CN102770140B - 治疗癌症的方法 - Google Patents

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Abstract

本发明提供治疗人癌症的方法，其包括向患者给药至少一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物，其中所述患者不具有一种或多种选自HLA‑DQA1*0201、HLA‑DQB1*0202和HLA‑DRB1*0701的等位基因多态现象。患者还可没有TNXB中的基因型rs12153855和/或rs17207923。

Description

治疗癌症的方法
发明领域
本发明涉及用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗癌症的方法，用于所述治疗的遗传标记，以及用于检测所述遗传标记的方法和试剂。
发明背景
在对新药和/或给药市售药物安全性概况分析的临床试验中，通常会监测肝信号，包括丙氨酸转氨酶(ALT)和总胆红素(TBL)。若患者的ALT和/或TBL高于正常上限(ULN)(分别为>3x和>2x)，则可发生肝毒性。药物遗传学可提供对肝毒性机理的深入探讨。
需要治疗患者的方法，所述患者具有使其肝毒性对药物化合物不敏感的药物遗传学概况。
发明概述
提供治疗人癌症的方法，其包括将至少一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于人，其中所述人不具有一种或多种选自以下的等位基因多态现象：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。
附图说明
图1：在独立的数据集中使用ALT病例-对照分析，先后进行探索性标记关联鉴定与预先指定标记确证的两阶段分析的总体研究设计。
图2：探索性和确证性人群中通过ALT病例-对照状况得到的携带HLA-DQA1*0201的受试者的比例。
图3：拉帕替尼+来曲唑治疗组中HLA-DQA1*0201携带者和非携带者亚组ALT>3xULN的累积发生率，与确证性人群中只用来曲唑治疗的组进行对比。
发明详述
拉帕替尼是一种酪氨酸激酶抑制剂。酪氨酸激酶伴有至少两种致癌基因，即表皮生长因子受体(EGFR)和人2型EGFR(Her2/neu)。HER2/neu的过表达可导致女性中某些类型高风险乳腺癌，或与之相关。在其他活性中，拉帕替尼减少了引起肿瘤的乳腺癌干细胞。拉帕替尼作用机理的一个方面是，通过结合至EGFR/HER2蛋白激酶区域的ATP结合口袋(ATP-binding pocket)、防止自磷酸化作用和后续的信号机理的激活而抑制受体信号处理。
拉帕替尼是小分子物质，并且是4-苯胺基喹唑啉类激酶抑制剂的成员。在目前的市场上，拉帕替尼以二甲苯磺酸盐的一水合物存在，其化学名称为N-(3-氯-4-{[(3-氟苯基)甲基]氧基}苯基)-6-[5-({[2(甲磺酰基)乙基]氨基}甲基)-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺双(4-甲基苯磺酸盐)一水合物。其分子式为C29H26ClFN4O4S(C7H8O3S)2·H2O，分子量为943.5道尔顿。拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物具有如下化学结构：
拉帕替尼、其药学上可接受的盐或组合物、包含拉帕替尼的组合物和用途公开于例如美国专利No.6,391,874、6,828,320、6,727,256、6,713,485和7,157,466中。拉帕替尼市售产品为和
HLA
人HLA复合物(主要组织相容性复合物或MHC)是位于6号染色体的一簇连锁基因，其也称为MHC区域。HLA复合物在传统上划分为三个区域：I类、II类、III类区域(KleinJ.In：Gotze D，ed.The Major Histocompatibility System in Man and Animals，NewYork：Springer-Verlag，1976：339-378)。I类HLA包括跨膜蛋白(重链)和β-2微球蛋白分子。所述I类跨膜蛋白由HLA-A、HLA-B和HLA-C基因座(loci)编码。I类HLA分子的功能是向T细胞呈递抗原肽(包括例如病毒蛋白抗原)。目前公认将II类MHC分子的三个同种型表示为HLA-DR、-DQ和-DP。MHC II类分子是由α链和β链组成的异二聚体；不同的α-和β-链分别由A基因和B基因亚型编码。公认有多种HLA-DR单倍型，这些HLA-DR单倍型在呈递于各DR单倍型上的DRB基因的组织和数量上是不同的；已公开了多个DRB基因：Bodmer等人，Eur.J.Immunogenetics 24：105(1997)；Andersson，Frontiers in Bioscience 3：739(1998)。
所述MHC区域显示了高多态现象；已报道了多于1200个HLA-B的基因型上的等位基因。例如参见：Schreuder等人，Human Immunology 60：1157-1181(1999)；Bodmer等人，European Journal of Immunogenetics 26：81-116(1999)。无论在HLA-A、HLA-B和HLA-C基因位点处等位基因数量多少，人群中观察到的单倍型的数量小于数学上的期望值。某些等位基因倾向于在相同单倍型上产生，而不是随机分离。这种关联称为连锁不平衡(LD)并可通过本领域已知的方法定量测定(例如参见：Devlin和Risch，Genomics 29：311(1995)；BSWeir，Genetic Data Analysis II，Sinauer Associates，Sunderland，MD(1996))。
由多态性HLA基因座编码的产物，通常通过移植和输血组织相容性试验以及血液成分治疗的血清学方法分型。血清学分型是基于表征的血清和HLA基因产物之间的反应。已知的组织相容性试验技术包括微量淋巴细胞毒性试验和流式细胞计量术。HLA抗原分型的标准微量淋巴细胞毒性试验，使用表征良好的HLA抗血清嵌板确定受试者淋巴细胞的HLA抗原概况。某些HLA等位基因表征良好，并且已知检测它们的血清学方法。例如参见：ASHILaboratory Manual，Fourth Edition，American Society for Histocompatibilityand Immunogenetics(2000)；Hurley等人，Tissue Antigens 50：401(1997)。
最近，研发了遗传学水平上的HLA多态现象分析方法。非血清学HLA分型方法包括使用DNA限制性片段长度多态现象(RFLP；例如参见：Erlich美国专利No.4,582,788(1986))或标记的寡核苷酸，以鉴定特异性的HLA DNA序列。所述方法可检测位于基因组的编码或非编码序列的多态现象。例如参见：Bidwell等人，Immunology Today9：18(1988)，Angelini等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA，83：4489(1986)；Scharf等人，Science，233：1076(1986)；Cox等人，Am.J.Hum.Gen.，43：954(1988)；Tiercy等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85：198(1988)；和Tiercy等人，Hum.Immunol.24：1(1989)。聚合酶链式反应(PCR)方法(例如参见美国专利No.4,683,202，1987)使基因组DNA的扩增，并且可用于HLA分型方法。例如参见：Saiki等人，Nature 324：163(1986)；Bugawan等人，J.Immunol.141：4024(1988)；Gyllensten等人，Proc.Natl.Acad. Sci.USA，85：7652(1988)。还例如参见Ennis等人，PNASUSA 87：2833(1990)；Petersdorf等人，Tissue Antigens 46：77(1995)；Girdlestone等人，Nucleic Acids Research 18：6702(1990)；Marcos等人，Tissue Antigens 50：665(1997)；Steiner等人，Tissue Antigens57：481(2001)；Madrigal等人，J.Immunology 149：3411(1992)。
MICA和MICB
MHC(HLA)I类链相关基因A(MICA)和MHC(HLA)I类链相关基因B(MICB)属于多拷贝基因家族，位于HLA-B基因附近的主要组织相容性复合物(MHC)I类区域。它们位于6p染色体上HLA-B附近的连锁区域内。
据报道，MICA为高度多态性的。不同种族的组中，MICA单核苷酸多态现象的产生由Powell等人，Mutation Research 432：47(2001)报道。MICA的多态现象据报道与多种疾病有关，尽管在一些情况下这种联系可归因于与HLA基因的连锁不平衡。例如参见：Salvarani等人，J Rheumatol 28：1867(2001)；Gonzalez等人，Hum Immunol 62：632(2001)；Seki等人，Tissue Antigens58：71(2001)。
已报道MICB的各种多态性形式(例如参见，Visser等人，Tissue Antigens 51:649(1998)；Kimura等人，Hum Immunol59：500(1998)；Ando等人，Immunogenetics 46：499(1997)；Fischer等人，Eur J Immunogenet 26：399(1999))。
如遗传学所公知，对于相同基因，从不同来源得到的核苷酸和相关氨基酸序列的编号方案和精确序列都可能有所不同。所述不同可能是因为编码方案，基因中固有序列变异性，和/或因为顺序误差。因此，本领域技术人员应理解，本文所涉及的具体数量的多态性位点(例如HLA-DR)包括在基因的序列和位置上对应的多态性位点，即使当使用不同的编号/命名方案以描述多态性位点时也是如此。
本文所述的药物引起的“肝毒性”是指只有ALT升高大于3倍(>3x正常上限(ULN))，和/或同一人同时伴随总胆红素(TBL)升高大于2倍(>2x ULN)或由肝损伤引起的其他临床特征。
本文所述的“人”、“人受试者”、“受试者”和“患者”可互换地用于指任何人。
将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于受试者(或用拉帕替尼“治疗”受试者)包括本领域已知的给药方法和途径。推荐的拉帕替尼及其药学上可接受的盐或组合物的治疗方案(剂量和时间表、血药浓度)是本领域已知的。本文所述的拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的给药不仅限于乳腺癌的治疗，还包括其对于其他适用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗的疾病的医药用途。
本文所述的药物激酶抑制剂对受试者的给药，包括将有效量的药物给药于需要的受试者。药物的剂量可根据药物领域中已知和接受的方法确定，并可由本领域技术人员确定。
本文所述的“HLA等位基因”是指一种或多种如下等位基因：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202、HLA-DRB1*0701和与这些等位基因连锁不平衡的其他标记。
本文所述的对受试者(或DNA或其他生物样品)基因的多态性等位基因的“基因分型”，是指基因或基因表达产物(例如hnRNA、mRNA或蛋白)的等位形式或多态形式存在或不存在于受试者(或样品)中的检测。从所述基因表达的相关RNA或蛋白还可用于检测多态变异。如本领域所公知，个体对于特定的等位基因可为杂合的或纯合的。可存在多于两种等位形式，因此可以有多于三种可能的基因型。对于本发明的目的，“基因分型”包括使用本领域已知的合适的血清学技术确定HLA等位基因。当排除其他可能的等位变异体时，可‘检测’本文所述的等位基因；例如当发现在特异性核酸位置既不是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)也不是胞嘧啶(C)时，可推断存在于该位置上的是鸟嘌呤(G)(即在受试者中‘检测或‘诊断’出G)。序列变异可直接检测(例如通过测序)或间接检测(例如通过限制片段长度多态现象分析，或通过检测已知序列探针的杂交，或通过参考链构象多态现象(reference strandconformation polymorphism))，或通过使用其他已知方法检测。
本文所述的人群的“遗传亚群”由具有特定基因型的人群的成员组成。在双等位基因多态现象的情况下，人群可能被分为三个亚群：等位基因1纯合(1,1)、杂合(1,2)、和等位基因2纯合(2,2)亚群。受试者的‘人群’可用多种标准定义，例如用拉帕替尼治疗的个体或患有癌症的个体。
本文所述的“易感”于基于基因分型的特定表型响应的受试者或所述响应“风险增加”的受试者，与在靶多态性基因座有不同基因型的个体相比更有可能显示该表型。当所述表型响应基于多等位基因多态现象或基于多于一个基因的基因分型时，在多种可能的基因型中间相对危险性可能不同。
等位基因是指细胞、样品、个体或人群之中遗传序列(例如基因)的一种具体形式；在基因序列中，所述具体形式与在至少一个且常常多于一个变异体位点处的相同基因的其他形式不同。不同等位基因之间，在这些变异体位点的不同的序列称为"变异体"、"多态现象"或"突变"。通常，“多态现象”用于表示人群中频率为至少1%的变异体，而术语“突变”通常用于表示人群中出现频率少于1%的变异体。在二倍体生物(例如人)中，在各个常染色体的具体染色体位置或"基因座"处，个体有两个分别遗传自父母的等位基因，例如一个遗传自父亲，另一个遗传自母亲。若在所述基因座上具有两个不同等位基因，则该个体是"杂合的"。若在所述基因座上具有两个相同的等位基因，则该个体是"纯合的"。
多态现象可包含碱基变化、插入、重复或缺失中的一种或多种。多态性基因座可与碱基对一样小。多态标记包括限制性片段长度多态现象、变数联列重复(VNTR's)、高变异性区域、小卫星序列、二核苷酸重复序列、三核苷酸重复序列、四核苷酸重复序列、简单序列重复以及插入成分例如Alu。将最初鉴定的等位形式任意地指定为参考形式，并且将其他等位形式指定为替代性或变异体等位基因。有时将最频繁地发生于所选人群中的等位形式称作野生型形式。最频繁的等位基因还可称作主要等位基因，相对不频繁的等位基因称为次要等位基因。二倍体生物的等位形式可为纯合的或杂合的。双等位基因多态现象有两种形式。三等位基因多态现象有三种形式。两种核酸之间的多态现象可天然地发生，或由暴露或接触于化学物质、酶或其他物质而导致，或由暴露于引起核酸损伤的物质(例如紫外辐射、诱变剂或致癌物)而导致。
单核苷酸多态现象(SNP)是两个替代性碱基以相当大的频率(>1%)产生于人群中的位点，并且是人遗传变异最常见的类型。人基因组的所有多态现象中，大约90%是SNP。SNP是DNA中的单碱基位点，在该位点上不同等位基因或替代性核苷酸存在于人群中。对于在各SNP位点的等位基因，个体可为纯合的或杂合的。在一些实例中，SNP可称作"cSNP"，以表示含SNP的核苷酸序列是氨基酸编码序列。本文所述的SNP和SNP基因型包括个体SNP和/或单倍型，其一般为共同遗传的SNP组。与个体SNP相比，单倍型对于疾病或其他表型效应可具有更强的相关性，且因此在一些情况下可使诊断精确度增加(Stephens等人，Science 293，489-493，20Jul.2001)。
致病性SNP是在基因表达或基因产物的表达、结构和/或功能中产生变化的那些SNP，且因此对于可能的临床表型最具预测性。一个所述的类型包括落入编码多肽产物的基因的区域内的SNP，即cSNP。这些SNP可导致多肽产物的氨基酸序列的变化(即非同义密码子改变)，以及引起有缺陷的或其他变异体蛋白的表达。此外，在无意义突变的情况下，SNP可致使多肽产物提前终止。致病性SNP不必然发生于编码区域中；例如致病性SNP可发生于任何能够最终影响由核酸编码的蛋白的表达、结构、和/或活性的遗传区域中。所述遗传区域包括例如转录中涉及的区域，例如转录因子结合区域中的SNP，启动子区域中的SNP，转录物加工过程涉及的区域(例如在内含子-外显子边界处可导致有缺陷的拼接的SNP)，或mRNA加工信号序列例如多腺苷酸化信号区域中的SNP。然而一些并非致病性的SNP与引起疾病的序列密切相关，并且因此与之分离。这种情况下，SNP与疾病的存在或遗传缺陷或疾病发展中的高风险有关。尽管这些SNP并非致病性，但对于诊断、疾病遗传缺陷监测以及其他用途仍然是有用的，所述其他用途例如但不限于如本发明所述的预测肝毒性。
对于SNP和具体病症或对于安全性事件的遗传缺陷的联合研究涉及确定生物样品中SNP等位基因的存在或频率(所述生物样品来自具有所述病症或对于感兴趣的安全性事件具有遗传缺陷的个体)，并将所述信息与对照比较(即个体不具有所述病症或不经历相同安全性事件)。
SNP可在患病的组织样品或任何从个体得到、与对照样品比较、并由于其特定的病理症状的增加(或减少)而选择的生物样品中监测（screen）。一旦在一种或多种SNP和感兴趣的病理症状(或其他表型)之间建立了统计学上的显著关联，那么可任选地对SNP周围的区域进行彻底的监测，以确定影响病理症状或表型的致病性遗传基因座/序列(例如致病性SNP/突变、基因、调控区域等)。
临床试验已显示，响应于药物治疗的患者通常是杂合的。有改进药物设计和治疗的持续需要。关于这一点，SNP可用于确定最适合用特定药物治疗的患者(这通常称为"药物基因组学")。类似地，SNP可用于排除患者的某些治疗，所述治疗是由于患者有毒副作用发展的可能性增加或不响应于治疗的可能性增加。药物基因组学还可用于药物研究，以辅助药物的开发和选择方法。(Linder等人(1997)，Clinical Chemistry，43，254；Marshall(1997)，Nature Biotechnology，15，1249；International Patent Application WO 97/40462，Spectra Biomedical；和Schafer等人(1998)，Nature Biotechnology，16，3)。
用于检测突变的若干技术，已基于杂交分析的原理研究出来。例如在引物延伸测定中，通过PCR或任何其他合适的扩增技术将跨越感兴趣的核苷酸的DNA区域扩增。扩增后，将引物杂交至靶核酸序列，其中引物3’末端的最后一个核苷酸立即将5'退火至待分析的靶序列上的核苷酸位点。所述退火的引物通过标记的单一核苷酸三磷酸而延长。然后检测结合的核苷酸。
包括基因或PCR产物或其片段或部分的任何核酸的序列，可为通过本领域已知的任何方法测序(例如化学测序或酶测序)。DNA的"化学测序"可表示例如Maxam和Gilbert的方法(1977)(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 74：560)，其中DNA可使用个体的碱基特异性反应随机裂解。DNA的"酶测序"可表示例如Sanger(Sanger等人，(1977)Proc.Natl.Acad.Sci.USA74：5463)的方法。
常规分子生物学、微生物学和重组DNA技术包括本领域技术人员公知的测序技术。所述技术在文献中有完整地阐述。例如参见：Sambrook，Fritsch&Maniatis，MolecularCloning：A Laboratory Manual，Second Edition(1989)Cold Spring Harbor LaboratoryPress，Cold Spring Harbor，N.Y.(本文中"Sambrook 等人，1989")；DNA Cloning：APractical Approach，Volumes I and II(D.N.Glover ed.1985)；OligonucleotideSynthesis(M.J.Gait ed.1984)；Nucleic Acid Hybridization(B.D.Hames&S.J.Higginseds.(1985))；Transcription And Translation(B.D.Hames&S.J.Higgins，eds.(1984))；Animal Cell Culture(R.I.Freshney，ed.(1986))；Immobilized Cells And Enzymes(IRLPress，(1986))；B.Perbal，A Practical Guide To Molecular Cloning(1984)；F.M.Ausubel等人(eds.)，Current Protocols in Molecular Biology，John Wiley&Sons，Inc.(1994)。
肽核酸(PNA)亲和性测定是传统杂交测定的衍生的(Nielsen等人，Science254：1497-1500(1991)；Egholm等人，J.Am.Chem.Soc.114：1895-1897(1992)；James等人，Protein Science 3：1347-1350(1994))。PNA是符合沃森-克里克碱基配对规则的结构DNA类似物，并用于标准DNA杂交测定。PNA在杂交测定中显示更大的特异性，这是因为PNA/DNA错配相比于DNA/DNA错配更不稳定，并且互补PNA/DNA链相比于互补DNA/DNA链形成更强的键。
已研发DNA微阵列以检测遗传变异和多态现象(Taton等人，Science 289：1757-60，2000；Lockhart等人，Nature 405：827-836(2000)；Gerhold等人，Trends inBiochemical Sciences 24：168-73(1999)；Wallace，R.W.，Molecular Medicine Today 3：384-89(1997)；Blanchard和Hood，Nature Biotechnology 149：1649(1996))。DNA微阵列通过高速机器人技术在玻璃或尼龙基底上制造，并且包含已知鉴定的DNA片段(″探针")。所述微阵列用于根据传统碱基配对规则将已知的和未知的DNA片段(″靶")配对。
蛋白截短试验(PTT)通常也用于检测遗传多态现象(Roest等人，Human MolecularGenetics 2：1719-1721，(1993)；Van Der Luit等人，Genomics 20：1-4(1994)；Hogervorst等人，Nature Genetics 10：208-212(1995))。通常在PTT中，将感兴趣的基因用PCR扩增、经体外转录/翻译、纯化，并用聚丙烯酰胺凝胶电泳分析。
本文所述的“遗传试验”(又称遗传监测)是指对取自受试者的生物样品进行试验以确定该受试者的基因型；并可用于确定受试者的基因型是否包括引起或增加对特定表型易感性的等位基因(或与引起或增加对该表型易感性的等位基因连锁不平衡的等位基因)。
“连锁不平衡”是指在不同基因组位置一起产生特异性等位基因的倾向通常高于随机发生的期望的倾向。若任何特定等位基因(或单倍型)的组合的频率是它们的个体人群频率的乘积，则给定基因座的等位基因处于完全平衡。连锁不平衡的通用量度是r：
其中，
nr2对于双等位标记具有近似的自由度为1的卡方分布。位点显示了使nr2大于3.84的r值，对应于0.05水平的显著卡方统计，并被认为处于连锁不平衡中(BS Weir1996Genetic Data Analysis II Sinauer Associates，Sunderland，MD)。
或者，连锁不平衡的标准量度可定义为：
D`值的范围为-1.0至1.0。当对于两标记的统计学显著的D`绝对值不少于0.3时，认为它们处于连锁不平衡。
本文所述的术语‘HLA基因型’是指包括HLA-DQA1、HLA-DQB1或HLA-DRB1中的一种HLA等位基因的基因型，该基因型包括HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。
本文所述的术语“单倍型”是指一组紧密连锁的HLA等位基因，这些等位基因存在于一条倾向于共同遗传的染色体上。HLA基因型的DRB1*0701、DQB1*0202、DQA1*0201组合称作DR7-DQ2单倍型。通过检测HLA等位基因的存在，或检测已知与HLA等位基因连锁不平衡的遗传标记，能够鉴定HLA基因型。基因型是指单一基因中确定位点的变异，例如1,1、1,2、2,2和DQA1、DQB1、DRB1是不同的基因和蛋白。例如DQA1*0201和DQB1*0202或DRB1*0701的组合是为单倍型。
本文所述的‘多位点’基因型(也作单倍型)的测定是指对个体中存在于多于一个位点上的等位基因进行检测。受试者可经遗传学监测，以确定HLA等位基因(例如HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202或HLA-DRB1*0701等位基因)和另一等位基因(例如不同的HLA等位基因或非HLA等位基因)存在与否。
本文所述的等位基因或多态现象的检测方法包括但不限于血清学和遗传方法。所检测的等位基因或多态现象在功能上可参加个体表型的影响，或其可为与功能性多态现象/等位基因连锁不平衡的等位基因或多态现象。多态现象/等位基因可从受试者基因组DNA得以证实，但其还可由从该区域转录或翻译的RNA、cDNA或蛋白序列检测，这对于本领域技术人员是显而易见的。
已发现，对于激酶抑制剂例如拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物，相比于不经历肝毒性的所治疗受试者人群或者一般人群，与肝毒性‘有关’的等位基因、多态现象或遗传标记在经历肝毒性的所治疗受试者人群中出现的频率较高。
因此，本发明提供治疗人癌症的方法，其包括将至少一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于所述人，其中所述人没有或经诊断没有一种或多种选自以下的等位基因多态现象：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。在一些实例中，所述人没有至少两种选自以下的多态现象：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。在一些实例中，所述人也没有存在于基因TNXB中的选自rs12153855和rs17207923的多态现象。在一些实例中，所述人还没有多态现象HLA-B*4403。在一些实例中，所述人也没有吉尔伯特综合征变异体UGT1A1*28。
本发明提供使用HLA标记的若干治疗方法。例如，具有某些HLA标记的人可排除使用拉帕替尼治疗。治疗开始前，可测试和记录患者的HLA等位基因状况。若患者随后经历了ALT升高和/或肝毒性，则该患者可用拉帕替尼开始治疗，遗传信息可用于指导患者的处理。例如但不限于若患者ALT>3x并发现了特异的HLA等位基因，那么可中断治疗。然而，若ALT>3x并且不存在HLA遗传多态现象，那么可继续治疗。在一些情况下，可用更高的ALT阈值(例如>4x、>5x、或更高)。作为本发明一部分的HLA等位基因，用于指导临床医师提供治疗。因此，即使相关于拉帕替尼易感于肝毒性的患者，也可在肝信号的监测下用拉帕替尼开始治疗。若肝信号增加，那么患者的拉帕替尼治疗剂量可降低、中止或暂停。
本文所述的术语“治疗”包括将药物给药于人受试者以改善、治愈或预防疾病，以及向给予此药的人提供所述药物。术语“治疗”还包括评价人的肝毒性或患肝毒性的风险，或评价HLA基因型或表型(例如本发明的生物标记)，以及给药一种包含根据本发明方法的药物的组合物，并且还包括提供一种服务(例如中心实验室试验)以执行所述评价步骤，或向执行所述步骤的人提供一种对所述步骤的执行有用的试剂(例如核苷酸、多肽、引物、探针、抗体)或药盒。因此，术语“治疗”还包括提供对于决定给药或给药方式有用的信息，例如关于执行所述评价步骤的信息或从所述执行中得到的信息，其包括例如符合本发明的方法的关于拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物信息。术语“治疗”还包括按其标签所述的方法或对其任意修改的方法给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物。
在本发明的另一实施方案中，作为单一治疗将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于所述人。在另一实施方案中，拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物与至少一种其他抗癌剂共同给药。至少一种其他抗癌剂可选自但不限于一种或多种以下药物：曲妥单抗、卡培他滨、紫杉醇、卡铂、帕唑帕尼和来曲唑。
