定的结果是根据聚类分析得到的。
10.权利要求1-5中任一项所述SNP引物组，或权利要求6所述SNP试剂盒，或权利要求7的所述DNA指纹数据库，或权利要求8所述构建方法得到的DNA指纹数据库，或权利要求9所述检测方法，在以下X1或X2中的应用：
X1：鉴定待测黄瓜的种质是否属于标准黄瓜种质中的某一种；
X2：鉴定待测黄瓜的种质具体为标准黄瓜种质中的哪一种。
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