CN109266736A - 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用 - Google Patents

用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用 Download PDF

Info

Publication number
CN109266736A
CN109266736A CN201811215255.4A CN201811215255A CN109266736A CN 109266736 A CN109266736 A CN 109266736A CN 201811215255 A CN201811215255 A CN 201811215255A CN 109266736 A CN109266736 A CN 109266736A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
a1bg
osteoporosis
expression
kit
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201811215255.4A
Other languages
English (en)
Inventor
常晓
张保中
范彧
王海
黄振飞
贺宇
王升儒
蔡思逸
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences
Original Assignee
Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences filed Critical Peking Union Medical College Hospital Chinese Academy of Medical Sciences
Priority to CN201811215255.4A priority Critical patent/CN109266736A/zh
Publication of CN109266736A publication Critical patent/CN109266736A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6893Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/10Musculoskeletal or connective tissue disorders
    • G01N2800/108Osteoporosis

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物A1BG基因及其应用。本发明通过转录组测序技术筛选到骨质疏松症相关标记物A1BG基因,进而探明了A1BG基因在骨质疏松症发生发展中的作用,以及其发挥的作用机制,A1BG基因作为骨质疏松症新型生物标志物,为指导其临床早期干预及靶向治疗提供了重要理论依据。

Description

用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用
技术领域
本发明涉及生物技术和医学检测技术领域,具体涉及A1BG (Alpha-1B-glycoprotein)基因及其表达产物在制备诊断骨质疏松症产品中的应用。
背景技术
骨质疏松症(osteoporosis,OP)是一种以骨量低下、骨微结构破坏、导致骨脆性增加、易发生骨折为特征的全身性骨病(WHO)。2001年美国国立卫生研究院(NIH)提出骨质疏松症是以骨强度下降、骨折风险性增加为特征的骨骼系统疾病,骨强度反映了骨骼的两个主要方面,即骨矿密度和骨质量。
目前骨质疏松症的治疗仍以健康教育和骨折处理为主,用于临床的多种药物多以抑制破骨细胞功能为主,但临床效果不满意,未来更看好以促进成骨的药物。但由于缺乏病因和致病机理的研究,还不能有效控制骨质疏松症的发生和发展。因此,深入研究骨质疏松症的病因和致病机理并探索新的治疗方法在我国有着非同寻常的意义。目前研究认为骨质疏松的发病与遗传因素密切相关,但骨质疏松的发病机制仍不明确,骨质疏松的早期诊断、治疗效果监测和预后评估对于骨质疏松的防治具有重要作用。近年来,随着生物技术的发展,遗传因素的研究成为骨质疏松诊治领域的热门课题,已有研究表明骨质疏松与体内基因的变化相关,如专利201510628024.6、 201610271798.2、201710502537.1等报道了基因的差异表达与骨质疏松的发生发展相关,可见,利用基因进行骨质疏松的早期诊断成为未来发展的趋势。
发明内容
为了实现骨质疏松症的早期发现,早期干预,本发明的目的在于提供一种新的骨质疏松症相关基因,以及该基因的表达蛋白及其片段、类似物和衍生物。
本发明的另一目的是提供该骨质疏松症相关基因及其表达产物在骨质疏松症早期筛查中的应用。
为实现上述目的,本发明首先提供了用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物,所述分子标记物为A1BG基因或该基因的表达蛋白及其片段、类似物和衍生物。
更进一步地研究发现,所述A1BG基因或该基因的表达产物在骨质疏松症患者生物学样本中表达下调。
进一步地,本发明提供了所述分子标记物在制备骨质疏松症早期筛查产品中的应用。
优选的,所述早期筛查产品包括基因水平的筛查产品和蛋白水平的筛查产品。
优选的,所述基因水平的早期筛查产品是通过real-time PCR、Northern blot、Southern blot、基因芯片、原位杂交或RNA酶保护实验方法来检测 A1BG基因的表达水平;所述蛋白水平的早期筛查产品是通过免疫检测、 Western blotting或蛋白芯片来检测A1BG基因表达产物的表达水平。
进一步地,本发明提供了一种用于骨质疏松症早期筛查的试剂,所述试剂包括检测A1BG基因表达水平的寡聚核苷酸或检测A1BG蛋白表达水平的抗体。
进一步地,本发明提供了一种用于骨质疏松症早期筛查的试剂盒,所述试剂盒包括检测A1BG基因或A1BG蛋白表达水平的试剂。
优选的,所述试剂盒包括检测A1BG基因的引物或检测A1BG蛋白的抗体。
优选的,所述检测A1BG基因的引物包括SEQ ID NO:2和SEQ ID NO: 3所示的引物对。
优选的,所述试剂盒的组分包括:
(1)组织样本或血液中总RNA提取试剂:Trizol、氯仿、异丙醇和75%乙醇等。
(2)反转录试剂:逆转录缓冲液、M-MLV逆转录酶、热稳定DNA聚合酶活性的酶、RNA酶抑制剂和T重复寡核苷酸Oligo dT。
(3)定量PCR试剂:PCR缓冲液、SYBR Green荧光染料、dNTPs组成的 SYBR Green聚合酶链式反应体系,引物和RNase Free H2O。
(4)正常标准品:所述的正常标准品采用正常人群中相应基因表达水平位于中位值的人群,以其相应基因通过特异性反转录引物扩增反转录成的 cDNA作为标准品。
本发明的有益效果如下:
本发明公开了一种与骨质疏松症相关的基因A1BG,并进一步证实该 A1BG基因或该基因的表达蛋白及其片段、类似物和衍生物在骨质疏松症患者生物学样本中表达下调。利用该基因在人群中进行骨质疏松症的普查,解决了现有技术中筛查与诊断措施敏感性和特异性差的问题,能够快速有效的做到骨质疏松症的早期筛查与诊断,而且为预测诊断骨质疏松症的发生发展,甚至是为今后在生物学水平治疗骨质疏松症提供了治疗靶点和重要依据。
附图说明
图1本发明A1BG基因cDNA在各组中的表达;
图2 WB分析各组中A1BG蛋白表达情况。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明,但不用来限制本发明的范围。若未特别指明,实施例中所用的技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段。
本发明中术语解释如下:
本文使用的术语“引物”指存在于纯化的限制性消化物中或合成产生的寡核苷酸,置于诱导合成与核酸链互补的引物延伸产物的条件下时,即存在核苷酸和诱导剂(如DNA聚合酶)以及适当的温度和pH时,所述寡核苷酸能作为合成的起始点。引物可以为单链或双链,并且必须具有足够的长度,以在诱导剂存在下引发所需延伸产物的合成。引物的确切长度会取决于许多因素,包括温度、引物来源和使用的方法。例如,就诊断应用而言,取决于靶序列的复杂性,寡核苷酸引物一般含有15-25或更多的核苷酸,尽管也可以含有更少的核苷酸。引物合适长度的确定中涉及的因素为本领域普通技术人员所公知。一般而言,根据本领域熟知的标准方法设计和选择本发明的引物,参阅Dieffenbach,C.W.,Lowe,T.M.J.,Dveksler,G.S.(1995)General Concepts for PCR Primer Design.《PCR Primer,ALaboratory Manual》(Dieffenbach, CW和Dveksler,G.S.编辑)Cold Spring HarborLaboratory Press,New York, 133-155。
本文中使用的术语“芯片”也称为“阵列”,指包含连接的核酸或肽探针的固体支持物。阵列通常包含按照不同的已知位置连接至基底表面的多种不同的核酸或肽探针。这些阵列,也称为“微阵列”,通常可以利用机械合成方法或光引导合成方法来产生这些阵列,所述光引导合成方法合并了光刻方法和固相合成方法的组合。阵列可以包含平坦的表面,或者可以是珠子、凝胶、聚合物表面、诸如光纤的纤维、玻璃或任何其它合适的基底上的核酸或肽。可以以一定的方式来包装阵列,从而允许进行全功能装置的诊断或其它方式的操纵。
本文使用的“骨质疏松症”未做说明时,一般特指原发性骨质疏松症。
本文使用的“对照”指未显示任何骨质疏松症症状(包括原发性骨质疏松症和继发性骨质疏松症)并且未诊断为骨质疏松症的个体或个体组。优选地,所述对照个体未使用影响骨质疏松症的药物。更优选地,对照个体具有与测试样本相比相似的性别、年龄和体重指标(BMI)。
实施例1样品的收集和样品资料的整理
选取2012年10月到2015年12月期间在北京协和医院骨科就诊的骨质疏松症患者,病例组共收集18例,所有患者均有典型的临床表现,经骨密度(双能X线)检查确诊。对照来源于同时期骨科住院的其他疾病患者,共收集15例。采集所有研究对象的骨组织样本,编号后置-80℃低温冰箱保存。本研究的所有临床样本,均对患者进行知情告知并经本医院伦理委员会通过。
实施例2骨组织样本RNA的提取及检测
1、骨组织样本RNA提取
取所收集的骨组织样本,剥离干净肌肉,用液氮研磨骨组织,待研磨充分后,转移到1.5ml EP管,加入1ml TRIzol试剂(Invitrogen公司),震荡仪混匀。4℃,12000g离心20min,取上清,转移到新的1.5ml EP管。每1ml TRIzol 加入200μl的氯仿,用手上下震荡15s,室温放置2-3min。4℃,12000g离心15min,取上层水相转移到新的1.5ml EP管中,加入4℃预冷的异丙醇 (500μl/1ml TRIzol),轻轻吹打混匀,-20℃冰箱静置30min,沉淀RNA。4℃, 12000g离心10min,移去上清,缓慢沿管壁加入1ml 75%乙醇,小心地吹打混匀。4℃,7500g离心10min,移去上清,室温干燥沉淀10-20min,但不可完全干燥。加入20-50μl无RNase水溶解RNA(根据沉淀多少确定加水量)。
2、提取的RNA完整性及纯度检测
完整性:RNA可用普通琼脂糖凝胶电泳(电泳条件:1.2%胶;0.5×TBE 电泳缓冲液;150v,15min)检测完整性。RNA样本中最大rRNA亮度应为次大rRNA亮度的1.5-2.0倍,否则表示RNA样品的降解。出现弥散片状或条带消失表明样品严重降解。
纯度:OD260/OD280比值是衡量RNA样品中蛋白质污染程度的指标。高质量的RNA样品,OD260/OD280比值(10mM Tris,ph7.5)在2.0左右。 OD260/OD280读数受测定所用溶液的pH值影响。同一个RNA样品,假定在10mM Tris,ph7.5溶液中测定出的OD260/OD280读数在1.8-2.1之间,在水溶液中所测定读数可能在1.5-1.9之间,但这并不代表RNA不纯。
浓度:去一定量的RNA提取物,用RNase-free水稀释n倍,用RNase-free 水将分光光度计调零,取稀释液进行OD260测定,按照以下公式进行RNA 浓度的计算:终浓度(ng/ul)=OD260×n(稀释倍数)×40。
实施例3骨组织RNA的RNA-seq测序文库构建与质检
1、数据质量评估
cDNA文库的构建及测序,委托北京诺禾致源科技股份有限公司完成。 33个样品的测序数据经过测序错误率检查、GC含量分布检查及原始数据过滤,获得后续分析使用的clean reads。通常认为RNA-seq数据进行不同文库间的基因差异表达分析,库总读段数至少为10M,数据整体GC含量保持在 40%-60%,Q30在80%以上则为合理。本次测序所获数据中clean bases占7.2G 以上,Q2碱基占95.18%以上,Q3碱基占89.15%以上,GC含量在样本间保持稳定,在54.29%-56.80%之间,说明整体测序质量良好,满足下游分析质量需求。
2、比对结果分析
将33个样品的clean reads用STAR软件比对到参考基因组序列,平均每个样品的比对率达到92.51%以上,Uniquely mapping rate是指比对到基因组单一位置的reads数占总clean reads数的百分比,只有Uniquely mapped reads才能用于表达量统计,本研究中参考基因组单一位点的平均比对率为 76.956%。
3、定量结果分析
3.1定量结果说明
本研究一共测了33个骨组织样本,每个样本平均产出6Gb数据。将测序reads比对到参考基因组并重构转录本之后,根据FPKM表达量计算得到 33个样品中所有的基因的表达水平。随后,我们用bowtie将reads比对到基因上,每个样本平均检测到10214个基因。
对每个样本分别进行基因水平或转录本水平定量,再合并得到所有样本的表达矩阵,第一列为基因或转录本ID,其余列为各样本的原始readcount 值。
3.2表达水平分布
RNA-seq的基因表达值通常用RPKM或FPKM表示。RPKM用于单端测序,FPKM用于双端测序,先对测序深度进行校正,再对基因或转录本的长度进行校正。
3.3相关性分析
我们要求生物学重复样品间R2至少要大于0.8,否则需要对样品做出合适的解释,或者重新进行实验。根据各样本所有基因的表达值(RPKM或FPKM),计算组内及组间样本的相关性系数,绘制成热图,可直观显示组间样本差异及组内样本重复情况。样本间相关性系数越高,其表达模式越为接近。
4、差异结果分析
基因差异分析的输入数据为基因定量中得到的原始readcount数据。本研究采用DESeq2软件对正常组及骨质疏松症组进行对比分析,筛选正常组与骨质疏松症组中基因表达量padj值小于0.05的差异表达基因。最终共筛选出239个差异表达基因,包括165个表达上调的基因和74个表达下调的基因,经过聚类分析、GO功能富集和KEGG信号通路功能富集分析,发明人筛选到骨质疏松症相关标记物A1BG基因,该基因在骨质疏松症中为下调基因。
实施例4骨质疏松症患者骨组织DNA中CWF19L2基因表达情况
1.实验材料
获取自2012年10月到2015年12月于在北京协和医院骨科接受骨质疏松症所致椎体骨折需手术的21例患者的骨组织、20例正常的骨组织样本。所有患者术前均未接受骨质疏松症治疗,术前已取得患者的知情同意,并通过伦理委员会审核。
2.骨组织RNA的提取
参照实施例2。
3.逆转录合成cDNA
3.1第一链cDNA合成试剂盒(RevertAid Premium Reverse Transcriptase)(Thermo ScientificTM EP0733)
3.2cDNA第一链合成
(1)在冰浴的nuclease-free PCR管中加入以下试剂:
(2)轻轻混匀后离心3~5s,反应混合物在65℃温浴5min后,冰浴2min,然后离心3~5s。
(3)将试管冰浴,再加入下列试剂:
4.0μl 5*RT Buffer
0.5μl Thermo Scientific RiboLock RNase Inhibitor(20U)
1.0μl RevertAid Premium Reverse Transcriptase(200U)
(4)轻轻混匀后离心3~5s
(5)在PCR仪上按照下列条件进行反转录反应
①25℃孵育10min
②cDNA合成50℃ 30min
③终止反应85℃ 5min,处理后,置于冰上放置
(6)将上述溶液-20℃保存。
4.Real-Time PCR
引物设计
采用在线引物设计软件,基因序列参照NCBI:A1BG (Alpha-1B-glycoprotein),内参选GAPDH,引物设计后由上海生工公司合成。具体引物序列如下:
表1 Real-Time PCR引物序列
操作过程如下:
(一)反应体系:用PowerGreen PCR Master Mix进行扩增,实验操作按产品说明书进行。扩增程序为:95℃3min预反应,进行45个循环 (95℃3s,60℃30s)的扩增反应。
表2 Real-Time PCR反应体系
组分 加入量
2×mix 10μl
上游引物(10μM) 0.4μl
下游引物(10μM) 0.4μl
模板 2μl
加入灭菌蒸馏水 至20μl
(二)样品Real-Time PCR检测
将各样品cDNA 10倍稀释后取2μl作模板,分别用目的基因引物和内参基因引物进行扩增。同时在60-95℃进行溶解曲线分析。
5.实验结果
实时定量PCR扩增曲线拐点清楚,扩增曲线整体平行性好,表明各反应管的扩增效率相近,极限平而无上扬现在,曲线指数期斜率较大,说明扩增效率较高。样本扩增产物溶解曲线都是单峰,说明扩增产物只有一条,为特异性扩增。根据qRT-PCR的相对定量公式,比较A1BG基因在骨质疏松症组和对照组中的表达水平。本实施例当中qRT-PCR扩增结果稳定,其A1BG 基因在骨质疏松症组中的表达水平仅为对照组织的约0.30倍(见图1),以上结果验证了高通量转录组表达数据的整合分析A1BG基因在骨质疏松症中低表达的结果。
实施例5 WB方法检测骨质疏松症中A1BG蛋白的表达水平
1、实验材料
收集23例行骨质疏松症所致椎体骨折需手术的骨质疏松症患者,术中获取骨质疏松症患者病变椎骨骨组织,取样来源于2012年10月到2015年 12月期间在北京协和医院骨科就诊的骨质疏松症患者,所有患者均有典型的临床表现,经骨密度(双能X线)检查确诊。对照来源于同时期住院的外伤致椎骨骨折患者,共收集15例,获取正常椎骨骨组织。采集所有研究对象的骨组织样本,编号后置-80℃低温冰箱保存。本研究的所有临床样本,均对患者进行知情告知并经本医院伦理委员会通过。
2、利用BCA蛋白浓度测定试剂盒进行总蛋白定量
采用康为世纪微量BCA蛋白定量试剂盒(货号:CW2011),具体步骤见其说明书。
3、SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)
(1)蛋白质样品变性:
a)根据BCA蛋白质浓度测定结果,每个凝胶加样孔中加入相同质量的总蛋白提取物。按照每1微升蛋白样品加入0.25微升蛋白上样缓冲液的比例,混合蛋白样品和蛋白上样缓冲液(5x)。
b)100℃或沸水浴加热3-5分钟,以充分变性蛋白。
c)冷却到室温后,直接上样到SDS-PAGE胶加样孔内即可。
(2)胶板制备:
采用Bio-Rad公司的微型垂直板电泳装置制备0.75mm厚的凝胶,照说明书安装好玻璃板后,先在小烧杯中配制5mL 10%的分离胶,配方如下:
表3分离胶配方
组分 用量
30%丙烯酰胺溶液 1.7mL
Tris-HCl(1.5M,pH8.8) 1.3mL
10%SDS 0.05mL
10%AP 0.05mL
TEMED 0.002mL
灭菌ddH<sub>2</sub>O 补充至5mL
混匀后立即灌胶,然后加lmL蒸馏水覆盖,室温下放置约30min待胶聚合后,用蒸馏水洗2-3次,再用滤纸吸干。然后制备2mL 5%的浓缩胶,配方如下:
表4浓缩胶配方
组分 用量
30%丙烯酰胺溶液 0.33mL
Tris-HCl(1.0M,pH6.8) 0.25mL
10%SDS 0.02mL
10%AP 0.02mL
TEMED 0.002mL
灭菌ddH<sub>2</sub>O 补充至2mL
混匀后立即灌胶,插入样品梳,避免产生气泡,待胶凝固后,取出样品梳,后用蒸馏水和1x蛋白电泳缓冲液先后冲洗样品孔。
4、上样及电泳
将凝胶板装在电泳装置上,内槽中加满lx蛋白电泳缓冲液,外槽中lx 蛋白电泳缓冲液应超过铂丝,按顺序上样。在末端泳道中加入蛋白质质量标准蛋白梯度。电泳时蓝色染料到达胶的底端处附近即可停止电泳。
5、蛋白质印迹
5.1、按照上述方法先进行SDS-PAGE凝胶电泳分离蛋白。
5.2、预先用转印缓冲液浸泡PVDF膜、滤纸、海棉垫。SDS-PAGE结束后取出凝胶,去除浓缩胶,打开电转印夹,每侧垫上一块专用的用转印缓冲液浸泡透的海棉垫,再各放一块转印液浸透的滤纸,滤纸与海棉垫大小相同或与PVDF膜,凝胶大小相同均可,将凝胶平放在阴极侧滤纸上,最后将 PVDF膜平放在凝胶上,去除气泡,夹好电转印夹。在电泳槽加满电转印液,插入电转印夹,将电泳槽放入冰箱内(电转印液之前要放入冰箱内预冷),连接好电极,接通电流,转印夹的PVDF膜应对电泳槽的正极。
5.3、封闭:转印结束后将PVDF膜用1xTBS漂洗一次。加入含5%的脱脂奶粉TBS封闭缓冲液,摇床上室温孵育1h;
5.4、一抗杂交:弃封闭液,加入用一抗稀释液稀释的一抗(Rabbit Anti- A1BG-antibody(货号:AV33810-50UG))杂交溶液,置于4℃杂交过夜-;
5.5、回收一抗杂交液,用TBST洗膜3次;
5.6、弃TBST,加入用封闭缓冲液稀释的二抗(Anti-rabbit IgG,HRP-linkedAntibody(货号:#7074))杂交溶液,置于摇床上进行杂交;
5.7、弃二抗溶液,用TBST洗膜3次;
5.8、ECL化学发光及图像采集和分析:按照高灵敏度化学发光检测试剂盒(康为世纪货号CW0049B),具体步骤参照说明书。
5.9、以Transferrin作为内参进行数据标准化,以正常对照组-骨组织中 A1BG作为参照样本,计算各组中A1BG蛋白的相对表达水平。
6、实验结果
骨质疏松症与正常对照组相比,A1BG蛋白表达明显降低(P&lt;0.01)具体参见图2所示。
实施例6检测试剂盒的制作
引物:特异扩增如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列的在内的核苷酸序列的引物对如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示;和特异扩增内参基因 (GAPDH)的引物对如SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示;
还包括SYBR Green聚合酶链式反应体系,如PCR缓冲液、SYBR Green 荧光染料、dNTPs。所述PCR缓冲液的成分为25mM KCL,2.5mM MgCL2, 200mM(NH4)2SO4
为方便使用,该试剂盒还可包含对照:正常人骨组织样本cDNA序列。
取受检者骨组织样本,使用常规方法(或使用特定的试剂盒)从骨组织样本提取RNA,使用试剂盒中试剂,按照最佳反应体系与条件进行PCR反应,使用试剂盒中正常骨组织的cDNA作为Real-Time PCR定量检测中的对照cDNA,检测受试者骨组织中如SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列相对表达量变化。
此试剂盒通过最精简和特异的引物对检测基因的表达情况,不仅稳定,检测方便,且精确,大大提高诊断骨质疏松症的敏感性和特异性,因此将此试剂盒投入实践,可以帮助指导诊断和更有效的个体化治疗。
虽然,上文中已经用一般性说明及具体实施方案对本发明作了详尽的描述,但在本发明基础上,可以对之作一些修改或改进,这对本领域技术人员而言是显而易见的。因此,在不偏离本发明精神的基础上所做的这些修改或改进,均属于本发明要求保护的范围。
序列表
&lt;110&gt; 中国医学科学院北京协和医院
&lt;120&gt; 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用
&lt;130&gt; P18081
&lt;160&gt; 5
&lt;170&gt; SIPOSequenceListing 1.0
&lt;210&gt; 1
&lt;211&gt; 269
&lt;212&gt; DNA
&lt;213&gt; Homo sapiens
&lt;400&gt; 1
caccttgact cacctgccat caagcaccag ttcctgctga cgggtgacac ccagggccgc 60
taccgctgcc gctcgggctt gtccacagga tggacccagc tgagcaagct cctggagctg 120
acagggccaa agtccttgcc tgctccctgg ctctcgatgg cgccagtgtc ctggatcacc 180
cccggcctga aaacaacagc agtgtgccga ggtgtgctgc ggggtgtgac ttttctgctg 240
aggcgggagg gcgaccatga gtttctgga 269
&lt;210&gt; 2
&lt;211&gt; 20
&lt;212&gt; DNA
&lt;213&gt; 人工序列(Artificial sequence)
&lt;400&gt; 2
caccttgact cacctgccat 20
&lt;210&gt; 3
&lt;211&gt; 20
&lt;212&gt; DNA
&lt;213&gt; 人工序列(Artificial sequence)
&lt;400&gt; 3
tccagaaact catggtcgcc 20
&lt;210&gt; 4
&lt;211&gt; 21
&lt;212&gt; DNA
&lt;213&gt; 人工序列(Artificial sequence)
&lt;400&gt; 4
tgggtgtgaa ccatgagaag t 21
&lt;210&gt; 5
&lt;211&gt; 21
&lt;212&gt; DNA
&lt;213&gt; 人工序列(Artificial sequence)
&lt;400&gt; 5
tgagtccttc cacgatacca a 21

Claims (10)

1.用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物,其特征在于,所述分子标记物为A1BG基因或该基因的表达蛋白及其片段、类似物和衍生物。
2.如权利要求1所述的分子标记物,其特征在于,所述A1BG基因或该基因的表达产物在骨质疏松症患者生物学样品中表达下调。
3.如权利要求1或2所述的分子标记物在制备骨质疏松症早期筛查产品中的应用。
4.如权利要求3所述的应用,其特征在于,所述早期筛查产品包括基因水平的筛查产品和蛋白水平的筛查产品。
5.如权利要求4所述的应用,其特征在于,所述基因水平的筛查产品是通过real-timePCR、Northern blot、Southern blot、基因芯片、原位杂交或RNA酶保护实验方法来检测A1BG基因的表达水平;所述蛋白水平的筛查产品是通过免疫检测、Western blotting或蛋白芯片来检测A1BG基因表达产物的表达水平。
6.一种用于骨质疏松症早期筛查的试剂,其特征在于,所述试剂包括检测A1BG基因表达水平的寡聚核苷酸或检测A1BG蛋白表达水平的抗体。
7.一种用于骨质疏松症早期筛查的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括检测A1BG基因或A1BG蛋白表达水平的试剂。
8.如权利要求7所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括检测A1BG基因的引物或检测A1BG蛋白的抗体。
9.如权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述检测A1BG基因的引物包括SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示的引物对。
10.如权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括总R NA提取试剂、反转录试剂、定量PCR试剂和正常标准品。
CN201811215255.4A 2018-10-18 2018-10-18 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用 Pending CN109266736A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811215255.4A CN109266736A (zh) 2018-10-18 2018-10-18 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811215255.4A CN109266736A (zh) 2018-10-18 2018-10-18 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN109266736A true CN109266736A (zh) 2019-01-25

Family

ID=65193283

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201811215255.4A Pending CN109266736A (zh) 2018-10-18 2018-10-18 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109266736A (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022040506A3 (en) * 2020-08-21 2022-04-07 Yale University Nanobody compositions and methods of use of the same

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20050076876A (ko) * 2004-01-26 2005-07-29 한국생명공학연구원 간암 유전자 마커 및 이를 이용한 간암 진단킷트
US20130225428A1 (en) * 2011-11-30 2013-08-29 Institute For Systems Biology Liver disease markers
CN102590491B (zh) * 2012-02-06 2014-12-10 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 一种用于早期筛查或辅助诊断泌尿系统疾病的检测试剂盒、检测方法及其用途
CN105112550A (zh) * 2015-09-28 2015-12-02 北京泱深生物信息技术有限公司 作为骨质疏松症诊治靶标的mtus1基因
WO2016127035A1 (en) * 2015-02-05 2016-08-11 Duke University Methods of detecting osteoarthritis and predicting progression thereof

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR20050076876A (ko) * 2004-01-26 2005-07-29 한국생명공학연구원 간암 유전자 마커 및 이를 이용한 간암 진단킷트
US20130225428A1 (en) * 2011-11-30 2013-08-29 Institute For Systems Biology Liver disease markers
CN102590491B (zh) * 2012-02-06 2014-12-10 中国人民解放军第三军医大学第一附属医院 一种用于早期筛查或辅助诊断泌尿系统疾病的检测试剂盒、检测方法及其用途
WO2016127035A1 (en) * 2015-02-05 2016-08-11 Duke University Methods of detecting osteoarthritis and predicting progression thereof
CN105112550A (zh) * 2015-09-28 2015-12-02 北京泱深生物信息技术有限公司 作为骨质疏松症诊治靶标的mtus1基因

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
BISWAS S等: "Identification of novel autoantigen in the Synovial Fluid of Rheumatoid Arthritis Patient Using an immunoproteomics Approach", 《PLOS ONE》 *
CLEMENCE DESJARDIN等: "a method for proteomic analysis of equine subchondral bone and epiphyseal cartilage", 《PROTEOMICS》 *
潘丁: "人膝骨关节炎滑液蛋白质组学研究及国人骨关节炎流行病学Meta分析", 《中国博士学位论文全文数据库》 *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2022040506A3 (en) * 2020-08-21 2022-04-07 Yale University Nanobody compositions and methods of use of the same

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN106591438B (zh) 一种用于检测Her2基因的核酸组合、试剂盒及应用
CN107058538B (zh) 一种引物组合物及其组成的试剂盒和应用
CN104582727B (zh) 利用Slit-Robo系统用于预防或治疗骨折或骨质疏松症的组合物
CN106434982B (zh) 缺血性脑卒中相关的分子标记物及其应用
CN110055353A (zh) 一种快速检测7型腺病毒的含内参双重等温核酸扩增方法
CN108474038A (zh) 评估全身炎症反应综合征(sirs)患者并发症风险的方法
CN104818322B (zh) miRNA和Cyfra21‑1联合在检测非小细胞肺癌中的应用
CN101392285A (zh) 多发性骨髓瘤的检测方法及抑制方法
CN109266736A (zh) 用于骨质疏松症早期筛查的分子标记物及其应用
US11124832B2 (en) Serum miRNA marker for OPLL diagnosis and application thereof
US8206896B2 (en) Detection of uterine leiomyosarcoma using LMP2
CN108410990B (zh) Igfbp3在制备诊断i型神经纤维瘤合并脊柱畸形病产品中的应用
CN106520992A (zh) 分子标志物stac2在口腔鳞状细胞癌中的应用
CN107312865A (zh) Loc100130111在制备骨肉瘤诊断产品、治疗药物中的用途
TW201204393A (en) Diagnostic agent and therapeutic agent of cancer
CN109486934A (zh) Cwf19l2基因在制备诊断骨质疏松症产品中的应用
CN109486935A (zh) 作为骨质疏松症诊治靶标的aknad1基因
CN109402228A (zh) RT-qPCR检测树鼩SLC2A9/Glut9基因转录水平的方法
CN106498051B (zh) Znf800基因在制备骨质疏松症早期筛查产品中的应用
CN106544430A (zh) 一种检测前列腺癌的分子标记物及其应用
CN107029238B (zh) Linc01094在诊治缺血性脑卒中的应用
KR101365206B1 (ko) 심장근육병 진단용 마커 Orai1
WO2020174478A1 (en) Diagnosis and treatment of medulloblastoma
CN105950714B (zh) 一种诊断骨关节炎的产品及其应用
CN112143808A (zh) 一种可作为胃癌诊断标志物的lncRNA及其应用

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20190125

RJ01 Rejection of invention patent application after publication