CN110863059A - 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用 - Google Patents

一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110863059A
CN110863059A CN201911385189.XA CN201911385189A CN110863059A CN 110863059 A CN110863059 A CN 110863059A CN 201911385189 A CN201911385189 A CN 201911385189A CN 110863059 A CN110863059 A CN 110863059A
Authority
CN
China
Prior art keywords
goat
deletion
mstn gene
marker
indel
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201911385189.XA
Other languages
English (en)
Inventor
毕谊
潘传英
何礼邦
李洁
王新宇
蓝贤勇
宋晓越
屈雷
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Northwest A&F University
Original Assignee
Northwest A&F University
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Northwest A&F University filed Critical Northwest A&F University
Priority to CN201911385189.XA priority Critical patent/CN110863059A/zh
Publication of CN110863059A publication Critical patent/CN110863059A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用。该方法是通过PCR扩增、琼脂糖凝胶电泳鉴定山羊MSTN基因中的一个InDel位点的多态性，根据对InDel位点与山羊生长性状进行的关联性分析，发现该MSTN基因InDel位点的不同基因型与陕北白绒山羊体高之间存在显著相关，提示所述InDel位点的基因型可作为提高山羊体高的DNA标记，本发明的检测方法可以在山羊生长性状的标记辅助选择育种中应用，快速建立优良的山羊遗传资源群体。

Description

一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用
技术领域
本发明属于生物技术与家畜育种领域，涉及基因插入/缺失多态性(InDel)的检测，特别涉及一种快速、精准提高山羊体高性状的MSTN基因InDel标记的检测。
背景技术
动物育种技术主要包括以表型和表型值为基础的常规育种技术和以DNA多态为基础的分子育种技术。作为分子育种技术体系的重要组成部分，分子标记辅助选择(marker-assisted selection，MAS)育种技术首先检测重要基因的DNA多态性，然后分析DNA多态与遗传性状之间的相关性，最后再根据与遗传性状显著相关的DNA标记进行性状选择。MAS育种技术可以在DNA水平上快速精准地分析个体的遗传组成，该方法通过有性杂交将目的基因转移到需要改良的亲本中，将目标基因型的鉴定与传统育种相结合，从而实现对基因型的直接选择，提高育种目标的定向性。该方法在克服表型鉴定的困难、早期选择、进行无损害的性状评价和选择及提高回交育种效率等方面具有优越性。
在MAS育种技术体系中，寻找重要功能基因、筛查重要基因遗传变异位点，并分析重要功能基因遗传变异位点与生长性能的相关性，是其应用的前提和关键。插入/缺失多态性(insertion/deletion,InDel)是一种DNA序列上核苷酸片段的插入或缺失而引起DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性，其片段长度在1-50bp之间。利用InDel分析个体基因组可以更好地解释个体的表型差异，因此从DNA水平上对小片段核苷酸的差异进行InDel检测在动物分子育种的MAS体系中具有重要意义。
插入和缺失是DNA或蛋白质序列水平上发生频率仅次于残基替换的进化改变，InDel大致分成以下5大类：(1)单碱基对的插入/缺失；(2)单一碱基的插入/缺失；(3)重复单元为2～15个碱基的多碱基对插入/缺失；(4)转座子插入/缺失；(5)任意DNA序列的插入/缺失。InDel为理论研究和遗传育种应用研究提供了大量的生物信息，其作为遗传学鉴定标记，与SNP相比，均是源于单突变事件，其突变频率较低，约为10-8，相对比较稳定：在结构上属于二等位基因多态性，等位基因都固定且已知，能够通过很小的扩增子进行扩增(<50bp)，提高了扩增被高度降解DNA的成功率。作为一种重要的遗传标记，InDel的研究最早聚焦在分子生物学及生物医学领域。遍布于整个基因组的InDel频率仅次于SNP位居第二，其中约三分之一位于已知的基因区域内，还有一些位于决定基因功能的关键性区域，如启动子区和外显子区。2005年Schnabel等人结合SSR标记和InDel标记对控制奶牛产奶量进行了研究，并成功进行了精细定位，同时提出InDel和SNP的形成机制可能不同。但对反刍家畜的功能性基因的InDel标记的研究亟待开拓和深入。
随着对山羊产品的需求不断加强，在高产、优质和高效的山羊育种目标上，如何提高山羊生长性状一直是关注热点。肌肉生长抑制素(myostatin，MSTN)又称生长分化因子8(growth and differentiation factor 8，GDF8)，是骨骼肌发育的主要调节因子之一。MSTN在家畜出生前、出生后都起到关键作用，并且决定家畜的整体肌肉含量，由于MSTN基因突变，导致牛和羊等许多物种表现出“双肌”现象。MSTN基因在哺乳动物中高度保守，过表达会减少肌肉重量，MSTN缺失型家畜骨骼肌重量增加。MSTN突变已经在许多物种中被报道过，包括羊、牛、猪、兔等。MSTN基因作为骨骼肌调节的主效基因，能通过调节肌肉前体细胞、成肌细胞的增殖分化从而决定动物整体肌肉含量。目前已经检测发现了MSTN基因在山羊中的诸多多态性位点，但尚未见到MSTN基因InDel位点与地方山羊品种育成个体的体高等受环境因素作用时间长但又直接决定山羊产品品质的重要生长性状显著相关的报道。
发明内容
本发明的目的在于提供一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用，从而加快山羊良种选育速度。
为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：
一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，包括以下步骤：
以待测山羊个体全基因组DNA为模板，以引物对P1为引物，利用PCR扩增包含山羊MSTN基因5’UTR区域插入/缺失多态性(InDel)位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定山羊个体在所述插入/缺失多态性位点的基因型。
优选的，所述插入/缺失多态性位点选自山羊MSTN基因NC_030809.1:g.130232808_130232809位插入/缺失多态性位点。
优选的，所述PCR采用的引物对P1为：
上游引物：5’-ACTGGTGTGGCAAGTTGTCTCT-3’
下游引物：5’-TTCCTTCTGCTCGCTGTTCTCA-3’。
优选的，所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸15s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸15s，32个循环；72℃延伸10min；所述电泳采用质量浓度为3.5％的琼脂糖凝胶。
优选的，根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/缺失基因型(ID)表现为206bp和211bp两条带纹，缺失/缺失基因型(DD)表现为206bp一条带纹。
一种山羊MSTN基因InDel标记的检测试剂盒，该试剂盒包括上述引物对P1。
上述山羊MSTN基因InDel标记的检测方法在山羊分子标记辅助选择育种中的应用，所述插入/缺失多态性位点的缺失/缺失基因型(DD)可以作为提高山羊(例如，陕北白绒山羊)体高的DNA标记。
与现有技术比较，本发明的有益效果体现在：
本发明针对山羊MSTN基因5’UTR区域5-bp的插入/缺失多态性位点，通过PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳鉴定技术，在进行基因型和基因频率分析以及对所述插入/缺失多态性位点与山羊生长性状进行关联分析基础上，首次发现MSTN基因插入/缺失突变位点与山羊(例如，陕北白绒山羊)的重要选育性状(例如，育成山羊体高)显著相关，因此，可以通过简单、快速、低成本、精确地的检测与提高山羊生长性状相关的有效DNA标记，达到快速、精准建立优良山羊遗传资源种群的目的，从而加快山羊良种选育速度。
附图说明
图1为PCR扩增(引物对P1)山羊个体MSTN基因InDel位点的产物琼脂糖凝胶电泳图。
图2为山羊MSTN基因InDel位点PCR扩增产物测序图；上半部分基因型为DD，下半部分基因型为ID，黑色方框标出的部分表示5’UTR区域5-bp插入序列：NC_030809.1:g.130232808_130232809insAAAAT(AAAAT为反向序列)。
具体实施方式
下面结合附图和实施例对本发明做进一步详细说明，所述实施例是对本发明的解释，而不是对本发明保护范围的限制。
本发明利用PCR方法对山羊MSTN基因NC_030809.1:g.130232808_130232809位点的插入/缺失多态性进行检测，并将其与山羊生长性状进行关联分析，发现其可以作为山羊分子育种中辅助选择的分子标记。
1.实验药品与试剂
1.1生化试剂与生物学试剂：①Taq DNA聚合酶(购自Fermantas即MBI公司)；②蛋白酶K(购自华美生物工程公司)③Marker I(购自天根生化科技(北京)有限公司)。
1.2普通试剂：普通试剂从华美生物工程公司购买，为进口分装产品：柠檬酸、柠檬酸钠、葡萄糖、Tris、EDTA、NaCl、NaOH、KCl、Na2HPO4、KH2PO4、Tris饱和酚、氯仿、异戊醇、无水乙醇、醋酸钠、十二烷基磺酸钠(SDS)、溴化乙锭(EB)、溴酚蓝、二甲基苯氰FF、乙酸、蔗糖、硼酸、琼脂糖等。
1.3溶液与缓冲液：所有溶液与缓冲液均采用去离子超纯水配制。高压灭菌条件为15bf/in(1.034×105Pa)、25min。试剂配制方法均参考Sambrook等编著的《分子克隆实验指南》。
1)提取组织样DNA所用溶液：
除了基因组DNA提取时的公用溶液外，还配制以下溶液：①2mol/L NaCl：11.688gNaCl溶于水，定容至100mL，高压灭菌。②组织DNA提取液(100mL)：l mol/L Tris-Cl(pH8.0)l mL，0.5mol/L EDTA(pH 8.0)20mL，2mol/L NaCl 5mL，定容至100mL。
2)琼脂糖凝胶电泳分析所用溶液
①0.5×TBE缓冲液：取10×TBE 50mL定容至1000mL。②上样缓冲液：0.25％溴酚蓝，0.25％二甲苯青FF，及40.0％(w/v)蔗糖水溶液。
2.设计山羊MSTN基因InDel位点扩增引物
在NCBI上检索山羊MSTN基因的序列，并利用Primer 6.0设计能够扩增包含山羊MSTN基因第130232808-130232809位InDel位点的PCR引物对P1，其引物序列如下(2019年8月设计完成)：
所述的引物对P1为：
上游引物：5’-ACTGGTGTGGCAAGTTGTCTCT-3’(22bp)
下游引物：5’-TTCCTTCTGCTCGCTGTTCTCA-3’(22bp)
利用上述引物对P1对山羊基因组扩增，能够扩增包含山羊MSTN基因InDel位点(NC_030809.1:g.130232808-130232809位)的片段。理论上，当130232808与130232809位之间的TTTTA缺失时(缺失/缺失基因型，DD)，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测之后是206bp大小的带纹；130232808与130232809位之间的TTTTA插入时(插入/插入基因型，II)，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测之后是211bp大小的一条带纹。130232808与130232809位之间的TTTTA在一个染色体上出现插入，在另一个染色体上出现缺失(插入/缺失基因型，ID)时，PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测之后是206bp和211bp两条带纹。
3.PCR扩增待测山羊MSTN基因片段
3.1山羊耳组织样品的采集
实验所用的动物为陕北白绒山羊，共计602个个体的样本，于2018年7月采自神木县聚科农牧发展有限公司。每个个体都具有完整的体尺数据记录。采用随机采样方式采取个体耳组织样品，采集的样品用70％乙醇保存于低温冰盒，带回实验室后置于-80℃冻存。
3.2组织样品基因组DNA的提取与分离
1)取约10mg耳组织样，放于1.5mL的离心管中，用小剪刀尽量剪碎。
2)加入600μL组织DNA提取液，10％SDS至终浓度为1％，蛋白酶K至终浓度为100μg/mL，55.0℃消化过夜。
3)将溶液冷却至室温，加入等体积的Tris饱和酚，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，至少持续10min以上，12000r/min离心15min。
4)取上清液，加入等体积的酚:氯仿(1:1)，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，至少持续10min以上，12000r/min离心15min。
5)取上清液，加入等体积的氯仿:异戊醇(24:1)，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，至少持续10min以上，12000r/min离心15min。
6)取上清液，加入2倍体积的冰冷无水乙醇和1/10体积的3mol/L乙酸钠，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，直至液体清亮，出现白色絮状DNA。
7)挑出DNA，放进一个1.5mL的离心管中，加入500μL 70％乙醇，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，然后12000r/min离心3-5min，小心倒掉乙醇，将管倒置于吸水纸上。
8)再一次向离心管中加入500μL 70％乙醇，盖紧管盖，缓慢地来回颠倒离心管，然后12000r/min离心3-5min，小心倒掉乙醇，将管倒置于吸水纸上。
9)待干燥后，加入60μL灭菌超纯水，为使其完全溶解，4℃保存过夜，待检测。
3.3琼脂糖凝胶电泳检测DNA
1)将凝胶电泳槽洗干净，用胶带纸将两端封住，插上梳子。
2)称取1.2g的琼脂糖，转入三角瓶中，加入0.5×TBE 40mL使其悬浮，微波炉中火加热，待沸腾2次拿出，待其冷却至不烫手时加入终浓度为0.5μg/mL的EB。轻微摇动，防止出现气泡。
3)混匀后(约60℃)，立即将琼脂糖溶液到入槽内。如出现气泡，用移液器移出。
4)完全冷却凝固(约25～40min)后，拔掉梳子。
5)向电泳槽中加入1×TBE缓冲液，使液面高出胶面2-5mm。
6)取DNA2-4μL，加2μL上样缓冲液后混匀，统一上样(注意枪头的顺序应前后对应)，并将DNA Marker加在一边。
7)80V电压电泳2h。
8)在紫外分析仪上观察，如果有RNA则需要纯化，如果有明显降解，需重新提取相应样品的DNA。
3.4DNA的纯化
1)500μL的DNA溶液中加入10％SDS使其终浓度为0.1％，加入蛋白酶K至终浓度达到100μg/mL。
2)55℃保温10h左右。
3)等体积苯酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)和氯仿分别抽提一次。
4)12000r/min离心5min分相，吸取上层水相至另一离心管中。
5)加入1/10体积3mol/L醋酸钠和2倍体积冰冷无水乙醇沉淀DNA。
6)倒掉液体，70％乙醇洗涤后凉干，加入60μL灭菌超纯水溶解，4℃待检测。
3.5分光光度法检测DNA
用紫外光光度计测定DNA样品在260nm、280nm处的OD值。计算DNA含量和OD260/OD280的比值。如OD260/OD280比值小于1.6，说明样品中含有较多的蛋白质或酚，则应进行纯化；若比值大于1.8，则应该考虑去除RNA纯化。
DNA浓度(ng/μL)＝50×OD260值×稀释倍数
DNA检测完毕后，稀释至50ng/μL，存于-20℃备用，其余的存放于-80℃。
3.6PCR扩增
PCR反应体系采用混合加样法，即根据每一个反应体系所需的各种组分的数量和1次反应所需的PCR反应的个数，算出各种反应组分的总量，加入到1个1.5mL离心管中，充分混匀后瞬时离心，再分装到每个0.2mL Eppendorf PCR管中，然后加入模板DNA，再瞬时离心后进行PCR扩增。
3.7PCR扩增体系
PCR反应体系：2×Taq PCR SuperMix(包括Taq DNA聚合酶、dNTPs和反应缓冲液，浓度为2×)6.5μL；上游引物0.5μL，下游引物0.5μL(上、下游引物浓度分别为10pmol/μL)；模板DNA(浓度为50ng/μL山羊基因组DNA)1.0μL；去离子水5.0μL；共13.5μL。
3.8PCR反应的程序
95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸15s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸15s，32个循环；72℃延伸10min。
4.PCR扩增产物的琼脂糖凝胶电泳检测分析
琼脂糖凝胶电泳检测分3步：
1)制作3.5％的琼脂糖凝胶，使用EB核酸染料染色，点样4μL，后120V电压电泳1.0-1.5h；
2)待分子量不同的DNA片段分离清晰时，在BIO-RAD Gel Doc 2000凝胶成像系统成像；
3)根据琼脂糖凝胶电泳结果分析InDel多态性。
参见图1，山羊个体MSTN基因的InDel位点的琼脂糖凝胶电泳结果为：基因型ID表现为206bp+211bp两条带纹；基因型DD表现为206bp一条带纹。结果经测序验证，参见图2。根据分析结果，发现在陕北白绒山羊中，检测的InDel位点(NC_030809.1:g.130232808-130232809位)只存在两种基因型：ID和DD。
5.山羊MSTN基因InDel位点的频率统计分析
1)基因和基因型频率
基因型频率是指一个群体中某一性状的某种基因型个体数占总个体数的比率。计算的公式可以写成：
PLL＝NLL/N
式中，PLL代表某一位点的LL基因型频率；NLL表示群体中具有LL基因型的个体数；N为检测群体的总数量。
基因频率是指一个群体中某一基因数对其等位基因总数的相对比率。计算的公式可以写成：
PL＝(2NLL+NLa1+NLa2+NLa3+NLa4+……+NLan)/2N
式中，PL表示等位基因L频率，NLL表示群体中具有LL基因型的个体数量，NLai表示群体中具有Lai基因型个体数量，ai＝a1，…，an为等位基因L的n个互不相同的复等位基因。
山羊个体MSTN基因InDel位点(NC_030809.1:g.130232808-130232809位)的基因型频率及等位基因频率如表1所示。
表1.山羊MSTN基因InDel位点基因频率分布表
Figure BDA0002343401690000071
6.山羊MSTN基因InDel位点基因效应的关联分析
基因型数据：PCR扩增后琼脂糖凝胶电泳鉴别的基因型。
生长数据：陕北白绒山羊体高、体长、胸深等多个生长性状
关联分析模型：利用SPSS(23.0)软件来分析品种与生长形状相关性。首先要对所得数据描述性的统计分析，来确定是不是存在离群值。然后根据数据的特性，利用方差分析、多元线性模型或者t分析进而来分析基因型的效应。在数据处理的过程中，考虑到个体的效应，基因之间的互作以及基因型的效应，采用固定的模型来进行相关分析。此外，根据实际条件来进行取舍，完整模型如下所示：Y＝μ+G+e，其中，Y：个体表型记录；u：总体均值；G：标记基因型效应；e：随机误差。分析结果见表2。
表2.MSTN基因InDel位点不同基因型与陕北白绒山羊育成羊体高间的相关性分析
Figure BDA0002343401690000081
注：a和b表示差异显著(P<0.05)
由表2可以看出，在对602只陕北白绒山羊的关联分析中，MSTN基因的InDel位点(NC_030809.1:g.130232808-130232809位)多态性(参见其基因型频率分布)对育成羊体高有显著影响(P<0.05)，其中DD基因型个体的性状优于ID基因型的个体。结果表明：山羊MSTN基因InDel位点(NC_030809.1:g.130232808-130232809位)的DD基因型可以作为提高山羊体高的有效遗传标记(InDel标记)。
<110> 西北农林科技大学
<120>一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用
<160> 3
<210> 1
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 1
actggtgtgg caagttgtct ct 22
<210> 2
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工合成
<400> 2
ttccttctgc tcgctgttct ca 22
<210> 3
<211> 5
<212> DNA
<213> NC_030809.1: g.130232808_130232809位插入序列
<400> 3
tttta 5

Claims (10)

1.一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，其特征在于：包括以下步骤：
以待测山羊基因组DNA为模板，利用PCR扩增包含山羊MSTN基因5’UTR区域插入/缺失多态性位点的片段，对扩增产物进行电泳，根据电泳结果鉴定所述插入/缺失多态性位点的基因型。
2.根据权利要求1所述一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，其特征在于：所述插入/缺失多态性位点选自山羊MSTN基因NC_030809.1:g.130232808_130232809位插入/缺失多态性位点。
3.根据权利要求1所述一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，其特征在于：所述PCR采用的引物对为：
上游引物：5’-ACTGGTGTGGCAAGTTGTCTCT-3’
下游引物：5’-TTCCTTCTGCTCGCTGTTCTCA-3’。
4.根据权利要求1所述一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，其特征在于：所述PCR采用的反应程序为：95℃预变性5min；94℃变性30s，68℃退火30s，72℃延伸15s，18个循环，每循环后退火温度减1℃；50℃退火30s，72℃延伸15s，32个循环；72℃延伸10min；所述电泳采用质量浓度为3.5％的琼脂糖凝胶。
5.根据权利要求1所述一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法，其特征在于：根据电泳结果，所述插入/缺失多态性位点的插入/缺失基因型表现为206bp和211bp两条带纹，缺失/缺失基因型表现为206bp一条带纹。
6.山羊MSTN基因NC_030809.1:g.130232808_130232809位插入/缺失多态性位点在山羊分子标记辅助选择育种中的应用。
7.一种山羊MSTN基因InDel标记的检测试剂盒，其特征在于：该试剂盒包括用于PCR扩增MSTN基因NC_030809.1:g.130232808_130232809位插入/缺失多态性位点的引物对。
8.根据权利要求7所述一种山羊MSTN基因InDel标记的检测试剂盒，其特征在于：所述引物对为：
上游引物：5’-ACTGGTGTGGCAAGTTGTCTCT-3’
下游引物：5’-TTCCTTCTGCTCGCTGTTCTCA-3’。
9.一种如权利要求1所述的山羊MSTN基因InDel标记的检测方法在山羊分子标记辅助选择育种中的应用。
10.根据权利要求9所述的应用，其特征在于：所述插入/缺失多态性位点的缺失/缺失基因型可以作为提高山羊体高的DNA标记。
CN201911385189.XA 2019-12-28 2019-12-28 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用 Pending CN110863059A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911385189.XA CN110863059A (zh) 2019-12-28 2019-12-28 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911385189.XA CN110863059A (zh) 2019-12-28 2019-12-28 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110863059A true CN110863059A (zh) 2020-03-06

Family

ID=69659441

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911385189.XA Pending CN110863059A (zh) 2019-12-28 2019-12-28 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110863059A (zh)

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011038155A2 (en) * 2009-09-23 2011-03-31 Existence Genetics Llc Genetic analysis
CN104342492A (zh) * 2014-04-09 2015-02-11 江苏省农业科学院 一种山羊生长性状的mstn基因分子标记选择方法
CN108559749A (zh) * 2018-01-11 2018-09-21 内蒙古大学 一种能够在牛体内表达的部分碱基缺失的肌肉抑制素基因及其应用
CN110551831A (zh) * 2019-09-30 2019-12-10 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 猪脂肪酸组成相关的分子标记和基因及应用

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011038155A2 (en) * 2009-09-23 2011-03-31 Existence Genetics Llc Genetic analysis
CN104342492A (zh) * 2014-04-09 2015-02-11 江苏省农业科学院 一种山羊生长性状的mstn基因分子标记选择方法
CN108559749A (zh) * 2018-01-11 2018-09-21 内蒙古大学 一种能够在牛体内表达的部分碱基缺失的肌肉抑制素基因及其应用
CN110551831A (zh) * 2019-09-30 2019-12-10 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所 猪脂肪酸组成相关的分子标记和基因及应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
XIANGLONG LI等: "Deletion of TTTTA in 5pUTR of goat MSTN gene and its distribution in different population groups and genetic effect on bodyweight at different ages", 《FRONTIERS OF AGRICULTURE IN CHINA》 *

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN107164482B (zh) 一种山羊csn1s1基因插入/缺失的检测方法及其应用
CN109880890B (zh) 一种山羊hiat1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
CN110468218B (zh) 一种山羊igf2bp1基因插入/缺失标记的检测方法
CN109957614B (zh) 一种山羊cmtm2基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
CN107641657B (zh) 一种黄牛acvr1基因插入/缺失的检测方法及其应用
CN110468185B (zh) 一种山羊dnmt3b基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
CN108441566B (zh) 一种山羊atbf1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
CN109182539B (zh) 一种黄牛igf1r基因插入/缺失的检测方法及其应用
CN117568487A (zh) 绵羊mast4基因插入/缺失标记的繁殖性状早期选择的应用
CN117568488A (zh) 一种绵羊mast4基因插入/缺失标记的繁殖性状早期选择的应用
CN111088369B (zh) 一种绵羊rora基因插入/缺失多态性的检测方法、引物对和应用
CN116200472B (zh) 一种牛SCN9A基因InDel标记在肉质性状早期选择中的应用
CN105779594B (zh) 一种猪Oct4基因插入/缺失的检测方法及其应用
CN110904247B (zh) 一种山羊Sox9基因InDel标记的检测方法及其应用
CN101906480B (zh) 利用神经内分泌因子基因选择山羊产羔性状的分子标记方法
CN110607373A (zh) 一种山羊dnah1基因插入/缺失多态性的检测方法及其应用
CN112941202B (zh) 一种牛sept7基因插入/缺失突变的检测方法及其应用
CN112795668B (zh) 一种山羊cfap43基因插入/缺失标记在性状早期选择中的应用
CN112553345B (zh) 一种绵羊prnp基因插入/缺失在繁殖性状早期选择方面中的应用
CN111088373B (zh) 绵羊prl基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用
CN110863059A (zh) 一种山羊MSTN基因InDel标记的检测方法及其应用
CN113736890A (zh) 一种与健仔数和活仔率相关的snp分子标记及其用途
CN111733261B (zh) 一种山羊AKAP12基因InDel标记的检测方法及其应用
CN111154895B (zh) 绵羊ghr基因插入/缺失多态性的检测引物对、试剂盒、方法和应用
CN111118179A (zh) 一种检测鲁西黑公羊胸深性状的dna检测方法及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20200306

RJ01 Rejection of invention patent application after publication