本文所述的术语“共同给药”(及其语法上的变化)是指将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物以及其他活性成分(包括但不限于化学治疗和放射治疗)同时给药或以任何方式分别相继给药。本文所述的术语“其他活性成分”，包括已知的任何化合物或治疗剂，或对需要治疗的患者给药时显示出有利性质的化合物或治疗剂。此外，所述化合物是否以相同剂型给药并不重要，例如一种化合物可经注射给药，而另一化合物可经口服给药。所述化合物的共同给药可为同时或在大约相同的时间(例如在同一小时内)，或彼此可在数小时或数天之内给药。例如第一种化合物可每周给药一次，而第二种化合物每天共同给药。另外，所述其他活性成分可针对任何病症、疾病或障碍给药，其包括但不限于癌症和/或治疗癌症和/或癌症表现之中的副作用。
本文所述的“抗癌剂”包括但不限于任何包括但不限于以下的药物：具有对抗易感肿瘤的活性的化学治疗剂。所述药物的实例可参见：V.T.Devita和S.Hellman(editors)，Cancer Principles and Practice of Oncology，6th edition(February 15，2001)，Lippincott Williams & Wilkins Publishers。本领域技术人员能够根据药物与所涉及癌症的具体特征鉴别有用的药物组合。本发明有用的抗癌剂包括但不限于：抗微管剂，例如二萜类化合物和长春花生物碱；铂配位络合物；烷化剂，例如氮芥，氧氮磷杂环己烷，烷基磺酸盐，亚硝基脲，和三氮烯；抗生素药物，例如蒽环类抗生素，放线菌素和博来霉素；拓扑异构酶II抑制剂，例如表鬼臼毒素；抗代谢剂，例如嘌呤和嘧啶类似物和抗叶酸化合物；拓扑异构酶I抑制剂，例如喜树碱；激素和激素类似物；信号转导途径抑制剂；非受体酪氨酸激酶血管发生抑制剂；免疫治疗剂；促凋亡剂；和细胞周期信号抑制剂。此外，如本领域中所理解的，市场上可得的商品药物以及该药物的给药方法阐述于包装说明书中。
抗微管剂或抗有丝分裂剂在细胞周期的M期或分裂期对肿瘤细胞的微管具有时相特异性(phase specific)药物活性。抗微管剂的实例包括但不限于二萜类化合物和长春花生物碱。来自天然来源的二萜类化合物是作用于细胞周期的G2/M期的时相特异性抗癌剂。二萜类化合物的实例包括但不限于紫杉醇及其类似物多西紫杉醇。
紫杉醇(5β,20-环氧-1,2α,4,7β,10β,13α-六羟基紫杉-11-烯-9-酮-4,10-二乙酸酯-2-苯甲酸酯-13-(2R,3S)-N-苯甲酰基-3-苯基异丝氨酸)是一种天然二萜产物，从太平洋紫杉(短叶红豆杉)分离得到，且其市售商品为一种可注射溶液其为萜类紫杉烷家族的成员。多西紫杉醇(5β,20-环氧-1,2α,4,7β,10β,13α-六羟基紫杉-11-烯-9-酮-4-乙酸酯-2-苯甲酸酯-13-[(2R,3S)-N-叔丁氧基羰基-3-苯基异丝氨酸三水合物)为市售商品可注射溶液。
长春花生物碱是源自长春花属植物的时相特异性抗肿瘤药。长春花生物碱的实例包括但不限于长春碱、长春新碱和长春瑞滨。长春碱(长春碱硫酸盐)为市售商品其为可注射溶液。长春新碱(22-氧代长春碱硫酸盐)为市售商品其为可注射溶液。长春瑞滨(3’,4’-二去氢-4’-去氧-C’-去甲长春碱[R-(R*,R*)-2,3-二羟基丁二酸(1:2)(盐)])为市售商品酒石酸长春瑞滨的可注射溶液其为半合成长春花生物碱。
铂配位络合物是与DNA相互作用的非时相特异性抗癌剂。铂配位络合物的实例包括但不限于顺铂和卡铂。顺铂(顺式二氯二氨合铂)为市售商品其为可注射溶液。卡铂([1,1-环丁烷二羧酸(2-)-O,O’]二氨铂)为市售商品其为可注射溶液。
烷化剂是非时相特异性抗癌剂和强亲电试剂。通常，烷化剂通过烷化作用与DNA分子的亲核部分(例如磷酸基、氨基、巯基、羟基、羧基和咪唑基)形成共价键而连接至DNA。所述烷化作用破坏了核酸的功能，导致细胞死亡。烷化剂的实例包括但不限于：氮芥，例如环磷酰胺、美法仑和苯丁酸氮芥；烷基磺酸盐类，例如白消安；亚硝基脲，例如卡莫司汀；和三氮烯，例如达卡巴嗪。
环磷酰胺(2-[双(2-氯乙基)氨基]四氢-2H-1,3,2-氧氮磷环己烷-2-氧化物一水合物)为市售商品的可注射溶液或片剂。美法仑(4-[双(2-氯乙基)氨基]-L-苯基丙氨酸)为市售商品的可注射溶液或片剂。苯丁酸氮芥(4-[双(2-氯乙基)氨基]苯丁酸)为市售商品片剂。白消安(1,4-丁二醇二甲烷磺酸酯)为市售商品片剂。卡莫司汀(1,3-[双(2-氯乙基)-1-亚硝基脲])为市售商品的单一冻干药瓶。达卡巴嗪(5-(3,3-二甲基-1-三氮烯基)-咪唑-4-甲酰胺)为市售商品的单一药瓶。
抗生素抗癌剂是非时相特异性药物，其与DNA结合或嵌入DNA中。抗生素抗癌剂的实例包括但不限于：放线菌素，例如更生霉素；蒽环类抗生素，例如柔红霉素和多柔比星；和博来霉素。更生霉素，也作放线菌素D，为市售商品可注射形式柔红霉素，(8S-顺-)-8-乙酰基-10-[(3-氨基-2,3,6-三去氧-α-L-来苏-己吡喃糖基)氧基]-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-1-甲氧基-5,12-萘并萘二酮盐酸盐为市售商品可注射脂质体形式或可注射形式多柔比星((8S,10S)-10-[(3-氨基-2,3,6-三去氧-α-L-来苏-己吡喃糖基)氧基]-8-乙醇酰基-7,8,9,10-四氢-6,8,11-三羟基-1-甲氧基-5,12-萘并萘二酮盐酸盐为市售商品可注射形式或ADRIAMYCIN博来霉素(一种从轮丝链霉菌菌株分离的细胞毒糖肽抗生素混合物)为市售商品
拓扑异构酶II抑制剂包括但不限于表鬼臼毒素。表鬼臼毒素的实例包括但不限于依托泊苷和替尼泊苷。依托泊苷(4’-去甲基-表鬼臼毒素-9-[4,6-0-(R)-亚乙基-β-D-吡喃葡萄糖苷])为市售商品的可注射溶液或胶囊，并且其通常称为VP-16。替尼泊苷（4’-去甲基-表鬼臼毒素-9-[4,6-0-(R)-噻吩亚甲基-β-D-吡喃葡萄糖苷])为市售商品可注射溶液并且其通常称为VM-26。
抗代谢类抗肿瘤药物为时相特异性抗癌剂，其作用于细胞周期的S期(DNA合成期)，通过抑制DNA的合成或抑制嘌呤或嘧啶碱基的合成，因而限制DNA的合成。因此，S期不能继续下去，之后细胞死亡。抗代谢类抗肿瘤药物的实例包括但不限于氟尿嘧啶、甲氨喋呤、阿糖胞苷、巯嘌呤、硫鸟嘌呤和吉西他滨。5-氟尿嘧啶(5-氟-2,4-(1H,3H)嘧啶二酮)为市售商品氟尿嘧啶。阿糖胞苷(4-氨基-1-β-D-阿拉伯呋喃糖基-2-(1H)-嘧啶酮)为市售商品并且其通常称为Ara-C。巯嘌呤(1,7-二氢-6H-嘌呤-6-硫酮一水合物)为市售商品硫鸟嘌呤(2-氨基-1,7-二氢-6H-嘌呤-6-硫酮)为市售商品其他嘌呤类似物包括喷司他丁、赤藓羟基壬基腺嘌呤、磷酸氟达拉滨和克拉屈滨。吉西他滨(2’-去氧-2’,2’-二氟胞苷单盐酸盐(β-异构体))为市售商品甲氨蝶呤(N-[4[[(2,4-二氨基-6-蝶啶基)甲基]甲基氨基]苯甲酰基]-L-谷氨酸)为市售商品甲氨蝶呤钠。
卡培他滨([1-(3,4-二羟基-5-甲基-四氢呋喃-2-基)-5-氟-2-氧代-1H-嘧啶-4-基]氨基甲酸戊酯)是一种口服给药的化学治疗剂，用于治疗转移性乳腺癌和结肠直肠癌，且其市售商品为卡培他滨是一种前药，其在肿瘤中经酶催作用转化为5-氟尿嘧啶，在肿瘤中其抑制DNA合成并减缓肿瘤组织的生长。
喜树碱类，包括喜树碱和喜树碱衍生物，可用作拓扑异构酶I抑制剂，或作为拓扑异构酶I抑制剂正在进行开发。盐酸依立替康((4S)-4,11-二乙基-4-羟基-9-[(4-哌啶基哌啶基)羰基氧基]-1H-吡喃并[3’,4’,6,7]吲嗪并[1,2-b]喹啉-3,14(4H,12H)-二酮盐酸盐)为市售商品可注射溶液。盐酸拓扑替康((S)-10-[(二甲基氨基)甲基]-4-乙基-4,9-二羟基-1H-吡喃并[3’,4’,6,7]吲嗪并[1,2-b]喹啉-3,14-(4H,12H)-二酮单盐酸盐)为市售商品可注射溶液。
其他抗癌剂包括信号转导途径抑制剂，这些抑制剂阻断或抑制引发细胞内变化的化学过程。本文所述的这种变化是细胞增殖或分化。信号转导抑制剂包括受体酪氨酸激酶抑制剂、非受体酪氨酸激酶抑制剂、SH2/SH3区域阻滞剂、丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂、磷脂酰肌醇-3激酶抑制剂、肌醇信号和Ras致癌基因抑制剂。
几种蛋白酪氨酸激酶催化在参与细胞生长调节的多种蛋白质中特定酪氨酰残基的磷酸化。所述蛋白酪氨酸激酶广义上可分为受体激酶或非受体激酶。
受体酪氨酸激酶是具有细胞外配体结合区域、跨膜区域和酪氨酸激酶区域的跨膜蛋白。受体酪氨酸激酶参与细胞生长的调节，并且通常称为生长因子受体。许多这些激酶例如通过过度表达或突变的不适当的活化或不受控制的活化(即异常的激酶生长因子受体活性)已显示导致不受控制的细胞生长。因此，所述激酶的异常活性与恶性组织生长有关。因此，所述激酶的抑制剂可提供癌症治疗方法。生长因子受体包括例如表皮生长因子受体(EGFr)、来自血小板的生长因子受体(PDGFr)、erbB2、erbB4、血管内皮生长因子受体(VEGFr)、免疫球蛋白样酪氨酸激酶和表皮生长因子同源区域(TIE-2)、胰岛素生长因子-I(IGFI)受体、巨噬细胞集落刺激因子(cfms)、BTK、ckit、cmet、成纤维细胞生长因子(FGF)受体、Trk受体(TrkA、TrkB、and TrkC)、肝配蛋白(eph)受体、和RET原癌基因。生长受体的几种抑制剂正在开发中，包括配体拮抗剂、抗体、酪氨酸激酶抑制剂和反义寡核苷酸。抑制生长因子受体功能的生长因子受体和药物公开于例如以下文献中：Kath，John C.，Exp.Opin.Ther.Patents(2000)10(6)：803-818；Shawver等人DDT Vol 2，No.2February1997；和Lofts F.J.等人，“Growth factor receptors as targets”，New MolecularTargets for Cancer Chemotherapy，ed.Workman，Paul和Kerr，David，CRC press 1994，London。
不属于生长因子受体激酶的酪氨酸激酶称之为非受体酪氨酸激酶。用于本发明中的作为抗癌药物的靶点或潜在靶点的非受体酪氨酸激酶包括cSrc、Lck、Fyn、Yes、Jak、cAbl、FAK(黏着斑激酶)、Brutons酪氨酸激酶和Bcr-Abl。抑制非受体酪氨酸激酶功能的非受体激酶和药物公开于以下文献中：Sinh，S.and Corey，S.J.，(1999)Journal ofHematotherapy and Stem Cell研究8(5)：465–80；和Bolen，J.B.，Brugge，J.S.，(1997)Annual review ofImmunology.15：371-404。
SH2/SH3区域阻滞剂是破坏SH2或SH3区域与多种酶或衔接蛋白结合的药物，所述酶或衔接蛋白包括PI3-K p85亚单位、Src家族激酶、衔接分子(Shc、Crk、Nck、Grb2)和Ras-GAP。作为抗癌药物靶点的SH2/SH3区域在以下文献中有所讨论：Smithgall，T.E.(1995)，Journal of Pharmacological and Toxicological Methods.34(3)125-32。
丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂包括MAP激酶级联阻滞剂，其包括Raf激酶s(rafk)阻滞剂、分裂素或胞外信号调节激酶(MEK)阻滞剂和胞外信号调节激酶(ERKs)阻滞剂；以及蛋白激酶C家族成员阻滞剂，包括PKC阻滞剂(PKC-α、β、γ、ε、μ、λ、ι、ζ阻滞剂)。IkB激酶家族(IKKa，IKKb)，PKB家族激酶，akt激酶家族成员，和TGF-β受体激酶。所述丝氨酸/苏氨酸激酶及其抑制剂公开于以下文献中：Yamamoto，T.，Taya，S.，Kaibuchi，K.，(1999)，Journal ofBiochemistry.126(5)799-803；Brodt，P，Samani，A.和Navab，R.(2000)，BiochemicalPharmacology，60.1101-1107；Massague，J.，Weis-Garcia，F.(1996)Cancer Surveys.27：41-64；Philip，P.A.和Harris，A.L.(1995)，Cancer Treatment and Research,78：3-27，Lackey，K.等人，Bioorganicand Medicinal Chemistry Letters，(10)，2000，223-226；U.S.Patent No.6,268,391；和Martinez-Iacaci，L.等人，Int.J.Cancer(2000)，88(1)，44-52。
市场上可得到的蛋白激酶抑制剂包括但不限于贝伐单抗、西妥昔单抗、伊马替尼、曲妥单抗、吉非替尼、兰尼单抗、哌加他尼、索拉非尼、达沙替尼、舒尼替尼、厄洛替尼、尼洛替尼、拉帕替尼、帕唑帕尼和帕尼单抗。贝伐单抗是一种人化的单克隆抗体，其识别并阻滞血管内皮生长因子A(VEGF-A)，且其为市售商品AVASTIN。西妥昔单抗是一种小鼠/人嵌合抗体，其识别表皮生长因子受体(EGF)，且其为市售商品伊马替尼(4-[(4-甲基哌嗪-1-基)甲基]-N-[4-甲基-3-[(4-吡啶-3-基嘧啶-2-基)氨基]苯基]苯甲酰胺)为市售商品或曲妥单抗是一种人化的小鼠单克隆抗体，其干扰HER2/neu受体(也称为Erb2)，且其为市售商品吉非替尼(N-(3-氯-4-氟-苯基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉-4-基丙氧基)喹唑啉-4-胺)是一种EGFR抑制剂，其为市售商品IRESSA。兰尼单抗是一种来自与贝伐单抗相同的母体鼠抗体的单克隆抗体片段(Fab)，且其为市售商品索拉非尼(4-[4-[[4-氯-3-(三氟甲基)苯基]氨基甲酰基氨基]苯氧基]-N-甲基-吡啶-2-甲酰胺)是一种市售商品达沙替尼(N-(2-氯-6-甲基苯基)-2-[[6-[4-(2-羟基乙基)-1-哌嗪基]-2-甲基-4-嘧啶基]氨基]-5-噻唑羧胺一水合物)为市售商品厄洛替尼(N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)喹唑啉-4-胺)为市售商品尼洛替尼(4-甲基-N-[3-(4-甲基-1H-咪唑-1-基)-5-(三氟甲基)苯基]-3-[(4-吡啶-3-基嘧啶-2-基)氨基]苯甲酰胺)是一种BCR-ABL抑制剂，其为市售商品帕唑帕尼(5-[[4-[(2,3-二甲基-2H-吲唑-6-基)甲基氨基]-2-嘧啶基]氨基]-2-甲基苯磺酰胺)是一种VEGFR抑制剂，其为市售商品帕尼单抗是一种完全人单克隆抗体，其特异于表皮生长因子受体(也称为人EGF受体、EGFR、ErbB-1和HER1)，其为市售商品
