CN109900814A - 一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法及应用 - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂用于化学交联质谱解析蛋白质‑蛋白质相互作用的分析方法，该方法通过使用以二糖为骨架的含有两个反应活性基团的交联剂与蛋白质复合物进行化学交联反应，利用糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，实现交联试剂和交联肽段肽键的高选择性可控碎裂，从而降低交联肽段的谱图复杂程度并显著缩减数据检索的规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析，为研究蛋白质的空间结构及蛋白质‑蛋白质相互作用网络提供重要的技术支撑。

Description

一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法及应用

技术领域

本发明涉及一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，利用糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，降低交联肽段的谱图复杂程度并显著缩减数据检索的规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析，为研究蛋白质的空间结构及蛋白质-蛋白质相互作用网络提供重要的技术支撑。

背景技术

蛋白质作为生物体生命活动的主要执行者，通过蛋白质-蛋白质的相互作用形成复杂的复合物，从而精密、有序地调控各项生命活动过程。对蛋白质复合物的精细解析，绘制蛋白质构象折叠变化及蛋白质之间的相互作用网络，对于理解复杂的生物系统、揭示疾病发生发展机制、筛选疾病相关的生物标志物，以及寻找药物的靶标具有重大意义。实现蛋白质复合物的精准解析已成为当前生命科学的研究热点。传统研究蛋白质结构和相互作用的方法已成功地应用于蛋白质复合物的解析，如酵母双杂交、免疫共沉淀、蛋白质结晶结合X射线衍射以及核磁共振等技术(Smits,A.H.；Vermeulen,M.Trends Biotechnol.2016,34,825-834；Saito,Y.；Nakagawa,T.；Kakihana,A.；Nakamura,Y.；Nabika,T.；Kasai,M.；Takamori,M.；Yamagishi,N.；Kuga,T.；Hatayama,T.；Nakayama,Y.J.Cell.Biochem.2016,117,2109-2117.)。然而，以上技术存在诸多局限性：酵母双杂交技术可以鉴定两个蛋白质之间的直接相互作用，但不适用于体内复杂的蛋白质相互作用网络分析，并且存在假阳性率的问题；免疫共沉淀技术虽能鉴定体内相互作用的蛋白质，但不能区分直接和间接的相互作用，并且对于瞬时、微弱的相互作用，难以实现有效的鉴定；蛋白质结晶结合X射线衍射和核磁共振技术以及冷冻电镜技术能够提供蛋白质复合物的高精度结构信息。然而，这些方法还有一个共同缺点是均无法提供蛋白质相互作用的界面信息，并且分析通量较低。

新技术和新方法的发展一直是推动蛋白质功能研究的关键和强大动力。化学交联-质谱技术是利用化学交联剂实现空间距离足够近的蛋白质的共价交联，利用质谱技术进行蛋白质中交联肽段的鉴定，并结合后续的生物信息学处理，实现蛋白质复合物组成和相互作用界面的精细解析(Tran,B.Q.；Goodlett,D.R.；Goo,Y.A.Biochim.Biophys.Acta2016,1864,123-129.)。与其它蛋白质复合物解析技术相比，它能够同时分析细胞内近1000个相互作用蛋白，具有分析灵敏度高、通量高的优势。同时该技术对于蛋白质样品的准备要求低，在蛋白质复合物的规模化解析方面具有重要的应用潜力，已成为持续增长的新的科研热点(Arlt,C.；Gotze,M.；Ihling,C.H.；Hage,C.；Schafer,M.；Sinz,A.Anal.Chem.2016,88,7930-7937.)。然而，该技术目前也面临诸多挑战。其中最为严峻的是交联肽段的数据解析复杂。普通肽段的二级谱图只涉及一条肽段并且碎裂只发生一次，而交联肽段的谱图不仅涉及两条肽段并且碎裂形式多变，可能发生在任意一条肽上，也可能发生在交联剂上，其二级谱图的碎片离子比常规谱图在种类和数目上都更多，其面对的数据库规模是普通数据库搜索的平方级，导致搜库时间长，并且对于组学水平的蛋白质相互作用信息，由于数据库非常大，甚至无法完成鉴定。

针对这一问题，Heck课题组采用质谱气相碎裂型交联试剂(DSSO)分析蛋白质复合体。这种类型的交联剂在质谱中发生碎裂，能将交联肽段解离成为两条单独的、被交联剂残片修饰的肽段，巧妙地将交联肽段的质谱图和数据解析简化为普通肽段分析，不仅降低了质谱图的复杂程度，而且避免了交联数据平方级规模的搜索困难，并首次成功用于HeLa细胞裂解液内交联肽段的鉴定(Liu,F.；Rijkers,D.T.S.；Post,H.；Heck,A.J.R.Nat.Meth.2015,12,1179-+)。

糖苷键是指连接糖基与糖基或其它基团的化学键，它广泛存在于蛋白质糖基化修饰中。前期基于糖组学的研究发现，糖基-糖基连接的糖苷键与多肽中的肽键的质谱碎裂模式显著不同，在较低的碰撞能量时即可发生碎裂，并且碎裂效率较高(Mayampurath,A.；Yu,C.Y.；Song,E.；Balan,J.；Mechref,Y.；Tang,H.Anal.Chem.2014,86,453-463.)。

此专利，我们利用以二糖为骨架的化学交联剂，根据糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，提高交联肽段的谱图识别度，将交联肽段的谱图解析转化为带有交联剂残基修饰的普通肽段的数据解析，降低数据检索规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析，为推动蛋白质结构解析、蛋白质-蛋白质相互作用的研究提供重要的技术支撑。

发明内容

本发明的目的在于发展一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，通过该方法能有效提高交联肽段的谱图识别度，降低数据库检索规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析。

为实现上述目的，本发明采用的技术方案为：

一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，使用以二糖为骨架的化学交联剂与蛋白质复合物进行化学交联反应，将交联蛋白酶解产物进行质谱鉴定，通过优化质谱采集方式，使得交联剂发生优先碎裂，提高交联肽段的谱图识别度，将交联肽段的谱图解析转化为带有交联剂残基修饰的普通肽段的数据解析，降低数据库检索规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析。

(1)将待鉴定的蛋白质复合物与以二糖为骨架的化学交联剂发生化学交联反应，生成交联蛋白。将交联蛋白通过变性、还原、烷基化、酶解处理，得到肽段样品，进行质谱鉴定和数据处理。

(2)其中以二糖为骨架的交联剂，含有两个可以与氨基酸残基发生化学反应形成共价键的反应活性基团；含有零个或一个用于进行富集的功能性基团。

(3)与氨基酸残基发生化学反应的反应活性基团，包括氨基反应活性基团，巯基反应活性基团，光反应活性基团中相同的一种或不同的两种。

(4)氨基反应活性基团为N-羟基琥珀酰亚胺酯、亚胺酸酯、碳化二亚胺；巯基反应活性基团为马来酰亚胺；光反应活性基团为芳基叠氮、双吖丙啶、二苯甲酮。

(5)富集基团，包括直接富集基团：生物素；间接富集基团：烯基、炔基、叠氮，通过点击化学反应引入，再进行富集反应。

(6)用于鉴定的蛋白质复合物的来源为：细胞蛋白质提取液、胞浆蛋白质提取液、血浆蛋白质提取液、组织蛋白质提取液、单一蛋白质复合物中的一种或二种以上。

(7)交联反应的特征在于：用于溶解蛋白质复合物的溶液为浓度为1到200mM的HEPES缓冲液，pH范围6.0到9.0；用于溶解交联剂的溶剂为DMSO、DMF中的一种；发生交联反应的蛋白质复合物的蛋白浓度为0.1到100mg/mL；发生交联反应的交联剂的浓度为0.1到50mM；发生交联反应时有机相与水相的体积比为1：1000到10：1；交联反应温度为0到50℃；交联反应时间为2min到48h。

(8)将交联蛋白通过变性、还原、烷基化、酶解处理得到肽段样品。

(9)得到的肽段样品，若为通过不含有富集功能基团的交联剂反应得到，能通过强阳离子交换、体积排阻色谱的方式对含有蛋白质相互作用信息的交联肽段进行富集；若为含有富集功能基团的交联剂反应得到，则通过亲和反应，将含有富集功能基团的肽段富集出来。

(10)将得到的肽段样品进行液相色谱联用质谱分析，质谱采集模式为二级质谱或三级质谱；二级质谱采集模式中第二级质谱碎裂模式为CID、ETD、HCD、EThcD中的一种或二种及以上联用；三级质谱采集模式中第二级质谱碎裂模式为CID、ETD、HCD、EThcD中的一种或二种及以上联用，对具有特征质荷比差异的碎片离子进行三级质谱鉴定或对信号强度从高到低前1到200的碎片离子进行三级质谱鉴定；不同碎裂模式的碎裂能量范围为2％到80％；在采用三级质谱鉴定方式时，二级质谱碎裂模式的碎裂能量选择优先断裂糖苷键的碎裂方式，三级质谱选择适合肽段肽键碎裂的模式和能量。

(11)对得到的质谱数据进行数据检索和分析整理，得到蛋白质复合物的相互作用信息。

(12)本方法利用糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，实现交联试剂和交联肽段肽键的高选择性可控碎裂，从而降低交联肽段的谱图复杂程度并显著缩减数据检索的规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体相互作用信息的规模化分析，为研究蛋白质的空间结构及蛋白质-蛋白质相互作用网络提供重要的技术支撑。

本发明具有如下优点：

1.分析速度快，通量高，对蛋白质复合物的性状要求低。

2.化学交联剂的主体为二糖，是内源性物质，具有很好的水溶性，有利于化学交联反应的发生。

3.构成交联臂的糖苷键与构成肽段的肽键质谱碎裂能量具有选择性差异，通过优化质谱采集模式，可以实现交联试剂和交联肽段肽键的高选择性可控碎裂，提高交联肽段的谱图识别度，并显著缩减数据检索的规模，实现蛋白质复合物相互作用信息的规模化鉴定。

附图说明

图1为使用TreS作为交联剂，鉴定到的BSA蛋白质线性相互作用位点信息。

具体实施方式

实施例1

对牛血清白蛋白BSA进行相互作用信息鉴定

(1)化学交联反应：将BSA溶解于50mM HEPES(羟乙基哌嗪乙硫磺酸)，pH 7.4,150mM NaCl(氯化钠)溶液中，BSA浓度为10mg/mL；加入溶解于DMSO(二甲基亚砜)的化学交联剂TreS(6，6-二琥珀酰亚胺海藻糖)至交联剂与蛋白混合后，交联剂的终浓度为1mM，有机相与水相的比例为1：10，室温反应1小时。

(2)加入终浓度为50mM的NH₄HCO₃(碳酸氢铵)溶液，室温下终止交联反应20min。

(3)冻干，将交联蛋白重溶于8M尿素，5mM TCEP(三(2-羧乙基)膦盐酸盐)溶液中，交联蛋白浓度为1mg/mL，56℃反应30min。

(4)加入终浓度为10mM的IAA(碘代乙酰胺)，室温避光反应20min。

(5)将上述样品溶液中的尿素稀释至1M，使用Trypsin(胰蛋白酶)进行酶解反应，37℃反应18h，酶与蛋白的质量比为1：100。

(6)将上述酶解产物使用液相色谱C18分离柱除盐：98％A相上样、除盐，80％B相洗脱得到样品；将样品冻干，重溶于0.1％FA中。(A相：98％H₂O，2％ACN，0.1％TFA；B相：98％ACN，2％H₂O，0.1％TFA)

(7)将上述样品进行质谱鉴定，使用Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，使用CID–MS2–MS3–EThcD–MS2的质谱采集模式，二级CID能量为20％，EThcD能量为18％，三级CID能量为35％。

(8)将得到的质谱数据使用Proteome Discoverer 2.2XlinkX模块进行检索，将得到的相互作用位点信息使用xiNET网页版处理，得到如下图所示结果：

图1为使用TreS作为交联剂，鉴定到的BSA蛋白质线性相互作用位点信息；

上述数据结果表明，通过使用TreS作为化学交联剂对标准蛋白BSA进行化学交联反应，共鉴定到106对相互作用位点信息，实现了对BSA相互作用位点信息的深度覆盖。

实施例2

对大肠杆菌裂解液进行相互作用信息鉴定

(1)蛋白质的提取：将40mL E.coli(大肠杆菌)菌液，离心4000rpm，4℃，6min。使用30mL 1*PBS洗两次，离心4000rpm，4℃，6min。使用2mL 50mM HEPES，pH 7.8,150mM NaCl溶液洗两次，离心4000rpm，4℃，6min。将离心管底部E.coli打散，于1mL 50mM HEPES(pH7.5,150mM NaCl，1％cocktail(v/v))溶液中，置于冰上。超声，使用40％power，30s on；30soff，共进行30min。

(2)16000g离心，将上清液采用BCA法测定蛋白质的浓度。

(3)化学交联反应：将所得蛋白质溶液使用50mM HEPES，pH 7.5,150mM NaCl溶液稀释至蛋白质浓度为1mg/mL；加入溶解于DMSO的化学交联剂Bio-MalS(1-生物素-6，6-二琥珀酰亚胺麦芽糖)至交联剂与蛋白混合后，交联剂的终浓度为1mM，有机相与水相的比例为1：10，室温反应1小时。

(4)加入终浓度为50mM的NH₄HCO₃溶液，室温下终止交联反应20min。

(5)冻干，将交联蛋白重溶于8M尿素，5mM TCEP溶液中，交联蛋白浓度为1mg/mL，37℃反应2h。

(6)加入终浓度为10mM的IAA，室温避光反应30min。

(7)将上述样品溶液中的尿素的浓度稀释至1M，使用LysC和Trypsin进行顺序酶解反应，37℃分别反应4h和12h，酶与蛋白的质量比分别为1：100。

(8)将上述酶解产物使用液相色谱C18分离柱除盐：98％A相上样、除盐，80％B相洗脱得到样品；将样品冻干，重溶于1*PBS溶液中。(A相：98％H₂O，2％ACN，0.1％TFA；B相：98％ACN，2％H₂O，0.1％TFA)

(9)使用streptavidin agarose(链霉亲和素琼脂糖球)对含有交联剂修饰的肽段进行富集。

(10)将上述富集得到的样品进行质谱鉴定，使用Orbitrap FusionLumos质谱仪，使用CID–MS2–MS3–ETD–MS2的质谱采集模式，二级CID能量为22％，ETD能量为20％，三级CID能量为35％。

(11)将得到的质谱数据使用Proteome Discoverer 2.2XlinkX模块进行检索，共鉴定到2325对相互作用位点信息。

上述数据结果表明，通过使用Bio-MalS作为化学交联剂对E.coli全裂解液蛋白进行化学交联反应，共鉴定到2325对相互作用位点信息，实现了对E.coli裂解液蛋白质相互作用位点信息的深度覆盖。

实施例3

对海拉细胞裂解液进行相互作用信息鉴定

(1)蛋白质的提取：将培养的海拉细胞(HeLa)重悬于20mM HEPES，pH 7.5,150mMNaCl，1.5mM MgCl₂，1％cocktail(v/v)溶液中，置于冰上。超声，使用50％power，30s on；30s off，共进行3次。

(2)16000g离心，将上清液采用BCA法测定蛋白质的浓度。

(3)化学交联反应：将所得蛋白质溶液使用20mM HEPES，pH 7.5,150mM NaCl，1.5mM MgCl₂溶液稀释至蛋白质浓度为1mg/mL；加入溶解于DMSO的化学交联剂Alky-CelS(1-炔基-6，6-二琥珀酰亚胺纤维二糖)至交联剂与蛋白混合后，交联剂的终浓度为1mM，有机相与水相的比例为1：10，室温反应1小时。

(4)加入终浓度为50mM的NH₄HCO₃溶液，室温下终止交联反应20min。

(5)冻干，将交联蛋白重溶于8M尿素，5mM TCEP溶液中，交联蛋白浓度为1mg/mL，37℃反应2h。

(6)加入终浓度为10mM的IAA，室温避光反应30min。

(7)将上述样品溶液中的尿素的浓度稀释至1M，使用LysC和Trypsin进行顺序酶解反应，37℃分别反应12h和12h，酶与蛋白的质量比分别为1：100。

(8)将上述酶解产物使用液相色谱C18分离柱除盐：98％A相上样、除盐，80％B相洗脱得到样品；将样品冻干，重溶于1*PBS溶液中。(A相：98％H₂O，2％ACN，0.1％TFA；B相：98％ACN，2％H₂O，0.1％TFA)

(9)使用一端含有叠氮，一端含有生物素(biotin)的试剂biotin-azide与样品中交联剂上的炔基在pH小于7的条件下进行点击化学反应。

(10)使用streptavidin agarose对上述样品进行亲和富集。

(11)将上述富集得到的样品进行质谱鉴定，使用Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，使用CID–MS2–MS3的质谱采集模式，二级CID能量为20％，三级CID能量为35％。

(12)将得到的质谱数据使用Proteome Discoverer 2.2XlinkX模块进行检索，共鉴定到3658对相互作用位点信息。

上述数据结果表明，通过使用Alky-CelS作为化学交联剂对HeLa全裂解液蛋白进行化学交联反应，共鉴定到3658对相互作用位点信息，实现了对人源细胞HeLa全裂解液蛋白相互作用位点信息的深度覆盖。

实施例4

对牛血清白蛋白BSA进行相互作用信息鉴定

(1)化学交联反应：将BSA溶解于50mM HEPES，pH 7.5,150mM NaCl溶液中，BSA浓度为10mg/mL；加入溶解于DMSO的化学交联剂Alky-LacS(1-炔基-6，6-二琥珀酰亚胺乳糖)至交联剂与蛋白混合后，交联剂的终浓度为1mM，有机相与水相的比例为1：10，室温反应1小时。

(2)加入终浓度为50mM的NH₄HCO₃溶液，室温下终止交联反应20min。

(3)冻干，将交联蛋白重溶于8M尿素，5mM TCEP溶液中，交联蛋白浓度为1mg/mL，56℃反应30min。

(4)加入终浓度为10mM的IAA，室温避光反应30min。

(5)将上述样品溶液中的尿素稀释至1M，使用Trypsin进行酶解反应，37℃反应18h，酶与蛋白的质量比为1：100。

(6)将上述酶解产物使用液相色谱C18分离柱除盐：98％A相上样、除盐，80％B相洗脱得到样品；将样品冻干，重溶于0.1％FA中。(A相：98％H₂O，2％ACN，0.1％TFA；B相：98％ACN，2％H₂O，0.1％TFA)

(7)使用一端含有叠氮，一端含有生物素(biotin)的试剂与样品中交联剂上的炔基进行点击化学反应。

(8)使用streptavidin agarose对上述样品进行亲和富集。

(9)将上述富集得到的样品进行质谱鉴定，使用Orbitrap Fusion Lumos质谱仪，使用CID–MS2–MS3–EThcD–MS2的质谱采集模式，二级CID能量为20％，EThcD能量为18％，三级CID能量为35％。

(10)将得到的质谱数据使用Proteome Discoverer 2.2XlinkX模块进行检索，共鉴定到158对相互作用位点信息。

上述数据结果表明，通过使用Alky-LacS作为化学交联剂对BSA标准蛋白进行化学交联反应，共鉴定到158对相互作用位点信息，实现了对BSA标准蛋白相互作用位点信息的深度覆盖。

Claims (10)

1.一种基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：使用以二糖为骨架的含有两个反应活性基团的交联剂与组成蛋白质复合物的氨基酸残基进行化学交联反应，得到交联蛋白，利用糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，实现交联试剂和交联肽段肽键的高选择性可控碎裂，从而降低交联肽段的谱图复杂程度并显著缩减数据检索的规模，实现基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析，为研究蛋白质的空间结构及蛋白质-蛋白质相互作用网络提供重要的技术支撑。

2.根据权利要求1所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所使用的以二糖为骨架的交联剂，含有两个能与氨基酸残基发生化学反应形成共价键的反应活性基团。

3.根据权利要求1所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所使用的以二糖为骨架的交联剂，含有零个或一个能用于进行富集的功能性基团。

4.根据权利要求2所述基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述交联剂的反应活性基团，包括氨基反应活性基团，巯基反应活性基团，光反应活性基团中相同的一种或不同的两种；所述氨基反应活性基团为N-羟基琥珀酰亚胺酯、亚胺酸酯、碳化二亚胺中的一种或两种以上；巯基反应活性基团为马来酰亚胺；光反应活性基团为芳基叠氮、双吖丙啶、二苯甲酮中的一种或者两种以上。

5.根据权利要求1和3所述基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述交联剂的富集基团，包括直接富集基团和间接富集基团；

所述的直接富集基团为生物素，间接富集基团为：烯基、炔基、叠氮中的一种或者两种以上。

6.根据权利要求5所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述间接富集基团是通过点击化学反应引入直接富集基团，然后进行富集反应。

7.根据权利要求1所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述交联反应的特征在于：用于鉴定的蛋白质复合物的来源为：细胞蛋白质提取液、胞浆蛋白质提取液、血浆蛋白质提取液、组织蛋白质提取液、单一蛋白质复合物中的一种或二种以上；

所述交联反应的特征在于：用于溶解蛋白质复合物的溶液为浓度为1mM到200mM的HEPES(羟乙基哌嗪乙硫磺酸)缓冲液，pH范围为6.0到9.0；用于溶解交联剂的溶剂为DMSO(二甲基亚砜)、DMF(二甲基甲酰胺)中的一种；发生交联反应的蛋白质复合物的浓度为0.1到100mg/mL；发生交联反应的交联剂的浓度为0.1到50mM；发生交联反应时有机相与水相的体积比为1：1000到10：1；交联反应温度为0到50℃；交联反应时间为2min到48h；所述试剂的浓度均为终浓度。

8.根据上述任一权利要求所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述交联蛋白，经过高温或高浓度盐溶液条件变性、(三(2-羧乙基)膦盐酸盐)或二硫苏糖醇还原、碘代乙酰胺烷基化及酶解步骤得到肽段样品；

所得到的肽段，若为通过不含有富集功能基团的交联剂反应得到，则应用于通过强阳离子交换、体积排阻色谱的方式对含有蛋白质相互作用信息的交联肽段进行富集；

所得到的肽段，若为含有富集功能基团的交联剂反应得到，则应用于通过富集反应，将含有富集功能基团的肽段富集。

9.根据权利要求8所述的基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，应用于将经富集得到的肽段样品进行液相色谱联用质谱分析，质谱采集模式为二级质谱或三级质谱；二级质谱采集模式中第二级质谱碎裂模式为CID、ETD、HCD、EThcD中的一种或二种及以上联用；三级质谱采集模式中第二级质谱碎裂模式为CID、ETD、HCD、EThcD中的一种或二种及以上联用，对具有特征质荷比差异的碎片离子进行三级质谱鉴定或对信号强度从高到低前1到200的碎片离子进行三级质谱鉴定；不同碎裂模式的碎裂能量范围为2％到80％；在采用三级质谱鉴定方式时，二级质谱碎裂模式的碎裂能量选择优先断裂糖苷键的碎裂方式，三级质谱选择适合肽段肽键碎裂的模式和能量。

10.根据权利要求8所述基于糖苷键质谱可碎裂型化学交联剂的分析方法，其特征在于：所述方法使用以二糖为骨架的含有两个反应活性基团的交联剂与蛋白质复合物进行化学交联反应，利用糖苷键和肽键质谱碎裂能量的选择性差异，应用于交联试剂和交联肽段肽键的高选择性可控碎裂，从而降低交联肽段的谱图复杂程度并显著缩减数据检索的规模，应用于基于化学交联策略的蛋白质复合体的规模化分析，研究蛋白质的空间结构、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。