CN110205389A - 缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用 - Google Patents

缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用 Download PDF

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Abstract

本发明公开了缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记及其扩增引物和应用，特点是运用高通量测序技术和生物信息学分析手段筛选到24个位于ABC转运蛋白家族基因上的SNP位点对缢蛏抗副溶血弧菌感染具有显著相关性，通过引物设计和高分辨率熔解曲线分型技术可对其中的6个SNP位点进行分型，6个SNP标记优势等位基因，其SEQ ID NO:1‑SEQ ID NO:6所示，并公开了其扩增引物以及该分子标记在缢蛏抗副溶血弧菌亲本选育中的应用，优点是快速、准确、有效地利用SNP标记检测缢蛏抗病个体，为缢蛏抗病品系标记辅助选育工作提供了可靠的分子标记。

Description

缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用
技术领域
本发明属于分子生物学DNA标记技术，具体涉及缢蛏抗副溶血弧菌相关基因腺苷三磷酸结合盒转运蛋白的SNPs分子标记及其扩增引物和应用。
背景技术
缢蛏（Sinonovacula constricta）是一种广温广盐的滩涂贝类，是我国四大养殖贝类之一，在我国沿海自北向南均有分布，然而数代的繁育养殖导致近交衰退，缢蛏种质逐年下降，在养殖过程中面临着生长速度变缓、抗逆性不强、病害增多、产品质量下降等诸多问题，且呈现愈演愈烈的趋势。近年来，随着持续的集约化养殖，蛏病的发生日益频繁，大批死亡现象时有发生，对缢蛏的养殖产业造成了一定的破坏性影响。因此，进行缢蛏遗传改良，培育具有优质、高产、抗病等优良性状的新品种，已成为缢蛏养殖业亟待解决的问题。
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白（ATP-binding cassette transporter，ABC转运蛋白）是一类广泛分布在原核和真核生物中并具有多种功能的膜蛋白超级家族，其主要功能是利用ATP水解产生的能量进行逆浓度梯度跨膜转运过程。ABC转运蛋白的底物类型涵盖有机、无机小分子和部分有机大分子化合物，在细胞解毒、脂质稳态、信号转导、病害防御以及抗原呈递等生理过程中都有参与。在双壳贝类的研究中发现，ABC转运戴白有助于组织渗透性选择并防御异物渗透，其介导的异生物质抗性机制已被证明是防止环境毒物的第一道防线。在病原感染过程中，ABC转运蛋白在双壳贝类鳃组织表面形成了组织-环境的选择性屏障，参与机体的免疫反应，因此ABC转运蛋白相当于缢蛏抗病抗逆的第一道防线。
单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）是指由于单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，具有密度高、分布广、共显性和可稳定遗传等特点，是目前最具发展潜力的分子标记。随着测序和芯片技术的高速发展，SNP标记已被广泛应用于高密度遗传连锁图谱构建、数量性状精细定位以及全基因组关联分析等研究中。分子标记辅助育种正是利用分子标记与养殖品种的性状相关联，从而实现基因水平的选择育种，克服传统方法育种效率低且受人为因素影响大的缺点，大大提高选择的准确性和育种周期。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是提供一种快速、准确、有效地利用SNP标记检测缢蛏抗病个体的缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用
本发明解决上述技术问题所采用的技术方案为：一种缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记，其通过高通量测序技术，从30个缢蛏个体中筛选了1,048,576个SNPs位点，其中15个为敏感群体，15个为抗病群体，通过卡方检验分析基因型与抗病性状的显著性差异，共在ABC转运蛋白家族中发现了24个与缢蛏抗副溶血弧菌性状显著相关的SNPs位点，其中可有效分型的为6个，分别为：
第一个SNP标记命名Sc3488，其位于unigene0003488的第583个碱基处，突变类型为：G/A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示
第二个SNP标记命名Sc15480，其位于unigene0015480的第513个碱基处，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示
第三个SNP标记命名Sc21269，其位于unigene0021269的第504个碱基处，突变类型为：G/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:3所示
第四个SNP标记命名Sc30664，其位于unigene0030664的第609个碱基处，突变类型为：C/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:4所示
第五个SNP标记命名Sc39666，其位于unigene0039666的第1396个碱基处，突变类型为：G/A；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:5所示
第六个SNP标记命名Sc60136，其位于unigene0060136的第88个碱基处583，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:6所示
上述缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记的扩增引物， 6个SNP标记的扩增引物分别为：
Sc3488-F:GCTATGGGGAGAAGCTCAAAGT，
Sc3488-R:AGCCACCGATCACCAGACGT；
Sc15480-F:TGTATGAATCCTGGAGAAAAGC，
Sc15480-R:GTCCGAGTCCCTACGGCTTG；
Sc21269-F:CTCTGTCACAGCCTTCCATTAC，
Sc21269-R:AGAGTTTGAGCACAGAAAGATTG；
Sc30664-F:CTTTGTGCGCCATTCAGTG，
Sc30664-R:CATCATCATCGCCATCGTGT；
Sc39666-F:TGGAAACCGAAGGAGCTAC，
Sc39666-R:TGAACAAACCCAATGAGC；
Sc60136-F:GGTCGCACAGCCTGAATGAT，
Sc60136-R:TATGTTTGCGGGAAAGACCAC。
上述缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记的筛选方法，包括以下步骤：
1）实验群体的获得：以缢蛏养殖群体为繁殖亲本，通过连续数代选育的缢蛏快速生长品系“甬乐一号”为实验样本；利用终浓度为5×107 CFU/mL的副溶血弧菌处理15天，死亡个体为敏感群体，存活个体为抗病群体；
2）从两个群体中各筛选15个个体进行转录组测序，对测序结果进行SNP筛选，保留具有多态性且等位基因频率在50%以上的SNP位点，运用卡方检验分析SNP位点在敏感群体和抗病群体中相关性，初步筛选出24个SNP位点与抗病性状相关联，即P值<0.05；
3) 对上述筛选的SNP位点设计引物，并在实验群体中进行验证，利用HRM技术，最终有6个SNP标记可以准确分型，经卡方检验其与抗病性状显著关联，即P 值<0.05；6个SNP位点的优势等位基因为Sc3488位点的等位基因（A）、Sc15480位点的等位基因（G）、Sc21269位点的等位基因（T）、Sc30664位点的等位基因（C）、Sc39666位点的等位基因（G）和Sc60136位点的等位基因（A）。
上述缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs标记在筛选缢蛏抗副溶血弧菌亲本中的应用。
具体为：检测缢蛏亲本同时存在所述的Sc3488位点的等位基因（A）、Sc15480位点的等位基因（G）、Sc21269位点的等位基因（T）、Sc30664位点的等位基因（C）、Sc39666位点的等位基因（G）、Sc60136位点的等位基因（A），可被选为抗副溶血弧菌亲本。
具体步骤如下：
1）从待测亲本中剪取鳃组织，提取RNA，并反转为cDNA；
2）以提取的cDNA为模板，利用所述的6个SNP标记的引物进行PCR扩增和高分辨率熔解曲线分析技术对每个亲本样品进行基因分型，将存在Sc3488位点的等位基因（A）、Sc15480位点的等位基因（G）、Sc21269位点的等位基因（T）、Sc30664位点的等位基因（C）、Sc39666位点的等位基因（G）、Sc60136位点的等位基因（A）的个体保留，即为缢蛏抗副溶血弧菌亲本。利用本方法将生产中具有以上优势等位基因的个体选作亲本，可实现在早期鉴定出具有较高抗病能力的个体，从而缩短育种周期，加快育种进程。
与现有技术相比，本发明的优点在于：本发明缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用，在缢蛏敏感群体和抗病群体中进行ABC转运蛋白家族基因的SNPs位点检测以及与抗病性状的关联分析，发现其SNPs与缢蛏抗病性状显著相关，这在缢蛏SNP标记开发中实属首次；另外选用的SNP标记是从保守性较高的mRNA中开发得到的，这些标记直接来自于表达基因，提高了筛选的效率；本发明通过HRM分型技术，既保证了检测结果的可靠性，也避免了测序分析周期长、花费高、操作复杂的劣势，并且通过HRM证实了标记分型效果；本发明能够快速获得抗副溶血弧菌能力强且稳定遗传的缢蛏个体，避免了抗病性状不易观测和定量的缺点，结合传统的选育技术，可加速抗病品系的选育进程；此外本发明操作简单，检测快速，成本低廉，便于广泛推广使用，对于缢蛏的良种选育具有重要意义。
附图说明
图1为SNP位点Sc3488的高分辨率熔解曲线图；
图2为SNP位点Sc15480的高分辨率熔解曲线图；
图3为SNP位点Sc21269的高分辨率熔解曲线图；
图4为SNP位点Sc30664的高分辨率熔解曲线图；
图5为SNP位点Sc39666的高分辨率熔解曲线图；
图6为SNP位点Sc60136的高分辨率熔解曲线图。
具体实施方式
以下结合附图实施例对本发明作进一步详细描述。
具体实施例一
1、试验动物
所用缢蛏来自浙江万里学院培育的缢蛏快速生长品系“甬乐一号”，从生活在同一环境的群体中随机挑选1000个壳长0.6cm左右的6月龄稚贝，置于200L白桶中，底部覆盖消毒过滤塘泥，暂养3天后，进行副溶血弧菌胁迫实验。将稚贝分别均分入6个30L的养殖小桶中，每桶放置150只稚贝，桶底加入少许的消毒过滤塘泥，设置3个对照组，3个实验组，实验组用5×107 CFU/mL的副溶血弧菌（OD600~0.6）感染胁迫，24h换水换菌一次，实验过程中每6h观察一次，记录稚贝死亡情况，实验处理15天，分别取30个死亡个体和30个存活个体作为缢蛏敏感与抗病群体。
2、试验方法
2.1 SNP位点前期筛选
两个群体中各取15个个体，提取RNA，建库，进行高通量转录组测序，对测序得到的序列进行拼接和SNP位点筛选，保留具有多态性且等位基因频率在50%以上的SNP位点，利用卡方检验检测SNP位点的等位基因频率与抗病性状的相关性，根据P值（P<0.05）筛选与抗病相关的SNP位点，即运用卡方检验分析SNP位点在敏感群体和抗病群体中相关性，初步筛选出24个SNP位点与抗病性状相关联（P<0.05）；
2.2 引物设计
考虑单对引物只涵盖一个SNP位点，并在靠近SNP位点附近用Primer Premier 5设计引物，并利用琼脂糖凝胶电泳检测引物的扩增效果，最终共筛选了以下6对引物用于扩增6个SNP位点，设计引物所用序列为转录组拼接结果得到的序列（见序列表），引物相关信息如表1所示，
表1 本发明中设计的引物序列及其PCR条件
PCR扩增体系组成如下：2.5μL 10×Buffer、2μL dNTP(2.5μM) 、1μL正向引物（10μM）、1μL反向引物（10μM）、0.2μL rTaq酶（5U/μL）、1μL DNA模板（10ng/μL），补足ddH2O18.3μL，总体积为25μL。
PCR 反应程序为：95 ℃预变性 5 min；95 ℃变性 10 s，68 ℃到58 ℃（降落PCR，每个循环 0.5 ℃）退火 10 s；72 ℃延伸 10 s，45 个循环；72 ℃延伸 5 min；4 ℃保存。PCR 产物采用 1.5wt%的琼脂糖凝胶电泳检测。
2.3 RNA提取和反转录
敏感和抗病群体中各挑选15个个体，采用Trizol法进行缢蛏总RNA的提取，详细步骤如下：
1）从-80℃冰箱中取出已经收集好的试验样品，室温静置待其完全溶解；
2）12,000 g，4℃离心5 min后，小心吸取上清，转移1mL上清于新的1.5 mL RNA free管中（切勿吸取沉淀）；
3）向上述匀浆裂解液中加入200 μL氯仿（RNAiso Plus的1/5体积量），盖紧离心管盖，混合至溶液乳化成乳白色后，室温静置5 min；
4）12,000 g，4 ℃离心15 min后，从离心机中小心取出离心管，此时匀浆液分为三层，即：无色的上清液（含有RNA）、中间的白色蛋白层（大部分为DNA）及带有颜色的下层有机相；
5）吸取上清液200-400μL上清于另一新的1.5 mL RNA free管中（切勿吸出白色中间层）；
6）向上清中加入0.5-1倍RNAiso Plus体积的异丙醇，上下颠倒离心管充分混匀后，室温条件下静置10 min；
7）12,000g，4℃离心10 min，一般在离心后试管底部会出现RNA沉淀；
8）小心弃去上清，切勿触及沉淀，加入与RNAiso Plus等量的75%乙醇，轻轻上下颠倒洗涤离心管管壁，7,500g，4℃离心5 min后小心弃去上清，切勿触及沉淀；
9）重复上述步骤（8）一次；
10)打开离心管盖，室温干燥沉淀5-10 min，沉淀干燥后，加入适量的RNase-free水溶解沉淀；反转录采用TAKARA的反转录试剂盒，具体合成方法依cDNA试剂盒说明书操作。
2.4 HRM法进行基因分型
以上述的cDNA为模板，在LightCycler® 96进行HRM分型，HRM法扩增反应体系如下所示：2×HRM Analysis PreMix 10μL、正向引物（10μM）0.6μL、反向引物（10μM）0.6μL、cDNA模板1.0μL、RNase-Free ddH2O7.8μL，总体积为20μL。
HRM反应条件： PCR 产物在 95 ℃预变性2 min，95 ℃变性10 s，然后60 ℃退火延伸30 s，以随机形成DNA双螺旋体。熔解曲线在60 ℃ - 90 ℃的升温过程中生成，每升高1℃收集25次荧光强度数据。
由图1-图6可知，单碱基的差异引起了溶解曲线的不同聚类，根据其溶解曲线的结果，可以清晰的分辨出不同基因型个体。
3、结果分析
统计不同SNP位点在缢蛏敏感和抗病群体中的基因型样本的数量，计算他们的基因型频率，卡方分析进行独立性检验。对缢蛏6个SNPs位点与抗病性状的关联分析如表2，结果显示6个SNPs位点都与缢蛏抗病性状显著相关。
表2 SNPs位点的基因型频率和与缢蛏抗病性状的关联分析
因此，利用HRM技术，最终有6个SNP标记可以准确分型，经卡方检验其与抗病性状显著关联（P <0.05）；6个SNP位点的优势等位基因为
Sc3488位点的等位基因（A），其位于unigene0003488的第583个碱基处，突变类型为：G/A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示；
Sc15480位点的等位基因（G），其位于unigene0015480的第513个碱基处，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示；
Sc21269位点的等位基因（T），其位于unigene0021269的第504个碱基处，突变类型为：G/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:3所示；
Sc30664位点的等位基因（C），其位于unigene0030664的第609个碱基处，突变类型为：C/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:4所示；
Sc39666位点的等位基因（G），其位于unigene0039666的第1396个碱基处，突变类型为：G/A；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:5所示；
Sc60136位点的等位基因（A），其位于unigene0060136的第88个碱基处583，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:6所示。
上述说明并非对本发明的限制，本发明也并不限于上述举例。本技术领域的普通技术人员在本发明的实质范围内，做出的变化、改型、添加或替换，也应属于本发明的保护范围。
序 列 表
<110> 宁波大学
<120> 缢蛏抗副溶血弧菌相关SNPs分子标记及其扩增引物和应用
<160> 9
<170> PatentIn version 3.3
<210> 1
<211> 2425
<212> DNA
<213> Sc3488基因序列
<400> 1
AGCCATATCTCTAGGAAGTGCCATAGCTGCTGGTATTCGAGGTGGTTTATTGTTATTGACTAATCGACGCCTCAACATACGAATGAGGAATGCCCTCTTTGCTGCCATTATGAAACAAGAGATAGGCTTCTTTGATACTACACAGACAGGGGAGATAACATCTCGTCTAACTTCGGACACTACTACAATGAGCGAAGCCCTCGGTCTCAACTTTAACATCTTCCTGCGCAGCTTAATAAAGGCAGTGGGTGTGGTTTTCTTCATGTTCAAATTGTCCTGGCGACTCACCGTTGTAACCTTCATTGGCCTGCCCTGTATCATGTTTATCTCCGAAGTGTATGGCTTCTACTACAAGATTCTTGCAGAGAAAATTACAGACAGTCTAGCAGAGGCAAACAATGTGGCAGAGGAGAGTTGTGGGTCGATGAGAACGGTGAAGAGCTTCGCTAATGAGATGGGAGAGGCGAGCAGCTATGGGGAGAAGCTCAAAGTCACATACAAGATAAACAAAAAACAGGCCATTTTTTATTCAGGATTTGTCTGGTCATCCATGTTATTTGGATTGCTGCTGACTGTCAGTGTGCTATATTATGGGGGACGTCTGGTGATCGGTGGCTATATGACTGGCGGAAATCTCATCTCCTTCATTCTGTACCAGATACAGTTAGGAGACTGTGTTAATGCTATGAGTGGTGTATACACAGGTCTAATGGAGGCAGTAGGTTCATCACAGAAGGTGTTTAATTTCATGGAGCGGGTACCAGCCATTATACCAGATGGGAAACTGGCTCCTGAACATCTTCAAGGTCATATAGAGTTCAAAAACATCACCTTCACCTACCCTTCCAGGCCTACTGTACCAGTACTCAAGGACCTTAGTTTCACGGTGAAGCCAGGTGAGGTGGTTGCACTGGTGGGTCCCAGTGGAGGTGGAAAGACATCATGTGTGAACCTTCTTGAACATTTCTACAAGCCCCAGACAGGCCAGGTGTTACTAGACGGCGTACCTATACAGCAGTATGACCATTACTACCTGCATAAAAAGATTGCTCTAGTGGGGCAGGAACCAGTCTTGTATGCACGCACAATTGGTGAAAACATTCGATATGGACTACAGGAAGATGAGACAAGCCAGGCAGCCATTGAAGAAGCCGCAAAGCTCGCCAATGCTCACAAATTTATTATGGAGCTTAAGGATGGTTACCAGACACAAGCTGGAGAGAAGGGAATTCAGATGTCAGGAGGCCAGAAGCAGAGGATTGCCATTGCTCGAGCATTGCTAAGAAAGCCAGTGGTTCTGTTACTGGATGAGGCAACAAGTGCACTGGATGCTGAGTCAGAATTCTTAGTTCAGCAAGCCTTGTACAATAATCTGAGTGGACATACCGTCATCATCATTGCCCATCGACTGAGCACAGTGGAGCGCGCTGACAGAATCCTTGTAATCAATCAGGGGTCTGTGGCTGAGCAAGGTTCGCACCAGCAACTACTACAAGCTGGAGGAATGTACTCCCAGCTGGTTGGCAGGCAACTGTTACTGGCAGGAAACCAGCAGTGGACACAGTCTAATGGGAAATAGAGTTGTGTAAGCAGCAGTGGGCACAGTATAATGGGAAAAAGAGTTGTGTAAGCAGCAGTGGGCACAGTCTAATGGGAAATAGAGTTGTGTAAGAACGAAATAGTCTCTTTACAGACTGGCATAGGTAAAAGCCAAACCTTTCTCAACAAAAAGATTATTTTTTTCAAGATTCAGTGTGAATTGACTGTTTAAAGGTTTATACATTAGGATCCCTTTTTGTTATGTGTAATATTTAGGAAAAATGCACATGTCAAAATGAGGTCATATTCAACATTTCAGATTTATTTTTATTTTTTTCAAATTAAGTTTCATATGATACTGACCAATGCTGTACATAAAAAGCCTGCTAGAATGTAATCAGTCATGCTTCTTTTGCAACCATTGTAAGGTATTAAATTGTTATACGAGGGTGGATAAAAAAAATATGTGGACTTTCCTTACATTTATTTTGATTGTACAGATATTAAGATCAAATATACATAACAGTTATATATCGGCATTTTCTATATATGTCTTATGCTAACTAGCTGTATTTTCTAAAGTATGTAATGAATGATGTTCAAATTTGAATCAATGTTACAAATGACGTCAACACATAAACAGAAGATGTTTGGTTTAGTTGGTGCCAATTTAGTGAGCTGACATAGATATTAGCTCTATGCAGTTCGGTCATAAAATGGGTAGCGCCAGGGTACCTATCCAGGCCTATTGAAGTTTTATTTTCTTTATCACAAATAAAATTCATTAATGTAAACCATATGACTCTTTGAACATTTAATTGTTTAATACATGTGCAAAATTTTATAGATTTATGTTGAGTAGTTTTTAAGTTATTACAAAAGTCCA2425
<210> 2
<211> 733
<212> DNA
<213> Sc15480基因序列
<400> 2
AGTGACAAAGCATATGTTTCCCAGAAGCCATGGCTGATGAACAAGACACTTAGAGATAAT60ATCCTGTTTGGCAGCCAGTTCAAATGGAAACGGTACCAGAAGGTGATAGAAGCTTGTGCC120CTGCAACCTGATATTGACATGTTACCAGCTGGAGACCAGACAGAAATTGGTGAGAAGGGT180GTGAACCTAAGTGGTGGCCAAAAACAGAGGGTTAGCATTGCCAGAGCCCTTTACTCATCA240GCAGATACCTACATCTTGGATGACCCAATGTCTGCTTTGGACAGCCATGTTGGCAAGCAT300GTGTTTGAAGAGGTGATTCTGAAGAAGCTGCTCCTGCGGAAGAAAACTGTTATACTAGTC360ACCCACCAGCTTCAGTACCTCAACTCAGCTCACCTGATTGTTGTGATGAAAGAAGGAGCT420GTAGAATACCAGGGCAAGCTGTCAGAGGTGAAGAAAACCCATTCTGAGTTGTATGAATCC480TGGAGAAAAGCTTTAAAAGATGCTAAATTGGCAGAGTCAAGCCGTAGGGACTCGGACAGT540CACAGTCAGGAGGGTGTTGTTAATTACACGCGGCAACACAGCATACAGAGTCAAGTGTCT600GTCGACGAGAGTCGAACAAGGGACAACCATGCCAAGTTGTCAACAGTAAGTGCTCCAGCC660GGTACACTAGAGGCCAGCCAACACACAGTCGGCAATGGGAA 733
<210> 3
<211> 952
<212> DNA
<213> Sc21269基因序列
<400> 3
AAAGCTACTCTTGCTTTTTAAAGCAGAGATACCAAAATCTCACTACAGTAATTTTTGACGGCTACAAAAGTGGACCTGACACCAAAGATGTGGCTCATCTCGGCGAACCAAGGGGAAAGTAGGTACACATGTAAGATTTTCAACTGATACACCTCTCCGCAAGAAGAAAGAAGTCTTCCTCAACAACCAGGAAAACAAACAGGCTTTTTTGACATGTTCGGTGTATGCTTGACTAATGATGGCATTAATGTCTTGCATGCACAAGGAGATGGTGTCACAATGATTGTTGATACAGCAATAAATTCATGCAAGACAAAACCCCACAACAGTAAAGACACGGATTTGTTGGTAATTCTATATTCATTTTAGATCTGATTCAAAATCAACAAAGACCATAAAGATATGGGACATAAAAGCCACACAAACATCACTAGGAACTGCACTCTGTCACAGCCTTCCATTACATGCCTTTACAGGATGTGATACAACATTGAGGATATTTGGAATTGACAATCTTTCTGTGCTCAAACTCTTCCAAAAGAAACTATCTTTTCGTGGCTTTTGTGAGAAATTCTTGGCTGCTACAACCTCTAGTTCAATAGAGCAATGTGGTGAATCACTGATGTTAGCTGTATATGATGGGTCTGATGCTGAGAATTTGAACCGAATGTGCTACAAGAACTTTAAAAGTATGTATGTATAGACCATAAATTGTCAAATATTGTTGAATATTGTTAAATATAAGCATTGTTTGCTCATCTGATTTGGTCCTCTTCAATTAGACCTATAGAAGTGGTTTATTGTGTTGATTTGATTTCAGCACAAAATCAATTAATAACTGCATGTTTTAAGCATAAGTTTACTCAATTCATGTTTTACTGCATAAAATATACATACATGTATATAGCAAACATAGCAATGATAGTTTCTGATATAAAAACATGGAGATTTT 952
<210> 4
<211> 691
<212> DNA
<213> Sc30664基因序列
<400> 4
ACAAGAGCATATGTTTGTCCAGGTGGGACAGTAAAGGAGATACCTTTCAAGATGGCCTTCGCTTCTTCATATTTGAAGTGAACATTCTGGAACTCTATCTGACCCTGATTTATGGCCAATTCTTTCGCATCTGGGACATCATTTACCTCCTGATCAACATCCAGTAATTCAAACATGTTTTCCATGTCAATGAATGCTTGCTGAATCATCCTGTAATAAGTTCCTAGAAAGTTGAGCGGACCATACAACTGTATAATGTAGGTACCAAACAGTACATAGTCTCCTACGGTGAGTTTGAGCTCATTGACACTGTGAACCACAGCCCATGCACACAGGAGGGAACCAGCCAGGATACCCCCGGTCACAACCACATTCTGGGCTGTGTTTAATAGGTTCAGCGATGCTGTTGCCTTCCACTCTGCCTTCTGAAAATTAAGGATGGCCTTGTTGTAACGATCAATCTCAAATTTTGATGCACCATAGTATTTGACAGTCTCAAAGTTCAGCAAAGAATCCACAGCTGTAGAGTTTGTTGCATTGTCCAGTTTGTTCATATCACGTCGGTACTTTGTGCGCCATTCAGTGATGTAGACAGTAACAGCTAGATACAGAGCCATTGCCAGGAAAACAACAACGCCAAAAATGTAGTTAAAGACTGTGACAAAGTACACGATGGCGATGATGATGTCAA 691
<210> 5
<211> 2390
<212> DNA
<213> Sc39666基因序列
<400> 5
TCTAATTTATGTGTTATAAAGTTGGAAATTTTACCTACTGGGGTTTCATTTGGTTTCATTCAGCATTTGGTTCTATAGGGTATGAAATAAGAGTTTAAGGTTATAAATAGAACAAGTTGTTCTATAGGGCATATTATGCCCCAGTATTTGTTGAACAAGTGAGTGAATGTATTTCGTTGGAACGTGTTGTGCAACTTTTGTGAGATTGTAATAATATTTGTTGGTTTGTATTTTCTGGTTTTCACAAATTCTTCATTTACATGTGCTTCTTCTGAAAGTGAATAAAGGAGACAGTTTTAAGGTAAAGGATCCTGTGCCCACTTATTGTGAGATATTTACCTACCTATGAAGAATGAAGGGAATTCTTTCACCCTGCATAACTGTCATAGAAGAACAAGAGTGAAGACAATTACTTGGCATTGGTTCAACTATCTATCCTCTGTTGCTACTAGAAATTACACACCTACACTAAATCAAGATGGTGCAATCATTTAGTGAATTTTGTGGTGGCACACCATTTTTTGATGAAAACCTTTTGTTAAACAACACATACCCGGAGTTCACAGAATGTTTCCAGAACACCGTCCTCATTTGGGTGCCTTGTGGGTTCCTATGGCTCACCCTTCCAATCTACCTCCGCTACCTCCTCCATCAGACGAACCCTCCTCTGCAGATGACCCCACTCAACATAAGCAAAACTTTTGTGTCCCTGCTGTTGTTTTTCGTGATGTTAGTTGACATCCTGTACACCGCAAGCAATGAGAAGGAAGATGGGACGTCCTACCCTACTGCAGTATTTACAGCCGGCAGCATTAAGGCAGCTTCTTTTTTGCTGGCATCATTGTTGATCCAGGTAGAGAGACGTCGAGGGATGATAACCTCTGGCATCCTCTTCATTTTCTGGTTCCTTCTCTTCATCACAGGAGTGGTACCAGTCTACACTCAGATCATGCAAAAGGAGTATGACAAGTCAGTATTCCGGTTTGCTTTGATGTTATTCTACTACATCATGGTCATGCTGTCCCTAATCTTGGCCAGTTTTGCTGAGACTGTTCATCGCCATGGTTACATGCCCGTTGGCAAGGCCCAATGTCCAGAAATCTATGCATCATTTCCCTCCAAGCTGTCATTCTGGTGGATTACCTCACTTGTGGTGCAGGTGTATCGTCGAGGGTTGGCAGAGGACGAGGTTTGGGAGCTGAACCCGCGAGACCAGAGCAAGAAGATTGTTCCAGAACTGCAGAATGCATGGCAGGCAGAGGTGGCTAAAGCTAAGAATAGACAAAAGCTGCCAATTGATTCACACTCACAGGAGACAAGTTTCATGAATCCAAGGGCTCAGTCTGAGAGATCCTTACTTTTGAATTCTGGAAACCGAAGGAGCTACAACACACAGTCTAGTACTTCAAGGGAGGCAACTAGCAAAGAAAAGAAGACTAAAGGGCCATCACTCTTCAAGGTCATAGTGAAAGTGTTTGGAAAAGAAGTGTTTCTTGGCTGGTTTTGTAAGATGATATATGATTTCTTGCAGTATGTCAACCCCATGGTGCTGAGTTTGCTCATTGGGTTTGTTCAAGCTAAAAGTCTTCAGACGAGTGAGGAAAATGATCGATTAGCGTGGAAGGGCTATGTGTACGCAGCATCCCTGTTTGTTGTTGCCATGTTACAGTCTGTGTTCTTCCATCAAAACTTCCACTTTGGTATGACGGCCGGTATGAGAATCAAATCTGCCTTGATTGCCGCCATCTATGGAAAGTCCATGACAATGAACAGTGAGGCACGTACCAAGTCTACGGTGGGAGAGATAGTGAATCTGATGTCTGTTGATGCTCAGCGTATTTCAGATATTACAGGTTACCTATGGGTAGTATGGTCGGCTCCATTACAGATTATCCTGGCCATGATTCTGTTGTGGAACCAGCTGGGTCCATCAGTGTTAGCTGGGGTGGGCGTCATGGTACTGCTGGTACCCTTCAATGCCTGCATCGCTGTGAGGCAGAGGCGACTACAGATCCAGCAGATGAGGCTGAAGGATTCACGTATAAAGGCAATGAATGAGATCCTAAATGGAATAAAGGTGCTGAAATTATATGCCTGGGAACCTTCCTTTGAGAAGAAAGTCCAAGATGTCAGAGACCAGGAATTGAAAGTTCTCCGCAACATTGCCTTCCTGAACGCCGTCAGCACATTCTTCTGGACGTCTGCTCCTTTCTTAGTGTGCCTGGCGACATTCATGGCATATATCCTCAGTGATAACACCAACTATCTGGATGCCCAGAAGGCCTTTGTGTCCCTATCGCTATTCAAACTCCTCAGCTTCCCCATCAATCTGCTGCCTATGATGGTATCCTATATTATACAGGGAAATGTCTCCATTGGACGAATAGGGA 2390
<210> 6
<211> 242
<212> DNA
<213> Sc60136基因序列
<400> 6
GTACATGTGGTGAACCTGGGCAGCTAGGCCTACTTGTAAAGGGGCAATCACGGCACGCGGTCGCACAGCCTGAATGATTGCTTGTCCAATGCTAGCAACTTTCCTACTTGTGGTCTTTCCCGCAAACATAGAATTCAACATCAACTGCAACGTGTCTGGCAAGTAGTCTAAAGCAGGATCAAGTCTGAGTTCATCGGTGCCTGGGTATCTATCTGTTATTGATGGGACGAATGTTTTAATGT 242
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> Sc3488-F上游扩增引物
<400> 7
GCTATGGGGAGAAGCTCAAAGT 22
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> Sc3488- R下游扩增引物
<400> 8
AGCCACCGATCACCAGACGT 20
<210> 9
<211> 22
<212> DNA
<213> Sc15480-F上游扩增引物
<400> 9
TGTATGAATCCTGGAGAAAAGC 22
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> Sc15480- R下游扩增引物
<400> 10
GTCCGAGTCCCTACGGCTTG 20
<210> 11
<211> 22
<212> DNA
<213> Sc21269-F上游扩增引物
<400> 11
CTCTGTCACAGCCTTCCATTAC 22
<210> 12
<211> 23
<212> DNA
<213> Sc21269- R下游扩增引物
<400> 12
AGAGTTTGAGCACAGAAAGATTG 23
<210> 13
<211> 19
<212> DNA
<213> Sc30664-F上游扩增引物
<400> 13
CTTTGTGCGCCATTCAGTG 19
<210> 14
<211> 20
<212> DNA
<213> Sc30664-R下游扩增引物
<400> 14
CATCATCATCGCCATCGTGT 20
<210> 15
<211> 19
<212> DNA
<213> Sc39666-F上游扩增引物
<400> 15
TGGAAACCGAAGGAGCTAC 19
<210> 16
<211>18
<212> DNA
<213> Sc39666-R下游扩增引物
<400> 16
TGAACAAACCCAATGAGC 18
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Sc60136-F上游扩增引物
<400> 17
GGTCGCACAGCCTGAATGAT 20
<210> 18
<211> 21
<212> DNA
<213> Sc60136-R下游扩增引物
<400> 18
TATGTTTGCGGGAAAGACCAC 21

Claims (6)

1.一种缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记，其特征在于所述的分子标记位于ABC转运蛋白基因家族中，所述的分子标记分别为：
第一个SNP标记命名Sc3488，其位于unigene0003488的第583个碱基处，突变类型为：G/A，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示，
第二个SNP标记命名Sc15480，其位于unigene0015480的第513个碱基处，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:2所示，
第三个SNP标记命名Sc21269，其位于unigene0021269的第504个碱基处，突变类型为：G/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:3所示，
第四个SNP标记命名Sc30664，其位于unigene0030664的第609个碱基处，突变类型为：C/T；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:4所示，
第五个SNP标记命名Sc39666，其位于unigene0039666的第1396个碱基处，突变类型为：G/A；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:5所示，
第六个SNP标记命名Sc60136，其位于unigene0060136的第88个碱基处583，突变类型为：A/G；其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:6所示。
2.权利要求1所述的缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记的扩增引物，其特征在于6个SNP标记的扩增引物分别为：
Sc3488-F:GCTATGGGGAGAAGCTCAAAGT，
Sc3488-R:AGCCACCGATCACCAGACGT；
Sc15480-F:TGTATGAATCCTGGAGAAAAGC，
Sc15480-R:GTCCGAGTCCCTACGGCTTG；
Sc21269-F:CTCTGTCACAGCCTTCCATTAC，
Sc21269-R:AGAGTTTGAGCACAGAAAGATTG；
Sc30664-F:CTTTGTGCGCCATTCAGTG，
Sc30664-R:CATCATCATCGCCATCGTGT；
Sc39666-F:TGGAAACCGAAGGAGCTAC，
Sc39666-R:TGAACAAACCCAATGAGC；
Sc60136-F:GGTCGCACAGCCTGAATGAT，
Sc60136-R:TATGTTTGCGGGAAAGACCAC。
3.权利要求1或2所述的缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs分子标记的筛选方法，其特征在于包括以下步骤：
1）实验群体的获得：以缢蛏养殖群体为繁殖亲本，通过连续数代选育的缢蛏快速生长品系“甬乐一号”为实验样本；利用终浓度为5×107 CFU/mL的副溶血弧菌处理15天，死亡个体为敏感群体，存活个体为抗病群体；
2）从两个群体中各筛选15个个体进行转录组测序，对测序结果进行SNP筛选，保留具有多态性且等位基因频率在50%以上的SNP位点，运用卡方检验分析SNP位点在敏感群体和抗病群体中相关性，初步筛选出24个SNP位点与抗病性状相关联，即P值<0.05；
3) 对上述筛选的SNP位点设计引物，并在实验群体中进行验证，利用HRM技术，最终有6个SNP标记可以准确分型，经卡方检验其与抗病性状显著关联，即P 值<0.05；6个SNP位点的优势等位基因为Sc3488位点的等位基因、Sc15480位点的等位基因、Sc21269位点的等位基因、Sc30664位点的等位基因、Sc39666位点的等位基因和Sc60136位点的等位基因。
4.权利要求1所述的缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs标记在筛选缢蛏抗副溶血弧菌亲本中的应用。
5.根据权利要求4所述的缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs标记在筛选缢蛏抗副溶血弧菌亲本中的应用，其特征在于该应用为：检测缢蛏亲本存在所述的Sc3488位点的等位基因、Sc15480位点的等位基因、Sc21269位点的等位基因、Sc30664位点的等位基因、Sc39666位点的等位基因和Sc60136位点的等位基因，被选为抗副溶血弧菌亲本。
6.根据权利要求5所述的缢蛏抗副溶血弧菌相关的SNPs标记在筛选缢蛏抗副溶血弧菌亲本中的应用，其特征在于具体步骤如下：
1）从待测亲本中剪取鳃组织，提取RNA，并反转为cDNA；
2）以提取的cDNA为模板，利用所述的6个SNP标记的引物进行PCR扩增和高分辨率熔解曲线分析技术对每个亲本样品进行基因分型，将存在Sc3488位点的等位基因、Sc15480位点的等位基因、Sc21269位点的等位基因、Sc30664位点的等位基因、Sc39666位点的等位基因和Sc60136位点的等位基因的个体保留，即为缢蛏抗副溶血弧菌亲本。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110724747A (zh) * 2019-11-18 2020-01-24 上海海洋大学 一种与大黄鱼抗副溶血弧菌关联的snp位点、其筛选方法和应用
CN111073954A (zh) * 2020-01-10 2020-04-28 浙江万里学院 一种缢蛏鳃组织miRNA快速提取方法

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107267519A (zh) * 2017-05-10 2017-10-20 宁波大学 缢蛏C1q基因、编码蛋白及其克隆方法和重组缢蛏C1q基因工程菌构建方法

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107267519A (zh) * 2017-05-10 2017-10-20 宁波大学 缢蛏C1q基因、编码蛋白及其克隆方法和重组缢蛏C1q基因工程菌构建方法

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
JIANPING FU等: "Functional characterization of two ABC transporters in Sinonovacula constricta gills and their barrier action in response to pathogen infection", 《INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES》 *
XUELIN ZHAO等: "Comparative transcriptome analysis of Sinonovacula constricta in gills and hepatopancreas in response to Vibrio parahaemolyticus infection", 《FISH & SHELLFISH IMMUNOLOGY》 *
刘敏等: "高通量测序技术及其在贝类转录组研究中的应用", 《安徽农业科学》 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110724747A (zh) * 2019-11-18 2020-01-24 上海海洋大学 一种与大黄鱼抗副溶血弧菌关联的snp位点、其筛选方法和应用
CN111073954A (zh) * 2020-01-10 2020-04-28 浙江万里学院 一种缢蛏鳃组织miRNA快速提取方法
CN111073954B (zh) * 2020-01-10 2023-05-23 浙江万里学院 一种缢蛏鳃组织miRNA快速提取方法

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