CN109593849A - 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 - Google Patents
一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN109593849A CN109593849A CN201811465283.1A CN201811465283A CN109593849A CN 109593849 A CN109593849 A CN 109593849A CN 201811465283 A CN201811465283 A CN 201811465283A CN 109593849 A CN109593849 A CN 109593849A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- colorectal cancer
- seq
- lncrna
- lncrna marker
- sequence table
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/178—Oligonucleotides characterized by their use miRNA, siRNA or ncRNA
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明涉及生物检测领域,具体涉及生物的分子检测,更具体涉及一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用。本发明所述的LncRNA标记物包括:ZFAS1、SNHG11、LINC00909和/LINC00654中的一种或多种;含有本发明所述标记物的产品可以更加准确、快速的判断受试者是否已患有结直肠癌或对是否存在患有结直肠癌的风险提供信息评估,以实现对结直肠癌的早发现,早治疗;在制备结直肠癌早期评估产品或筛选结直肠癌的肿瘤诊断药物中具有重要的应用前景。
Description
技术领域
本发明涉及生物检测领域,具体涉及生物的分子检测,更具体地涉及一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用。
背景技术
结直肠癌(CRC)包括结肠癌和直肠癌,是近几十年来发病率和死亡率在世界大多数国家和地区上升最快的肿瘤之一。由于生活方式、生活环境和膳食结构的改变以及缺乏常规筛查方法,CRC的发病率正在稳步上升,已成为严重威胁人类健康和生命安全的重要杀手。CRC的发生,发展和转移是一个复杂的过程,其中涉及多个遗传和表观遗传改变。从正常肠上皮-增生性改变/微腺瘤-早期腺瘤-中晚期腺瘤-早期癌-癌肿浸润转移是一个缓慢的发展过程,完成这一进程大约需要5~15年时间。如果能在疾病进展的早期阶段或癌前病变阶段切除已发生病变的组织,如息肉、腺瘤或早期癌,大约90%的结直肠癌是可治愈的。然而在结直肠疾病早期却缺乏特异性的症状,大约25%的患者初诊时就已出现转移,因此有效的早期筛查对于发现CRC和癌前病变是非常有必要的。
当前用于筛查结直肠癌的分子标记物主要为糖链抗原、癌胚抗原等。尽管这些分子标记物对晚期结直肠癌有较好的诊断价值,但对于早期结直肠癌及癌前病变阶段的诊断,其敏感性和特异性均较低,因此在临床实践中尚未得到广泛的接受。目前临床上迫切需要寻找一种操作简便,标本易获取、非侵入性、且特异性及灵敏度均较高的结直肠癌早期评估方法。
近年来的研究表明长链非编码RNA(LncRNA)参与基因组印记及染色质修饰、转录激活、转录后调控、蛋白功能调节等多种重要的信号转导调控过程,并可通过表观遗传调控等方式影响肿瘤细胞的生长、凋亡、耐药与转移。研究发现,LncRNA可作为诊断和预后的生物学标记物,可以在组织、血清和尿液中检测出来。但迄今为止还没有找到可靠的特异性血浆LncRNA分子标记物用于诊断CRC,特别是已被证实为腺癌的CRC和/或正从良性腺瘤转变成为恶性肿瘤这一进程中的CRC。因此,通过分析、研究LncRNA在结直肠癌中的发生发展机制,对结直肠癌的早期筛查具有重要作用,并且为结直肠癌中的基因靶向治疗提供可能。
发明内容
本发明的目的是提供一种与结直肠癌相关的LncRNA标记物,并提供扩增上述circRNA标记物的特异性引物对。本发明提供的LncRNA标记物,作为一种非创伤性替代指标,能实现结直肠癌早期检测筛查辅助评估或辅助诊断结直肠癌进程,对预后判断,疗效评估等具有临床意义。
本发明的另一目的在于提供一种具有高敏感性与特异性的用于早期筛查与诊断结直肠癌的试剂盒。
为实现上述目的及其他相关目的,本发明提供的技术方案是:在结直肠癌患者血液中高表达的LncRNA标记物,所述LncRNA标记物包括:ZFAS1、 SNHG11、LINC00909和/或LINC00654中的一种或多种的组合。所述的ZFAS1 的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:1所示;所述的SNHG11的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:2所示;所述的LINC00909的核苷酸序列如序列表中 SEQ.ID.NO:3所示;所述的LINC00654的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO: 4所示。所述ZFAS1、SNHG11、LINC00909和/或LINC00654均从GeneCards(www.genecards.org)检索下载。其中,ZFAS1的GC id是GC20P049318, SNHG11的GC id是GC20P038446,LINC00909的GC id是GC18M074591, LINC00654的GC id是GC20M006215。
本发明还提供了所述LncRNA标记物ZFAS1的特异性引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:5所述,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:6所述;所述LncRNA标记物SNHG11的特异性引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:7所述,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:8所述;所述LncRNA标记物LINC00909的特异性引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:9所述,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:10所述;所述LncRNA标记物LINC00654的特异性引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:11所述,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:12所述。
本发明中检测上述LncRNA标记物的内参基因5sRNA的引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:13所述,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:14所述。
所述引物对是采用PCR技术,经过大量筛选试验,根据LncRNA标记物的核苷酸序列,所设计的特异性引物。
本发明还提供了所述的LncRNA标记物的应用,所述LncRNA标记物在制备结直肠癌早期评估产品或在筛选结直肠癌的肿瘤诊断产品中应用。
优选地,本发明中所述产品包括试剂盒、检测试纸或检测试剂。
另一方面,本发明还提供一种试剂盒,所述的试剂盒包括上述LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和/或LINC00654中的一种或多种的组合。进一步地,所述试剂盒包括特异性扩增LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、 LINC00909和/或LINC00654的一组或多组引物序列。
本发明所公开的试剂盒还包括:5SRNA内参特异性引物、RNA提取系统、逆转录试剂及PCR扩增试剂。进一步地,所述RNA提取系统包括裂解液、RNA 吸附柱和RNA漂洗液;所述的逆转录试剂包括M-MLV(H-)逆转录酶、5×逆转录缓冲液、RNase抑制剂、dNTP Mix和无酶水;所述PCR扩增试剂包括2× ChamQ SYBR qPCR Master Mix(Low ROX Premixed)和无酶水。
更进一步地,本发明所述试剂盒,用于获取结直肠癌早期检测筛查辅助评估或结直肠癌预后判断评估信息的收集。
与现有技术相比,本发明的有益效果是:
本发明提供了一类与结直肠癌相关的血浆LncRNA生物标记物,与传统的肿瘤标记物癌胚抗原(CEA)、糖类抗原199(CA19-9)相比,其对结直肠癌的灵敏度及诊断效能均较高。可应用于制备结直肠癌辅助评估或结直肠癌早期评估产品中,有利于进一步阐明脑卒中的发生发展机理、信号通路等,极具应用前景和理论价值。
附图说明
图1是LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在结直肠不同疾病组的血浆表达水平图(*:P<0.05,**:P<0.01,ns:P>0.05);
图2是LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在结直肠癌患者术前和术后血浆中的表达水平图。
具体实施方式
下面结合附图,进一步阐释本发明,这些实施例用于说明本发明而不用于限制本发明范围;实施例中未注明具体条件的实验方法,均按照常规条件,实施例中所使用的试剂盒试剂的量仅是示例性的,本领域技术人员可以根据实际情况作相应调整;所述试剂和生物材料,如无特殊说明,均可从商业途径获得。
实施例1:样本收集与制备收集2016年10月至2017年7月在江苏大学附属医院住院的结直肠良性息肉患者血液样本17例,其中男性7例,女性7例;年龄27~75岁,平均年龄(56.93 ±12.36)岁;结直肠腺瘤患者血液样本30例,其中男性20例,女性10例;年龄45~84岁,平均年龄(62.40±10.83)岁;结直肠癌患者术前血液样本90例,其中男性45例,女性45例;年龄38~86岁,平均年龄(65.98±10.65)岁;以及来自配对的同一结直肠癌患者术后2-3周的血液样本29例。所有患者均经组织病理学确诊。其中,良性息肉组样本的病理类型均为混合性息肉伴部分腺体低级别上皮内瘤变。结直肠癌患者术前血液样本中TNM分期按照国际抗癌联盟 (UICC)第七版标准进行:TNM I/II期40例,TNM III/IV期50例。标本收集前患者均未接受任何抗肿瘤治疗。
42例健康对照组血液样本来自同期在本院体检中心健康体检者,其中男性23例,女性19例;年龄37~85岁,平均年龄(63.55±10.82)岁。
采集患者及健康体检者清晨空腹状态下静脉血约5mL,置于EDTA-K2抗凝真空管中,3h内先于4℃,16000g/min,离心10min,移上清液于无RNA酶的1.5mL EP管中,4℃条件下1600g/min再次离心10min彻底去除细胞成分,重新收集上层血浆至新的无RNA酶的EP管中,-80℃保存备用。同时利用医院数据库收集患者及健康体检者的临床资料用于病理参数的分析。上述所有血液样本的收集依照协议由医院伦理委员会批准,所有样本采集前均征得患者知情同意。
实施例2:总RNA的提取与逆转录将血液样本置于冰上解冻后,取400μL样本按照试剂说明书使用Trizol Reagent (Life公司)试剂提取总RNA:
(1)400μL血浆,加600μLTrizol至1.5ml无核酸酶管中,涡旋混匀,室温静置 10min;
(2)加200μL氯仿,大力摇匀15s(涡旋震荡),室温静置3min;
(3)4℃,12000rcf离心15min,取上层无色水相;
(4)水相转移至新的1.5ml无核酸酶管中,加等体积(500μL)异丙醇,轻轻混匀,室温静置15min;
(5)4℃,12000rcf,离心10min,弃上清;
(6)加1ml 75%乙醇洗涤,颠倒混匀,4℃,7500rcf,离心5min;
(7)弃上清,干燥10min,加20μL DEPC水溶解,轻轻混匀,60℃孵育10min (促进RNA溶解),测浓度,-80℃保存。
采用NanoDrop 2000紫外分光光度仪(美国赛默飞世尔公司)测定提取 RNA的浓度和纯度。选取A260nm/A280nm在1.8~2.0的样品进行逆转录。
表1.逆转录反应试剂
按照表1中体积进行目标LncRNA的逆转录反应。
逆转录反应条件为:25℃10min,42℃45min,70℃15min。cDNA样本置于-20℃保存备用。
实施例3:荧光定量PCR(qPCR)
具体引物序列设计如下:
LncRNA标记物ZFAS1的特异性引物对上游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:5所述,下游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:6所述。
LncRNA标记物SNHG11的特异性引物对上游引物核苷酸序列如 SEQ.ID.NO:7所述,其下游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:8所述。
LncRN9所述,其下游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:10所述。
LncRNA标记物LINC00654的特异性引物对上游引物核苷酸序列如 SEQ.ID.NO:11所述,其下游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:12所述。
内参基因5sRNA的引物对上游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:13所述,其下游引物核苷酸序列如SEQ.ID.NO:14所述。
qPCR所用试剂如表2所示:
表2.qPCR反应试剂
反应程序为(95℃,1min);40循环×(95℃10s,60℃30s);95℃15sec, 60℃1min和95℃5s。最后得到扩增曲线和融解曲线,读取各样本中目的 LncRNA及内参5sRNA的循环阈值(Ct值),即扩增产物量达到临界阈值时所对应的循环数,通过ΔCt方法计算各目的基因的相对表达值,作为评估目的 LncRNA在疾病组和正常对照组中表达差异的指标。ΔCt值越小表示该目的 LncRNA在血浆中的相对表达水平越高,以对照组为参照,低/高的ΔCt值表明其在血浆中表达上调/下调。
采用2-△△Ct方法计算CRC患者术前和术后血浆中各候选LncRNA的相对表达水平。ΔCt=Ct目的基因-Ct内参基因,△△Ct=△Ct疾病组-△Ct 对照组,疾病组包括患有结直肠癌的癌症患者组和患有结直肠良性息肉或结直肠腺瘤的癌前病变患者组,对照组为健康体检组。以96孔板进行样本筛选,每个样本设3个复孔,结果取平均值。
