CN110453003B - 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用 - Google Patents

与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN110453003B
CN110453003B CN201910713803.4A CN201910713803A CN110453003B CN 110453003 B CN110453003 B CN 110453003B CN 201910713803 A CN201910713803 A CN 201910713803A CN 110453003 B CN110453003 B CN 110453003B
Authority
CN
China
Prior art keywords
spinach
leaf
primer
genome
kasp
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
CN201910713803.4A
Other languages
English (en)
Other versions
CN110453003A (zh
Inventor
钱伟
刘志远
徐兆生
折红兵
李国亮
张合龙
王晓武
武剑
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural Sciences
Original Assignee
Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural Sciences filed Critical Institute of Vegetables and Flowers Chinese Academy of Agricultural Sciences
Priority to CN201910713803.4A priority Critical patent/CN110453003B/zh
Publication of CN110453003A publication Critical patent/CN110453003A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN110453003B publication Critical patent/CN110453003B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/13—Plant traits
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明提供一种与菠菜叶型性状主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用。所述分子标记含有位于菠菜基因组SpoScf_01046(菠菜Scaffold)第37484处的多态性为G/T的核苷酸序列。本发明基于KASP技术开发出与菠菜叶片长、柄长以及叶片长宽比主效QTL紧密连锁的分子标记，用于选育理想叶型的菠菜品种。利用本发明提供的特异性KASP引物可以对菠菜叶长、柄长以及叶片长宽比进行检测，其分析通量高，准确率高。本发明提供的共显性分子标记可大大加快菠菜优异叶片形状品种的选育，缩短育种年限。

