CN109790581A - Kras-变体癌症患者的基于免疫的治疗 - Google Patents

Abstract

本发明涉及向癌症患者施用一种与其它常规癌症治疗联用的免疫疗法，其中所述施用依赖于KRAS‑变体的存在。本发明还提供了用于基于所述KRAS‑变体存在来确定癌症患者对免疫疗法响应增加的可能性的诊断方法。

Description

KRAS-变体癌症患者的基于免疫的治疗

与相关申请的交叉引用

本申请要求2016年4月27日提交的美国临时专利申请号62/328,548的优先权和利益，所述临时申请整体通过参考并入本文。

技术领域

本发明涉及向需要的患者施用免疫调节剂的方法，其中所述免疫调节剂的选择依赖于KRAS-变体的存在。在本发明的一个方面，提供了一种与其他常规癌症疗法联用，向癌症患者施用被设计用于增强免疫系统的免疫调节剂的方法。在优选实施方式中，将药剂与放射疗法联用施用到癌症患者。本发明还提供了用于基于所述KRAS-变体存在来确定癌症患者或自体免疫患者对特定免疫疗法响应的可能性增加的诊断方法。

背景技术

KRAS-变体是KRAS癌基因中有生物功能的microRNA结合位点变体，其预测癌症风险的增加。重要的生长和存活基因的3’非翻译区(3’UTR)中的MicroRNA(miRNA)结合位点变体是最近发现的一类新的种系突变，它们是癌症风险和治疗响应的强有力的生物标志物(Cipollini等，(2014)PHARMGENOMICS PERS MED 7：173-191)。

在这一类别中发现的第一批突变之一是KRAS-变体，即KRAS癌基因的3’UTR中的let-7结合位点突变(Chin等，(2008)CANCER RES 68：8535-40)。这个突变预测几种癌症的高风险，包括非小细胞肺癌(同上)、绝经前女性中的三阴性乳腺癌(TNBC)(Paranjape等，(2011)THE LANCET ONCOLOGY 12(4)：377-386)和卵巢癌(Ratner等，(2010)CANCERRESEARCH 15：6509-15；Ratner等，(2012)ONCOGENE 31(42)：4559-66；Pilarski等，(2012)PLOS ONE 7(5)：e37891)。KRAS-变体也被证明可预测独特的肿瘤生物学，其中所述KRAS-变体患者中的肿瘤表现出KRAS-成瘾特征以及雌激素阴性、基底样基因表达模式(Ratner，2012，同上；Paranjape，同上)。也已发现，具有所述KRAS-变体的女性处于发生多种原发性癌症的明显增加的风险中，包括乳腺和卵巢癌以及同一个体中的第三种独立癌症(Pilarski，同上)。

也存在所述KRAS-变体充当癌症对疗法的响应的生物标志物的实质性证据。这包括患有卵巢癌或头颈癌的KRAS-变体患者中的顺铂耐药性(Ratner，2012，同上；Chung等，(2014)ANN ONCOL，July 31.[印刷前的电子出版物])、患有结肠癌(Saridaki等，(2014)CLIN CANCER RES 20(17)：4499-510)或头颈癌(Chung，同上)的KRAS-变体患者中的西妥昔单抗敏感性，以及患有非小细胞肺癌(NSCLC)的KRAS-变体患者中的厄洛替尼耐药性但索拉非尼敏感性(Weidhaas等，(2014)J CLIN ONCOL 32(52)：suppl；abstr 8135)。细胞系数据进一步支持了所述KRAS-变体对化疗暴露的独特响应(Saridaki，同上)。

以前已实践过癌症治疗的免疫治疗方法。例如，在癌症治疗中，已尝试了引发对癌症自身的免疫应答。这些治疗通常包括例如施用特异性识别并定向破坏癌细胞的抗体、包括单克隆抗体及其片段，施用被设计用于刺激免疫系统的免疫细胞因子或检查点抑制剂，以及施用自体或同种异体免疫细胞，所述细胞在某些情况下已被遗传工程改造以增强其免疫功能，并预期引发对癌细胞的成功的免疫应答。因此，在本领域中需要，对在具有所述KRAS-变体的受试者中预防和治疗癌症的方法。此外，在本领域中需要，对预测那些可能对特定免疫疗法响应的癌症受试者，以便适合地提供正确治疗的方法。还需要对于鉴定会或不会经历来自于这些治疗的毒性的患者以便适合地管理或指导这些治疗。

发明内容

本发明与具有所述KRAS-变体的受试者具有改变的免疫系统这一发现相关。具体地，正如本文中描述的，已显示KRAS-变体受试者具有癌症的成功治疗所依赖的免疫系统的减弱。正如本文中描述的，这种免疫系统可以通过适合的免疫调节剂的施用来增强或刺激。

因此，一方面，本发明涉及在KRAS-变体存在的情况下向癌症患者施用特定免疫调节剂的方法。在具体实施例中，所述免疫调节剂与其他常规癌症疗法联用施用。在这种情况下，所述KRAS-变体受试者正用、将用或已经预先用一种以上常规癌症治疗进行治疗，所述常规癌症治疗包括例如化疗、放射疗法或手术。更具体地，本发明提供了一种用于治疗在KRAS的let-7互补位点6的第4位具有单核苷酸多态性(SNP)的KRAS-变体癌症受试者的方法，所述方法包括施用免疫调节剂，其中所述受试者正用、将用或已经预先用包含化疗、放射疗法或手术的一种以上疗法进行治疗。

在本发明的一个具体实施例中，放射疗法可以对使用免疫调节剂的其他治疗起到敏化剂的作用，并且免疫调节剂例如西妥昔单抗的施用可以引起针对癌细胞的免疫应答的进一步增强。因此，在本发明的一个具体实施例中，将放射疗法与例如抗癌抗体如西妥昔单抗或帕尼单抗共同施用到KRAS-变体癌症受试者。其他选项可以包括T细胞疗法或其他免疫增强疗法。

该方法还包括在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明与特定免疫调节剂向所述受试者的施用相关的有益效果增加。此外，所述KRAS-变体的存在表明在正常组织中对放射疗法的敏感性增加，但缺少系统性免疫应答，导致转移疾病的发生，表明了免疫增强与放射疗法的共同施用的有用性。在本发明的实施方式中，所述癌症包括但不限于用放射疗法的任何癌症，包括例如乳腺癌、卵巢癌、非小细胞和小细胞肺癌、结肠直肠癌、胰腺癌、脑癌、胃癌、子宫癌、睾丸癌、肉瘤、前列腺癌、淋巴瘤和头颈癌。本发明还提供了用于在所述KRAS-变体存在的基础上确定癌症受试者是否可能对特定免疫调节剂的施用做出响应的方法。具体地，本发明涉及为需要的患者选择特定免疫调节剂的方法，其中所述待施用的免疫调节剂的选择依赖于所述KRAS-变体的存在。在所述KRAS-变体存在的情况下，起到首先刺激减弱的免疫系统的作用的免疫调节剂，比依赖于完整功能的免疫系统来实现它们的益处的药剂更加优选。待施用到KRAS-变体患者的免疫调节剂包括例如抗体、细胞因子、过继性细胞转移，而诸如检查点抑制剂的那些药剂不太优选。更具体地，本发明提供了一种预测这种施用对KRAS-变体癌症受试者的有益效果增加的方法，所述方法包括在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明了从免疫疗法产生的有益效果增加。此外，所述KRAS-变体的存在可以表明与免疫调节剂和放射疗法的共同施用相关的有益效果增加。本发明具有重要的临床价值，因为所述方法提供了一种用于鉴定癌症受试者是否可能对免疫调节剂的施用做出响应的手段。被鉴定为具有KRAS-变体的患者被鉴定为可能对免疫疗法做出响应，并且不具有所述KRAS-变体的患者被鉴定为不太可能对免疫调节剂的施用做出响应。因此，如果患者对所述KRAS-变体阳性，则为医生提供了一种选择最适治疗并同时避免无效治疗的手段。

此外，本发明提供了一种用于为临床试验设计鉴定适合的靶患者或靶患者亚群的手段。在本发明的一个具体实施例中，所述KRAS-变体的存在表明某些靶群体应该接受一种类型的免疫疗法而不是另一种类型。因此，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中所述治疗包括施用被设计用于刺激或增强免疫系统的药物或治疗，而那些依赖于功能完全的免疫系统来实现它们的益处的药剂不太优选。或者，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中试验药物的效能通过免疫调节剂的共同施用而被增强。这种试验受试者的定向选择可用于通过减小试验的规模和数量来精简所述药物的批准过程，由此促进快速监管批准和所述药物推向市场。

在发现所述KRAS-变体的存在与试验药物或治疗的效能增加相关的情况下，本发明还提供了用于在医师开出所述试验/批准的药物之前测试患者是否存在所述KRAS-变体的方法。在这些情况下，所述药物标签可以含有应该在施用所述药物或治疗之前测试所述患者是否存在所述KRAS-变体的说明。因此，本发明还涉及一种联用药物标签，其中所述标签涉及作为使用条件必须与诊断试验联用使用的药物的使用，其中所述诊断试验被设计成用于在所述受试者中检测KRAS-变体的存在。更具体地，本发明提供了用于在开出药物之前测试患者的诊断方法和联用药物标签，其中所述诊断试验包括检测患者样品中KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明由免疫调节剂的施用产生的有益效果增加。

在另一个实施方式中，本发明提供了一种治疗癌症的低毒性方法，其中向已被确定在KRAS的let-7互补位点6的第4位具有单核苷酸多态性(SNP)的癌症受试者施用免疫调节性癌症疗法。根据本发明，所述免疫调节性癌症疗法是放射疗法，而在另一个实施方式中，所述免疫调节性癌症疗法是检查点抑制剂例如抗PDL1或抗PD1抗体疗法。

本发明还提供了一种在受试者中预测免疫调节性癌症疗法的毒性的方法。在这种方法中，人们在来自于所述受试者的核酸中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)的存在或不存在。如果在所述患者中检测到所述多态性，它表明了所述免疫调节性癌症疗法在所述受试者中的毒性的可能性降低。根据本发明的一个实施方式，所述免疫调节性癌症疗法可以是放射疗法，而在另一个实施方式中，所述免疫调节性癌症疗法可以是检查点抑制剂例如抗PDL1或抗PD1抗体疗法。

附图说明

本申请文件含有至少一张彩图。本专利或专利申请出版物的带有彩图的拷贝在提出要求并付出必要的费用后由专利办公室提供。

图1A-D.KRAS-变体状态和指定的治疗对HNSCC患者的无进展生存(PFS)、局部区域性失效(LRF)、远端转移(DM)和总体生存(OS)的影响。总的来说，413例患者中的179例经历了PFS失败(图1A)：在非西妥昔单抗治疗的KRAS-变体组中38例患者中的19例，在西妥昔单抗治疗的KRAS变体组中32例患者中的13例，在非西妥昔单抗治疗的非变体组中169例患者中的74例，以及在西妥昔单抗治疗的非变体组中174例患者中的73例。总的来说，413例患者中的97例经历了局部区域性失效(图1B)：在非西妥昔单抗治疗的KRAS-变体组中38例患者中的8例，在西妥昔单抗治疗的KRAS变体组中32；例患者中的6例，在非西妥昔单抗治疗的非变体组中169例患者中的39例，以及在西妥昔单抗治疗的非变体组中174例患者中的44例。总的来说，413例患者中的51例患有远端转移(图1C)：在非西妥昔单抗治疗的KRAS-变体组中38例患者中的8例，在西妥昔单抗治疗的KRAS变体组中32例患者中的3例，在非西妥昔单抗治疗的非变体组中169例患者中的21例，以及在西妥昔单抗治疗的非变体组中174例患者中的19例。总的来说，413例患者中的134例在相关时间框内死亡(图1D)：在非西妥昔单抗治疗的KRAS-变体组中38例患者中的14例，在西妥昔单抗治疗的KRAS变体组中32例患者中的8例，在非西妥昔单抗治疗的非变体组中169位患者中的58例，以及在西妥昔单抗治疗的非变体组中174例患者中的54例。

图1E.p16状态和西妥昔单抗治疗对KRAS-变体患者的局部失效的影响。HPV阳性(实线)相比于阴性(虚线)。黑线表示西妥昔单抗治疗。红线(用实心圆圈标记)表示无西妥昔单抗。对HPV阳性患者观察到更高的LRF(红色实线相比于虚线)，西妥昔单抗没有益处。对p16阴性患者观察到更好的局部控制，西妥昔单抗有益并且没有LRF(黑色虚线)。

图1F.p16状态和西妥昔单抗治疗对KRAS-变体患者的远端转移的影响。HPV阳性(实线)相比于阴性(虚线)。黑线表示西妥昔单抗治疗。红线(用实心圆圈标记)表示无西妥昔单抗。对HPV阳性(红色实线)和HPV阴性(红色虚线)两者来说，没有西妥昔单抗时观察到更高的远端转移。西妥昔单抗的影响受到p16阴性时间的影响。

图2A-B：对于不使用或使用西妥昔单抗治疗的患者来说，KRAS基因型和p16状态对无进展生存的影响。实线是KRAS-变体患者，虚线是非变体，黑线表示p16阳性，红线(用实心圆圈标记)表示p16阴性。(图2A)没有西妥昔单抗的PFS。KRAS-变体/p16阳性患者(黑色实线)与非变体p16阳性患者(黑色虚线)相比表现不佳，并且KRAS-变体p16阴性患者(红色实线)与非变体/p16阴性患者(红色虚线)相比具有改善的结果。(图2B)使用8周西妥昔单抗的PFS。KRAS-变体/p16阳性患者(黑色实线)在5年的随访中持续地具有与非变体p16阳性患者(黑色虚线)相近的PFS。KRAS-变体/p16阴性患者一开始具有改善的PFS，其在第3年后下降。

图3A-B.对于未接受和接受西妥昔单抗治疗的患者来说，KRAS基因型和p16状态对总体生存的影响。实线是KRAS-变体患者，虚线是非变体，黑色是p16阳性，红色(用实心圆圈标记)是p16阴性。(图3A)没有西妥昔单抗的OS。KRAS-变体/p16阳性患者(黑色实线)与非变体/p16阳性患者(黑色虚线)相比表现不佳，并且KRAS-变体/p16阴性患者(红色实线)与非变体/p16阴性患者(红色虚线)相比具有改善的结果。(图3B)使用8周西妥昔单抗的OS。KRAS-变体/p16阳性患者(黑色实线)在5年的随访中持续地具有改善的OS。KRAS-变体/p16阴性患者一开始具有改善的OS，其在第3年后下降。

图4A-B.KRAS-变体相比于非变体HPV阳性HNSCC患者的免疫分析。(图4A)免疫分析评估了淋巴系和髓系亚群，并且也示出了CD4和CD8亚群。在KRAS-变体患者(红色标记为2号)中发现显著差异，具有较高的CD4+细胞、主要是效应细胞，边缘较低的PD 1+CD8细胞，改变的CD4/CD8比率和较低的NK细胞。髓系亚群也显著改变。(图4B)KRAS-变体(实线)与非变体(虚线)患者之间的差异的图形表述。

图5.双链断裂修复和KRAS-变体。在正常组织细胞系(MCF 10A，P＝患者，M＝KRAS-变体)中，所述变体与辐射后较高的基线DS损伤和较慢的修复相关。在肿瘤细胞系(H1299，P＝亲本，M＝KRAS-变体)中，所述变体与辐照后较低的基线DS损伤和较快的修复相关。这些发现表明KRAS-变体患者的正常组织将对辐射敏感，而他们的肿瘤组织可能是有抗性的。

图6.KRAS-变体细胞系的辐射敏感性。进行克隆形成测定法以评估两对等基因细胞系MCF 10A和H1299中的辐射敏感性。变体＝KRAS-变体，非变体＝亲本系。误差条表示平行试验之间的标准偏差，纤维为百分率。正常组织KRAS-变体细胞系更加敏感。

具体实施方式

简介

所述KRAS-变体，即在本文中被称为“LCS6 SNP”或“KRAS-变体”的KRAS的3’非翻译区(UTR)中的SNP，是KRAS癌基因中的一种种系动态调控的microRNA结合位点突变，其预测癌症患者对免疫调节剂的施用做出响应的可能性增加。本发明是基于具有所述KRAS-变体的受试者具有改变的免疫系统这一出人意料的发现。具体地，正如本文中描述的，已显示KRAS-变体受试者具有癌细胞的破坏所通常依赖的免疫系统的减弱，其可以通过用于治疗癌症的免疫调节剂的施用来增强或刺激。

因此，本发明提供了用于基于所述KRAS-变体存在来确定癌症受试者是否可能对特定免疫调节剂的施用做出有益响应的方法。具体地，本发明涉及选择待施用到需要的患者的特定免疫调节剂的方法，其中所述待施用的免疫调节剂的选择依赖于KRAS-变体的存在。在所述KRAS-变体存在的情况下，起到首先刺激减弱的免疫系统的作用的免疫调节剂，与依靠功能完整的免疫系统实现它们的益处的药剂相比是优选的。待施用到KRAS患者的免疫调节剂包括例如抗体、细胞因子、过继性细胞转移，而那些诸如检查点抑制剂的药剂不太优选。更具体地，本发明提供了一种为KRAS-变体癌症受试者预测免疫疗法的有益效果增加的方法，所述方法包括在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明由免疫疗法产生的有益效果增加。本发明具有重要的临床价值，因为所述方法提供了一种用于鉴定癌症受试者是否对一种特定免疫调节剂的施用比对另一种药剂的施用更可能做出响应的手段。被鉴定具有KRAS-变体的患者被鉴定为可能对免疫疗法做出响应，并且不具有所述KRAS变体的患者被鉴定为不太可能对免疫疗法做出响应(在不存在例如辅助性治疗方案以帮助启动对所述肿瘤的免疫应答的情况下)。对于某些免疫调节剂例如检查点抑制剂来说，被鉴定为具有KRAS-变体的癌症患者与不具有所述KRAS-变体的患者相比，对所述疗法做出响应的可能性较低(在不存在例如辅助性治疗方案以帮助启动对所述肿瘤的免疫应答的情况下)。因此，如果患者被测试所述KRAS-变体的存在，则为医生提供了一种用于选择最适治疗同时避免无效治疗的手段。

此外，本发明提供了一种用于为临床试验设计鉴定适合的靶患者或靶患者亚群的手段。因此，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中所述治疗包括施用被设计用于刺激免疫系统的药物或治疗。或者，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中试验药物的效能可以通过免疫疗法的共同施用而被增强。这种试验受试者的定向选择可用于通过减小试验的规模和数量来精简所述药物的批准过程，由此促进快速监管批准和所述药物推向市场。

在发现所述KRAS-变体的存在与试验药物的效能增加相关的情况下，本发明还提供了用于在医师开出所述试验/批准的药物之前测试患者是否存在所述KRAS-变体的方法。在这些情况下，所述药物标签可以含有应该在施用所述药物之前测试所述患者是否存在所述KRAS-变体的说明。因此，本发明涉及一种产物药物标签，其中所述标签涉及作为使用条件必须与诊断试验联用使用的药物或治疗方法的使用，其中所述诊断试验被设计成用于检测KRAS-变体的存在。在这种情况下，所述KRAS-变体的存在表明了所述药物或治疗的用法。

存在三个人类RAS基因，包括HRAS、KRAS和NRAS。每个基因在它们的mRNA转录本的3’UTR中包含多个miRNA互补位点。具体地，每个人类RAS基因包含多个let-7互补位点(LCS)。所述let-7家族的microRNA(miRNA)是通过结合到它们的靶信使RNA(mRNA)的3’UTR(非翻译区)，在控制癌症癌基因表达中重要的全局遗传调节因子。

具体地，术语“let-7互补位点”意在描述基因或基因转录本的与let-7家族的miRNA的序列互补的任何区域，不论let-7家族成员在体内是否可以或确实结合到所述基因或基因转录本的该区域。术语“互补的”描述了两个序列之间的结合阈值，其中每个序列中的大多数核苷酸能够反式结合到另一个序列内的大多数核苷酸。

所述人类KRAS 3’UTR包含8个LCS，分别被称为LCS1-LCS8。对于下述序列来说，胸腺嘧啶(T)可以代替尿嘧啶(U)。LCS1包含序列GACAGUGGAAGUUUUUUUUUCCUCG(SEQ ID NO：1)。LCS2包含序列AUUAGUGUCAUCUUGCCUC(SEQ ID NO：2)。LCS3包含序列AAUGCCCUACAUCUUAUUUUCCUCA(SEQ ID NO：3)。LCS4包含序列GGUUCAAGCGAUUCUCGUGCCUCG(SEQ ID NO：4)。LCS5包含序列GGCUGGUCCGAACUCCUGACCUCA(SEQ ID NO：5)。LCS6包含序列GAUUCACCCACCUUGGCCUCA(SEQ ID NO：6)。LCS7包含序列GGGUGUUAAGACUUGACACAGUACCUCG(SEQ ID NO：7)。LCS8包含序列

AGUGCUUAUGAGGGGAUAUUUAGGCCUC(SEQ ID NO：8)。

人类KRAS具有由转录本a和b编码的两种野生型形式，其在下文中分别作为EQ IDNO：9和10提供。含有LCS6SNP的每个人类KRAS转录本(KRAS-变体)的序列，在下文中作为SEQID NO：11和12提供。

人类KRAS转录本变体a由下述mRNA序列编码(NCBI登记号NM_033360和SEQ ID NO：9)(非翻译区被加粗，LCS6被下划线)：

人类KRAS转录本变体b由下述mRNA序列编码(NCBI登记号NM_004985和SEQ ID NO：10)(非翻译区被加粗，LCS6被下划线)：

包含LCS6SNP的人类KRAS转录本变体a(KRAS-变体)由下述mRNA序列编码(SEQ IDNO：11)(非翻译区被加粗，LCS6被下划线，SNP被大写)：

包含LCS6SNP的人类KRAS转录本变体b(KRAS-变体)由下述mRNA序列编码(SEQ IDNO：12)(非翻译区被加粗，LCS6被下划线，SNP被大写)：

本发明涵盖了KRAS的3’UTR内的SNP。具体地，该SNP是LCS6的SEQ ID NO：6的第4位的U被G取代的结果。该LCS6SNP(KRAS-变体)包含序列GAUGCACCCACCUUGGCCUCA(SNP被加粗用于强调)(SEQ ID NO：13)。

所述KRAS-变体通过破坏KRAS的miRNA调控引起KRAS表达的改变。所述KRAS-变体的鉴定和表征被进一步描述在国际申请号PCT/US08/65302(WO 2008/151004)中，其内容整体通过参考并入本文。

治疗癌症的方法

本发明人发现，所述KRAS-变体的存在增加了在癌症患者中对一种特定类型的免疫调节剂的施用与对另一种免疫调节剂的施用相比做出响应的相对可能性。具体地，本发明涉及选择待施用到需要的患者的特定免疫调节剂的方法，其中所述待施用的免疫调节剂的选择依赖于KRAS-变体的存在。在所述KRAS-变体存在的情况下，起到首先刺激减弱的免疫系统作用的免疫调节剂比依赖于功能完整的免疫系统实现它们的益处的药剂更加优选。待施用到KRAS-变体患者的免疫调节剂包括例如抗体、细胞因子、过继性细胞转移，而那些诸如检查点抑制剂的药剂不太优选。

因此，本发明涉及一种想需要的癌症患者施用免疫调节剂的方法，其中所述施用依赖于所述患者中所述KRAS-变体的存在。在本发明的实施方式中，所述方法可以包括与另一种癌症治疗例如手术、化疗或放射疗法联用向所述KRAS-变体受试者施用免疫调节剂。在优选实施方式中，免疫调节剂与放射疗法联合施用。

本发明人还发现，所述KRAS-变体的存在降低了癌症患者对免疫疗法具有毒性响应的可能性。具体地，本发明涉及治疗癌症的低毒性方法，其中将免疫调节剂施用到需要的患者，其中所述免疫调节剂的施用依赖于KRAS-变体的存在。在另一个实施方式中，本发明涉及一种预测免疫调节剂在患者中的毒性的方法，其中所述方法需要检测KRAS-变体的存在，并且如果检测到所述KRAS-变体则向患者施用所述免疫调节剂，因为所述KRAS-变体的存在表明了所述免疫调节剂在所述受试者中的毒性可能性降低。

如本文所用，术语“免疫疗法”是指被设计用于刺激免疫系统以抑制或破坏癌细胞的任何基于免疫的疗法。在本发明的一个方面，所述免疫疗法包括在患者中增强先天和获得性免疫力的免疫调节剂的施用。

如本文所用，术语“毒性”或“毒性响应”是指一种以上免疫应答不良反应(irAE)的出现，所述不良反应是患者在对癌症疗法、最通常是癌症免疫疗法的响应中可能经历的一类特定的不良反应。据信irAE作为免疫系统被所述癌症疗法刺激的结果而出现，并且包括由这些疗法的施用引起的不同形式的自体免疫，例如肺炎、肝炎、胰腺炎和结肠炎。例如，在用检查点抑制剂疗法治疗的患者中特别地观察到irAE。irAE在例如Abdel-Wahab等，PLOSONE，11(7)：e0160221(2016)中被更充分地讨论。

在本发明的一个方面，可以施用被设计用于识别并定向破坏癌细胞的免疫球蛋白分子或其片段。这些免疫球蛋白分子包括例如单克隆抗体如西妥昔单抗、帕尼单抗、贝伐单抗、利妥昔单抗和曲妥珠单抗。识别VEGF的抗体例如阿瓦斯丁也可以使用。除了靶向参与癌细胞生理学的抗原之外，施用的抗体也可以起到调节对免疫监督关键的免疫途径的作用。

在本发明的另一方面，已知刺激或依赖于免疫系统的化学治疗剂的施用，对于治疗那些具有所述KRAS-变体的患者来说可能是特别有用的或无用的。这些药剂包括但不限于厄洛替尼、凡德他尼、顺铂、伊立替康、依托泊苷、紫杉醇、raf抑制剂例如索拉非尼、塞来昔布、西妥昔单抗和帕尼单抗。所述药剂的联用和它们对免疫系统的影响对于KRAS-变体患者来说是关键的，其中某些联用一起增强免疫力并且是有用的，而其他联用可能妨碍免疫力，是有害或无用的。这些药剂可能具有例如一种以上下述免疫刺激性质：增强癌细胞对NK(自然杀伤细胞)和/或细胞毒性T淋巴细胞(CTL)介导的细胞裂解的易感性，刺激成熟的树突状细胞(DC)和CD8T-细胞数目，降低被DC和肿瘤细胞的免疫抑制，诱导DC、NK和肿瘤特异性CTL的激活，增强Th1细胞免疫力，刺激TYRO3、AXL和MER(TAM)受体蛋白酪氨酸激酶介导的细胞毒性，增强能够被T-淋巴细胞识别的癌细胞抗原的表达，增强抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)和补体依赖性细胞毒性(CDC)和总体增强先天免疫和过继免疫。

或者，可以施用起到活化免疫系统的细胞作用的免疫刺激性分子例如细胞因子。这些因子包括例如T-细胞活化剂或树突状细胞活化/成熟因子。另外，可以使用过继性细胞转移，其中在体外产生对患者的癌症具有天然或遗传工程改造的反应性的T-细胞，然后将其转移回到所述癌症患者中。此外，可以取出所述患者的T-细胞并进行遗传工程改造，以表达被特化以识别肿瘤抗原的T-细胞受体(TCR)基因。然后将所述细胞转移回到所述患者中，用于所述癌细胞的靶向破坏。

另一方面，本发明还提供了在特定治疗方案期间的特定时间点，KRAS-变体癌症受试者可能对一种免疫疗法比对另一种免疫疗法响应更好。例如，在受刺激的免疫系统的下游起作用的检查点抑制剂，可以在一开始的免疫系统刺激后施用。检查点抑制剂通常充当一种“关闭开关”，帮助保持所述T细胞免于攻击身体中的其他细胞，包括癌细胞。在某些情况下，可以向所述癌症受试者施用检查点抑制剂以去除所述“关闭开关”，由此增强所述癌症受试者对癌细胞的T-细胞应答。这些检查点抑制剂包括例如靶向并抑制CTLA-4、PD-1或PD-L1，加强针对癌细胞的免疫应答的治疗。靶向PD-1的治疗的实例包括派姆单抗和纳武单抗靶向PD-L1的治疗的实例是BMS-936559(MDX-1105)、(阿特珠单抗)、度伐鲁单抗(MEDI4736)和(avelumab)。伊匹单抗是一种靶向CTLA-4并阻止所述蛋白抑制细胞毒性T淋巴细胞的单克隆抗体。这可以加强身体对癌细胞的免疫应答。

此外，本发明提供了一种用于为临床试验设计鉴定适合的靶患者或靶患者亚群的手段。因此，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中所述治疗包括施用被设计用于刺激或增强免疫系统的药物或治疗，而这些受试者可以从涉及检查点抑制剂的试验中排除。或者，可以为临床试验选择具有所述KRAS-变体的受试者，其中试验药物的效能被免疫疗法的共同施用所增强。这种试验受试者的定向选择可用于通过减小试验的规模和数量来精简所述药物的批准过程，由此促进快速监管批准和所述药物推向市场。

在发现所述KRAS-变体的存在与试验药物的效能增加相关的情况下，本发明还提供了用于在医师开出所述试验/批准的药物之前测试患者是否存在所述KRAS-变体的方法。在这些情况下，所述药物标签可以含有应该在施用所述药物之前测试所述患者是否存在所述KRAS-变体的表明。因此，本发明还涉及一种组合药物标签，其中所述标签涉及作为使用条件必须与诊断试验联用使用的药物的使用，其中所述诊断试验被设计成用于在所述受试者中检测KRAS-变体的存在。更具体地，本发明提供了用于在开出药物之前测试患者的诊断方法和组合药物标签，其中所述诊断试验包括检测患者样品中KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明由免疫疗法产生的有益效果增加。

如本文所用，“治疗”是指对患有疾病或具有发生所述疾病的风险的受试者提供益处的任何类型的治疗或预防，所述益处包括所述受试者的状况(例如一种以上症状)的改善、所述疾病发展的延迟、延迟症状的出现或减缓症状的进展等。因此，术语“治疗”也包括所述受试者的预防性治疗以阻止症状的发作。

如本文所用，“治疗”和“预防”不意味着暗示症状的治愈或完全消除。相反，它们是指为患有疾病的患者提供益处的任何类型的治疗，所述益处包括所述患者的状况(例如一种以上症状)的改善、所述疾病进展的延迟等。

如本文所用，“治疗有效量”意味着所述免疫疗法的足以对患有癌症的患者产生所需效果的量，所述所需效果包括所述患者的状况(例如一种以上症状)的改善、所述疾病进展的延迟等。

需要通过本文中描述的方法治疗的受试者包括患有肿瘤和癌症例如肺癌、结肠癌、乳腺癌、脑癌、肝癌、前列腺癌、脾脏癌、肌肉癌、卵巢癌、胰腺癌、头颈癌皮肤癌(包括黑素瘤)等的受试者。所述肿瘤可以是原发性肿瘤、转移性肿瘤或复发性肿瘤。

如本文所用，术语“治疗剂”、“化学治疗剂”或“药物”是指可以与癌细胞相互作用，从而降低所述细胞的增殖状态和/或杀死所述细胞的化合物或其衍生物。化学治疗剂的实例包括但不限于烷化剂(例如环磷酰胺、异环磷酰胺)、代谢拮抗剂(例如甲氨蝶呤(MTX)、5-氟尿嘧啶或其衍生物)、抗肿瘤抗生素(例如丝裂霉素、阿霉素)、植物来源的抗肿瘤药剂(例如长春新碱、长春地辛、紫杉醇)、基于铂的化学治疗剂(例如顺铂、卡铂、奥沙利铂、奈达铂、四硝酸三铂、菲铂、吡铂、沙铂)、依托泊苷等。这些药剂还可以包括但不限于抗癌药剂三甲氧嘧啶(TMTX)、替莫唑胺、丁格列酮、S-(4-硝基苯甲基)-6-硫代肌苷(NBMPR)、6-苄胍(6-BG)、双氯代亚硝基脲(BCNU)和喜树碱或其任一者的治疗性衍生物。

如本文所用，术语“放射疗法”是指使用高能辐射减小肿瘤并杀死癌细胞的辐射疗法。X-射线、γ射线、光子和带电荷粒子是用于癌症治疗的辐射类型。所述辐射可以从身体外部递送(外粒子束放射疗法)，或者它可以通过在身体内癌细胞附近放置放射活性材料来递送(内部放射疗法，也被称为近距放射疗法)。系统性放射疗法使用在血液中移动以杀死癌细胞的放射活性物质例如放射活性碘。正如本文中所述，观察到KRAS-变体患者在他们的正常组织中具有对放射疗法增加的敏感性，但由于他们的基线免疫抑制不能治疗远处转移疾病，表明它们需要免疫增强。

如本文所用，术语“治疗有效量”是指被施用的化合物的在一定程度上减轻待治疗的疾病、病症或障碍的一种以上症状的量。对于癌症或与不受调控的细胞分裂相关的疾病来说，治疗有效量是指具有下述效果的量：(1)减小肿瘤大小，(2)抑制(即在一定程度上减慢，优选停止)异常细胞分裂例如癌细胞分裂，(3)阻止或减少癌细胞的转移，和/或(4)在一定程度上减轻(或优选消除)与不受调控或异常的细胞分裂相关或部分由其引起的疾病、包括例如癌症相伴的一种以上症状或血管生成。

如本文所用，术语疾病(或病症或障碍)的治疗是指在可能对所述疾病易感但尚未经历或表现出所述疾病的症状的动物中防止所述疾病发生(预防性治疗)，抑制所述疾病(减缓或停止其发展)，提供从所述疾病的症状或不良反应的缓解(包括姑息治疗)和解除所述疾病(引起所述疾病消退)。对于癌症来说，这些术语也意味着受癌症影响的个体预期寿命可能增加或所述疾病的一种以上症状将减轻。

如本文所用，术语“受试者”和“患者”包括人类、哺乳动物(例如猫、狗、马等)、活细胞和其他活生物体。

如本文所用，术语“癌症”应该被提供它作为通用术语的通常意义，即其中异常细胞不受控制地分裂的疾病。癌细胞可以侵入邻近组织并且可以通过血流和淋巴系统蔓延到身体的其他部分。存在几种主要类型的癌症，例如，上皮癌是始于皮肤中或排列或覆盖内部器官的组织中的癌症。肉瘤是始于骨骼、软骨、脂肪、肌肉、血管或其他结缔组织或支持性组织中的癌症。白血病是始于造血组织例如骨髓中并引起大量异常血细胞产生并进入血流的癌症。淋巴瘤是始于免疫系统的细胞中的癌症。

当正常细胞失去它们表现为特定、受控且协调的单元的能力时，肿瘤形成。通常，实体肿瘤是通常不含囊肿或液体区域的异常的组织团(尽管某些脑肿瘤具有囊肿和填充有液体的中央坏死区域)。单个肿瘤甚至可能在其中具有不同的细胞群体，其中不同的过程出现了问题。实体肿瘤可能是良性(非癌性)或恶性(癌性)的。不同类型的实体肿瘤以形成它们的细胞的类型命名。实体肿瘤的实例是肉瘤、上皮癌和淋巴瘤。白血病(血液的癌症)通常不形成实体肿瘤。

代表性的癌症包括但不限于膀胱癌、乳腺癌、结肠直肠癌、子宫内膜癌、头颈癌、白血病、肺癌、淋巴瘤、黑素瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌、睾丸癌、子宫癌、宫颈癌、甲状腺癌、胃癌、脑干胶质细胞瘤、小脑星形细胞瘤、脑星形细胞瘤、胶质母细胞瘤、室管膜瘤、尤文氏肉瘤、生殖细胞肿瘤、颅外肿瘤、霍奇金病、白血病、急性成淋巴细胞白血病、急性髓性白血病、肝癌、成神经管细胞瘤，神经母细胞瘤、广义脑肿瘤、非霍奇金淋巴瘤、骨肉瘤、骨恶性纤维组织细胞瘤、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、广义的软组织肉瘤、幕上原始神经外胚层和松果体肿瘤、视觉通路和下丘脑神经胶质瘤、肾母细胞瘤、急性淋巴细胞白血病、成人急性髓性白血病、成人非霍奇金淋巴瘤、慢性淋巴细胞白血病、食管癌、毛细胞白血病、肾癌、多发性骨髓瘤、口腔癌、胰腺癌、原发性中枢神经系统淋巴瘤、皮肤癌、小细胞肺癌等。

制剂

本公开的药物组合物(例如化学治疗剂和/或放射治疗剂)取决于它们的目标用途，可以通过各种不同的手段施用，正如本领域中公知的。例如，如果本公开的组合物将通过口服施用，则它们可以被配制成片剂、胶囊、颗粒剂、粉剂或糖浆。或者，本文中公开的制剂可以作为注射剂(静脉内、肌肉内或皮下)、滴注制剂或栓剂肠胃外施用。这些制剂可以通过常规手段制备，并且如有需要，可以将所述组合物与任何常规添加剂例如赋形剂、粘合剂、崩解剂、润滑剂、矫味剂、增溶剂、悬浮助剂、乳化剂或包衣剂混合。所述公开的赋形剂可能起到一种以上的作用。例如，填充剂或粘合剂也可能是崩解剂、助流剂、抗粘附剂、润滑剂、甜味剂等。

在本公开的制剂中，在所述配制的药剂中可以存在润湿剂、乳化剂和润滑剂例如十二烷基硫酸钠和硬脂酸镁，以及着色剂、脱模剂、包衣剂、甜味剂、调味剂和芳香剂、防腐剂和抗氧化剂。