采用SPSS 23.0统计软件进行统计学处理。所有数据进行正态性检验。符合正态分布的数据以均数±标准差表示,统计分析采用两独立样本t检验;非正态分布资料采用非参数统计学分析,数据以中位数(四分位数)[M(P25, P75)]表示,两组间比较采用非参数(Mann-Whiney U)检验,多组间比较采用克鲁斯卡沃利斯测试(Kruskal-Wallis H)检验。采用配对样本t检验分析术前与术后血浆中LncRNA表达水平。利用Mann-Whitney检验、方差分析或卡方检验分析血浆LncRNA表达量与CRC患者及肿瘤的临床参数的关系。运用受试者工作特征曲线(ROC)评估血液样本候选LncRNA、传统肿瘤标记物(CEA、CA19-9)单独及联合检测对CRC的诊断效能,同时计算其相应的敏感度、特异度。Youden 指数=敏感度+特异度-1,该指标用于确定Cut-off值。P<0.05(双侧)为差异有统计学意义,P<0.01视为差异显著。相应的实验数据图采用GraphPad Prism 5.0软件绘制。
采用△Ct方法计算ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在验证组90例CRC患者血浆中的相对表达值,利用血浆lncRNA的相对表达值作ROC 曲线分析;
表3.LncRNA标记物和肿瘤标记物CEA、CA19-9的诊断效能对照表
AUC | SEN(%) | SPE(%) | 95%可信区间 | |
ZFAS1 | 0.850 | 76.7 | 78.6 | 0.786-0.915 |
SNHG11 | 0.868 | 93.3 | 71.4 | 0.787-0.948 |
LINC00909 | 0.886 | 77.8 | 85.7 | 0.832-0.941 |
LINC00654 | 0.734 | 74.4 | 66.7 | 0.635-0.832 |
CEA | 0.791 | 45.8 | 100 | 0.708-0.875 |
CA19-9 | 0.601 | 53.0% | 84.8% | 0.501-0.700 |
由表3可见,ZFAS1、SNHG11和LINC00909的AUC值均大于CEA、CA19-9, LINC00654的AUC值在4条血浆lncRNA中最低,其AUC值小于CEA,但大于CA19-9。ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654对CRC诊断的敏感性 (SEN)均高于CEA、CA19-9,但特异性(SPE)均低于CEA;除LINC00909 诊断特异性稍高于CA19-9外,其余三条lncRNA对CRC诊断的特异性均低于CA19-9。可知,血浆LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654 对结直肠癌和TNMⅠ/Ⅱ期结直肠癌均有较高的诊断效能,可以作为潜在的结直肠癌诊断分子标记物。
表4.LncRNA标记物分别联合CEA的ROC曲线AUC值
表5.LncRNA标记物分别联合CA19-9的ROC曲线AUC值
AUC | SEN(%) | SPE(%) | 95%CI | P-Val<sub>ue</sub> | |
ZFAS1+CA19-9 | 0.893 | 70.2 | 97.0 | 0.837-0.949 | <0.001 |
SNHG11+CA19-9 | 0.894 | 85.7 | 81.8 | 0.828-0.961 | <0.001 |
LINC00909+CA19-9 | 0.908 | 72.6 | 100 | 0.858-0.959 | <0.001 |
LINC00654+CA19-9 | 0.760 | 71.4 | 72.7 | 0.664-0.855 | <0.001 |
将验证组90例CRC患者血浆中ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654的相对表达值分别与CEA、CA19-9的临床检测值联合后作ROC曲线分析,由表 4、表5可见,联合传统肿瘤标记物后LncRNA标记物对CRC诊断的AUC值均大于任何一条单个lncRNA或单一CEA、CA19-9。联合CEA后,尽管除了 LINC00909对CRC诊断的敏感性较单一LINC00909升高外,其余三条lncRNA诊断CRC的敏感性均较单一指标下降,但它们对CRC诊断的特异性均明显提高。联合CA19-9后,ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654诊断CRC的敏感性均下降,但特异性均提高。可知,将ZFAS1、SNHG11、LINC00909和 LINC00654分别与CEA、CA19-9联合后可提高对结直肠癌的诊断效能。
对由LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654构成的4-LncRNA在验证组90例CRC患者血浆中的相对表达值作联合ROC曲线分析,由表6可知,4-LncRNA的AUC值为0.937(95%CI:0.892-0.982),该值高于任意一条单个LncRNA标记物的AUC值。可知,由ZFAS1、SNHG11、 LINC00909和LINC00654构成的4-LncRNA组合可作为CRC诊断的血浆分子标志物。
表6.4-LncRNA联合ROC曲线的AUC值
AUC | SEN(%) | SPE(%) | 95%CI | P-Value | |
4-LncRNA | 0.937 | 92.2 | 83.3 | 0.892-0.982 | <0.001 |
表7.TNMⅠ/Ⅱ期结直肠癌血浆中LncRNA标记物分开及联合的ROC曲线的AUC值及灵敏度、特异性值
由表7可知,ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654对结直肠癌,特别是 TNMⅠ/Ⅱ期结直肠癌均有较高的诊断效能,可以作为潜在的结直肠癌诊断分子标志物。
ROC曲线分析显示,ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654诊断TNMⅠ/Ⅱ期结直肠癌的AUC值均小于4-LncRNA组合的AUC值,在截断值 (Cut-off)值为0.735时,4-LncRNA组合诊断TNMⅠ/Ⅱ期CRC的敏感性为81.0%,特异性为92.5%。
图1是LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在结直肠不同疾病组的血浆表达水平图(*:P<0.05,**:P<0.01,ns:P>0.05);其中,图A是LncRNA标记物ZFAS1的血浆表达水平图,图B是LncRNA标记物SNHG11的血浆表达水平图,图C是LncRNA标记物LINC00909的血浆表达水平图,图D是LncRNA标记物LINC00654的血浆表达水平图;由图1可见, LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909或LINC00654均可作为诊断结直肠癌的血浆分子标志物,其中ZFAS1或SNHG11还可以作为诊断结直肠癌前病变的血浆分子标志物,特别是血浆SNHG11的检测有利于临床上早期发现良性息肉患者。
图2是LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在结直肠癌患者术前及术后2~3周血浆中的表达水平对比图,其中,图A是LncRNA 标记物ZFAS1,图B是LncRNA标记物SNHG11,图C是LncRNA标记物 LINC00909,图D是LncRNA标记物LINC00654;由图2可见,LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654在结直肠癌患者术后血浆中的表达量较术前均明显下降,提示其均可作为结直肠癌患者手术治疗后疗效评价的指标。
本实施例验证LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909或 LINC00654在结直肠癌患者血浆中均表达上调,结直肠腺瘤患者血浆中ZFAS1 或SNHG11的表达水平都明显高于健康对照组,SNHG11在良性息肉患者的血浆中也呈显著的差异性表达;血浆LncRNA标记物ZFAS1或SNHG11可用于结直肠癌前病变的诊断;将血浆LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和 LINC00654与CEA、CA19-9联合后对结直肠癌的诊断效能提高;
将血浆LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和LINC00654进行4- LncRNA联合后诊断结直肠癌的效能明显高于任意单一LncRNA标记物和CEA、 CA19-9的诊断效能。血浆LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909或 LINC00654均可作为结直肠癌患者手术治疗后疗效评价的指标。
实施例4:
利用本发明所提供试剂盒进行检测
(1)提取血浆样品的总RNA,并逆转录成cDNA溶液;
(2)检测溶液:包括ChamQ SYBR qPCR Master Mix(Low ROX Premixed)(2X)、上游引物5μM、下游引物5μM;
(3)反应体系:取1μL步骤(1)中所得的cDNA溶液,与6μL检测溶液混合,并加入无菌超纯水至反应体积10μL;加入到实时荧光反应管中,进行离心;
(4)将步骤(3)的反应体系按照下述条件进行实时荧光PCR检测:95℃预变性1min,1次循环;95℃变性10s,60℃延伸30s,40次循环;反应完成后是 95℃15sec,60℃1min和95℃15s进入熔解曲线分析。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,不偏离本发明精神的基础上所做的修改和改进,均属于本发明的保护范围。
序列表
<110> 江苏大学附属医院
<120> 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用
<160> 14
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 11083
<212> DNA
<213> 人源(Homo sapiens)
<400> 1
cgggggccca gggtggagag cacgagggcc tggcccaggc acggccggcg cctccgccct 60
cgaggagggc gtcacctcag ctccccccgg cggcggagcc ggcgggctca ggcgggcgcg 120
gctgagggga gcggaccgcg gggggcggga gatgactgcg cccaaggcct ttgcgggcct 180
cagccggccc cagaggaagg ggaacccgtc gagcggtttg gtgcgtgtga agcgcgacat 240
ggcgaggaag cggacaagcc cgggtggccc ggcgtgtaga gggaaggggg cggggctaga 300
cgcggcctgg acaactacta gagcgcctcg ggctgtgctg ctcgagacta catttcccag 360
agcgacgcgc gcggagcggg cgggaaagag agcgtttcgg gtccagtgcg caggtgcgaa 420
agccatcttt ggttatataa gggaggttca ggaagccatt cgttctttcg cgtctgcggt 480
gcccggagtg tggtacttct cctagttgca gtcaggcttc atacgctatt gtcctgcccg 540
taagttcccg ttttgtgtgt ggtgagtgga aactccatgt tcttcgttgg agacctctgg 600
tcctcccttc ccttctttgt gccgtcgtct ctgcggccag ccctaatctc cttctcgtgg 660
cttctccgtc tctgacccca aataggcctt aagggcgtgg gagaaatgag tttctggagc 720
tggaaaagcc actgccttct gcacgggcct gagaagccct tggctggtgt aaatgatgac 780
ttcacttttt tccccatcag atcgacaatg ctgacgtctt atattttgcc agttagttct 840
gatacatcgg cctcaaaagg cccggccttg ttcgtttctg accgtgggaa gatggcggtt 900
aacgcccttt atttgttggt tcacaggtta gagcagccag cgggtacaga atggattttg 960
gaagagggag tcaccactgg acctccaagg aagccacgtg cagacatcta caaccttcga 1020
tctcctgacg agtaagtctt tgtctcctat gggtctactg tagaaaacac gtgctttgag 1080
aagctttagt tttctaggaa aacgtgggat ttaacaaagc actttctatc gagcatttat 1140
taggtattta aaaaagtgtt ctgacggccg ggcgctgtgg ctgacgcctg taaccccagc 1200
acttggggag gccaaggcag atgggtcacc tgaggtcaag atttggagac cagcctggcc 1260
aacatggtga aaccctgact ctattaaaaa tacagaaatt agctgggcgt ggtggtacgc 1320
gcctgtaatc ccagcaactc acaaggctga ggcaggagaa ttgcccgaac ccgggcggcg 1380
gaggttgtag tgagttgaga ttgcgccact gccctacagt cggggcaaca gagccagact 1440
ccgtctcaaa aaaaaaaaaa aaagaaaaac atgttctgaa tgttttattc tcacagttca 1500
aatattggaa ctaggtttct ggtgaagaaa caggtttaag agaaatgcct gaagtgaaag 1560
aaccttgtta gtgaagaggc gtttaacatt ttaatgccac ttaaacatat ttttggattc 1620
cattcttcct gtgtgttggg gcgcttaaat ttccaagtgg agggatgatt tattgacata 1680
ttttggaaag ccaaatgtgt ttttctgttg aactagccac tcaaaccagt gcccgactac 1740
ataactaata tttttgctag agtccaggag tgaggcgttt acaaagtctg ggcttcatgg 1800
gaacacatgt gaagcttatt gttccagatt gttcttttgt caggtaactt gtggtaactt 1860
gtgttaaaat gcaatctctt ggtacttgtt cacttcccaa ctcagtaaat gccaactact 1920
tcctcaactc ttccagccac actggcttct atcatgggcc tgtactcaga gtgtaagcac 1980
tgaagacagg ggtgtttggt ttggctacca agttattgcc agctacagga tacaacacag 2040
aagtgctcaa acaccgaatg caaatttgca aatatgaagc ataccaacca aatcttactc 2100
ctcatggctt tcaaatctta ctcctcactc aagaacttcc tgctggcata tatgatgact 2160
tagctttttt ccccgacaga tcgactatgt tgatctaact tttctaagcc agtttctgtc 2220
tgatatgcca gcttgagcag ctcctttgtc ccagctcccc tgggcatcta gctgatggga 2280
gctcattttt ctgttttttc atttcaggtt tattgttggc caaaaccagg ctttgattga 2340
accaggatga atgcgggtgt tggaagtaga atatatatat acatataaaa ttggtaagtg 2400
gtgccaacac gtcttccctg gctgagtaga cacaggctct ggagggggta gtagctgctt 2460
ttcagtgtgg gtttgtcacc ctacttcttg tacgactcaa atgtggcctt tgcagctgat 2520
gatacagctt ctttccccat cagatcgacc ctgttgatct ctacactatt ggccagtttt 2580
gtctgatgca ttggccccag taataactcc tatctttgtt ttctgcttat ctttatcaga 2640
gactattgct tgttcatggg aactgggctt tctctatttt ttccagcatt cagatggctt 2700
cttttgacct gttaactttc tataggttgg gagccacgtg taccagtgtg tgttgatctt 2760
ggcttgattc agtctgcctt gtaacaggtg aggtttctgc tttctatctg ccaaacccca 2820
ccgcaaaatt tgtccaactg ggcctaacct caggacccat ttccaagttg ggtataaaac 2880
tgggagaata agtcattagg actgacattg gcctgttggt attactaggt ctttgttgga 2940
aataagagct tggagttcca aagaaaacga gcacttgaac aaaagatttc tcagcaaggc 3000
aaatttactt ctgccgtagg gtgctgctgc tggcattcct ggcaagagca cacctaacaa 3060
aagagagaaa gggtttttat tcctaacaag tagtccctgc ttctgtgtcc tatccccatt 3120
ggctggagtc gacagcgcaa tctaaactag tcctgattgg ctattttaaa caggaggcat 3180
gtgggttaca gctgtgggaa gggcaggaaa cttgtttaca gagctggttg ctaggagtga 3240
gggggacttt tccaaatagg gaacaggtta caggttgaga ttggccggag aagttgttta 3300
tagaacgggt aactcggagc aggaaggtat gaggaagttg accttaagaa caaagaacaa 3360
ggaagttaaa actttgaaga gaaatccatt gtatctaacg atttccccct tttgattttt 3420
ataattattt ctcttcagac ttgttttagc gtgtcttgat tttgttcctc ttggtcctct 3480
gaaattagaa gcttaactga atgatgcgag ggaggattga ggaagatttt ggtgggtgag 3540
agctgttaaa ataagctttt gtattaatcc tcagatacag ggtatgatac agcatcctac 3600
aagaatgagc aaacctattc tgatggcagg agattgagga cgtaagtcct ttccatttgc 3660
ggaactattt ttccattaaa atcgtgaagg ggtcatttat tccagaattt ctagctagct 3720
cattggataa agcagtaagt ccttgggcct ttgttatggt tccatcggga gcagtattat 3780
tagggatgaa agtacaacac tgggttccaa tcatgacaca aactacacct ttctccgcta 3840
gtatcatgtc taatgctatt gtattttctc aggccgtttg actggtgggc cctaattgtt 3900
aaactgttcc cttaatagca tccctagtat aattaatgaa tcgttgctgg gttacatttt 3960
ttgtgttttt tttgagatgg agtctcactc tgtcgcccag gctggagtgc aatggtgcaa 4020
tggttcactg caacttccac ctcctgggtt caacctactc tccttcagcc tcctgagtag 4080
ctgggggctg tcaccatgtt ggtcaggctg gtctcaaact cctgatcttg tgatccaccc 4140
gcctcagcct cctaacatgc tgggattaca ggcgtgtgcc accactcccg gcccaatcta 4200
catttttatt tagagttgac caccagaaca acatggattc aaacttgcag ctatttgatt 4260
ttgggcctta aatctatctg gcactcctcg tgggattcca atggcatcta tataaacatg 4320
agagtcacga gggacatcca ttgttttatg atgttctgtt tttatgtatg ttttctggat 4380
gaaataccag ggtgaaaggg agatagccaa ttggattaga gctcaagtgc cacgccaagt 4440
aacttggcag agtattcagt aatggtccac cacaacacca ccatacgttt gcttggggat 4500
gaataaggga cgactgattg gtaagctcct ggaagggctt aagctcactg catctcgtta 4560
ggtctccaag caaattcaag ttctccccct gtgagagaca cgaggtaaaa ttggcattgg 4620
aagacggatg cttgatggcc ctcgggggct gacccgcagg gtgtcggact tcaggggact 4680
tcaggaaaca gcagcgagag agtttggcat agcttattgc cccaggttgt ggggtcttgg 4740
aagagagctg ccatacaact taatgcctga tcggctggag gacgatccga gtggaaaggg 4800
aacaatctgg ggctctggct taccacgtgc gtaagcataa caatcgcttt gtttagcgag 4860
cggacagaat gtttaatcca ttccagccat gcatttgcat ctcggtaccg tttcaattgg 4920
tagagtttgc tttagatctt taacctctac aatggtcact ttggttttgt cattgggtgt 4980
ttgtttagaa ggggatgaag ggggtggggg aacaatgaag cgcatttcga aagatcctgt 5040
agggtctatc cctaatgttg cggctcccat gctgtagaag ctacttaaag tgggattagg 5100
attggtggag gtagaggtaa gaatagaaat ttgcactggg ttacattggt gatattggca 5160
attagagggg gccttccctt tgaaacgaag gtagggttgt agagagatgc agctttttgg 5220
ggaagtctac ccttgaggat cggtattcca taggacgtca ttccgggatg ggcagaacct 5280
ctcctcaaac ccttcccatt cccaaactgc aaagaatgta atggatttag tttcgattag 5340
gcaagcattg tgtgaggatt tagaatttat cttggaaggg cagagatatt tttctgagaa 5400
ggccagttgc ctctggtttt ggagatcccc acaggatatg acaagacagg catcaaatgt 5460
gattgaggtg agcttgatct agttacatta atgataaaat agctgacggt agagagagga 5520
aagaagacaa ggcagtataa gagggttaaa gttttcgtag ctttaggttg gtagaaattg 5580
gccctggaac aatagcccat gactctgaag atggtgatgc tgttttgact ggggtatgat 5640
gggtccaccc cttttcggct gttcgggctg ctgtttcagt taggagtgct aggtatggtc 5700
cttcccaagc tggctccttc cagcttttga taaggatgtg atctccaggc tggtattgat 5760
gtaccaggaa ctgtaagggt ggcatctgtg ctaaaatacc tttagttctg aggtaagaga 5820
aagtggaaag ccaagtatat aatttgatcc tttgtttcaa aggtaggaat gtcagtagta 5880
agagtgtaaa taaggcagtc cacataacag agagataggc cagtatcttt ctgagaggca 5940
gtcctgactg aattaggtga atctgtaaac ccttggggta ggactctcca ttggtactgc 6000
tgcttccatc cagaatgagg gttttcccac tcaaaagcaa atacttctct tgtcttcagc 6060
caagggacat gcccagaagg catcttttaa atctgttact ctgaaccatt gattgtcatg 6120
gaattctgct gaggatggta aaaggattgg ggacaacagg gtgggtagtc tggactattt 6180
ggttgatagc ctggagatct tgtactagtt gatgagacct gtctgatttc tttacaggta 6240
atactggggt gttaataggg ggacatacag ggttcaggga atcagtcctg aatgagaact 6300
tcaactacag gctttaattc tattctgccc tctaggggaa tgggatatta cctttttctt 6360
actatttccc ctggggtctt taactttgta tggattggag tgacttgaag tttctttttt 6420
tctttctttt ttttttttga gttggagtct ctgtcaccca agctggagtg caatggtgtg 6480
atcttaagcc actgcaacct ttgcctcctg ggttcaaaca attctcctgc ctcggcctcc 6540
tgagtagctg ggattacagg cgcctgccac tgcacccagc taatttttgt atttttagta 6600
gagatggggt ttcaccatgt tggccaggct ggtctcaaac tcctgacctc gtgatccacc 6660
caccttggcc tcccaaagtg ctggtatttc aagtgtgagc cagcaagccc agcctccctg 6720
atttcttttt cctgcccata catgaggatg aatgtatttt tcttctgcgg tggtaagtct 6780
cttcctaata agttcgttcc tgcctcaggg attaacagga atttaacatg ggctgatcaa 6840
tttttgtata gacctctgtc ttttaagatt tttgctttaa atcttttatc cctgagatag 6900
aaagttcttc tgaagaacag gtgatagata ccagatggga gggaacggga gcgagctgct 6960
gctgaatctg taagaaggtt ttaagttcac atttgggtcc cacctctaaa tttatcaggg 7020
gctcttggtg ggactcaagg taaaagagac agcccctgac ctccctattt tcctggaagg 7080
ccataagtgg aatatttttt ctttttccca tttggggcat tctcttttga agtgacctac 7140
