CN110241226B - 太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的snp标记组合和鉴定方法 - Google Patents

太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的snp标记组合和鉴定方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法，通过提取生猪肉或肉制品的基因组DNA，经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和SNaPshot测序，根据测序结果特点位点的SNP基因型鉴定太湖猪各个品种及其肉制品；所述的SNaPshot测序，其鉴定位点处出现特异突变；本发明解决现有技术中尚未有太湖猪各个品种及其肉制品相关的鉴定方法的问题。

Description

太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合和 鉴定方法
技术领域
本发明涉及的是一种食品安全监测领域，具体涉及一种太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法。
背景技术
太湖流域地方品种猪主要有：二花脸猪、梅山猪、枫泾猪、沙乌头猪、米猪、嘉兴黑猪，其中梅山猪因体型大小分为中梅山猪和小梅山猪。太湖流域地方品种猪同根共源，又各具特点，但因其体型外貌相近，尤其是仔猪，在生产中存在混淆的情况，而通过传统体型外貌品种鉴定方法将太湖流域地方品种猪各个品种进行区分难度较大，不利于有效地开展保种和开发利用工作。另一方面，太湖流域地方品种猪肉质鲜美而广受消费者欢迎，其经济价值高于市场常见的杜洛克、长白、大白猪等杂交后代猪肉，因而市场上出现了上述杂交后代猪肉假冒的太湖流域地方品种猪肉销售的情况，以及将上述杂交猪肉掺假在太湖流域地方品种猪肉产品(例如火腿、肉馅等)的销售行为，但传统方法无法对宰杀分割肉和处理后的肉制品进行准确归属判断。单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，具有位点丰富、分布广泛、遗传稳定性高、具有代表性、检测便捷快速等特点。而其中，在一定的品种(群体)范围内，只在一个群体中出现的SNP被称作品种特异SNP。品种特异SNP位点筛选和位点组合方法研究是开展品种和制品鉴定的关键。
第三代分子标记SNP相对于前两代分子标记具有变异丰富、对DNA样本要求低、稳定性高、测定准确、检测方法简便且通量高等优点。目前，第三代分子标记SNP已广泛应用于亲子鉴定、动植物品种(品系)鉴定、遗传育种等领域。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的不足，提出一种鉴定太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法，利用第三代分子标记及SNaPshot测序技术鉴别太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品，解决现有技术中尚未有太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品相关的鉴定方法的问题，提供了一种结果准确、操作简单、价格低廉的鉴定太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品的方法和相关专用引物。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的：
一种太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合，包括：pig6-94543329、pig8-125260555、pig15-156200455、pig11-44211123、pigx-43758743、pig3-5640069、pig2-921624、pig16-43433565、pig7-78405284、pig1-32329164、pig16-6489738、pig8-42369911、pig2-60239356、pig8-5778954、pig7-37079960、pig13-16955200、pig13-111071937、pig7-91759815、pig15-112416414、pig17-8986714、pig6-17954424、pig17-12719441、pig1-156032177、pig14-83975934、pig10-62388272、pig7-91520426、pig1-95570577、pig12-55221026、pig11-25257600、pig5-83074075、pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013、pig15-55926968、pig11-7097640、pig15-53346339、pig1-8851878、pig5-2060225、pig6-8539623、pig11-85315121、pigx-29045924、pig16-84191766、pig9-143610357、pig13-23117378、pig17-64542536位点，所述pig6-94543329表示猪6号染色体第94543329位位点，pig8-125260555表示猪8号染色体第125260555位位点，pig15-156200455表示猪15号染色体第156200455位位点，pig11-44211123表示猪11号染色体第44211123位位点，pigx-43758743表示猪x号染色体第43758743位位点，pig3-5640069表示猪3号染色体第5640069位位点，pig2-921624表示猪2号染色体第921624位位点，pig16-43433565表示猪16号染色体第43433565位位点，pig7-78405284表示猪7号染色体第78405284位位点，pig1-32329164表示猪1号染色体第32329164位位点，pig16-6489738表示猪16号染色体第6489738位位点，pig8-42369911表示猪8号染色体第42369911位位点，pig2-60239356表示猪2号染色体第60239356位位点，pig8-5778954表示猪8号染色体第5778954位位点，pig7-37079960表示猪7号染色体第37079960位位点，pig13-16955200表示猪13号染色体第16955200位位点，pig13-111071937表示猪13号染色体第111071937位位点，pig7-91759815表示猪7号染色体第91759815位位点，pig15-112416414表示猪15号染色体第112416414位位点，pig17-8986714表示猪17号染色体第8986714位位点，pig6-17954424表示猪6号染色体第17954424位位点，pig17-12719441表示猪17号染色体第12719441位位点，pig1-156032177表示猪1号染色体第156032177位位点，pig14-83975934表示猪14号染色体第83975934位位点，pig10-62388272表示猪10号染色体第62388272位位点，pig7-91520426表示猪7号染色体第91520426位位点，pig1-95570577表示猪1号染色体第95570577位位点，pig12-55221026表示猪12号染色体第55221026位位点，pig11-25257600表示猪11号染色体第25257600位位点，pig5-83074075表示猪5号染色体第83074075位位点，pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点，pig11-7097640表示猪11号染色体第7097640位位点，pig15-53346339表示猪15号染色体第53346339位位点，pig1-8851878表示猪1号染色体第8851878位位点，pig5-2060225表示猪5号染色体第2060225位位点，pig6-8539623表示猪6号染色体第8539623位位点，pig11-85315121表示猪11号染色体第85315121位位点，pigx-29045924表示猪x号染色体第29045924位位点，pig16-84191766表示猪16号染色体第84191766位位点，pig9-143610357表示猪9号染色体第143610357位位点，pig13-23117378表示猪13号染色体第23117378位位点，pig17-64542536位点表示猪17号染色体第64542536位位点。
进一步地，基于SNP标记组合的太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品鉴定方法，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和SNaPshot测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品。
进一步地，所述的PCR扩增，pig6-94543329处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.1～2所示，pig8-125260555处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.3～4所示，pig15-156200455处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.5～6所示，pig11-44211123处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.7～8所示，pigx-43758743处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.9～10所示，pig3-5640069处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.11～12所示，pig2-921624处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.13～14所示，pig16-43433565处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.15～16所示，pig7-78405284处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.17～18所示，pig1-32329164处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.19～20所示，pig16-6489738处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.21～22所示，pig8-42369911处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.23～24所示，pig2-60239356处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.25～26所示，pig8-5778954处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.27～28所示，pig7-37079960处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.29～30所示，pig13-16955200处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.31～32所示，pig13-111071937处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.33～34所示，pig7-91759815处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.35～36所示，pig15-112416414处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.37～38所示，pig17-8986714处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.39～40所示，pig6-17954424处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.41～42所示，pig17-12719441处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.43～44所示，pig1-156032177处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.45～46所示，pig14-83975934处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.47～48所示，pig10-62388272处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.49～50所示，pig7-91520426处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.51～52所示，pig1-95570577处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.53～54所示，pig12-55221026处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.55～56所示，pig11-25257600处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.57～58所示，pig5-83074075处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.59～60所示，pig12-6044104处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.61～62所示，pig16-72138396处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.63～64所示，pig4-119045753处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.65～66所示，pig13-32829013处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.67～68所示，pig15-55926968处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.69～70所示，pig11-7097640处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.71～72所示，pig15-53346339处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.73～74所示，pig1-8851878处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.75～76所示，pig5-2060225处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.77～78所示，pig6-8539623处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.79～80所示，pig11-85315121处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.81～82所示，pigx-29045924处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.83～84所示，pig16-84191766处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.85～86所示，pig9-143610357处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.87～88所示，pig13-23117378处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.89～90所示，pig17-64542536处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.91～92所示。
进一步地，SNaPshot测序引物及测序产物的鉴定位点对比信息如下表所示：
Figure BDA0002078508550000031
Figure BDA0002078508550000041
表中UEP代表测序引物，REF为参考基因型，ALT为突变基因型。
进一步地，所述的鉴定位点信息为：各个检测位点的突变基因型与参考基因型，当待测猪检测位点出现参考基因型时认为该位点没有鉴定意义，当待测猪检测位点出现突变基因型时，认为该位点具有鉴定意义。
本发明的有益效果是：与现有技术相比，本发明以太湖流域地方品种猪各个品种特有SNP位点为鉴定依据，从分子层面研究鉴别太湖流域地方品种猪的方法，并以SNaPshot测序为主要分子鉴定方法，能够将太湖流域地方品种猪各个品种之间及与常见西方猪种鉴定区分。
具体实施方式
以下对本发明具体实施方式作进一步详细说明。
本发明涉及一种太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记，包括：pig6-94543329、pig8-125260555、pig15-156200455、pig11-44211123、pigx-43758743、pig3-5640069、pig2-921624、pig16-43433565、pig7-78405284、pig1-32329164、pig16-6489738、pig8-42369911、pig2-60239356、pig8-5778954、pig7-37079960、pig13-16955200、pig13-111071937、pig7-91759815、pig15-112416414、pig17-8986714、pig6-17954424、pig17-12719441、pig1-156032177、pig14-83975934、pig10-62388272、pig7-91520426、pig1-95570577、pig12-55221026、pig11-25257600、pig5-83074075、pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig15-55926968、pig13-32829013、pig11-7097640、pig15-53346339、pig1-8851878、pig5-2060225、pig6-8539623、pig11-85315121、pigx-29045924、pig16-84191766、pig9-143610357、pig13-23117378、pig17-64542536位点，所述pig6-94543329表示猪6号染色体第94543329位位点，pig8-125260555表示猪8号染色体第125260555位位点，pig15-156200455表示猪15号染色体第156200455位位点，pig11-44211123表示猪11号染色体第44211123位位点，pigx-43758743表示猪x号染色体第43758743位位点，pig3-5640069表示猪3号染色体第5640069位位点，pig2-921624表示猪2号染色体第921624位位点，pig16-43433565表示猪16号染色体第43433565位位点，pig7-78405284表示猪7号染色体第78405284位位点，pig1-32329164表示猪1号染色体第32329164位位点，pig16-6489738表示猪16号染色体第6489738位位点，pig8-42369911表示猪8号染色体第42369911位位点，pig2-60239356表示猪2号染色体第60239356位位点，pig8-5778954表示猪8号染色体第5778954位位点，pig7-37079960表示猪7号染色体第37079960位位点，pig13-16955200表示猪13号染色体第16955200位位点，pig13-111071937表示猪13号染色体第111071937位位点，pig7-91759815表示猪7号染色体第91759815位位点，pig15-112416414表示猪15号染色体第112416414位位点，pig17-8986714表示猪17号染色体第8986714位位点，pig6-17954424表示猪6号染色体第17954424位位点，pig17-12719441表示猪17号染色体第12719441位位点，pig1-156032177表示猪1号染色体第156032177位位点，pig14-83975934表示猪14号染色体第83975934位位点，pig10-62388272表示猪10号染色体第62388272位位点，pig7-91520426表示猪7号染色体第91520426位位点，pig1-95570577表示猪1号染色体第95570577位位点，pig12-55221026表示猪12号染色体第55221026位位点，pig11-25257600表示猪11号染色体第25257600位位点，pig5-83074075表示猪5号染色体第83074075位位点，pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点，，pig11-7097640表示猪11号染色体第7097640位位点，pig15-53346339表示猪15号染色体第53346339位位点，pig1-8851878表示猪1号染色体第8851878位位点，pig5-2060225表示猪5号染色体第2060225位位点，pig6-8539623表示猪6号染色体第8539623位位点，pig11-85315121表示猪11号染色体第85315121位位点，pigx-29045924表示猪x号染色体第29045924位位点，pig16-84191766表示猪16号染色体第84191766位位点，pig9-143610357表示猪9号染色体第143610357位位点，pig13-23117378表示猪13号染色体第23117378位位点，pig17-64542536位点表示猪17号染色体第64542536位位点。
本发明提供了一种基于上述SNP标记组合的太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品鉴定方法，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和SNaPshot测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品。
所述的PCR扩增，其中涉及的引物如表1所示：
表1扩增位点引物及产物信息
Figure BDA0002078508550000051
Figure BDA0002078508550000061
表中F代表上游引物，R代表下游引物，length代表标准产物长度(bp)，F'-position代表SNP位点在扩增产物的位置。
所述的PCR扩增，反应体系为模板DNA 1ng/uL、引物1uL、H2O 3.8uL、2×Taq PCRMasrer Mix 50uL；和/或，所述PCR反应的反应程序为95℃预变性2min，95℃预变性30s，60℃退火温度30s，72℃延伸1min，循环次数30次，72℃再延伸10min。所述的琼脂糖凝胶的质量浓度为2％。所述的凝胶电泳，其条带长度要求为如表1所示。所述的SNaPshot测序引物及测序产物鉴定位点对比信息如表2所示：
表2 SNaPshot测序引物及测序产物鉴定位点对比信息
Figure BDA0002078508550000062
Figure BDA0002078508550000071
表中UEP代表测序引物，REF代表参考基因型，ALT代表突变基因型。
如表2所示，各个检测位点的突变基因型与参考基因型，当待测猪检测位点出现参考基因型时认为该位点没有鉴定意义，当待测猪检测位点出现突变基因型时，认为该位点具有鉴定意义，例如一头待测猪A在Pig1-156032177位点，如果测序数据为C，则认为待测猪A在Pig1-156032177位点不具备鉴定意义；如果测序数据为T，则认为待测猪A在Pig1-156032177位点具有鉴定意义。
本发明涉及一种西方品种(包括杜洛克猪、长白猪和大白猪)和太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合，包括：pig6-94543329、pig8-125260555、pig15-156200455、pig11-44211123位点为杜洛克猪鉴定位点；pigx-43758743、pig3-5640069、pig2-921624、pig16-43433565位点为长白猪鉴定位点；pig7-78405284、pig1-32329164、pig16-6489738、pig8-42369911位点为大白猪鉴定位点；pig2-60239356、pig8-5778954、pig7-37079960、pig13-16955200、pig13-111071937位点为嘉兴黑猪鉴定位点；pig7-91759815、pig15-112416414、pig17-8986714、pig6-17954424位点为小梅山猪鉴定位点；pig17-12719441、pig1-156032177、pig14-83975934、pig10-62388272位点为枫泾猪鉴定位点；pig7-91520426、pig1-95570577、pig12-55221026、pig11-25257600、pig5-83074075位点为二花脸猪鉴定位点；pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013、pig15-55926968位点为米猪鉴定位点；pig11-7097640、pig15-53346339、pig1-8851878、pig5-2060225、pig6-8539623位点为中梅山猪鉴定位点；pig11-85315121、pigx-29045924、pig16-84191766、pig9-143610357、pig13-23117378、pig17-64542536位点为沙乌头猪鉴定位点。
由于单个位点作为鉴定依据的存在假阳性错判，且错判概率较高，所以本发明利用位点组合作为鉴定Marker。
各个品种鉴定位点组合鉴定Marker信息如表3所示。
表3鉴定标记组合(Marker)信息
Figure BDA0002078508550000072
Figure BDA0002078508550000081
Figure BDA0002078508550000091
如表3所示，Marker1-4为杜洛克猪鉴定标记组合，Marker5-8为长白猪鉴定标记组合，Marker9-12为大白猪鉴定标记组合，Marker13-22为嘉兴黑猪鉴定标记组合，Marker23-26为小梅山猪鉴定标记组合，Marker27-30为枫泾猪鉴定标记组合，Marker31-40为二花脸猪鉴定标记组合，Marker41-50为米猪鉴定标记组合，Marker51-60为中梅山猪鉴定标记组合，Marker61-80为沙乌头猪鉴定标记组合。例如当待测猪B具备枫泾猪4个Marker组合中的任意一种位点突变组合的时候，则认为待测猪B为枫泾猪。
所述的太湖流域地方品种猪各个品种肉制品是指太湖流域地方品种猪各个品种分割肉及以太湖流域地方品种猪各个品种为原料加工制备的腌制品和熟食制品。
随机选取太湖流域地方品种猪及常见西方猪种耳组织样本10份，采用SDS法提取组织DNA。
利用引物对DNA样品进行PCR反应扩增。PCR反应的反应体系为10uL体系：模板DNA1ng/uL、引物1uL、H2O 3.8uL、22O 3.8uLL品种猪及常见西方猪种耳组织样本；和/或，PCR反应的反应程序为95℃预变性2min，95℃预变性30s，60℃退火温度30s，72℃延伸1min，循环次数30次，72℃再延伸10min。用2％的琼脂糖凝胶，1琼脂糖凝缓冲液为介质电泳检测扩增结果，凝胶电泳条件为电流10A，电压100伏，时间40分钟。不同引物对扩增产物与表1中的标准产物长度进行比对，产物长度在误差范围内且与标准产物长度一致，则认为扩增结果合格。
将合格的样本PCR扩增产物进行Snapshot测序，得到各个检测位点的信息对测序结果进行分析：
表4样本测序结果SNP多态性分析表
Figure BDA0002078508550000101
Figure BDA0002078508550000111
表中REF代表参考基因型，ALT代表具有突变基因型，√代表检测到突变基因型。
如表4所示，由测序数据可得，若只采用单一位点作为鉴定依据，一头待测猪同时归属于多个品种。
利用位点组合Marker的方式来进行鉴定：1号猪在pig8-125260555、pig11-44211123、pig15-156200455、pig17-64542536位点检测到突变，符合Marker4的鉴定信息，鉴定1号猪为杜洛克猪；2号猪在pigx-43758743、pig3-5640069、pig7-37079960、pig16-43433565、pig2-921624位点检测到突变，符合Marker5、Marker6、Marker7、Marker8的鉴定信息，鉴定2号猪为长白猪；3号猪在pig8-42369911、pig7-78405284、pig1-32329164位点检测到突变，符合Maker10，鉴定3号猪为大白猪；4号猪在pig12-6044104、pig13-32829013、pig17-64542536、pig7-91520426、pig12-55221026、pig11-25257600、pig13-111071937、pig1-95570577、pig11-7097640位点检测到突变，符合Maker31、Maker32、Maker33、Maker34，鉴定4号猪为二花脸猪；5号猪在pig15-112416414、pig12-6044104、pig11-25257600、pig15-55926968、pig16-72138396位点检测到突变，符合Maker45，鉴定5号猪为米猪；6号猪在pig1-8851878、pigx-29045924、pig10-62388272、pig11-85315121、pig6-17954424、pig17-64542536、pig9-143610357、pig16-84191766、pig13-23117378位点检测到突变，符合Maker61、Maker62、Maker63、Maker64、Maker65、Maker66、Maker67、Maker68、Maker69、Maker70、Maker71、Maker72、Maker73、Maker74、Maker75、Maker76、Maker77、Maker78、Maker79、Maker80，鉴定6号猪为沙乌头猪；7号猪在pig10-62388272、pig13-16955200、pig9-143610357、pig2-60239356、pig1-156032177、pig13-23117378、pig12-55221026、pig1-95570577、pig17-12719441位点检测到突变，符合Maker28，鉴定7号猪为枫泾猪；8号猪在pig9-143610357、pig14-83975934、pig2-60239356、pig1-156032177、pig12-55221026、pig1-95570577、pig17-12719441位点检测到突变，符合Maerker27，鉴定8号猪为枫泾猪；检测9号猪在pig8-5778954、pig13-16955200、pig16-6489738、pig2-60239356、pig7-37079960、pig13-111071937位点检测到突变，符合Marker13、Marker14、Marker15、Marker16、Marker17、Marker18、Marker19、Marker20、Marker21、Marker22，鉴定9号猪为嘉兴黑猪；检测10号猪在pig17-8986714、pig8-5778954、pig13-16955200、pig17-12719441、pig2-60239356、pig7-37079960、pig13-111071937位点检测到突变，符合Marker13、Marker14、Marker15、Marker16、Marker17、Marker18、Marker19、Marker20、Marker21、Marker22，鉴定10号猪为嘉兴黑猪。
利用位点组合Marker的鉴定方法可准确的鉴定出待测猪所属的猪种，不存在一头猪同时属于多个猪种的情况。
目前国内外没有关于太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品品种(品系)鉴定的相关专利，将第三代分子标记运用于太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品品种(品系)鉴定，填补了市场的空缺，有效解决了太湖流域地方品种猪各个品种品种(品系)的鉴伪问题。该鉴定方法相对于现有利用第一代分子标记(RFLP)和第二代分子标记(SSR)做猪种鉴定的专利，具有操作更加简单、结果更加准确、快速高效的优点。同时本发明利用第三代分子标记SNP克服了前两代分子标记可使用位点少的缺点，相对前两代分子标记的鉴别技术来说，也简化了鉴别方法。
上述具体实施可由本领域技术人员在不背离本发明原理和宗旨的前提下以不同的方式对其进行局部调整，本发明的保护范围以权利要求书为准且不由上述具体实施所限，在其范围内的各个实现方案均受本发明之约束。
序列表
<110> 浙江大学
<120> 太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合和鉴定方法
<160> 138
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 1
caggaggcag caaaagcact 20
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 2
gcctctggtt tccatccacc 20
<210> 3
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 3
cgggtcaggg aaaataagtc aaac 24
<210> 4
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 4
gcaaggcgtg gcagaaggt 19
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 5
ccagcttgcc ctgccagat 19
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 6
gagttcaatg tgctccacac cag 23
<210> 7
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 7
gcagcaagct gtgcataggt c 21
<210> 8
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 8
agcaaggagt ttagattcat aggga 25
<210> 9
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 9
tgacatttgc tttatcaagg gactt 25
<210> 10
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 10
gatgctctca acattgtgga attg 24
<210> 11
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 11
ggctttgtgg gtgtgggac 19
<210> 12
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 12
aatgctcttg aggagaacca gc 22
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 13
ggagagagga cggacgctgc 20
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 14
cccacatctc cctccccatc 20
<210> 15
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 15
acttagcaga ggtggagaga ttgaa 25
<210> 16
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 16
tctgatgaaa agtatgagct ctttcc 26
<210> 17
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 17
ttcaggggta gggtaagggc a 21
<210> 18
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 18
aaacacgcaa aagtatcagt ctccaa 26
<210> 19
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 19
tcaaacatac ctgaaaccca ttagaa 26
<210> 20
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 20
aacttggaga tgaacacaga gcagc 25
<210> 21
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 21
aaagagaaca aacacacagc cgc 23
<210> 22
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 22
gccaaaggtc cacgcacag 19
<210> 23
<211> 27
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 23
cattactata attttcaagc agactgg 27
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 24
agagaagaag gtgcgggaga gt 22
<210> 25
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 25
ggagagtcat ggattggaaa atgtg 25
<210> 26
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 26
ctgccctcat cccctgtgtt ac 22
<210> 27
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 27
cgctcctgaa catttattcc aga 23
<210> 28
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 28
cctcgggcat ccattctttt c 21
<210> 29
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 29
tgatgtttca aaagcttagg caac 24
<210> 30
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 30
ccagaaagat aggaggtagg ggac 24
<210> 31
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 31
ggctatgact ccaggacaaa gca 23
<210> 32
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 32
tacacactcc ctgctggtcg g 21
<210> 33
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 33
gcagggcagg tctgaactgt tg 22
<210> 34
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 34
ccaggggctg taaagtatct gataaa 26
<210> 35
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 35
aatagtgaaa cgtcacacac cccat 25
<210> 36
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 36
ggcaggacca taggtacagt ctg 23
<210> 37
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 37
tggactcagg gctaccagag c 21
<210> 38
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 38
tattaacctt cccaaagtaa gagcc 25
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 39
ggagggagtc attctggcat tg 22
<210> 40
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 40
cagcactaat caacatttgg tgtaga 26
<210> 41
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 41
ggaaggacca aatcgcacg 19
<210> 42
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 42
ggtgggtgga ggagagtgcc 20
<210> 43
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 43
atacataaaa catctttgag ccttcc 26
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 44
ggggaggcaa gctgtcattc 20
<210> 45
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 45
caggcactca ggacccttcc 20
<210> 46
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 46
tctggggtca gggattgga 19
<210> 47
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 47
tatgtagcca ttgaaaacac cttgt 25
<210> 48
<211> 27
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 48
cacatatgta aagagcaaaa cttggag 27
<210> 49
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 49
acggacagac acacgcccc 19
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 50
tgatacctcc aaccagcccc 20
<210> 51
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 51
tcactctgag gtagaaagga ctggc 25
<210> 52
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 52
agctggattg gacccaactt g 21
<210> 53
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 53
gccacagatg agagagcaag tcaa 24
<210> 54
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 54
gccactcaag agcccacata aga 23
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 55
ggggaaaact tgagcctgcc 20
<210> 56
<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 56
ccactgggat gccatacgc 19
<210> 57
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 57
ccgaatgtgg aacctcaggc 20
<210> 58
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 58
ggaactccct ggtttcctta aatg 24
<210> 59
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 59
ttggcaagga agcaaaggag taa 23
<210> 60
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 60
gcagttcatc attttgtgga cct 23
<210> 61
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 61
acagcactgt cctgctaaaa atcc 24
<210> 62
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 62
ccaatataaa cacggggagc ag 22
<210> 63
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 63
aacccagtcc cactaactca cagaa 25
<210> 64
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 64
gccccatcta cctgccatag c 21
<210> 65
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 65
aggtctggtc caaatgagtt cttt 24
<210> 66
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 66
ccatcctcac acatcagcac aaac 24
<210> 67
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 67
tctggaggtg acggcacagg 20
<210> 68
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 68
tccaagaaag cctgagtcca ag 22
<210> 69
<211> 23
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 69
taagaataga tgccgccagt ttt 23
<210> 70
<211> 20
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 70
agcccactgc ccactctcct 20
<210> 71
<211> 25
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 71
tgtgagtgaa tgaagagatg ggttg 25
<210> 72
<211> 26
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 72
cctaaacagg gaccttaaca gacctc 26
<210> 73
<211> 24
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 73
tgtctgaaat gggtccacat aagc 24
<210> 74
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 74
cttccatcca caccagccct a 21
<210> 75
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 75
ccacccgaac gacctcttat ca 22
<210> 76
<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 76
ctgctccatg cctctgcaat c 21
<210> 77
<211> 22
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 77
gggagtctgg agccttctag gg 22
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<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 78
ccaaacagtg cttccgacca 20
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<213> 未知(Unknown)
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agctgcctgg accgtgcc 18
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<211> 19
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 80
gttgcctcct ccctcccgt 19
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<211> 21
<212> DNA
<213> 未知(Unknown)
<400> 81
cctctgttgg catcgtcatt g 21
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<211> 20
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aggttcaacg gctggcagat 20
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<211> 20
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tgcaggagga acacggctc 19
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ccaggctggt gatcgaact 19
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cctacacaaa tggagaaaaa gaatag 26
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gggattcwaa gtttgttgaa tga 23
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tttttctgtg ttgtatagga attca 25
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gggcttattt tacctccacc t 21
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cttgttcacc aattaagaag catt 24
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ggcactctgg gaattagaaa ag 22
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ctggccctga aactccatat 20
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catcaaggtc cgaggcttt 19
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gagtctgtga ttattcatag cagagg 26
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tttatagtgc ctagaagtgg accac 25
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aaaacaaagg aaagattaag grt 23
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agcaaaggcc cagaagatga 20
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ccaggtttga acactgagtr taa 23
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tctcctgggg atctggatgt 20
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ccctctgtcc ttgcccc 17
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ctctcatcca acagatccct ttag 24
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ctgaagaacc tacagaaaac actaact 27
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<212> DNA
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gctgaaatga aggctctgta tt 22
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acgctagatc cttaaccaac tga 23
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ggttcaaccc tgcccagr 18
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atgagttggg aggtatatct tagc 24
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<211> 24
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atgtttacag cagcttcatt cgta 24
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ggagggagac aggcaaga 18
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gatgaggtgg tcagggttct 20
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ctgctggtcc ccctctcc 18
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<212> DNA
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gagaaaagga aagagccaat ga 22
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cacaccacag ccacagcc 18
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taacacagca ttcagttgct agtct 25
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gtgatggaag gaccctcaga 20
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<212> DNA
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cttctagatc cgtctggatt gc 22
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tcggtcccag tagaatgtaa ac 22
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aatctttttg tttctctctc catg 24
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<400> 138
tgagccatag ctgtgaccct 20

Claims (1)

1.一种基于SNP标记组合的太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品鉴定方法，太湖流域地方品种猪各个品种及生肉制品的SNP标记组合包括：pig6-94543329、pig8-125260555、pig15-156200455、pig11-44211123、pigx-43758743、pig3-5640069、pig2-921624、pig16-43433565、pig7-78405284、pig1-32329164、pig16-6489738、pig8-42369911、pig2-60239356、pig8-5778954、pig7-37079960、pig13-16955200、pig13-111071937、pig7-91759815、pig15-112416414、pig17-8986714、pig6-17954424、pig17-12719441、pig1-156032177、pig14-83975934、pig10-62388272、pig7-91520426、pig1-95570577、pig12-55221026、pig11-25257600、pig5-83074075、pig12-6044104、pig16-72138396、pig4-119045753、pig13-32829013、pig15-55926968、pig11-7097640、pig15-53346339、pig1-8851878、pig5-2060225、pig6-8539623、pig11-85315121、pigx-29045924、pig16-84191766、pig9-143610357、pig13-23117378、pig17-64542536位点，所述pig6-94543329表示猪6号染色体第94543329位位点，pig8-125260555表示猪8号染色体第125260555位位点，pig15-156200455表示猪15号染色体第156200455位位点，pig11-44211123表示猪11号染色体第44211123位位点，pigx-43758743表示猪x号染色体第43758743位位点，pig3-5640069表示猪3号染色体第5640069位位点，pig2-921624表示猪2号染色体第921624位位点，pig16-43433565表示猪16号染色体第43433565位位点，pig7-78405284表示猪7号染色体第78405284位位点，pig1-32329164表示猪1号染色体第32329164位位点，pig16-6489738表示猪16号染色体第6489738位位点，pig8-42369911表示猪8号染色体第42369911位位点，pig2-60239356表示猪2号染色体第60239356位位点，pig8-5778954表示猪8号染色体第5778954位位点，pig7-37079960表示猪7号染色体第37079960位位点，pig13-16955200表示猪13号染色体第16955200位位点，pig13-111071937表示猪13号染色体第111071937位位点，pig7-91759815表示猪7号染色体第91759815位位点，pig15-112416414表示猪15号染色体第112416414位位点，pig17-8986714表示猪17号染色体第8986714位位点，pig6-17954424表示猪6号染色体第17954424位位点，pig17-12719441表示猪17号染色体第12719441位位点，pig1-156032177表示猪1号染色体第156032177位位点，pig14-83975934表示猪14号染色体第83975934位位点，pig10-62388272表示猪10号染色体第62388272位位点，pig7-91520426表示猪7号染色体第91520426位位点，pig1-95570577表示猪1号染色体第95570577位位点，pig12-55221026表示猪12号染色体第55221026位位点，pig11-25257600表示猪11号染色体第25257600位位点，pig5-83074075表示猪5号染色体第83074075位位点，pig12-6044104表示猪12号染色体第6044104位位点，pig16-72138396表示猪16号染色体第72138396位位点，pig4-119045753表示猪4号染色体第119045753位位点，pig13-32829013表示猪13号染色体第32829013位位点，pig15-55926968表示猪15号染色体第55926968位位点，pig11-7097640表示猪11号染色体第7097640位位点，pig15-53346339表示猪15号染色体第53346339位位点，pig1-8851878表示猪1号染色体第8851878位位点，pig5-2060225表示猪5号染色体第2060225位位点，pig6-8539623表示猪6号染色体第8539623位位点，pig11-85315121表示猪11号染色体第85315121位位点，pigx-29045924表示猪x号染色体第29045924位位点，pig16-84191766表示猪16号染色体第84191766位位点，pig9-143610357表示猪9号染色体第143610357位位点，pig13-23117378表示猪13号染色体第23117378位位点，pig17-64542536位点表示猪17号染色体第64542536位位点，其特征在于，首先提取待鉴定的生猪肉或肉制品的基因组DNA，然后经PCR扩增后进行琼脂糖凝胶电泳和SNaPshot测序，得到SNP标记组合各个检测位点的信息，当SNP标记组合任意三个位点处出现特异突变，即可鉴定为太湖流域地方品种猪各个品种及其肉制品；
所述的PCR扩增，pig6-94543329处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.1～2所示，pig8-125260555处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.3～4所示，pig15-156200455处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.5～6所示，pig11-44211123处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.7～8所示，pigx-43758743处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.9～10所示，pig3-5640069处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.11～12所示，pig2-921624处的上下游引物的序列如SEQID NO.13～14所示，pig16-43433565处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.15～16所示，pig7-78405284处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.17～18所示，pig1-32329164处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.19～20所示，pig16-6489738处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.21～22所示，pig8-42369911处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.23～24所示，pig2-60239356处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.25～26所示，pig8-5778954处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.27～28所示，pig7-37079960处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.29～30所示，pig13-16955200处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.31～32所示，pig13-111071937处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.33～34所示，pig7-91759815处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.35～36所示，pig15-112416414处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.37～38所示，pig17-8986714处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.39～40所示，pig6-17954424处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.41～42所示，pig17-12719441处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.43～44所示，pig1-156032177处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.45～46所示，pig14-83975934处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.47～48所示，pig10-62388272处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.49～50所示，pig7-91520426处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.51～52所示，pig1-95570577处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.53～54所示，pig12-55221026处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.55～56所示，pig11-25257600处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.57～58所示，pig5-83074075处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.59～60所示，pig12-6044104处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.61～62所示，pig16-72138396处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.63～64所示，pig4-119045753处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.65～66所示，pig13-32829013处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.67～68所示，Pig15-55926968处的上下游引物的序列如SEQ IDNO.69～70所示，pig11-7097640处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.71～72所示，pig15-53346339处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.73～74所示，pig1-8851878处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.75～76所示，pig5-2060225处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.77～78所示，pig6-8539623处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.79～80所示，pig11-85315121处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.81～82所示，pigx-29045924处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.83～84所示，pig16-84191766处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.85～86所示，pig9-143610357处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.87～88所示，pig13-23117378处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.89～90所示，pig17-64542536处的上下游引物的序列如SEQ ID NO.91～92所示；
SNaPshot测序引物及测序产物的鉴定位点对比信息如下表所示：
Figure FDA0002657050280000021
Figure FDA0002657050280000031
表中UEP代表测序引物，REF为参考基因型，ALT为突变基因型。
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