激素和激素类似物是对于其中激素与肿瘤生长和/或不生长之间有关的癌症治疗有用的化合物。用于癌症治疗的激素和激素类似物的实例包括但不限于：肾上腺皮质类固醇类，例如泼尼松和泼尼松龙，其有用于治疗恶性淋巴瘤和儿童急性白血病；氨鲁米特和其他芳香酶抑制剂，例如阿那曲唑、来曲唑、vorazole和依西美坦，其有用于治疗肾上腺皮质癌和激素依赖的包括雌激素受体的乳腺癌；孕酮（progeserins），例如乙酸甲地孕酮，其用于治疗激素依赖的乳腺癌和子宫内膜癌；雌激素、雄激素和抗雄激素，例如氟他米特，尼鲁米特，比卡鲁胺，醋酸环丙孕酮；和5α-还原酶例如非那雄胺和度他雄胺，其有用于治疗前列腺癌和良性前列腺肥大；抗雌激素，例如他莫昔芬、托瑞米芬、雷洛昔芬、屈洛昔芬、艾多昔芬，以及美国专利No.5,681,835、5,877,219和6,207,716中公开的选择性雌激素受体调节剂(SERMS)，这些物质用于治疗激素依赖的乳腺癌和其他易感性癌症；和促性腺激素释放激素(GnRH)及其类似物，其刺激促黄体生成激素(LH)和/或促卵泡激素(FSH)的释放，用于治疗前列腺癌，这类物质例如LHRH激动剂和拮抗剂，例如醋酸性瑞林和醋酸亮丙瑞林。来曲唑(4-[(4-氰基苯基)-(1,2,4-三唑-1-基)甲基]苄腈)是一种口服非甾体芳香酶抑制剂，用于在手术后治疗激素反应性乳腺癌，其为市售商品
在另一实施方案中，当给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物时，所述不具有选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701的多态现象的人与具有至少一种上述多态现象的人相比，显示肝毒性在统计学上显著地减少。在另一方案中，在给药至少一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物之后，所述不具有这些多态现象的人的ALT和/或TBL未显示显著的升高。在一些实例中，人受试者对于DQ2.2可为血清阳性，所述DQ2.2可作为HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202多态现象的指征。
在本发明的另一实施方案中，提供一种监测（screening）人受试者以辅助预测对于给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的肝毒性的方法，该方法包括确定受试者是否具有与拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物使肝毒性风险相比于一般人群中的期望风险有所增加的现象有关的HLA基因型，其中所述HLA基因型的存在表示拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物使所述受试者的肝毒性风险增加。在一些实例中该方法包括当拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物不使所述受试者的肝毒性风险增加时，使用拉帕替尼的治疗方案治疗所述受试者。在一些实例中，所述HLA基因型选自：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。一些方法还包括将HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202、HLA-DRB1*0701，和/或HLA-B*4403等位基因的检测与由于拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物使肝毒性风险的增加相关联。一些方法还包括检测人受试者在TNXB中是否具有基因型rs12153855和/或rs17207923，以及将所述基因型与肝毒性由于拉帕替尼而增加的风险相关联。在一些实例中，所述人受试者可同时具有HLA-DQA1*0201和HLA-DQB1*0202两种多态现象和/或可为DQ2.2血清阳性。当DQA1/DQB1和DRA/DRB1的组合产生分离的抗原结合位点时，HLAII类肽形成异源二聚体蛋白(Jones EY等人，Nature Reviews：Immunology 2006；6；271-282)。HLA-DRA在功能上是单态性的，且通过特定的等位组合的评价没有得到其他的标记鉴别。相反，DQA1*0201和DQB1*0202两者都是多态性的。DQA1*0201典型地形成顺式单倍型同种型DQB1*0202(DQ2.2)或DQB1*0303(DQ9.2)，而DQ2.2反式同种型可由携带DQ9.2和DQ2.5(DQB1*0201/DQA1*0501)的个体产生(Fallang等人，Nature Immunology 2009；10；1096-1102)。因此发明人在确证研究中研究了在ALT的升高中对DQ2.2血清型有贡献的等位基因，所述DQ2.2血清型包括作为α肽的DQA1*0201以及作为顺式或反式β肽的DQB1*0201、*0202和*0204(指定为DQB1*0201g)(Jones EY等人，Nature Reviews：Immunology 2006；6；271-282)。
在另一实施方案中，提供了用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗需要治疗的人受试者的方法，该方法包括：
确定所述人在6号染色体的HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRB1和/或HLA-B区域的基因型；和
若HLA基因中未检测到多态性等位基因，则将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于所述人。
在一些实例中所述HLA基因是一种II类HLA基因。所述多态性等位基因选自：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701，且所述人任选地具有至少一种其他的多态性等位基因。在一些实例中，所述人在TNXB中还具有至少一种选自rs12153855和rs17207923的多态性基因型。
还提供了对人受试者开拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的处方的方法，所述人受试者经诊断具有适于用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗的疾病，该方法包括：
确定所述人受试者是否具有与肝毒性风险相比于一般人群中的风险增加相关的HLA基因型，和
当所述人受试者经检测不具有与肝毒性风险的增加相关的基因型，对所述受试者开拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的处方治疗。
与肝毒性风险的增加相关的HLA基因型选自以下：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。另外，所述人可具有基因型HLA-B*4403。
用于基因分型或确定HLA基因型的方法包括但不限于检测等位DNA序列存在的方法。
还提供了给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物以降低肝毒性的发生率的方法，该方法包括：
从具有适于用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗的病症的人受试者的起始人群中，选择与起始人群相比具有HLA中的多态性等位基因的人受试者百分比下降的治疗人群；和
将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于所述治疗人群；
由此，所述治疗人群中肝毒性的发生率相比于起始人群中肝毒性的发生率的期望值有所下降。
还提供了鉴定人受试者对拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的治疗方案发生超敏反应的风险增加的方法，该方法包括：
对从所述人受试者得到的生物样品进行基因分型技术，以确定所述受试者的HLA基因型是否包括选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202或HLA-DRB1*0701的等位基因；
检测HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701等位基因；和
将HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701等位基因的检测，与拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的治疗方案使经历肝毒性的风险相比于未检测到HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701等位基因的风险的增加进行关联。
由于拉帕替尼使肝毒性风险的增加还可进一步鉴定受试者，所述鉴定是通过对所述受试者进行HLA-B*4403和/或TXNB中的多态现象的基因分型，和将该基因型与肝毒性风险的增加相关联。
用于测试一种或多种多态现象的生物样品可选自：蛋白、核苷酸、细胞囊泡(cellular blebs)或细胞成分、血清、细胞、血液、血液成分、尿和唾液。多态现象的测验，可通过本领域已知的和/或本文所述的若干方法来进行。
另一实施方案提供用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗人受试者的方法，所述人受试者具有或经诊断具有Her2过表达乳腺癌和/或HER2扩增，并接受过包括蒽环类抗生素、紫杉烷和曲妥单抗中一种或多种的先前治疗，并且所述人受试者不具有或经诊断不具有一种或多种选自以下的等位基因多态现象：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。
另一实施方案提供一种方法，其包括对用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗的人受试者进行HLA基因分型的步骤，所述人受试者具有肝安全信号；和任选地在安全性监测下继续用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗所述受试者的步骤，所述受试者不具有或经诊断不具有一种或多种选自以下的等位基因多态现象：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。在本发明的另一实施方案中，“多态性等位基因”包括：一个基因内的一个或多个等位基因、所述基因之中对于等位基因的替代性等位基因(surrogate allele)或标记，在人6号染色体上的所述基因中或MHC区域中在约6个巨碱基对的范围之内的等位基因或标记，和与所述基因中的等位基因或标记连锁不平衡的等位基因或标记，其中所述基因可为HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRB1、HLA-B和UGT1A1中的一种或多种。
本发明的方法可用于经诊断具有或罹患任何癌症的人受试者，所述癌症包括但不限于易感于EGFR抑制剂、erbB-2抑制剂或Akt抑制剂的癌症，以及头颈癌、乳腺癌、肺癌、结肠癌、卵巢癌和前列腺癌的原发性和转移性形式。该方法还可为用于用拉帕替尼治疗的任何人受试者。
本发明还提供治疗人癌症的方法，包括将至少一剂量的拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于所述人；在所述人中监测ALT和/或总胆红素(TBL)的水平；若所述人出现了ALT升高至高于3.0xULN和/或总胆红素升高至高于1.5XULN至大约或高于2XULN，则对所述人的选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701的一种或多种等位基因多态现象进行基因分型。若所述人不具有选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701的一种或多种等位基因多态现象，该方法还包括将至少第二剂量的拉帕替尼给药于所述人。可使用本领域公知的技术从样品(包括血液、血清和血浆样品)中测定ALT和/或TBL等肝信号。在一些实例中，所述人罹患乳腺癌。在不具有HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701中的至少一种多态现象但显示了肝信号升高的人中，可继续监测肝信号(例如ALT和TBL)同时维持所述人受试者的用药。若这些或其他肝信号保持高于3.0XULN，那么可中断或终止拉帕替尼的治疗，直至肝信号恢复正常范围。可重新开始拉帕替尼的治疗。
本发明还提供将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于人的方法，所述方法包括：
(a)给药至少第一剂量的拉帕替尼，
(b)在所述人中监测至少一种肝信号，
(c)在接受至少一剂量拉帕替尼之后若所述肝信号升高，则对所述人的选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701的一种或多种等位基因多态现象进行基因分型；和
(d)若所述人不具有步骤(c)中所述的任何多态现象，则将至少第二剂量的拉帕替尼给药于所述人。
在某些方面中，所述肝信号选自ALT和TBL。在其他方面中，所述人罹患乳腺癌。给药至少一剂量拉帕替尼之后，ALT可升高至高于3.0XULN，和/或TBL可在所述人中升高至高于1.5XULN或高于2.0ULN。直到将多于一剂量拉帕替尼给药于所述人之前，这些肝信号可能不会升高。可进行肝信号的周期性监测，在肝信号升高至高于该肝信号的正常范围之后可进行基因分型。在仅仅给药一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物之后，肝信号例如ALT可能不会升高至3.0XULN，但在给药两剂量或更多剂量拉帕替尼之后其可能会升高。如本领域中所理解，在仅仅一剂量的治疗之后，不管HLA多态现象如何，在接受治疗的人中肝信号都可能不会开始升高。在一些实例中，肝信号升高可以是逐渐的，并且在治疗开始之后一周内、一个月内或多至100天内都有可能不发生。因此，肝信号例如ALT可间断地监测，且只有达到特定的肝信号水平后才进行基因分型。
拉帕替尼可升高血清总胆红素(TBL)的水平。因此在患者中进行了拉帕替尼引起的TBL升高后的药物遗传学研究，所述患者参加了AMBC临床试验并接受了拉帕替尼用作单一治疗或与多种化学治疗组合(见上文)。研究表示，UGT1A1(UGT1A1*28/*28)其参照潜在遗传易感于吉尔伯特综合征)的(TA)7/(TA)7基因型能在药物治疗之中增加血清总胆红素(TBL)水平。在该分析中，相对于(TA)6/(TA)6和(TA)6/(TA)7基因型，所述(TA)7/(TA)7基因型与拉帕替尼引起的高胆红素血症的风险在统计学上显著增加有关。另外，导致高胆红素血症的UGT1A1(TA)7/(TA)7基因型的流行率因人种/种族而异。因此，在本发明的一个方面中，提供将拉帕替尼给药于人的方法，其中所述人没有UGT1A1的(TA)7/(TA)7基因型。另外，对于在给药至少一剂量拉帕替尼之后显示总胆红素水平增加的人，可通过血液试验检测分级的胆红素。分级的胆红素的检测手段是本领域公知的。在ALT升高至高于3xULN并且具有至少一种选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701的基因型的受试者中，可进一步对所述受试者检测分级的胆红素。
本发明者在个体的HLA基因型(特别是II类)和拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的给药之后经历肝毒性的风险之间建立了联系。因此，本发明提供评价个体肝毒性的相对危险性的方法，其涉及个体HLA基因的基因分型，以确定该个体的基因型是否有使肝毒性处于增加的风险中。具有事先确定与肝毒性的发生率升高相关的HLA基因型的个体(相比于其他基因型受试者中肝毒性的发生率升高)，处于肝毒性增加的风险当中。
本监测方法包括对受试者的HLA基因，特别是HLA II类基因进行基因分型，包括检测HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202、HLA-DRB1*0701和/或HLA-B*4403存在与否。
由本公开可见，本领域技术人员显而易见的是如何确定与肝毒性风险增加有关的其他基因型。HLA基因的多种等位形式是已知的，且HLA基因分型的方法也是本领域已知的。由于在人HLA基因中检测到了其他的多态现象，所述多态现象的分型可基于已知方法。因此，本领域技术人员可对已接受拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的受试者人群进行分型，并将HLA基因型与肝毒性的发生相关联。在另一方法中，当配对对照(非肝毒性)人群中已知HLA等位基因流行率时，本领域技术人员可以只对经历过肝毒性的受试者进行基因分型，确定所述等位基因是否过多出现于肝毒性人群中进而表示其与肝毒性相关。对于本领域技术人员显而易见的是，HLA等位基因的检测，可通过对已知与靶HLA等位基因/多态现象连锁不平衡的遗传标记进行分型而实现。所述标记优选基本连锁不平衡，更优选完全连锁不平衡。
对于本领域技术人员显而易见的是，由于存在多个HLA基因型，所述多基因型中肝毒性的相对危险性可能不同。例如在一种其中存在多于两种基因型的多位点监测方法中，可确定一种基因型的相对危险性最高，另一种基因型的相对危险性最低，其他基因型居于其间。‘增加的风险’可以是相比于未通过基因型分类的人群(一般人群)，或者当进一步定义时，“增加的风险”是相比于另一确定基因型的风险期望值。
因此，特定预先确定的基因型(其与肝毒性风险增加有关)的存在表示，与具有一种或多种其他基因型的受试者相比，该个体显示相关表型(肝毒性)的可能性增加。所述基因型很少能够完全地预测，即当具有某些基因型的人群显示相关表型具有高发生率时，并非所有具有该基因型的个体将会显示所述表型。同样，具有不同基因型的一些个体可显示相同的表型。然而，对于本领域技术人员显而易见的是，如本文所述地对受试者进行基因分型，将辅助预测受试者用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物治疗引起肝毒性的风险，并且帮助治疗决策。本方法还可包括在受试者肝毒性的监测结果被认为可接受之后，将拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物给药于受试者；最终治疗决策将基于遗传试验之外的因素(如本领域技术人员显而易见的)，包括所述受试者的总体健康状况和期望的治疗结果。
多态性等位基因可通过确定DNA多聚核苷酸序列而检测，或通过检测从所述多态性基因转录的RNA转录物的相应序列而检测，或者当核酸多态现象导致编码蛋白变化时通过检测编码蛋白中所述氨基酸序列的变化而检测；使用本领域已知的任何合适的技术。用于分型的多聚核苷酸是典型地基因组DNA，或源自基因组多聚核苷酸序列的多聚核苷酸片段，所述基因组多聚核苷酸序列例如参见由个体基因组物质组成的文库(例如cDNA文库)。所述多态现象的可用包括以下的方法检测：将从个体得到的多聚核苷酸或蛋白样品与该多态现象的特定的结合剂接触，并确定该结合剂是否结合了所述多聚核苷酸或蛋白，此处结合表示存在该多态现象。所述结合剂还可在所述多态现象的一侧或两侧结合至侧翼核苷酸和氨基酸，例如总共或每侧至少2个、5个、10个、15个或更多侧翼核苷酸或氨基酸。当在多聚核苷酸中确定所述多态现象的存在的情况下，其可以以双链的形式检测，但通常以单链的形式检测。
所述结合剂可为多聚核苷酸(单链或双链)，通常长度为至少10个核苷酸，例如至少15个、20个、30个、或更多核苷酸。用于该方法的多聚核苷酸试剂通常以序列特异的方式(例如通过沃森-克里克碱基配对杂交)结合至感兴趣的多态现象和所述侧翼序列，且因此典型地具有与所述多态现象和侧翼区域的序列完全或部分地互补的序列。所述结合剂可为结构上类似于多聚核苷酸的分子，其包括能够参与沃森-克里克碱基配对的单元(例如嘌呤或嘧啶类似物、肽核酸或RNA衍生物，例如锁核酸(LNA))。所述结合剂可为一种蛋白，其长度通常为至少10个氨基酸，例如至少20个、30个、50个或100个或更多氨基酸。所述结合剂可为一种抗体(包括所述抗体的能够与所述多态现象结合的片段)。
在本方法的一个实施方案中，将结合剂用作探针。所述探针可标记或可被间接标记。对标记的检测可用于检测个体的多聚核苷酸或蛋白上(所结合的)探针的存在。所述探针与多聚核苷酸或蛋白的结合，既可用于固定探针也可用于固定多聚核苷酸或蛋白(且因此将其从组合物或溶液中分离)。
在本发明的另一实施方案中，所述个体的多聚核苷酸或蛋白固定于固体载体上，然后与所述探针连接。然后检测固定于固体载体上的探针(通过其与所述多态现象的结合固定)的存在，既可通过检测所述探针上的标记而直接检测，也可间接地通过将所述探针与结合所述探针的部分接触而检测。在检测多聚核苷酸多态现象的情况下，所述固体载体通常由硝基纤维素或尼龙制成。在蛋白多态现象的情况下，该方法可基于ELISA系统。
本方法可基于寡核苷酸连接分析法，其中使用两个寡核苷酸探针。这些探针连接至具有该多态现象的所述多聚核苷酸的相邻区域，这允许(结合后)这两个探针通过适当的连接酶连接在一起。然而这两个探针只会与具有所述多态现象的多聚核苷酸结合(以一种允许连接的方式)，且因此所述连接产物的检测可用于确定所述多态现象的存在。
在一个实施方案中，所述探针用于基于异源双链分析的系统，以检测多态现象。在所述系统中，当所述探针结合至具有所述多态现象的多聚核苷酸序列时，其在所述多态现象产生的位点形成异源双链(即其不形成双链结构)。通过使用单链或双链特异性的酶，可检测所述异源双链结构。通常所述探针为RNA探针且所用酶是使所述异源双链区域裂解的RNA酶H，因此能够通过检测裂解产物的方法检测所述多态现象。
该方法可基于荧光化学切割错配分析(fluorescent chemical cleavagemismatch)，其公开于例如PCR Methods and Applications 3：268-71(1994)和Proc.Natl.Acad.Sci.85：4397-4401(1998)中。
在一个实施方案中，只要与具有所述多态现象的多聚核苷酸结合，所述多聚核苷酸试剂就能够起到PCR反应引物的作用(即序列特异性或等位基因特异性PCR系统)。因此，只有在所述多态现象存在于所述个体的多聚核苷酸中的情况下才能产生PCR产物，并且通过PCR产物的检测确定所述多态现象的存在。所述引物与所述多态现象互补的区域位于引物的3’末端或其附近。在该系统的一个实施方案中，所述多聚核苷酸试剂将与野生型序列结合，但不起PCR反应的引物的作用。
该方法可为基于限制性片段长度多态现象(RFLP)的系统。若所述多聚核苷酸中的所述多态现象的存在产生或消失了通过限制酶识别的限制位点，那么可用该系统。因此，用具有所述多态现象的多聚核苷酸的处理，可使与相应的野生型序列不同的产物生成。因此，检测特定限制性酶切消化产物的存在，可用于确定所述多态现象的存在。
根据所述多态现象的存在使所述多聚核苷酸或蛋白在凝胶电泳中移动性的改变，可确定所述多态现象的存在。在多聚核苷酸情况下，可使用单链构象多态现象(SSCP)分析。该技术测量所述单链多聚核苷酸在变性凝胶上的移动性，并与相应的野生型多聚核苷酸比较，对于其移动性差异的测定表示所述多态现象的存在。变性梯度凝胶电泳(DGGE)是一种类似的系统，其中所述多聚核苷酸在具有变性梯度的凝胶中被电泳，其相比于相应的野生型多聚核苷酸的移动性差异表示所述多态现象的存在。
可使用荧光染料和基于猝灭剂的PCR测定(例如TAQMANTM PCR检测系统)来确定所述多态现象的存在。在检测所述多态现象的另一方法中，对包括所述多态性区域的多聚核苷酸的具有所述多态现象的整个区域进行测序，以确定所述多态现象的存在。
适用于本方法的多种其他检测技术，对于熟悉检测、鉴定和/或识别多态现象方法的人而言是显而易见的。所述检测技术包括但不限于：直接测序，使用“分子灯标”(对杂交发出荧光的寡核苷酸探针，用于实时荧光PCR；例如参见：Marras等人，GenetAnal 14：151(1999))；电化学检测(DNA碱基或糖的氧化或还原；参见美国专利No.5,871,918，Thorp等人)；滚环扩增(例如参见：Gusev等人，Am J Pathol 159：63(2001))；第三波技术(ThirdWave Technologies)(Madison WI)非基于PCR的检测方法(例如参见：Lieder，Advance for Laboratory Managers，70(2000))。
因此，本领域已知的任何合适的检测技术可用于本方法中
本文所使用的“确定”受试者的基因型不要求在受试者先前已被基因分型并且可得到先前遗传试验的结果的情况下进行基因分型技术；因此确定受试者的基因型包括参考先前完成的基因分析。
本发明还提供预测性(患者护理)试验或试验试剂盒。基于基因型和/或表型响应与所述药物化合物之间预先确定的联系，所述试验将辅助所述药物化合物的治疗用途，所述药物化合物包括酪氨酸激酶抑制剂，例如拉帕替尼。所述试验可采取不同的形式，包括：
(a)分析DNA或RNA中预先确定的等位基因和/或多态现象存在的试验。适当的试验试剂盒可包括一种或多种如下试剂或仪器：能够作用于多聚核苷酸的酶(通常为聚合酶或限制酶)、对于酶试剂合适的缓冲液、与所述多态现象侧翼区域连接的PCR引物、阳性和/或阴性对照和凝胶电泳装置。所述产物可利用如其技术发展水平所述的一种芯片工艺。所述试验试剂盒包括印刷的或机器上可读的说明书，该说明书阐明了特定基因型的存在与用特定药物化合物治疗的受试者经历超敏反应的可能性之间的关联；
(b)分析源自所述受试者身体的物质的试验，所述物质例如蛋白或代谢产物，该实验表示预先确定的多态现象或等位基因的存在。适当的试验试剂盒可包括分子、适体、肽或抗体(包括抗体片段)，其特异地结合至预先确定的多态性区域(或位于所述多态现象侧翼的特异区域)。所述试剂盒可另外包括一种或多种其他的试剂或仪器(本领域已知的)。所述试验试剂盒还将包括印刷的或机器上可读的说明书，该说明书阐明了特定多态现象或基因型的存在与用特定的合成核苷类似物治疗的受试者经历超敏反应的可能性之间的关联。
特异地用于检测HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202、HLA-DRB1*0701、HLA-B*4403、TNXB rs12153855和/或rs17207923和/或UGT1A1*28多态现象的引物、探针、抗体和其他检测试剂，以及包括至少一种这些试剂的试剂盒或包装，也是本发明的实施方案。
用于试验的合适的生物样品是包括细胞和DNA的那些生物样品，其包括但不限于血液或血液成分，干血斑，尿，颊粘膜拭子(buccal swabs)和唾液。用于HLA血清学试验的合适的样品是本领域公知的。
本发明还提供拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物用于治疗人癌症的用途，其中所述人不具有一种或多种选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701的等位基因多态现象。在一个方面中，本发明提供拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物用于生产治疗人癌症的药物的用途，其中对于所述人HLA中多态现象进行基因分型，并且若所述人不具有选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701的等位基因多态现象，则给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物。本发明的方法可用于试剂盒和药物的生产，所述试剂盒和药物用于用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的治疗。还应理解，本发明的方法公开了拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的多种用途。
由于各个出版物或参考文献具体地并分别地阐述了本文中引用的内容，其在本文中引用完整地阐述了相应的内容，因此本说明书中引用的专利和专利申请在此整体引用并作参考。本申请要求优先权的任何专利申请，也以前面所述的专利和专利申请的方式在此整体引用作为参考。
通过如下非限制性实施例进一步阐述本发明。
实施例
下面的实施例1A-C中所用的原始数据取自若干相同的临床试验样品。对数据进行分析，并通过下述多种分析来证实其结果。在如下实施例中，使用拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物。拉帕替尼的市售商品(Tykerb/Tyverb)目前以二甲苯磺酸盐一水合物的形式进行市售。
实施例1A：与拉帕替尼相关的肝胆管安全信号的药物遗传学研究
将用于评价拉帕替尼对AMBC的治疗的13个随机的临床试验中收集的临床数据和种系DNA用于该药物遗传学研究中。所述临床试验方案经独立伦理委员会(IndependentEthics Committees)或伦理审查委员会(Institutional Review Boards)审查和批准。除了参加临床研究患者的同意，还应得到对于药物遗传学研究知情患者的同意。在独立的数据集中先后进行探索性遗传标记联合鉴定与预先指定标记确证的两阶段策略，用于鉴定治疗引起的(on-treatment)ALT升高病例和对照受试者的遗传关联。对于该探索性分析，集合了12个对拉帕替尼作为单一治疗或作为多种化学治疗组合的成分进行评价的试验。901位患者接受拉帕替尼治疗，并且可供ALT病例和对照的选择。
经拉帕替尼治疗的ALT病例和对照受试者选自探索性(n=901)和确证性(n=374)人群。在疗程中，基线ALT测量结果在正常范围之内(≤1x ULN)且一种或多种治疗引起的ALT测量结果>3x ULN的ALT病例，被定义为“拉帕替尼治疗的患者”。ALT对照是接触拉帕替尼至少13周具有基线以及其所有治疗引起的ALT测量结果均在正常范围之内的患者。所述探索性人群包括37例ALT病例和286例对照，且所述确证性人群包括24例ALT病例和154例对照。
目的
该确证性药物遗传学研究的目的是，研究预指定的遗传变异体是否与治疗引起的ALT和/或TBL升高相关，所述升高是在拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物+来曲唑治疗组(treatment arm)之中观察到的。
使用HLA等位基因、DILI候选基因和Illumina 1M基因组-宽测定平台，探索性分析鉴定：遗传变异体与ALT或TBL的升高显著相关。对于所述ALT表型，鉴定了58个不同的变异体的标称显著相关性，包括三种II类HLA等位基因(HLA-DRB1*0701、-DQA1*0201、-DQB1*0202)和一种I类HLA等位基因(HLA-B*4403)和TNXB中的SNP(A-8829G，rs12153855)。对于所述TBL表型，一个关键的结果是吉尔伯特综合征变异体UGT1A1*28与TBL升高之间的关联。该实施例使用从拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物+来曲唑治疗组得到的临床和遗传数据总结了确证性分析的结果。对于所述确证性分析，使用对比评价拉帕替尼和来曲唑与单用来曲唑(作为绝经后激素受体-阳性转移性乳腺癌的一线治疗)的单一的III期临床试验，其可在探索性分析完成后进行(available)。在这些接受拉帕替尼+来曲唑治疗的患者中，374位患者(57%)同意并且可供ALT病例和对照选择使用。
方法
用于该研究的统计学分析简要说明如下。评价的这两个表型是治疗引起的ALT和TBL相对于正常上限的最大肝化学值。这些表型在病例-对照分析和数量性状分析中都进行了评价，而在组合的ALT/TBL病例中定量地检测了关键的联系。将ALT和TBL病例定义为治疗引起的最大升高分别为≥3xULN和≥1.5xULN，并将对照受试者定义为治疗引起的最大ALT或TBL≤1xULN。另外，所有病例和对照具有在基线(≤1xULN)的正常ALT和TBL，并且对照经历了至少13周的治疗。对于这些表型，可用大约370位患者的临床数据，这些患者具有充分的、完全同意采用的DNA样品。
进行了总共1003例确证试验，这些试验特定于先前的终末点(ALT/TBL)、受试者人群(所有受试者/欧洲受试者)和分析方法(QTA或病例-对照)。这些进行的确证试验包括对833个独特的SNP进行的999例试验，以及对4个HLA等位基因进行的4例试验。得到可用于分析的成功的基因型，并且对719个独特的SNP(860例试验)和所有4个有关(of interest)HLA等位基因(4例试验)进行了试验。
结果
对于ALT，在确证试验中有6个遗传标记在p<0.01水平实现了关联。HLA-DQA1*0201实现了邦弗朗尼调整的确证显著性(Bonferroni-adjusted confirmation significance)(p=4.6×10-5)。其他p<0.01的确证关联的标记是：HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701(两者p=2x10-4)、TNXB中的两个SNP(rs12153855，p=2x10-4和rs17207923，p=7x10-3)和HNF1A中的一个SNP(rs1169288，p=7x10-3)。尽管未达到p<0.01的显著性，次显著结果为HLA-B*4403(p=0.013)。所述HLA等位基因和TNXB SNP位于相同的6号染色体MHC区域，并且可能反映高度的关联，暗示单一信号。通过HLA-DQA1*0201以及其他五个在该模型中HLA-DQA1*0201调节之后变得非显著关联(p>0.05)的遗传标记的条件分析，可支持上述假设。HNF1A位于12号染色体，并且与其他其他顶信号(top signal)并不相关。当将带一种或两种*0201等位基因拷贝的受治疗者归类为风险组时，对于HLA-DQA1*0201，17/24(71%)ALT病例相比于32/154(21%)对照，携带至少一种*0201等位基因，并且产生9.26的优势比(精确的95%置信区间为3.26-28.34)。作为病例和所有非病例受试者之间ALT升高的一种预测性标记，HLA-DQA1*0201具有PPV 0.18和NPV 0.97(精确的95%置信区间分别为0.11-0.27和0.95-0.99)。
对于TBL，21个标记实现了p<0.01的确证的关联，然而其中没有一个达到了邦弗朗尼调整的显著性水平。这些变异体中的18个位于UGT1位点。当使用基因型模型中检测为单独类型的所有基因型(TA5/TA5，TA5/TA6，TA6/TA6，TA6/TA7，TA7/TA7和TA7/TA8)时，吉尔伯特综合征UGT1A1TA7重复多态现象标记(UGT1A1*28)与TBL之间未显示显著的关联。然而对于高度关联的UGT1A1SNP(rs887829)达到了显著性水平(p<0.01)，并且当从该分析中除去4名携带其他三个罕见类型基因型的受试者，仅仅对于三个常见的TA重复基因型(TA6/TA6，TA6/TA7和TA7/TA7)评价了TA重复多态现象时，其同样达到了显著性水平(p<0.01)。7/21(33%)个TBL病例中与9/226(4%)对照相比携带TA7/TA7基因型。当将携带两个TA7等位基因拷贝的受治疗者归类为风险组时，达到12.06的优势比(精确的95%置信区间为3.23-42.16)。在所有受试者中，UGT1A1*28与基线TBL和log10最大TBL都呈显著相关。总之，这些数据与UGT1A1*28吉尔伯特综合征对于TBL的作用相吻合。
对于受限制基线(基线ALT和TBL值≤1xULN)的组合的ALT/TBL病例，6/6为HLA-DQA1*0201和-DRB1*0701等位基因携带者，且5/6携带HLA-DQB1*0202。1/6携带UGT1A1TA7/TA7基因型。对于结合未受限制基线(基线ALT和/或TBL值>1xULN)的组合的ALT/TBL病例，4/6携带UGT1A1TA7/TA7基因型，且1/6是HLA-DQA1*0201、-DQB1*0202和-DRB1*0701等位基因的携带者。
结论
在EGF30008研究中，使用拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物+来曲唑治疗组，分析确证了ALT升高的预指定的遗传标记：HLA-DQA1*0201/-DQB1*0202/-DRB1*0701。尽管在邦弗朗尼调整的显著性水平并未得到统计学确证，该分析中UGT1A1*28与孤立的TBL升高之间的关联与吉尔伯特综合征的作用相吻合。
实施例1B：使用候选基因方法对与拉帕替尼相关的肝胆管安全信号进行探索性药 物遗传学研究的结果。
引言
在整个临床研究中接受拉帕替尼的患者中，观察到血清丙氨酸转氨酶(ALT)和总胆红素(TBL)的孤立的升高。在该探索性药物遗传学研究中，研究了候选基因多态现象与ALT和TBL升高的终末点之间的关联。该研究借助接触拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物(或作为单一治疗或与其他治疗组合)的患者进行，这些患者具有从12个拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物对于晚期和转移性乳腺癌的临床试验中得到的可用临床数据以及充分的、完全同意采用的DNA样品。
目的
该探索性药物遗传学研究的目的是研究所选择的遗传变异体是否与这些研究之中观察到的治疗引起的ALT和TBL升高相关。
方法
用于该研究的统计学分析简要说明如下。评价的这两个表型是治疗引起的ALT和TBL对比于正常上限的最大肝化学值。这些表型在评价病例-对照分析和数量性状分析中分别地评价，并在组合的病例-对照分析中共同评价。将ALT病例和TBL病例分别定义为治疗引起的最大升高分别为≥3xULN和≥1.5xULN，且对照受试者定义为治疗引起的最大ALT或TBL≤1xULN。大约950位充分的、完全同意采用的DNA样品的患者对于这些表型具有可用的临床数据。在受试者基因分型质量控制完成之后，总共947位患者对至少一种遗传变异体保持用于药物遗传学分析。由于相比于其他治疗，ALT升高的发生率有所不同，VEG20007研究中拉帕替尼二甲苯磺酸盐一水合物与帕唑帕尼组合治疗的患者从该初级分析中排除。
使用大约300个基因的候选基因方法，这些基因包括如下：1)根据拉帕替尼机理途径和ADME选择的25个基因：(CYP，UGT和药物运载体)基因。2)由于遗传学中对药物引起的肝损伤的认识有限，还评价了一种全面的药物诱导的肝损伤(DILI)列表(panel)，其由GSK开发，并在开发过程中与公司之外的肝专家进行了探讨。该DILI列表包括大约270个基因区域中的6500个单一的核苷酸多态现象(SNP)，这些基因区域源自参与DILI的病理生理学的假定的机理中。在这两种方法中，使用选自国际人类基因组单体型图计划(InternationalHapMap project)的tag SNP和/或由预先记录的基因型与表型相关联的所有功能性SNP组成的高密度SNP有效区域，研究各基因区域中的遗传变异。3)由于公开的实施例涉及其他药物所致肝损伤中的免疫成分，因此还评价了HLA基因(4位的基因型：HLA-A、-B、-C、-DPB1、-DQA、-DQB1和-DRB1；2位的基因型：-DRB3、-DRB4和-DRB5)。HLA基因的评价集中于患者总数(由所有ALT病例(N=47)和配对对照(N=47)组成)的亚组。
结果
对于TBL表型，通过QTA(N~900)和/或病例-对照分析(~60例病例和~395例对照)，66个基因区域中的125个变异体与TBL升高显著地相关(p<0.01)。这些变异体中的31个来自同一基因区域，即UGT1A@簇。一个关键结果是，吉尔伯特综合征变异体UGT1A1*28与TBL升高之间的相关性，对于QTA(1.25×10-5，n=899)以及病例(N=60)和对照(N=396)分析都是显著的(p=1.04×10-5)。TBL病例中35%为TA7/TA7基因型，且TBL病例中82%具有至少一种TA7等位基因，而对照中这两个比例分别为5%和48%。当与其他基因型相比时，UGT1A1*28变异体纯合的患者的病例相比于对照具有优势比(95%CI)为10.7(5.3-21.6)。
对于ALT表型，通过QTA(n~900)和/或病例-对照分析(~35例病例和~285例对照)，34个基因区域中的51个变异体与ALT升高显著地相关(p<0.01)。在所述HLA分析中，在配对的病例-对照分析(47病例和47对照)中两个遗传信号与ALT升高显著相关(p<0.05)：HLA-DRB1*0701(连同与该等位基因相关联的其他HLA变异体)和HLA-B*4403。HLA-DRB1*0701与ALT升高显著相关(p=0.014)；相比于所有其他所观察的HLA-DRB1等位基因，HLA-DRB1*0701携带者的优势比(95%CI)为4.4(1.6-12.0)。一个ALT病例具有HLA-DRB1*0701/*0701基因型(对照中没有)，且ALT病例中的40%具有HLA-DRB1*0701等位基因的至少一个拷贝(对照中为13%)。HLA-B*4403与ALT升高显著相关(p=0.033)；相比于所有其他所观察的HLA-B等位基因，HLA-B*4403携带者的优势比(95%CI)为4.0(1.1-14.3)。ALT病例中的23%携带HLA-B*4403等位基因的一个拷贝(未观察到携带两种拷贝的受试者)，而对照中这一比例为6%。
对于组合的ALT和TBL病例，来自15个基因区域的20个变异体与组合的病例-对照终末点(~9例病例和~225例对照)显著相关(p<0.01)。对于关键标记，5/13(38%)组合的ALT/TBL病例为UGT1A1*28TA7/TA7纯合体，且4/13(31%)组合的ALT/TBL病例具有至少一种上面所讨论的显著的HLA等位基因。
实施例1C：在独立的数据集中使用ALT病例-对照分析先后进行探索性标记关联鉴 定与预指定标记确证的两阶段分析
背景：拉帕替尼是一种HER2/EGFR酪氨酸激酶抑制剂，经批准用于治疗HER2过表达的晚期或转移性乳腺癌(AMBC)。在小部分经拉帕替尼治疗的AMBC患者中观察到了严重的肝胆管不良事件。在AMBC临床试验中对经拉帕替尼治疗的患者进行了ALT升高的两阶段药物遗传学研究。
方法：探索性标记鉴定，在37例ALT>3x正常上限(ULN)的病例和286例ALT≤1xULN的对照中评价了HLA(10个基因)、候选基因(299个基因，7426个SNP)和基因组宽幅筛选(1MSNP)。将达到预指定关联阈值的标记发展为24例ALT病例和155例对照的独立的确证性数据集。
结果：在所述探索性数据集中在与ALT升高至>3xULN相关的58个变异体中，有四个变异体在该确证性分析中超过了预指定的显著性阈值。这些变异体位于相同的MHC基因组位点，且包括达到多试验校正的显著性的HLA-DQA1*0201。在该确证性研究中，DQA1*0201等位基因的携带者占ALT病例的71%，而对照中为21%，优势比为9.0(3.2-27.4)。作为肝安全风险的预测者(ALT病例相比于非病例)，DQA1*0201分别具有阴性和阳性预测值为0.97(0.95-0.99)和0.17(0.10-0.26)。
结论：这些结果证实了免疫机理在拉帕替尼导致肝毒性之中的作用。在用拉帕替尼治疗患AMBC的女性过程中，基于DQA1*0201等位基因的携带者的试验可降低肝安全风险。
引言
拉帕替尼是一种双重HER2/ErbB2和EGFR/ErbB1酪氨酸激酶抑制剂，经批准与卡培他滨组合口服用于治疗晚期或转移性乳腺癌(AMBC)患者，所述患者的肿瘤过表达HER2/ErbB2，且所述患者接受了包括蒽环类抗生素、紫杉烷和曲妥单抗的先前治疗(Finn RS等人J Clin Oncol2009；27：3908-3915)。拉帕替尼作为单一药物以及与其他化学治疗和激素药物组合时，对于患有以下疾病的患者也是有活性的：HER2/ErbB2阳性转移性乳腺癌(Di Leo，A.等人J Clin Oncol，2008；26，5544-5552和Johnston S等人J ClinOncol 2009；27；5538-5546)，以及炎症性乳腺癌(Christofanilli M等人，Breast CancerRes Treat 2006；100：5S)。另外，正在进行大规模临床试验，以评价拉帕替尼在辅助(adjuvant)乳腺癌的早期阶段进行的单一治疗(MoyB和Goss PE.Clin Breast Cancer2007；7：489-492)。在乳腺癌治疗的背景下，拉帕替尼扩展性的临床经验显示了可接受的安全分布(Di Leo，A.等人J ClinOncol，2008；26，5544-5552和Geyer，CE等人N Engl J Med2006；355：2733-2743)。然而，已在接受拉帕替尼的0.2%的癌症患者中观察到血清转氨酶(包括丙氨酸转氨酶，ALT)和总胆红素(TBL)孤立的升高，并且观察到3级ALT升高的严重的实验室异常(Common Toxicity Criteria for Adverse Events，v4.0)，Hy’s定律事件报道为1.6%(Moy，B等人J Clin Oncology 2009；27，15S(SupplA1043))。血清转氨酶和TBL的升高以及肝毒性的孤立事件，对于其他酪氨酸激酶抑制剂已有报道(Loriot Y等人，NatureClinical Practice Oncology(2008))。
肝化学异常被视为是肝损伤的安全信号(Mann，R和Andrews，E，(eds)，Pharmacovigilance(Wiley和Sons Ltd，Chichester)，2006)，并且能够导致癌症患者治疗中断，以及导致后续的疾病控制不力。对肝毒性机理的认识的加深，能够对表现出这些信号的患者更好地进行解释和处理。近期的研究已确定了对于不相关的适应症的不同治疗中，主要组织相容性复合物(MHC)中特定的人白细胞抗原(HLA)多态现象与肝毒性之间的紧密联系。这些不同治疗包括：阿莫西林-克拉维酸钾(clavulate)(HLA-DRB1*1501，O’Donohue，J等人.Gut2000；47：717-720)，抗结核病化学治疗(HLA-DQB1*0201，Sharma，SK等人，Am JResp Crit Care 2002；166：916-919)，噻氯匹定(HLA-A*3303，Hirata K等人，ThePharmacogenomics Journal 2008；8：29-33)，希美加群(HLA-DRB1*0701，Kindmark，A.等人Pharmacogenomics Journal，2007；1-10)，氟氯西林(HLA-B*5701，Daly A，flucloxacillin.等人，Nature Genetics 2009；41：816-819)和罗美昔布(lumiracoxib，HLA-DRB1*1501，Wright TM.Presented at 9th Annual FDA/PhRMA/AASLDHepatotoxicity Meeting，March 2009)。在乳腺癌患者的拉帕替尼临床试验中对种系DNA的前瞻性的收集，使得目前的鉴定变异体的药物遗传学研究能够预测患者发生与拉帕替尼相关的肝损伤的高风险。
方法
患者和临床试验特征
将用于评价拉帕替尼对AMBC的治疗的13个随机的临床试验中收集的临床数据和种系DNA用于该药物遗传学研究中。所述临床试验方案经独立伦理委员会或伦理审查委员会审查和批准。除了参加临床研究患者的同意，还应得到对于药物遗传学研究知情患者的同意。
在独立的数据集中先后进行探索性遗传标记关联鉴定与预指定标记确证的两阶段策略，用于鉴定与病例和对照受试者中治疗引起的ALT升高之间的遗传关联。对于该探索性分析，集合了12个对拉帕替尼作为单一治疗或作为多种化学治疗组合的成分进行评价的试验的临床数据(2008年4月16日获得)。这些研究中组合的意向性治疗(intent to treat，ITT)人群有2198位患者，且1336位患者(61%)同意进行药物遗传学研究。总共901位患者接受拉帕替尼治疗，并且可供ALT病例和对照的选择。对于所述确证性分析，使用对比评价拉帕替尼和来曲唑与单用来曲唑(作为绝经后激素受体-阳性转移性乳腺癌的一线治疗)的单一的III期临床试验(Johnston S等人J Clin Oncol2009；27；5538-5546)，其可在探索性分析完成后进行。该研究中有1286位受试者的ITT人群，且772位(60%)同意进行药物遗传学研究。在这些接受拉帕替尼和来曲唑治疗的患者中，374位患者(57%)同意并且可供ALT病例和对照选择。这些遗传研究亚组的临床特征描述于表1中。
表1.探索性和确证性药物遗传学人群的临床特征
该研究的总体设计见于图1。拉帕替尼治疗的ALT病例和对照受试者选自探索性(n=901)和确证性(n=374)人群中。ALT病例定义为基线ALT测量结果在正常范围之内(≤1xULN)且在疗程中一种或多种治疗引起的ALT测量结果>3x ULN的拉帕替尼治疗的患者。ALT对照是基线及治疗引起的所有ALT测量结果均在正常范围之内的接触拉帕替尼至少13周的患者。该探索性研究包括37例ALT病例和286例对照，且该确证性研究包括24例ALT病例和154例对照。这些病例和对照亚组的临床特征描述于表2中。作为拉帕替尼引起ALT升高的阴性对照，对确证性研究中只用来曲唑治疗的患者的确证的等位基因进行基因分型。在这些只接受来曲唑患者中，340位患者(55%)可供ALT病例和对照选择，并为非拉帕替尼对照分析提供了11例病例和159例对照。
表2：探索性和确证性研究病例和对照的人数统计
1异常值或基因型信息不充分
患者和临床试验特征
将在评价拉帕替尼对治疗AMBC的13个随机双盲临床试验中收集的临床数据和种系DNA(如表3所示)用于该药物遗传学研究中。所述临床试验方案经独立伦理委员会或伦理审查委员会审查和批准。除了参加临床研究患者的同意，还应得到对于药物遗传学研究知情患者的同意。
表3：在该药物遗传学研究中所用的临床研究
在独立的数据集中先后进行探索性遗传标记关联鉴定与预指定标记确证的两阶段策略，用于鉴定在病例和对照受试者治疗引起的ALT升高之间的遗传关联。对于该探索性人群，集合了12个对拉帕替尼作为单一治疗或作为多种化学治疗组合的成分进行评价的试验的数据。这些研究中组合的意向性治疗(ITT)人群为2198位受试者，且1336位(61%)同意进行药物遗传学研究。901位患者接受了拉帕替尼治疗，并且可供ALT病例和对照选择。对于所述确证性人群，使用对比评价拉帕替尼和来曲唑与单用来曲唑(作为绝经后激素受体-阳性转移性乳腺癌的一线治疗)的单一试验(Johnston S.等人J Clin Oncol2009；27；5538-5546)，其可在探索性分析完成后进行。该研究中ITT人群为1286位受试者，且772位(60%)同意进行药物遗传学研究。这些接受拉帕替尼+来曲唑的患者中，371位患者(57%)可供ALT病例和对照选择。这些遗传研究亚组的临床特征描述于上面的表1中。
肝化学测量
ALT、TBL和碱性磷酸酶(ALP)测量，由本地的研究所实验室进行。通过将实验值除以研究所实验室特定的正常上限值，将这些测量值转化为‘正常上限’(ULN)的单位。
基因分型
从外周血液提取种系DNA(QiAmp DNA血液试剂盒，Qiagen，Valencia，CA)。该研究评价了候选基因和基因组宽幅筛选，平行进行，以在该探索性人群中检测病例-对照关联信号。通过Laboratory Corporation of America(Burlington，NC)和Histogenitics(Ossining，NY)，或在GSK使用SSOTyping Test(One Lambda，Canoga Park，CA)，将I类和II类HLA基因(7种4位分辨率基因和3种2位分辨率的基因)分型。另外，将在参与拉帕替尼的代谢处置和EGFR信号转导途径的29个基因中包括850个多态现象的候选基因进行分型，以及将来自药物诱导的肝损伤(DILI)基因的定制列表的270个基因中的6560个SNP进行基因分型(GoldenGate平台或Infinium iSelect平台，Illumina，San Diego，CA)。也进行了在Illumina人1M-Duo平台上基因分型的整体基因组筛选(Expression Analysis，Durham，NC)。
对于质量控制，对各受试者单独地进行了各基因分型平台效能的评价和性别一致性的评价。对于各平台中的标记，在所有受试者的范围内评价了各自的效能。比较对照样品的基因型数据与保持于室内的和/或可从公共区域获得的遗留数据(legacy data)的一致性。比较复制样品的基因型并发现它们的一致性。
统计学分析
对于所有变异体，使用精确试验，在样本容量最大的种群(欧洲世系受试者)中分别对探索性和确证性数据集相对于哈迪-温伯格平衡(HWE)的偏差进行测验。在确证的变异体中，无论是对于探索性数据集还是确证性数据集，都没有任何变异体显著地偏离HWE。
对于该探索性研究，使用对数回归进行GWAS初始分析，该分析在PLINK中进行(Purcell S等人，American Journal of Human Genetics 2007；81，559-575)，当观察到三种基因型类型时使用基因型试验选项，或当只观察到两种基因型类型时使用添加试验选项。用罚(penalized)对数回归方法(SAS Institute inc，Cary，NC，USA)对经过GWAS和DILI/CG和HLA标记集初始筛选的标记进行分析，这种罚对数回归方法在病例-对照数量少的情况下效果优于标准对数回归方法(Heinze G.A comparative investigation ofmethods for logistic regression with separated or nearly separateddata.Statistics in Medicine2006；25：4216-4226)。除了所述基因型之外，所有模型都包括基线ALT xULN、治疗组(用于所述探索性研究)和足量的主要成分，以通过人群结构阐明潜在的混杂设计。借助研究受试者和基因组单体型图(HapMap)的建立者从EIGENSOFT得到主要成分(Patterson N等人，PLoS Genetics 2006；2：e 190)。
需要选择遗传标记用于确证性分析，以使探索性分析中预先确定的p值阈值达到以下水平：对于HLA标记，p≤0.05；对于候选基因标记，p≤0.01；且对于整体基因组筛选SNP，p≤10-4。对于确证p≤0.01的标记，评价潜在临床应用的测量。指定参照ALT升高的更高风险的等位基因或基因型，所述更高风险是相比于无风险的等位基因/基因型；并计算优势比(OR)、阳性预测值(PPV)和阴性预测值(NPV)。
结果
患者特征
所述探索性和确证性遗传研究人群对于AMBC是类似的，但区别在于年龄、肝转移发生率和不同治疗方案(如表1和表2所示)。所述确证性研究中招募绝经后激素受体阳性的转移性乳腺癌患者，这反映出在该研究中患者的平均年龄更高。欧洲世系的患者是最主要的人群，且基线和治疗引起的最大肝功能测量值在两个数据集中相类似。
在该探索性人群中，使用接受拉帕替尼并且具有基线测量值和至少一种治疗引起的最大ALT测量值的所有受试者，进行单变量线性回归分析以确定与治疗引起的最大ALT相关的因素。基线ALT可显著地预测治疗引起的最大ALT升高(p<0.001)，然而年龄、治疗、肝转移和自我报告的种族不能预测。
探索性和确证性遗传关联分析
总共58个独特的遗传变异体达到了(met)病例-对照分析中对于ALT升高的标称统计学显著性的阈值，并选择这些遗传变异体进行确证性研究的进一步分析。在这58个预先选择的探索性标记中，通过病例分析和对照分析，发现有4个在确证性研究中与ALT升高显著相关联(p≤0.01)。这四个确证的变异体位于相同MHC基因组位点(表4)，且包括HLA-DQA1*0201、DQB1*0202和DRB1*0701以及TNXB中的一个SNP (rs12153855)。HLA-DQA1*0201的关联最为显著(p=8.0×10-5)，该p值大于(exceed)确证性数据集中的严格多重试验校正值(邦弗朗尼0.05/58=8.0x10-4)。由于一些所进行的确证性试验是在高度相关的标记中进行的，认为上述结果是保守的。在这些多态现象之中所述基因组的近似性和相关性，与单一关联信号相吻合。这一点由分级的条件回归分析所证实，其中在DQA1*0201或DRB1*0701的调整之后，余下的三个变异体变为非显著(p>0.05，见表5)。进一步的讨论将针对DQA1*0201，但对于DRB1*0701结果是相似的(见表4)。
表4：对于4个确证的、预指定的MHC/HLA区域标记的ALT病例-对照分析
1病例-对照的优势比与精确的95%置信区间
2无风险等位基因代表所有在有关HLA基因观察到的其他的4位等位基因
表5：在确证性研究中，HLA/MHC标记的调整分析表明了单一的关联信号
进一步评价HLA-DQA1*0201
图2比较了对于DQA1*0201的分离的ALT病例-对照关联数据。在该探索性研究中，40%(14/35)的病例、20%(58/283)的对照携带至少一种DQA1*0201等位基因，而在确证性研究中，71%(17/24)的病例、21%(33/155)的对照为DQA1*0201携带者。当把DQA1*0201等位基因的携带者归类为病例和对照中的风险组时，该探索性研究产生了2.6(1.1-5.7)的优势比，与之相比确证性研究产生了9.0(3.2-27.4)的优势比。应注意，该探索性样品是取自不同组合治疗的12项研究，其中5项研究是在顽固性治疗背景下，并且样本容量相对较小，而所述确证性样品是取自单一的大规模一线治疗研究(见表1)。因此，在所述确证性研究中的这种紧密关联的信号可能归因于减少混杂设计(confounders)的影响，以及距离先前的化学治疗接触的时间较短。
该确证性研究还提供了一种通过评定相同试验中单用来曲唑的组而评价拉帕替尼作用的特异性的方法。在只用来曲唑的比较治疗组中，DQA1*0201的携带者在ALT病例(3/11，27%)和对照(40/159，25%)中类似。在该确证性研究中，对于拉帕替尼和来曲唑治疗的患者，图3表明DQA1*0201携带者与非携带者相比，ALT升高的累积发生率更高。相反，对于只用来曲唑治疗的患者，DQA1*0201携带者和非携带者的累积发生率并无区别。这表明，DQA1*0201的关联对于拉帕替尼引起的ALT升高是特异性的。
作为病例和所有非病例受试者之间拉帕替尼引起的ALT升高(>3xULN)的一种预测性标记，DQA1*0201的NPV较高，为0.97(0.95-0.99)，但PPV较低，为0.17(0.10-0.26)。由于ALT病例阈值更高，DQA1*0201关联和标记的效能得以保持，并且其OR更高，NPV增加接近1，而PPV降低(见表6)。
表6：在所述确证性人群中，在病例和非病例ALT阈值的增加(>3，5，8xULN)的情况下，HLA-DQA1*0201携带者与非携带者的表现特征
关键的肝安全信号是观察到ALT(≥3xULN)和TBL(≥2xULN)的同时升高，并且初始未发现胆汁郁积(ALP<2xULN)，这可反映广泛的肝细胞损伤以及肝代谢能力损伤。将受感染的个体定义为Hy’s规则病例，并且这些个体有着严重肝损伤、肝衰竭和死亡的高风险(Bjornsson E.Clin Pharmac Ther2006；79：521-528)。该确证性研究中的拉帕替尼+来曲唑组中鉴定15例肝胆管不良事件病例(在该研究方案中预先确定为ALT>3x和TBL>1.5xULN，不考虑基线ALT)，包括2位经肝专家判定为可能的Hy’s规则病例的患者(见表7)。这15例病例中的11例提供了DNA，其中6例携带DQA1*0201等位基因(包括一例Hy’s定律病例)。对于其余5位非携带者受试者，其基线ALT全部升高，且其中4例在治疗前发生了肝转移。
表7：确证性研究中预先确定的肝胆管不良事件的遗传和临床特征
HLA II类肽形成了异源二聚体蛋白，在此DQA1/DQB1和DRA/DRB1组合产生了分离的抗原结合位点(Jones EY等人Nature Reviews：Immunology2006；6；271-282)。HLA-DRA在功能上是单态性的，且通过对特异性等位基因组合的评价没有得到其他的标记鉴别。相反，DQA1*0201和DQA1*0202两者都是多态性的。因此发明人在该确证性研究中研究了在ALT的升高中对DQ2.2血清型有贡献的等位基因，所述DQ2.2血清型包括作为α肽的DQA1*0201以及作为顺式或反式β肽的DQB1*0201、*0202和*0204(指定为DQB1*0201g)(Jones EY等人，Nature Reviews ：Immunology 2006；6；271-282)。相比于单独的DQA1*0201，DQA1*0201/DQB1*0201g等位基因组合在ALT病例中保持了71%(17/24)，但在非病例(见表8)中由23%(82/350)下降到19%(67/348)，这使得OR、NPV和PPV有适中的改善。
表8：在确证性研究中ALT病例(>3x ULN)和非病例中，仅HLA-DQA1*0201等位基因携带者与DQA1*0201/DQB1*0201g等位基因组合携带者的(相应于DQ2.2血清型)表现特征比较
此前的报道提出了，基于ALT/ALP比，不同药物可导致不同类型的肝损伤(Danan G等人J Clin Epidemiol1993；46：1323–1330)。阿莫西林和氟氯西林出现胆汁郁积(O’Donohue，J等人，Gut 2000；47：717-720和Daly A等人，Nature Genetics 2009；41：816-819)，而希美加群和罗美昔布出现了肝细胞损伤(Kindmark，A等人，PharmacogenomicsJournal，2007；1-10和Wright TM.MHC II Haplotype marker for lumiracoxibinjury.Presented at 9th AnnualFDA/PhRMA/AASLD Hepatotoxicity Meeting，March2009)。拉帕替尼治疗的ALT病例中，肝细胞损伤和混合损伤占据了大部分的比例，胆汁郁积的比例很小；且DQA1*0201等位基因携带者中肝细胞损伤和混合损伤的比例高于胆汁郁积损伤的病例(见表9)。
表9：在ALT升高最大时，在ALT病例中观察到的肝损伤类型和HLA-DQA1*0201状况
讨论
该研究鉴定和确证了拉帕替尼引起的ALT升高以及高度相关的MHC II类等位基因HLA-DQA1*0201、DRB1*0701和DQB1*0202之间的关联。在DQA1*0201中观察到了最紧密的统计学关联，其具有与其他药物安全性研究中的观察相一致的大的遗传效应量(Nelson MR等人，Pharmacogenomics Journal2009；923-33)。在该确证性研究中，在病例和对照之间DQA1*0201等位基因携带者的比较以及ALT升高的累积发生率的差别，表明DQA1*0201携带者的排除将使拉帕替尼和来曲唑治疗患者的ALT升高率降低三分之二以上，并且降低至与只用来曲唑治疗的患者相当的水平。
HLA等位基因在肝安全信号和肝毒性的易感性之中的作用，与此前的上市后药物应用中的观察相吻合(O’Donohue，J等人，Gut 2000；47：717-720和Daly A等人，NatureGenetics 2009；41：816-819)，并且与临床试验中观察到的相吻合(Kindmark，A等人Pharmacogenomics Journal，2007；1-10和Wright TM.MHC II Haplotype marker forlumiracoxib inury.Presented at 9th Annual FDA/PhRMA/AASLD HepatotoxicityMeeting，March 2009)。此前报道的研究表明，希美加群引起的ALT升高经鉴定也与DRB1*0701和DQA1*02相关(Kindmark，A等人，Pharmacogenomics Journal，2007；1-10)。这些不同研究中还没有出现任何相吻合的HLA与I类和II类HLA等位基因和所牵涉的不同MHC单倍型之间的关联。这一发现与此前报道的对于以下药物的HLA单倍型不同：氟氯西林(Daly A等人，Nature Genetics 2009；41：816-819)，阿莫西林(O’Donohue，J等人，Gut2000；47：717-720)和罗美昔布(Wright TM.MHC II Haplotype marker for lumiracoxibinury.Presented at 9th Annual FDA/PhRMA/AASLD Hepatotoxicity Meeting，March2009)。此外，尽管对于标记效能仅产生了中度的改善，与形成DQ2.2血清型的HLA等位基因之间的联系倾向于对特定的异源二聚体产生致病性作用。
HLA与拉帕替尼引起的ALT升高之间的联系表明，适当免疫系统的激活可引起超敏反应延迟(Andrade RJ等人Hepatology，2004；38，1603-1612和Kaplowitz N.NatureReviews ：Drug Discovery 2005；4；489-499)。药物引起的适当的免疫响应可因药物或其代谢产物共价连接至蛋白以形成半抗原而发生，所述半抗原通过特异性的HLA蛋白识别并导致T细胞驱动的免疫活化和炎症性组织损伤。此前报道描述了肝微粒体产生反应性的拉帕替尼代谢产物，这大概地能够使半抗原形成(Zhu Y，Lau YY，Djuric SW.In vitrometabolic activation of lapatinib in human and rat liver microsomes.Presentedat the 15th North American Meeting of ISSX，October12-16，2008)。靶向于拉帕替尼/代谢产物-半抗原形成的蛋白种类尚未鉴定，但一种候选物为肝脏CYP3A4，其负责拉帕替尼氧化代谢(Moy B和Goss PE.The Oncologist，2007；12：756-765.)。所述半抗原可解释此前描述的2型自体免疫性肝炎中肝脏CYP2D6的靶向性(Manns等人，J Clin Invest 1989；83；1066-1072和Lohr H等人Clin Exp Immunol 1991；84：297-302)，以及解释氟氯西林引起的胆损伤中CYP3A4的靶向性(Lakehal F等人，Chem Res Toxicol 2001；14，694-701)。
通过集合12个可得到的临床试验中的数据将该探索性数据集的样本容量最大化，以增加遗传关联信号的检测。该研究方法包括了来自多项研究、不同地理位置、不同治疗方案和治疗应答性的患者，且可包括稀释特异性拉帕替尼遗传信号的混杂设计变量。值得注意的是，该研究中确证的遗传关联是由选择经典的HLA和DILI候选基因而不是1M GWAS得到的，然而发明人意识到大量的SNP包括GWAS，使得需要更为严格的显著性阈值用于探索性标记的选择。此前进行的在不同疾病背景下的病例样本容量大的研究，已成功地利用GWAS鉴定MHC与肝毒性和ALT表型之间的关联(Daly A等人，Nature Genetics 2009；41：816-819和Wright TM.MHC II Haplotype marker for lumiracoxib injury.Presented at 9thAnnual FDA/PhRMA/AASLD Hepatotoxicity Meeting，March 2009)。
该确证性研究中对ALT升高的回顾性评价表明，基于HLA-DQA1*0201的试验可使AMBC中ALT升高病例的发生率降低至与只用来曲唑治疗所观察到的相似的水平。在这种具有挑战性的疾病背景之下，对患者DQA1*0201等位基因状态的确定，还可告知其临床处理的选项。在合适地表明肝毒性风险高的阴性预测性值时，基于DQA1*0201等位基因者的试验的应用对于ALT升高和肝毒性将具有高的假阳性率。这是因为相比于该等位基因在研究人群中的频率，发生与拉帕替尼相关的肝损伤的携带者比例较低。
实施例2：治疗方法
需要用拉帕替尼治疗的一位患者或一组患者，可接受至少一剂量拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物。这一剂量既可单独给药，也可与另一药物组合给药，所述另一药物包括但不限于另一种抗癌剂。在各患者给药拉帕替尼之前和之后，均可检测某些肝信号。所述肝信号可包括但不限于丙氨酸转氨酶(ALT)和/或总胆红素(TBL)。若发现患者的ALT和/或TBL和/或其他肝信号升高，例如若发现ALT>3.0XULN，那么对该患者的一种或多种如下多态现象可进行遗传检测：HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202、HLA-DRB1*0701和/或HLA-B*4403或其他与这些多态现象严重地连锁不平衡的多态现象。若该患者不具有一种或多种这些多态现象，那么该患者可接受至少另一剂量的拉帕替尼。若该患者确实具有一种或多种这些多态现象，那么对其进行临床判断，该患者可能不能接受附加剂量的拉帕替尼，或者该患者可维持拉帕替尼治疗并进一步监测肝信号。如本领域中所理解，肝信号可在整个疗程中使用本领域已知的临床试验周期性地进行检测。肝试验可在各次给药之后进行，或以常规的时间间隔进行试验而无需考虑何时给药，所述常规时间间隔包括但不限于每天、每周和每月。如本领域所理解，继续用拉帕替尼治疗是一种临床的决定。若患者显示ALT升高至高于3xULN且具有选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和/或HLA-DRB1*0701的多态现象，该患者可终止拉帕替尼治疗，可给予替代性治疗，和/或降低拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的给药剂量，或中止然后重新开始其给药。

Claims (3)

1.多态现象的特定的结合剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于监测罹患乳腺癌的人受试者以辅助预测对于给药拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的肝毒性，其中所述多态现象是与拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物使肝毒性风险相比于一般人群中的期望的所述风险有所增加有关的HLA等位基因多态现象，其中所述等位基因多态现象的存在表示所述人对拉帕替尼或其药学上可接受的盐或组合物的肝毒性风险增加，其中所述HLA等位基因多态现象选自HLA-DQA1*0201、HLA-DQB1*0202和HLA-DRB1*0701。
2.权利要求1的用途，其中所述多态现象还包括基因型HLA-B*4403和/或TNXB中的基因型rs12153855和/或rs17207923。
3.权利要求1至2中任一项的用途，其中通过检测等位基因的DNA序列的存在的方法确定所述HLA等位基因多态现象。
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