CN109402259A - 一种检测白血病融合基因和基因突变的试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种检测白血病融合基因和基因突变的试剂盒,具体的本发明提供了一种PCR‑电化学基因芯片法检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒,实验结果表明,本发明的试剂盒可同时检测多种白血病融合基因和基因突变,几乎覆盖所有常见型别;而且具有高度的特异性及良好的敏感性,准确性强。
Description
技术领域
本发明属于生物技术领域,具体地说,本发明涉及一种检测白血病融合基因和基因突变的试剂盒。
背景技术
白血病是造血系统的恶性克隆性疾病,由于造血干细胞受损,导致克隆中的白血病细胞失去进一步分化成熟的能力而停滞在细胞发育的不同阶段。大部分的白血病中都存在着包括缺失、重复、易位等染色体畸变,导致原癌基因或抑癌基因结构变异,原癌基因激活或抑癌基因失活,产生新的融合基因,编码融合蛋白。而融合基因通常被认为是与其相关的白白血病的重要标志,可通过检测融合基因来辅助诊断白血病,确定具有不同发病机制的白血病群探索发病原因。
因此,本领域技术人员致力于开发可同时检测多种白血病融合基因和突变基因的检测方法,以提高检测效率降低检测成本。
发明内容
本发明的目的在于提供一种检测白血病融合基因和基因突变的试剂盒,及检测方法。
在本发明的第一方面,提供了一种检测白血病相关基因变异的引物对组,所述引物对组包括第一引物对集,所述第一引物对集包括选自以下引物对1至引物对5中的一种或多种引物对:
引物对1:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F:ACTCGCAACAGTCCTTCGACA SEQ ID NO:1
BCR-ABL P210-F:CCGCTGACCATCAATAAGGA SEQ ID NO:2
BCR-ABL P230-F:AGTGCGTGGAGGAGATCGAG SEQ ID NO:3
BCR-ABL P190/P210/P230-R:ATTATAGCCTAAGACCCGGAGC SEQ ID NO:4;
引物对2:特异性扩增PML-RARA融合基因,包括:
PML-RARA BCR1/BCR2-F:CACCTCCAAGGCAGTCTCAC SEQ ID NO:7
PML-RARA BCR3-F:ATGAAGTGCTACGCCTCGGA SEQ ID NO:8
PML-RARA BCR1/BCR2/BCR3-R:ACCCCATAGTGGTAGCCTGA SEQ ID NO:9;
引物对3:特异性扩增SIL-TAL1融合基因,包括:
SIL-TAL1-F:GCAAACAGACCTCAGCTCC SEQ ID NO:12
SIL-TAL1-R:CGTTCAGCAGGACCAGG SEQ ID NO:13;
引物对4:特异性扩增CBFB-MYH11融合基因,包括:
CBFB-MYH11TYPE A/D/E-F:TGGAGTTTGATGAGGAGCGAG SEQ ID NO:16
CBFB-MYH11TYPE D/E-R:AGACACGTTGAGCTTCTGCC SEQ ID NO:17
CBFB-MYH11TYPE A-R:TGTTGACTTCCAGCCGCAGT SEQ ID NO:18;
引物对5:特异性扩增E2A-PBX1融合基因,包括:
E2A-PBX1-F:ACCAGCCTCATGCACAACC SEQ ID NO:21
E2A-PBX1-R:GTTGTCCAGCCGCATCAG SEQ ID NO:22。
在另一优选例中,所述引物对组还包括第二引物对集,所述第二引物对集包括选自以下引物对6至引物对11中的一种或多种引物对:
引物对6:特异性扩增TEL-AML1融合基因,包括:
TEL-AML1-F:AACCTCTCTCATCGGGAAGACC SEQ ID NO:25
TEL-AML1-R:GCCTCGCTCATCTTGCCT SEQ ID NO:26;
引物对7:特异性扩增NPM-ALK融合基因,包括:
NPM-ALK-F:AGAGGCAATGAATTACGAAGGCAG SEQ ID NO:29
NPM-ALK-R:GTTGGGGTTGTAGTCGGTCA SEQ ID NO:30;
引物对8:特异性扩增MLL-AF10融合基因,包括:
MLL-AF10 883/979/1931-F:CCTCAGCCACCTACTACAGGA SEQ ID NO:33
MLL-AF10 883/979-R:TGCAGTAGTATCTTCCAAGCG SEQ ID NO:34
MLL-AF10 1931-R:CAAATGCCCAGAAGACTGC SEQ ID NO:35;
引物对9:特异性扩增AMLI-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F:GCAAGTCGCCACCTACCACAG SEQ ID NO:42
AMLI-ETO-R:ACGTTGTCGGTGTAAATGAACT SEQ ID NO:43
引物对10:特异性扩增dup-MLL融合基因,包括:
dupMLL-F:AGGCTTAGGAATCTTGACTTCTG SEQ ID NO:38
dupMLL-R:GGGACTTCGCACTCTGACTT SEQ ID NO:39
引物对11:特异性扩增NPM1基因突变,包括:
NPM1A/B-F:TCCCAAAGTGGAAGCCAAA SEQ ID NO:46
NPM1A/B-R:CAGCCAGATATCAACTGTTACAGA SEQ ID NO:47。
在另一优选例中,所述第一引物对集包括引物对1至引物对5中的至少两种引物对。
在另一优选例中,所述第一引物对集包括引物对1至引物对5中的五种引物对。
在另一优选例中,所述第二引物对集包括引物对6至引物对11中的至少两种引物对。
在另一优选例中,所述第一引物对集包括引物对6至引物对11中的六种引物对。
在另一优选例中,所述第一引物对集和/或所述第二引物对集用于多重不对称PCR。
在另一优选例中,所述第一引物对集和/或所述第二引物对集还包括:
引物对12:
GAPDH-F GAAGGTGAAGGTCGGAGTC SEQ ID NO:51,
GAPDH-R GAAGATGGTGATGGGATTTC SEQ ID NO:52。
本发明的第二方面,提供了一种检测白血病相关基因变异的信号探针组,所述信号探针组包括选自下组的一种或多种信号探针:
BCR-ABL-SP:CGCTGAAGGGCTT SEQ ID NO:6,
PML-RARA-SP:GCTGCTCTGGGTCTC SEQ ID NO:11,
SIL-TAL1-SP:AGGGACGGGACGC SEQ ID NO:15,
CBFB-MYH11-SP:GTGTCCTTCTCCGAG SEQ ID NO:20,和
E2A-PBX1-SP:GCCTCCCGACTCCTA SEQ ID NO:24。
在另一优选例中,所述信号探针组还包括选自下组的一种或多种信号探针:
TEL-AML1-SP:GTCTCCCCGCCTGAA SEQ ID NO:28,
NPM-ALK-SP:TAAGGTTGAAGTGTGG SEQ ID NO:32,
MLL-AF10-SP:GGAGTGGTTTTGGGA SEQ ID NO:37,
dupMLL-SP:AGTAGTGGGCATGTA SEQ ID NO:41,
AMLI-ETO-SP:ACGCAATCTAGGCTGA SEQ ID NO:45,
NPM1-A-SP:ATCTCTGTCTGGCAGT SEQ ID NO:49,和
NPM1-B-SP:ATCTCTGCATGGCAGT SEQ ID NO:50。
在另一优选例中,所述信号探针的5’端标记有Fc(二茂铁分子)。
在另一优选例中,所述信号探针组还包括信号探针:
GADPH-SP:CCCTTCATTGACCTC SEQ ID NO:54。
本发明的第三方面,提供了一种检测白血病相关基因变异的捕获探针组,所述捕获探针组包括选自下组的一种或多种捕获探针:
BCR-ABL-CP:GGCTCAAAGTCAGATGCTACTGG SEQ ID NO:5,
PML-RARA-CP:CTGGGCACTATCTCTTCAGAACT SEQ ID NO:10,
SIL-TAL1-CP:TCGCAGTGACCCCCAGCTAG SEQ ID NO:14,
CBFB-MYH11-CP:AGACCTGTCTCTATCTTCAAATTCGC SEQ ID NO:19,和
E2A-PBX1-CP:ACCCTCCCTGACCTGTCTCG SEQ ID NO:23。
在另一优选例中,所述捕获探针组还包括选自下组的一种或多种捕获探针:
TEL-AML1-CP:TTACATGAACCACATCATGGTCTCT SEQ ID NO:27,
NPM-ALK-CP:GCTTTGAAATAACACCACCAGTGGTCT SEQ ID NO:31,
MLL-AF10-CP:GCTGCTTTTTCTTGGGCTCACTA SEQ ID NO:36,
dupMLL-CP:AGGGTGGTTTGCTTTCTCTGTGCC SEQ ID NO:40,
AMLI-ETO-CP:CCAGACTCACCTGTGGATGTGAAG SEQ ID NO:44,和
NPM1-CP:GACTGACCAAGAGGCTATTCAAGA SEQ ID NO:48。
在另一优选例中,所述捕获探针的3’端标记有C6S-S,所述捕获探针通过C6S-S以共价键的形式固定在印刷电路板金电极表面。
在另一优选例中,所述捕获探针组还包括捕获探针:
GADPH-CP:AGTGGATATTGTTGCCATCAATGAC SEQ ID NO:53。
本发明的第四方面,提供了一种检测白血病相关基因变异的试剂盒,所述试剂盒包括本发明第一方面所述的引物对组。
在另一优选例中,所述试剂盒还包括本发明第二方面所述的信号探针组。
在另一优选例中,所述试剂盒还包括本发明第三方面所述的捕获探针组。
在另一优选例中,所述试剂盒还包括选自下组的一种或多种组分:Tris-HCl、三磷酸脱氧核糖核苷、(NH4)2SO4、MgCl2、KCl、胎牛血清(NBS)、NaClO4、C-MMLV逆转录酶、RNA酶抑制剂、和热启动Taq酶。
本发明的第五方面,提供了一种检测白血病相关基因变异的方法,所述方法包括步骤:
(1)提供待检测样本,并提取待测样本基因组核酸;
(2)将步骤(1)提取得到的待测样本基因组核酸分别加入装有第一反应液、和第二反应液的PCR管中,进行多重不对称PCR扩增,分别获得第一PCR扩增产物和第二PCR扩增产物;
其中,所述第一反应液中包括所述第一引物对集;所述第二反应液中包括所述第二引物对集;
(3)PCR产物杂交检测
将第一PCR扩增产物和第二PCR扩增产物混匀,再与电化学杂交液混合后加入到电化学检测芯片上,于电化学基因芯片中进行检测。
在另一优选例中,所述PCR扩增条件为:50℃30分钟,95℃预变性15分钟,然后按94℃30秒→53℃30秒→72℃30秒扩增45个循环,最后72℃延伸7分钟。
在另一优选例中,所述电化学杂交液包括:电化学杂交液I、NBS缓冲液、和NaClO4,其中,电化学杂交液I包括本发明第二方面所述的信号探针组。
在另一优选例中,所述电化学基因芯片包括本发明第三方面所述的捕获探针组。
在另一优选例中,所述检测为非诊断目的的;比如可以采用本发明的方法进行公共卫生领域的信息分析,或者在新药研发过程中对源自模型动物的待测样本进行分析。
应理解,在本发明范围内中,本发明的上述各技术特征和在下文(如实施例)中具体描述的各技术特征之间都可以互相组合,从而构成新的或优选的技术方案。限于篇幅,在此不再一一累述。
附图说明
图1显示AML1-ETO的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图2显示E2A-PBX1的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图3显示TEL-AML1的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图4显示NPM-ALK的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图5显示dupMLL的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图6显示SIL-TAL1的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图7显示CBFβ-MYH1的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图8显示BCR-ABL的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图9显示PML-RARα的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图10显示MLL-AF10的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图11显示NPM1基因突变的断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图
图12显示KASUMI-1细胞的检测结果
图13显示K562细胞的检测结果
图14显示电化学方法与荧光定量法比较
由于芯片上不同位置固定有不同的CP探针,如1、2位置代表AML1-ETO,4、5位置代表E2A-PBX1,7、8位置代表TEL-AML1,10、11位置代表NPM-ALK,13、14位置代表dupMLL,16、17位置代表SIL-TAL1,19、20位置代表CBFβ-MYH11,22、23位置代表BCR-ABL,24、25位置代表PML-RARα,27、28位置代表MLL-AF10,30、31位置代表NPM1基因突变,33、34位置代表GADPH内标基因(Positive Control),36、37代表高信号点(His Control),39、40代表低信号点(LosControl)。无特殊情况,GADPH内标基因和高信号点出较高信号,低信号点则无信号,三者均起到质控的作用。当检测结果为AML1-ETO阳性时,AML1-ETO对应位置分别出现电化学信号,且高于cutoff值,报告单报告阳性,其他型显示阴性;而当检测结果为BCR-ABL阳性时,BCR-ABL对应位置分别出现电化学信号,且高于cutoff值,报告单报告阳性,其他型显示阴性。
具体实施方式
本发明人通过广泛而深入的研究,获得一种PCR-电化学基因芯片法检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒,实验结果表明,本发明的试剂盒可同时检测白血病融合基因AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),CBFβ-MYH11(Type A、Type D和Type E),BCR-ABL(P190、P210和P230),PML-RARα(bcr1、bcr2和bcr3),MLL-AF10和NPM1基因突变(A型和B型),几乎覆盖所有常见型别;而且具有高度的特异性及良好的敏感性,准确性强。
在描述本发明之前,应当理解本发明不限于所述的具体方法和实验条件,因为这类方法和条件可以变动。还应当理解本文所用的术语其目的仅在于描述具体实施方案,并且不意图是限制性的,本发明的范围将仅由所附的权利要求书限制。
除非另外定义,否则本文中所用的全部技术与科学术语均具有如本发明所属领域的普通技术人员通常理解的相同含义。如本文所用,在提到具体列举的数值中使用时,术语“约”意指该值可以从列举的值变动不多于1%。例如,如本文所用,表述“约100”包括99和101和之间的全部值(例如,99.1、99.2、99.3、99.4等)。
虽然在本发明的实施或测试中可以使用与本发明中所述相似或等价的任何方法和材料,本文在此处例举优选的方法和材料。
电化学基因芯片法
电化学基因芯片法(CN201310166271.X,CN201210590669.1,)通过电化学基因基因芯片分析系统检测出电流值(信号值),对各个点的基因型别进行判定,即可轻松完成中通量检测。此外,其价格低廉、设备简单轻小、操作简单、测试快速准确。本发明中,建立了一种基于多重不对称PCR-电化学基因芯片法同时检测多种白血病相关基因变异的新分子诊断方法,并开发了其试剂盒,对白血病的临床诊断和治疗具有重要意义。
电化学基因传感器芯片以特殊化学方法处理后的印刷电路板为载体,将各种探针或靶标片段以化学键结合的方式固定在印刷电路板表面,并利用二茂铁衍生物作为电化学指示剂,形成可用于杂交反应或抗原抗体反应的微阵列芯片。
多重不对称PCR
多重PCR(multiplex PCR),又称多重引物PCR或复合PCR,它是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物,同时扩增出多个核酸片段的PCR反应,其反应原理,反应试剂和操作过程与一般PCR相同。
不对称PCR(asymmetric PCR)是用不等量的一对引物,PCR扩增后产生大量的单链DNA(ssDNA)。这对引物分别称为非限制引物与限制性引物,其比例优选为5-20∶1。在PCR反应的最初10-15个循环中,其扩增产物主要是双链DNA,但当限制性引物(低浓度引物)消耗完后,非限制性引物(高浓度引物)引导的PCR就会产生大量的单链DNA。不对称PCR的关键是控制限制性引物的绝对量,需多次摸索优化两条引物的比例。还有一种方法是先用等浓度的引物PCR扩增,制备双链DNA,(dsDNA),然后以此dsDNA为模板,再以其中的一条引物进行第二次PCR,制备ssDNA。不对称PCR制备的ssDNA,主要用于核酸序列测定。
影响多重不对称PCR反应的因素有很多,比如:
(1)反应体系不平衡,反应体系的不平衡导致在前期的几轮反应中某些优势引物及其模板迅速扩增,获得大量的扩增产物,而这些扩增产物同时又是DNA聚合酶的良好抑制剂。所以,随着扩增产物的大量出现,聚合酶的聚合能力被越来越强烈的抑制,因此,前期处于劣势的引物及其模板,这时就更加难以反应,最终导致扩增产物量非常之小,以至于无法检测。
(2)引物特异性,如果引物与体系中其他非目的基因片段结合力更强,那么目的基因结合引物的能力就会受到竟争,从而导致扩增效率下降。
(3)最佳退火温度不一致,将多对引物放置入一个体系中扩增,由于进行PCR反应的退火温度相同,所以要求每一对引物的最佳退火温度接近。
(4)引物二聚体,包括引物间的二聚体以及引物自身所形成的发卡结构,还有一类是第三方DNA介导的聚体,这些二聚体和非特异引物一样都会干扰引物与目标结合位点的竟争,影响扩增效率。
虽然上述提及了影响扩增效率的几个因素,但更多的因素尚不清楚。到目前为止,还没有一个可以明确预测扩增效率的有效方法。
本发明人对现有的白血病相关基因变异,进行深入比对分析后,设计了引物和探针,再对设计的引物和探针进行优化选择并验证,最终确定了可以用于多重不对称PCR扩增的引物以及探针序列,在此基础上提供了常见白血病相关基因变异PCR-电化学基因芯片法检测试剂盒。
本发明人在研究过程中,对白血病相关基因变异PCR扩增引物进行了设计及实验验证。结果表明,使用多重PCR扩增体系,同时检测约20项白血病相关基因变异的难度极大。经过深入研究和反复实验,本发明人意外发现,将白血病相关基因变异分两组(即第一引物对集和第二引物对集)进行多重PCR扩增,能够很好地解决多重不对称PCR体系引物间互相干扰抑制的最大难题,同时特异性引物和探针的设计保证了本电化学基因芯片法的良好特异性。
如本文所用,术语“白血病相关基因变异”包括白血病相关的融合基因和基因突变,特别是包括白血病患者中常见的10种融合基因:AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),CBFβ-MYH11(Type A、Type D和Type E),BCR-ABL(P190、P210和P230),PML-RARα(bcr1、bcr2和bcr3),和MLL-AF10;以及,NPM1基因突变(A型和B型)。
本发明涉及一种PCR-电化学基因芯片法检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒,特别是涉及一种PCR-电化学基因芯片技术快速检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒。本试剂盒具有很高的灵敏度和特异性,通过本发明的试剂盒,实现对外周血或骨髓样本中的10项白血病融合基因和NPM1基因突变进行快速检测和分析。
本发明基于PCR-电化学基因芯片技术,可以定性检测初诊疑似白血病患者中常见的10种融合基因(AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),CBFβ-MYH11(Type A、Type D和Type E),BCR-ABL(P190、P210和P230),PML-RARα(bcr1、bcr2和bcr3),MLL-AF10和NPM1基因突变(A型和B型)。
本发明克服了现有白血病融合基因和NPM1基因突变检测技术及产品存在检测通道数目过少的问题,提供一种针对10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒,该检测试剂盒应具有良好的特异性和敏感度。
本发明采用的技术方案是:
通过对白血病融合基因相关核酸序列进行序列比对分析,分析融合基因的断裂位点,以断裂后融合的片段(图1-图11)为扩增靶片段,选择无二级结构且高度保守的区段,人工设计多对引物和探针,再对其进行优化选择并验证,最终确定包含如下引物和探针序列的一种PCR-电化学基因芯片法检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒。
其中,F为正向引物,R为反向引物,CP和SP为探针,CP探针的3’端标记有C6S-S,以共价键的形式固定在特制的印刷电路板金电极表面,用于捕获PCR产物;SP探针的5’端标记有Fc即二茂铁分子,与被捕获的PCR产物特异杂交,在电极上施加交流电压,二茂铁则发生氧化还原反应,通过检测电流值来判定结果阴阳性。此PCR产物与双探针的杂交方式,保证了本电化学基因传感器法的良好特异性。
除上面提到的引物和探针外,一种PCR-电化学基因芯片法检测10项白血病融合基因和NPM1基因突变的试剂盒,还包括Tris-HCl、三磷酸脱氧核糖核苷、(NH4)2SO4、MgCl2、KCl、胎牛血清(NBS)、NaClO4、C-MMLV逆转录酶、RNA酶抑制剂、热启动Taq酶。
所述检测试剂盒中各组分的具体含量如下:
所述的电化学杂交液,主要成分为13种SP探针,且用量均为20pmol。
本发明提供的一种PCR-电化学基因芯片法检测白血病融合基因和NPM1基因突变,按以下步骤进行:
(1)提取待测样品RNA核酸;
(2)以待测样品核酸为模板,按以上组分配制成反应体系,进行多重不对称PCR反应;
(3)对PCR扩增产物进行电化学杂交检测。
所述PCR反应条件为:50℃30分钟,95℃预变性15分钟,然后按94℃30秒→53℃30秒→72℃30秒扩增45个循环,最后72℃延伸7分钟。所述杂交操作为:PCR扩增产物与70μL电化学杂交液、10μL NBS、20μL NaClO4混合后,于电化学传感器中检测。
本发明的主要优点在于:
(1)检测通道多,可同时检测白血病融合基因AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),CBFβ-MYH11(Type A、Type D和Type E),BCR-ABL(P190、P210和P230),PML-RARα(bcr1、bcr2和bcr3),MLL-AF10和NPM1基因突变(A型和B型),几乎覆盖所有常见型别;(2)高度特异性;(3)良好敏感性;(4)准确性强;(5)操作简单,自动化程度高;(6)结果简单易读,报告单直接报告结果。
下面结合具体实施例,进一步详陈本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明详细条件的实验方法,通常按照常规条件如美国Sambrook.J等著《分子克隆实验室指南》(黄培堂等译,北京:科学出版社,2002年)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。除非另外说明,否则百分比和份数按重量计算。以下实施例中所用的实验材料和试剂如无特别说明均可从市售渠道获得。
本发明通过多重不对称PCR-电化学基因芯片法,建立针对白血病融合基因AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1(Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅲ型),CBFβ-MYH11(TypeA、Type D和Type E),BCR-ABL(P190、P210和P230),PML-RARα(bcr1、bcr2和bcr3),MLL-AF10和NPM1基因突变(A型和B型)的快速检测方法。
实施例1
1、材料与方法
1.1模拟样本
病毒液:AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变病毒液,由中山大学达安基因股份有限公司制备。
1.2细胞
KASUMI-1细胞和K562细胞,均购自ATCC细胞库。
1.3临床样本
30例白血病阳性样本和20例阴性样本,均由中山大学附属第三医院提供。
1.4引物和探针
通过对Genebank数据库和国内外已发表文献中报道的融合基因相关核酸序列进行序列比对分析,分析融合基因的断裂位点,以断裂后融合的片段(断裂位点以及引物和探针设计位点结构示意图为图1-图11)为扩增靶片段,选择无二级结构且高度保守的区段,人工设计多对引物和探针。引物和探针均由上海生工生物股份有限公司合成,CP探针采用C6S-S标记,SP探针采用二茂铁(Fc)标记,具体序列特征和探针标记如上所述。
1.5RNA核酸提取
提取采用中山大学达安基因股份有限公司生产的核酸提取或纯化试剂(磁珠法)(货号:Cat.#DA-512),按试剂盒说明书进行操作。提取后的核酸置于-20℃冰箱中,并通过荧光PCR法的检测试剂盒(达安基因)标定其浓度。
1.6多重不对称PCR反应体系和条件的优化
多重不对称PCR采用两管50μl反应体系,其中体系1主要包含MgCl2,KCl,C-MMLV逆转录酶,RNA酶抑制剂,热启动Taq酶,8条上游引物和6条下游引物(第一引物对集)以及15ul扩增模板;体系2主要包括MgCl2,KCl,C-MMLV逆转录酶,RNA酶抑制剂,热启动Taq酶,7条上游引物和8条下游引物(第二引物对集)以及15ul扩增模板。采用ABI veriti PCR仪中进行扩增,扩增条件为:50℃30分钟,95℃预变性15分钟,然后按94℃30秒→53℃30秒→72℃30秒扩增45个循环,最后72℃延伸7分钟。PCR扩增结束后,由于采用的不对称PCR方法上下游引物用量不对等,扩增完成后产生大量的单链DNA(ssDNA),所以杂交检测前扩增产物(50ul)无需经过高温变性即可直接与电化学杂交液(包括13种SP探针)、新生牛血清(NBS,10ul)及高氯酸钠(20ul)进行杂交,于DA9100电化学基因传感器检测系统中检测。
体系的优化实验,在以相同浓度阳性核酸为模板的反应体系中,上游引物用量从2pmol~5pmol,下游引物用量从10pmol~50pmol,SP探针用量为10pmol~30pmol,NaClO4浓度为0.4M~1M,其他条件均相同,采用矩阵法优选引物及探针的最佳用量及浓度,根据电化学电流值选择最佳引物用量及探针浓度。
1.7多重不对称PCR特异性和灵敏度测定
利用确定的PCR-电化学基因芯片法体系分别对AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变的人外周血核酸进行检测,评价其特异性。
将已标定浓度的AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变的人外周血核酸进行梯度稀释,检测其灵敏度。
1.8模拟样本和细胞检测
利用本发明所建立的PCR-电化学基因芯片法,对各型别病毒液和KASUMI-1细胞、K562细胞进行检测。
1.9临床样本检测
利用本发明所建立的PCR-电化学基因芯片法,对30例未知型别白血病患者核酸进行检测,并采用中山大学达安基因股份有限公司生产的融合基因荧光PCR检测试剂盒(如AML1-ETO、E2A-PBX1、CBFβ-MYH11、BCR-ABL、PML-RARα等)进行同步检测,并对阳性样本进行测序验证。
2结果
2.1多重不对称PCR反应体系及条件
2.1.1多重不对称PCR反应体系1(含第一引物对集)
2.1.2多重不对称PCR反应体系2(含第二引物对集)
2.1.3多重不对称PCR条件
扩增条件为:50℃30分钟,95℃预变性15分钟,然后按94℃30秒→53℃30秒→72℃30秒扩增45个循环,最后72℃延伸7分钟。
扩增产物即直接与电化学杂交液I(13条SP探针均20pmol)、新生牛血清(10ul)及高氯酸钠(0.8M 20ul)进行杂交,于DA9100电化学基因传感器检测系统中检测电流值,判定结果阴阳性。
2.2特异性试验
以AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变的人外周血核酸为阳性模板,以MLL-AF4、TFC3-HLF、PLZF-RARa、NPM-MLF1、DEK-CAN、TEL-ABL和正常人外周血核酸为阴性模板,经电化学检测,结果显示,检测试剂可以准确检测出AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变的人外周血核酸为并且未出现错检,漏检等情况,而MLL-AF4、TFC3-HLF、PLZF-RARa、NPM-MLF1、DEK-CAN、TEL-ABL和正常人外周血核酸等未出现假阳性结果。
2.3灵敏度试验
将AML1-ETO,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,dupMLL,SIL-TAL1,CBFβ-MYH11,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变的人外周血核酸进行稀释,浓度均分别是5×104copies/mL,1×104copies/mL,5×103copies/mL,5×102copies/mL,经电化学检测,检测结果为:浓度为5×104copies/mL和1×104copies/mL的阳性率均为100%;浓度为5×103copies/mL的阳性率为95%,5×102copies/mL的阳性率为60%。因此,本试剂盒的灵敏度为5×103copies/mL。
2.4模拟样本和细胞检测
采用本发明所建立的多重不对称PCR-电化学基因芯片法对各型别病毒液和KASUMI-1细胞、K562细胞检测进行检测,结果显示各型别病毒液均能检出,KASUMI-1细胞检测结果为AML1-ETO融合基因阳性(图12),K562细胞检测结果为BCR-ABL融合基因阳性(图13)。
2.4临床样本检测
采用本发明所建立的多重不对称PCR-电化学基因芯片法对30例白血病临床样本以及20例阴性样本进行检测,并采用中山大学达安基因股份有限公司生产的对应型别荧光定量PCR检测试剂盒进行对照验证,结果显示30例白血病融合基因临床样本中,荧光定量PCR和多重不对称PCR-电化学芯片法均检出30例阳性,阳性检出率为100%,20例阴性样本检测均为阴性,两种方法一致性高,结果具有统计学意义。
具体到不同型别,电化学方法与荧光定量法比较,结果显示BCR-ABL 15例,AMLI-ETO 3例,NPM1基因突变3例,E2A-PBX1 2例,NPM-ALK 1例,TEL-AML11例,dupMLL 1例,SIL-TAL1 1例,MLL-AF10 1例,CBFβ-MYH11 1例,PML-RARA1例,未出现漏检情况,结果见图14。
对比例1
本发明人对现有常见的白血病相关基因变异的基因序列,进行深入比对分析后,针对各目标序列设计了数十对引物和数十种探针,由于反应体系不平衡、引物特异性差异、退火温度不一致、以及引物二聚体等原因,很难获得有效的多重不对称PCR扩增引物以及探针序列。本发明人通过大量的实验,对设计的引物和探针进行优化选择并验证,最终确定了可以用于多重不对称PCR扩增的引物、探针序列及其组合。
即使在已经基本确定针对各目标核酸的引物对和探针序列的情况下,不同引物对组合进行多重扩增的效果也存在显著地差异。例如,在多重不对称PCR步骤中,将上述第一引物对集和第二引物对集合并在一管中进行多重不对称PCR,然后进行电化学基因芯片法检测,其它检测步骤和条件同实施例1。
特异性试验结果表明,检测试剂无法检测出SIL-TAL1,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK、CBFB-MYH11融合基因。
灵敏度试验结果表明,浓度为5×104copies/mL样品的阳性率仅为50%,AML1-ETO,dupMLL,BCR-ABL,PML-RARα,MLL-AF10和NPM1基因突变检测结果阳性,SIL-TAL1,E2A-PBX1,TEL-AML1,NPM-ALK,CBFβ-MYH11检测结果阴性。
对比例2特异性扩增BCR-ABL融合基因的引物和探针优化
本发明人针对各目标序列设计了数十对引物和数十种探针,本对比例以BCR-ABL融合基因为例,展示了部分效果不理想的引物和探针。
BCR-ABL引物探针筛选,将设计好的BCR-ABL数十对引物和数十种探针,先用单重对称扩增筛选扩增效率较高的引物,再用单重不对称PCR进行扩增并用电化学基因芯片检测,然后分析每对引物和探针的信号值高低,最后将筛选出的引物加入到多重检测体系中进行测试。
BCR-ABL引物探针序列及筛选:
引物和探针组1:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL-F1:GCATTCCGCTGACCATCAATAAGG(SEQ ID NO.:55)
BCR-ABL-R1:TGTTCCCCAATAGTTTGAGCTT(SEQ ID NO.:56)
BCR-ABL-CP1:TAAGCAAAGGCAAATGCATATGTGG(SEQ ID NO.:57)
BCR-ABL-SP1:TAGACTGTTTTAATTTGAC(SEQ ID NO.:58)
引物和探针组2:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL-F1:GCATTCCGCTGACCATCAATAAGG(SEQ ID NO.:59)
BCR-ABL-R2:CCAAGGTGGTAATTATTGTTCCC(SEQ ID NO.:60)
BCR-ABL-CP1:TAAGCAAAGGCAAATGCATATGTGG(SEQ ID NO.:61)
BCR-ABL-SP2:TAGACTGTTTTAATTTGAC(SEQ ID NO.:62)
引物和探针组3:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL-F1:GCATTCCGCTGACCATCAATAAGG(SEQ ID NO.:63)
BCR-ABL-R3:CCAAGGTGGTAATTATTGTTCCCC(SEQ ID NO.:64)
BCR-ABL-CP1:TAAGCAAAGGCAAATGCATATGTGG(SEQ ID NO.:65)
BCR-ABL-SP1:TAGACTGTTTTAATTTGAC(SEQ ID NO.:66)
引物和探针组4:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL-F2:CTGGCCCAACGATGGCGA(SEQ ID NO.:67)
BCR-ABL-F3:TCCGCTGACCATCAAYAAGGA(SEQ ID NO.:68)
BCR-ABL-R4:CACTCAGACCCTGAGGCTCAA(SEQ ID NO.:69)
BCR-ABL-CP2:CGCCTTCCATGGAGACGCAG(SEQ ID NO.:70)
BCR-ABL-SP2:AAGCCCTTCAGCG(SEQ ID NO.:71)
引物和探针组5:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F:ACTCGCAACAGTCCTTCGACA(SEQ ID NO.:1)
BCR-ABL P210-F:CCGCTGACCATCAATAAGGA(SEQ ID NO.:2)
BCR-ABL P230-F:AGTGCGTGGAGGAGATCGAG(SEQ ID NO.:3)
BCR-ABL P190/P210/P230-R:ATTATAGCCTAAGACCCGGAGC(SEQ ID NO.:4)
BCR-ABL–CP:GGCTCAAAGTCAGATGCTACTGG(SEQ ID NO.:5)
BCR-ABL–SP:CGCTGAAGGGCTT(SEQ ID NO.:6)
引物和探针组6:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F1:GAACTCGCAACAGTCCTTCGACA(SEQ ID NO.:72)
BCR-ABL P210、230-F01:TTCCTGATCTCCTCTGACTATGAGC(SEQ ID NO.:73)
BCR-ABL P190/P210/P230-R01:GCCACAAAATCATACAGTGCAACGA(SEQ ID NO.:74)
BCR-ABL–CP01:TCTGAGTGAAGCCGCTCGTTG(SEQ ID NO.:75)
BCR-ABL–SP01:GAACTCCAAGGAAAACCTTCT(SEQ ID NO.:76)
引物和探针组7:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F02:TCCAATGAGAACCTCACCTCCAG(SEQ ID NO.:77)
BCR-ABL P210、230-F02:AGCAGCAGAAGAAGTGTTTCAGA(SEQ ID NO.:78)
BCR-ABL P190/P210/P230-R02:TAGAGTGTTATCTCCACTGGCCACA(SEQ ID NO.:79)
BCR-ABL–CP02:AGTAGCATCTGACTTTGAGCCTC(SEQ ID NO.:80)
BCR-ABL–SP02:AGGGTCTGAGTGAAGC(SEQ ID NO.:81)
引物和探针组8:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F03:TACCGCATGTTCCGGGACAAAAG(SEQ ID NO.:82)
BCR-ABL P210、230-F03:CATCCGGGAGCAGCAGAAGAA(SEQ ID NO.:83)
BCR-ABL P190/P210/P230-R03:TGTTGACTGGCGTGATGTAGTTG(SEQ ID NO.:84)
BCR-ABL–CP03:GCCAGTGGAGATAACACTCTAAG(SEQ ID NO.:85)
BCR-ABL–SP03:CATAACTAAAGGTGAAAAGCTCC(SEQ ID NO.:86)
引物和探针组9:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F04:TACCGCATGTTCCGGGACAA(SEQ ID NO.:87)
BCR-ABL P210、230-F04:TCAGAAGCTTCTCCCTGACATC(SEQ ID NO.:88)
BCR-ABL P190/P210/P230-R04:TCAGCAGATACTCAGCGGCATT(SEQ ID NO.:89)
BCR-ABL–CP04:TGAAAAGCTCCGGGTCTTAGGC(SEQ ID NO.:90)
BCR-ABL–SP04:TATAATCACAATGGGGAATGGT(SEQ ID NO.:91)
引物和探针组10:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F05:CAGAACTCGCAACAGTCCTTCGA(SEQ ID NO.:92)
BCR-ABL P210、230-F05:TGACATCCGTGGAGCTGCAGA(SEQ ID NO.:93)
BCR-ABL P190/P210/P230-R05:AGACTGTTGACTGGCGTGATGTA(SEQ ID NO.:94)
BCR-ABL–CP05:ACTGTATGATTTTGTGGCCAGTGGA(SEQ ID NO.:95)
BCR-ABL–SP05:GATAACACTCTAAGCATAACT(SEQ ID NO.:96)
对上述10组引物探针组合,先使用单重对称扩增检测引物扩增效果,电泳检测发现引物和探针组1、3和8扩增效率较低,几乎无扩增条带,其余引物和探针组扩增效果较好,条带较亮,可以基本满足后续实验要求,需要进一步用单重不对称扩增做进一步验证。
对扩增效果较好的引物使用多种不同比例的单重不对称引物进行扩增,用电化学检测引物的扩增效果及探针,检测结果为:5、7和10的信号值较高,其余引物和探针组的信号值较低;
将引物和探针组5、7和10分别加入到多重不对称体系中进行扩增,检测结果如下:
(1)引物和探针组5加入到多重体系检测结果:将引物和探针组5按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,各融合基因型别都有电化学信号,而且信号值较高;
(2)引物和探针组7加入到多重体系检测结果:将引物和探针组7按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,导致PML-RARA电化学信号值弱,同时E2A-PBX1无电化学信号;
(3)引物和探针组10加入到多重体系检测结果:将引物和探针组10按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,导致SIL-TAL1信号值弱;
从多方面综合考虑,最终选择引物和探针组5做为BCR-ABL在多重检测体系中的引物,该体系经过反复验证,均能满足要求。
对比例3特异性扩增AML1-ETO融合基因的引物和探针优化
本发明人针对各目标序列设计了数十对引物和数十种探针,本对比例以AML1-ETO融合基因为例,展示了部分效果不理想的引物和探针。
引物探针筛选:
引物和探针组1:特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F01:ATTTAATGACCTCAGGTTTGTCGG(SEQ ID NO.:97)
AMLI-ETO-R01:TGAAATGTCATTGCCAAACTGCT(SEQ ID NO.:98)
AMLI-ETO-CP01:AGCTTCACTCTGACCATCACT(SEQ ID NO.:99)
AMLI-ETO-SP01:GTCTTCACAAACCCACC(SEQ ID NO.:100)
引物和探针组2:特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F02:CTACCGCAGCCATGAAGAACCAG(SEQ ID NO.:101)
AMLI-ETO-R02:GCTCGTGCCATTAGTTAACGTTG(SEQ ID NO.:102)
AMLI-ETO-CP02:CGGTCGAAGTGGAAGAGGGAA(SEQ ID NO.:103)
AMLI-ETO-SP02:GATTTAATGACCTCAGGTTTG(SEQ ID NO.:104)
引物和探针组3:特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F:GCAAGTCGCCACCTACCACAG(SEQ ID NO.:42)
AMLI-ETO-R:ACGTTGTCGGTGTAAATGAACT(SEQ ID NO.:43)
AMLI-ETO-SP:ACGCAATCTAGGCTGA(SEQ ID NO.:45)
AMLI-ETO-CP:CCAGACTCACCTGTGGATGTGAAG(SEQ ID NO.:44)
引物和探针组4,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F04:TGTCTTCACAAACCCACCGCAAG(SEQ ID NO.:105)
AMLI-ETO-R04:GCTCGTGCCATTAGTTAACGTTG(SEQ ID NO.:106)
AMLI-ETO-CP04:AATGCCACCTCCCCCAACTAC(SEQ ID NO.:107)
AMLI-ETO-SP04:TAGGCTGACTCCTCCAAC(SEQ ID NO.:108)
引物和探针组5,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F05:GCTGGCAATGATGAAAACTACTCG(SEQ ID NO.:109)
AMLI-ETO-R05:CCATTAGTTAACGTTGTCGGTGT(SEQ ID NO.:110)
AMLI-ETO-CP05:CCAGGTTGCAAGATTTAATGACC(SEQ ID NO.:111)
AMLI-ETO-SP05:TCAGGTTTGTCGGTCGAA(SEQ ID NO.:112)
引物和探针组6,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F06:ATTTAATGACCTCAGGTTTGTCGG(SEQ ID NO.:113)
AMLI-ETO-R06:GCTCGTGCCATTAGTTAACGTTG(SEQ ID NO.:114)
AMLI-ETO-CP06:GCAAGTCGCCACCTACCACA(SEQ ID NO.:115)
AMLI-ETO-SP06:GTCTTCACAAACCCAC(SEQ ID NO.:116)
引物和探针组7,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F07:TCTTCACAAACCCACCGCAAG(SEQ ID NO.:117)
AMLI-ETO-R07:TGAAATGTCATTGCCAAACTGCT(SEQ ID NO.:118)
AMLI-ETO-CP07:ACACCGACAACGTTAACTAATGG(SEQ ID NO.:119)
AMLI-ETO-SP07:CACGAGCCATTCTCCTAC(SEQ ID NO.:120)
引物和探针组8,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F08:GCAAGTCGCCACCTACCACA(SEQ ID NO.:121)
AMLI-ETO-R08:TGCGAACTCTTTCTCCTATCTCGG(SEQ ID NO.:122)
AMLI-ETO-CP08:GAGCCATTCTCCTACAGCCTT(SEQ ID NO.:123)
AMLI-ETO-SP08:GACAACGTTAACTAATGGCAC(SEQ ID NO.:124)
引物和探针组9,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F09:TACCGCAGCCATGAAGAACCAG(SEQ ID NO.:125)
AMLI-ETO-R09:CTAGATTGCGTCTTCACATCCAC(SEQ ID NO.:126)
AMLI-ETO-CP09:CTTCACAAACCCACCGCAAGT(SEQ ID NO.:127)
AMLI-ETO-SP09:ACTCTGACCATCACTG(SEQ ID NO.:128)
引物和探针组10,特异性扩增AML1-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F10:ATTTAATGACCTCAGGTTTGTCGG(SEQ ID NO.:129)
AMLI-ETO-R10:CCTAGATTGCGTCTTCACATCCAC(SEQ ID NO.:130)
AMLI-ETO-CP10:AGTCGCCACCTACCACAG(SEQ ID NO.:131)
AMLI-ETO-SP10:AGCCATCAAAATCACAGT(SEQ ID NO.:132)
对上述10组引物探针组合,先使用单重对称扩增检测引物扩增效果,电泳检测发现引物和探针组2、5和9扩增效率较低,几乎无扩增条带,其余引物和探针组扩增效果较好,条带较亮,可以基本满足后续实验要求,需要进一步用单重不对称扩增做进一步验证。
对扩增效果较好的引物使用多种不同比例的单重不对称引物进行扩增,用电化学检测引物的扩增效果及探针,检测结果为:1、3和8的信号值较高,其余引物和探针组的信号值较低;
将引物和探针组1、3和8分别加入到多重不对称体系中进行扩增,检测结果如下:
(1)引物和探针组1加入到多重体系检测结果:将引物和探针组1按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,导致NPM1电化学信号值弱,同时dump-MLL的信号值降低;
(2)引物和探针组3加入到多重体系检测结果:将引物和探针组3按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,各融合基因型别都有电化学信号,而且信号值较高;
(3)引物和探针组8加入到多重体系检测结果:将引物和探针组8按照之前摸索的引物不对称比例加入到多重检测体系中,导致MLL-AF10和NPM-ALK的电化学信号值均降低;
从多方面综合考虑,最终选择引物和探针组3做为AML1-ETO在多重检测体系中的引物,该体系经过反复验证,均能满足要求。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
序列表
<110> 中山大学达安基因股份有限公司
<120> 一种检测白血病融合基因和基因突变的试剂盒
<130> 000011
<160> 132
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 1
actcgcaaca gtccttcgac a 21
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 2
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<210> 3
<211> 20
<212> DNA
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<400> 3
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<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 4
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<210> 5
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 5
ggctcaaagt cagatgctac tgg 23
<210> 6
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 6
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<210> 7
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<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 7
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<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 8
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<211> 20
<212> DNA
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<400> 9
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<213> 人工序列(Artificial)
<400> 10
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<400> 19
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<400> 21
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<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 23
accctccctg acctgtctcg 20
<210> 24
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 24
gcctcccgac tccta 15
<210> 25
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 25
aacctctctc atcgggaaga cc 22
<210> 26
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 26
gcctcgctca tcttgcct 18
<210> 27
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 27
ttacatgaac cacatcatgg tctct 25
<210> 28
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 28
gtctccccgc ctgaa 15
<210> 29
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 29
agaggcaatg aattacgaag gcag 24
<210> 30
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 30
gttggggttg tagtcggtca 20
<210> 31
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 31
gctttgaaat aacaccacca gtggtct 27
<210> 32
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 32
taaggttgaa gtgtgg 16
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 33
cctcagccac ctactacagg a 21
<210> 34
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 34
tgcagtagta tcttccaagc g 21
<210> 35
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 35
caaatgccca gaagactgc 19
<210> 36
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 36
gctgcttttt cttgggctca cta 23
<210> 37
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 37
ggagtggttt tggga 15
<210> 38
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 38
aggcttagga atcttgactt ctg 23
<210> 39
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 39
gggacttcgc actctgactt 20
<210> 40
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 40
agggtggttt gctttctctg tgcc 24
<210> 41
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 41
agtagtgggc atgta 15
<210> 42
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 42
gcaagtcgcc acctaccaca g 21
<210> 43
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 43
acgttgtcgg tgtaaatgaa ct 22
<210> 44
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 44
ccagactcac ctgtggatgt gaag 24
<210> 45
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 45
acgcaatcta ggctga 16
<210> 46
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 46
tcccaaagtg gaagccaaa 19
<210> 47
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 47
cagccagata tcaactgtta caga 24
<210> 48
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 48
gactgaccaa gaggctattc aaga 24
<210> 49
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 49
atctctgtct ggcagt 16
<210> 50
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 50
atctctgcat ggcagt 16
<210> 51
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 51
gaaggtgaag gtcggagtc 19
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 52
gaagatggtg atgggatttc 20
<210> 53
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 53
agtggatatt gttgccatca atgac 25
<210> 54
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 54
cccttcattg acctc 15
<210> 55
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 55
gcattccgct gaccatcaat aagg 24
<210> 56
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 56
tgttccccaa tagtttgagc tt 22
<210> 57
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 57
taagcaaagg caaatgcata tgtgg 25
<210> 58
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 58
tagactgttt taatttgac 19
<210> 59
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 59
gcattccgct gaccatcaat aagg 24
<210> 60
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 60
ccaaggtggt aattattgtt ccc 23
<210> 61
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 61
taagcaaagg caaatgcata tgtgg 25
<210> 62
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 62
tagactgttt taatttgac 19
<210> 63
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 63
gcattccgct gaccatcaat aagg 24
<210> 64
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 64
ccaaggtggt aattattgtt cccc 24
<210> 65
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 65
taagcaaagg caaatgcata tgtgg 25
<210> 66
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 66
tagactgttt taatttgac 19
<210> 67
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 67
ctggcccaac gatggcga 18
<210> 68
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 68
tccgctgacc atcaayaagg a 21
<210> 69
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 69
cactcagacc ctgaggctca a 21
<210> 70
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 70
cgccttccat ggagacgcag 20
<210> 71
<211> 13
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 71
aagcccttca gcg 13
<210> 72
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 72
gaactcgcaa cagtccttcg aca 23
<210> 73
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 73
ttcctgatct cctctgacta tgagc 25
<210> 74
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 74
gccacaaaat catacagtgc aacga 25
<210> 75
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 75
tctgagtgaa gccgctcgtt g 21
<210> 76
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 76
gaactccaag gaaaaccttc t 21
<210> 77
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 77
tccaatgaga acctcacctc cag 23
<210> 78
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 78
agcagcagaa gaagtgtttc aga 23
<210> 79
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 79
tagagtgtta tctccactgg ccaca 25
<210> 80
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 80
agtagcatct gactttgagc ctc 23
<210> 81
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 81
agggtctgag tgaagc 16
<210> 82
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 82
taccgcatgt tccgggacaa aag 23
<210> 83
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 83
catccgggag cagcagaaga a 21
<210> 84
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 84
tgttgactgg cgtgatgtag ttg 23
<210> 85
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 85
gccagtggag ataacactct aag 23
<210> 86
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 86
cataactaaa ggtgaaaagc tcc 23
<210> 87
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 87
taccgcatgt tccgggacaa 20
<210> 88
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 88
tcagaagctt ctccctgaca tc 22
<210> 89
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 89
tcagcagata ctcagcggca tt 22
<210> 90
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 90
tgaaaagctc cgggtcttag gc 22
<210> 91
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 91
tataatcaca atggggaatg gt 22
<210> 92
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 92
cagaactcgc aacagtcctt cga 23
<210> 93
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 93
tgacatccgt ggagctgcag a 21
<210> 94
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 94
agactgttga ctggcgtgat gta 23
<210> 95
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 95
actgtatgat tttgtggcca gtgga 25
<210> 96
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 96
gataacactc taagcataac t 21
<210> 97
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 97
atttaatgac ctcaggtttg tcgg 24
<210> 98
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 98
tgaaatgtca ttgccaaact gct 23
<210> 99
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 99
agcttcactc tgaccatcac t 21
<210> 100
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 100
gtcttcacaa acccacc 17
<210> 101
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 101
ctaccgcagc catgaagaac cag 23
<210> 102
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 102
gctcgtgcca ttagttaacg ttg 23
<210> 103
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 103
cggtcgaagt ggaagaggga a 21
<210> 104
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 104
gatttaatga cctcaggttt g 21
<210> 105
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 105
tgtcttcaca aacccaccgc aag 23
<210> 106
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 106
gctcgtgcca ttagttaacg ttg 23
<210> 107
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 107
aatgccacct cccccaacta c 21
<210> 108
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 108
taggctgact cctccaac 18
<210> 109
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 109
gctggcaatg atgaaaacta ctcg 24
<210> 110
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 110
ccattagtta acgttgtcgg tgt 23
<210> 111
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 111
ccaggttgca agatttaatg acc 23
<210> 112
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 112
tcaggtttgt cggtcgaa 18
<210> 113
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 113
atttaatgac ctcaggtttg tcgg 24
<210> 114
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 114
gctcgtgcca ttagttaacg ttg 23
<210> 115
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 115
gcaagtcgcc acctaccaca 20
<210> 116
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 116
gtcttcacaa acccac 16
<210> 117
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 117
tcttcacaaa cccaccgcaa g 21
<210> 118
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 118
tgaaatgtca ttgccaaact gct 23
<210> 119
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 119
acaccgacaa cgttaactaa tgg 23
<210> 120
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 120
cacgagccat tctcctac 18
<210> 121
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 121
gcaagtcgcc acctaccaca 20
<210> 122
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 122
tgcgaactct ttctcctatc tcgg 24
<210> 123
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 123
gagccattct cctacagcct t 21
<210> 124
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 124
gacaacgtta actaatggca c 21
<210> 125
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 125
taccgcagcc atgaagaacc ag 22
<210> 126
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 126
ctagattgcg tcttcacatc cac 23
<210> 127
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 127
cttcacaaac ccaccgcaag t 21
<210> 128
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 128
actctgacca tcactg 16
<210> 129
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 129
atttaatgac ctcaggtttg tcgg 24
<210> 130
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 130
cctagattgc gtcttcacat ccac 24
<210> 131
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 131
agtcgccacc taccacag 18
<210> 132
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 132
agccatcaaa atcacagt 18
Claims (10)
1.一种检测白血病相关基因变异的引物对组,其特征在于,所述引物对组包括第一引物对集,所述第一引物对集包括选自以下引物对1至引物对5中的一种或多种引物对:
引物对1:特异性扩增BCR-ABL融合基因,包括:
BCR-ABL P190-F:ACTCGCAACAGTCCTTCGACA SEQ ID NO:1
BCR-ABL P210-F:CCGCTGACCATCAATAAGGA SEQ ID NO:2
BCR-ABL P230-F:AGTGCGTGGAGGAGATCGAG SEQ ID NO:3
BCR-ABL P190/P210/P230-R:ATTATAGCCTAAGACCCGGAGC SEQ ID NO:4;
引物对2:特异性扩增PML-RARA融合基因,包括:
PML-RARA BCR1/BCR2-F:CACCTCCAAGGCAGTCTCAC SEQ ID NO:7
PML-RARA BCR3-F:ATGAAGTGCTACGCCTCGGA SEQ ID NO:8
PML-RARA BCR1/BCR2/BCR3-R:ACCCCATAGTGGTAGCCTGA SEQ ID NO:9;
引物对3:特异性扩增SIL-TAL1融合基因,包括:
SIL-TAL1-F:GCAAACAGACCTCAGCTCC SEQ ID NO:12
SIL-TAL1-R:CGTTCAGCAGGACCAGG SEQ ID NO:13;
引物对4:特异性扩增CBFB-MYH11融合基因,包括:
CBFB-MYH11 TYPE A/D/E-F:TGGAGTTTGATGAGGAGCGAG SEQ ID NO:16
CBFB-MYH11 TYPE D/E-R:AGACACGTTGAGCTTCTGCC SEQ ID NO:17
CBFB-MYH11 TYPE A-R:TGTTGACTTCCAGCCGCAGT SEQ ID NO:18;
引物对5:特异性扩增E2A-PBX1融合基因,包括:
E2A-PBX1-F:ACCAGCCTCATGCACAACC SEQ ID NO:21
E2A-PBX1-R:GTTGTCCAGCCGCATCAG SEQ ID NO:22。
2.如权利要求1所述的引物对组,其特征在于,所述引物对组还包括第二引物对集,所述第二引物对集包括选自以下引物对6至引物对11中的一种或多种引物对:
引物对6:特异性扩增TEL-AML1融合基因,包括:
TEL-AML1-F:AACCTCTCTCATCGGGAAGACC SEQ ID NO:25
TEL-AML1-R:GCCTCGCTCATCTTGCCT SEQ ID NO:26;
引物对7:特异性扩增NPM-ALK融合基因,包括:
NPM-ALK-F:AGAGGCAATGAATTACGAAGGCAG SEQ ID NO:29
NPM-ALK-R:GTTGGGGTTGTAGTCGGTCA SEQ ID NO:30;
引物对8:特异性扩增MLL-AF10融合基因,包括:
MLL-AF10 883/979/1931-F:CCTCAGCCACCTACTACAGGA SEQ ID NO:33
MLL-AF10 883/979-R:TGCAGTAGTATCTTCCAAGCG SEQ ID NO:34
MLL-AF10 1931-R:CAAATGCCCAGAAGACTGC SEQ ID NO:35;
引物对9:特异性扩增AMLI-ETO融合基因,包括:
AMLI-ETO-F:GCAAGTCGCCACCTACCACAG SEQ ID NO:42
AMLI-ETO-R:ACGTTGTCGGTGTAAATGAACT SEQ ID NO:43
引物对10:特异性扩增dup-MLL融合基因,包括:
dupMLL-F:AGGCTTAGGAATCTTGACTTCTG SEQ ID NO:38
dupMLL-R:GGGACTTCGCACTCTGACTT SEQ ID NO:39
引物对11:特异性扩增NPM1基因突变,包括:
NPM1 A/B-F:TCCCAAAGTGGAAGCCAAA SEQ ID NO:46
NPM1 A/B-R:CAGCCAGATATCAACTGTTACAGA SEQ ID NO:47。
3.如权利要求1所述的引物对组,其特征在于,所述第一引物对集包括引物对1至引物对5中的至少两种引物对;和/或
所述第二引物对集包括引物对6至引物对11中的至少两种引物对。
4.如权利要求1所述的引物对组,其特征在于,所述第一引物对集和/或所述第二引物对集还包括:
引物对12:
GAPDH-F GAAGGTGAAGGTCGGAGTC SEQ ID NO:51,
GAPDH-R GAAGATGGTGATGGGATTTC SEQ ID NO:52。
5.一种检测白血病相关基因变异的信号探针组,其特征在于,所述信号探针组包括选自下组的一种或多种信号探针:
BCR-ABL-SP:CGCTGAAGGGCTT SEQ ID NO:6,
PML-RARA-SP:GCTGCTCTGGGTCTC SEQ ID NO:11,
SIL-TAL1-SP:AGGGACGGGACGC SEQ ID NO:15,
CBFB-MYH11-SP:GTGTCCTTCTCCGAG SEQ ID NO:20,和
E2A-PBX1-SP:GCCTCCCGACTCCTA SEQ ID NO:24。
6.如权利要求5所述的信号探针组,其特征在于,所述信号探针组还包括选自下组的一种或多种信号探针:
TEL-AML1-SP:GTCTCCCCGCCTGAA SEQ ID NO:28,
NPM-ALK-SP:TAAGGTTGAAGTGTGG SEQ ID NO:32,
MLL-AF10-SP:GGAGTGGTTTTGGGA SEQ ID NO:37,
dupMLL-SP:AGTAGTGGGCATGTA SEQ ID NO:41,
AMLI-ETO-SP:ACGCAATCTAGGCTGA SEQ ID NO:45,
NPM1-A-SP:ATCTCTGTCTGGCAGT SEQ ID NO:49,和
NPM1-B-SP:ATCTCTGCATGGCAGT SEQ ID NO:50;
优选地,所述信号探针组还包括信号探针:
GADPH-SP:CCCTTCATTGACCTC SEQ ID NO:54。
7.一种检测白血病相关基因变异的捕获探针组,其特征在于,所述捕获探针组包括选自下组的一种或多种捕获探针:
BCR-ABL-CP:GGCTCAAAGTCAGATGCTACTGG SEQ ID NO:5,
PML-RARA-CP:CTGGGCACTATCTCTTCAGAACT SEQ ID NO:10,
SIL-TAL1-CP:TCGCAGTGACCCCCAGCTAG SEQ ID NO:14,
CBFB-MYH11-CP:AGACCTGTCTCTATCTTCAAATTCGC SEQ ID NO:19,和
E2A-PBX1-CP:ACCCTCCCTGACCTGTCTCG SEQ ID NO:23;
优选地,所述捕获探针组还包括选自下组的一种或多种捕获探针:
TEL-AML1-CP:TTACATGAACCACATCATGGTCTCT SEQ ID NO:27,
NPM-ALK-CP:GCTTTGAAATAACACCACCAGTGGTCT SEQ ID NO:31,
MLL-AF10-CP:GCTGCTTTTTCTTGGGCTCACTA SEQ ID NO:36,
dupMLL-CP:AGGGTGGTTTGCTTTCTCTGTGCC SEQ ID NO:40,
AMLI-ETO-CP:CCAGACTCACCTGTGGATGTGAAG SEQ ID NO:44,和
NPM1-CP:GACTGACCAAGAGGCTATTCAAGA SEQ ID NO:48。
8.一种检测白血病相关基因变异的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1所述的引物对组。
9.如权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括权利要求5所述的信号探针组;和/或
所述试剂盒还包括权利要求7所述的捕获探针组。
10.一种检测白血病相关基因变异的方法,其特征在于,所述方法包括步骤:
(1)提供待检测样本,并提取待测样本基因组核酸;
(2)将步骤(1)提取得到的待测样本基因组核酸分别加入装有第一反应液、和第二反应液的PCR管中,进行多重不对称PCR扩增,分别获得第一PCR扩增产物和第二PCR扩增产物;
其中,所述第一反应液中包括所述第一引物对集;所述第二反应液中包括所述第二引物对集;
(3)PCR产物杂交检测
将第一PCR扩增产物和第二PCR扩增产物混匀,再与电化学杂交液混合后加入到电化学检测芯片上,于电化学基因芯片中进行检测。
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