CN109666724A - 白塞病的检测方法 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及一种白塞病的检测方法，收集十五种白塞病HLA等位基因多态性类型的数据，建立白塞病HLA等位基因多态性数据库，根据白塞病HLA等位基因多态性数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型，设计出十五种白塞病HLA分型特异性引物，待提取待测DNA样本后，将所述白塞病HLA分型特异性引物与待测DNA样本加入到测序芯片中，对待测DNA样本进行扩增和测序，测序结果中所述待测DNA样本的HLA类型与数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型进行对比，对比结果供医师进行判断，实现对白塞病的辅助诊断。
Description
技术领域
本发明涉及计算机技术领域，特别涉及一种白塞病的检测方法。
背景技术
葡萄膜炎是一种常见的眼科疾病，该眼病常会伴发一系列的眼部及全身并发症，并且是一种全球性的致盲性眼病。葡萄膜炎种类多样，在临床表现上，人群个体差异较大，因此医生在诊断和治疗上具有很大的挑战。
人类白细胞抗原(human lymphocyte antigen, HLA)是一种具有高度多态性的同种异体抗原，其化学本质为一类糖蛋白，由一条α重链（被糖基化的）和一条β轻链非共价结合而成。其分布和功能分为Ⅰ类抗原和Ⅱ类抗原。HLA多态性取决于β轻链，保守地估计，至少存在1300个不同的单体型，相应地约有17×10的七次方个基因型。就算是同卵的双胞胎在HLA多态性也具有差异，从而HLA个体的“身份证”。
近年来，随着医疗科研技术的提高，研究者们发现HLA等位基因多态性与多种葡萄膜炎密切相关。如HLA-B27，该HLA的等位基因型阳性的阳性率在一种葡萄膜炎---急性前葡萄膜炎患者中发生率极高，因此该基因型可以帮助医生在临床上的诊断。除此之外，陆续有多种HLA基因型被报道与不同种葡萄膜炎具有相关性，甚至与不同类型的葡萄膜炎的临床表现也有关联。
目前，并没有针对葡萄膜炎相关HLA数据的数据库及管理系统，仅在国际上存在其他疾病如肿瘤（TSNAdb）等。虽然莱顿大学建立了一个人类基因突变及多态性与各类疾病相关的数据库（LOVD）,但是其中并没有涵盖葡萄膜炎的相关数据。其可能的原因在于，如上述所提到的，葡萄膜炎的种类多样，人群在临床表现上的个体差异大，及在HLA多态性数据收集上在全球缺乏一种统一的整理及管理模式。
并且由于葡萄膜炎的种类多样性及临床表现的个体差异大，通过现有临床表现进行诊断，仍然会出现较高的误诊率，特别是对于年轻的医师，在对葡萄膜炎的诊断上具有很大的挑战，因此除了临床表现和常规的检验方式，葡萄膜炎的诊断仍需要更多辅助检查手段，例如上述所说的遗传诊断。
目前临床医生主要通过患者的临床表现和超声检查等常规手段对白塞病进行诊断，检查方式非常局限，很难跟其他疾病进行区别。由于临床表现的个体差异大，通过现有临床表现进行诊断，仍然会出现较高的误诊率，特别是对于年轻的医师，在白塞病的诊断上具有很大的挑战，因此除了临床表现和常规的检验方式，需要更多的辅助检查手段来判断白塞病。
发明内容
本发明的目的是针对现有技术对应的不足，在临床表现和常规的检验方式的基础上，提供更多的辅助检查手段来判断白塞病。
本发明的目的是采用下述方案实现的：
白塞病的检测方法包括以下步骤：
步骤一：收集十五种白塞病HLA等位基因多态性类型的数据，存储在服务器上，建立白塞病HLA等位基因多态性数据库；
步骤二：将步骤一所述白塞病HLA等位基因多态性数据库传送到数据中心；
步骤三：根据步骤一所述数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型，设计出十五种白塞病HLA分型特异性引物；
步骤四：提取待测DNA样本；
步骤五：将步骤三所述白塞病HLA分型特异性引物与待测DNA样本加入到测序芯片中；
步骤六：对待测DNA样本进行扩增和测序；
步骤七：将待测样本的测序结果与数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型进行对比。
步骤一所述的白塞病HLA等位基因多态性的类型为HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57。
步骤二所述的数据库通过因特网传送到数据中心。
步骤三所述的白塞病HLA分型特异性引物的多态性类型为HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57。
步骤五所述测序芯片上设有若干小孔，15种白塞病HLA分型特异性引物分别加入到15个不同的小孔内，然后在已经加入白塞病HLA分型特异性引物的小孔内均添加待测DNA样本，可同时对多个病人的待测DNA样本进行添加和测序。
步骤六所述扩增和测序，采用质谱仪对所述待测DNA样本进行扩增和测序。
本发明收集国内外所有研究论文中十五种白塞病HLA等位基因多态性类型的数据，建立白塞病HLA等位基因多态性数据库，根据白塞病HLA等位基因多态性数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型，设计出十五种白塞病HLA分型特异性引物，待提取待测DNA样本后，将所述白塞病HLA分型特异性引物与待测DNA样本加入到测序芯片中，对待测DNA样本进行扩增和测序，将待测样本的测序结果与数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型进行对比，对比结果供医师进行判断，该检测方法辅助临床对白塞病的诊断，方便快捷，且可同时对多人进行检测，提高诊断效率的同时，大大降低误诊率，特别是对于年轻医师来说，是一种稳定可靠的对白塞病诊断的方法。
附图说明
图1为本发明的流程图；
图2为本发明中测序芯片的流程图。
具体实施方式
试剂与仪器
本实施例所用试剂及耗材均为市售产品：
（1）QIAGEN QIAamp DNA Mini Blood Kit（购自德国QIAGEN公司）为市售的快速高效抽提基因组DNA的试剂盒；
（2）384微孔芯片（购自美国Agena Bioscience公司）；
（3）质谱仪（购自美国Agena公司）；
（4）384孔加样板（购自美国Agena公司）；
（5）15对HLA分型特异性引物（于上海生工公司设计合成）
本实施例中，白塞病的检测方法包括以下步骤，参见图1：
步骤一：收集十五种白塞病HLA等位基因多态性类型的数据，包括HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57，建立白塞病HLA等位基因多态性数据库存储在服务器上；
步骤二：将步骤一所述白塞病HLA等位基因多态性数据库通过因特网传送到数据中心；
步骤三：根据步骤一所述数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型，设计出十五种白塞病HLA分型特异性引物，所述白塞病HLA分型特异性引物的HLA等位基因多态性类型包括HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57；
步骤四：提取待测DNA样本，所述待测DNA样本通常指血液；
步骤五：所述384微孔芯片上设有若干小孔，将15种白塞病HLA分型特异性引物分别加入到15个不同的小孔内，然后在已经加入白塞病HLA分型特异性引物的小孔内均添加待测DNA样本，制作成白塞病高危HLA分型辅助检查芯片；
步骤六：采用质谱仪对所述白塞病高危HLA分型辅助检查芯片中的待测DNA样本进行扩增和测序，检测出所述待测DNA样本的HLA类型；
步骤七：所述待测DNA样本的HLA类型与数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型进行对比，待测DNA样本含有白塞病HLA等位基因多态性类型越多，所述待测DNA样本的来源罹患白塞病的几率越高。
以上所述仅为本发明的优选实施例，并不用于限制本发明，显然，本领域的技术人员可以对本发明进行各种改动和变型而不脱离本发明的精神和范围。这样，倘若本发明的这些修改和变型属于本发明权利要求及其等同技术的范围之内，则本发明也意图包含这些改动和变型在内。
Claims (6)
1.一种白塞病的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
步骤一：收集十五种白塞病HLA等位基因多态性类型的数据，存储在服务器上，建立白塞病HLA等位基因多态性数据库；
步骤二：将步骤一所述白塞病HLA等位基因多态性数据库传送到数据中心；
步骤三：根据步骤一所述数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型，设计出十五种白塞病HLA分型特异性引物；
步骤四：提取待测DNA样本；
步骤五：将步骤三所述白塞病HLA分型特异性引物与待测DNA样本加入到测序芯片中；
步骤六：对待测DNA样本进行扩增和测序；
步骤七：将待测DNA样本的测序结果与数据库中的十五种白塞病HLA等位基因多态性类型进行对比。
2.根据权利要求1所述的白塞病的检测方法，其特征在于：步骤一所述的白塞病HLA等位基因多态性的类型为HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57。
3.根据权利要求1所述的白塞病的检测方法，其特征在于：步骤二所述的数据库通过因特网传送到数据中心。
4.根据权利要求1所述的白塞病的检测方法，其特征在于：步骤三所述的白塞病HLA分型特异性引物的多态性类型为HLA-A*02、HLA-A*03、HLA-A*26、HLA-A*30、HLA-A*26:01、HLA-A*26:03、HLA-A*32、HLA-A*33:03、HLA-B*08、HLA-B*15、HLA-B*18、HLA-B*35、HLA-B*51、HLA-B*52、HLA-B*57。
5.根据权利要求1所述的白塞病的检测方法，其特征在于：步骤五所述测序芯片上设有若干小孔，15种白塞病HLA分型特异性引物分别加入到15个不同的小孔内，然后在已经加入白塞病HLA分型特异性引物的小孔内均添加待测DNA样本。
6.根据权利要求1所述的白塞病的检测方法，其特征在于：步骤六所述扩增和测序，采用质谱仪对所述待测DNA样本进行扩增和测序。
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
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| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20190423 |
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