CN108424966A - 一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用 - Google Patents

一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用 Download PDF

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Abstract

本发明涉及胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc‑CIT‑1及其应用，可有效解决制备预测胃癌患者预后的试剂盒的问题，一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc‑CIT‑1，其转录本长度大于200个核苷酸，所述的胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒包括置于盒体内的用于检测胃癌患者预后的试剂盒表达的特异性引物，引物序列为SEQ No：2和3、内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ No：4、5和从胃组织中提取RNA，并进行逆转录及荧光定量PCR的试剂。本发明Lnc‑CIT‑1是一种新发现的非编码RNA，可有效用于制备胃癌患者预后的试剂盒，非编码RNA Lnc‑CIT‑1作为胃癌预后新的分子标志物，可及时预测胃癌预后，并及时对胃癌患者进行治疗，延长患者生存时间，提高生存率，是胃癌预后上的一大创新。

Description

一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用
技术领域
本发明涉及肿瘤分子生物学，特别是一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用。
背景技术
胃癌是消化道最常见的恶性肿瘤之一，在发展中国家，胃癌的发生率和死亡率均位于所有恶性肿瘤的第三位。胃癌具有早期难诊断、晚期难治愈、预后差等特点。目前，胃癌的治疗主要采取以手术、化疗、放疗及生物治疗为基础的综合治疗，胃癌对放疗不敏感，手术是胃癌的主要治疗方式，早期胃癌患者的生存率较高，但是早期胃癌在实行根治性胃癌切除术后的复发率高达15%，且胃癌在早期的时候较难发现，多数患者在最终确诊时已处于中期或者晚期。胃癌的诊断时间晚除了与胃癌出现症状较晚有关外，还与内镜检查时遗漏某些部位有关。肿瘤的复发和转移仍然是患者死亡的主要原因。目前，临床上还没有理想的分子指标来评估预后及发生转移的风险。因此，寻找新的预后生物标志物是目前急需解决的问题。
非编码RNA（RNA即核糖核酸）最近研究发现，人类转录组中除了包含约两万余条可编码蛋白的mRNA，还包含3万条左右的非编码RNA。根据非编码RNA的碱基长度可将其分为两大类，第一类，小于200nt的短链非编码RNA，例如主要参与转录后RNA降解或翻译抑制的miRNA，以及参与mRNA翻译的转运RNA；第二类，大于200nt的长链非编码RNA即长链非编码RNA，其参与多种生物过程，例如参与染色质修饰、转录调控、miRNA功能调节、mRNA稳定性以及蛋白质功能调节等多种重要调控机制阻。研究表明，非编码RNA在正常细胞发育以及肿瘤发生发展的过程中发挥重大功能。因此，检测患者肿瘤组织中的非编码RNA的表达量是潜在预测肿瘤患者预后的手段。Lnc-CIT-1是一种新发现的非编码RNA，其转录本长度大于 200个核苷酸。目前，非编码RNA Lnc-CIT-1在正常细胞发育或肿瘤发生发展的过程中发挥的重要作用还在进一步研究中。非编码RNA Lnc-CIT-1是否可以作为一种新的肿瘤标志物制备试剂及试剂盒，应用于预测胃癌患者预后至今未见有公开报道。
发明内容
针对上述情况，为克服现有技术之缺陷，本发明之目的就是提供一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用，可有效解决制备预测胃癌患者预后的试剂盒的问题。
本发明解决的技术方案是，一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1，其转录本长度大于200个核苷酸，序列为SEQ NO:1；
该胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1在制备胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒中的应用；
所述的胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒包括置于盒体内的用于检测胃癌患者预后的试剂盒表达的特异性引物，引物序列为SEQ No：2和3、内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ No：4和5和从胃组织中提取RNA，并进行逆转录及荧光定量PCR的试剂。
本发明Lnc-CIT-1是一种新发现的非编码RNA，可有效用于制备胃癌患者预后的试剂盒，非编码RNA Lnc-CIT-1作为胃癌预后新的分子标志物，可及时预测胃癌预后，并及时对胃癌患者进行治疗，延长患者生存时间，提高生存率，是胃癌预后上的一大创新，经济和社会效益巨大。
附图说明
图1为本发明实时荧光定量PCR分析Lnc-CIT-1在正常组织与胃癌中的表达差异图。
图2为本发明对胃癌患者的预后影响生存曲线分析胃癌组织来源的Lnc-CIT-1表达高低图。
具体实施方式
以下结合具体情况对本发明的具体实施方式作详细说明。
本发明在具体实施中，一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1，为新发现的一种非编码RNA Lnc-CIT-1分子标志物，为长链非编码RNA，其转录本长度大于200个核苷酸，该核苷酸序列为SEQ No：1：
SEQ NO:1
GCAGGGTTGCCGAGCTCTCGCAATCGCGCTTTACCTGCCCAGGCAAGCCGCGGCAAGAACGCAAGGGGCGCGAAGATAAACCGACACTTTCCCAACCGCTTCACCACCCCTCAGCGACTTCCGCTTCCGGCGACTCCATGGGGAAACTGAAGCCCTAGAGGAAAAGAAGACTAAATGTATTACCATCTGACCCACTTCCTGGCCAGCCTGTTCACCTGTCTGCTGTTCTTCATTGATGTGCAATCTAAGACTCAGAGAAGCTGGAGAATTTTCCTAACGTCACACAGCAAAGGAATGGAAGACTCAGGACAAGAATACACGATCCTCTCCTTCCAACATGTCACCCAGCAGAACAAGAGAAGGAATCACAATTGGTCCATGACAGTCACGGTCATCTCATTCCTCTTGCCAGTGGCAGGTGTATGTGTGAGTTTGCAGCTCAATCCTGGCCAAGGGGATCCAAGGACTGCTGAAGAGGCATGTCTGCACATGTCACCTAGAACATCTCCAGCCATCATGTGATCTCTGGGGGAGGCATTCCCAACTCTCTGAGAGAAGCAGACCAGAAAGATGGAAAGAAAGCACCTGGCTCCAGGATGATGACATTGAGCCGATGAATTAACCACCTTTGTGCTGCTCTAACCTTCAGAGTTCACCTTAACATGAGAAAATAAAACCCTTATTGCTTAGCCA 693；
该胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1在制备胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒中的应用；
所述的胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒包括置于盒体内的用于检测胃癌患者预后的试剂盒表达的特异性引物，引物序列为SEQ No：2和3、内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ No：4、5和从胃组织中提取RNA，并进行逆转录及荧光定量PCR的试剂，其中：
SEQ NO:2
GCGCGAAGATAAACCGACAC
SEQ NO:3
TGTCATCATCCTGGAGCCAG
SEQ NO:4
gagtgcatctccatccacgt
SEQ NO:5
acgtggatggagatgcactc
所述的检测胃癌组织中Lnc-CIT-1表达量的试剂盒为实时荧光定PCR检测试剂盒。
所述的实时荧光定量PCR检测试剂盒包括进行实时荧光定量PCR的特异性引物，包括用于检测Lnc-CIT-1表达的特异性引物，引物序列为SEQ NO:2、3，以及内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ NO:4、5。
所述的试剂盒，除Lnc-CIT-1的引物外，还含有从胃癌组织中提取RNA并进行逆转录及荧光定量PCR的所有试剂。包括：
(1)从胃癌的肿瘤或正常对照组织中抽提总RNA所用试剂，包括Trizol液、氯仿、异丙醇、抑制RNA降解溶剂、75％乙醇，DEPC水；
(2)以总RNA为模板将Lnc-CIT-1逆转录为cDNA所用试剂，包括逆转录反应缓冲液、含有含Mg2+的三磷酸碱基脱氧核苷酸dNTP、逆转录酶M-MLV以及随机引物和Oligo dT引物的混合物；
(3)将cDNA实时定量PCR所用试剂，包括Lnc-CIT-1实时荧光定量PCR特异性引物、TUBA1A内参特异性PCR引物、实时荧光定量SYBR染料、无RNA酶的水。
本发明通过荧光定量PCR与生存曲线分析发现胃癌组织来源的Lnc-CIT-1与患者的生存率相关，含量越高，生存率越高，对预测胃癌患者预后生存期分析提供了强有力的技术支持，有助于提高胃癌患者的术后生活质量，制订术后治疗方案，提高生存率，具有深远的临床意义。并经实地试验，取得了非常满意的有益技术效果，有关资料如下：
实施例1
制备检测Lnc-CIT-1表达量的试剂用于制备胃癌患者预后的试剂盒(用于30次反应)
1. Trizo l20ml
2. 抑制RNA降解溶剂 40ml
3. 氯仿80ml
4. 异丙醇80ml
5. DEPC水10ml
6. 10×随机引物和Oligo dT引物的混合物100μl
7. 5×逆转录反应缓冲液150μl
8. 10mM含Mg2+的三磷酸碱基脱氧核苷酸dNTP 100μl
9. 200U/μl M-MLV逆转录酶50μl
10. SYBR Green qPCR Mix 500μl
11. 3μM 目的基因Lnc-CIT-1特异性引物（其序列如SEQ NO:2、3所示） 50μl
12. 3μM 内参基因TUBA1A特异性引物（其序列如SEQ NO:4、5所示） 50μl
实施例2 组织样本Lnc-CIT-1的检测
1、收集待测胃癌或正常对照组织，生理盐水清洗干净后，放入盛有抑制RNA降解溶剂的冻存管中，放至-80℃冰箱备用。
2、组织中RNA的抽提：
（1）先在研钵中加入液氮，再将组织剪成小块在液氮中磨成粉末，用液氮预冷的药匙取100mg组织粉末加入已盛有1ml的Trizol液的EP管中。组织粉末总体积不能超过所用Trizol体积的10%，充分混合均匀。
（2）室温放置5分钟，然后加入200μL的氯仿，盖紧EP管并剧烈摇荡0.5分钟。12000转/分钟离心10分钟。
（3）取上层水相于一新的EP管中（勿中间的沉淀层和下层液混入），加入500μL异丙醇，温和颠倒混匀。室温放置10分钟，12000转/分钟离心10分钟。
（4）小心地弃去上清液，加入1ml的75%乙醇，涡旋混匀，4℃下12000转/分钟离心5分钟。重复操作一次。
（5）弃去上清液（尽量将残余液体除去），室温或真空干燥5～10分钟（注意不要干燥过分，否则会降低RNA的溶解度）。用50μL DEPC处理过的水将RNA溶解。
（6）RNA浓度测定：用核酸浓度测定仪进行测定，吸1μL RNA样品加至样品孔，根据读数直接确定RNA的浓度。核酸浓度测定仪的测定的OD260/OD280比值，比值在1.8-2.0之间认为RNA纯度很好。最后，RNA贮存于-80℃冰箱备用。
3、Lnc-CIT-1 RNA的逆转录：使用上海碧云天生物技术有限公司的逆转录试剂盒（D7170S）。具体步骤如下。
（1）去除基因组DNA：将模板Total RNA，5×gDNA Eraser Buffer在冰上解冻，5×RT Buffer、10×RT Primer Mix、DEPC-treated Water在室温(15-25℃)解冻，解冻后迅速置于冰上。使用前将每种溶液混匀并短暂离心以使所有液体沉降至管底。 RNA的变性，把RNA样品在65℃条件下热变性5 分钟后，立即置于冰水中冷却。按下表成分于冰上配制反应混合液，然后再分装到每个反应管中，最后加入RNA样品。
试剂 使用量
5×gDNA Eraser Buffer 2μl
Total RNA up to 0.5μg
DEPC-treated Water 至10μl
总体积 10μl
（2）在PCR仪上或水浴中，37℃孵育2分钟。迅速置于冰上放置备用。
（3）逆转录体系配制：在冰上进行反应液配制，轻柔混匀后立即进行逆转录反应。按照下表的逆转录反应体系配制混合液。
（4）42℃孵育60 分钟以进行逆转录反应，随后80℃孵育10 分钟失活逆转录酶后放于冰上。对于二级结构复杂或高GC含量的模板，可以提高逆转录温度至50℃，以增强逆转录效率。
（5）得到的cDNA可立即或-80℃冻存后用于后续实时荧光定量PCR，cDNA宜避免过多的反复冻融。
4、利用Lnc-CIT-1的特异性引物进行实时定量PCR：特异性引物在生工生物工程（上海）股份有限公司合成，包括用于检测Lnc-CIT-1表达的特异性引物，引物序列为SEQNO: 2、3，以及内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ NO: 4、5。实时定量PCR其它试剂利用上海碧云天生物技术有限公司的BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2×)，具体步骤如下：
（1）融解并混匀PCR反应所需的各种溶液，BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix完全融解并混匀后置于冰盒内。
（2）冰浴上设置PCR反应体系(以96孔板为例)：
试剂 使用量
BeyoFast™ SYBR Green qPCR Mix (2X, Low ROX) 10μl
特异性引物(浓度3μM) 2μl
模板DNA 2μl
无RNA酶的水 6μl
总体积 20μl
(3) 通常DNA模板的量以1-10ng cDNA为参考用量，引物的终浓度为0.2-0.5μM时可获得良好的检测效果，也可根据情况调整引物的终浓度。如有必要，可对模板进行梯度稀释，以确定最佳的模板使用量。逆转录PCR反应得到的cDNA直接作为模板时，其添加量不要超过PCR反应总体积的10%。96孔板的推荐反应体系为20μl，也可以根据实际实验需求，按比例扩大或缩小反应体系。
(4) 用移液器轻轻吹打混匀或轻微Vortex混匀，室温离心数秒，使液体积聚于管底。
(5) 将设置好的PCR反应管或PCR反应板置于荧光定量PCR仪上，开始PCR反应。
(6)PCR反应程序：在实时荧光定量PCR反应前进行模板的预变性，通常设定为95℃2分钟。采用如下的PCR程序，本程序是以ABI 7900HT荧光定量PCR仪为例：
a. 预变性：95℃ 2min
b. 变性：95℃ 15sec
c. 退火/延伸：60℃ 15-30sec
d. 重复步骤b和步骤c，总共40个循环
e. 熔解曲线分析(可选)：95℃ 15sec, 60℃ 15sec, 95℃ 15sec
f. 使用荧光定量PCR仪提供的软件分析结果
三步法只需在退火/延伸后加一步72℃ 30sec，随后重复步骤b、c及增加的这一步骤共40个循环即可。
5、Lnc-CIT-1表达量的数据分析：本实验数据纳入60例胃癌患者及其正常对照组织。实时定量PCR的结果分析采用相对定量方法即2^-△△Ct法。具体如下：首先，将一次实验的所有基因Ct值整理好，之后用每一组肿瘤样本中的目的基因Lnc-CIT-1的Ct值减去自身内参基因TUBA1A的Ct值，得到的数就是△Ct；换成公式就是：△Ct=Ct（目的基因Lnc-CIT-1）-Ct（内参基因TUBA1A）；然后，将每一组肿瘤样本每一个目的基因Lnc-CIT-1的△Ct都算好。用本次实验中肿瘤组织样本的△Ct减去正常对照组织组样本的△Ct，并同时对所有结果取相反数，该步运算得到的结果就是-△△Ct。最后，对-△△Ct进行2的幂运算，即2^-△△Ct就得出表达量的倍数改变。重复三次，利用非参数t-检验进行统计分析。实验发现，胃癌的肿瘤组织中Lnc-CIT-1的表达量比正常对照高（见图1），差异具有统计学差异(p＜0.05)。
6、通过对上述实验所纳入的60例胃癌患者随访统计资料，包括患者首次发病的时间，治疗情况，复发状况及死亡时间等，随访时间为至少12个月。在所选取的胃癌患者中，选取荧光实时定量PCR分析的表达值为参考标准，所得结果与其对应的正常组织相比较。肿瘤组织中Lnc-CIT-1表达高于正常对照组织的患者定义为Lnc-CIT-1高表达组，其余为低表达组。通过Kaplan-Meier生存分析，Lnc-CIT-1高表达患者的生存期比Lnc-CIT-1低表达组的患者明显降低，预后更差（见图2），差异具有有统计学意义(p＜0.05)。因此，Lnc-CIT-1可作为胃癌患者预后的特异性分子标志物。
由以上可以清楚的看出，本发明公开了一种新的胃癌预后分子标志物非编码RNALnc-CIT-1，用于制备胃癌患者的试剂盒，通过检测胃癌肿瘤组织来源的Lnc-CIT-1的试剂盒。通过研究证实Lnc-CIT-1在胃癌中表达上调，高表达Lnc-CIT-1的胃癌患者，其总体生存率更差。因此，通过检测胃癌患者肿瘤组织中Lnc-CIT-1的表达水平，可以对胃癌患者做出预后检查诊断，准确率高达95%以上，并进行及时治疗，提高患者生存率和生存质量，具有深远的临床应用意义和推广应用价值，经济和社会效益巨大。
序列表
<110> 郑州大学第一附属医院
<120> 一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1及其应用
<160> 5
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 4
<211> 693
<212> DNA
<213> Homo sapiens
<400> 4
gcagggttgc cgagctctcg caatcgcgct ttacctgccc aggcaagccg cggcaagaac 60
gcaaggggcg cgaagataaa ccgacacttt cccaaccgct tcaccacccc tcagcgactt 120
ccgcttccgg cgactccatg gggaaactga agccctagag gaaaagaaga ctaaatgtat 180
taccatctga cccacttcct ggccagcctg ttcacctgtc tgctgttctt cattgatgtg 240
caatctaaga ctcagagaag ctggagaatt ttcctaacgt cacacagcaa aggaatggaa 300
gactcaggac aagaatacac gatcctctcc ttccaacatg tcacccagca gaacaagaga 360
aggaatcaca attggtccat gacagtcacg gtcatctcat tcctcttgcc agtggcaggt 420
gtatgtgtga gtttgcagct caatcctggc caaggggatc caaggactgc tgaagaggca 480
tgtctgcaca tgtcacctag aacatctcca gccatcatgt gatctctggg ggaggcattc 540
ccaactctct gagagaagca gaccagaaag atggaaagaa agcacctggc tccaggatga 600
tgacattgag ccgatgaatt aaccaccttt gtgctgctct aaccttcaga gttcacctta 660
acatgagaaa ataaaaccct tattgcttag cca 693
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 2
gcgcgaagat aaaccgacac 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 3
tgtcatcatc ctggagccag 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 4
gagtgcatct ccatccacgt 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<400> 5
acgtggatgg agatgcactc 20

Claims (3)

1.一种胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1，为长链非编码RNA，其转录本长度大于200个核苷酸，该核苷酸序列为SEQ No：1。
2.权利要求1所述的胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1在制备胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒中的应用。
3.权利要求2所述的胃癌预后分子标志物非编码RNA Lnc-CIT-1在制备胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒中的应用，其特征在于，所述的胃癌预后实时荧光定量PCR检测试剂盒包括置于盒体内的用于检测胃癌患者预后的试剂盒表达的特异性引物，引物序列为SEQ No：2和3、内参基因TUBA1A表达的引物序列，引物序列为SEQ No：4和5和从胃组织中提取RNA，并进行逆转录及荧光定量PCR的试剂。
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