tcttccacat ttgaaacatt tgttttcccc tcttccctgt cctgcactgt gacttccagg 7200
ttttattccc ttactccttg tatacagttt ggtcgctggt ggcctagagg gtttgtaagt 7260
tttacttcct tgtgtctcct actgcagagt tctctgttgt aaggtagaca gcatgatttt 7320
tgccttttgt ttctgctgct ctttgtccct acttatatgc ttctctaaga agttagtctc 7380
tgggacaatc tttccaattc tctatctttt gtagttgttt ttagaggtgt ttggccaagt 7440
cttagtaaca aaatgaagct ttagcatccc ttgccccagt gggtcttcca tttctaaacc 7500
tgcatatttt ctcatctgtt ctttaagcct atttaggaat tcatgggtcc ttcatccatc 7560
ccttgtatgt tgaatgcttg ggaaatactc tcagttcggg atactgatgg aacattttga 7620
ccggtagggt gttaatgttc ccagactacc aaagcagccc tatggatcat ggttcttctc 7680
ccaagaaggg aatgcctaaa atggacataa gctcggccca tacaactggg gtcctaaaaa 7740
atgatttgat ctgctacccc ataagggtca tctaacaagg gcttgagttt ttcttttttt 7800
ttagattttg tacttctgag ctggttaagg gggcatttac gaagctgatg cctcctctcc 7860
caaggggcac ttcttcaagg ggaagagagt tgggggcaat tctttggagg tggaaagggg 7920
aaagggaagt tctgagtatc ctttttacat tgttctattt catgctgtag ggcttaagtg 7980
tgtggctagg gggaacatgg ggtattgatt caggattata tgggggaggg actgatgagt 8040
ggggggatcc tgtgtaccgg cttgatgcat ggggtttggc agaggcaagt ggtctggtgg 8100
gtcccatatg ttagcaggct gttcgggggt agagacctta ctcctttcag aggagttggc 8160
ttctggcttg cttcctgtag ttatgtttag tcctttcact atccttttag catgagaacc 8220
taggggactg tcagagggga tgttactgtc attaatttga tcctttctat ttactgtctt 8280
tcttgaggta ttttgcataa tgaaggtttg gtgtgaggcc caaaattaga tttattgcct 8340
ttcctcatag gctcaacctc ccttactgga gatttcttgc cattcctttc tctagagggt 8400
cagcccctgg ctactggaga tttcttgcac tcttctcctt ttgcttcatc cttctctggc 8460
tgcttcccag gagggaatat ttcaggtcct ccttagcatt ggtgtgtcag tataagcccc 8520
atgacaggaa tccaccataa gctatacgag gtgaccatgg aatcacagat ccggaatcat 8580
cgctcgcttc gcactcagtt gtgcgtctca ttgacacact ttcaacctct aaaatgccct 8640
gaccaccaag gaaatacttt gtcgcccctg tgacttttct taacttggtc tgtgcagtta 8700
cctggtcacc gcagtatgtg aggatccttt ccgcctgtgt tgctgagagt ctgggtttat 8760
gtgtcacctt gggtgggacc caatctcctg tttgtgaggc caccgcaaag aggtggtggg 8820
atgcctctcc tcaagagagg tgatcgtggg cttctcctga aggagaacgg taatcccaga 8880
tgagctccca aattgttggc aataagagct cagagttgca aagaaaatga tctccaaaag 8940
atttctcagc aaggcagatt tacttctgca gaatggtgct gcttgcactc ctggtcacag 9000
tgagagcacc ccgaacaaag gaggtgaagt ggtttttatc cctaacacag ctagttcctg 9060
cttctgtgtt ctatccccat tggctagagt ccaatctaaa ctagtcctga ttggctattt 9120
taaacaggag gggtgtgggt tacagcagtg ggaagagcag ttgccacgag cgagggagac 9180
ttttccagat aaggaacaaa tgcgggttac aggttgggat tggtgggaga aatgtttaca 9240
gaatgggtaa ttaggagtgg gaaggtatga ggaagttgac cttaagaaca aagaacaagg 9300
aagttaaact ttgaagagaa acccatcata cctaacagtc ttgtaagaaa ggatgacaaa 9360
gtgattgaac attgggtgga gctaattttc cttggccaat tcacttagta agataaggag 9420
ctccaaatca tatttaagtt gggagtcaat tgattttact taattcttgt gaggttcagt 9480
tataagattc atcatactac taccatgagc catcctcagc tccttgttac atgggcctgt 9540
taacatggca gctttgtcta taagcaaacc caggagagaa agacatagca gagatggatg 9600
tttgaagtct ataccttcca ccccctttaa agagaaagta acaccactcc ttttctgtgt 9660
cccttgggga cactacctcc atgtctggtc acatggctgg actttacagc agataagcat 9720
actgtggcct gagaccatga ttgtatgctt tccttctgct gacctttaca atccctcaat 9780
aaattgagct aacacaggga agctttttta ccaaataact gtgttgcatc atcctccagt 9840
ttgcctggtg tccttaatca atggaagggg aataagcaaa ctgagttttc ttacaccttt 9900
tgagtatagt gtttttgcca tcatagatgt ggctcctcat aattctccaa cttttatatt 9960
aaaaaaccaa aacctcaaaa attgtagttc atgtcagtca gtgatgactc atcttagaag 10020
tattttgttt ttggatgtgt gaatgtgcat agttcttaaa gtccaacatt catgtaataa 10080
gacatcttgc atataacaat gacccttacg tctaagatgt taaatagatc ctaagcctgg 10140
tataacttta ttcaagtatc cttatttgcc cctaaaatgt ctttaataca cattacttgg 10200
gttatttctt gaatgaacat acaggtatcc caatttctgt ttttaagaga atggggtctt 10260
gctctgtcac ccaggctgga gtgcagtggt gcagtcatgg cttactgcat ccatgatcct 10320
cctgcctcag cctcccaagt agatgggact gaaagcacac actgccatcc ctggctaatg 10380
ttttcatatt ttgtagagtt gcagccttgc tacgtgaccc aggctggagt gtagtagcta 10440
ttcacaggca tgattgcttg aaactcatgg cttcaaggga aactcccacc ctcaatatcc 10500
tcagtagctg caactacagc catacccccc actgctcagc ttctcatcct ttaaaagatt 10560
tttactggta gtgtcctcat tctgggtttt tgtcttctgt gtttactgtg acatgaagtc 10620
atttttagat gaaggttaaa cattttgcca acgcaggtac aatatgggat tcaataaaag 10680
tacagaatta aagttgtctt attagagatt gggaagtttc ccagctccgt ttatcggtac 10740
ttggccgtac cgataaaggg gatggacttg gagtgaccag gtcttagtca catgtatttt 10800
cataccctaa acaagaagcg gtatagacca gaatggagca ctgattgtaa tccaccttct 10860
ttcttagaaa ctggcgatgg aatatgagag gagccctctg gaaagaaaag gacagaccct 10920
gtgctttcat gaaagtgaag atctggctga accagttcca caaggttact gtatacatag 10980
cctgagttta aaaggctgtg cccacttcaa gaatgtcatt gttagacttt gaaatttcta 11040
actgcctacc tgcataaaga aaataaaatc ttttaaatca aaa 11083
<210> 2
<211> 4268
<212> DNA
<213> 人源(Homo sapiens)
<400> 2
gcagccgcgc ccccagccgt atttccgcgg gcgctgagca ctagagagag cgtcttgtgg 60
ctgcggcctg cccctcagcc tcctccgcgc ggttacccct gtacccgccg ccatccgtcc 120
tggcgctccg gatgagtcaa tgaggggcag ggcccgagga gtggtcttcc caagaacccc 180
tggtggcctc ccaaggccgg tgctgtgtac ctcctccccg acaaaagggg aaactgaggc 240
cccgagggga gtgggaagag ccggctggac gtcaggccca gccgctggtg cagtggtccg 300
tcccctctgc cggggtgggc ccctcgggtt tcgcgtgtcc tcgggaaaga gactggcggg 360
tgagccgcgc cctcggcctt cgctgggcta agccgacccc atgcagacgt caaacccccc 420
taggtcggca cagcctctct gcggggaggc ttagtgcccc cttgagaaac ggcttggcaa 480
cgctgtgccc ggggccttgc acgcgggctg agggggctag agacctcgcg acttttactc 540
ccccgacccc gatctccgac tcctgacttt ggaagccccc aaagctgctt ttcggttgcc 600
tacaaagtgt cggtcattgt gccacgtcct tggaaccgtg aactcatttt ctcctcaata 660
acctttaaaa agtagctgta aaacctccat tttacagacc agttggctga ggtttaaatg 720
gaggacgctc ccagggcccc agaggggcga attccagact cctttgccag gaccttgtac 780
taagcccctt ccctacgctt ttccctgcct aggcctcgtg ggctgtgcgg ctatcctgga 840
gacagatgac agctctccct tggatggctt tgctggttcc gcaccagcca gcgcccccat 900
ttttcctgca gcaccctgat ctgcactccc tgaggggctc ccactgtccg cggtgtgagg 960
atgtccctgg gtaagtggtg ctggtcatga gcactttggg ggacccttca aattcccttc 1020
tgggggaccc cagcggaggg catggtcatg aattccgaga actgtatggc aaagccgggt 1080
gcagaggaga gcctggctaa gttctttcat tctcctgagc ttgactttct gtaatgtagg 1140
gaaactgcga aagctctgta agtggggaga tcttgcacgt ttttcttgct tttgaaccca 1200
tgatgtctgg ctacttgtag atactcaata tttgtgggat gaatgaacaa tttaagcctt 1260
tttttttttt aaccagaaat tggtcttctg tgactttctt gatgggggca gatgagatct 1320
ttgtactgca ttaagtggat agcgctcagg tcctttgggc ttggcgcttt ggcaatctcc 1380
aggcagctca ctttggcctc tgttcctgga tcccctttgc tcttttctgc gcctgcattc 1440
gtaagtgatc acgggctgcc cgtgtcctgg tcattggtag tgcaggcaga ggaaatgcgg 1500
gaaaggttgc tgtgtttgga gggtccacat cttcaccctc ctgtcccagg agctttccta 1560
cactcctcct tctcaaagct gcacacacct ggggcctcca ggggattggg ggctgccgtg 1620
tgtgttatat catgattaga gctttcactt cctgctccct gctgttggga accaggctgt 1680
gtgtgttgct taaattcccc ttgatgacca gcagagtcac tgccactcag ccatggcaca 1740
ctgctgtaaa cctggttttg atctcctttc aatcttttgc tgattaacta cacattgatc 1800
agtgttggcc accctcaccc tgccatagac catccgctgt cttcctctgt agagttaact 1860
attttctctt ttatgaggaa atagtgtgtt tgcttaggag tgtttactgt ctggtaacta 1920
ctgtgctaag ccctttcctg ttgcctgcca tccctgctgc gagcagggac aagctgggtg 1980
ctcactcatg gcatcttatc tgttgcagat agtccactgt gtgcagaggc atgggagttg 2040
tcatgttggg aacatgctag acctcagtat ccttgaggta agatctctgg ttcattctct 2100
ggaatgttgg ttccttgtat ctagtacagt tctgtacatg ttcccagggg ctttggggtt 2160
ggtgtagggg agctgagagg tgagatgaga atggcactgt gggtccccag atccgctgtc 2220
cacccagcca acccagatca cctctggcct ttcctgtgcc ttccgggctt gctgctgggg 2280
ggaaacctcc agagtcccac tttggtaata agaggtctct gccctttctc cctgggcagc 2340
aggatgttgt aatggaaaat gagtggacct aggcttcaga gactctggtc ccctggcttt 2400
gaatcccctt ctgccactat cccagtcaag gactgattca gaacctaatt ttcttcattt 2460
ggaaaataat gttctgatag aggtgacttt tgtggtactt gagaccatat gattcctatc 2520
attaccaacc aatattttcc gattgttttt gccccatgtg acttctctgt gattcctcct 2580
ggcaaggaag ttttacagga aagcagggcc acttttggga tcctgtgctg ggctggatca 2640
ttttcctgga ctggacctag tccacaagct gctggcatct gtttctcctc atggatctct 2700
ctctgccctt gtatacacct gcattcaaaa atgatcacgg gctgcctgtg ctctggtcat 2760
caataacgca gggagaggaa ttgctgaaag ccgtttcccg tgtttggagg gttcacacct 2820
gtccctttca aatgctggcg ctttcacaca ctccttctct cctgccagca ccttctggtc 2880
tcaggagcat tgcaggatgt tgtgtgagtg agtgatggga gacactttag tatggctttt 2940
ttcagcttag cctcctgtta tcagagagca gtctctttca gtgtcaaggt ttgagtacta 3000
gatggtggag aaagcctgtg tgaattattt ttaatgaata agtgtgatga tgggtggcat 3060
acagtcactg ccttaagatt ttcaaagaga agcagccttt tggaggtggt gggcctgggc 3120
aggtctttca aggagtggga tgtgatgggc agtagaaagg tattccaggg aggggtagca 3180
acatgagaag gtctttcaag gattgggatg tgatgggcag tagaaaggta ttccagggag 3240
gggtagcagc atgagaaggt ctttgagtct gggatgagca agagtgtcta gtcccaccag 3300
ggagacagat gtgtaggcaa gtaatgacag catggaggga tggctgctgg ggtgatcctt 3360
ggctcccagc acggcgaggt ggacatctat gggaggggcc ctgagaggtc tcttgagctg 3420
tctttctgcc agttgcacat ctgctcagtt gcctgttaag actcttaaga cagttttgct 3480
ggactcttaa gtttttattt tgatattctt tgggagcatt gagattcctt tttgagatga 3540
gtttggtatg aaagaaactg gcaactcata cctgattgat taactggggg cattcccatt 3600
gacatcagct tgaagaaaga cgacagaaca ctggagacca agtacttaca gccttctgct 3660
ctgtggcccc tcctcactcc agggatgctg ccttgggtct ggaaactgtt agaggaaacc 3720
ccaagaggtg caggcactga gcctctcagg acaatgacct ggggtcccag ctcccctgga 3780
ggggcctcct catggtaagt gaatgccaag aggttaagtt ggcctgtgtt tccgaggtgg 3840
aaattccagg tcgctggctt catttgtctt ctcttttaga ttgtttgggg gttgatcaca 3900
gaccaagagt gacgagtgat gtcaccctgt gactcatggc tggaccttct tgcccctatt 3960
gtctcagcac aacattattc gacttttccc tcagcgtggg tgggcagagg aaaagccctg 4020
tggctctggg gacttgggat ccagagttga agacccttca gctggctctg ccctgccagt 4080
gccacagagt gccatggccc aggaagacag gttttcttcc atctaggcca ggccatccag 4140
tggccatcct ccgtgtcctc ccgcctcctc ctggtgtgac ttctgaaaac caagaatttg 4200
ttcctgttga ctttttctgt gctatggacc attgtcctct cacccactca ataaatcttg 4260
aaacatgc 4268
<210> 3
<211> 6062
<212> DNA
<213> 人源(Homo sapiens)
<400> 3
gaaggacttc cggtggcttc caaggcgact ccgtagtgga tgcagcgccg gacgccacag 60
ccgaaaaaca gaatcttgga actggtttag tacaatccag gtcgagttcc ttgtttttta 120
tccgagtggc cggcaggccc atgtgctgtc ttgtttttaa cacatcagct cttgccggaa 180
gccgctaaga gataaaatag gaagtcccac ccttccctta gagaaggaaa acggagagcc 240
gaaggagtca atctaaattc gatgagcgcg tcgggctcca aggcaggcgc tgtcagcccg 300
ggagggctgt ctgggatttc tagagggtcc cagaacgggt tcttcccagg ccgatcccgc 360
ctgcttcctg ccccgtctct ccacccgcct cccgccctct gtaagggacc ccgagggcgg 420
cgccggaaac acggagaagg cccagaacgg cgcgggaccc gagaggccta cgttggcaaa 480
cgcagcccgc tgcccctttg ctcgcttccc ccgggcctgg agtggctcct gtcgcttctg 540
gcgctccgat ttcgagaaat gactttcagc tgtgcaaggc gagaatgcta ctttagatga 600
tgagaaaaaa tctctcgaat ggctcccaaa atgaggtcct tgtttaagag gccacaggaa 660
gccgctagcc gaactctgat accaaagagg aggccaagaa gcggactgtg gcttggtgac 720
ctgtttggta ttgccaaatt ttcagctttt attaaagctg aaacaccttg gctgtttaaa 780
acgttcgaca aggacttttt tatgaacgtt aacggcacag catacgggtt ttttggaaaa 840
aaaaaaaggc aggacttcag cccgtccgcc cccttgtgca ggtccattca tgaacctcga 900
gttagaggcc tttcttctga aactcagaat ctagtaggga agacctgtgt agacgaataa 960
aaataaatac atcacagctt gttaagtgct gtgacaaaga ggcagtgaaa tcctgcttga 1020
ggtcatctgc cttgctaaag aggtttgact atgttgtagg cacagggtta gggttagact 1080
ctgtaatggg aagttatgtg atcagatttc tgtttaggaa gatcactggc caggcggggt 1140
ggcttacgcc tgtaatccca atactttggg aggccgagtc ggtggattgc ttgaggctag 1200
gattttgaga ccagcctggg gaaaccgcgt ctctactaaa aatttgaaat tagccaggca 1260
tggtggtgcg agcctgtaat tccagctact tggaggctga ggcgggagaa tagcttgaac 1320
ccagtggcgg aggctgcagt gagccgagat tgcgccactg cactccagcc tgggcgacag 1380
agcgagattc cgtctcaaaa aaatcattgt aagtaattgg atttttgtgt gtgtgtgatg 1440
ttctgaagat aggctttcta ggccaaatcg tcactcaagg ccaattcgaa cacaattcag 1500
tttaaatcag aatacattcg agtgataatt ccttaccttt ttaaatagtt catagaaaac 1560
tttttgtaga cattatctgg tttaattctg attgtaatcc acatgaattc tcttatccac 1620
agtaaggaac agtaatttag aagactaata aactgttcca agatcacaca gctagtaaaa 1680
gtggaactca acctaaaact ccagagtcaa gcttttccat catgtagact cagtttaata 1740
gtaatagtta attaaaaatt ctagagaaaa atgtgggaaa caatttcctc acaagtgacc 1800
agctgcaaat gttatttgta ttccattaac caacatttat tgggtgcctg ttatataaaa 1860
gataaaactg ggttctgcct tcaaagagtt cacttgaaat ttaaaattta tgtgaaaatt 1920
tagcacttcc tacagtgttt taatagctat ttcaacagtg ttggtgttgt atgacaaggt 1980
gataaatttc ttgacaataa caatagcaca attctgtata tggattgggc attctgtgat 2040
ctttgggtga tttatcttgc tacctttctt accttggggg tttagttaac acttatgttc 2100
ctcccctgag cagtgaagta aaatctaagt ttatgtttca gttctatttt gagtattttg 2160
agttactaag acaggacctt aaggaagtca gtttgacctc atttccaact gagagagtcc 2220
atagatgtca ttcaagacta attttctgat tctaaggaaa aagggaagtc tttttttttc 2280
ttcctctctt tatttttgaa tgaataatgc ttgacatgga caacacagac ttttagtgaa 2340
gacagagagt cctagtgatg aaaccacctt tgcaaaaatt acaactgaga aaattatgac 2400
agtgaaagag atctgaccta accaattcca tcttgcttct aaactctgtc cttgttcatt 2460
cctgggcata ggcagaacta actctggaag gaacttagtt tatagtgtaa ctttgaaaca 2520
aagatgataa cagctcattc tgaaaacaaa cccctttctg gcctggggac cagactgcct 2580
ttttagggct agcaaattag ccacaagatt agaaattaca gtttaggaat aatgcagcta 2640
gaggccacaa gattctaaac ctccccaatt gttcctaagg ataatatcac tattgtaaaa 2700
cccaagattg gtgcttaaga tgtttttcag accccgcact catggatcag ctggcatcac 2760
tcagatggat aaactggctc atctagtcct gtagccccca cccaagaact gactcagtgc 2820
aagaggacag tttcaactcc ctatgatttc atgtcacacc agagccatca attctccccg 2880
ctccctggtc tcctactccc ccaaattatc ctttaaaaat cccagtctct gaattttcag 2940
gagactgctt taagtaataa taaaactctg gtctcctgtt tagccagctc tgtgtgaatt 3000
aaactcttta ttgcaattcc tttgtcttga tgaatccact gtctgggcag cgggcaagat 3060
gaacccgttg ggtggttaca atgacaccag gaacccctgg gatcaagact tgctcgaagc 3120
cagccacact tgagacctgt taaccaaaaa aaaaaaaaaa aatccttttc ttatttaagt 3180
ccagttttct tttacttgca tcatgaagca acctaaatga taacagaagt tttattgcca 3240
aatataccag ttacagtctt aagaaagtcg caaaggaaaa actcagagca aagattttca 3300
gtcttcataa gttcaaaatg tatactttta tcatgtctga gaaaagaaag caatcaatat 3360
attcacatct ttttctgggt atatgtgata tttttccatt ggataatgaa tagtaaacac 3420
ttttacaata gcaagttgac aaaatgagaa tgtataaaag aaattaaaat atatcaacta 3480
ttaaataaat gccaggcatt atgcaacaaa ccttatatgc attatttcaa ataattatta 3540
taactactct gaatagacac attatttcca ttttacagat gagaaaaatg aggttcaaag 3600
aagtgatgtc atgttctctg attctgtcta tattggatac ctggtgacga tctccccctg 3660
tctaataccc taaacatacg ttcacctgca tgctgcttct gttctggacc tttgcgctgg 3720
atgtagtccc aacagagtgg cttgctggga ggagggagat acttttcaga taaggcacta 3780
gcacttcatc ctaacaactt ctccatactg aggcaacatt tttaaataca cagagaatgc 3840
ctaggattca attgttgaga aaaattgatg taagtctgtt tgtctcaaag aaagctatca 3900
ggaactacag ttttattaac ctaaatgaac acctggtttg atgatgacta tgtaaatgta 3960
tttttagcta attaatttat tatttctgcc catcagccaa cgagtggata aagaaaatgt 4020
gatatatatg cactatggaa tactaagcca taagaaggaa tgaaataatg gcatttgcag 4080
caacctagat ggagttggag accattattc taagtgaagt aactcaagaa tggaaaacca 4140
aatattgtat gttctcactc gtaagtggga gctaagctgc gaagatgcaa aggcataaga 4200
atgatatagt ggactttgag gactcaaggg ttgaaggatg agactacaca ttgggtacag 4260
tgtgcactgc ttgggtgatg agtgcaccaa aatctcagaa ctcaccactg aagaacttcc 4320
ccatgtaacc aaaaaccacc tgttccacag aaactatcga aataacattt ttaaaacttt 4380
actatttctg aataaaattt acatacattt ctcagaaaaa aaaatatttg gaattgaggt 4440
atctaataga gaactgagtt aaattattgc cacttaaaaa cacaaagtga tatagccact 4500
ttatgaatta atcagtcagc agtggctagg ttatgcttag tggtttataa ccaaatctta 4560
gtttataaca acaaatgtgt attgttaatt cccactacaa gtttataacg acattgctgg 4620
atgctacact ccatgtctct ttgtgggacc caggctcatg ggacttctgt tacctgcatt 4680
agagagagag aagacaacaa aatatgcact ggttcttgaa gctttggccc agaagtaaaa 4740
tatgtctttt acctgttcac attgcattgg gccagggcaa ttatcatggc tgcaagtaac 4800
ttcaaaagga tggggaagtg cgatcttggc atgtgtcaga agaaatgaaa acatttggtg 4860
aagagcatta atgactgtct ttacaggaaa aaagcaatca aatagacatg attgcttgtt 4920
tcagtttcat catttcctac tgtgttacct aaactttctg agccccagtt tcttattact 4980
aaaataaaat aaagatgata ttcacttcaa ggactttgtg ttaactaggg taaaaaaatt 5040
gaaaactagt aagttatgca aattagaaat gtataatatt actgctttga aagtgatggt 5100
gaaatgtaga ataattggaa ggataacaca aagcacttat accaggaggc ttttagctgc 5160
agataataga aatgaacctc cactacttta atcaataaaa aagtgtatca gctcacaaat 5220
ttgtcatcca gacataaagg aggcttcaga atttattgac tcaggagttg aatgttggta 5280
tcaaggacct agatttttct catcactctg cacttcaatt ctcaatgccc tattgaacat 5340
caggctgtag taagatggct agagtgattc cagggataac atctagagat aaaaaagaga 5400
actccttttc ttatgatttt tttcttaaga gaaaaggaat ttcccaaaag cccccagcaa 5460
gcatgccttc acatcccatg gccagaagtg gctcacatgt gtaccctgag ctaagcactg 5520
cagacaggaa tggaatcgcc tgtaggcctc agagaccacc tggatcttgg gaaggtgtca 5580
gctctacctg tggcacttgg ctgagtggga aagggatgga aacatgaata aagtaagaat 5640
taggaaggaa aaggagaaat ggatccaggg tatgaagcca atagtttagt tatctcaaca 5700
aatatgattg atttcatctt tatgaatgtg atgacctaat ttaatacatt caatcaatga 5760
agtaaaaaaa agtgcaagga caatatgaca tctgtcattc tctgttgaga tttgagaggt 5820
aataatacca agaacgtgtg gtgacctggg tcctcactgc tactgtcttc ctgtacctgg 5880
acacttctag caagagactt caacttcaga acaaagagga tcccaacttg tagctgcatt 5940
atacacaccc cagcagcaca cataagttga tttctaatta ttcctcttta agaaattgtt 6000
tgtggaatat ttatctattt ataaatggaa aaatagaaaa ttaaaataac aaaaataagt 6060
aa 6062
<210> 4
<211> 8530
<212> DNA
<213> 人源(Homo sapiens)
<400> 4
agttggttcc cggaggcaga atctgttaaa ctgacaaagc ccacgtctcc gggtccctgt 60
ctcggggagt cgggactatt gggtcacccc gggtagtcga gactctagac tgagctgtct 120
cggtcactca ggaggcagtt ggcagagtat tcgtggtcag ggaggtgacc cgtggtcagc 180
agggtcaggc cacccaggga caaagggtgc tcctgcaccg ggccttggag aaggacagag 240
cggtggggac ttggggtcag cgggggagcc tccgcggatg gggagtcacc acctgccggg 300
taagagggga ctcatcacag gggccggagc aagacaagcc ctccctcccg gctcaggccg 360
ggtcccaggc tggacccctc cctgtctcac agggccggcc tccttcggag ctggctggga 420
tggaaagggg aagtaggagg agctcaggac acagggattg gggccgatcc tggggtctga 480
gctgtggggt gaggagggga tcgcctgtcc cctggggagt gacgatgtca cccagccgtg 540
gccgttgcgg aggtcatgat ctgaaccttg acaggtaacc ccagggctgc cttcctgttc 600
ttctcctggg ctgtcagggg acaccctgct ctgttttgtt tttaagtgac cagagacaga 660
cacgtaacat agaaaacgct atcactttga tcatttgttt cgaatggaag aaaaaccgac 720
acaagtgggt ttctggtggg aagcgcttcc ctccaactcc aggaactcca tcaaggagtt 780
aagaaagcac agagtcctgt cagcagccag agacatgctg ggcagtggtg acctcggagc 840
caccccgcga catggagatc tcgagctccg ccctccgtgc agggagattc cttttggaaa 900
aaatctctgg cagagtggga gggtgtaggg gccagccaca tacatgcttg ctgctaggac 960
cccttagcca tgggcagggt gggcacagtg accagggcca ggaaacttac aggcccacca 1020
aagagtgtca atttcagtca gaagaaaaaa aaattgaact atgtgatttt tttttttttt 1080
aagacgcagt cttgctctgt cgcccaggct ggagtgcaga ggcgtgatct cggctcactg 1140
caagctcctc ctcccgggtt cacgccattc tcctgcctca gcctcccggg tagctgggac 1200
tacaggagcc cgccactgcg cccggctaat tttttctgta tttttagtag agatgaggtt 1260
tcaccgtggt ctcgatctcc tgacctcgtg atccacccgc ctcggcctcc caaagtgctg 1320
ggattacagg tgtgagccac cacgcctggc ctatgatatt aatatattta tcattatacc 1380
agtaactcat aaaatcaaat ttcaaacttt ttctttcttt tttttttttt tttttttgag 1440
acagagtctt gctgtgttgc caggctggag tgcagtggct ccatctcggc taactgcaac 1500
ctcctcctcc caggttcaag ccattcttct gcctcagcct cccgagtagc tgggactaca 1560
gccacccacc accacgcctg gctacttctt tgtattttag tagaaacagg gttttaccgt 1620
gttggtcaag atggtctcga tctcctgacc tcgtaacctg cccgccttgg cctcccgaag 1680
tgctgggatt acaggtgtga gccaccgcac ccagcaaact tcaaactttt taatggaaca 1740
aggacacaca ggcattaatc cccagtgtcc atcaaagttg caatgcagcc ctaacgcctg 1800
gcatccttga aagggatgtg catttagtaa tgagatttgc tcagcagcgt agtcagctgt 1860
gtggtgcatt ctcagctgtg cctcagcagc cctgatgcag acatccagaa ggagcacagc 1920
cactttatcc agaggtgaag ttttgcagca agacagcatt cataggggga gttctcaaca 1980
aatgtcagtc cccaaaaagg gaactggctt tattatggtc attaggatat tcactcgtag 2040
agaacaggac ctgacagaca aagcaaagaa tgaatactaa gattagaagt atttggcaca 2100
tttgggatga gaaggaggca cagtgggaaa gtgttgagtt gaaatcaaac ttgggttaaa 2160
tgtgctcagt tttgcccagg atcattcttg gccacaggac tcagtttgct gagcaggtac 2220
acaacacaca aggatacaag cagccattgc acacagacac acccacatca gacacaacct 2280
gctctcctct cctccctgca ccaagaggca catgtggcag gggtcctggt ggagcacttc 2340
caggaggaat gtctggggac cctcatgtga agggaactcc gtgtcaaggc accccctttc 2400
ctcagccaca gtgagctctt gggagctggg caatggtgtg ggagaggttg tgggggatag 2460
caaagcaggg gaaccagcct ggaattgtct cagagaaaga ccaggccact aagagtgcag 2520
atggagacat gagacatcca agggagggag gagaggggac cccctcgtga aactggggct 2580
cacgtaaacc tgcatcaagc actgcggcag tgttcaatca gaaatgctgc ccagtaccca 2640
ggtggggcac atacatgctc aacacgtgaa aaatatctgt tctgatttgt gcttcaggag 2700
aagagttaat gtctccttca tctttctctc tagcaatcag ccatgactgc ctttgcactg 2760
tccatgctct cagcccacca cctcctcccc ctgccattgc agtggctaac actggagacg 2820
aagaccaaga caccacagcc tttctccagt acctctcaaa tcagcacaga caaggacaaa 2880
ggcctcaatc cacaactgct gaagatggac cctggccaca tgggatggtc agacacgcct 2940
gcccagctat ctgcaggcga agaggctcag aagaggttta ggggcctgaa ggacatcttg 3000
cttccatgtc catatgagca ggctatttct gctccatgag tcaattttgc catataaaat 3060
acttaatttc agccattcca gggtgctata ggatgcacag cttcccatca gcccacctga 3120
actccagcca tgccatttta ataccaggaa taaggtcacc tgctttcctg ccccttagga 3180
ggccggagcc gtggaagcaa aatggcactt ctgtttacct gttatattat ttttttgtca 3240
tccttatatg tttgaaaaat gcaattatat gaaaaaagtt tagtaattac agacataaca 3300
gcagaaagtc ctcggaacca agcttattct catggccgat tctgctccac ctgggactct 3360
gctgtgctgc gggcatcctg tggtcagaat cgcagagggg ccatcaggga ggaccttccc 3420
agaggatgga cctcacgtga ctgctgcgtg ggcaagtggc actggccact ctgcctggag 3480
agaggagtaa atgcagggct ggccaggcga cctgcacact ctgctaccgg ccttgtccat 3540
ctttagcctc taatttgaaa atgaggatca cacagaccaa gagtatcttt gagggttagt 3600
acagaccaca gaaatgccct gggcctttca ctctctcctt ttgcaaattc ccatgtgtgg 3660
aaatgccgtt tggataatga gggagcctga aggaggtgga cacatgagca gccccgacag 3720
gcctggctcc atcctctgaa aatggggccc cgtgcccggc gtgtggcctt actggttcag 3780
tcttctttac agtggtaggt tttgagtgcc cagatgccca gtgcctccta cccggaacag 3840
gacaggacca ggctgtcccc tggaagaatc ccatgcacac ttggctattc agggagtttc 3900
cacccagccg agctcgcctc tgtggctacc ctggtcttgc tgctcatatc tgccaggaaa 3960
ggcctggact tggagagaaa cctgggattt ggattcagtc cttgccagcc tggctggttc 4020
atatccttac ctctgtctgt ggaagcctat gttcctgagc agcgagtcag agggggcatc 4080
tgaacgcaga gcagggagct tcagatggga agaagtcaga ggaaccagaa tgtatcagac 4140
gatgtggagt tgggtgcctg agctcaaagc aagctgggcc ttgggctggc tgtgtgatct 4200
tgggcaagtt cgaccagctt ctttgtgcct cttttctctc cttaataaga taaatgtctt 4260
cactagtaca ctgagggctg ccattaagtt ctatgtgcag ggatccaagg caggccctag 4320
gtctcttggt gagtgctact cctccttaca atttgctgcc cggagcaaca ttgggtgaca 4380
gaacttctta gcaccttggc agtccttgtc ctcctggacc ctctgttttg agggtggaat 4440
gaggtgaagg gcaagtgctt tcccagctgg tcaggtgctc taccaactgg gcatattcta 4500
atccccccag agtatacaga tcagagtttg atgtggccaa tgggtccaat gcccaagtga 4560
gaatctcttg atgaagttat tggtgtgggg ttttgctttg gtttttaatt atagagagca 4620
aaagtattga aagtattaca tttaccctaa aggtgtaagc aagttatggt caagtgaaga 4680
tgaagtacca tcctcaaaca cgggttccat tcttagctca tctcatttaa aggagagaaa 4740
agccttgcag gtgaaacatg gtgggggtag acaggggttc agccaatttc agtgtttggc 4800
cccaagaagt gaatttgggt ttgaggacct ctctctggaa ggattttatg accagatctt 4860
cctggagatg atattagaag cttttctcac caaatattta tttgcctggg gtgcaacttc 4920
tgcttcattc tctctttgac tccagctgtc tttttggact gaagtgcagg ttgctcacag 4980
catcctacaa agtaactgtc ttcccaaatc tcacttacct ctgagtttct gctgtattcc 5040
tgtctttctc tctctctttt tgaactggaa tctattactt tggatgatgc atgctggcgt 5100
tttctaaagt tttctgattg attgtgtctt taaaaaataa tctgatagta ttttagcttc 5160
ttgaattttg tggcatattt ttaggcctct cctaaaccca tttttgagtg ctatgacatt 5220
gttcatgtat gaagttatgc cagtagaaac aaaatgctgt catataggct cccctaaaac 5280
ttcaaatctg gtccagatct tagactggca gcttctgctg tcattggatc tcagtgagac 5340
ctttgcaccc atttcctccc tttgtgattc atccacggac atccccatct ccttgagaac 5400
aatctcagga atattccttg ccttctttcg gctctcactc catctcattt tctgctgttc 5460
actcgggaat aaagagatgt cccacacttt aaagagtaaa aacaaaaatt ggagctcaga 5520
gagggtgaac ttgtcaatat cacacagagc tgggagtgtg gtaagccctt gaaatggggc 5580
tcaatgacac cgctacctcc cagggattcc taatgtctga gggttccagt gagctgagat 5640
gaacccaggg cctaagaaga actctctgac ctcctcacct ccaaagcccc acccagtgca 5700
catggcctga ggcgtccatg gtgatggtaa agaaacctca cctgccatct ctcccattac 5760
tgccatgtcc cctctcatcc tattctgtgc caaatgtcca gatgtgatca atagaatcag 5820
gagaaaattg aggcctgagg ggagggggcc agactctggg agtggagagt ggattgaagt 5880
cagactaggg ctgttcagca aggagttcag ggccttcaag tgttgggagc ttggcagcaa 5940
tgccaagggg aatgggggtg gatttgggtc caagtttatg ttcgaagaat ataagcatga 6000
tttggagact cctgatgttc atatgccccc atcaagcaga gctaggggtc gccagaggag 6060
agaatggtgc tagaagttca ggtgagaaca gggcagaccc ctgcataaat gtgggatctc 6120
tctgtttgaa tcacggccca aacaccgtgg cagggacact cccaaggaac tcaaacatgt 6180
attttatcag ggctttaaca taaggaatat tgattcttaa gaaaattgga aacatatgag 6240
aatctaattt actctgttat gagatgccat acacctggaa gaacaggtta actgtcaaat 6300
tactaccaaa ttgttgcaaa aaattgccaa tgaagcaatc atacaaagct caggtaacag 6360
agtgggtggc catcactctg ggagagggag atagcactgg agaaggtcct tgtgactcag 6420
atcaaagaga gcaaatggca aagaaggggg acagttgctg ttttctgaag taaagcctct 6480
taggtgttat ttgaccattt gttacctgtg aatgtataat tttgattttt aaaataagta 6540
gaaaggagcc tctttcttaa aaccaaccaa tctctgagcc ccacagatgg tattctggtt 6600
tcttgcagga ggttctgggt cccacccgcc tgcccccttc taggacaacc ccaccagcaa 6660
ggaggtcttt tagttccttc tgtgtgtgtt cacctgctcg tcctggcttg ggccccaggg 6720
agcccaggaa cctcagggtt ctctcagctg cacttccatc cgtggtgccc aacctcagtg 6780
cctaggactc tgtgtgcctg acctcctcca ggcggggctg ctccctccag gtgtccacct 6840
ggtatgggca tcccgtggca gctctcctct gatgaccgag tgtggtgggg gtgctaaggc 6900
caacttgctg ctggcacgcc cagaacttat ttgctggctg tttcaaagac tccctaaagg 6960
caccatggat tttccttaga atacagttct gtgcagtccc gcccatcctc ttcccctctg 7020
tttcccacta gggctgatac ttgctttaag gtctgatggc tcacccagtc cttcataatt 7080
ttcacaatgt tatgttcctt cctaaaaccc ttgcagttta atctgctctt ggcgtctgct 7140
tctcagagga gctgaggaac agagacttca acccttcttc tctcagttcc tgctgcccct 7200
gtagtgaggc tgacagttgc agaccataga gccagcctgg ccttgcccag agcatacatg 7260
acctcttagt aaggctgggc cctgctaagg gctatgtttt gcacacgttc ctgctagtca 7320
catccagcac atctgggcta ccacttggat ggcaacatta cattgaagac cactgtggcc 7380
atggcaggag tagacaaggt ggcagtcttg tcttcagtcg tcatggaaat cccagctatg 7440
cagcactagc aggtgttttg taatggagga tcagatgctt gagcttctga gcaggccccc 7500
tccctctact gccttctgtc agggtcttgg cagcagccgg ctctggaagg catcccggct 7560
ctgggttcaa gagcttgctg ggcttctaca tgaaggtgtg aagtgtgaat gttacctttt 7620
ctgatttaca cttctgtttt ctgctacaaa cttgggatgt tttctgaggg atgctgaata 7680
gatgggggtg gatgggggga gggaggcagg ggctagaaag tgttcttctg gggccaccct 7740
ccagcctggg gcatctgatg gatgaggagg ggagaatctt tgagatcctg tttatgaggg 7800
cactgcaaat accacatttt tttcttgttt gcaaattcta gtggagaagt tttaccaggt 7860
tgggagagag gcctcagaat taagtccctg tctcctgcca cagtttacac cggtgaagct 7920
tcctggccga gcataaactc ccaggtggag tacaaacagc cttcaacaat ggcaccatca 7980
ttggtaccaa tggcattgag aggaggtggc actgacaccc taagtgggtg gcactgacac 8040
ctaagactta tggtcttctg ctgcctggag agctttgcct ccatcactgg tgcccacctt 8100
gggaattccc aggaattact cttcaaaggt acactcggac gcccactctg caaggccatt 8160
ttgttccctt acagtgcctc tgaaatcatt ttgagagagg agaataggga attagggtaa 8220
acaacggtta aggcataagc aaaagaacag caggtgcagc cagctctaga cagcatatag 8280
gccacatcct cactcctgtt ataacaaaac agaagtttcc acttcagcct tttgtttcat 8340
cctgggtaag tccttcatag ggtgtaacca attggaggcc tctaaagggc acctaggggt 8400
gttgctaaat tattaatagc ttaaaaccct aaagaacatt gtaatcagcg ctcttgagcc 8460
ctttacataa gttggcttcc actctgtgga gtgtactttg cttcaataaa tctgtgcttt 8520
cattgcttca 8530
<210> 5
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
tgcagtcagg cttcatacg 19
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
caccaggcga acacttacac 20
<210> 7
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
gtgtgaggat gtccctggat 20
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ccccaaacaa tcatgaggag 20
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
aagctgaaac accttggctg 20
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 10
atcctgactc cacctgctgt 20
<210> 11
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 11
ggtccaatgc ccaagtgaga 20
<210> 12
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 12
ccatgtttca cctgcaaggc 20
<210> 13
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 13
gtctacggcc ataccaccct gaa 23
<210> 14
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 14
aagcctacag cacccggtat tcc 23
Claims (10)
1.一种与结直肠癌相关的LncRNA标记物,其特征在于,所述LncRNA标记物包括:ZFAS1、SNHG11、LINC00909和/或LINC00654中的一种或多种,所述ZFAS1的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:1所示;所述的SNHG11的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:2所示;所述的LINC00909的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:3所示;所述的LINC00654的核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:4所示。
2.根据权利要求1所述的LncRNA标记物,其特征在于,所述的ZFAS1的特异性引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:5所示,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:6所示。
3.根据权利要求1所述的LncRNA标记物,其特征在于,所述的SNHG11的特异性扩增引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:7所示,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:8所示。
4.根据权利要求1所述的LncRNA标记物,其特征在于,所述的LINC00909的特异性扩增引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:9所示,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:10所示。
5.根据权利要求1所述的LncRNA标记物,其特征在于,所述的LINC00654的特异性扩增引物对,其上游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:11所示,其下游引物核苷酸序列如序列表中SEQ.ID.NO:12所示。
6.根据权利要求1-5任一项所述的血浆LncRNA标记物的应用,其特征在于,所述的LncRNA标记物在制备结直肠癌早期评估产品或筛选结直肠癌的肿瘤诊断药物中应用。
7.根据权利要求1-5任一项所述的血浆LncRNA标记物的应用,其特征在于,所述的LncRNA标记物在结直肠癌患者术后疗效评估辅助评估信息中应用。
8.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括特异性扩增LncRNA标记物ZFAS1、SNHG11、LINC00909和/或LINC00654的一组或多组引物序列。
9.根据权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒还包括5SRNA内参特异性引物、RNA提取系统、逆转录试剂及PCR扩增试剂。
10.如权利要求8-9任一项所述的试剂盒,其特征在于,所述的试剂盒用于获取结直肠癌早期检测筛查辅助评估或结直肠癌预后判断评估信息的收集。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811465283.1A CN109593849B (zh) | 2018-12-03 | 2018-12-03 | 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN201811465283.1A CN109593849B (zh) | 2018-12-03 | 2018-12-03 | 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN109593849A true CN109593849A (zh) | 2019-04-09 |
CN109593849B CN109593849B (zh) | 2022-04-08 |
Family
ID=65959434
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN201811465283.1A Active CN109593849B (zh) | 2018-12-03 | 2018-12-03 | 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN109593849B (zh) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110423819A (zh) * | 2019-08-14 | 2019-11-08 | 复旦大学附属华山医院 | 一种参与人结直肠癌增殖和耐药的lncRNA及其应用 |
CN113462780A (zh) * | 2021-07-01 | 2021-10-01 | 河南省人民医院 | 一种用于前列腺癌辅助诊断的标志物及试剂盒 |
-
2018
- 2018-12-03 CN CN201811465283.1A patent/CN109593849B/zh active Active
Non-Patent Citations (5)
Title |
---|
CHUNMING JIANG等: "TNF-α induces vascular endothelial cells apoptosis through overexpressing pregnancy induced noncoding RNA in Kawasaki disease model", 《THE INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOCHEMISTRY & CELL BIOLOGY》 * |
GIUSEPPE MILITELLO等: "Screening and validation of lncRNAs and circRNAs as miRNA sponges", 《BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS》 * |
L. LI等: "AIB1 regulates the ovarian cancer cell cycle through TUG1", 《EUROPEAN REVIEW FOR MEDICAL AND PHARMACOLOGICAL SCIENCES》 * |
梁思远等: "SNHG11在结直肠癌中的表达及功能预测", 《结直肠肛门外科》 * |
王卫理: "ZFAS1在结直肠癌中的表达及其促进肿瘤转移的研究", 《万方数据知识服务平台》 * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN110423819A (zh) * | 2019-08-14 | 2019-11-08 | 复旦大学附属华山医院 | 一种参与人结直肠癌增殖和耐药的lncRNA及其应用 |
CN110423819B (zh) * | 2019-08-14 | 2023-04-11 | 复旦大学附属华山医院 | 一种参与人结直肠癌增殖和耐药的lncRNA及其应用 |
CN113462780A (zh) * | 2021-07-01 | 2021-10-01 | 河南省人民医院 | 一种用于前列腺癌辅助诊断的标志物及试剂盒 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN109593849B (zh) | 2022-04-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN109790583B (zh) | 对肺腺癌亚型分型的方法 | |
CN110257497B (zh) | 血清/血浆LncRNA标志物ENST00000449605.1及其应用 | |
TW201013187A (en) | Molecular markers for lung and colorectal carcinomas | |
CN101608240A (zh) | 用于检测人类egfr基因突变的引物、探针及其使用方法 | |
CN111742061A (zh) | 基于pde4d7表达和术前临床变量的术前风险分层 | |
CN107937522B (zh) | 一组用于儿童急性淋巴细胞白血病诊断的circRNA标志物及其应用 | |
CN109593849A (zh) | 一组与结直肠癌相关的血浆LncRNA标记物及其应用 | |
KR102003835B1 (ko) | 섬유증 감수성 il22ra2 유전자 및 이의 용도 | |
CN110062811A (zh) | 基于人磷酸二酯酶4d变体7表达的风险评分 | |
CN106460047B (zh) | 用于鉴定癌前结肠直肠息肉和结肠直肠癌的方法及试剂盒 | |
CN113166812A (zh) | 基于pde4d7和dhx9表达的术前风险分层 | |
CN109355386A (zh) | 一种用于鉴定宫颈癌易感性的检测试剂盒 | |
CN110592198B (zh) | 高灵敏度检测flt3/d835y基因突变的方法、系统和试剂盒 | |
CN108676797B (zh) | 用于检测人乳头瘤病毒的成套试剂与方法 | |
CN102021228A (zh) | 用于组织或全血egfr基因突变检测的特异性引物 | |
CN108770360B (zh) | 对癌性疾病进行分期、分型和治疗的手段和方法 | |
CN105112514A (zh) | Gnas 基因突变检测试剂 | |
CN107805638B (zh) | 702位点发生突变的RanBP9突变基因及其应用 | |
CN107619439B (zh) | 921位点发生突变的RanBP9突变基因及其应用 | |
CN110592214A (zh) | Pgm2l1基因在制备用于诊断卵巢癌的标记物中的用途及诊断试剂和治疗药物 | |
CN107653248B (zh) | 926位点发生突变的RanBP9突变基因及其应用 | |
CN107641626B (zh) | 912位点发生突变的RanBP9突变基因及其应用 | |
CN107653247B (zh) | 126位点发生突变的RanBP9突变基因及其应用 | |
CN105316350B (zh) | 结核分枝杆菌EmbB突变基因及其用途 | |
CN109355393A (zh) | 宫颈小细胞癌相关的hpv整合基因位点及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant |