CN110628912A - 检测多态性的引物及方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供了一种用于检测肿瘤易感基因多态性的HRM方法。该方法首先提取待测样品的基因组DNA，再使用特殊设计的PCR引物对所提取的基因组DNA进行扩增和HRM分析，通过对比标准品，判断出待检测样品的基因型。本发明的方法简单、省时、成本低，适合科研单位和检验机构检测常见肿瘤易感基因，使被检测者能及时了解自己的基因信息，预测身体患疾病的风险，从而有针对性地主动改善自己的生活环境和生活习惯，预防和避免重大疾病的发生。

Description

检测多态性的引物及方法
技术领域
本发明涉及基因检测领域，更具体涉及肿瘤易感基因多态性的检测。
背景技术
肿瘤易感基因多态性反映了不同人之间基因型的差异，主要表现为单核苷酸的多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)。人类基因组中大概每1000个碱基就存在一个SNP，人类基因组上的SNP总量大概有300万左右，人体许多表型差异、药物代谢效率不同以及疾病的易感性等都与SNP有关。
目前针对肿瘤易感基因多态性的检测手段有PCR后直接测序(一代测序)，荧光定量PCR法，二代测序，基因芯片等等。一代测序法准确度高，但是实验周期长，步骤多，检测灵敏度低。荧光定量PCR法需要额外设计探针，成本更高，难度也更大。二代测序，基因芯片等方法均有实验周期长，成本高，对设备要求高等问题。
HRM(高分辨率熔解曲线)是一种基于单核苷酸熔解温度不同而形成不同形态熔解曲线的基因分析新技术，灵敏度高，可以检测出单个碱基的差异，并且无需设计特异性探针，只需设计一对引物和PCR扩增阶段使用含饱和荧光染料的PCR试剂即可，成本低，实验周期短，操作简单，真正实现闭管操作。本发明提供特殊设计的引物用于HRM分析。
发明内容
本发明一方面提供引物产品，所述引物产品包含引物或引物组合物，所述引物或引物组合物识别下述SNP中的一个或多个：rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730、rs16969968、rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154、rs12621278、rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399、rs11075995、rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235、rs4779584、rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612、rs2239815、rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991。
在一个或多个实施方案中，所述引物或引物组合物识别以下6组SNP中的一组或多组：(1)rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730和rs16969968；(2)rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154和rs12621278；(3)rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399和rs11075995；(4)rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235和rs4779584；(5)rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612和rs2239815；和(6)rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991。
在一个或多个实施方案中，所述引物或引物组合物包含下述序列或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项所示序列或与SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项具有至少70％相同性的突变体，或(2)(1)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述引物组合物包含以下6组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12、(2)SEQ IDNO:13-SEQ ID NO:24、(3)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:36、(4)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48、(5)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60、和(6)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72。
在一个或多个实施方案中，所述引物组合物包含以下36组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQ IDNO:3-SEQ ID NO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQID NO:9-SEQ ID NO:10、(6)SEQ ID NO:11-SEQ ID NO:12、(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQ ID NO:16、(9)SEQ ID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQ ID NO:21-SEQ ID NO:22、(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24、(13)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ ID NO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34、(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36、(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQ ID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQID NO:45-SEQ ID NO:46、(24)SEQ ID NO:47-SEQ ID NO:48、(25)SEQ ID NO:49-SEQ IDNO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ ID NO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ IDNO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ ID NO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQ ID NO:60、(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQ ID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ ID NO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72。
本发明另一方面提供检测SNP的方法，包括：使用本文所述引物或引物组合物扩增样品中的DNA，和分析扩增产物确定SNP基因型。
在一个或多个实施方案中，所述分析是HRM分析。在一个或多个实施方案中，HRM分析的扫描条件为：95℃1min；40℃1min；60-95℃收集信号。
在一个或多个实施方案中，所述扩增是PCR，优选荧光定量PCR。
在一个或多个实施方案中，所述PCR的过程包括加入DNA荧光染料，优选双链DNA荧光染料。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物与SNP的对应关系如表2所示。
本发明另一方面提供本文所述引物或引物组合物在检测SNP中的应用，包括：使用本文所述引物或引物组合物扩增样品中的DNA，和分析扩增产物确定SNP基因型。所述引物、扩增或分析的特征如上所述。
本发明另一方面提供本文所述引物或引物组合物在HRM分析中的应用，包括：使用本文所述引物或引物组合物扩增样品中的DNA，和进行HRM分析。所述引物、扩增或分析的特征如上所述。
本发明另一方面提供本文所述引物或引物组合物在诊断癌症中的应用，包括：使用本文所述引物或引物组合物扩增对象基因组DNA，分析扩增产物确定SNP基因型，从而获得诊断结果。所述癌症包含肺癌、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、食管癌或胃癌。
本发明另一方面提供本文所述引物或引物组合物在制备用于检测SNP、进行HRM分析或诊断癌症的试剂中的应用，包括：使用本文所述引物或引物组合物扩增DNA，分析扩增产物以确定SNP基因型，从而获得诊断结果。所述引物、扩增或分析的特征如上所述。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是肺癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQ ID NO:3-SEQID NO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQ ID NO:9-SEQ ID NO:10和(6)SEQ ID NO:11-SEQ ID NO:12；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是前列腺癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:24中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQ ID NO:16、(9)SEQ ID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQ ID NO:21-SEQ ID NO:22和(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是乳腺癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:36中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(13)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ ID NO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34和(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是结直肠癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQ ID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQ ID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQ ID NO:45-SEQ ID NO:46和(24)SEQ ID NO:47-SEQ ID NO:48；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是食管癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(25)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ ID NO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ ID NO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ ID NO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQ ID NO:60；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是胃癌并且所述引物或引物组合物包含：
(a)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQ ID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ ID NO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
本发明另一方面提供包含本文所述引物或引物组合物和扩增DNA所需的其他试剂的试剂盒。
在一个或多个实施方案中，所述试剂盒还包含DNA荧光染料，优选双链DNA荧光染料。
在一个或多个实施方案中，所述试剂盒还可包含使用所述引物进行HRM分析、SNP检测或疾病诊断的其他试剂和/或说明书。
附图说明
图1，肺癌-2：XXYLT1基因分析图。
图2，肺癌-5：MTMR3基因分析图。
图3，肺癌-6：CLPTM1L基因分析图。
图4，肺癌-9：基因间分析图。
图5，肺癌-12：CHRNA3基因分析图。
图6，肺癌-13：CHRNA5基因分析图。
图7，前列腺癌-3：RFX6基因分析图。
图8，前列腺癌-4：NKX3.1基因分析图。
图9，前列腺癌-6：基因间分析图。
图10，前列腺癌-7：CASC17基因分析图。
图11，前列腺癌-8：基因间分析图。
图12，前列腺癌-10：ITGA6基因分析图。
图13，乳腺癌-5：LOC101928278基因分析图。
图14，乳腺癌-8：FGFR2基因分析图。
图15，乳腺癌-9：EMBP1基因分析图。
图16，乳腺癌-16：BABAM1基因分析图。
图17，乳腺癌-33：基因间分析图。
图18，乳腺癌-34：FTO基因分析图。
具体实施方式
本发明的目的在于：提供用于检测肿瘤易感多态性的引物及其用途，以实现更低的检测成本，更短的检测周期，更高的检测灵敏度。
除非另外定义，本文中使用的所有技术和科学术语具有本领域普通技术人员通常所理解的同样含义。参见例如Lackie，DICTIONARY OF CELLAND MOLECμLAR BIOLOGY(《细胞分子生物学词典》)，埃尔斯威尔出版社(Elsevier)(第4版2007)；Green等，MOLECμLARCLONING,A LABORATORY MANUAL(《分子克隆，实验室手册》)，冷泉港实验室出版社(冷泉港，纽约2012)。
术语“一个”或“一种”意在表示“一个或多个”或“一种或多种”。术语“包含”及其各种变体例如“包括”和“含有”用来表示添加其它的步骤或要素是任选的，并且是非排它性的。当用以定义组合物和方法时，“基本由……组成”应表示排除当用于意图目的时对该组合具有任何基本意义的其它要素。“由……组成”应表示排除多于其它成分的微量元素和基本方法步骤的部分。本发明的实践中可以使用与本文所述类似或等价的任何方法、装置和材料。本文提供的以下定义是用来帮助理解本文经常用到的某些术语，不对本发明的范围构成限制。
本发明提供36个检测位点，覆盖肺癌，前列腺癌，乳腺癌，结直肠癌，食管癌，胃癌，所述位点位于以下基因中或基因间：XXYLT1，MTMR3，CLPTM1L，CHRNA3，CHRNA5，RFX6，NKX3.1，CASC17，ITGA6，LOC101928278，FGFR2，EMBP1，BABAM1，FTO，COLCA1，COLCA2，LOC105376400，SMAD7，HECTD4，PLCE1，PTPN2，ST6GAL1，XBP1，PRKAA1，LRFN2。如表1所示。
表1，肿瘤易感基因位点
本文所述“样品”是来自对象的任意类型的含多核苷酸的样品。对象可以是任何活体或非活体生物，包括但不限于人、非人动物、植物、细菌、真菌或原生生物。能选择任何人或非人动物，包括但不限于哺乳动物、爬行动物、鸟类、两栖类、鱼类、有蹄类动物、反刍动物、牛科动物(如牛)、马科动物(如马)、山羊和绵羊类动物(如绵羊、山羊)、猪科动物(如猪)、羊驼类动物(如骆驼、美洲驼、羊驼)、猴子、猿(如大猩猩、黑猩猩)、熊科动物(如熊)、家禽、犬、猫、小鼠、大鼠、鱼、海豚、鲸鱼和鲨鱼。对象可为男性或女性(例如妇女、妊娠妇女)。对象可为任何年龄(如胚胎、胎儿、婴儿、儿童、成人)。在一个或多个实施方案中，所述样品来自健康人的血液、唾液或口拭子样品。
术语“核酸”或“多核苷酸”指单链或双链形式的脱氧核糖核苷酸(DNA)或核糖核苷酸聚合物(RNA)，及其互补物。核酸含有合成的、非天然的或改变的核苷酸碱基。核苷酸可以是核糖核苷酸、脱氧核糖核苷酸、或其修饰形式。本文考虑的多核苷酸的示例包括单链和双链DNA，单链和双链RNA，以及具有单链和双链DNA和RNA的混合物的杂合分子。DNA可以是编码链或非编码链。在一个或多个实施方案中，所述样品包含经片段化的基因组DNA。获取基因组DNA并片段化的方法本领域周知。
DNA基本组成单位是脱氧核糖核苷酸，经磷酸二酯键缩合而成长链状分子。每个脱氧核糖核苷酸由磷酸、脱氧核糖和碱基组成。DNA的碱基(bp)主要有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)。在双链DNA的双螺旋结构中，A与T经氢键配对，G与C经氢键配对。DNA形式包括cDNA、基因组DNA、片段化DNA或人工合成的DNA。DNA可以是单链的或是双链的。DNA可以为任意长度，例如50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp。
本文所述“染色体”是真核细胞在有丝分裂或减数分裂时DNA存在的特定形式。细胞核内，DNA紧密卷绕在称为组蛋白的蛋白质周围并被包装成一个线状结构。每条染色体都有一个叫做着丝粒的收缩点，它将染色体分成短臂为p臂和长臂为q臂。基因在染色体上的位置由基因与着丝粒的相对位置确定。染色体的命名遵照ISCN(1978,1981,1985)：(1)染色体序号：1～22号染色体或XY；(2)染色体的臂号：长臂q或短臂p；(3)区的序号：“区”为位于染色体臂上两相邻界标(“界标”是染色体上恒定的、有显著形态特征的带,包括染色体两臂的末端、着丝粒以及臂上某些显著的带)之间的区域。区的序号是从着丝粒部位向两臂远端依次编号；(4)带的序号：“带”是染色体上宽窄各异、明暗相间的横纹。带的序号从着丝粒侧向臂的远端依次编号，作为界标的带属于该界标以远区的第1条带；(5)亚带和次亚带的序号：亚带和次亚带是在带的基础上逐级细分出来的。亚带写在带号的后面,以小数点相隔，编号原则也是从着丝粒的近侧向远侧依次编号；次亚带直接写在亚带后,不加标点。例如，3q29表示3号染色体长臂2区9带，22q12.2表示22号染色体长臂1区2带2亚带。
在涉及SNP时，本文所述“位点位置”表示SNP的位置信息，该位置信息代表的是该SNP相对于它所在的染色体短臂起始位置的相对偏移的碱基数。例如，195137645表示SNP碱基在其染色体短臂起始位置相对偏移碱基数为195137644。
“SNP”即单核苷酸多态性。RS命名是目前最常用的SNP命名法，命名方法是rs+阿拉伯数字，包括前后序列，位置信息，分布频率等。根据已知SNP的rs号，可在GenBank的SNP数据库中搜索到相关的信息和其在基因组中的位置。
本文所述“引物”是指在核苷酸聚合作用起始时，引导合成的一种具有特定核苷酸序列的核酸分子。引物组合物包含一种或多种引物。引物通常是人工合成的两段寡核苷酸序列，一个引物与靶区域一端的一条DNA模板链互补，另一个引物与靶区域另一端的另一条DNA模板链互补，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应(PCR)、qPCR、测序和探针合成等。引物可以为任意长度，例如50-500bp，100-400bp，150-300bp或200-250bp。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物识别下述SNP中的一个或多个：rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730、rs16969968、rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154、rs12621278、rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399、rs11075995、rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235、rs4779584、rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612、rs2239815、rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物识别以下6组SNP中的一组或多组：(1)rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730和rs16969968；(2)rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154和rs12621278；(3)rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399和rs11075995；(4)rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235和rs4779584；(5)rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612和rs2239815；和(6)rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物组合物包含下述序列或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项所示序列或与SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项具有至少70％相同性的突变体，或(2)(1)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物组合物包含以下6组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12、(2)SEQID NO:13-SEQ ID NO:24、(3)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:36、(4)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48、(5)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60、和(6)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72。
在一个或多个实施方案中，本文所述引物组合物包含以下36组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQID NO:3-SEQ ID NO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)
SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQ ID NO:9-SEQ ID NO:10、(6)SEQ ID NO:11-SEQ ID NO:12、(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQ ID NO:16、(9)SEQID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQ ID NO:21-SEQ IDNO:22、(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24、(13)
SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ IDNO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34、(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36、(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQ ID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQ ID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQ ID NO:45-SEQ ID NO:46、(24)SEQ ID NO:47-SEQ ID NO:48、(25)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ ID NO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ ID NO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ ID NO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQID NO:60、(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ IDNO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72。
本文术语“变体”或“突变体”是指与参照序列相比，通过一个或多个核苷酸的插入、缺失或取代使核酸序列发生变化同时保留其与其他核酸杂交能力的多核苷酸。本文任一实施方案所述的突变体包括与参照序列(如本文所述的SEQ ID NO:1-72)具有至少70％，优选至少80％，优选至少85％，优选至少90％，优选至少95％，优选至少97％的序列相同性并保留参照序列的生物学活性的核苷酸序列。可采用例如NCBI的BLASTn计算两条比对的序列之间的序列相同性。突变体还包括在参照序列的和核苷酸序列中具有一个或多个突变(插入、缺失或取代)、同时仍保留参照序列生物学活性的核苷酸序列。所述多个突变通常指1－10个以内，例如1－8个、1－5个或1－3个。取代可以是嘌呤核苷酸与嘧啶核苷酸之间的取代，也可以是嘌呤核苷酸之间或嘧啶核苷酸之间的取代。取代优选是保守性取代。例如，在本领域中，用性能相近或相似的核苷酸进行保守性取代时，通常不会改变多核苷酸的稳定性和功能。保守性取代例如嘌呤核苷酸之间的(A与G)的互换，嘧啶核苷酸之间的(T或U与C)的互换。因此，在本发明多核苷酸中用来自同一残基替换一个或几个位点，将不会在实质上影响其活性。
本发明提供检测SNP的方法，包括：使用本文所述引物扩增样品中的DNA，和分析扩增产物确定SNP基因型。在一个或多个实施方案中，所述分析是HRM分析。在一个或多个实施方案中，本文所述引物与SNP的对应关系如表2所示。
术语“扩增产物”是指在引物定向扩增反应过程中产生的核酸片段。引物定向扩增的一般方法包括聚合酶链反应(PCR)，连接酶链反应(LCR)或链置换扩增(SDA)。如果选择PCR方法，则复制组合物可包含用于核酸复制的组分，例如：核苷酸三磷酸，具有适当序列的两种或更多种引物，聚合酶，缓冲液，溶质和蛋白质。适用于本文扩增方法的温度程序本领域周知。
术语“HRM”是高分辨率熔解曲线分析，其通过实时监测升温过程中双链DNA荧光染料与PCR扩增产物的结合情况，判断是否存在SNP。HRM的分析原理通常为：对双链DNA进行加热，在升温过程中，双链DNA逐渐解链，饱和荧光染料与DNA分离，荧光强度下降，仪器记录下荧光变化的整个过程，生成熔解曲线。熔解曲线的差异取决于DNA的碱基序列，高分辨率的仪器可以检测出单个碱基，如SNP带来的Tm值(即DNA双螺旋结构降解一半时的温度)变化，从而分辨出基因型。在一个或多个实施方案中，HRM分析的条件为：95℃1min；40℃1min；60-95℃收集信号。
本发明还提供本文所述引物在诊断癌症中的用途，包括：使用本文所述引物扩增对象基因组DNA，分析扩增产物确定SNP基因型，从而获得诊断结果。所述癌症包含肺癌、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、食管癌或胃癌。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是肺癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQ ID NO:3-SEQID NO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQ ID NO:9-SEQ ID NO:10和(6)SEQ ID NO:11-SEQ ID NO:12；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是前列腺癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:24中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQ ID NO:16、(9)SEQ ID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQ ID NO:21-SEQ ID NO:22和(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是乳腺癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:36中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(13)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ ID NO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34和(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是结直肠癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQ ID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQ ID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQ ID NO:45-SEQ ID NO:46和(24)SEQ ID NO:47-SEQ ID NO:48；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是食管癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(25)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ ID NO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ ID NO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ ID NO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQ ID NO:60；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
在一个或多个实施方案中，所述癌症是胃癌并且所述引物包含：
(a)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQ ID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ ID NO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
本发明还提供本文所述引物在制备用于检测SNP或诊断癌症的试剂中的用途。
本发明还提供包含本文所述引物的试剂盒。该试剂盒还包含使用所述引物进行SNP检测或疾病诊断的说明书。
以下结合实验详细数据列出具体实施方式，但仅作为对本发明进行说明，不应理解为对本发明的限制。实施例中如无特殊说明，实施例中所用的技术手段和原理为本领域内技术人员熟知的常规方法。如无特殊说明，实施例中所使用材料和试剂，以及仪器设备，均可以从商业途径获得。
应理解实施例只是本发明实施方式的具体表述，其中所述的检测位点为被检者选择决定，本发明所述的所有位点实施方式等同于实施例所述的实施方式。
实施例-健康人口拭子样品肿瘤易感基因位点多态性的检测
在本实施例中，共接收健康人口拭子样品54个，男性19个，女性35个。所有人均签署符合法律规定的知情同意书。采用本发明的方法检测肺癌的5个基因位点和1个基因间位点，前列腺癌的4个基因位点和2个基因间位点以及乳腺癌的5个基因位点和1个基因间位点。其中19例男性样品检测肺癌和前列腺癌，35例女性样品检测肺癌和乳腺癌。位点信息如表1所示。
实验方案：
样品处理和基因组DNA提取：接收来自健康人群的口拭子样品，保存于口拭子保存液中，按照口腔拭子DNA快速提取试剂盒(上海莱枫生物科技有限公司)操作说明书提取DNA。将所有DNA浓度调整到10ng/ul，置于-20℃保存备用。每个位点设置突变标准品对照。
采用表2引物对DNA样品进行扩增，扩增试剂为Bestar HRM Master Mix(DBIBioscience)，扩增平台为LightCycler 480实时荧光定量PCR仪(罗氏诊断产品(上海)有限公司)。扩增反应体系：2xBestar HRM Master Mix 2.5uL、引物对0.1uL、样品DNA或对照1uL。反应终体积1.4uL。PCR条件：95℃2min；95℃10s，65℃-58℃touchdown，72℃10s，55循环。
表2，针对不同SNP的引物
结果判读：
运行LightCycler 480实时荧光定量PCR仪(罗氏诊断产品(上海)有限公司)自动分析程序进行HSM分析。HRM分析扫描条件为：95℃1min；40℃1min；60-95℃收集信号。与对照样品进行参数对比，分析待测样品的基因型。所有54例样品采用前述方法进行检测，结果如下表和图1-图18所示。
表3，基因型检测结果
SNP名称 基因型 人数 基因型 人数 基因型 人数 总数
肺癌-2 CC 12 CT 26 TT 16 54
肺癌-5 CT 7 CC 47 54
肺癌-6 TT 5 CT 25 CC 24 54
肺癌-9 TT 22 CT 28 CC 4 54
肺癌-12 CT 5 CC 49 54
肺癌-13 GG 49 AG 5 54
前列腺癌-3 TT 4 CT 13 CC 2 19
前列腺癌-4 GG 14 AG 5 19
前列腺癌-6 TT 6 GT 10 GG 3 19
前列腺癌-7 TT 7 GT 9 GG 3 19
前列腺癌-8 CT 3 CC 16 19
前列腺癌-10 GG 2 AG 6 AA 11 19
乳腺癌-5 GG 29 AG 4 AA 2 35
乳腺癌-8 TT 4 CT 13 CC 18 35
乳腺癌-9 TT 31 CT 4 35
乳腺癌-16 CC 35 35
乳腺癌-33 GG 1 AG 12 AA 22 35
乳腺癌-34 TT 19 AT 16 35
可以看出，每个位点的待测样品基因型和对应突变标准品基因型分析图的峰型一致，同时采用一代测序金标准进行验证，两者检测结果符合率为100％。分析软件根据每个位点的检测结果，生成不同的峰型，每种峰型代表了每个位点的一种基因型，同时采用一代测序金标准进行每种峰型对应样本的基因型验证，检测结果符合率为100％。
因此，实施例结果表明本发明建立的健康人群肿瘤易感基因多态性的HRM检测方法结果准确，可靠。此外可以根据被检者的需求灵活组合检测位点，适应性强，完全满足目前市场上对肿瘤易感基因检测的需求。
上述实施例为本发明优选的实施方式，但本发明的实施方式并不受上述实施例的限制，本领域内的技术人员可对本发明进行各种修改或等同替换，这种等效的置换方式，都包含在本发明的范围之内。

Claims (10)

1.包含一种或多种引物的引物产品，所述引物识别下述SNP中的一个或多个：rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730、rs16969968、rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154、rs12621278、rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399、rs11075995、rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235、rs4779584、rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612、rs2239815、rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991。
2.如权利要求1所述的引物产品，其特征在于，
所述引物识别以下6组SNP中的一组或多组：(1)rs2131877、rs36600、rs401681、rs753955、rs1051730和rs16969968；(2)rs339331、rs1512268、rs9600079、rs1859962、rs10090154和rs12621278；(3)rs13387042、rs2981579、rs11249433、rs8170、rs10771399和rs11075995；(4)rs3802842、rs10795668、rs12953717、rs961253、rs4444235和rs4779584；(5)rs11066280、rs11187842、rs3781264、rs2847281、rs2239612和rs2239815；和(6)rs11187842、rs3765524、rs3781264、rs13361707、rs2494938和rs10074991；或
所述引物产品包含下述序列或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项所示序列或与SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:72中任一项具有至少70％相同性的突变体，或(2)(1)的互补序列；或
所述引物产品包含以下6组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12、(2)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:24、(3)SEQ IDNO:25-SEQ ID NO:36、(4)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48、(5)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60、和(6)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72；或
所述引物产品包含以下36组中的一组或多组或与其具有至少70％相同性的突变体，或由其组成：(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQ ID NO:3-SEQ ID NO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQ ID NO:9-SEQ ID NO:10、(6)SEQID NO:11-SEQ ID NO:12、(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQ ID NO:16、(9)SEQ ID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQ ID NO:21-SEQ IDNO:22、(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24、(13)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ ID NO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34、(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36、(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQ ID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQ ID NO:45-SEQ ID NO:46、(24)SEQID NO:47-SEQ ID NO:48、(25)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ IDNO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ ID NO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ IDNO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQ ID NO:60、(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQ ID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ ID NO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72。
3.一种检测SNP的方法，其特征在于，所述方法包括：使用权利要求1或2所述的引物产品扩增样品中的DNA，和分析扩增产物以确定SNP基因型。
4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述方法包括以下特征中的一个或多个：
所述分析是HRM分析，优选地，HRM分析的扫描条件为：95℃1min；40℃1min；60-95℃收集信号；
所述扩增是PCR，优选荧光定量PCR；优选地，所述PCR的过程包括加入DNA荧光染料，优选双链DNA荧光染料；
所述引物与SNP的对应关系如表2所示。
5.权利要求1或2所述的引物产品在检测SNP中的应用，包括：使用所述引物产品扩增样品中的DNA，和分析扩增产物以确定SNP基因型。
6.权利要求1或2所述的引物产品在HRM分析中的应用，包括：使用本文所述引物产品扩增样品中的DNA，和进行HRM分析。
7.权利要求1或2所述的引物产品在制备用于检测SNP、进行HRM分析或诊断癌症的试剂中的应用，优选地，所述癌症是肺癌、前列腺癌、乳腺癌、结直肠癌、食管癌或胃癌。
8.如权利要求7所述的应用，其特征在于，
所述癌症是肺癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:12中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(1)SEQ ID NO:1-SEQ ID NO:2、(2)SEQ ID NO:3-SEQ IDNO:4、(3)SEQ ID NO:5-SEQ ID NO:6、(4)SEQ ID NO:7-SEQ ID NO:8、(5)SEQ ID NO:9-SEQID NO:10和(6)SEQ ID NO:11-SEQ ID NO:12；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列；或
所述癌症是前列腺癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:24中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(7)SEQ ID NO:13-SEQ ID NO:14、(8)SEQ ID NO:15-SEQID NO:16、(9)SEQ ID NO:17-SEQ ID NO:18、(10)SEQ ID NO:19-SEQ ID NO:20、(11)SEQID NO:21-SEQ ID NO:22和(12)SEQ ID NO:23-SEQ ID NO:24；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列；或
所述癌症是乳腺癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:36中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(13)SEQ ID NO:25-SEQ ID NO:26、(14)SEQ ID NO:27-SEQ ID NO:28、(15)SEQ ID NO:29-SEQ ID NO:30、(16)SEQ ID NO:31-SEQ ID NO:32、(17)SEQ ID NO:33-SEQ ID NO:34和(18)SEQ ID NO:35-SEQ ID NO:36；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列；或
所述癌症是结直肠癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:48中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(19)SEQ ID NO:37-SEQ ID NO:38、(20)SEQ ID NO:39-SEQ ID NO:40、(21)SEQ ID NO:41-SEQ ID NO:42、(22)SEQ ID NO:43-SEQ ID NO:44、(23)SEQ ID NO:45-SEQ ID NO:46和(24)SEQ ID NO:47-SEQ ID NO:48；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列；或
所述癌症是食管癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:72中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(25)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:50、(26)SEQ ID NO:51-SEQ ID NO:52、(27)SEQ ID NO:53-SEQ ID NO:54、(28)SEQ ID NO:55-SEQ ID NO:56、(29)SEQ ID NO:57-SEQ ID NO:58、(30)SEQ ID NO:59-SEQ ID NO:60；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列；或
所述癌症是胃癌并且所述引物产品包含：
(a)SEQ ID NO:49-SEQ ID NO:60中的一种或多种；
(b)以下6组中的一组或多组(31)SEQ ID NO:61-SEQ ID NO:62、(32)SEQ ID NO:63-SEQ ID NO:64、(33)SEQ ID NO:65-SEQ ID NO:66、(34)SEQ ID NO:67-SEQ ID NO:68、(35)SEQ ID NO:69-SEQ ID NO:70和(36)SEQ ID NO:71-SEQ ID NO:72；
(c)与(a)或(b)具有至少70％相同性的突变体；或
(d)(a)、(b)或(c)的互补序列。
9.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求1或2所述的引物产品和扩增DNA所需的其他试剂。
10.如权利要求9所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包含DNA荧光染料，优选双链DNA荧光染料，或所述试剂盒还包含使用所述引物进行HRM分析、SNP检测或疾病诊断的其他试剂和/或说明书。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111500735A (zh) * 2020-05-29 2020-08-07 爱基因博瑞(厦门)医学检验实验室有限公司 一种免提取直接扩增及检测高发肿瘤易感基因多态性的引物组和探针、试剂盒及其方法

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103060315A (zh) * 2012-10-19 2013-04-24 卫生部北京医院 一种预测前列腺癌易感性的检测试剂盒和方法
CN107002138A (zh) * 2014-09-30 2017-08-01 基因技术有限公司 用于评估发展乳腺癌风险的方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN103060315A (zh) * 2012-10-19 2013-04-24 卫生部北京医院 一种预测前列腺癌易感性的检测试剂盒和方法
CN107002138A (zh) * 2014-09-30 2017-08-01 基因技术有限公司 用于评估发展乳腺癌风险的方法

Non-Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
余胜等: "PLCE1与消化道肿瘤相关性的研究进展", 《肿瘤学杂志》 *
戴宁彬: "染色体 5p13.1 区域遗传变异与胃体癌易感性的关联研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库（电子期刊）医药卫生科技辑》 *
毛盈颖等: "散发性结直肠癌发病分子机制研究进展", 《中国肿瘤》 *
王世东等: "食管癌的全基因组关联研究进展", 《肿瘤学杂志》 *
王若阳等: "单核苷酸多态性与肺癌易感性关系的研究进展", 《国际检验医学杂志》 *
陈慧等: "PLCE1基因与胃癌发生的相关性研究进展", 《现代肿瘤医学》 *
高飞: "前列腺癌相关氨基酸变异及SNP 数据库构建及功能注释", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库（电子期刊）医药卫生科技辑》 *

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111500735A (zh) * 2020-05-29 2020-08-07 爱基因博瑞(厦门)医学检验实验室有限公司 一种免提取直接扩增及检测高发肿瘤易感基因多态性的引物组和探针、试剂盒及其方法
CN111500735B (zh) * 2020-05-29 2023-02-10 爱基因博瑞(厦门)医学检验实验室有限公司 一种免提取直接扩增及检测高发肿瘤易感基因多态性的引物组和探针、试剂盒及其方法

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