Description

与菠菜叶型性状主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用
技术领域
本发明属于分子遗传育种领域，具体地说，涉及一种与菠菜叶型性状主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用。
背景技术
菠菜(Spinacia oleraces L.)，别名波斯草，赤根菜，藜科菠菜属，一二年生草本植物。菠菜营养丰富，含有多种维生素，耐寒性强，生产周期短，复种指数高，产量、产值高，深受生产者和消费者的喜爱(Feng et al.,2015；
Figure BDA0002154656420000011
et al.,2017；Shi et al.,2016)。目前，菠菜在我国南北方各地普遍栽培，是春、秋、冬季的主要绿叶蔬菜之一，也是我国主要出口蔬菜之一。
叶片和叶柄是菠菜的主要食用部位，其性状表现直接影响菠菜的商品品质。菠菜的产量与叶片大小、薄厚，株型均有密切关系。菠菜叶型可分为尖叶和圆叶；叶色分为深绿、绿、浅绿、黄绿和紫绿；叶柄分为长叶柄和短叶柄；叶片缺裂可分为有缺裂和无缺裂；叶面分为平叶和皱叶。这些性状均表现为数量遗传，且受环境影响(钱伟，2014)。目前，有关菠菜叶型方面研究较少。Ma等(2016)利用GBS技术鉴定出5个与菠菜叶面相关的SNP，7个与叶缘相关的SNP以及14个与叶柄颜色相关的SNP(Ma et al.,2016)。Cai等(2018)利用GBS技术鉴定出一个与叶色(红/绿)相关的主效QTL，并鉴定出3个重要候选基因(Cai et al.,2018)。
目前，尚未见有关菠菜叶片长短，柄长短以及叶片长宽比的QTL定位报道。
发明内容
本发明的目的是提供一种与菠菜叶型性状主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用。
为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供一种与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的分子标记(SNP标记KM2191098)，其含有位于菠菜基因组SpoScf_01046(菠菜Scaffold)第37484处的多态性为G/T的核苷酸序列。该处碱基为G的菠菜植株为长叶、长柄和高叶片长宽比，该处碱基为T的菠菜植株为短叶、短柄和低叶片长宽比。标记KM2191098的SNP位点信息见表1。
表1 KM2191098标记的SNP位点信息
标记 染色体 SNP物理位置 等位基因
KM2191098 SpoScf_01046 37484 [G/T]
表1中的位置信息是根据Xu等(2017)发表的菠菜基因组序列而确定(http://www.spinachbase.org/cgi-bin/spinach/index.cgi)。
第二方面，本发明提供标记KM2191098的KASP引物，包括正向引物1、正向引物2和反向引物，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-3所示。
第三方面，本发明提供含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒。
第四方面，本发明提供标记KM2191098，或所述KASP引物，或所述检测试剂或试剂盒在鉴定菠菜叶长、柄长以及叶片长宽比中的应用。
所述应用包括如下步骤：
(1)提取待测菠菜的基因组DNA；
(2)稀释步骤(1)中的DNA到18-22ng/μL(优选20ng/μL)，作为模板，并向其中加入特异的KASP Primer mix和通用的KASP Master mix，进行PCR扩增；
(3)PCR产物进行荧光检测分析；
其中，所述KASP Primer mix包含所述KASP引物；所述正向引物1的5’端还添加有FAM荧光标签序列5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’(通用标签A)，正向引物2的5’端还添加有HEX荧光标签序列5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’(通用标签B)。
带有通用标签A的正向引物序列如下：
5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTTGGCCGGTTGGTGTTATAACC-3’；其中，GAAGGTGACCAAGTTCATGCT为通用标签A；
带有通用标签B的正向引物序列如下：
5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCTTGGCCGGTTGGTGTTATAACA-3’；其中，GAAGGTCGGAGTCAACGGATT为通用标签B；
反向引物序列如下：
5’-GGTTAGAAACTGATTAGGTTAAAGTGTATA-3’。
所述KASP Master mix包含如下组份：通用的TRET cassette荧光引物，ROX内参染料，KlearTaq DNA聚合酶，dNTP和MgCl2。
可选地，所述KASP Master mix是英国LGC公司产品。产品目录号为KBS-1016-002。
步骤(2)PCR反应体系如下：模板DNA 2.5μL，KASP Primer mix 2.5μL，KASPMaster mix 0.07μL。
PCR反应程序如下：94℃15分钟；94℃20秒，61-55℃60秒，每个循环降低0.6℃，10个循环；94℃20秒，55℃60秒，26个循环。
步骤(3)优选在低于40℃下进行荧光检测分析。分析PCR扩增产物的SNP位点，如果扩增产物中检测到与正向引物1对应的荧光，则该位点碱基为GG纯合基因型，对应菠菜为长叶、长柄和高叶片长宽比；如果扩增产物中检测到与正向引物2对应的荧光，则该位点碱基为TT纯合基因型，对应菠菜为短叶、短柄和低叶片长宽比；如果扩增产物中检测到两种不同荧光，则该位点碱基为GT杂合基因型，对应菠菜的叶型相关性状介于GG纯合基因型和TT纯合基因型之间。
第五方面，本发明提供标记KM2191098，或所述KASP引物，或所述检测试剂或试剂盒在菠菜分子标记辅助育种中的应用。
第六方面，本发明提供标记KM2191098，或所述KASP引物，或所述检测试剂或试剂盒在菠菜基因分型中的应用。
第七方面，本发明提供标记KM2191098在构建菠菜DNA指纹图谱中的应用。
借由上述技术方案，本发明至少具有下列优点及有益效果：
本发明基于KASP技术开发出与菠菜叶片长、柄长以及叶片长宽比主效QTL紧密连锁的分子标记，用于选育理想叶型的菠菜品种。利用本发明提供的特异性KASP引物可以对菠菜叶长、柄长以及叶片长宽比进行检测，其分析通量高，准确率高。本发明提供的共显性分子标记可大大加快菠菜优异叶片形状品种的选育，缩短育种年限。
附图说明
图1为本发明实施例1中LL、PL以及LR主效QTL的定位结果；其中，右侧是分子标记的名称，左侧为遗传图的大小，单位是cM。
图2为本发明实施例2中利用标记KM2191098检测F2群体的结果。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。若未特别指明，实施例均按照常规实验条件，如Sambrook等分子克隆实验手册(Sambrook J&Russell DW,Molecular Cloning:a Laboratory Manual,2001)，或按照制造厂商说明书建议的条件。
实施例1与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的KASP分子标记的开发
1、菠菜遗传图谱的构建
利用菠菜自交系12S3作为母本和轮回亲本，菠菜自交系12S4作为父本，杂交得到147株BC1群体。12S4叶片和叶柄长度均大于12S3。发明人前期对父母本进行SLAF-seq获得4048个SNP(Qian et al.,2017)，从中均匀地选取300个SNP并将其设计为KASP引物，其中180个KASP引物可以成功在BC1群体中正确分型。将该分型结果导入Joinmap 4.0中，结果共有179个标记紧密连锁，从而构建了一张含有179个标记的连锁图。该遗传图包含6条连锁群(linkage group,LG)，总长度为583.84cM，平均长度为3.26cM。
2、菠菜叶片、叶柄以及叶宽长度的测量
将所有BC1群体种植于中国农业科学院蔬菜花卉研究所实验基地，待菠菜出现6-7片真叶时，用直尺测量叶片长度(LL，leaf length)、叶柄长度(PL,petiole length)以及叶宽长度，并计算叶片长宽比(LR,ratio of leaf length to width)。LL、PL以及LR在BC1群体中呈正态分布。
3、QTL定位以及KASP标记的开发
根据BC1群体构建的遗传图和BC1群体的LL、PL、LR表型数据，用MapQTL 6.0软件的区间作图(IM)和多QTL模型(MQM)进行QTL检测，LOD阈值采用1000次重复排列测验来确定。用p<0.05水平下的LOD阈值来确定显著的QTL。最终LL，PL以及LR的主效QTL均位于LG5相同位置(图1)，KM2191098标记与该QTL紧密连锁(表2)，将其设计为KASP引物。该引物包含正向引物1、正向引物2和反向引物。正向引物的5’端连接有荧光标签序列，其中正向引物1的5’端连接为FAM荧光标签序列5'-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'，正向引物2的5'端连接为HEX荧光标签序列5'-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’。
引物序列如下：
Figure BDA0002154656420000041
上述引物序列均由英潍捷基(上海)贸易有限公司合成获得。本发明提供的KASP基因分型通量大且操作简单，只需将特异的KASP Primer mix和通用的KASP Master mix加入到含有DNA样本的PCR微孔反应板中，进行PCR扩增。最终结果采用荧光检测仪进行分析即可。
表2菠菜叶型相关性状QTL定位结果
性状 QTL 紧密连锁标记 位置(cM) LOD值 变异解释率(％) 加性效应
LL(叶长) LL5.1 KM2191098 28.495 24.66 50.8 2.59
PL(柄长) PL5.1 KM2191098 28.495 12.20 31.8 0.95
LR(长宽比) LR5.1 KM2191098 28.495 24.86 51.5 0.43
实施例2 KM2191098标记的有效性验证
具体方法如下：
1、材料表型测定及基因组DNA提取
以菠菜自交系10s22为父本，06s12为母本，获得F2群体。本实验从F2群体中随机选取84株，待其出现6-7片真叶时用直尺测量叶长、柄长以及叶宽，并计算长宽比。同时，采用CTAB法提取全基因组DNA。
2、稀释DNA
本实验采用的DNA浓度为20ng/μL。
3、KASP Primer mix制备
各取正向引物12μL(100μM)，反向引物30μL(100μM)，用无菌超纯水补充至100μl。
4、PCR扩增反应体系如下：
组分 96孔板(μl) 384孔板(μl)
模板DNA 5 2.5
KASP Master mix 5 2.5
KASP Primer mix 0.14 0.07
总体积 10.14 5.07
实验同时设置反应体系中不添加模板DNA的空白对照(NTC)，每个板设置1个空白对照。
5、PCR反应条件如下：
Figure BDA0002154656420000051
待荧光检测分型后，若分型结果不理想，可再进行如下PCR反应：
Figure BDA0002154656420000052
第二次PCR反应结束后可再次进行荧光检测分析。
6、PCR扩增产物的荧光扫描
利用Applied Biosystems公司生产的QuantStudio 6Flex机器对PCR扩增产物进行扫描，基于两荧光(FAM荧光和HEX荧光)的激发波长和发射波长不同，从而实现对扩增产物的分型。聚合在X轴的显示蓝色的样本的基因型为连接FAM荧光标签序列的等位基因型，即为GG；聚合在Y轴的样本的基因型为连接HEX荧光标签序列的等位基因型，即为TT；聚合在中间的显示绿色样本的基因型为两种等位基因，即为GT；左下角显示的黑色样本为NTC(图2)。
7、结果分析
与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁标记KM2191098对F2群体进行检测结果见表3：
表3F2群体检测结果
Figure BDA0002154656420000061
注：表3中小写字母表示显著性差异(t检验，p<0.05)。
结果表明，在F2群体中，GG、TT以及HH基因型在LL、PL以及LR数据的差异存在显著差异。
上述结果表明，标记KM2191098可用于筛选理想叶型的菠菜品种，且该标记准确可靠，提高了效率，大大加快了育种进程。
虽然，上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述，但在本发明基础上，可以对之做一些修改或改进，这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此，在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进，均属于本发明要求保护的范围。
参考文献:
[1]Feng C,Bluhm B H,Correll J C.Construction of a spinach bacterialartificial chromosome(BAC)library as a resource for gene identification andmarker development[J].Plant molecular biology reporter,2015,33(6):1996-2005.
[2]
Figure BDA0002154656420000071
M,Allmer J,et al.Newly developed SSR markers revealgenetic diversity and geographical clustering in spinach(Spinacia oleracea)[J].Molecular genetics and genomics,2017,292(4):847-855.
[3]Shi A,Mou B,Correll J C.Association analysis for oxalateconcentration in spinach[J].Euphytica,2016,212(1):17-28.[4]钱伟,张合龙,刘伟,等.菠菜遗传育种研究进展[J].中国蔬菜,2014(3):5-13.
[5]Ma J,Shi A,Mou B,et al.Association mapping of leaf traits inspinach(Spinacia oleracea L.)[J].Plant Breeding,2016,135(3):399-404.
[6]Cai X,Xu C,Wang X,et al.Construction of genetic linkage map usinggenotyping-by-sequencing and identification of QTLs associated with leafcolor in spinach[J].Euphytica,2018,214(12):229.
[7]Xu C,Jiao C,Sun H,et al.Draft genome of spinach and transcriptomediversity of 120Spinacia accessions[J].Nature communications,2017,8:15275.
序列表
<110>中国农业科学院蔬菜花卉研究所
<120>与菠菜叶型性状主效QTL紧密连锁的分子标记及其应用
<130>KHP191113774.4
<160>3
<170>SIPOSequenceListing1.0
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
tggccggttg gtgttataac c 21
<210> 2
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
cttggccggt tggtgttata aca 23
<210> 3
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
ggttagaaac tgattaggtt aaagtgtata 30

Claims (6)

1.用于检测与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记的KASP引物或含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒在鉴定菠菜叶长、柄长以及叶片长宽比中的应用；
所述分子标记在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为G/T；
用于检测所述分子标记的KASP引物由正向引物1、正向引物2和反向引物组成，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-3所示；
在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GG的纯合基因型对应菠菜为长叶、长柄和高叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为TT的纯合基因型对应菠菜为短叶、短柄和低叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GT的杂合基因型对应菠菜的叶型相关性状介于GG纯合基因型和TT纯合基因型之间。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，包括如下步骤：
(1)提取待测菠菜的基因组DNA；
(2)将步骤(1)中的DNA稀释到18-22 ng/µL，将稀释后的DNA作为模板，并向其中加入特异的KASP Primer mix和通用的KASP Master mix，进行PCR扩增；
(3)对PCR产物进行荧光检测分析；
其中，所述KASP Primer mix包含权利要求1所述的KASP引物；
所述KASP Master mix包含如下组份：通用的荧光引物，ROX内参染料，Taq DNA聚合酶，dNTP和MgCl2。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，步骤(2)中PCR扩增体系如下：模板DNA 2.5µL，KASP Primer mix 2.5 µL，KASP Master mix 0.07 µL；
PCR扩增程序如下：94℃ 15分钟；94℃ 20秒，61-55℃ 60秒，每个循环降低0.6℃，10个循环；94℃ 20秒，55℃ 60秒，26个循环。
4.用于检测与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记的KASP引物或含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒在与菠菜叶长、柄长以及叶片长宽比相关的分子标记辅助育种中的应用；
所述分子标记在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为G/T；
用于检测所述分子标记的KASP引物由正向引物1、正向引物2和反向引物组成，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-3所示；
在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GG的纯合基因型对应菠菜为长叶、长柄和高叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为TT的纯合基因型对应菠菜为短叶、短柄和低叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GT的杂合基因型对应菠菜的叶型相关性状介于GG纯合基因型和TT纯合基因型之间。
5.用于检测与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记的KASP引物或含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒在菠菜基因分型中的应用；
所述分子标记在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为G/T；
用于检测所述分子标记的KASP引物由正向引物1、正向引物2和反向引物组成，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-3所示；
在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GG的纯合基因型对应菠菜为长叶、长柄和高叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为TT的纯合基因型对应菠菜为短叶、短柄和低叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GT的杂合基因型对应菠菜的叶型相关性状介于GG纯合基因型和TT纯合基因型之间。
6.用于检测与菠菜叶型相关性状主效QTL紧密连锁的SNP分子标记的KASP引物或含有所述KASP引物的检测试剂或试剂盒在构建菠菜DNA指纹图谱中的应用；
所述分子标记在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为G/T；
用于检测所述分子标记的KASP引物由正向引物1、正向引物2和反向引物组成，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO:1-3所示；
在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GG的纯合基因型对应菠菜为长叶、长柄和高叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为TT的纯合基因型对应菠菜为短叶、短柄和低叶片长宽比；在菠菜基因组SpoScf_01046第37484处的碱基为GT的杂合基因型对应菠菜的叶型相关性状介于GG纯合基因型和TT纯合基因型之间。
CN201910713803.4A 2019-08-02 2019-08-02 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用 Active CN110453003B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910713803.4A CN110453003B (zh) 2019-08-02 2019-08-02 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201910713803.4A CN110453003B (zh) 2019-08-02 2019-08-02 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN110453003A CN110453003A (zh) 2019-11-15
CN110453003B true CN110453003B (zh) 2022-06-24

Family

ID=68484705

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201910713803.4A Active CN110453003B (zh) 2019-08-02 2019-08-02 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110453003B (zh)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114262750B (zh) * 2022-02-11 2022-09-30 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 用于检测芥菜裂叶基因连锁的kasp标记的核酸及其应用
CN115198029B (zh) * 2022-06-07 2023-08-08 上海市农业科学院 小菠菜指纹图谱、构建方法及其应用

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107142315A (zh) * 2017-05-31 2017-09-08 广东省农业科学院蔬菜研究所 与南瓜叶黄素含量主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用
CN107475381A (zh) * 2017-08-17 2017-12-15 广东省农业科学院蔬菜研究所 与菜薹花青素基因连锁的snp分子标记及其应用

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10258001B2 (en) * 2013-09-13 2019-04-16 Nunhems B.V. Spinach plants that are resistant to downy mildew
CN104711349B (zh) * 2015-03-11 2017-03-29 中蔬种业科技（北京）有限公司 与菠菜性别基因y紧密连锁的分子标记d4.3及其应用
CN104711348B (zh) * 2015-03-11 2017-03-15 中蔬种业科技（北京）有限公司 与菠菜性别基因y共分离的分子标记s9.5及其应用
AU2016406717B2 (en) * 2016-05-13 2023-06-15 Rijk Zwaan Zaadteelt En Zaadhandel B.V. Non R-gene mediated resistance in spinach
CN108330194A (zh) * 2017-01-20 2018-07-27 上海弥健生物科技有限公司 一种确定体型的方法及其试剂盒
CN107541551B (zh) * 2017-09-07 2022-06-07 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 基于kasp技术开发的用于检测菠菜rpf1基因型的引物及应用
CN109234430B (zh) * 2018-08-30 2021-08-17 中国农业科学院蔬菜花卉研究所 一种与菠菜果实形态相关的InDel分子标记及检测引物与应用

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107142315A (zh) * 2017-05-31 2017-09-08 广东省农业科学院蔬菜研究所 与南瓜叶黄素含量主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用
CN107475381A (zh) * 2017-08-17 2017-12-15 广东省农业科学院蔬菜研究所 与菜薹花青素基因连锁的snp分子标记及其应用

Also Published As

Publication number Publication date
CN110453003A (zh) 2019-11-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN108998562B (zh) 基于小麦品种中麦895遗传背景下粒长基因标记及应用
CN110438252B (zh) 与菠菜雌雄性别紧密连锁的分子标记及其应用
KR20230149050A (ko) 인삼의 품종을 판별하기 위한 단일염기다형성을 갖는 유전자 마커
CN110453003B (zh) 与菠菜叶型性状主效qtl紧密连锁的分子标记及其应用
CN111850158B (zh) 用于普通小麦常规种品种纯度鉴定的特异性snp位点组合以及鉴定方法
CN114606332A (zh) 用于判断西瓜果肉硬度的SNP位点、Hf-KASP1标记及其应用
CN109609687B (zh) 用于检测西瓜枯萎病抗性的kasp标记引物组合及其应用
CN113249510B (zh) 一种用于鉴定莴苣杂交种真实性的方法及其使用的kasp引物组合
CN111961753B (zh) 一种辣椒番茄斑点萎蔫病毒病抗性基因相关的snp标记及其特异性引物和应用
CN114480718B (zh) 一种基于kasp技术用于水稻耐高温基因分型的引物组、检测试剂盒及其应用
EP2875155B1 (en) Endpoint zygosity assay to detect rf4 gene in maize
KR102458440B1 (ko) 고추 역병 저항성 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 고추 역병 저항성 판별 방법
CN114606335A (zh) 玉米抗甘蔗花叶病毒病基因的kasp分子标记的开发及应用
CN114836563A (zh) 一种鉴定欧洲水果型黄瓜的方法及其专用snp引物组和应用
CN110358855B (zh) 辣椒疫病抗性基因snp标记5-156及其特异性引物和应用
CN111549172A (zh) 西瓜叶片后绿基因连锁位点及caps标记
CN111485032A (zh) 一种鉴定黄瓜雌性系的方法及其使用的snp引物组合
CN113736908B (zh) 用于检测番茄叶霉病抗性的snp位点组合及其应用
CN110592260A (zh) 硬粒小麦成株抗叶锈病位点的竞争性等位基因特异聚合酶链式反应标记及其应用
CN117286287B (zh) 大豆耐荫基因GmYUC2的KASP标记及其应用
CN116622877B (zh) 与莲藕节间形状相关的snp分子标记及其应用
CN113736906B (zh) 用于检测番茄黄萎病抗性的snp位点组合及其应用
Priyadarshan et al. Molecular Breeding
CN115725767A (zh) 与菠菜抽薹主效qtl紧密连锁的snp分子标记及其应用
KR101801019B1 (ko) 60s 리보좀 유전자 기반 잎마름병 저항성 백합 품종 판별용 SNP 마커 및 이의 용도

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant