CN110229811A - TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用 - Google Patents

TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用 Download PDF

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CN110229811A CN201910494474.9A CN201910494474A CN110229811A CN 110229811 A CN110229811 A CN 110229811A CN 201910494474 A CN201910494474 A CN 201910494474A CN 110229811 A CN110229811 A CN 110229811A
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Abstract

TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用。NCED基因是ABA生物合成过程中的关键限速酶。在植物的抗旱过程中发挥着重要的调控作用。本专利在TaNCED1基因B基因组99bp处发现等位变异TT/CG，开发了KASP标记，并对364份来自不同地区的小麦品种进行了检测，其中耐水分胁迫的品种74个，占总数的20.33%；水地种植的品种290个，占总数的79.67%。分析发现，271个品种是CG类型，占总数的74.5%，其中耐水分胁迫的品种37个，占该类型的13.65%；72个品种是TT类型，占总数的19.8%，其中耐水分胁迫的小麦品种29个，占该类型的40.28%；还有21个品种没有检测出变异类型。对水分胁迫耐受性强的小麦品种如和尚头、临旱2号及耐盐材料德抗961等多属于TT类型，该位点可以做为筛选抗旱材料的标记。

Description

TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用
技术领域
本发明属于小麦遗传学领域，具体涉及TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用。
背景技术
在ABA的生物合成途径中，9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶（NCED）是关键的限速酶，能够调控ABA的合成速度。2012年本课题组成功克隆了小麦NCED1基因的全长，并将其命名为TaNCED1，GenBank登录号为JQ772528.1，该基因为单拷贝，长度为1 848 bp，无内含子。研究表明，在小麦中TaNCED1基因对脱水、盐、冷和ABA胁迫均产生不同程度的响应；过表达TaNCED1的转基因烟草抗旱性显著提高。
为了研究小麦中TaNCED1基因表达和ABA积累的关系，我们分析了8个抗旱性不同的小麦品种在干旱胁迫和复水过程中TaNCED1基因表达和ABA积累的动态变化过程，结果表明品种间TaNCED1的表达水平存在明显差异，且TaNCED1对ABA影响程度存在较明显的差异。
发明内容
为明确不同材料中TaNCED1基因对ABA影响不同的原因，本专利研究进一步分析了17个抗旱性不同材料的TaNCED1基因序列的差异，发现在B基因组存在TT/CG变异位点。为了研究这个变异位点在小麦种质中的分布情况，探讨TaNCED1不同的变异类型与小麦品种的抗旱性关系，针对这个变异位点，本专利开发了KASP标记，并对小麦品种进行检测，以期为小麦分子辅助育种提供宝贵资源和有效的分子标记。
本发明是通过以下技术方案实现的：
本发明提供了一个TaNCED1基因B基因组SNP标记，在TaNCED1基因B基因组99bp处具有等位变异TT/CG 。
所述SNP标记的两条正向特异性引物和一条反向通用引物DNA序列如SEQ IDNo.1-3所示。
所述SNP标记具有TT变异的小麦品种抗旱性强 。
所述SNP标记具有TT变异的小麦品种水分胁迫耐受性强或耐盐性强。
该标记可以在筛选抗旱材料中应用 。
本发明的有益效果是：
1、TaNCED1基因是ABA合成的限速酶，其表达水平调控着植物体内ABA含量，不同品种间TaNCED1对水分变化的响应快慢程度及其表达水平存在显著差异。本专利分析了TaNCED1基因TT/CG等位变异在小麦品种中分布，发现抗旱性强的小麦品种如和尚头、临旱2号及耐盐材料德抗961等多属于TT类型，该位点可以作为筛选小麦抗旱材料的标记。
2、随着小麦基因组学的迅速发展，利用优异基因的等位变异，开发分子标记应用到小麦育种中，本发明提供的标记会成为提高小麦育种效率的有效手段。
附图说明
图1是小麦品种的DNA电泳图。
图2是 TaNCED1基因B基因组TT/CG KASP标记检测图
具体实施方式
实施例1 TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记开发及验证
1 材料和方法
1.1 植物材料
供试材料为364份小麦品种（见表1）。
表1 试验小麦品种及对应的SNP统计表
大田抗性 来源地区 小麦品种名称 TaNCED1-1-B-1（TT/CG）
旱地 陕西 小偃6 ?
抗旱耐盐 北京 3D232 ?
抗旱耐盐 北京 农大399 ?
耐旱 河南 周麦12 ?
耐旱 河南 豫麦21 ?
耐旱 陕西 秦农142 ?
耐旱 法国 Fr03717 ?
耐旱 地方种 洋小麦 ?
水地种植 河南 周麦23 ?
水地种植 河南 周麦30 ?
水地种植 江苏 烟农15 ?
水地种植 河南 周8425B ?
水地种植 北京 CA0958 ?
水地种植 法国 NSA09-3645 ?
水地种植 北京 丰抗2号 ?
水地种植 美国 E ?
水地种植 法国 Festin ?
水地种植 河北 冀麦12 ?
水地种植 河北 石优20 ?
水地种植 江苏 K03566 ?
水地种植 山东 临麦8号 ?
旱地 北京 中麦175 CG:CG
旱地 山东 山农25 CG:CG
旱地 山东 济麦262 CG:CG
较耐旱 河南 中育5号 CG:CG
抗冻耐旱 河南 矮抗58 CG:CG
抗旱 河北 衡7228 CG:CG
抗旱 山东 烟农19 CG:CG
抗旱 山东 烟农18 CG:CG
抗旱 陕西 长武134 CG:CG
抗旱 法国 Fr03733 CG:CG
抗旱 山东 泰山21 CG:CG
抗旱 山东 烟农173 CG:CG
抗旱、抗寒 山东 鲁麦14 CG:CG
抗旱节水 河北 观35 CG:CG
抗旱节水 山东 青麦6号 CG:CG
抗旱耐渍 河南 众麦1号 CG:CG
耐肥 意大利 阿勃 CG:CG
耐旱 河南 内乡188 CG:CG
耐旱 河南 洛麦21 CG:CG
耐旱 山东 济南13 CG:CG
耐旱 陕西 陕150 CG:CG
耐旱 陕西 陕农981 CG:CG
耐旱 山东 鲁麦21 CG:CG
耐旱 山西 晋麦61 CG:CG
耐旱 陕西 陕229 CG:CG
耐旱 山东 泰山1号 CG:CG
耐旱 河南 豫麦57 CG:CG
耐旱 山东 鲁麦6号 CG:CG
耐旱 山东 青麦7号 CG:CG
耐旱 北京 JN331 CG:CG
耐旱、耐渍 河南 周麦19 CG:CG
耐涝 山东 鲁麦8号 CG:CG
耐湿 江苏 扬麦15 CG:CG
耐湿又耐旱、耐高温 河南 百农64 CG:CG
耐盐 山东 山融3号 CG:CG
耐渍 河南 郑9023 CG:CG
耐渍、耐旱性中等 安徽 淮麦18 CG:CG
水地种植 山东 济麦20 CG:CG
水地种植 河南 豫麦50 CG:CG
水地种植 河南 偃展4110 CG:CG
水地种植 陕西 西农2000-7 CG:CG
水地种植 河北 石新828 CG:CG
水地种植 山东 汶农5号 CG:CG
水地种植 陕西 陕253 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦29 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦19 CG:CG
水地种植 安徽 淮麦20 CG:CG
水地种植 山东 济宁16 CG:CG
水地种植 河南 周麦26 CG:CG
水地种植 陕西 西农1376 CG:CG
水地种植 河南 新麦19 CG:CG
水地种植 山东 鲁麦7号 CG:CG
水地种植 河南 新麦9号 CG:CG
水地种植 日本 Norin 67 CG:CG
水地种植 河南 周麦25 CG:CG
水地种植 意大利 Dorico CG:CG
水地种植 日本 Kitanokaori CG:CG
水地种植 河南 豫麦2号 CG:CG
水地种植 山东 泰山5号 CG:CG
水地种植 河南 周麦28 CG:CG
水地种植 意大利 Mantol CG:CG
水地种植 陕西 陕农78-59 CG:CG
水地种植 河南 85中33 CG:CG
水地种植 山东 济麦21 CG:CG
水地种植 河北 石4185 CG:CG
水地种植 陕西 陕715 CG:CG
水地种植 河南 周麦32 CG:CG
水地种植 河南 豫麦47 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦33 CG:CG
水地种植 陕西 陕354 CG:CG
水地种植 河北 邯6172 CG:CG
水地种植 阿根廷 Aca 801 CG:CG
水地种植 安徽 淮麦21 CG:CG
水地种植 河南 中育9号 CG:CG
水地种植 河南 周麦22 CG:CG
水地种植 山东 鲁麦15 CG:CG
水地种植 阿根廷 ProINTA Colibr 1 CG:CG
水地种植 河南 新麦9408 CG:CG
水地种植 山东 济麦22 CG:CG
水地种植 河南 豫麦49 CG:CG
水地种植 阿根廷 Aca 601 CG:CG
水地种植 安徽 安1331 CG:CG
水地种植 陕西 陕麦509 CG:CG
水地种植 意大利 Genio CG:CG
水地种植 阿根廷 Klein Jabal 1 CG:CG
水地种植 河南 周麦11 CG:CG
水地种植 安徽 宿0663 CG:CG
水地种植 河北 冀师02-1 CG:CG
水地种植 安徽 阜936 CG:CG
水地种植 日本 Norin 61 CG:CG
水地种植 山东 鲁麦23 CG:CG
水地种植 河北 石家庄15 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦52 CG:CG
水地种植 河南 豫麦63 CG:CG
水地种植 河南 豫麦18 CG:CG
水地种植 山东 良星66 CG:CG
水地种植 陕西 武农148 CG:CG
水地种植 山东 临麦4号 CG:CG
水地种植 山东 济南17 CG:CG
水地种植 陕西 丰产3号 CG:CG
水地种植 山东 汶农14 CG:CG
水地种植 阿根廷 Nidera Baguette 10 CG:CG
水地种植 山东 临麦2号 CG:CG
水地种植 山东 良星99 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦38 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦50 CG:CG
水地种植 阿根廷 Klein Flecha CG:CG
水地种植 意大利 Lampo CG:CG
水地种植 河南 周麦31 CG:CG
水地种植 陕西 陕麦94 CG:CG
水地种植 河南 周麦16 CG:CG
水地种植 安徽 皖麦53 CG:CG
水地种植 河北 石新733 CG:CG
水地种植 北京 CA1055 CG:CG
水地种植 北京 CA0548 CG:CG
水地种植 北京 CA1090 CG:CG
水地种植 北京 CA0816(红） CG:CG
水地种植 北京 CA1119 CG:CG
水地种植 北京 CA1133 CG:CG
水地种植 北京 CA1135 CG:CG
水地种植 北京 CA0998 CG:CG
水地种植 北京 CA1062 CG:CG
水地种植 河南 11CA40 CG:CG
水地种植 北京 CA0816(白） CG:CG
水地种植 北京 农大139 CG:CG
水地种植 法国 Aztec CG:CG
水地种植 美国 WGRC10/3/KS93U69 CG:CG
水地种植 法国 Soissons CG:CG
水地种植 法国 Insignia CG:CG
水地种植 法国 lasen CG:CG
水地种植 俄罗斯 STARSHINA CG:CG
水地种植 俄罗斯 PALPICH CG:CG
水地种植 德国 Magnus CG:CG
水地种植 北京 京冬17 CG:CG
水地种植 英国 C39 CG:CG
水地种植 美国 Jagger/W94-244-132 CG:CG
水地种植 法国 Darius CG:CG
水地种植 俄罗斯 DONSKI-93 CG:CG
水地种植 法国 Fr03711 CG:CG
水地种植 法国 Carimulti CG:CG
水地种植 匈牙利 MV LAURA CG:CG
水地种植 山西 晋麦45 CG:CG
水地种植 北京 中优9507 CG:CG
水地种植 法国 Fr03724 CG:CG
水地种植 罗马尼亚 F92080G1-1/F93042G2-1 CG:CG
水地种植 罗马尼亚 98039G5-103 CG:CG
水地种植 挪威 RE714 CG:CG
水地种植 罗马尼亚 F98047G14-2INC CG:CG
水地种植 法国 LASEN CG:CG
水地种植 陕西 秦农731 CG:CG
水地种植 北京 CA9722 CG:CG
水地种植 匈牙利 MV05-08 CG:CG
水地种植 法国 YANA CG:CG
水地种植 北京 中优206 CG:CG
水地种植 俄罗斯 BATJKO CG:CG
水地种植 法国 Thesee CG:CG
水地种植 山西 晋麦67 CG:CG
水地种植 罗马尼亚 Lovrin10 CG:CG
水地种植 美国 C CG:CG
水地种植 法国 Fr03732 CG:CG
水地种植 美国 D CG:CG
水地种植 法国 Fr3713 CG:CG
水地种植 宁夏 宁冬11 CG:CG
水地种植 北京 轮选987 CG:CG
水地种植 美国 MASON/JAGGER CG:CG
水地种植 法国 Azulon CG:CG
水地种植 河北 藁城8901 CG:CG
水地种植 澳大利亚 Sunstate CG:CG
水地种植 河南 中892 CG:CG
水地种植 河北 科衡6654 CG:CG
水地种植 河北 石优17 CG:CG
水地种植 山东 山农20 CG:CG
水地种植 山东 济麦23 CG:CG
水地种植 山东 LS6109 CG:CG
水地种植 山东 山农23 CG:CG
水地种植 山东 山农22 CG:CG
水地种植 山东 046097（烟农19/935096） CG:CG
水地种植 山东 山农15号 CG:CG
水地种植 山东 泰山23号 CG:CG
水地种植 山东 汶农17 CG:CG
水地种植 山东 泰山4241 CG:CG
水地种植 山东 泰农8968 CG:CG
水地种植 山东 烟85771 CG:CG
水地种植 山东 Blu99603 CG:CG
水地种植 云南 临麦6号 CG:CG
水地种植 山东 洲元9369 CG:CG
水地种植 山东 潍麦7号 CG:CG
水地种植 河南 郑91138 CG:CG
水地种植 河南 存麦1号 CG:CG
水地种植 江苏 徐9169 CG:CG
水地种植 山西 临远3158 CG:CG
水地种植 山西 运丰优1号 CG:CG
水地种植 河南 新18391 CG:CG
水地种植 河南 新19323 CG:CG
水地种植 河南 兰考351 CG:CG
水地种植 河南 BN10F(002)加1-特1 CG:CG
水地种植 安徽 宿553 CG:CG
水地种植 山东 SH5186 CG:CG
水地种植 山东 景阳669(3.24%) CG:CG
水地种植 河南 濮兴5号(1.78%) CG:CG
水地种植 山东 齐丰2号（8.7%） CG:CG
水地种植 山东 SH4300 CG:CG
水地种植 山东 SH5099 CG:CG
水地种植 山东 JS2001（6.72%） CG:CG
水地种植 山东 LS4211（6.66%） CG:CG
水地种植 山东 SH5195 CG:CG
水地种植 河北 河农7069 CG:CG
水地种植 河北 河农583 CG:CG
水地种植 河北 永4896 CG:CG
水地种植 山东 泰山6436 CG:CG
水地种植 山东 泰山7087 CG:CG
水地种植 河北 石u09-4366 CG:CG
水地种植 山东 山农0713-2 CG:CG
水地种植 山东 LS4035 CG:CG
水地种植 山东 LS4942 CG:CG
水地种植 山东 JNM3070 CG:CG
水地种植 河北 邯09-41344 CG:CG
水地种植 北京 BFB10 CG:CG
水地种植 北京 BFB20 CG:CG
水地种植 江苏 K03566（抗赤霉病QTL材料） CG:CG
水地种植 山东 LS3639 CG:CG
水地种植 山东 裕田麦119 CG:CG
水地种植 河南 新麦26 CG:CG
水地种植 安徽 齐麦5号 CG:CG
水地种植 河北 邢麦13号 CG:CG
水地种植 山东 YX11-57 CG:CG
水地种植 山东 山农0911 CG:CG
水地种植 山东 齐麦2号 CG:CG
水地种植 河南 兰考381 CG:CG
水地种植 山东 JM23 CG:CG
水地种植 山东 齐都7号 CG:CG
水地种植 河南 濮兴5号 CG:CG
水地种植 山东 LS3283 CG:CG
水地种植 山东 泰7087 CG:CG
水地种植 山东 ’975106 CG:CG
水地种植 山东 泰山4606 CG:CG
水地种植 山东 烟农578 CG:CG
水地种植 河北 藁优5218 CG:CG
水地种植 山东 临选5186 CG:CG
水地种植 山东 泰麦18 CG:CG
水地种植 山东 泰山23 CG:CG
水地种植 山东 泰山22 CG:CG
水地种植 山东 汶农19 CG:CG
水地种植 山东 山农29 CG:CG
水地种植 山东 4510(泰农18/烟农19) CG:CG
水地种植 山东 3768（烟农19/良星66） CG:CG
水地种植 山东 LS4695 CG:CG
水地种植 山东 山农24 CG:CG
水地种植 北京 中麦23 CG:CG
水地种植 北京 中麦4072 CG:CG
水地种植 河北 中信麦99 CG:CG
水地种植 山东 良星518 CG:CG
水地种植 山东 汶农28 CG:CG
水地种植 河北 冀麦181 CG:CG
水地种植 河北 众信6285 CG:CG
水地种植 山东 圣麦102 CG:CG
水地种植 河北 藁优2018 CG:CG
水地种植 河北 藁优5766 CG:CG
水地种植 山东 烟1212 CG:CG
水地种植 山东 烟农999 CG:CG
水地种植 山东 登海206 CG:CG
水地种植 山东 齐麦2号-1 CG:CG
水地种植 山东 鑫麦296 CG:CG
水地种植 山东 菏麦20 CG:CG
水地种植 山东 菏麦0643 CG:CG
水地种植 山东 菏麦0662 CG:CG
水地种植 山东 菏麦0746-2 CG:CG
水地种植 山东 菏麦0839 CG:CG
水地种植 山东 儒麦1号 CG:CG
水地种植 河北 邯05-5093 CG:CG
水地种植 河南 郑麦366 CG:CG
旱地 安徽 皖23094 TT:TT
旱地 法国 BRUTA TT:TT
节水耐高温 河南 中育9307 TT:TT
节水栽培 北京 农大212 TT:TT
节水栽培 北京 农大211 TT:TT
节水栽培 北京 京411 TT:TT
节水栽培 北京 京9428 TT:TT
抗旱 山西 临抗12 TT:TT
抗旱 河南 周麦13 TT:TT
抗旱 陕西 陕512 TT:TT
抗旱 河南 中麦871 TT:TT
抗旱 北京 北京841 TT:TT
抗旱 山西 临旱2号 TT:TT
抗旱节水 河北 衡观35 TT:TT
抗旱耐高温 河南 中育9302 TT:TT
抗旱耐盐 甘肃 和尚头 TT:TT
抗旱性好 陕西 西农88 TT:TT
耐肥水 山东 鲁麦5号 TT:TT
耐旱 河北 衡观33 TT:TT
耐旱 陕西 小偃81 TT:TT
耐旱 日本 Kanto 107 TT:TT
耐旱 新疆 新麦37 TT:TT
耐旱 俄罗斯 SELYANKA TT:TT
耐旱 法国 Manital TT:TT
耐旱 俄罗斯 KNIISH 46 TT:TT
耐旱 美国 Mason/Jagger TT:TT
耐旱抗干热风 陕西 金麦1号 TT:TT
耐土壤干旱 山东 鲁麦11 TT:TT
耐盐 山东 德抗961 TT:TT
水地种植 陕西 小偃22 TT:TT
水地种植 陕西 西农291 TT:TT
水地种植 意大利 Libero TT:TT
水地种植 山东 淄选2号 TT:TT
水地种植 意大利 Sagittario TT:TT
水地种植 河南 豫麦35 TT:TT
水地种植 河南 兰考24 TT:TT
水地种植 河南 兰考2号 TT:TT
水地种植 阿根廷 Nidera Baguette 20 TT:TT
水地种植 山东 鲁麦9号 TT:TT
水地种植 北京 京双16 TT:TT
水地种植 罗马尼亚 F498U1-1021/BOEMA TT:TT
水地种植 罗马尼亚 Lovrin13 TT:TT
水地种植 北京 北京0045 TT:TT
水地种植 北京 京冬22 TT:TT
水地种植 美国 TX03A0148 TT:TT
水地种植 法国 Salmone TT:TT
水地种植 北京 京冬8号 TT:TT
水地种植 法国 Fr03725 TT:TT
水地种植 法国 Mesofold TT:TT
水地种植 北京 中优335 TT:TT
水地种植 北京 中麦415 TT:TT
水地种植 宁夏 宁冬10 TT:TT
水地种植 陕西 秦农151 TT:TT
水地种植 山东 汶农6号 TT:TT
水地种植 江苏 徐5034 TT:TT
水地种植 陕西 西农979 TT:TT
水地种植 山西 临远6521 TT:TT
水地种植 河南 郑麦04H43 TT:TT
水地种植 山东 济麦0850262（9.74%） TT:TT
水地种植 河北 河农5480 TT:TT
水地种植 河北 石u10-4152 TT:TT
水地种植 河北 冀麦325 TT:TT
水地种植 山东 山农670 TT:TT
水地种植 河北 邯05-5092 TT:TT
水地种植 河北 石u10-4125 TT:TT
水地种植 山东 泰农1014 TT:TT
水地种植 山东 临优145 TT:TT
水地种植 山西 临优359 TT:TT
水地种植 北京 铭贤169 TT:TT
水地种植 北京 京双16 TT:TT
水地种植 土耳其 HK1/ TT:TT
水地种植 山东 PH82-2 TT:TT
1.2 方法
1.2.1 DNA的提取
取小麦叶片，使用快捷型植物基因组DNA提取系统（非离心柱型 目录号：DP321，天根）进行小麦叶片DNA的提取。
引物设计及引物序列
根据KASP标记的工作原理，针对SNP/Indel 位点设计3条引物，两条正向特异性引物和一条反向通用引物，两条正向引物对应两种荧光信号，经过PCR反应，最终检测两种荧光的荧光值大小来判断样本分型情况。
表2 TaNCED1基因B基因组KASP引物
1.2.3 反应体系和反应程序
通过Replikator仪器将样本从96孔板中转移到384孔板，最终再转移至1536孔板中。将装有DNA的1536孔板置于烘箱中烘干。干燥后的1536孔板通过Meridian仪器进行PCR体系构建，每个反应仅需1ul反应体系：
表3 PCR反应体系
Plate format 1536-well plate
2*KASP Master mix 0.5 ul
72*Assay mix 0.014 ul
H2O 0.486 ul
Total 1 ul
将加好反应体系的孔板进行封膜，并快速进行低速离心。离心后进行水浴PCR反应，反应程序如下：
表4 PCR反应程序
将完成反应的孔板，擦干水降温后，在酶标仪Pherastar上进行读板。若没有出现清晰的分型结果，可适当增加额外的PCR反应进一步扩增。
表5 PCR反应进一步扩增程序
步骤 温度 时间 循环次数
1 94℃ 20s 3
2 57℃ 60s
2 结果分析
2.1 DNA的提取质量检测
利用Nanodrop 2000/2000C 分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测了DNA的质量和完整性，结果发现，364份小麦品种的DNA提取质量较好，Nanodrop 2000/2000C 分光光度计检测的结果260/280的比值大于1.8，260/230的比值大于2.0；琼脂糖电泳结果显示DNA没有降解，完整性很好（见图1）。
检测结果分析
利用KASP引物共检测了4个96孔板，96孔板的编号分别为NCED-1、NCED-2、NCED-3和NCED-4。每个96孔板放置92个DNA，剩余最后4孔用于放置阳性对照，在第4个96孔板中放置了4个阳性对照材料，故共参加分析的小麦品种364个。4个96孔板中KASP的分型结果统计如表6。TaNCED1基因B基因组TT/CG KASP标记检测图见图2。
表6 KASP分型结果统计表
2.3 TT/CG变异类型分布
TT/CG变异位点位于TaNCED1基因99bp处，在检测的364个小麦品种中，有271个品种是CG类型，占总数的74.5%；72个品种是TT类型，占总数的19.8%；还有21个品种没有检测出变异类型。
根据小麦品种审定及文章中报道的品种抗旱性，对364个小麦品种进行了抗旱性分类，分为水地种植、抗旱、耐旱、节水、耐渍、耐盐等类型，在统计过程中除水地种植外，其余材料均认为耐水分胁迫，属于抗旱类型。在参试的364个品种中，其中耐水分胁迫的品种74个，占总数的20.33%；水地种植的品种290个，占总数的79.67%。分析小麦品种对水分胁迫的耐受性及对应的SNP类型发现，在含有CG SNP 的271个品种中，具有耐水分胁迫的小麦品种37个，占该类型的13.65%；而在含有TT SNP的72个小麦品种中，具有耐水分胁迫的小麦品种29个，占该类型的40.28%。对水分胁迫耐受性强的小麦品种如和尚头、临旱2号及耐盐材料德抗961等多属于TT类型（见表1），该位点可以做为筛选抗旱材料的标记。
TaNCED1基因是ABA合成的限速酶，其表达水平调控着植物体内ABA含量，研究发现不同品种间TaNCED1对水分变化的响应快慢程度及其表达水平存在显著差异。不同品种间TaNCED1对水分变化的响应快慢程度及其表达水平的差异，是否是导致不同品种抗旱性不同的原因，因此分析了TaNCED1基因TT/CG等位变异在小麦品种中分布，发现抗旱性强的小麦品种如和尚头、临旱2号及耐盐材料德抗961等多属于TT类型，该位点可以作为筛选小麦抗旱材料的标记。
目前在小麦上分别研究了TaPK7、TaDREB1和TaFer-A等基因的等位变异与抗旱性的关系，并开发与抗旱性相关的分子标记。随着小麦基因组学的迅速发展，利用优异基因的等位变异，开发分子标记应用到小麦育种中，成为提高小麦育种效率的有效手段。
以上所述仅是本专利的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本专利技术原理的前提下，还可以做出若干改进和替换，这些改进和替换也应视为本专利的保护范围。
序列表
<110> 山东省农业科学院作物研究所
<120> TaNCED1基因B基因组TT/CG SNP标记与应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
cgccagctcg gtccggttt 19
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
gccagctcgg tccggttc 18
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
gtgctggtgg aggcggcgat 20

Claims (5)

1.一个TaNCED1基因B基因组SNP标记，其特征在于：在TaNCED1基因B基因组99bp处具有等位变异TT/CG 。
2.根据权利要求1所述的TaNCED1基因B基因组SNP标记，其特征在于：所述SNP标记的两条正向特异性引物和一条反向通用引物DNA序列如SEQ ID No.1-3所示。
3.根据权利要求1所述的TaNCED1基因B基因组SNP标记，其特征在于：所述SNP标记具有TT变异的小麦品种抗旱性强 。
4.根据权利要求3所述的TaNCED1基因B基因组SNP标记，其特征在于：所述SNP标记具有TT变异的小麦品种水分胁迫耐受性强或耐盐性强。
5.根据权利要求1-4任一项所述的TaNCED1基因B基因组SNP标记，其特征在于：所述标记在筛选抗旱材料中的应用。
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