主题组合物可以适合于口、鼻(例如使用干粉制剂或雾化制剂通过吸入)、表面(包括颊和舌下)、肺(包括气雾剂施用)、直肠、阴道、气溶胶或肠胃外(例如通过注射，例如静脉内或皮下注射)施用。所述制剂可以方便地以单位剂型形式存在，并且可以通过药物学领域公知的任何方法来制备。可以与载体材料组合来产生单剂量的组合物的量，随着待治疗的受试者和具体施用方式而变。

制备这些制剂的方法包括使本公开的组合物与所述载体和任选地一种以上辅助成分发生结合的步骤。一般来说，所述制剂通过使药剂与液体载体或细分固体载体或两者发生均匀和紧密结合，然后如有必要将所述产品成形来制备。

适合于口服施用的制剂可以采取胶囊、扁囊剂、丸剂、片剂、含片(使用调味基料，通常为蔗糖和阿拉伯树胶或黄芪树胶)、粉剂、颗粒剂的形式，或作为在水性或非水性液体中的溶液或悬液，或作为水包油或油包水乳液，或作为酏剂或糖浆，或作为锭剂(使用惰性基料例如明胶和甘油或蔗糖和阿拉伯树胶)，其各自含有预定量的主题组合物作为活性成分。本公开的组合物也可以作为大丸剂、冲剂或糊剂施用。

在用于口服施用的固体剂型(胶囊、片剂、丸剂、糖衣丸、粉剂、颗粒剂等)中，将本发明的组合物与一种以上可药用载体混合，例如柠檬酸钠或磷酸氢二钙和/或下述任一种：(1)填充剂或增量剂，例如淀粉、右旋糖、乳糖、蔗糖、葡萄糖、甘露糖醇和/或硅酸；(2)粘合剂，例如纤维素(例如微晶体纤维素、甲基纤维素、羟丙基甲基纤维素(HPMC)和羧甲基纤维素)、藻酸盐、明胶、聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖和/或阿拉伯树胶；(3)保湿剂，例如甘油；(4)崩解剂，例如琼脂、碳酸钙、马铃薯或木薯淀粉、海藻酸、某些硅酸盐和碳酸钠；(5)溶液缓凝剂，例如石蜡；(6)吸收促进剂，例如季铵化合物；(7)润湿剂，例如鲸蜡醇和单硬脂酸甘油酯；(8)吸附剂，例如高岭土和膨润土；(9)润滑剂，例如滑石、硬脂酸钙、硬脂酸镁、固态聚乙二醇、十二烷基硫酸钠及其混合物；和(10)着色剂。在胶囊、片剂和丸剂的情况下，所述组合物也可以包含缓冲剂。相似类型的固体组合物也可作为填充剂用于软质和硬质填充明胶胶囊中，使用诸如乳糖以及高分子量聚乙二醇等赋形剂。所述公开的赋形剂可以起到一种以上的作用。例如，填充剂或粘合剂也可能是崩解剂、助流剂、抗粘附剂、润滑剂、甜味剂等。

制剂和组合物可以包括所述公开的化合物的微粉化晶体。微粉化可以在单独的化合物的晶体上或在晶体与部分或全部药物赋形剂或载体的混合物上进行。公开的化合物的微粉化晶体的平均粒径可以是例如约5至约200微米或约10至约110微米。

片剂可以通过任选地与一种以上辅助成分一起压制或模制来制造。压制片剂可以使用粘合剂(例如明胶、微晶体纤维素或羟丙基甲基纤维素)、润滑剂、惰性稀释剂、防腐剂、崩解剂(例如羟基乙酸淀粉钠或交联羧甲基纤维素钠)、表面活性剂或分散剂来制备。模制片剂可以通过将用惰性液体稀释剂润湿的主题组合物的混合物在适合的机器中模制来制造。片剂和其他固体剂型例如糖衣丸、胶囊、丸剂和颗粒剂，可以任选地被刻痕或被制备成具有包衣和壳，例如肠溶包衣和药物配制领域中公知的其他包衣。所述公开的赋形剂可以起到一种以上的作用。例如，填充剂或粘合剂也可能是崩解剂、助流剂、抗粘附剂、润滑剂、甜味剂等。

应理解，公开的组合物可以包括冻干或冷冻干燥的本文中公开的化合物。例如，本文中公开了包含所公开的化合物的结晶和/或无定形粉末形式的组合物。这些形式可以被重构以用作例如水性组合物。

用于口服施用的液体剂型包括可药用乳液、微乳液、溶液、悬液、糖浆和酏剂。除了所述主题组合物之外，所述液体剂型可以含有本领域中常用的惰性稀释剂例如水或其他溶剂，增溶剂和乳化剂例如乙醇、异丙醇、碳酸乙酯、乙酸乙酯、苯甲醇、苯甲酸苄酯、丙二醇、1，3-丁二醇、油类(特别是棉籽油、花生油、玉米油、胚芽油、橄榄油、蓖麻油和芝麻油)、甘油、四氢呋喃甲醇、聚乙二醇和脱水山梨糖醇的脂肪酸酯、环糊精及其混合物。

悬液除了所述主题组合物之外还可以含有悬浮剂例如乙氧基化的异硬脂醇、聚氧乙烯山梨糖醇和脱水山梨糖醇酯、微晶体纤维素、偏氢氧化铝、膨润土、琼脂和黄芪树胶及其混合物。

用于直肠或阴道施用的制剂可以作为栓剂出现，其可以通过将主题组合物与一种以上适合的无刺激性赋形剂或载体包括例如可可脂、聚乙二醇、栓剂蜡或水杨酸盐混合来制备，并且其在室温下是固体但在体温下是液体，因此将在体腔中融化并释放出活性药剂。适合于阴道施用的制剂包括含有本领域中已知的适合的载体的阴道栓、卫生棉条、霜剂、凝胶、糊剂、泡沫或喷剂制剂。

用于主题组合物的透皮施用的剂型包括粉剂、喷剂、软膏、糊剂、霜剂、洗剂、凝胶、溶液和贴片。可以将活性组分与可药用载体并与可能需要的任何防腐剂、缓冲剂或推进剂在无菌条件下混合。

除了主题组合物之外，所述软膏、糊剂、霜剂和凝胶还可以含有赋形剂，例如动物和植物脂肪、油、蜡、石蜡、淀粉、黄芪树胶、纤维素衍生物、聚乙二醇、硅氧烷、膨润土、硅酸、滑石和氧化锌或其混合物。

除了主题组合物之外，粉剂和喷剂还可以含有赋形剂，例如乳糖、滑石、硅酸、氢氧化铝、硅酸钙和聚酰胺粉末，或这些物质的混合物。喷剂可以另外含有惯用推进剂，例如氯氟烃和挥发性未取代烃类例如丁烷和丙烷。

本公开的组合物和化合物也可以通过气溶胶施用。这通过制备含有所述化合物的水性气溶胶、脂质体制剂或固体粒子来实现。可以使用非水性(例如氟烃推进剂)悬液。可以使用声波喷雾器，因为它们将所述药剂向剪切的暴露降至最低，所述剪切可能导致包含在所述主题组合物中的化合物降解。

通常，水性气溶胶通过将主题组合物的水性溶液或悬液与常规的可药用载体和稳定剂配制在一起来制造。所述载体和稳定剂随着所述具体主题组合物的要求而变，但通常包括非离子型表面活性剂(吐温、普朗尼克或聚乙二醇)、无害蛋白质如血清白蛋白、脱水山梨糖醇酯、油酸、卵磷脂、氨基酸例如甘氨酸、缓冲剂、盐类、糖或糖醇。气溶胶通常从等渗溶液制备。

应注意，作为实例给出的赋形剂可能具有一种以上的功能。例如，填充剂或粘合剂也可能是崩解剂、助流剂、抗粘附剂、润滑剂、甜味剂等。

本公开的适合于肠胃外施用的药物组合物包含主题组合物与一种以上可药用无菌等渗水性或非水性溶液、分散系、悬液或乳液或可以在即将使用之前重构成无菌可注射溶液或分散系的无菌粉剂的组合，其可以含有抗氧化剂、缓冲剂、抑菌剂、使所述制剂与目标受体的血液等渗的溶质或悬浮剂或增稠剂。例如，本文中提供了一种水性组合物，其包含所公开的化合物，并且可以进一步包含例如右旋糖(例如约1至约10重量％的右旋糖，或约5重量％的右旋糖水溶液(D5W))。

可用于本公开的药物组合物的适合的水性和非水性载体的实例包括水、乙醇、多元醇(例如甘油、丙二醇、聚乙二醇等)及其适合的混合物、植物油例如橄榄油和可注射有机酯类例如油酸乙酯和环糊精。可以例如通过使用包衣材料例如卵磷脂、通过在分散系的情况下维持所需的粒径和通过使用表面活性剂，来维持适合的流动性。

应理解，所设想的制剂例如口服制剂(例如丸剂或片剂)可以被配制成控释制剂，例如加速释放制剂、延迟释放制剂或其组合。

在某些实施方式中，所述主题化合物可以被配制成片剂、丸剂、胶囊或其他适合的可摄入制剂(在后文中统称为“片剂”)。在某些实施方式中，治疗剂量可以被提供在10个以下的片剂中。在另一个实例中，治疗剂量被提供在50、40、30、20、15、10、5或3个片剂中。

出于本发明的目的，所述免疫调节剂的量或剂量应该足以在合理的时间范围内，在所述受试者或动物中引起例如治疗性或预防性响应。例如，所述免疫调节剂的剂量应该足以结合到癌抗原或在受试者中检测、治疗或预防癌症。所述剂量由所述药剂的效能和所述受试者(例如人类)的状况以及待治疗受试者(例如人类)的体重决定。用于确定施用剂量的测定法在本领域中是公知的。

含有所述免疫调节剂的组合物的剂量，也可以由可能与特定药剂的施用相伴的任何不良副作用的存在、本质和程度决定。通常，主治医生将各种不同因素例如年龄、体重、总体健康、饮食、性别、施用途径和待治疗病症的严重性考虑在内，确定用于治疗每位个体患者的药剂的剂量。

免疫疗法的施用

所描述的免疫疗法可以是基于抗体的疗法。通常，所述抗体的治疗有效量在0.1mg/kg至100mg/kg，例如1mg/kg至100mg/kg，例如1mg/kg至10mg/kg的范围内。施用的量取决于多种变量，例如待治疗的疾病或病症的类型和程度、所述患者的总体健康、所述抗体的体内效能、药物制剂和施用途径。初始剂量可以被增加到超过上限水平，以便快速达到所需血液水平或组织水平。或者，初始剂量可以小于最适剂量，并且可以在治疗期间逐步增加剂量。最适剂量可以通过常规实验来确定。对于肠胃外施用来说，可以施用0.1mg/kg至100mg/kg之间，或者0.5mg/kg至50mg/kg之间，或者1mg/kg至25mg/kg之间，或者2mg/kg至10mg/kg之间，或者5mg/kg至10mg/kg之间的剂量，并且可以例如每个治疗周期每周一次、每隔周一次、每三周一次或每月一次施用。在一个实施方式中，剂量为每三周通过静脉内施用200mg，而在另一个实施方式中，剂量为每三周通过静脉内施用2mg/kg。在另一个实施方式中，剂量为每两周通过静脉内施用240mg，而在另一个实施方式中，剂量为每两周通过静脉内施用3mg/kg。在另一个实施方式中，剂量为每三周通过静脉内施用1200mg。

预测对免疫疗法做出响应的可能性或对免疫疗法的毒性响应的可能性的方法

本发明还描述了预测对单独的或与一种以上常规癌症治疗联用的免疫疗法做出响应的可能性的方法。所述方法包括检测患者样品中KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明在癌症受试者中对免疫疗法做出响应的可能性增加。具体地，所述检测的突变是在KRAS的LCS6的第4位处的SNP，其引起尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)向鸟嘌呤(G)的转变。在某些非限制性实施方式中，所述癌症是乳腺癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、结肠直肠癌、黑素瘤或头颈癌。所述突变的鉴定表明对免疫疗法做出响应的可能性增加。

“可能性增加”意味着携带所述KRAS-变体的个体与不携带所述KRAS-变体的个体相比对免疫疗法做出响应的概率增加。在某些实施方式中，KRAS-变体携带者与不携带所述KRAS-变体的个体相比，对免疫疗法做出响应的可能性为1.5x、2x、2.5x、3x、3.5x、4x、4.5x、5x、5.5x、6x、6.5x、7x、7.5x、8x、8.5x、9x、9.5x、10x、20x、30x、40x、50x、60x、70x、80x、90x或100x高。

受试者优选为哺乳动物。所述哺乳动物可以是人类、非人类灵长动物、小鼠、大鼠、狗、猫、马或奶牛，但不限于这些实例。受试者可以是雄性或雌性。

本发明还描述了预测对免疫疗法具有毒性响应的可能性降低的方法。所述方法包括检测患者样品中KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明所述患者对免疫疗法具有毒性响应的可能性降低。具体地，所述检测的突变是在KRAS的LCS6的第4位处的SNP，其引起尿嘧啶(U)或胸腺嘧啶(T)向鸟嘌呤(G)的转变。在某些非限制性实施方式中，所述癌症是乳腺癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、结肠直肠癌、黑素瘤或头颈癌。所述突变的鉴定表明对免疫疗法具有毒性响应的可能性降低。

