CN109161584A - 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置 - Google Patents

一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置 Download PDF

Info

Publication number
CN109161584A
CN109161584A CN201811105648.XA CN201811105648A CN109161584A CN 109161584 A CN109161584 A CN 109161584A CN 201811105648 A CN201811105648 A CN 201811105648A CN 109161584 A CN109161584 A CN 109161584A
Authority
CN
China
Prior art keywords
threshold
curve
amplification
revised
value
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201811105648.XA
Other languages
English (en)
Other versions
CN109161584B (zh
Inventor
杨晓慧
王宝杰
辛娟
周慧
石磊
王磊
邢婉丽
程京
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
CapitalBio Corp
Original Assignee
CapitalBio Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by CapitalBio Corp filed Critical CapitalBio Corp
Priority to CN201811105648.XA priority Critical patent/CN109161584B/zh
Publication of CN109161584A publication Critical patent/CN109161584A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN109161584B publication Critical patent/CN109161584B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)

Abstract

本发明公开了一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法,包括:生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;基于斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;计算获得斜率峰值和扩增倍数的乘积;然后通过判断乘积与预设最大阈值、预设最小阈值,扩增倍数与修正后的第一阈值和修正后的第二阈值之间的关系,确定荧光曲线的阴阳性。本发明在判断过程中根据不同浓度下阳性对照曲线的形态对扩增倍数阈值进行了修正,降低了不同浓度下对阴阳性判定的误差,提高了荧光扩增曲线阴阳性判定的准确率。

Description

一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置
技术领域
本发明涉及荧光检测技术领域,特别是涉及一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置。
背景技术
基于荧光的核酸扩增检测是荧光染料或荧光标记的特异性的探针,对荧光扩增产物进行标记跟踪,利用荧光信号强度实时监控反应过程的技术,具有高灵敏度、高特异性、低污染、反应稳定等优点,广泛应用于病原体检测、血液病毒筛选、环境微生物检测等领域,具有广阔的应用前景。
目前基于荧光的核酸扩增检测技术主要包括PCR聚合酶链式反应(PolymeraseChain Reaction)技术、LAMP环介导等温扩增技术(Loop-mediated isothermalamplification method))等,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法,能在短时间内快速扩增待检测的目的基因或某一段DNA片段,同时在每一个扩增循环结束后使用荧光染料或带有荧光标记的探针与扩增产物结合产生荧光,并由荧光检测仪器捕获荧光值,实时反映扩增循环情况。核酸扩增反应完成后,对反应过程中产生的荧光信号强度进行分析,得到检测样本的定性和定量分析结果。在实时监测核酸样本的荧光扩增检测过程中,荧光曲线的阴阳性判定是核酸扩增技术进行定性和定量分析的基础。
目前较为常用的判定方法是计算核酸样本扩增产物产生的荧光信号强度与核酸样本扩增反应的起始荧光信号强度的比值,将所述比值(即荧光曲线的扩增倍数)与预设的荧光信号强度比值阈值进行比较,根据比较结果判定荧光扩增曲线的阴阳性。所述比值大于预设的荧光信号强度比值阈值时判定为阳性,否则判定为阴性。但在实际核酸样本的荧光扩增检测过程中,由于荧光采集设备精度误差或核酸样本提纯精度不足等客观原因,造成荧光信号强度不稳定的情况,会导致荧光扩增曲线阴阳性判断不准确,从而导致实际核酸扩增检测过程的结果不准确的问题。
发明内容
针对于上述问题,本发明提供一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置,实现了提高荧光扩增曲线阴阳性判定的准确率的目的。
为了实现上述目的,本发明提供了如下技术方案:
一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法,该方法包括:
生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
计算获得所述斜率峰值和所述扩增倍数的乘积;
若所述乘积大于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第一阈值,若是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
若所述乘积大于预设最小阈值,且所述乘积小于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第二阈值,若是,则判断所述荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
若所述乘积小于预设最小阈值,则将所述荧光扩增曲线确定为阴性。
可选地,在所述生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线之前,该方法还包括:
对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。
可选地,所述基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数,包括:
计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
可选地,所述根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值,包括:
当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
可选地,还包括:
若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
一种荧光扩增曲线阴阳性判定装置,该装置包括:
曲线生成单元,用于生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
第一计算单元,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
修正单元,用于根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第二计算单元,用于计算获得所述斜率峰值和所述扩增倍数的乘积;
第一判断单元,用于若所述乘积大于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第一阈值,若是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
第二判断单元,用于若所述乘积大于预设最小阈值,且所述乘积小于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第二阈值,若是,则判断所述荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
确定单元,用于若所述乘积小于预设最小阈值,则将所述荧光扩增曲线确定为阴性。
可选地,该装置还包括:
预处理单元,用于对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。
可选地,所述第一计算单元包括:
斜率计算子单元,用于计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
峰值确定子单元,用于在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
均值计算子单元,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
比值计算子单元,用于计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
可选地,所述修正单元包括:
第一确定子单元,用于当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
基线获取子单元,用于当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
第二确定子单元,用于判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
可选地,所述修正单元还包括:
第三确定子单元,用于若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第一计算子单元,用于若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
第四确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
第五确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
相较于现有技术,本发明提供了一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置,根据生成的荧光扩增曲线的斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数,基于斜率峰值与扩增倍数的乘积,分段判定荧光扩增曲线的阴阳性,并且在判断过程中根据不同浓度下阳性对照曲线的形态对扩增倍数阈值进行了修正,降低了不同浓度下对阴阳性判定的误差,提高了荧光扩增曲线阴阳性判定的准确率。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图仅仅是本发明的实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据提供的附图获得其他的附图。
图1为本发明实施例提供的一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法的流程示意图;
图2为本发明实施例提供的一种荧光扩增曲线阴阳性判定装置的结构示意图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图,对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
本发明的说明书和权利要求书及上述附图中的术语“第一”和“第二”等是用于区别不同的对象,而不是用于描述特定的顺序。此外术语“包括”和“具有”以及他们任何变形,意图在于覆盖不排他的包含。例如包含了一系列步骤或单元的过程、方法、系统、产品或设备没有设定于已列出的步骤或单元,而是可包括没有列出的步骤或单元。
在本发明实施例中提供了一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法,参见图1,该方法包括:
S101、生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。滤波处理时排除其它影响因素的影响。
预处理主要是使用最小二乘法分段线性拟合对原始数据进行处理,即每个点的平滑值为前面N个点计算的拟合系数组成的线性输出。目的是对原始曲线进行平滑。
采用差分法计算荧光扩增曲线的斜率分布曲线的公式为:
其中,y′i为曲线在第i点处的斜率值,y(i+1)与yi为原始曲线在第i+1点和第i点的y值,即荧光值,x(i+1)和xi为曲线在第i+1点和第i点处的x值,即时间值。
S102、基于斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
具体包括:
计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
例如,斜率峰值Gmax(即斜率曲线的最大值)计算公式为:
Gmax=max{y′0,y′1,...,y′n-1}
其中,y′0、y′1......y′n-1为曲线在各个点的斜率值。
然后计算核酸样本扩增产物产生的荧光信号强度最大值均值与核酸样本扩增反应的起始荧光信号强度最大值均值的比值(即荧光曲线的扩增倍数ER),计算公式为:
其中,为使用算术平均法计算以曲线极大值为核心的N点平均值,为以曲线极小值为核心的N点平均值,N取值范围为3~7的奇数。max为曲线最大值处的x坐标值,min为曲线最小值处的x坐标值。使用算术平均法计算曲线y在第i点的平均值的计算公式为:
S103、根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
计算荧光曲线的扩增倍数与斜率峰值的乘积Mul,并根据修正后的扩增倍数阈值TV1(Threshold Value1)和扩增倍数阈值TV2(Threshold Value2)进行阴阳性判定。其中,TV1为扩增倍数的第一阈值,TV2为扩增倍数的第二阈值。
S104、计算获得斜率峰值和扩增倍数的乘积;
具体的,Mul=ER*Gmax
S105、若乘积大于预设最大阈值,判断荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于修正后的第一阈值,若是,则执行S106,否则执行S107;
S106、将荧光扩增曲线确定为阳性;
S107、将荧光扩增曲线确定为阴性;
S108、若乘积大于预设最小阈值,且乘积小于预设最大阈值,判断荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于修正后的第二阈值,若是,则执行S109;
S109、判断荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则执行S106,否则执行S107;
S110、若乘积小于预设最小阈值,则执行S107。
具体的,当乘积Mul大于设定阈值MulMax时,若荧光曲线的扩增倍数大于设定的扩增倍数阈值TV1,则判定为阳性,否则判定为阴性。
当乘积Mul大于设定阈值MulMin且小于设定阈值MulMax时,若荧光曲线的扩增倍数大于设定的扩增倍数阈值TV2,且荧光曲线的斜率峰值G_max大于设定阈值GT(GradientThreshold),则判定为阳性,否则判定为阴性。
当乘积Mul小于设定阈值MulMin时,荧光曲线判定为阴性。
本发明提供了一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法,根据生成的荧光扩增曲线的斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数,基于斜率峰值与扩增倍数的乘积,分段判定荧光扩增曲线的阴阳性,并且在判断过程中根据不同浓度下阳性对照曲线的形态对扩增倍数阈值进行了修正,降低了不同浓度下对阴阳性判定的误差,提高了荧光扩增曲线阴阳性判定的准确率。
在本发明实施例中提供了一种对扩增倍数阈值进行修正的方法,包括:
当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
对应的,还包括:
若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
具体的,其中,根据阳性对照曲线的形态修正其他指标曲线的扩增倍数阈值TV1和阈值TV2的过程为:
当检测指标为阳性对照指标时,使用设定的扩增倍数阈值TV1与扩增倍数阈值TV2。
当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线。当该基线小于设定阈值时,使用设定的扩增倍数阈值TV1与扩增倍数阈值TV2。当该基线大于等于设定阈值时,判定阳性对照曲线的阴阳性(判定过程与主流程判定阴阳性过程一致)。
如果阳性对照曲线为阴性,使用设定的扩增倍数阈值TV1与扩增倍数阈值TV2。
如果阳性对照曲线为阳性,计算阳性对照曲线的扩增倍数ER。如果阳性对照曲线的扩增倍数ER大于设定阈值且小于设定阈值TV1,则将扩增倍数阈值TV1修正为阳性对照曲线的扩增倍数ER;如果阳性对照曲线的扩增倍数ER大于设定阈值且小于设定阈值TV2,则扩增倍数阈值TV2修正为阳性对照曲线的扩增倍数ER。否则使用设定的扩增倍数阈值TV1与扩增倍数阈值TV2。
下面举例说明,对于荧光扩增曲线阴阳性的判定过程。
扩增倍数与斜率峰值的乘积大于设定阈值MulMax且阳性对照的基线小于设定阈值时,扩增倍数大于设定的扩增倍数阈值1,判为阳性。
扩增倍数与斜率峰值的乘积大于设定阈值MulMin小于设定阈值MulMax且阳性对照的基线小于设定阈值时,扩增倍数大于设定的扩增倍数阈值2且斜率峰值大于设定阈值,判为阳性。
扩增倍数与斜率峰值的乘积小于设定阈值MulMin,判为阴性。
扩增倍数与斜率峰值的乘积大于设定阈值MulMax且阳性对照的基线大于设定阈值,根据阳性对照的扩增倍数ER修正扩增倍数阈值1,此时扩增倍数大于修正后的扩增倍数阈值1,判为阳性。
本发明实施例根据荧光扩增曲线的扩增倍数与斜率峰值的乘积,分段判定荧光扩增曲线的阴阳性,以及根据阳性对照进行扩增倍数阈值的修正,降低了检测指标扩增倍数较低、检测指标浓度较高时阴阳性判定的误差。基于荧光的Lamp等温扩增反应和荧光定量PCR实验证明了此方法能将有效降低阴阳性判定误差的概率,提高了定性分析的准确率。
在本发明实施例中还提供了一种荧光扩增曲线阴阳性判定装置,参见图2,该装置包括:
曲线生成单元201,用于生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
第一计算单元202,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
修正单元203,用于根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第二计算单元204,用于计算获得所述斜率峰值和所述扩增倍数的乘积;
第一判断单元205,用于若所述乘积大于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第一阈值,若是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
第二判断单元206,用于若所述乘积大于预设最小阈值,且所述乘积小于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第二阈值,若是,则判断所述荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
确定单元207,用于若所述乘积小于预设最小阈值,则将所述荧光扩增曲线确定为阴性。
可选地,该装置还包括:
预处理单元,用于对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。
可选地,所述第一计算单元包括:
斜率计算子单元,用于计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
峰值确定子单元,用于在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
均值计算子单元,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
比值计算子单元,用于计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
可选地,所述修正单元包括:
第一确定子单元,用于当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
基线获取子单元,用于当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
第二确定子单元,用于判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
可选地,所述修正单元还包括:
第三确定子单元,用于若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第一计算子单元,用于若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
第四确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
第五确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
本发明提供了一种荧光扩增曲线阴阳性判定装置,根据曲线生成单元生成的荧光扩增曲线的斜率分布曲线,在第一计算单元中计算获得斜率峰值和扩增倍数,基于第二计算单元斜率峰值与扩增倍数的乘积,在第一判断单元和第二判断单元中分段判定荧光扩增曲线的阴阳性,并且通过修正单元中在判断过程中根据不同浓度下阳性对照曲线的形态对扩增倍数阈值进行了修正,降低了不同浓度下对阴阳性判定的误差,提高了荧光扩增曲线阴阳性判定的准确率。
本说明书中各个实施例采用递进的方式描述,每个实施例重点说明的都是与其他实施例的不同之处,各个实施例之间相同相似部分互相参见即可。对于实施例公开的装置而言,由于其与实施例公开的方法相对应,所以描述的比较简单,相关之处参见方法部分说明即可。
对所公开的实施例的上述说明,使本领域专业技术人员能够实现或使用本发明。对这些实施例的多种修改对本领域的专业技术人员来说将是显而易见的,本文中所定义的一般原理可以在不脱离本发明的精神或范围的情况下,在其它实施例中实现。因此,本发明将不会被限制于本文所示的这些实施例,而是要符合与本文所公开的原理和新颖特点相一致的最宽的范围。

Claims (10)

1.一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法,其特征在于,该方法包括:
生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
计算获得所述斜率峰值和所述扩增倍数的乘积;
若所述乘积大于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第一阈值,若是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
若所述乘积大于预设最小阈值,且所述乘积小于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第二阈值,若是,则判断所述荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
若所述乘积小于预设最小阈值,则将所述荧光扩增曲线确定为阴性。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在所述生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线之前,该方法还包括:
对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数,包括:
计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值,包括:
当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
5.根据权利要求4所述的方法,其特征在于,还包括:
若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
6.一种荧光扩增曲线阴阳性判定装置,其特征在于,该装置包括:
曲线生成单元,用于生成荧光扩增曲线的斜率分布曲线;
第一计算单元,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得斜率峰值和扩增倍数;
修正单元,用于根据阳性对照曲线的形态,对扩增倍数的第一阈值和第二阈值进行修正,获得修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第二计算单元,用于计算获得所述斜率峰值和所述扩增倍数的乘积;
第一判断单元,用于若所述乘积大于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第一阈值,若是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
第二判断单元,用于若所述乘积大于预设最小阈值,且所述乘积小于预设最大阈值,判断所述荧光扩增曲线的扩增倍数是否大于所述修正后的第二阈值,若是,则判断所述荧光扩增曲线的斜率峰值是否大于预设斜率阈值,如果是,则将所述荧光扩增曲线确定为阳性,否则将所述荧光扩增曲线确定为阴性;
确定单元,用于若所述乘积小于预设最小阈值,则将所述荧光扩增曲线确定为阴性。
7.根据权利要求6所述的装置,其特征在于,该装置还包括:
预处理单元,用于对所述荧光扩增曲线进行预处理,获得处理后的荧光扩增曲线,其中,所述预处理包括平滑处理和滤波处理。
8.根据权利要求6所述的装置,其特征在于,所述第一计算单元包括:
斜率计算子单元,用于计算获得所述斜率分布曲线在各个点的斜率值;
峰值确定子单元,用于在所述各个点的斜率值确定斜率最大值,将所述斜率最大值记为斜率峰值;
均值计算子单元,用于基于所述斜率分布曲线,计算获得荧光信号强度最大值的第一均值,并获得起始荧光信号强度最小值对应的第二均值;
比值计算子单元,用于计算所述第一均值和所述第二均值的比值,将所述比值记为扩增倍数。
9.根据权利要求6所述的装置,其特征在于,所述修正单元包括:
第一确定子单元,用于当检测指标为阳性对照指标时,将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
基线获取子单元,用于当检测指标为非阳性对照指标时,获取阳性对照曲线的基线;
第二确定子单元,用于判断所述基线是否小于预设阈值,如果是,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值。
10.根据权利要求9所述的装置,其特征在于,所述修正单元还包括:
第三确定子单元,用于若所述阳性对照曲线为阴性,则将所述第一阈值和所述第二阈值分别确定为修正后的第一阈值和修正后的第二阈值;
第一计算子单元,用于若所述阳性对照曲线为阳性,计算获得所述阳性对照曲线的扩增倍数;
第四确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第一阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第一阈值;
第五确定子单元,用于若所述扩增倍数大于预设扩增阈值,且小于第二阈值,则将所述扩增倍数作为修正后的第二阈值。
CN201811105648.XA 2018-09-21 2018-09-21 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置 Active CN109161584B (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811105648.XA CN109161584B (zh) 2018-09-21 2018-09-21 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201811105648.XA CN109161584B (zh) 2018-09-21 2018-09-21 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN109161584A true CN109161584A (zh) 2019-01-08
CN109161584B CN109161584B (zh) 2021-07-06

Family

ID=64880126

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201811105648.XA Active CN109161584B (zh) 2018-09-21 2018-09-21 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN109161584B (zh)

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110957001A (zh) * 2019-11-21 2020-04-03 允汇科技(天津)有限公司 一种针对微生物生长曲线的算法
CN112525869A (zh) * 2020-07-13 2021-03-19 淮阴工学院 一种农药残留的分段式检测方法
CN112862297A (zh) * 2021-02-02 2021-05-28 方舟生物安全科技(广州)有限公司 一种病原微生物物联网实时监测系统

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105755159A (zh) * 2016-05-13 2016-07-13 苏州国科闻普生物科技有限公司 自动快速判别荧光定量pcr结果的方法
CN107312850A (zh) * 2017-07-19 2017-11-03 华东医药(杭州)基因科技有限公司 一种pcr无效扩增的检测方法

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN105755159A (zh) * 2016-05-13 2016-07-13 苏州国科闻普生物科技有限公司 自动快速判别荧光定量pcr结果的方法
CN107312850A (zh) * 2017-07-19 2017-11-03 华东医药(杭州)基因科技有限公司 一种pcr无效扩增的检测方法

Non-Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
KIM D W等: "Real time quantitative PCR", 《EXP MOL MED》 *
张申等: "《分子生物学检验》", 31 December 2017 *
易健明等: "实时荧光定量的数据分析方法", 《生物技术通报》 *
李鑫鑫: "数字PCR荧光检测仪的数据分析方法的设计和实现", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库》 *
陆长德: "关于用定量PCR方法测定基因的转录水平的几个问题", 《中国细胞生物学学报》 *

Cited By (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN110957001A (zh) * 2019-11-21 2020-04-03 允汇科技(天津)有限公司 一种针对微生物生长曲线的算法
CN112525869A (zh) * 2020-07-13 2021-03-19 淮阴工学院 一种农药残留的分段式检测方法
CN112862297A (zh) * 2021-02-02 2021-05-28 方舟生物安全科技(广州)有限公司 一种病原微生物物联网实时监测系统
CN112862297B (zh) * 2021-02-02 2022-03-01 方舟生物安全科技(广州)有限公司 一种病原微生物物联网实时监测系统

Also Published As

Publication number Publication date
CN109161584B (zh) 2021-07-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN109161584A (zh) 一种荧光扩增曲线阴阳性判定方法及装置
CN101413901B (zh) 基于ccd图像特征的表面疲劳裂纹检测方法
CN109182462B (zh) 一种检测指标阴阳性的判定方法及装置
AU2008323926B2 (en) Quantification of nucleic acid molecules using multiplex PCR
CN109855959A (zh) 一种金属材料疲劳强度的预测方法
CN103267683B (zh) 一种确定耐热金属材料剩余使用寿命的方法
CN106033502A (zh) 鉴定病毒的方法和装置
CN110032711A (zh) 一种基于参数动态调节的快速卡尔曼在线检测滤波方法
CN106202990A (zh) 一种环状rna的高通量芯片数据处理及分析流程控制方法
CN113066527A (zh) 一种siRNA敲减mRNA的靶点预测方法和系统
CN103852525B (zh) 基于ar-hmm的声发射信号识别方法
Yao et al. plantMirP: an efficient computational program for the prediction of plant pre-miRNA by incorporating knowledge-based energy features
KR101771402B1 (ko) 핵산 정량 방법
CN107312850A (zh) 一种pcr无效扩增的检测方法
CN111369039B (zh) 基于多目标优化辅助主动学习的合金热处理工艺优化方法
CN112511104B (zh) 一种单二极管结构光伏电池参数的辨识方法
CN101665833B (zh) 一种检测hla-b27基因的方法及其专用引物与试剂盒
CN109101731A (zh) 基于B-distance的时变可靠性序列优化方法
CN113257357A (zh) 蛋白质残基接触图预测方法
CN109182463A (zh) 一种荧光扩增曲线拐点确定方法及装置
Ursem From expected improvement to investment portfolio improvement: Spreading the risk in kriging-based optimization
CN115747315A (zh) 基于聚合酶链式反应的检测控制方法、装置和计算机设备
CN117153256B (zh) Pcr扩增曲线有效扩增判定方法及装置
CN105893696B (zh) 一种多台产品逐次投入的多阶段可靠性增长评估方法
TW202001246A (zh) 檢測微生物抗藥性方法

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant