CN111363804A - Joubert综合征的检测方法、检测组合物及检测试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种Joubert综合征的检测方法、检测组合物及检测试剂盒，针对Joubert综合征筛选得到TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的多个SNP位点，基于该编码区和多个SNP位点可以在二代测序平台建立一种通用性强、诊断率高、成本低的胚胎植入前遗传学检测的方法。通过检测受检样本的上述编码区和SNP位点的序列信息，并进行分析比对即可确定胚胎的Joubert综合征检测结果。除了编码区，该方案在TMEM231基因上下游共选择了208个SNP进行分析，通用性非常高，能够一次性对大量样品进行分析，结果可信度高，检测成本较低。
Description
技术领域
本发明涉及基因检测领域，特别是涉及一种Joubert综合征的检测方法、检测组合物及检测试剂盒。
背景技术
Joubert综合征是一种常染色体隐性遗传病，以小脑蚓部发育不全为特征，伴有低张力、发育迟缓，在脑影像学上表现为“磨牙征”。本病主要的临床表现有肌张力减低、共济失调、发育落后、智力障碍、眼球运动异常、呼吸节律异常，此外常合并视网膜、肾脏、肝脏、骨骼等多器官受累。迄今为止，Joubert综合征已发现20余种致病基因，TMEM231基因是Joubert综合征20型的致病基因。Joubert综合征20型通常在出生时发病，主要临床表现为眼球运动障碍、呼吸异常、严重的精神运动发育迟缓，并可能伴有视网膜病变、肾囊肿、多指(趾)、并指(趾)和攻击性行为等。
目前对Joubert综合征尚无有效的特异性治疗方案，甚至没有足够有效的手段来延缓疾病的进程，疾病给患儿及其家庭造成了很大的精神及经济压力，对TMEM231基因突变携带者进行产期诊断或胚胎植入前遗传学检测(Preimplantation genetic testing，PGT)，是预防Joubert综合征出生缺陷的有效手段。PGT是指当胚胎在体外发育至卵裂期或囊胚期时，活检若干细胞进行遗传学检测，最终选择无患病风险的胚胎植入母体子宫，从而达到生育健康后代的目的。PGT可有效避免因妊娠遗传病胎儿而终止妊娠所带来的身心伤害，越来越成为有生育遗传病高风险胎儿夫妇的首选，但目前尚未发现针对TMEM231基因的PGT检测方法的报道。
发明内容
基于此，有必要提供一种通用性强、诊断率高、成本低的胚胎植入前Joubert综合征的检测方法、检测组合物及检测试剂盒。
一种胚胎植入前的Joubert综合征的检测方法，包括以下步骤：
获取胚胎的基因组DNA；
检测所述基因组DNA中TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息，所述TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点包括Chr16:73606552、Chr16:73621018、Chr16:73714552、Chr16:73737458、Chr16:73757085、Chr16:73774320、Chr16:73790992、Chr16:73816033、Chr16:73835711、Chr16:73855906、Chr16:73875375、Chr16:73899351、Chr16:73918075、Chr16:73934159、Chr16:73952468、Chr16:73964937、Chr16:73988101、Chr16:73996572、Chr16:74007155、Chr16:74044995、Chr16:74067414、Chr16:74076251、Chr16:74080345、Chr16:74082073、Chr16:74087813、Chr16:74094497、Chr16:74097265、Chr16:74100830、Chr16:74112385、Chr16:74113334、Chr16:74125365、Chr16:74127282、Chr16:74148931、Chr16:74166990、Chr16:74177394、Chr16:74186766、Chr16:74190121、Chr16:74199283、Chr16:74204018、Chr16:74216325、Chr16:74222798、Chr16:74236491、Chr16:74239880、Chr16:74244731、Chr16:74253367、Chr16:74266562、Chr16:74272729、Chr16:74303890、Chr16:74333736、Chr16:74349042、Chr16:74465752、Chr16:74472545、Chr16:74475189、Chr16:74486188、Chr16:74503257、Chr16:74524111、Chr16:74657484、Chr16:74664809、Chr16:74670457、Chr16:74701359、Chr16:74713053、Chr16:74753078、Chr16:74759318、Chr16:74778005、Chr16:74783479、Chr16:74792858、Chr16:74798793、Chr16:74812675、Chr16:74821743、Chr16:74850911、Chr16:74873926、Chr16:74885719、Chr16:74905731、Chr16:74922482、Chr16:74937827、Chr16:74955672、Chr16:74977869、Chr16:74993202、Chr16:75034588、Chr16:75045624、Chr16:75123993、Chr16:75140011、Chr16:75145537、Chr16:75204442、Chr16:75204442、Chr16:75234702、Chr16:75255128、Chr16:75301973、Chr16:75307276、Chr16:75313484、Chr16:75336678、Chr16:75346974、Chr16:75367584、Chr16:75396990、Chr16:75422902、Chr16:75428305、Chr16:75436560、Chr16:75451757、Chr16:75481770、Chr16:75495571、Chr16:75506695、Chr16:75521029、Chr16:75528510、Chr16:75566584、Chr16:75571922、Chr16:75573859-75574110、Chr16:75575206-75575397、Chr16:75576341-75576598、Chr16:75576558-75576745、Chr16:75579179-75579451、Chr16:75579638-75579912、Chr16:75589572-75589830、Chr16:75589767-75590017、Chr16:75590072-75590219、Chr16:75589931、Chr16:75606386、Chr16:75607028、Chr16:75637848、Chr16:75646575、Chr16:75656906、Chr16:75660158、Chr16:75677026、Chr16:75728367、Chr16:75731169、Chr16:75767698、Chr16:75787355、Chr16:75791765、Chr16:75800026、Chr16:75806125、Chr16:75950560、Chr16:75997349、Chr16:75998738、Chr16:76006040、Chr16:76009340、Chr16:76010597、Chr16:76014387、Chr16:76014947、Chr16:76023648、Chr16:76027507、Chr16:76028176、Chr16:76029075、Chr16:76031736、Chr16:76035262、Chr16:76036152、Chr16:76037542、Chr16:76038263、Chr16:76042306、Chr16:76044722、Chr16:76046217、Chr16:76051156、Chr16:76054348、Chr16:76055856、Chr16:76071982、Chr16:76116545、Chr16:76130804、Chr16:76140959、Chr16:76147775、Chr16:76155776、Chr16:76159107、Chr16:76200445、Chr16:76236911、Chr16:76240508、Chr16:76255980、Chr16:76262615、Chr16:76271567、Chr16:76320904、Chr16:76325855、Chr16:76330956、Chr16:76345647、Chr16:76356359、Chr16:76374357、Chr16:76380196、Chr16:76386126、Chr16:76393740、Chr16:76399869、Chr16:76404866、Chr16:76414691、Chr16:76418710、Chr16:76431066、Chr16:76445398、Chr16:76467474、Chr16:76474588、Chr16:76486240、Chr16:76489510、Chr16:76505989、Chr16:76512267、Chr16:76516903、Chr16:76519826、Chr16:76525169、Chr16:76530194、Chr16:76535067、Chr16:76547688、Chr16:76554486、Chr16:76561981、Chr16:76573094、Chr16:76576562、Chr16:76582595、Chr16:76589468、Chr16:76621804、Chr16:76649809、Chr16:76718634、Chr16:76786930、Chr16:76803669、Chr16:76825362、Chr16:76844154、Chr16:76883565、Chr16:76901077、Chr16:77130002、Chr16:77188566、Chr16:77238043、Chr16:77264652、Chr16:77284322、Chr16:77306080、Chr16:77387150、Chr16:77406730、Chr16:77504522和Chr16:77554753；
比对分析所述序列信息以确定所述胚胎是否具有Joubert综合征。
在其中一个实施例中，检测所述序列信息的步骤包括以下步骤：利用能分别特异性扩增TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的多对引物对所述基因组DNA进行多重PCR得到扩增产物，对所述扩增产物进行测序以得到所述序列信息。
在其中一个实施例中，所述引物选自SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434中的至少一个。
在其中一个实施例中，所述比对分析的步骤包括以下步骤：将所述序列信息与亲代双方的DNA序列进行比对，分析所述胚胎的单体型。
在其中一个实施例中，所述比对分析的步骤还包括以下步骤：将所述序列信息与人类基因组参考序列进行比对，分析SNP覆盖倍数和基因型。
在其中一个实施例中，获取所述基因组DNA的步骤包括以下步骤：对发育至卵裂期或囊胚期的胚胎进行细胞活检，并对活检细胞中的DNA进行全基因组扩增。
一种用于检测Joubert综合征的检测组合物，包括能够分别检测上述TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息的多个检测剂。
在其中一个实施例中，所述检测剂为PCR引物，所述检测剂选自SEQ ID NO：1～SEQID NO：434中的至少一个。
一种用于检测Joubert综合征的检测试剂盒，包括上述检测组合物和用于文库构建的反应试剂。
在其中一个实施例中，所述反应试剂选自多重PCR聚合酶、DNA连接酶、末端修复酶、dNTPs和PCR缓冲液中的一种或多种。
本发明针对Joubert综合征筛选得到TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的多个SNP位点，基于该编码区和多个SNP位点可以在二代测序平台建立一种通用性强、诊断率高、成本低的胚胎植入前遗传学检测的方法。通过检测受检样本的上述编码区和SNP位点的序列信息，并进行分析比对即可确定胚胎的Joubert综合征检测结果。除了编码区，该方案在TMEM231基因上下游共选择了208个SNP进行分析，通用性非常高，省去了细胞水平预实验，基于高通量测序技术，能够一次性对大量样品进行分析，平均测序深度可达100X以上，结果可信度高，检测成本较低。
具体实施方式
为了便于理解本发明，下面将对本发明进行更全面的描述，并给出了本发明的较佳实施例。但是，本发明可以以许多不同的形式来实现，并不限于本文所描述的实施例。相反地，提供这些实施例的目的是使对本发明的公开内容的理解更加透彻全面。
除非另有定义，本文所使用的所有的技术和科学术语与属于本发明的技术领域的技术人员通常理解的含义相同。本文中在本发明的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不是旨在于限制本发明。本文所使用的术语“和/或”包括一个或多个相关的所列项目的任意的和所有的组合。
在本发明中，读段(reads)是指测序获得的序列片段；单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性；单体型(Haplotype)指位于一条染色体特定区域的一组相互关联，并倾向于以整体遗传给后代的单核苷酸多态的组合，又称单倍体型或单元型；测序深度即例如在一个实施方案中，测序深度为1000X，则代表该条特异PCR扩增产物被测序1000次。
本发明一实施例的胚胎植入前的Joubert综合征的检测方法，包括以下步骤S1～S3：
S1、获取胚胎的基因组DNA。
S2、检测基因组DNA中TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息，TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点包括Chr16:73606552、Chr16:73621018、Chr16:73714552、Chr16:73737458、Chr16:73757085、Chr16:73774320、Chr16:73790992、Chr16:73816033、Chr16:73835711、Chr16:73855906、Chr16:73875375、Chr16:73899351、Chr16:73918075、Chr16:73934159、Chr16:73952468、Chr16:73964937、Chr16:73988101、Chr16:73996572、Chr16:74007155、Chr16:74044995、Chr16:74067414、Chr16:74076251、Chr16:74080345、Chr16:74082073、Chr16:74087813、Chr16:74094497、Chr16:74097265、Chr16:74100830、Chr16:74112385、Chr16:74113334、Chr16:74125365、Chr16:74127282、Chr16:74148931、Chr16:74166990、Chr16:74177394、Chr16:74186766、Chr16:74190121、Chr16:74199283、Chr16:74204018、Chr16:74216325、Chr16:74222798、Chr16:74236491、Chr16:74239880、Chr16:74244731、Chr16:74253367、Chr16:74266562、Chr16:74272729、Chr16:74303890、Chr16:74333736、Chr16:74349042、Chr16:74465752、Chr16:74472545、Chr16:74475189、Chr16:74486188、Chr16:74503257、Chr16:74524111、Chr16:74657484、Chr16:74664809、Chr16:74670457、Chr16:74701359、Chr16:74713053、Chr16:74753078、Chr16:74759318、Chr16:74778005、Chr16:74783479、Chr16:74792858、Chr16:74798793、Chr16:74812675、Chr16:74821743、Chr16:74850911、Chr16:74873926、Chr16:74885719、Chr16:74905731、Chr16:74922482、Chr16:74937827、Chr16:74955672、Chr16:74977869、Chr16:74993202、Chr16:75034588、Chr16:75045624、Chr16:75123993、Chr16:75140011、Chr16:75145537、Chr16:75204442、Chr16:75204442、Chr16:75234702、Chr16:75255128、Chr16:75301973、Chr16:75307276、Chr16:75313484、Chr16:75336678、Chr16:75346974、Chr16:75367584、Chr16:75396990、Chr16:75422902、Chr16:75428305、Chr16:75436560、Chr16:75451757、Chr16:75481770、Chr16:75495571、Chr16:75506695、Chr16:75521029、Chr16:75528510、Chr16:75566584、Chr16:75571922、Chr16:75573859-75574110、Chr16:75575206-75575397、Chr16:75576341-75576598、Chr16:75576558-75576745、Chr16:75579179-75579451、Chr16:75579638-75579912、Chr16:75589572-75589830、Chr16:75589767-75590017、Chr16:75590072-75590219、Chr16:75589931、Chr16:75606386、Chr16:75607028、Chr16:75637848、Chr16:75646575、Chr16:75656906、Chr16:75660158、Chr16:75677026、Chr16:75728367、Chr16:75731169、Chr16:75767698、Chr16:75787355、Chr16:75791765、Chr16:75800026、Chr16:75806125、Chr16:75950560、Chr16:75997349、Chr16:75998738、Chr16:76006040、Chr16:76009340、Chr16:76010597、Chr16:76014387、Chr16:76014947、Chr16:76023648、Chr16:76027507、Chr16:76028176、Chr16:76029075、Chr16:76031736、Chr16:76035262、Chr16:76036152、Chr16:76037542、Chr16:76038263、Chr16:76042306、Chr16:76044722、Chr16:76046217、Chr16:76051156、Chr16:76054348、Chr16:76055856、Chr16:76071982、Chr16:76116545、Chr16:76130804、Chr16:76140959、Chr16:76147775、Chr16:76155776、Chr16:76159107、Chr16:76200445、Chr16:76236911、Chr16:76240508、Chr16:76255980、Chr16:76262615、Chr16:76271567、Chr16:76320904、Chr16:76325855、Chr16:76330956、Chr16:76345647、Chr16:76356359、Chr16:76374357、Chr16:76380196、Chr16:76386126、Chr16:76393740、Chr16:76399869、Chr16:76404866、Chr16:76414691、Chr16:76418710、Chr16:76431066、Chr16:76445398、Chr16:76467474、Chr16:76474588、Chr16:76486240、Chr16:76489510、Chr16:76505989、Chr16:76512267、Chr16:76516903、Chr16:76519826、Chr16:76525169、Chr16:76530194、Chr16:76535067、Chr16:76547688、Chr16:76554486、Chr16:76561981、Chr16:76573094、Chr16:76576562、Chr16:76582595、Chr16:76589468、Chr16:76621804、Chr16:76649809、Chr16:76718634、Chr16:76786930、Chr16:76803669、Chr16:76825362、Chr16:76844154、Chr16:76883565、Chr16:76901077、Chr16:77130002、Chr16:77188566、Chr16:77238043、Chr16:77264652、Chr16:77284322、Chr16:77306080、Chr16:77387150、Chr16:77406730、Chr16:77504522和Chr16:77554753。
S3、比对分析序列信息以确定胚胎是否具有Joubert综合征。
根据欧洲人类生殖与胚胎协会(ESHRE)“对于以扩增为基础的PGD实践指南”(2011年版)，建议单基因遗传病的植入前遗传学检测，采用突变检测联合单体型分析的策略，以保证胚胎检测结果的准确度。在胚胎水平进行基因检测的常见方法有多重巢式PCR及Karyomapping技术。多重巢式PCR法需要预先筛选出杂合的短串联重复序列(STR)，然后在淋巴细胞水平建立包含突变位点和杂合STR位点的多重PCR体系，并在细胞水平评估各位点扩增效率及等位基因脱扣率，合格后才能应用于胚胎检测。由于STR数量有限，且人群中杂合频率不同，所以多重巢式PCR法设计较为个性化，通用性较低。个性化强也意味着工作量大，检测周期长。
相较于STR位点，单核苷酸多态位点(SNP)数量多分布广，在人群中的发生频率超过1％，其总数达300万个，平均1个/3Kb，在高通量测序平台易实现自动化分析。Karyomapping技术即通过SNP连锁分析间接排除基因缺陷。该芯片上有30万个SNP探针用于全基因组的连锁分析，是一种综合的通用的单基因病PGD技术。但是Karyomapping不能检测基因突变，所以必须要有先证者样本或合适的家系成员样本。如果没有足够的家系样本，则需要额外增加突变检测。因此临床上急需开发一种既能快速完成检测，又能涵盖基因内及上下游足够多SNP位点的方法，用于判断胚胎基因型。
TMEM231基因定位于16q23.1，全长178144bp，含7个外显子。TMEM231是一种跨膜蛋白，定位于纤毛过渡区纤毛膜处，其突变导致胞内信号受损。本发明针对Joubert综合征筛选得到TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的多个SNP位点，基于该编码区和多个SNP位点可以在二代测序平台建立一种通用性强、诊断率高、成本低的胚胎植入前遗传学检测的方法。通过检测受检样本的上述编码区和SNP位点的序列信息，并进行分析比对即可确定胚胎的Joubert综合征检测结果。除了编码区，该方案在TMEM231基因上下游共选择了208个SNP进行分析，通用性非常高，省去了细胞水平预实验，基于高通量测序技术，能够一次性对大量样品进行分析，平均测序深度可达100X以上，结果可信度高，检测成本较低。
可以理解，该检测方法的检测对象是未植入子宫的胚胎，不是以有生命的人体或者动物体为对象，其检测结果也不涉及其亲代双方的疾病诊断结果，因此不属于疾病的诊断和治疗方法。
本发明上述SNP位点基于以下筛选原则，并结合长期试验优化最终确定：
(1)高频SNP选取自千人基因组计划数据库
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/)；
(2)最小等位基因频率均大于0.2的高频SNP位点；
(3)去除多聚核苷酸(polyN)和位点上下游50bp序列中GC含量>70％的SNP位点；
(4)去除上下游50bp序列比对到人类基因组hg19有多个位置的SNP位点(即去除同源性高的SNP位点)；
(5)SNP选取范围：优先选择基因内及上下游1Mb以内的SNP位点，若1Mb以内的SNP数量少，可适当扩大范围，如上下游各2Mb。
在一个具体示例中，检测上述序列信息的步骤包括以下步骤：利用能分别特异性扩增TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的多对引物对基因组DNA进行多重PCR得到扩增产物，对扩增产物进行测序以得到序列信息。可以理解，检测上述序列信息的方法不限于此，本领域技术人员可根据需要选择。
在一个具体示例中，上述引物选自SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434中的至少一个。优选地，上述引物包括SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434。本发明所设计筛选得到的上述引物特异性高，具有相近的退火温度，PCR产物片段大小均在125bp～275bp范围内。编码区及SNP位点在chr16上的位置及对应217对引物的序列如表1所示，其中序号1～105为TMEM231基因下游2M以内的SNP位点及引物对，序号106～114为TMEM231基因编码区及引物对，序号115～217为TMEM231基因上游2M以内的SNP位点及引物对。通过217对引物混合到一个PCR反应管中，进行217重反应，将受检样本的TMEM231基因编码区及上下游SNP位点都扩增下来。
表1 SNP位点及引物序列表
在一个具体示例中，上述获取基因组DNA的步骤包括以下步骤：对发育至卵裂期或囊胚期的胚胎进行细胞活检，并对活检细胞中的DNA进行全基因组扩增。
在一个具体示例中，上述比对分析的步骤包括以下步骤：将上述序列信息与亲代双方的DNA序列进行比对，分析胚胎的单体型。
在一个具体示例中，上述比对分析的步骤还包括以下步骤：将上述序列信息与人类基因组参考序列进行比对，分析SNP覆盖倍数和基因型。可以理解，人类基因组参考序列可以来自公共数据库。具体地，人类基因组参考序列可以是NCBI或者UCSC数据库中的人类基因组参考序列如hg19、hg38等人类参考基因组序列。
可以理解，亲代双方的DNA序列也可通过对亲代双方的DNA样本进行测序得到。可选地，亲代双方的DNA样本选自外周血基因组DNA、精液DNA、口腔粘膜细胞DNA和细胞全基因组扩增产物中的一种或多种。优选地，每份DNA样本中的DNA含量大于500ng。
在一个具体示例中，测序的方法为Ion Torrent PGM或Illumina Miseq，按照其对应的标准建库流程进行建库。测序分析时序列比对可以通过任何一种序列比对程序，例如采用本领域技术人员可获得的BWA(Burrow-Wheeler-Aligner)进行比对，将读段与参考基因组序列比对，得到读段在参考基因组上的位置。数据分析时可利用trimmomatic软件对Illumina等测序仪产生的原始数据去除接头序列，BWA软件比对到人类参考基因组，最后分析单体型SNP位点覆盖倍数和基因型。
本发明一实施例的用于检测Joubert综合征的检测组合物，包括能够分别检测上述TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息的多个检测剂。
可选地，检测剂为PCR引物，且选自SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434中的至少一个。可以理解，检测剂不限于此，例如也可以是探针等。
本发明一实施例的用于检测Joubert综合征的检测试剂盒，包括上述检测组合物和用于文库构建的反应试剂。
在一个具体示例中，用于文库构建的反应试剂选自多重PCR聚合酶、DNA连接酶、末端修复酶、dNTPs和PCR缓冲液中的一种或多种。可以理解，不限于此，试剂盒可以根据需要增减各种试剂。
在一个具体示例中，检测试剂盒还包括标签序列，当待测的DNA分子来自多个受试样品时，每个样品可以被加上不同的标签序列(barcode)，以用于在测序过程中进行样品的区分，从而实现同时对多个样品进行测序。
以下为具体实施例。
实施例1
一对夫妇疑似有Joubert综合征20型患儿生育史，基因检测结果提示双方TMEM231基因(NM_001077416.2)均存在c.328delG(Glu110Serfs*83)杂合变异。该对夫妻申请针对上述致病突变进行胚胎植入前遗传学检测(PGT)，生育健康后代。
由于引产胎儿遗传物质不足，故采集男女方双方父母血样进行遗传学检测，结果提示，男女方所携带突变均遗传自各男方母亲和女方父亲，通过家系信息明确了男女方的风险染色体单体型。
该夫妇经PGD助孕，获得3枚胚胎(P1390-QFT-1～P1390-QFT-3)，胚胎发育至囊胚期进行滋养层细胞活检，活检细胞经全基因组扩增后，进一步检测TMEM231基因已知变异及单体型。
3枚胚胎中，1枚为正常，1枚为父源突变携带者，1枚为患者。该对夫妇移植了一枚正常胚胎，孕16周行产前超声诊断和基因诊断，B超提示胎儿发育正常，遗传学检测提示胎儿TMEM231基因不存在c.328delG突变，与PGT结果一致。
以下为植入前遗传学检测过程：
1、建库和测序
利用上述PCR引物(SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434)按照Illumina标准建库流程对活检细胞全基因组扩增产物进行建库，用Miseq测序仪进行测序。
2、比对与统计
利用trimmomatic软件对Illumina测序仪产生的原始数据去除接头序列，用BWA软件比对到人类hg19参考基因组，最后分析单体型SNP覆盖倍数和基因型。
3、结果分析
检测结果如表2所示，其中，F0表示男方风险染色体，F1表示男方正常染色体；M0表示女方风险染色体，M1表示女方正常染色体。
表2检测结果
质控结果如表3所示，可见平均测序深度均在100×以上，30×覆盖度均在70％以上，100×覆盖度均在50％以上，质控合格。
表3高通量测序质控
一代验证突变检测结果如表4所示，其中，Hom表示此突变位点为纯合突变，Het表示此突变位点为杂合突变，Hemi表示此突变位点为半合子突变，Normal表示此位点未检出突变。
表4一代验证突变检测
高通量测序突变检测结果如表5所示，由于设计方案覆盖了TMEM231基因全部的编码区，所以发生在编码区的基因突变，可以有效地检测到，并且测序深度均大于100×。
表5高通量测序突变检测
SNP单体型(节选部分SNP位点展示)如表6所示，其中，F0表示男方风险染色体，F1表示男方正常染色体；M0表示女方风险染色体，M1表示女方正常染色体。
表6 SNP单体型
实施例2
采用相同检测方法在16人份样本中进行测试，通过标准设定为基因两侧各有2个以上有效SNP，16名受检者通过率100％，说明本发明Joubert综合征的检测方法通用性和准确性较高。
以上所述实施例的各技术特征可以进行任意的组合，为使描述简洁，未对上述实施例中的各个技术特征所有可能的组合都进行描述，然而，只要这些技术特征的组合不存在矛盾，都应当认为是本说明书记载的范围。
以上所述实施例仅表达了本发明的几种实施方式，其描述较为具体和详细，但并不能因此而理解为对发明专利范围的限制。应当指出的是，对于本领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明构思的前提下，还可以做出若干变形和改进，这些都属于本发明的保护范围。因此，本发明专利的保护范围应以所附权利要求为准。
序列表
<110> 中信湘雅生殖与遗传专科医院有限公司
北京嘉宝仁和医疗科技有限公司
<120> Joubert综合征的检测方法、检测组合物及检测试剂盒
<160> 434
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
gaaggcaaca taaagctgtc ttgag 25
<210> 2
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gggagatgat tttatttttg aaatgcccat 30
<210> 3
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tgatgtcttc caaagaatgc tgaatact 28
<210> 4
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
tgccgatgtt aaggcattgt cata 24
<210> 5
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
aggaaatgac tgaaaggaat ttggga 26
<210> 6
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
cagatgaagc aaaggtacaa ttaaatccaa 30
<210> 7
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
aaaaataggt ttggttggtt caaataggaa 30
<210> 8
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ccgggactct taaatctttc ttactca 27
<210> 9
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
ccaaagtggc tcaatcctac ttca 24
<210> 10
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
cagcactgga atcaatatca ttatagctga 30
<210> 11
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
actgggcttg ctttgtgtca tta 23
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
gatttgagaa gcaaagggcc aaa 23
<210> 13
<211> 30
<212> DNA
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<400> 13
tggttaaact actgcagtga taaatccaat 30
<210> 14
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
ctgctctttg tttctctgtc ctct 24
<210> 15
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 15
ccctggaagt tgagaaaagt tcaga 25
<210> 16
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 16
gattcaccta cccaacaaaa cagag 25
<210> 17
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 17
tgaattacct ttacaaattc cagaagtggt 30
<210> 18
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 18
cctgcccttc ttttgactaa gctatta 27
<210> 19
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ctttgtaaag gcaccactca catg 24
<210> 20
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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attctggtga ctttttattg tactggaca 29
<210> 21
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 21
gttcagtgaa cccaagagcc at 22
<210> 22
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 23
caaataggcc atgcagagat gttaag 26
<210> 24
<211> 28
<212> DNA
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<400> 24
agtgagtggg aggaagaaaa taaacaag 28
<210> 25
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 25
gagtaacagc tttcgttaca catttttgt 29
<210> 26
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 26
cttctttatt ggcccacata accaattttt 30
<210> 27
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 27
acatcatgaa aatgacagtg tggtaga 27
<210> 28
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 28
agtctcagga ttaatttgaa acgggaat 28
<210> 29
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 29
cgatgcctcc tgagggttta at 22
<210> 30
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 30
aaaatgcatg agtgtacctc acgta 25
<210> 31
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 31
ggtagcatag agaactatgt ggtagct 27
<210> 32
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 32
tgaagttagt atctttcaga gaggaacagt 30
<210> 33
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 33
ggaaagaaga ctggatgtga gca 23
<210> 34
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 34
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 35
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<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 36
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<400> 41
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<400> 61
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 88
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 97
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 98
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 103
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 108
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 109
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 111
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<211> 30
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 112
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<211> 30
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 113
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 114
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 115
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 117
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 118
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 119
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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tcctcgtacg tagctggaga at 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 122
gaggcaacgt tgtccttctc ta 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 123
cggtggatga ggtactcgat ga 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 124
ctccttccca ttttgactca agga 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 125
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 126
gggcagtgtc taaagagcct at 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 127
ctcaagtcta gttgtgagat tctaggtct 29
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 128
cctctacaca ctcctgattc atgg 24
<210> 129
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 129
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<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 130
ggtatcctag cgagtggtaa tttcattttt 30
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<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 131
tgaaacagtc caggaaaaat ctccttc 27
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 132
tgtcatgagt ctagacccgt gtt 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 133
gagaagattg agaaccactg ttctga 26
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 134
cctctccctt agcaggctct ta 22
<210> 135
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 135
gggccagttc aagtatggga ag 22
<210> 136
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 136
ctttggcaca tgaacgggat tt 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 137
cactagcata ttttcttttt cctgcctcta 30
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 138
agctcatttt aggaacaaga taatgggtt 29
<210> 139
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 139
tgtgcagaaa tgaggacaag aca 23
<210> 140
<211> 23
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 140
aggacctcag atcaaatggg aga 23
<210> 141
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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cttcaatatg taaggctctc tcttaggtg 29
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 142
cagatgcatc tgttgtgaat gtgtc 25
<210> 143
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<212> DNA
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<400> 143
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 144
atgggtgtgt ttgacatttc aaatgtt 27
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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aaagcagtgt gattcttcct tgga 24
<210> 149
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 149
cacacacaat ttatagcagg taaaaccaa 29
<210> 150
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 150
ccctgggaac cttcgtttat aca 23
<210> 151
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 151
ggacttctga gcccagagtc tt 22
<210> 152
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 152
gtgttgccat ggagtccagt aa 22
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 153
agcattaagc ccagaacttg gt 22
<210> 154
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 154
ccactgggaa aggtgtgttc tc 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 155
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 156
gtttcctccg gtgactgaga tc 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 157
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 158
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<211> 30
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 161
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gggagcttca cagctgttct tt 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 164
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 166
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 167
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 172
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 174
tacttccaca ccataaaatg gcacat 26
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 175
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 176
aggccaggga caaaaatagt cc 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 177
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 178
ccctgtcaaa cattgagccc aa 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 179
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 180
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 181
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 182
aaaaacattt taaacagctt catgagcttg 30
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 183
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 185
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 192
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 193
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 194
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 195
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 197
aacgaaggtt aacaaactca cgaaaatac 29
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 198
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 199
ggccaaaata tcaatacaac agattcagg 29
<210> 200
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 200
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gtggccatga ggagttgata ca 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 202
ccagcagtca cccacaatta gg 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 203
aatcctgact gaagaagata gtaagagtca 30
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 204
cttttcctat ttgcaaatca ggcaga 26
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 205
caaaaatggg aaacttgact gcctt 25
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<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 206
cccttttgtc tcgatacttg agtttc 26
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 207
tctaacttgt gagcagatct cacct 25
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 208
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 209
caccagacac agtcataatt atccaaca 28
<210> 210
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 210
acctttttcg agggaaaggg tt 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 211
cacggtcctg ctgagtcttc 20
<210> 212
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 212
taacaccatg tggcccttca c 21
<210> 213
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 213
ccacatccag ccttaacatg ga 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 214
agtcaaacag ccatcgtggt taat 24
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<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 215
gaaaaagaca aatcctggac agcat 25
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<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 216
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<211> 19
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 217
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 218
gcagcctgtt ttattcatct ttgaagaaa 29
<210> 219
<211> 31
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 219
ccctctttaa agaacttaat gaacagtaac a 31
<210> 220
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 220
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 221
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<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 222
tgtggattcc tcccagactc at 22
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 223
cgggttcgcg agtcctta 18
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 224
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<211> 18
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 225
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<210> 226
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 226
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 227
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 228
tgctattggc tcctttctgt gag 23
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 229
ctccgcttca gccaaaaccc t 21
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<212> DNA
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agtcccatta aatggatatg caaatgga 28
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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accaacaatg tgcagtctca ct 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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gtgacagtag ccagtccctc ta 22
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gctgtcctgt cttcagaaat tggg 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 239
cgagtcggcc agttacagga ta 22
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<211> 24
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 240
gaggttgtga ggatcgtatc ttcc 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 241
tgctgcctca gttcctttct atc 23
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 242
gtggcatttc agaagaaaca ttttcaaat 29
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 243
ccctttactc tctgtgcctc atataga 27
<210> 244
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 244
gcagaatatt tgattatgtt cagcggttt 29
<210> 245
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 245
ttgaaggaag aacaggtgga agagt 25
<210> 246
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 246
gagtatctga tgcagagtta caattgct 28
<210> 247
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 247
gcatctccct tcaaatcaaa ggag 24
<210> 248
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 248
ctgtggctaa ttctgctctc ctattt 26
<210> 249
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 249
tctgcatttg tgtttgtatg tgaatcac 28
<210> 250
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 250
ttggccaaga agattaaggc tgt 23
<210> 251
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 251
gtttttgcca tctggcgttc aa 22
<210> 252
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 252
actgtttgga aacatggaga ttatgagg 28
<210> 253
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 253
ggaagagaat cagggatcct cgaa 24
<210> 254
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 254
acatctcgaa agaagacctg atagga 26
<210> 255
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 255
tcttccactt ccttggtgct cta 23
<210> 256
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 256
ctccaggagg gcacaacttc ct 22
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<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 257
atttcacagg ccttttcctg atga 24
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 258
gcaaacctaa gagacaaaga aattcaact 29
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 259
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ttcaccaaca ccgcattaga gga 23
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<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 261
acctcttgaa tttctatgct ttcttggt 28
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 262
cccagaatta ttcatcatca agagtctgat 30
<210> 263
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 263
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<210> 264
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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ggtcctgcta aatccaaagg ct 22
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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<213> 人工序列(Artificial Sequence)
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agctatgagg gttaatacat aactgtcca 29
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 379
cctttggaag gcaccctttt ct 22
<210> 380
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 380
tcaccattag cggaatttaa tacaagaagt 30
<210> 381
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 381
cagagcagaa gttgcttagt taaaaagc 28
<210> 382
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 382
atgtataaaa caacttctct acagccatga 30
<210> 383
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 383
accagtgtat agatgtgcct acttaaaaac 30
<210> 384
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 384
gagtgattct gatttcagca acacaaaata 30
<210> 385
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 385
ttctgcccat tttgaacatt tgtaaaca 28
<210> 386
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 386
tttttgttct aacacttcta acacacaca 29
<210> 387
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 387
aggacaagac tgaaagactg ttagtg 26
<210> 388
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 388
atccaaatat ccacacattt tatttgcagg 30
<210> 389
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 389
caagggtact gtactgaaca cca 23
<210> 390
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 390
gagaagaaat atgtccaagt agtcatggt 29
<210> 391
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 391
gcaacaaaaa caaagcctca actgt 25
<210> 392
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 392
gtggcaggta ggcttaagtg ag 22
<210> 393
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 393
ttctcggtac tccatttttc ttgca 25
<210> 394
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 394
cccaaaagcc aacacagtgt aa 22
<210> 395
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 395
acaatgtgtc caagagttta agctagaat 29
<210> 396
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 396
aaatcttgcc aatgatgttt gagcaa 26
<210> 397
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 397
acaaatagca ctgcctgtgt gaa 23
<210> 398
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 398
ggtaaagtct gtaggaacag tatatgtgac 30
<210> 399
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 399
aggaagagag acaggtcctg ttt 23
<210> 400
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 400
aaattcataa attcagccac ggcttt 26
<210> 401
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 401
tggaggttaa ccagcaaata ttgataaca 29
<210> 402
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 402
tgcatgagta tattggaatg ccttttct 28
<210> 403
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 403
tgcaaacaaa acagaaaact taccattca 29
<210> 404
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 404
gcaaacgtgt ttcttctata gggtgatata 30
<210> 405
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 405
cctgcatatg gtaaacaata cactcct 27
<210> 406
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 406
ttgagcacca ggcagcatca at 22
<210> 407
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 407
gacattctgt tgtgcaatgg caa 23
<210> 408
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 408
tcagattagc atcacagttg tcacataaaa 30
<210> 409
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 409
cgttgtgttg gcaatgggaa ag 22
<210> 410
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 410
ggaagaacta tcaacattta ggttacagca 30
<210> 411
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 411
ttaatgaaaa tctctgaagg tcttgaacca 30
<210> 412
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 412
gttttgaaca gcatcaggtt taatctgatt 30
<210> 413
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 413
ggctacacac accttatata atgagtctt 29
<210> 414
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 414
acagcaagct gcttaaatta aaaccac 27
<210> 415
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 415
agagcaaaat gacatgaaca cacttg 26
<210> 416
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 416
gagatgaaaa ccaaaatatg gtcatgct 28
<210> 417
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 417
agaaaataaa gacagagatg ccattgct 28
<210> 418
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 418
taactccctt ctcctaagaa tcaggaag 28
<210> 419
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 419
cagaaagttt gaaatgaaac agtttttgcc 30
<210> 420
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 420
cacaatttaa cctagtacac catccttgta 30
<210> 421
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 421
gaagctcatt cattccggac attg 24
<210> 422
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 422
ggcagagtgg gaaatgaagt tctc 24
<210> 423
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 423
gtggattaag agaactttac tgcagtca 28
<210> 424
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 424
gtagccttaa agtgcaatag ctaaagc 27
<210> 425
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 425
aggttggctg cagttcagtt at 22
<210> 426
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 426
agattttgtg aggccttgga tcatc 25
<210> 427
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 427
actgtcagta aaatgtcatt cttgacca 28
<210> 428
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 428
atcaccatac ccaaatacat tatatgcctt 30
<210> 429
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 429
ccgagaaatc ccagccatca ta 22
<210> 430
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 430
gttctgcagg gagttgatta tgc 23
<210> 431
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 431
tacctgagct gggacagtga at 22
<210> 432
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 432
gtttggtttt tcattctata caggcacttt 30
<210> 433
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 433
cctctcgact aatttctgaa agcaagt 27
<210> 434
<211> 29
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 434
tcagaaagca gcatagatta gtgagaaag 29
Claims (10)
1.一种胚胎植入前的Joubert综合征的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：
获取胚胎的基因组DNA；
检测所述基因组DNA中TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息，所述TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点包括Chr16:73606552、Chr16:73621018、Chr16:73714552、Chr16:73737458、Chr16:73757085、Chr16:73774320、Chr16:73790992、Chr16:73816033、Chr16:73835711、Chr16:73855906、Chr16:73875375、Chr16:73899351、Chr16:73918075、Chr16:73934159、Chr16:73952468、Chr16:73964937、Chr16:73988101、Chr16:73996572、Chr16:74007155、Chr16:74044995、Chr16:74067414、Chr16:74076251、Chr16:74080345、Chr16:74082073、Chr16:74087813、Chr16:74094497、Chr16:74097265、Chr16:74100830、Chr16:74112385、Chr16:74113334、Chr16:74125365、Chr16:74127282、Chr16:74148931、Chr16:74166990、Chr16:74177394、Chr16:74186766、Chr16:74190121、Chr16:74199283、Chr16:74204018、Chr16:74216325、Chr16:74222798、Chr16:74236491、Chr16:74239880、Chr16:74244731、Chr16:74253367、Chr16:74266562、Chr16:74272729、Chr16:74303890、Chr16:74333736、Chr16:74349042、Chr16:74465752、Chr16:74472545、Chr16:74475189、Chr16:74486188、Chr16:74503257、Chr16:74524111、Chr16:74657484、Chr16:74664809、Chr16:74670457、Chr16:74701359、Chr16:74713053、Chr16:74753078、Chr16:74759318、Chr16:74778005、Chr16:74783479、Chr16:74792858、Chr16:74798793、Chr16:74812675、Chr16:74821743、Chr16:74850911、Chr16:74873926、Chr16:74885719、Chr16:74905731、Chr16:74922482、Chr16:74937827、Chr16:74955672、Chr16:74977869、Chr16:74993202、Chr16:75034588、Chr16:75045624、Chr16:75123993、Chr16:75140011、Chr16:75145537、Chr16:75204442、Chr16:75204442、Chr16:75234702、Chr16:75255128、Chr16:75301973、Chr16:75307276、Chr16:75313484、Chr16:75336678、Chr16:75346974、Chr16:75367584、Chr16:75396990、Chr16:75422902、Chr16:75428305、Chr16:75436560、Chr16:75451757、Chr16:75481770、Chr16:75495571、Chr16:75506695、Chr16:75521029、Chr16:75528510、Chr16:75566584、Chr16:75571922、Chr16:75573859-75574110、Chr16:75575206-75575397、Chr16:75576341-75576598、Chr16:75576558-75576745、Chr16:75579179-75579451、Chr16:75579638-75579912、Chr16:75589572-75589830、Chr16:75589767-75590017、Chr16:75590072-75590219、Chr16:75589931、Chr16:75606386、Chr16:75607028、Chr16:75637848、Chr16:75646575、Chr16:75656906、Chr16:75660158、Chr16:75677026、Chr16:75728367、Chr16:75731169、Chr16:75767698、Chr16:75787355、Chr16:75791765、Chr16:75800026、Chr16:75806125、Chr16:75950560、Chr16:75997349、Chr16:75998738、Chr16:76006040、Chr16:76009340、Chr16:76010597、Chr16:76014387、Chr16:76014947、Chr16:76023648、Chr16:76027507、Chr16:76028176、Chr16:76029075、Chr16:76031736、Chr16:76035262、Chr16:76036152、Chr16:76037542、Chr16:76038263、Chr16:76042306、Chr16:76044722、Chr16:76046217、Chr16:76051156、Chr16:76054348、Chr16:76055856、Chr16:76071982、Chr16:76116545、Chr16:76130804、Chr16:76140959、Chr16:76147775、Chr16:76155776、Chr16:76159107、Chr16:76200445、Chr16:76236911、Chr16:76240508、Chr16:76255980、Chr16:76262615、Chr16:76271567、Chr16:76320904、Chr16:76325855、Chr16:76330956、Chr16:76345647、Chr16:76356359、Chr16:76374357、Chr16:76380196、Chr16:76386126、Chr16:76393740、Chr16:76399869、Chr16:76404866、Chr16:76414691、Chr16:76418710、Chr16:76431066、Chr16:76445398、Chr16:76467474、Chr16:76474588、Chr16:76486240、Chr16:76489510、Chr16:76505989、Chr16:76512267、Chr16:76516903、Chr16:76519826、Chr16:76525169、Chr16:76530194、Chr16:76535067、Chr16:76547688、Chr16:76554486、Chr16:76561981、Chr16:76573094、Chr16:76576562、Chr16:76582595、Chr16:76589468、Chr16:76621804、Chr16:76649809、Chr16:76718634、Chr16:76786930、Chr16:76803669、Chr16:76825362、Chr16:76844154、Chr16:76883565、Chr16:76901077、Chr16:77130002、Chr16:77188566、Chr16:77238043、Chr16:77264652、Chr16:77284322、Chr16:77306080、Chr16:77387150、Chr16:77406730、Chr16:77504522和Chr16:77554753；
比对分析所述序列信息以确定所述胚胎是否具有Joubert综合征。
2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，检测所述序列信息的步骤包括以下步骤：利用能分别特异性扩增TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的多对引物对所述基因组DNA进行多重PCR得到扩增产物，对所述扩增产物进行测序以得到所述序列信息。
3.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述引物选自SEQ ID NO：1～SEQ IDNO：434中的至少一个。
4.根据权利要求2所述的检测方法，其特征在于，所述比对分析的步骤包括以下步骤：将所述序列信息与亲代双方的DNA序列进行比对，分析所述胚胎的单体型。
5.根据权利要求4所述的检测方法，其特征在于，所述比对分析的步骤还包括以下步骤：将所述序列信息与人类基因组参考序列进行比对，分析SNP覆盖倍数和基因型。
6.根据权利要求1～5任一项所述的检测方法，其特征在于，获取所述基因组DNA的步骤包括以下步骤：对发育至卵裂期或囊胚期的胚胎进行细胞活检，并对活检细胞中的DNA进行全基因组扩增。
7.一种用于检测Joubert综合征的检测组合物，其特征在于，包括能够分别检测TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点的序列信息的多个检测剂，所述TMEM231基因编码区及TMEM231基因上下游的SNP位点为权利要求1中所定义。
8.根据权利要求7所述的检测组合物，其特征在于，所述检测剂为PCR引物，所述检测剂选自SEQ ID NO：1～SEQ ID NO：434中的至少一个。
9.一种用于检测Joubert综合征的检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求8所述的检测组合物和用于文库构建的反应试剂。
10.根据权利要求9所述的检测试剂盒，其特征在于，所述反应试剂选自多重PCR聚合酶、DNA连接酶、末端修复酶、dNTPs和PCR缓冲液中的一种或多种。
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