“可能性降低”意味着携带所述KRAS-变体的个体与不携带所述KRAS-变体的个体相比对免疫疗法具有毒性响应的概率降低。在某些实施方式中，KRAS-变体携带者与不携带所述KRAS-变体的个体相比，对免疫疗法具有毒性响应的可能性低1.5x、2x、2.5x、3x、3.5x、4x、4.5x、5x、5.5x、6x、6.5x、7x、7.5x、8x、8.5x、9x、9.5x、10x、20x、30x、40x、50x、60x、70x、80x、90x或100x。

在本发明的上下文中，“可能性”是指事件在特定时间段内发生的概率，并且可以意味着受试者的“绝对”可能性或“相对”可能性。绝对可能性可以参照所述相关时间组群在测量后的真实观察或参照从已对所述相关时间段进行跟踪的统计上有效的历史组群开发的指数值来计算。相对可能性是指受试者的绝对可能性与低可能性组群的绝对可能性或平均群体可能性相比的比率，其可以随着临床可能性因子的评估方式而变。机会比，即给定试验结果的阳性事件与阴性事件的比例，也常用于(机会符合公式p/(1-p)，其中p是事件的概率，(1-p)是无事件的概率)无转变(no-conversion)。

在本发明的情形中，“可能性评估”或“可能性的评估”涵盖对癌症受试者将对免疫疗法做出响应或对免疫疗法具有毒性响应的概率、机会或可能性做出预测。这种评估也可以包含参照以前测量的群体，在绝对或相对意义上预测将来的临床参数、传统实验室风险因子值或癌症的其他指数。

连锁不平衡(LD)是指在两个以上个不同SNP位点处的等位基因(例如可选核苷酸)以比从每个等位基因在给定群体中出现的单独频率所预期的更高的频率共同遗传。独立遗传的两个等位基因共同遗传的预期频率是第一个等位基因的频率乘以第二个等位基因的频率。以预期频率共同出现的等位基因被称为是“连锁平衡”。相反，LD是指在两个或更多个不同SNP位点处的等位基因之间的非随机遗传相关性，其通常是由所述两个基因座沿着染色体的物理相邻造成的。当两个或更多个SNP位点在给定染色体上彼此紧密物理相邻，因此这些SNP位点处的等位基因倾向于多个世代保持不分离时，可以发生LD，结果是在一个SNP位点处的特定核苷酸(等位基因)将与位于附近的不同SNP位点处的特定核苷酸(等位基因)显示出非随机关联。因此，对所述SNP位点之一进行基因分型与对处于LD中的其他SNP位点进行基因分型将给出几乎相同的信息。

出于筛查个体的遗传障碍(例如预后或风险)的目的，如果发现特定SNP位点可用于筛查障碍，则专业技术人员将会认识到与该SNP位点处于LD中的其他SNP位点也可用于筛查所述病症。在两个或更多个SNP之间可以遇到各种不同程度的LD，结果是某些SNP比其他SNP更密切相关(即处于更强LD中)。此外，在基因组的不同区域之间LD沿着染色体延伸的物理距离不同，因此在基因组的不同区域之间，发生LD所必需的两个或更多个SNP位点之间的物理分离程度可以不同。

对于筛查应用来说，不是真正致病的(病因性)多态性，而是与这些病因性多态性处于LD中的多态性(例如SNP和/或单体型)，也是有用的。在这些情况下，与所述病因性多态性处于LD中的多态性的基因型可以预测所述病因性多态性的基因型，因此可以预测受到所述病因性SNP影响的表型(例如疾病)。因此，与病因性多态性处于LD中的多态性标志物可用作标志物，并且在所述真正病因性多态性未知时特别有用。

人类基因组中的连锁不平衡综述在下述文献中：Wall等，(2003)NAT REV GENET.4(8)：587-97；Gamer等，(2003)GENET EPIDEMIOL.24(1)：57-67；Ardlie等，(2002)NAT REVGENET.3(4)：299-309(勘误表在(2002)NAT REV GENET 3(7)：566中)；以及Remm等，(2002)CURR OPIN CHEM BIOL.6(1)：24-30。

本发明的筛查技术可以利用各种不同的方法来确定试验受试者是否具有与发生可检测的性状的高风险或低风险相关的SNP或SNP模式，或所述个体是否作为特定多态性/突变的结果而遭受可检测的性状，所述方法包括例如能够分析个体的染色体以用于单体型分析、家族研究、单精子DNA分析或体细胞杂种的方法。使用本发明的诊断分析的性状可以是在病理和障碍中通常观察的任何可检测性状。

SNP基因分型方法

确定特定核苷酸(即等位基因)是否存在于一个以上SNP位置例如SEQ ID NO：11、12或13中公开的核酸分子中的SNP位置中的每一个位置处的过程，被称为SNP基因分型。本发明提供了SNP基因分型的方法，用于例如筛查各种不同的障碍，确定对它们的易感性或确定对治疗形式的响应性或预后，或用于基因组作图或SNP相关性分析等。

核酸样品可以通过本领域中公知的方法进行基因分析，以确定在任何给定的目标遗传区域(例如SNP位置)处存在哪种/哪些等位基因。邻近的序列可用于设计SNP检测试剂例如寡核昔酸探针，其可以任选地以试剂盒格式进行。示例性的SNP基因分型方法描述在Chen等，(2003)PHARMACOGENOMICS J.3(2)：77-96；Kwok等，(2003)CURR ISSUESMOL.BIOL.5(2)：43-60；Shi(2002)AM J PHARMACOGENOMICS 2(3)：197-205；和Kwok(2001)ANNU REV GENOMICS HUM GENET 2：235-58中。用于高通量SNP基因分型的示例性技术描述在Mamellos(2003)CURR OPIN DRUG DISCOV DEVEL.6(3)：317-21中。常见SNP基因分型方法包括但不限于TaqMan测定法、分子信标测定法、核酸阵列、等位基因特异性引物延伸、等位基因特异性PCR、阵列化引物延伸、同源引物延伸测定法、使用质谱术检测的引物延伸、焦磷酸测序、在遗传阵列上分选的多路引物延伸、使用滚环扩增的连接、同源连接、OLA(美国专利号4,988，167)、在遗传阵列上分选的多路连接反应、限制性片段长度多态性、单碱基延伸-标签测定法和Invader测定法。这些方法可以与多种检测机制例如发光或化学发光检测、荧光检测、时间分辨荧光检测、荧光共振能量转移、荧光偏振、质谱术和电检测组合使用。

用于检测多态性的各种不同方法包括但不限于在其中使用防止切割试剂的保护来检测RNA/RNA或RNA/DNA双链体中的错配碱基(Myers等，(1985)SCIENCE 230：1242；Cotton等，(1988)PNAS85：4397；和Saleeba等，(1992)METH.ENZYMOL.217：286-295)，比较变体和野生型核酸分子的电泳迁移率(Orita等，(1989)PNAS86：2766；Cotton等，(1993)MUTAT.RES.285：125-144；和Hayashi等，(1992)GENET.ANAL.TECH.APPL.9：73-79)，以及使用变性梯度凝胶电泳(DGGE)在含有变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中测定多态性或野生型片段的运动的方法(Myers等，(1985)，NATURE313：495)。特定位置的序列变异，也可以通过核酸酶保护测定法例如RNase和SI保护或化学切割法来评估。

在优选实施方式中，SNP基因分型使用TaqMan测定法来进行，其也被称为5’核酸酶测定法(美国专利号5,210,015和5,538,848)。所述TaqMan测定法检测在PCR期间特异性扩增产物的积累。所述TaqMan测定法利用用荧光报告染料和淬灭染料标记的寡核苷酸探针。所述报告染料被适合波长的辐射激发，它通过被称为荧光共振能量转移(FRET)的过程将能量转移到同一探针上的淬灭染料。当连接到所述探针时，所述受激发的报告染料不发射信号。在完整探针中所述淬灭染料与所述报告染料的邻近维持所述报告物的低荧光。所述报告染料和淬灭染料可以分别在最5’和最3’末端，或反之亦然。或者，所述报告染料可以在最5’或3’末端，而所述淬灭染料被附连到内部核苷酸，或反之亦然。在另一个实施方式中，所述报告物和淬灭剂两者都可以被附连到内部核苷酸，彼此之间的距离使得所述报告物的荧光被降低。

在PCR期间，DNA聚合酶的5’核酸酶活性切开所述探针，由此将所述报告染料与淬灭染料分离开并导致报告物的荧光增加。PCR产物的积累通过监测报告染料荧光的增加直接检测。所述DNA聚合酶只有在所述探针杂交到在PCR期间被扩增的含有靶SNP的模板的情况下才在所述报告染料与淬灭染料之间切开所述探针，并且所述探针被设计成只有在特定SNP等位基因存在的情况下才杂交到所述靶SNP位点。

优选的TaqMan引物和探针序列可以使用本文中提供的SNP和相关核酸的序列信息容易地确定。大量的计算机程序例如Primer Express(Applied Biosystems，Foster City，CA)，可用于快速获得最佳引物/探针组。对于本领域技术人员来说，显然这些用于检测本发明的SNP的引物和探针可用于各种不同病症、包括癌症的预后测定法中，并且可以容易地并入到试剂盒格式中。本发明还包括本领域中公知的Taqman测定法的修饰，例如使用分子信标Beacon探针(美国专利号5,118,801和5,312,728)和其他变体形式(美国专利号5,866,336和6,117,635)。

多态性的同一性也可以使用错配检测技术来确定，包括但不限于使用RNA探针的RNase保护法(Winter等，(1985)PNAS 82：7575；Meyers等，(1985)Science 230：1242)和识别核苷酸错配的蛋白质例如大肠杆菌mutS蛋白(Modrich(1991)Ann.Rev.Genet.25：229-253)。或者，变体等位基因可以通过单链构象多态性(SSCP)分析(Orita等，(1989)Genomics5：874-879；Humphries等，在《遗传疾病的分子诊断》(Molecular Diagnosis of GeneticDiseases)中，R.Elles主编，pp.321-340，1996)或变性梯度凝胶电泳(DGGE)(Wartell等，(1990)Nucl.Acids Res.18：2699-2706；Sheffield等，(1989)PNAS 86：232-236)来鉴定。

聚合酶介导的引物延伸方法也可用于鉴定所述多态性。几种这样的方法已被描述在专利和科学文献中，并且包括“遗传位分析”方法(WO92/15712)和连接酶/聚合酶介导的遗传位分析(美国专利号5,679,524)。相关的方法公开在WO91/02087、WO90/09455、WO95/17676、美国专利号5,302,509和5,945,283中。含有多态性的延伸的引物可以如美国专利号5,605,798中所述通过质谱术来检测。另一种引物延伸方法是等位基因特异性PCR(Ruano等，(1989)NUCL.ACIDS RES.17：8392；Ruano等，(1991)NUCL.ACIDS RES.19，6877-6882；WO93/22456；Turki等，(1995)J CLIN.INVEST.95：1635-1641)。此外，多个多态性位点可以如Wallace等(WO89/10414)中所述，使用等位基因特异性引物组通过同时扩增多个核酸区域来研究。

用于对本发明的SNP进行基因分型的另一种优选方法是在OLA中使用两个寡核苷酸探针(参见例如美国专利号4,988,617)。在这种方法中，一个探针杂交到靶核酸的区段，使得它的3’末端与所述SNP位点对齐。第二个探针杂交到所述靶核酸分子的与所述第一个探针直接3’相邻的区段。将所述两个并置的探针杂交到靶核酸分子，并且如果在所述第一个探针的3’末端核苷酸与所述SNP位点之间存在完美互补性的话，则在连接试剂例如连接酶的存在下连接。如果存在错配，连接将不会发生。在反应后，将所述连接的探针与靶核酸分子分开并检测，作为SNP存在的指标。

下述通过参考并入本文的专利、专利申请和出版的国际专利申请，提供了与用于执行各种不同类型的OLA的技术相关的其他信息：美国专利号6,027,889、6,268,148、5,494,810、5,830,711和6,054,564描述了用于进行SNP检测的OLA策略；WO 97/31256和WO00/56927描述了使用通用阵列进行进行SNP检测的OLA策略，其中可以将zipcode序列引入到杂交探针之一中，并将得到的产物或扩增的产物杂交到通用zipcode阵列；美国申请PCT/US01/17329(和序列号09/584,905)描述了在OLA(或LDR)后进行PCR，其中将邮政编码并入到OLA探针中，并且扩增的PCR产物通过电泳或通用zipcode阵列读出来确定；美国申请60/427,818、60/445,636和60/445,494描述了使用OLA和随后的PCR用于多路SNP检测的SNPlex方法和软件，其中将邮政编码并入到OLA探针中，并将扩增的PCR产物与zipchute试剂杂交，并且所述SNP的同一性从所述zipchute的电泳读出来确定。在某些实施方式中，OLA在PCR(或另一种核酸扩增方法)之前进行。在其他实施方式中，PCR(或另一种核酸扩增方法)在OLA之前进行。

用于SNP基因分型的另一种方法是基于质谱术。质谱术利用DNA的四种核苷酸的每一者的独特质量。通过测量具有可选SNP等位基因的核酸的质量差异，可以通过质谱术对SNP进行无歧义的基因分型。MALDI-TOF(基质辅助激光解吸电离-飞行时间)质谱技术对于分子质量例如SNP的极端精确的确定来说是优选的。已开发了大量基于质谱术的SNP分析方法。优选的基于质谱术的SNP基因分型方法包括引物延伸测定法，其也可以与其他方法例如传统的基于凝胶的格式和微阵列组合使用。

通常，所述引物延伸测定法包括设计引物并将它退火到靶SNP位置上游(5’)的模板PCR扩增子。将双脱氧核糖核苷酸三磷酸(ddNTP)和/或脱氧核糖核苷酸三磷酸(dNTP)的混合物添加到含有模板(例如含有SNP的核酸分子，其通常通过例如PCR扩增而得到)、引物和DNA聚合酶的反应混合物。引物的延伸终止在模板中与所述混合物中的ddNTP之一发生核苷酸互补的第一个位置处。所述引物可以与所述SNP位置直接相邻(即所述引物的3’末端处的核苷酸杂交到紧邻靶SNP位点的核苷酸)或从所述SNP位置迁移了两个以上个核苷酸。如果所述引物从所述靶SNP位置迁移了几个核苷酸，则唯一的限制是在所述引物的3’末端与所述SNP位置之间的模板序列不能含有与待检测的核苷酸同一类型的核苷酸，否则这将引起延伸引物的过早终止。或者，如果只向反应混合物添加所有4种ddNTP而不添加dNTP，则所述引物总是只被延伸一个核苷酸，对应于所述靶SNP位置。在这种情况下，引物被设计成结合在所述SNP位置上游的一个核苷酸(即所述引物的3’末端处的核苷酸杂交到在靶SNP位点的5’一侧上与所述靶SNP位点直接相邻的核苷酸)。延伸仅仅一个核苷酸是优选的，因为它使延伸的引物的总质量降至最低，从而增加了可选SNP核苷酸之间的质量差的分辨率。此外，可以将带有质量标签的ddNTP用于引物延伸反应中以代替未修饰的ddNTP。这增加了使用这些ddNTP延伸的引物之间的质量差，从而提供了增加的灵敏度和准确度，并且对于杂合碱基位置的分型来说特别有用。质量标签也减轻了对高强度的样品制备程序的需求，并降低了质谱仪的必需分辨能力。

然后将所述延伸的引物纯化并通过MALDI-TOF质谱术进行分析，以确定在靶SNP位置处存在的核苷酸的同一性。在一种分析方法中，将来自于引物延伸反应的产物与形成基质的光吸收晶体合并。然后用能量源例如激光击打所述基质，以将核酸分子电离并解吸成气相。然后将所述电离的分子喷射到飞行管中，并在所述管中向下加速去往检测器。在电离事件例如激光脉冲与所述分子和检测器的碰撞之间的时间，是该分子的飞行时间。所述飞行时间与所述电离分子的质荷比(m/z)精确相关。具有较小m/z的离子比具有较大m/z的离子在所述管中向下移动得更快，因此较轻的离子在较重的离子之前到达检测器。然后将所述飞行时间转变成相应的高度精确的m/z。通过这种方式，可以在单个碱基位置处具有不同核苷酸的核酸分子中固有质量的轻微差异和相应的飞行时间差异的基础上鉴定SNP。对于与引物延伸测定法和MALDI-TOF质谱术相结合用于SNP基因分型有关的进一步信息，参见例如Wise等，“使用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱术在人类基因组中进行单核苷酸引物延伸的标准流程”(A standard protocol for single nucleotide primer extensionin the human genome using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry)，RAPID COMMUN MASS SPECTROM.2003；17(11)：1195-202。

以下参考文献进一步提供了描述基于质谱术的SNP基因分型方法的信息：Bocker(2003)BIOINFORMATICS 19 Suppl 1：144-153；Storm等，(2003)METHODS MOL.BIOL.212：241-62；Jurinke等，(2002)ADV BIOCHEM ENG BIOTECHNOL.77：57-74；和Jurinke等，(2002)METHODS MOL.BIOL.187：179-92。

SNP也可以通过直接DNA测序来评估。可以利用各种不同的自动测序程序((1995)BIOTECHNIQUES 19：448)，包括通过质谱术的测序(参见例如PCT国际出版号W094/16101；Cohen等，(1996)ADV.CHROMATOGR.36：127-162；和Griffin等，(1993)APPL.BIOCHEM.BIOTECHNOL.38：147-159)。本发明的核酸序列使本领域普通技术人员能够容易地为这些自动测序程序设计测序引物。商品化仪器例如Applied Biosystems 377、3100、3700、3730和3730x1DNA分析仪(Foster City，Calif)，在本领域中常用于自动测序。

可用于本发明的SNP的基因分型的其他方法包括单链构象多态性(SSCP)和变性梯度凝胶电泳(DGGE)(Myers等，(1985)NATURE313：495)。SSCP通过单链PCR产物的电泳迁移率的改变来鉴定碱基差异，如Orita等，PROC.NAT.ACAD中所述。单链PCR产物可以通过加热或以其他方式变性双链PCR产物来产生。单链核酸可能重折叠或形成部分依赖于碱基序列的二级结构。单链扩增产物的不同电泳迁移率与SNP位置处的碱基序列差异相关。DGGE在多态性DNA中固有的不同的序列依赖性稳定性和解链性质以及在变性梯度凝胶中的电泳迁移图案的相应差异的基础上区分SNP等位基因(Erlich主编，《PCR技术、原理和在DNA扩增中的应用》(PCR Technology，Principles and Applications for DNA Amplification)，W.H.Freeman and Co，New York，1992，第7章)。

序列特异性核酶(美国专利号5,498,531)也可用于在核酶切割位点的出现或丧失的基础上评估SNP。通过核酸酶切割消化测定法或通过解链温度的差异，可以将完美匹配的序列与错配序列区分开。如果SNP影响限制性酶切割位点，可以通过由凝胶电泳确定的限制性酶消化图案的改变和核酸片段长度的相应变化来鉴定SNP。

SNP基因分型可以包括例如下述步骤：从人类受试者收集生物样品(例如组织、细胞、体液、分泌物等样品)；从所述样品的细胞分离核酸(例如基因组DNA、mRNA或两者)；将所述核酸与特异性杂交到所述分离的核酸的含有靶SNP的区域的一种以上引物，在使得所述靶核酸区域的杂交和扩增得以发生的条件下相接触；以及确定在目标SNP位置处存在的核苷酸，或者在某些测定法中，确定扩增产物的存在或不存在(测定法可以被设计成使得杂交和/或扩增只能在特定SNP等位基因存在或不存在的情况下发生)。在某些测定法中，检测扩增产物的大小并与对照样品的长度进行比较；例如缺失和插入可以通过与正常基因型相比扩增产物大小的变化来检测。

用于SNP基因分型的生物样品可以是含有核酸的任何组织或体液。各种不同的实施方式包括石蜡包埋的组织、冷冻组织、外壳细针吸出物和乳腺、子宫内膜、卵巢、子宫或子宫颈的细胞。其他实施方式包括体液样品例如外周血淋巴细胞、淋巴液、腹水、浆液、痰液和粪便或泌尿系统样品例如膀胱冲洗液和尿液

实施例1

所述KRAS-变体(rs61764370，GG/TG，LCS6)是KRAS中的let-7microRNA结合位点中的种系突变，其改变KRAS途径信号传导和let-7microRNA水平。正如下文所示，所述KRAS-变体可以在患有局部晚期头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)并在使用或不使用西妥昔单抗的情况下用放射疗法和化疗治疗的患者中充当响应变化的生物标志物。也在人类乳头瘤病毒(HPV)阳性的患者中调查了所述KRAS-变体对结果的影响。

正如下文详细所述，在测试的413名患者中，70名(16.9％)具有所述KRAS-变体。总体而言，对于用西妥昔单抗治疗的KRAS-变体患者来说，第一年的无进展生存率(PFS)(HR0.31，p＝0.04)和1-2年内的总体生存率(OS)(HR 0.19，p＝0.03)存在显著增加，并且在非KRAS-变体组中对西妥昔单抗治疗没有益处。对于没有用西妥昔单抗治疗的患者来说，所述KRAS-变体与p16状态存在显著的相互作用(p＝0.04)。是KRAS-变体并且p16阳性的患者与非变体患者相比具有较差的PFS(HR 2.59)和OS(HR 2.48)，而是KRAS-变体并且p16阴性的患者与非变体患者相比具有较好的PFS和OS(HR分别为0.62和0.61)。对于KRAS-变体/p16阳性患者来说，西妥昔单抗的添加似乎改善了PFS(HR 0.60)和OS(HR 0.21)。HPV阳性HNSCC患者的免疫分析表明KRAS-变体/p16阳性患者具有与免疫抑制的基线一致的免疫改变，这使他们与非KRAS-变体患者区分开。

方案和患者

NRG Oncology RTOG 0522是III期临床试验，试验了对患有晚期HNSCC的患者来说，向联用顺铂的放射疗法添加西妥昔单抗。2名合格患者患有病理学证实的口咽、下咽或喉部鳞状细胞癌，具有所选的III或IV期疾病(T2N2-3M0或T3-4任何N M0)，体力Zubrod状态0-1，年龄≥18岁，并具有胜任的骨髓、肝和肾功能。HPV状态通过如前所述的p16表达来评估。^1，2

UCLA CCRO-022是用于与人类乳头瘤病毒相关的局部晚期HNSCC的紫杉醇加卡铂化疗和随后的诱导放射疗法加紫杉醇的两轮II期临床试验。合格的患者是p16阳性的患有III或IV期M0口咽、下咽或喉部鳞状细胞癌的患者。还需要体力Zubrod状态0-1，年龄≥18岁和胜任的骨髓、肝和肾功能。

KRAS-变体测试

如前所述从外周血单核细胞或全血分离基因组DNA用于基因分型³¹，并取100ng在CLIA认证的实验室中分析所述KRAS-变体(Mira Dx，New Haven，CT)。纯合的患者(GG)与杂合的患者(TG)编为一组用于这些分析。

统计方法

局部区域性失效率(LRF)、远端转移(DM)、无进展生存(PFS)和总体生存(OS)如NRGOncology RTOG 0522方案中所定义。LRF和DM率通过累积发生率方法估算³²。PFS和OS率通过Kaplan-Meier方法估算³³。风险比通过Cox模型估算³⁴。不良事件通过不良事件共同标准术语(CTCAE)3.0版来分级。机会比通过逻辑回归来估算。患者特征通过Fisher精确检验(分类变量)或Wilcoxon秩和检验(序数或连续变量)来比较。所有分析使用SAS 9.4版来进行。

CCRO HNSCC患者免疫表型分型

分析来自于作为CCRO研究的一部分的26名HNSCC患者的血液样品。在放射疗法之前将多达40ml血液抽取到添加肝素的BD 管(BD，Franklin Lakes，NJ)中。在抽血的3h内通过Ficoll梯度离心分离外周血单核细胞(PBMC)，并分成在含有10％(v/v)胎牛血清(FBS)的DMSO中的等分试样以受控的速率在-80℃下冷冻，然后转移到液氮直至测定。

通过在预加温的含有10％(v/v)FBS的RPMI-1640培养基中稀释，将来自于患者的PBMC融化，用DNAse处理并清洗。使用可固定的存活性染料510(BD Horizon)，按照制造商的说明书制备来自于每名受试者的4×10⁶等分试样，然后测定作为淋巴系组和髓系组的一部分的表面标志物。将所述淋巴系组在含有FITC抗人CD4抗体(克隆RPA-T4)、PE抗人CD25抗体(克隆M-A251)、PE-CF594抗人CXCR3抗体(克隆IC6)、PerCP-Cy5.5抗人CD3抗体(克隆UCHT1)、PE-Cy7抗人CD127抗体(克隆HIL-7R-M21)、APC抗人CD45RA抗体(克隆HI100)、AlexaFlour 700抗人CD8抗体(克隆RPA-T8)、BV421抗人PD-1抗体(克隆EH12.2H7)和BV650抗人CCR6抗体(克隆11A9)的亮蓝染色剂缓冲液(BD Horizon/BD Biosciences)中预先混合。对于大多数样品来说，将1-2×10⁶个细胞在只存在BV605抗人CCR7抗体(克隆3D12)的情况下在37℃下预热活化10分钟后，在50μL 2％FBS/PBS染色缓冲液(BD Pharmingen，San Diego，CA)中，在室温染色20分钟。将细胞清洗并重悬浮在300μL PBS中，在2小时内通过流式细胞术进行分析。如果可能，在使用UltraComp eBeads补偿(eBioscience，Inc.，SanDiego，CA)的LSRFortessa(BD Biosciences，San Jose，CA)上积累2×10⁵个事件。

使用FlowJo，LLC(Ashland，OR)，使用下述门控策略来进行分析：1)FSC-H/FSC-A点阵图，以排除双峰；2)FVS510-A/FSC-A点阵图，以设置存活率门；3)SSC-A/FSC-A点阵图，以在淋巴细胞中门控；4)CD3/FSC-A点阵图，以设置用于CD3⁺T细胞的门；5)CD8/CD4点阵图，以选择CD3⁺CD8⁺和CD3⁺CD4⁺T细胞；5)CD3⁺CD8⁺和CD3⁺CD4⁺T细胞被单个检查CCD7/CD45RA的表达，以分开幼稚、效应、中央记忆和效应记忆亚群³⁵并剖析它们的PD-1水平；7)调节性T细胞(Treg)根据CD25^hiCD127^1o状态在CD3⁺CD4⁺T细胞门内确定，而CXC3和CCR6的组合指导辅助性T细胞谱系之间的区分。质量控制要求所有获取的数据≥50％存活率并且≥2,000个CD3⁺CD8⁺和CD3⁺CD4⁺T细胞。

所述髓系组包含在如上所述的亮蓝染色缓冲液中预先混合的FITC抗人HLA-DR抗体(克隆G46-6)、PE抗人CD14抗体(克隆MqP9)、PE-CF594抗人CD56抗体(克隆BI59)、PerCP-Cy5.5抗人CD11b抗体(克隆ICRF44)、PE-Cy7抗人CD19抗体(克隆HIB19)、APC抗人CD15抗体(克隆HI98)、Alexa Fluor 700抗人CD11c抗体(克隆B-1y6)、APC-H7抗人CD20抗体(克隆2H7)、BV421抗人CD123抗体(克隆7G3)、BV510抗人CD3抗体(克隆UCHT1)和BV650抗人CD16抗体(克隆3G8)。如上所述将1-2×10⁶个细胞在50μL 2％FBS/PBS染色缓冲液中，在室温下染色30分钟，清洗并分析。门控策略如下：1)FSC-H/FSC-A点阵图，选出双峰；2)510-A/FSC-A点阵图，以排除CD3⁺淋巴细胞和死细胞；3)CD19/FSC-A点阵图，以选择活的CD3^-CD19^-和活的CD3^-CD19⁺细胞，其中所述CD19⁺亚群最终在CD20同时表达的基础上产生B细胞；4)使用所述CD19^-亚群来区分HLA-DR⁺和DR^-髓系谱系；6)DR⁺细胞根据经典、中间和非经典单核细胞的CD14/CD16表达产生单核细胞亚群；7)另一方面，DR^-细胞使我们产生CD11b⁺CD14^-/l0CD15^hi粒细胞性髓系来源的抑制细胞(gMDSC)；8)活的CD3^-CD19^-细胞也被用于门选出CD11b⁺DR^lo/-CD14⁺单核细胞性髓系来源的抑制细胞(mMDSC)、CD14^-CD56⁺CD16^+/-NK细胞以及髓系的树突状细胞(CD11c^hi/CD14^-)和类浆细胞(CD123^hi/CD14^-)风格的产物³⁵。

所有数据使用Student’s t-检验来分析统计学显著性。统计学显著性处于5％水平下。

结果

带有和不带有所述KRAS-变体的患者的临床特征

在NRG Oncology RTOG 0522中登记了940名患者，其中891名(94.8％)对于方案分析来说合格，并且413名具有可用于KRAS-变体测试的生物样品(46.4％)。没有测试所述KRAS-变体的患者与测试了所述KRAS-变体的患者相比具有明显更小的年龄(p＝0.02)，但中位数的差异仅为2岁(56相比于58)(表1)。对于测试和未测试所述KRAS-变体的患者来说，PFS和OS也相近[PFS风险比为0.92(95％CI 0.76至1.13)；OS风险比为0.99(95％CI 0.78至1.25)]。

表1：通过KRAS基因型是否已知来分类的治疗前特征

表1：通过KRAS基因型是否已知来分类的治疗前特征

表1：通过KRAS基因型是否已知来分类的治疗前特征

std.Dev.＝标准偏差；Q1＝第一四分位数；Q3＝第三四分位数。

[1]1包-年被定义为等于每天吸一包烟共1年。

[2]Fisher′s精确检验。

[3]Wilcoxon秩和检验。

在分析时，存活患者的追踪时间中位数为4.8年(范围为0.2至6.9)。在测试了所述KRAS-变体的413位研究参与者中，5名(1.2％)是纯合的(GG)，65名(15.7％)是杂合的(TG)，得出在这个患者群体中总普及率为16.9％。在所述KRAS-变体与p16阳性之间没有关联，其中在17.4％的p16阴性患者和16.0％的p16阳性患者中发现所述KRAS-变体，与先前的研究相符²³。

在西妥昔单抗治疗与未治疗的组中临床特征的比较

在所述KRAS-变体组群中，西妥昔单抗治疗的亚群与未接受西妥昔单抗的亚群相比有更多患者具有p16阳性口咽肿瘤(86.7％相比于50.0％，p＝0.05)，更少的患者是高加索人种(87.5％相比于100％，p＝0.04；表2)。在所述非变体组群中，西妥昔单抗治疗的亚群与未接受西妥昔单抗的亚群相比具有明显更小的年龄，但中位数的差异仅为2岁(59相比于57，p＝0.05)。

表2：根据KRAS基因型和指定的治疗分类的治疗前特征

表2：根据KRAS基因型和指定的治疗分类的治疗前特征

表2：根据KRAS基因型和指定的治疗分类的治疗前特征

Q1＝第一四分位数；Q3＝第三四分位数。

[1]1包-年被定义为等于每天吸一包烟共1年。

[年龄、包-年、T阶段和N阶段的P-值来自于Wilcoxon秩和检验。

性别、种族、体力状态、原发位点和p16状态的P-值来自于Fisher’s精确检验。

KRAS-变体状态、西妥昔单抗和无进展生存率

在所述KRAS-变体组中，在第一年中发现了西妥昔单抗治疗对PFS的显著的正面效果(风险比为0.31，95％CI 0.10至0.94，p＝0.04)，但在1年后没有发现显著差异(风险比为1.76，95％CI 0.62至4.95，p＝0.28)。对KRAS-变体患者来说，西妥昔单抗治疗效果随时间显著变化[对于治疗与无进展生存时间(＞1年)之间的相互作用来说，p＝0.02]。在非变体组中，西妥昔单抗对PFS没有影响，治疗效果风险比[西妥昔单抗/无西妥昔单抗]为1.00(95％CI 0.72至1.38，p＝0.98)。通过KRAS-变体状态和指定的治疗分类的PFS示出在图1A中。在包含KRAS-变体和非变体患者两者的多变量分析(表3)中，治疗、时间(＞1年)和KRAS组之间的相互作用保持显著(p＝0.02)，表明在所述KRAS-变体组中存在治疗与时间之间的相互作用，但在非变体组中不存在。对于KRAS-变体组来说，在第一年中的治疗效果为0.42(p＝0.12)，随后为1.22(p＝0.64)(对于相互作用来说p＝0.10)。在非变体组中，在第一年中和随后的治疗效果分别为1.20(p＝0.39)和0.79(p＝0.38)(对于相互作用来说p＝0.21)。

表3.PFS和OS的单变量分析(n＝413)

表3.PFS和OS的单变量分析(n＝413)

失效多变量分析的模式表明对于KRAS-变体患者来说，DM而不是LRF更可能对PFS的差异有贡献：在KRAS-变体组中，对DM的治疗效果为0.45(95％CI 0.12至1.70)，对LRF的治疗效果为0.84(95％CI 0.29至2.42)。在非变体组中，对DM和LRF的治疗效果分别为0.90(95％CI 0.48至1.70)和1.24(95％CI 0.80至1.92)。通过KRAS-变体状态和指定的治疗分类的LRF和DM示出在图1B和1C中。

KRAS-变体状态、西妥昔单抗和总体生存

对于KRAS-变体患者来说，在前2年中，8周的西妥昔单抗治疗对OS也具有显著的正面影响(风险比为0.19，95％CI 0.04至0.86，p＝0.03)，但随后则没有(风险比为2.34，95％CI 0.58至9.41，p＝0.23)。治疗效果与生存时间(＞2年)之间的相互作用是显著的(p＝0.02)，表明在前2年中和随后的不同治疗效果。在非变体组中，西妥昔单抗治疗对总体生存没有影响(治疗效果风险比[西妥昔单抗/无西妥昔单抗]为0.90(95％CI 0.62至1.30，p＝0.56)。通过KRAS-变体状态和指定的治疗分类的OS示出在图1D中。在包含KRAS-变体和非变体患者两者的多变量分析(表3)中，治疗、时间(＞2年)和KRAS组之间的相互作用是显著的(p＝0.04)，表明在KRAS-变体组中存在治疗与时间之间的相互作用，但在非变体组中不存在。对于KRAS-变体组来说，在前2年中的治疗效果为0.27(p＝0.09)，随后为1.47(p＝0.46)(对于相互作用来说p＝0.05)。在非变体组中，在前2年中的治疗效果为0.89(p＝0.62)，随后为0.81(p＝0.49)(对于相互作用来说p＝0.80)。

KRAS-变体患者和毒性结果

KRAS-变体患者在不使用或使用西妥昔单抗的情况下似乎具有相近的3-4级粘膜炎水平(47.4％相比于50.0％)，差异不显著[OR为1.11(95％CI 0.4至2.85)，p＝0.83]。相反，在非变体患者中西妥昔单抗的添加将3-4级粘膜炎从37.9％增加到50.6％，差异显著(OR为1.68[95％CI 1.09至2.58]，p＝0.02)(表4A)。然而，KRAS-变体状态、西妥昔单抗治疗和粘膜炎之间的相互作用的检验不显著(p＝0.43)。KRAS-变体患者在不使用或使用西妥昔单抗的情况下也具有相近的肝门内3-4级皮肤反应水平，18.4％相比于15.6％(OR为0.82[95％CI 0.23至2.89]，p＝0.76)(表4B)。相反，对于在非变体患者来说，西妥昔单抗的添加将肝门内3-4级皮肤反应从11.2％增加到21.8％，差异显著(OR为2.21[95％CI 1.21至4.01]，p＝0.05)，但相互作用的的检验仍然不显著(p＝0.16)。使用西妥昔单抗时非变体和KRAS-变体患者两者均发生肝门外皮肤反应的增加(非变体OR为50.15，p＜0.001；KRAS-变体OR为8.54，p＝0.05)(表4C)。尽管KRAS-变体患者与非变体患者相比在粘膜和肝门内皮肤两者中似乎具有更高的基线毒性，但这些差异在统计上不显著，可能是由于样本量造成的。

表4B：通过KRAS-变体和指定的治疗分类的3-4级治疗相关的[1]肝门内皮肤反应[2]

表4C：通过KRAS-变体和指定的治疗分类的3-4级治疗相关的[1]肝门外皮肤反应[3]

机会比从逻辑回归模型估算，所述模型含有协变量KRAS(变体相比于非变体)、治疗(西妥昔单抗相比于无西妥昔单抗)和KRAS与治疗的相互作用。

[1]确定地、很可能或可能与流程治疗相关。

[2]辐射性皮炎NOS；辐射招致的综合征。

[3]瘙痒；剥脱性皮炎NOS；痤疮NOS；趾甲障碍NOS。

KRAS-变体、西妥昔单抗和p16

由于p16和边缘不平衡在西妥昔单抗治疗的组中已知的预后价值，对考虑到p16状态后KRAS-变体患者中的结果进行了评估。对于PFS来说，存在着西妥昔单抗治疗、KRAS和p16之间的三向相互作用的一些迹象(p＝0.20)。在没有用西妥昔单抗治疗的患者中，KRAS与p16之间的双向相互作用是显著的(p＝0.04)。KRAS-变体/p16阳性患者与非变体/p16阳性患者相比具有更差的PFS(HR为2.59)。在KRAS-变体/p16阴性患者中观察到相反的效果，其与非变体/p16阴性患者相比具有改善的PFS(HR为0.62)(图2A)。

相反，对于KRAS-变体患者来说，8周的西妥昔单抗治疗似乎消除了p16对PFS的差异效果(对于p16阳性来说HR为0.89，对于p16阴性来说为0.77；p＝0.84)(图2B)。西妥昔单抗的正面影响似乎主要限于KRAS-变体/p16阳性患者，因为在KRAS-变体/p16-阳性患者中西妥昔单抗的治疗效果为0.60，与此相比在非变体/p16阳性患者中为1.74(对于治疗与KRAS之间的相互作用来说p＝0.14)。在p16阴性患者中，对于KRAS-变体和非变体患者来说治疗效果相近，但可能受到时间影响(HR为1.10和0.88，对于相互作用来说p＝0.75)。

对于OS来说，在西妥昔单抗治疗、KRAS-变体状态和p16之间存在显著的三向相互作用(p＝0.02)。在不用西妥昔单抗治疗的患者中(p＝0.10)和用西妥昔单抗治疗的患者中(p＝0.11)，可能存在p16对KRAS的差异效果。当不用西妥昔单抗治疗时，KRAS-变体/p16阳性患者与非变体/p16阳性患者相比具有更差的OS(HR为2.48)。在KRAS-变体/p16阴性患者中观察到相反的效果，其与非变体/p16阴性患者相比具有增加的OS(HR为0.61)(图3A)。

对于OS来说，8周的西妥昔单抗治疗似乎继续影响KRAS-变体患者的结果，其中KRAS-变体/p16阳性患者与非变体/p16阳性患者相比具有更好的OS(HR为0.22)(图3B)。在p16阳性患者中，KRAS-变体患者中的治疗效果为0.21，与此相比非变体患者中为2.36(对于治疗与KRAS之间的相互作用来说p＝0.05)。在KRAS-变体/p16阴性患者中观察到相反的效果，其在添加西妥昔单抗后似乎具有更差的OS(HR为1.43)，尽管他们的OS随时间急剧降低。在p16阴性患者中，KRAS-变体患者中的治疗效果为1.47，与此相比非变体中为0.62(p＝0.24)。

为了理解对于KRAS-变体患者来说西妥昔单抗如何显著地影响PFS和OS，只对使用或不使用8周的西妥昔单抗治疗的KRAS-变体患者的局部失效和远端失效进行评估。在KRAS-变体/p16阴性患者中西妥昔单抗似乎减少了局部失效，因为这些患者没有局部失效。在KRAS-变体/p16-阳性患者中，添加西妥昔单抗后局部失效似乎没有任何改善(图1E)。对于p16阳性或阴性的KRAS-变体患者来说，西妥昔单抗似乎降低远端转移失效的比率，这种作用对于p16阳性患者来说是长期持续的，但对p16阴性患者来说不是(图1F)。

KRAS-变体和免疫格局

KRAS-变体/p16阳性患者在添加西妥昔单抗时具有显著改善的OS，但不使用西妥昔单抗时可能通过远端转移疾病的改变而显著变差这一事实，表明KRAS-变体患者可能对辐射具有不充足的免疫应答，而西妥昔单抗多少有助于克服这一点。因此，在p16阳性HNSCC患者中对免疫系统进行了评估，以评估在KRAS-变体患者中在辐射之前基线免疫力的差异。

在p16阳性晚期HNSCC患者组群中，我们在开始放射疗法之前进行了基线免疫分析。由于男性和女性可能在他们的免疫组成上具有实质性差异，并且由于在这项研究中大多数受试者(26名中的21名；81％)是男性，因此通过只包括男性将所述分析简化。在这个组群中具有所述KRAS-变体的男性(3/21)的基线免疫力与其余的人差异显著，具有相对更多的CD4⁺PBMC(p＝0.034)以及更高的CD4/CD8比率(p＝0.036)。相反，在KRAS-变体患者中自然杀伤细胞(NK，p＝0.017)和粒细胞性髓系来源的抑制细胞(gMDSC，p＝0.029)明显丰度较低(图4A)。在CD4谱系内，CD45RA⁺CCR7^-效应细胞相对于占优势的CD45RA⁺CCR7⁺幼稚和CD45RA^-CCR7⁺中央记忆亚群来说频率较低(p＝0.006)，尽管没有统计学意义。因此，似乎KRAS-变体患者具有广泛变化的免疫平衡，影响淋巴系和髓系两种谱系，这似乎与基线免疫缺陷相符(图4B)。

实施例2

下述实施例证实了KRAS-变体患者中增加的辐射敏感性。为了研究临床改变的辐射敏感性的生物学和机制基础，通过定向基因组编辑产生了一系列具有和不具有所述KRAS-变体的正常和癌匹配的等基因细胞系(表5)。

每个等基因对中所述KRAS-变体的位置杂合插入通过DNA和RNA测序确认。等位基因特异性mRNA表达和通过western印迹进行的KRAS蛋白质表达的分析，确认了每个等基因对在KRAS基因座处的双等位基因表达。最后，在Genetica Laboratories通过STR分析验证了每个等基因细胞系。

与KRAS-变体肿瘤组织中相比，在KRAS-变体正常组织中双链(DS)断裂修复效率低。进行了γH2AX测定以评估在所述等基因对中使用和不使用辐射时的基线和残留双链断裂。评估了MCF 10A和H1299细胞系，它们代表了含有或不含所述KRAS-变体的正常和肿瘤组织。将细胞用5Gy辐照，在基线、辐照后30分钟和4小时，通过流式细胞术进行FITC偶联的γH2AX的免疫荧光分析(图5)。发现在正常组织中(MCF10A，蓝色条-用No.1标记，红色条-用No.2标记)，在所有时间点在KRAS-变体细胞系中存在更多双链断裂(红色相比于蓝色，两个独立的变体株系平均，包括标准偏差)。相反，在肿瘤组织中(H1299，绿色条-用No.3标记，紫色-用No.4标记)，发现在基线和4小时时，在KRAS-变体株系中存在较少的双链断裂(紫色相比于绿色)。这些发现表明在KRAS-变体正常组织中，与肿瘤组织相比DNA维护和修复更差。

KR4S-变体等基因正常组织(MCF10A)和肿瘤(H1299)细胞系的辐射敏感性，在含有或不含所述KRAS-变体的正常和肿瘤等基因细胞系两者中使用克隆形成细胞存活率测定法来评估。观察到KRAS-变体正常组织细胞系与它的姐妹非变体株系相比具有极大的辐射敏感性。在KRAS-变体肿瘤株系中，与它的非变体姐妹相比观察到适度的辐射敏感性(图6)。

实施例3

下述实施例证实了KRAS-变体患者具有经历对免疫疗法的毒性响应、即免疫相关的不良事件(irAE)的统计上显著降低的可能性。irAE被讨论在例如Abdel-Wahab等，PLOSONE，11(7)：e0160221(2016)中。

数据从用抗PD1抗体疗法(派姆单抗)或(纳武单抗)或用抗PDL1抗体疗法(阿特珠单抗)治疗的88名患者收集。如表6中所示，在所述88名接受治疗的患者中，57名患者不经历对治疗做出响应的毒性，而31名患者经历毒性响应。在不经历毒性的57名患者中，1第4位具有所述KRAS-变体。在经历毒性的31名患者中，2名具有KRAS-变体。基于这些如表6中所示的数据的卡方分析，显示出携带KRAS-变体的患者与不携带KRAS-变体的患者相比，对使用免疫疗法的治疗做出毒性响应的可能性统计上显著地降低，给出4.4268的卡方值和0.035378的p值，其中p＜0.05是显著的。因此，携带KRAS-变体的患者非常可能对免疫疗法例如对检查点抑制剂疗法具有无毒性响应。

¹观察到的患者总数

²预期的患者总数

³卡方统计数据

因此，基于该实施例，通过确定患者是否携带KRAS-变体，医生可以做出是否向所述患者提供特定免疫疗法的决定。所述KRAS-变体的存在表明所述患者可能对所述疗法具有无毒性响应，并且预期所述患者将安全地通过所述疗法。这是医生在为治疗患者的癌症确定适合的治疗方案中考虑的一个重要因素。相反，患者中不存在KRAS-变体不能决定所述患者的对所述免疫疗法预测的毒性。

等同性

本发明可以以其他特定形式实施，而不背离本发明的精神或本质特征。因此，上述实施方式在所有情况下都被认为是说明性的，而不是对本文描述的发明的限制。因此，本发明的范围由随附的权利要求书而不是上述描述指明，并且进入所述权利要求书的平均和等同性范围之内的所有改变都旨在涵盖在本发明中。

通过参考并入

本申请中引用的所有出版物和专利文献为所有目的整体通过参考并入本文，其程度如同每个单独的出版物或专利文献的全部内容被并入本文。

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Claims (28)

1.一种治疗癌症受试者的方法，包括向所述受试者施用与一种以上常规癌症治疗联用的免疫疗法，其中所述施用依赖于KRAS-变体的存在。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述受试者使用或已经预先使用一种以上常规癌症治疗进行治疗。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述一种以上常规癌症治疗包括化疗、放射疗法或手术。

4.如权利要求1所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、结肠直肠癌或头颈癌。

5.如权利要求1所述的方法，其中所述方法包括在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明免疫疗法对所述受试者的有益效果增加。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述免疫疗法包括施用免疫刺激性分子。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述免疫刺激性分子是T-细胞活化剂。

8.如权利要求6所述的方法，其中所述免疫刺激性分子是树突状细胞活化/成熟因子。

9.如权利要求1所述的方法，其中所述免疫疗法包括施用单克隆抗体或其片段。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述单克隆抗体对癌细胞表面上表达的抗原具有特异性。

11.如权利要求1所述的方法，其中所述免疫疗法是抗EGFR抗体疗法。

12.如权利要求11所述的方法，其中所述免疫疗法是两妥昔单抗。

13.如权利要求5所述的方法，其中所述单核苷酸多态性是SEQ ID NO：13的第4位处的G。

14.一种预测免疫疗法对KRAS-变体癌症受试者的有益效果增加的方法，所述方法包括在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明由免疫疗法产生的有益效果增加。

15.如权利要求14所述的方法，其中所述癌症是乳腺癌、卵巢癌、非小细胞肺癌、结肠直肠癌或头颈癌。

16.一种用于为临床试验设计鉴定适合的靶患者或靶患者亚群的方法，其中所述临床试验涉及被设计用于刺激或增强免疫系统的药物施用或治疗，所述方法包括在患者样品或患者群体的样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明适合的靶患者或患者亚群的鉴定。

17.一种用于为临床试验设计鉴定不适合的靶患者或靶患者亚群的方法，其中所述临床试验涉及作为检查点抑制剂作用的药物施用或治疗，所述方法包括在患者样品或患者群体的样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明不适合的靶患者或患者亚群的鉴定。

18.一种用于为临床试验设计鉴定适合的靶患者或靶患者亚群的方法，其中所述临床试验涉及药物施用或治疗，其中所述试验药物的效能被免疫疗法的共同施用所增强，所述方法包括在患者样品或患者群体的样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明适合的靶患者或患者亚群的鉴定。

19.一种用于为临床试验设计鉴定不适合的靶患者或靶患者亚群的方法，其中所述临床试验涉及药物使用或治疗，其中所述试验药物的效能被作为检查点抑制剂作用的药物施用或治疗的共同施用所增强，所述方法包括在患者样品或患者群体的样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)，其中所述SNP的存在表明不适合的靶患者或患者亚群的鉴定。

20.一种用于检测患者中处方药效力增加的可能性的方法，其中所述效力依赖于KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)的存在，所述方法包括在所述患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位的单核苷酸多态性(SNP)。

21.如权利要求20所述的方法，其中在药物治疗之前由医师开始测试患者是否存在KRAS变体。

22.一种组合药物标签，其中所述标签涉及作为使用条件必须与诊断试验联合使用的药物的使用，其中所述诊断试验被设计成用于在患者样品中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)。

23.一种治疗癌症的低毒性方法，所述方法包括向已被确定在KRAS的let-7互补位点6的第4位处具有单核苷酸多态性(SNP)的癌症受试者施用免疫调节癌症疗法。

24.一种预测免疫调节癌症疗法在受试者中的毒性的方法，所述方法包括在来自于所述受试者的核酸中检测KRAS的let-7互补位点6的第4位处的单核苷酸多态性(SNP)的存在或不存在，其中所述多态性的存在表明在所述受试者中的毒性可能性低。

25.如权利要求23或24所述的方法，其中所述免疫调节癌症疗法包括放射疗法。

26.如权利要求23或24所述的方法，其中所述免疫调节癌症疗法包含检查点抑制剂。

27.如权利要求26所述的方法，其中所述检查点抑制剂是抗PD-1或PD-L1的抗体。

28.如权利要求23或24所述的方法，其中所述单核苷酸多态性是SEQ ID NO：13的第4位的G。